Removing the tasks from the digitization (Ruben)
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITS.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18
19 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
20 //                                                                           //
21 //      An overview of the basic philosophy of the ITS code development      //
22 // and analysis is show in the figure below.                                 //
23 //Begin_Html                                                                 //
24 /*                                               
25 <img src="picts/ITS/ITS_Analysis_schema.gif">
26 </pre>
27 <br clear=left>
28 <font size=+2 color=red>
29 <p>Roberto Barbera is in charge of the ITS Offline code (1999).
30 <a href="mailto:roberto.barbera@ct.infn.it">Roberto Barbera</a>.
31 </font>
32 <pre>
33 */
34 //End_Html
35 //
36 //  AliITS. Inner Traking System base class.
37 //  This class contains the base procedures for the Inner Tracking System
38 //
39 //Begin_Html
40 /*
41 <img src="picts/ITS/AliITS_Class_Diagram.gif">
42 </pre>
43 <br clear=left>
44 <font size=+2 color=red>
45 <p>This show the class diagram of the different elements that are part of
46 the AliITS class.
47 </font>
48 <pre>
49 */
50 //End_Html
51 //
52 // Version: 0
53 // Written by Rene Brun, Federico Carminati, and Roberto Barbera
54 //
55 // Version: 1
56 // Modified and documented by Bjorn S. Nilsen
57 // July 11 1999
58 //
59 // Version: 2
60 // Modified and documented by A. Bologna
61 // October 18 1999
62 //
63 // AliITS is the general base class for the ITS. Also see AliDetector for
64 // futher information.
65 //
66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
67
68 #include <stdlib.h>
69 #include <TClonesArray.h>
70 #include <TFile.h>
71 #include <TParticle.h>
72 #include <TString.h>
73 #include <TTree.h>
74 #include <TVirtualMC.h>
75 #include <TArrayI.h>
76 #include "AliDetector.h"
77 #include "AliITS.h"
78 #include "AliITSDetTypeSim.h"
79 #include "AliITSDDLRawData.h"
80 #include "AliITSLoader.h"
81 #include "AliITShit.h"
82 #include "AliITSmodule.h"
83 #include "AliITSpListItem.h"
84 #include "AliITSsimulation.h"
85 #include "AliITSsimulationFastPoints.h"
86 #include "AliMC.h"
87 #include "AliITSDigitizer.h"
88 #include "AliITSRecPoint.h"
89 #include "AliITSsegmentationSPD.h"
90 #include "AliITSsegmentationSDD.h"
91 #include "AliITSsimulationSDD.h"
92 #include "AliITSCalibrationSDD.h"
93 #include "AliITSCalibrationSSD.h"
94 #include "AliITSsegmentationSSD.h"
95 #include "AliITSRawStreamSPD.h"
96 #include "AliITSRawStreamSSD.h"
97 #include "AliITSRawStreamSDD.h"
98 #include "AliRawReader.h"
99 #include "AliRun.h"
100 #include "AliLog.h"
101 #include "AliITSInitGeometry.h"
102 #include "AliITSFOSignalsSPD.h"
103
104 ClassImp(AliITS)
105
106 //______________________________________________________________________
107 AliITS::AliITS() : AliDetector(),
108 fDetTypeSim(0),
109 fEuclidOut(0),
110 fOpt("All"),
111 fIdN(0),
112 fIdSens(0),
113 fIdName(0),
114 fITSmodules(0),
115 fTiming(kFALSE),
116 fSimuParam(0),
117 fModA(0),
118 fpSDigits(0)
119 {
120   // Default initializer for ITS
121   //      The default constructor of the AliITS class. In addition to
122   // creating the AliITS class it zeros the variables fIshunt (a member
123   // of AliDetector class), fEuclidOut, and fIdN, and zeros the pointers
124   // fIdSens, and fIdName. The AliDetector default constructor
125   // is also called.
126   
127 //    SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
128 //PH    SetMarkerColor(kRed);
129   for (int i=fgkNTYPES;i--;) fRawID2ClusID[i] = 0;
130 }
131 //______________________________________________________________________
132 AliITS::AliITS(const Char_t *title):
133   AliDetector("ITS",title),
134   fDetTypeSim(0),
135   fEuclidOut(0),
136   fOpt("All"),
137   fIdN(0),
138   fIdSens(0),
139   fIdName(0),
140   fITSmodules(0),
141   fTiming(kFALSE),
142   fSimuParam(0),
143   fModA(0),
144   fpSDigits(0)
145 {
146     //     The standard Constructor for the ITS class. 
147     // It also zeros the variables
148     // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
149     // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
150     // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
151     // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
152     // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
153     // class for a description of these parameters and its constructor
154     // functions.
155     // Inputs:
156     //   Char_t *title  Simulation title for the ITS
157     // Outputs:
158     //   none.
159     // Return:
160     //   none.
161   
162     fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560); // from AliDetector
163     if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
164     //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
165     SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
166     fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
167     //PH  SetMarkerColor(kRed);
168     if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
169     fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
170     for (int i=fgkNTYPES;i--;) fRawID2ClusID[i] = 0;
171 }
172 //______________________________________________________________________
173 AliITS::AliITS(const char *name, const char *title):
174   AliDetector(name,title),
175   fDetTypeSim(0),
176   fEuclidOut(0),
177   fOpt("All"),
178   fIdN(0),
179   fIdSens(0),
180   fIdName(0),
181   fITSmodules(0),
182   fTiming(kFALSE),
183   fSimuParam(0),
184   fModA(0),
185   fpSDigits(0)
186 {
187   //     The standard Constructor for the ITS class. 
188   // It also zeros the variables
189   // fIshunt (a member of AliDetector class), fEuclidOut, and zeros
190   // the pointers fIdSens and fIdName. To help in displaying hits via the
191   // ROOT macro display.C AliITS also sets the marker color to red. The
192   // variables passes with this constructor, const char *name and *title,
193   // are used by the constructor of AliDetector class. See AliDetector
194   // class for a description of these parameters and its constructor
195   // functions.
196   
197   fHits = new TClonesArray("AliITShit",1560);
198   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
199   //fNhits=0;  //done in AliDetector(name,title)
200
201   SetDetectors(); // default to fOpt="All". This variable not written out.
202     
203   fDetTypeSim   = new AliITSDetTypeSim();
204   //PH  SetMarkerColor(kRed);
205   if(!fLoader) MakeLoader(AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
206   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
207   for (int i=fgkNTYPES;i--;) fRawID2ClusID[i] = 0;
208 }
209 //______________________________________________________________________
210 AliITS::~AliITS(){
211     // Default destructor for ITS.
