EMCAL/AliEMCALTrigger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id$ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 //
  19 //  Class for trigger analysis.
  20 //  Digits are grouped in TRU's  (Trigger Units). A TRU consists of 384
  21 //  cells ordered fNTRUPhi x fNTRUEta. The algorithm searches all possible 2x2
  22 //  and nxn (n is a multiple of 2) cell combinations per each TRU,  adding the
  23 //  digits amplitude and finding the maximum. If found, look if it is isolated.
  24 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger
  25 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed.
  26 //  Thresholds need to be fixed. Last 2 modules are half size in Phi, I considered
  27 //  that the number of TRU is maintained for the last modules but decision not taken.
  28 //  If different, then this must be changed.
  29 //  Usage:
  30 //
  31 //  //Inside the event loop
  32 //  AliEMCALTrigger *tr = new AliEMCALTrigger();//Init Trigger
  33 //  tr->SetL0Threshold(100); //Arbitrary threshold values
  34 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
  35 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
  36 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
  37 //  ...
  38 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
  39 //  tr->Print(""); //Print results
  40 //
  41 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN)
  42 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  43
  44
  45 // --- ROOT system ---
  46
  47 // --- ALIROOT system ---
  48 #include "AliRun.h"
  49 #include "AliRunLoader.h"
  50 #include "AliTriggerInput.h"
  51 #include "AliEMCAL.h"
  52 #include "AliEMCALLoader.h"
  53 #include "AliEMCALDigit.h"
  54 #include "AliEMCALTrigger.h"
  55 #include "AliEMCALGeometry.h"
  56 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  57
  58 ClassImp(AliEMCALTrigger)
  59
  60 //______________________________________________________________________
  61 AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger()
  62   : AliTriggerDetector(), fGeom(0),
  63     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CellPhi(-1),  f2x2CellEta(-1),
  64     f2x2SM(0),
  65     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCellPhi(-1),  fnxnCellEta(-1),
  66     fnxnSM(0),
  67     fADCValuesHighnxn(0),fADCValuesLownxn(0),
  68     fADCValuesHigh2x2(0),fADCValuesLow2x2(0),
  69     fDigitsList(0),
  70     fL0Threshold(100),fL1JetLowPtThreshold(200),
  71     fL1JetMediumPtThreshold(500), fL1JetHighPtThreshold(1000),
  72     fPatchSize(1),  fIsolPatchSize(1),
  73     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1),
  74     f2x2AmpOutOfPatchThres(100000),  fnxnAmpOutOfPatchThres(100000),
  75     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),
  76     fSimulation(kTRUE), fIsolateInSuperModule(kTRUE)
  77 {
  78   //ctor
  79   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  80   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  81   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  82   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  83
  84   SetName("EMCAL");
  85   CreateInputs();
  86
  87    //Print("") ;
  88 }
  89
  90
  91
  92 //____________________________________________________________________________
  93 AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger(const AliEMCALTrigger & trig)
  94   : AliTriggerDetector(trig),
  95     fGeom(trig.fGeom),
  96     f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
  97     f2x2CellPhi(trig.f2x2CellPhi),
  98     f2x2CellEta(trig.f2x2CellEta),
  99     f2x2SM(trig.f2x2SM),
 100     fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
 101     fnxnCellPhi(trig.fnxnCellPhi),
 102     fnxnCellEta(trig.fnxnCellEta),
 103     fnxnSM(trig.fnxnSM),
 104     fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
 105     fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
 106     fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
 107     fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
 108     fDigitsList(trig.fDigitsList),
 109     fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
 110     fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
 111     fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold),
 112     fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
 113     fPatchSize(trig.fPatchSize),
 114     fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize),
 115     f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch),
 116     fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch),
 117     f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),
 118     fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres),
 119     fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
 120     fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),
 121     fSimulation(trig.fSimulation),
 122     fIsolateInSuperModule(trig.fIsolateInSuperModule)
 123 {
 124   // cpy ctor
 125 }
 126
 127 AliEMCALTrigger::~AliEMCALTrigger() {
 128   delete [] fADCValuesHighnxn;
 129   delete [] fADCValuesLownxn;
 130   delete [] fADCValuesHigh2x2;
 131   delete [] fADCValuesLow2x2;
 132 }
 133
 134 //----------------------------------------------------------------------
 135 void AliEMCALTrigger::CreateInputs()
 136 {
 137    // inputs
 138
 139    // Do not create inputs again!!
