Coding rule violations corrected.
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSclustererV2.cxx
1 //-------------------------------------------------------------------------
2 //            Implementation of the ITS clusterer V2 class
3 //
4 //          Origin: Iouri Belikov, CERN, Jouri.Belikov@cern.ch
5 //-------------------------------------------------------------------------
6 //uncomment the line below for running with V1 cluster finder classes 
7 //#define V1
8
9 #include "AliRun.h"
10
11 #include "AliITSclustererV2.h"
12 #include "AliITSclusterV2.h"
13 #include "AliRawReader.h"
14 #include "AliITSRawStreamSPD.h"
15 #include "AliITSRawStreamSDD.h"
16 #include "AliITSRawStreamSSD.h"
17
18 #include <TFile.h>
19 #include <TTree.h>
20 #include <TClonesArray.h>
21 #include "AliITSgeom.h"
22 #include "AliITSdigitSPD.h"
23 #include "AliITSdigitSDD.h"
24 #include "AliITSdigitSSD.h"
25 #include "AliMC.h"
26
27 ClassImp(AliITSclustererV2)
28
29 extern AliRun *gAlice;
30
31 AliITSclustererV2::AliITSclustererV2(const AliITSgeom *geom) {
32   //------------------------------------------------------------
33   // Standard constructor
34   //------------------------------------------------------------
35   AliITSgeom *g=(AliITSgeom*)geom;
36
37   fEvent=0;
38   fI=0;
39
40   Int_t mmax=geom->GetIndexMax();
41   if (mmax>2200) {
42      Fatal("AliITSclustererV2","Too many ITS subdetectors !"); 
43   }
44   Int_t m;
45   for (m=0; m<mmax; m++) {
46      Int_t lay,lad,det; g->GetModuleId(m,lay,lad,det);
47      Float_t x,y,z;     g->GetTrans(lay,lad,det,x,y,z); 
48      Double_t rot[9];   g->GetRotMatrix(lay,lad,det,rot);
49      Double_t alpha=TMath::ATan2(rot[1],rot[0])+TMath::Pi();
50      Double_t ca=TMath::Cos(alpha), sa=TMath::Sin(alpha);
51      fYshift[m] = x*ca + y*sa;
52      fZshift[m] = (Double_t)z;
53      fNdet[m] = (lad-1)*g->GetNdetectors(lay) + (det-1);
54   }
55   fNModules = g->GetIndexMax();
56
57   //SPD geometry  
58   fLastSPD1=g->GetModuleIndex(2,1,1)-1;
59   fNySPD=256; fNzSPD=160;
60   fYpitchSPD=0.0050;
61   fZ1pitchSPD=0.0425; fZ2pitchSPD=0.0625;
62   fHwSPD=0.64; fHlSPD=3.48;
63   fYSPD[0]=0.5*fYpitchSPD;
64   for (m=1; m<fNySPD; m++) fYSPD[m]=fYSPD[m-1]+fYpitchSPD; 
65   fZSPD[0]=fZ1pitchSPD;
66   for (m=1; m<fNzSPD; m++) {
67     Double_t dz=fZ1pitchSPD;
68     if (m==31 || m==32 || m==63  || m==64  || m==95 || m==96 || 
69         m==127 || m==128) dz=fZ2pitchSPD; 
70     fZSPD[m]=fZSPD[m-1]+dz;
71   }
72   for (m=0; m<fNzSPD; m++) {
73     Double_t dz=0.5*fZ1pitchSPD;
74     if (m==31 || m==32 || m==63  || m==64  || m==95 || m==96 || 
75         m==127 || m==128) dz=0.5*fZ2pitchSPD; 
76     fZSPD[m]-=dz;
77   }
78
79   //SDD geometry 
80   fNySDD=256; fNzSDD=256;
81   fYpitchSDD=0.01825;
82   fZpitchSDD=0.02940;
83   fHwSDD=3.5085; fHlSDD=3.7632;
84   fYoffSDD=0.0425;
85
86   //SSD geometry
87   fLastSSD1=g->GetModuleIndex(6,1,1)-1;
88   fYpitchSSD=0.0095;
89   fHwSSD=3.65;
90   fHlSSD=2.00;
91   fTanP=0.0275;
92   fTanN=0.0075;
93 }
94
95
96 Int_t AliITSclustererV2::Digits2Clusters(TTree *dTree, TTree *cTree) {
97   //------------------------------------------------------------
98   // This function creates ITS clusters
99   //------------------------------------------------------------
100   Int_t ncl=0;
101
102   if (!dTree) {
103     Error("Digits2Clusters","Can't get the tree with digits !");
104     return 1;
105   }
106
107   TClonesArray *digitsSPD=new TClonesArray("AliITSdigitSPD",3000);
108   dTree->SetBranchAddress("ITSDigitsSPD",&digitsSPD);
109   TClonesArray *digitsSDD=new TClonesArray("AliITSdigitSDD",3000);
110   dTree->SetBranchAddress("ITSDigitsSDD",&digitsSDD);
111   TClonesArray *digitsSSD=new TClonesArray("AliITSdigitSSD",3000);
112   dTree->SetBranchAddress("ITSDigitsSSD",&digitsSSD);
113
114   TClonesArray *clusters=new TClonesArray("AliITSclusterV2",1000);
115   TBranch *branch=cTree->GetBranch("Clusters");
116   if (!branch) cTree->Branch("Clusters",&clusters);
117   else branch->SetAddress(&clusters);
118
119   Int_t mmax=(Int_t)dTree->GetEntries();
120
121   for (fI=0; fI<mmax; fI++) {
122     dTree->GetEvent(fI);
123
124     if     (digitsSPD->GetEntriesFast()!=0) 
125       FindClustersSPD(digitsSPD,clusters);
126     else 
127       if(digitsSDD->GetEntriesFast()!=0) 
128         FindClustersSDD(digitsSDD,clusters);
129       else if(digitsSSD->GetEntriesFast()!=0) 
130         FindClustersSSD(digitsSSD,clusters);
131     
132     ncl+=clusters->GetEntriesFast();
133
134     cTree->Fill();
135
136     digitsSPD->Clear();
137     digitsSDD->Clear();
138     digitsSSD->Clear();
139     clusters->Clear();
140   }
141
142   //cTree->Write();
143
144   delete clusters;
145
146   delete digitsSPD;
147   delete digitsSDD;
148   delete digitsSSD;
149
150   //delete dTree;
151
152   Info("Digits2Clusters","Number of found clusters : %d",ncl);
153
154   return 0;
155 }
156
157 void AliITSclustererV2::Digits2Clusters(AliRawReader* rawReader) {
158   //------------------------------------------------------------
159   // This function creates ITS clusters from raw data
160   //------------------------------------------------------------
161   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader();
162   if (!runLoader) {
163     Error("Digits2Clusters", "no run loader found");
164     return;
165   }
