merging RecPoints and ClustersV2. All ClusterFinders produce AliITSRecPoints objects...
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / AliITSgeom.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 // ITS geometry manipulation routines.                               //
20 // Created April 15 1999.                                            //
21 // version: 0.0.0                                                    //
22 // By: Bjorn S. Nilsen                                               //
23 // version: 0.0.1                                                    //
24 // Updated May 27 1999.                                              //
25 // Added Cylindrical random and global based changes.               //
26 // Added  function PrintComparison.                                  //
27 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
28
29
30 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
31 //     The local coordinate system by, default, is show in the following
32 // figures. Also shown are the ladder numbering scheme.
33 //Begin_Html
34 /*
35 <img src="picts/ITS/AliITSgeomMatrix_L1.gif">
36 </pre>
37 <br clear=left>
38 <font size=+2 color=blue>
39 <p>This shows the relative geometry differences between the ALICE Global
40 coordinate system and the local detector coordinate system.
41 </font>
42 <pre>
43
44 <pre>
45 <img src="picts/ITS/its1+2_convention_front_5.gif">
46 </pre>
47 <br clear=left>
48 <font size=+2 color=blue>
49 <p>This shows the front view of the SPDs and the orientation of the local
50 pixel coordinate system. Note that the inner pixel layer has its y coordinate
51 in the opposite direction from all of the other layers.
52 </font>
53 <pre>
54
55 <pre>
56 <img src="picts/ITS/its3+4_convention_front_5.gif">
57 </pre>
58 <br clear=left>
59 <font size=+2 color=blue>
60 <p>This shows the front view of the SDDs and the orientation of the local
61 pixel coordinate system.
62 </font>
63 <pre>
64
65 <pre>
66 <img src="picts/ITS/its5+6_convention_front_5.gif">
67 </pre>
68 <br clear=left>
69 <font size=+2 color=blue>
70 <p>This shows the front view of the SSDs and the orientation of the local
71 pixel coordinate system.
72 </font>
73 <pre>
74 */
75 //End_Html
76 //
77 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
78
79 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
80 //
81 // version: 0
82 // Written by Bjorn S. Nilsen
83 //
84 // Data Members:
85 //
86 // Int_t fNlayers
87 //     The number of ITS layers for this geometry. By default this
88 //  is 6, but can be modified by the creator function if there are
89 // more layers defined.
90 //
91 // Int_t *fNlad
92 //     A pointer to an array fNlayers long containing the number of 
93 // ladders for each layer. This array is typically created and filled 
94 // by the AliITSgeom creator function.
95 //
96 // Int_t *fNdet
97 //     A pointer to an array fNlayers long containing the number of
98 // active detector volumes for each ladder. This array is typically
99 // created and filled by the AliITSgeom creator function.
100 //
101 // AliITSgeomMatrix *fGm
102 //     A pointer to an array of AliITSgeomMatrix classes. One element 
103 // per module (detector) in the ITS. AliITSgeomMatrix basicly contains
104 // all of the necessary information about the detector and it's coordinate
105 // transformations.
106 //
107 // TObjArray *fShape
108 //     A pointer to an array of TObjects containing the detailed shape
109 // information for each type of detector used in the ITS. For example
110 // I have created AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD, and AliITSgeomSSD as
111 // example structures, derived from TObjects, to hold the detector
112 // information. I would recommend that one element in each of these
113 // structures, that which describes the shape of the active volume,
114 // be one of the ROOT classes derived from TShape. In this way it would
115 // be easy to have the display program display the correct active
116 // ITS volumes. See the example classes AliITSgeomSPD, AliITSgeomSDD,
117 // and AliITSgeomSSD for a more detailed example.
118 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
119 #include <Riostream.h>
120
121 #include <TRandom.h>
122 #include <TSystem.h>
123
124 #include "AliITSgeom.h"
125 #include "AliITSgeomSDD.h"
126 #include "AliITSgeomSPD.h"
127 #include "AliITSgeomSSD.h"
128 #include "AliLog.h"
129
130 ClassImp(AliITSgeom)
131
132 //______________________________________________________________________
133 AliITSgeom::AliITSgeom(){
134     //     The default constructor for the AliITSgeom class. It, by default,
135     // sets fNlayers to zero and zeros all pointers.
136     // Do not allocate anything zero everything.
137
138     fTrans   = 0; // standard GEANT global/local coordinate system.
139     fNlayers = 0;
140     fNlad    = 0;
141     fNdet    = 0;
142     fGm      = 0;
143     fShape   = 0;
144     strcpy(fVersion,"test");
145     return;
146 }
147 //______________________________________________________________________
148 AliITSgeom::AliITSgeom(Int_t itype,Int_t nlayers,Int_t *nlads,Int_t *ndets,
149                        Int_t mods){
150     //     A simple constructor to set basic geometry class variables
151     // Inputs:
152     // Int_t itype   the type of transformation kept.
153     //               bit 0 => Standard GEANT
154     //               bit 1 => ITS tracking
155     //               bit 2 => A change in the coordinate system has been made.
156     //               others are still to be defined as needed.
157     // Int_t nlayers The number of ITS layers also set the size of the arrays
158     // Int_t *nlads  an array of the number of ladders for each layer. This
159     //               array must be nlayers long.
160     // Int_t *ndets  an array of the number of detectors per ladder for each
161     //               layer. This array must be nlayers long.
162     // Int_t mods    The number of modules. Typicaly the sum of all the 
163     //               detectors on every layer and ladder.
164     // Outputs:
165     // none
166     Int_t i;
167
168     fTrans    = itype;
169     fNlayers  = nlayers;
170     fNlad     = new Int_t[nlayers];
171     fNdet     = new Int_t[nlayers];
172     for(i=0;i<nlayers;i++){fNlad[i] = nlads[i];fNdet[i] = ndets[i];}
173     fNmodules = mods;
174     fGm       = new TObjArray(mods,0);
175     fShape    = new TObjArray(5); // default value
176     for(i=0;i<5;i++) fShape->AddAt(0,i);
177     strcpy(fVersion,"test");
178     return;
179 }
180 //______________________________________________________________________
181 void AliITSgeom::CreatMatrix(Int_t mod,Int_t lay,Int_t lad,Int_t det,
182                              AliITSDetector idet,const Double_t tran[3],
183                              const Double_t rot[10]){
184     // Given the translation vector tran[3] and the rotation matrix rot[1],
185     // this function creates and adds to the TObject Array fGm the
186     // AliITSgeomMatrix object.
187     // Inputs are:
188     // Int_t           mod     The module number. The location in TObjArray
189     // Int_t           lay     The layer where this module is
190     // Int_t           lad     On which ladder this module is
191     // Int_t           det     Which detector on this ladder this module is
192     // AliITSDetector idet     The type of detector see AliITSgeom.h
193     // Double_t       tran[3]  The translation vector
194     // Double_t       rot[10]  The rotation matrix.
