ITS/AliITSAlignMille.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 2007-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliITSAlignMille
  20 /// Alignment class for the ALICE ITS detector
  21 ///
  22 /// ITS specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each hit and fill the corresponding local equations. Provide methods for
  25 /// fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author M. Lunardon (thanks to J. Castillo)
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include <TF1.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TClonesArray.h>
  33 #include <TGraph.h>
  34 #include <TMath.h>
  35 #include <TGraphErrors.h>
  36
  37 #include "AliITSAlignMilleModule.h"
  38 #include "AliITSAlignMille.h"
  39 #include "AliITSAlignMilleData.h"
  40 #include "AliITSgeomTGeo.h"
  41 #include "AliGeomManager.h"
  42 #include "AliMillepede.h"
  43 #include "AliTrackPointArray.h"
  44 #include "AliAlignObjParams.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include <TSystem.h>
  47 #include "AliTrackFitterRieman.h"
  48
  49 /// \cond CLASSIMP
  50 ClassImp(AliITSAlignMille)
  51 /// \endcond
  52
  53 Int_t AliITSAlignMille::fgNDetElem = ITSMILLENDETELEM;
  54 Int_t AliITSAlignMille::fgNParCh = ITSMILLENPARCH;
  55
  56 AliITSAlignMille::AliITSAlignMille(const Char_t *configFilename, Bool_t initmille)
  57   : TObject(),
  58     fMillepede(0),
  59     fStartFac(16.),
  60     fResCutInitial(100.),
  61     fResCut(100.),
  62     fNGlobal(ITSMILLENDETELEM*ITSMILLENPARCH),
  63     fNLocal(4),
  64     fNStdDev(ITSMILLENSTDEV),
  65     fIsMilleInit(kFALSE),
  66     fParSigTranslations(0.0100),
  67     fParSigRotations(0.1),
  68     fTrack(NULL),
  69     fCluster(),
  70     fGlobalDerivatives(NULL),
  71     fSigmaXfactor(1.0),
  72     fSigmaZfactor(1.0),
  73     fTempAlignObj(NULL),
  74     fDerivativeXLoc(0),
  75     fDerivativeZLoc(0),
  76     fMinNPtsPerTrack(3),
  77     fInitTrackParamsMeth(1),
  78     fProcessedPoints(NULL),
  79     fTotBadLocEqPoints(0),
  80     fRieman(NULL),
  81     fRequirePoints(kFALSE),
  82     fTempExcludedModule(-1),
  83     fGeometryFileName("geometry.root"),
  84     fPreAlignmentFileName(""),
  85     fGeoManager(0),
  86     fCurrentModuleIndex(0),
  87     fCurrentModuleInternalIndex(0),
  88     fCurrentSensVolIndex(0),
  89     fNModules(0),
  90     fUseLocalShifts(kTRUE),
  91     fUseSuperModules(kFALSE),
  92     fUsePreAlignment(kFALSE),
  93     fUseSortedTracks(kTRUE),
  94     fBOn(kFALSE),
  95     fBField(0.0),
  96     fNSuperModules(0),
  97     fCurrentModuleHMatrix(NULL),
  98     fIsConfigured(kFALSE),
  99     fBug(0)
 100 {
 101   /// main constructor that takes input from configuration file
 102
 103   fMillepede = new AliMillepede();
 104   fGlobalDerivatives = new Double_t[fNGlobal];
 105
 106   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENDETELEM*2; i++) {
 107     fPreAlignQF[i]=-1;
 108     fSensVolSigmaXfactor[i]=1.0;
 109     fSensVolSigmaZfactor[i]=1.0;
 110   }
 111
 112   for (Int_t i=0; i<6; i++) {
 113     fNReqLayUp[i]=0;
 114     fNReqLayDown[i]=0;
 115     fNReqLay[i]=0;
 116   }
 117   for (Int_t i=0; i<3; i++) {
 118     fNReqDetUp[i]=0;
 119     fNReqDetDown[i]=0;
 120     fNReqDet[i]=0;
 121   }
 122
 123   Int_t lc=LoadConfig(configFilename);
 124   if (lc) {
 125     AliInfo(Form("Error %d loading configuration from %s",lc,configFilename));
 126   }
 127   else {
 128     fIsConfigured=kTRUE;
 129     if (initmille && fNGlobal<20000) {
 130       AliInfo(Form("Initializing Millepede with %d gpar, %d lpar and %d stddev ...",fNGlobal, fNLocal, fNStdDev));
 131       Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
 132       ResetLocalEquation();
 133       AliInfo("Parameters initialized to zero");
 134     }
 135     else {
 136       AliInfo("Millepede has not been initialized ... ");
 137     }
 138   }
 139
 140   if (fNModules) {
 141     fProcessedPoints=new Int_t[fNModules];
 142     for (Int_t ipp=0; ipp<fNModules; ipp++) fProcessedPoints[ipp]=0;
 143   }
 144 }
 145
 146 AliITSAlignMille::~AliITSAlignMille() {
 147   /// Destructor
 148   if (fMillepede) delete fMillepede;
 149   delete [] fGlobalDerivatives;
 150   for (int i=0; i<fNModules; i++) delete fMilleModule[i];
 151   for (int i=0; i<fNSuperModules; i++) delete fSuperModule[i];
 152   if (fNModules) delete [] fProcessedPoints;
 153   if (fRieman) delete fRieman;
 154 }
 155
 156 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
 157 Int_t AliITSAlignMille::LoadConfig(const Char_t *cfile) {
 158   /// return 0 if success
 159   ///        1 if error in module index or voluid
 160
 161   FILE *pfc=fopen(cfile,"r");
 162   if (!pfc) return -1;
 163
 164   Char_t st[200],st2[200];
 165   Char_t tmp[100];
 166   Int_t idx,itx,ity,itz,ith,ips,iph;
 167   Float_t f1,f2;
 168   UShort_t voluid;
 169   Int_t nmod=0;
 170
 171   while (fgets(st,200,pfc)) {
 172
 173     // skip comments
 174     for (int i=0; i<int(strlen(st)); i++) {
 175       if (st[i]=='#') st[i]=0;
 176     }
 177
 178     if (strstr(st,"GEOMETRY_FILE")) {
 179       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 180       memset(st2,0,200*sizeof(char));
 181       sscanf(st,"%99s %199s",tmp,st2);
 182       if (gSystem->AccessPathName(st2)) {
 183         AliInfo("*** WARNING! *** geometry file not found! ");
 184         fclose(pfc);
 185         return -1;
 186       }
 187       fGeometryFileName=st2;
 188       InitGeometry();
 189     }
 190
 191     if (strstr(st,"PREALIGNMENT_FILE")) {
 192       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 193       memset(st2,0,200*sizeof(char));
 194       sscanf(st,"%99s %199s",tmp,st2);
 195       if (gSystem->AccessPathName(st2)) {
 196         AliInfo("*** WARNING! *** prealignment file not found! ");
 197         fclose(pfc);
 198         return -1;
 199       }
 200       fPreAlignmentFileName=st2;
 201       itx=ApplyToGeometry();
 202       if (itx) {
 203         AliInfo(Form("*** WARNING! *** error %d reading prealignment file! ",itx));
 204         fclose(pfc);
 205         return -6;
 206       }
 207     }
 208
 209     if (strstr(st,"SUPERMODULE_FILE")) {
 210       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 211       memset(st2,0,200*sizeof(char));
 212       sscanf(st,"%99s %199s",tmp,st2);
 213       if (gSystem->AccessPathName(st2)) {
 214         AliInfo("*** WARNING! *** supermodule file not found! ");
 215         fclose(pfc);
 216         return -1;
 217       }
 218       if (LoadSuperModuleFile(st2)) {fclose(pfc); return -1;}
 219     }
 220
 221     if (strstr(st,"SET_B_FIELD")) {
 222       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 223       sscanf(st,"%99s %f",tmp,&f1);
 224       if (f1>0) {
 225         fBField = f1;
 226         fBOn = kTRUE;
 227         fNLocal = 5; // helices
 228         fRieman = new AliTrackFitterRieman();
 229       }
 230       else {
 231         fBField = 0.0;
 232         fBOn = kFALSE;
 233         fNLocal = 4;
 234       }
 235     }
 236
 237     if (strstr(st,"SET_PARSIG_TRA")) {
 238       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 239       sscanf(st,"%99s %f",tmp,&f1);
 240       fParSigTranslations=f1;
 241     }
 242
 243     if (strstr(st,"SET_PARSIG_ROT")) {
 244       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 245       sscanf(st,"%99s %f",tmp,&f1);
 246       fParSigRotations=f1;
 247     }
 248
 249     if (strstr(st,"SET_NSTDDEV")) {
 250       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 251       sscanf(st,"%99s %d",tmp,&idx);
 252       fNStdDev=idx;
 253     }
 254
 255     if (strstr(st,"SET_RESCUT_INIT")) {
 256       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 257       sscanf(st,"%99s %f",tmp,&f1);
 258       fResCutInitial=f1;
 259     }
 260
 261     if (strstr(st,"SET_RESCUT_OTHER")) {
 262       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 263       sscanf(st,"%99s %f",tmp,&f1);
 264       fResCut=f1;
 265     }
 266
 267     if (strstr(st,"SET_LOCALSIGMAFACTOR")) {
 268       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 269       sscanf(st,"%99s %f %f",tmp,&f1,&f2);
 270       if (f1>0 && f2>0) {
 271         fSigmaXfactor=f1;
 272         fSigmaZfactor=f2;
 273       }
 274     }
 275
 276     if (strstr(st,"SET_STARTFAC")) {
 277       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 278       sscanf(st,"%99s %f",tmp,&f1);
 279       fStartFac=f1;
 280     }
 281
 282     if (strstr(st,"REQUIRE_POINT")) {
 283       // syntax:   REQUIRE_POINT where ndet updw nreqpts
 284       //    where = LAYER or DETECTOR
 285       //    ndet = detector number: 1-6 for LAYER and 1-3 for DETECTOR (SPD=1, SDD=2, SSD=3)
 286       //    updw = 1 for Y>0, -1 for Y<0, 0 if not specified
 287       //    nreqpts = minimum number of points of that type
 288       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 289       memset(st2,0,200*sizeof(char));
 290       sscanf(st,"%99s %199s %d %d %d",tmp,st2,&itx,&ity,&itz);
 291       itx--;
 292       if (strstr(st2,"LAYER")) {
 293         if (itx<0 || itx>5) {fclose(pfc); return -7;}
 294         if (ity>0) fNReqLayUp[itx]=itz;
 295         else if (ity<0) fNReqLayDown[itx]=itz;
 296         else fNReqLay[itx]=itz;
 297         fRequirePoints=kTRUE;
 298       }
 299       else if (strstr(st2,"DETECTOR")) { // DETECTOR
 300         if (itx<0 || itx>2) {fclose(pfc); return -7;}
 301         if (ity>0) fNReqDetUp[itx]=itz;
 302         else if (ity<0) fNReqDetDown[itx]=itz;
 303         else fNReqDet[itx]=itz;
 304         fRequirePoints=kTRUE;
 305       }
 306     }
 307
 308
 309     if (strstr(st,"SET_LOCAL_SHIFTS")) { // only enabled mode...
