EMCAL/jetfinder/AliEMCALJetFinderAlgoOmni.cxx

   1
   2 //THIS Also includes summing ALL cells in the jetcone towards the jet energy NOT just those above threshold!!!!!
   3
   4
   5 /**************************************************************************
   6  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   7  *                                                                        *
   8  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   9  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
  10  *                                                                        *
  11  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
  12  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
  13  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  14  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  15  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  16  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  17  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  18  **************************************************************************/
  19
  20 /*
  21
  22 $Log$
  23 Revision 1.1  2006/02/28 21:56:34  jklay
  24 moving jetfinder code to subdirectory
  25
  26 Revision 1.16  2006/02/15 15:11:05  pavlinov
  27 update of Jenn and Marco
  28
  29 Revision 1.15  2004/11/22 19:52:05  mhorner
  30 Make sure pi0 get through
  31
  32 Revision 1.14  2004/04/02 17:11:33  mhorner
  33 Marco's bug - fixes implemented
  34
  35 Revision 1.13  2004/03/26 01:00:38  mhorner
  36 Implementing Marco's optimisations
  37
  38 Revision 1.12  2004/03/15 19:59:37  mhorner
  39 Pyhtia comparison extended
  40
  41 Revision 1.11  2004/03/09 17:06:38  mhorner
  42 Made more robust
  43
  44 Revision 1.10  2004/03/06 01:56:09  mhorner
  45 Pythai comp code
  46
  47 Revision 1.9  2004/02/23 20:37:32  mhorner
  48 changed geometry call
  49
  50 Revision 1.8  2004/01/29 23:28:44  mhorner
  51 Jet Finder - hard coded geom parameters removed
  52
  53 Revision 1.7  2004/01/21 22:27:47  mhorner
  54 Cleaning up coding conventions
  55
  56 Revision 1.6  2003/10/28 13:54:30  schutz
  57 Compilation warnings fixed
  58
  59 Revision 1.5  2003/09/23 13:31:41  mhorner
  60 Changed coordinate system
  61
  62 Revision 1.4  2003/09/19 13:16:20  mhorner
  63 Added additional jet energy info
  64
  65
  66 Revision 1.3  2003/09/04 12:49:56  mhorner
  67 Changed hadron correction and added saving EMCAL and track contributions
  68
  69 */
  70
  71
  72 //*--Author: Sarah Blyth (LBL)
  73 //*--Based on UA1 jet algorithm from LUND JETSET called from EMC-erj
  74
  75 #include "TTask.h"
  76 #include "TMath.h"
  77 #include "TParticle.h"
  78 #include "AliRun.h"
  79 #include "AliRunLoader.h"
  80 #include "AliEMCALJetFinderInput.h"
  81 #include "AliEMCALJetFinderOutput.h"
  82 #include "AliEMCALJetFinderAlgo.h"
  83 #include "AliEMCALJetFinderAlgoOmni.h"
  84 #include "AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit.h"
  85 #include "AliEMCALGeometry.h"
  86 #include "AliEMCALLoader.h"
  87 #include "AliEMCAL.h"
  88 #include "AliEMCALDigit.h"
  89 #include "AliEMCALJet.h"
  90
  91
  92 ClassImp(AliEMCALJetFinderAlgoOmni)
  93
  94   AliEMCALJetFinderAlgoOmni::AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
  95 {
  96   //Default constructor
  97 if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Default Constructor");
  98   AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
  99   fNumIter           = 0;
 100   fNumUnits          = geom->GetNTowers();     //Number of towers in EMCAL
 101   fESeed             = 5.0;       //Default value
 102   fConeRad           = 0.3;       //Default value
 103   fJetEMin           = 10.0;      //Default value
 104   fEtMin             = 0.0;      //Default value
 105   fMinMove           = 0.05;      //From original UA1 JetFinder
 106   fMaxMove           = 0.15;      //From original UA1 JetFinder
 107   fBGMaxMove         = 0.035;     //From original UA1 JetFinder
 108   fPtCut             = 0;
 109   fHadCorr           = 0;
 110   fEBGTotal          = 1.0;       //Set to 1 so that no div by zero in first FindJets() loop
 111   fEBGTotalOld       = 0.0;
 112   fEBGAve            = 0.0;
 113   fEnergy            = 0.0;
 114   fJetEta            = 0.0;
 115   fJetPhi            = 0.0;
 116   fEtaInit           = 0.0;
 117   fPhiInit           = 0.0;
 118   fEtaB              = 0.0;
 119   fPhiB              = 0.0;
 120   fJetESum           = 0.0;
 121   fJetEtaSum         = 0.0;
 122   fJetPhiSum         = 0.0;
 123   fDEta              = 0.0;
 124   fDPhi              = 0.0;
 125   fDistP             = 0.0;
 126   fDistI             = 0.0;
 127   fTempE             = 0.0;
 128   fRad               = 2.0;      //Set to 2 to start
 129   fNumInCone         = 0;
 130   fNumJets           = 0;
 131   fArrayInitialised  = 0;        //Set to FALSE to start
 132   fBGType            = kRatio;   //Set Ratio method as default BG subtraction method
 133   fBGPar             = -1.0;      //Set to 1 to start
 134 }
 135
 136  AliEMCALJetFinderAlgoOmni::~AliEMCALJetFinderAlgoOmni()
 137    {