 140    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
 141
 142    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "EMCAL_L0",       "EMCAL L0", 0x02 ) );
 143    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "EMCAL_JetHPt_L1","EMCAL Jet High Pt L1",   0x04 ) );
 144    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "EMCAL_JetMPt_L1","EMCAL Jet Medium Pt L1", 0x08 ) );
 145    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "EMCAL_JetLPt_L1","EMCAL Jet Low Pt L1",    0x016 ) );
 146
 147 }
 148
 149 //____________________________________________________________________________
 150 Bool_t AliEMCALTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t iSM, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
 151
 152   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch,
 153   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch,
 154   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
 155   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
 156   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
 157   //                                                             0                          1                                  2
 158   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
 159   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
 160   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14
 161   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
 162
 163   Bool_t b = kFALSE;
 164   Float_t amp = 0;
 165
 166   //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
 167   Int_t itru = mtru + iSM * fGeom->GetNTRU(); //number of tru, min 0 max 8*5.
 168   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
 169   Int_t colborder = 0;
 170   Int_t rowborder = 0;
 171
 172   if(fIsolateInSuperModule){
 173     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(iSM)) ;
 174     rowborder = fGeom->GetNPhi()*2;
 175     colborder = fGeom->GetNZ()*2;
 176     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
 177   }
 178   else{
 179     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
 180     rowborder = fGeom->GetNCellsInTRUPhi();
 181     colborder = fGeom->GetNCellsInTRUEta();
 182     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
 183   }
 184
 185   //Define patch cells
 186   Int_t isolcells   = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
 187   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
 188   Int_t minrow      = maxphi - isolcells;
 189   Int_t mincol      = maxeta - isolcells;
 190   Int_t maxrow      = maxphi + isolcells + ipatchcells;
 191   Int_t maxcol      = maxeta + isolcells + ipatchcells;
 192
 193   if (minrow < 0)
 194     minrow = 0;
 195   if (mincol < 0)
 196     mincol = 0;
 197   if (maxrow > rowborder)
 198     maxrow = rowborder;
 199   if (maxcol > colborder)
 200     maxcol = colborder;
 201
 202   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
 203   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
 204
 205   //Add amplitudes in all isolation patch
 206   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
 207     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
 208       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
 209
 210   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 211
 212   if(amp < maxamp){
 213     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 214     return kFALSE;
 215   }
 216   else
 217     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
 218
 219   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
 220
 221   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
 222   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
 223     f2x2AmpOutOfPatch = amp;
 224     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
 225       b=kTRUE;
 226   }
 227   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
 228     fnxnAmpOutOfPatch = amp;
 229     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
 230       b=kTRUE;
 231   }
 232
 233   return b;
 234
 235 }
 236
 237 //____________________________________________________________________________
 238 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
 239
 240   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) cells per each TRU.
 241   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 cells,
 242   //for this reason we loop inside the TRU cells by 2.
 243
 244   //Declare and initialize variables
 245   Int_t nCellsPhi  = fGeom->GetNCellsInTRUPhi();
 246   if(isupermod > 9)
 247     nCellsPhi =  nCellsPhi / 2 ; //Half size SM. Not Final.
 248   // 12(tow)*2(cell)/1 TRU, cells in Phi in one TRU
 249   Int_t nCellsEta  = fGeom->GetNCellsInTRUEta();
 250   Int_t nTRU  = fGeom->GetNTRU();
 251   // 24(mod)*2(tower)/3 TRU, cells in Eta in one TRU
 252   //Int_t nTRU          = geom->GeNTRU();//3 TRU per super module
 253
 254   Float_t amp2 = 0 ;
 255   Float_t ampn = 0 ;
 256   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
 257     for(Int_t j = 0; j < nTRU; j++){
 258       ampmax2(i,j) = -1;
 259       ampmaxn(i,j) = -1;
 260     }
 261   }
 262
 263   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
 264   //used to calculate the nxn sums
 265   TMatrixD tru2x2(nCellsPhi/2,nCellsEta/2) ;
 266   for(Int_t i = 0; i < nCellsPhi/2; i++)
 267     for(Int_t j = 0; j < nCellsEta/2; j++)
 268       tru2x2(i,j) = -1;
 269
 270   //Loop over all TRUS in a supermodule
 271   for(Int_t itru = 0 + isupermod * nTRU ; itru < (isupermod+1)*nTRU ; itru++) {
 272     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
 273     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
 274     Int_t mtru = itru-isupermod*nTRU ; //Number of TRU in Supermodule
 275
 276     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
 277     for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCellsPhi; irow += 2){
 278       for(Int_t icol = 0 ; icol < nCellsEta ; icol += 2){
 279         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
 280           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
 281
 282         //Fill matrix with added 2x2 cells for use in nxn sums
 283         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
 284         //Select 2x2 maximum sums to select L0
 285         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
 286           ampmax2(0,mtru) = amp2 ;
 287           ampmax2(1,mtru) = irow;
 288           ampmax2(2,mtru) = icol;
 289         }
 290       }
 291     }
 292
 293     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
 294     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
 295     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
 296     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
 297     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
 298       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
 299         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){
 300           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
 301             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
 302         }
 303       }
 304     }
 305