195     // Outputs are:
196     //   none
197     // The rot[10] matrix is set up like:
198     /*   / rot[0]  rot[1]  rot[2] \
199     //  |  rot[3]  rot[4]  rot[5]  |
200     //   \ rot[6]  rot[7]  rot[8] /  if(rot[9]!=0) then the Identity matrix
201     // is used regardless of the values in rot[0]-rot[8].
202     */
203     Int_t id[3];
204     Double_t r[3][3] = {{1.0,0.0,0.0},{0.0,1.0,0.0},{0.0,0.0,1.0}};
205
206     if(fGm->At(mod)!=0) delete fGm->At(mod);
207     id[0] = lay; id[1] = lad; id[2] = det;
208     if(rot[9]!=0.0) { // null rotation
209         r[0][0] = rot[0]; r[0][1] = rot[1]; r[0][2] = rot[2];
210         r[1][0] = rot[3]; r[1][1] = rot[4]; r[1][2] = rot[5];
211         r[2][0] = rot[6]; r[2][1] = rot[7]; r[2][2] = rot[8];
212     } // end if
213     fGm->AddAt(new AliITSgeomMatrix(idet,id,r,tran),mod);
214 }
215 //______________________________________________________________________
216 AliITSgeom::~AliITSgeom(){
217     //     The destructor for the AliITSgeom class. If the arrays fNlad,
218     // fNdet, or fGm have had memory allocated to them, there pointer values
219     // are non zero, then this memory space is freed and they are set
220     // to zero. In addition, fNlayers is set to zero. The destruction of
221     // TObjArray fShape is, by default, handled by the TObjArray destructor.
222
223    if(fGm!=0){
224      //for(Int_t i=0;i<fNlayers;i++) delete fGm->At(i);
225       fGm->Delete();
226       delete fGm;
227    } // end if fGm!=0
228    if(fNlad!=0) delete[] fNlad;
229    if(fNdet!=0) delete[] fNdet;
230    fNlayers = 0;
231    fNlad    = 0;
232    fNdet    = 0;
233    fGm      = 0;
234    return;
235 }
236 //______________________________________________________________________
237 void AliITSgeom::ReadNewFile(const char *filename){
238     // It is generaly preferred to define the geometry in AliITSgeom
239     // directly from the GEANT geometry, see AliITSvPPRasymm.cxx for
240     // and example. Under some circumstances this may not be possible.
241     // This function will read in a formatted file for all of the
242     // information needed to define the geometry in AliITSgeom.
243     // Unlike the older file format, this file may contain comments
244     // and the order of the data does not need to be completely
245     // respected. A file can be created using the function WriteNewFile
246     // defined below.
247     // Inputs are:
248     // const char *filename The file name of the file to be read in.
249     // Outputs are:
250     //  none
251     Int_t ncmd=9;
252     const char *cmda[]={"Version"        ,"fTrans"  ,"fNmodules",
253                         "fNlayers"       ,"fNladers","fNdetectors",
254                         "fNDetectorTypes","fShape"  ,"Matrix"};
255     Int_t i,j,lNdetTypes,ldet;
256     char cmd[20],c;
257     AliITSgeomSPD *spd=0;
258     AliITSgeomSDD *sdd=0;
259     AliITSgeomSSD *ssd=0;
260     AliITSgeomMatrix *m=0;
261     ifstream *fp=0;
262     char *filtmp=0;
263
264     filtmp = gSystem->ExpandPathName(filename);
265     AliInfo(Form("Reading New .det file %s",filtmp));
266     fp = new ifstream(filtmp,ios::in);  // open file to write
267     while(fp->get(c)!=NULL){ // for ever loop
268         if(c==' ') continue; // remove blanks
269         if(c=='\n') continue;
270         if(c=='#' || c=='!') {while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; continue;}
271         if(c=='/'){
272             fp->get(c);{
273               if(c=='/') {while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; continue;}
274                 if(c=='*'){
275                 NotYet:
276                     while(fp->get(c)) if(c=='*') break;
277                     fp->get(c);{
278                         if(c=='/') continue;
279                         goto NotYet;
280                     } //
281                 } // end if c=='*'
282             } // end if second /
283         } // end if first /
284         fp->putback(c);
285         *fp >> cmd;
286         for(i=0;i<ncmd;i++) if(strcmp(cmd,cmda[i])==0) break;
287         switch (i){
288         case 0:   // Version
289             *fp >> fVersion;
290             break;
291         case 1:  // fTrans
292             *fp >> fTrans;
293             break;
294         case 2:  // fNModules
295             *fp >> fNmodules;
296             if(fGm!=0){
297                 for(j=0;j<fGm->GetEntriesFast();j++) delete fGm->At(j);
298                 delete fGm;
299             } // end if
300             fGm = new TObjArray(fNmodules,0);
301             break;
302         case 3:  // fNlayers
303             *fp >> fNlayers;
304             if(fNlad!=0) delete fNlad;
305             if(fNdet!=0) delete fNdet;
306             fNlad = new Int_t[fNlayers];
307             fNdet = new Int_t[fNlayers];
308             break;
309         case 4:  // fNladers
310             for(j=0;j<fNlayers;j++) *fp >> fNlad[j];
311             break;
312         case 5:  // fNdetectors
313             for(j=0;j<fNlayers;j++) *fp >> fNdet[j];
314             break;
315         case 6:  // fNDetectorTypes
316             *fp >> lNdetTypes;
317             if(fShape!=0){
318                 for(j=0;j<fShape->GetEntriesFast();j++) delete fShape->At(j);
319                 delete fShape;
320             } // end if
321             fShape = new TObjArray(lNdetTypes,0);
322             break;
323         case 7:  // fShape
324             *fp >> ldet;
325             if(fShape==0) fShape = new TObjArray(5,0);
326             switch (ldet){
327             case kSPD :
328                 spd = new AliITSgeomSPD();
329                 *fp >> *spd;
330                 ReSetShape(ldet,spd);
331                 spd = 0;
332                 break;
333             case kSDD : case kSDDp:
334                 sdd = new AliITSgeomSDD();
335                 *fp >> *sdd;
336                 ReSetShape(ldet,sdd);
337                 sdd = 0;
338                 break;
339             case kSSD : case kSSDp :
340                 ssd = new AliITSgeomSSD();
341                 *fp >> *ssd;
342                 ReSetShape(ldet,ssd);
343                 ssd = 0;
344                 break;
345             default:
346                 AliError(Form("Unknown fShape type number=%d c=%c",ldet,c));
347                 while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; // skip to end of line.