 138      //Destructor
 139      if (fDebug>0) Info("AliEMCALJetFinderAlgoOmni","Beginning Destructor");
 140      delete[] fUnit;
 141      delete[] fUnitNoCuts;
 142    }
 143
 144  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 145                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin,
 146                                Float_t minMove, Float_t maxMove, Float_t bgMaxMove)
 147    {
 148      //Sets parameters for the JetFinding algorithm
 149      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 150
 151      SetNumUnits(numUnits);
 152      SetJetESeed(eSeed);
 153      SetConeRad(coneRad);
 154      SetJetEMin(jetEMin);
 155      SetEtMin(etMin);
 156      SetMinMove(minMove);
 157      SetMaxMove(maxMove);
 158      SetBGMaxMove(bgMaxMove);
 159    }
 160
 161  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::SetJetFindingParameters
 162                                (Int_t numUnits, Float_t eSeed, Float_t coneRad, Float_t jetEMin, Float_t etMin)
 163    {
 164      //Sets fewer parameters for the JetFinding algorithm
 165      if (fDebug>1) Info("SetJetFindingParameters","Setting parameters for JetFinding");
 166
 167      SetNumUnits(numUnits);
 168      SetJetESeed(eSeed);
 169      SetConeRad(coneRad);
 170      SetJetEMin(jetEMin);
 171      SetEtMin(etMin);
 172      SetMinMove(fMinMove);
 173      SetMaxMove(fMaxMove);
 174      SetBGMaxMove(fBGMaxMove);
 175    }
 176
 177  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::InitUnitArray()
 178    {
 179      //Initialises unit arrays
 180      if(fArrayInitialised) delete [] fUnit;
 181      if(fArrayInitialised) delete [] fUnitNoCuts;
 182      fUnit = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 183      fUnitNoCuts = new AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit[fNumUnits];
 184      fArrayInitialised = 1;
 185    }
 186
 187  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FillUnitArray(AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t flag)
 188    {
 189            // Fill the unit array
 190      if (fDebug>1) Info("FillUnitArray","Beginning FillUnitArray");
 191          //    AliEMCAL* pEMCAL = (AliEMCAL*) gAlice->GetModule("EMCAL");
 192          //   if (pEMCAL){
 193          //          AliEMCALGeometry* geom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(pEMCAL->GetTitle(), "");
 194          //     }else
 195          //    {
 196
 197      AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 198      if (geom == 0)
 199       geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 200
 201         //    }
 202
 203      AliEMCALJetFinderAlgoUA1FillUnitFlagType_t option = flag;
 204      Int_t         numTracks, numDigits;
 205
 206      //Loops over all elements in the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit array and
 207      //fills the objects with relevant values from the Data Input object
 208      if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Filling array with Unit objects");
 209      if (fDebug>15) Info("FillUnitArray","NTracks %i NDigits %i",fInputPointer->GetNTracks(),fInputPointer->GetNDigits());
 210          numTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 211          numDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 212          TParticle         *myPart;
 213          AliEMCALDigit     *myDigit;
 214      if (!fPythiaComparison)
 215      {
 216          //Fill units with Track info if appropriate
 217          if(option==kFillTracksOnly || option ==kFillAll)
 218            {
 219             for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 220             {
 221              myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 222              Float_t eta = myPart->Eta();
 223              //   have to be tune for TRD1; May 31,06
 224              // Float_t  phi = myPart->Phi();
 225              // Int_t towerID = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 226              Int_t towerID = 0;
 227
 228              Float_t  pT = myPart->Pt();
 229              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy();
 230              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy();
 231
 232
 233              //OLD WAY:   //Do Hadron Correction
 234               if(fHadCorr != 0)
 235                {
 236                  Double_t   fullP = myPart->P();
 237                  Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 238                  unitEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 239                  unitEnergyNoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 240                  fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 241                  fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 242                } //end Hadron Correction loop
 243
 244
 245              /*
 246               //Do Hadron Correction with propagate phi for the track
 247               if(fHadCorr != 0)
 248                 {
 249                   Bool_t curl = 1;
 250                   Float_t deltaPhi;
 251                   TParticlePDG *pdg = myPart->GetPDG();