 310       fUseLocalShifts = kTRUE;
 311     }
 312
 313     if (strstr(st,"MODULE_INDEX")) { // works only for sensitive modules
 314       f1=0; f2=0;
 315       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 316       sscanf(st,"%99s %d %d %d %d %d %d %d %f %f",tmp,&idx,&itx,&ity,&itz,&iph,&ith,&ips,&f1,&f2);
 317       if (idx<0 || idx>2197) {fclose(pfc); return 1;} // bad index
 318       voluid=GetModuleVolumeID(idx);
 319       if (!voluid || voluid>14300) {fclose(pfc); return 1;} // bad index
 320       fModuleIndex[nmod]=idx;
 321       fModuleVolumeID[nmod]=voluid;
 322       fFreeParam[nmod][0]=itx;
 323       fFreeParam[nmod][1]=ity;
 324       fFreeParam[nmod][2]=itz;
 325       fFreeParam[nmod][3]=iph;
 326       fFreeParam[nmod][4]=ith;
 327       fFreeParam[nmod][5]=ips;
 328       fMilleModule[nmod] = new AliITSAlignMilleModule(voluid);
 329       if (f1>0) fSensVolSigmaXfactor[idx]=f1;
 330       if (f2>0) fSensVolSigmaZfactor[idx]=f2;
 331       nmod++;
 332     }
 333
 334     if (strstr(st,"MODULE_VOLUID")) {
 335       f1=0; f2=0;
 336       memset(tmp,0,100*sizeof(char));
 337       sscanf(st,"%99s %d %d %d %d %d %d %d %f %f",tmp,&idx,&itx,&ity,&itz,&iph,&ith,&ips,&f1,&f2);
 338       voluid=UShort_t(idx);
 339       if (voluid>14335 && fUseSuperModules) { // custom supermodule
 340         int ism=-1;
 341         for (int j=0; j<fNSuperModules; j++) {
 342           if (voluid==fSuperModule[j]->GetVolumeID()) ism=j;
 343         }
 344         if (ism<0) {fclose(pfc); return -1;} // bad volid
 345         fModuleIndex[nmod]=fSuperModule[ism]->GetIndex();
 346         fModuleVolumeID[nmod]=voluid;
 347         fFreeParam[nmod][0]=itx;
 348         fFreeParam[nmod][1]=ity;
 349         fFreeParam[nmod][2]=itz;
 350         fFreeParam[nmod][3]=iph;
 351         fFreeParam[nmod][4]=ith;
 352         fFreeParam[nmod][5]=ips;
 353         fMilleModule[nmod] = new AliITSAlignMilleModule(*fSuperModule[ism]);
 354         if (f1>0) {
 355           for (int kk=0; kk<fMilleModule[nmod]->GetNSensitiveVolumes(); kk++) {
 356             idx=AliITSAlignMilleModule::GetIndexFromVolumeID(fMilleModule[nmod]->GetSensitiveVolumeVolumeID()[kk]);
 357             if (idx>=0) fSensVolSigmaXfactor[idx]=f1;
 358           }
 359         }
 360         if (f2>0) {
 361           for (int kk=0; kk<fMilleModule[nmod]->GetNSensitiveVolumes(); kk++) {
 362             idx=AliITSAlignMilleModule::GetIndexFromVolumeID(fMilleModule[nmod]->GetSensitiveVolumeVolumeID()[kk]);
 363             if (idx>=0) fSensVolSigmaZfactor[idx]=f2;
 364           }
 365         }       nmod++;
 366       }
 367       else { // sensitive volume
 368         idx=GetModuleIndex(voluid);
 369         if (idx<0 || idx>2197) {fclose(pfc); return 1;} // bad index
 370         fModuleIndex[nmod]=idx;
 371         fModuleVolumeID[nmod]=voluid;
 372         fFreeParam[nmod][0]=itx;
 373         fFreeParam[nmod][1]=ity;
 374         fFreeParam[nmod][2]=itz;
 375         fFreeParam[nmod][3]=iph;
 376         fFreeParam[nmod][4]=ith;
 377         fFreeParam[nmod][5]=ips;
 378         fMilleModule[nmod] = new AliITSAlignMilleModule(voluid);
 379         if (f1>0) fSensVolSigmaXfactor[idx]=f1;
 380         if (f2>0) fSensVolSigmaZfactor[idx]=f2;
 381         nmod++;
 382       }
 383     }
 384     //----------
 385
 386   } // end while
 387
 388   fNModules = nmod;
 389   fNGlobal = fNModules*fgNParCh;
 390
 391   fclose(pfc);
 392   return 0;
 393 }
 394
 395 void AliITSAlignMille::SetRequiredPoint(Char_t* where, Int_t ndet, Int_t updw, Int_t nreqpts)
 396 {
 397   // set minimum number of points in specific detector or layer
 398   // where = LAYER or DETECTOR
 399   // ndet = detector number: 1-6 for LAYER and 1-3 for DETECTOR (SPD=1, SDD=2, SSD=3)
 400   // updw = 1 for Y>0, -1 for Y<0, 0 if not specified
 401   // nreqpts = minimum number of points of that type
 402   ndet--;
 403   if (strstr(where,"LAYER")) {
 404     if (ndet<0 || ndet>5) return;
 405     if (updw>0) fNReqLayUp[ndet]=nreqpts;
 406     else if (updw<0) fNReqLayDown[ndet]=nreqpts;
 407     else fNReqLay[ndet]=nreqpts;
 408     fRequirePoints=kTRUE;
 409   }
 410   else if (strstr(where,"DETECTOR")) {
 411     if (ndet<0 || ndet>2) return;
 412     if (updw>0) fNReqDetUp[ndet]=nreqpts;
 413     else if (updw<0) fNReqDetDown[ndet]=nreqpts;
 414     else fNReqDet[ndet]=nreqpts;
 415     fRequirePoints=kTRUE;
 416   }
 417 }
 418
 419 Int_t AliITSAlignMille::GetModuleIndex(const Char_t *symname) {
 420   /// index from symname
 421   if (!symname) return -1;
 422   for (Int_t i=0; i<2198; i++) {
 423     if (!strcmp(symname,AliITSgeomTGeo::GetSymName(i))) return i;
 424   }
 425   return -1;
 426 }
 427
 428 Int_t AliITSAlignMille::GetModuleIndex(UShort_t voluid) {
 429   /// index from volume ID
 430   AliGeomManager::ELayerID lay = AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid);
 431   if (lay<1|| lay>6) return -1;
 432   Int_t idx=Int_t(voluid)-2048*lay;
 433   if (idx>=AliGeomManager::LayerSize(lay)) return -1;
 434   for (Int_t ilay=1; ilay<lay; ilay++)
 435     idx += AliGeomManager::LayerSize(ilay);
 436   return idx;
 437 }
 438
 439 UShort_t AliITSAlignMille::GetModuleVolumeID(const Char_t *symname) {
 440   /// volume ID from symname
 441   /// works for sensitive volumes only
 442   if (!symname) return 0;
 443
 444   for (UShort_t voluid=2000; voluid<13300; voluid++) {
 445     Int_t modId;
 446     AliGeomManager::ELayerID layerId = AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid,modId);
 447     if (layerId>0 && layerId<7 && modId>=0 && modId<AliGeomManager::LayerSize(layerId)) {
 448       if (!strcmp(symname,AliGeomManager::SymName(layerId,modId))) return voluid;
 449     }
 450   }
 451
 452   return 0;
 453 }
 454
 455 UShort_t AliITSAlignMille::GetModuleVolumeID(Int_t index) {
 456   /// volume ID from index
 457   if (index<0) return 0;
 458   if (index<2198)
 459     return GetModuleVolumeID(AliITSgeomTGeo::GetSymName(index));
 460   else {
 461     for (int i=0; i<fNSuperModules; i++) {
 462       if (fSuperModule[i]->GetIndex()==index) return fSuperModule[i]->GetVolumeID();
 463     }
 464   }
 465   return 0;
 466 }
 467
 468 void AliITSAlignMille::InitGeometry() {
 469   /// initialize geometry
 470   AliGeomManager::LoadGeometry(fGeometryFileName.Data());
 471   fGeoManager = AliGeomManager::GetGeometry();
 472   if (!fGeoManager) {
 473     AliInfo("Couldn't initialize geometry");
 474     return;
 475   }
 476   // temporary align object, just use the rotation...