166   runLoader->LoadKinematics();
167   AliLoader* itsLoader = runLoader->GetLoader("ITSLoader");
168   if (!itsLoader) {
169     Error("Digits2Clusters", "no loader for ITS found");
170     return;
171   }
172   if (!itsLoader->TreeR()) itsLoader->MakeTree("R");
173   TTree* cTree = itsLoader->TreeR();
174
175   TClonesArray *array=new TClonesArray("AliITSclusterV2",1000);
176   cTree->Branch("Clusters",&array);
177   delete array;
178
179   TClonesArray** clusters = new TClonesArray*[fNModules]; 
180   for (Int_t iModule = 0; iModule < fNModules; iModule++) {
181     clusters[iModule] = NULL;
182   }
183   // one TClonesArray per module
184
185   rawReader->Reset();
186   AliITSRawStreamSPD inputSPD(rawReader);
187   FindClustersSPD(&inputSPD, clusters);
188
189   rawReader->Reset();
190   AliITSRawStreamSDD inputSDD(rawReader);
191   FindClustersSDD(&inputSDD, clusters);
192
193   rawReader->Reset();
194   AliITSRawStreamSSD inputSSD(rawReader);
195   FindClustersSSD(&inputSSD, clusters);
196
197   // write all clusters to the tree
198   Int_t nClusters = 0;
199   for (Int_t iModule = 0; iModule < fNModules; iModule++) {
200     array = clusters[iModule];
201     if (!array) {
202       Error("Digits2Clusters", "data for module %d missing!", iModule);
203       array = new TClonesArray("AliITSclusterV2");
204     }
205     cTree->SetBranchAddress("Clusters", &array);
206     cTree->Fill();
207     nClusters += array->GetEntriesFast();
208     delete array;
209   }
210   itsLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
211
212   delete[] clusters;
213
214   Info("Digits2Clusters", "total number of found clusters in ITS: %d\n", 
215        nClusters);
216 }
217
218 //**** Fast clusters *******************************
219 #include "TParticle.h"
220
221 #include "AliITS.h"
222 #include "AliITSmodule.h"
223 #include "AliITSRecPoint.h"
224 #include "AliITSsimulationFastPoints.h"
225 #include "AliITSRecPoint.h"
226
227 /*
228 static void CheckLabels(Int_t lab[3]) {
229   //------------------------------------------------------------
230   // Tries to find mother's labels
231   //------------------------------------------------------------
232     Int_t label=lab[0];
233     if (label>=0) {
234        TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
235        label=-3;
236        while (part->P() < 0.005) {
237           Int_t m=part->GetFirstMother();
238           if (m<0) {
239              Info("CheckLabels","Primary momentum: %f",part->P()); 
240              break;
241           }
242           if (part->GetStatusCode()>0) {
243              Info("CheckLabels","Primary momentum: %f",part->P()); 
244              break;
245           }
246           label=m;
247           part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
248         }
249         if      (lab[1]<0) lab[1]=label;
250         else if (lab[2]<0) lab[2]=label;
251         else ;//cerr<<"CheckLabels : No empty labels !\n";
252     }
253 }
254 */
255 static void CheckLabels(Int_t lab[3]) {
256   //------------------------------------------------------------
257   // Tries to find mother's labels
258   //------------------------------------------------------------
259
260   Int_t ntracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
261   for (Int_t i=0;i<3;i++){
262     Int_t label = lab[i];
263     if (label>=0 && label<ntracks) {
264       TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
265       if (part->P() < 0.005) {
266         Int_t m=part->GetFirstMother();
267         if (m<0) {      
268           continue;
269         }
270         if (part->GetStatusCode()>0) {
271           continue;
272         }
273         lab[i]=m;       
274       }
275     }    
276   }
277   
278 }
279
280 static void CheckLabels2(Int_t lab[10]) {
281   //------------------------------------------------------------
282   // Tries to find mother's labels
283   //------------------------------------------------------------
284
285   Int_t ntracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
286   for (Int_t i=0;i<10;i++){
287     Int_t label = lab[i];
288     if (label>=0 && label<ntracks) {
289       TParticle *part=(TParticle*)gAlice->GetMCApp()->Particle(label);
290       if (part->P() < 0.005) {
291         Int_t m=part->GetFirstMother();
292         if (m<0) {      
293           continue;
294         }
295         if (part->GetStatusCode()>0) {
296           continue;
297         }
298         lab[i]=m;       
299       }
300     }    
301   }
302   //compress labels -- if multi-times the same
303   Int_t lab2[10];
304   for (Int_t i=0;i<10;i++) lab2[i]=-2;
305   for (Int_t i=0;i<10  ;i++){
306     if (lab[i]<0) continue;
307     for (Int_t j=0;j<10 &&lab2[j]!=lab[i];j++){
308       if (lab2[j]<0) {
309         lab2[j]= lab[i];
310         break;
311       }
312     }
313   }
314   for (Int_t j=0;j<10;j++) lab[j]=lab2[j];
315   
316 }
317
318 static void AddLabel(Int_t lab[10], Int_t label) {
319   for (Int_t i=0;i<10;i++){
320     if (label<0) break;
321     if (lab[i]==label) break;
322     if (lab[i]<0) {
323       lab[i]= label;
324       break;
325     }
326   }
327 }
328
329 void AliITSclustererV2::RecPoints2Clusters
330 (const TClonesArray *points, Int_t idx, TClonesArray *clusters) {
331   //------------------------------------------------------------