 252                   if(pdg->Charge() < 0)
 253                     {
 254                       deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), -1.0, curl);
 255                     }
 256                   else{
 257                     deltaPhi = PropagatePhi(myPart->Pt(), 1.0, curl);
 258                   }
 259                   phi += deltaPhi;
 260                   //Get new tower id for cell that track would curve into
 261                   Int_t towerID2;
 262                   if(phi>(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMax() || phi<(TMath::Pi()/180.0)*geom->GetArm1PhiMin())
 263                     {
 264                       towerID2 = -1;
 265                     }
 266                   else{
 267                       towerID2 = geom->TowerIndexFromEtaPhi(eta,180.0/TMath::Pi()*phi);
 268                     }
 269
 270                   if(towerID2 != -1)
 271                     {
 272                       //Find unit energy of new tower
 273                       Float_t unitEnergy2 = fUnit[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 274                       Float_t unitEnergy2NoCuts = fUnitNoCuts[towerID2-1].GetUnitEnergy();
 275                       Double_t   fullP = myPart->P();
 276                       Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 277                       unitEnergy2 -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 278                       unitEnergy2NoCuts -= hCEnergy*TMath::Sin(myPart->Theta());
 279                       fUnit[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2);
 280                       fUnitNoCuts[towerID2-1].SetUnitEnergy(unitEnergy2NoCuts);
 281                     }//end if for towerID2
 282                 }//end Hadron Correction loop
 283              */
 284
 285               fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts + pT);
 286              //Do Pt cut on tracks
 287              if(fPtCut != 0 && pT < fPtCut) continue;
 288
 289              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy+pT);
 290
 291              }//end tracks loop
 292            }//end Tracks condition
 293
 294
 295          //Fill units with Digit info if appropriate
 296          if(option ==kFillDigitsOnly || option ==kFillAll)
 297            {
 298             for(Int_t k=0; k<numDigits; k++)
 299             {
 300              myDigit = fInputPointer->GetDigit(k);
 301              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","getting digits %i %i numdigits",k,numDigits );
 302              Int_t towerID = myDigit->GetId();
 303              Int_t amplitude = myDigit->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 304              Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 305              Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 306              Float_t unitEnergy = fUnit[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 307              Float_t unitEnergyNoCuts = fUnitNoCuts[towerID-1].GetUnitEnergy() + digitEnergy;
 308              fUnit[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergy);
 309              fUnitNoCuts[towerID-1].SetUnitEnergy(unitEnergyNoCuts);
 310             }//end digits loop
 311            }//end digits condition
 312
 313          //Set all unit flags, Eta, Phi
 314          for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 315            {
 316              if (fDebug>10) Info("FillUnitArray","Setting all units outside jets");
 317              //Set all units to be outside a jet initially
 318              fUnit[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 319              fUnit[i].SetUnitID(i+1);
 320              Float_t eta;
 321              Float_t phi;
 322              geom->EtaPhiFromIndex(fUnit[i].GetUnitID(), eta, phi);
 323              fUnit[i].SetUnitEta(eta);
 324              fUnit[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 325              //Set all units to be outside a jet initially
 326              fUnitNoCuts[i].SetUnitFlag(kOutJet);
 327              fUnitNoCuts[i].SetUnitID(i+1);
 328              eta = 0.0;
 329              phi = 0.0;
 330              geom->EtaPhiFromIndex(fUnitNoCuts[i].GetUnitID(), eta, phi);
 331              fUnitNoCuts[i].SetUnitEta(eta);
 332              fUnitNoCuts[i].SetUnitPhi(phi*TMath::Pi()/180.0);
 333              //      if(i>13000) cout<<"!!!!!!!!!!!!!!!!!For unit0, eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" and ID="<<fUnit[i].GetUnitID()<<endl;
 334              //  if(fUnit[i].GetUnitEnergy()>0) cout<<"Unit ID "<<fUnit[i].GetUnitID() <<"with eta="<<eta<<" and phi="<<phi*TMath::Pi()/180.0<<" has energy="<<fUnit[i].GetUnitEnergy()<<endl;
 335            }//end loop over all units in array (same as all towers in EMCAL)
 336
 337      }
 338      if (fPythiaComparison)
 339      {
 340              for(Int_t j=0; j<numTracks; j++)
 341              {
 342                      myPart = fInputPointer->GetTrack(j);
 343                      fUnit[j].SetUnitID(j);
