ALIROOT-5433 Transition to CDHv3 in HLT
[u/mrichter/AliRoot.git] / HLT / global / AliHLTGlobalEsdConverterComponent.cxx
1 // $Id$
2
3 //**************************************************************************
4 //* This file is property of and copyright by the ALICE HLT Project        * 
5 //* ALICE Experiment at CERN, All rights reserved.                         *
6 //*                                                                        *
7 //* Primary Authors: Matthias Richter <Matthias.Richter@ift.uib.no>        *
8 //*                  for The ALICE HLT Project.                            *
9 //*                                                                        *
10 //* Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
11 //* documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
12 //* without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
13 //* copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
14 //* appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
15 //* about the suitability of this software for any purpose. It is          *
16 //* provided "as is" without express or implied warranty.                  *
17 //**************************************************************************
18
19 //  @file   AliHLTGlobalEsdConverterComponent.cxx
20 //  @author Matthias Richter
21 //  @date   
22 //  @brief  Global ESD converter component.
23 // 
24
25 // see header file for class documentation
26 // or
27 // refer to README to build package
28 // or
29 // visit http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt
30
31 #include <cassert>
32 #include "AliHLTGlobalEsdConverterComponent.h"
33 #include "AliHLTGlobalBarrelTrack.h"
34 #include "AliHLTExternalTrackParam.h"
35 #include "AliHLTTrackMCLabel.h"
36 #include "AliHLTCTPData.h"
37 #include "AliHLTErrorGuard.h"
38 #include "AliESDEvent.h"
39 #include "AliESDtrack.h"
40 #include "AliESDMuonTrack.h"
41 #include "AliESDMuonCluster.h"
42 #include "AliCDBEntry.h"
43 #include "AliCDBManager.h"
44 #include "AliPID.h"
45 #include "TTree.h"
46 #include "TList.h"
47 #include "TClonesArray.h"
48 #include "AliHLTESDCaloClusterMaker.h"
49 #include "AliHLTCaloClusterDataStruct.h"
50 #include "AliHLTCaloClusterReader.h"
51 #include "AliESDCaloCluster.h"
52 #include "AliESDVZERO.h"
53 #include "AliHLTGlobalVertexerComponent.h"
54 #include "AliHLTVertexFinderBase.h"
55
56 /** ROOT macro for the implementation of ROOT specific class methods */
57 ClassImp(AliHLTGlobalEsdConverterComponent)
58
59 AliHLTGlobalEsdConverterComponent::AliHLTGlobalEsdConverterComponent()
60   : AliHLTProcessor()
61   , fWriteTree(0)
62   , fVerbosity(0)
63   , fESD(NULL)
64   , fSolenoidBz(-5.00668)
65   , fBenchmark("EsdConverter")
66 {
67   // see header file for class documentation
68   // or
69   // refer to README to build package
70   // or
71   // visit http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt
72 }
73
74 AliHLTGlobalEsdConverterComponent::~AliHLTGlobalEsdConverterComponent()
75 {
76   // see header file for class documentation
77   if (fESD) delete fESD;
78   fESD=NULL;
79 }
80
81 int AliHLTGlobalEsdConverterComponent::Configure(const char* arguments)
82 {
83   // see header file for class documentation
84   int iResult=0;
85   if (!arguments) return iResult;
86
87   TString allArgs=arguments;
88   TString argument;
89   int bMissingParam=0;
90
91   TObjArray* pTokens=allArgs.Tokenize(" ");
92   if (pTokens) {
93     for (int i=0; i<pTokens->GetEntries() && iResult>=0; i++) {
94       argument=((TObjString*)pTokens->At(i))->String(); 
95       if (argument.IsNull()) continue;
96       
97       if (argument.CompareTo("-solenoidBz")==0) {
98         if ((bMissingParam=(++i>=pTokens->GetEntries()))) break;
99         HLTWarning("argument -solenoidBz is deprecated, magnetic field set up globally (%f)", GetBz());
100         continue;
101       } else {
102         HLTError("unknown argument %s", argument.Data());
103         iResult=-EINVAL;
104         break;
105       }
106     }
107     delete pTokens;
108   }
109   if (bMissingParam) {
110     HLTError("missing parameter for argument %s", argument.Data());
111     iResult=-EINVAL;
112   }
113
114   return iResult;
115 }
116
117 int AliHLTGlobalEsdConverterComponent::Reconfigure(const char* cdbEntry, const char* chainId)
118 {
119   // see header file for class documentation
120   int iResult=0;
121   const char* path=NULL;
122   const char* defaultNotify="";
123   if (cdbEntry) {
124     path=cdbEntry;
125     defaultNotify=" (default)";
126   }
127   if (path) {
128     HLTInfo("reconfigure from entry %s%s, chain id %s", path, defaultNotify,(chainId!=NULL && chainId[0]!=0)?chainId:"<none>");
129     AliCDBEntry *pEntry = AliCDBManager::Instance()->Get(path/*,GetRunNo()*/);
130     if (pEntry) {
131       TObjString* pString=dynamic_cast<TObjString*>(pEntry->GetObject());
132       if (pString) {
133         HLTInfo("received configuration object string: \'%s\'", pString->String().Data());
