Treatment of bad SDD half-modules (F. Prino)
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSPreprocessorSDD.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 2007-2009, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                               //
20 // Implementation of the class for SDD preprocessing             //
21 // Origin: E.Crescio, Torino, crescio@to.infn.it                 //
22 //         F.Prino, Torino, prino@to.infn.it                     //
23 //                                                               //
24 ///////////////////////////////////////////////////////////////////
25
26 #include "AliITSPreprocessorSDD.h"
27 #include "AliITSCalibrationSDD.h"
28 #include "AliITSDriftSpeedSDD.h"
29 #include "AliITSDriftSpeedArraySDD.h"
30 #include "AliITSDCSAnalyzerSDD.h"
31 #include "AliShuttleInterface.h"
32 #include "AliCDBEntry.h"
33 #include "AliCDBMetaData.h"
34 #include "TObjArray.h"
35 #include "AliLog.h"
36 #include <TObjString.h>
37 #include <TSystem.h>
38 #include <TList.h>
39
40 const TString AliITSPreprocessorSDD::fgkNameHistoPedestals = "hpedestal";
41 const TString AliITSPreprocessorSDD::fgkNameHistoNoise = "hnoise";
42 ClassImp(AliITSPreprocessorSDD)
43
44 //______________________________________________________________________
45 AliITSPreprocessorSDD::AliITSPreprocessorSDD( AliShuttleInterface* shuttle):
46     AliPreprocessor("SDD", shuttle)
47 {
48   // constructor
49   AddRunType("PULSER");
50   AddRunType("INJECTOR");
51   AddRunType("PHYSICS"); 
52 }
53
54 //______________________________________________________________________
55 UInt_t AliITSPreprocessorSDD::Process(TMap* dcsAliasMap){
56
57
58   // Get DDL map from OCDB
59   AliCDBEntry* entry = GetFromOCDB("Calib", "DDLMapSDD");
60   if(!entry){
61     Log("DDL map file not found in OCDB.");  
62     return 2;
63   }
64   AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap = (AliITSDDLModuleMapSDD*)entry->GetObject();
65   if(!ddlmap){ 
66     Log("AliITSDDLModuleMapSDD object not in file.");
67     return 2;
68   }
69   ddlmap->PrintDDLMap();
70
71   //preprocessing
72   TString runType = GetRunType();
73   Int_t retcode=0;
74
75   if (runType == "PULSER"){
76     Log("Process FXS files from PULSER RUN");
77     retcode=ProcessPulser(ddlmap);
78   }else if(runType== "INJECTOR"){
79     Log("Process FXS files from INJECTOR RUN");
80     retcode=ProcessInjector(ddlmap);
81   }
82   if(retcode!=0) return retcode;
83
84   Log("Process DCS data");
85   Bool_t retcodedcs =ProcessDCSDataPoints(dcsAliasMap);
86   if(retcodedcs) return 0; 
87   else return 1;           
88
89 }
90 //______________________________________________________________________
91 UInt_t AliITSPreprocessorSDD::ProcessPulser(AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap){
92   // Process FXS files from PULSER run (baseline, noise, gain)
93   // returns 0 in case of success, 
94   //         1 in case of storage error, 
95   //         2 in case of error with input files
96   TObjArray calSDD(kNumberOfSDD);
97   calSDD.SetOwner(kFALSE);
98
99   Float_t baseline,rawnoise,cmn,corn,gain;
100   Int_t isgoodan,i,im,is,isgoodmod,basmin,basoff;
101   Int_t th,tl;
102   Int_t numOfBadChannels[kNumberOfSDD];
103   