332   // Conversion AliITSRecPoint -> AliITSclusterV2 for the ITS 
333   // subdetector indexed by idx 
334   //------------------------------------------------------------
335   TClonesArray &cl=*clusters;
336   Int_t ncl=points->GetEntriesFast();
337   for (Int_t i=0; i<ncl; i++) {
338     AliITSRecPoint *p = (AliITSRecPoint *)points->UncheckedAt(i);
339     Float_t lp[5];
340     lp[0]=-(-p->GetX()+fYshift[idx]); if (idx<=fLastSPD1) lp[0]*=-1; //SPD1
341     lp[1]=  -p->GetZ()+fZshift[idx];
342     lp[2]=p->GetSigmaX2();
343     lp[3]=p->GetSigmaZ2();
344     lp[4]=p->GetQ()*36./23333.;  //electrons -> ADC
345     Int_t lab[4]; 
346     lab[0]=p->GetLabel(0); lab[1]=p->GetLabel(1); lab[2]=p->GetLabel(2);
347     lab[3]=fNdet[idx];
348     CheckLabels(lab);
349     Int_t dummy[3]={0,0,0};
350     new (cl[i]) AliITSclusterV2(lab,lp, dummy);
351   }  
352
353
354 Int_t AliITSclustererV2::Hits2Clusters(TTree *hTree, TTree *cTree) {
355   //------------------------------------------------------------
356   // This function creates ITS clusters
357   //------------------------------------------------------------
358   if (!gAlice) {
359      Error("Hits2Clusters","gAlice==0 !");
360      return 1;
361   }
362
363   AliITS *its  = (AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
364   if (!its) { 
365      Error("Hits2Clusters","Can't find the ITS !"); 
366      return 2; 
367   }
368   AliITSgeom *geom=its->GetITSgeom();
369   Int_t mmax=geom->GetIndexMax();
370
371   its->InitModules(-1,mmax);
372   its->FillModules(hTree,0);
373
374   TClonesArray *clusters=new TClonesArray("AliITSclusterV2",1000);
375   TBranch *branch=cTree->GetBranch("Clusters");
376   if (!branch) cTree->Branch("Clusters",&clusters);
377   else branch->SetAddress(&clusters);
378
379   static TClonesArray *points=its->RecPoints();
380   AliITSsimulationFastPoints sim;
381   Int_t ncl=0;
382   for (Int_t m=0; m<mmax; m++) {
383     AliITSmodule *mod=its->GetModule(m);      
384     sim.CreateFastRecPoints(mod,m,gRandom);      
385
386     RecPoints2Clusters(points, m, clusters);
387     its->ResetRecPoints();
388
389     ncl+=clusters->GetEntriesFast();
390     cTree->Fill();
391     clusters->Clear();
392   }
393
394   Info("Hits2Clusters","Number of found fast clusters : %d",ncl);
395
396   //cTree->Write();
397
398   delete clusters;
399
400   return 0;
401 }
402
403 //***********************************
404
405 #ifndef V1
406
407 void AliITSclustererV2:: 
408 FindCluster(Int_t k,Int_t maxz,AliBin *bins,Int_t &n,Int_t *idx) {
409   //------------------------------------------------------------
410   // returns an array of indices of digits belonging to the cluster
411   // (needed when the segmentation is not regular) 
412   //------------------------------------------------------------
413   if (n<200) idx[n++]=bins[k].GetIndex();
414   bins[k].Use();
415
416   if (bins[k-maxz].IsNotUsed()) FindCluster(k-maxz,maxz,bins,n,idx);
417   if (bins[k-1   ].IsNotUsed()) FindCluster(k-1   ,maxz,bins,n,idx);
418   if (bins[k+maxz].IsNotUsed()) FindCluster(k+maxz,maxz,bins,n,idx);
419   if (bins[k+1   ].IsNotUsed()) FindCluster(k+1   ,maxz,bins,n,idx);
420   /*
421   if (bins[k-maxz-1].IsNotUsed()) FindCluster(k-maxz-1,maxz,bins,n,idx);
422   if (bins[k-maxz+1].IsNotUsed()) FindCluster(k-maxz+1,maxz,bins,n,idx);
423   if (bins[k+maxz-1].IsNotUsed()) FindCluster(k+maxz-1,maxz,bins,n,idx);
424   if (bins[k+maxz+1].IsNotUsed()) FindCluster(k+maxz+1,maxz,bins,n,idx);
425   */
426 }
427
428 void AliITSclustererV2::
429 FindClustersSPD(const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
430   //------------------------------------------------------------
431   // Actual SPD cluster finder
432   //------------------------------------------------------------
433   Int_t kNzBins = fNzSPD + 2;
434   const Int_t kMAXBIN=kNzBins*(fNySPD+2);
435
436   Int_t ndigits=digits->GetEntriesFast();
437   AliBin *bins=new AliBin[kMAXBIN];
438
439   Int_t k;
440   AliITSdigitSPD *d=0;
441   for (k=0; k<ndigits; k++) {
442      d=(AliITSdigitSPD*)digits->UncheckedAt(k);
443      Int_t i=d->GetCoord2()+1;   //y
444      Int_t j=d->GetCoord1()+1;
445      bins[i*kNzBins+j].SetIndex(k);
446      bins[i*kNzBins+j].SetMask(1);
447   }
448    
449   Int_t n=0; TClonesArray &cl=*clusters;
450   for (k=0; k<kMAXBIN; k++) {
451      if (!bins[k].IsNotUsed()) continue;
452      Int_t ni=0, idx[200];
453      FindCluster(k,kNzBins,bins,ni,idx);
454      if (ni==200) {
455         Info("FindClustersSPD","Too big cluster !"); 
456         continue;
457      }
458      Int_t lab[4]; 
459      lab[0]=-2;
460      lab[1]=-2;
461      lab[2]=-2;
462      lab[3]=fNdet[fI];
463      Int_t milab[10];
464      for (Int_t ilab=0;ilab<10;ilab++){
465        milab[ilab]=-2;
466      }
467
468
469      d=(AliITSdigitSPD*)digits->UncheckedAt(idx[0]);
470      Int_t ymin=d->GetCoord2(),ymax=ymin;
471      Int_t zmin=d->GetCoord1(),zmax=zmin;
472      Float_t y=0.,z=0.,q=0.;
473      for (Int_t l=0; l<ni; l++) {
474         d=(AliITSdigitSPD*)digits->UncheckedAt(idx[l]);
475
476         if (ymin > d->GetCoord2()) ymin=d->GetCoord2();
477         if (ymax < d->GetCoord2()) ymax=d->GetCoord2();
478         if (zmin > d->GetCoord1()) zmin=d->GetCoord1();
479         if (zmax < d->GetCoord1()) zmax=d->GetCoord1();
480
481         Int_t lab0=(d->GetTracks())[0];      
