Stupid bug fix in new superlight mode (from Zurich airport)
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSPreprocessorSDD.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 2007-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                               //
20 // Implementation of the class for SDD preprocessing             //
21 // Run Types treated:                                            // 
22 // PULSER, INJECTOR -> Store OCDB parameters                     //
23 // ALL RUNS -> Store DCS reference data                          //
24 // Origin: E.Crescio, Torino, crescio@to.infn.it                 //
25 //         F.Prino, Torino, prino@to.infn.it                     //
26 //                                                               //
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////
28
29 #include "AliITSDDLModuleMapSDD.h"
30 #include "AliITSPreprocessorSDD.h"
31 #include "AliITSCalibrationSDD.h"
32 #include "AliITSDriftSpeedSDD.h"
33 #include "AliITSDriftSpeedArraySDD.h"
34 #include "AliITSDCSAnalyzerSDD.h"
35 #include "AliShuttleInterface.h"
36 #include "AliCDBEntry.h"
37 #include "AliCDBMetaData.h"
38 #include "TObjArray.h"
39 #include "AliLog.h"
40 #include <TObjString.h>
41 #include <TSystem.h>
42 #include <TList.h>
43 #include <TF1.h>
44 #include <TH1D.h>
45
46 const TString AliITSPreprocessorSDD::fgkNameHistoPedestals = "hpedestal";
47 const TString AliITSPreprocessorSDD::fgkNameHistoNoise = "hnoise";
48 ClassImp(AliITSPreprocessorSDD)
49
50 //______________________________________________________________________
51 AliITSPreprocessorSDD::AliITSPreprocessorSDD( AliShuttleInterface* shuttle):
52     AliPreprocessor("SDD", shuttle)
53 {
54   // constructor
55   AddRunType("PULSER");
56   AddRunType("INJECTOR");
57   AddRunType("PHYSICS"); 
58 }
59
60 //______________________________________________________________________
61 UInt_t AliITSPreprocessorSDD::Process(TMap* dcsAliasMap){
62
63
64   // Get DDL map from OCDB
65   AliCDBEntry* entry = GetFromOCDB("Calib", "DDLMapSDD");
66   if(!entry){
67     Log("DDL map file not found in OCDB.");  
68     return 2;
69   }
70   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap = (AliITSDDLModuleMapSDD*)entry->GetObject();
71   if(!ddlmap){ 
72     Log("AliITSDDLModuleMapSDD object not in file.");
73     return 2;
74   }
75   ddlmap->PrintDDLMap();
76
77   //preprocessing
78   TString runType = GetRunType();
79   Int_t retcode=0;
80
81   if (runType == "PULSER"){
82     Log("Process FXS files from PULSER RUN");
83     retcode=ProcessPulser(ddlmap);
84   }else if(runType== "INJECTOR"){
85     Log("Process FXS files from INJECTOR RUN");
86     retcode=ProcessInjector(ddlmap);
87   }
88   if(retcode!=0) return retcode;
89
90   Log("Process DCS data");
91   Bool_t retcodedcs =ProcessDCSDataPoints(dcsAliasMap);
92   if(retcodedcs) return 0; 
93   else return 1;           
94
95 }
96 //______________________________________________________________________
97 UInt_t AliITSPreprocessorSDD::ProcessPulser(AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap){
98   // Process FXS files from PULSER run (baseline, noise, gain)
99   // returns 0 in case of success, 
100   //         1 in case of storage error, 
101   //         2 in case of error with input files
102   TObjArray calSDD(kNumberOfSDD);
103   calSDD.SetOwner(kFALSE);
104
105   Float_t baseline,rawnoise,cmn,corn,gain;
106   Int_t isgoodan,i,im,is,isgoodmod,basmin,basoff;
107   Int_t th,tl;
108   Int_t numOfBadChannels[kNumberOfSDD];
109   
110   TList* sourceList = GetFileSources(kDAQ, "SDD_Calib");
111   if (!sourceList){ 
112     Log("Error: no sources found for SDD_Calib");
113     return 2;
114   }
115
116   Int_t ind = 0;
117   while (sourceList->At(ind)!=NULL) {
118     TObjString* tarId = (TObjString*) sourceList->At(ind);
119     TString tarName = GetFile(kDAQ, "SDD_Calib", tarId->GetString().Data());
120     if(tarName.Length()==0){
121       Log(Form("Baseline tar file from source %d not found.",ind));
122       return 2;
123     }
124     TString command;
125     command.Form("tar -xf %s",tarName.Data());
126     gSystem->Exec(command);
127     ind++;
128   }
129   delete sourceList;
130   // Read ADC sampling frequency from fee.conf
131   Int_t amSamplFreq=40;
132   Int_t retfscf;
133   FILE* feefil=fopen("fee.conf","r");
134   if(feefil){