212     //     The default destructor of the AliITS class. In addition to deleting
213     // the AliITS class it deletes the memory pointed to by 
214     // fIdSens, fIdName, fDetTypeSim and it's contents.
215     // Inputs:
216     //      none.
217     // Outputs:
218     //      none.
219     // Return:
220     //      none.
221
222     if (fHits) {
223       fHits->Delete();
224       delete fHits;
225       fHits=0;
226     }
227     if(fITSmodules) {
228         this->ClearModules();
229         delete fITSmodules;
230         fITSmodules = 0;
231     }// end if fITSmodules!=0
232
233     delete[] fIdName;  // Array of TStrings
234     delete[] fIdSens;
235     Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
236     if (fDetTypeSim){
237       delete fDetTypeSim;
238       fDetTypeSim = 0;
239     }
240     if(fSimuParam){
241       delete fSimuParam;
242       fSimuParam=0;
243     }
244     if(fModA){
245       if(size>0){
246         for(Int_t j=0; j<size; j++){
247           fModA[j]->Delete();
248           delete fModA[j];
249         }
250       }
251       delete []fModA;
252     }
253     if(fpSDigits){
254       fpSDigits->Delete();
255       delete fpSDigits;
256     }
257 }
258
259 //______________________________________________________________________
260 AliDigitizer* AliITS::CreateDigitizer(AliDigitizationInput* digInput)const{
261     // Creates the AliITSDigitizer in a standard way for use via AliModule.
262     // This function can not be included in the .h file because of problems
263     // with the order of inclusion (recursive).
264     // Inputs:
265     //    AliDigitizationInput* digInput  The Manger class for Digitization
266     // Output:
267     //    none.
268     // Return:
269     //    A new AliITSRunDigitizer (cast as a AliDigitizer).
270
271      return new AliITSDigitizer(digInput);
272 }
273 //______________________________________________________________________
274 void AliITS::Init(){
275     // Initializer ITS after it has been built
276     //     This routine initializes the AliITS class. It is intended to be
277     // called from the Init function in AliITSv?. Besides displaying a banner
278     // indicating that it has been called it initializes the array fIdSens
279     // and sets the default segmentation, response, digit and raw cluster
280     // classes therefore it should be called after a call to CreateGeometry.
281     // Inputs:
282     //      none.
283     // Outputs:
284     //      none.
285     // Return:
286     //      none.
287     Int_t i;
288     // Array of TStrings
289     if(gMC) for(i=0;i<fIdN;i++) fIdSens[i] = gMC->VolId(fIdName[i]);
290  
291 }
292 //______________________________________________________________________
293 void AliITS::SetDefaults(){
294     // sets the default segmentation, response, digit and raw cluster classes.
295     // Inputs:
296     //      none.
297     // Outputs:
298     //      none.
299     // Return:
300     //      none.
301     AliInfoClass("AliITS::Setting Defaults");
302     if(!fDetTypeSim) { 
303      Error("SetDefaults()","fDetTypeSim is 0!"); 
304      return;
305     }
306
307     fDetTypeSim->SetDefaults();
308     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
309
310 }
311 //______________________________________________________________________
312 void AliITS::SetDefaultSimulation(){
313     // sets the default simulation.
314     // Inputs:
315     //      none.
316     // Outputs:
317     //      none.
318     // Return:
319     //      none.
320     if(!fDetTypeSim) { 
321      Error("SetDefaultSimulation()","fDetTypeSim is 0!"); 
322      return;
323     }
324
325     fDetTypeSim->SetDefaultSimulation();
326     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
327
328 }
329
330
331 //______________________________________________________________________
332 void AliITS::MakeBranch(Option_t* option){
333     // Creates Tree branches for the ITS.
334     // Inputs:
335     //      Option_t *option    String of Tree types S,D, and/or R.
336     //      const char *file    String of the file name where these branches
337     //                          are to be stored. If blank then these branches
338     //                          are written to the same tree as the Hits were
339     //                          read from.
340     // Outputs:
341     //      none.
342     // Return:
343     //      none.
344   if(!fDetTypeSim) {
345     Error("MakeBranch","fDetTypeSim is 0!");
346     return;
347   }
348
349   Bool_t cH = (strstr(option,"H")!=0);
350   Bool_t cS = (strstr(option,"S")!=0);
351   Bool_t cD = (strstr(option,"D")!=0);
352   
353   if(cH && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
354   AliDetector::MakeBranch(option);
355   
356   if(cS) MakeBranchS(0);
357   if(cD) MakeBranchD(0);
358
359
360 }
361 //___________________________________________________________________
362 void AliITS::MakeBranchS(const char* fl){
363
364   // Creates Tree Branch for the ITS summable digits.
365   // Inputs:
366   //      cont char *fl  File name where SDigits branch is to be written
367   //                     to. If blank it write the SDigits to the same
368   //                     file in which the Hits were found.
369
370   
371   if(!fDetTypeSim){
372     Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
373   }
374   Int_t buffersize = 4000;
375   char branchname[31];
376
377   // only one branch for SDigits.
378   snprintf(branchname,30,"%s",GetName());
379
380   if(fLoader->TreeS()){
381     TClonesArray* sdig = (TClonesArray*)fDetTypeSim->GetSDigits();
382     MakeBranchInTree(fLoader->TreeS(),branchname,&sdig,buffersize,fl);
383   } 
384 }
385 //______________________________________________________________________
386 void AliITS::MakeBranchD(const char* file){
387
388   //Make branch for digits
389   if(!fDetTypeSim) {
390     Warning("MakeBranchD","fDetTypeSim is 0!");
391     return;
392   }
393   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
394   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
395   MakeBranchInTreeD(fLoader->TreeD(),file);
396 }
397
398 //___________________________________________________________________
399 void AliITS:: MakeBranchInTreeD(TTree* treeD, const char* file){
400   // Creates Tree branches for the ITS.
