EMCAL/AliEMCALTrigger.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id$ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 //
  19 //  Class for trigger analysis.
  20 //  Digits are grouped in TRU's  (Trigger Units). A TRU consists of 384
  21 //  modules ordered fNTRUPhi x fNTRUEta. The algorithm searches all possible 2x2
  22 //  and nxn (n is a multiple of 2) cell combinations per each TRU,  adding the
  23 //  digits amplitude and finding the maximum. If found, look if it is isolated.
  24 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger
  25 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed.
  26 //  Thresholds need to be fixed. Last 2 modules are half size in Phi, I considered
  27 //  that the number of TRU is maintained for the last modules but decision not taken.
  28 //  If different, then this must be changed.
  29 //  Usage:
  30 //
  31 //  //Inside the event loop
  32 //  AliEMCALTrigger *tr = new AliEMCALTrigger();//Init Trigger
  33 //  tr->SetL0Threshold(100); //Arbitrary threshold values
  34 //  tr->SetL1GammaLowPtThreshold(1000);
  35 //  tr->SetL1GammaMediumPtThreshold(10000);
  36 //  tr->SetL1GammaHighPtThreshold(20000);
  37 //  ...
  38 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
  39 //  tr->Print(""); //Print results
  40 //
  41 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN)
  42 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  43
  44 #include <cassert>
  45
  46 // --- ROOT system ---
  47 #include <TTree.h>
  48 #include <TBranch.h>
  49 #include <TBrowser.h>
  50 #include <TH2F.h>
  51
  52 // --- ALIROOT system ---
  53 #include "AliRun.h"
  54 #include "AliRunLoader.h"
  55 #include "AliTriggerInput.h"
  56 #include "AliEMCAL.h"
  57 #include "AliEMCALLoader.h"
  58 #include "AliEMCALDigit.h"
  59 #include "AliEMCALTrigger.h"
  60 #include "AliEMCALGeometry.h"
  61 #include "AliEMCALRawUtils.h"
  62 #include "AliLog.h"
  63 #include "AliCaloConstants.h"
  64 #include "AliEMCALRawResponse.h"
  65
  66 using namespace CALO;
  67
  68 ClassImp(AliEMCALTrigger)
  69
  70 TString AliEMCALTrigger::fgNameOfJetTriggers("EMCALJetTriggerL1");
  71
  72 //______________________________________________________________________
  73 AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger()
  74   : AliTriggerDetector(), fGeom(0),
  75     f2x2MaxAmp(-1), f2x2ModulePhi(-1),  f2x2ModuleEta(-1),
  76     f2x2SM(0),
  77     fnxnMaxAmp(-1), fnxnModulePhi(-1),  fnxnModuleEta(-1),
  78     fnxnSM(0),
  79     fADCValuesHighnxn(0),fADCValuesLownxn(0),
  80     fADCValuesHigh2x2(0),fADCValuesLow2x2(0),
  81     fDigitsList(0),
  82     fL0Threshold(100),fL1GammaLowPtThreshold(200),
  83     fL1GammaMediumPtThreshold(500), fL1GammaHighPtThreshold(1000),
  84     fPatchSize(1),  fIsolPatchSize(1),
  85     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1),
  86     f2x2AmpOutOfPatchThres(100000),  fnxnAmpOutOfPatchThres(100000),
  87     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),
  88     fSimulation(kTRUE), fIsolateInSuperModule(kTRUE), fTimeKey(kFALSE),
  89     fAmpTrus(0),fTimeRtrus(0),fAmpSMods(0),
  90     fTriggerPosition(6), fTriggerAmplitudes(4),
  91     fNJetPatchPhi(3), fNJetPatchEta(3), fNJetThreshold(3), fL1JetThreshold(0), fJetMaxAmp(0),
  92     fAmpJetMatrix(0), fJetMatrixE(0), fAmpJetMax(6,1), fVZER0Mult(0.)
  93 {
  94   //ctor
  95   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  96   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  97   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  98   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
  99
 100   SetName("EMCAL");
 101   // Define jet threshold - can not change from outside now
 102   // fNJetThreshold  = 7; // For MB Pythia suppression
 103   fNJetThreshold  = 10;   // Hijing
 104   fL1JetThreshold = new Double_t[fNJetThreshold];
 105   if(fNJetThreshold == 7) {
 106     fL1JetThreshold[0] =  5./0.0153;
 107     fL1JetThreshold[1] =  8./0.0153;
 108     fL1JetThreshold[2] = 10./0.0153;
 109     fL1JetThreshold[3] = 12./0.0153;
 110     fL1JetThreshold[4] = 13./0.0153;
 111     fL1JetThreshold[5] = 14./0.0153;
 112     fL1JetThreshold[6] = 15./0.0153;
 113   } else if(fNJetThreshold == 10) {
 114     Double_t thGev[10]={5.,8.,10., 12., 13.,14.,15., 17., 20., 25.};
 115     for(Int_t i=0; i<fNJetThreshold; i++) fL1JetThreshold[i] =  thGev[i]/0.0153;
 116   } else {
 117     fL1JetThreshold[0] =  5./0.0153;
 118     fL1JetThreshold[1] = 10./0.0153;
 119     fL1JetThreshold[2] = 15./0.0153;
 120     fL1JetThreshold[3] = 20./0.0153;
 121     fL1JetThreshold[4] = 25./0.0153;
 122   }
 123   //
 124   CreateInputs();
 125
 126   fInputs.SetName("TriggersInputs");
 127    //Print("") ;
 128 }
 129
 130 //____________________________________________________________________________
 131 AliEMCALTrigger::~AliEMCALTrigger() {
 132
 133   //dtor
 134
 135   if(GetTimeKey()) {
 136     delete [] fADCValuesHighnxn;
 137     delete [] fADCValuesLownxn;
 138     delete [] fADCValuesHigh2x2;
 139     delete [] fADCValuesLow2x2;
 140   }
 141   if(fAmpTrus)      {fAmpTrus->Delete();   delete fAmpTrus;}
 142   if(fTimeRtrus)    {fTimeRtrus->Delete(); delete fTimeRtrus;}
 143   if(fAmpSMods)     {fAmpSMods->Delete();  delete fAmpSMods;}
 144   if(fAmpJetMatrix) delete fAmpJetMatrix;
 145   if(fJetMatrixE)   delete fJetMatrixE;
 146   if(fL1JetThreshold) delete [] fL1JetThreshold;
 147 }
 148
 149 //----------------------------------------------------------------------
 150 void AliEMCALTrigger::CreateInputs()
 151 {
 152    // inputs
 153
 154    // Do not create inputs again!!
