Modifications needed to use PID framework based mass during tracking and
[u/mrichter/AliRoot.git] / ITS / UPGRADE / AliITSUTrackerGlo.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /*
17   TO CHECK
18   GetBz usage
19
20  */
21
22 //-------------------------------------------------------------------------
23 //  Implementation of the ITS Upgrade tracker mother class.              
24 //-------------------------------------------------------------------------
25 #include <TTree.h>
26 #include <Riostream.h> 
27 #include <TMath.h>
28 #include <TFile.h>
29
30 #include "AliITSUTrackerGlo.h"
31 #include "AliESDEvent.h"
32 #include "AliESDtrack.h"
33 #include "AliITSURecoDet.h"
34 #include "AliITSURecoSens.h"
35 #include "AliITSUReconstructor.h"
36 #include "AliITSReconstructor.h"
37 #include "AliITSUSeed.h"
38 #include "AliITSUClusterPix.h"
39 #include "AliITSUGeomTGeo.h"
40 #include "AliCodeTimer.h"
41 #include "AliRefArray.h"
42 using namespace AliITSUAux;
43 using namespace TMath;
44
45 //----------------- tmp stuff -----------------
46
47 ClassImp(AliITSUTrackerGlo)
48
49 const Double_t AliITSUTrackerGlo::fgkToler =  1e-6;// tolerance for layer on-surface check
50
51
52 //_________________________________________________________________________
53 AliITSUTrackerGlo::AliITSUTrackerGlo(AliITSUReconstructor* rec)
54 :  fReconstructor(rec)
55   ,fITS(0)
56   ,fMatLUT(0)
57   ,fCurrESDtrack(0)
58   ,fCurrESDtrMClb(kDummyLabel)
59   ,fCurrMass(kPionMass)
60   ,fCountProlongationTrials(0)
61   ,fCountITSin(0)
62   ,fCountITSout(0)
63   ,fCountITSrefit(0)
64   ,fNTracksESD(0)
65   ,fHypStore(100)
66   ,fLayerMaxCandidates(1000)
67   ,fLayerCandidates(0)
68   ,fNBranchesAdded(0)
69   ,fNCandidatesAdded(0)
70   ,fCurrHyp(0)
71   ,fWorkHyp(0)
72   ,fSeedsPool("AliITSUSeed",0)
73   ,fFreeSeedsID(0)
74   ,fESDIndex(0)
75   ,fNFreeSeeds(0)
76   ,fLastSeedID(0)
77   ,fNLrActive(0)
78   ,fDefTrackConds(0)
79   ,fCurrTrackCond(0)
80   ,fCurrActLrID(-1)
81   ,fCurrLayer(0)
82   ,fTrackPhaseID(-1)
83   ,fCurrPassID(-1)
84   ,fUseMatLUT(kFALSE)
85 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
86   ,fCHistoArrCorr(0)
87   ,fCHistoArrFake(0)
88 #endif
89 {
90   // Default constructor
91   if (rec) Init(rec);
92 }
93
94 //_________________________________________________________________________
95 AliITSUTrackerGlo::~AliITSUTrackerGlo()
96 {
97  // Default destructor
98  //  
99   delete[] fLayerCandidates;
100   if (fWorkHyp) fWorkHyp->SetTPCSeed(0); // this hypothesis does not own the seed
101   delete fWorkHyp;
102   delete fMatLUT;
103   //
104 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
105   if (fCHistoArrCorr || fCHistoArrFake) {
106     TFile* ctrOut = TFile::Open("itsuControlHistos.root","recreate");
107     ctrOut->cd();
108     AliInfo("Storing control histos");
109     //    ctrOut->WriteObject(fCHistoArr,"controlH","kSingleKey");
110     if (fCHistoArrCorr) {
111       fCHistoArrCorr->Write();
112       delete fCHistoArrCorr;
113     }
114     if (fCHistoArrFake) {
115       fCHistoArrFake->Write();
116       delete fCHistoArrFake;
117     }
118     ctrOut->Close();
119     delete ctrOut;
120     fCHistoArrCorr = 0;
121     fCHistoArrFake = 0;    
122   }
123 #endif 
124   //
125 }
126
127 //_________________________________________________________________________
128 void AliITSUTrackerGlo::Init(AliITSUReconstructor* rec)
129 {
130   // init with external reconstructor
131   //
132   fITS = rec->GetITSInterface();
133   fNLrActive = fITS->GetNLayersActive();
134   fWorkHyp = new AliITSUTrackHyp(fNLrActive);
135   // create material lookup table
136   const int kNTest = 1000;
137   const double kStepsPerCM=5;
138   fMatLUT  = new AliITSUMatLUT(fITS->GetRMin(),fITS->GetRMax(),Nint(kStepsPerCM*(fITS->GetRMax()-fITS->GetRMin())));
139   double zmn = 1e6;
140   for (int ilr=fITS->GetNLayers();ilr--;) {
141     AliITSURecoLayer* lr = fITS->GetLayer(ilr);
142     if (zmn>Abs(lr->GetZMin())) zmn = Abs(lr->GetZMin());
143     if (zmn>Abs(lr->GetZMax())) zmn = Abs(lr->GetZMax());
144   }
145   fMatLUT->FillData(kNTest,-zmn,zmn);
146   //
147   if (fLayerMaxCandidates<1) fLayerMaxCandidates = 1000;
148   fLayerCandidates = new AliITSUSeed*[fLayerMaxCandidates];
149   fSeedsPool.ExpandCreateFast(1000); // RS TOCHECK
150   fFreeSeedsID.Set(1000);
151   fESDIndex.Set(1000);
152   //
153 }
154
155 //_________________________________________________________________________
156 void AliITSUTrackerGlo::CreateDefaultTrackCond()
157 {
158   // creates default tracking conditions to be used when recoparam does not provide them
159
160   AliITSUTrackCond* cond = new AliITSUTrackCond();
161   //
162   cond->SetNLayers(fNLrActive);
163   cond->AddNewCondition(fNLrActive);