135     retfscf=fscanf(feefil,"%d \n",&amSamplFreq);
136     fclose(feefil);
137     if(retfscf<0){
138       Log("Error reading from fee.conf. AM sampling set at 40 MHz by default");
139     }else{
140       Log(Form("AM sampling frequency = %d MHz",amSamplFreq));
141     }
142   }else{
143     Log("File fee.conf not found. AM sampling set at 40 MHz by default");
144   }
145   
146   for(Int_t iddl=0;iddl<kNumberOfDDL;iddl++){
147     for(Int_t imod=0;imod<kModulesPerDDL;imod++){
148       Int_t modID=ddlmap->GetModuleNumber(iddl,imod);
149       if(modID==-1) continue;
150       modID-=240; // to have SDD modules numbering from 0 to 260
151       AliITSCalibrationSDD *cal = new AliITSCalibrationSDD("simulated");
152       if(amSamplFreq!=40) cal->SetAMAt20MHz();
153       numOfBadChannels[modID]=0;
154       Int_t badch[kNumberOfChannels];
155       Bool_t sid0ok=kTRUE;
156       Bool_t sid1ok=kTRUE;
157       for(Int_t isid=0;isid<=1;isid++){
158         TString inpFileName;
159         inpFileName.Form("./SDDbase_ddl%02dc%02d_sid%d.data",iddl,imod,isid);
160
161         FILE* basFil = fopen(inpFileName,"read");
162         if (basFil == 0) {
163           Log(Form("File %s not found.",inpFileName.Data()));
164           if(isid==0){
165             sid0ok=kFALSE;
166             for(Int_t iChip=0; iChip<4; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
167             cal->SetDeadChannels(cal->GetDeadChannels()+256);
168             for(Int_t iAnode=0; iAnode<256; iAnode++) cal->SetBadChannel(iAnode,iAnode);
169           }else{
170             sid1ok=kFALSE;
171             for(Int_t iChip=4; iChip<8; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
172             cal->SetDeadChannels(cal->GetDeadChannels()+256);
173             for(Int_t iAnode=0; iAnode<256; iAnode++) cal->SetBadChannel(iAnode,iAnode+256);
174           }
175           continue;
176         }
177
178         retfscf=fscanf(basFil,"%d %d %d\n",&im,&is,&isgoodmod);
179         if(retfscf<0) isgoodmod=kFALSE;
180         if(!isgoodmod){
181           if(isid==0){
182             sid0ok=kFALSE;
183             for(Int_t iChip=0; iChip<4; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
184           }else{
185             sid1ok=kFALSE;
186             for(Int_t iChip=4; iChip<8; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
187           }
188         }
189         retfscf=fscanf(basFil,"%d\n",&th);
190         retfscf=fscanf(basFil,"%d\n",&tl);
191         cal->SetZSLowThreshold(isid,tl);
192         cal->SetZSHighThreshold(isid,th);
193         for(Int_t ian=0;ian<(kNumberOfChannels/2);ian++){
194           retfscf=fscanf(basFil,"%d %d %f %d %d %f %f %f %f\n",&i,&isgoodan,&baseline,&basmin,&basoff,&rawnoise,&cmn,&corn,&gain);
195           Int_t ich=ian;
196           if(isid==1) ich+=256;
197           if(!isgoodan){ 
198             Int_t ibad=numOfBadChannels[modID];
199             badch[ibad]=ich;
200             numOfBadChannels[modID]++;
201           }
202           cal->SetBaseline(ich,baseline-basoff);
203           cal->SetNoiseAfterElectronics(ich,rawnoise);
204           cal->SetGain(ich,gain);
205         }
206         cal->SetDeadChannels(numOfBadChannels[modID]);
207         for(Int_t ibad=0;ibad<numOfBadChannels[modID];ibad++){
208           cal->SetBadChannel(ibad,badch[ibad]);
209         }
210         fclose(basFil);
211       }
212       if(!sid0ok && !sid1ok) cal->SetBad();
213       Log(Form("Put calib obj for module %d (DDL %d  Carlos %d)",modID,iddl,imod));
214       calSDD.AddAt(cal,modID);
215     }
216   }
217   AliCDBMetaData *md= new AliCDBMetaData();
218   md->SetResponsible("Francesco Prino");
219   md->SetBeamPeriod(0);
220   md->SetComment("AliITSCalibrationSDD from PEDESTAL+PULSER runs");
221   Bool_t retCode = Store("Calib","CalibSDD",&calSDD,md, 0, kTRUE);
222   if(retCode) return 0;
223   else return 1;
224 }
225 //______________________________________________________________________
226 UInt_t AliITSPreprocessorSDD::ProcessInjector(AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap){
227   // Process FXS files from injector events (INJECTOR or PHYSICS runs)
228   // returns 0 in case of success, 
229   //         1 in case of storage error, 
230   //         2 in case of error with input files
231   TObjArray vdrift(2*kNumberOfSDD);
232   vdrift.SetOwner(kFALSE);