 344                      fUnit[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 345                      fUnit[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 346                      fUnit[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 347                      if (myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()) > fPtCut || myPart->GetPDG()->Charge() == 0.0  )
 348                      {
 349                              fUnit[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 350                      }else
 351                      {
 352                              fUnit[j].SetUnitEnergy(0.00);
 353                      }
 354                      fUnitNoCuts[j].SetUnitID(j);
 355                      fUnitNoCuts[j].SetUnitFlag(kOutJet);
 356                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEta(myPart->Eta());
 357                      fUnitNoCuts[j].SetUnitPhi(myPart->Phi());
 358                      fUnitNoCuts[j].SetUnitEnergy(myPart->Energy()*TMath::Sin(myPart->Theta()));
 359              }
 360              for(Int_t k=numTracks; k < fNumUnits; k++)
 361              {
 362                      fUnit[k].SetUnitID(k);
 363                      fUnit[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 364                      fUnit[k].SetUnitEta(0.0);
 365                      fUnit[k].SetUnitPhi(0.0);
 366                      fUnit[k].SetUnitEnergy(0.0);
 367                      fUnitNoCuts[k].SetUnitID(k);
 368                      fUnitNoCuts[k].SetUnitFlag(kBelowMinEt);
 369                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEta(0.0);
 370                      fUnitNoCuts[k].SetUnitPhi(0.0);
 371                      fUnitNoCuts[k].SetUnitEnergy(0.0);
 372              }
 373      }
 374
 375
 376
 377    }
 378
 379
 380  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::Sort(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t length)
 381  {
 382    //Calls the recursive quicksort method to sort unit objects in decending order of Energy
 383    if (fDebug>1) Info("Sort","Sorting Unit objects");
 384    QS(unit, 0, length-1);
 385  }
 386
 387
 388  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::QS(AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit *unit, Int_t left, Int_t right)
 389  {
 390   //Sorts the AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit objects in decending order of Energy
 391    if (fDebug>111) Info("QS","QuickSorting Unit objects");
 392
 393    Int_t    i;
 394    Int_t    j;
 395    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitFirst;
 396    AliEMCALJetFinderAlgoUA1Unit  unitSecond;
 397
 398    i = left;
 399    j = right;
 400    unitFirst = unit[(left+right)/2];
 401
 402  do
 403   {
 404     while( (unit[i].GetUnitEnergy() > unitFirst.GetUnitEnergy()) && (i < right)) i++;
 405     while( (unitFirst.GetUnitEnergy() > unit[j].GetUnitEnergy()) && (j > left)) j--;
 406
 407     if(i <= j)
 408       {
 409         unitSecond = unit[i];
 410         unit[i] = unit[j];
 411         unit[j] = unitSecond;
 412         i++;
 413         j--;
 414       }//end if
 415   }while(i <= j);
 416
 417  if(left < j) QS(unit, left, j);
 418  if(i < right) QS(unit, i, right);
 419  }
 420
 421
 422  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindBG()
 423  {
 424    if(fBGType == kRatio) RatioBG();
 425    else if(fBGType == kCone) ConeBG();
 426    else if(fBGType == kConstant) ConstantBG();
 427  }
 428
 429  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::RatioBG()
 430    {
 431      //Finds the background energy for the iteration
 432      //using the Ratio method
 433      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 434      //Store BGEperCell from previous iteration!
 435      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 436      fEBGTotal          = 0.0;
 437      Int_t numCone      = 0;
 438
 439      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 440      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 441      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.4685;
 442
 443      //Loop over all unit objects in the Unit array and link to same
 444      //unit ID in NoCuts Unit array
 445      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 446        {
 447          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 448            {
 449              Int_t id = fUnit[i].GetUnitID();
 450              fEBGTotal += fUnitNoCuts[id-1].GetUnitEnergy();
 451            }
 452          else numCone++;
 453        }//end for
 454
 455      fEBGTotal *= fBGPar;
 456      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 457      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 458
 459      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 460        {
 461          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 462        }//end for
 463    }
 464
 465  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConeBG()
 466    {
 467      //Finds the background energy for the iteration
 468      //using all energy not contained inside a jet
 469      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 470      //Store old value of BGEperCell!