164   cond->AddGroupPattern( 0xffff, fNLrActive ); // require all layers hit
165   cond->Init();
166   //
167   fDefTrackConds.AddLast(cond);
168   //
169   AliInfo("Created conditions: ");
170   for (int i=0;i<fDefTrackConds.GetEntriesFast();i++) fDefTrackConds[i]->Print();
171   //
172 }
173
174
175 //_________________________________________________________________________
176 Int_t AliITSUTrackerGlo::Clusters2Tracks(AliESDEvent *esdEv)
177 {
178   //
179   AliCodeTimerAuto("",0);
180   SetTrackingPhase(kClus2Tracks);
181   //
182 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
183   if (!fCHistoArrCorr) fCHistoArrCorr = BookControlHistos("Corr");
184   if (!fCHistoArrFake) fCHistoArrFake = BookControlHistos("Fake");
185 #endif
186   static int evID = 0;
187   static TArrayF esdTrPt(fESDIndex.GetSize()); 
188   //
189   TObjArray *trackConds = 0;
190   //
191   fCountProlongationTrials = 0;
192   fCountITSin = 0;
193   fCountITSout = 0;
194   fCountITSrefit = 0;
195   //
196   ResetSeedsPool();
197   fNTracksESD = esdEv->GetNumberOfTracks();
198   AliInfo(Form("Will try to find prolongations for %d tracks",fNTracksESD));
199   int nTrackCond = AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetNTrackingConditions();
200   fUseMatLUT = AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetUseMatLUT(fTrackPhaseID);
201   if (nTrackCond<1) {
202     if (!fDefTrackConds.GetEntriesFast()) {
203       AliInfo("No tracking conditions found in recoparams, creating default one requesting all layers hit");
204       CreateDefaultTrackCond();
205     }
206     trackConds = &fDefTrackConds;
207     nTrackCond = trackConds->GetEntriesFast();
208   } 
209   else trackConds = AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetTrackingConditions();
210   //
211   static Bool_t first = kTRUE;
212   if (first) {
213     AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->Print();
214     first = kFALSE;
215   }
216   fHypStore.Delete();
217   if (fHypStore.GetSize()<fNTracksESD) fHypStore.Expand(fNTracksESD+100);
218   //
219   fITS->ProcessClusters();
220   //
221 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
222   FlagSplitClusters(); // tmp RS
223 #endif
224   //
225   // the tracks will be reconstructed in decreasing pt order, sort them
226   if (fESDIndex.GetSize()<fNTracksESD) {
227     fESDIndex.Set(fNTracksESD+200);
228     esdTrPt.Set(fNTracksESD+200);
229   }
230   int* esdTrackIndex = fESDIndex.GetArray();
231   float* trPt = esdTrPt.GetArray();
232   for (int itr=fNTracksESD;itr--;) {
233     AliESDtrack* esdTr = esdEv->GetTrack(itr);
234     esdTr->SetStatus(AliESDtrack::kITSupg);   // Flag all tracks as participating in the ITSup reco
235     trPt[itr] = esdTr->Pt();
236   }
237   Sort(fNTracksESD,trPt,esdTrackIndex,kTRUE);    
238   //
239   for (int icnd=0;icnd<nTrackCond;icnd++) {
240     fCurrPassID = icnd;
241     fCurrTrackCond = (AliITSUTrackCond*)trackConds->UncheckedAt(icnd);
242     if (!fCurrTrackCond->IsInitDone()) fCurrTrackCond->Init();
243     // select ESD tracks to propagate
244     for (int itr=0;itr<fNTracksESD;itr++) {
245       int trID = esdTrackIndex[itr];
246       fCurrESDtrack = esdEv->GetTrack(trID);
247       fCurrESDtrMClb = fCurrESDtrack->GetLabel();
248       //
249       
250       if (!NeedToProlong(fCurrESDtrack,trID)) continue;  // are we interested in this track?
251       /*
252         // if specific tracks should be checked, create a global array int wtc[] = {evITS*10000+trID, ...};
253       Bool_t dbg = kFALSE;
254       int nwtc = sizeof(wtc)/sizeof(int);
255
256       for (int k=0;k<nwtc;k++) {
257         if (wtc[k]==evID*10000+trID) {
258           dbg = kTRUE;
259           printf("At esdTr: %d MC: %d\n",wtc[k],fCurrESDtrMClb);
260           break;
261         }
262       }
263       AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",dbg ? 10:0);
264       */
265 #ifdef _ITSU_DEBUG_
266       AliDebug(1,Form("Processing track %d(esd%d) | M=%.3f Pt=%.3f | MCLabel: %d",itr,trID,fCurrESDtrack->GetMassForTracking(kTRUE),fCurrESDtrack->Pt(),fCurrESDtrMClb));//RS
267 #endif
268       FindTrack(fCurrESDtrack, trID);
269     }   
270     //
271 #ifdef _ITSU_DEBUG_
272     if (AliDebugLevelClass()>+2) {
273       AliInfo(Form("SeedsPool: %d, BookedUpTo: %d, free: %d",fSeedsPool.GetSize(),fSeedsPool.GetEntriesFast(),fNFreeSeeds));
274       fHypStore.Print();
275     }
276 #endif
277     FinalizeHypotheses();
278 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
279     CheckClusterUsage(); //!!RS
280 #endif
281     //
282     //AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",0);     // in case wtc array was defined, uncomment this
283   }
284   //
285   AliInfo(Form("%d ITSin for %d tried TPC seeds out of %d ESD tracks\n",fCountITSin,fCountProlongationTrials,fNTracksESD));
