68f3521e91073c2352c3a854a6bcf2e9139fc1b5
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALTrigger.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15 /* $Id$ */
16
17 //_________________________________________________________________________  
18 //
19 //  Class for trigger analysis.
20 //  Digits are grouped in TRU's  (Trigger Units). A TRU consists of 384 
21 //  modules ordered fNTRUPhi x fNTRUEta. The algorithm searches all possible 2x2 
22 //  and nxn (n is a multiple of 2) cell combinations per each TRU,  adding the 
23 //  digits amplitude and finding the maximum. If found, look if it is isolated.
24 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger 
25 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed.  
26 //  Thresholds need to be fixed. Last 2 modules are half size in Phi, I considered 
27 //  that the number of TRU is maintained for the last modules but decision not taken. 
28 //  If different, then this must be changed. 
29 //  Usage:
30 //
31 //  //Inside the event loop
32 //  AliEMCALTrigger *tr = new AliEMCALTrigger();//Init Trigger
33 //  tr->SetL0Threshold(100); //Arbitrary threshold values
34 //  tr->SetL1GammaLowPtThreshold(1000);
35 //  tr->SetL1GammaMediumPtThreshold(10000);
36 //  tr->SetL1GammaHighPtThreshold(20000);
37 //  ...
38 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
39 //  tr->Print(""); //Print results
40 //
41 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN) 
42 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
43
44 #include <cassert>
45
46 // --- ROOT system ---
47 #include <TTree.h>
48 #include <TBranch.h>
49 #include <TBrowser.h>
50 #include <TH2F.h>
51
52 // --- ALIROOT system ---
53 #include "AliRun.h" 
54 #include "AliRunLoader.h" 
55 #include "AliTriggerInput.h"
56 #include "AliEMCAL.h" 
57 #include "AliEMCALLoader.h" 
58 #include "AliEMCALDigit.h"
59 #include "AliEMCALTrigger.h" 
60 #include "AliEMCALGeometry.h"
61 #include "AliEMCALRawUtils.h"
62
63 ClassImp(AliEMCALTrigger)
64
65 TString AliEMCALTrigger::fgNameOfJetTriggers("EMCALJetTriggerL1");
66
67 //______________________________________________________________________
68 AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger()
69   : AliTriggerDetector(), fGeom(0),
70     f2x2MaxAmp(-1), f2x2ModulePhi(-1),  f2x2ModuleEta(-1),
71     f2x2SM(0),
72     fnxnMaxAmp(-1), fnxnModulePhi(-1),  fnxnModuleEta(-1),
73     fnxnSM(0),
74     fADCValuesHighnxn(0),fADCValuesLownxn(0),
75     fADCValuesHigh2x2(0),fADCValuesLow2x2(0),
76     fDigitsList(0),
77     fL0Threshold(100),fL1GammaLowPtThreshold(200),
78     fL1GammaMediumPtThreshold(500), fL1GammaHighPtThreshold(1000),
79     fPatchSize(1),  fIsolPatchSize(1), 
80     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1), 
81     f2x2AmpOutOfPatchThres(100000),  fnxnAmpOutOfPatchThres(100000), 
82     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),  
83     fSimulation(kTRUE), fIsolateInSuperModule(kTRUE), fTimeKey(kFALSE),
84     fAmpTrus(0),fTimeRtrus(0),fAmpSMods(0),
85     fTriggerPosition(6), fTriggerAmplitudes(4), 
86     fNJetPatchPhi(3), fNJetPatchEta(3), fNJetThreshold(3), fL1JetThreshold(0), fJetMaxAmp(0),
87     fAmpJetMatrix(0), fJetMatrixE(0), fAmpJetMax(6,1), fVZER0Mult(0.)
88 {
89   //ctor 
90   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
91   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
92   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
93   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
94
95   SetName("EMCAL");
96   // Define jet threshold - can not change from outside now
97   // fNJetThreshold  = 7; // For MB Pythia suppression
98   fNJetThreshold  = 10;   // Hijing  
99   fL1JetThreshold = new Double_t[fNJetThreshold];
100   if(fNJetThreshold == 7) {
101     fL1JetThreshold[0] =  5./0.0153;
102     fL1JetThreshold[1] =  8./0.0153;
103     fL1JetThreshold[2] = 10./0.0153;
104     fL1JetThreshold[3] = 12./0.0153;
105     fL1JetThreshold[4] = 13./0.0153;
106     fL1JetThreshold[5] = 14./0.0153;
107     fL1JetThreshold[6] = 15./0.0153;
108   } else if(fNJetThreshold == 10) {
109     Double_t thGev[10]={5.,8.,10., 12., 13.,14.,15., 17., 20., 25.};
110     for(Int_t i=0; i<fNJetThreshold; i++) fL1JetThreshold[i] =  thGev[i]/0.0153;
111   } else {
112     fL1JetThreshold[0] =  5./0.0153;
113     fL1JetThreshold[1] = 10./0.0153;
114     fL1JetThreshold[2] = 15./0.0153;
115     fL1JetThreshold[3] = 20./0.0153;
116     fL1JetThreshold[4] = 25./0.0153;
117   }
118   //
119   CreateInputs();
120
121   fInputs.SetName("TriggersInputs");   
122    //Print("") ; 
123 }
124
125
126
127 //____________________________________________________________________________
128 AliEMCALTrigger::AliEMCALTrigger(const AliEMCALTrigger & trig) 
129   : AliTriggerDetector(trig),
130     fGeom(trig.fGeom),
131     f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp), 
132     f2x2ModulePhi(trig.f2x2ModulePhi),  
133     f2x2ModuleEta(trig.f2x2ModuleEta),
134     f2x2SM(trig.f2x2SM),
135     fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp), 
136     fnxnModulePhi(trig.fnxnModulePhi),  
137     fnxnModuleEta(trig.fnxnModuleEta),
138     fnxnSM(trig.fnxnSM),
139     fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
140     fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
141     fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
142     fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
143     fDigitsList(trig.fDigitsList),
144     fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
145     fL1GammaLowPtThreshold(trig.fL1GammaLowPtThreshold),
146     fL1GammaMediumPtThreshold(trig.fL1GammaMediumPtThreshold), 
147     fL1GammaHighPtThreshold(trig.fL1GammaHighPtThreshold),
148     fPatchSize(trig.fPatchSize),
149     fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize), 
150     f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch), 
151     fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch), 
152     f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),  
153     fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres), 
154     fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
155     fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),  
156     fSimulation(trig.fSimulation),
157     fIsolateInSuperModule(trig.fIsolateInSuperModule),
158     fTimeKey(trig.fTimeKey),
159     fAmpTrus(trig.fAmpTrus),
160     fTimeRtrus(trig.fTimeRtrus),
161     fAmpSMods(trig.fAmpSMods),
162     fTriggerPosition(trig.fTriggerPosition),
163     fTriggerAmplitudes(trig.fTriggerAmplitudes),
164     fNJetPatchPhi(trig.fNJetPatchPhi), 
165     fNJetPatchEta(trig.fNJetPatchEta), 
166     fNJetThreshold(trig.fNJetThreshold),