 471      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 472      fEBGTotal          = 0.0;
 473      Int_t numCone      = 0;
 474
 475      //Loop over all unit objects in the array and sum the energy of those not in a jet
 476      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 477        {
 478          if(fUnit[i].GetUnitFlag() != kInJet)
 479            fEBGTotal += fUnit[i].GetUnitEnergy();
 480          else numCone++;
 481        }//end for
 482
 483      fEBGAve = fEBGTotal / (fNumUnits - numCone);
 484      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 485
 486      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 487        {
 488          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 489        }//end for
 490    }
 491
 492  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::ConstantBG()
 493    {
 494      //Finds the background energy for the iteration
 495      //using all energy not contained inside a jet
 496      if (fDebug>1) Info("FindBG","Finding Average Background");
 497
 498      //If user has not set fBGPar, set it to the default
 499      //for TPC = 90% efficiency, PtCut = 2GeV/c, timecut = 30ns
 500      if(fBGPar == -1) fBGPar = 0.03378;
 501
 502      fEBGAve = fBGPar;
 503      if (fDebug>5) Info("FindBG","Average BG is %f: ",fEBGAve);
 504
 505      fEBGTotal          = 0.0;
 506      Int_t numCone      = 0;
 507      for(Int_t count=0; count<fNumUnits;count++)
 508        {
 509          if(fUnit[count].GetUnitFlag() == kInJet)
 510            {
 511              numCone++;
 512            }
 513          fUnit[count].SetUnitFlag(kOutJet);
 514        }//end for
 515      fEBGTotal = fEBGAve * (fNumUnits-numCone);
 516      fEBGTotalOld = fEBGTotal;
 517    }
 518
 519  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEtaPhi(Int_t counter)
 520    {
 521      //Finds the eta and phi of the jet axis
 522      if (fDebug>10) Info("FindJetEtaPhi","Finding Jet Eta and Phi");
 523
 524      fDEta = fUnit[counter].GetUnitEta() - fEtaInit;
 525      fDPhi = fUnit[counter].GetUnitPhi() - fPhiInit;
 526
 527      fEnergy = fUnit[counter].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 528      fJetEtaSum += fEnergy * fDEta;
 529      fJetPhiSum += fEnergy * fDPhi;
 530      fJetESum += fEnergy;
 531      if (fJetESum >1.0e-7)
 532      {
 533              fJetEta = fEtaInit + (fJetEtaSum / fJetESum);
 534              fJetPhi = fPhiInit + (fJetPhiSum / fJetESum);
 535      }
 536    }
 537
 538
 539  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJetEnergy()
 540    {
 541      //Finds the energy of the jet after the final axis has been found
 542      if (fDebug>1) Info("FindJetEnergy","Finding Jet Energy");
 543
 544      for(Int_t i=0; i<fNumUnits; i++)
 545        {
 546          //Loop over all unit objects in the array and find if within cone radius
 547          Float_t dEta = fUnit[i].GetUnitEta() - fJetEta;
 548          Float_t dPhi = fUnit[i].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 549          Float_t rad;
 550          if ((dEta*dEta) + (dPhi*dPhi)>1.e-7)
 551          {
 552                  rad = TMath::Sqrt( (dEta*dEta) + (dPhi*dPhi) );
 553          }else
 554          {
 555                  rad=0.0;
 556          }
 557
 558          if(fUnit[i].GetUnitFlag()==kOutJet && rad<= fConeRad)
 559            {
 560              fUnit[i].SetUnitFlag(kInCurrentJet);
 561              Float_t energy = fUnit[i].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 562              fJetESum += energy;
 563              fJetEtaSum += energy * dEta;
 564              fJetPhiSum += energy * dPhi;
 565              fNumInCone++;                     //Increment the number of cells in the jet cone
 566            }//end if
 567        }//end for
 568    }
 569
 570
 571  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::StoreJetInfo()
 572    {
 573      //Stores the resulting jet information in appropriate storage structure (TO BE DECIDED!!!!)