134         iResult=Configure(pString->String().Data());
135       } else {
136         HLTError("configuration object \"%s\" has wrong type, required TObjString", path);
137       }
138     } else {
139       HLTError("can not fetch object \"%s\" from CDB", path);
140     }
141   }
142   
143   return iResult;
144 }
145
146 void AliHLTGlobalEsdConverterComponent::GetInputDataTypes(AliHLTComponentDataTypeList& list)
147 {
148   // see header file for class documentation
149   list.push_back(kAliHLTDataTypeTrack);
150   list.push_back(kAliHLTDataTypeTrackMC);
151   list.push_back(kAliHLTDataTypeCaloCluster);
152   list.push_back(kAliHLTDataTypedEdx );
153   list.push_back(kAliHLTDataTypeESDVertex );
154   list.push_back(kAliHLTDataTypeESDObject);
155   list.push_back(kAliHLTDataTypeTObject);
156   list.push_back(kAliHLTDataTypeGlobalVertexer);
157   list.push_back(kAliHLTDataTypeV0Finder); // array of track ids for V0s
158   list.push_back(kAliHLTDataTypeKFVertex); // KFVertex object from vertexer
159   list.push_back(kAliHLTDataTypePrimaryFinder); // array of track ids for prim vertex
160   list.push_back(kAliHLTDataTypeESDContent);
161 }
162
163 AliHLTComponentDataType AliHLTGlobalEsdConverterComponent::GetOutputDataType()
164 {
165   // see header file for class documentation
166   return kAliHLTDataTypeESDObject|kAliHLTDataOriginOut;
167 }
168
169 void AliHLTGlobalEsdConverterComponent::GetOutputDataSize(unsigned long& constBase, double& inputMultiplier)
170 {
171   // see header file for class documentation
172   constBase=2000000;
173   inputMultiplier=10.0;
174 }
175
176 int AliHLTGlobalEsdConverterComponent::DoInit(int argc, const char** argv)
177 {
178   // see header file for class documentation
179   int iResult=0;
180   TString argument="";
181   int bMissingParam=0;
182
183   // default list of skiped ESD objects
184   TString skipObjects=
185     // "AliESDRun,"
186     // "AliESDHeader,"
187     // "AliESDZDC,"
188     "AliESDFMD,"
189     // "AliESDVZERO,"
190     // "AliESDTZERO,"
191     // "TPCVertex,"
192     // "SPDVertex,"
193     // "PrimaryVertex,"
194     // "AliMultiplicity,"
195     // "PHOSTrigger,"
196     // "EMCALTrigger,"
197     // "SPDPileupVertices,"
198     // "TrkPileupVertices,"
199     "Cascades,"
200     "Kinks,"
201     "AliRawDataErrorLogs,"
202     "AliESDACORDE";
203
204   iResult=Reconfigure(NULL, NULL);
205   TString allArgs = "";
206   for ( int i = 0; i < argc; i++ ) {
207     if ( !allArgs.IsNull() ) allArgs += " ";
208     allArgs += argv[i];
209   }
210
211   TObjArray* pTokens=allArgs.Tokenize(" ");
212   if (pTokens) {
213     for (int i=0; i<pTokens->GetEntries() && iResult>=0; i++) {
214       argument=((TObjString*)pTokens->At(i))->String(); 
215       if (argument.IsNull()) continue;
216
217       // -notree
218       if (argument.CompareTo("-notree")==0) {
219         fWriteTree=0;
220         
221         // -tree
222       } else if (argument.CompareTo("-tree")==0) {
223         fWriteTree=1;
224       } else if (argument.CompareTo("-solenoidBz")==0) {
225         if ((bMissingParam=(++i>=pTokens->GetEntries()))) break;
226         HLTInfo("Magnetic Field set to: %s", ((TObjString*)pTokens->At(i))->String().Data());
227         HLTWarning("argument '-solenoidBz' is deprecated, solenoid field initiaized from CDB settings");
228         continue;
229       } else if (argument.Contains("-skipobject=")) {
230         argument.ReplaceAll("-skipobject=", "");
231         skipObjects=argument;
232       } else {
233         HLTError("unknown argument %s", argument.Data());
234         iResult=-EINVAL;
235         break;
236       }
237     }
238   }
239   if (bMissingParam) {
240     HLTError("missing parameter for argument %s", argument.Data());
241     iResult=-EINVAL;
242   }
243
244   fSolenoidBz=GetBz();
245
246   if (iResult>=0) {
247     fESD = new AliESDEvent;
248     if (fESD) {
249       fESD->CreateStdContent();
250
251       // remove some of the objects which are not needed
252       if (fESD->GetList() && !skipObjects.IsNull()) {
253         pTokens=skipObjects.Tokenize(",");
254         if (pTokens) {
255           const char* id=NULL;
256           TIter next(pTokens);
257           TObject* pObject=NULL;
258           while ((pObject=next())!=NULL) {
259             id=((TObjString*)pObject)->String().Data();
260             TObject* pObj=fESD->GetList()->FindObject(id);
261             if (pObj) {
262               HLTDebug("removing object %s", id);
263               fESD->GetList()->Remove(pObj);
264               delete pObj;
265             } else {
266               HLTWarning("failed to remove object '%s' from ESD", id);
267             }
268           }
269           fESD->GetStdContent();
270           delete pTokens;
271         }
272       }
273     } else {
274       iResult=-ENOMEM;
275     }
276
277     SetupCTPData();
278   }
279
280   fBenchmark.SetTimer(0,"total");
281
282   return iResult;
283 }
284
285 int AliHLTGlobalEsdConverterComponent::DoDeinit()