348                 break;
349             } // end switch
350             break;
351         case 8:  // Matrix
352             *fp >> ldet;
353             if(fGm==0) fGm = new TObjArray(2270,0);
354             if(fGm->At(ldet)!=0) delete (fGm->At(ldet));
355             fGm->AddAt((TObject*)new AliITSgeomMatrix(),ldet);
356             m = (AliITSgeomMatrix*) fGm->At(ldet);
357             *fp >> *m;
358             m = 0;
359             break;
360         default:
361             AliError(Form("ReadNewFile","Data line i=%d c=%c",i,c));
362             while(fp->get(c)) if(c=='\n') break; // skip this line
363             break;
364         } // end switch i
365     } // end while
366     delete fp;
367
368     return;
369 }
370 //______________________________________________________________________
371 void AliITSgeom::WriteNewFile(const char *filename){
372     // Writes AliITSgeom, AliITSgeomMatrix, and the defined AliITSgeomS*D
373     // classes to a file in a format that is more readable and commendable.
374     // Inputs are:
375     // const char *filename The file name of the file to be write to.
376     // Outputs are:
377     //  none
378     ofstream *fp;
379     Int_t i;
380     char *filtmp;
381
382     filtmp = gSystem->ExpandPathName(filename);
383     cout << "AliITSgeom, Writing New .det file " << filtmp << endl;
384     fp = new ofstream(filtmp,ios::out);  // open file to write
385     *fp << "//Comment lines begin with two //, one #, or one !" << endl;
386     *fp << "#Blank lines are skipped including /* and */ sections." << endl;
387     *fp << "!and, in principle the order of the lines is not important" <<endl;
388     *fp << "/* In AliITSgeom.h are defined an enumerated type called" << endl;
389     *fp << " AliITSDetectors These are kSPD=" << (Int_t) kSPD ;
390     *fp << ", kSDD=" << (Int_t) kSDD << ", kSSD=" << (Int_t) kSSD;
391     *fp << ", kSSDp=" << (Int_t) kSSDp << ", and kSDDp=" << (Int_t) kSDDp;
392     *fp << "*/" << endl;
393     *fp << "Version " << fVersion << endl;//This should be consistent with the
394                                            // geometry version.
395     *fp << "fTrans " << fTrans << endl;
396     *fp << "fNmodules " << fNmodules << endl;
397     *fp << "fNlayers " << fNlayers << endl;
398     *fp << "fNladers ";
399     for(i=0;i<fNlayers;i++) *fp << fNlad[i] << " ";
400     *fp << endl;
401     *fp << "fNdetectors ";
402     for(i=0;i<fNlayers;i++) *fp << fNdet[i] << " ";
403     *fp << endl;
404     *fp << "fNDetectorTypes " << fShape->GetEntriesFast() << endl;
405     for(i=0;i<fShape->GetEntriesFast();i++){
406         if(!IsShapeDefined(i)) continue; // only print out used shapes.
407         switch (i){
408         case kSPD :
409             *fp << "fShape " << (Int_t) kSPD << " ";
410             *fp << *((AliITSgeomSPD*)(fShape->At(i)));
411             break;
412         case kSDD :
413             *fp << "fShape " << (Int_t) kSDD << " ";
414             *fp << *((AliITSgeomSDD*)(fShape->At(i)));
415             break;
416         case kSSD : case kSSDp :
417             *fp << "fShape " << i << " ";
418             *fp << *((AliITSgeomSSD*)(fShape->At(i)));
419             break;
420         default:
421             Error("AliITSgeom::WriteNewFile","Unknown Shape value");
422         } // end switch (i)
423     } // end for i
424     for(i=0;i<fNmodules;i++){
425         *fp << "Matrix " << i << " ";
426         *fp << *GetGeomMatrix(i);
427     } // end for i
428     *fp << "//End of File" << endl;;
429
430     delete fp;
431     return;
432 }
433 //______________________________________________________________________
434 AliITSgeom::AliITSgeom(const char *filename){
435     //     The constructor for the AliITSgeom class. All of the data to fill
436     // this structure is read in from the file given my the input filename.
437     // Inputs are:
438     // const char *filename The file name of the file to be read in.
439     // Outputs are:
440     //  none
441     FILE     *pf=0;
442     Int_t    i,lm=0,id[3];
443     Int_t    l,a,d;
444     Float_t  x,y,z,o,p,q,r,s,t;
445     Double_t rot6[6],tran[3];
446     char     buf[200],*buff=0; // input character buffer;
447     char *filtmp;
448
449     filtmp = gSystem->ExpandPathName(filename);
450     cout << "AliITSgeom reading old .det file " << filtmp << endl;
451     fShape = 0;
452     strcpy(fVersion,"DefauleV5");
453     pf = fopen(filtmp,"r");
454
455     fNlayers = 6; // set default number of ladders
456  TryAgain:
457     fNlad    = new Int_t[fNlayers];
458     fNdet    = new Int_t[fNlayers];
459     fNmodules = 0;
460     // find the number of ladders and detectors in this geometry.
461     for(i=0;i<fNlayers;i++){fNlad[i]=fNdet[i]=0;} // zero out arrays
462     while(fgets(buf,200,pf)!=NULL){ // for ever loop
463         for(i=0;i<200;i++)if(buf[i]!=' '){ // remove blank spaces.
464             buff = &(buf[i]);
465             break;
466         } // end for i
467         // remove blank lines and comments.
468         if(buff[0]=='\n'||buff[0]=='#'||buff[0]=='!'||
469            (buff[0]=='/'&&buff[1]=='/')) continue;
470         if(isalpha(buff[0])) { // must be the new file formated file.
471             fclose(pf);
472             delete[] fNlad;delete[] fNdet;
473             ReadNewFile(filename);
474             return;
475         } // end if isalpha(buff[0])
476         sscanf(buff,"%d %d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f",
477                &l,&a,&d,&x,&y,&z,&o,&p,&q,&r,&s,&t);
478         if(l>lm) lm = l;
479         if(l<1 || l>fNlayers) {
480             printf("error in file %s layer=%d min. is 1 max is %d\n",
481                    filename,l,fNlayers);
482             continue;
483         }// end if l
484         fNmodules++;
485         if(l<=fNlayers&&fNlad[l-1]<a) fNlad[l-1] = a;
486         if(l<=fNlayers&&fNdet[l-1]<d) fNdet[l-1] = d;
487     } // end while ever loop
488     if(lm>fNlayers){
489         delete[] fNlad;
490         delete[] fNdet;
491         fNlayers = lm;
492         goto TryAgain;
493     } // end if lm>fNlayers
494     // counted the number of ladders and detectors now allocate space.
495     fGm = new TObjArray(fNmodules,0);
496
497     // Set up Shapes for a default configuration of 6 layers.
498     fTrans   = 0; // standard GEANT global/local coordinate system.
499     // prepare to read in transforms
500     lm = 0; // reuse lm as counter of modules.
501     rewind(pf); // start over reading file
502     while(fgets(buf,200,pf)!=NULL){ // for ever loop
503         for(i=0;i<200;i++)if(buf[i]!=' '){ // remove blank spaces.