 155    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
 156
 157    // Second parameter should be detector name = "EMCAL"
 158    TString det("EMCAL"); // Apr 29, 2008
 159    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_L0",          det, 0x02) );
 160    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaHPt_L1", det, 0x04 ) );
 161    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaMPt_L1", det, 0x08 ) );
 162    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaLPt_L1", det, 0x016 ) );
 163    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_JetHPt_L1", det, 0x032 ) );
 164    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_JetMPt_L1", det, 0x048 ) );
 165    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_JetLPt_L1", det, 0x064 ) );
 166
 167    if(fNJetThreshold<=0) return;
 168    // Jet Trigger(s)
 169    UInt_t level = 0x032;
 170    for(Int_t i=0; i<fNJetThreshold; i++ ) {
 171      TString name(GetNameOfJetTrigger(i));
 172      TString title("EMCAL Jet triger L1 :"); // unused now
 173      // 0.0153 - hard coded now
 174      title += Form("Th %i(%5.1f GeV) :", (Int_t)fL1JetThreshold[i], fL1JetThreshold[i] * 0.0153);
 175      title += Form("patch %ix%i~(%3.2f(#phi)x%3.2f(#eta)) ",
 176                  fNJetPatchPhi, fNJetPatchEta, 0.11*(fNJetPatchPhi), 0.11*(fNJetPatchEta));
 177      fInputs.AddLast( new AliTriggerInput(name, det, UChar_t(level)) );
 178      level *= 2;
 179    }
 180
 181 }
 182
 183 //____________________________________________________________________________
 184 Bool_t AliEMCALTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t iSM, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
 185
 186   // Nov 8, 2007
 187   // EMCAL RTU size is 4modules(phi) x 24modules (eta)
 188   // So maximum size of patch is 4modules x 4modules (EMCAL L0 trigger).
 189   // Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch,
 190   // inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch,
 191   // iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
 192   // In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
 193   //                                                           Patch Size (fPatchSize)
 194   //                                           0                          1
 195   //          fIsolPatchSize    0             2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)
 196   //                            1             4x4                      8x8
 197
 198   Bool_t b = kFALSE;
 199   if(!ampmatrixes) return kFALSE;
 200
 201   // Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
 202   Int_t itru = mtru + iSM * fGeom->GetNTRU(); //number of tru, min 0 max 3*12=36.
 203   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
 204   Int_t colborder = 0;
 205   Int_t rowborder = 0;
 206   static int keyPrint = 0;
 207   if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" IsPatchIsolated : iSM %i mtru %i itru %i maxphi %i maxeta %i \n", iSM, mtru, itru, maxphi, maxeta));
 208
 209   if(fIsolateInSuperModule){ // ?
 210     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(iSM)) ;
 211     rowborder = fGeom->GetNPhi();
 212     colborder = fGeom->GetNZ();
 213     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
 214   } else{
 215     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
 216     rowborder = fGeom->GetNModulesInTRUPhi();
 217     colborder = fGeom->GetNModulesInTRUEta();
 218     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
 219   }
 220   if(iSM>9) rowborder /= 2; // half size in phi
 221
 222   if(!ampmatrixes || !ampmatrix){
 223     AliError("Could not recover the matrix with the amplitudes");
 224     return kFALSE;
 225   }
 226
 227   //Define patch modules - what is this ??
 228   Int_t isolmodules   = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
 229   Int_t ipatchmodules = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
 230   Int_t minrow      = maxphi - isolmodules;
 231   Int_t mincol      = maxeta - isolmodules;
 232   Int_t maxrow      = maxphi + isolmodules + ipatchmodules;
 233   Int_t maxcol      = maxeta + isolmodules + ipatchmodules;
 234
 235   minrow =  minrow<0?0 :minrow;
 236   mincol =  mincol<0?0 :mincol;
 237
 238   maxrow =  maxrow>rowborder?rowborder :maxrow;
 239   maxcol =  maxcol>colborder?colborder :maxcol;
 240
 241   //printf("%s\n",Form("Number of added Isol Modules %d, Patch Size %d",isolmodules, ipatchmodules));
 242   //printf("%s\n",Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
 243   //  AliDebug(2,Form("Number of added Isol Modules %d, Patch Size %d",isolmodules, ipatchmodules));
 244   //AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
 245
 246   //Add amplitudes in all isolation patch
 247   Float_t amp = 0.;
 248   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
 249     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
 250       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
 251
 252   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 253
 254   if(amp < maxamp){
 255     //    AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
 256     //    ampmatrix->Print();
 257     return kFALSE;
 258   } else {
 259     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
 260   }
 261
 262   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
 263
 264   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
 265   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
 266     f2x2AmpOutOfPatch = amp;
 267     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres) b=kTRUE;
 268   } else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
 269     fnxnAmpOutOfPatch = amp;
 270     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres) b=kTRUE;
 271   }
 272
 273   if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" IsPatchIsolated - OUT \n"));
 274
 275   return b;
 276
 277 }
 278
 279 /*
 280 //____________________________________________________________________________
 281 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
 282
 283   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) modules per each TRU.
 284   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 modules,
 285   //for this reason we loop inside the TRU modules by 2.
 286
 287   //Declare and initialize variables
 288   Int_t nCellsPhi  = fGeom->GetNCellsInTRUPhi();
 289   if(isupermod > 9)
 290     nCellsPhi =  nCellsPhi / 2 ; //Half size SM. Not Final.