482         if (lab0>=0) {
483           if (lab[0]<0) {
484              lab[0]=lab0;
485           } else if (lab[1]<0) {
486             if (lab0!=lab[0]) lab[1]=lab0;
487           } else if (lab[2]<0) {
488             if (lab0!=lab[0])
489             if (lab0!=lab[1]) lab[2]=lab0;
490           }
491         }
492         Float_t qq=d->GetSignal();
493         y+=qq*fYSPD[d->GetCoord2()]; z+=qq*fZSPD[d->GetCoord1()]; q+=qq;   
494         // MI addition - find all labels
495         for (Int_t dlab=0;dlab<3;dlab++){
496           Int_t digitlab = (d->GetTracks())[dlab];
497           if (digitlab<0) continue;
498           for (Int_t index=0;index<10;index++){
499             if (milab[index]<0)  {
500               milab[index] = digitlab;      
501               break;
502             }
503             if (milab[index]==digitlab) break;
504           }
505         }
506      }     
507      y/=q; z/=q;
508      y-=fHwSPD; z-=fHlSPD;
509
510      Float_t lp[5];
511      lp[0]=-(-y+fYshift[fI]); if (fI<=fLastSPD1) lp[0]=-lp[0];
512      lp[1]=  -z+fZshift[fI];
513      // Float_t factor=TMath::Max(double(ni-3.),1.5);
514      Float_t factor=1.5;
515      lp[2]= (fYpitchSPD*fYpitchSPD/12.)*factor;
516      lp[3]= (fZ1pitchSPD*fZ1pitchSPD/12.)*factor;
517      //lp[4]= q;
518      lp[4]= (zmax-zmin+1)*100 + (ymax-ymin+1);
519
520      CheckLabels(lab);
521      CheckLabels2(milab);
522      CheckLabels2(milab);
523      milab[3]=fNdet[fI];
524      d=(AliITSdigitSPD*)digits->UncheckedAt(idx[0]);
525      Int_t info[3] = {ni,0,1};
526      new (cl[n]) AliITSclusterV2(milab,lp,info); n++; 
527   }
528
529   delete [] bins;
530 }
531
532 void AliITSclustererV2::FindClustersSPD(AliITSRawStream* input, 
533                                         TClonesArray** clusters) 
534 {
535   //------------------------------------------------------------
536   // Actual SPD cluster finder for raw data
537   //------------------------------------------------------------
538
539   Int_t nClustersSPD = 0;
540   Int_t kNzBins = fNzSPD + 2;
541   Int_t kNyBins = fNySPD + 2;
542   Int_t kMaxBin = kNzBins * kNyBins;
543   AliBin* bins = NULL;
544
545   // read raw data input stream
546   while (kTRUE) {
547     Bool_t next = input->Next();
548     if (!next || input->IsNewModule()) {
549       Int_t iModule = input->GetPrevModuleID();
550
551       // when all data from a module was read, search for clusters
552       if (bins) { 
553         clusters[iModule] = new TClonesArray("AliITSclusterV2");
554         Int_t nClusters = 0;
555
556         for (Int_t iBin = 0; iBin < kMaxBin; iBin++) {
557           if (bins[iBin].IsUsed()) continue;
558           Int_t nBins = 0;
559           Int_t idxBins[200];
560           FindCluster(iBin, kNzBins, bins, nBins, idxBins);
561           if (nBins == 200) {
562             Error("FindClustersSPD", "SPD: Too big cluster !\n"); 
563             continue;
564           }
565
566           Int_t label[4]; 
567           label[0] = -2;
568           label[1] = -2;
569           label[2] = -2;
570 //        label[3] = iModule;
571           label[3] = fNdet[iModule];
572
573           Int_t ymin = (idxBins[0] / kNzBins) - 1;
574           Int_t ymax = ymin;
575           Int_t zmin = (idxBins[0] % kNzBins) - 1;
576           Int_t zmax = zmin;
577           Float_t y = 0.;
578           Float_t z = 0.;
579           Float_t q = 0.;
580           for (Int_t idx = 0; idx < nBins; idx++) {
581             Int_t iy = (idxBins[idx] / kNzBins) - 1;
582             Int_t iz = (idxBins[idx] % kNzBins) - 1;
583             if (ymin > iy) ymin = iy;
584             if (ymax < iy) ymax = iy;
585             if (zmin > iz) zmin = iz;
586             if (zmax < iz) zmax = iz;
587
588             Float_t qBin = bins[idxBins[idx]].GetQ();
589             y += qBin * fYSPD[iy]; 
590             z += qBin * fZSPD[iz]; 
591             q += qBin;   
592           }
593           y /= q; 
594           z /= q;
595           y -= fHwSPD; 
596           z -= fHlSPD;
597
598           Float_t hit[5];  // y, z, sigma(y)^2, sigma(z)^2, charge
599           hit[0] = -y-fYshift[iModule]; 
600           if (iModule <= fLastSPD1) hit[0] = -hit[0];
601           hit[1] = z+fZshift[iModule];
602           hit[2] = fYpitchSPD*fYpitchSPD/12.;
603           hit[3] = fZ1pitchSPD*fZ1pitchSPD/12.;
604 //        hit[4] = q;
605           hit[4] = (zmax-zmin+1)*100 + (ymax-ymin+1);
606
607           CheckLabels(label);
608           Int_t info[3]={0,0,0};
609           new (clusters[iModule]->AddrAt(nClusters)) 
610             AliITSclusterV2(label, hit,info); 
611           nClusters++;
612         }
613
614         nClustersSPD += nClusters;
615         delete bins;
616       }
617
618       if (!next) break;
619       bins = new AliBin[kMaxBin];
620     }
621
622     // fill the current digit into the bins array
623     Int_t index = (input->GetCoord2()+1) * kNzBins + (input->GetCoord1()+1);
624     bins[index].SetIndex(index);
625     bins[index].SetMask(1);
626     bins[index].SetQ(1);
627   }
628
629   Info("FindClustersSPD", "found clusters in ITS SPD: %d", nClustersSPD);
630 }
631
632
633 Bool_t AliITSclustererV2::IsMaximum(Int_t k,Int_t max,const AliBin *bins) {
634   //------------------------------------------------------------
635   //is this a local maximum ?