286   evID++;
287   return 0;
288 }
289
290 //_________________________________________________________________________
291 Int_t AliITSUTrackerGlo::PropagateBack(AliESDEvent *esdEv)
292 {
293   //
294   // Do outward fits in ITS
295   AliCodeTimerAuto("",0);
296   //
297   SetTrackingPhase(kPropBack);
298   fNTracksESD = esdEv->GetNumberOfTracks();
299   fUseMatLUT = AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetUseMatLUT(fTrackPhaseID);
300 #ifdef _ITSU_DEBUG_
301   AliDebug(1,Form("Will propagate back %d tracks",fNTracksESD));
302 #endif
303   //
304   double bz0 = GetBz();
305   Double_t xyzTrk[3],xyzVtx[3]={GetX(),GetY(),GetZ()};
306   AliITSUTrackHyp dummyTr;
307   const double kWatchStep=10.; // for larger steps watch arc vs segment difference
308   Double_t times[AliPID::kSPECIES];
309   //
310   for (int itr=0;itr<fNTracksESD;itr++) {
311     fCurrESDtrack = esdEv->GetTrack(itr);
312     fCurrESDtrMClb = fCurrESDtrack->GetLabel();
313     // Start time integral and add distance from current position to vertex 
314     if (fCurrESDtrack->IsOn(AliESDtrack::kITSout)) continue; // already done
315     //
316     fCurrESDtrack->GetXYZ(xyzTrk); 
317     Double_t dst = 0.;     // set initial track lenght, tof
318     {
319       double dxs = xyzTrk[0] - xyzVtx[0];
320       double dys = xyzTrk[1] - xyzVtx[1];
321       //      double dzs = xyzTrk[2] - xyzVtx[2];
322       // RS: for large segment steps d use approximation of cicrular arc s by
323       // s = 2R*asin(d/2R) = d/p asin(p) \approx d/p (p + 1/6 p^3) = d (1+1/6 p^2)
324       // where R is the track radius, p = d/2R = 2C*d (C is the abs curvature)
325       // Hence s^2/d^2 = (1+1/6 p^2)^2
326       dst = dxs*dxs + dys*dys;
327       if (dst > kWatchStep*kWatchStep) { // correct circular part for arc/segment factor
328         double crv = Abs(fCurrESDtrack->GetC(bz0));
329         double fcarc = 1.+crv*crv*dst/6.;
330         dst *= fcarc*fcarc;
331       }
332       // RS: temporary hack since we don't have SPD vertex:      
333       //      dst += dzs*dzs;
334       dst *= 1+fCurrESDtrack->GetTgl()*fCurrESDtrack->GetTgl();
335       dst = Sqrt(dst); 
336     }
337     //    
338     fCurrESDtrack->SetStatus(AliESDtrack::kTIME);
339     //
340     if (!fCurrESDtrack->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) { // case of tracks w/o ITS prolongation: just set the time integration
341       dummyTr.AliExternalTrackParam::operator=(*fCurrESDtrack);
342       dummyTr.StartTimeIntegral();
343       dummyTr.AddTimeStep(dst);
344       dummyTr.GetIntegratedTimes(times); 
345       fCurrESDtrack->SetIntegratedTimes(times);
346       fCurrESDtrack->SetIntegratedLength(dummyTr.GetIntegratedLength());
347       continue;
348     }
349     //
350     fCurrHyp = GetTrackHyp(itr);
351     fCurrMass = fCurrHyp->GetMass();
352     fCurrHyp->StartTimeIntegral();
353     fCurrHyp->AddTimeStep(dst);
354     fCurrHyp->ResetCovariance(10000);
355     int nclFit = 0;
356     double chi2 = RefitTrack(fCurrHyp,fITS->GetRMax(),nclFit);
357     if (chi2>0) { // propagate to exit from the ITS/TPC screen
358       int ndf = nclFit*2-5;
359       if (ndf>0) chi2 /= ndf;
360       fCurrHyp->SetChi2(chi2);
361       UpdateESDTrack(fCurrHyp,AliESDtrack::kITSout);
362     }
363     else {
364 #ifdef _ITSU_DEBUG_
365       AliDebug(2,Form("Refit Failed for track %d | ESDtrack#%d (MClb:%d)",itr,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb));
366 #endif
367       //fCurrHyp->AliExternalTrackParam::Print();
368       //fCurrHyp->GetWinner()->Print();
369     }
370     //
371   }
372   //
373   AliInfo(Form("%d ITSout in %d ITSin tracks for %d tried TPC seeds out of %d ESD tracks\n",
374                fCountITSout,fCountITSin,fCountProlongationTrials,fNTracksESD));
375   //
376   return 0;
377 }
378
379 //_________________________________________________________________________
380 Int_t AliITSUTrackerGlo::RefitInward(AliESDEvent *esdEv)
381 {
382   //
383   // refit the tracks inward, using current cov.matrix
384   AliCodeTimerAuto("",0);
385   //
386   SetTrackingPhase(kRefitInw);
387   fUseMatLUT = AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetUseMatLUT(fTrackPhaseID);
388   fNTracksESD = esdEv->GetNumberOfTracks();
389   //  AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",10);
390
391   AliDebug(1,Form("Will refit inward %d tracks",fNTracksESD));
392   //  Bool_t uselogMS = AliExternalTrackParam::GetUseLogTermMS();
393   //  AliExternalTrackParam::SetUseLogTermMS(kTRUE);
394   //
395   for (int itr=0;itr<fNTracksESD;itr++) {
396     fCurrESDtrack = esdEv->GetTrack(itr);
397     fCurrESDtrMClb = fCurrESDtrack->GetLabel();
398     // Start time integral and add distance from current position to vertex 