401
402   if(!fDetTypeSim){
403     Error("MakeBranchS","fDetTypeSim is 0!");
404   }
405   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
406   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
407
408   const Char_t *det[3] = {"SPD","SDD","SSD"};
409   const Char_t* digclass;
410   Int_t buffersize = 4000;
411   Char_t branchname[31];
412   
413   if(!fDetTypeSim->GetDigits()){
414     fDetTypeSim->SetDigits(new TObjArray(fgkNTYPES));
415   }
416   for(Int_t i=0;i<fgkNTYPES;i++){
417     digclass = fDetTypeSim->GetDigitClassName(i);
418     TString classn = digclass;
419     if(!((fDetTypeSim->GetDigits())->At(i))){
420       (fDetTypeSim->GetDigits())->AddAt(new TClonesArray(classn.Data(),1000),i);
421     }
422     else ResetDigits(i);  
423     if(fgkNTYPES==3) snprintf(branchname,30,"%sDigits%s",GetName(),det[i]);
424     else sprintf(branchname,"%sDigits%d",GetName(),i+1);
425     TObjArray* dig = DigitsAddress(i);
426     if(GetDigits() && treeD) AliDetector::MakeBranchInTree(treeD,branchname, &dig,buffersize,file);
427   }
428
429 }
430 //______________________________________________________________________
431 void AliITS::SetTreeAddress(){
432     // Set branch address for the Trees.
433     // Inputs:
434     //      none.
435     // Outputs:
436     //      none.
437     // Return:
438     //      none.
439     
440   if(!fDetTypeSim) {
441     Error("SetTreeAddress","fDetTypeSim is 0!");
442     return;
443   }
444
445   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
446   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
447
448   TTree *treeS = fLoader->TreeS();
449   TTree *treeD = fLoader->TreeD();
450   if (fLoader->TreeH() && (fHits == 0x0)) {
451       fHits = new TClonesArray("AliITShit", 1560);
452   }
453   AliDetector::SetTreeAddress();
454
455   fDetTypeSim->SetTreeAddressS(treeS, (Char_t*)GetName());
456   fDetTypeSim->SetTreeAddressD(treeD, (Char_t*)GetName());
457 }
458 //______________________________________________________________________
459 void AliITS::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits){
460     // Add an ITS hit
461     //     The function to add information to the AliITShit class. See the
462     // AliITShit class for a full description. This function allocates the
463     // necessary new space for the hit information and passes the variable
464     // track, and the pointers *vol and *hits to the AliITShit constructor
465     // function.
466     // Inputs:
467     //      Int_t   track   Track number which produced this hit.
468     //      Int_t   *vol    Array of Integer Hit information. See AliITShit.h
469     //      Float_t *hits   Array of Floating Hit information.  see AliITShit.h
470     // Outputs:
471     //      none.
472     // Return:
473     //      none.
474   TClonesArray &lhits = *fHits;
475   new(lhits[fNhits++]) AliITShit(fIshunt,track,vol,hits);
476 }
477
478 //______________________________________________________________________
479 void AliITS::FillModules(Int_t /* evnt */,Int_t bgrev,Int_t /* nmodules */,
480                          Option_t *option, const char *filename){
481   // fill the modules with the sorted by module hits; add hits from
482   // background if option=Add.
483
484   static TTree *trH1;                 //Tree with background hits
485   static Bool_t first=kTRUE;
486   static TFile *file;
487   const char *addBgr = strstr(option,"Add");
488   
489   if (addBgr ) {
490     if(first) {
491       file=new TFile(filename);
492     } // end if first
493     first=kFALSE;
494     file->cd();
495     file->ls();
496     // Get Hits Tree header from file
497     if(trH1) delete trH1;
498     trH1=0;
499     
500     char treeName[21];
501     snprintf(treeName,20,"TreeH%d",bgrev);
502     trH1 = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
503     if (!trH1) {
504       Error("FillModules","cannot find Hits Tree for event:%d",bgrev);
505     } // end if !trH1
506     // Set branch addresses
507   } // end if addBgr
508   
509   FillModules(fLoader->TreeH(),0); // fill from this file's tree.
510     
511   if (addBgr ) {
512     FillModules(trH1,10000000); // Default mask 10M.
513     TTree *fAli=fLoader->GetRunLoader()->TreeK();
514     TFile *fileAli=0;
515     if (fAli) {
516       fileAli =fAli->GetCurrentFile();
517       fileAli->cd();
518     }
519   } // end if add
520   
521   
522 }
523 //______________________________________________________________________
524 void AliITS::FillModules(TTree *treeH, Int_t mask) {
525     // fill the modules with the sorted by module hits; 
526     // can be called many times to do a merging
527     // Inputs:
528     //      TTree *treeH  The tree containing the hits to be copied into
529     //                    the modules.
530     //      Int_t mask    The track number mask to indecate which file
531     //                    this hits came from.
532     // Outputs:
533     //      none.
534     // Return:
535     //      none.
536
537     if (treeH == 0x0)
538      {
539        AliError("Tree H  is NULL");
540        return;
541      }
542     Int_t lay,lad,det,index;
543     AliITShit *itsHit=0;
544     AliITSmodule *mod=0;
545     char branchname[21];
546     snprintf(branchname,20,"%s",GetName());
547     TBranch *branch = treeH->GetBranch(branchname);
548     if (!branch) {
549         Error("FillModules","%s branch in TreeH not found",branchname);
550         return;
551     } // end if !branch
552     branch->SetAddress(&fHits);
553     Int_t nTracks =(Int_t) treeH->GetEntries();
554     Int_t iPrimTrack,h;
555     for(iPrimTrack=0; iPrimTrack<nTracks; iPrimTrack++){
556         ResetHits();
557         Int_t nBytes = treeH->GetEvent(iPrimTrack);
558         if (nBytes <= 0) continue;
559         Int_t nHits = fHits->GetEntriesFast();
560         for(h=0; h<nHits; h++){
561             itsHit = (AliITShit *)fHits->UncheckedAt(h);
562             itsHit->GetDetectorID(lay,lad,det);
563             if (GetITSgeom()) {
564                 index = GetITSgeom()->GetModuleIndex(lay,lad,det);
565             } else {
566                 index=det-1; // This should not be used.
567             } // end if [You must have fITSgeom for this to work!]
568             mod = GetModule(index);
569             itsHit->SetTrack(itsHit->GetTrack()+mask); // Set track mask.