286 {
287   // see header file for class documentation
288   if (fESD) delete fESD;
289   fESD=NULL;
290
291   return 0;
292 }
293
294 int AliHLTGlobalEsdConverterComponent::DoEvent(const AliHLTComponentEventData& /*evtData*/, 
295                                                AliHLTComponentTriggerData& trigData)
296 {
297   // see header file for class documentation
298   int iResult=0;
299   if (!fESD) return -ENODEV;
300
301   if (IsDataEvent()) fBenchmark.StartNewEvent();
302   fBenchmark.Start(0);
303
304   AliESDEvent* pESD = fESD;
305
306   pESD->Reset(); 
307   pESD->SetMagneticField(fSolenoidBz);
308   pESD->SetRunNumber(GetRunNo());
309   pESD->SetPeriodNumber(GetPeriodNumber());
310   pESD->SetOrbitNumber(GetOrbitNumber());
311   pESD->SetBunchCrossNumber(GetBunchCrossNumber());
312   pESD->SetTimeStamp(GetTimeStamp());
313
314   const AliHLTCTPData* pCTPData=CTPData();
315   if (pCTPData) {
316     AliHLTTriggerMask_t mask=pCTPData->ActiveTriggers(trigData);
317     for (int index=0; index<gkNCTPTriggerClasses; index++) {
318       if ((mask&(AliHLTTriggerMask_t(0x1)<<index)) == 0) continue;
319       pESD->SetTriggerClass(pCTPData->Name(index), index);
320     }
321     //first 50 triggers
322     AliHLTTriggerMask_t mask50;
323     mask50.set(); // set all bits
324     mask50 >>= 50; // shift 50 right
325     pESD->SetTriggerMask((mask&mask50).to_ulong());
326     /* next 50, to be implemented 
327     pESD->SetTriggerMaskNext50((mask>>50).to_ulong());
328     */
329   }
330
331   TTree* pTree = NULL;
332   if (fWriteTree)
333     pTree = new TTree("esdTree", "Tree with HLT ESD objects");
334  
335   if (pTree) {
336     pTree->SetDirectory(0);
337   }
338
339   if ((iResult=ProcessBlocks(pTree, pESD))>=0) {
340     // TODO: set the specification correctly
341     if (pTree) {
342       // the esd structure is written to the user info and is
343       // needed in te ReadFromTree method to read all objects correctly
344       pTree->GetUserInfo()->Add(pESD);
345       pESD->WriteToTree(pTree);
346       iResult=PushBack(pTree, kAliHLTDataTypeESDTree|kAliHLTDataOriginOut, 0);
347     } else {
348       iResult=PushBack(pESD, kAliHLTDataTypeESDObject|kAliHLTDataOriginOut, 0);
349     }
350     fBenchmark.AddOutput(GetLastObjectSize());
351   }
352   if (pTree) {
353     // clear user info list to prevent objects from being deleted
354     pTree->GetUserInfo()->Clear();
355     delete pTree;
356   }
357
358   fBenchmark.Stop(0);
359   HLTInfo( fBenchmark.GetStatistics() );
360
361   return iResult;
362 }
363
364 int AliHLTGlobalEsdConverterComponent::ProcessBlocks(TTree* pTree, AliESDEvent* pESD)
365 {
366   // see header file for class documentation
367
368   int iResult=0;
369   int iAddedDataBlocks=0;
370
371   // check if there is an ESD block in the input and copy its content first to the
372   // ESD
373   const TObject* pEsdObj = GetFirstInputObject(kAliHLTDataTypeESDObject, "AliESDEvent");
374   AliESDEvent* pInputESD=NULL;
375   if (pEsdObj) pInputESD=dynamic_cast<AliESDEvent*>(const_cast<TObject*>(pEsdObj));
376   if (pInputESD) {
377     pInputESD->GetStdContent();
378     *pESD=*pInputESD;
379   }
380   if (GetNextInputObject()!=NULL) {
381     HLTWarning("handling of multiple ESD input objects not implemented, skipping input");
382   }
383
384   // Barrel tracking
385   // tracks are based on the TPC tracks, and only updated from the ITS information
386   // Sequence:
387   // 1) extract MC information for TPC and ITS from specific data blocks and store in
388   //    intermediate vector arrays
389   // 2) extract TPC tracks, update with MC labels if available, the track parameters
390   //    are estimated at the first cluster position
391   // 2.1) propagate to last cluster position and update kTPCout, sets also outer param (fOp)
392   // 2.2) update kTPCin, sets also inner param (fIp) and TPC inner param (fTPCInner)
393   // 2.3) update kTPCrefit using the same parameters at the first cluster position
394   //      HLT has strictly spoking no refit, but we want the flag to be set
395   //      can be changed to be done after all the individual barrel detector parameters
396   //      have been updated by looping over the tracks again
397   // 3) extract ITS tracks, the tracks are actually TPC tracks updated from the ITS
398   //    tracking information
399   // 3.1) TODO 2010-07-12: handle ITS standalone tracks by updating kITSout before kITSin
400   // 3.2) update with kITSin
401   //    TODO 2010-07-12 find out if the kITSrefit has to be set as well
402   // 4) extract TRD tracks and add to ESD
403   //    TODO 2010-07-12 at the moment there is no matching or merging of TPC and TRD tracks
404   // 5) Add Trigger Detectors 
405   //    VZERO, ZDC
406
407   // 1) first read MC information (if present)
408   std::map<int,int> mcLabelsTPC;
409   std::map<int,int> mcLabelsITS;
410
411   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrackMC|kAliHLTDataOriginTPC);