 306     //Sliding nxn, add nxn amplitudes  (OVERLAP)
 307     if(fPatchSize > 0){
 308       for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCellsPhi/2; irow++){
 309         for(Int_t icol = 0 ; icol < nCellsEta/2 ; icol++){
 310           ampn = 0;
 311           if( (irow+fPatchSize) < nCellsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nCellsEta/2){//Avoid exit the TRU
 312             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
 313               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
 314                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
 315             //Select nxn maximum sums to select L1
 316             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
 317               ampmaxn(0,mtru) = ampn ;
 318               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
 319               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
 320             }
 321           }
 322         }
 323       }
 324
 325       //Find most recent time in selected nxn cell
 326       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
 327       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
 328       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
 329       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
 330         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
 331           if( (rown+i) < nCellsPhi && (coln+j) < nCellsEta){//Avoid exit the TRU
 332             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
 333               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
 334                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
 335             }
 336           }
 337         }
 338       }
 339     }
 340     else {
 341         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru);
 342         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
 343         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
 344         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
 345       }
 346   }
 347 }
 348
 349 //____________________________________________________________________________
 350 void AliEMCALTrigger::Print(const Option_t * opt) const
 351 {
 352
 353   //Prints main parameters
 354
 355   if(! opt)
 356     return;
 357   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
 358
 359   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Cell, \n") ;
 360   printf( "               -2x2 cells sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
 361           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ;
 362   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CellPhi, f2x2CellPhi+2, f2x2CellEta, f2x2CellEta+2) ;
 363   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 364           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ;
 365   if(fPatchSize > 0){
 366     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
 367     printf( "               -nxn cells sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
 368             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ;
 369     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCellPhi, fnxnCellPhi+4*fPatchSize, fnxnCellEta, fnxnCellEta+4*fPatchSize) ;
 370     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n",
 371             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ;
 372   }
 373
 374   printf( "             Isolate in SuperModule? %d\n",
 375           fIsolateInSuperModule) ;
 376
 377   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n",
 378           fL0Threshold) ;
 379   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_L0" );
 380   if(in->GetValue())
 381     printf( "             *** EMCAL LO is set ***\n") ;
 382
 383   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n",
 384           fL1JetLowPtThreshold) ;
 385   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_JetLPt_L1" );
 386   if(in->GetValue())
 387     printf( "             *** EMCAL Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
 388
 389   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n",
 390           fL1JetMediumPtThreshold) ;
 391   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_JetMPt_L1" );
 392   if(in->GetValue())
 393     printf( "             *** EMCAL Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
 394
 395   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n",
 396           fL1JetHighPtThreshold) ;
 397   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_JetHPt_L1" );
 398   if(in->GetValue())
 399     printf( "             *** EMCAL Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
 400
 401 }
 402
 403 //____________________________________________________________________________
 404 void AliEMCALTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix,const Int_t iSM,
 405                                   const TMatrixD &ampmax2,
 406                                   const TMatrixD &ampmaxn)
 407 {
 408
 409   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and
 410   //compares with the different L0 and L1 triggers thresholds
 411   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 412   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 413   Int_t   mtru2  = -1 ;
 414   Int_t   mtrun  = -1 ;
 415
 416   Int_t nTRU = fGeom->GetNTRU();
 417
 418   //Find maximum summed amplitude of all the TRU
 419   //in a Super Module
 420     for(Int_t i = 0 ; i < nTRU ; i++){
 421       if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
 422         max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
 423         max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 424         max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 425         max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
 426         mtru2   = i ;
 427       }
 428       if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
 429         maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
 430         maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 431         maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 432         maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
 433         mtrun   = i ;
 434       }
 435     }
 436
 437   //--------Set max amplitude if larger than in other Super Modules------------
 438   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
 439   Float_t maxtimeRn = -1 ;
 440   static AliEMCALRawUtils rawUtil;
 441   Int_t nTimeBins = rawUtil.GetRawFormatTimeBins() ;
 442
 443   //Set max of 2x2 amplitudes and select L0 trigger
 444   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
 445     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
 446     f2x2SM      = iSM ;
 447     maxtimeR2   = max2[3] ;
 448     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModuleFromTRUIndex(mtru2,
 449                                                   static_cast<Int_t>(max2[1]),
 450                                                   static_cast<Int_t>(max2[2]),
 451                                                   f2x2CellPhi,f2x2CellEta) ;
 452
 453     //Isolated patch?