570             mod->AddHit(itsHit,iPrimTrack,h);
571         } // end loop over hits 
572     } // end loop over tracks
573 }
574
575 //______________________________________________________________________
576 Bool_t AliITS::InitModules(Int_t size,Int_t &nmodules){
577     // Initialize the modules array.
578     // Inputs:
579     //      Int_t size  Size of array of the number of modules to be
580     //                  created. If size <=0 then the number of modules
581     //                  is gotten from AliITSgeom class kept in fITSgeom.
582     // Outputs:
583     //      Int_t &nmodules The number of modules existing.
584     // Return:
585     //      none.
586
587     if(fITSmodules){ 
588         fITSmodules->Delete();
589         delete fITSmodules;
590     } // end fir fITSmoudles
591
592     if(!fDetTypeSim) {
593       Error("InitModules","fDetTypeSim is null!");
594       return kFALSE;
595     }
596     if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
597
598     Int_t nl,indexMAX,index;
599
600     if(size<=0){ // default to using data stored in AliITSgeom
601         if(fDetTypeSim->GetITSgeom()==0) {
602             Error("InitModules","fITSgeom not defined");
603             return kFALSE;
604         } // end if fITSgeom==0
605         nl = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetNlayers();
606         indexMAX = fDetTypeSim->GetITSgeom()->GetIndexMax();
607         nmodules = indexMAX;
608         fITSmodules = new TObjArray(indexMAX);
609         for(index=0;index<indexMAX;index++){
610             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
611         } // end for index
612     }else{
613         fITSmodules = new TObjArray(size);
614         for(index=0;index<size;index++) {
615             fITSmodules->AddAt( new AliITSmodule(index),index);
616         } // end for index
617
618         nmodules = size;
619     } // end i size<=0
620     return kTRUE;
621 }
622 //______________________________________________________________________
623 void AliITS::Hits2SDigits(){
624     // Standard Hits to summable Digits function.
625     // Inputs:
626     //      none.
627     // Outputs:
628     //      none.
629   
630
631    if(!fDetTypeSim) {
632      Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is null!");
633      return; 
634   } 
635      
636   SetDefaults();
637   fLoader->LoadHits("read");
638   fLoader->LoadSDigits("recreate");
639   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader(); 
640   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
641   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
642
643   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
644         // Do the Hits to Digits operation. Use Standard input values.
645         // Event number from file, no background hit merging , use size from
646         // AliITSgeom class, option="All", input from this file only.
647     rl->GetEvent(iEvent);
648     if (!fLoader->TreeS()) fLoader->MakeTree("S");
649     MakeBranch("S");
650     SetTreeAddress();
651     HitsToPreDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
652   } // end for iEvent
653     
654   fLoader->UnloadHits();
655   fLoader->UnloadSDigits();
656   
657 }
658 //______________________________________________________________________
659 void AliITS::Hits2Digits(){
660
661   //Conversion from hits to digits
662   if(!fDetTypeSim) {
663     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
664     return;
665   }
666    
667   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
668   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
669   SetDefaults();
670
671   fLoader->LoadHits("read");
672   fLoader->LoadDigits("recreate");
673   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader(); 
674   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < rl->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
675     rl->GetEvent(iEvent);
676     if (!fLoader->TreeD()) fLoader->MakeTree("D");
677     MakeBranch("D");
678     SetTreeAddress();   
679     HitsToDigits(iEvent,0,-1," ",fOpt," ");
680   } 
681   
682   fLoader->UnloadHits();
683   fLoader->UnloadDigits();
684   
685 }
686
687 //______________________________________________________________________
688 void AliITS::HitsToDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
689                           Option_t *option,Option_t *opt,
690                           const char *filename){
691     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for 
692     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
693     // the condition below will disappear when the geom class will be
694     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
695     // 7 is the SDD beam test version.
696     // Inputs:
697     //      Int_t evnt       Event to be processed.
698     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
699     //      Int_t nmodules   Not used.
700     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
701     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
702     //                       background hits are considered.
703     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
704     // Outputs:
705     //      none.
706     // Return:
707     //      none.
708
709   if(!fDetTypeSim) {
710     Error("HitsToDigits","fDetTypeSim is null!");
711     return;
712   }
713   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
714   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
715   if(!GetITSgeom()) return; // need transformations to do digitization.
716   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
717
718   const char *all = strstr(opt,"All");
719   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
720                         strstr(opt,"SSD")};
721   static Bool_t setDef=kTRUE;
722   if (setDef) SetDefaultSimulation();
723   setDef=kFALSE;
724   
725   Int_t nmodules;
726   InitModules(size,nmodules);
727   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
728  
729   // Reset Fast-OR signals for this event
730   fDetTypeSim->ResetFOSignals();
731
732   AliITSsimulation *sim      = 0;
733   AliITSmodule     *mod      = 0;
734   Int_t id;
735   for(Int_t module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
736     id       = geom->GetModuleType(module);
737     if (!all && !det[id]) continue;
738     sim      = (AliITSsimulation*)fDetTypeSim->GetSimulationModel(id);
739     if (!sim) {
740       Error("HitsToDigits","The simulation class was not "
741             "instanciated for module %d type %s!",module,
742             geom->GetModuleTypeName(module));
743       exit(1);
744     } // end if !sim
745     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
746     sim->DigitiseModule(mod,module,evNumber);
747     // fills all branches - wasted disk space
748     fLoader->TreeD()->Fill(); 
749     ResetDigits();
750   } // end for module
751   
752   ClearModules();
753  
754   // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
755   if (all || det[0]) { // SPD present
756     WriteFOSignals();
757   }
758   
759   fLoader->TreeD()->GetEntries();
760   fLoader->TreeD()->AutoSave();
761   // reset tree
762   fLoader->TreeD()->Reset();
763 }
764 //_____________________________________________________________________
765 void AliITS::Hits2PreDigits(){ 
766   // Turn hits into SDigits
767
768   if(!fDetTypeSim) {
769     Error("Hits2SDigits","fDetTypeSim is 0!");
770     return;
771   }
772    
773   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
774   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
775   SetDefaults();
776   
777   HitsToPreDigits(fLoader->GetRunLoader()->GetEventNumber(),
778                   0,-1," ",fOpt," ");
779 }
780
781 //______________________________________________________________________
782 void AliITS::HitsToPreDigits(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
783                              Option_t *option,Option_t *opt,
784                              const char *filename){
785     //   Keep galice.root for signal and name differently the file for 
786     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
787     // the condition below will disappear when the geom class will be
788     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
789     // 7 is the SDD beam test version.