167     fL1JetThreshold(trig.fL1JetThreshold), 
168     fJetMaxAmp(trig.fJetMaxAmp),
169     fAmpJetMatrix(trig.fAmpJetMatrix),
170     fJetMatrixE(trig.fJetMatrixE),
171     fAmpJetMax(trig.fAmpJetMax),
172     fVZER0Mult(trig.fVZER0Mult)
173 {
174   // cpy ctor
175 }
176
177 AliEMCALTrigger::~AliEMCALTrigger() {
178   if(GetTimeKey()) {
179     delete [] fADCValuesHighnxn; 
180     delete [] fADCValuesLownxn;
181     delete [] fADCValuesHigh2x2;
182     delete [] fADCValuesLow2x2;
183   }
184   if(fAmpTrus)      {fAmpTrus->Delete();   delete fAmpTrus;}
185   if(fTimeRtrus)    {fTimeRtrus->Delete(); delete fTimeRtrus;}
186   if(fAmpSMods)     {fAmpSMods->Delete();  delete fAmpSMods;}
187   if(fAmpJetMatrix) delete fAmpJetMatrix;
188   if(fJetMatrixE)   delete fJetMatrixE;
189   if(fL1JetThreshold) delete [] fL1JetThreshold;
190 }
191
192 //----------------------------------------------------------------------
193 void AliEMCALTrigger::CreateInputs()
194 {
195    // inputs 
196    
197    // Do not create inputs again!!
198    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
199
200    // Second parameter should be detector name = "EMCAL"
201    TString det("EMCAL"); // Apr 29, 2008
202    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_L0",          det, 0x02) );
203    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaHPt_L1", det, 0x04 ) );
204    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaMPt_L1", det, 0x08 ) );
205    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( det+"_GammaLPt_L1", det, 0x016 ) );
206
207    if(fNJetThreshold<=0) return;
208    // Jet Trigger(s)
209    UInt_t level = 0x032;
210    for(Int_t i=0; i<fNJetThreshold; i++ ) {
211      TString name(GetNameOfJetTrigger(i));
212      TString title("EMCAL Jet triger L1 :"); // unused now
213      // 0.0153 - hard coded now
214      title += Form("Th %i(%5.1f GeV) :", (Int_t)fL1JetThreshold[i], fL1JetThreshold[i] * 0.0153); 
215      title += Form("patch %ix%i~(%3.2f(#phi)x%3.2f(#eta)) ", 
216                  fNJetPatchPhi, fNJetPatchEta, 0.11*(fNJetPatchPhi), 0.11*(fNJetPatchEta)); 
217      fInputs.AddLast( new AliTriggerInput(name, det, UChar_t(level)) );
218      level *= 2;
219    }
220  
221 }
222
223 //____________________________________________________________________________
224 Bool_t AliEMCALTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t iSM, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
225
226   // Nov 8, 2007 
227   // EMCAL RTU size is 4modules(phi) x 24modules (eta)
228   // So maximum size of patch is 4modules x 4modules (EMCAL L0 trigger). 
229   // Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch, 
230   // inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch, 
231   // iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
232   // In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
233   //                                                           Patch Size (fPatchSize)
234   //                                           0                          1              
235   //          fIsolPatchSize    0             2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)       
236   //                            1             4x4                      8x8               
237                           
238   Bool_t b = kFALSE;
239  
240   // Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
241   Int_t itru = mtru + iSM * fGeom->GetNTRU(); //number of tru, min 0 max 3*12=36.
242   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
243   Int_t colborder = 0;
244   Int_t rowborder = 0;
245   static int keyPrint = 0;
246   if(keyPrint) printf(" IsPatchIsolated : iSM %i mtru %i itru %i maxphi %i maxeta %i \n", iSM, mtru, itru, maxphi, maxeta);
247   
248   if(fIsolateInSuperModule){ // ?
249     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(iSM)) ;
250     rowborder = fGeom->GetNPhi();
251     colborder = fGeom->GetNZ();
252     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
253   } else{
254     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
255     rowborder = fGeom->GetNModulesInTRUPhi();
256     colborder = fGeom->GetNModulesInTRUEta();
257     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
258   }
259   if(iSM>9) rowborder /= 2; // half size in phi
260   
261   //Define patch modules - what is this ??
262   Int_t isolmodules   = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
263   Int_t ipatchmodules = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
264   Int_t minrow      = maxphi - isolmodules;
265   Int_t mincol      = maxeta - isolmodules;
266   Int_t maxrow      = maxphi + isolmodules + ipatchmodules;
267   Int_t maxcol      = maxeta + isolmodules + ipatchmodules;
268
269   minrow =  minrow<0?0 :minrow;
270   mincol =  mincol<0?0 :mincol;
271
272   maxrow =  maxrow>rowborder?rowborder :maxrow;
273   maxcol =  maxcol>colborder?colborder :maxcol;
274   
275   //printf("%s\n",Form("Number of added Isol Modules %d, Patch Size %d",isolmodules, ipatchmodules));
276   //printf("%s\n",Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
277   //  AliDebug(2,Form("Number of added Isol Modules %d, Patch Size %d",isolmodules, ipatchmodules));
278   //AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
279   
280   //Add amplitudes in all isolation patch
281   Float_t amp = 0.;
282   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
283     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
284       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
285   
286   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
287
288   if(amp < maxamp){
289     //    AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
290     //    ampmatrix->Print();
291     return kFALSE;
292   } else {
293     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
294   }
295   
296   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
297
298   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
299   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
300     f2x2AmpOutOfPatch = amp;   
301     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres) b=kTRUE;
302   } else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
303     fnxnAmpOutOfPatch = amp;   
304     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres) b=kTRUE;
305   }
306
307   if(keyPrint) printf(" IsPatchIsolated - OUT \n");
308
309   return b;
310
311 }
312
313 /*
314 //____________________________________________________________________________
315 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
316   
317   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) modules per each TRU. 