 291   // 12(tow)*2(cell)/1 TRU, cells in Phi in one TRU
 292   Int_t nCellsEta  = fGeom->GetNCellsInTRUEta();
 293   Int_t nTRU  = fGeom->GetNTRU();
 294   // 24(mod)*2(tower)/3 TRU, cells in Eta in one TRU
 295   //Int_t nTRU          = geom->GeNTRU();//3 TRU per super module
 296
 297   Float_t amp2 = 0 ;
 298   Float_t ampn = 0 ;
 299   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
 300     for(Int_t j = 0; j < nTRU; j++){
 301       ampmax2(i,j) = -1;
 302       ampmaxn(i,j) = -1;
 303     }
 304   }
 305
 306   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
 307   //used to calculate the nxn sums
 308   TMatrixD tru2x2(nCellsPhi/2,nCellsEta/2) ;
 309   for(Int_t i = 0; i < nCellsPhi/2; i++)
 310     for(Int_t j = 0; j < nCellsEta/2; j++)
 311       tru2x2(i,j) = -1;
 312
 313   //Loop over all TRUS in a supermodule
 314   for(Int_t itru = 0 + isupermod * nTRU ; itru < (isupermod+1)*nTRU ; itru++) {
 315     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
 316     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
 317     Int_t mtru = itru-isupermod*nTRU ; //Number of TRU in Supermodule
 318
 319     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
 320     for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCellsPhi; irow += 2){
 321       for(Int_t icol = 0 ; icol < nCellsEta ; icol += 2){
 322         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
 323           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
 324
 325         //Fill matrix with added 2x2 cells for use in nxn sums
 326         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
 327         //Select 2x2 maximum sums to select L0
 328         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
 329           ampmax2(0,mtru) = amp2 ;
 330           ampmax2(1,mtru) = irow;
 331           ampmax2(2,mtru) = icol;
 332         }
 333       }
 334     }
 335
 336     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
 337     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
 338     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
 339     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
 340     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
 341       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
 342         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){
 343           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
 344             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
 345         }
 346       }
 347     }
 348
 349     //Sliding nxn, add nxn amplitudes  (OVERLAP)
 350     if(fPatchSize > 0){
 351       for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCellsPhi/2; irow++){
 352         for(Int_t icol = 0 ; icol < nCellsEta/2 ; icol++){
 353           ampn = 0;
 354           if( (irow+fPatchSize) < nCellsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nCellsEta/2){//Avoid exit the TRU
 355             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
 356               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
 357                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
 358             //Select nxn maximum sums to select L1
 359             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
 360               ampmaxn(0,mtru) = ampn ;
 361               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
 362               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
 363             }
 364           }
 365         }
 366       }
 367
 368       //Find most recent time in selected nxn cell
 369       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
 370       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
 371       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
 372       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
 373         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
 374           if( (rown+i) < nCellsPhi && (coln+j) < nCellsEta){//Avoid exit the TRU
 375             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
 376               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
 377                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
 378             }
 379           }
 380         }
 381       }
 382     }
 383     else {
 384         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru);
 385         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
 386         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
 387         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
 388       }
 389   }
 390 }
 391 */
 392 //____________________________________________________________________________
 393 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingTowers(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus,
 394                                         const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
 395
 396   // Output from module (2x2 cells from one module)
 397   Int_t nModulesPhi  = fGeom->GetNModulesInTRUPhi(); // now 4 modules (3 div in phi)
 398   if(isupermod > 9)
 399     nModulesPhi =  nModulesPhi / 2 ; // Half size SM. Not Final.
 400   //
 401   Int_t nModulesEta  = fGeom->GetNModulesInTRUEta(); // now 24 modules (no division in eta)
 402   Int_t nTRU         = fGeom->GetNTRU();
 403   static int keyPrint = 0;
 404   if(keyPrint) AliDebug(2,Form("MakeSlidingTowers : nTRU %i nModulesPhi %i nModulesEta %i ",
 405                                nTRU, nModulesPhi, nModulesEta ));
 406
 407   Float_t amp2 = 0 ;
 408   Float_t ampn = 0 ;
 409   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
 410     for(Int_t j = 0; j < nTRU; j++){
 411       ampmax2(i,j) = ampmaxn(i,j) = -1;
 412     }
 413   }
 414
 415   // Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
 416   // used to calculate the nxn sums
 417   TMatrixD tru2x2(nModulesPhi/2,nModulesEta/2);
 418
 419   // Loop over all TRUS in a supermodule
 420   for(Int_t itru = 0 + isupermod * nTRU ; itru < (isupermod+1)*nTRU ; itru++) {
 421     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
 422     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
 423     Int_t mtru = itru - isupermod*nTRU ; // Number of TRU in Supermodule !!
 424
 425     if(!amptru || !timeRtru){
 426       AliError("Amplitude or Time TRU matrix not available");
 427       return;
 428     }
 429
 430     // Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
 431     for(Int_t irow = 0 ; irow <  nModulesPhi; irow +=2){
 432       for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta ; icol +=2){
 433         amp2 = (*amptru)(irow,icol) +(*amptru)(irow+1,icol)+
 434         (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
 435
 436         //Fill matrix with added 2x2 towers for use in nxn sums
 437         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
 438         //Select 2x2 maximum sums to select L0
 439         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
 440           ampmax2(0,mtru) = amp2 ;
 441           ampmax2(1,mtru) = irow;
 442           ampmax2(2,mtru) = icol;
 443         }
 444       }
 445     }
 446
 447     ampmax2(3,mtru) = 0.;
 448     if(GetTimeKey()) {
 449       // Find most recent time in the selected 2x2 towers
 450       Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
 451       Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
 452       for(Int_t i = 0; i<2; i++){
 453         for(Int_t j = 0; j<2; j++){
 454           if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){
 455             if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) >  ampmax2(3,mtru)  )
 456               ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j); // max time
 457           }
 458         }
 459       }
 460     }
 461
 462     //Sliding nxn, add nxn amplitudes  (OVERLAP)
 463     if(fPatchSize > 0){
 464       for(Int_t irow = 0 ; irow <  nModulesPhi/2; irow++){
 465         for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta/2; icol++){
 466           ampn = 0;
 467           if( (irow+fPatchSize) < nModulesPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nModulesEta/2){ //Avoid exit the TRU
 468             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
 469               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
 470                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
 471             //Select nxn maximum sums to select L1
 472             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
 473               ampmaxn(0,mtru) = ampn ;
 474               ampmaxn(1,mtru) = irow;
 475               ampmaxn(2,mtru) = icol;
 476             }
 477           }
 478         }
 479       }
 480
 481       ampmaxn(3,mtru) = 0.; // Was 1 , I don't know why
 482       if(GetTimeKey()) {
 483         //Find most recent time in selected nxn cell
 484         Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