104   TList* sourceList = GetFileSources(kDAQ, "SDD_Calib");
105   if (!sourceList){ 
106     Log("Error: no sources found for SDD_Calib");
107     return 2;
108   }
109
110   Int_t ind = 0;
111   while (sourceList->At(ind)!=NULL) {
112     TObjString* tarId = (TObjString*) sourceList->At(ind);
113     TString tarName = GetFile(kDAQ, "SDD_Calib", tarId->GetString().Data());
114     if(tarName.Length()==0){
115       Log(Form("Baseline tar file from source %d not found.",ind));
116       return 2;
117     }
118     TString command;
119     command.Form("tar -xf %s",tarName.Data());
120     gSystem->Exec(command);
121     ind++;
122   }
123   delete sourceList;
124   // Read ADC sampling frequency from fee.conf
125   Int_t amSamplFreq=40;
126   Int_t retfscf;
127   FILE* feefil=fopen("fee.conf","r");
128   if(feefil){
129     retfscf=fscanf(feefil,"%d \n",&amSamplFreq);
130     fclose(feefil);
131     Log(Form("AM sampling frequency = %d MHz",amSamplFreq));
132   }else{
133     Log("File fee.conf not found. AM sampling set at 40 MHz by default");
134   }
135   
136   for(Int_t iddl=0;iddl<kNumberOfDDL;iddl++){
137     for(Int_t imod=0;imod<kModulesPerDDL;imod++){
138       Int_t modID=ddlmap->GetModuleNumber(iddl,imod);
139       if(modID==-1) continue;
140       modID-=240; // to have SDD modules numbering from 0 to 260
141       AliITSCalibrationSDD *cal = new AliITSCalibrationSDD("simulated");
142       if(amSamplFreq!=40) cal->SetAMAt20MHz();
143       numOfBadChannels[modID]=0;
144       Int_t badch[kNumberOfChannels];
145       Bool_t sid0ok=kTRUE;
146       Bool_t sid1ok=kTRUE;
147       for(Int_t isid=0;isid<=1;isid++){
148         TString inpFileName;
149         inpFileName.Form("./SDDbase_ddl%02dc%02d_sid%d.data",iddl,imod,isid);
150
151         FILE* basFil = fopen(inpFileName,"read");
152         if (basFil == 0) {
153           Log(Form("File %s not found.",inpFileName.Data()));
154           if(isid==0){
155             sid0ok=kFALSE;
156             for(Int_t iChip=0; iChip<4; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
157             cal->SetDeadChannels(cal->GetDeadChannels()+256);
158             for(Int_t iAnode=0; iAnode<256; iAnode++) cal->SetBadChannel(iAnode,iAnode);
159           }else{
160             sid1ok=kFALSE;
161             for(Int_t iChip=4; iChip<8; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
162             cal->SetDeadChannels(cal->GetDeadChannels()+256);
163             for(Int_t iAnode=0; iAnode<256; iAnode++) cal->SetBadChannel(iAnode,iAnode+256);
164           }
165           continue;
166         }
167
168         retfscf=fscanf(basFil,"%d %d %d\n",&im,&is,&isgoodmod);
169         if(!isgoodmod){
170           if(isid==0){
171             sid0ok=kFALSE;
172             for(Int_t iChip=0; iChip<4; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
173           }else{
174             sid1ok=kFALSE;
175             for(Int_t iChip=4; iChip<8; iChip++) cal->SetChipBad(iChip);
176           }
177         }
178         retfscf=fscanf(basFil,"%d\n",&th);
179         retfscf=fscanf(basFil,"%d\n",&tl);
180         cal->SetZSLowThreshold(isid,tl);
181         cal->SetZSHighThreshold(isid,th);
182         for(Int_t ian=0;ian<(kNumberOfChannels/2);ian++){