504             buff = &(buf[i]);
505             break;
506         } // end for i
507         // remove blank lines and comments.
508         if(buff[0]=='\n'||buff[0]=='#'||buff[0]=='!'||
509            (buff[0]=='/'&&buff[1]=='/')) continue;
510         x = y = z = o = p = q = r = s = t = 0.0;
511         sscanf(buff,"%d %d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f",
512                &l,&a,&d,&x,&y,&z,&o,&p,&q,&r,&s,&t);
513         if(l<1 || l>fNlayers) {
514             printf("error in file %s layer=%d min. is 1 max is %d/n",
515                    filename,l,fNlayers);
516             continue;
517         }// end if l
518         id[0] = l;id[1] = a;id[2] = d;
519         tran[0] = tran[1] = tran[2]  = 0.0;
520         tran[0] = (Double_t)x;tran[1] = (Double_t)y;tran[2] = (Double_t)z;
521         rot6[0] = rot6[1] = rot6[2] = rot6[3] = rot6[4] = rot6[5] =0.0;
522         rot6[0] = (Double_t)o;rot6[1] = (Double_t)p;rot6[2] = (Double_t)q;
523         rot6[3] = (Double_t)r;rot6[4] = (Double_t)s;rot6[5] = (Double_t)t;
524         switch (l){
525         case 1: case 2: // layer 1 or2 SPD
526             fGm->AddAt(new AliITSgeomMatrix(rot6,kSPD,id,tran),lm++);
527             break;
528         case 3: case 4: // layer 3 or 4 SDD
529             fGm->AddAt(new AliITSgeomMatrix(rot6,kSDD,id,tran),lm++);
530             break;
531         case 5: case 6: // layer 5 or 6 SSD
532             fGm->AddAt(new AliITSgeomMatrix(rot6,kSSD,id,tran),lm++);
533             break;
534         } // end switch
535     } // end while ever loop
536     fclose(pf);
537 }
538 //______________________________________________________________________
539 AliITSgeom::AliITSgeom(const AliITSgeom &source) : TObject(source){
540     //     The copy constructor for the AliITSgeom class. It calls the
541     // = operator function. See the = operator function for more details.
542     // Inputs are:
543     // AliITSgeom &source  The AliITSgeom class with which to make this
544     //                     a copy of.
545     // Outputs are:
546     // none.
547
548     *this = source;  // Just use the = operator for now.
549     return;
550 }
551 //______________________________________________________________________
552 AliITSgeom& AliITSgeom::operator=(const AliITSgeom &source){
553     //     The = operator function for the AliITSgeom class. It makes an
554     // independent copy of the class in such a way that any changes made
555     // to the copied class will not affect the source class in any way.
556     // This is required for many ITS alignment studies where the copied
557     // class is then modified by introducing some misalignment.
558     // Inputs are:
559     // AliITSgeom &source  The AliITSgeom class with which to make this
560     //                     a copy of.
561     // Outputs are:
562     // return  *this       The a new copy of source.
563    Int_t i;
564
565    if(this == &source) return *this; // don't assign to ones self.
566
567    // if there is an old structure allocated delete it first.
568    if(this->fGm != 0){
569       for(i=0;i<this->fNmodules;i++) delete this->fGm->At(i);
570       delete this->fGm;
571    } // end if fGm != 0 
572    if(fNlad != 0) delete[] fNlad;
573    if(fNdet != 0) delete[] fNdet;
574
575    this->fTrans    = source.fTrans;
576    this->fNmodules = source.fNmodules;
577    this->fNlayers = source.fNlayers;
578    this->fNlad = new Int_t[fNlayers];
579    for(i=0;i<this->fNlayers;i++) this->fNlad[i] = source.fNlad[i];
580    this->fNdet = new Int_t[fNlayers];
581    for(i=0;i<this->fNlayers;i++) this->fNdet[i] = source.fNdet[i];
582    this->fShape = new TObjArray(*(source.fShape));//This does not make a proper copy.
583    this->fGm = new TObjArray(this->fNmodules,0);
584    for(i=0;i<this->fNmodules;i++){
585        this->fGm->AddAt(new AliITSgeomMatrix(*(
586            (AliITSgeomMatrix*)(source.fGm->At(i)))),i);
587    } // end for i
588    return *this;
589 }
590 //______________________________________________________________________
591 Int_t AliITSgeom::GetModuleIndex(Int_t lay,Int_t lad,Int_t det){
592     //      This routine computes the module index number from the layer,
593     // ladder, and detector numbers. The number of ladders and detectors
594     // per layer is determined when this geometry package is constructed,
595     // see AliITSgeom(const char *filename) for specifics.
596     // Inputs are:
597     // Int_t lay  The layer number. Starting from 1.
598     // Int_t lad  The ladder number. Starting from 1.
599     // Int_t det  The detector number. Starting from 1.
600     // Outputs are:
601     // return the module index number, starting from zero.
602     Int_t i,j,k,id[3];
603
604     i = fNdet[lay-1] * (lad-1) + det - 1;
605     j = 0;
606     for(k=0;k<lay-1;k++) j += fNdet[k]*fNlad[k];
607     i = i+j;
608     if(i>=fNmodules) return -1;
609     GetGeomMatrix(i)->GetIndex(id);
610     if(id[0]==lay&&id[1]==lad&&id[2]==det) return i;
611     // Array of modules fGm is not in expected order. Search for this index
612     for(i=0;i<fNmodules;i++){
613         GetGeomMatrix(i)->GetIndex(id);
614         if(id[0]==lay&&id[1]==lad&&id[2]==det) return i;
615     } // end for i
616     // This layer ladder and detector combination does not exist return -1.
617     return -1;
618 }
619 //______________________________________________________________________
620 void AliITSgeom::GetModuleId(Int_t index,Int_t &lay,Int_t &lad,Int_t &det){
621     //      This routine computes the layer, ladder and detector number 
622     // given the module index number. The number of ladders and detectors
623     // per layer is determined when this geometry package is constructed,
624     // see AliITSgeom(const char *filename) for specifics.
625     // Inputs are:
626     // Int_t index  The module index number, starting from zero.
627     // Outputs are:
628     // Int_t lay    The layer number. Starting from 1.
629     // Int_t lad    The ladder number. Starting from 1.
630     // Int_t det    The detector number. Starting from 1.
631     Int_t id[3];
632     AliITSgeomMatrix *g = GetGeomMatrix(index);
633     if (g == 0x0)
634      {
635       Error("GetModuleId","Can not get GeoMatrix for index = %d",index);
636       lay = -1; lad = -1; det = -1;
637      }
638     else
639      {
640       g->GetIndex(id);
641       lay = id[0]; lad = id[1]; det = id[2];
642      }
643     return;
644
645     // The old way kept for posterity.