 477   fTempAlignObj=new AliAlignObjParams;
 478 }
 479
 480 void AliITSAlignMille::Init(Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 481                            Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 482                            Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 483 {
 484   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 485   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 486   fIsMilleInit = kTRUE;
 487
 488   /// Fix non free parameters
 489   for (Int_t i=0; i<fNModules; i++) {
 490     for (Int_t j=0; j<ITSMILLENPARCH; j++) {
 491       if (!fFreeParam[i][j]) FixParameter(i*ITSMILLENPARCH+j,0.0);
 492       else {
 493         // pepopepo: da verificare il settaggio delle sigma, ma forse va bene...
 494         Double_t parsig=0;
 495         if (j<3) parsig=fParSigTranslations; // translations (0.0100 cm)
 496         else parsig=fParSigRotations; // rotations (1/10 deg)
 497         FixParameter(i*ITSMILLENPARCH+j,parsig);
 498       }
 499     }
 500   }
 501
 502
 503 //   // Set iterations
 504   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 505 }
 506
 507
 508 void AliITSAlignMille::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 509   /// Constrain equation defined by par to value
 510   if (!fIsMilleInit) {
 511     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
 512     return;
 513   }
 514   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 515   AliInfo("Adding constraint");
 516 }
 517
 518 void AliITSAlignMille::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 519   /// Initialize global parameters with par array
 520   if (!fIsMilleInit) {
 521     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
 522     return;
 523   }
 524   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 525   AliInfo("Init Global Parameters");
 526 }
 527
 528 void AliITSAlignMille::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 529   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 530   /// If value == 0, parameter is fixed
 531   if (!fIsMilleInit) {
 532     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
 533     return;
 534   }
 535   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 536   if (value==0) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 537 }
 538
 539 void AliITSAlignMille::ResetLocalEquation()
 540 {
 541   /// Reset the derivative vectors
 542   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 543     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 544   }
 545   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 546     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 547   }
 548 }
 549
 550 // newpep
 551 Int_t AliITSAlignMille::ApplyToGeometry() {
 552   /// apply starting realignment to ideal geometry
 553   if(!AliGeomManager::GetGeometry()) return -1;
 554
 555   TFile *pref = new TFile(fPreAlignmentFileName.Data());
 556   if (!pref->IsOpen()) return -2;
 557   TClonesArray *prea=(TClonesArray*)pref->Get("ITSAlignObjs");
 558   if (!prea) return -3;
 559   Int_t nprea=prea->GetEntriesFast();
 560   AliInfo(Form("Array of input misalignments with %d entries",nprea));
 561
 562   AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*prea); // apply all levels of objs
 563
 564   // set prealignment factor if defined...
 565   for (int ix=0; ix<nprea; ix++) {
 566     AliAlignObjParams *preo=(AliAlignObjParams*) prea->UncheckedAt(ix);
 567     Int_t index=AliITSAlignMilleModule::GetIndexFromVolumeID(preo->GetVolUID());
 568     if (index>=0) {
 569       fPreAlignQF[index] = (int) preo->GetUniqueID();
 570       //printf("index=%d   QF=%d\n",index,preo->GetUniqueID());
 571     }
 572     //if (!preo->ApplyToGeometry()) return -4;
 573   }
 574   pref->Close();
 575   delete pref;
 576
 577   fUsePreAlignment = kTRUE;
 578   return 0;
 579 }
 580 // endnewpep
 581
 582 Int_t AliITSAlignMille::GetPreAlignmentQualityFactor(Int_t index) const {
 583   /// works for sensitive volumes
 584   if (!fUsePreAlignment || index<0 || index>2197) return -1;
 585   return fPreAlignQF[index];
 586 }
 587
 588 AliTrackPointArray *AliITSAlignMille::PrepareTrack(const AliTrackPointArray *atp) {
 589   /// create a new AliTrackPointArray keeping only defined modules
 590   /// move points according to a given prealignment, if any
 591   /// sort alitrackpoints w.r.t. global Y direction, if selected
 592
 593   AliTrackPointArray *atps=NULL;
 594   Int_t idx[20];
 595   Int_t npts=atp->GetNPoints();
 596
 597   /// checks if AliTrackPoints belong to defined modules
 598   Int_t ngoodpts=0;
 599   Int_t intidx[20];
 600
 601   for (int j=0; j<npts; j++) {
 602     intidx[j] = IsContained(atp->GetVolumeID()[j]);
 603     if (intidx[j]>=0) ngoodpts++;
 604   }
 605   AliDebug(3,Form("Number of points in defined modules: %d",ngoodpts));
 606
 607   // reject track if not enough points are left
 608   if (ngoodpts<fMinNPtsPerTrack) {
 609     AliInfo("Track with not enough points!");
 610     return NULL;
 611   }
 612
 613   AliTrackPoint p;
 614   // check points in specific places
 615   if (fRequirePoints) {
 616     Int_t nlayup[6],nlaydown[6],nlay[6];
 617     Int_t ndetup[3],ndetdown[3],ndet[3];
 618     for (Int_t j=0; j<6; j++) {nlayup[j]=0; nlaydown[j]=0; nlay[j]=0;}
 619     for (Int_t j=0; j<3; j++) {ndetup[j]=0; ndetdown[j]=0; ndet[j]=0;}
 620
 621     for (int i=0; i<npts; i++) {
 622       // skip not defined points
 623       if (intidx[i]<0) continue;
 624       Float_t xx=atp->GetX()[i];
 625       Float_t yy=atp->GetY()[i];
 626       Float_t r=TMath::Sqrt(xx*xx + yy*yy);
 627       int lay=-1;
 628       if (r<5) lay=0;
 629       else if (r>5 && r<10) lay=1;
 630       else if (r>10 && r<18) lay=2;
 631       else if (r>18 && r<30) lay=3;
 632       else if (r>30 && r<40) lay=4;
 633       else if (r>40) lay=5;
 634       if (lay<0) continue;
 635       int det=lay/2;
 636       //printf("Point %d - x=%f  y=%f  R=%f  lay=%d  det=%d\n",i,xx,yy,r,lay,det);
 637
 638       if (yy>=0.0) { // UP point
 639         nlayup[lay]++;
 640         nlay[lay]++;
 641         ndetup[det]++;
 642         ndet[det]++;
 643       }
 644       else {
 645         nlaydown[lay]++;
 646         nlay[lay]++;
 647         ndetdown[det]++;
 648         ndet[det]++;
 649       }
 650     }
 651
 652     // checks minimum values
 653     Bool_t isok=kTRUE;
 654     for (Int_t j=0; j<6; j++) {
 655       if (nlayup[j]<fNReqLayUp[j]) isok=kFALSE;
 656       if (nlaydown[j]<fNReqLayDown[j]) isok=kFALSE;
 657       if (nlay[j]<fNReqLay[j]) isok=kFALSE;
 658     }
 659     for (Int_t j=0; j<3; j++) {
 660       if (ndetup[j]<fNReqDetUp[j]) isok=kFALSE;
 661       if (ndetdown[j]<fNReqDetDown[j]) isok=kFALSE;
 662       if (ndet[j]<fNReqDet[j]) isok=kFALSE;
 663     }
 664     if (!isok) {
 665       AliDebug(2,Form("Track does not meet all location point requirements!"));
 666       return NULL;
 667     }
 668   }
 669
 670   // build a new track with (sorted) (prealigned) good points
 671   atps=new AliTrackPointArray(ngoodpts);
 672
 673   for (int i=0; i<npts; i++) idx[i]=i;
 674   // sort track if required
 675   if (fUseSortedTracks) TMath::Sort(npts,atp->GetY(),idx); // sort descending...
 676
 677   Int_t npto=0;
 678   for (int i=0; i<npts; i++) {
 679     // skip not defined points
 680     if (intidx[idx[i]]<0) continue;
 681     atp->GetPoint(p,idx[i]);
 682
 683     // prealign point if required
 684     // get IDEAL matrix
 685     TGeoHMatrix *svOrigMatrix = fMilleModule[intidx[idx[i]]]->GetSensitiveVolumeOrigGlobalMatrix(p.GetVolumeID());
 686     // get back real local coordinates: use OriginalGlobalMatrix because AliTrackPoints were written
 687     // with idel geometry
 688     Double_t pg[3],pl[3];
 689     pg[0]=p.GetX();
 690     pg[1]=p.GetY();
 691     pg[2]=p.GetZ();
 692     AliDebug(3,Form("Global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]));
 693     svOrigMatrix->MasterToLocal(pg,pl);
 694
 695     AliDebug(3,Form("Local coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pl[0],pl[1],pl[2]));
 696
 697     // update covariance matrix
 698     TGeoHMatrix hcov;
 699     Double_t hcovel[9];
 700     hcovel[0]=double(p.GetCov()[0]);
 701     hcovel[1]=double(p.GetCov()[1]);
 702     hcovel[2]=double(p.GetCov()[2]);
 703     hcovel[3]=double(p.GetCov()[1]);
 704     hcovel[4]=double(p.GetCov()[3]);
 705     hcovel[5]=double(p.GetCov()[4]);
 706     hcovel[6]=double(p.GetCov()[2]);
 707     hcovel[7]=double(p.GetCov()[4]);
 708     hcovel[8]=double(p.GetCov()[5]);
 709     hcov.SetRotation(hcovel);
 710     // now rotate in local system
 711     hcov.Multiply(svOrigMatrix);
 712     hcov.MultiplyLeft(&svOrigMatrix->Inverse());
 713     // now hcov is LOCAL COVARIANCE MATRIX
 714
 715
 716     // pepopepo
 717     if (fBug==1) {
 718       // correzione bug LAYER 5  SSD temporanea..