318   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 modules, 
319   //for this reason we loop inside the TRU modules by 2. 
320
321   //Declare and initialize variables
322   Int_t nCellsPhi  = fGeom->GetNCellsInTRUPhi();
323   if(isupermod > 9)
324     nCellsPhi =  nCellsPhi / 2 ; //Half size SM. Not Final.
325   // 12(tow)*2(cell)/1 TRU, cells in Phi in one TRU
326   Int_t nCellsEta  = fGeom->GetNCellsInTRUEta();
327   Int_t nTRU  = fGeom->GetNTRU();
328   // 24(mod)*2(tower)/3 TRU, cells in Eta in one TRU
329   //Int_t nTRU          = geom->GeNTRU();//3 TRU per super module
330
331   Float_t amp2 = 0 ;
332   Float_t ampn = 0 ; 
333   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
334     for(Int_t j = 0; j < nTRU; j++){
335       ampmax2(i,j) = -1;
336       ampmaxn(i,j) = -1;
337     }
338   }
339
340   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
341   //used to calculate the nxn sums
342   TMatrixD tru2x2(nCellsPhi/2,nCellsEta/2) ;
343   for(Int_t i = 0; i < nCellsPhi/2; i++)
344     for(Int_t j = 0; j < nCellsEta/2; j++)
345       tru2x2(i,j) = -1;
346   
347   //Loop over all TRUS in a supermodule
348   for(Int_t itru = 0 + isupermod * nTRU ; itru < (isupermod+1)*nTRU ; itru++) {
349     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
350     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
351     Int_t mtru = itru-isupermod*nTRU ; //Number of TRU in Supermodule
352    
353     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
354     for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCellsPhi; irow += 2){ 
355       for(Int_t icol = 0 ; icol < nCellsEta ; icol += 2){
356         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
357           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
358
359         //Fill matrix with added 2x2 cells for use in nxn sums
360         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
361         //Select 2x2 maximum sums to select L0 
362         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
363           ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
364           ampmax2(1,mtru) = irow;
365           ampmax2(2,mtru) = icol;
366         }
367       }
368     }
369     
370     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
371     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
372     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
373     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
374     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
375       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
376         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){       
377           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
378             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
379         }
380       }
381     }
382
383     //Sliding nxn, add nxn amplitudes  (OVERLAP)
384     if(fPatchSize > 0){
385       for(Int_t irow = 0 ; irow <  nCellsPhi/2; irow++){ 
386         for(Int_t icol = 0 ; icol < nCellsEta/2 ; icol++){
387           ampn = 0;
388           if( (irow+fPatchSize) < nCellsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nCellsEta/2){//Avoid exit the TRU
389             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
390               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
391                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
392             //Select nxn maximum sums to select L1 
393             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
394               ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
395               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
396               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
397             }
398           }
399         }
400       }
401       
402       //Find most recent time in selected nxn cell
403       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
404       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
405       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
406       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
407         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
408           if( (rown+i) < nCellsPhi && (coln+j) < nCellsEta){//Avoid exit the TRU
409             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
410               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
411                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
412             }
413           }
414         }
415       }
416     }
417     else {  
418         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
419         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
420         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
421         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
422       }
423   }
424 }
425 */
426 //____________________________________________________________________________
427 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingTowers(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, 
428 const Int_t isupermod,TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
429   
430   // Output from module (2x2 cells from one module)
431   Int_t nModulesPhi  = fGeom->GetNModulesInTRUPhi(); // now 4 modules (3 div in phi)
432   if(isupermod > 9)
433     nModulesPhi =  nModulesPhi / 2 ; // Half size SM. Not Final.
434   // 
435   Int_t nModulesEta  = fGeom->GetNModulesInTRUEta(); // now 24 modules (no division in eta)
436   Int_t nTRU         = fGeom->GetNTRU();
437   static int keyPrint = 0;
438   if(keyPrint) printf("MakeSlidingTowers : nTRU %i nModulesPhi %i nModulesEta %i ", 
439   nTRU, nModulesPhi, nModulesEta );
440
441   Float_t amp2 = 0 ;
442   Float_t ampn = 0 ; 
443   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
444     for(Int_t j = 0; j < nTRU; j++){
445       ampmax2(i,j) = ampmaxn(i,j) = -1;
446     }
447   }
448
449   // Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
450   // used to calculate the nxn sums
451   TMatrixD tru2x2(nModulesPhi/2,nModulesEta/2);
452
453   // Loop over all TRUS in a supermodule
454   for(Int_t itru = 0 + isupermod * nTRU ; itru < (isupermod+1)*nTRU ; itru++) {