790     // Inputs:
791     //      Int_t evnt       Event to be processed.
792     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
793     //      Int_t nmodules   Not used.
794     //      Option_t *option String indicating if merging hits or not. To
795     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
796     //                       background hits are considered.
797     //      Test_t *filename File name containing the background hits..
798     // Outputs:
799     //      none.
800     // Return:
801     //      none.
802
803  
804   if(!fDetTypeSim) {
805     Error("HitsToPreDigits","fDetTypeSim is null!");
806     return;
807   }
808   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
809   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
810
811   if(!GetITSgeom()){
812     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
813     return; // need transformations to do digitization.
814   }
815   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
816
817   const char *all = strstr(opt,"All");
818   const char *det[3] = {strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
819                         strstr(opt,"SSD")};
820   static Bool_t setDef=kTRUE;
821   if (setDef) SetDefaultSimulation();
822   setDef=kFALSE;
823   
824   Int_t nmodules;
825   InitModules(size,nmodules);
826   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,option,filename);
827   
828
829   AliITSsimulation *sim      = 0;
830   AliITSmodule     *mod      = 0;
831   Int_t id,module;
832   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
833     id       = geom->GetModuleType(module);
834     if (!all && !det[id]) continue;
835     sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
836     if (!sim) {
837       Error("HitsToPreDigits","The simulation class was not "
838             "instanciated for module %d type %s!",module,
839             geom->GetModuleTypeName(module));
840       exit(1);
841     } // end if !sim
842     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
843     sim->SDigitiseModule(mod,module,evNumber);
844     // fills all branches - wasted disk space
845     fLoader->TreeS()->Fill(); 
846     fDetTypeSim->ResetSDigits();
847   } // end for module
848
849   ClearModules();
850
851   
852   fLoader->TreeS()->GetEntries();
853   fLoader->TreeS()->AutoSave();
854   fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
855   // reset tree
856   fLoader->TreeS()->Reset();
857 }
858
859 //_____________________________________________________________________
860 void AliITS::HitsToFastRecPoints(Int_t evNumber,Int_t bgrev,Int_t size,
861                                   Option_t *opt0,Option_t *opt1,
862                                  const char *flnm){
863     // keep galice.root for signal and name differently the file for 
864     // background when add! otherwise the track info for signal will be lost !
865     // the condition below will disappear when the geom class will be
866     // initialized for all versions - for the moment it is only for v5 !
867     // Inputs:
868     //      Int_t evnt       Event to be processed.
869     //      Int_t bgrev      Background Hit tree number.
870     //      Int_t size       Size used by InitModules. See InitModules.
871     //      Option_t *opt0   Option passed to FillModules. See FillModules.
872     //      Option_t *opt1   String indicating if merging hits or not. To
873     //                       merge hits set equal to "Add". Otherwise no
874     //                       background hits are considered.
875     //      Test_t *flnm     File name containing the background hits..
876     // Outputs:
877     //      none.
878     // Return:
879     //      none.
880
881
882
883   if(!GetITSgeom()){
884     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
885     return; // need transformations to do digitization.
886   }
887   AliITSgeom *geom = GetITSgeom();
888
889   AliITSLoader *pITSloader = (AliITSLoader*)fLoader;
890
891   const char *all = strstr(opt1,"All");
892   const char *det[3] ={strstr(opt1,"SPD"),strstr(opt1,"SDD"),
893                        strstr(opt1,"SSD")};
894   Int_t nmodules;
895   InitModules(size,nmodules);
896   FillModules(evNumber,bgrev,nmodules,opt0,flnm);
897
898   AliITSsimulation *sim      = 0;
899   AliITSmodule     *mod      = 0;
900   Int_t id,module;
901
902   TTree *lTR = pITSloader->TreeR();
903   if(!lTR) {
904     pITSloader->MakeTree("R");
905     lTR = pITSloader->TreeR();
906   }
907   
908   TClonesArray* ptarray = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
909   TBranch* branch = (TBranch*)lTR->Branch("ITSRecPointsF",&ptarray);
910   branch->SetAddress(&ptarray);
911   //m.b. : this change is nothing but a nice way to make sure
912   //the CPU goes up !    
913   for(module=0;module<geom->GetIndexMax();module++){
914     id       = geom->GetModuleType(module);
915     if (!all && !det[id]) continue;
916     sim      = (AliITSsimulation*)GetSimulationModel(id);
917     if (!sim) {
918       Error("HitsToFastPoints","The simulation class was not "
919             "instantiated for module %d type %s!",module,
920             geom->GetModuleTypeName(module));
921       exit(1);
922     } // end if !sim
923     mod      = (AliITSmodule *)fITSmodules->At(module);
924     sim->CreateFastRecPoints(mod,module,gRandom,ptarray);
925     lTR->Fill();
926     ptarray->Clear();
927   } // end for module
928
929   ClearModules();
930   fLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
931   delete ptarray;
932 }
933 //_____________________________________________________________________
934 Int_t AliITS::Hits2Clusters(TTree *hTree, TTree *cTree) {
935   //------------------------------------------------------------
936   // This function creates ITS clusters
937   //------------------------------------------------------------
938   if(!GetITSgeom()){
939     Error("HitsToPreDigits","fGeom is null!");
940     return 1; // need transformations to do digitization.