646 /*
647     Int_t i,j,k;
648     j = 0;
649     for(k=0;k<fNlayers;k++){
650         j += fNdet[k]*fNlad[k];
651         if(j>index)break;
652     } // end for k
653     lay = k+1;
654     i = index -j + fNdet[k]*fNlad[k];
655     j = 0;
656     for(k=0;k<fNlad[lay-1];k++){
657         j += fNdet[lay-1];
658         if(j>i)break;
659     } // end for k
660     lad = k+1;
661     det = 1+i-fNdet[lay-1]*k;
662     return;
663 */
664 }
665 //______________________________________________________________________
666 Int_t AliITSgeom::GetStartDet(Int_t dtype){
667     // returns the starting module index value for a give type of detector id.
668     // This assumes that the detector types are different on different layers
669     // and that they are not mixed up.
670     // Inputs are:
671     // Int_t dtype A detector type number. 0 for SPD, 1 for SDD, and 2 for SSD.
672     // outputs:
673     // return the module index for the first occurance of that detector type.
674
675     switch(dtype){
676     case 0:
677         return GetModuleIndex(1,1,1);
678         break;
679     case 1:
680         return GetModuleIndex(3,1,1);
681         break;
682     case 2:
683         return GetModuleIndex(5,1,1);
684         break;
685     default:
686         Warning("GetStartDet","undefined detector type %d",dtype);
687         return 0;
688     } // end switch
689
690     Warning("GetStartDet","undefined detector type %d",dtype);
691     return 0;
692 }
693 //______________________________________________________________________
694 Int_t AliITSgeom::GetLastDet(Int_t dtype){
695     // returns the last module index value for a give type of detector id.
696     // This assumes that the detector types are different on different layers
697     // and that they are not mixed up.
698     // Inputs are:
699     // Int_t dtype A detector type number. 0 for SPD, 1 for SDD, and 2 for SSD.
700     // outputs are:
701     // return the module index for the last occurance of that detector type.
702
703     switch(dtype){
704     case 0:
705         return GetLastSPD();
706         break;
707     case 1:
708         return GetLastSDD();
709         break;
710     case 2:
711         return GetLastSSD();
712         break;
713     default:
714         Warning("GetLastDet","undefined detector type %d",dtype);
715         return 0;
716     } // end switch
717
718     Warning("GetLastDet","undefined detector type %d",dtype);
719     return 0;
720 }
721 //______________________________________________________________________
722 void AliITSgeom::PrintComparison(FILE *fp,AliITSgeom *other){
723     //     This function was primarily created for diagnostic reasons. It
724     // print to a file pointed to by the file pointer fp the difference
725     // between two AliITSgeom classes. The format of the file is basicly,
726     // define d? to be the difference between the same element of the two
727     // classes. For example dfrx = this->GetGeomMatrix(i)->frx 
728     // - other->GetGeomMatrix(i)->frx.
729     // if(at least one of dfx0, dfy0, dfz0,dfrx,dfry,dfrz are non zero) then
730     // print layer ladder detector dfx0 dfy0 dfz0 dfrx dfry dfrz
731     // if(at least one of the 9 elements of dfr[] are non zero) then print
732     // layer ladder detector dfr[0] dfr[1] dfr[2]
733     //                       dfr[3] dfr[4] dfr[5]
734     //                       dfr[6] dfr[7] dfr[8]
735     // Only non zero values are printed to save space. The differences are
736     // typical written to a file because there are usually a lot of numbers
737     // printed out and it is usually easier to read them in some nice editor
738     // rather than zooming quickly past you on a screen. fprintf is used to
739     // do the printing. The fShapeIndex difference is not printed at this time.
740     // Inputs are:
741     // FILE *fp           A file pointer to an opened file for writing in which
742     //                    the results of the comparison will be written.
743     // AliITSgeom *other  The other AliITSgeom class to which this one is
744     //                    being compared.
745     // outputs are:
746     // none
747     Int_t    i,j,idt[3],ido[3];
748     Double_t tt[3],to[3];  // translation
749     Double_t rt[3],ro[3];  // phi in radians
750     Double_t mt[3][3],mo[3][3]; // matrixes
751     AliITSgeomMatrix *gt,*go;
752     Bool_t   t;
753
754     for(i=0;i<this->fNmodules;i++){
755         gt  =  this->GetGeomMatrix(i);
756         go  = other->GetGeomMatrix(i);
757         gt->GetIndex(idt);
758         go->GetIndex(ido);
759         t = kFALSE;
760         for(i=0;i<3;i++) t = t&&idt[i]!=ido[i];
761         if(t) fprintf(fp,"%4.4d %1.1d %2.2d %2.2d %1.1d %2.2d %2.2d\n",i,
762                       idt[0],idt[1],idt[2],ido[0],ido[1],ido[2]);
763         gt->GetTranslation(tt);
764         go->GetTranslation(to);
765         gt->GetAngles(rt);
766         go->GetAngles(ro);
767         t = kFALSE;
768         for(i=0;i<3;i++) t = t&&tt[i]!=to[i];
769         if(t) fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d dTrans=%f %f %f drot=%f %f %f\n",
770                       idt[0],idt[1],idt[2],
771                       tt[0]-to[0],tt[1]-to[1],tt[2]-to[2],
772                       rt[0]-ro[0],rt[1]-ro[1],rt[2]-ro[2]);
773         t = kFALSE;
774         gt->GetMatrix(mt);
775         go->GetMatrix(mo);
776         for(i=0;i<3;i++)for(j=0;j<3;j++)  t = mt[i][j] != mo[i][j];
777         if(t){
778             fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d dfr= %e %e %e\n",
779                     idt[0],idt[1],idt[2],
780                     mt[0][0]-mo[0][0],mt[0][1]-mo[0][1],mt[0][2]-mo[0][2]);
781             fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",
782                     mt[1][0]-mo[1][0],mt[1][1]-mo[1][1],mt[1][2]-mo[1][2]);
783             fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",
784                     mt[2][0]-mo[2][0],mt[2][1]-mo[2][1],mt[2][2]-mo[2][2]);
785         } // end if t
786     } // end for i
787     return;
788 }
789 //______________________________________________________________________
790 void AliITSgeom::PrintData(FILE *fp,Int_t lay,Int_t lad,Int_t det){
791     //     This function prints out the coordinate transformations for
792     // the particular detector defined by layer, ladder, and detector
793     // to the file pointed to by the File pointer fp. fprintf statements
794     // are used to print out the numbers. The format is
795     // layer ladder detector Trans= fx0 fy0 fz0 rot= frx fry frz 
796     // Shape=fShapeIndex
797     //                         dfr= fr[0] fr[1] fr[2]
798     //                         dfr= fr[3] fr[4] fr[5]
799     //                         dfr= fr[6] fr[7] fr[8]
800     // By indicating which detector, some control over the information 
801     // is given to the user. The output it written to the file pointed
802     // to by the file pointer fp. This can be set to stdout if you want.