 454     if(fIsolateInSuperModule)
 455       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iSM, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CellPhi,f2x2CellEta) ;
 456     else
 457       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iSM, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
 458
 459     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 460     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
 461       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
 462       fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
 463     }
 464     rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2, f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 465
 466     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 467     //Set L0
 468     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 469       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold          || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold){
 470         SetInput("EMCAL_L0") ;
 471         break;
 472       }
 473     }
 474   }
 475
 476   //------------Set max of nxn amplitudes and select L1 trigger---------
 477   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp ){
 478     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
 479     fnxnSM      = iSM ;
 480     maxtimeRn   = maxn[3] ;
 481     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModuleFromTRUIndex(mtrun,
 482                                                   static_cast<Int_t>(maxn[1]),
 483                                                   static_cast<Int_t>(maxn[2]),
 484                                                   fnxnCellPhi,fnxnCellEta) ;
 485
 486     //Isolated patch?
 487     if(fIsolateInSuperModule)
 488       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iSM, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCellPhi, fnxnCellEta) ;
 489     else
 490       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iSM, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
 491
 492     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 493     if (fADCValuesLownxn == 0) {
 494       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
 495       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
 496     }
 497     rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn, fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 498
 499     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 500     //SetL1 Low
 501     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 502       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
 503         SetInput("EMCAL_JetLPt_L1") ;
 504         break;
 505       }
 506     }
 507
 508     //SetL1 Medium
 509     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 510       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
 511         SetInput("EMCAL_JetMPt_L1") ;
 512         break;
 513       }
 514     }
 515
 516     //SetL1 High
 517     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 518       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
 519         SetInput("EMCAL_JetHPt_L1") ;
 520         break;
 521       }
 522     }
 523   }
 524 }
 525
 526 //____________________________________________________________________________
 527 void AliEMCALTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, TClonesArray * ampmatrix, TClonesArray * ampmatrixsmod, TClonesArray * timeRmatrix) {
 528
 529 //  Orders digits ampitudes list in fNTRU TRUs (384 cells) per supermodule.
 530 //  Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. The number of
 531 //  TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of TRU in eta is fNTRUEta.
 532 //  Last 2 modules are half size in Phi, I considered that the number of TRU
 533 //  is maintained for the last modules but decision not taken. If different,
 534 //  then this must be changed. Also fill a matrix with all amplitudes in supermodule for isolation studies.
 535
 536   //Initilize and declare variables
 537   //List of TRU matrices initialized to 0.
 538   Int_t nPhi = fGeom->GetNPhi();
 539   Int_t nZ = fGeom->GetNZ();
 540   Int_t nTRU = fGeom->GetNTRU();
 541   Int_t nTRUPhi = fGeom->GetNTRUPhi();
 542   Int_t nCellsPhi  = fGeom->GetNCellsInTRUPhi();
 543   Int_t nCellsPhi2 = fGeom->GetNCellsInTRUPhi();
 544   Int_t nCellsEta  = fGeom->GetNCellsInTRUEta();
 545
 546   Int_t id       = -1;
 547   Float_t amp    = -1;
 548   Float_t timeR  = -1;
 549   Int_t iSupMod  = -1;
 550   Int_t nModule  = -1;
 551   Int_t nIphi    = -1;
 552   Int_t nIeta    = -1;
 553   Int_t iphi     = -1;
 554   Int_t ieta     = -1;
 555
 556   //List of TRU matrices initialized to 0.
 557   Int_t nSup = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 558   for(Int_t k = 0; k < nTRU*nSup; k++){
 559     TMatrixD amptrus(nCellsPhi,nCellsEta) ;
 560     TMatrixD timeRtrus(nCellsPhi,nCellsEta) ;
 561     // Do we need to initialise? I think TMatrixD does it by itself...
 562     for(Int_t i = 0; i < nCellsPhi; i++){
 563       for(Int_t j = 0; j < nCellsEta; j++){
 564         amptrus(i,j) = 0.0;
 565         timeRtrus(i,j) = 0.0;
 566       }
 567     }
 568     new((*ampmatrix)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
 569     new((*timeRmatrix)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ;
 570   }
 571
 572   //List of Modules matrices initialized to 0.