941   }
942   AliITSgeom *geom=GetITSgeom();
943   Int_t mmax=geom->GetIndexMax();
944
945   InitModules(-1,mmax);
946   FillModules(hTree,0);
947
948   TClonesArray *points = new TClonesArray("AliITSRecPoint",1000);
949   TBranch *branch=cTree->GetBranch("ITSRecPoints");
950   if (!branch) cTree->Branch("ITSRecPoints",&points);
951   else branch->SetAddress(&points);
952
953   AliITSsimulationFastPoints sim;
954   Int_t ncl=0;
955   for (Int_t m=0; m<mmax; m++) {
956     AliITSmodule *mod=GetModule(m);      
957     sim.CreateFastRecPoints(mod,m,gRandom,points);      
958     ncl+=points->GetEntriesFast();
959     cTree->Fill();
960     points->Clear();
961   }
962
963   AliDebug(1,Form("Number of found fast clusters : %d",ncl));
964
965   //cTree->Write();
966
967   delete points;
968   return 0;
969 }
970
971 //_____________________________________________________________________
972 void AliITS::CheckLabels(Int_t lab[3]) const {
973   //------------------------------------------------------------
974   // Tries to find mother's labels
975   //------------------------------------------------------------
976
977   if(lab[0]<0 && lab[1]<0 && lab[2]<0) return; // In case of no labels just exit
978
979   Int_t ntracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
980   for (Int_t i=0;i<3;i++){
981     Int_t label = lab[i];
982     if (label>=0 && label<ntracks) {
983       TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
984       if (part->P() < 0.005) {
985         Int_t m=part->GetFirstMother();
986         if (m<0) {      
987           continue;
988         }
989         if (part->GetStatusCode()>0) {
990           continue;
991         }
992         lab[i]=m;       
993       }
994     }    
995   }
996   
997 }
998
999 //______________________________________________________________________
1000 void AliITS::SDigitsToDigits(Option_t *opt){
1001   // Standard Summable digits to Digits function.
1002   // Inputs:
1003   //      none.
1004   // Outputs:
1005   //      none.
1006   if (!fDetTypeSim) {
1007     AliError("fDetTypeSim is 0!");
1008     return;
1009   }
1010   const char *all = strstr(opt,"All");
1011   const char *det[3] ={strstr(opt,"SPD"),strstr(opt,"SDD"),
1012                        strstr(opt,"SSD")};
1013
1014   // Reset Fast-OR signals for this event
1015   fDetTypeSim->ResetFOSignals();
1016
1017   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
1018   SetDefaults();
1019   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
1020   fDetTypeSim->SDigitsToDigits(opt,(Char_t*)GetName());
1021
1022   // Add Fast-OR signals to event (only one object per event)
1023   if (all || det[0]) { // SPD present
1024    WriteFOSignals();
1025   }
1026 }
1027
1028 //______________________________________________________________________
1029 void AliITS::ResetDigits(){
1030     // Reset number of digits and the digits array for the ITS detector.
1031     // Inputs:
1032     //      none.
1033     // Outputs:
1034     //      none.
1035     if(!fDetTypeSim) {
1036       Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
1037       return;
1038     }
1039    
1040     fDetTypeSim->ResetDigits();
1041
1042
1043 }
1044 //______________________________________________________________________
1045 void AliITS::ResetDigits(Int_t branch){
1046     // Reset number of digits and the digits array for this branch.
1047     // Inputs:
1048     //      none.
1049     // Outputs:
1050     //      none.
1051
1052     if(!fDetTypeSim) {
1053       Error("ResetDigits","fDetTypeSim is 0!");
1054       return;
1055     }
1056    
1057     fDetTypeSim->ResetDigits(branch);
1058
1059 }
1060 //______________________________________________________________________
1061 void AliITS::AddSumDigit(AliITSpListItem &sdig){
1062     // Adds the a module full of summable digits to the summable digits tree.
1063     // Inputs:
1064     //      AliITSpListItem &sdig   SDigit to be added to SDigits tree.
1065     // Outputs:
1066     //      none.
1067     // Return:
1068     //      none.
1069
1070     if(!fDetTypeSim) {
1071       Error("AddSumDigit","fDetTypeSim is 0!");
1072       return;
1073     }
1074     fDetTypeSim->AddSumDigit(sdig);
1075     
1076 }
1077 //______________________________________________________________________
1078 void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch, AliITSdigit *d){
1079     //    Add a simulated digit.
1080     // Inputs:
1081     //      Int_t id        Detector type number.
1082     //      AliITSdigit *d  Digit to be added to the Digits Tree. See 
1083     //                      AliITSdigit.h
1084     // Outputs:
1085     //      none.
1086     // Return:
1087     //      none.
1088
1089     if(!fDetTypeSim) {
1090       Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
1091       return;
1092     }
1093     fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,d);
1094
1095 }
1096 //______________________________________________________________________
1097 void AliITS::AddSimDigit(Int_t branch,Float_t phys,Int_t *digits,Int_t *tracks,
1098                          Int_t *hits,Float_t *charges, Int_t sigexpanded){
1099   //   Add a simulated digit to the list.
1100   // Inputs:
1101   //      Int_t id        Detector type number.
1102   //      Float_t phys    Physics indicator. See AliITSdigits.h
1103   //      Int_t *digits   Integer array containing the digits info. See 
1104   //                      AliITSdigit.h
1105   //      Int_t *tracks   Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()] 
1106   //                      containing the track numbers that contributed to
1107   //                      this digit.
1108   //      Int_t *hits     Integer array [AliITSdigitS?D::GetNTracks()]
1109   //                      containing the hit numbers, from AliITSmodule, that
1110   //                      contributed to this digit.
1111   //      Float_t *charge Floating point array of the signals contributed
1112   //                      to this digit by each track.
1113   // Outputs:
1114   //      none.
1115   // Return:
1116   //      none.
1117
1118     if(!fDetTypeSim) {
1119       Error("AddSimDigit","fDetTypeSim is 0!");
1120       return;
1121     }
1122     fDetTypeSim->AddSimDigit(branch,phys,digits,tracks,hits,charges,sigexpanded);
1123
1124 }
1125 //______________________________________________________________________
1126 void AliITS::Digits2Raw(){
1127     // convert digits of the current event to raw data
1128
1129   if(!fDetTypeSim) {
1130     Error("Digits2Raw","fDetTypeSim is 0!");
1131     return;
1132   }
1133   fDetTypeSim->SetLoader((AliITSLoader*)fLoader);
1134   SetDefaults();
1135   if(fSimuParam) fDetTypeSim->SetSimuParam(fSimuParam);
1136   fDetTypeSim->GetLoader()->LoadDigits();
1137   TTree* digits = fDetTypeSim->GetLoader()->TreeD();
1138   if (!digits) {
1139       Error("Digits2Raw", "no digits tree");
1140       return;
1141   }
1142   fDetTypeSim->SetTreeAddressD(digits,(Char_t*)GetName());
1143   
1144    // Get the FO signals for this event
1145   AliITSFOSignalsSPD* foSignals = NULL;
1146   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1147   AliITSLoader* itsLoader = (AliITSLoader*) runLoader->GetLoader("ITSLoader");
1148   if (!itsLoader) {
1149     AliError("ITS loader is NULL.");
1150   }
1151    else {
1152       if(!itsLoader->TreeD()) AliError("   !!! No TreeD available !!!");
1153       foSignals = (AliITSFOSignalsSPD*)itsLoader->TreeD()->GetUserInfo()->FindObject("AliITSFOSignalsSPD");
1154       if(!foSignals) AliError("FO signals not retrieved");
1155      }
1156  
1157   Bool_t deleteFOsignalsLater = kFALSE;
1158   if (!foSignals) {
1159     AliError("FO signals not available. No FO bits will be written.");
1160     foSignals = new AliITSFOSignalsSPD(); // make a temporary dummy signals object
1161     deleteFOsignalsLater = kTRUE;
1162   }
1163   
1164   
1165   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlsdd=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
1166   Char_t rawSDD=fDetTypeSim->GetSimuParam()->GetSDDRawDataFormat();
1167   AliITSDDLRawData rawWriter;
1168   
1169   rawWriter.SetSDDRawFormat(rawSDD);
1170   //Verbose level
1171   // 0: Silent
1172   // 1: cout messages
1173   // 2: txt files with digits 
1174   //BE CAREFUL, verbose level 2 MUST be used only for debugging and
1175   //it is highly suggested to use this mode only for debugging digits files
1176   //reasonably small, because otherwise the size of the txt files can reach
1177   //quickly several MB wasting time and disk space.