455     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
456     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
457     Int_t mtru = itru - isupermod*nTRU ; // Number of TRU in Supermodule !!
458    
459     // Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
460     for(Int_t irow = 0 ; irow <  nModulesPhi; irow +=2){ 
461       for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta ; icol +=2){
462         amp2 = (*amptru)(irow,icol) +(*amptru)(irow+1,icol)+
463           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
464
465         //Fill matrix with added 2x2 towers for use in nxn sums
466         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
467         //Select 2x2 maximum sums to select L0 
468         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
469           ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
470           ampmax2(1,mtru) = irow;
471           ampmax2(2,mtru) = icol;
472         }
473       }
474     }
475     
476     ampmax2(3,mtru) = 0.;
477     if(GetTimeKey()) {
478     // Find most recent time in the selected 2x2 towers
479       Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
480       Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
481       for(Int_t i = 0; i<2; i++){
482         for(Int_t j = 0; j<2; j++){
483           if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){     
484             if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) >  ampmax2(3,mtru)  )
485               ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j); // max time
486           }
487         }
488       }
489     }
490
491     //Sliding nxn, add nxn amplitudes  (OVERLAP)
492     if(fPatchSize > 0){
493       for(Int_t irow = 0 ; irow <  nModulesPhi/2; irow++){ 
494         for(Int_t icol = 0 ; icol < nModulesEta/2; icol++){
495           ampn = 0;
496           if( (irow+fPatchSize) < nModulesPhi/2 && (icol+fPatchSize) < nModulesEta/2){ //Avoid exit the TRU
497             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
498               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
499                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
500             //Select nxn maximum sums to select L1 
501             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
502               ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
503               ampmaxn(1,mtru) = irow;
504               ampmaxn(2,mtru) = icol;
505             }
506           }
507         }
508       }
509       
510       ampmaxn(3,mtru) = 0.; // Was 1 , I don't know why
511       if(GetTimeKey()) {
512       //Find most recent time in selected nxn cell
513         Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
514         Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
515         for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
516           for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
517             if( (rown+i) < nModulesPhi && (coln+j) < nModulesEta){//Avoid exit the TRU
518               if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
519                 if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) >  ampmaxn(3,mtru)  )
520                   ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j); // max time
521               }
522             }
523           }
524         }
525       }
526     } else { // copy 2x2 to nxn  
527         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
528         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
529         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
530         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
531     }
532   }
533   if(keyPrint) printf(" : MakeSlidingTowers -OUt \n");
534 }
535
536 //____________________________________________________________________________
537 void AliEMCALTrigger::Print(const Option_t * opt) const 
538 {
539   
540   //Prints main parameters
541   
542   if(! opt)
543     return;
544   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
545   printf( " fSimulation %i (input option) : #digits %i\n", fSimulation, fDigitsList->GetEntries());
546   printf( " fTimeKey    %i  \n ", fTimeKey);
547
548   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Cell, \n") ; 
549   printf( "               -2x2 cells sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
550           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ; 
551   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2ModulePhi, f2x2ModulePhi+2, f2x2ModuleEta, f2x2ModuleEta+2) ; 
552   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
553           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ; 
554   if(fPatchSize > 0){
555     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
556     printf( "               -nxn cells sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
557             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ; 
558     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnModulePhi, fnxnModulePhi+4*fPatchSize, fnxnModuleEta, fnxnModuleEta+4*fPatchSize) ; 
559     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
560             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ; 
561   }
562   
563   printf( "             Isolate in SuperModule? %d\n",  
564           fIsolateInSuperModule) ;  
565
566   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", 
567           fL0Threshold) ;  
568   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_L0" );
569   if(in->GetValue())
570     printf( "             *** EMCAL LO is set ***\n") ; 
571   
572   printf( "             Gamma Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", 
573           fL1GammaLowPtThreshold) ;
574   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaLPt_L1" );
575   if(in->GetValue())
576     printf( "             *** EMCAL Gamma Low Pt for L1 is set ***\n") ;
577
578   printf( "             Gamma Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", 
579           fL1GammaMediumPtThreshold) ;  
580   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaMPt_L1" );
581   if(in->GetValue())
582     printf( "             *** EMCAL Gamma Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
583
584   printf( "             Gamma High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", 
585           fL1GammaHighPtThreshold) ;  
586   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "EMCAL_GammaHPt_L1" );
587   if(in->GetValue())
588     printf( "             *** EMCAL Gamma High Pt for L1 is set ***\n") ;
589
590 }
591
592 //____________________________________________________________________________
593 void AliEMCALTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix,const Int_t iSM, 
594                                   const TMatrixD &ampmax2, 
595                                   const TMatrixD &ampmaxn)  
596 {
597   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and 
598   //compares with the different L0 and L1 triggers thresholds
599   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
600   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
601   Int_t   mtru2  = -1 ;
602   Int_t   mtrun  = -1 ;
603
604   Int_t nTRU = fGeom->GetNTRU();
605
606   //Find maximum summed amplitude of all the TRU 
607   //in a Super Module
608     for(Int_t i = 0 ; i < nTRU ; i++){
609       if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
610         max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
611         max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
612         max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
613         max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
614         mtru2   = i ;
615       }
616       if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
617         maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
618         maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
619         maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
620         maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
621         mtrun   = i ;
622       }
623     }
624
625   //--------Set max amplitude if larger than in other Super Modules------------
626   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
627   Float_t maxtimeRn = -1 ;
628   static AliEMCALRawUtils rawUtil;
629   Int_t nTimeBins = rawUtil.GetRawFormatTimeBins() ;
630
631   //Set max of 2x2 amplitudes and select L0 trigger
632   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
633     //    if(max2[0] > 5) printf(" L0 : iSM %i: max2[0] %5.0f :  max2[3] %5.0f  (maxtimeR2) \n", 
634     //                     iSM, max2[0], max2[3]);
635     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
636     f2x2SM      = iSM ;
637     maxtimeR2   = max2[3] ;
638     fGeom->GetModulePhiEtaIndexInSModuleFromTRUIndex(mtru2, 
639                                                   static_cast<Int_t>(max2[1]),
640                                                   static_cast<Int_t>(max2[2]),
641                                                    f2x2ModulePhi,f2x2ModuleEta);
642     
643     //Isolated patch?
644     if(fIsolateInSuperModule)
645       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iSM, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2ModulePhi,f2x2ModuleEta) ;
646     else
647       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iSM, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
648
649     if(GetTimeKey()) {
650     //Transform digit amplitude in Raw Samples
651       if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
652         fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
653         fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
654       }
655       //printf(" maxtimeR2 %12.5e (1)\n", maxtimeR2);
656       rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeR2 * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(), 
657       f2x2MaxAmp, fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
658     
659     // Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
660     // Set L0
661       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
662       //      printf(" fADCValuesHigh2x2[%i] %i : %i \n", i, fADCValuesHigh2x2[i], fADCValuesLow2x2[i]); 
663         if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold          || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold){
664           SetInput("EMCAL_L0") ;
665           break;
666         }
667       }
668     } else {
669       // Nov 5 - no analysis of time information
670       if(f2x2MaxAmp >= fL0Threshold) { // should add the low amp too
671         SetInput("EMCAL_L0");
672       }
673     }
674   }
675   
676   //------------Set max of nxn amplitudes and select L1 trigger---------
677   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp ){
678     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
679     fnxnSM      = iSM ;
680     maxtimeRn   = maxn[3] ;
681     fGeom->GetModulePhiEtaIndexInSModuleFromTRUIndex(mtrun, 
682                                                   static_cast<Int_t>(maxn[1]),
683                                                   static_cast<Int_t>(maxn[2]),
684                                                   fnxnModulePhi,fnxnModuleEta) ; 
685     
686     //Isolated patch?