 485         Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
 486         for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
 487           for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
 488             if( (rown+i) < nModulesPhi && (coln+j) < nModulesEta){//Avoid exit the TRU
 489               if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
 490                 if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) >  ampmaxn(3,mtru)  )
 491                   ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j); // max time
 492               }
 493             }
 494           }
 495         }
 496       }
 497     } else { // copy 2x2 to nxn
 498       ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru);
 499       ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
 500       ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
 501       ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
 502     }
 503   }
 504   if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" : MakeSlidingTowers -OUt \n"));
 505 }
 506
 507 //____________________________________________________________________________
 508 void AliEMCALTrigger::Print(const Option_t * opt) const
 509 {
 510
 511   //Prints main parameters
 512
 513   if(! opt)
 514     return;
 515   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
 516   AliInfo(Form(" fSimulation %i (input option) : #digits %i\n", fSimulation, fDigitsList->GetEntries()));
 517   AliInfo(Form(" fTimeKey    %i  \n ", fTimeKey));
 518
 519   AliInfo(Form("\t Maximum Amplitude after Sliding Cell, \n")) ;
 520   AliInfo(Form("\t -2x2 cells sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
 521           f2x2MaxAmp,f2x2SM)) ;
 522   AliInfo(Form("\t -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2ModulePhi, f2x2ModulePhi+2, f2x2ModuleEta, f2x2ModuleEta+2));
 523   AliInfo(Form("\t -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)));
 524   if(fPatchSize > 0){
 525     AliInfo(Form("\t Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1)));
 526     AliInfo(Form("\t -nxn cells sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n", fnxnMaxAmp,fnxnSM));
 527     AliInfo(Form("\t -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnModulePhi, fnxnModulePhi+4*fPatchSize, fnxnModuleEta, fnxnModuleEta+4*fPatchSize)) ;
 528     AliInfo(Form("\t -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ));
 529   }
 530
 531   AliInfo(Form("\t Isolate in SuperModule? %d\n", fIsolateInSuperModule)) ;
 532   AliInfo(Form("\t Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold));
 533
 534   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_L0" );
 535   if(in->GetValue())
 536     AliInfo(Form("\t *** EMCAL LO is set ***\n"));
 537
 538   AliInfo(Form("\t Gamma Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1GammaLowPtThreshold));
 539   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaLPt_L1" );
 540   if(in->GetValue())
 541     AliInfo(Form("\t *** EMCAL Gamma Low Pt for L1 is set ***\n"));
 542
 543   AliInfo(Form("\t Gamma Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1GammaMediumPtThreshold));
 544   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaMPt_L1" );
 545   if(in->GetValue())
 546     AliInfo(Form("\t *** EMCAL Gamma Medium Pt for L1 is set ***\n"));
 547
 548   AliInfo(Form("\t Gamma High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1GammaHighPtThreshold));
 549   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaHPt_L1" );
 550   if(in->GetValue())
 551     AliInfo(Form("\t *** EMCAL Gamma High Pt for L1 is set ***\n")) ;
 552
 553 }
 554
 555 //____________________________________________________________________________
 556 void AliEMCALTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix,const Int_t iSM,
 557                                   const TMatrixD &ampmax2,
 558                                   const TMatrixD &ampmaxn)
 559 {
 560   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and
 561   //compares with the different L0 and L1 triggers thresholds
 562   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 563   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
 564   Int_t   mtru2  = -1 ;
 565   Int_t   mtrun  = -1 ;
 566
 567   Int_t nTRU = fGeom->GetNTRU();
 568
 569   //Find maximum summed amplitude of all the TRU
 570   //in a Super Module
 571     for(Int_t i = 0 ; i < nTRU ; i++){
 572       if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
 573         max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
 574         max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 575         max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 576         max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
 577         mtru2   = i ;
 578       }
 579       if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
 580         maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
 581         maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
 582         maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
 583         maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
 584         mtrun   = i ;
 585       }
 586     }
 587
 588   //--------Set max amplitude if larger than in other Super Modules------------
 589   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
 590   Float_t maxtimeRn = -1 ;
 591   static AliEMCALRawUtils rawUtil;
 592   // Int_t nTimeBins = rawUtil.GetRawFormatTimeBins() ;
 593   Int_t nTimeBins = TIMEBINS;  //changed by PTH
 594
 595   //Set max of 2x2 amplitudes and select L0 trigger
 596   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
 597     //    if(max2[0] > 5) printf(" L0 : iSM %i: max2[0] %5.0f :  max2[3] %5.0f  (maxtimeR2) \n",
 598     //                     iSM, max2[0], max2[3]);
 599     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
 600     f2x2SM      = iSM ;
 601     maxtimeR2   = max2[3] ;
 602     fGeom->GetModulePhiEtaIndexInSModuleFromTRUIndex(mtru2,
 603                                                   static_cast<Int_t>(max2[1]),
 604                                                   static_cast<Int_t>(max2[2]),
 605                                                    f2x2ModulePhi,f2x2ModuleEta);
 606
 607     //Isolated patch?
 608     if(fIsolateInSuperModule)
 609       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iSM, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2ModulePhi,f2x2ModuleEta) ;
 610     else
 611       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iSM, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
 612
 613     if(GetTimeKey()) {
 614     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 615       if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
 616         fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
 617         fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
 618       }
 619       //printf(" maxtimeR2 %12.5e (1)\n", maxtimeR2);
 620       //  rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2 * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(),
 621       //                                 f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 622
 623       //  rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2*TIMEBINMAX/TIMEBINS,
 624       //                                 f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 625
 626       AliEMCALRawResponse::RawSampledResponse( maxtimeR2*TIMEBINMAX/TIMEBINS,
 627                                                f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ;
 628
 629     // Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 630     // Set L0
 631       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 632       //      printf(" fADCValuesHigh2x2[%i] %i : %i \n", i, fADCValuesHigh2x2[i], fADCValuesLow2x2[i]);
 633         if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold          || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold){
 634           SetInput("EMCAL_L0") ;
 635           break;
 636         }
 637       }
 638     } else {
 639       // Nov 5 - no analysis of time information
 640       if(f2x2MaxAmp >= fL0Threshold) { // should add the low amp too
 641         SetInput("EMCAL_L0");
 642       }
 643     }
 644   }
 645
 646   //------------Set max of nxn amplitudes and select L1 trigger---------
 647   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp ){
 648     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
 649     fnxnSM      = iSM ;
 650     maxtimeRn   = maxn[3] ;
 651     fGeom->GetModulePhiEtaIndexInSModuleFromTRUIndex(mtrun,
 652                                                   static_cast<Int_t>(maxn[1]),
 653                                                   static_cast<Int_t>(maxn[2]),
 654                                                   fnxnModulePhi,fnxnModuleEta) ;
 655
 656     //Isolated patch?