 574      if (fDebug>1) Info("StoreJetInfo","Storing Jet Information");
 575      AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
 576      if (geom == 0)
 577        geom = AliEMCALGeometry::GetInstance("EMCAL_55_25","EMCAL");
 578      //Store:
 579      //fJetESum is the final jet energy (background has been subtracted)
 580      //fJetEta is the final jet Eta
 581      //fJetPhi is the final jet Phi
 582      //fNumInCone is the final number of cells included in the jet cone
 583      //fEtaInit is the eta of the initiator cell
 584      //fPhiInit is the phi of the initiator cell
 585
 586      AliEMCALJet jet(fJetESum,fJetPhi,fJetEta);
 587
 588       cout<<"For iteration "<<fNumIter <<" and Jet number " <<fNumJets <<endl;
 589       cout<<"The jet energy is: " <<fJetESum <<endl;
 590       cout<<"The jet eta is ---->" <<fJetEta <<endl;
 591       cout<<"The jet phi is ---->" <<fJetPhi <<endl;
 592
 593      Int_t             numberTracks = fInputPointer->GetNTracks();
 594      Int_t             numberDigits = fInputPointer->GetNDigits();
 595      AliEMCALDigit     *myD;
 596      TParticle         *myP;
 597      Int_t             numTracksInCone = 0;
 598      Float_t           trackEnergy = 0.0;
 599      Float_t           trackEnergyPtCut =0.0;
 600      Float_t           emcalEnergy = 0.0;
 601      Float_t           emcalEnergyBGSub = 0.0;
 602
 603      for(Int_t counter=0; counter<numberTracks; counter++)
 604        {
 605         myP = fInputPointer->GetTrack(counter);
 606         Float_t eta = myP->Eta();
 607         Float_t phi = myP->Phi();
 608         Float_t deta = fJetEta-eta;
 609         Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 610         Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 611         if(rad<=fConeRad) numTracksInCone++;
 612        }//end for
 613
 614      Float_t    *pTArray = new Float_t[numTracksInCone];
 615      Float_t    *etaArray = new Float_t[numTracksInCone];
 616      Float_t    *phiArray = new Float_t[numTracksInCone];
 617      Int_t      *pdgArray = new Int_t[numTracksInCone];
 618      Int_t             index = 0;
 619
 620      for(Int_t counter2=0; counter2<numberTracks; counter2++)
 621        {
 622          myP = fInputPointer->GetTrack(counter2);
 623          Float_t eta = myP->Eta();
 624          Float_t phi = myP->Phi();
 625          Float_t deta = fJetEta-eta;
 626          Float_t dphi = fJetPhi -phi;
 627          Float_t rad ;
 628          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 629          {
 630                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 631          }else
 632          {
 633                  rad=0.0;
 634          }
 635
 636          if(rad<=fConeRad)
 637            {
 638              pTArray[index] = myP->Pt();
 639              //Calculate track contribution within jetcone
 640              trackEnergy += myP->Pt();
 641              if(myP->Pt() >= fPtCut) trackEnergyPtCut += myP->Pt();
 642              etaArray[index] = eta;
 643              phiArray[index] = phi;
 644              pdgArray[index] = myP->GetPdgCode();
 645              index++;
 646              if(fHadCorr != 0)
 647              {
 648                      Double_t   fullP = myP->P();
 649                      Double_t   hCEnergy = fHadCorr->GetEnergy(fullP, (Double_t)eta);
 650                      emcalEnergy -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 651                      emcalEnergyBGSub -= hCEnergy*TMath::Sin(myP->Theta());
 652              } //end Hadron Correction loop
 653
 654            }//end if
 655        }//end for
 656
 657      //Loop over digits to find EMCal contribution within jetcone
 658      for(Int_t counter3=0; counter3<numberDigits; counter3++)
 659        {
 660          myD = fInputPointer->GetDigit(counter3);
 661          //GET DIGIT ETA, PHI so that can check if inside R!
 662          Float_t eta = 0.0;
 663          Float_t phi = 0.0;
 664          Int_t iID = myD->GetId();
 665          geom->EtaPhiFromIndex(iID, eta, phi);
 666          Float_t deta = fJetEta-eta;
 667          Float_t dphi = fJetPhi -(TMath::Pi()/180.0)*phi;
 668          //Float_t rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi));
 669          Float_t rad ;
 670          if ((deta*deta) + (dphi*dphi)>1.e-7)
 671          {
 672                  rad = TMath::Sqrt( (deta*deta) + (dphi*dphi) );
 673          }else
 674          {
 675                  rad=0.0;
 676          }
 677
 678          if(rad<=fConeRad)
 679            {
 680          Int_t amplitude = myD->GetAmp();     //Gets the integer valued amplitude of the digit
 681          Float_t amp = (Float_t)amplitude;        //Need to typecast to Float_t before doing real energy conversion
 682          Float_t digitEnergy = amp/10000000.0;    //Factor of 10 million needed to convert!
 683          emcalEnergy += digitEnergy;
 684          emcalEnergyBGSub += (digitEnergy - fEBGAve);
 685            }//end if
 686        }//end count3 for
 687
 688      //Save in JET object
 689      jet.SetTrackList(numTracksInCone,pTArray, etaArray, phiArray, pdgArray);
 690      jet.SetEMCALEnergy(emcalEnergy);
 691      jet.SetEMCALEnergyBGSub(emcalEnergyBGSub);
 692      jet.SetTrackEnergy(trackEnergy);
 693      jet.SetTrackEnergyPtCut(trackEnergyPtCut);
 694      fOutputPointer->AddJet(&jet);
 695      delete[] pTArray;
 696      delete[] etaArray;
 697      delete[] phiArray;
 698      delete[] pdgArray;
 699    }
 700
 701
 702  void AliEMCALJetFinderAlgoOmni::FindJets()
 703    {
 704      //Runs the complete UA1 JetFinding algorithm to find jets!