687     if(fIsolateInSuperModule)
688       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iSM, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnModulePhi, fnxnModuleEta) ;
689     else
690       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iSM, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
691     
692     if(GetTimeKey()) {
693     //Transform digit amplitude in Raw Samples
694       if (fADCValuesLownxn == 0) {
695         fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
696         fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
697       }
698       rawUtil.RawSampledResponse(maxtimeRn * AliEMCALRawUtils::GetRawFormatTimeBin(), 
699       fnxnMaxAmp, fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
700     
701     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
702     //SetL1 Low
703       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
704         if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1GammaLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1GammaLowPtThreshold){
705           SetInput("EMCAL_GammaLPt_L1") ;
706           break; 
707         }
708       }
709     
710     //SetL1 Medium
711       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
712         if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1GammaMediumPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1GammaMediumPtThreshold){
713           SetInput("EMCAL_GammaMPt_L1") ;
714           break;
715         }
716       }
717     
718     //SetL1 High
719       for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
720         if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1GammaHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1GammaHighPtThreshold){
721           SetInput("EMCAL_GammaHPt_L1") ;
722           break;
723         }
724       }
725     } else {
726       // Nov 5 - no analysis of time information
727       if(fnxnMaxAmp >= fL1GammaLowPtThreshold) { // should add the low amp too
728         SetInput("EMCAL_GammaLPt_L1") ; //SetL1 Low
729       }
730       if(fnxnMaxAmp >= fL1GammaMediumPtThreshold) { // should add the low amp too
731         SetInput("EMCAL_GammaMPt_L1") ; //SetL1 Medium
732       }
733       if(fnxnMaxAmp >= fL1GammaHighPtThreshold) { // should add the low amp too
734         SetInput("EMCAL_GammaHPt_L1") ; //SetL1 High
735       }
736     }
737   }
738 }
739
740 //____________________________________________________________________________
741 void AliEMCALTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, TClonesArray * ampmatrix, TClonesArray * ampmatrixsmod, TClonesArray * timeRmatrix) {
742
743 //  Orders digits ampitudes list in fNTRU TRUs (384 cells) per supermodule. 
744 //  Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. The number of 
745 //  TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of TRU in eta is fNTRUEta.
746 //  Last 2 modules are half size in Phi, I considered that the number of TRU
747 //  is maintained for the last modules but decision not taken. If different, 
748 //  then this must be changed. Also fill a matrix with all amplitudes in supermodule for isolation studies. 
749  
750 //  Initilize and declare variables
751 //  List of TRU matrices initialized to 0.
752 //  printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() started : # digits %i\n", digits->GetEntriesFast());
753
754 // Nov 2, 2007.
755 // One input per EMCAL module so size of matrix is reduced by 4 (2x2 division case) 
756
757   Int_t nPhi        = fGeom->GetNPhi();
758   Int_t nZ          = fGeom->GetNZ();
759   Int_t nTRU        = fGeom->GetNTRU();
760   //  Int_t nTRUPhi     = fGeom->GetNTRUPhi();
761   Int_t nModulesPhi  = fGeom->GetNModulesInTRUPhi();
762   Int_t nModulesPhi2 = fGeom->GetNModulesInTRUPhi();
763   Int_t nModulesEta  = fGeom->GetNModulesInTRUEta();
764   //  printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() nTRU %i  nTRUPhi %i : nModulesPhi %i nModulesEta %i \n", 
765   //     nTRU, nTRUPhi, nModulesPhi, nModulesEta);
766
767   Int_t id       = -1; 
768   Float_t amp    = -1;
769   Float_t timeR  = -1;
770   Int_t iSupMod  = -1;
771   Int_t nModule  = -1;
772   Int_t nIphi    = -1;
773   Int_t nIeta    = -1;
774   Int_t iphi     = -1;
775   Int_t ieta     = -1;
776   // iphim, ietam - module indexes in SM 
777   Int_t iphim    = -1;
778   Int_t ietam    = -1;
779
780   //List of TRU matrices initialized to 0.
781   Int_t nSup = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
782   for(Int_t k = 0; k < nTRU*nSup; k++){
783     TMatrixD amptrus(nModulesPhi,nModulesEta) ;
784     TMatrixD timeRtrus(nModulesPhi,nModulesEta) ;
785     // Do we need to initialise? I think TMatrixD does it by itself...
786     for(Int_t i = 0; i < nModulesPhi; i++){
787       for(Int_t j = 0; j < nModulesEta; j++){
788         amptrus(i,j) = 0.0;
789         timeRtrus(i,j) = 0.0;
790       }
791     }
792     new((*ampmatrix)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
793     new((*timeRmatrix)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ; 
794   }
795   
796   // List of Modules matrices initialized to 0.
797   for(Int_t k = 0; k < nSup ; k++){
798     int mphi = nPhi;
799     //    if(nSup>9) mphi = nPhi/2; // the same size
800     TMatrixD  ampsmods( mphi, nZ);
801     for(Int_t i = 0; i <  mphi; i++){
802       for(Int_t j = 0; j < nZ; j++){
803         ampsmods(i,j)   = 0.0;
804       }
805     }
806     new((*ampmatrixsmod)[k]) TMatrixD(ampsmods) ;
807   }
808
809   AliEMCALDigit * dig ;
810   
811   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
812   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
813     
814     dig = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(idig)) ;
815     amp    = Float_t(dig->GetAmp()); // Energy of the digit (arbitrary units)
816     id     = dig->GetId() ;          // Id label of the cell
817     timeR  = dig->GetTimeR() ;       // Earliest time of the digit
818     if(amp<=0.0) printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU : id %i amp %f \n", id, amp);
819     // printf(" FILLTRU : timeR %10.5e time %10.5e : amp %10.5e \n", timeR, dig->GetTime(), amp);
820     // Get eta and phi cell position in supermodule
821     Bool_t bCell = fGeom->GetCellIndex(id, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
822     if(!bCell)
823       Error("FillTRU","%i Wrong cell id number %i ", idig, id) ;
824     
825     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
826     // iphim, ietam - module indexes in SM
827     fGeom->GetModuleIndexesFromCellIndexesInSModule(iSupMod,iphi,ieta, iphim, ietam, nModule); 
828     //if(iSupMod >9) 
829     //printf("iSupMod %i nModule %i iphi %i  ieta %i  iphim %i  ietam %i \n",
830     //iSupMod,nModule, iphi, ieta, iphim, ietam); 
831
832     // Check to which TRU in the supermodule belongs the cell. 