399     UInt_t trStat = fCurrESDtrack->GetStatus();
400     if ( !(trStat & AliESDtrack::kITSout) ) continue;
401     if (   trStat & AliESDtrack::kITSrefit ) continue; // already done
402     if (  (trStat & AliESDtrack::kTPCout) && !(trStat & AliESDtrack::kTPCrefit) ) continue;
403     //
404     fCurrHyp  = GetTrackHyp(itr);
405     fCurrMass = fCurrHyp->GetMass();
406     *fCurrHyp = *fCurrESDtrack;  // fetch current ESDtrack kinematics
407     //
408     int nclFit = 0;
409     //    fCurrHyp->ResetCovariance(1000); // in case we want to do SA refit
410     double chi2 = RefitTrack(fCurrHyp,fITS->GetRMin(),nclFit);
411     if (chi2>0) { // propagate up to inside radius of the beam pipe      
412       int ndf = nclFit*2-5;
413       if (ndf>0) chi2 /= ndf;
414       fCurrHyp->SetChi2(chi2);
415       UpdateESDTrack(fCurrHyp,AliESDtrack::kITSrefit);
416     }
417     else {
418 #ifdef _ITSU_DEBUG_
419       AliDebug(2,Form("Refit Failed for track %d |ESDtrack#%d (MClb:%d)",itr,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb));
420 #endif
421     }
422   }    
423   //  AliExternalTrackParam::SetUseLogTermMS(uselogMS);
424   //
425   AliInfo(Form("%d ITSrefit in %d ITSout in %d ITSin tracks for %d tried TPC seeds out of %d ESD tracks\n",
426                fCountITSrefit,fCountITSout,fCountITSin,fCountProlongationTrials,fNTracksESD));
427   //
428   //  AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",0);
429   return 0;
430 }
431
432 //_________________________________________________________________________
433 Int_t AliITSUTrackerGlo::LoadClusters(TTree * treeRP)
434 {
435   // read from tree (if pointer provided) or directly from the ITS reco interface
436   //
437   return fReconstructor->LoadClusters(treeRP);
438
439
440 //_________________________________________________________________________
441 void AliITSUTrackerGlo::UnloadClusters()
442 {
443   //
444   // To be implemented 
445   //
446   
447   Info("UnloadClusters","To be implemented");
448
449 //_________________________________________________________________________
450 AliCluster * AliITSUTrackerGlo::GetCluster(Int_t /*index*/) const
451 {
452   //
453   // To be implemented 
454   //
455   
456   Info("GetCluster","To be implemented");
457   return 0x0;
458
459
460 //_________________________________________________________________________
461 Bool_t AliITSUTrackerGlo::NeedToProlong(AliESDtrack* esdTr, Int_t esdID)
462 {
463   // do we need to match this track to ITS?
464   //
465   static double bz = GetBz();
466   //
467   // is it already prolonged
468   if (esdTr->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) return kFALSE;
469   AliITSUTrackHyp* hyp = GetTrackHyp(esdID); // in case there is unfinished hypothesis from prev.pass, clean it
470   if (hyp) {
471     CleanHypothesis(hyp);
472     if (hyp->GetSkip()) return kFALSE; // need to skip this
473     return kTRUE;
474   }
475   //
476   if (!esdTr->IsOn(AliESDtrack::kTPCin) ||
477       esdTr->IsOn(AliESDtrack::kTPCout) ||
478       esdTr->IsOn(AliESDtrack::kITSin)  ||
479       esdTr->GetKinkIndex(0)>0) return kFALSE;
480   //
481   if (esdTr->Pt()<AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetMinPtForProlongation()) return kFALSE;
482   //
483   float dtz[2];
484   esdTr->GetDZ(GetX(),GetY(),GetZ(),bz,dtz); 
485   // if track is not V0 candidata but has large offset wrt IP, reject it. RS TOCHECK
486   if ( !(esdTr->GetV0Index(0)>0 && dtz[0]>AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetMaxDforV0dghtrForProlongation()) 
487        && (Abs(dtz[0])>AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetMaxDForProlongation() ||
488            Abs(dtz[1])>AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetMaxDZForProlongation())) return kFALSE;
489   //
490   //  if (esdTr->Pt()<3) return kFALSE;//RS
491   return kTRUE;
492 }
493
494 //_________________________________________________________________________
495 void AliITSUTrackerGlo::FindTrack(AliESDtrack* esdTr, Int_t esdID)
496 {
497   // find prolongaion candidates finding for single seed
498   //
499   AliITSUSeed seedUC;  // copy of the seed from the upper layer
500   AliITSUSeed seedT;   // transient seed between the seedUC and new prolongation hypothesis
501   //
502   //  AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",10);
503   AliITSUTrackHyp* hypTr = InitHypothesis(esdTr,esdID);  // initialize prolongations hypotheses tree
504   if (!hypTr || hypTr->GetSkip()) return;
505   //
506   double bz = GetBz();
507   fCurrHyp = fWorkHyp;
508   fCurrHyp->InitFrom(hypTr);
509   //
510   AliITSURecoSens *hitSens[AliITSURecoSens::kNNeighbors+1];
511   //
512   int ilaUp = fNLrActive;     // previous active layer really checked (some may be excluded!)
