ITS/AliITS.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18
  19 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  20 //                                                                           //
  21 //      An overview of the basic philosophy of the ITS code development      //
  22 // and analysis is show in the figure below.                                 //
  23 //Begin_Html                                                                 //
  24 /*
  25 <img src="picts/ITS/ITS_Analysis_schema.gif">
  26 </pre>
  27 <br clear=left>
  28 <font size=+2 color=red>
  29 <p>Roberto Barbera is in charge of the ITS Offline code (1999).
  30 <a href="mailto:roberto.barbera@ct.infn.it">Roberto Barbera</a>.
  31 </font>
  32 <pre>
  33 */
  34 //End_Html
  35 //
  36 //  AliITS. Inner Traking System base class.
  37 //  This class contains the base procedures for the Inner Tracking System
  38 //
  39 //Begin_Html
  40 /*
  41 <img src="picts/ITS/AliITS_Class_Diagram.gif">
  42 </pre>
  43 <br clear=left>
  44 <font size=+2 color=red>
  45 <p>This show the class diagram of the different elements that are part of
  46 the AliITS class.
  47 </font>
  48 <pre>
  49 */
  50 //End_Html
  51 //
  52 // Version: 0
  53 // Written by Rene Brun, Federico Carminati, and Roberto Barbera
  54 //
  55 // Version: 1
  56 // Modified and documented by Bjorn S. Nilsen
  57 // July 11 1999
  58 //
  59 // Version: 2
  60 // Modified and documented by A. Bologna
  61 // October 18 1999
  62 //
  63 // AliITS is the general base class for the ITS. Also see AliDetector for
  64 // futher information.
  65 //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <stdlib.h>
  69 #include <TClonesArray.h>
  70 #include <TFile.h>
  71 #include <TParticle.h>
  72 #include <TString.h>
  73 #include <TTree.h>
  74 #include <TVirtualMC.h>
  75 #include <TArrayI.h>
  76 #include "AliDetector.h"
  77 #include "AliITS.h"
  78 #include "AliITSDetTypeSim.h"
  79 #include "AliITSDDLRawData.h"
  80 #include "AliITSLoader.h"
  81 #include "AliITShit.h"
  82 #include "AliITSmodule.h"
  83 #include "AliITSpListItem.h"
  84 #include "AliITSsimulation.h"
  85 #include "AliITSsimulationFastPoints.h"
  86 #include "AliMC.h"
  87 #include "AliITSDigitizer.h"
  88 #include "AliITSRecPoint.h"
  89 #include "AliITSsegmentationSPD.h"
  90 #include "AliITSsegmentationSDD.h"
  91 #include "AliITSsimulationSDD.h"
  92 #include "AliITSCalibrationSDD.h"
  93 #include "AliITSCalibrationSSD.h"
  94 #include "AliITSsegmentationSSD.h"
  95 #include "AliITSRawStreamSPD.h"
  96 #include "AliITSRawStreamSSD.h"
  97 #include "AliITSRawStreamSDD.h"
  98 #include "AliRawReader.h"
  99 #include "AliRun.h"
 100 #include "AliLog.h"
 101 #include "AliITSInitGeometry.h"
 102 #include "AliITSFOSignalsSPD.h"
 103
 104 ClassImp(AliITS)
 105
 106 //______________________________________________________________________
 107 AliITS::AliITS() : AliDetector(),
 108 fDetTypeSim(0),
 109 fEuclidOut(0),
 110 fOpt("All"),
 111 fIdN(0),
 112 fIdSens(0),
 113 fIdName(0),
 114 fITSmodules(0),
 115 fTiming(kFALSE),
 116 fSimuParam(0),
 117 fModA(0),
 118 fpSDigits(0)
 119 {
 120   // Default initializer for ITS
 121   //      The default constructor of the AliITS class. In addition to
 122   // creating the AliITS class it zeros the variables fIshunt (a member
 123   // of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros the pointers
 124   // fIdSens, and fIdName. The AliDetector default constructor
 125   // is also called.
 126
 127 //    SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
 128 //PH    SetMarkerColor(kRed);
 129   for (int i=fgkNTYPES;i--;) fkRawID2ClusID[i] = 0;
 130 }
 131 //______________________________________________________________________
 132 AliITS::AliITS(const Char_t *title):
 133   AliDetector("ITS",title),
 134   fDetTypeSim(0),
 135   fEuclidOut(0),
 136   fOpt("All"),
 137   fIdN(0),
 138   fIdSens(0),
 139   fIdName(0),
 140   fITSmodules(0),
 141   fTiming(kFALSE),
 142   fSimuParam(0),
 143   fModA(0),
 144   fpSDigits(0)
 145 {
 146     //     The standard Constructor for the ITS class.
 147     // It also zeros the variables
 148     // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
 149     // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
 150     // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
 151     // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
 152     // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
 153     // class for a description of these parameters and its constructor
 154     // functions.
 155     // Inputs:
 156     //   Char_t *title  Simulation title for the ITS
 157     // Outputs:
 158     //   none.
 159     // Return:
 160     //   none.
 161
 162     fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560); // from AliDetector
 163     if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
 164     //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
 165     SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
 166     fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
 167     //PH  SetMarkerColor(kRed);
 168     if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
 169     fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 170     for (int i=fgkNTYPES;i--;) fkRawID2ClusID[i] = 0;
 171 }
 172 //______________________________________________________________________
 173 AliITS::AliITS(const char *name, const char *title):
 174   AliDetector(name,title),
 175   fDetTypeSim(0),
 176   fEuclidOut(0),
 177   fOpt("All"),
 178   fIdN(0),
 179   fIdSens(0),
 180   fIdName(0),
 181   fITSmodules(0),
 182   fTiming(kFALSE),
 183   fSimuParam(0),
 184   fModA(0),
 185   fpSDigits(0)
 186 {
 187   //     The standard Constructor for the ITS class.
 188   // It also zeros the variables
 189   // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
 190   // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
 191   // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
 192   // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
 193   // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
 194   // class for a description of these parameters and its constructor
 195   // functions.