 719       int ssdidx=AliITSAlignMilleModule::GetIndexFromVolumeID(p.GetVolumeID());
 720       if (ssdidx>=500 && ssdidx<1248) {
 721         int ladder=(ssdidx-500)%22;
 722       if (ladder==18) p.SetVolumeID(AliITSAlignMilleModule::GetVolumeIDFromIndex(ssdidx+1));
 723       if (ladder==19) p.SetVolumeID(AliITSAlignMilleModule::GetVolumeIDFromIndex(ssdidx-1));
 724       }
 725     }
 726
 727     /// get (evenctually prealigned) matrix of sens. vol.
 728     TGeoHMatrix *svMatrix = fMilleModule[intidx[idx[i]]]->GetSensitiveVolumeMatrix(p.GetVolumeID());
 729     // modify global coordinates according with pre-aligment
 730     svMatrix->LocalToMaster(pl,pg);
 731     // now rotate in local system
 732     hcov.Multiply(&svMatrix->Inverse());
 733     hcov.MultiplyLeft(svMatrix);
 734     // hcov is back in GLOBAL RF
 735     Float_t pcov[6];
 736     pcov[0]=hcov.GetRotationMatrix()[0];
 737     pcov[1]=hcov.GetRotationMatrix()[1];
 738     pcov[2]=hcov.GetRotationMatrix()[2];
 739     pcov[3]=hcov.GetRotationMatrix()[4];
 740     pcov[4]=hcov.GetRotationMatrix()[5];
 741     pcov[5]=hcov.GetRotationMatrix()[8];
 742
 743     p.SetXYZ(pg[0],pg[1],pg[2],pcov);
 744     AliDebug(3,Form("New global coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",pg[0],pg[1],pg[2]));
 745     atps->AddPoint(npto,&p);
 746     AliDebug(2,Form("Adding point[%d] = ( %f , %f , %f )     volid = %d",npto,atps->GetX()[npto],atps->GetY()[npto],atps->GetZ()[npto],atps->GetVolumeID()[npto] ));
 747
 748     npto++;
 749   }
 750
 751   return atps;
 752 }
 753
 754
 755
 756 AliTrackPointArray *AliITSAlignMille::SortTrack(const AliTrackPointArray *atp) {
 757   /// sort alitrackpoints w.r.t. global Y direction
 758   AliTrackPointArray *atps=NULL;
 759   Int_t idx[20];
 760   Int_t npts=atp->GetNPoints();
 761   AliTrackPoint p;
 762   atps=new AliTrackPointArray(npts);
 763
 764   TMath::Sort(npts,atp->GetY(),idx);
 765
 766   for (int i=0; i<npts; i++) {
 767     atp->GetPoint(p,idx[i]);
 768     atps->AddPoint(i,&p);
 769     AliDebug(2,Form("Point[%d] = ( %f , %f , %f )     volid = %d",i,atps->GetX()[i],atps->GetY()[i],atps->GetZ()[i],atps->GetVolumeID()[i] ));
 770   }
 771   return atps;
 772 }
 773
 774
 775 Int_t AliITSAlignMille::InitModuleParams() {
 776   /// initialize geometry parameters for a given detector
 777   /// for current cluster (fCluster)
 778   /// fGlobalInitParam[] is set as:
 779   ///    [tx,ty,tz,psi,theta,phi]
 780   ///
 781   /// return 0 if success
 782
 783   if (!fGeoManager) {
 784     AliInfo("ITS geometry not initialized!");
 785     return -1;
 786   }
 787
 788   // now 'voluid' is the volumeID of a SENSITIVE VOLUME (coming from a cluster)
 789
 790   // set the internal index (index in module list)
 791   UShort_t voluid=fCluster.GetVolumeID();
 792   Int_t k=fNModules-1;
 793   while (k>=0 && !(fMilleModule[k]->IsIn(voluid)) ) k--;
 794   if (k<0) return -3;
 795   fCurrentModuleInternalIndex=k; // the internal index of the SUPERMODULE
 796
 797   fCurrentModuleIndex=fMilleModule[k]->GetIndex(); // index of the SUPERMODULE
 798
 799   // set the index
 800   Int_t index = GetModuleIndex(voluid);
 801   if (index<0) return -2;
 802   fCurrentSensVolIndex = index; // the index of the SENSITIVE VOLUME
 803
 804   fModuleInitParam[0] = 0.0;
 805   fModuleInitParam[1] = 0.0;
 806   fModuleInitParam[2] = 0.0;
 807   fModuleInitParam[3] = 0.0; // psi   (X)
 808   fModuleInitParam[4] = 0.0; // theta (Y)
 809   fModuleInitParam[5] = 0.0; // phi   (Z)
 810
 811   fCurrentModuleHMatrix = fMilleModule[fCurrentModuleInternalIndex]->GetMatrix();
 812
 813   for (int ii=0; ii<3; ii++)
 814     fCurrentModuleTranslation[ii]=fCurrentModuleHMatrix->GetTranslation()[ii];
 815
 816   /// get (evenctually prealigned) matrix of sens. vol.
 817   TGeoHMatrix *svMatrix = fMilleModule[fCurrentModuleInternalIndex]->GetSensitiveVolumeMatrix(voluid);
 818
 819   fMeasGlo[0] = fCluster.GetX();
 820   fMeasGlo[1] = fCluster.GetY();
 821   fMeasGlo[2] = fCluster.GetZ();
 822   svMatrix->MasterToLocal(fMeasGlo,fMeasLoc);
 823   AliDebug(2,Form("Local coordinates of measured point : X=%f  Y=%f  Z=%f \n",fMeasLoc[0] ,fMeasLoc[1] ,fMeasLoc[2] ));
 824
 825   // set stdev from cluster
 826   TGeoHMatrix hcov;
 827   Double_t hcovel[9];
 828   hcovel[0]=double(fCluster.GetCov()[0]);
 829   hcovel[1]=double(fCluster.GetCov()[1]);
 830   hcovel[2]=double(fCluster.GetCov()[2]);
 831   hcovel[3]=double(fCluster.GetCov()[1]);
 832   hcovel[4]=double(fCluster.GetCov()[3]);
 833   hcovel[5]=double(fCluster.GetCov()[4]);
 834   hcovel[6]=double(fCluster.GetCov()[2]);
 835   hcovel[7]=double(fCluster.GetCov()[4]);
 836   hcovel[8]=double(fCluster.GetCov()[5]);
 837   hcov.SetRotation(hcovel);
 838   // now rotate in local system
 839   hcov.Multiply(svMatrix);
 840   hcov.MultiplyLeft(&svMatrix->Inverse());
 841
 842   // set local sigmas
 843   fSigmaLoc[0] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[0]));
 844   fSigmaLoc[1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[4]));
 845   fSigmaLoc[2] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(hcov.GetRotationMatrix()[8]));
 846
 847   // set minimum value for SigmaLoc to 10 micron
 848   if (fSigmaLoc[0]<0.0010) fSigmaLoc[0]=0.0010;
 849   if (fSigmaLoc[2]<0.0010) fSigmaLoc[2]=0.0010;
 850
 851   // multiply local sigmas by global factor
 852   fSigmaLoc[0] *= fSigmaXfactor;
 853   fSigmaLoc[2] *= fSigmaZfactor;
 854
 855   // multiply local sigmas by individual factor
 856   fSigmaLoc[0] *= fSensVolSigmaXfactor[index];
 857   fSigmaLoc[2] *= fSensVolSigmaZfactor[index];
 858
 859   AliDebug(2,Form("Setting StDev from CovMat : fSigmaLocX=%g  fSigmaLocY=%g fSigmaLocZ=%g \n",fSigmaLoc[0] ,fSigmaLoc[1] ,fSigmaLoc[2] ));
 860
 861   return 0;
 862 }
 863
 864 void AliITSAlignMille::SetCurrentModule(Int_t index) {
 865   /// set as current the SuperModule that contains the 'index' sens.vol.
 866   if (index<0 || index>2197) {
 867     AliInfo("index does not correspond to a sensitive volume!");
 868     return;
 869   }
 870   UShort_t voluid=GetModuleVolumeID(index);
 871   Int_t k=IsContained(voluid);
 872   if (k>=0){
 873     fCluster.SetVolumeID(voluid);
 874     fCluster.SetXYZ(0,0,0);
 875     InitModuleParams();
 876   }
 877   else
 878     AliInfo(Form("module %d not defined\n",index));
 879 }
 880
 881 void AliITSAlignMille::SetCurrentSensitiveModule(Int_t index) {
 882   /// set as current the SuperModule that contains the 'index' sens.vol.