513   //
514   for (int ila=fNLrActive;ila--;ilaUp=fCurrActLrID) {
515     if (fCurrTrackCond->IsLayerExcluded(ila)) continue;
516     fCurrActLrID = ila;
517     fCurrLayer = fITS->GetLayerActive(ila);
518     Bool_t noClSharing = fCurrTrackCond->GetClSharing(ila)==0;
519     //
520     // for the outermost layer the seed is created from the ESD track
521     int nSeedsUp = (ilaUp==fNLrActive) ? 1 : fCurrHyp->GetNSeeds(ilaUp);
522     int maxNBranches   = fCurrTrackCond->GetMaxBranches(ila);
523     int maxNCandidates = fCurrTrackCond->GetMaxCandidates(ila);
524     //
525     for (int isd=0;isd<nSeedsUp;isd++) {
526       AliITSUSeed* seedU;
527       if (ilaUp==fNLrActive) {
528         seedU = 0;
529         seedUC.InitFromSeed(fCurrHyp->GetTPCSeed()); // init with TPC seed from ref.R
530       }
531       else {
532         seedU = fCurrHyp->GetSeed(ilaUp,isd);  // seed on prev.active layer to prolong  
533         if (seedU->IsKilled()) continue;
534         seedUC = *seedU;                       // its copy will be prolonged
535         seedUC.SetParent(seedU);        
536       }
537       seedUC.ResetFMatrix();                    // reset the matrix for propagation to next layer
538       // go till next active layer
539 #ifdef _ITSU_DEBUG_
540       AliDebug(2,Form("working on Lr:%d Seed:%d of %d for esdID=%d (MClb:%d) | pT=%.3f",ila,isd,nSeedsUp,esdID,fCurrESDtrMClb,seedUC.Pt()));
541 #endif
542       if (!TransportToLayer(&seedUC, fITS->GetLrIDActive(ilaUp), fITS->GetLrIDActive(ila)) ) { // external seed already prolonged
543         //
544 #ifdef _ITSU_DEBUG_
545         AliDebug(2,Form("Transport failed | esdID=%d (MClb:%d)",esdID,fCurrESDtrMClb));
546 #endif
547         // Check if the seed satisfies to track definition
548         if (NeedToKill(&seedUC,kTransportFailed) && seedU) KillSeed(seedU,kTRUE);
549         continue; // RS TODO: decide what to do with tracks stopped on higher layers w/o killing
550       }
551       if (!GetRoadWidth(&seedUC, ila)) { // failed to find road width on the layer
552         if (NeedToKill(&seedUC,kRWCheckFailed) && seedU) KillSeed(seedU,kTRUE);
553         continue;
554       }
555       /*
556       //RS toremove
557       int mcquest = -1;
558       if (!seedUC.ContainsFake() && AliDebugLevelClass()>2) {
559         mcquest = fCurrESDtrMClb;
560         seedUC.Print("etp");
561         printf("FSParams: "); for (int ip=0;ip<kNTrImpData;ip++) printf("%+e ",fTrImpData[ip]); printf("\n");
562       }
563       //
564       int nsens = fCurrLayer->FindSensors(&fTrImpData[kTrPhi0], hitSens, mcquest);  // find detectors which may be hit by the track
565       */
566       int nsens = fCurrLayer->FindSensors(&fTrImpData[kTrPhi0], hitSens);  // find detectors which may be hit by the track
567 #ifdef _ITSU_DEBUG_
568       AliDebug(2,Form("Will check %d sensors on lr:%d | esdID=%d (MClb:%d)",nsens,ila,esdID,fCurrESDtrMClb));
569 #endif
570       //
571       seedUC.SetLr(ila);
572       //
573       for (int isn=nsens;isn--;) {
574         AliITSURecoSens* sens = hitSens[isn];
575         int ncl = sens->GetNClusters();
576         if (!ncl) continue;
577         seedT = seedUC;
578         //
579         // We need to propagate the seed to sensor on fCurrLayer staying in the frame of the sensor from prev.layer,
580         // since the transport matrix should be defined in this frame.
581         double xs; // X in the TF of current seed, corresponding to intersection with sensor plane
582         if (!seedT.GetTrackingXAtXAlpha(sens->GetXTF(),sens->GetPhiTF(),bz, xs)) {
583 #ifdef _ITSU_DEBUG_
584           if (AliDebugLevelClass()>2) {
585             printf("Failed on GetTrackingXAtXAlpha: X=%.4f alp=%.3f\n",sens->GetXTF(),sens->GetPhiTF());
586             seedT.Print("etp");
587           }
588 #endif
589           continue;
590         }
591         if (xs<seedT.GetX()) {
592           if (!PropagateSeed(&seedT,xs,fCurrMass)) continue;
593         }
594         else { // some low precision tracks may hit the sensor plane outside of the layer radius
595 #ifdef _ITSU_DEBUG_
596           if (AliDebugLevelClass()>2) {
597             if (!seedT.ContainsFake()) {
598               printf("WRONG PROP on L%d, sens%d of %d: %.4f > %.4f\n",ila,isn,nsens,xs,seedT.GetX());
599               sens->Print();
600               seedT.Print("etp");           
601             }
602           }
603 #endif
604           if (!seedT.PropagateParamOnlyTo(xs,bz)) continue;
605         }
606         //      if (!seedT.PropagateToX(xs,bz)) continue;
607         //      if (!seedT.Rotate(sens->GetPhiTF())) continue;
608         if (!seedT.RotateToAlpha(sens->GetPhiTF())) continue;
609         //
610         int clID0 = sens->GetFirstClusterId();
611         for (int icl=ncl;icl--;) { // don't change the order, clusters are sorted
612           //AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",10);
613           int clID = clID0 + icl;
614           if (noClSharing && fCurrLayer->GetCluster(clID)->IsClusterUsed()) continue;
615           int res = CheckCluster(&seedT,ila,clID0+icl);
616           //AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo", 0);
617           //
618           if (res==kStopSearchOnSensor) break;     // stop looking on this sensor
619           if (res==kClusterNotMatching) continue;  // cluster does not match
