Stupid bug fix in new superlight mode (from Zurich airport)
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSRealignTracks.cxx
1 /**************************************************************************
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3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
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13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 //---------------------------------
17 //Class to perform the realignment if the Inner Tracking System 
18 //with an iterative approach based on track to cluster residuals
19 // minimization. A chi2 function of the residuals is minimized with
20 //respect to alignment parameters. The class allows both single module
21 //realignment and set of modules realignment. Tracks are fitted with
22 //AliTrackFitter* fitters. AliTrackFitterKalman is more suited for
23 //straight line (e.g. cosmic in the absence of magnetic field) but can't
24 //work with helixes. AliTrackFitterRieman is suited for helixes. 
25 //The minimization is performed by AliTrackResiduals* classes: default
26 //one is AliTrackResidualsFast (analytic minimization by inversion). 
27 //For numerical minimization using MINUIT, use AliTrackResidualChi2.
28 //Methods are present to defined both the set of modules where the tracks
29 //are fittef and the set of modules which  are to be realigned
30 //The main method is  AlignVolumesITS
31 //
32 //Class by: A. Rossi, andrea,rossi@ts.infn.it
33
34 #include <TFile.h>
35 #include <TStopwatch.h>
36 #include <TNtuple.h>
37 #include <TClonesArray.h>
38 #include <TMath.h>
39 #include <TGraph.h>
40 #include <TCanvas.h>
41 #include <TH1F.h>
42 #include "AliITSRealignTracks.h"
43 #include "AliAlignObjParams.h"
44 #include "AliAlignObj.h"
45 #include "AliGeomManager.h"
46 #include "AliTrackFitter.h"
47 #include "AliTrackFitterKalman.h"
48 #include "AliTrackFitterRieman.h"
49 #include "AliTrackResidualsFast.h"
50 #include "AliTrackResidualsChi2.h"
51 #include "AliTrackResidualsLinear.h"
52
53 #include "AliLog.h"
54 #include <TSystem.h>
55 #include <TGeoManager.h>
56
57 class AliAlignmentTracks;
58 class TGeoMatrix;
59 class TArray;
60
61
62 /* $Id$ */
63
64
65 ClassImp(AliITSRealignTracks)
66
67 const Int_t kreferSect=2;
68
69
70 AliITSRealignTracks::AliITSRealignTracks(TString minimizer,Int_t fit,Bool_t covUsed,TString fileintro,TString geometryfile,TString misalignmentFile,TString startingfile):
71   AliAlignmentTracks(),
72   fSurveyObjs(0),
73   fgeomfilename(),
74   fmintracks(),
75   fUpdateCov(kFALSE),
76   fVarySigmaY(kFALSE),
77   fCorrModules(0),
78   fLimitCorr(0),
79   fsigmaY(),
80   fDraw(kFALSE),  
81   fAlignDrawObjs(0), 
82   fCanvPar(0), 
83   fCanvGr(0), 
84   fgrIterMeanX(0), 
85   fgrIterRMSX(0),  
86   fgrIterMeanY(0), 
87   fgrIterRMSY(0),  
88   fgrIterMeanZ(0), 
89   fgrIterRMSZ(0),  
90   fgrIterMeanPsi(0), 
91   fgrIterRMSPsi(0),  
92   fgrIterMeanTheta(0), 
93   fgrIterRMSTheta(0),  
94   fgrIterMeanPhi(0), 
95   fgrIterRMSPhi(0)  
96 {
97
98   // minimizer="fast"->AliTrackResidualFast minimizer
99   //           "minuit"->AliTrackResidualChi2 minimizer
100   //           "minuitnorot"->AliTrackResidualChi2 minimizer without rotations degrees of freedom
101   //           "linear"->AliTrackResidualLinear minimizer    
102   //fit=0-> Riemann Fitter, fit=1->Kalman
103   //fileintro=file into which the Tree with the space points is stored
104   //geometryfile=file containing the geometry  
105   
106   
107   SetPointsFilename(fileintro.Data());
108   SetGeomFilename(geometryfile);
109   InitAlignObjs();
110   if(!InitSurveyObjs(kFALSE))AliWarning("Unable to set Survey AlignObjs!");
111   
112   if(startingfile=="")printf("Starting from default geometry \n");
113   else ReadAlignObjs(startingfile.Data(),"ITSAlignObjs");
114   
115   if(misalignmentFile=="")printf("NO FAKE MISALIGNMENT INTRODUCED \n");
116   else {
117     Bool_t misal=Misalign(misalignmentFile,"ITSAlignObjs");
118     if(!misal)AliWarning("Incorrect fake misalignment filename!");;
119   }
120   
121   if(!gGeoManager) AliGeomManager::LoadGeometry(fgeomfilename.Data());
122   if(covUsed)SetCovIsUsed(kTRUE);
123   if(!SelectFitter(fit))AliWarning("Incorrect fitter assignment!");
124   if(!SelectMinimizer(minimizer))AliWarning("Incorrect minimizer assignment!");
125   fsigmaY=1.;
126   fmintracks=1;
127   BuildIndex();
128   
129 }
130
131 AliITSRealignTracks::AliITSRealignTracks(const AliITSRealignTracks &realignTracks):
132   AliAlignmentTracks(),
133   fSurveyObjs(new AliAlignObj**(*realignTracks.fSurveyObjs)),
134   fgeomfilename(realignTracks.fgeomfilename),
135   fmintracks(realignTracks.fmintracks),
136   fUpdateCov(realignTracks.fUpdateCov),
137   fVarySigmaY(realignTracks.fVarySigmaY),
138   fCorrModules(new Double_t *(*realignTracks.fCorrModules)),
139   fLimitCorr(realignTracks.fLimitCorr),
140   fsigmaY(realignTracks.fsigmaY),
141   fDraw(kFALSE),  
142   fAlignDrawObjs(realignTracks.fAlignDrawObjs), 
143   fCanvPar(realignTracks.fCanvPar), 
144   fCanvGr(realignTracks.fCanvGr), 
145   fgrIterMeanX(realignTracks.fgrIterMeanX), 
146   fgrIterRMSX(realignTracks.fgrIterRMSX),  
147   fgrIterMeanY(realignTracks.fgrIterMeanY), 
148   fgrIterRMSY(realignTracks.fgrIterRMSY),  
149   fgrIterMeanZ(realignTracks.fgrIterMeanZ), 
150   fgrIterRMSZ(realignTracks.fgrIterRMSZ),  
151   fgrIterMeanPsi(realignTracks.fgrIterMeanPsi), 
152   fgrIterRMSPsi(realignTracks.fgrIterRMSPsi),  
153   fgrIterMeanTheta(realignTracks.fgrIterMeanTheta), 
154   fgrIterRMSTheta(realignTracks.fgrIterRMSTheta),  
155   fgrIterMeanPhi(realignTracks.fgrIterMeanPhi), 
156   fgrIterRMSPhi(realignTracks.fgrIterRMSPhi)  
157
158 {//Copy Constructor
159   AliWarning("Can't copy AliAlignmentTracks Data member!");
160 }
161
162 AliITSRealignTracks& AliITSRealignTracks::operator=(const AliITSRealignTracks &obj){
163   ////////////////////////
164   // Assignment operator
165   ////////////////////////
166   this->~AliITSRealignTracks();
167   new(this) AliITSRealignTracks(obj); 
168   return *this;
169 }
170
171 AliITSRealignTracks::~AliITSRealignTracks(){
172   //destructor
173   
174   if(fSurveyObjs)   DeleteSurveyObjs();
175   if(fAlignDrawObjs) DeleteDrawHists();
176   //delete [] fSurveyObjs; 
177   
178
179
180
181 //_____________________________
182 Bool_t AliITSRealignTracks::SelectFitter(Int_t fit,Int_t minTrackPoint){
183   //Method to select the fitter: 0 for AliTrackFitterRieman (use this for helixes)
184   //                             1 for AliTrackFitterKalman
185   //minTrackPoint defines the minimum number of points (not rejected by the fit itself) 
186   //a track should have to fit it
187  
188   if(fit==1){
189      AliTrackFitterKalman *fitter= new AliTrackFitterKalman();
190      fitter->SetMinNPoints(minTrackPoint);
191      SetTrackFitter(fitter);    
192   }
193  
194   else if(fit==0){
195     AliTrackFitterRieman *fitter=new AliTrackFitterRieman();
196     fitter->SetMinNPoints(minTrackPoint);
197     SetTrackFitter(fitter);
198   }
199   else return kFALSE;
200  
201   return kTRUE;
202 }
203
204
205 Bool_t AliITSRealignTracks::SelectMinimizer(TString minimizer,Int_t minpoints,const Bool_t *coord){
206   //Method to select the minimizer: "minuit" for AliTrackFitterChi2 (numerical minimization by MINUIT)
207   //                                "fast" for AliTrackResidualsFast
208   //                                "linear" for AliTrackResidualsLinear
209   //                                "minuitnorot" for AliTrackFitterChi2 by 
210   // coord[6] allows to fix the degrees of freedom in the minimization (e.g. look only for tranlsations, 
211   //       or only for rotations). The coord are: dTx,dTy,dTz,dPsi,dTheta,dPhi where "d" stands for 
212   //       "differential" and "T" for translation. If coord[i] is set to kTRUE then the i coord is fixed
213   //       When a coordinate is fixed the value returnd for it is 0
214   // minnpoints fix the minimum number of residuals to perform the minimization: it's not safe
215   //     to align a module with a small number of track passing through it since the results could be
216   //     not reliable. For single modules the number of residuals and the number of tracks passing 
217   //     through it and accepted bu the fit procedure coincide. This is not the case for sets of modules,
218   //     since a given track can pass through two or more modules in the set (e.g a cosmic track can give
219   //     two cluster on a layer)
220
221   AliTrackResiduals *res;
222   if(minimizer=="minuit"){
223     res = new AliTrackResidualsChi2();
224     if(coord){
225       for(Int_t j=0;j<6;j++){
226         if(coord[j])res->FixParameter(j);
227       }
228     }
229   }
230   else if(minimizer=="minuitnorot"){
231     res = new AliTrackResidualsChi2();
232     res->FixParameter(3);
233     res->FixParameter(4);
234     res->FixParameter(5);
235   }
236   
237   else if(minimizer=="fast"){
238     res = new AliTrackResidualsFast();
239     if(coord){
240       for(Int_t j=0;j<6;j++){
241         if(coord[j])res->FixParameter(j);
242       }
243     }
244   } 
245   else if(minimizer=="linear"){
246     res = new AliTrackResidualsLinear();
247   } 
248   
249   else {
250     printf("Trying to set a non existing minimizer! \n");
251     return kFALSE;
252   }
253   
254   res->SetMinNPoints(minpoints);
255   SetMinimizer(res);
256   
257   return kTRUE;
258 }
259
260 //____________________________________
261 void AliITSRealignTracks::SetVarySigmaY(Bool_t varysigmay,Double_t sigmaYfixed){
262   //SigmaY is the value of the error along the track direction assigned 
263   //to the AliTrackPoint constructed from the extrapolation of the fit of a track
264   //to the module one is realigning. This error simulate the uncertainty on the
265   //position of the cluster in space due to the misalingment of the module (i.e. 
266   //you don't the real position and orientation of the plane of the desired extrapolation 
267   //but you rely on the fit and consider the point to lie along the track)
268   
269   
270   fVarySigmaY=varysigmay;
271   if(!varysigmay){
272     if(sigmaYfixed>0.)fsigmaY=sigmaYfixed;
273     else {
274       printf("Negative assignment to sigmaY! set it to default value (1 cm) \n");
275       fsigmaY=1.;
276     }
277   }
278 }
279
280 //_______________________________________
281 void AliITSRealignTracks::RealignITSVolIndependent(Int_t iter1,Int_t iterations,Int_t minNtracks,Int_t layer,Int_t minTrackPoint){
282   
283
284   //iter1=#iterations inside AliAlignmentTracks::AliAlignVolumesITS method 
285   //iterations=#iterations on the all procedure
286   //layer=0->all ITS, otherways the usual notation is considered (1=SPD1,2=SPD2,3=SDD1,4=SDD2,5=SSD1,6=SSD2)
287   //minNtracks=minimun number of tracks passing through a module in order to try to realign the module itsself
288   //           if minNtracks<0, minimun number of tracks is |minNtracks|*minNumPoint[layer]/fact (see the code below): this allows a different
289   //           choice of the number of tracks required on different layers and to vary these numbers once tuned the relative proportions.  