 883   if (index<0 || index>2197) {
 884     AliInfo("index does not correspond to a sensitive volume!");
 885     return;
 886   }
 887   UShort_t voluid=AliITSAlignMilleModule::GetVolumeIDFromIndex(index);
 888   Int_t k=IsDefined(voluid);
 889   if (k>=0){
 890     fCluster.SetVolumeID(voluid);
 891     fCluster.SetXYZ(0,0,0);
 892     InitModuleParams();
 893   }
 894   else
 895     AliInfo(Form("module %d not defined\n",index));
 896 }
 897
 898 void AliITSAlignMille::Print(Option_t*) const
 899 {
 900   /// print infos
 901   printf("*** AliMillepede for ITS ***\n");
 902   printf("    number of defined super modules: %d\n",fNModules);
 903
 904   if (fGeoManager)
 905     printf("    geometry loaded from %s\n",fGeometryFileName.Data());
 906   else
 907     printf("    geometry not loaded\n");
 908
 909   if (fUseSuperModules)
 910     printf("    using custom supermodules ( %d defined )\n",fNSuperModules);
 911   else
 912     printf("    custom supermodules not used\n");
 913
 914   if (fUsePreAlignment)
 915     printf("    using prealignment from %s \n",fPreAlignmentFileName.Data());
 916   else
 917     printf("    prealignment not used\n");
 918
 919   if (fBOn)
 920     printf("    B Field set to %f T - using Riemann's helices\n",fBField);
 921   else
 922     printf("    B Field OFF - using straight lines \n");
 923
 924   if (fUseLocalShifts)
 925     printf("    Alignment shifts will be computed in LOCAL RS\n");
 926   else
 927     printf("    Alignment shifts will be computed in GLOBAL RS\n");
 928
 929   if (fRequirePoints) printf("    Required points in tracks:\n");
 930   for (Int_t i=0; i<6; i++) {
 931     if (fNReqLayUp[i]>0) printf("        Layer %d : %d points with Y>0\n",i+1,fNReqLayUp[i]);
 932     if (fNReqLayDown[i]>0) printf("        Layer %d : %d points with Y<0\n",i+1,fNReqLayDown[i]);
 933     if (fNReqLay[i]>0) printf("        Layer %d : %d points \n",i+1,fNReqLay[i]);
 934   }
 935   for (Int_t i=0; i<3; i++) {
 936     if (fNReqDetUp[i]>0) printf("        Detector %d : %d points with Y>0\n",i+1,fNReqDetUp[i]);
 937     if (fNReqDetDown[i]>0) printf("        Detector %d : %d points with Y<0\n",i+1,fNReqDetDown[i]);
 938     if (fNReqDet[i]>0) printf("        Detector %d : %d points \n",i+1,fNReqDet[i]);
 939   }
 940
 941   printf("\n    Millepede configuration parameters:\n");
 942   printf("        init parsig for translations  : %.4f\n",fParSigTranslations);
 943   printf("        init parsig for rotations     : %.4f\n",fParSigRotations);
 944   printf("        init value for chi2 cut       : %.4f\n",fStartFac);
 945   printf("        first iteration cut value     : %.4f\n",fResCutInitial);
 946   printf("        other iterations cut value    : %.4f\n",fResCut);
 947   printf("        number of stddev for chi2 cut : %d\n",fNStdDev);
 948   printf("        mult. fact. for local sigmas  : %.4f %.4f\n",fSigmaXfactor, fSigmaZfactor);
 949
 950   printf("List of defined modules:\n");
 951   printf("  intidx\tindex\tvoluid\tname\n");
 952   for (int i=0; i<fNModules; i++)
 953     printf("  %d\t%d\t%d\t%s\n",i,fModuleIndex[i],fModuleVolumeID[i],fMilleModule[i]->GetName());
 954
 955 }
 956
 957 AliITSAlignMilleModule  *AliITSAlignMille::GetMilleModule(UShort_t voluid) const
 958 {
 959   // return pointer to a define supermodule
 960   // return NULL if error
 961   Int_t i=IsDefined(voluid);
 962   if (i<0) return NULL;
 963   return fMilleModule[i];
 964 }
 965
 966 AliITSAlignMilleModule *AliITSAlignMille::GetCurrentModule() const
 967 {
 968   if (fNModules) return fMilleModule[fCurrentModuleInternalIndex];
 969   return NULL;
 970 }
 971
 972 void AliITSAlignMille::PrintCurrentModuleInfo()
 973 {
 974   ///
 975   Int_t k=fCurrentModuleInternalIndex;
 976   if (k<0 || k>=fNModules) return;
 977   fMilleModule[k]->Print("");
 978 }
 979
 980 Bool_t AliITSAlignMille::InitRiemanFit() {
 981   // Initialize Riemann Fitter for current track
 982   // return kFALSE if error
 983
 984   if (!fBOn) return kFALSE;
 985
 986   Int_t npts=0;
 987   AliTrackPoint ap;
 988   npts = fTrack->GetNPoints();
 989   AliDebug(3,Form("Fitting track with %d points",npts));
 990
 991   fRieman->Reset();
 992   fRieman->SetTrackPointArray(fTrack);
 993
 994   TArrayI ai(npts);
 995   for (Int_t ipt=0; ipt<npts; ipt++) ai[ipt]=fTrack->GetVolumeID()[ipt];
 996
 997   // fit track with 5 params in his own tracking-rotated reference system
 998   // xc = -p[1]/p[0];
 999   // yc = 1/p[0];
1000   // R  = sqrt( x0*x0 + y0*y0 - y0*p[2]);
1001   if (!fRieman->Fit(&ai,NULL,(AliGeomManager::ELayerID)1,(AliGeomManager::ELayerID)6)) {
1002     return kFALSE;
1003   }
1004
1005   for (int i=0; i<5; i++)
1006     fLocalInitParam[i] = fRieman->GetParam()[i];
1007
1008   return kTRUE;
1009 }
1010
1011
1012 void AliITSAlignMille::InitTrackParams(int meth) {
1013   /// initialize local parameters with different methods
1014   /// for current track (fTrack)
1015
1016   Int_t npts=0;
1017   TF1 *f1=NULL;
1018   TGraph *g=NULL;
1019   Float_t sigmax[20],sigmay[20],sigmaz[20];
1020   AliTrackPoint ap;
1021   TGraphErrors *ge=NULL;
1022
1023   switch (meth) {
1024   case 1:   // simple linear interpolation
1025     // get local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)
1026     // local parms (fLocalInitParam[]) are:
1027     //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane
1028     //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane
1029     //      [2] = px/py
1030     //      [3] = pz/py
1031
1032     // test #1: linear fit in x(y) and z(y)
1033     npts = fTrack->GetNPoints();
1034     AliDebug(3,Form("*** initializing track with %d points ***",npts));
1035
1036     f1=new TF1("f1","[0]+x*[1]",-50,50);
1037
1038     g=new TGraph(npts,fTrack->GetY(),fTrack->GetX());
1039     g->Fit(f1,"RNQ");
1040     fLocalInitParam[0] = f1->GetParameter(0);
1041     fLocalInitParam[2] = f1->GetParameter(1);
1042     AliDebug(2,Form("X = p0gx + ugx*Y : p0gx = %f +- %f    ugx = %f +- %f\n",fLocalInitParam[0],f1->GetParError(0),fLocalInitParam[2],f1->GetParError(1)));
1043     delete g; g=NULL;
1044
1045     g=new TGraph(npts,fTrack->GetY(),fTrack->GetZ());
1046     g->Fit(f1,"RNQ");
1047     fLocalInitParam[1] = f1->GetParameter(0);
1048     fLocalInitParam[3] = f1->GetParameter(1);
1049     AliDebug(2,Form("Z = p0gz + ugz*Y : p0gz=%f  ugz=%f\n",fLocalInitParam[1],fLocalInitParam[3]));
1050     delete g;
1051     delete f1;
1052
1053     break;
1054
1055   case 2:   // simple linear interpolation weighted using sigmas
1056     // get local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)
1057     // local parms (fLocalInitParam[]) are:
1058     //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane
1059     //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane
1060     //      [2] = px/py
1061     //      [3] = pz/py
1062
1063     // test #1: linear fit in x(y) and z(y)
1064     npts = fTrack->GetNPoints();
1065     AliDebug(3,Form("*** initializing track with %d points ***",npts));
1066
1067     for (Int_t isig=0; isig<npts; isig++) {
1068       fTrack->GetPoint(ap,isig);
1069       sigmax[isig]=ap.GetCov()[0];
1070       if (sigmax[isig]<1.0e-07) sigmax[isig]=1.0e-07; // minimum sigma=3 mu
1071       sigmax[isig]=TMath::Sqrt(sigmax[isig]);
1072
1073       sigmay[isig]=ap.GetCov()[3];
1074       if (sigmay[isig]<1.0e-07) sigmay[isig]=1.0e-07; // minimum sigma=3 mu
1075       sigmay[isig]=TMath::Sqrt(sigmay[isig]);
1076
1077       sigmaz[isig]=ap.GetCov()[5];