620           // cluster is matching and it was added to the hypotheses tree
621         }
622       }
623       // cluster search is done. Do we need to have a version of this seed skipping current layer
624       if (!NeedToKill(&seedUC,kMissingCluster)) {
625         AliITSUSeed* seedSkp = NewSeedFromPool(&seedUC);
626         if (nsens) { // to do: make penalty to account for probability to miss the cluster for good reason
627           double penalty = -fCurrTrackCond->GetMissPenalty(ila);
628           seedSkp->SetChi2Cl(penalty);
629         }
630         if (seedSkp->GetChi2GloNrm()>fCurrTrackCond->GetMaxChi2GloNrm(ila)) {
631           MarkSeedFree(seedSkp);
632         }
633         else AddSeedBranch(seedSkp);
634       }
635       // transfer the new branches of the seed to the hypothesis container
636       if (fNBranchesAdded) ValidateAllowedBranches(maxNBranches);
637       //
638     }
639     if (fNCandidatesAdded) ValidateAllowedCandidates(ila,maxNCandidates);
640     //    ((TObjArray*)fCurrHyp->GetLayerSeeds(ila))->Sort();
641 #ifdef _ITSU_DEBUG_
642     if (AliDebugLevelClass()>2) { //RS
643       printf(">>> All hypotheses on lr %d: \n",ila);
644       for (int ih=0;ih<fCurrHyp->GetNSeeds(ila);ih++) {printf(" #%3d ",ih); fCurrHyp->GetSeed(ila,ih)->Print();}
645     }
646 #endif
647     //
648     /*
649     for (int ih=0;ih<fCurrHyp->GetNSeeds(ila);ih++) {
650       if (ila!=0) continue;
651       double vecL[5] = {0};
652       double matL[15] = {0};
653       AliITSUSeed* sp = fCurrHyp->GetSeed(ila,ih);
654       while(sp->GetParent()) {
655         sp->Smooth(vecL,matL);
656         if (sp->GetLayerID()>=fNLrActive-1) break;
657         sp = (AliITSUSeed*)sp->GetParent();
658       }
659       */
660   }
661   //
662   SaveReducedHypothesesTree(hypTr);
663 #ifdef _ITSU_DEBUG_
664   if (AliDebugLevelClass()>1) {
665     printf("\nSaved hypotheses for esdTrack %d (MCLab:%d)\n",esdID,fCurrESDtrMClb);
666     hypTr->Print("l");
667   }
668 #endif
669   fCurrHyp = 0;
670   //  AliLog::SetClassDebugLevel("AliITSUTrackerGlo",0);
671   //
672 }
673
674 //_________________________________________________________________________
675 AliITSUTrackHyp* AliITSUTrackerGlo::InitHypothesis(AliESDtrack *esdTr, Int_t esdID)
676 {
677   // init prolongaion candidates finding for single seed
678   AliITSUTrackHyp* hyp = GetTrackHyp(esdID);
679   if (hyp) return hyp;
680   //
681   fCountProlongationTrials++;
682   //
683   fCurrMass = esdTr->GetMassForTracking();
684   //
685   hyp = new AliITSUTrackHyp(fNLrActive);
686   hyp->SetESDTrack(esdTr);
687   hyp->SetUniqueID(esdID);
688   hyp->SetMass(fCurrMass);
689   hyp->SetTPCSeed( new AliExternalTrackParam(*esdTr) );
690   SetTrackHyp(hyp,esdID);
691   Bool_t lut = fUseMatLUT; // for propagation from TPC use TGeo material budget always
692   fUseMatLUT = kFALSE;
693   if (!TransportToLayer(hyp->GetTPCSeed(),fITS->GetNLayers(), fITS->GetLrIDActive(fNLrActive-1), fITS->GetRITSTPCRef())) hyp->SetSkip(); // propagate to outer R of ITS
694   fUseMatLUT = lut;
695   //
696   return hyp;
697   // TO DO
698 }
699
700 //_________________________________________________________________________
701 Bool_t AliITSUTrackerGlo::TransportToLayer(AliITSUSeed* seed, Int_t lFrom, Int_t lTo, Double_t rLim)
702 {
703   // transport seed from layerFrom to the entrance (along the direction of the track) of layerTo or to rLim (if>0), wathever is closer
704   //  
705   //
706   if (lTo==lFrom) AliFatal(Form("was called with lFrom=%d lTo=%d",lFrom,lTo));
707   //
708   int dir = lTo > lFrom ? 1:-1;
709   AliITSURecoLayer* lrFr = fITS->GetLayer(lFrom); // this can be 0 when extrapolation from TPC to ITS is requested
710   Bool_t checkFirst = kTRUE;
711   Bool_t limReached = kFALSE;
712   while(lFrom!=lTo) {
713     if (lrFr) {
714       if (!GoToExitFromLayer(seed,lrFr,dir,checkFirst)) return kFALSE; // go till the end of current layer
715       checkFirst = kFALSE;
716     }
717     AliITSURecoLayer* lrTo =  fITS->GetLayer( (lFrom+=dir) );
718     if (!lrTo) AliFatal(Form("Layer %d does not exist",lFrom));
719     //
720     // go the entrance of the layer, assuming no materials in between
721     double xToGo = lrTo->GetR(-dir);
722     if (rLim>0) {
723       if (dir>0) {
724         if (rLim<xToGo) {xToGo = rLim; limReached = kTRUE;}
725       }
726       else {
727         if (rLim>xToGo) {xToGo = rLim; limReached = kTRUE;}
728       }
729     }
730     //    double xts = xToGo;
731     if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) {
732       //printf("FailHere1: %f %f %d\n",xts,xToGo,dir);
733       //seed->Print("etp");
734       //      
735       return kFALSE;
736     }
737 #ifdef _ITSU_DEBUG_
738     AliDebug(2,Form("go in dir=%d to R=%.4f(X:%.4f)",dir,lrTo->GetR(-dir), xToGo));
739 #endif
740     if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass,100, kFALSE )) {
741       //printf("FailHere2: %f %f %d\n",xts,xToGo,dir);
742       //seed->Print("etp");
743       return kFALSE;
744     }
745     lrFr = lrTo;
746     if (limReached) break;
747   }
748   return kTRUE;
749   //
750 }
751
752 //_________________________________________________________________________
753 Bool_t AliITSUTrackerGlo::TransportToLayer(AliExternalTrackParam* seed, Int_t lFrom, Int_t lTo, Double_t rLim)
754 {