290   //minTrackPoint=minimun number of "good" points required to a track (THE POINT ON THE MODULE THAT IS GOING TO BE REALIGNED 
291   //IS NEVER CONSIDERED->max number can be required is 11 for cosmics tracks) for the track being considered in the minimization
292   
293
294   fTrackFitter->SetMinNPoints(minTrackPoint);
295   TArrayI volIDs2(2200); 
296   volIDs2.Reset(0);
297   TArrayI volIDs(1);
298   TString command;
299   TArrayI volIDsFit;
300   
301   Int_t iLayer,iLayerToAlign;
302
303   Int_t minNumPoint[6]={100,100,100,100,50,50}; 
304   Double_t fact=10; 
305   Int_t j=0;
306   
307   Int_t size=0;
308   Int_t layerNum,modNum,lastVolid=0;
309   TNtuple *ntVolumeAlign=new TNtuple("ntVolumeAlign","NTuple with volume tried to be realigned","layerNum:modNum:volumeIDnum"); 
310  
311   TStopwatch *timer=new TStopwatch();
312   timer->Start(); 
313   BuildIndex();
314   j=0;
315   UShort_t volid;
316   
317   for(Int_t iter=0;iter<iterations;iter++){
318    
319     //Starting Independent Modules Realignment
320     for(iLayerToAlign=(Int_t)AliGeomManager::kSPD1;iLayerToAlign<=(Int_t)AliGeomManager::kSSD2;iLayerToAlign++){
321       if(layer!=0&&iLayerToAlign!=layer)continue;
322       j=0;
323       size=0;
324       for(Int_t k=(Int_t)AliGeomManager::kSPD1;k<=(Int_t)AliGeomManager::kSSD2;k++){
325         size+=AliGeomManager::LayerSize(k);
326         printf("size: %d \n",size);
327       }
328        
329       for (Int_t iModule=0;iModule<AliGeomManager::LayerSize(iLayerToAlign);iModule++){      
330         j=0;
331         if(minNtracks<0){       
332           if(GetLastIndex(iLayerToAlign-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer,iModule)<minNumPoint[iLayerToAlign-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer]*(-1*minNtracks/fact))continue;        }       
333         else if(GetLastIndex(iLayerToAlign-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer,iModule)<minNtracks)continue;
334         
335         UShort_t volidAl = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayerToAlign,iModule);
336         
337         volIDsFit.Reset(0);
338         volIDsFit.Set(size-1);
339         for (iLayer=AliGeomManager::kSPD1;iLayer<AliGeomManager::kTPC1;iLayer++){
340           for (Int_t iModule2=0;iModule2<AliGeomManager::LayerSize(iLayer);iModule2++){     
341             volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2);
342             if(AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2)==volidAl)continue;
343             volIDsFit.AddAt(volid,j);
344             j++;
345           }
346         }
347         volIDs.AddAt((Int_t)volidAl,0);
348         if(iter==iterations-1){
349           volIDs2.AddAt(volidAl,lastVolid);
350           lastVolid++;
351         }
352         volIDs2.AddAt(volidAl,lastVolid);
353         AlignVolumesITS(&volIDs,&volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2,iter1);  
354       }
355     }
356     
357     
358     if((iter+1)%5==0||iter==0||iter==1||iter==2||iter==3||iter==iterations-1){
359       command="RealignObj";
360       command+=(iter+1);
361       command.Append(".root");
362       WriteRealignObjArray(command.Data(),AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2);
363     }
364   }
365   
366   
367   if(j==0){printf("j=0 \n");return;}
368   for(Int_t k=0;k<volIDs2.GetSize();k++){
369     if(volIDs2.At(k)==0)break;
370     layerNum=AliGeomManager::VolUIDToLayer(volIDs2.At(k),modNum);
371     ntVolumeAlign->Fill(layerNum,modNum,volIDs2.At(k));
372   }
373   printf("End of selecting modules cycle: %d modules selected \n",j);
374   TFile *f=new TFile("RealignVolNt.root","RECREATE");
375   f->cd();
376   ntVolumeAlign->Write();
377   f->Close();
378   
379   timer->Stop();
380   timer->Print();
381   return;
382 }
383
384
385 void AliITSRealignTracks::RealignITStracks(TString minimizer,Int_t fit=0,Int_t iter1=1,Int_t iterations=5,Int_t minNtracks=-10,Int_t layer=0,Int_t minTrackPoint=6,Bool_t covUsed=kFALSE,TString misalignmentFile="",TString startingfile="",Int_t doGlobal=1)
386 {
387   
388   // minimizer="fast"->AliTrackResidualFast minimizer
389   //           "minuit"->AliTrackResidualChi2 minimizer
390   //           "minuitnorot"->AliTrackResidualChi2 minimizer without rotations degrees of freedom
391   //           "linear"->AliTrackResidualLinear minimizer    
392   //fit=0-> Riemann Fitter, fit=1->Kalman
393   //iter1=#iterations inside AliAlignmentTracks::AliAlignVolumesITS method 
394   //iterations=#iterations on the all procedure
395   //layer=0->all ITS, otherways the usual notation is considered (1=SPD1,2=SPD2,3=SDD1,4=SDD2,5=SSD1,6=SSD2)
396   //minNtracks=minimun number of tracks passing through a module in order to try to realign the module itsself
397   //           if minNtracks<0, minimun number of tracks is |minNtracks|*minNumPoint[layer]/fact (see the code below): this allows a different
398   //           choice of the number of tracks required on different layers and to vary these numbers once tuned the relative proportions.  
399   //minTrackPoint=minimun number of "good" points required to a track (THE POINT ON THE MODULE THAT IS GOING TO BE REALIGNED 
400   //              IS NEVER CONSIDERED->max number that can be required is 11 for cosmics tracks) for the track being considered in the minimization
401   //doGlobal : do global realignment, 0=no, 1= yes, 2=only global 
402
403
404   TArrayI volIDs2(2200); 
405   volIDs2.Reset(0);
406   TArrayI volIDs(1);
407   TString command;
408   TArrayI volIDsFit;
409   
410   Int_t iLayer,iLayerToAlign;
411
412   Int_t minNumPoint[6]={100,100,100,100,50,50}; 
413   Double_t fact=10; 
414   Int_t count=0;
415  
416   Int_t size=0;
417   Int_t layerNum,modNum,lastVolid=0;
418   TNtuple *ntVolumeAlign=new TNtuple("ntVolumeAlign","NTuple with volume tried to be realigned","layerNum:modNum:volumeIDnum"); 
419
420  
421   if(!SelectFitter(fit))AliWarning("Incorrect fitter assignment!");
422   if(!SelectMinimizer(minimizer))AliWarning("Incorrect minimizer assignment!");
423   if(misalignmentFile=="")printf("NO FAKE MISALIGNMENT INTRODUCED \n");
424   else {
425     Bool_t misal=Misalign(misalignmentFile,"ITSAlignObjs");
426     if(!misal)return;
427   }
428
429  
430   TStopwatch *timer=new TStopwatch();
431   timer->Start(); 
432   BuildIndex();
433   count=0;
434   UShort_t volid;
435
436   if(startingfile=="")printf("Starting from default geometry \n");
437   else {
438     printf("Starting from AlignObjs file: %s",startingfile.Data());
439     ReadAlignObjs(startingfile.Data(),"ITSAlignObjs");
440   }
441   
442   for(Int_t iter=0;iter<iterations;iter++){
443     if(covUsed)SetCovIsUsed(kTRUE);
444     
445    
446     //START HIERARCHY REALIGNMENT
447
448     if(layer==0&&(doGlobal==1||doGlobal==2)){
449       for(Int_t siter=0;siter<5;siter++){
450         fTrackFitter->SetMinNPoints(2);
451         SetCovUpdate(kFALSE);
452         AlignSPDHalfBarrelToSectorRef(kreferSect,3);
453         //      AlignSPDBarrel(1);
454         //      if(siter==0)SetCovUpdate(kFALSE);
455         //      AlignSPDHalfBarrel(0,3);
456         //      SetCovUpdate(kTRUE);
457         AlignSPDHalfBarrelToHalfBarrel(1,3);
458         //      AlignSPDHalfBarrelToSectorRef(kreferSect,3);
459         for(Int_t sector=0;sector<10;sector++){
460           SetMinNtracks(100);
461           if(sector==kreferSect)continue;
462           AlignSPDSectorWithSectors(sector,1);
463         }
464
465
466         for(Int_t lay=1;lay<=6;lay++){
467           if(!AlignLayerToSector(lay,kreferSect,3))AlignLayerToSPDHalfBarrel(lay,0,3);
468         }
469         AlignSPDHalfBarrel(0,3);
470         
471         Int_t layers[6]={2,2,1,0,0,0};
472         fTrackFitter->SetMinNPoints(4);
473         AlignLayersToLayers(layers,1);
474       
475         fTrackFitter->SetMinNPoints(6);
476         layers[2]=2;
477         layers[3]=1;//{2,2,2,1,0,0};
478         AlignLayersToLayers(layers,1);
479
480         fTrackFitter->SetMinNPoints(6);
481         layers[3]=2;
482         layers[4]=1;//{2,2,2,2,1,0};
483         AlignLayersToLayers(layers,1);
484
485         fTrackFitter->SetMinNPoints(6);
486         layers[4]=2;
487         layers[5]=1;//{2,2,2,2,2,1};
488         AlignLayersToLayers(layers,1);
489         
490         
491         for(Int_t sector=0;sector<10;sector++){
492           AlignSPDSectorToOuterLayers(sector,1);
493         }
494         WriteRealignObjArray("AfterGlobal.root",AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2);
495       }
496     }
497         
498     if(doGlobal==2)return;    
499
500     if(covUsed)SetCovUpdate(kTRUE);
501     SetMinNtracks(1);
502
503
504     // STARTS INDEPENDENT MOULES REALIGNMENT
505
506     fTrackFitter->SetMinNPoints(minTrackPoint);
507     for(iLayerToAlign=(Int_t)AliGeomManager::kSPD1;iLayerToAlign<=(Int_t)AliGeomManager::kSSD2;iLayerToAlign++){
508       if(layer!=0&&iLayerToAlign!=layer)continue;
509       count=0;
510       size=0;
511       for(Int_t k=(Int_t)AliGeomManager::kSPD1;k<=(Int_t)AliGeomManager::kSSD2;k++){
512         size+=AliGeomManager::LayerSize(k);
513         printf("size: %d \n",size);
514       }
515       
516       for (Int_t iModule=0;iModule<AliGeomManager::LayerSize(iLayerToAlign);iModule++){      
517         count=0;
518         if(minNtracks<0){       
519           if(GetLastIndex(iLayerToAlign-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer,iModule)<minNumPoint[iLayerToAlign-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer]*(-1*minNtracks/fact))continue;
520         }       
521         else if(GetLastIndex(iLayerToAlign-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer,iModule)<minNtracks)continue;
522         
523         UShort_t volidAl = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayerToAlign,iModule);
524         
525         volIDsFit.Reset(0);
526         volIDsFit.Set(size-1);
527         for (iLayer=(Int_t)AliGeomManager::kSPD1;iLayer<(Int_t)AliGeomManager::kTPC1;iLayer++){
528           for (Int_t iModule2=0;iModule2<AliGeomManager::LayerSize(iLayer);iModule2++){
529             
530           
531             volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2);
532           
533             if(AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2)==volidAl)continue;
534             volIDsFit.AddAt(volid,count);
535             count++;
536           }
537         }
538     
539         volIDs.AddAt((Int_t)volidAl,0);
540         if(iter==iterations-1){
541           volIDs2.AddAt(volidAl,lastVolid);
542           lastVolid++;
543         }
544         volIDs2.AddAt(volidAl,lastVolid);       
545         AlignVolumesITS(&volIDs,&volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2,iter1);          
546       }
547     }   
548     
549     if((iter+1)%2==0||(iter+1)%5==0||iter==0||iter==1||iter==2||iter==3||iter==iterations-1){
550       command="RealignObj";
551       command+=(iter+1);
552       command.Append(".root");
553       WriteRealignObjArray(command.Data(),AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2);
554     }
555     
556   }
557   
558   if(count==0){printf("count=0 \n");return;}
559   for(Int_t k=0;k<volIDs2.GetSize();k++){
560     if(volIDs2.At(k)==0)break;
561     layerNum=AliGeomManager::VolUIDToLayer(volIDs2.At(k),modNum);
562     ntVolumeAlign->Fill(layerNum,modNum,volIDs2.At(k));
563   }
564   printf("End of selecting modules cycle: %d modules selected \n",count);
565   TFile *f=new TFile("RealignVolNt.root","RECREATE");
566   f->cd();
567   ntVolumeAlign->Write();
568   f->Close();
569   
570   timer->Stop();
571   timer->Print();
572   return;
573   
574 }
575
576
577 //______________________________________________________________________________
578 void AliITSRealignTracks::InitAlignObjs()
579 {
580   // Initialize the alignment objects array
581   TMatrixDSym c(6);
582   Double_t cov[21];
583   for(Int_t i=0;i<21;i++)cov[i]=0.;
584   for(Int_t i=0;i<3;i++)cov[i*(i+1)/2+i]=0.05*0.05;//Set Default Error to 500 micron for Translations 
585   for(Int_t i=3;i<6;i++)cov[i*(i+1)/2+i]=0.001*0.001*180*180/3.14/3.14;//and 1 mrad for rotations (global ref. sysytem->~40 micron for SPD1,~450 micron for SSD2)
586
587   Int_t nLayers = AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer;
588   fAlignObjs = new AliAlignObj**[nLayers];
589   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
590     fAlignObjs[iLayer] = new AliAlignObj*[AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer)];
591     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
592       UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer+ AliGeomManager::kFirstLayer,iModule);
593       fAlignObjs[iLayer][iModule] = new AliAlignObjParams(AliGeomManager::SymName(volid),volid,0,0,0,0,0,0,kTRUE);
594       fAlignObjs[iLayer][iModule]->SetCorrMatrix(cov);
595       fAlignObjs[iLayer][iModule]->SetUniqueID(0);
596     }
597   }
598 }
599
600 //______________________________________________________________________________
601 void AliITSRealignTracks::ResetCorrModules(){
602   // Initialize and reset to 0 the array with the information on correlation
603   if(!fCorrModules){
604     Int_t nLayers = AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer;
605     fCorrModules = new Double_t*[nLayers];
606     for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
607       fCorrModules[iLayer] = new Double_t[AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer)];
608       for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
609         fCorrModules[iLayer][iModule]=0.;
610       }
611     }
612   }
613   else{
614     for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
615       for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
616         fCorrModules[iLayer][iModule]=0.;
617       }
618     }
619   }
620 }
621
622 //______________________________________________________________________________
623 Bool_t AliITSRealignTracks::InitSurveyObjs(Bool_t infinite,Double_t factor,TString filename,TString arrayName){
624   //Initialize the Survey Objects. There is the possibility to set them equal to external objects
625   //   stored in file filename. Otherwuse they are set equal to 0 and with default values for the variances
626   //infinite: set the cov matrix to extremly large values, so that the results of a minimization
627   //   are never rejected by the comparison with the survey
628   //factor: multiplication factor for the variances of the cov. matrix of the survey obj.