1078       if (sigmaz[isig]<1.0e-07) sigmaz[isig]=1.0e-07; // minimum sigma=3 mu
1079       sigmaz[isig]=TMath::Sqrt(sigmaz[isig]);
1080
1081       if (fTempExcludedModule>=0 && fTempExcludedModule==AliITSAlignMilleModule::GetIndexFromVolumeID(ap.GetVolumeID())) {
1082         sigmax[isig] *= 1000.;
1083         sigmay[isig] *= 1000.;
1084         sigmaz[isig] *= 1000.;
1085         fTempExcludedModule=-1;
1086       }
1087     }
1088
1089     f1=new TF1("f1","[0]+x*[1]",-50,50);
1090
1091     ge=new TGraphErrors(npts,fTrack->GetY(),fTrack->GetX(),sigmay,sigmax);
1092     ge->Fit(f1,"RNQ");
1093     fLocalInitParam[0] = f1->GetParameter(0);
1094     fLocalInitParam[2] = f1->GetParameter(1);
1095     AliDebug(2,Form("X = p0gx + ugx*Y : p0gx = %f +- %f    ugx = %f +- %f\n",fLocalInitParam[0],f1->GetParError(0),fLocalInitParam[2],f1->GetParError(1)));
1096     delete ge; ge=NULL;
1097
1098     ge=new TGraphErrors(npts,fTrack->GetY(),fTrack->GetZ(),sigmay,sigmaz);
1099     ge->Fit(f1,"RNQ");
1100     fLocalInitParam[1] = f1->GetParameter(0);
1101     fLocalInitParam[3] = f1->GetParameter(1);
1102     AliDebug(2,Form("Z = p0gz + ugz*Y : p0gz=%f  ugz=%f\n",fLocalInitParam[1],fLocalInitParam[3]));
1103     delete ge;
1104     delete f1;
1105
1106     break;
1107
1108   }
1109 }
1110
1111 Int_t AliITSAlignMille::IsDefined(UShort_t voluid) const
1112 {
1113   // checks if supermodule 'voluid' is defined and return the internal index
1114   // return -1 if error
1115   Int_t k=fNModules-1;
1116   while (k>=0 && !(voluid==fModuleVolumeID[k]) ) k--;
1117   if (k<0) return -1;
1118   return k;
1119 }
1120
1121 Int_t AliITSAlignMille::IsContained(UShort_t voluid) const
1122 {
1123   // checks if the sensitive module 'voluid' is contained inside a supermodule and return the internal index of the last identified supermodule
1124   // return -1 if error
1125   if (AliITSAlignMilleModule::GetIndexFromVolumeID(voluid)<0) return -1;
1126   Int_t k=fNModules-1;
1127   while (k>=0 && !(fMilleModule[k]->IsIn(voluid)) ) k--;
1128   if (k<0) return -1;
1129   return k;
1130 }
1131
1132 Bool_t AliITSAlignMille::CheckVolumeID(UShort_t voluid) const
1133 {
1134   /// check if a sensitive volume is contained inside one of the defined supermodules
1135   Int_t k=fNModules-1;
1136   while (k>=0 && !(fMilleModule[k]->IsIn(voluid)) ) k--;
1137   if (k>=0) return kTRUE;
1138   return kFALSE;
1139 }
1140
1141 Int_t AliITSAlignMille::CheckCurrentTrack() {
1142   /// checks if AliTrackPoints belongs to defined modules
1143   /// return number of good poins
1144   /// return 0 if not enough points
1145
1146   Int_t npts = fTrack->GetNPoints();
1147   Int_t ngoodpts=0;
1148   // debug points
1149   for (int j=0; j<npts; j++) {
1150     UShort_t voluid = fTrack->GetVolumeID()[j];
1151     if (CheckVolumeID(voluid)) {
1152       ngoodpts++;
1153     }
1154   }
1155
1156   if (ngoodpts<fMinNPtsPerTrack) return 0;
1157
1158   return ngoodpts;
1159 }
1160
1161 Int_t AliITSAlignMille::ProcessTrack(AliTrackPointArray *track) {
1162   /// Process track; Loop over hits and set local equations
1163   /// here 'track' is a AliTrackPointArray
1164   /// return 0 if success;
1165
1166   if (!fIsMilleInit) {
1167     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
1168     return -1;
1169   }
1170
1171   Int_t npts = track->GetNPoints();
1172   AliDebug(2,Form("*** Input track with %d points ***",npts));
1173
1174   // preprocessing of the input track: keep only points in defined volumes,
1175   // move points if prealignment is set, sort by Yglo if required
1176
1177   fTrack=PrepareTrack(track);
1178   if (!fTrack) return -1;
1179
1180   npts = fTrack->GetNPoints();
1181   AliDebug(2,Form("*** Processing prepared track with %d points ***",npts));
1182
1183   if (!fBOn) { // straight lines
1184     // set local starting parameters (to be substituted by ESD track parms)
1185     // local parms (fLocalInitParam[]) are:
1186     //      [0] = global x coord. of straight line intersection at y=0 plane
1187     //      [1] = global z coord. of straight line intersection at y=0 plane
1188     //      [2] = px/py
1189     //      [3] = pz/py
1190     InitTrackParams(fInitTrackParamsMeth);
1191   }
1192   else {
1193     // local parms (fLocalInitParam[]) are the Riemann Fitter params
1194     if (!InitRiemanFit()) {
1195       AliInfo("Riemann fit failed! skipping this track...");
1196       delete fTrack;
1197       fTrack=NULL;
1198       return -5;
1199     }
1200   }
1201
1202   Int_t nloceq=0;
1203   AliITSAlignMilleData *md = new AliITSAlignMilleData[npts];
1204
1205   for (Int_t ipt=0; ipt<npts; ipt++) {
1206     fTrack->GetPoint(fCluster,ipt);
1207     AliDebug(2,Form("\n--- processing point %d --- \n",ipt));
1208
1209     // set geometry parameters for the the current module
1210     if (InitModuleParams()) continue;
1211     AliDebug(2,Form("    VolID=%d  Index=%d  InternalIdx=%d  symname=%s\n", track->GetVolumeID()[ipt], fCurrentModuleIndex ,fCurrentModuleInternalIndex, AliGeomManager::SymName(track->GetVolumeID()[ipt]) ));
1212     AliDebug(2,Form("    Preprocessed Point = ( %f , %f , %f ) \n",fCluster.GetX(),fCluster.GetY(),fCluster.GetZ()));
1213
1214     if (!AddLocalEquation(md[nloceq])) {
1215       nloceq++;
1216       fProcessedPoints[fCurrentModuleInternalIndex]++;
1217     }
1218     else {
1219       fTotBadLocEqPoints++;
1220     }
1221
1222   } // end loop over points
1223
1224   delete fTrack;
1225   fTrack=NULL;
1226
1227   // not enough good points!
1228   if (nloceq<fMinNPtsPerTrack) {
1229     delete [] md;
1230     return -1;
1231   }
1232
1233   // finally send local equations to millepede
1234   SetLocalEquations(md,nloceq);
1235
1236   delete [] md;
1237
1238   return 0;
1239 }
1240
1241 Int_t AliITSAlignMille::CalcIntersectionPoint(const Double_t *lpar, const Double_t *gpar) {
1242   /// calculate intersection point of track with current module in local coordinates
1243   /// according with a given set of parameters (local(4/5) and global(6))
1244   /// and fill fPintLoc/Glo
1245   ///    local are:   pgx0, pgz0, ugx, ugz   OR   riemann fitters pars
1246   ///    global are:  tx,ty,tz,psi,theta,phi (Raff's delta angles in deg.)
1247   /// return 0 if success
1248
1249   AliDebug(3,Form("lpar = %g %g %g %g %g\ngpar= %g %g %g %g %g %g\n",lpar[0],lpar[1],lpar[2],lpar[3],lpar[4],gpar[0],gpar[1],gpar[2],gpar[3],gpar[4],gpar[5]));
1250   AliDebug(3,Form("deltalpar = %g %g %g %g %g\n",lpar[0]-fLocalInitParam[0],lpar[1]-fLocalInitParam[1],lpar[2]-fLocalInitParam[2],lpar[3]-fLocalInitParam[3],lpar[4]-fLocalInitParam[4]));
1251
1252
1253   // prepare the TGeoHMatrix
1254   TGeoHMatrix *fTempHMat = fMilleModule[fCurrentModuleInternalIndex]->GetSensitiveVolumeModifiedMatrix(fCluster.GetVolumeID(),gpar);
1255   if (!fTempHMat) return -1;
1256
1257   Double_t v0g[3]; // vector with straight line direction in global coord.
1258   Double_t p0g[3]; // point of the straight line (glo)
1259
1260   if (fBOn) { // B FIELD!
1261     AliTrackPoint prf;
1262     for (int ip=0; ip<5; ip++)
1263       fRieman->SetParam(ip,lpar[ip]);
1264
1265     if (!fRieman->GetPCA(fCluster,prf))  {
1266       AliInfo(Form("error in GetPCA for point %d",fCluster.GetVolumeID()));
1267       return -3;
1268     }
1269     // now determine straight line passing tangent to fit curve at prf
1270     // ugx = dX/dY_glo = DeltaX/DeltaY_glo
1271     // mo' P1=(X,Y,Z)_glo_prf
1272     //       => (x,y,Z)_trk_prf ruotando di alpha...