833     // Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
834     // (fNTRUPhi,fNTRUEta).
835     // Each TRU is a cell matrix of dimension (nModulesPhi,nModulesEta)
836
837     // First calculate the row and column in the supermodule 
838     // of the TRU to which the cell belongs.
839     Int_t row   = iphim / nModulesPhi;
840     Int_t col   = ietam / nModulesEta;
841     //Calculate label number of the TRU
842     Int_t itru  = fGeom->GetAbsTRUNumberFromNumberInSm(row, col, iSupMod);
843  
844     //Fill TRU matrix with cell values
845     TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrix->At(itru)) ;
846     TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrix->At(itru)) ;
847
848     //Calculate row and column of the module inside the TRU with number itru
849     Int_t irow = iphim - row * nModulesPhi;
850     if(iSupMod > 9)
851       irow = iphim - row *  nModulesPhi2; // size of matrix the same
852     Int_t icol = ietam - col * nModulesEta;
853     
854     (*amptrus)(irow,icol)  += amp ;
855     if((*timeRtrus)(irow,icol) <0.0 || (*timeRtrus)(irow,icol) <= timeR){ // ??
856       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
857     }
858     //printf(" ieta %i iphi %i iSM %i || col %i row %i : itru %i -> amp %f\n", 
859     //     ieta, iphi, iSupMod, col, row, itru, amp);     
860     //####################SUPERMODULE MATRIX ##################
861     TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSupMod)) ;
862     (*ampsmods)(iphim,ietam)  += amp ;
863     //    printf(" id %i iphim %i ietam %i SM %i : irow %i icol %i itru %i : amp %6.0f\n", 
864     //id, iphim, ietam, iSupMod, irow, icol, itru, amp); 
865   }
866   //assert(0);
867   //printf("<I> AliEMCALTrigger::FillTRU() is ended \n");
868 }
869 //____________________________________________________________________________
870 void AliEMCALTrigger::Trigger() 
871 {
872   TH1::AddDirectory(0);
873   //Main Method to select triggers.
874   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader();
875   AliEMCALLoader *emcalLoader = 0;
876   if(runLoader) {
877     emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
878   }
879  
880   //Load EMCAL Geometry
881   if (runLoader && runLoader->GetAliRun() && runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
882     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(runLoader->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
883
884   if (fGeom == 0)        
885     fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());   
886
887   if (fGeom==0)
888     AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
889   
890   //Define parameters
891   Int_t nSuperModules = fGeom->GetNumberOfSuperModules() ; //12 SM in EMCAL
892   Int_t nTRU       = fGeom->GetNTRU();    // 3 TRU per super module
893
894   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
895   f2x2MaxAmp = -1; f2x2ModulePhi = -1;  f2x2ModuleEta = -1;
896   fnxnMaxAmp = -1; fnxnModulePhi = -1;  fnxnModuleEta = -1;
897
898   // Take the digits list if simulation
899   if(fSimulation && runLoader && emcalLoader){ // works than run seperate macros
900     runLoader->LoadDigits("EMCAL");
901     fDigitsList = emcalLoader->Digits() ;
902     runLoader->LoadSDigits("EMCAL");
903   }
904   // Digits list should be set by method SetDigitsList(TClonesArray * digits)
905   if(!fDigitsList)
906     AliFatal("Digits not found !") ;
907   
908   //Take the digits list 
909   
910   // Delete old if unzero
911   if(fAmpTrus)     {fAmpTrus->Delete();   delete fAmpTrus;}
912   if(fTimeRtrus)   {fTimeRtrus->Delete(); delete fTimeRtrus;}
913   if(fAmpSMods)    {fAmpSMods->Delete();  delete fAmpSMods;}
914   // Fill TRU and SM matrix    
915   fAmpTrus   = new TClonesArray("TMatrixD",nTRU);
916   fAmpTrus->SetName("AmpTrus");
917   fTimeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",nTRU);
918   fTimeRtrus->SetName("TimeRtrus");
919   fAmpSMods  = new TClonesArray("TMatrixD",nSuperModules);
920   fAmpSMods->SetName("AmpSMods");
921   
922   FillTRU(fDigitsList, fAmpTrus, fAmpSMods, fTimeRtrus);
923
924   // Jet staff - only one case, no fredom here
925   if(fGeom->GetNEtaSubOfTRU() == 6) {
926     if(fAmpJetMatrix) {delete fAmpJetMatrix; fAmpJetMatrix=0;}
927     if(fJetMatrixE)   {delete fJetMatrixE; fJetMatrixE=0;}
928
929     fAmpJetMatrix = new TMatrixD(17,12); // 17-phi(row), 12-eta(col)
930     fJetMatrixE = new TH2F("fJetMatrixE"," E of max patch in (#phi,#eta)", 
931     17, 80.*TMath::DegToRad(), (180.+20.*2/3.)*TMath::DegToRad(), 12, -0.7, 0.7);
932     for(Int_t row=0; row<fAmpJetMatrix->GetNrows(); row++) {
933       for(Int_t col=0; col<fAmpJetMatrix->GetNcols(); col++) {
934         (*fAmpJetMatrix)(row,col) = 0.;
935       }
936     }
937     FillJetMatrixFromSMs(fAmpSMods, fAmpJetMatrix, fGeom);
938   }
939   if(!CheckConsistentOfMatrixes()) assert(0);
940
941   // Do Tower Sliding and select Trigger
942   // Initialize varible that will contain maximum amplitudes and 
943   // its corresponding tower position in eta and phi, and time.
944   TMatrixD ampmax2(4,nTRU) ; // 0-max amp, 1-irow, 2-icol, 3-timeR
945   TMatrixD ampmaxn(4,nTRU) ;
946   
947   for(Int_t iSM = 0 ; iSM < nSuperModules ; iSM++) {
948     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums. 