636   //------------------------------------------------------------
637   UShort_t q=bins[k].GetQ();
638   if (q==1023) return kFALSE;
639   if (bins[k-max].GetQ() > q) return kFALSE;
640   if (bins[k-1  ].GetQ() > q) return kFALSE; 
641   if (bins[k+max].GetQ() > q) return kFALSE; 
642   if (bins[k+1  ].GetQ() > q) return kFALSE; 
643   if (bins[k-max-1].GetQ() > q) return kFALSE;
644   if (bins[k+max-1].GetQ() > q) return kFALSE; 
645   if (bins[k+max+1].GetQ() > q) return kFALSE; 
646   if (bins[k-max+1].GetQ() > q) return kFALSE;
647   return kTRUE; 
648 }
649
650 void AliITSclustererV2::
651 FindPeaks(Int_t k,Int_t max,AliBin *b,Int_t *idx,UInt_t *msk,Int_t& n) {
652   //------------------------------------------------------------
653   //find local maxima
654   //------------------------------------------------------------
655   if (n<31)
656   if (IsMaximum(k,max,b)) {
657     idx[n]=k; msk[n]=(2<<n);
658     n++;
659   }
660   b[k].SetMask(0);
661   if (b[k-max].GetMask()&1) FindPeaks(k-max,max,b,idx,msk,n);
662   if (b[k-1  ].GetMask()&1) FindPeaks(k-1  ,max,b,idx,msk,n);
663   if (b[k+max].GetMask()&1) FindPeaks(k+max,max,b,idx,msk,n);
664   if (b[k+1  ].GetMask()&1) FindPeaks(k+1  ,max,b,idx,msk,n);
665 }
666
667 void AliITSclustererV2::
668 MarkPeak(Int_t k, Int_t max, AliBin *bins, UInt_t m) {
669   //------------------------------------------------------------
670   //mark this peak
671   //------------------------------------------------------------
672   UShort_t q=bins[k].GetQ();
673
674   bins[k].SetMask(bins[k].GetMask()|m); 
675
676   if (bins[k-max].GetQ() <= q)
677      if ((bins[k-max].GetMask()&m) == 0) MarkPeak(k-max,max,bins,m);
678   if (bins[k-1  ].GetQ() <= q)
679      if ((bins[k-1  ].GetMask()&m) == 0) MarkPeak(k-1  ,max,bins,m);
680   if (bins[k+max].GetQ() <= q)
681      if ((bins[k+max].GetMask()&m) == 0) MarkPeak(k+max,max,bins,m);
682   if (bins[k+1  ].GetQ() <= q)
683      if ((bins[k+1  ].GetMask()&m) == 0) MarkPeak(k+1  ,max,bins,m);
684 }
685
686 void AliITSclustererV2::
687 MakeCluster(Int_t k,Int_t max,AliBin *bins,UInt_t m,AliITSclusterV2 &c) {
688   //------------------------------------------------------------
689   //make cluster using digits of this peak
690   //------------------------------------------------------------
691   Float_t q=(Float_t)bins[k].GetQ();
692   Int_t i=k/max, j=k-i*max;
693
694   c.SetQ(c.GetQ()+q);
695   c.SetY(c.GetY()+i*q); 
696   c.SetZ(c.GetZ()+j*q); 
697   c.SetSigmaY2(c.GetSigmaY2()+i*i*q);
698   c.SetSigmaZ2(c.GetSigmaZ2()+j*j*q);
699
700   bins[k].SetMask(0xFFFFFFFE);
701   
702   if (bins[k-max].GetMask() == m) MakeCluster(k-max,max,bins,m,c);
703   if (bins[k-1  ].GetMask() == m) MakeCluster(k-1  ,max,bins,m,c);
704   if (bins[k+max].GetMask() == m) MakeCluster(k+max,max,bins,m,c);
705   if (bins[k+1  ].GetMask() == m) MakeCluster(k+1  ,max,bins,m,c);
706 }
707
708 void AliITSclustererV2::
709 FindClustersSDD(AliBin* bins[2], Int_t nMaxBin, Int_t nzBins, 
710                 const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
711   //------------------------------------------------------------
712   // Actual SDD cluster finder
713   //------------------------------------------------------------
714   Int_t ncl=0; TClonesArray &cl=*clusters;
715   for (Int_t s=0; s<2; s++)
716     for (Int_t i=0; i<nMaxBin; i++) {
717       if (bins[s][i].IsUsed()) continue;
718       Int_t idx[32]; UInt_t msk[32]; Int_t npeaks=0;
719       FindPeaks(i, nzBins, bins[s], idx, msk, npeaks);
720
721       if (npeaks>30) continue;
722
723       Int_t k,l;
724       for (k=0; k<npeaks-1; k++){//mark adjacent peaks
725         if (idx[k] < 0) continue; //this peak is already removed
726         for (l=k+1; l<npeaks; l++) {
727            if (idx[l] < 0) continue; //this peak is already removed
728            Int_t ki=idx[k]/nzBins, kj=idx[k] - ki*nzBins;
729            Int_t li=idx[l]/nzBins, lj=idx[l] - li*nzBins;
730            Int_t di=TMath::Abs(ki - li);
731            Int_t dj=TMath::Abs(kj - lj);
732            if (di>1 || dj>1) continue;
733            if (bins[s][idx[k]].GetQ() > bins[s][idx[l]].GetQ()) {
734               msk[l]=msk[k];
735               idx[l]*=-1;
736            } else {
737               msk[k]=msk[l];
738               idx[k]*=-1;
739               break;
740            } 
741         }
742       }
743
744       for (k=0; k<npeaks; k++) {
745         MarkPeak(TMath::Abs(idx[k]), nzBins, bins[s], msk[k]);
746       }
747         
748       for (k=0; k<npeaks; k++) {
749          if (idx[k] < 0) continue; //removed peak
750          AliITSclusterV2 c;
751          MakeCluster(idx[k], nzBins, bins[s], msk[k], c);
752          //mi change
753          Int_t milab[10];
754          for (Int_t ilab=0;ilab<10;ilab++){
755            milab[ilab]=-2;
756          }
757
758          /*
759          Float_t s2 = c.GetSigmaY2()/c.GetQ() - c.GetY()*c.GetY();
760          Float_t w=par->GetPadPitchWidth(sec);
761          c.SetSigmaY2((s2 + 1./12.)*w*w);
762          if (s2 != 0.) {
763            c.SetSigmaY2(c.GetSigmaY2()*0.108);
764            if (sec<par->GetNInnerSector()) c.SetSigmaY2(c.GetSigmaY2()*2.07);
765          }
766
767          s2 = c.GetSigmaZ2()/c.GetQ() - c.GetZ()*c.GetZ();
768          w=par->GetZWidth();
769          c.SetSigmaZ2((s2 + 1./12.)*w*w);
770          if (s2 != 0.) {
771            c.SetSigmaZ2(c.GetSigmaZ2()*0.169);
772            if (sec<par->GetNInnerSector()) c.SetSigmaZ2(c.GetSigmaZ2()*1.77);
773          }
774          */
775
776          c.SetSigmaY2(0.0030*0.0030);
777          c.SetSigmaZ2(0.0020*0.0020);
778          c.SetDetectorIndex(fNdet[fI]);
779
780          Float_t y=c.GetY(),z=c.GetZ(), q=c.GetQ();
781          y/=q; z/=q;
782
783          y=(y-0.5)*fYpitchSDD;
784          y-=fHwSDD;
785          y-=fYoffSDD;  //delay ?