 657     if(fIsolateInSuperModule)
 658       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iSM, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnModulePhi, fnxnModuleEta) ;
 659     else
 660       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iSM, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
 661
 662     if(GetTimeKey()) {
 663     //Transform digit amplitude in Raw Samples
 664       if (fADCValuesLownxn == 0) {
 665         fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
 666         fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
 667       }
 668       //  rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(),
 669       //   fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 670
 671       //rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn*TIMEBINMAX/TIMEBINS,
 672       //                                 fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 673
 674       AliEMCALRawResponse::RawSampledResponse (maxtimeRn*TIMEBINMAX/TIMEBINS,
 675                                                fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
 676
 677     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
 678     //SetL1 Low
 679       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 680         if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1GammaLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1GammaLowPtThreshold){
 681           SetInput("EMCAL_GammaLPt_L1") ;
 682           break;
 683         }
 684       }
 685
 686     //SetL1 Medium
 687       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 688         if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1GammaMediumPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1GammaMediumPtThreshold){
 689           SetInput("EMCAL_GammaMPt_L1") ;
 690           break;
 691         }
 692       }
 693
 694     //SetL1 High
 695       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
 696         if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1GammaHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1GammaHighPtThreshold){
 697           SetInput("EMCAL_GammaHPt_L1") ;
 698           break;
 699         }
 700       }
 701     } else {
 702       // Nov 5 - no analysis of time information
 703       if(fnxnMaxAmp >= fL1GammaLowPtThreshold) { // should add the low amp too
 704         SetInput("EMCAL_GammaLPt_L1") ; //SetL1 Low
 705       }
 706       if(fnxnMaxAmp >= fL1GammaMediumPtThreshold) { // should add the low amp too
 707         SetInput("EMCAL_GammaMPt_L1") ; //SetL1 Medium
 708       }
 709       if(fnxnMaxAmp >= fL1GammaHighPtThreshold) { // should add the low amp too
 710         SetInput("EMCAL_GammaHPt_L1") ; //SetL1 High
 711       }
 712     }
 713   }
 714 }
 715
 716 //____________________________________________________________________________
 717 void AliEMCALTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, TClonesArray * ampmatrix, TClonesArray * ampmatrixsmod, TClonesArray * timeRmatrix) {
 718
 719 //  Orders digits ampitudes list in fNTRU TRUs (384 cells) per supermodule.
 720 //  Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. The number of
 721 //  TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of TRU in eta is fNTRUEta.
 722 //  Last 2 modules are half size in Phi, I considered that the number of TRU
 723 //  is maintained for the last modules but decision not taken. If different,
 724 //  then this must be changed. Also fill a matrix with all amplitudes in supermodule for isolation studies.
 725
 726 //  Initilize and declare variables
 727 //  List of TRU matrices initialized to 0.
 728 //  printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() started : # digits %i\n", digits->GetEntriesFast());
 729
 730 // Nov 2, 2007.
 731 // One input per EMCAL module so size of matrix is reduced by 4 (2x2 division case)
 732
 733   Int_t nPhi        = fGeom->GetNPhi();
 734   Int_t nZ          = fGeom->GetNZ();
 735   Int_t nTRU        = fGeom->GetNTRU();
 736   //  Int_t nTRUPhi     = fGeom->GetNTRUPhi();
 737   Int_t nModulesPhi  = fGeom->GetNModulesInTRUPhi();
 738   Int_t nModulesPhi2 = fGeom->GetNModulesInTRUPhi();
 739   Int_t nModulesEta  = fGeom->GetNModulesInTRUEta();
 740   //  printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() nTRU %i  nTRUPhi %i : nModulesPhi %i nModulesEta %i \n",
 741   //     nTRU, nTRUPhi, nModulesPhi, nModulesEta);
 742
 743   Int_t id       = -1;
 744   Float_t amp    = -1;
 745   Float_t timeR  = -1;
 746   Int_t iSupMod  = -1;
 747   Int_t nModule  = -1;
 748   Int_t nIphi    = -1;
 749   Int_t nIeta    = -1;
 750   Int_t iphi     = -1;
 751   Int_t ieta     = -1;
 752   // iphim, ietam - module indexes in SM
 753   Int_t iphim    = -1;
 754   Int_t ietam    = -1;
 755
 756   //List of TRU matrices initialized to 0.
 757   Int_t nSup = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 758   for(Int_t k = 0; k < nTRU*nSup; k++){
 759     TMatrixD amptrus(nModulesPhi,nModulesEta) ;
 760     TMatrixD timeRtrus(nModulesPhi,nModulesEta) ;
 761     // Do we need to initialise? I think TMatrixD does it by itself...
 762     for(Int_t i = 0; i < nModulesPhi; i++){
 763       for(Int_t j = 0; j < nModulesEta; j++){
 764         amptrus(i,j) = 0.0;
 765         timeRtrus(i,j) = 0.0;
 766       }
 767     }
 768     new((*ampmatrix)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
 769     new((*timeRmatrix)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ;
 770   }
 771
 772   // List of Modules matrices initialized to 0.
 773   for(Int_t k = 0; k < nSup ; k++){
 774     int mphi = nPhi;
 775     //    if(nSup>9) mphi = nPhi/2; // the same size
 776     TMatrixD  ampsmods( mphi, nZ);
 777     for(Int_t i = 0; i <  mphi; i++){
 778       for(Int_t j = 0; j < nZ; j++){
 779         ampsmods(i,j)   = 0.0;
 780       }
 781     }
 782     new((*ampmatrixsmod)[k]) TMatrixD(ampsmods) ;
 783   }
 784
 785   AliEMCALDigit * dig ;
 786
 787   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
 788   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
 789
 790     dig = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(idig)) ;
 791     if(dig){
 792       amp    = Float_t(dig->GetAmplitude()); // Energy of the digit (arbitrary units)
 793       id     = dig->GetId() ;          // Id label of the cell
 794       timeR  = dig->GetTimeR() ;       // Earliest time of the digit
 795       if(amp<=0.0) AliDebug(1,Form(" id %i amp %f \n", id, amp));
 796       // printf(" FILLTRU : timeR %10.5e time %10.5e : amp %10.5e \n", timeR, dig->GetTime(), amp);
 797       // Get eta and phi cell position in supermodule
 798       Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(id, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
 799       if(!bCell)
 800         AliError(Form("%i Wrong cell id number %i ", idig, id)) ;
 801
 802       fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 803       // iphim, ietam - module indexes in SM
 804       fGeom->GetModuleIndexesFromCellIndexesInSModule(iSupMod,iphi,ieta, iphim, ietam, nModule);
 805       //if(iSupMod >9)
 806       //printf("iSupMod %i nModule %i iphi %i  ieta %i  iphim %i  ietam %i \n",
 807       //iSupMod,nModule, iphi, ieta, iphim, ietam);
 808
 809       // Check to which TRU in the supermodule belongs the cell.
 810       // Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension
 811       // (fNTRUPhi,fNTRUEta).
 812       // Each TRU is a cell matrix of dimension (nModulesPhi,nModulesEta)
 813
 814       // First calculate the row and column in the supermodule
 815       // of the TRU to which the cell belongs.