 196
 197   fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560);
 198   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
 199   //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
 200
 201   SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
 202
 203   fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
 204   //PH  SetMarkerColor(kRed);
 205   if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
 206   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 207   for (int i=fgkNTYPES;i--;) fkRawID2ClusID[i] = 0;
 208 }
 209 //______________________________________________________________________
 210 AliITS::~AliITS(){
 211     // Default destructor for ITS.
 212     //     The default destructor of the AliITS class. In addition to deleting
 213     // the AliITS class it deletes the memory pointed to by
 214     // fIdSens, fIdName, fDetTypeSim and it's contents.
 215     // Inputs:
 216     //      none.
 217     // Outputs:
 218     //      none.
 219     // Return:
 220     //      none.
 221
 222     if (fHits) {
 223       fHits->Delete();
 224       delete fHits;
 225       fHits=0;
 226     }
 227     if(fITSmodules) {
 228         this->ClearModules();
 229         delete fITSmodules;
 230         fITSmodules = 0;
 231     }// end if fITSmodules!=0
 232
 233     delete[] fIdName;  // Array of TStrings
 234     delete[] fIdSens;
 235     Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
 236     if (fDetTypeSim){
 237       delete fDetTypeSim;
 238       fDetTypeSim = 0;
 239     }
 240     if(fSimuParam){
 241       delete fSimuParam;
 242       fSimuParam=0;
 243     }
 244     if(fModA){
 245       if(size>0){
 246         for(Int_t j=0; j<size; j++){
 247           fModA[j]->Delete();
 248           delete fModA[j];
 249         }
 250       }
 251       delete []fModA;
 252     }
 253     if(fpSDigits){
 254       fpSDigits->Delete();
 255       delete fpSDigits;
 256     }
 257 }
 258
 259 //______________________________________________________________________
 260 AliDigitizer* AliITS::CreateDigitizer(AliDigitizationInput* digInput)const{
 261     // Creates the AliITSDigitizer in a standard way for use via AliModule.
 262     // This function can not be included in the .h file because of problems
 263     // with the order of inclusion (recursive).
 264     // Inputs:
 265     //    AliDigitizationInput* digInput  The Manger class for Digitization
 266     // Output:
 267     //    none.
 268     // Return:
 269     //    A new AliITSRunDigitizer (cast as a AliDigitizer).
 270
 271      return new AliITSDigitizer(digInput);
 272 }
 273 //______________________________________________________________________
 274 void AliITS::Init(){
 275     // Initializer ITS after it has been built
 276     //     This routine initializes the AliITS class. It is intended to be
 277     // called from the Init function in AliITSv?. Besides displaying a banner
 278     // indicating that it has been called it initializes the array fIdSens
 279     // and sets the default segmentation, response, digit and raw cluster
 280     // classes therefore it should be called after a call to CreateGeometry.
 281     // Inputs:
 282     //      none.
 283     // Outputs:
 284     //      none.
 285     // Return:
 286     //      none.
 287     Int_t i;
 288     // Array of TStrings
 289     if(gMC) for(i=0;i<fIdN;i++) fIdSens[i] = gMC->VolId(fIdName[i]);
 290
 291 }
 292 //______________________________________________________________________
 293 void AliITS::SetDefaults(){
 294     // sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes.
 295     // Inputs:
 296     //      none.
 297     // Outputs:
 298     //      none.
 299     // Return:
 300     //      none.
 301     AliInfoClass("AliITS::Setting Defaults");
 302     if(!fDetTypeSim) {
 303      Error("SetDefaults()","fDetTypeSim is 0!");
 304      return;
 305     }
 306
 307     fDetTypeSim->SetDefaults();
 308     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 309
 310 }
 311 //______________________________________________________________________
 312 void AliITS::SetDefaultSimulation(){
 313     // sets the default simulation.
 314     // Inputs:
 315     //      none.
 316     // Outputs:
 317     //      none.
 318     // Return:
 319     //      none.
 320     if(!fDetTypeSim) {
 321      Error("SetDefaultSimulation()","fDetTypeSim is 0!");
 322      return;
 323     }
 324
 325     fDetTypeSim->SetDefaultSimulation();
 326     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 327
 328 }
 329
 330
 331 //______________________________________________________________________
 332 void AliITS::MakeBranch(Option_t* option){
 333     // Creates Tree branches for the ITS.
 334     // Inputs:
 335     //      Option_t *option    String of Tree types S,D, and/or R.
 336     //      const char *file    String of the file name where these branches
 337     //                          are to be stored. If blank then these branches
 338     //                          are written to the same tree as the Hits were
 339     //                          read from.
 340     // Outputs:
 341     //      none.
 342     // Return:
 343     //      none.
 344   if(!fDetTypeSim) {
 345     Error("MakeBranch","fDetTypeSim is 0!");
 346     return;
 347   }
 348
 349   Bool_t cH = (strstr(option,"H")!=0);
 350   Bool_t cS = (strstr(option,"S")!=0);
 351   Bool_t cD = (strstr(option,"D")!=0);
 352
 353   if(cH && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
 354   AliDetector::MakeBranch(option);
 355
 356   if(cS) MakeBranchS(0);
 357   if(cD) MakeBranchD(0);
 358
 359
 360 }
 361 //___________________________________________________________________
 362 void AliITS::MakeBranchS(const char* fl){
 363
 364   // Creates Tree Branch for the ITS summable digits.
 365   // Inputs:
 366   //      cont char *fl  File name where SDigits branch is to be written
 367   //                     to. If blank it write the SDigits to the same
 368   //                     file in which the Hits were found.
 369
 370
 371   if(!fDetTypeSim){
 372     Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
 373   }
 374   Int_t buffersize = 4000;
 375   char branchname[31];
 376
 377   // only one branch for SDigits.
 378   snprintf(branchname,30,"%s",GetName());
 379
 380   if(fLoader->TreeS()){
 381     TClonesArray* sdig = (TClonesArray*)fDetTypeSim->GetSDigits();
 382     MakeBranchInTree(fLoader->TreeS(),branchname,&sdig,buffersize,fl);
 383   }
 384 }
 385 //______________________________________________________________________
 386 void AliITS::MakeBranchD(const char* file){
 387
 388   //Make branch for digits
 389   if(!fDetTypeSim) {
 390     Warning("MakeBranchD","fDetTypeSim is 0!");
 391     return;
 392   }
 393   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 394   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 395   MakeBranchInTreeD(fLoader->TreeD(),file);
 396 }
 397
 398 //___________________________________________________________________
 399 void AliITS:: MakeBranchInTreeD(TTree* treeD, const char* file){
 400   // Creates Tree branches for the ITS.