755   // transport track from layerFrom to the entrance of layerTo or to rLim (if>0), wathever is closer
756   //  
757   if (lTo==lFrom) AliFatal(Form("was called with lFrom=%d lTo=%d",lFrom,lTo));
758   //
759   int dir = lTo > lFrom ? 1:-1;
760   AliITSURecoLayer* lrFr = fITS->GetLayer(lFrom); // this can be 0 when extrapolation from TPC to ITS is requested
761   Bool_t checkFirst = kTRUE;
762   Bool_t limReached = kFALSE;
763   while(lFrom!=lTo) {
764     if (lrFr) {
765       if (!GoToExitFromLayer(seed,lrFr,dir,checkFirst)) return kFALSE; // go till the end of current layer
766       checkFirst = kFALSE;
767     }
768     AliITSURecoLayer* lrTo =  fITS->GetLayer( (lFrom+=dir) );
769     if (!lrTo) AliFatal(Form("Layer %d does not exist",lFrom));
770     //
771     // go the entrance of the layer, assuming no materials in between
772     double xToGo = lrTo->GetR(-dir);
773     if (rLim>0) {
774       if (dir>0) {
775         if (rLim<xToGo) {xToGo = rLim; limReached = kTRUE;}
776       }
777       else {
778         if (rLim>xToGo) {xToGo = rLim; limReached = kTRUE;}
779       }
780     }
781     //    double xts = xToGo;
782     if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) {
783       //      printf("FailHere1: %f %f %d\n",xts,xToGo,dir);
784       //      seed->Print("etp");
785       return kFALSE;
786     }
787 #ifdef _ITSU_DEBUG_
788     AliDebug(2,Form("go in dir=%d to R=%.4f(X:%.4f)",dir,lrTo->GetR(-dir), xToGo));
789 #endif
790     if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass,100, kFALSE )) {
791       //printf("FailHere2: %f %f %d\n",xts,xToGo,dir);
792       //seed->Print("etp");
793       return kFALSE;
794     }
795     lrFr = lrTo;
796     if (limReached) break;
797   }
798   return kTRUE;
799   //
800 }
801
802 //_________________________________________________________________________
803 Bool_t AliITSUTrackerGlo::TransportToLayerX(AliExternalTrackParam* seed, Int_t lFrom, Int_t lTo, Double_t xStop)
804 {
805   // transport track from layerFrom to the entrance of layerTo but do not pass control parameter X
806   //  
807   if (lTo==lFrom) AliFatal(Form("was called with lFrom=%d lTo=%d",lFrom,lTo));
808   //
809   int dir = lTo > lFrom ? 1:-1;
810   AliITSURecoLayer* lrFr = fITS->GetLayer(lFrom); // this can be 0 when extrapolation from TPC to ITS is requested
811   Bool_t checkFirst = kTRUE;
812   while(lFrom!=lTo) {
813     if (lrFr) {
814       if (!GoToExitFromLayer(seed,lrFr,dir,checkFirst)) return kFALSE; // go till the end of current layer
815       checkFirst = kFALSE;
816     }
817     AliITSURecoLayer* lrTo =  fITS->GetLayer( (lFrom+=dir) );
818     if (!lrTo) AliFatal(Form("Layer %d does not exist",lFrom));
819     //
820     // go the entrance of the layer, assuming no materials in between
821     double xToGo = lrTo->GetR(-dir); // R of the entrance to layer
822     //
823     //    double xts = xToGo;
824     if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) {
825       //      printf("FailHere1: %f %f %d\n",xts,xToGo,dir);
826       //      seed->Print("etp");
827       return kFALSE;
828     }
829     if ( (dir>0&&xToGo>xStop) || (dir<0&&xToGo<xStop) ) xToGo = xStop;
830     //
831 #ifdef _ITSU_DEBUG_
832     AliDebug(2,Form("go in dir=%d to R=%.4f(X:%.4f)",dir,lrTo->GetR(-dir), xToGo));
833 #endif
834     if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass,100, kFALSE )) {
835       //printf("FailHere2: %f %f %d\n",xts,xToGo,dir);
836       //seed->Print("etp");
837       return kFALSE;
838     }
839     lrFr = lrTo;
840   }
841   return kTRUE;
842   //
843 }
844
845 //_________________________________________________________________________
846 Bool_t AliITSUTrackerGlo::GoToExitFromLayer(AliITSUSeed* seed, AliITSURecoLayer* lr, Int_t dir, Bool_t check)
847 {
848   // go to the exit from lr in direction dir, applying material corrections in steps specific for this layer
849   // If check is requested, do this only provided the track has not exited the layer already
850   double xToGo = lr->GetR(dir);
851   if (check) { // do we need to track till the surface of the current layer ?
852     double curR2 = seed->GetX()*seed->GetX() + seed->GetY()*seed->GetY(); // current radius
853 #ifdef _ITSU_DEBUG_
854     AliDebug(3,Form(" dir:%d Cur: %e Tgt: %e",dir,Sqrt(curR2),xToGo));
855 #endif
856     if      (dir>0) { if (curR2-xToGo*xToGo>-fgkToler) return kTRUE; } // on the surface or outside of the layer
857     else if (dir<0) { if (xToGo*xToGo-curR2>-fgkToler) return kTRUE; } // on the surface or outside of the layer
858   }
859   if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) return kFALSE;
860   // go via layer to its boundary, applying material correction.
861   if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass, lr->GetMaxStep())) return kFALSE;
862   //
863   return kTRUE;
864   //
865 }
866
867 //_________________________________________________________________________
868 Bool_t AliITSUTrackerGlo::GoToExitFromLayer(AliExternalTrackParam* seed, AliITSURecoLayer* lr, Int_t dir, Bool_t check)
869 {
870   // go to the exit from lr in direction dir, applying material corrections in steps specific for this layer
871   // If check is requested, do this only provided the track has not exited the layer already
872   double xToGo = lr->GetR(dir);
873   if (check) { // do we need to track till the surface of the current layer ?