629
630   if(fSurveyObjs)DeleteSurveyObjs();
631   Bool_t fromfile=kFALSE;
632   TFile *surveyObj;
633   TClonesArray *clnarray;
634   if(!filename.IsNull()){
635     //Initialize from file
636     if(gSystem->AccessPathName(filename.Data(),kFileExists)){
637       printf("Wrong Survey AlignObjs File Name \n");
638       return kFALSE;
639     } 
640     if(arrayName.IsNull()){
641       printf("Null Survey Object Name! \n");
642       return kFALSE;
643     }
644    
645     fromfile=kTRUE;
646   }
647
648   // Initialize the alignment objects array with default values
649   Double_t v=1.*factor;
650   if(infinite)v*=100000.;
651   TMatrixDSym c(6);
652   Double_t cov[21];
653   for(Int_t i=0;i<21;i++)cov[i]=0.;
654   for(Int_t i=0;i<3;i++)cov[i*(i+1)/2+i]=0.1*0.1*v;//Set Default Error to 1 mm  for Translation 
655   for(Int_t i=3;i<6;i++)cov[i*(i+1)/2+i]=0.03*0.03*180.*180./3.14/3.14*v;//and 30 mrad (~1.7 degrees)for rotations (global ref. sysytem)
656   
657   Int_t nLayers = AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer;
658   fSurveyObjs = new AliAlignObj**[nLayers];
659   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
660     fSurveyObjs[iLayer] = new AliAlignObj*[AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer)];
661     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
662       fSurveyObjs[iLayer][iModule] = 0x0;
663     }
664   }
665   
666   if(fromfile){
667     surveyObj=TFile::Open(filename.Data());
668     if (!surveyObj || !surveyObj->IsOpen()) {
669       AliError(Form("Could not open SurveyObjs file: %s !",filename.Data()));
670       return kFALSE;
671     }
672     printf("Getting TClonesArray \n");
673     clnarray=(TClonesArray*)surveyObj->Get(arrayName);
674     Int_t size=clnarray->GetSize();
675     UShort_t volid;
676     for(Int_t ivol=0;ivol<size;ivol++){
677       AliAlignObjParams *a=(AliAlignObjParams*)clnarray->At(ivol);
678       volid=a->GetVolUID();
679       Int_t iModule;
680       AliGeomManager::ELayerID iLayer = AliGeomManager::VolUIDToLayer(volid,iModule);
681       if(iLayer<=0)continue;
682       if(a->GetUniqueID()==0)continue;
683       printf("Updating survey for volume: %d ,layer: %d module: %d from file\n",volid,iLayer,iModule);
684       fSurveyObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule] = new AliAlignObjParams(*a);
685       fSurveyObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule]->SetUniqueID(a->GetUniqueID());
686       fSurveyObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule]->Print("");
687     }
688     delete clnarray;
689     surveyObj->Close();
690   }
691  
692   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
693     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
694       UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer+ AliGeomManager::kFirstLayer,iModule);
695       if(!fSurveyObjs[iLayer][iModule]){
696         printf("Updating survey for volume: %d ,layer: %d module: %d with default values \n",volid,iLayer,iModule);
697         fSurveyObjs[iLayer][iModule] = new AliAlignObjParams(AliGeomManager::SymName(volid),volid,0,0,0,0,0,0,kTRUE);
698         fSurveyObjs[iLayer][iModule]->SetCorrMatrix(cov);
699         fSurveyObjs[iLayer][iModule]->SetUniqueID(0);
700       }
701       
702     }
703   }
704   
705  
706   return kTRUE;
707 }
708
709
710 //______________________________________________________________________________
711 Int_t AliITSRealignTracks::CheckWithSurvey(Double_t factor,const TArrayI *volids){
712   
713   // Check the parameters of the alignment objects in volids (or of all objects if volids is null) 
714   // are into the boundaries set by the cov. matrix of the survey objs
715   // Returns the number of objects out of boudaries
716   AliAlignObj *alignObj;        
717   Int_t outofsurv=0;
718   UShort_t volid;
719   Double_t surveycov[21],transl[3],rot[3],survtransl[3],survrot[3];
720   if(volids==0x0){
721     for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
722       for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++){
723         volid=AliGeomManager::LayerToVolUIDSafe(iLayer+AliGeomManager::kFirstLayer,iModule);
724         alignObj=GetAlignObj(volid);
725         alignObj->GetPars(transl,rot);
726         fSurveyObjs[iLayer][iModule]->GetCovMatrix(surveycov);
727         fSurveyObjs[iLayer][iModule]->GetPars(survtransl,survrot);
728         if(TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[0]))*factor<TMath::Abs(transl[0]-survtransl[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[2]))*factor<TMath::Abs(transl[1]-survtransl[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[5]))*factor<TMath::Abs(transl[2]-survtransl[2])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[9]))*factor<TMath::Abs(rot[0]-survrot[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[14]))*factor<TMath::Abs(rot[1]-survrot[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[20]))*factor<TMath::Abs(rot[2]-survrot[2])){
729           printf("Results for module %d out of Survey: reinitializing it from survey \n",volid);
730           //      *alignObj = *alignObjSurv;
731           alignObj->SetPars(survtransl[0],survtransl[1],survtransl[2],survrot[0],survrot[1],survrot[2]);
732           alignObj->SetUniqueID(0);
733           if(fUpdateCov)alignObj->SetCorrMatrix(surveycov);
734           outofsurv++;
735         }
736       }
737     }
738   }
739   else{
740     Int_t iLayer;
741     Int_t iModule;
742     for(Int_t j=0;j<volids->GetSize();j++){
743       volid=volids->At(j);
744       alignObj=GetAlignObj(volid);
745       alignObj->GetPars(transl,rot);
746       iLayer=(Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayerSafe(volid,iModule)-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer;
747       fSurveyObjs[iLayer][iModule]->GetCovMatrix(surveycov);
748       fSurveyObjs[iLayer][iModule]->GetPars(survtransl,survrot);
749       if(TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[0]))*factor<TMath::Abs(transl[0]-survtransl[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[2]))*factor<TMath::Abs(transl[1]-survtransl[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[5]))*factor<TMath::Abs(transl[2]-survtransl[2])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[9]))*factor<TMath::Abs(rot[0]-survrot[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[14]))*factor<TMath::Abs(rot[1]-survrot[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[20]))*factor<TMath::Abs(rot[2]-survrot[2])){
750         printf("Results for module %d out of Survey: reinitializing it from survey \n",volid);
751         //        *alignObj = *alignObjSurv;
752         alignObj->SetPars(survtransl[0],survtransl[1],survtransl[2],survrot[0],survrot[1],survrot[2]);
753         alignObj->SetUniqueID(0);
754         if(fUpdateCov)alignObj->SetCorrMatrix(surveycov);
755         outofsurv++;
756       }
757     }
758   }  
759   return outofsurv;
760 }  
761
762 //___________________________________________________________________
763
764 void AliITSRealignTracks::ResetAlignObjs(Bool_t all,TArrayI *volids)
765 {
766   // Reset the alignment objects in volids or all if all=kTRUE
767   if(all){
768     for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
769       for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++)
770         fAlignObjs[iLayer][iModule]->SetPars(0,0,0,0,0,0);
771     }
772   }
773   else{
774     Int_t layer;
775     Int_t mod;
776     for(Int_t j=0;j<volids->GetSize();j++){
777       layer=(Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayer(volids->At(j),mod)-(Int_t)AliGeomManager::kFirstLayer;
778       fAlignObjs[layer][mod]->SetPars(0,0,0,0,0,0);
779     }
780   }
781 }
782
783 //______________________________________________-
784 void AliITSRealignTracks::DeleteSurveyObjs()
785 {//destructor for the survey objs. array
786
787   if(!fSurveyObjs)return;
788   // Delete the alignment objects array
789   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
790     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++){
791       if (fSurveyObjs[iLayer][iModule]) delete fSurveyObjs[iLayer][iModule];
792     }
793     
794     if(fSurveyObjs[iLayer])delete [] fSurveyObjs[iLayer];
795   }
796     
797   delete [] fSurveyObjs;
798   fSurveyObjs = 0;
799 }
800
801
802 //______________________________________________________________________________
803 Bool_t AliITSRealignTracks::ReadAlignObjs(const char *alignObjFileName, const char* arrayName){
804
805   // Read alignment object from a file: update the alignobj already present with the one in the file
806   // To be replaced by a call to CDB
807   
808   if(gSystem->AccessPathName(alignObjFileName,kFileExists)){
809     printf("Wrong AlignObjs File Name \n");
810     return kFALSE;
811   } 
812
813   TFile *fRealign=TFile::Open(alignObjFileName);
814   if (!fRealign || !fRealign->IsOpen()) {
815     AliError(Form("Could not open Align Obj File file %s !",alignObjFileName));
816     return kFALSE;
817   }  
818   printf("Getting TClonesArray \n");
819   TClonesArray *clnarray=(TClonesArray*)fRealign->Get(arrayName);
820   Int_t size=clnarray->GetSize();
821   UShort_t volid;
822
823   for(Int_t ivol=0;ivol<size;ivol++){
824     AliAlignObjParams *a=(AliAlignObjParams*)clnarray->At(ivol);
825     volid=a->GetVolUID();
826     Int_t iModule;
827     AliGeomManager::ELayerID iLayer = AliGeomManager::VolUIDToLayer(volid,iModule);
828     if(iLayer<AliGeomManager::kFirstLayer||iLayer>AliGeomManager::kSSD2)continue;
829     printf("Updating volume: %d ,layer: %d module: %d \n",volid,iLayer,iModule);
830     *fAlignObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule] *= *a;
831   }
832  
833   delete clnarray;
834   fRealign->Close();
835   return kTRUE;
836 }
837
838 //_________________________________________
839 Bool_t AliITSRealignTracks::FirstAlignmentLayers(const Bool_t *layers,Int_t minNtracks,Int_t iterations,Bool_t fitall,const TArrayI *volidsSet){
840
841   //Align all modules in the set of layers independently according to a sequence based on the number of tracks passing through a given module
842   
843   BuildIndex();
844   TString name="DrawFirstAlignment_Layers";
845   UShort_t voluid;
846   Int_t **lastIndex;
847   Int_t laymax = 0;
848   Int_t modmax = 0;
849   Int_t maxntr=0,nMod=0,modAligned=0,size=0;
850   for(Int_t i=0;i<6;i++){
851     if(layers[i]==1){
852       size+=AliGeomManager::LayerSize(i+AliGeomManager::kFirstLayer);
853       name+=i+1;
854     }
855   }
856
857   TArrayI *volFit=new TArrayI(size);
858   TArrayI *volFit2=new TArrayI(size-1);
859   TArrayI *sequence=new TArrayI(size);
860   TArrayI *volIn=new TArrayI(1);
861   
862   // Initialize the index arrays
863   Int_t nLayers = AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer;
864   lastIndex = new Int_t*[nLayers];
865   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
866     lastIndex[iLayer] = new Int_t[AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer)];
867     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
868       lastIndex[iLayer][iModule] =  fLastIndex[iLayer][iModule];
869       if(iLayer<=(AliGeomManager::kSSD2-AliGeomManager::kFirstLayer)&&layers[iLayer]==1){
870         volFit->AddAt(AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer+AliGeomManager::kFirstLayer,iModule),maxntr);
871         maxntr++;
872       }
873     }
874   }
875   Int_t found=0;
876   maxntr=minNtracks+1;
877   while (maxntr>minNtracks){
878     maxntr=minNtracks;
879     for (Int_t iLayer = 0; iLayer <= (AliGeomManager::kSSD2 - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
880       if(layers[iLayer]==0)continue;
881       for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
882         if(lastIndex[iLayer][iModule]>maxntr){
883           maxntr=lastIndex[iLayer][iModule];
884           laymax=iLayer;
885           modmax=iModule;
886         }
887       }
888     }
889     if(maxntr>minNtracks){
890       voluid=AliGeomManager::LayerToVolUID(laymax+AliGeomManager::kFirstLayer,modmax);
891       sequence->AddAt(voluid,nMod);
892       lastIndex[laymax][modmax]=0;
893       nMod++;
894     }
895   }
896
897   sequence->Set(nMod);
898
899   // Int_t imod;
900   for(Int_t iter=0;iter<iterations;iter++){
901     if(iter>0&&fDraw)UpdateDraw(sequence,iter,iter);
902     modAligned=0;
903     for(Int_t k=0;k<nMod;k++){
904       TArrayI *volFit3;
905       voluid=sequence->At(k);
906       //      ilayer=AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid,imod);
907       volIn->AddAt(voluid,0);
908       found=0;
909       if(!fitall){
910         for(Int_t j=0;j<nMod;j++){
911           if(j==k){
912             found=1;
913             continue;
914           }
915           else volFit2->AddAt(sequence->At(j),j-found);
916         }
917         volFit2->Set(nMod-1);
918       }
919       else{
920         for(Int_t j=0;j<volFit->GetSize();j++){
921           if(volFit->At(j)!=volIn->At(0))volFit2->AddAt(volFit->At(j),j-found);
922           else found=1;
923         }
924       }
925       
926       if(volidsSet){
927         volFit3=IntersectVolArray(volidsSet,volFit2);
928       }
929       else volFit3=new TArrayI(*volFit2);
930       
931       
932       if(AlignVolumesITS(volIn,volFit3,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kTPC1,2))modAligned++;
933       delete volFit3;
934     
935     }
936   }
937   Int_t noutofsurv=CheckWithSurvey(2.,sequence);
938   printf("%d modules into the sequence \n %d modules re-aligned \n %d modules moved far away from survey (-> reset) \n",nMod,modAligned,noutofsurv);
939   name.Append("_iter");
940   name+=iterations;
941   name.Append(".root");
942   if(fDraw)WriteHists(name.Data());
943   delete volFit;
944   delete volFit2;
945   delete sequence;
946   for(Int_t m=0;m<nLayers;m++){
947     delete [] lastIndex[m];
948   }
949   delete [] lastIndex;
950   return kTRUE;
951   
952 }
953
954 //__________________________________________
955 Bool_t AliITSRealignTracks::FirstAlignmentSPD(Int_t minNtracks,Int_t iterations,Bool_t fitall,const TArrayI *volidsSet){
956
957   //OBSOLETE METHOD: perform a stand-alone realignment of the SPD modules
958   //                 based on a sequence constructed accordingly to the number of tracks
959   //                 passing through each module
960   
961   BuildIndex();
962    
963   UShort_t voluid;
964   Int_t **lastIndex;
965   Int_t laymax = 0;
966   Int_t modmax = 0;
967   Int_t maxntr=0,nMod=0,modAligned=0;
968   TArrayI *volFit=new TArrayI(AliGeomManager::LayerSize(1)+AliGeomManager::LayerSize(2));
969   TArrayI *volFit2=new TArrayI(AliGeomManager::LayerSize(1)+AliGeomManager::LayerSize(2)-1);
970   TArrayI *sequence=new TArrayI(AliGeomManager::LayerSize(1)+AliGeomManager::LayerSize(2));
971   TArrayI *volIn=new TArrayI(1);
972  
973   // Initialize the index arrays
974   Int_t nLayers = AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer;
975   lastIndex = new Int_t*[nLayers];
976   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
977     lastIndex[iLayer] = new Int_t[AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer)];
978     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
979       lastIndex[iLayer][iModule] =  fLastIndex[iLayer][iModule];
980       if(iLayer+AliGeomManager::kFirstLayer<=AliGeomManager::kSPD2){
981         volFit->AddAt(AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer+AliGeomManager::kFirstLayer,iModule),maxntr);
982         maxntr++;
983       }
984     }
985   }
986   Int_t found=0;
987   maxntr=minNtracks+1;
988   while (maxntr>minNtracks){
989     maxntr=minNtracks;
990     for (Int_t iLayer = 0; iLayer <= (AliGeomManager::kSPD2 - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
991       for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
992         if(lastIndex[iLayer][iModule]>maxntr){
993           laymax=iLayer;
994           modmax=iModule;
995           maxntr=lastIndex[iLayer][iModule];
996         }
997       }
998     }
999     if(maxntr>minNtracks){
1000       voluid=AliGeomManager::LayerToVolUID(laymax+AliGeomManager::kFirstLayer,modmax);
1001       sequence->AddAt(voluid,nMod);
1002       lastIndex[laymax][modmax]=0;
1003       nMod++;
1004       volIn->AddAt(voluid,0);
1005     }
1006   }
1007   sequence->Set(nMod);
1008   
1009   for(Int_t iter=0;iter<iterations;iter++){ 
1010     modAligned=0;
1011     for(Int_t k=0;k<nMod;k++){
1012       TArrayI *volFit3;
1013       voluid=sequence->At(k);
1014       //      ilayer=AliGeomManager::VolUIDToLayer(voluid,imod);
1015       volIn->AddAt(voluid,0);
1016       found=0;
1017       if(!fitall){
1018         for(Int_t j=0;j<nMod;j++){
1019           if(j==k){
1020             found=1;
1021             continue;
1022           }
1023           else volFit2->AddAt(sequence->At(j),j-found);
1024         }
1025         volFit2->Set(nMod-1);
1026       }
1027       else{
1028         for(Int_t j=0;j<volFit->GetSize();j++){
1029           if(volFit->At(j)!=volIn->At(0))volFit2->AddAt(volFit->At(j),j-found);
1030           else found=1;
1031         }
1032       }
1033       
1034       if(volidsSet){
1035         volFit3=IntersectVolArray(volidsSet,volFit2);
1036       }
1037       else volFit3=new TArrayI(*volFit2);
1038       
1039       
1040       if(AlignVolumesITS(volIn,volFit3,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSDD1,2))modAligned++;
1041       delete volFit3;
1042       //      if(volidsSet)delete volFit3;
1043     }
1044   }
1045   Int_t noutofsurv=CheckWithSurvey(2.,sequence);
1046   printf("%d modules into the sequence \n %d modules re-aligned \n %d modules moved far away from survey (-> reset) \n",nMod,modAligned,noutofsurv);
1047   delete volFit;
1048   delete volFit2;
1049   delete sequence;
1050   for(Int_t m=0;m<nLayers;m++){
1051     delete [] lastIndex[m];
1052   }
1053   delete [] lastIndex;
1054
1055   return kTRUE;
1056 }
1057
1058
1059 //__________________________________
1060 Bool_t AliITSRealignTracks::SPDmodulesAlignToSSD(Int_t minNtracks,Int_t iterations){
1061   //Align each SPD module with at least minNtracks passing through it with respect to SSD
1062   //The selection based on the minimum number of tracks is a fast one:
1063   // the number considere here doesn't coincide with the tracks effectively used then in the
1064   // minimization, it's just the total number of tracks in the sample passing through the module
1065   // The procedure is iterated "iterations" times
1066   Int_t volSSD[6]={0,0,0,0,1,1};
1067   TArrayI *volOuter=GetLayersVolUID(volSSD);
1068   TArrayI *voluid=new TArrayI(1);
1069   for(Int_t iter=0;iter<iterations;iter++){
1070     //SPD1
1071     for(Int_t imod=0;imod<AliGeomManager::LayerSize(AliGeomManager::kSPD1);imod++){    if(GetLastIndex(AliGeomManager::kSPD1-AliGeomManager::kFirstLayer,imod)<minNtracks){
1072       printf("Not enough tracks for module: lay %d mod %d \n",1,imod );
1073       continue;
1074     }
1075     voluid->AddAt(AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kSPD1,imod),0);
1076     AlignVolumesITS(voluid,volOuter,AliGeomManager::kSSD1,AliGeomManager::kSSD2,2);  
1077     }
1078     //SPD2
1079     for(Int_t imod=0;imod<AliGeomManager::LayerSize(AliGeomManager::kSPD2);imod++){ 
1080       if(GetLastIndex(AliGeomManager::kSPD2-AliGeomManager::kFirstLayer,imod)<minNtracks){
1081         printf("Not enough tracks for module: lay %d mod %d \n",2,imod );
1082         continue;
1083       }
1084       voluid->AddAt(AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kSPD2,imod),0);
1085       AlignVolumesITS(voluid,volOuter,AliGeomManager::kSSD1,AliGeomManager::kSSD2,2);  
1086     }
1087   }
1088   return kTRUE;
1089 }
1090
1091 //______________________________________________________________________________
1092 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignVolumesITS(const TArrayI *volids, const TArrayI *volidsfit,
1093                                      AliGeomManager::ELayerID layerRangeMin,
1094                                      AliGeomManager::ELayerID layerRangeMax,
1095                                      Int_t iterations){
1096   
1097   // Align a set of detector volumes.