1178   rawWriter.SetVerbose(0);
1179     
1180   //SILICON PIXEL DETECTOR
1181   AliDebug(1,"Formatting raw data for SPD");
1182   rawWriter.RawDataSPD(digits->GetBranch("ITSDigitsSPD"),foSignals);
1183   if(deleteFOsignalsLater) delete foSignals;
1184     
1185   //SILICON DRIFT DETECTOR
1186   AliDebug(1,Form("Formatting raw data for SDD - Format code =%d",rawSDD));
1187   rawWriter.RawDataSDD(digits->GetBranch("ITSDigitsSDD"),ddlsdd);
1188     
1189   //SILICON STRIP DETECTOR
1190   AliDebug(1,"Formatting raw data for SSD");
1191   rawWriter.RawDataSSD(digits->GetBranch("ITSDigitsSSD"));
1192
1193   fLoader->UnloadDigits();
1194 }
1195 //______________________________________________________________________
1196 AliLoader* AliITS::MakeLoader(const char* topfoldername){ 
1197     //builds ITSgetter (AliLoader type)
1198     //if detector wants to use castomized getter, it must overload this method
1199
1200     AliDebug(1,Form("Creating AliITSLoader. Top folder is %s.",
1201          topfoldername));
1202     fLoader = new AliITSLoader(GetName(),topfoldername);
1203     return fLoader;
1204 }
1205 //______________________________________________________________________
1206 Bool_t AliITS::Raw2SDigits(AliRawReader* rawReader)
1207 {
1208   //
1209   // Converts RAW data to SDigits
1210   //
1211   // Get TreeS
1212   //
1213   Int_t last   = -1;
1214   Int_t size   = AliITSgeomTGeo::GetNModules();
1215   if(!fModA) {
1216     fModA = new TClonesArray*[size];
1217     for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++) fModA[mod] = new TClonesArray("AliITSpListItem", 10000);
1218   }
1219   AliLoader* loader =  (AliRunLoader::Instance())->GetLoader("ITSLoader");
1220   if (!loader){
1221     Error("Open","Can not get ITS loader from Run Loader");
1222     return kFALSE;
1223   }
1224
1225   TTree* tree = 0;
1226   tree = loader->TreeS();
1227   if (!tree){
1228     loader->MakeTree("S");
1229     tree = loader->TreeS();
1230   }
1231   //
1232   // Array for SDigits
1233   // 
1234   if(!fpSDigits){
1235     fpSDigits = new TClonesArray("AliITSpListItem",10000);
1236   }
1237   TClonesArray& aSDigits = *fpSDigits;
1238   Int_t bufsize = 32000;
1239   tree->Branch("ITS", &fpSDigits, bufsize);
1240   Int_t npx = 0;
1241   //
1242   // SPD
1243   //
1244   AliITSsegmentationSPD* segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
1245   if(!segSPD){
1246     AliWarning("Set AliITS defaults");
1247     SetDefaults();
1248     segSPD = (AliITSsegmentationSPD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(0);
1249   }
1250   npx = segSPD->Npx();
1251   Double_t thr, sigma; 
1252
1253   Int_t countRW = -1; // RS counter for raw -> cluster ID's (used in embedding)
1254   const TArrayI* rawID2clusID = fRawID2ClusID[kSPD];
1255   AliITSRawStreamSPD inputSPD(rawReader);
1256   while(1){
1257     Bool_t next  = inputSPD.Next();
1258     if (!next) break;
1259
1260     countRW++; // RS
1261     Int_t module = inputSPD.GetModuleID();
1262     Int_t column = inputSPD.GetColumn();
1263     Int_t row    = inputSPD.GetRow();
1264     Int_t index  = npx * column + row;
1265
1266     if (module >= size) continue;
1267  
1268     last = (fModA[module])->GetEntries();
1269     TClonesArray& dum = *fModA[module];
1270     fDetTypeSim->GetSimuParam()->SPDThresholds(module,thr,sigma);
1271     thr += 1.;
1272     int label = -1;
1273     if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
1274       if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSPD to clusSPD ID's is shorter than current rawSPD ID=%d",countRW));}
1275       else label = (*rawID2clusID)[countRW];
1276     }
1277     new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, thr);
1278   }
1279   rawReader->Reset();
1280
1281   //
1282   // SDD
1283   // 
1284   AliITSsegmentationSDD* segSDD = (AliITSsegmentationSDD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(1);
1285   npx = segSDD->Npx();
1286   Int_t scalef=AliITSsimulationSDD::ScaleFourier(segSDD);
1287   Int_t firstSDD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(3,1,1);
1288   Int_t firstSSD=AliITSgeomTGeo::GetModuleIndex(5,1,1);
1289   //
1290   countRW = -1; // RS
1291   rawID2clusID = fRawID2ClusID[kSDD];
1292   AliITSRawStream* inputSDD=AliITSRawStreamSDD::CreateRawStreamSDD(rawReader);
1293   for(Int_t iMod=firstSDD; iMod<firstSSD; iMod++){
1294     AliITSCalibrationSDD* cal = (AliITSCalibrationSDD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(iMod);
1295     Bool_t isZeroSupp=cal->GetZeroSupp();
1296     if(isZeroSupp){ 
1297       for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,cal->GetZSLowThreshold(iSid));
1298     }else{
1299       for(Int_t iSid=0; iSid<2; iSid++) inputSDD->SetZeroSuppLowThreshold(iMod-firstSDD,iSid,0);
1300     }
1301   }
1302
1303   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap=fDetTypeSim->GetDDLModuleMapSDD();
1304   inputSDD->SetDDLModuleMap(ddlmap);