233   Int_t evNumb,polDeg; 
234   UInt_t timeStamp,statusInj;
235   Bool_t modSet[2*kNumberOfSDD]; // flag modules with good inj.
236   for(Int_t ihyb=0; ihyb<2*kNumberOfSDD; ihyb++) modSet[ihyb]=0;
237   Double_t nPtLay3 = 0;
238   Double_t nPtLay4 = 0;
239
240   Double_t param[4];    // parameters of poly fit
241   Double_t minValP0=5.; // min value for param[0]
242   Double_t maxValP0=8.; // max value for param[0]
243   Double_t minValP1=0.; // min value for param[1]
244   Double_t aveCoefLay3[4]={0.,0.,0.,0.};  // average param for good mod.
245   Double_t aveCoefLay4[4]={0.,0.,0.,0.};  // average param for good mod.
246   Double_t defCoef[4]={6.53227,0.00128941,-5.14493e-06,0};  // default values for param
247   Float_t auxP;
248
249   TList* sourceList = GetFileSources(kDAQ, "SDD_Injec");
250   if (!sourceList){ 
251     Log("Error: no sources found for SDD_Injec");
252     return 2;
253   }
254   Int_t ind = 0;
255   while (sourceList->At(ind)!=NULL) {
256     TObjString* tarId = (TObjString*) sourceList->At(ind);
257     TString tarName = GetFile(kDAQ, "SDD_Injec", tarId->GetString().Data());
258     if(tarName.Length()==0){
259       Log(Form("Injector tar file from source %d not found.",ind));
260       return 2;
261     }
262     TString command;
263     command.Form("tar -xf %s",tarName.Data());
264     gSystem->Exec(command);
265     ind++;
266   }
267   delete sourceList;
268   Int_t retfscf;
269   
270
271   for(Int_t iddl=0;iddl<kNumberOfDDL;iddl++){
272     for(Int_t imod=0;imod<kModulesPerDDL;imod++){
273       Int_t modID=ddlmap->GetModuleNumber(iddl,imod);
274       if(modID==-1) continue;
275       modID-=240; // to have SDD modules numbering from 0 to 260
276       for(Int_t isid=0;isid<=1;isid++){
277         AliITSDriftSpeedArraySDD *arr=new AliITSDriftSpeedArraySDD();
278         TString inpFileName;
279         inpFileName.Form("./SDDinj_ddl%02dc%02d_sid%d.data",iddl,imod,isid);
280         FILE* injFil = fopen(inpFileName,"read");
281         if (injFil == 0) {
282           Log(Form("File %s not found.",inpFileName.Data()));
283           continue;
284         }
285         retfscf=fscanf(injFil,"%d",&polDeg);
286         if(retfscf<0){
287           Log(Form("File %s has bad format.",inpFileName.Data()));
288           continue;
289         }
290         while (!feof(injFil)){
291           retfscf=fscanf(injFil,"%d %u ",&evNumb,&timeStamp);
292           if(evNumb==-99){
293             statusInj=timeStamp;
294             arr->SetInjectorStatus(statusInj);
295           }else{
296             if(feof(injFil)) break;
297             for(Int_t ic=0;ic<4;ic++){ 
298               retfscf=fscanf(injFil,"%f ",&auxP);
299               param[ic]=auxP;
300             }
301
302             if(polDeg>=0 && polDeg<=AliITSDriftSpeedSDD::GetMaxPolDeg() && 
303                param[0]>minValP0 && param[0]<maxValP0 && param[1]>minValP1){
304               if(polDeg==3){
305                 if(modID<kNumberOfSDDLay3){ 
306                   for(Int_t ic=0;ic<4;ic++) aveCoefLay3[ic]+=param[ic];
307                   nPtLay3++;
308                 }else{ 
309                   for(Int_t ic=0;ic<4;ic++) aveCoefLay4[ic]+=param[ic];
310                   nPtLay4++;
311                 }
312               }
313               AliITSDriftSpeedSDD *dsp=new AliITSDriftSpeedSDD(evNumb,timeStamp,polDeg,param);