1098   // Tracks are fitted only within
1099   // the range defined by the user
1100   // (by layerRangeMin and layerRangeMax)
1101   // or within the set of volidsfit
1102   // Repeat the procedure 'iterations' times
1103
1104   Int_t nVolIds = volids->GetSize();
1105   if (nVolIds == 0) {
1106     AliError("Volume IDs array is empty!");
1107     return kFALSE;
1108   }
1109   Bool_t correlated=kFALSE;
1110   Double_t surveycov[21],transl[3],rot[3],survtransl[3],survrot[3];
1111   Double_t frac;
1112
1113   TGeoHMatrix hM;
1114   Double_t smearing,rotorig[9],normplanevect[3]={0.,0.,0.},normplanevect2[3]={0.,0.,0.};  
1115   Double_t *deltarot;
1116   TMatrixDSym covmatrx(6);
1117   AliAlignObj *modAlign;
1118
1119   // Load only the tracks with at least one
1120   // space point in the set of volume (volids)
1121   BuildIndex();
1122   AliTrackPointArray **points;
1123   Bool_t failed=kFALSE;
1124   Int_t pointsdim=0,skipped=0;
1125   // Start the iterations
1126   while (iterations > 0){
1127     normplanevect2[0]=0.;
1128     normplanevect2[1]=0.;
1129     normplanevect2[2]=0.;
1130     if(fLimitCorr>0.){
1131       ResetCorrModules();
1132       skipped=0;
1133     }
1134     Int_t nArrays = LoadPoints(volids, points,pointsdim);
1135     
1136     if (nArrays < fmintracks||nArrays<=0){
1137       failed=kTRUE;
1138       printf("Not enough tracks to try minimization: volUID %d and following in volids \n", volids->At(0));
1139       UnloadPoints(pointsdim, points);
1140       break;
1141     }
1142     frac=1./(Double_t)nArrays;
1143     AliTrackResiduals *minimizer = CreateMinimizer();
1144     minimizer->SetNTracks(nArrays);
1145     minimizer->InitAlignObj();
1146     AliTrackFitter *fitter = CreateFitter();
1147
1148     //Here prepare to set the plane for GetPCArot
1149                                                        //    if(volids->GetSize()==1){//TEMPORARY: to be improved
1150     AliGeomManager::GetOrigRotation(volids->At(0),rotorig);
1151     if((Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayer(volids->At(0))==1){//TEMPORARY: to be improved  
1152       normplanevect[0]=-rotorig[1];
1153       normplanevect[1]=-rotorig[4];
1154       normplanevect[2]=0.;
1155     }
1156     else{
1157           normplanevect[0]=rotorig[1];
1158           normplanevect[1]=rotorig[4];
1159           normplanevect[2]=0.;
1160     }
1161     
1162     //    phiglob=TMath::ATan2(normplanevect[1],normplanevect[0]);
1163     
1164     modAlign=GetAlignObj(volids->At(0));
1165     modAlign->GetMatrix(hM);
1166     deltarot=hM.GetRotationMatrix();
1167     for(Int_t j=0;j<3;j++){
1168       for(Int_t i=0;i<3;i++){
1169         normplanevect2[j]+=deltarot[j*3+i]*normplanevect[i];
1170       }
1171       // printf("Here the difference: norm1[%d]=%f  norm2[%d]=%f \n",j,normplanevect[j],j,normplanevect2[j]);
1172     }
1173     
1174     if(fVarySigmaY){
1175       if(modAlign->GetUniqueID()==0)smearing=fsigmaY;
1176       else{
1177         modAlign->GetCovMatrix(covmatrx);
1178         smearing=5.*5.*(covmatrx(0,0)+covmatrx(1,1)+covmatrx(2,2)+10.*10.*covmatrx(3,3)+10.*10.*covmatrx(4,4)+10.*10.*covmatrx(5,5))/6.; 
1179         //This is a sort of average: the trace with the variances of the angles 
1180         //weighted with 10 cm divided per 6 and the result multiplied per 25 
1181         // (the sqrt would be 5 times a sort of "mean sigma" )
1182         //       
1183           }
1184     }
1185     else smearing=fsigmaY;
1186     printf("This is the sigmaY value: %f \n",smearing);
1187     // the plane will be set into the loop on tracks
1188     
1189
1190     for (Int_t iArray = 0; iArray < nArrays; iArray++) {
1191       if (!points[iArray]) continue;
1192       points[iArray]->Sort(kTRUE);
1193       fitter->SetTrackPointArray(points[iArray], kFALSE);
1194       // printf("Here normplane vect: %f \n",normplanevect2[1]); //TO BE REPLACED BY      fitter->SetNormPlaneVect(normplanevect2);
1195       if (fitter->Fit(volids,volidsfit,layerRangeMin,layerRangeMax) == kFALSE) continue;
1196       
1197        if(fLimitCorr>0.){
1198         correlated=kFALSE;
1199         AliTrackPoint p;
1200         Int_t layer,module;
1201         TArrayI *volparray=new TArrayI(points[iArray]->GetNPoints());
1202         for(Int_t point=0;point<points[iArray]->GetNPoints();point++){
1203           points[iArray]->GetPoint(p,point);
1204           volparray->AddAt(p.GetVolumeID(),point);
1205         }
1206         TArrayI *volpArray=ExcludeVolidsFromVolidsArray(volids,volparray);
1207         for(Int_t point=0;point<volpArray->GetSize();point++){
1208           layer=(Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayerSafe(volpArray->At(point),module);  
1209           if(fCorrModules[layer-AliGeomManager::kFirstLayer][module]>fLimitCorr){
1210             correlated=kTRUE;
1211             //      printf("volid %d, iarray = %d : skipping %d for Volume: %d \n",volids->At(0),iArray,skipped,volpArray->At(point));
1212             skipped++;
1213             break;
1214           }
1215         }
1216         if(!correlated){
1217           for(Int_t point=0;point<volpArray->GetSize();point++){
1218             layer=(Int_t)AliGeomManager::VolUIDToLayerSafe(volpArray->At(point),module);  
1219             //printf("Number of common tracks: %d \n",fCorrModules[layer-AliGeomManager::kFirstLayer][module]);
1220             fCorrModules[layer-AliGeomManager::kFirstLayer][module]+=frac;
1221             delete volparray;
1222             delete volpArray;
1223           }
1224         }
1225         else { 
1226           delete volparray;
1227           delete volpArray;
1228           continue;
1229         }
1230        }
1231        
1232       AliTrackPointArray *pVolId,*pTrack;
1233       fitter->GetTrackResiduals(pVolId,pTrack);
1234       minimizer->AddTrackPointArrays(pVolId,pTrack);
1235     }
1236     
1237     printf("Number of tracks considered: %d \n",nArrays);
1238     frac=(Double_t)skipped/(Double_t)nArrays;
1239     printf("Number of tracks skipped cause of correlation: %d (fraction: %f )\n",skipped,frac);
1240     
1241     Int_t ntracks=minimizer->GetNFilledTracks();
1242     frac=(Double_t)ntracks/(Double_t)nArrays;
1243     printf("Number of tracks into the minimizer: %d (fraction: %f )\n",ntracks,frac);
1244     if(ntracks<=fmintracks){
1245       printf("Not enough good tracks found: could not find parameter for volume %d (and following in volids)\n",volids->At(0));
1246       UnloadPoints(pointsdim, points);
1247       failed=kTRUE;
1248       break;
1249     }
1250     
1251     failed=(!minimizer->Minimize());
1252     
1253     // Update the alignment object(s)
1254     if (fDoUpdate) for (Int_t iVolId = 0; iVolId < nVolIds; iVolId++) {
1255       UShort_t volid = (*volids)[iVolId];
1256       if(!failed){
1257         Int_t iModule;
1258         AliGeomManager::ELayerID iLayer = AliGeomManager::VolUIDToLayer(volid,iModule);
1259         AliAlignObj *alignObj = fAlignObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule];  
1260
1261         //Check the last minimization is not too large
1262         minimizer->GetAlignObj()->GetPars(transl,rot);     
1263         fSurveyObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule]->GetCovMatrix(surveycov);
1264         fSurveyObjs[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer][iModule]->GetPars(survtransl,survrot);
1265         if(TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[0]))*2<TMath::Abs(transl[0]-survtransl[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[2]))*2<TMath::Abs(transl[1]-survtransl[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[5]))*2<TMath::Abs(transl[2]-survtransl[2])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[9]))*2<TMath::Abs(rot[0]-survrot[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[14]))*2<TMath::Abs(rot[1]-survrot[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[20]))*2<TMath::Abs(rot[2]-survrot[2])){
1266           printf("Results for module %d too large: can't update them \n",volid);
1267           alignObj->SetUniqueID(2);
1268           if(iterations==1){
1269             failed=kTRUE;
1270           }
1271         }
1272         else{
1273           if(fUpdateCov){
1274             *alignObj *= *minimizer->GetAlignObj();
1275             alignObj->SetUniqueID(1);
1276           }
1277           else{
1278             alignObj->GetCovMatrix(covmatrx);
1279             *alignObj *= *minimizer->GetAlignObj();
1280             alignObj->SetCorrMatrix(covmatrx);
1281             alignObj->SetUniqueID(1);
1282           }
1283           
1284           /*alignObj->GetPars(transl,rot);
1285           
1286           if(TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[0]))*20<TMath::Abs(transl[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[2]))*20<TMath::Abs(transl[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[5]))*20<TMath::Abs(transl[2])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[9]))*20<TMath::Abs(rot[0])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[14]))*20<TMath::Abs(rot[1])||TMath::Sqrt(TMath::Abs(surveycov[20]))*20<TMath::Abs(rot[2])){
1287           printf("Results for module %d out of Survey: reinitializing it from survey \n",volid);
1288             //    *alignObj = *alignObjSurv;
1289             alignObj->SetPars(0.,0.,0.,0.,0.,0.);
1290             alignObj->SetUniqueID(0);
1291             if(fUpdateCov)alignObj->SetCorrMatrix(surveycov);
1292             if(iterations==1){
1293             failed=kTRUE;
1294             }
1295             }*/
1296         }
1297         if(iterations==1)alignObj->Print("");
1298       }
1299       else {
1300         printf("Minimization failed: cannot update AlignObj for volume: %d \n",volid);
1301       }
1302     }
1303     UnloadPoints(pointsdim,points);
1304     if(failed)break;
1305     minimizer->InitAlignObj();
1306     iterations--;
1307   }
1308   
1309   printf("\n \n");
1310
1311   return (!failed);
1312 }
1313
1314
1315
1316 //______________________________________________
1317 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDBarrel(Int_t iterations){
1318   //Align the SPD barrel "iterations" times
1319   
1320   Int_t size=0,size2=0;
1321   Int_t layers[6]={1,1,0,0,0,0};
1322   for(Int_t k=1;k<=2;k++){
1323     size+=AliGeomManager::LayerSize(k);
1324   }
1325   for(Int_t k=3;k<=6;k++){
1326     size2+=AliGeomManager::LayerSize(k);
1327     printf("size: %d \n",size2);
1328   }
1329   
1330   printf("Aligning SPDBarrel: nmodules: %d \n",size);  
1331   printf("Fitting modules: %d \n",size2);
1332
1333   TArrayI *volIDs=GetLayersVolUID(layers);
1334   layers[0]=0;
1335   layers[1]=0;
1336   layers[2]=1;
1337   layers[3]=1;
1338   layers[4]=1;
1339   layers[5]=1;
1340   TArrayI *volIDsFit=GetLayersVolUID(layers);   
1341
1342   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSDD1,AliGeomManager::kTPC1,iterations);
1343   
1344   return kTRUE; 
1345 }
1346
1347 //______________________
1348 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDHalfBarrel(Int_t method,Int_t iterations){
1349   //Align a SPD Half barrel "iterations" times
1350   //method 0 : align SPDHalfBarrel Up without using the points on SPD Half Barrel down in the fits (only outer layers)
1351   //method 1 : align SPDHalfBarrel Down without using the points on SPD Half Barrel up in the fits (only outer layers)
1352   //method 10 : align SPDHalfBarrel Up using also the points on SPD Half Barrel down in the fits (and points on outer layers)
1353   //method 11 : align SPDHalfBarrel Down using also the points on SPD Half Barrel up in the fits (and points on outer layers)
1354
1355   Int_t size=0,size2=0;
1356   Int_t layers[6]={0,0,1,1,1,1};
1357   Int_t sectorsUp[10]={1,1,1,1,1,0,0,0,0,0}; 
1358   Int_t sectorsDown[10]={0,0,0,0,0,1,1,1,1,1}; 
1359   
1360   TString updownstr;
1361   if(method==0)updownstr="UpNoDown";
1362   else if (method==1)updownstr="DownNoUp";
1363   else if (method==10)updownstr="UpWithDown";
1364   else if (method==11)updownstr="DownWithUp";
1365   else {
1366     AliWarning("Wrong AlignSPDHalfBarrel method selected ");
1367     return kFALSE;
1368   }
1369   
1370   for(Int_t i=1;i<=2;i++){
1371     size+=AliGeomManager::LayerSize(i);
1372   }
1373   
1374   for(Int_t i=3;i<=6;i++){
1375     size2+=AliGeomManager::LayerSize(i);
1376   }
1377   
1378   size=size/2;
1379   if(method==10||method==11)size2+=size;
1380   
1381   printf("Aligning  SPDHalfBarrel %s: nmodules: %d \n",updownstr.Data(),size);
1382   printf("Fitting modules: %d \n",size2);
1383   TArrayI *volIDsFit2;
1384   TArrayI *volids = NULL;
1385   TArrayI *volIDsFit=GetLayersVolUID(layers);
1386   if(method==0||method==10)volids=GetSPDSectorsVolids(sectorsUp);
1387   if(method==1||method==11)volids=GetSPDSectorsVolids(sectorsDown);
1388
1389   if(method==10)volIDsFit2=JoinVolArrays(GetSPDSectorsVolids(sectorsDown),volIDsFit);
1390   else if(method==11)volIDsFit2=JoinVolArrays(GetSPDSectorsVolids(sectorsUp),volIDsFit);
1391   else volIDsFit2=volIDsFit;
1392   
1393   AlignVolumesITS(volids,volIDsFit2,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2,iterations);
1394   
1395   return kTRUE; 
1396 }
1397
1398
1399 //______________________________________________________
1400 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignLayer(Int_t layer,Int_t iterations){
1401   //Align the layer "layer" iterations times
1402
1403   Int_t size=0,size2=0;
1404   Int_t layers[6]={0,0,0,0,0,0};
1405   layers[layer-1]=1;
1406   TString layerstr[6]={"SPD1","SPD2","SDD1","SDD2","SSD1","SSD2"};
1407   for(Int_t k=1;k<=6;k++){
1408     if(k!=layer)size2+=AliGeomManager::LayerSize(k);
1409   }
1410   size=AliGeomManager::LayerSize(layer);
1411   
1412   printf("Aligning layer %s, nmodules %d ,fitted modules %d \n",layerstr[layer-1].Data(),size,size2);
1413   
1414   
1415   TArrayI *volIDs=GetLayersVolUID(layers);
1416   layers[0]=1;
1417   layers[1]=1;
1418   layers[2]=1;
1419   layers[3]=1;
1420   layers[4]=1;
1421   layers[5]=1;
1422   layers[layer]=0;
1423   TArrayI *volIDsFit=GetLayersVolUID(layers);   
1424   
1425   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSDD1,AliGeomManager::kSSD2,iterations);
1426   
1427   return kTRUE; 
1428 }
1429
1430 //___________________________________________
1431
1432 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignLayersToLayers(const Int_t *layer,Int_t iterations){
1433
1434   //Align the set of layers A with respect to the set of layers B iterations time.