1305   while(inputSDD->Next()){
1306     countRW++; // RS
1307     if(inputSDD->IsCompletedModule()==kFALSE && 
1308        inputSDD->IsCompletedDDL()==kFALSE){
1309
1310       Int_t module = inputSDD->GetModuleID();
1311       Int_t anode  = inputSDD->GetCoord1()+segSDD->NpzHalf()*inputSDD->GetChannel();
1312       Int_t time   = inputSDD->GetCoord2();
1313       Int_t signal10 = inputSDD->GetSignal();
1314       Int_t index = AliITSpList::GetIndex(anode,time,scalef*npx);
1315
1316       if (module >= size) continue;
1317       last = fModA[module]->GetEntries();
1318       TClonesArray& dum = *fModA[module];
1319       int label = -1;
1320       if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
1321         if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSDD to clusSDD ID's is shorter than current rawSDD ID=%d",countRW));}
1322         else label = (*rawID2clusID)[countRW];
1323       }
1324       new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, Double_t(signal10));
1325       ((AliITSpListItem*) dum.At(last))->AddSignalAfterElect(module, index, Double_t(signal10));
1326     }
1327   }
1328   delete inputSDD;
1329   rawReader->Reset();
1330     
1331   //
1332   // SSD
1333   // 
1334   AliITSsegmentationSSD* segSSD = (AliITSsegmentationSSD*) fDetTypeSim->GetSegmentationModel(2);
1335   npx = segSSD->Npx();
1336   AliITSRawStreamSSD inputSSD(rawReader);
1337   countRW = -1;
1338   rawID2clusID = fRawID2ClusID[kSSD];
1339   while(1){
1340     Bool_t next  = inputSSD.Next();
1341     if (!next) break;
1342     countRW++; // RS
1343     Int_t module  = inputSSD.GetModuleID();
1344     if(module<0)AliError(Form("Invalid SSD  module %d \n",module));
1345     if(module<0)continue;
1346     Int_t side    = inputSSD.GetSideFlag();
1347     Int_t strip   = inputSSD.GetStrip();
1348     Int_t signal  = inputSSD.GetSignal();
1349     Int_t index  = npx * side + strip;
1350
1351     if (module >= size) continue;
1352         
1353     last = fModA[module]->GetEntries();
1354     TClonesArray& dum = *fModA[module];
1355     int label = -1;
1356     if (rawID2clusID) { // RS If the raw->cluster ID is set (filled by cluster finder) store cluster ID's in SDigits
1357       if (rawID2clusID->GetSize()<=countRW) {AliError(Form("The buffer of rawSSD to clusSSD ID's is shorter than current rawSSD ID=%d",countRW));}
1358       else label = (*rawID2clusID)[countRW];
1359     }    
1360     new (dum[last]) AliITSpListItem(label, -1, module, index, Double_t(signal));
1361   }
1362   rawReader->Reset();
1363   AliITSpListItem* sdig = 0;
1364     
1365   Int_t firstssd = GetITSgeom()->GetStartDet(kSSD);
1366   Double_t adcToEv = 1.;
1367   for (Int_t mod = 0; mod < size; mod++)
1368     {
1369       if(mod>=firstssd) {
1370         AliITSCalibrationSSD* calssd = (AliITSCalibrationSSD*)fDetTypeSim->GetCalibrationModel(mod);
1371         adcToEv = 1./calssd->GetSSDDEvToADC(1.);
1372       }
1373       Int_t nsdig =  fModA[mod]->GetEntries();
1374       for (Int_t ie = 0; ie < nsdig; ie++) {
1375         sdig = (AliITSpListItem*) (fModA[mod]->At(ie));
1376         Double_t digsig = sdig->GetSignal();
1377         if(mod>=firstssd) digsig*=adcToEv; // for SSD: convert back charge from ADC to electron
1378         new (aSDigits[ie]) AliITSpListItem(sdig->GetTrack(0), -1, mod, sdig->GetIndex(), digsig);
1379         Float_t sig = sdig->GetSignalAfterElect();
1380         if(mod>=firstssd) sig*=adcToEv;
1381         if (sig > 0.) {
1382           sdig = (AliITSpListItem*)aSDigits[ie];
1383           sdig->AddSignalAfterElect(mod, sdig->GetIndex(), Double_t(sig));
1384         }
1385       }
1386         
1387       tree->Fill();
1388       aSDigits.Clear();
1389       fModA[mod]->Clear();
1390     }
1391   loader->WriteSDigits("OVERWRITE");    
1392   return kTRUE;
1393 }
1394
1395 //______________________________________________________________________
1396 void AliITS::UpdateInternalGeometry(){
1397   //reads new geometry from TGeo 
1398 //   AliDebug(1,"Delete ITSgeom and create a new one reading TGeo");
1399
1400   AliITSVersion_t version = (AliITSVersion_t)IsVersion();
1401   Int_t minor = 0;
1402   AliITSInitGeometry initgeom;
1403   AliITSgeom* geom = initgeom.CreateAliITSgeom(version,minor);
1404   SetITSgeom(geom);
1405 }
1406 //______________________________________________________________________
1407 AliTriggerDetector* AliITS::CreateTriggerDetector() const {
1408   // create an AliITSTrigger object (and set trigger conditions as input)
1409   return new AliITSTrigger(fDetTypeSim->GetTriggerConditions());
1410 }
1411 //______________________________________________________________________
1412 void AliITS::WriteFOSignals(){
1413 // This method write FO signals in Digits tree both in Hits2Digits
1414 // or SDigits2Digits
1415
1416   fDetTypeSim->ProcessNoiseForFastOr();
1417   fDetTypeSim->WriteFOSignals();
1418 }