 401
 402   if(!fDetTypeSim){
 403     Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
 404   }
 405   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 406   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 407
 408   const Char_t *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
 409   const Char_t* digclass;
 410   Int_t buffersize = 4000;
 411   Char_t branchname[31];
 412
 413   if(!fDetTypeSim->GetDigits()){
 414     fDetTypeSim->SetDigits(new TObjArray(fgkNTYPES));
 415   }
 416   for(Int_t i=0;i<fgkNTYPES;i++){
 417     digclass = fDetTypeSim->GetDigitClassName(i);
 418     TString classn = digclass;
 419     if(!((fDetTypeSim->GetDigits())->At(i))){
 420       (fDetTypeSim->GetDigits())->AddAt(new TClonesArray(classn.Data(),1000),i);
 421     }
 422     else ResetDigits(i);
 423     if(fgkNTYPES==3) snprintf(branchname,30,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
 424     else sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
 425     TObjArray* dig = DigitsAddress(i);
 426     if(GetDigits() && treeD) AliDetector::MakeBranchInTree(treeD,branchname, &dig,buffersize,file);
 427   }
 428
 429 }
 430 //______________________________________________________________________
 431 void AliITS::SetTreeAddress(){
 432     // Set branch address for the Trees.
 433     // Inputs:
 434     //      none.
 435     // Outputs:
 436     //      none.
 437     // Return:
 438     //      none.
 439
 440   if(!fDetTypeSim) {
 441     Error("SetTreeAddress","fDetTypeSim is 0!");
 442     return;
 443   }
 444
 445   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 446   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 447
 448   TTree *treeS = fLoader->TreeS();
 449   TTree *treeD = fLoader->TreeD();
 450   if (fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) {
 451       fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
 452   }
 453   AliDetector::SetTreeAddress();
 454
 455   fDetTypeSim->SetTreeAddressS(treeS, (Char_t*)GetName());
 456   fDetTypeSim->SetTreeAddressD(treeD, (Char_t*)GetName());
 457 }
 458 //______________________________________________________________________
 459 void AliITS::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits){
 460     // Add an ITS hit
 461     //     The function to add information to the AliITShit class. See the
 462     // AliITShit class for a full description. This function allocates the
 463     // necessary new space for the hit information and passes the variable
 464     // track, and the pointers *vol and *hits to the AliITShit constructor
 465     // function.
 466     // Inputs:
 467     //      Int_t   track   Track number which produced this hit.
 468     //      Int_t   *vol    Array of Integer Hit information. See AliITShit.h
 469     //      Float_t *hits   Array of Floating Hit information.  see AliITShit.h
 470     // Outputs:
 471     //      none.
 472     // Return:
 473     //      none.
 474   TClonesArray &lhits = *fHits;
 475   new(lhits[fNhits++]) AliITShit(fIshunt,track,vol,hits);
 476 }
 477
 478 //______________________________________________________________________
 479 void AliITS::FillModules(Int_t /* evnt */,Int_t bgrev,Int_t /* nmodules */,
 480                          Option_t *option, const char *filename){
 481   // fill the modules with the sorted by module hits; add hits from
 482   // background if option=Add.
 483
 484   static TTree *trH1;                 //Tree with background hits
 485   static Bool_t first=kTRUE;
 486   static TFile *file;
 487   const char *addBgr = strstr(option,"Add");
 488
 489   if (addBgr ) {
 490     if(first) {
 491       file=new TFile(filename);
 492     } // end if first
 493     first=kFALSE;
 494     file->cd();
 495     file->ls();
 496     // Get Hits Tree header from file
 497     if(trH1) delete trH1;
 498     trH1=0;
 499
 500     char treeName[21];
 501     snprintf(treeName,20,"TreeH%d",bgrev);
 502     trH1 = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 503     if (!trH1) {
 504       Error("FillModules","cannot find Hits Tree for event:%d",bgrev);
 505     } // end if !trH1
 506     // Set branch addresses
 507   } // end if addBgr
 508
 509   FillModules(fLoader->TreeH(),0); // fill from this file's tree.
 510
 511   if (addBgr ) {
 512     FillModules(trH1,10000000); // Default mask 10M.
 513     TTree *fAli=fLoader->GetRunLoader()->TreeK();
 514     TFile *fileAli=0;
 515     if (fAli) {
 516       fileAli =fAli->GetCurrentFile();
 517       fileAli->cd();
 518     }
 519   } // end if add
 520
 521
 522 }
 523 //______________________________________________________________________
 524 void AliITS::FillModules(TTree *treeH, Int_t mask) {
 525     // fill the modules with the sorted by module hits;
 526     // can be called many times to do a merging
 527     // Inputs:
 528     //      TTree *treeH  The tree containing the hits to be copied into
 529     //                    the modules.
 530     //      Int_t mask    The track number mask to indecate which file
 531     //                    this hits came from.
 532     // Outputs:
 533     //      none.
 534     // Return:
 535     //      none.
 536
 537     if (treeH == 0x0)
 538      {
 539        AliError("Tree H  is NULL");
 540        return;
 541      }
 542     Int_t lay,lad,det,index;
 543     AliITShit *itsHit=0;
 544     AliITSmodule *mod=0;
 545     char branchname[21];
 546     snprintf(branchname,20,"%s",GetName());
 547     TBranch *branch = treeH->GetBranch(branchname);
 548     if (!branch) {
 549         Error("FillModules","%s branch in TreeH not found",branchname);
 550         return;
 551     } // end if !branch
 552     branch->SetAddress(&fHits);
 553     Int_t nTracks =(Int_t) treeH->GetEntries();
 554     Int_t iPrimTrack,h;
 555     for(iPrimTrack=0; iPrimTrack<nTracks; iPrimTrack++){
 556         ResetHits();
 557         Int_t nBytes = treeH->GetEvent(iPrimTrack);
 558         if (nBytes <= 0) continue;
 559         Int_t nHits = fHits->GetEntriesFast();
 560         for(h=0; h<nHits; h++){
 561             itsHit = (AliITShit *)fHits->UncheckedAt(h);
 562             itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
 563             if (GetITSgeom()) {
 564                 index = GetITSgeom()->GetModuleIndex(lay,lad,det);
 565             } else {
 566                 index=det-1; // This should not be used.