786          if (s) y=-y;
787
788          z=(z-0.5)*fZpitchSDD;
789          z-=fHlSDD;
790
791          y=-(-y+fYshift[fI]);
792          z=  -z+fZshift[fI];
793          c.SetY(y);
794          c.SetZ(z);
795
796          c.SetQ(q/12.7);  //to be consistent with the SSD charges
797
798          if (c.GetQ() < 20.) continue; //noise cluster
799
800          if (digits) {
801            AliBin *b=&bins[s][idx[k]];
802            AliITSdigitSDD* d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
803            Int_t l0=(d->GetTracks())[0];
804            //if (l0<0) {
805              b=&bins[s][idx[k]-1];
806              if (b->GetQ()>0) {
807                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
808                l0=(d->GetTracks())[0];
809                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
810                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
811                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
812              }
813              //}
814              //if (l0<0) {
815              b=&bins[s][idx[k]+1];
816              if (b->GetQ()>0) {
817                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
818                l0=(d->GetTracks())[0];
819                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
820                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
821                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
822              }
823              // }
824              //if (l0<0) {
825              b=&bins[s][idx[k]-nzBins];
826              if (b->GetQ()>0) {
827                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
828                l0=(d->GetTracks())[0];
829                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
830                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
831                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
832              }
833              //}
834              //if (l0<0) {
835              b=&bins[s][idx[k]+nzBins];
836              if (b->GetQ()>0) {
837                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
838                l0=(d->GetTracks())[0];
839                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
840                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
841                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
842              }
843              //}
844
845              //if (l0<0) {
846              b=&bins[s][idx[k]+nzBins+1];
847              if (b->GetQ()>0) {
848                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
849                l0=(d->GetTracks())[0];
850                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
851                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
852                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
853              }
854              //}
855              //if (l0<0) {
856              b=&bins[s][idx[k]+nzBins-1];
857              if (b->GetQ()>0) {
858                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
859                l0=(d->GetTracks())[0];
860                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
861                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
862                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
863              }
864              //}
865              //if (l0<0) {
866              b=&bins[s][idx[k]-nzBins+1];
867              if (b->GetQ()>0) {
868                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
869                l0=(d->GetTracks())[0];
870                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
871                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
872                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
873              }
874              //}
875              //if (l0<0) {
876              b=&bins[s][idx[k]-nzBins-1];
877              if (b->GetQ()>0) {
878                d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(b->GetIndex());
879                l0=(d->GetTracks())[0];
880                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[0]); 
881                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[1]); 
882                AddLabel(milab, (d->GetTracks())[2]); 
883              }
884              //}
885
886            {
887              Int_t lab[3];
888              lab[0]=(d->GetTracks())[0];
889              lab[1]=(d->GetTracks())[1];
890              lab[2]=(d->GetTracks())[2];
891              CheckLabels(lab);
892              CheckLabels2(milab); 
893              c.SetLabel(milab[0],0);
894              c.SetLabel(milab[1],1);
895              c.SetLabel(milab[2],2);
896              c.SetLayer(3);
897            }
898          }
899
900          new (cl[ncl]) AliITSclusterV2(c); ncl++;
901       }
902     }
903 }
904
905 void AliITSclustererV2::
906 FindClustersSDD(const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
907   //------------------------------------------------------------
908   // Actual SDD cluster finder
909   //------------------------------------------------------------
910   Int_t kNzBins = fNzSDD + 2;
911   const Int_t kMAXBIN=kNzBins*(fNySDD+2);
912
913   AliBin *bins[2];
914   bins[0]=new AliBin[kMAXBIN];
915   bins[1]=new AliBin[kMAXBIN];
916
917   AliITSdigitSDD *d=0;
918   Int_t i, ndigits=digits->GetEntriesFast();
919   for (i=0; i<ndigits; i++) {
920      d=(AliITSdigitSDD*)digits->UncheckedAt(i);
921      Int_t y=d->GetCoord2()+1;   //y
922      Int_t z=d->GetCoord1()+1;   //z
923      Int_t q=d->GetSignal();
924
925
926      if (z <= fNzSDD) {
927        bins[0][y*kNzBins+z].SetQ(q);
928        bins[0][y*kNzBins+z].SetMask(1);
929        bins[0][y*kNzBins+z].SetIndex(i);
930      } else {
931        z-=fNzSDD; 
932        bins[1][y*kNzBins+z].SetQ(q);
933        bins[1][y*kNzBins+z].SetMask(1);
934        bins[1][y*kNzBins+z].SetIndex(i);
935      }
936   }
937   
938   FindClustersSDD(bins, kMAXBIN, kNzBins, digits, clusters);
939
940   delete[] bins[0];
941   delete[] bins[1];
942 }
943
944 void AliITSclustererV2::FindClustersSDD(AliITSRawStream* input, 
945                                         TClonesArray** clusters) 
946 {
947   //------------------------------------------------------------
948   // Actual SDD cluster finder for raw data
949   //------------------------------------------------------------
950   Int_t nClustersSDD = 0;
951   Int_t kNzBins = fNzSDD + 2;