949
950     MakeSlidingTowers(fAmpTrus, fTimeRtrus, iSM, ampmax2, ampmaxn);
951     
952     // Set the trigger
953     if(fIsolateInSuperModule) // here some discripency between tru and SM
954       SetTriggers(fAmpSMods,iSM,ampmax2,ampmaxn) ;
955     if(!fIsolateInSuperModule)
956       SetTriggers(fAmpTrus,iSM,ampmax2,ampmaxn) ;
957   }
958   
959   // Do patch sliding and select Jet Trigger
960   // 0-max amp-meanFromVZERO(if), 1-irow, 2-icol, 3-timeR, 
961   // 4-max amp , 5-meanFromVZERO (Nov 25, 2007)
962   // fAmpJetMax(6,1)
963   MakeSlidingPatch((*fAmpJetMatrix), fNJetPatchPhi, fAmpJetMax); // no timing information here
964
965   //Print();
966   // fDigitsList = 0;
967 }
968
969 void AliEMCALTrigger::GetTriggerInfo(TArrayF &triggerPosition, TArrayF &triggerAmplitudes)
970 {
971   // Template - should be defined; Nov 5, 2007
972   triggerPosition[0]   = 0.; 
973   triggerAmplitudes[0] = 0.;
974 }
975
976 void AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs(TClonesArray *ampmatrixsmod, TMatrixD* jetMat, AliEMCALGeometry *g)
977 {
978   // Nov 5, 2007
979   // Fill matrix for jet trigger from SM matrixes of modules
980   //
981   static int keyPrint = 0;
982
983   if(ampmatrixsmod==0 || jetMat==0 || g==0) return;
984   Double_t amp = 0.0, ampSum=0.0;
985
986   Int_t nEtaModSum = g->GetNZ()   / g->GetNEtaSubOfTRU(); // should be 4 
987   Int_t nPhiModSum = g->GetNPhi() / g->GetNTRUPhi();      // should be 4 
988
989   if(keyPrint) printf("%s",Form(" AliEMCALTrigger::FillJetMatrixFromSMs | nEtaModSum %i : nPhiModSum %i \n", 
990                   nEtaModSum, nPhiModSum));
991   Int_t jrow=0, jcol=0;  // indexes of jet matrix
992   Int_t nEtaSM=0, nPhiSM=0;
993   for(Int_t iSM=0; iSM<ampmatrixsmod->GetEntries(); iSM++) {
994     TMatrixD * ampsmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixsmod->At(iSM));
995     Int_t nrow = ampsmods->GetNrows();
996     Int_t ncol = ampsmods->GetNcols();
997     //printf("%s",Form(" ######## SM %i : nrow %i : ncol %i ##### \n", iSM, nrow, ncol));
998     for(Int_t row=0; row<nrow; row++) {
999       for(Int_t col=0; col<ncol; col++) {
1000         amp  = (*ampsmods)(row,col);
1001         nPhiSM = iSM / 2; 
1002         nEtaSM = iSM % 2;
1003         if       (amp>0.0) {
1004            if(keyPrint) printf("%s",Form(" ** nPhiSm %i : nEtaSM %i : row %2.2i : col %2.2i -> ", 
1005                           nPhiSM, nEtaSM, row, col)); 
1006           if(nEtaSM == 0) { // positive Z
1007             jrow = 3*nPhiSM + row/nPhiModSum;
1008             jcol = 6 + col / nEtaModSum;
1009           } else {         // negative Z
1010             if(iSM<=9) jrow = 3*nPhiSM + 2 - row/nPhiModSum;
1011             else       jrow = 3*nPhiSM + 1 - row/nPhiModSum; // half size 
1012             jcol = 5 - col / nEtaModSum;
1013           }
1014           if(keyPrint) printf("%s",Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat) \n", jrow, jcol, amp)); 
1015
1016           (*jetMat)(jrow,jcol) += amp;
1017           ampSum += amp; // For controling
1018         } else if(amp<0.0) {
1019           printf("%s",Form(" jrow %2.2i : jcol %2.2i : amp %f (jetMat: amp<0) \n", jrow, jcol, amp)); 
1020           assert(0);
1021         }
1022       }
1023     }
1024   } // cycle on SM
1025   if(ampSum <= 0.0) Warning("FillJetMatrixFromSMs","ampSum %f (<=0.0) ", ampSum);
1026 }
1027
1028 void AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch(const TMatrixD &jm, const Int_t nPatchSize, TMatrixD &ampJetMax)
1029 {
1030   // Sliding patch : nPatchSize x nPatchSize (OVERLAP)
1031   static int keyPrint = 0;
1032   if(keyPrint) printf(" AliEMCALTrigger::MakeSlidingPatch() was started \n");
1033   Double_t ampCur = 0.0, e=0.0;
1034   ampJetMax(0,0)  = 0.0;
1035   ampJetMax(3,0)  = 0.0; // unused now
1036   ampJetMax(4,0)  = ampJetMax(5,0)  = 0.0;
1037   for(Int_t row=0; row<fAmpJetMatrix->GetNrows(); row ++) {
1038     for(Int_t col=0; col<fAmpJetMatrix->GetNcols(); col++) {
1039       ampCur = 0.;
1040       // check on patch size
1041       if( (row+nPatchSize-1) <  fAmpJetMatrix->GetNrows() && (col+nPatchSize-1) < fAmpJetMatrix->GetNcols()){
1042         for(Int_t i = 0 ; i < nPatchSize ; i++) {
1043           for(Int_t j = 0 ; j < nPatchSize ; j++) {
1044             ampCur += jm(row+i, col+j);
1045           }
1046         } // end cycle on patch
1047         if(ampCur > ampJetMax(0,0)){
1048           ampJetMax(0,0) = ampCur; 
1049           ampJetMax(1,0) = row;
1050           ampJetMax(2,0) = col;
1051         }
1052       } // check on patch size
1053     }
1054   }
1055   if(keyPrint) printf(" ampJetMax %i row %2i->%2i col %2i->%2i \n", 
1056   Int_t(ampJetMax(0,0)), Int_t(ampJetMax(1,0)), Int_t(ampJetMax(1,0))+nPatchSize-1, 
1057   Int_t(ampJetMax(2,0)), Int_t(ampJetMax(2,0))+nPatchSize-1);
1058
1059   Double_t eCorrJetMatrix=0.0;
1060   if(fVZER0Mult > 0.0) {