1273     Double_t alpha=fRieman->GetAlpha();
1274     Double_t x1g = prf.GetX();
1275     Double_t y1g = prf.GetY();
1276     Double_t z1g = prf.GetZ();
1277     Double_t x1t =  x1g*TMath::Cos(alpha) + y1g*TMath::Sin(alpha);
1278     Double_t y1t = -x1g*TMath::Sin(alpha) + y1g*TMath::Cos(alpha);
1279     Double_t z1t =  z1g;
1280
1281     Double_t x2t = x1t+1.0;
1282     Double_t y2t = y1t+fRieman->GetDYat(x1t);
1283     Double_t z2t = z1t+fRieman->GetDZat(x1t);
1284     Double_t x2g =  x2t*TMath::Cos(alpha) - y2t*TMath::Sin(alpha);
1285     Double_t y2g =  x2t*TMath::Sin(alpha) + y2t*TMath::Cos(alpha);
1286     Double_t z2g =  z2t;
1287
1288     AliDebug(3,Form("Riemann frame:  fAlpha = %f  =  %f  ",alpha,alpha*180./TMath::Pi()));
1289     AliDebug(3,Form("   prf_glo=( %f , %f , %f )  prf_rf=( %f , %f , %f )\n", x1g,y1g,z1g, x1t,y1t,z1t));
1290     AliDebug(3,Form("   mov_glo=( %f , %f , %f )      rf=( %f , %f , %f )\n",x2g,y2g,z2g, x2t,y2t,z2t));
1291
1292     if (TMath::Abs(y2g-y1g)<1e-15) {
1293       AliInfo("DeltaY=0! Cannot proceed...");
1294       return -1;
1295     }
1296     // ugx,1,ugz
1297     v0g[0] = (x2g-x1g)/(y2g-y1g);
1298     v0g[1]=1.0;
1299     v0g[2] = (z2g-z1g)/(y2g-y1g);
1300
1301     // point: just keep prf
1302     p0g[0]=x1g;
1303     p0g[1]=y1g;
1304     p0g[2]=z1g;
1305   }
1306   else { // staight line
1307     // vector of initial straight line direction in glob. coord
1308     v0g[0]=lpar[2];
1309     v0g[1]=1.0;
1310     v0g[2]=lpar[3];
1311
1312     // intercept in yg=0 plane in glob coord
1313     p0g[0]=lpar[0];
1314     p0g[1]=0.0;
1315     p0g[2]=lpar[1];
1316   }
1317   AliDebug(3,Form("Line vector: ( %f , %f , %f )  point:( %f , %f , %f )\n",v0g[0],v0g[1],v0g[2],p0g[0],p0g[1],p0g[2]));
1318
1319   // same in local coord.
1320   Double_t p0l[3],v0l[3];
1321   fTempHMat->MasterToLocalVect(v0g,v0l);
1322   fTempHMat->MasterToLocal(p0g,p0l);
1323
1324   if (TMath::Abs(v0l[1])<1e-15) {
1325     AliInfo("Track Y direction in local frame is zero! Cannot proceed...");
1326     return -1;
1327   }
1328
1329   // local intersection point
1330   fPintLoc[0] = p0l[0] - (v0l[0]/v0l[1])*p0l[1];
1331   fPintLoc[1] = 0;
1332   fPintLoc[2] = p0l[2] - (v0l[2]/v0l[1])*p0l[1];
1333
1334   // global intersection point
1335   fTempHMat->LocalToMaster(fPintLoc,fPintGlo);
1336   AliDebug(3,Form("Intesect. point: L( %f , %f , %f )  G( %f , %f , %f )\n",fPintLoc[0],fPintLoc[1],fPintLoc[2],fPintGlo[0],fPintGlo[1],fPintGlo[2]));
1337
1338   return 0;
1339 }
1340
1341 Int_t AliITSAlignMille::CalcDerivatives(Int_t paridx, Bool_t islpar) {
1342   /// calculate numerically (ROOT's style) the derivatives for
1343   /// local X intersection  and local Z intersection
1344   /// parlist: local  (islpar=kTRUE)  pgx0, pgz0, ugx0, ugz0  OR riemann's params
1345   ///          global (islpar=kFALSE) tx, ty, tz, psi, theta, phi (Raf's angles in deg)
1346   /// return 0 if success
1347
1348   // copy initial parameters
1349   Double_t lpar[ITSMILLENLOCAL];
1350   Double_t gpar[ITSMILLENPARCH];
1351   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENLOCAL; i++) lpar[i]=fLocalInitParam[i];
1352   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++) gpar[i]=fModuleInitParam[i];
1353
1354   // trial with fixed dpar...
1355   Double_t dpar=0.0;
1356
1357   if (islpar) { // track parameters
1358     //dpar=fLocalInitParam[paridx]*0.001;
1359     // set minimum dpar
1360     if (!fBOn) {
1361       if (paridx<2) dpar=1.0e-4; // translations
1362       else dpar=1.0e-6; // direction
1363     }
1364     else { // B Field
1365       // pepo: proviamo con 1/1000, poi evenctually 1/100...
1366       Double_t dfrac=0.01;
1367       switch(paridx) {
1368       case 0:
1369         // RMS cosmics: 1e-4
1370         dpar = TMath::Max(1.0e-6,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac));
1371         break;
1372       case 1:
1373         // RMS cosmics: 0.2
1374         dpar = TMath::Max(0.002,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac));
1375         break;
1376       case 2:
1377         // RMS cosmics: 9
1378         dpar = TMath::Max(0.09,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac));
1379         break;
1380       case 3:
1381         // RMS cosmics: 7
1382         dpar = TMath::Max(0.07,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac));
1383         break;
1384       case 4:
1385         // RMS cosmics: 0.3
1386         dpar = TMath::Max(0.003,TMath::Abs(fLocalInitParam[paridx]*dfrac));
1387         break;
1388       }
1389     }
1390   }
1391   else { // alignment global parameters
1392     //dpar=fModuleInitParam[paridx]*0.001;
1393     if (paridx<3) dpar=1.0e-4; // translations
1394     else dpar=1.0e-2; // angles
1395   }
1396
1397   AliDebug(3,Form("+++ using dpar=%g",dpar));
1398
1399   // calculate derivative ROOT's like:
1400   //  using f(x+h),f(x-h),f(x+h/2),f(x-h2)...
1401   Double_t pintl1[3]; // f(x-h)
1402   Double_t pintl2[3]; // f(x-h/2)
1403   Double_t pintl3[3]; // f(x+h/2)
1404   Double_t pintl4[3]; // f(x+h)
1405
1406   // first values
1407   if (islpar) lpar[paridx] -= dpar;
1408   else gpar[paridx] -= dpar;
1409   if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
1410   for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl1[i]=fPintLoc[i];
1411
1412   // second values
1413   if (islpar) lpar[paridx] += dpar/2;
1414   else gpar[paridx] += dpar/2;
1415   if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
1416   for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl2[i]=fPintLoc[i];
1417
1418   // third values
1419   if (islpar) lpar[paridx] += dpar;
1420   else gpar[paridx] += dpar;
1421   if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
1422   for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl3[i]=fPintLoc[i];
1423
1424   // fourth values
1425   if (islpar) lpar[paridx] += dpar/2;
1426   else gpar[paridx] += dpar/2;
1427   if (CalcIntersectionPoint(lpar, gpar)) return -2;
1428   for (Int_t i=0; i<3; i++) pintl4[i]=fPintLoc[i];
1429
1430   Double_t h2 = 1./(2.*dpar);
1431   Double_t d0 = pintl4[0]-pintl1[0];
1432   Double_t d2 = 2.*(pintl3[0]-pintl2[0]);
1433   fDerivativeXLoc = h2*(4*d2 - d0)/3.;
1434   if (TMath::Abs(fDerivativeXLoc) < 1.0e-9) fDerivativeXLoc=0.0;
1435
1436   d0 = pintl4[2]-pintl1[2];
1437   d2 = 2.*(pintl3[2]-pintl2[2]);
1438   fDerivativeZLoc = h2*(4*d2 - d0)/3.;
1439   if (TMath::Abs(fDerivativeZLoc) < 1.0e-9) fDerivativeZLoc=0.0;
1440
1441   AliDebug(3,Form("\n+++ derivatives +++ \n"));
1442   AliDebug(3,Form("+++ dXLoc/dpar = %g +++\n",fDerivativeXLoc));
1443   AliDebug(3,Form("+++ dZLoc/dpar = %g +++\n\n",fDerivativeZLoc));
1444
1445   return 0;
1446 }
1447
1448
1449 Int_t AliITSAlignMille::AddLocalEquation(AliITSAlignMilleData &m) {
1450   /// Define local equation for current cluster in X and Z coor.