314               arr->AddDriftSpeed(dsp);
315               modSet[2*modID+isid]=1;
316             }else{
317               Log(Form("Module %d side %d not accepted, degree=%d, params=%g %g %g %g",modID+240,isid,polDeg,param[0],param[1],param[2],param[3]));
318             }
319           }
320         }
321         fclose(injFil);
322         Log(Form("Put calib obj for hybrid %d (DDL %d  Carlos %d)",2*modID+isid,iddl,imod));
323         if(modSet[2*modID+isid]) vdrift.AddAt(arr,2*modID+isid);
324       }
325     }
326   }
327
328   // set drift speed for modules with bad injectors
329   for(Int_t ic=0;ic<4;ic++){ 
330     if(nPtLay3>0) aveCoefLay3[ic]/=nPtLay3; // mean parameters
331     else aveCoefLay3[ic]=defCoef[ic]; // default parameters
332     if(nPtLay4>0) aveCoefLay4[ic]/=nPtLay4; // mean parameters
333     else aveCoefLay4[ic]=defCoef[ic]; // default parameters
334   }
335   AliITSDriftSpeedSDD *avdsp3=new AliITSDriftSpeedSDD(evNumb,timeStamp,3,aveCoefLay3);
336   AliITSDriftSpeedSDD *avdsp4=new AliITSDriftSpeedSDD(evNumb,timeStamp,3,aveCoefLay4);
337
338   // Check status of golden modules
339   Int_t idGoldenMod=-1, idGoldenSide=-1;
340   Int_t idGoldenModList[5]={319,319,321,243,243};
341   Int_t idGoldenSideList[5]={0,1,0,0,1};
342   AliITSDriftSpeedSDD* refSpeed=0x0;
343   for(Int_t iGold=0; iGold<5; iGold++){
344     Int_t indexG=2*(idGoldenModList[iGold]-240)+idGoldenSideList[iGold];
345     if(modSet[indexG]){
346       idGoldenMod=idGoldenModList[iGold];
347       idGoldenSide=idGoldenSideList[iGold];
348       AliITSDriftSpeedArraySDD* arrRef=(AliITSDriftSpeedArraySDD*)vdrift.At(indexG);
349       refSpeed=arrRef->GetDriftSpeedObject(0);
350       break;
351     }
352   }
353   TList* correctionList=0x0;
354   if(idGoldenMod>=240 && idGoldenSide>=0){
355     // Get rescaling corrections from OCDB
356     AliCDBEntry* entry = GetFromOCDB("Calib", "RescaleDriftSpeedSDD");
357     if(!entry){
358       Log("RescaleDriftSpeedSDD file not found in OCDB.");  
359     }
360     TList* fullList=(TList*)entry->GetObject();
361     if(!fullList){ 
362       Log("TList object not found in file.");
363     }
364     TString listName=Form("RefMod%d_Side%d",idGoldenMod,idGoldenSide);
365     correctionList=(TList*)fullList->FindObject(listName.Data());
366     if(!correctionList){
367       Log(Form("TList for requested module %d side %d not found",idGoldenMod,idGoldenSide));
368     }else{
369       Log(Form("Use module %d side %d as reference module",idGoldenMod,idGoldenSide));
370       if(refSpeed){
371         Log(Form("Drift speed params for golden module = %g %g %g %g",refSpeed->GetDriftSpeedParameter(0),refSpeed->GetDriftSpeedParameter(1),refSpeed->GetDriftSpeedParameter(2),refSpeed->GetDriftSpeedParameter(3)));
372       }else{
373         AliError("No drift speed object for golden module");
374       }
375     }
376   }
377   
378   for(Int_t ihyb=0; ihyb<2*kNumberOfSDDLay3; ihyb++){
379     AliITSDriftSpeedArraySDD *arr=new AliITSDriftSpeedArraySDD();
380     if(modSet[ihyb]==0){ 
381       Int_t iBadMod=ihyb/2+240;
382       Int_t iBadSide=ihyb%2;
383       Bool_t goldenUsed=kFALSE;
384       if(correctionList && refSpeed){
385         Double_t *params=RescaleDriftSpeedModule(correctionList,iBadMod,iBadSide,refSpeed);
386         if(params){