412        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
413
414     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
415
416     AliHLTTrackMCData* dataPtr = reinterpret_cast<AliHLTTrackMCData*>( pBlock->fPtr );
417     if (sizeof(AliHLTTrackMCData)+dataPtr->fCount*sizeof(AliHLTTrackMCLabel)==pBlock->fSize) {
418       for( unsigned int il=0; il<dataPtr->fCount; il++ ){
419         AliHLTTrackMCLabel &lab = dataPtr->fLabels[il];
420         mcLabelsTPC[lab.fTrackID] = lab.fMCLabel;
421       }
422     } else {
423       HLTWarning("data mismatch in block %s (0x%08x): count %d, size %d -> ignoring track MC information", 
424                  DataType2Text(pBlock->fDataType).c_str(), pBlock->fSpecification, 
425                  dataPtr->fCount, pBlock->fSize);
426     }
427   }
428  
429   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrackMC|kAliHLTDataOriginITS);
430        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
431
432     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
433
434     AliHLTTrackMCData* dataPtr = reinterpret_cast<AliHLTTrackMCData*>( pBlock->fPtr );
435     if (sizeof(AliHLTTrackMCData)+dataPtr->fCount*sizeof(AliHLTTrackMCLabel)==pBlock->fSize) {
436       for( unsigned int il=0; il<dataPtr->fCount; il++ ){
437         AliHLTTrackMCLabel &lab = dataPtr->fLabels[il];
438         mcLabelsITS[lab.fTrackID] = lab.fMCLabel;
439       }
440     } else {
441       HLTWarning("data mismatch in block %s (0x%08x): count %d, size %d -> ignoring track MC information", 
442                  DataType2Text(pBlock->fDataType).c_str(), pBlock->fSpecification, 
443                  dataPtr->fCount, pBlock->fSize);
444     }
445   }
446
447
448   // read dEdx information (if present)
449   // TODO 2010-07-12 this needs to be verified
450
451   AliHLTFloat32_t *dEdxTPC = 0; 
452   Int_t ndEdxTPC = 0;
453   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypedEdx|kAliHLTDataOriginTPC);
454        pBlock!=NULL; pBlock=NULL/*GetNextInputBlock() there is only one block*/) {
455     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
456     dEdxTPC = reinterpret_cast<AliHLTFloat32_t*>( pBlock->fPtr );
457     ndEdxTPC = pBlock->fSize / (3*sizeof(AliHLTFloat32_t));
458   }
459
460   // 2) convert the TPC tracks to ESD tracks
461   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrack|kAliHLTDataOriginTPC);
462        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
463     if (pInputESD && pInputESD->GetNumberOfTracks()>0) {
464       HLTWarning("Tracks array already filled from the input esd block, additional filling from TPC tracks block might cause inconsistent content");
465     }
466     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
467     vector<AliHLTGlobalBarrelTrack> tracks;
468     if ((iResult=AliHLTGlobalBarrelTrack::ConvertTrackDataArray(reinterpret_cast<const AliHLTTracksData*>(pBlock->fPtr), pBlock->fSize, tracks))>=0) {
469       for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::iterator element=tracks.begin();
470            element!=tracks.end(); element++) {
471         Float_t points[4] = {
472           static_cast<Float_t>(element->GetX()),
473           static_cast<Float_t>(element->GetY()),
474           static_cast<Float_t>(element->GetLastPointX()),
475           static_cast<Float_t>(element->GetLastPointY())
476         };
477
478         Int_t mcLabel = -1;
479         if( mcLabelsTPC.find(element->TrackID())!=mcLabelsTPC.end() )
480           mcLabel = mcLabelsTPC[element->TrackID()];
481         element->SetLabel( mcLabel );
482
483         AliESDtrack iotrack;
484
485         // for the moment, the number of clusters are not set when processing the
486         // kTPCin update, only at kTPCout
487         // there ar emainly three parameters updated for kTPCout
488         //   number of clusters
489         //   chi2
490         //   pid signal
491         // The first one can be updated already at that stage here, while the two others
492         // eventually require to update from the ITS tracks before. The exact scheme
493         // needs to be checked
494         iotrack.SetID( element->TrackID() );
495
496         // 2.1 set kTPCout
497         // TODO 2010-07-12 disabled for the moment because of bug
498         // https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?69875
499         // the propagation does not work, there is an offset in z
500         // propagate to last cluster and update parameters with flag kTPCout
501         // Note: updating with flag kITSout further down will overwrite the outer
502         // parameter again so this can be done only for ITS standalone tracks, meaning
503         // tracks in the ITS not associated with any TPC track
504         // HLT does not provide such standalone tracking
505         {
506           AliHLTGlobalBarrelTrack outPar(*element);       
507           //outPar.AliExternalTrackParam::PropagateTo( element->GetLastPointX(), fSolenoidBz );
508           const Int_t N=10; // number of steps.