 567             } // end if [You must have fITSgeom for this to work!]
 568             mod = GetModule(index);
 569             itsHit->SetTrack(itsHit->GetTrack()+mask); // Set track mask.
 570             mod->AddHit(itsHit,iPrimTrack,h);
 571         } // end loop over hits
 572     } // end loop over tracks
 573 }
 574
 575 //______________________________________________________________________
 576 Bool_t AliITS::InitModules(Int_t size,Int_t &nmodules){
 577     // Initialize the modules array.
 578     // Inputs:
 579     //      Int_t size  Size of array of the number of modules to be
 580     //                  created. If size <=0 then the number of modules
 581     //                  is gotten from AliITSgeom class kept in fITSgeom.
 582     // Outputs:
 583     //      Int_t &nmodules The number of modules existing.
 584     // Return:
 585     //      none.
 586
 587     if(fITSmodules){
 588         fITSmodules->Delete();
 589         delete fITSmodules;
 590     } // end fir fITSmoudles
 591
 592     if(!fDetTypeSim) {
 593       Error("InitModules","fDetTypeSim is null!");
 594       return kFALSE;
 595     }
 596     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 597
 598     Int_t nl,indexMAX,index;
 599
 600     if(size<=0){ // default to using data stored in AliITSgeom
 601         if(fDetTypeSim->GetITSgeom()==0) {
 602             Error("InitModules","fITSgeom not defined");
 603             return kFALSE;
 604         } // end if fITSgeom==0
 605         nl = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetNlayers();
 606         indexMAX = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetIndexMax();
 607         nmodules = indexMAX;
 608         fITSmodules = new TObjArray(indexMAX);
 609         for(index=0;index<indexMAX;index++){
 610             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
 611         } // end for index
 612     }else{
 613         fITSmodules = new TObjArray(size);
 614         for(index=0;index<size;index++) {
 615             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
 616         } // end for index
 617
 618         nmodules = size;
 619     } // end i size<=0
 620     return kTRUE;
 621 }
 622 //______________________________________________________________________
 623 void AliITS::Hits2SDigits(){
 624     // Standard Hits to summable Digits function.
 625     // Inputs:
 626     //      none.
 627     // Outputs:
 628     //      none.
 629
 630
 631    if(!fDetTypeSim) {
 632      Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is null!");
 633      return;
 634   }
 635
 636   SetDefaults();
 637   fLoader->LoadHits("read");
 638   fLoader->LoadSDigits("recreate");
 639   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader();
 640   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 641   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 642
 643   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
 644         // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
 645         // Event number from file, no background hit merging , use size from
 646         // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
 647     rl->GetEvent(iEvent);
 648     if (!fLoader->TreeS()) fLoader->MakeTree("S");
 649     MakeBranch("S");
 650     SetTreeAddress();
 651     HitsToPreDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
 652   } // end for iEvent
 653
 654   fLoader->UnloadHits();
 655   fLoader->UnloadSDigits();
 656
 657 }
 658 //______________________________________________________________________
 659 void AliITS::Hits2Digits(){
 660
 661   //Conversion from hits to digits
 662   if(!fDetTypeSim) {
 663     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
 664     return;
 665   }
 666
 667   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 668   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 669   SetDefaults();
 670
 671   fLoader->LoadHits("read");
 672   fLoader->LoadDigits("recreate");
 673   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader();
 674   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
 675     rl->GetEvent(iEvent);
 676     if (!fLoader->TreeD()) fLoader->MakeTree("D");
 677     MakeBranch("D");
 678     SetTreeAddress();
 679     HitsToDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
 680   }
 681
 682   fLoader->UnloadHits();
 683   fLoader->UnloadDigits();
 684
 685 }
 686
 687 //______________________________________________________________________
 688 void AliITS::HitsToDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
 689                           Option_t *option,Option_t *opt,
 690                           const char *filename){
 691     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for
 692     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
 693     // the condition below will disappear when the geom class will be
 694     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
 695     // 7 is the SDD beam test version.
 696     // Inputs:
 697     //      Int_t evnt       Event to be processed.
 698     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
 699     //      Int_t nmodules   Not used.
 700     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
 701     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
 702     //                       background hits are considered.
 703     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
 704     // Outputs:
 705     //      none.
 706     // Return:
 707     //      none.
 708
 709   if(!fDetTypeSim) {
 710     Error("HitsToDigits","fDetTypeSim is null!");
 711     return;
 712   }
 713   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 714   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 715   if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
 716   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
 717
 718   const char *all = strstr(opt,"All");
 719   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
 720                         strstr(opt,"SSD")};
 721   static Bool_t setDef=kTRUE;
 722   if (setDef) SetDefaultSimulation();
 723   setDef=kFALSE;
 724
 725   Int_t nmodules;
 726   InitModules(size,nmodules);
 727   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
 728
 729   // Reset Fast-OR signals for this event
 730   fDetTypeSim->ResetFOSignals();
 731
 732   AliITSsimulation *sim      = 0;
 733   AliITSmodule     *mod      = 0;
 734   Int_t id;
 735   for(Int_t module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
 736     id       = geom->GetModuleType(module);
 737     if (!all && !det[id]) continue;
 738     sim      = (AliITSsimulation*)fDetTypeSim->GetSimulationModel(id);
 739     if (!sim) {
 740       Error("HitsToDigits","The simulation class was not "
 741             "instanciated for module %d type %s!",module,
 742             geom->GetModuleTypeName(module));
 743       exit(1);
 744     } // end if !sim
 745     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
 746     sim->DigitiseModule(mod,module,evNumber);
 747     // fills all branches - wasted disk space
 748     fLoader->TreeD()->Fill();
 749     ResetDigits();
 750   } // end for module
 751
 752   ClearModules();
 753
 754   // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
 755   if (all || det[0]) { // SPD present
 756     WriteFOSignals();
 757   }
 758
 759   fLoader->TreeD()->GetEntries();
 760   fLoader->TreeD()->AutoSave();
 761   // reset tree
 762   fLoader->TreeD()->Reset();
 763 }
 764 //_____________________________________________________________________
 765 void AliITS::Hits2PreDigits(){
 766   // Turn hits into SDigits
 767
 768   if(!fDetTypeSim) {
 769     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
 770     return;
 771   }
 772
 773   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 774   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 775   SetDefaults();
 776
 777   HitsToPreDigits(fLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber(),
 778                   0,-1," ",fOpt," ");
 779 }
 780
 781 //______________________________________________________________________
 782 void AliITS::HitsToPreDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
 783                              Option_t *option,Option_t *opt,
 784                              const char *filename){
 785     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for
 786     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
 787     // the condition below will disappear when the geom class will be
 788     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
 789     // 7 is the SDD beam test version.