183           retfscf=fscanf(basFil,"%d %d %f %d %d %f %f %f %f\n",&i,&isgoodan,&baseline,&basmin,&basoff,&rawnoise,&cmn,&corn,&gain);
184           Int_t ich=ian;
185           if(isid==1) ich+=256;
186           if(!isgoodan){ 
187             Int_t ibad=numOfBadChannels[modID];
188             badch[ibad]=ich;
189             numOfBadChannels[modID]++;
190           }
191           cal->SetBaseline(ich,baseline-basoff);
192           cal->SetNoiseAfterElectronics(ich,rawnoise);
193           cal->SetGain(ich,gain);
194         }
195         cal->SetDeadChannels(numOfBadChannels[modID]);
196         for(Int_t ibad=0;ibad<numOfBadChannels[modID];ibad++){
197           cal->SetBadChannel(ibad,badch[ibad]);
198         }
199         fclose(basFil);
200       }
201       if(!sid0ok && !sid1ok) cal->SetBad();
202       Log(Form("Put calib obj for module %d (DDL %d  Carlos %d)",modID,iddl,imod));
203       calSDD.AddAt(cal,modID);
204     }
205   }
206   AliCDBMetaData *md= new AliCDBMetaData();
207   md->SetResponsible("Francesco Prino");
208   md->SetBeamPeriod(0);
209   md->SetComment("AliITSCalibrationSDD from PEDESTAL+PULSER runs");
210   Bool_t retCode = Store("Calib","CalibSDD",&calSDD,md, 0, kTRUE);
211   if(retCode) return 0;
212   else return 1;
213 }
214 //______________________________________________________________________
215 UInt_t AliITSPreprocessorSDD::ProcessInjector(AliITSDDLModuleMapSDD* ddlmap){
216   // Process FXS files from injector events (INJECTOR or PHYSICS runs)
217   // returns 0 in case of success, 
218   //         1 in case of storage error, 
219   //         2 in case of error with input files
220   TObjArray vdrift(2*kNumberOfSDD);
221   vdrift.SetOwner(kFALSE);
222   Int_t evNumb,polDeg; 
223   UInt_t timeStamp;
224   Bool_t modSet[2*kNumberOfSDD]; // flag modules with good inj.
225   for(Int_t ihyb=0; ihyb<2*kNumberOfSDD; ihyb++) modSet[ihyb]=0;
226   Double_t nPt = 0;
227
228   Double_t param[4];    // parameters of poly fit
229   Double_t minValP0=4.; // min value for param[0]
230   Double_t maxValP0=9.; // max value for param[0]
231   Double_t minValP1=0.; // min value for param[1]
232   Double_t aveCoef[4]={0.,0.,0.,0.};  // average param for good mod.
233   Double_t defCoef[4]={6.53227,0.00128941,-5.14493e-06,0};  // default values for param
234   Float_t auxP;
235
236   TList* sourceList = GetFileSources(kDAQ, "SDD_Injec");
237   if (!sourceList){ 
238     Log("Error: no sources found for SDD_Injec");
239     return 2;
240   }
241   Int_t ind = 0;
242   while (sourceList->At(ind)!=NULL) {
243     TObjString* tarId = (TObjString*) sourceList->At(ind);
244     TString tarName = GetFile(kDAQ, "SDD_Injec", tarId->GetString().Data());
245     if(tarName.Length()==0){
246       Log(Form("Injector tar file from source %d not found.",ind));
247       return 2;
248     }
249     TString command;
250     command.Form("tar -xf %s",tarName.Data());
251     gSystem->Exec(command);
252     ind++;
253   }
254   delete sourceList;
255   Int_t retfscf;
256
257   for(Int_t iddl=0;iddl<kNumberOfDDL;iddl++){
258     for(Int_t imod=0;imod<kModulesPerDDL;imod++){
259       Int_t modID=ddlmap->GetModuleNumber(iddl,imod);
260       if(modID==-1) continue;
261       modID-=240; // to have SDD modules numbering from 0 to 260