1435   //The two sets A and B are defined into *layer==layer[6] the following way:
1436   //   layer[i]=0 the layer is skipped both in the fits than in the minimization
1437   //   layer[i]=1 the layer is skipped in the fits and considered in the minimization
1438   //   layer[i]=2 the layer is considered in the fits and skipped in the minimization
1439   //   layer[i]=3 the layer is considered both in the fits and in the minimization
1440   
1441   UShort_t volid;
1442   Int_t size=0,size2=0,j=0,k=0;
1443   Int_t iLayer;
1444   TString layerstr[6]={"SPD1","SPD2","SDD1","SDD2","SSD1","SSD2"};
1445   TString command="",str;
1446   for(Int_t i=1;i<=6;i++){
1447     if(layer[i-1]==1||layer[i-1]==3){
1448       size+=AliGeomManager::LayerSize(i);
1449       command.Append(" ");
1450       command.Append(layerstr[i-1]);
1451     }
1452     if(layer[i-1]==2||layer[i-1]==3){
1453       size2+=AliGeomManager::LayerSize(i);
1454       str.Append(" ");
1455       str.Append(layerstr[i-1]);
1456     }
1457   }
1458   
1459   printf("Aligning layers %s To layers %s, nmodules %d ,fitted modules %d \n",command.Data(),str.Data(),size,size2);
1460   
1461   
1462   TArrayI volIDs(size);
1463   TArrayI volIDsFit(size2);   
1464   
1465   for (iLayer=(Int_t)AliGeomManager::kSPD1;iLayer<(Int_t)AliGeomManager::kTPC1;iLayer++){
1466     if(layer[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer]==0)continue;
1467     if(layer[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer]==1){
1468       for (Int_t iModule2=0;iModule2<AliGeomManager::LayerSize(iLayer);iModule2++){
1469         volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2);
1470         volIDs.AddAt(volid,j);
1471         j++;
1472       }
1473     }
1474     else if(layer[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer]==2){
1475       for (Int_t iModule2=0;iModule2<AliGeomManager::LayerSize(iLayer);iModule2++){
1476         volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2);
1477         volIDsFit.AddAt(volid,k);
1478         k++;
1479       }
1480     }
1481     else if(layer[iLayer-AliGeomManager::kFirstLayer]==3){
1482       for (Int_t iModule2=0;iModule2<AliGeomManager::LayerSize(iLayer);iModule2++){
1483         volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer,iModule2);
1484         volIDs.AddAt(volid,j);
1485         j++;
1486         volIDsFit.AddAt(volid,k);
1487         k++;
1488       }
1489     }
1490   }
1491   
1492   AlignVolumesITS(&volIDs,&volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2,iterations);
1493    
1494   return kTRUE; 
1495 }
1496
1497 //______________________________________________
1498
1499 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDSectorToOuterLayers(Int_t sector,Int_t iterations){
1500   //Align the SPD sector "sector" with respect to outer layers iterations times
1501
1502   
1503   Int_t layers[6]={0,0,1,1,1,1};
1504   Bool_t spd=kFALSE;
1505   Int_t sectorsIN[10]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
1506   Int_t sectorsFit[10]={1,1,1,1,1,1,1,1,1,1};
1507   
1508   if(sector<0){
1509     sector=-sector;
1510     spd=kTRUE;
1511   }
1512   sectorsIN[sector]=1;
1513   sectorsFit[sector]=0;
1514   TArrayI *volIDs=GetSPDSectorsVolids(sectorsIN);
1515   TArrayI *volIDsFit;
1516   if(spd){
1517     volIDsFit=JoinVolArrays(GetSPDSectorsVolids(sectorsFit),GetLayersVolUID(layers));
1518   }
1519   else volIDsFit=GetLayersVolUID(layers);
1520   
1521   printf("Aligning SPD sector %d: nmodules: %d \n",sector,volIDs->GetSize());  
1522   printf("Fitting modules: %d \n",volIDsFit->GetSize());
1523   
1524   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSPD2,iterations);
1525   
1526   return kTRUE; 
1527 }
1528
1529 //______________________________________________
1530 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDSectorWithSectors(Int_t sector,Int_t iterations){
1531   //Align the SPD sector "sector" with respect to the other SPD sectors iterations times
1532
1533   Int_t sectorsIN[10]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
1534   Int_t sectorsFit[10]={1,1,1,1,1,1,1,1,1,1};
1535
1536   sectorsIN[sector]=1;
1537   sectorsFit[sector]=0;
1538   TArrayI *volIDs=GetSPDSectorsVolids(sectorsIN);
1539   TArrayI *volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsFit);;   
1540   
1541   printf("Aligning SPD sector %d: nmodules: %d \n",sector,volIDs->GetSize());  
1542   printf("Fitting modules: %d \n",volIDsFit->GetSize());
1543  
1544
1545   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSDD1,iterations);
1546   
1547   return kTRUE; 
1548 }
1549
1550
1551
1552 //___________________________________________________
1553 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDSectorsWithSectors(const Int_t *sectorsIN,const Int_t *sectorsFit,Int_t iterations){
1554   //Align SPD sectors defined in "sectorsIN" with respect to 
1555   //SPD sectors defined in "sectorsFit" iterations time
1556
1557   TArrayI *volIDs=GetSPDSectorsVolids(sectorsIN);
1558   TArrayI *volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsFit);;   
1559   
1560   printf("Aligning SPD sectors: modules: %d \n",volIDs->GetSize());  
1561   printf("Fitting modules: %d \n",volIDsFit->GetSize());
1562   
1563   
1564   
1565   return AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSDD1,iterations);; 
1566 }
1567
1568 //___________________________________________________
1569 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDStaves(const Int_t *staves,const Int_t *sectorsIN,const Int_t *sectorsFit,Int_t iterations){
1570   //Align SPD staves defined by staves and sectorsIN with respect to sectorsFit volumes iterations times
1571
1572   TArrayI *volIDs=GetSPDStavesVolids(sectorsIN,staves);
1573   TArrayI *volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsFit);   
1574   
1575   if(volIDs->GetSize()==0){
1576     printf("EMPTY ARRAY !! \n");
1577     return kFALSE;
1578   }
1579   printf("Aligning SPD staves: modules: %d \n",volIDs->GetSize());  
1580   printf("Fitting modules: %d \n",volIDsFit->GetSize());
1581
1582   TArrayI *volIDsFit2=ExcludeVolidsFromVolidsArray(volIDs,volIDsFit);
1583   return  AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit2,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD1,iterations); 
1584 }
1585
1586
1587 //___________________________________________
1588
1589 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignLayerToSPDHalfBarrel(Int_t layer,Int_t updown,Int_t iterations){
1590   //Align the layer "layer" with respect to SPD Half Barrel Up (updowon=0) 
1591   //or Down (updown=1) iterations times
1592   
1593
1594
1595   Int_t sectorsDown[10]={0,0,0,0,0,1,1,1,1,1};
1596   Int_t sectorsUp[10]={1,1,1,1,1,0,0,0,0,0};
1597   TString layerstr[6]={"SPD1","SPD2","SDD1","SDD2","SSD1","SSD2"};  
1598   TArrayI *volIDsFit;
1599   Int_t layers[6]={0,0,0,0,0,0};
1600   layers[layer-1]=1;
1601   Int_t size=AliGeomManager::LayerSize(layer);
1602   TArrayI *volIDs=GetLayersVolUID(layers);
1603
1604   if(updown==0){
1605     volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsUp);   
1606     printf("Aligning layer %s, nmodules %d ,to half barrel Up \n",layerstr[layer-1].Data(),size);
1607   }
1608   else if(updown==1){
1609     volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsDown);
1610     printf("Aligning layer %s, nmodules %d ,to half barrel Down \n",layerstr[layer-1].Data(),size);
1611   }
1612   else {
1613     printf("Wrong Half Barrel selection! \n");
1614     return kFALSE;
1615   }
1616  
1617   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2,iterations);
1618   
1619   return kTRUE; 
1620 }
1621
1622 //___________________________________________
1623
1624 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignLayerToSector(Int_t layer,Int_t sector,Int_t iterations){
1625   //Align the layer "layer" with respect to SPD sector "sector" iterations times
1626
1627   if(sector>9){
1628     printf("Wrong Sector selection! \n");
1629     return kFALSE;
1630   }
1631   Int_t sectors[10]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
1632   sectors[sector]=1;
1633   TString layerstr[6]={"SPD1","SPD2","SDD1","SDD2","SSD1","SSD2"};  
1634   TArrayI *volIDsFit;
1635   Int_t layers[6]={0,0,0,0,0,0};
1636   layers[layer-1]=1;
1637   TArrayI *volIDs=GetLayersVolUID(layers);
1638   Int_t size=AliGeomManager::LayerSize(layer); 
1639   
1640  
1641   volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectors);   
1642   printf("Aligning layer %s, nmodules %d ,to half barrel Up \n",layerstr[layer-1].Data(),size);
1643   
1644   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSSD2,iterations);
1645   
1646   return kTRUE; 
1647 }
1648
1649 //_______________________________________________
1650
1651 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDHalfBarrelToHalfBarrel(Int_t updown,Int_t iterations){
1652   //Align the SPD Half Barrel Up[Down] with respect to HB Down[Up] iterations time if
1653   //updown=0[1]
1654
1655   
1656   Int_t sectorsDown[10]={0,0,0,0,0,1,1,1,1,1};
1657   Int_t sectorsUp[10]={1,1,1,1,1,0,0,0,0,0};
1658   
1659   TArrayI *volIDsUp=GetSPDSectorsVolids(sectorsUp);
1660   TArrayI *volIDsDown=GetSPDSectorsVolids(sectorsDown);   
1661   
1662   if(updown==0){
1663     printf("Aligning SPD HalfBarrel up to half Barrel down : nmodules: %d \n",volIDsUp->GetSize());  
1664     printf("Fitting modules: %d \n",volIDsDown->GetSize());
1665     AlignVolumesITS(volIDsUp,volIDsDown,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSPD2,iterations);
1666   }
1667   else if(updown==1){
1668     printf("Aligning SPD HalfBarrel down to half Barrel Up : nmodules: %d \n",volIDsDown->GetSize());  
1669     printf("Fitting modules: %d \n",volIDsUp->GetSize()); 
1670     AlignVolumesITS(volIDsDown,volIDsUp,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSPD2,iterations);
1671   }
1672   else {
1673     printf("Wrong Half Barrel selection! \n");
1674     return kFALSE;
1675   }
1676   
1677   return kTRUE; 
1678 }
1679
1680
1681 //_______________________
1682 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPDHalfBarrelToSectorRef(Int_t sector,Int_t iterations){
1683   //Align the SPD Half Barrel Down with respect to sector "sector" iterations times
1684
1685   Int_t sectorsIN[10]={0,0,0,0,0,1,1,1,1,1};
1686   Int_t sectorsFit[10]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
1687
1688   sectorsFit[sector]=1;
1689
1690   TArrayI *volIDs=GetSPDSectorsVolids(sectorsIN);
1691   TArrayI *volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsFit);   
1692   
1693   printf("Aligning SPD HalfBarrel to sector 0 %d: nmodules: %d \n",sector,volIDs->GetSize());  
1694   printf("Fitting modules: %d \n",volIDsFit->GetSize());
1695  
1696
1697   AlignVolumesITS(volIDs,volIDsFit,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSPD2,iterations);
1698
1699  
1700   return kTRUE; 
1701 }
1702 //_________________________________________
1703 Bool_t AliITSRealignTracks::AlignSPD1SectorRef(Int_t sector,Int_t iterations){
1704   //OBSOLETE METHOD: Align the SPD1 modules of sector "sector" with respect 
1705   // to the other SPD volumes iterations times
1706
1707   Int_t sectorsIN[10]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
1708   Int_t sectorsFit[10]={1,1,1,1,1,1,1,1,1,1};
1709   sectorsIN[sector]=1;
1710   sectorsFit[sector]=0;
1711   TArrayI *volIDs=GetSPDSectorsVolids(sectorsIN);
1712   TArrayI *volIDsFit=GetSPDSectorsVolids(sectorsFit);   
1713   Int_t size=volIDs->GetSize();
1714   Int_t size2=volIDsFit->GetSize();
1715   UShort_t volID;
1716   Int_t k=0;
1717
1718   TArrayI *volIDsSPD1=new TArrayI(size-8);
1719   TArrayI *volIDsFit2=new TArrayI(size2+8);
1720   
1721   for(Int_t j=0;j<size;j++){
1722     volID=volIDs->At(j);
1723     if(AliGeomManager::VolUIDToLayer(volID)==AliGeomManager::kSPD1){
1724       volIDsSPD1->AddAt(volID,size2+k);
1725       k++;
1726     }
1727     else volIDsFit2->AddAt(volID,j-k);
1728   }
1729   
1730   
1731   for(Int_t j=0;j<size2;j++){
1732     volID=volIDsFit->At(j);
1733     volIDsFit2->AddAt(volID,size-k+j);
1734   }
1735   
1736   printf("Aligning SPD Sector %d: nmodules: %d \n",sector,volIDsSPD1->GetSize());  
1737   printf("Fitting modules: %d \n",volIDsFit2->GetSize());
1738   
1739   AlignVolumesITS(volIDsSPD1,volIDsFit2,AliGeomManager::kSPD1,AliGeomManager::kSPD2,iterations);
1740   
1741   return kTRUE; 
1742 }
1743
1744 //_____________________________________________
1745
1746 AliAlignObjParams* AliITSRealignTracks::MediateAlignObj(const TArrayI *volIDs,Int_t lastVolid){
1747   //TEMPORARY METHOD: perform an average of the values of the parameters of the AlignObjs 
1748   // defined by the array volIDs up to lastVolid position in this array
1749   //The aim of such a method is to look for collective movement of a given set of modules
1750
1751   //  UShort_t volid;
1752
1753   TGeoHMatrix hm;
1754   Double_t *rot,*transl;
1755   Double_t rotSum[9],translSum[3]={0.,0.,0.};
1756   for(Int_t k=0;k<8;k++)rotSum[k]=0.;
1757
1758
1759   for(Int_t ivol=0;ivol<lastVolid;ivol++){
1760     //    volid=volIDs->At(ivol);
1761   
1762     GetAlignObj(volIDs->At(ivol))->GetMatrix(hm); 
1763    
1764     rot=hm.GetRotationMatrix();
1765     transl=hm.GetTranslation();
1766    
1767     for(Int_t j=0;j<9;j++)rotSum[j]+=rot[j];
1768     for(Int_t jt=0;jt<3;jt++)translSum[jt]+=transl[jt];
1769   }
1770   if(lastVolid!=0){
1771     for(Int_t j=0;j<9;j++)rotSum[j]=rotSum[j]/lastVolid;
1772     for(Int_t jt=0;jt<3;jt++)translSum[jt]=translSum[jt]/lastVolid;
1773   }
1774   else printf("Try to mediate results for zero modules \n");
1775  
1776   hm.SetRotation(rotSum);
1777   hm.SetTranslation(translSum);
1778
1779
1780   
1781   AliAlignObjParams *alignObj=new AliAlignObjParams("average", 0,hm, kTRUE);
1782   return alignObj;
1783   
1784 }
1785
1786
1787 //________________________________________________
1788 TArrayI* AliITSRealignTracks::GetSPDStavesVolids(const Int_t *sectors,const Int_t* staves){
1789
1790   
1791   // This method gets the volID Array for the chosen staves into the 
1792   // chosen sectors. You have to pass an array (10 dim) with a 1 for each 
1793   // selected sector and an array (6 dim) with a 1 for each chosen stave.    