 790     // Inputs:
 791     //      Int_t evnt       Event to be processed.
 792     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
 793     //      Int_t nmodules   Not used.
 794     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
 795     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
 796     //                       background hits are considered.
 797     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
 798     // Outputs:
 799     //      none.
 800     // Return:
 801     //      none.
 802
 803
 804   if(!fDetTypeSim) {
 805     Error("HitsToPreDigits","fDetTypeSim is null!");
 806     return;
 807   }
 808   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
 809   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
 810
 811   if(!GetITSgeom()){
 812     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
 813     return; // need transformations to do digitization.
 814   }
 815   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
 816
 817   const char *all = strstr(opt,"All");
 818   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
 819                         strstr(opt,"SSD")};
 820   static Bool_t setDef=kTRUE;
 821   if (setDef) SetDefaultSimulation();
 822   setDef=kFALSE;
 823
 824   Int_t nmodules;
 825   InitModules(size,nmodules);
 826   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
 827
 828
 829   AliITSsimulation *sim      = 0;
 830   AliITSmodule     *mod      = 0;
 831   Int_t id,module;
 832   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
 833     id       = geom->GetModuleType(module);
 834     if (!all && !det[id]) continue;
 835     sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
 836     if (!sim) {
 837       Error("HitsToPreDigits","The simulation class was not "
 838             "instanciated for module %d type %s!",module,
 839             geom->GetModuleTypeName(module));
 840       exit(1);
 841     } // end if !sim
 842     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
 843     sim->SDigitiseModule(mod,module,evNumber);
 844     // fills all branches - wasted disk space
 845     fLoader->TreeS()->Fill();
 846     fDetTypeSim->ResetSDigits();
 847   } // end for module
 848
 849   ClearModules();
 850
 851
 852   fLoader->TreeS()->GetEntries();
 853   fLoader->TreeS()->AutoSave();
 854   fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
 855   // reset tree
 856   fLoader->TreeS()->Reset();
 857 }
 858
 859 //_____________________________________________________________________
 860 void AliITS::HitsToFastRecPoints(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
 861                                   Option_t *opt0,Option_t *opt1,
 862                                  const char *flnm){
 863     // keep galice.root for signal and name differently the file for
 864     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
 865     // the condition below will disappear when the geom class will be
 866     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
 867     // Inputs:
 868     //      Int_t evnt       Event to be processed.
 869     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
 870     //      Int_t size       Size used by InitModules. See InitModules.
 871     //      Option_t *opt0   Option passed to FillModules. See FillModules.
 872     //      Option_t *opt1   String indicating if merging hits or not. To
 873     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
 874     //                       background hits are considered.
 875     //      Test_t *flnm     File name containing the background hits..
 876     // Outputs:
 877     //      none.
 878     // Return:
 879     //      none.
 880
 881
 882
 883   if(!GetITSgeom()){
 884     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
 885     return; // need transformations to do digitization.
 886   }
 887   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
 888
 889   AliITSLoader *pITSloader = (AliITSLoader*)fLoader;
 890
 891   const char *all = strstr(opt1,"All");
 892   const char *det[3] ={strstr(opt1,"SPD"),strstr(opt1,"SDD"),
 893                        strstr(opt1,"SSD")};
 894   Int_t nmodules;
 895   InitModules(size,nmodules);
 896   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,opt0,flnm);
 897
 898   AliITSsimulation *sim      = 0;
 899   AliITSmodule     *mod      = 0;
 900   Int_t id,module;
 901
 902   TTree *lTR = pITSloader->TreeR();
 903   if(!lTR) {
 904     pITSloader->MakeTree("R");
 905     lTR = pITSloader->TreeR();
 906   }
 907
 908   TClonesArray* ptarray = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
 909   TBranch* branch = (TBranch*)lTR->Branch("ITSRecPointsF",&ptarray);
 910   branch->SetAddress(&ptarray);
 911   //m.b. : this change is nothing but a nice way to make sure
 912   //the CPU goes up !
 913   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
 914     id       = geom->GetModuleType(module);
 915     if (!all && !det[id]) continue;
 916     sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
 917     if (!sim) {
 918       Error("HitsToFastPoints","The simulation class was not "
 919             "instantiated for module %d type %s!",module,
 920             geom->GetModuleTypeName(module));
 921       exit(1);
 922     } // end if !sim
 923     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
 924     sim->CreateFastRecPoints(mod,module,gRandom,ptarray);
 925     lTR->Fill();
 926     ptarray->Clear();
 927   } // end for module
 928
 929   ClearModules();
 930   fLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 931   delete ptarray;
 932 }
 933 //_____________________________________________________________________
 934 Int_t AliITS::Hits2Clusters(TTree *hTree, TTree *cTree) {
 935   //------------------------------------------------------------
 936   // This function creates ITS clusters
 937   //------------------------------------------------------------
 938   if(!GetITSgeom()){
 939     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
 940     return 1; // need transformations to do digitization.