262       for(Int_t isid=0;isid<=1;isid++){
263         AliITSDriftSpeedArraySDD *arr=new AliITSDriftSpeedArraySDD();
264         TString inpFileName;
265         inpFileName.Form("./SDDinj_ddl%02dc%02d_sid%d.data",iddl,imod,isid);
266         FILE* injFil = fopen(inpFileName,"read");
267         if (injFil == 0) {
268           Log(Form("File %s not found.",inpFileName.Data()));
269           AliITSDriftSpeedSDD *dsp=new AliITSDriftSpeedSDD();
270           arr->AddDriftSpeed(dsp);
271           vdrift.AddAt(arr,2*modID+isid);
272           continue;
273         }
274         retfscf=fscanf(injFil,"%d",&polDeg);
275         while (!feof(injFil)){
276           retfscf=fscanf(injFil,"%d %u ",&evNumb,&timeStamp);
277           if(feof(injFil)) break;
278           for(Int_t ic=0;ic<4;ic++){ 
279             retfscf=fscanf(injFil,"%f ",&auxP);
280             param[ic]=auxP;
281           }
282
283           if(param[0]>minValP0 && param[0]<maxValP0 && param[1]>minValP1){
284             for(Int_t ic=0;ic<4;ic++) aveCoef[ic]+=param[ic];
285             nPt++;
286             AliITSDriftSpeedSDD *dsp=new AliITSDriftSpeedSDD(evNumb,timeStamp,polDeg,param);
287             arr->AddDriftSpeed(dsp);
288             modSet[2*modID+isid]=1;
289           }
290         }
291         fclose(injFil);
292         Log(Form("Put calib obj for hybrid %d (DDL %d  Carlos %d)",2*modID+isid,iddl,imod));
293         if(modSet[2*modID+isid]) vdrift.AddAt(arr,2*modID+isid);
294       }
295     }
296   }
297
298   // set drift speed for modules with bad injectors
299   for(Int_t ic=0;ic<4;ic++){ 
300     if(nPt>0) aveCoef[ic]/=nPt; // mean parameters
301     else aveCoef[ic]=defCoef[ic]; // default parameters
302   }
303   AliITSDriftSpeedSDD *avdsp=new AliITSDriftSpeedSDD(evNumb,timeStamp,polDeg,aveCoef);
304
305   for(Int_t ihyb=0; ihyb<2*kNumberOfSDD; ihyb++){
306     if(modSet[ihyb]==0){ 
307       AliWarning(Form("No good injector events for mod. %d --> use average values",ihyb/2));
308       AliITSDriftSpeedArraySDD *arr=new AliITSDriftSpeedArraySDD();
309       arr->AddDriftSpeed(avdsp);
310       vdrift.AddAt(arr,ihyb);
311     }
312   }
313
314
315   AliCDBMetaData *md= new AliCDBMetaData();
316   md->SetResponsible("Francesco Prino");
317   md->SetBeamPeriod(0);
318   md->SetComment("AliITSDriftSpeedSDD from injector events");
319   Bool_t retCode = Store("Calib","DriftSpeedSDD",&vdrift,md,0, kTRUE);
320   if(retCode) return 0;
321   else return 1;
322 }
323 //______________________________________________________________________
324 Bool_t AliITSPreprocessorSDD::ProcessDCSDataPoints(TMap* dcsAliasMap){
325   // Process DCS data
326   AliITSDCSAnalyzerSDD *dcs=new AliITSDCSAnalyzerSDD();
327   dcs->AnalyzeData(dcsAliasMap);
328   TObjArray refDCS(kNumberOfSDD);
329   refDCS.SetOwner(kFALSE);
330   for(Int_t imod=0;imod<kNumberOfSDD;imod++){
331     AliITSDCSDataSDD *dcsdata=dcs->GetDCSData(imod);
332     refDCS.Add(dcsdata);
333   }    
334   AliCDBMetaData *md= new AliCDBMetaData();
335   md->SetResponsible("Francesco Prino");
336   md->SetBeamPeriod(0);
337   md->SetComment("AliITSDCSDataSDD objects from DCS DB");
338   Bool_t retCode = StoreReferenceData("DCS","DataSDD",&refDCS,md);
339   return retCode;
340 }
341