 816       Int_t row   = iphim / nModulesPhi;
 817       Int_t col   = ietam / nModulesEta;
 818       //Calculate label number of the TRU
 819       Int_t itru  = fGeom->GetAbsTRUNumberFromNumberInSm(row, col, iSupMod);
 820
 821       //Fill TRU matrix with cell values
 822       TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrix->At(itru)) ;
 823       TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrix->At(itru)) ;
 824
 825       if(!amptrus || !timeRtrus){
 826         AliError("Could not recover the TRU matrix with amplitudes or times");
 827       }
 828       else{
 829         //Calculate row and column of the module inside the TRU with number itru
 830         Int_t irow = iphim - row * nModulesPhi;
 831         if(iSupMod > 9)
 832           irow = iphim - row *  nModulesPhi2; // size of matrix the same
 833         Int_t icol = ietam - col * nModulesEta;
 834
 835         (*amptrus)(irow,icol)  += amp ;
 836         if((*timeRtrus)(irow,icol) <0.0 || (*timeRtrus)(irow,icol) <= timeR){ // ??
 837           (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
 838         }
 839       }
 840       //printf(" ieta %i iphi %i iSM %i || col %i row %i : itru %i -> amp %f\n",
 841       //           ieta, iphi, iSupMod, col, row, itru, amp);
 842       //####################SUPERMODULE MATRIX ##################
 843       TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSupMod)) ;
 844       if(!ampsmods){
 845         AliError("Could not recover the matrix per SM");
 846         continue;
 847       }
 848       (*ampsmods)(iphim,ietam)  += amp ;
 849       //    printf(" id %i iphim %i ietam %i SM %i : irow %i icol %i itru %i : amp %6.0f\n",
 850       //id, iphim, ietam, iSupMod, irow, icol, itru, amp);
 851     }
 852     else AliError("Could not recover the digit");
 853   }
 854   //assert(0);
 855   //printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() is ended \n");
 856 }
 857
 858 //____________________________________________________________________________
 859 void AliEMCALTrigger::Trigger()
 860 {
 861   //Main Method to select triggers.
 862   TH1::AddDirectory(0);
 863
 864   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
 865   AliEMCALLoader *emcalLoader = 0;
 866   if(runLoader) {
 867     emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
 868   }
 869
 870   //Load EMCAL Geometry
 871   if (runLoader && runLoader->GetAliRun()){
 872     AliEMCAL* emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
 873     if(emcal)fGeom = emcal->GetGeometry();
 874   }
 875
 876   if (!fGeom)
 877     fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
 878
 879   if (!fGeom)
 880     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
 881
 882   //Define parameters
 883   Int_t nSuperModules = fGeom->GetNumberOfSuperModules() ; //12 SM in EMCAL
 884   Int_t nTRU       = fGeom->GetNTRU();    // 3 TRU per super module
 885
 886   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
 887   f2x2MaxAmp = -1; f2x2ModulePhi = -1;  f2x2ModuleEta = -1;
 888   fnxnMaxAmp = -1; fnxnModulePhi = -1;  fnxnModuleEta = -1;
 889
 890   // Take the digits list if simulation
 891   if(fSimulation && runLoader && emcalLoader){ // works than run seperate macros
 892     runLoader->LoadDigits("EMCAL");
 893     fDigitsList = emcalLoader->Digits() ;
 894     runLoader->LoadSDigits("EMCAL");
 895   }
 896   // Digits list should be set by method SetDigitsList(TClonesArray * digits)
 897   if(!fDigitsList)
 898     AliFatal("Digits not found !") ;
 899
 900   //Take the digits list
 901
 902   // Delete old if unzero
 903   if(fAmpTrus)     {fAmpTrus->Delete();   delete fAmpTrus;}
 904   if(fTimeRtrus)   {fTimeRtrus->Delete(); delete fTimeRtrus;}
 905   if(fAmpSMods)    {fAmpSMods->Delete();  delete fAmpSMods;}
 906   // Fill TRU and SM matrix
 907   fAmpTrus   = new TClonesArray("TMatrixD",nTRU);
 908   fAmpTrus->SetName("AmpTrus");
 909   fTimeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",nTRU);
 910   fTimeRtrus->SetName("TimeRtrus");
 911   fAmpSMods  = new TClonesArray("TMatrixD",nSuperModules);
 912   fAmpSMods->SetName("AmpSMods");
 913
 914   FillTRU(fDigitsList, fAmpTrus, fAmpSMods, fTimeRtrus);
 915
 916   // Jet stuff - only one case, no freedom here
 917   if(fGeom->GetNEtaSubOfTRU() == 6) {
 918     if(fAmpJetMatrix) {delete fAmpJetMatrix; fAmpJetMatrix=0;}
 919     if(fJetMatrixE)   {delete fJetMatrixE; fJetMatrixE=0;}
 920
 921     fAmpJetMatrix = new TMatrixD(17,12); // 17-phi(row), 12-eta(col)
 922     fJetMatrixE = new TH2F("fJetMatrixE"," E of max patch in (#phi,#eta)",
 923     17, 80.*TMath::DegToRad(), (180.+20.*2/3.)*TMath::DegToRad(), 12, -0.7, 0.7);
 924     for(Int_t row=0; row<fAmpJetMatrix->GetNrows(); row++) {
 925       for(Int_t col=0; col<fAmpJetMatrix->GetNcols(); col++) {
 926         (*fAmpJetMatrix)(row,col) = 0.;
 927       }
 928     }
 929     FillJetMatrixFromSMs(fAmpSMods, fAmpJetMatrix, fGeom);
 930   }
 931   if(!CheckConsistentOfMatrixes()) assert(0);
 932
 933   // Do Tower Sliding and select Trigger
 934   // Initialize varible that will contain maximum amplitudes and
 935   // its corresponding tower position in eta and phi, and time.
 936   TMatrixD ampmax2(4,nTRU) ; // 0-max amp, 1-irow, 2-icol, 3-timeR
 937   TMatrixD ampmaxn(4,nTRU) ;
 938
 939   for(Int_t iSM = 0 ; iSM < nSuperModules ; iSM++) {
 940     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums.