 941   }
 942   AliITSgeom *geom=GetITSgeom();
 943   Int_t mmax=geom->GetIndexMax();
 944
 945   InitModules(-1,mmax);
 946   FillModules(hTree,0);
 947
 948   TClonesArray *points = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
 949   TBranch *branch=cTree->GetBranch("ITSRecPoints");
 950   if (!branch) cTree->Branch("ITSRecPoints",&points);
 951   else branch->SetAddress(&points);
 952
 953   AliITSsimulationFastPoints sim;
 954   Int_t ncl=0;
 955   for (Int_t m=0; m<mmax; m++) {
 956     AliITSmodule *mod=GetModule(m);
 957     sim.CreateFastRecPoints(mod,m,gRandom,points);
 958     ncl+=points->GetEntriesFast();
 959     cTree->Fill();
 960     points->Clear();
 961   }
 962
 963   AliDebug(1,Form("Number of found fast clusters : %d",ncl));
 964
 965   //cTree->Write();
 966
 967   delete points;
 968   return 0;
 969 }
 970
 971 //_____________________________________________________________________
 972 void AliITS::CheckLabels(Int_t lab[3]) const {
 973   //------------------------------------------------------------
 974   // Tries to find mother's labels
 975   //------------------------------------------------------------
 976
 977   if(lab[0]<0 && lab[1]<0 && lab[2]<0) return; // In case of no labels just exit
 978
 979   Int_t ntracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
 980   for (Int_t i=0;i<3;i++){
 981     Int_t label = lab[i];
 982     if (label>=0 && label<ntracks) {
 983       TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
 984       if (part->P() < 0.005) {
 985         Int_t m=part->GetFirstMother();
 986         if (m<0) {
 987           continue;
 988         }
 989         if (part->GetStatusCode()>0) {
 990           continue;
 991         }
 992         lab[i]=m;
 993       }
 994     }
 995   }
 996
 997 }
 998
 999 //______________________________________________________________________
1000 void AliITS::SDigitsToDigits(Option_t *opt){
1001   // Standard Summable digits to Digits function.
1002   // Inputs:
1003   //      none.
1004   // Outputs:
1005   //      none.
1006   if (!fDetTypeSim) {
1007     AliError("fDetTypeSim is 0!");
1008     return;
1009   }
1010   const char *all = strstr(opt,"All");
1011   const char *det[3] ={strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
1012                        strstr(opt,"SSD")};
1013
1014   // Reset Fast-OR signals for this event
1015   fDetTypeSim->ResetFOSignals();
1016
1017   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
1018   SetDefaults();
1019   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
1020   fDetTypeSim->SDigitsToDigits(opt,(Char_t*)GetName());
1021
1022   // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
1023   if (all || det[0]) { // SPD present
1024    WriteFOSignals();
1025   }
1026 }
1027
1028 //______________________________________________________________________
1029 void AliITS::ResetDigits(){
1030     // Reset number of digits and the digits array for the ITS detector.
1031     // Inputs:
1032     //      none.
1033     // Outputs:
1034     //      none.
1035     if(!fDetTypeSim) {
1036       Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
1037       return;
1038     }
1039
1040     fDetTypeSim->ResetDigits();
1041
1042
1043 }
1044 //______________________________________________________________________
1045 void AliITS::ResetDigits(Int_t branch){
1046     // Reset number of digits and the digits array for this branch.
1047     // Inputs:
1048     //      none.
1049     // Outputs:
1050     //      none.
1051
1052     if(!fDetTypeSim) {
1053       Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
1054       return;
1055     }
1056
1057     fDetTypeSim->ResetDigits(branch);
1058
1059 }
1060 //______________________________________________________________________
1061 void AliITS::AddSumDigit(AliITSpListItem &sdig){
1062     // Adds the a module full of summable digits to the summable digits tree.
1063     // Inputs:
1064     //      AliITSpListItem &sdig   SDigit to be added to SDigits tree.
1065     // Outputs:
1066     //      none.
1067     // Return:
1068     //      none.
1069
1070     if(!fDetTypeSim) {
1071       Error("AddSumDigit","fDetTypeSim is 0!");
1072       return;
1073     }
1074     fDetTypeSim->AddSumDigit(sdig);
1075
1076 }
1077 //______________________________________________________________________
1078 void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch, AliITSdigit *d){
1079     //    Add a simulated digit.
1080     // Inputs:
1081     //      Int_t id        Detector type number.
1082     //      AliITSdigit *d  Digit to be added to the Digits Tree. See
1083     //                      AliITSdigit.h
1084     // Outputs:
1085     //      none.
1086     // Return:
1087     //      none.
1088
1089     if(!fDetTypeSim) {
1090       Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
1091       return;
1092     }
1093     fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,d);
1094
1095 }
1096 //______________________________________________________________________
1097 void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch,Float_t phys,Int_t *digits,Int_t *tracks,
1098                          Int_t *hits,Float_t *charges, Int_t sigexpanded){
1099   //   Add a simulated digit to the list.
1100   // Inputs:
1101   //      Int_t id        Detector type number.
1102   //      Float_t phys    Physics indicator. See AliITSdigits.h
1103   //      Int_t *digits   Integer array containing the digits info. See
1104   //                      AliITSdigit.h
1105   //      Int_t *tracks   Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
1106   //                      containing the track numbers that contributed to
1107   //                      this digit.
1108   //      Int_t *hits     Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
1109   //                      containing the hit numbers, from AliITSmodule, that
1110   //                      contributed to this digit.
1111   //      Float_t *charge Floating point array of the signals contributed
1112   //                      to this digit by each track.
1113   // Outputs:
1114   //      none.
1115   // Return:
1116   //      none.