1794   // The staves are numbered in this way: 0,1 for SPD1 and 2,3,4,5 for SPD2
1795   // i.e. sectors[10] = {1,1,0,0,0,0,0,0,1,0} -> Sector 0, 1, 9 selected.
1796   // staves[6]={0,1,1,0,0,1} -> Staves 1 on SPD1 and 0 and 3 on SPD2 selected
1797   
1798   Int_t nSect=0,nStaves=0;
1799   Int_t last=0;
1800
1801  
1802   for(Int_t co=0;co<10;co++){ //counts the number of sectors chosen
1803     if(sectors[co]==1) nSect++;
1804   }
1805
1806   for(Int_t co=0;co<6;co++){ //counts the number of sectors chosen
1807     if(staves[co]==1) nStaves++;
1808   }
1809   
1810   if(nSect<1||nStaves<1){ //if no sector chosen -> exit
1811     Printf("Error! No Sector/s or staves Selected!");
1812     return 0x0;
1813   }
1814
1815   TArrayI *volIDs = new TArrayI(nSect*nStaves*4);
1816   TString stave="/Stave",str,symn,laystr;
1817   
1818   TArrayI *sectvol=GetSPDSectorsVolids(sectors); 
1819   //SPD1 
1820   laystr="SPD0";
1821   for(Int_t k=0;k<2;k++){
1822     if(staves[k]==1){
1823       str=stave;
1824       str+=k;
1825       for(Int_t i=0;i<sectvol->GetSize();i++){
1826         symn=AliGeomManager::SymName(sectvol->At(i));
1827         if(symn.Contains(str)&&symn.Contains(laystr)){
1828           //      printf("Adding: %s \n",symn.Data());
1829           volIDs->AddAt(sectvol->At(i),last);
1830           last++;
1831         }
1832       }
1833     }
1834   }
1835   //SPD1 
1836   laystr="SPD1";
1837   for(Int_t k=2;k<6;k++){
1838     if(staves[k]==1){
1839       str=stave;
1840       str+=k-2;
1841       for(Int_t i=0;i<sectvol->GetSize();i++){
1842         symn=AliGeomManager::SymName(sectvol->At(i));
1843         if(symn.Contains(str)&&symn.Contains(laystr)){
1844           volIDs->AddAt(sectvol->At(i),last);
1845           printf("Adding: %s \n",symn.Data());
1846           last++;
1847         }
1848       }
1849     }
1850   }
1851
1852   volIDs->Set(last);
1853   return volIDs;
1854
1855
1856 //________________________________________________
1857 TArrayI* AliITSRealignTracks::GetSPDSectorsVolids(const Int_t *sectors) 
1858 {
1859   //
1860   // This method gets the volID Array for the chosen sectors.
1861   // You have to pass an array with a 1 for each selected sector.
1862   // i.e. sectors[10] = {1,1,0,0,0,0,0,0,1,0} -> Sector 0, 1, 9 selected.
1863   //
1864
1865   Int_t nSect=0;
1866   Int_t iModule=0;
1867
1868  
1869   for(Int_t co=0;co<10;co++){ //counts the number of sectors chosen
1870     if(sectors[co]==1) nSect++;
1871   }
1872   
1873   if(nSect<1){ //if no sector chosen -> exit
1874     Printf("Error! No Sector/s Selected!");
1875     return 0x0;
1876   }
1877
1878   TArrayI *volIDs = new TArrayI(nSect*24);
1879   
1880     if(sectors[0]==1){ //--->cSect = 0 <---
1881       volIDs->AddAt(2048,iModule); iModule++;
1882       volIDs->AddAt(2049,iModule); iModule++;
1883       volIDs->AddAt(2050,iModule); iModule++;
1884       volIDs->AddAt(2051,iModule); iModule++;
1885       volIDs->AddAt(2052,iModule); iModule++;
1886       volIDs->AddAt(2053,iModule); iModule++;
1887       volIDs->AddAt(2054,iModule); iModule++;
1888       volIDs->AddAt(2055,iModule); iModule++;
1889       volIDs->AddAt(4096,iModule); iModule++;
1890       volIDs->AddAt(4097,iModule); iModule++;
1891       volIDs->AddAt(4098,iModule); iModule++;
1892       volIDs->AddAt(4099,iModule); iModule++;
1893       volIDs->AddAt(4100,iModule); iModule++;
1894       volIDs->AddAt(4101,iModule); iModule++;
1895       volIDs->AddAt(4102,iModule); iModule++;
1896       volIDs->AddAt(4103,iModule); iModule++;
1897       volIDs->AddAt(4104,iModule); iModule++;
1898       volIDs->AddAt(4105,iModule); iModule++;
1899       volIDs->AddAt(4106,iModule); iModule++;
1900       volIDs->AddAt(4107,iModule); iModule++;
1901       volIDs->AddAt(4108,iModule); iModule++;
1902       volIDs->AddAt(4109,iModule); iModule++;
1903       volIDs->AddAt(4110,iModule); iModule++;
1904       volIDs->AddAt(4111,iModule); iModule++;
1905     }
1906     if(sectors[1]==1){ //--->cSect = 1 <//---
1907       volIDs->AddAt(2056,iModule); iModule++;
1908       volIDs->AddAt(2057,iModule); iModule++;
1909       volIDs->AddAt(2058,iModule); iModule++;
1910       volIDs->AddAt(2059,iModule); iModule++;
1911       volIDs->AddAt(2060,iModule); iModule++;
1912       volIDs->AddAt(2061,iModule); iModule++;
1913       volIDs->AddAt(2062,iModule); iModule++;
1914       volIDs->AddAt(2063,iModule); iModule++;
1915       volIDs->AddAt(4112,iModule); iModule++;
1916       volIDs->AddAt(4113,iModule); iModule++;
1917       volIDs->AddAt(4114,iModule); iModule++;
1918       volIDs->AddAt(4115,iModule); iModule++;
1919       volIDs->AddAt(4116,iModule); iModule++;
1920       volIDs->AddAt(4117,iModule); iModule++;
1921       volIDs->AddAt(4118,iModule); iModule++;
1922       volIDs->AddAt(4119,iModule); iModule++;
1923       volIDs->AddAt(4120,iModule); iModule++;
1924       volIDs->AddAt(4121,iModule); iModule++;
1925       volIDs->AddAt(4122,iModule); iModule++;
1926       volIDs->AddAt(4123,iModule); iModule++;
1927       volIDs->AddAt(4124,iModule); iModule++;
1928       volIDs->AddAt(4125,iModule); iModule++;
1929       volIDs->AddAt(4126,iModule); iModule++;
1930       volIDs->AddAt(4127,iModule); iModule++;
1931     }
1932     if(sectors[2]==1){//--->cSect = 2 <//---
1933       volIDs->AddAt(2064,iModule); iModule++;
1934       volIDs->AddAt(2065,iModule); iModule++;
1935       volIDs->AddAt(2066,iModule); iModule++;
1936       volIDs->AddAt(2067,iModule); iModule++;
1937       volIDs->AddAt(2068,iModule); iModule++;
1938       volIDs->AddAt(2069,iModule); iModule++;
1939       volIDs->AddAt(2070,iModule); iModule++;
1940       volIDs->AddAt(2071,iModule); iModule++;
1941       volIDs->AddAt(4128,iModule); iModule++;
1942       volIDs->AddAt(4129,iModule); iModule++;
1943       volIDs->AddAt(4130,iModule); iModule++;
1944       volIDs->AddAt(4131,iModule); iModule++;
1945       volIDs->AddAt(4132,iModule); iModule++;
1946       volIDs->AddAt(4133,iModule); iModule++;
1947       volIDs->AddAt(4134,iModule); iModule++;
1948       volIDs->AddAt(4135,iModule); iModule++;
1949       volIDs->AddAt(4136,iModule); iModule++;
1950       volIDs->AddAt(4137,iModule); iModule++;
1951       volIDs->AddAt(4138,iModule); iModule++;
1952       volIDs->AddAt(4139,iModule); iModule++;
1953       volIDs->AddAt(4140,iModule); iModule++;
1954       volIDs->AddAt(4141,iModule); iModule++;
1955       volIDs->AddAt(4142,iModule); iModule++;
1956       volIDs->AddAt(4143,iModule); iModule++;
1957     }
1958     if(sectors[3]==1){//--->cSect = 3 <//---
1959       volIDs->AddAt(2072,iModule); iModule++;
1960       volIDs->AddAt(2073,iModule); iModule++;
1961       volIDs->AddAt(2074,iModule); iModule++;
1962       volIDs->AddAt(2075,iModule); iModule++;
1963       volIDs->AddAt(2076,iModule); iModule++;
1964       volIDs->AddAt(2077,iModule); iModule++;
1965       volIDs->AddAt(2078,iModule); iModule++;
1966       volIDs->AddAt(2079,iModule); iModule++;
1967       volIDs->AddAt(4144,iModule); iModule++;
1968       volIDs->AddAt(4145,iModule); iModule++;
1969       volIDs->AddAt(4146,iModule); iModule++;
1970       volIDs->AddAt(4147,iModule); iModule++;
1971       volIDs->AddAt(4148,iModule); iModule++;
1972       volIDs->AddAt(4149,iModule); iModule++;
1973       volIDs->AddAt(4150,iModule); iModule++;
1974       volIDs->AddAt(4151,iModule); iModule++;
1975       volIDs->AddAt(4152,iModule); iModule++;
1976       volIDs->AddAt(4153,iModule); iModule++;
1977       volIDs->AddAt(4154,iModule); iModule++;
1978       volIDs->AddAt(4155,iModule); iModule++;
1979       volIDs->AddAt(4156,iModule); iModule++;
1980       volIDs->AddAt(4157,iModule); iModule++;
1981       volIDs->AddAt(4158,iModule); iModule++;
1982       volIDs->AddAt(4159,iModule); iModule++;
1983     }
1984     if(sectors[4]==1){//--->cSect = 4 <//---
1985       volIDs->AddAt(2080,iModule); iModule++;
1986       volIDs->AddAt(2081,iModule); iModule++;
1987       volIDs->AddAt(2082,iModule); iModule++;
1988       volIDs->AddAt(2083,iModule); iModule++;
1989       volIDs->AddAt(2084,iModule); iModule++;
1990       volIDs->AddAt(2085,iModule); iModule++;
1991       volIDs->AddAt(2086,iModule); iModule++;
1992       volIDs->AddAt(2087,iModule); iModule++;
1993       volIDs->AddAt(4160,iModule); iModule++;
1994       volIDs->AddAt(4161,iModule); iModule++;
1995       volIDs->AddAt(4162,iModule); iModule++;
1996       volIDs->AddAt(4163,iModule); iModule++;
1997       volIDs->AddAt(4164,iModule); iModule++;
1998       volIDs->AddAt(4165,iModule); iModule++;
1999       volIDs->AddAt(4166,iModule); iModule++;
2000       volIDs->AddAt(4167,iModule); iModule++;
2001       volIDs->AddAt(4168,iModule); iModule++;
2002       volIDs->AddAt(4169,iModule); iModule++;
2003       volIDs->AddAt(4170,iModule); iModule++;
2004       volIDs->AddAt(4171,iModule); iModule++;
2005       volIDs->AddAt(4172,iModule); iModule++;
2006       volIDs->AddAt(4173,iModule); iModule++;
2007       volIDs->AddAt(4174,iModule); iModule++;
2008       volIDs->AddAt(4175,iModule); iModule++;
2009     }
2010     if(sectors[5]==1){//--->cSect = 5 <//---
2011       volIDs->AddAt(2088,iModule); iModule++;
2012       volIDs->AddAt(2089,iModule); iModule++;
2013       volIDs->AddAt(2090,iModule); iModule++;
2014       volIDs->AddAt(2091,iModule); iModule++;
2015       volIDs->AddAt(2092,iModule); iModule++;
2016       volIDs->AddAt(2093,iModule); iModule++;
2017       volIDs->AddAt(2094,iModule); iModule++;
2018       volIDs->AddAt(2095,iModule); iModule++;
2019       volIDs->AddAt(4176,iModule); iModule++;
2020       volIDs->AddAt(4177,iModule); iModule++;
2021       volIDs->AddAt(4178,iModule); iModule++;
2022       volIDs->AddAt(4179,iModule); iModule++;
2023       volIDs->AddAt(4180,iModule); iModule++;
2024       volIDs->AddAt(4181,iModule); iModule++;
2025       volIDs->AddAt(4182,iModule); iModule++;
2026       volIDs->AddAt(4183,iModule); iModule++;
2027       volIDs->AddAt(4184,iModule); iModule++;
2028       volIDs->AddAt(4185,iModule); iModule++;
2029       volIDs->AddAt(4186,iModule); iModule++;
2030       volIDs->AddAt(4187,iModule); iModule++;
2031       volIDs->AddAt(4188,iModule); iModule++;
2032       volIDs->AddAt(4189,iModule); iModule++;
2033       volIDs->AddAt(4190,iModule); iModule++;
2034       volIDs->AddAt(4191,iModule); iModule++;
2035     }
2036     if(sectors[6]==1){//--->cSect = 6 <//---
2037       volIDs->AddAt(2096,iModule); iModule++;
2038       volIDs->AddAt(2097,iModule); iModule++;
2039       volIDs->AddAt(2098,iModule); iModule++;
2040       volIDs->AddAt(2099,iModule); iModule++;
2041       volIDs->AddAt(2100,iModule); iModule++;
2042       volIDs->AddAt(2101,iModule); iModule++;