387           AliWarning(Form("No good injector events for mod. %d side %d --> use rescaled values from golden module",iBadMod,iBadSide));
388           AliITSDriftSpeedSDD* dspres=new AliITSDriftSpeedSDD(0,refSpeed->GetEventTimestamp(),3,params);
389           arr->AddDriftSpeed(dspres);
390           arr->SetInjectorStatus(1);
391           goldenUsed=kTRUE;
392         }
393       }
394       if(!goldenUsed){
395         AliWarning(Form("No good injector events for mod. %d side %d --> use average values for layer 3",iBadMod,iBadSide));
396         arr->AddDriftSpeed(avdsp3);
397         arr->SetInjectorStatus(0);
398       }
399       vdrift.AddAt(arr,ihyb);
400     }
401   }
402
403   for(Int_t ihyb=2*kNumberOfSDDLay3; ihyb<2*kNumberOfSDD; ihyb++){
404     if(modSet[ihyb]==0){ 
405       AliWarning(Form("No good injector events for mod. %d side %d --> use average values for layer 4",ihyb/2,ihyb%2));
406       AliITSDriftSpeedArraySDD *arr=new AliITSDriftSpeedArraySDD();
407       arr->AddDriftSpeed(avdsp4);
408       arr->SetInjectorStatus(0);
409       vdrift.AddAt(arr,ihyb);
410     }
411   }
412
413   AliCDBMetaData *md= new AliCDBMetaData();
414   md->SetResponsible("Francesco Prino");
415   md->SetBeamPeriod(0);
416   md->SetComment("AliITSDriftSpeedSDD from injector events");
417   Bool_t retCode = Store("Calib","DriftSpeedSDD",&vdrift,md,0, kTRUE);
418   if(retCode) return 0;
419   else return 1;
420 }
421
422 //______________________________________________________________________
423 Double_t* AliITSPreprocessorSDD::RescaleDriftSpeedModule(const TList* theList,
424                                                          Int_t iBadMod, 
425                                                          Int_t iBadSide,
426                                                          const AliITSDriftSpeedSDD* refSpeed)
427   const
428 {
429   // Rescale driftSpeed for a drift region starting from values of golden module
430
431   if(!refSpeed) return 0x0;
432   TString hisName=Form("hRatioMod%d_Side%d",iBadMod,iBadSide);
433   TH1D* h=(TH1D*)theList->FindObject(hisName.Data());
434   if(!h) return 0x0;
435
436   TF1* fpoly=new TF1("fpoly","pol3",0.,255.);
437   for(Int_t iAnode=0; iAnode<256; iAnode++){
438     Double_t vref=refSpeed->GetDriftSpeedAtAnode((Double_t)iAnode);
439     Double_t vcorr=h->GetBinContent(iAnode+1)*vref;
440     h->SetBinContent(iAnode+1,vcorr);
441   }
442   h->Fit(fpoly,"RNQ");
443   Double_t *params=new Double_t[4];
444   for(Int_t iPar=0; iPar<4; iPar++) params[iPar]=fpoly->GetParameter(iPar);
445   delete fpoly;
446   return params;
447 }
448
449 //______________________________________________________________________
450 Bool_t AliITSPreprocessorSDD::ProcessDCSDataPoints(TMap* dcsAliasMap){
451   // Process DCS data
452   AliITSDCSAnalyzerSDD *dcs=new AliITSDCSAnalyzerSDD();
453   dcs->AnalyzeData(dcsAliasMap);
454   TObjArray refDCS(kNumberOfSDD);
455   refDCS.SetOwner(kFALSE);
456   for(Int_t imod=0;imod<kNumberOfSDD;imod++){
457     AliITSDCSDataSDD *dcsdata=dcs->GetDCSData(imod);
458     refDCS.Add(dcsdata);
459   }    
460   AliCDBMetaData *md= new AliCDBMetaData();
461   md->SetResponsible("Francesco Prino");
462   md->SetBeamPeriod(0);
463   md->SetComment("AliITSDCSDataSDD objects from DCS DB");
464   Bool_t retCode = StoreReferenceData("DCS","DataSDD",&refDCS,md);
465   return retCode;
466 }
467