 941
 942     MakeSlidingTowers(fAmpTrus, fTimeRtrus, iSM, ampmax2, ampmaxn);
 943
 944     // Set the trigger
 945     if(fIsolateInSuperModule) // here some discripency between tru and SM
 946       SetTriggers(fAmpSMods,iSM,ampmax2,ampmaxn) ;
 947     if(!fIsolateInSuperModule)
 948       SetTriggers(fAmpTrus,iSM,ampmax2,ampmaxn) ;
 949   }
 950
 951   // Do patch sliding and select Jet Trigger
 952   // 0-max amp-meanFromVZERO(if), 1-irow, 2-icol, 3-timeR,
 953   // 4-max amp , 5-meanFromVZERO (Nov 25, 2007)
 954   // fAmpJetMax(6,1)
 955   MakeSlidingPatch((*fAmpJetMatrix), fNJetPatchPhi, fAmpJetMax); // no timing information here
 956
 957   //Print();
 958   // fDigitsList = 0;
 959 }
 960
 961 //____________________________________________________________________________
 962 void AliEMCALTrigger::GetTriggerInfo(TArrayF &triggerPosition, TArrayF &triggerAmplitudes) const
 963 {
 964   // Template - should be defined; Nov 5, 2007
 965   triggerPosition[0]   = 0.;
 966   triggerAmplitudes[0] = 0.;
 967 }
 968
 969 //____________________________________________________________________________
 970 void AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs(TClonesArray *ampmatrixsmod, TMatrixD* jetMat, AliEMCALGeometry *g)
 971 {
 972   // Nov 5, 2007
 973   // Fill matrix for jet trigger from SM matrixes of modules
 974   //
 975   static int keyPrint = 0;
 976
 977   if(ampmatrixsmod==0 || jetMat==0 || g==0) return;
 978   Double_t amp = 0.0, ampSum=0.0;
 979
 980   Int_t nEtaModSum = g->GetNZ()   / g->GetNEtaSubOfTRU(); // should be 4
 981   Int_t nPhiModSum = g->GetNPhi() / g->GetNTRUPhi();      // should be 4
 982
 983   if(keyPrint) AliDebug(2,Form("%s",Form(" AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs | nEtaModSum %i : nPhiModSum %i \n", nEtaModSum, nPhiModSum)));
 984   Int_t jrow=0, jcol=0;  // indexes of jet matrix
 985   Int_t nEtaSM=0, nPhiSM=0;
 986   for(Int_t iSM=0; iSM<ampmatrixsmod->GetEntries(); iSM++) {
 987     TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSM));
 988
 989     if(!ampsmods) return;
 990
 991     Int_t nrow = ampsmods->GetNrows();
 992     Int_t ncol = ampsmods->GetNcols();
 993     //printf("%s",Form(" ######## SM %i : nrow %i : ncol %i ##### \n", iSM, nrow, ncol));
 994     for(Int_t row=0; row<nrow; row++) {
 995       for(Int_t col=0; col<ncol; col++) {
 996         amp  = (*ampsmods)(row,col);
 997         nPhiSM = iSM / 2;
 998         nEtaSM = iSM % 2;
 999         if       (amp>0.0) {
1000            if(keyPrint) AliDebug(2,Form("%s",Form(" ** nPhiSm %i : nEtaSM %i : row %2.2i : col %2.2i -> ", nPhiSM, nEtaSM, row, col)));
1001           if(nEtaSM == 0) { // positive Z
1002             jrow = 3*nPhiSM + row/nPhiModSum;
1003             jcol = 6 + col / nEtaModSum;
1004           } else {         // negative Z
1005             if(iSM<=9) jrow = 3*nPhiSM + 2 - row/nPhiModSum;
1006             else       jrow = 3*nPhiSM + 1 - row/nPhiModSum; // half size
1007             jcol = 5 - col / nEtaModSum;
1008           }
1009           if(keyPrint) AliDebug(2,Form("%s",Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat) \n", jrow, jcol, amp)));
1010
1011           (*jetMat)(jrow,jcol) += amp;
1012           ampSum += amp; // For controling
1013         } else if(amp<0.0) {
1014           AliDebug(1,Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat: amp<0) \n", jrow, jcol, amp));
1015           assert(0);
1016         }
1017       }
1018     }
1019   } // cycle on SM
1020   if(ampSum <= 0.0) AliDebug(1,Form("ampSum %f (<=0.0) ", ampSum));
1021 }
1022
1023 //____________________________________________________________________________
1024 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch(const TMatrixD &jm, const Int_t nPatchSize, TMatrixD &ampJetMax)
1025 {
1026   // Sliding patch : nPatchSize x nPatchSize (OVERLAP)
1027   static int keyPrint = 0;
1028   if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch() was started \n"));
1029   Double_t ampCur = 0.0, e=0.0;
1030   ampJetMax(0,0)  = 0.0;
1031   ampJetMax(3,0)  = 0.0; // unused now
1032   ampJetMax(4,0)  = ampJetMax(5,0)  = 0.0;
1033   for(Int_t row=0; row<fAmpJetMatrix->GetNrows(); row ++) {
1034     for(Int_t col=0; col<fAmpJetMatrix->GetNcols(); col++) {
1035       ampCur = 0.;
1036       // check on patch size
1037       if( (row+nPatchSize-1) <  fAmpJetMatrix->GetNrows() && (col+nPatchSize-1) < fAmpJetMatrix->GetNcols()){
1038         for(Int_t i = 0 ; i < nPatchSize ; i++) {
1039           for(Int_t j = 0 ; j < nPatchSize ; j++) {
1040             ampCur += jm(row+i, col+j);
1041           }
1042         } // end cycle on patch
1043         if(ampCur > ampJetMax(0,0)){
1044           ampJetMax(0,0) = ampCur;
1045           ampJetMax(1,0) = row;
1046           ampJetMax(2,0) = col;
1047         }
1048       } // check on patch size
1049     }
1050   }
1051   if(keyPrint) AliDebug(2,Form(" ampJetMax %i row %2i->%2i col %2i->%2i \n", Int_t(ampJetMax(0,0)), Int_t(ampJetMax(1,0)), Int_t(ampJetMax(1,0))+nPatchSize-1, Int_t(ampJetMax(2,0)), Int_t(ampJetMax(2,0))+nPatchSize-1));
1052
1053   Double_t eCorrJetMatrix=0.0;
1054   if(fVZER0Mult > 0.0) {
1055   // Correct patch energy (adc) and jet patch matrix energy
1056     Double_t meanAmpBG = GetMeanEmcalPatchEnergy(Int_t(fVZER0Mult), nPatchSize)/0.0153;
1057     ampJetMax(4,0) = ampJetMax(0,0);
1058     ampJetMax(5,0) = meanAmpBG;
1059
1060     Double_t eCorr     = ampJetMax(0,0) - meanAmpBG;