2043       volIDs->AddAt(2102,iModule); iModule++;
2044       volIDs->AddAt(2103,iModule); iModule++;
2045       volIDs->AddAt(4192,iModule); iModule++;
2046       volIDs->AddAt(4193,iModule); iModule++;
2047       volIDs->AddAt(4194,iModule); iModule++;
2048       volIDs->AddAt(4195,iModule); iModule++;
2049       volIDs->AddAt(4196,iModule); iModule++;
2050       volIDs->AddAt(4197,iModule); iModule++;
2051       volIDs->AddAt(4198,iModule); iModule++;
2052       volIDs->AddAt(4199,iModule); iModule++;
2053       volIDs->AddAt(4200,iModule); iModule++;
2054       volIDs->AddAt(4201,iModule); iModule++;
2055       volIDs->AddAt(4202,iModule); iModule++;
2056       volIDs->AddAt(4203,iModule); iModule++;
2057       volIDs->AddAt(4204,iModule); iModule++;
2058       volIDs->AddAt(4205,iModule); iModule++;
2059       volIDs->AddAt(4206,iModule); iModule++;
2060       volIDs->AddAt(4207,iModule); iModule++;
2061     }
2062      if(sectors[7]==1){ //--->cSect = 7 <//---
2063        volIDs->AddAt(2104,iModule); iModule++;
2064        volIDs->AddAt(2105,iModule); iModule++;
2065        volIDs->AddAt(2106,iModule); iModule++;
2066        volIDs->AddAt(2107,iModule); iModule++;
2067        volIDs->AddAt(2108,iModule); iModule++;
2068        volIDs->AddAt(2109,iModule); iModule++;
2069        volIDs->AddAt(2110,iModule); iModule++;
2070        volIDs->AddAt(2111,iModule); iModule++;
2071        volIDs->AddAt(4208,iModule); iModule++;
2072        volIDs->AddAt(4209,iModule); iModule++;
2073        volIDs->AddAt(4210,iModule); iModule++;
2074        volIDs->AddAt(4211,iModule); iModule++;
2075        volIDs->AddAt(4212,iModule); iModule++;
2076        volIDs->AddAt(4213,iModule); iModule++;
2077        volIDs->AddAt(4214,iModule); iModule++;
2078        volIDs->AddAt(4215,iModule); iModule++;
2079        volIDs->AddAt(4216,iModule); iModule++;
2080        volIDs->AddAt(4217,iModule); iModule++;
2081        volIDs->AddAt(4218,iModule); iModule++;
2082        volIDs->AddAt(4219,iModule); iModule++;
2083        volIDs->AddAt(4220,iModule); iModule++;
2084        volIDs->AddAt(4221,iModule); iModule++;
2085        volIDs->AddAt(4222,iModule); iModule++;
2086        volIDs->AddAt(4223,iModule); iModule++;
2087      }
2088      if(sectors[8]==1){//--->cSect = 8 <//---
2089        volIDs->AddAt(2112,iModule); iModule++;
2090        volIDs->AddAt(2113,iModule); iModule++;
2091        volIDs->AddAt(2114,iModule); iModule++;
2092        volIDs->AddAt(2115,iModule); iModule++;
2093        volIDs->AddAt(2116,iModule); iModule++;
2094        volIDs->AddAt(2117,iModule); iModule++;
2095        volIDs->AddAt(2118,iModule); iModule++;
2096        volIDs->AddAt(2119,iModule); iModule++;
2097        volIDs->AddAt(4224,iModule); iModule++;
2098        volIDs->AddAt(4225,iModule); iModule++;
2099        volIDs->AddAt(4226,iModule); iModule++;
2100        volIDs->AddAt(4227,iModule); iModule++;
2101        volIDs->AddAt(4228,iModule); iModule++;
2102        volIDs->AddAt(4229,iModule); iModule++;
2103        volIDs->AddAt(4230,iModule); iModule++;
2104        volIDs->AddAt(4231,iModule); iModule++;
2105        volIDs->AddAt(4232,iModule); iModule++;
2106        volIDs->AddAt(4233,iModule); iModule++;
2107        volIDs->AddAt(4234,iModule); iModule++;
2108        volIDs->AddAt(4235,iModule); iModule++;
2109        volIDs->AddAt(4236,iModule); iModule++;
2110        volIDs->AddAt(4237,iModule); iModule++;
2111        volIDs->AddAt(4238,iModule); iModule++;
2112        volIDs->AddAt(4239,iModule); iModule++;
2113      }
2114      if(sectors[9]==1){//--->cSect = 9 <//---
2115        volIDs->AddAt(2120,iModule); iModule++;
2116        volIDs->AddAt(2121,iModule); iModule++;
2117        volIDs->AddAt(2122,iModule); iModule++;
2118        volIDs->AddAt(2123,iModule); iModule++;
2119        volIDs->AddAt(2124,iModule); iModule++;
2120        volIDs->AddAt(2125,iModule); iModule++;
2121        volIDs->AddAt(2126,iModule); iModule++;
2122        volIDs->AddAt(2127,iModule); iModule++;
2123        volIDs->AddAt(4240,iModule); iModule++;
2124        volIDs->AddAt(4241,iModule); iModule++;
2125        volIDs->AddAt(4242,iModule); iModule++;
2126        volIDs->AddAt(4243,iModule); iModule++;
2127        volIDs->AddAt(4244,iModule); iModule++;
2128        volIDs->AddAt(4245,iModule); iModule++;
2129        volIDs->AddAt(4246,iModule); iModule++;
2130        volIDs->AddAt(4247,iModule); iModule++;
2131        volIDs->AddAt(4248,iModule); iModule++;
2132        volIDs->AddAt(4249,iModule); iModule++;
2133        volIDs->AddAt(4250,iModule); iModule++;
2134        volIDs->AddAt(4251,iModule); iModule++;
2135        volIDs->AddAt(4252,iModule); iModule++;
2136        volIDs->AddAt(4253,iModule); iModule++;
2137        volIDs->AddAt(4254,iModule); iModule++;
2138        volIDs->AddAt(4255,iModule); iModule++;
2139      }
2140
2141   return volIDs;
2142 }
2143
2144 //___________________________________
2145 TArrayI* AliITSRealignTracks::GetLayersVolUID(const Int_t *layer){
2146
2147   //return a TArrayI with the volUIDs of the modules into the set of layers
2148   //defined by layer[6]
2149   
2150   TArrayI *out=new TArrayI(2198);
2151   Int_t last=0;
2152   UShort_t voluid;
2153   for(Int_t i=0;i<6;i++){
2154     if(layer[i]==1){
2155       for(Int_t mod=0;mod<AliGeomManager::LayerSize(i+AliGeomManager::kFirstLayer);mod++){
2156         voluid=AliGeomManager::LayerToVolUID(i+AliGeomManager::kFirstLayer,mod);
2157         out->AddAt(voluid,last);
2158         //      printf("voluid %d at position %d \n",out->At(last),last);
2159         last++;
2160       }
2161     }
2162   }  
2163   out->Set(last);
2164   return out;
2165 }
2166
2167 //_________________
2168 TArrayI* AliITSRealignTracks::SelectLayerInVolids(const TArrayI *volidsIN,AliGeomManager::ELayerID layer){
2169   //Select between the modules specified by their volUIDs in volidsIN only those
2170   // of a given layer "layer"
2171
2172   Int_t size=volidsIN->GetSize();
2173   Int_t count=0;
2174   for(Int_t j=0;j<size;j++){
2175     if(AliGeomManager::VolUIDToLayer(volidsIN->At(j))==layer)count++;
2176   }
2177   TArrayI *volidsOUT=new TArrayI(count);
2178   count=0;
2179   for(Int_t j=0;j<size;j++){
2180     if(AliGeomManager::VolUIDToLayer(volidsIN->At(j))==layer){
2181       volidsOUT->AddAt(volidsIN->At(j),count);
2182       count++;
2183     }
2184   }
2185   return volidsOUT;
2186 }
2187
2188 //______________________________________________
2189
2190 TArrayI* AliITSRealignTracks::IntersectVolArray(const TArrayI *vol1,const TArrayI *vol2){
2191
2192   //Perform the intersection between the array vol1 and vol2
2193   
2194   Int_t size1=vol1->GetSize();
2195   Int_t size2=vol2->GetSize();
2196   Int_t last=0,volid;
2197   Bool_t found;
2198   TArrayI *volidOut=new TArrayI(size1+size2);  
2199   
2200   for(Int_t k=0;k<size1;k++){
2201     found=kFALSE;
2202     volid=vol1->At(k);
2203     for(Int_t j=0;j<size2;j++){
2204       if(vol2->At(j)==volid)found=kTRUE;
2205     }
2206     if(found){
2207       volidOut->AddAt(volid,last);
2208       last++;
2209     }
2210   }
2211   volidOut->Set(last);
2212   return volidOut;
2213 }
2214 //_________________________________________
2215
2216 TArrayI* AliITSRealignTracks::JoinVolArrays(const TArrayI *vol1,const TArrayI *vol2){
2217   //!BE CAREFUL: If an index is repeated into vol1 or into vol2 will be repeated also in the final array
2218   
2219   Int_t size1=vol1->GetSize();
2220   Int_t size2=vol2->GetSize();
2221   Int_t count=0;
2222   UShort_t volid;
2223   Bool_t found;
2224   TArrayI *volidOut=new TArrayI(size1+size2);  
2225   
2226   for(Int_t k=0;k<size1;k++){
2227     volid=vol1->At(k);
2228     volidOut->AddAt(volid,k);
2229   }
2230  
2231   for(Int_t k=0;k<size2;k++){
2232     found=kFALSE;
2233     volid=vol2->At(k);
2234     for(Int_t j=0;j<size1;j++){
2235       if(volidOut->At(j)==volid)found=kTRUE;
2236     }
2237     if(!found){
2238       volidOut->AddAt(volid,size1+count);
2239       count++;
2240     }
2241   }
2242   volidOut->Set(size1+count);
2243   return volidOut;
2244 }
2245
2246 //______________________________________
2247
2248 TArrayI* AliITSRealignTracks::ExcludeVolidsFromVolidsArray(const TArrayI *volidsToExclude,const TArrayI *volStart){
2249   //Excludes the modules defined by their volUID in the array volidsToExclude from the array volStart
2250
2251   Int_t size1=volidsToExclude->GetSize();
2252   Int_t size2=volStart->GetSize();
2253   Int_t last=0;
2254   UShort_t volid;
2255   Bool_t found;
2256   TArrayI *volidOut=new TArrayI(size2);  
2257
2258   for(Int_t k=0;k<size2;k++){
2259     found=kFALSE;
2260     volid=volStart->At(k);
2261     for(Int_t j=0;j<size1;j++){
2262       if(volidsToExclude->At(j)==volid){
2263         found=kTRUE;
2264         break;
2265       }
2266     }
2267     if(!found){
2268       volidOut->AddAt(volid,last);
2269       last++;
2270     }
2271   }
2272   volidOut->Set(last);
2273   return volidOut;
2274 }
2275
2276
2277 //________________________________________
2278
2279 TArrayI* AliITSRealignTracks::GetLayerVolumes(const Int_t *layer){
2280   //returns a TArrayI with the volUIDs of the modules of the layers
2281   //specified into *layer
2282   
2283   TArrayI *out=new TArrayI(2198);
2284   Int_t last=0;
2285   UShort_t voluid;
2286   for(Int_t i=0;i<6;i++){
2287     if(layer[i]==1){
2288       for(Int_t mod=0;mod<AliGeomManager::LayerSize(i+AliGeomManager::kFirstLayer);mod++){
2289         voluid=AliGeomManager::LayerToVolUID(i+AliGeomManager::kFirstLayer,mod);
2290         out->AddAt(voluid,last);
2291         //      printf("voluid %d at position %d \n",out->At(last),last);
2292         last++;
2293       }
2294     }
2295   }  
2296   out->Set(last);
2297   return out;
2298 }
2299
2300
2301
2302 //______________________________
2303 TArrayI* AliITSRealignTracks::GetAlignedVolumes(char *filename){
2304   //Open the file "filename" which is expected to contain
2305   //a TClonesArray named "ITSAlignObjs" with stored a set of AlignObjs
2306   //returns an array with the volumes UID of the modules considered realigned 
2307   
2308   if(gSystem->AccessPathName(filename)){
2309     printf("Wrong Realignment file name \n");
2310     return 0x0;
2311   }
2312   TFile *f=TFile::Open(filename,"READ");
2313   TClonesArray *array=(TClonesArray*)f->Get("ITSAlignObjs");
2314   AliAlignObjParams *a;
2315   Int_t last=0;
2316   TArrayI *volidOut=new TArrayI(2200);
2317   for(Int_t j=0;j<array->GetSize();j++){
2318     a=(AliAlignObjParams*)array->At(j);
2319     if(a->GetUniqueID()==0)continue;
2320     
2321     else {
2322       volidOut->AddAt(a->GetVolUID(),last);