952   Int_t kMaxBin = kNzBins * (fNySDD+2);
953   AliBin* bins[2] = {NULL, NULL};
954
955   // read raw data input stream
956   while (kTRUE) {
957     Bool_t next = input->Next();
958     if (!next || input->IsNewModule()) {
959       Int_t iModule = input->GetPrevModuleID();
960
961       // when all data from a module was read, search for clusters
962       if (bins[0]) { 
963         clusters[iModule] = new TClonesArray("AliITSclusterV2");
964         fI = iModule;
965         FindClustersSDD(bins, kMaxBin, kNzBins, NULL, clusters[iModule]);
966         Int_t nClusters = clusters[iModule]->GetEntriesFast();
967         nClustersSDD += nClusters;
968         delete[] bins[0];
969         delete[] bins[1];
970       }
971
972       if (!next) break;
973       bins[0] = new AliBin[kMaxBin];
974       bins[1] = new AliBin[kMaxBin];
975     }
976
977     // fill the current digit into the bins array
978     Int_t iz = input->GetCoord1()+1;
979     Int_t side = ((iz <= fNzSDD) ? 0 : 1);
980     iz -= side*fNzSDD;
981     Int_t index = (input->GetCoord2()+1) * kNzBins + iz;
982     bins[side][index].SetQ(input->GetSignal());
983     bins[side][index].SetMask(1);
984     bins[side][index].SetIndex(index);
985   }
986
987   Info("FindClustersSDD", "found clusters in ITS SDD: %d", nClustersSDD);
988 }
989
990 void AliITSclustererV2::
991 FindClustersSSD(Ali1Dcluster* neg, Int_t nn, 
992                 Ali1Dcluster* pos, Int_t np,
993                 TClonesArray *clusters) {
994   //------------------------------------------------------------
995   // Actual SSD cluster finder
996   //------------------------------------------------------------
997   TClonesArray &cl=*clusters;
998
999   Int_t lab[4]={-2,-2,-2,-2};
1000   Float_t tanp=fTanP, tann=fTanN;
1001   if (fI>fLastSSD1) {tann=fTanP; tanp=fTanN;}
1002
1003   Int_t idet=fNdet[fI];
1004   Int_t ncl=0;
1005   for (Int_t i=0; i<np; i++) {
1006     //Float_t dq_min=1.e+33;
1007     Float_t ybest=1000,zbest=1000,qbest=0;
1008     Float_t yp=pos[i].GetY()*fYpitchSSD; 
1009     for (Int_t j=0; j<nn; j++) {
1010       //if (pos[i].fTracks[0] != neg[j].fTracks[0]) continue;
1011       Float_t yn=neg[j].GetY()*fYpitchSSD;
1012       Float_t zt=(2*fHlSSD*tanp + yp - yn)/(tann+tanp);
1013       Float_t yt=yn + tann*zt;
1014       zt-=fHlSSD; yt-=fHwSSD;
1015       if (TMath::Abs(yt)<fHwSSD+0.01)
1016       if (TMath::Abs(zt)<fHlSSD+0.01) {
1017       //if (TMath::Abs(pos[i].GetQ()-neg[j].GetQ())<dq_min) {
1018         //dq_min=TMath::Abs(pos[i].GetQ()-neg[j].GetQ());
1019         ybest=yt; zbest=zt; 
1020         qbest=0.5*(pos[i].GetQ()+neg[j].GetQ());
1021
1022         lab[0]=pos[i].GetLabel(0);
1023         lab[1]=pos[i].GetLabel(1);
1024         lab[2]=neg[i].GetLabel(0);
1025         lab[3]=(((i<<10) + j)<<10) + idet; // pos|neg|det
1026         Float_t lp[5];
1027         lp[0]=-(-ybest+fYshift[fI]);
1028         lp[1]=  -zbest+fZshift[fI];
1029         lp[2]=0.0025*0.0025*1.5;  //SigmaY2 - 1.5 safety factor
1030         lp[3]=0.110*0.110*1.5;  //SigmaZ2   - 1.5 safety factor
1031         if (pos[i].GetNd()+neg[j].GetNd() > 4) {
1032            lp[2]*=9;
1033            lp[3]*=9;
1034         }
1035         lp[4]=qbest;        //Q
1036         Int_t milab[10];
1037         for (Int_t ilab=0;ilab<10;ilab++) milab[ilab]=-2;
1038         milab[0]=pos[i].GetLabel(0);
1039         milab[1]=neg[j].GetLabel(0);
1040         milab[2]=pos[i].GetLabel(1);
1041         milab[3]=neg[j].GetLabel(1);
1042         milab[4]=pos[i].GetLabel(2);
1043         milab[5]=neg[j].GetLabel(2);
1044         //
1045         CheckLabels(lab);
1046         CheckLabels2(milab);
1047         milab[3]=(((i<<10) + j)<<10) + idet; // pos|neg|det
1048         Int_t info[3] = {0,0,5};
1049         new (cl[ncl]) AliITSclusterV2(milab,lp,info); ncl++;
1050       }
1051     }
1052     /*
1053     if (ybest<100) {
1054        lab[3]=idet;
1055        Float_t lp[5];
1056        lp[0]=-ybest-fYshift[fI];
1057        lp[1]= zbest+fZshift[fI];
1058        lp[2]=0.002*0.002;  //SigmaY2
1059        lp[3]=0.080*0.080;  //SigmaZ2
1060        lp[4]=qbest;        //Q
1061        //
1062        new (cl[ncl]) AliITSclusterV2(lab,lp); ncl++;
1063     }
1064     */
1065   }
1066 }
1067
1068 void AliITSclustererV2::
1069 FindClustersSSD(const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
1070   //------------------------------------------------------------
1071   // Actual SSD cluster finder
1072   //------------------------------------------------------------
1073   Int_t smax=digits->GetEntriesFast();
1074   if (smax==0) return;
1075
1076   const Int_t MAX=1000;
1077   Int_t np=0, nn=0; 
1078   Ali1Dcluster pos[MAX], neg[MAX];
1079   Float_t y=0., q=0., qmax=0.; 
1080   Int_t lab[4]={-2,-2,-2,-2};
1081
1082   AliITSdigitSSD *d=(AliITSdigitSSD*)digits->UncheckedAt(0);
1083   q += d->GetSignal();
1084   y += d->GetCoord2()*d->GetSignal();
1085   qmax=d->GetSignal();
1086   lab[0]=d->GetTrack(0); lab[1]=d->GetTrack(1); lab[2]=d->GetTrack(2);
1087   Int_t curr=d->GetCoord2();
1088   Int_t flag=d->GetCoord1();
1089   Int_t *n=&nn;
1090   Ali1Dcluster *c=neg;
1091   Int_t nd=1;
1092   for (Int_t s=1; s<smax; s++) {
1093       d=(AliITSdigitSSD*)digits->UncheckedAt(s);
1094       Int_t strip=d->GetCoord2();
1095       if ((strip-curr) > 1 || flag!=d->GetCoord1()) {
1096          c[*n].SetY(y/q);
1097          c[*n].SetQ(q);
1098          c[*n].SetNd(nd);
1099          c[*n].SetLabels(lab);
1100          //Split suspiciously big cluster
1101          if (nd>3) {
1102             c[*n].SetY(y/q-0.5*nd);
1103             c[*n].SetQ(0.5*q);
1104             (*n)++;
1105             if (*n==MAX) {
1106               Error("FindClustersSSD","Too many 1D clusters !");
1107               return;
1108             }
1109             c[*n].SetY(y/q+0.5*nd);
1110             c[*n].SetQ(0.5*q);
1111             c[*n].SetNd(nd);
1112             c[*n].SetLabels(lab);
1113          }
1114          (*n)++;
1115          if (*n==MAX) {
1116           Error("FindClustersSSD","Too many 1D clusters !");
1117           return;
1118          }
1119          y=q=qmax=0.;
1120          nd=0;
1121          lab[0]=lab[1]=lab[2]=-2;
1122          if (flag!=d->GetCoord1()) { n=&np; c=pos; }
1123       }
1124       flag=d->GetCoord1();
1125       q += d->GetSignal();
1126       y += d->GetCoord2()*d->GetSignal();
1127       nd++;
1128       if (d->GetSignal()>qmax) {
1129          qmax=d->GetSignal();
1130          lab[0]=d->GetTrack(0); lab[1]=d->GetTrack(1); lab[2]=d->GetTrack(2);
1131       }
1132       curr=strip;
1133   }
1134   c[*n].SetY(y/q);
1135   c[*n].SetQ(q);