1061   // Correct patch energy (adc) and jet patch matrix energy
1062     Double_t meanAmpBG = GetMeanEmcalPatchEnergy(Int_t(fVZER0Mult), nPatchSize)/0.0153;
1063     ampJetMax(4,0) = ampJetMax(0,0);
1064     ampJetMax(5,0) = meanAmpBG;
1065
1066     Double_t eCorr     = ampJetMax(0,0) - meanAmpBG; 
1067     printf(" ampJetMax(0,0) %f meanAmpBG %f  eCorr %f : ampJetMax(4,0) %f \n",
1068            ampJetMax(0,0), meanAmpBG, eCorr, ampJetMax(5,0));
1069     ampJetMax(0,0)     = eCorr;
1070     // --
1071     eCorrJetMatrix = GetMeanEmcalEnergy(Int_t(fVZER0Mult)) / 208.;
1072   }
1073   // Fill patch energy matrix
1074   for(int row=Int_t(ampJetMax(1,0)); row<Int_t(ampJetMax(1,0))+nPatchSize; row++) {
1075     for(int col=Int_t(ampJetMax(2,0)); col<Int_t(ampJetMax(2,0))+nPatchSize; col++) {
1076       e = Double_t(jm(row,col)*0.0153);  // 0.0153 - hard coded now
1077       if(eCorrJetMatrix > 0.0) { // BG subtraction case
1078         e -= eCorrJetMatrix;
1079         fJetMatrixE->SetBinContent(row+1, col+1, e);
1080       } else if(e > 0.0) {
1081         fJetMatrixE->SetBinContent(row+1, col+1, e);
1082       }
1083     }
1084   }
1085   // PrintJetMatrix();
1086   // Set the jet trigger(s), multiple threshold now, Nov 19,2007
1087   for(Int_t i=0; i<fNJetThreshold; i++ ) {
1088     if(ampJetMax(0,0) >= fL1JetThreshold[i]) {
1089       SetInput(GetNameOfJetTrigger(i)); 
1090     }
1091   }
1092 }
1093
1094 Double_t AliEMCALTrigger::GetEmcalSumAmp() const 
1095
1096   // Return sum of amplidutes from EMCal
1097   // Used calibration coefficeint for transition to energy
1098   return fAmpJetMatrix >0 ?fAmpJetMatrix->Sum() :0.0;
1099 }
1100
1101
1102 void AliEMCALTrigger::PrintJetMatrix() const
1103 {
1104   //  fAmpJetMatrix : (17,12); // 17-phi(row), 12-eta(col)
1105   if(fAmpJetMatrix == 0) return;
1106
1107   printf("\n ####  jetMatrix : (%i,%i) ##### \n        ", 
1108   fAmpJetMatrix->GetNrows(), fAmpJetMatrix->GetNcols());
1109   PrintMatrix(*fAmpJetMatrix);
1110 }
1111
1112 void AliEMCALTrigger::PrintAmpTruMatrix(Int_t ind) const
1113 {
1114   TMatrixD * tru = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpTrus->At(ind));
1115   if(tru == 0) return;
1116   printf("\n ####  Amp TRU matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n        ", 
1117          ind, tru->GetNrows(), tru->GetNcols());
1118   PrintMatrix(*tru);
1119 }
1120
1121 void AliEMCALTrigger::PrintAmpSmMatrix(Int_t ind) const
1122 {
1123   TMatrixD * sm = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpSMods->At(ind));
1124   if(sm == 0) return;
1125   printf("\n ####  Amp SM matrix(%i) : (%i,%i) ##### \n        ", 
1126          ind, sm->GetNrows(), sm->GetNcols());
1127   PrintMatrix(*sm);
1128 }
1129
1130 void AliEMCALTrigger::PrintMatrix(const TMatrixD &mat) const
1131 {
1132   for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) printf(" %3i ", col);
1133   printf("\n -- \n");
1134   for(Int_t row=0; row<mat.GetNrows(); row++) {
1135     printf(" row:%2i ", row);
1136     for(Int_t col=0; col<mat.GetNcols(); col++) {
1137       printf(" %4i", (Int_t)mat(row,col));
1138     }
1139     printf("\n");
1140   }
1141 }
1142
1143 Bool_t AliEMCALTrigger::CheckConsistentOfMatrixes(const Int_t pri)
1144 {
1145   Double_t sumSM = 0.0, smCur=0.0;
1146   Double_t sumTru=0.0,  sumTruInSM = 0.0, truSum=0.0;
1147   //  Bool_t key = kTRUE;
1148  
1149   for(Int_t i=0; i<fAmpSMods->GetEntries(); i++) {
1150     TMatrixD * sm = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpSMods->At(i));
1151     if(sm) {
1152       smCur  = sm->Sum();
1153       sumSM += smCur;
1154
1155       sumTruInSM = 0.0;
1156       for(Int_t itru=0; itru<3; itru++) { // Cycle on tru inside SM
1157         Int_t ind = 3*i + itru;
1158         TMatrixD *tru = dynamic_cast<TMatrixD *>(fAmpTrus->At(ind)); 
1159         if(tru) {
1160           truSum = tru->Sum();
1161           sumTruInSM += truSum;
1162         }
1163       }
1164       sumTru += sumTruInSM;
1165
1166       if(sumTruInSM != smCur) {
1167         printf(" sm %i : smCur %f -> sumTruInSM %f \n", i, smCur, sumTruInSM);
1168         return kFALSE;
1169       }
1170     }
1171   }
1172   Double_t sumJetMat = fAmpJetMatrix->Sum();
1173   if(pri || sumSM != sumTru || sumSM !=  sumJetMat) 
1174   printf(" sumSM %f : sumTru %f : sumJetMat %f \n", sumSM, sumTru, sumJetMat); 
1175   if(sumSM != sumTru || sumSM !=  sumJetMat) return kFALSE; 
1176   else                                       return kTRUE; 
1177 }
1178
1179
1180 void AliEMCALTrigger::Browse(TBrowser* b)
1181 {
1182   if(&fInputs)      b->Add(&fInputs);
1183   if(fAmpTrus)      b->Add(fAmpTrus);
1184   if(fTimeRtrus)    b->Add(fTimeRtrus);
1185   if(fAmpSMods)     b->Add(fAmpSMods);
1186   if(fAmpJetMatrix) b->Add(fAmpJetMatrix);
1187   if(fJetMatrixE)   b->Add(fJetMatrixE);
1188   //  if(c) b->Add(c);
1189 }