803     // Inputs are:
804     // FILE *fp           A file pointer to an opened file for writing in which
805     //                    the results of the comparison will be written.
806     // Int_t lay          The layer number. Starting from 1.
807     // Int_t lad          The ladder number. Starting from 1.
808     // Int_t det          The detector number. Starting from 1.
809     // outputs are:
810     // none
811     AliITSgeomMatrix *gt;
812     Double_t t[3],r[3],m[3][3];
813
814     gt = this->GetGeomMatrix(GetModuleIndex(lay,lad,det));
815     gt->GetTranslation(t);
816     gt->GetAngles(r);
817     fprintf(fp,"%1.1d %2.2d %2.2d Trans=%f %f %f rot=%f %f %f Shape=%d\n",
818             lay,lad,det,t[0],t[1],t[2],r[0],r[1],r[2],
819             gt->GetDetectorIndex());
820     gt->GetMatrix(m);
821     fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",m[0][0],m[0][1],m[0][2]);
822     fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",m[1][0],m[1][1],m[1][2]);
823     fprintf(fp,"        dfr= %e %e %e\n",m[2][0],m[2][1],m[2][2]);
824     return;
825 }
826 //______________________________________________________________________
827 ofstream & AliITSgeom::PrintGeom(ofstream &rb){
828     //     Stream out an object of class AliITSgeom to standard output.
829     // Intputs are:
830     // ofstream &rb    The output streaming buffer.
831     // Outputs are:
832     // ofstream &rb    The output streaming buffer.
833     Int_t i;
834
835     rb.setf(ios::scientific);
836     rb << fTrans << " ";
837     rb << fNmodules << " ";
838     rb << fNlayers << " ";
839     for(i=0;i<fNlayers;i++) rb << fNlad[i] << " ";
840     for(i=0;i<fNlayers;i++) rb << fNdet[i] << "\n";
841     for(i=0;i<fNmodules;i++) {
842         rb <<setprecision(16) << *(GetGeomMatrix(i)) << "\n";
843     } // end for i
844     rb << fShape->GetEntries()<<endl;
845     for(i=0;i<fShape->GetEntries();i++) if(fShape->At(i)!=0) switch (i){
846     case kSPD:
847         rb << kSPD <<","<< (AliITSgeomSPD*)(fShape->At(kSPD));
848         break;
849     case kSDD:
850         rb << kSDD <<","<< (AliITSgeomSDD*)(fShape->At(kSDD));
851         break;
852     case kSSD:
853         rb << kSSD <<","<< (AliITSgeomSSD*)(fShape->At(kSSD));
854         break;
855     case kSSDp:
856         rb << kSSDp <<","<< (AliITSgeomSSD*)(fShape->At(kSSDp));
857         break;
858     case kSDDp:
859         rb << kSDDp <<","<< (AliITSgeomSDD*)(fShape->At(kSDDp));
860         break;
861     } // end for i / switch
862     return rb;
863 }
864 //______________________________________________________________________
865 ifstream & AliITSgeom::ReadGeom(ifstream &rb){
866     //     Stream in an object of class AliITSgeom from standard input.
867     // Intputs are:
868     // ifstream &rb    The input streaming buffer.
869     // Outputs are:
870     // ifstream &rb    The input streaming buffer.
871     Int_t i,j;
872
873     fNlad = new Int_t[fNlayers];
874     fNdet = new Int_t[fNlayers];
875     if(fGm!=0){
876         for(i=0;i<fNmodules;i++) delete GetGeomMatrix(i);
877         delete fGm;
878     } // end if fGm!=0
879
880     rb >> fTrans >> fNmodules >> fNlayers;
881     fNlad = new Int_t[fNlayers];
882     fNdet = new Int_t[fNlayers];
883     for(i=0;i<fNlayers;i++) rb >> fNlad[i];
884     for(i=0;i<fNlayers;i++) rb >> fNdet[i];
885     fGm = new TObjArray(fNmodules,0);
886     for(i=0;i<fNmodules;i++){
887         fGm->AddAt(new AliITSgeomMatrix,i);
888         rb >> *(GetGeomMatrix(i));
889     } // end for i
890     rb >> i;
891     fShape = new TObjArray(i);
892     for(i=0;i<fShape->GetEntries();i++) {
893         rb >> j;
894         switch (j){
895         case kSPD:{
896             AliITSgeomSPD *s = new AliITSgeomSPD();
897             rb >> *s;
898             fShape->AddAt(s,kSPD);}
899             break;
900         case kSDD:{
901             AliITSgeomSDD *s = new AliITSgeomSDD();
902             rb >> *s;
903             fShape->AddAt(s,kSDD);}
904             break;
905         case kSSD:{
906             AliITSgeomSSD *s = new AliITSgeomSSD();
907             rb >> *s;
908             fShape->AddAt(s,kSSD);}
909             break;
910         case kSSDp:{
911             AliITSgeomSSD *s = new AliITSgeomSSD();
912             rb >> *s;
913             fShape->AddAt(s,kSSDp);}
914             break;
915         case kSDDp:{
916             AliITSgeomSDD *s = new AliITSgeomSDD();
917             rb >> *s;
918             fShape->AddAt(s,kSDDp);}
919             break;
920         } // end  switch
921     } //  end for i
922     return rb;
923 }
924 //______________________________________________________________________
925 //     The following routines modify the transformation of "this"
926 // geometry transformations in a number of different ways.
927 //______________________________________________________________________
928 void AliITSgeom::GlobalChange(const Float_t *tran,const Float_t *rot){
929     //     This function performs a Cartesian translation and rotation of
930     // the full ITS from its default position by an amount determined by
931     // the three element arrays tran and rot. If every element
932     // of tran and rot are zero then there is no change made
933     // the geometry. The change is global in that the exact same translation
934     // and rotation is done to every detector element in the exact same way.
935     // The units of the translation are those of the Monte Carlo, usually cm,
936     // and those of the rotation are in radians. The elements of tran
937     // are tran[0] = x, tran[1] = y, and tran[2] = z.
938     // The elements of rot are rot[0] = rx, rot[1] = ry, and
939     // rot[2] = rz. A change in x will move the hole ITS in the ALICE
940     // global x direction, the same for a change in y. A change in z will
941     // result in a translation of the ITS as a hole up or down the beam line.
942     // A change in the angles will result in the inclination of the ITS with
943     // respect to the beam line, except for an effective rotation about the
944     // beam axis which will just rotate the ITS as a hole about the beam axis.
945     // Intputs are:
946     // Float_t *tran   A 3 element array representing the global translations.
947     //                 the elements are x,y,z in cm.
948     // Float_t *rot    A 3 element array representing the global rotation
949     //                 angles about the three axis x,y,z in radians
950     // Outputs are:
951     // none.