1136   c[*n].SetNd(nd);
1137   c[*n].SetLabels(lab);
1138   //Split suspiciously big cluster
1139   if (nd>3) {
1140      c[*n].SetY(y/q-0.5*nd);
1141      c[*n].SetQ(0.5*q);
1142      (*n)++;
1143      if (*n==MAX) {
1144         Error("FindClustersSSD","Too many 1D clusters !");
1145         return;
1146      }
1147      c[*n].SetY(y/q+0.5*nd);
1148      c[*n].SetQ(0.5*q);
1149      c[*n].SetNd(nd);
1150      c[*n].SetLabels(lab);
1151   }
1152   (*n)++;
1153   if (*n==MAX) {
1154      Error("FindClustersSSD","Too many 1D clusters !");
1155      return;
1156   }
1157
1158   FindClustersSSD(neg, nn, pos, np, clusters);
1159 }
1160
1161 void AliITSclustererV2::FindClustersSSD(AliITSRawStream* input, 
1162                                         TClonesArray** clusters) 
1163 {
1164   //------------------------------------------------------------
1165   // Actual SSD cluster finder for raw data
1166   //------------------------------------------------------------
1167   Int_t nClustersSSD = 0;
1168   const Int_t MAX = 1000;
1169   Ali1Dcluster clusters1D[2][MAX];
1170   Int_t nClusters[2] = {0, 0};
1171   Float_t q = 0.;
1172   Float_t y = 0.;
1173   Int_t nDigits = 0;
1174   Int_t prevStrip = -1;
1175   Int_t prevFlag = -1;
1176
1177   // read raw data input stream
1178   while (kTRUE) {
1179     Bool_t next = input->Next();
1180
1181     // check if a new cluster starts
1182     Int_t strip = input->GetCoord2();
1183     Int_t flag = input->GetCoord1();
1184     if ((!next || input->IsNewModule() ||
1185          (strip-prevStrip > 1) || (flag != prevFlag)) &&
1186         (nDigits > 0)) {
1187       if (nClusters[prevFlag] == MAX) {
1188         Error("FindClustersSSD", "Too many 1D clusters !");
1189         return;
1190       }
1191       Ali1Dcluster& cluster = clusters1D[prevFlag][nClusters[prevFlag]++];
1192       cluster.SetY(y/q);
1193       cluster.SetQ(q);
1194       cluster.SetNd(nDigits);
1195
1196       //Split suspiciously big cluster
1197       if (nDigits > 3) {
1198         cluster.SetY(y/q - 0.5*nDigits);
1199         cluster.SetQ(0.5*q);
1200         if (nClusters[prevFlag] == MAX) {
1201           Error("FindClustersSSD", "Too many 1D clusters !");
1202           return;
1203         }
1204         Ali1Dcluster& cluster2 = clusters1D[prevFlag][nClusters[prevFlag]++];
1205         cluster2.SetY(y/q + 0.5*nDigits);
1206         cluster2.SetQ(0.5*q);
1207         cluster2.SetNd(nDigits);
1208       }
1209       y = q = 0.;
1210       nDigits = 0;
1211     }
1212
1213     if (!next || input->IsNewModule()) {
1214       Int_t iModule = input->GetPrevModuleID();
1215
1216       // when all data from a module was read, search for clusters
1217       if (prevFlag >= 0) {
1218         clusters[iModule] = new TClonesArray("AliITSclusterV2");
1219         fI = iModule;
1220         FindClustersSSD(&clusters1D[0][0], nClusters[0], 
1221                         &clusters1D[1][0], nClusters[1], clusters[iModule]);
1222         Int_t nClusters = clusters[iModule]->GetEntriesFast();
1223         nClustersSSD += nClusters;
1224       }
1225
1226       if (!next) break;
1227       nClusters[0] = nClusters[1] = 0;
1228       y = q = 0.;
1229       nDigits = 0;
1230     }
1231
1232     // add digit to current cluster
1233     q += input->GetSignal();
1234     y += strip * input->GetSignal();
1235     nDigits++;
1236     prevStrip = strip;
1237     prevFlag = flag;
1238   }
1239
1240   Info("FindClustersSSD", "found clusters in ITS SSD: %d", nClustersSSD);
1241 }
1242
1243 #else   //V1
1244
1245 #include "AliITSDetType.h"
1246
1247 #include "AliITSsegmentationSPD.h"
1248 #include "AliITSClusterFinderSPD.h"
1249
1250 #include "AliITSresponseSDD.h"
1251 #include "AliITSsegmentationSDD.h"
1252 #include "AliITSClusterFinderSDD.h"
1253
1254 #include "AliITSsegmentationSSD.h"
1255 #include "AliITSClusterFinderSSD.h"
1256
1257
1258 void AliITSclustererV2::
1259 FindClustersSPD(const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
1260   //------------------------------------------------------------
1261   // Actual SPD cluster finding based on AliITSClusterFinderSPD
1262   //------------------------------------------------------------
1263   static AliITS *its=(AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
1264   static TClonesArray *points=its->RecPoints();
1265   static AliITSsegmentationSPD *seg=
1266          (AliITSsegmentationSPD *)its->DetType(0)->GetSegmentationModel();
1267   static AliITSClusterFinderSPD cf(seg, (TClonesArray*)digits, points);
1268
1269   cf.FindRawClusters(fI);
1270   RecPoints2Clusters(points, fI, clusters);
1271   its->ResetRecPoints();
1272
1273 }
1274
1275 void AliITSclustererV2::
1276 FindClustersSDD(const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
1277   //------------------------------------------------------------
1278   // Actual SDD cluster finding based on AliITSClusterFinderSDD
1279   //------------------------------------------------------------
1280   static AliITS *its=(AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
1281   static TClonesArray *points=its->RecPoints();
1282   static AliITSresponseSDD *resp=
1283         (AliITSresponseSDD *)its->DetType(1)->GetResponseModel();
1284   static AliITSsegmentationSDD *seg=
1285          (AliITSsegmentationSDD *)its->DetType(1)->GetSegmentationModel();
1286   static AliITSClusterFinderSDD 
1287          cf(seg,resp,(TClonesArray*)digits,its->ClustersAddress(1));
1288
1289   cf.FindRawClusters(fI);
1290   Int_t nc=points->GetEntriesFast();
1291   while (nc--) { //To be consistent with the SSD cluster charges
1292      AliITSRecPoint *p=(AliITSRecPoint*)points->UncheckedAt(nc);
1293      p->SetQ(p->GetQ()/12.);
1294   }
1295   RecPoints2Clusters(points, fI, clusters);
1296   its->ResetClusters(1);
1297   its->ResetRecPoints();
1298
1299 }
1300
1301 void AliITSclustererV2::
1302 FindClustersSSD(const TClonesArray *digits, TClonesArray *clusters) {
1303   //------------------------------------------------------------
1304   // Actual SSD cluster finding based on AliITSClusterFinderSSD
1305   //------------------------------------------------------------
1306   static AliITS *its=(AliITS*)gAlice->GetModule("ITS");
1307   static TClonesArray *points=its->RecPoints();
1308   static AliITSsegmentationSSD *seg=
1309          (AliITSsegmentationSSD *)its->DetType(2)->GetSegmentationModel();
1310   static AliITSClusterFinderSSD cf(seg,(TClonesArray*)digits);
1311
1312   cf.FindRawClusters(fI);
1313   RecPoints2Clusters(points, fI, clusters);
1314   its->ResetRecPoints();
1315
1316 }
1317
1318 #endif