509           const Float_t xRange = element->GetLastPointX() - element->GetX();
510           const Float_t xStep = xRange / N ;
511           for(int i = 1; i <= N; ++i) {
512             if(!outPar.AliExternalTrackParam::PropagateTo(element->GetX() + xStep * i, fSolenoidBz)) break;
513           }
514           outPar.SetLabel(element->GetLabel());
515           iotrack.UpdateTrackParams(&outPar,AliESDtrack::kTPCout);
516         }
517         // 2.2 TPC tracking estimates parameters at first cluster
518         iotrack.UpdateTrackParams(&(*element),AliESDtrack::kTPCin);
519
520         // 2.3 use the same parameters also for kTPCrefit, there is no proper refit in HLT
521         // maybe this can be done later, however also the inner parameter is changed which
522         // is used as a reference point in the display. That point should be at the first
523         // TPC cluster
524         iotrack.UpdateTrackParams(&(*element),AliESDtrack::kTPCrefit);
525         iotrack.SetTPCPoints(points);
526         if( element->TrackID()<ndEdxTPC ){
527           AliHLTFloat32_t *val = &(dEdxTPC[3*element->TrackID()]);
528           iotrack.SetTPCsignal( val[0], val[1], (UChar_t) val[2] ); 
529           //AliTPCseed s;
530           //s.Set( element->GetX(), element->GetAlpha(),
531           //element->GetParameter(), element->GetCovariance() );
532           //s.SetdEdx( val[0] );
533           //s.CookPID();
534           //iotrack.SetTPCpid(s.TPCrPIDs() );
535         } else {
536           if( dEdxTPC ) HLTWarning("Wrong number of dEdx TPC labels");
537         }
538         iotrack.SetLabel(mcLabel);
539         pESD->AddTrack(&iotrack);
540         if (fVerbosity>0) element->Print();
541       }
542       HLTInfo("converted %d track(s) to AliESDtrack and added to ESD", tracks.size());
543       iAddedDataBlocks++;
544     } else if (iResult<0) {
545       HLTError("can not extract tracks from data block of type %s (specification %08x) of size %d: error %d", 
546                DataType2Text(pBlock->fDataType).c_str(), pBlock->fSpecification, pBlock->fSize, iResult);
547     }
548   }
549
550
551   // Get ITS SPD vertex
552   for( const AliHLTComponentBlockData *i= GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeESDVertex|kAliHLTDataOriginITS); i!=NULL; i=GetNextInputBlock() ){
553     fBenchmark.AddInput(i->fSize);
554   }
555
556   for ( const TObject *iter = GetFirstInputObject(kAliHLTDataTypeESDVertex|kAliHLTDataOriginITS); iter != NULL; iter = GetNextInputObject() ) {
557     AliESDVertex *vtx = dynamic_cast<AliESDVertex*>(const_cast<TObject*>( iter ) );
558     pESD->SetPrimaryVertexSPD( vtx );
559   }
560
561   // 3.1. now update ESD tracks with the ITSOut info
562   // updating track parameters with flag kITSout will overwrite parameter set above with flag kTPCout
563   // TODO 2010-07-12 there are some issues with this updating sequence, for the moment update with
564   // flag kITSout is disabled, would require
565   // a) to update kTPCout after kITSout
566   // b) update only for ITS standalone tracks. The HLT ITS tracker does not provide standalone
567   //    tracking, every track is related to a TPC track
568   // Furthermore there seems to be a bug as the data blocks describe track parameters around the
569   // vertex, not at the outer ITS
570   // bug https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?69872
571   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrack|kAliHLTDataOriginITSOut);
572        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
573     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
574     vector<AliHLTGlobalBarrelTrack> tracks;
575     if ((iResult=AliHLTGlobalBarrelTrack::ConvertTrackDataArray(reinterpret_cast<const AliHLTTracksData*>(pBlock->fPtr), pBlock->fSize, tracks))>0) {
576       for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::iterator element=tracks.begin();
577            element!=tracks.end(); element++) {
578         int tpcID=element->TrackID();
579         // the ITS tracker assigns the TPC track used as seed for a certain track to
580         // the trackID
581         if( tpcID<0 || tpcID>=pESD->GetNumberOfTracks()) continue;
582         AliESDtrack *tESD = pESD->GetTrack( tpcID );
583         element->SetLabel(tESD->GetLabel());
584         // 2010-07-12 disabled, see above, bugfix https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?69872
585         //if( tESD ) tESD->UpdateTrackParams( &(*element), AliESDtrack::kITSout );
586       }
587     }
588   }
589
590   // 3.2. now update ESD tracks with the ITS info
591   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrack|kAliHLTDataOriginITS);
592        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
593     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
594     vector<AliHLTGlobalBarrelTrack> tracks;
595     if ((iResult=AliHLTGlobalBarrelTrack::ConvertTrackDataArray(reinterpret_cast<const AliHLTTracksData*>(pBlock->fPtr), pBlock->fSize, tracks))>0) {