 573   for(Int_t k = 0; k < nSup ; k++){
 574     TMatrixD  ampsmods( nPhi*2, nZ*2) ;
 575     for(Int_t i = 0; i <  nPhi*2; i++){
 576       for(Int_t j = 0; j < nZ*2; j++){
 577         ampsmods(i,j)   = 0.0;
 578       }
 579     }
 580     new((*ampmatrixsmod)[k])   TMatrixD(ampsmods) ;
 581   }
 582
 583   AliEMCALDigit * dig ;
 584
 585   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
 586   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
 587
 588     dig = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(idig)) ;
 589     amp    = dig->GetAmp() ;   // Energy of the digit (arbitrary units)
 590     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
 591     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
 592
 593     //Get eta and phi cell position in supermodule
 594     Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(id, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
 595     if(!bCell)
 596       Error("FillTRU","Wrong cell id number") ;
 597
 598     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 599
 600     //Check to which TRU in the supermodule belongs the cell.
 601     //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension
 602     //(fNTRUPhi,fNTRUEta).
 603     //Each TRU is a cell matrix of dimension (nCellsPhi,nCellsEta)
 604
 605     //First calculate the row and column in the supermodule
 606     //of the TRU to which the cell belongs.
 607     Int_t col   = ieta/nCellsEta;
 608     Int_t row   = iphi/nCellsPhi;
 609     if(iSupMod > 9)
 610       row   = iphi/nCellsPhi2;
 611     //Calculate label number of the TRU
 612     Int_t itru  = row + col*nTRUPhi + iSupMod*nTRU ;
 613
 614     //Fill TRU matrix with cell values
 615     TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrix->At(itru)) ;
 616     TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrix->At(itru)) ;
 617
 618     //Calculate row and column of the cell inside the TRU with number itru
 619     Int_t irow = iphi - row *  nCellsPhi;
 620     if(iSupMod > 9)
 621       irow = iphi - row *  nCellsPhi2;
 622     Int_t icol = ieta - col *  nCellsEta;
 623
 624     (*amptrus)(irow,icol) = amp ;
 625     (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
 626
 627     //####################SUPERMODULE MATRIX ##################
 628     TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSupMod)) ;
 629     (*ampsmods)(iphi,ieta)   = amp ;
 630
 631   }
 632 }
 633 //____________________________________________________________________________
 634 void AliEMCALTrigger::Trigger()
 635 {
 636   //Main Method to select triggers.
 637   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader();
 638   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>
 639     (runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 640
 641   //Load EMCAL Geometry
 642   if (runLoader->GetAliRun() && runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
 643     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
 644   if (fGeom == 0)
 645     fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaulGeometryName());
 646
 647   if (fGeom==0)
 648     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 649
 650   //Define parameters
 651   Int_t nSuperModules = fGeom->GetNumberOfSuperModules() ; //12 SM in EMCAL
 652   Int_t nTRU       = fGeom->GetNTRU();    //3 TRU per super module
 653
 654   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
 655   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CellPhi = -1;  f2x2CellEta = -1;
 656   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCellPhi = -1;  fnxnCellEta = -1;
 657
 658   //Take the digits list if simulation
 659   if(fSimulation){
 660     runLoader->LoadDigits("EMCAL");
 661     fDigitsList = emcalLoader->Digits() ;
 662   }
 663   if(!fDigitsList)
 664     AliFatal("Digits not found !") ;
 665
 666   //Take the digits list
 667
 668   //Fill TRU Matrix
 669   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 670   TClonesArray * ampsmods  = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 671   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
 672
 673   FillTRU(fDigitsList, amptrus, ampsmods, timeRtrus) ;
 674
 675   //Do Cell Sliding and select Trigger
 676   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and
 677   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
 678   TMatrixD ampmax2(4,nTRU) ;
 679   TMatrixD ampmaxn(4,nTRU) ;
 680
 681   for(Int_t iSM = 0 ; iSM < nSuperModules ; iSM++) {
 682     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums.
 683     MakeSlidingCell(amptrus, timeRtrus, iSM, ampmax2, ampmaxn);
 684
 685     //Set the trigger
 686     if(fIsolateInSuperModule)
 687       SetTriggers(ampsmods,iSM,ampmax2,ampmaxn) ;
 688     if(!fIsolateInSuperModule)
 689       SetTriggers(amptrus,iSM,ampmax2,ampmaxn) ;
 690   }
 691
 692   amptrus->Delete();
 693   delete amptrus; amptrus = 0;
 694   ampsmods->Delete();
 695   delete ampsmods; ampsmods = 0;
 696   timeRtrus->Delete();
 697   delete timeRtrus; timeRtrus = 0;
 698   //Print();
 699
 700 }