952     Int_t    i,j;
953     Double_t t[3],r[3];
954     AliITSgeomMatrix *g;
955
956     fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
957     for(i=0;i<fNmodules;i++){
958         g = this->GetGeomMatrix(i);
959         g->GetTranslation(t);
960         g->GetAngles(r);
961         for(j=0;j<3;j++){
962             t[j] += tran[j];
963             r[j] += rot[j];
964         } // end for j
965         g->SetTranslation(t);
966         g->SetAngles(r);
967     } // end for i
968     return;
969 }
970 //______________________________________________________________________
971 void AliITSgeom::GlobalCylindericalChange(const Float_t *tran,
972                                           const Float_t *rot){
973     //     This function performs a cylindrical translation and rotation of
974     // each ITS element by a fixed about in radius, rphi, and z from its
975     // default position by an amount determined by the three element arrays
976     // tran and rot. If every element of tran and
977     // rot are zero then there is no change made the geometry. The
978     // change is global in that the exact same distance change in translation
979     // and rotation is done to every detector element in the exact same way.
980     // The units of the translation are those of the Monte Carlo, usually cm,
981     // and those of the rotation are in radians. The elements of tran
982     // are tran[0] = r, tran[1] = rphi, and tran[2] = z.
983     // The elements of rot are rot[0] = rx, rot[1] = ry, and
984     // rot[2] = rz. A change in r will results in the increase of the
985     // radius of each layer by the same about. A change in rphi will results in
986     // the rotation of each layer by a different angle but by the same
987     // circumferential distance. A change in z will result in a translation
988     // of the ITS as a hole up or down the beam line. A change in the angles
989     // will result in the inclination of the ITS with respect to the beam
990     // line, except for an effective rotation about the beam axis which will
991     // just rotate the ITS as a hole about the beam axis.
992     // Intputs are:
993     // Float_t *tran   A 3 element array representing the global translations.
994     //                 the elements are r,theta,z in cm/radians.
995     // Float_t *rot    A 3 element array representing the global rotation
996     //                 angles about the three axis x,y,z in radians
997     // Outputs are:
998     // none.
999     Int_t    i,j;
1000     Double_t t[3],ro[3],r,r0,phi,rphi;
1001     AliITSgeomMatrix *g;
1002
1003     fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
1004     for(i=0;i<fNmodules;i++){
1005         g = this->GetGeomMatrix(i);
1006         g->GetTranslation(t);
1007         g->GetAngles(ro);
1008         r = r0= TMath::Hypot(t[1],t[0]);
1009         phi   = TMath::ATan2(t[1],t[0]);
1010         rphi  = r0*phi;
1011         r    += tran[0];
1012         rphi += tran[1];
1013         phi   = rphi/r0;
1014         t[0]  = r*TMath::Cos(phi);
1015         t[1]  = r*TMath::Sin(phi);
1016         t[2] += tran[2];
1017         for(j=0;j<3;j++){
1018             ro[j] += rot[j];
1019         } // end for j
1020         g->SetTranslation(t);
1021         g->SetAngles(ro);
1022     } // end for i
1023     return;
1024 }
1025 //______________________________________________________________________
1026 void AliITSgeom::RandomChange(const Float_t *stran,const Float_t *srot){
1027     //     This function performs a Gaussian random displacement and/or
1028     // rotation about the present global position of each active
1029     // volume/detector of the ITS. The sigma of the random displacement
1030     // is determined by the three element array stran, for the
1031     // x y and z translations, and the three element array srot,
1032     // for the three rotation about the axis x y and z.
1033     // Intputs are:
1034     // Float_t *stran  A 3 element array representing the global translations
1035     //                 variances. The elements are x,y,z in cm.
1036     // Float_t *srot   A 3 element array representing the global rotation
1037     //                 angles variances about the three axis x,y,z in radians.
1038     // Outputs are:
1039     // none.
1040     Int_t    i,j;
1041     Double_t t[3],r[3];
1042     AliITSgeomMatrix *g;
1043
1044     fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
1045     for(i=0;i<fNmodules;i++){
1046         g = this->GetGeomMatrix(i);
1047         g->GetTranslation(t);
1048         g->GetAngles(r);
1049         for(j=0;j<3;j++){
1050             t[j] += gRandom->Gaus(0.0,stran[j]);
1051             r[j] += gRandom->Gaus(0.0, srot[j]);
1052         } // end for j
1053         g->SetTranslation(t);
1054         g->SetAngles(r);
1055     } // end for i
1056     return;
1057 }
1058 //______________________________________________________________________
1059 void AliITSgeom::RandomCylindericalChange(const Float_t *stran,
1060                                           const Float_t *srot){
1061     //     This function performs a Gaussian random displacement and/or
1062     // rotation about the present global position of each active
1063     // volume/detector of the ITS. The sigma of the random displacement
1064     // is determined by the three element array stran, for the
1065     // r rphi and z translations, and the three element array srot,
1066     // for the three rotation about the axis x y and z. This random change
1067     // in detector position allow for the simulation of a random uncertainty
1068     // in the detector positions of the ITS.
1069     // Intputs are:
1070     // Float_t *stran  A 3 element array representing the global translations
1071     //                 variances. The elements are r,theta,z in cm/readians.
1072     // Float_t *srot   A 3 element array representing the global rotation
1073     //                 angles variances about the three axis x,y,z in radians.
1074     // Outputs are:
1075     // none.
1076     Int_t    i,j;
1077     Double_t t[3],ro[3],r,r0,phi,rphi;
1078     TRandom ran;
1079     AliITSgeomMatrix *g;
1080
1081     fTrans = (fTrans && 0xfffd) + 2;  // set bit 1 true.
1082     for(i=0;i<fNmodules;i++){
1083         g = this->GetGeomMatrix(i);
1084         g->GetTranslation(t);
1085         g->GetAngles(ro);
1086         r = r0= TMath::Hypot(t[1],t[0]);
1087         phi   = TMath::ATan2(t[1],t[0]);
1088         rphi  = r0*phi;
1089         r    += ran.Gaus(0.0,stran[0]);
1090         rphi += ran.Gaus(0.0,stran[1]);
1091         phi   = rphi/r0;
1092         t[0]  = r*TMath::Cos(phi);
1093         t[1]  = r*TMath::Sin(phi);
1094         t[2] += ran.Gaus(0.0,stran[2]);
1095         for(j=0;j<3;j++){
1096             ro[j] += ran.Gaus(0.0, srot[j]);
1097         } // end for j
1098         g->SetTranslation(t);
1099         g->SetAngles(ro);
1100     } // end for i
1101     return;
1102 }
1103 //______________________________________________________________________
1104 void AliITSgeom::GeantToTracking(AliITSgeom &source){
1105     //     Copy the geometry data but change it to go between the ALICE
1106     // Global coordinate system to that used by the ITS tracking. A slightly
1107     // different coordinate system is used when tracking. This coordinate 
1108     // system is only relevant when the geometry represents the cylindrical
1109     // ALICE ITS geometry. For tracking the Z axis is left alone but X-> -Y
1110     // and Y-> X such that X always points out of the ITS cylinder for every
1111     // layer including layer 1 (where the detectors are mounted upside down).