596       for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::iterator element=tracks.begin();
597            element!=tracks.end(); element++) {
598         int tpcID=element->TrackID();
599         // the ITS tracker assigns the TPC track used as seed for a certain track to
600         // the trackID
601         if( tpcID<0 || tpcID>=pESD->GetNumberOfTracks()) continue;
602         Int_t mcLabel = -1;
603         if( mcLabelsITS.find(element->TrackID())!=mcLabelsITS.end() )
604           mcLabel = mcLabelsITS[element->TrackID()];
605         AliESDtrack *tESD = pESD->GetTrack( tpcID );
606         if (!tESD) continue;
607         // the labels for the TPC and ITS tracking params can be different, e.g.
608         // there can be a decay. The ITS label should then be the better one, the
609         // TPC label is saved in a member of AliESDtrack
610         if (mcLabel>=0) {
611           // upadte only if the ITS label is available, otherwise keep TPC label
612           element->SetLabel( mcLabel );
613         } else {
614           // bugfix https://savannah.cern.ch/bugs/?69713
615           element->SetLabel( tESD->GetLabel() );          
616         }
617         tESD->UpdateTrackParams( &(*element), AliESDtrack::kITSin );
618
619         // TODO: add a proper refit
620         //tESD->UpdateTrackParams( &(*element), AliESDtrack::kTPCrefit );
621       }
622     }
623   }
624
625   // update with  vertices and vertex-fitted tracks
626   // output of the GlobalVertexerComponent
627   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeGlobalVertexer);
628        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
629     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);   
630     AliHLTGlobalVertexerComponent::FillESD( pESD, reinterpret_cast<AliHLTGlobalVertexerComponent::AliHLTGlobalVertexerData* >(pBlock->fPtr) );
631   }
632
633   // update with  vertices and vertex-fitted tracks
634   // output of PrimaryVertexer and V0Finder components
635   TObject* pBase = (TObject*)GetFirstInputObject(kAliHLTDataTypeKFVertex | kAliHLTDataOriginOut);
636   if (pBase) {
637     AliKFVertex* kfVertex = dynamic_cast<AliKFVertex *>(pBase);
638     if (kfVertex) {
639       const AliHLTComponentBlockData* pP = GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypePrimaryFinder | kAliHLTDataOriginOut);
640       if (pP && pP->fSize && pP->fPtr) {
641         const AliHLTComponentBlockData* pV0 = GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeV0Finder | kAliHLTDataOriginOut);
642         if (pV0 && pV0->fPtr && pInputESD && pInputESD->GetNumberOfV0s()>0) {
643           const int* v0s = static_cast<const int*>(pV0->fPtr);
644           HLTWarning("V0 array already filled from the input esd block, additional filling from V0 block of %d entries might cause inconsistent content", v0s[0]);
645         }
646         AliHLTVertexFinderBase::FillESD(pESD, kfVertex, pP->fPtr, pV0?pV0->fPtr:NULL);
647       } else
648         HLTWarning("Problem with primary finder's data block");
649     } else {
650       HLTWarning("primary vertex block of wrong type, expecting AliKFVertex instead of %s", pBase->GetName());
651     }
652   } else {
653     // throw an error if there is a V0 data block which can not be handled without
654     // the AliKFVertex object
655     if (GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeV0Finder | kAliHLTDataOriginOut)!=NULL) {
656       ALIHLTERRORGUARD(1, "missing AliKFVertex object ignoring V0 data block of type %s",
657                        DataType2Text(kAliHLTDataTypeV0Finder|kAliHLTDataOriginOut).c_str());
658     }
659   }
660
661   // Fill DCA parameters for TPC tracks
662   // TODO 2010-07-12 this propagates also the TPC inner param to beamline
663   // sounds not very reasonable
664   // https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?69873
665   for (int i=0; i<pESD->GetNumberOfTracks(); i++) {
666     if (!pESD->GetTrack(i) || 
667         !pESD->GetTrack(i)->GetTPCInnerParam() ) continue;
668     pESD->GetTrack(i)->RelateToVertexTPC(pESD->GetPrimaryVertexTracks(), fSolenoidBz, 1000 );    
669   }
670
671   // loop over all tracks and set the TPC refit flag by updating with the
672   // original TPC inner parameter if not yet set
673   // TODO: replace this by a proper refit
674   // code is comented for the moment as it does not fully solve the problems with
675   // the display
676   // - would set the main parameters to the TPC inner wall again, or
677   // - changes the inner param if the parameters are propagated, so we loose the track
678   //   reference point for the display
679   // with the current sequence we have the latter case as the DCA operations above
680   // change the TPC inner parameters
681   /*
682   for (int i=0; i<pESD->GetNumberOfTracks(); i++) {
683     if (!pESD->GetTrack(i) || 
684         !pESD->GetTrack(i)->GetTPCInnerParam() ||
685         pESD->GetTrack(i)->IsOn(AliESDtrack::kTPCrefit)) continue;