1061     AliDebug(2,Form(" ampJetMax(0,0) %f meanAmpBG %f  eCorr %f : ampJetMax(4,0) %f \n",
1062            ampJetMax(0,0), meanAmpBG, eCorr, ampJetMax(5,0)));
1063     ampJetMax(0,0)     = eCorr;
1064     // --
1065     eCorrJetMatrix = GetMeanEmcalEnergy(Int_t(fVZER0Mult)) / 208.;
1066   }
1067   // Fill patch energy matrix
1068   for(int row=Int_t(ampJetMax(1,0)); row<Int_t(ampJetMax(1,0))+nPatchSize; row++) {
1069     for(int col=Int_t(ampJetMax(2,0)); col<Int_t(ampJetMax(2,0))+nPatchSize; col++) {
1070       e = Double_t(jm(row,col)*0.0153);  // 0.0153 - hard coded now
1071       if(eCorrJetMatrix > 0.0) { // BG subtraction case
1072         e -= eCorrJetMatrix;
1073         fJetMatrixE->SetBinContent(row+1, col+1, e);
1074       } else if(e > 0.0) {
1075         fJetMatrixE->SetBinContent(row+1, col+1, e);
1076       }
1077     }
1078   }
1079   // PrintJetMatrix();
1080   // Set the jet trigger(s), multiple threshold now, Nov 19,2007
1081   for(Int_t i=0; i<fNJetThreshold; i++ ) {
1082     if(ampJetMax(0,0) >= fL1JetThreshold[i]) {
1083       SetInput(GetNameOfJetTrigger(i));
1084     }
1085   }
1086 }
1087
1088 //____________________________________________________________________________
1089 Double_t AliEMCALTrigger::GetEmcalSumAmp() const
1090 {
1091   // Return sum of amplidutes from EMCal
1092   // Used calibration coefficeint for transition to energy
1093   return fAmpJetMatrix >0 ?fAmpJetMatrix->Sum() :0.0;
1094 }
1095
1096 //____________________________________________________________________________
1097 void AliEMCALTrigger::PrintJetMatrix() const
1098 {
1099   //  fAmpJetMatrix : (17,12); // 17-phi(row), 12-eta(col)
1100   if(fAmpJetMatrix == 0) return;
1101
1102   AliInfo(Form("\n ####  jetMatrix : (%i,%i) ##### \n ",
1103                fAmpJetMatrix->GetNrows(), fAmpJetMatrix->GetNcols()));
1104   PrintMatrix(*fAmpJetMatrix);
1105 }
1106
1107 //____________________________________________________________________________
1108 void AliEMCALTrigger::PrintAmpTruMatrix(Int_t ind) const
1109 {
1110  // Print matrix with TRU patches
1111   TMatrixD * tru = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpTrus->At(ind));
1112   if(tru == 0) return;
1113   AliInfo(Form("\n ####  Amp TRU matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n ",
1114          ind, tru->GetNrows(), tru->GetNcols()));
1115   PrintMatrix(*tru);
1116 }
1117
1118 //____________________________________________________________________________
1119 void AliEMCALTrigger::PrintAmpSmMatrix(Int_t ind) const
1120 {
1121         // Print matrix with SM amplitudes
1122         TMatrixD * sm = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpSMods->At(ind));
1123   if(sm == 0) return;
1124   AliInfo(Form("\n ####  Amp SM matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n ",
1125          ind, sm->GetNrows(), sm->GetNcols()));
1126   PrintMatrix(*sm);
1127 }
1128
1129 //____________________________________________________________________________
1130 void AliEMCALTrigger::PrintMatrix(const TMatrixD &mat) const
1131 {
1132   //Print matrix object
1133   for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) AliInfo(Form(" %3i ", col));
1134   AliInfo(Form("\n -- \n"));
1135   for(Int_t row=0; row<mat.GetNrows(); row++) {
1136     AliInfo(Form(" row:%2i ", row));
1137     for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) {
1138       AliInfo(Form(" %4i", (Int_t)mat(row,col)));
1139     }
1140     AliInfo("\n");
1141   }
1142 }
1143
1144 //____________________________________________________________________________
1145 Bool_t AliEMCALTrigger::CheckConsistentOfMatrixes(const Int_t pri)
1146 {
1147   // Check consitency of matrices
1148   Double_t sumSM = 0.0, smCur=0.0;
1149   Double_t sumTru=0.0,  sumTruInSM = 0.0, truSum=0.0;
1150   //  Bool_t key = kTRUE;
1151
1152   for(Int_t i=0; i<fAmpSMods->GetEntries(); i++) {
1153     TMatrixD * sm = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpSMods->At(i));
1154     if(sm) {
1155       smCur  = sm->Sum();
1156       sumSM += smCur;
1157
1158       sumTruInSM = 0.0;
1159       for(Int_t itru=0; itru<3; itru++) { // Cycle on tru inside SM
1160         Int_t ind = 3*i + itru;
1161         TMatrixD *tru = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpTrus->At(ind));
1162         if(tru) {
1163           truSum = tru->Sum();
1164           sumTruInSM += truSum;
1165         }
1166       }
1167       sumTru += sumTruInSM;
1168
1169       if(sumTruInSM != smCur) {
1170         AliDebug(1,Form(" sm %i : smCur %f -> sumTruInSM %f \n", i, smCur, sumTruInSM));
1171         return kFALSE;
1172       }
1173     }
1174   }
1175   Double_t sumJetMat = fAmpJetMatrix->Sum();
1176         if(pri || TMath::Abs(sumSM-sumTru)>0.0001 || TMath::Abs(sumSM-sumJetMat) > 0.0001)
1177    AliDebug(1,Form(" sumSM %f : sumTru %f : sumJetMat %f \n", sumSM, sumTru, sumJetMat));
1178         if(TMath::Abs(sumSM - sumTru)>0.0001 || TMath::Abs(sumSM-sumJetMat) > 0.0001) return kFALSE;
1179   else                                       return kTRUE;
1180 }
1181
1182 //____________________________________________________________________________
1183 void AliEMCALTrigger::Browse(TBrowser* b)
1184 {
1185   //Browse.
1186   if(&fInputs)      b->Add(&fInputs);
1187   if(fAmpTrus)      b->Add(fAmpTrus);
1188   if(fTimeRtrus)    b->Add(fTimeRtrus);
1189   if(fAmpSMods)     b->Add(fAmpSMods);
1190   if(fAmpJetMatrix) b->Add(fAmpJetMatrix);
1191   if(fJetMatrixE)   b->Add(fJetMatrixE);
1192   //  if(c) b->Add(c);
1193 }