 705      if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting Jet Finding!!!");
 706
 707      //If the array of JetFinderUnit objects has not been initialised then initialise with default settings
 708      if(!fArrayInitialised)
 709       {
 710        InitUnitArray();
 711        FillUnitArray(kFillAll);
 712       }//end if
 713      if (fDebug>1) Info("FindJets","Unit array filled");
 714
 715      //Step 1. Sort the array in descending order of Energy
 716      Sort(fUnit,fNumUnits);
 717
 718      //Step 2. Set the number of iterations and Number of jets found to zero to start
 719      fNumIter = 0;
 720      fNumJets = 0;
 721
 722      //Step 3. Begin the iteration loop to find jets
 723      //Need to iterate the algorithm while number of iterations<2 OR number of iterations<10 AND
 724      //the value of the average background has changed more than specified amount
 725      //Min iterations = 2, Max iterations = 10
 726      //while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( (fEBGTotal-fEBGTotalOld)/fEBGTotal) > fBGMaxMove) )
 727
 728      while(fNumIter<2 || (fNumIter <10 && ( fEBGTotal-fEBGTotalOld) > fEBGTotal*fBGMaxMove) )
 729        {
 730         if (fDebug>1) Info("FindJets","Starting BIG iteration ---> %i",fNumIter);
 731
 732          //Step 4. Find the value of the average background energy
 733          FindBG();
 734          fOutputPointer->Reset(kResetJets); //Reset output object to store info for new iteration
 735          fNumJets=0;
 736
 737          //Loop over the array of unit objects and flag those with energy below MinCellEt
 738          Int_t numbelow = 0;
 739          for(Int_t j=0; j<fNumUnits; j++)
 740            {
 741              if( (fUnit[j].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 742                 {
 743                   //          fUnit[j].SetUnitFlag(kBelowMinEt);    TAKING OUT kBelow flag
 744                   numbelow++;
 745                 }//end if
 746            }//end for
 747          //cout<<"THERE WERE "<<numbelow<<" units with E <EtMin!!!!!!!!!!!!!!!"<<endl;
 748
 749          //Do quick check if there are no jets upfront
 750          // if(fUnit[0].GetUnitFlag() == kBelowMinEt)
 751          if( (fUnit[0].GetUnitEnergy()-fEBGAve) < fEtMin)
 752            {
 753             cout <<"There are no jets for this event!" <<endl;
 754             break;
 755            }//end if
 756
 757          //Step 5. Begin with the first jet candidate cell (JET SEED LOOP)
 758          if (fDebug>5) Info("FindJets","Beginning JET SEED LOOP");
 759          for(Int_t count=0; count<fNumUnits; count++)
 760            {
 761
 762 //CHECK CONDITION HERE _ NOT SURE IF SHOULD MAYBE BE: GetUnitEnergy()-fEBGAve >fESeed?????????????????????????????
 763              if(fUnit[count].GetUnitEnergy()>=fESeed && fUnit[count].GetUnitFlag()==kOutJet)
 764                {
 765                  fEnergy = fUnit[count].GetUnitEnergy() - fEBGAve;
 766                  fJetEta = fUnit[count].GetUnitEta();
 767                  fJetPhi = fUnit[count].GetUnitPhi();
 768                  Int_t seedID = fUnit[count].GetUnitID();
 769                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Inside first candidate jet seed loop for time : %i", count);
 770                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate energy %f ",fEnergy);
 771                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate eta %f ", fJetEta);
 772                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate phi %f ", fJetPhi);
 773                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Found candidate ID %i", seedID);
 774
 775                  fEtaInit = fJetEta;
 776                  fPhiInit = fJetPhi;
 777                  fEtaB = fJetEta;
 778                  fPhiB = fJetPhi;
 779                  Int_t testflag = 1;
 780                  do
 781                    {
 782                  fJetESum = 0.0;
 783                  fJetEtaSum = 0.0;
 784                  fJetPhiSum = 0.0;
 785
 786          //Step 6. Find Jet Eta and Phi
 787                  //Loop over all units in the array to find the ones in the jet cone and determine contrib to Jet eta, phi
 788                      for(Int_t count1=0; count1<fNumUnits; count1++)
 789                        {
 790                          if(fUnit[count1].GetUnitID() == seedID && testflag)
 791                          {
 792                                  testflag=0;
 793                                  continue;   //skip unit if the jetseed to avoid doublecounting
 794                          }
 795                          if(fUnit[count1].GetUnitFlag() == kOutJet)
 796                            {
 797                              fDEta = fUnit[count1].GetUnitEta() - fJetEta;
 798                              fDPhi = fUnit[count1].GetUnitPhi() - fJetPhi;
 799                              if ( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) >1.e-7)
 800                              {