686     AliESDtrack* tESD=pESD->GetTrack(i);
687     AliHLTGlobalBarrelTrack inner(*tESD->GetTPCInnerParam());
688     inner.SetLabel(tESD->GetLabel());
689     tESD->UpdateTrackParams(&inner, AliESDtrack::kTPCrefit);
690   }
691   */
692
693   // 4. convert the HLT TRD tracks to ESD tracks                        
694   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeTrack | kAliHLTDataOriginTRD);
695        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
696     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
697     vector<AliHLTGlobalBarrelTrack> tracks;
698     if ((iResult=AliHLTGlobalBarrelTrack::ConvertTrackDataArray(reinterpret_cast<const AliHLTTracksData*>(pBlock->fPtr), pBlock->fSize, tracks))>0) {
699       for (vector<AliHLTGlobalBarrelTrack>::iterator element=tracks.begin();
700            element!=tracks.end(); element++) {
701         
702         Double_t TRDpid[AliPID::kSPECIES], eProb(0.2), restProb((1-eProb)/(AliPID::kSPECIES-1)); //eprob(element->GetTRDpid...);
703         for(Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIES; i++){
704           switch(i){
705           case AliPID::kElectron: TRDpid[AliPID::kElectron]=eProb; break;
706           default: TRDpid[i]=restProb; break;
707           }
708         }
709         
710         AliESDtrack iotrack;
711         iotrack.UpdateTrackParams(&(*element),AliESDtrack::kTRDout);
712         iotrack.SetStatus(AliESDtrack::kTRDin);
713         iotrack.SetTRDpid(TRDpid);
714         
715         pESD->AddTrack(&iotrack);
716         if (fVerbosity>0) element->Print();
717       }
718       HLTInfo("converted %d track(s) to AliESDtrack and added to ESD", tracks.size());
719       iAddedDataBlocks++;
720     } else if (iResult<0) {
721       HLTError("can not extract tracks from data block of type %s (specification %08x) of size %d: error %d", 
722                DataType2Text(pBlock->fDataType).c_str(), pBlock->fSpecification, pBlock->fSize, iResult);
723     }
724   }
725   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeCaloCluster | kAliHLTDataOriginAny); pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) 
726     {
727       fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
728       AliHLTCaloClusterHeaderStruct *caloClusterHeaderPtr = reinterpret_cast<AliHLTCaloClusterHeaderStruct*>(pBlock->fPtr);
729
730       HLTDebug("%d HLT clusters from spec: 0x%X", caloClusterHeaderPtr->fNClusters, pBlock->fSpecification);
731
732       //AliHLTCaloClusterReader reader;
733       //reader.SetMemory(caloClusterHeaderPtr);
734
735       AliHLTESDCaloClusterMaker clusterMaker;
736
737       int nClusters = clusterMaker.FillESD(pESD, caloClusterHeaderPtr);
738      
739       HLTInfo("converted %d cluster(s) to AliESDCaloCluster and added to ESD", nClusters);
740       iAddedDataBlocks++;
741     }
742   
743   // 5) Add Trigger Detectors 
744   //    VZERO, ZDC
745
746   // FIXME: the size of all input blocks can be added in one loop
747   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginVZERO);
748        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
749     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
750   }
751
752   for ( const TObject *pObject = GetFirstInputObject(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginVZERO); 
753         pObject != NULL; pObject = GetNextInputObject() ) {
754     AliESDVZERO *esdVZERO = dynamic_cast<AliESDVZERO*>(const_cast<TObject*>( pObject ) );
755     if (esdVZERO) {
756       pESD->SetVZEROData( esdVZERO );
757       break;
758     } else {
759       ALIHLTERRORGUARD(1, "input object of data type %s is not of class AliESDVZERO",
760                        DataType2Text(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginVZERO).c_str());
761     }
762   }
763
764   // FIXME: the size of all input blocks can be added in one loop
765   for (const AliHLTComponentBlockData* pBlock=GetFirstInputBlock(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginZDC);
766        pBlock!=NULL; pBlock=GetNextInputBlock()) {
767     fBenchmark.AddInput(pBlock->fSize);
768   }
769   for ( const TObject *pObject = GetFirstInputObject(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginZDC); 
770         pObject != NULL; pObject = GetNextInputObject() ) {
771     AliESDZDC *esdZDC = dynamic_cast<AliESDZDC*>(const_cast<TObject*>( pObject ) );
772     if (esdZDC) {
773 #ifndef HAVE_NOT_ALIZDCRECONSTRUCTOR_r43770
774       pESD->SetZDCData( esdZDC );
775 #else
776       ALIHLTERRORGUARD(1, "Processing of ZDC data requires AliRoot r43770m skipping data block of type %s",
777                        DataType2Text(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginZDC).c_str());
778 #endif
779       break;
780     } else {
781       ALIHLTERRORGUARD(1, "input object of data type %s is not of class AliESDZDC",
782                        DataType2Text(kAliHLTDataTypeESDContent|kAliHLTDataOriginZDC).c_str());
783     }
784   }
785
786   // Add tracks and clusters from MUON.