1117
1118     if(!fDetTypeSim) {
1119       Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
1120       return;
1121     }
1122     fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,phys,digits,tracks,hits,charges,sigexpanded);
1123
1124 }
1125 //______________________________________________________________________
1126 void AliITS::Digits2Raw(){
1127     // convert digits of the current event to raw data
1128
1129   if(!fDetTypeSim) {
1130     Error("Digits2Raw","fDetTypeSim is 0!");
1131     return;
1132   }
1133   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
1134   SetDefaults();
1135   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
1136   fDetTypeSim->GetLoader()->LoadDigits();
1137   TTree* digits = fDetTypeSim->GetLoader()->TreeD();
1138   if (!digits) {
1139       Error("Digits2Raw", "no digits tree");
1140       return;
1141   }
1142   fDetTypeSim->SetTreeAddressD(digits,(Char_t*)GetName());
1143
1144    // Get the FO signals for this event
1145   AliITSFOSignalsSPD* foSignals = NULL;
1146   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1147   AliITSLoader* itsLoader = (AliITSLoader*) runLoader->GetLoader("ITSLoader");
1148   if (!itsLoader) {
1149     AliError("ITS loader is NULL.");
1150   }
1151    else {
1152       if(!itsLoader->TreeD()) AliError("   !!! No TreeD available !!!");
1153       foSignals = (AliITSFOSignalsSPD*)itsLoader->TreeD()->GetUserInfo()->FindObject("AliITSFOSignalsSPD");
1154       if(!foSignals) AliError("FO signals not retrieved");
1155      }
1156
1157   Bool_t deleteFOsignalsLater = kFALSE;
1158   if (!foSignals) {
1159     AliError("FO signals not available. No FO bits will be written.");
1160     foSignals = new AliITSFOSignalsSPD(); // make a temporary dummy signals object
1161     deleteFOsignalsLater = kTRUE;
1162   }
1163
1164
1165   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlsdd=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
1166   Char_t rawSDD=fDetTypeSim->GetSimuParam()->GetSDDRawDataFormat();
1167   AliITSDDLRawData rawWriter;
1168
1169   rawWriter.SetSDDRawFormat(rawSDD);
1170   //Verbose level
1171   // 0: Silent
1172   // 1: cout messages
1173   // 2: txt files with digits
1174   //BE CAREFUL, verbose level 2 MUST be used only for debugging and
1175   //it is highly suggested to use this mode only for debugging digits files
1176   //reasonably small, because otherwise the size of the txt files can reach
1177   //quickly several MB wasting time and disk space.
1178   rawWriter.SetVerbose(0);
1179
1180   //SILICON PIXEL DETECTOR
1181   AliDebug(1,"Formatting raw data for SPD");
1182   rawWriter.RawDataSPD(digits->GetBranch("ITSDigitsSPD"),foSignals);
1183   if(deleteFOsignalsLater) delete foSignals;
1184
1185   //SILICON DRIFT DETECTOR
1186   AliDebug(1,Form("Formatting raw data for SDD - Format code =%d",rawSDD));
1187   rawWriter.RawDataSDD(digits->GetBranch("ITSDigitsSDD"),ddlsdd);
1188
1189   //SILICON STRIP DETECTOR
1190   AliDebug(1,"Formatting raw data for SSD");
1191   rawWriter.RawDataSSD(digits->GetBranch("ITSDigitsSSD"));
1192
1193   fLoader->UnloadDigits();
1194 }
1195 //______________________________________________________________________
1196 AliLoader* AliITS::MakeLoader(const char* topfoldername){
1197     //builds ITSgetter (AliLoader type)
1198     //if detector wants to use castomized getter, it must overload this method
1199
1200     AliDebug(1,Form("Creating AliITSLoader. Top folder is %s.",
1201          topfoldername));
1202     fLoader = new AliITSLoader(GetName(),topfoldername);
1203     return fLoader;
1204 }
1205 //______________________________________________________________________
1206 Bool_t AliITS::Raw2SDigits(AliRawReader* rawReader)
1207 {
1208   //
1209   // Converts RAW data to SDigits
1210   //
1211   // Get TreeS
1212   //
1213   Int_t last   = -1;
1214   Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
1215   if(!fModA) {
1216     fModA = new TClonesArray*[size];
1217     for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++) fModA[mod] = new TClonesArray("AliITSpListItem", 10000);
1218   }
1219   AliLoader* loader =  (AliRunLoader::Instance())->GetLoader("ITSLoader");
1220   if (!loader){
1221     Error("Open","Can not get ITS loader from Run Loader");
1222     return kFALSE;
1223   }
1224
1225   TTree* tree = 0;
1226   tree = loader->TreeS();
1227   if (!tree){
1228     loader->MakeTree("S");
1229     tree = loader->TreeS();
1230   }
1231   //
1232   // Array for SDigits
1233   //
1234   if(!fpSDigits){
1235     fpSDigits = new TClonesArray("AliITSpListItem",10000);
1236   }
1237   TClonesArray& aSDigits = *fpSDigits;
1238   Int_t bufsize = 32000;
1239   tree->Branch("ITS", &fpSDigits, bufsize);
1240   Int_t npx = 0;
1241   //
1242   // SPD
1243   //
1244   AliITSsegmentationSPD* segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
1245   if(!segSPD){
1246     AliWarning("Set AliITS defaults");
1247     SetDefaults();
1248     segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
1249   }
1250   npx = segSPD->Npx();
1251   Double_t thr, sigma;
1252
1253   Int_t countRW = -1; // RS counter for raw -> cluster ID's (used in embedding)
1254   const TArrayI* rawID2clusID = fkRawID2ClusID[kSPD];
1255   AliITSRawStreamSPD inputSPD(rawReader);
1256   while(1){
1257     Bool_t next  = inputSPD.Next();
1258     if (!next) break;
1259
1260     countRW++; // RS
1261     Int_t module = inputSPD.GetModuleID();
1262     Int_t column = inputSPD.GetColumn();
1263     Int_t row    = inputSPD.GetRow();
1264     Int_t index  = npx * column + row;
1265
1266     if (module >= size) continue;
1267
1268     last = (fModA[module])->GetEntries();
1269     TClonesArray& dum = *fModA[module];
1270     fDetTypeSim->GetSimuParam()->SPDThresholds(module,thr,sigma);
1271     thr += 1.;
1272     int label = kMaxLabel;
1273     if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
1274       if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSPD to clusSPD ID's is shorter than current rawSPD ID=%d",countRW));}
1275       else label = (*rawID2clusID)[countRW];
1276     }