 801                                      fRad = TMath::Sqrt( (fDEta*fDEta) + (fDPhi*fDPhi) );
 802                              }else
 803                              {
 804                                      fRad=0.000;
 805                              }
 806                              if(fRad <= fConeRad)
 807                                {
 808                                  FindJetEtaPhi(count1);
 809                                }//end if
 810                            }//end if
 811                        }//end for (Jet Eta, Phi LOOP)
 812
 813                       //Find the distance cone centre moved from previous cone centre
 814                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move small enough");
 815                       if (((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB))  >1.e-7)
 816                       {
 817                               fDistP = TMath::Sqrt( ((fJetEta-fEtaB)*(fJetEta-fEtaB)) + ((fJetPhi-fPhiB)*(fJetPhi-fPhiB)) );
 818                       }else
 819                       {
 820                               fDistP = 0.00;
 821                       }
 822                       //     if(fDistP <= fMinMove) break;
 823
 824
 825                       //Find the distance cone centre is from initiator cell
 826                       if (fDebug>10) Info("FindJets","Checking if cone move too large");
 827                       if ( ((fJetEtaSum)*(fJetEtaSum))+((fJetPhiSum)*(fJetPhiSum)) >1.e-7)
 828                       {
 829                               fDistI = TMath::Sqrt( ((fJetEtaSum/fJetESum)*(fJetEtaSum/fJetESum)) + ((fJetPhiSum/fJetESum)*
 830                                                                                                     (fJetPhiSum/fJetESum)));
 831                       }else
 832                       {
 833                               fDistI = 0.00;
 834                       }
 835
 836                       if(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove)
 837                         {
 838                           fEtaB = fJetEta;
 839                           fPhiB = fJetPhi;
 840                         }//end if
 841
 842                    }while(fDistP>fMinMove && fDistI<fMaxMove);
 843
 844                  fJetEta = fEtaB;
 845                  fJetPhi = fPhiB;
 846
 847
 848        //Step 7. Find the Jet Energy
 849                  if (fDebug>1) Info("FindJets","Looking for Jet energy");
 850                  fJetESum = 0.0;
 851                  fJetEtaSum = 0.0;
 852                  fJetPhiSum = 0.0;
 853                  fNumInCone = 0;
 854                  FindJetEnergy();
 855
 856                  //cout<<"Number of cells in jet cone is: "<<fNumInCone<<endl;
 857
 858        //Step 8. Check if the jet is a valid jet
 859                  //Check if cluster energy is above Min allowed to be a jet
 860 //DID NOT DO THE COSH COMPARISON HERE -> NEED TO CHECK WHICH COMPARISON IS BEST!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 861                  if (fDebug>5) Info("FindJets","Checking cluster is valid jet");
 862                  if(fJetESum < fJetEMin)
 863                    {
 864                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 865                        {
 866                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet || fUnit[count2].GetUnitFlag()==kOutJet)
 867                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kOutJet);
 868                        }//end for
 869                    if (fDebug>10) Info("FindJets","NOT a valid jet cell");
 870                   }else
 871                     {
 872                      for(Int_t count2=0; count2<fNumUnits; count2++)
 873                        {
 874                          if(fUnit[count2].GetUnitFlag()==kInCurrentJet)
 875                            {
 876                              //      cout<<"Setting unit #"<<count2 <<" to be officially in a jet!"<<endl;
 877                            fUnit[count2].SetUnitFlag(kInJet);
 878                            }
 879                        }//end for
 880
 881  //NEED TO CHECK FINAL WEIRD ITERATION OF ETA AND PHI CHANGES!!!!!!!!!
 882                      //  fJetPhi += fJetPhiSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 883                      //  fJetEta += fJetEtaSum/fJetESum;        //CHECK!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
 884
 885                      fNumJets++;              //Incrementing number of jets found
 886                      StoreJetInfo();          //Storing jet info
 887
 888                  }//end if (check cluster above Min Jet Energy)
 889                }//end if (Jet Seed condition)
 890            }//end (JET SEED LOOP)
 891
 892 if (fDebug>5) Info("FindJets","End of BIG iteration number %i",fNumIter);
 893 // this->Dump();
 894          fNumIter++;
 895        }//end 10 iteration WHILE LOOP
 896  }
 897
 898
 899
 900
 901
 902
 903
 904
 905
 906
 907