787   for( const AliHLTComponentBlockData *i= GetFirstInputBlock(kAliHLTAnyDataType | kAliHLTDataOriginMUON); i!=NULL; i=GetNextInputBlock() ){
788     fBenchmark.AddInput(i->fSize);
789   }
790
791   for (const TObject* obj = GetFirstInputObject(kAliHLTAnyDataType | kAliHLTDataOriginMUON);
792        obj != NULL;
793        obj = GetNextInputObject()
794       )
795   {
796     const TClonesArray* tracklist = NULL;
797     const TClonesArray* clusterlist = NULL;
798     if (obj->IsA() == AliESDEvent::Class())
799     {
800       const AliESDEvent* event = static_cast<const AliESDEvent*>(obj);
801       HLTDebug("Received a MUON ESD with specification: 0x%X", GetSpecification(obj));
802       if (event->GetList() == NULL) continue;
803       tracklist = dynamic_cast<const TClonesArray*>(event->GetList()->FindObject("MuonTracks"));
804       if (tracklist == NULL) continue;
805       clusterlist = dynamic_cast<const TClonesArray*>(event->GetList()->FindObject("MuonClusters"));
806       if (clusterlist == NULL) continue;
807     }
808     else if (obj->IsA() == TClonesArray::Class())
809     {
810       if (!strcmp(obj->GetName(), "MuonTracks")) {
811         tracklist = static_cast<const TClonesArray*>(obj);
812         HLTDebug("Received a MUON TClonesArray of tracks with specification: 0x%X", GetSpecification(obj));
813       } else {
814         clusterlist = static_cast<const TClonesArray*>(obj);
815         HLTDebug("Received a MUON TClonesArray of clusters with specification: 0x%X", GetSpecification(obj));
816       }
817     }
818     else
819     {
820       // Cannot handle this object type.
821       continue;
822     }
823     // copy tracks
824     if (tracklist) {
825       HLTDebug("Received %d MUON tracks.", tracklist->GetEntriesFast());
826       if (tracklist->GetEntriesFast() > 0)
827       {
828         const AliESDMuonTrack* track = dynamic_cast<const AliESDMuonTrack*>(tracklist->UncheckedAt(0));
829         if (track == NULL)
830         {
831           HLTError(Form("%s from MUON does not contain AliESDMuonTrack objects.", obj->ClassName()));
832           continue;
833         }
834       }
835       for (Int_t i = 0; i < tracklist->GetEntriesFast(); ++i)
836       {
837         AliESDMuonTrack* track = pESD->NewMuonTrack();
838         *track = *(static_cast<const AliESDMuonTrack*>(tracklist->UncheckedAt(i)));
839       }
840     }
841     // copy clusters
842     if (clusterlist) {
843       HLTDebug("Received %d MUON clusters.", clusterlist->GetEntriesFast());
844       if (clusterlist->GetEntriesFast() > 0)
845       {
846         const AliESDMuonCluster* cluster = dynamic_cast<const AliESDMuonCluster*>(clusterlist->UncheckedAt(0));
847         if (cluster == NULL)
848         {
849           HLTError(Form("%s from MUON does not contain AliESDMuonCluster objects.", obj->ClassName()));
850           continue;
851         }
852       }
853       for (Int_t i = 0; i < clusterlist->GetEntriesFast(); ++i)
854       {
855         AliESDMuonCluster* cluster = pESD->NewMuonCluster();
856         *cluster = *(static_cast<const AliESDMuonCluster*>(clusterlist->UncheckedAt(i)));
857       }
858     }
859   }
860   
861   if (iAddedDataBlocks>0 && pTree) {
862     pTree->Fill();
863   }
864   
865   if (iResult>=0) iResult=iAddedDataBlocks;
866   return iResult;
867 }