1277     new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, thr);
1278   }
1279   rawReader->Reset();
1280
1281   //
1282   // SDD
1283   //
1284   AliITSsegmentationSDD* segSDD = (AliITSsegmentationSDD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(1);
1285   npx = segSDD->Npx();
1286   Int_t scalef=AliITSsimulationSDD::ScaleFourier(segSDD);
1287   Int_t firstSDD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(3,1,1);
1288   Int_t firstSSD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(5,1,1);
1289   //
1290   countRW = -1; // RS
1291   rawID2clusID = fkRawID2ClusID[kSDD];
1292   AliITSRawStream* inputSDD=AliITSRawStreamSDD::CreateRawStreamSDD(rawReader);
1293   for(Int_t iMod=firstSDD; iMod<firstSSD; iMod++){
1294     AliITSCalibrationSDD* cal = (AliITSCalibrationSDD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(iMod);
1295     Bool_t isZeroSupp=cal->GetZeroSupp();
1296     if(isZeroSupp){
1297       for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,cal->GetZSLowThreshold(iSid));
1298     }else{
1299       for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,0);
1300     }
1301   }
1302
1303   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
1304   inputSDD->SetDDLModuleMap(ddlmap);
1305   while(inputSDD->Next()){
1306     countRW++; // RS
1307     if(inputSDD->IsCompletedModule()==kFALSE &&
1308        inputSDD->IsCompletedDDL()==kFALSE){
1309
1310       Int_t module = inputSDD->GetModuleID();
1311       Int_t anode  = inputSDD->GetCoord1()+segSDD->NpzHalf()*inputSDD->GetChannel();
1312       Int_t time   = inputSDD->GetCoord2();
1313       Int_t signal10 = inputSDD->GetSignal();
1314       Int_t index = AliITSpList::GetIndex(anode,time,scalef*npx);
1315
1316       if (module >= size) continue;
1317       last = fModA[module]->GetEntries();
1318       TClonesArray& dum = *fModA[module];
1319       int label = kMaxLabel;
1320       if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
1321         if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSDD to clusSDD ID's is shorter than current rawSDD ID=%d",countRW));}
1322         else label = (*rawID2clusID)[countRW];
1323       }
1324       new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, Double_t(signal10));
1325       ((AliITSpListItem*) dum.At(last))->AddSignalAfterElect(module, index, Double_t(signal10));
1326     }
1327   }
1328   delete inputSDD;
1329   rawReader->Reset();
1330
1331   //
1332   // SSD
1333   //
1334   AliITSsegmentationSSD* segSSD = (AliITSsegmentationSSD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(2);
1335   npx = segSSD->Npx();
1336   AliITSRawStreamSSD inputSSD(rawReader);
1337   countRW = -1;
1338   rawID2clusID = fkRawID2ClusID[kSSD];
1339   while(1){
1340     Bool_t next  = inputSSD.Next();
1341     if (!next) break;
1342     countRW++; // RS
1343     Int_t module  = inputSSD.GetModuleID();
1344     if(module<0)AliError(Form("Invalid SSD  module %d \n",module));
1345     if(module<0)continue;
1346     Int_t side    = inputSSD.GetSideFlag();
1347     Int_t strip   = inputSSD.GetStrip();
1348     Int_t signal  = inputSSD.GetSignal();
1349     Int_t index  = npx * side + strip;
1350
1351     if (module >= size) continue;
1352
1353     last = fModA[module]->GetEntries();
1354     TClonesArray& dum = *fModA[module];
1355     int label = kMaxLabel;
1356     if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
1357       if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSSD to clusSSD ID's is shorter than current rawSSD ID=%d",countRW));}
1358       else label = (*rawID2clusID)[countRW];
1359     }
1360     new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, Double_t(signal));
1361   }
1362   rawReader->Reset();
1363   AliITSpListItem* sdig = 0;
1364
1365   Int_t firstssd = GetITSgeom()->GetStartDet(kSSD);
1366   Double_t adcToEv = 1.;
1367   for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++)
1368     {
1369       if(mod>=firstssd) {
1370         AliITSCalibrationSSD* calssd = (AliITSCalibrationSSD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(mod);
1371         adcToEv = 1./calssd->GetSSDDEvToADC(1.);
1372       }
1373       Int_t nsdig =  fModA[mod]->GetEntries();
1374       for (Int_t ie = 0; ie < nsdig; ie++) {
1375         sdig = (AliITSpListItem*) (fModA[mod]->At(ie));
1376         Double_t digsig = sdig->GetSignal();
1377         if(mod>=firstssd) digsig*=adcToEv; // for SSD: convert back charge from ADC to electron
1378         new (aSDigits[ie]) AliITSpListItem(sdig->GetTrack(0), -1, mod, sdig->GetIndex(), digsig);
1379         Float_t sig = sdig->GetSignalAfterElect();
1380         if(mod>=firstssd) sig*=adcToEv;
1381         if (sig > 0.) {
1382           sdig = (AliITSpListItem*)aSDigits[ie];
1383           sdig->AddSignalAfterElect(mod, sdig->GetIndex(), Double_t(sig));
1384         }
1385       }
1386
1387       tree->Fill();
1388       aSDigits.Clear();
1389       fModA[mod]->Clear();
1390     }
1391   loader->WriteSDigits("OVERWRITE");
1392   return kTRUE;
1393 }
1394
1395 //______________________________________________________________________
1396 void AliITS::UpdateInternalGeometry(){
1397   //reads new geometry from TGeo
1398 //   AliDebug(1,"Delete ITSgeom and create a new one reading TGeo");
1399
1400   AliITSVersion_t version = (AliITSVersion_t)IsVersion();
1401   Int_t minor = 0;
1402   AliITSInitGeometry initgeom;
1403   AliITSgeom* geom = initgeom.CreateAliITSgeom(version,minor);
1404   SetITSgeom(geom);
1405 }
1406 //______________________________________________________________________
1407 AliTriggerDetector* AliITS::CreateTriggerDetector() const {
1408   // create an AliITSTrigger object (and set trigger conditions as input)
1409   return new AliITSTrigger(fDetTypeSim->GetTriggerConditions());
1410 }
1411 //______________________________________________________________________
1412 void AliITS::WriteFOSignals(){
1413 // This method write FO signals in Digits tree both in Hits2Digits
1414 // or SDigits2Digits
1415
1416   fDetTypeSim->ProcessNoiseForFastOr();
1417   fDetTypeSim->WriteFOSignals();
1418 }
1419
1420