1112     // Inputs are:
1113     // AliITSgeom &source  The AliITSgeom class with which to make this
1114     //                     a copy of.
1115     // Outputs are:
1116     // return  *this       The a new copy of source.
1117     //Begin_Html
1118     /*
1119       <img src="picts/ITS/AliITSgeomMatrix_T1.gif">
1120     */
1121     //End_Html
1122     Int_t    i,j,k,l,id[3];
1123     Double_t r0[3][3],r1[3][3];
1124     Double_t a0[3][3] = {{0.,+1.,0.},{-1.,0.,0.},{0.,0.,+1.}};
1125     Double_t a1[3][3] = {{0.,-1.,0.},{+1.,0.,0.},{0.,0.,+1.}};
1126
1127     *this = source;  // copy everything
1128     for(i=0;i<GetIndexMax();i++){
1129         GetGeomMatrix(i)->GetIndex(id);
1130         GetGeomMatrix(i)->GetMatrix(r0);
1131         if(id[0]==1){ // Layer 1 is treated different from the others.
1132             for(j=0;j<3;j++) for(k=0;k<3;k++){
1133                 r1[j][k] = 0.;
1134                 for(l=0;l<3;l++) r1[j][k] += a0[j][l]*r0[l][k];
1135             } // end for j,k
1136         }else{
1137             for(j=0;j<3;j++) for(k=0;k<3;k++){
1138                 r1[j][k] = 0.;
1139                 for(l=0;l<3;l++) r1[j][k] += a1[j][l]*r0[l][k];
1140             } // end for j,k
1141         } // end if
1142         GetGeomMatrix(i)->SetMatrix(r1);
1143     } // end for i
1144     this->fTrans = (this->fTrans && 0xfffe) + 1;  // set bit 0 true.
1145     return;
1146 }
1147 //______________________________________________________________________
1148 Int_t AliITSgeom::GetNearest(const Double_t g[3],Int_t lay){
1149     //      Finds the Detector (Module) that is nearest the point g [cm] in
1150     // ALICE Global coordinates. If layer !=0 then the search is restricted
1151     // to Detectors (Modules) in that particular layer.
1152     // Inputs are:
1153     // Double_t g[3]  The ALICE Cartesean global coordinate from which the
1154     //                distance is to be calculated with.
1155     // Int_t lay      The layer to restrict the search to. If layer=0 then
1156     //                all layers are searched. Default is lay=0.
1157     // Outputs are:
1158     // return         The module number representing the nearest module.
1159     Int_t    i,l,a,e,in=0;
1160     Double_t d,dn=1.0e10;
1161     Bool_t   t=lay!=0; // skip if lay = 0 default value check all layers.
1162
1163     for(i=0;i<fNmodules;i++){
1164         if(t){GetModuleId(i,l,a,e);if(l!=lay) continue;}
1165         if((d=GetGeomMatrix(i)->Distance2(g))<dn){
1166             dn = d;
1167             in = i;
1168         } // end if
1169     } // end for i
1170     return in;
1171 }
1172 //______________________________________________________________________
1173 void AliITSgeom::GetNearest27(const Double_t g[3],Int_t n[27],Int_t lay){
1174     //      Finds 27 Detectors (Modules) that are nearest the point g [cm] in
1175     // ALICE Global coordinates. If layer !=0 then the search is restricted
1176     // to Detectors (Modules) in that particular layer. The number 27 comes 
1177     // from including the nearest detector and all those around it (up, down,
1178     // left, right, forwards, backwards, and the corners).
1179     // Inputs are:
1180     // Double_t g[3]  The ALICE Cartesean global coordinate from which the
1181     //                distance is to be calculated with.
1182     // Int_t lay      The layer to restrict the search to. If layer=0 then
1183     //                all layers are searched. Default is lay=0.
1184     // Outputs are:
1185     // Int_t n[27]    The module number representing the nearest 27 modules
1186     //                in order.
1187     Int_t    i,l,a,e,in[27]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,
1188                              0,0,0,0,0,0,0,0,0,
1189                              0,0,0,0,0,0,0,0,0,};
1190     Double_t d,dn[27]={1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
1191                        1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
1192                        1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
1193                        1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,1.0e10,
1194                        1.0e10,1.0e10,1.0e10};
1195     Bool_t   t=(lay!=0); // skip if lay = 0 default value check all layers.
1196
1197     for(i=0;i<fNmodules;i++){
1198         if(t){GetModuleId(i,l,a,e);if(l!=lay) continue;}
1199         for(a=0;a<27;a++){
1200             d = GetGeomMatrix(i)->Distance2(g);
1201             if(d<dn[a]){
1202                 for(e=26;e>a;e--){dn[e] = dn[e-1];in[e] = in[e-1];}
1203                 dn[a] = d; in[a] = i;
1204             } // end if d<dn[i]
1205         } // end for a
1206     } // end for i
1207     for(i=0;i<27;i++) n[i] = in[i];
1208 }
1209 //_______________________________________________________________________
1210 void AliITSgeom::DetLToTrackingV2(Int_t md, Float_t xin, Float_t zin, Float_t &yout, Float_t &zout) {
1211
1212   //Conversion from local coordinates on detectors to local
1213   //coordinates used for tracking ("v2")
1214   Float_t x,y,z; Double_t rt[9];GetTrans(md,x,y,z);GetRotMatrix(md,rt);
1215   Double_t al=TMath::ATan2(rt[1],rt[0])+TMath::Pi();
1216   yout=-(-xin+(x*TMath::Cos(al)+y*TMath::Sin(al)));
1217   if(md<(GetModuleIndex(2,1,1)-1))yout*=-1; zout=-zin+(Double_t)z; 
1218 }
1219
1220 //_______________________________________________________________________
1221 void AliITSgeom::TrackingV2ToDetL(Int_t md,Float_t yin,Float_t zin,Float_t &xout,Float_t &zout) {
1222   //Conversion from local coordinates used for tracking ("v2") to
1223   //local detector coordinates
1224   
1225   Float_t x,y,z; Double_t rt[9];GetTrans(md,x,y,z);GetRotMatrix(md,rt);
1226   Double_t al=TMath::ATan2(rt[1],rt[0])+TMath::Pi();
1227   xout=yin;if(md<(GetModuleIndex(2,1,1)-1))xout=-xout;
1228   xout+=(x*TMath::Cos(al)+y*TMath::Sin(al));
1229   zout=-zin+(Double_t)z; 
1230 }