2323       last++;                                                                 
2324     }
2325   }
2326   volidOut->Set(last);
2327   f->Close();
2328   return volidOut;
2329 }
2330
2331
2332 //________________________________________
2333 void AliITSRealignTracks::SetDraw(Bool_t draw,Bool_t refresh){
2334   //TEPMORARY METHOD: method to switch on/off the drawing of histograms
2335   // if refresh=kTRUE deletes the old histos and constructs new ones
2336   
2337   if(refresh){
2338     // WriteHists();
2339     if(fAlignDrawObjs)DeleteDrawHists();
2340     InitDrawHists();
2341   }
2342   fDraw=draw;
2343   return;
2344 }
2345
2346 void AliITSRealignTracks::DeleteDrawHists(){
2347   //Delete the pointers to the histograms
2348
2349   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
2350     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
2351       delete fAlignDrawObjs[iLayer][iModule];
2352     }
2353     if(fAlignDrawObjs[iLayer])delete [] fAlignDrawObjs[iLayer];
2354   }
2355   
2356   delete [] fAlignDrawObjs;
2357   fAlignDrawObjs = 0;
2358
2359   
2360   delete fCanvPar;
2361   delete fCanvGr; 
2362   delete fgrIterMeanX;
2363   delete fgrIterRMSX; 
2364   delete fgrIterMeanY;
2365   delete fgrIterRMSY;
2366   delete fgrIterMeanZ;
2367   delete fgrIterRMSZ;
2368   delete fgrIterMeanPsi;
2369   delete fgrIterRMSPsi;
2370   delete fgrIterMeanTheta;
2371   delete fgrIterRMSTheta;
2372   delete fgrIterMeanPhi;
2373   delete fgrIterRMSPhi;  
2374
2375
2376
2377 void AliITSRealignTracks::InitDrawHists(){
2378   //Initialize the histograms to monitor the results
2379
2380   Int_t nLayers = AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer;
2381   fAlignDrawObjs = new AliAlignObj**[nLayers];
2382   for (Int_t iLayer = 0; iLayer < (AliGeomManager::kLastLayer - AliGeomManager::kFirstLayer); iLayer++) {
2383     fAlignDrawObjs[iLayer] = new AliAlignObj*[AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer)];
2384     for (Int_t iModule = 0; iModule < AliGeomManager::LayerSize(iLayer + AliGeomManager::kFirstLayer); iModule++) {
2385       UShort_t volid = AliGeomManager::LayerToVolUID(iLayer+ AliGeomManager::kFirstLayer,iModule);
2386       fAlignDrawObjs[iLayer][iModule] = new AliAlignObjParams(AliGeomManager::SymName(volid),volid,0,0,0,0,0,0,kTRUE);
2387       fAlignDrawObjs[iLayer][iModule]->SetUniqueID(1);
2388     }
2389   }
2390
2391
2392   TH1F *hX=new TH1F("hX","hX",1000,-10000.,10000.);
2393   TH1F *hY=new TH1F("hY","hY",1000,-10000.,10000.);
2394   TH1F *hZ=new TH1F("hZ","hZ",1000,-10000.,10000.);
2395   TH1F *hPsi=new TH1F("hPsi","hPsi",1000,-5000.,5000.);
2396   TH1F *hTheta=new TH1F("hTheta","hTheta",1000,-5000.,5000.);
2397   TH1F *hPhi=new TH1F("hPhi","hPhi",1000,-5000.,5000.);
2398
2399   fCanvPar=new TCanvas("fCanvPar","Parameters trend during iterations: Convergence \n");
2400   fCanvPar->Divide(3,2);
2401   fCanvPar->cd(1);
2402   hX->Draw();
2403   hX->SetXTitle("#mum");
2404   fCanvPar->cd(2);
2405   hY->Draw();
2406   hY->SetXTitle("#mum");
2407   fCanvPar->cd(3);
2408   hZ->SetXTitle("#mum");
2409   hZ->Draw();
2410   fCanvPar->cd(4);
2411   hPsi->SetXTitle("mdeg");
2412   hPsi->Draw();
2413   fCanvPar->cd(5);
2414   hTheta->SetXTitle("mdeg");
2415   hTheta->Draw();
2416   fCanvPar->cd(6);
2417   hPhi->SetXTitle("mdeg");
2418   hPhi->Draw();
2419   fCanvPar->Update();
2420
2421   
2422   fCanvGr=new TCanvas("fCanvGr","Parameters trend during iterations: Convergence \n");
2423   fCanvGr->Divide(3,2);
2424
2425   fCanvGr->cd(1);
2426   fgrIterMeanX=new TGraph(1);
2427   fgrIterRMSX=new TGraph(1);
2428   fgrIterRMSX->GetYaxis()->SetRangeUser(-1000.,1000.);
2429   fgrIterRMSX->SetName("fgrIterRMSX");
2430   fgrIterRMSX->SetLineColor(2);
2431   fgrIterMeanX->SetName("fgrIterMeanX");
2432   fgrIterMeanX->SetTitle("Convergence of #deltaX \n");
2433   fgrIterMeanX->GetXaxis()->SetTitle("#mum");
2434   fgrIterRMSX->Draw("acp");
2435   fgrIterMeanX->Draw("cp");
2436
2437   fCanvGr->cd(2);
2438   fgrIterMeanY=new TGraph(1);
2439   fgrIterRMSY=new TGraph(1);
2440   fgrIterRMSY->GetYaxis()->SetRangeUser(-1000.,1000.);
2441   fgrIterRMSY->SetName("fgrIterRMSY");
2442   fgrIterRMSY->SetLineColor(2);
2443   fgrIterMeanY->SetName("fgrIterMeanY");
2444   fgrIterMeanY->SetTitle("Convergence of #deltaY \n");
2445   fgrIterMeanY->GetXaxis()->SetTitle("#mum");
2446   fgrIterRMSY->Draw("acp");
2447   fgrIterMeanY->Draw("cp");
2448
2449   fCanvGr->cd(3);
2450   fgrIterMeanZ=new TGraph(1);
2451   fgrIterRMSZ=new TGraph(1);
2452   fgrIterRMSZ->GetYaxis()->SetRangeUser(-1000.,1000.);
2453   fgrIterRMSZ->SetName("fgrIterRMSZ");
2454   fgrIterRMSZ->SetLineColor(2);
2455   fgrIterMeanZ->SetName("fgrIterMeanZ");
2456   fgrIterMeanZ->SetTitle("Convergence of #deltaZ \n");
2457   fgrIterMeanZ->GetXaxis()->SetTitle("#mum");
2458   fgrIterRMSZ->Draw("acp");
2459   fgrIterMeanZ->Draw("cp");
2460
2461   fCanvGr->cd(4);
2462   fgrIterMeanPsi=new TGraph(1);
2463   fgrIterRMSPsi=new TGraph(1);
2464   fgrIterRMSPsi->GetYaxis()->SetRangeUser(-1000.,1000.);
2465   fgrIterRMSPsi->SetName("fgrIterRMSPsi");
2466   fgrIterRMSPsi->SetLineColor(2);
2467   fgrIterMeanPsi->SetName("fgrIterMeanPsi");
2468   fgrIterMeanPsi->SetTitle("Convergence of #deltaPsi \n");
2469   fgrIterMeanPsi->GetXaxis()->SetTitle("mdeg");
2470   fgrIterRMSPsi->Draw("acp");
2471   fgrIterMeanPsi->Draw("cp");
2472
2473   fCanvGr->cd(5);
2474   fgrIterMeanTheta=new TGraph(1);
2475   fgrIterRMSTheta=new TGraph(1);
2476   fgrIterRMSTheta->GetYaxis()->SetRangeUser(-1000.,1000.);
2477   fgrIterRMSTheta->SetName("fgrIterRMSTheta");
2478   fgrIterRMSTheta->SetLineColor(2);
2479   fgrIterMeanTheta->SetName("fgrIterMeanTheta");
2480   fgrIterMeanTheta->SetTitle("Convergence of #deltaTheta \n");
2481   fgrIterMeanTheta->GetXaxis()->SetTitle("mdeg");
2482   fgrIterRMSTheta->Draw("acp");
2483   fgrIterMeanTheta->Draw("cp");
2484
2485   fCanvGr->cd(6);
2486   fgrIterMeanPhi=new TGraph(1);
2487   fgrIterRMSPhi=new TGraph(1);
2488   fgrIterRMSPhi->GetYaxis()->SetRangeUser(-1000.,1000.);
2489   fgrIterRMSPhi->SetName("fgrIterRMSPhi");
2490   fgrIterRMSPhi->SetLineColor(2);
2491   fgrIterMeanPhi->SetName("fgrIterMeanPhi");
2492   fgrIterMeanPhi->SetTitle("Convergence of #deltaPhi \n");
2493   fgrIterMeanPhi->GetXaxis()->SetTitle("mdeg");
2494   fgrIterRMSPhi->Draw("acp");
2495   fgrIterMeanPhi->Draw("cp");
2496
2497
2498   
2499 }
2500
2501 void AliITSRealignTracks::UpdateDraw(TArrayI *volids,Int_t iter,Int_t color){
2502   //Updates the histograms to monitor the results. Only the histograms
2503   //of the volumes specified in *volids will be updated.
2504   // iter is just a flag for the names of the histo
2505   // color specifies the color of the lines of the histograms for this update
2506   
2507   TString name="hX_";
2508   name+=iter;
2509   name.Append("iter");
2510   TH1F *hX=new TH1F("hX",name.Data(),1000,-10000.,10000.);
2511
2512   name="hY_";
2513   name+=iter;
2514   name.Append("iter");
2515   TH1F *hY=new TH1F("hY",name.Data(),1000,-10000.,10000.);
2516
2517   name="hZ_";
2518   name+=iter;
2519   name.Append("iter");
2520   TH1F *hZ=new TH1F("hZ",name.Data(),1000,-10000.,10000.);
2521
2522   name="hPsi_";
2523   name+=iter;
2524   name.Append("iter");
2525   TH1F *hPsi=new TH1F("hPsi",name.Data(),1000,-5000.,5000.);
2526   
2527   name="hTheta_";
2528   name+=iter;
2529   name.Append("iter");
2530   TH1F *hTheta=new TH1F("hTheta",name.Data(),1000,-5000.,5000.);
2531
2532   name="hPhi_";
2533   name+=iter;
2534   name.Append("iter");
2535   TH1F *hPhi=new TH1F("hPhi",name.Data(),1000,-5000.,5000.);
2536   
2537   Int_t layer,mod;
2538   Double_t transl[3],rot[3],transldr[3],rotdr[3];
2539   
2540   for(Int_t i=0;i<volids->GetSize();i++){
2541     layer=AliGeomManager::VolUIDToLayer(volids->At(i),mod); 
2542     fAlignObjs[layer-AliGeomManager::kFirstLayer][mod]->GetPars(transl,rot);
2543     fAlignDrawObjs[layer-AliGeomManager::kFirstLayer][mod]->GetPars(transldr,rotdr);
2544     
2545     hX->Fill(10000.*(transl[0]-transldr[0]));
2546     hY->Fill(10000.*(transl[1]-transldr[1]));
2547     hZ->Fill(10000.*(transl[2]-transldr[2]));
2548     hPsi->Fill(1000.*(rot[0]-rotdr[0]));
2549     hTheta->Fill(1000.*(rot[1]-rotdr[1]));
2550     hPhi->Fill(1000.*(rot[1]-rotdr[2]));
2551     //Update the pars of the draw object
2552     fAlignDrawObjs[layer-AliGeomManager::kFirstLayer][mod]->SetPars(transl[0],transl[1],transl[2],rot[0],rot[1],rot[2]);
2553   }
2554
2555   hX->SetLineColor(color);
2556   hY->SetLineColor(color);
2557   hZ->SetLineColor(color);
2558   hPsi->SetLineColor(color);
2559   hTheta->SetLineColor(color);
2560   hPhi->SetLineColor(color);
2561   
2562   
2563   fCanvPar->cd(1);
2564   hX->Draw("Same");
2565   fCanvPar->cd(2);
2566   hY->Draw("Same");
2567   fCanvPar->cd(3);
2568   hZ->Draw("Same");
2569   fCanvPar->cd(4);
2570   hPsi->Draw("Same");
2571   fCanvPar->cd(5);
2572   hTheta->Draw("Same");
2573   fCanvPar->cd(6);
2574   hPhi->Draw("Same");
2575   gPad->Modified();
2576   fCanvPar->Update();
2577   fCanvPar->Modified();
2578   
2579   fgrIterMeanX->SetPoint(fgrIterMeanX->GetN()+1,iter,hX->GetMean());
2580   fgrIterRMSX->SetPoint(fgrIterRMSX->GetN()+1,iter,hX->GetRMS());
2581   fgrIterMeanY->SetPoint(fgrIterMeanY->GetN()+1,iter,hY->GetMean());
2582   fgrIterRMSY->SetPoint(fgrIterRMSY->GetN()+1,iter,hY->GetRMS());
2583   fgrIterMeanZ->SetPoint(fgrIterMeanZ->GetN()+1,iter,hZ->GetMean());
2584   fgrIterRMSZ->SetPoint(fgrIterRMSZ->GetN()+1,iter,hZ->GetRMS());
2585   fgrIterMeanPsi->SetPoint(fgrIterMeanPsi->GetN()+1,iter,hPsi->GetMean());
2586   fgrIterRMSPsi->SetPoint(fgrIterRMSPsi->GetN()+1,iter,hPsi->GetRMS());
2587   fgrIterMeanTheta->SetPoint(fgrIterMeanTheta->GetN()+1,iter,hTheta->GetMean());
2588   fgrIterRMSTheta->SetPoint(fgrIterRMSTheta->GetN()+1,iter,hTheta->GetRMS());
2589   fgrIterMeanPhi->SetPoint(fgrIterMeanPhi->GetN()+1,iter,hPhi->GetMean());
2590   fgrIterRMSPhi->SetPoint(fgrIterRMSPhi->GetN()+1,iter,hPhi->GetRMS());
2591
2592   gPad->Modified();
2593   fCanvGr->Update();
2594   fCanvGr->Update();
2595 }
2596
2597 void AliITSRealignTracks::WriteHists(const char *outfile){
2598   //Writes the histograms for the monitoring of the results
2599   // in a file named "outfile"
2600
2601   TFile *f=new TFile(outfile,"RECREATE");
2602   f->cd();
2603   fCanvPar->Write();
2604   fCanvGr->Write(); 
2605   fgrIterMeanX->Write(); 
2606   fgrIterRMSX->Write();  
2607   fgrIterMeanY->Write(); 
2608   fgrIterRMSY->Write();  
2609   fgrIterMeanZ->Write(); 
2610   fgrIterRMSZ->Write();  
2611   fgrIterMeanPsi->Write(); 
2612   fgrIterRMSPsi->Write();  
2613   fgrIterMeanTheta->Write(); 
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