1451   /// and store them to memory
1452   /// return 0 if success
1453
1454   // store first interaction point
1455   if (CalcIntersectionPoint(fLocalInitParam, fModuleInitParam)) return -4;
1456   for (Int_t i=0; i<3; i++) fPintLoc0[i]=fPintLoc[i];
1457   AliDebug(2,Form("Intesect. point: L( %f , %f , %f )",fPintLoc[0],fPintLoc[1],fPintLoc[2]));
1458
1459   // calculate local derivatives numerically
1460   Double_t dXdL[ITSMILLENLOCAL],dZdL[ITSMILLENLOCAL];
1461   for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) {
1462     if (CalcDerivatives(i,kTRUE)) return -1;
1463     dXdL[i]=fDerivativeXLoc;
1464     dZdL[i]=fDerivativeZLoc;
1465   }
1466
1467   Double_t dXdG[ITSMILLENPARCH],dZdG[ITSMILLENPARCH];
1468   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++) {
1469     if (CalcDerivatives(i,kFALSE)) return -1;
1470     dXdG[i]=fDerivativeXLoc;
1471     dZdG[i]=fDerivativeZLoc;
1472   }
1473
1474   AliDebug(2,Form("\n***************\n"));
1475   for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++)
1476     AliDebug(2,Form("Local parameter %d - dXdpar = %g  - dZdpar = %g\n",i,dXdL[i],dZdL[i]));
1477   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++)
1478     AliDebug(2,Form("Global parameter %d - dXdpar = %g  - dZdpar = %g\n",i,dXdG[i],dZdG[i]));
1479   AliDebug(2,Form("\n***************\n"));
1480
1481   // check if at least 1 local and 1 global derivs. are not null
1482   Double_t nonzero=0.0;
1483   for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) nonzero += TMath::Abs(dXdL[i]);
1484   if (nonzero==0.0) {
1485     AliInfo("Discarding local equations for this point beacuse of zero local X derivatives!");
1486     return -2;
1487   }
1488   nonzero=0.0;
1489   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++) nonzero += TMath::Abs(dXdG[i]);
1490   if (nonzero==0.0) {
1491     AliInfo("Discarding local equations for this point beacuse of zero global X derivatives!");
1492     return -2;
1493   }
1494   nonzero=0.0;
1495   for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) nonzero += TMath::Abs(dZdL[i]);
1496   if (nonzero==0.0) {
1497     AliInfo("Discarding local equations for this point beacuse of zero local Z derivatives!");
1498     return -2;
1499   }
1500   nonzero=0.0;
1501   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++) nonzero += TMath::Abs(dZdG[i]);
1502   if (nonzero==0.0) {
1503     AliInfo("Discarding local equations for this point beacuse of zero global Z derivatives!");
1504     return -2;
1505   }
1506
1507   // ok, can copy to m
1508
1509   AliDebug(2,Form("Adding local equation X with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",(fMeasLoc[0]-fPintLoc0[0]), fSigmaLoc[0]));
1510   // set equation for Xloc coordinate
1511   for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) {
1512     m.GetIdxlocX()[i]=i;
1513     m.GetDerlocX()[i]=dXdL[i];
1514   }
1515   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++) {
1516     m.GetIdxgloX()[i]=fCurrentModuleInternalIndex*ITSMILLENPARCH+i;
1517     m.GetDergloX()[i]=dXdG[i];
1518   }
1519   m.SetMeasX(fMeasLoc[0]-fPintLoc0[0]);
1520   m.SetSigmaX(fSigmaLoc[0]);
1521
1522   AliDebug(2,Form("Adding local equation Z with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",(fMeasLoc[2]-fPintLoc0[2]), fSigmaLoc[2]));
1523   // set equation for Zloc coordinate
1524   for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++) {
1525     m.GetIdxlocZ()[i]=i;
1526     m.GetDerlocZ()[i]=dZdL[i];
1527   }
1528   for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++) {
1529     m.GetIdxgloZ()[i]=fCurrentModuleInternalIndex*ITSMILLENPARCH+i;
1530     m.GetDergloZ()[i]=dZdG[i];
1531   }
1532   m.SetMeasZ(fMeasLoc[2]-fPintLoc0[2]);
1533   m.SetSigmaZ(fSigmaLoc[2]);
1534
1535   return 0;
1536 }
1537
1538
1539 void AliITSAlignMille::SetLocalEquations(const AliITSAlignMilleData *m, Int_t neq) {
1540   /// Set local equations with data stored in m
1541   /// return 0 if success
1542
1543   for (Int_t j=0; j<neq; j++) {
1544
1545     AliDebug(2,Form("setting local equation X with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",m[j].GetMeasX(), m[j].GetSigmaX()));
1546     // set equation for Xloc coordinate
1547     for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++)
1548       SetLocalDerivative( m[j].GetIdxlocX()[i], m[j].GetDerlocX()[i] );
1549
1550     for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++)
1551       SetGlobalDerivative( m[j].GetIdxgloX()[i], m[j].GetDergloX()[i] );
1552
1553     fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, m[j].GetMeasX(), m[j].GetSigmaX());
1554
1555
1556     AliDebug(2,Form("setting local equation Z with fMeas=%.6f  and fSigma=%.6f",m[j].GetMeasZ(), m[j].GetSigmaZ()));
1557     // set equation for Zloc coordinate
1558     for (Int_t i=0; i<fNLocal; i++)
1559       SetLocalDerivative( m[j].GetIdxlocZ()[i], m[j].GetDerlocZ()[i] );
1560
1561     for (Int_t i=0; i<ITSMILLENPARCH; i++)
1562       SetGlobalDerivative( m[j].GetIdxgloZ()[i], m[j].GetDergloZ()[i] );
1563
1564     fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, m[j].GetMeasZ(), m[j].GetSigmaZ());
1565   }
1566 }
1567
1568
1569 void AliITSAlignMille::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit) {
1570   /// Call local fit for this track
1571   if (!fIsMilleInit) {
1572     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
1573     return;
1574   }
1575   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
1576   AliDebug(2,Form("iRes = %d",iRes));
1577   //if (iRes && !lSingleFit) {
1578   if (!lSingleFit) { // Ruben Shahoyan's bug fix
1579     fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1);
1580   }
1581 }
1582
1583 void AliITSAlignMille::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls) {
1584   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
1585   if (!fIsMilleInit) {
1586     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
1587     return;
1588   }
1589   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
1590   AliInfo("Done fitting global parameters!");
1591 }
1592
1593 Double_t AliITSAlignMille::GetParError(Int_t iPar) {
1594   /// Get error of parameter iPar
1595   if (!fIsMilleInit) {
1596     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
1597     return 0;
1598   }
1599   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
1600   return lErr;
1601 }
1602
1603 void AliITSAlignMille::PrintGlobalParameters() {
1604   /// Print global parameters
1605   if (!fIsMilleInit) {
1606     AliInfo("Millepede has not been initialized!");
1607     return;
1608   }
1609   fMillepede->PrintGlobalParameters();
1610 }
1611
1612 // //_________________________________________________________________________
1613 Int_t AliITSAlignMille::LoadSuperModuleFile(const Char_t *sfile)
1614 {
1615   // load definitions of supermodules from a root file
1616   // return 0 if success
1617
1618   TFile *smf=TFile::Open(sfile);
1619   if (!smf->IsOpen()) {
1620     AliInfo(Form("Cannot open supermodule file %s",sfile));
1621     return -1;
1622   }
1623
1624   TClonesArray *sma=(TClonesArray*)smf->Get("ITSMilleSuperModules");
1625   if (!sma) {
1626     AliInfo(Form("Cannot find ITSMilleSuperModules array in file"));
1627     return -2;
1628   }
1629   Int_t nsma=sma->GetEntriesFast();
1630   AliInfo(Form("Array of SuperModules with %d entries\n",nsma));
1631
1632   Char_t st[2048];
1633   char symname[250];
1634   UShort_t volid;
1635   TGeoHMatrix m;
1636
1637   for (Int_t i=0; i<nsma; i++) {
1638     AliAlignObjParams *a = (AliAlignObjParams*)sma->UncheckedAt(i);
1639     volid=a->GetVolUID();
1640     strncpy(st,a->GetSymName(),TMath::Min(sizeof(st),strlen(a->GetSymName())+1));
1641     a->GetMatrix(m);
1642     memset(symname,0,250*sizeof(char));
1643     sscanf(st,"%249s",symname);
1644     // decode module list
1645     char *stp=strstr(st,"ModuleList:");
1646     if (!stp) return -3;
1647     stp += 11;
1648     int idx[2200];
1649     char spp[200]; int jp=0;
1650     char cl[20];
1651     strncpy(st,stp,TMath::Min(sizeof(st),strlen(stp)+1));
1652     int l=strlen(st);
1653     int j=0;
1654     int n=0;
1655
1656     while (j<=l) {
1657       if (st[j]==9 || st[j]==32 || st[j]==10 || st[j]==0) {
1658         spp[jp]=0;
1659         jp=0;
1660         if (strlen(spp)) {
1661           int k=strcspn(spp,"-");
1662           if (k<int(strlen(spp))) { // c'e' il -
1663             strncpy(cl,&(spp[k+1]), TMath::Min(sizeof(cl),strlen(&spp[k+1])+1));
1664             spp[k]=0;
1665             int ifrom=atoi(spp); int ito=atoi(cl);
1666             for (int b=ifrom; b<=ito; b++) {
1667               idx[n]=b;
1668               n++;
1669             }
1670           }
1671           else { // numerillo singolo
1672             idx[n]=atoi(spp);
1673             n++;
1674           }
1675         }
1676       }
1677       else {
1678         spp[jp]=st[j];
1679         jp++;
1680       }
1681       j++;
1682     }
1683     UShort_t volidsv[2198];
1684     for (j=0;j<n;j++) {
1685       volidsv[j]=AliITSAlignMilleModule::GetVolumeIDFromIndex(idx[j]);
1686       if (!volidsv[j]) {
1687         AliInfo(Form("Index %d not valid (range 0->2197)",idx[j]));
1688         return -5;
1689       }
1690     }
1691     Int_t smindex=int(2198+volid-14336); // virtual index
1692     fSuperModule[fNSuperModules]=new AliITSAlignMilleModule(smindex,volid,symname,&m,n,volidsv);
1693
1694     //-------------
1695     fNSuperModules++;
1696   }
1697
1698   smf->Close();
1699
1700   fUseSuperModules=1;
1701   return 0;
1702 }
1703