874     double curR2 = seed->GetX()*seed->GetX() + seed->GetY()*seed->GetY(); // current radius
875     if      (dir>0) { if (curR2-xToGo*xToGo>-fgkToler) return kTRUE; } // on the surface or outside of the layer
876     else if (dir<0) { if (xToGo*xToGo-curR2>-fgkToler) return kTRUE; } // on the surface or outside of the layer
877   }
878 #ifdef _ITSU_DEBUG_
879   AliDebug(2,Form(" dir=%d : from R=%.4f -> R=%.4f",dir,Sqrt(seed->GetX()*seed->GetX() + seed->GetY()*seed->GetY()), xToGo));
880 #endif
881   if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) return kFALSE;
882   // go via layer to its boundary, applying material correction.
883   if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass, lr->GetMaxStep())) return kFALSE;
884   //
885   return kTRUE;
886   //
887 }
888
889
890 //_________________________________________________________________________
891 Bool_t AliITSUTrackerGlo::GoToEntranceToLayer(AliITSUSeed* seed, AliITSURecoLayer* lr, Int_t dir, Bool_t check)
892 {
893   // go to the entrance of lr in direction dir, w/o applying material corrections.
894   // If check is requested, do this only provided the track did not reach the layer already
895   double xToGo = lr->GetR(-dir);
896   if (check) { // do we need to track till the surface of the current layer ?
897     double curR2 = seed->GetX()*seed->GetX() + seed->GetY()*seed->GetY(); // current radius
898     if      (dir>0) { if (curR2-xToGo*xToGo>-fgkToler) return kTRUE; } // already passed
899     else if (dir<0) { if (xToGo*xToGo-curR2>-fgkToler) return kTRUE; } // already passed
900   }
901   if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) return kFALSE;
902   // go via layer to its boundary, applying material correction.
903   if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass, 100, kFALSE)) return kFALSE;
904   return kTRUE;
905   //
906 }
907
908 //_________________________________________________________________________
909 Bool_t AliITSUTrackerGlo::GoToEntranceToLayer(AliExternalTrackParam* seed, AliITSURecoLayer* lr, Int_t dir, Bool_t check)
910 {
911   // go to the entrance of lr in direction dir, w/o applying material corrections.
912   // If check is requested, do this only provided the track did not reach the layer already
913   double xToGo = lr->GetR(-dir);
914   if (check) { // do we need to track till the surface of the current layer ?
915     double curR2 = seed->GetX()*seed->GetX() + seed->GetY()*seed->GetY(); // current radius
916     if      (dir>0) { if (curR2-xToGo*xToGo>-fgkToler) return kTRUE; } // already passed
917     else if (dir<0) { if (xToGo*xToGo-curR2>-fgkToler) return kTRUE; } // already passed
918   }
919   if (!seed->GetXatLabR(xToGo,xToGo,GetBz(),dir)) return kFALSE;
920   // go via layer to its boundary, applying material correction.
921   if (!PropagateSeed(seed,xToGo,fCurrMass, 100, kFALSE)) return kFALSE;
922   return kTRUE;
923   //
924 }
925
926 //_________________________________________________________________________
927 Bool_t AliITSUTrackerGlo::GetRoadWidth(AliITSUSeed* seed, int ilrA)
928 {
929   // calculate road width in terms of phi and z for the track which MUST be on the external radius of the layer
930   // as well as some aux info
931   double bz = GetBz();
932   AliITSURecoLayer* lrA = fITS->GetLayerActive(ilrA);
933   seed->GetXYZ(&fTrImpData[kTrXIn]);    // lab position at the entrance from above
934   static AliExternalTrackParam sc;   // seed copy for manipulations
935   sc = *seed;
936   //
937   fTrImpData[kTrPhiIn] = ATan2(fTrImpData[kTrYIn],fTrImpData[kTrXIn]);
938   if (!sc.Rotate(fTrImpData[kTrPhiIn])) return kFALSE; // go to the frame of the entry point into the layer
939   double dr  = lrA->GetDR();                              // approximate X dist at the inner radius
940   if (!sc.GetXYZAt(sc.GetX()-dr, bz, fTrImpData + kTrXOut)) {
941     // special case: track does not reach inner radius, might be tangential
942     double r = sc.GetD(0,0,bz);
943     double x;
944     if (!sc.GetXatLabR(r,x,bz,-1)) return kFALSE;
945     dr = Abs(sc.GetX() - x);
946     if (!sc.GetXYZAt(x, bz, fTrImpData + kTrXOut)) return kFALSE;
947   }
948   //
949   fTrImpData[kTrPhiOut] = ATan2(fTrImpData[kTrYOut],fTrImpData[kTrXOut]);
950   double sgy = sc.GetSigmaY2() + dr*dr*sc.GetSigmaSnp2() + AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetSigmaY2(ilrA);
951   double sgz = sc.GetSigmaZ2() + dr*dr*sc.GetSigmaTgl2() + AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetSigmaZ2(ilrA);
952   sgy = Sqrt(sgy)*fCurrTrackCond->GetNSigmaRoadY(ilrA);
953   sgz = Sqrt(sgz)*fCurrTrackCond->GetNSigmaRoadZ(ilrA);
954   double dphi0 = 0.5*Abs(fTrImpData[kTrPhiOut]-fTrImpData[kTrPhiIn]);
955   double phi0  = 0.5*(fTrImpData[kTrPhiOut]+fTrImpData[kTrPhiIn]);
956   if ( dphi0>(0.5*Pi()) ) {
957     // special case of angles around pi 
958     dphi0 = Abs(phi0);    
959     phi0  += Pi();
960   }
961
962   fTrImpData[kTrPhi0] = phi0;
963   fTrImpData[kTrZ0]   = 0.5*(fTrImpData[kTrZOut]+fTrImpData[kTrZIn]);
964   dphi0 += sgy/lrA->GetR();
965   fTrImpData[kTrDPhi] =  dphi0<PiOver2() ? dphi0 : PiOver2();
966   fTrImpData[kTrDZ]   = 0.5*Abs(fTrImpData[kTrZOut]-fTrImpData[kTrZIn])   + sgz;
967   //  
968   return kTRUE;
969 }
970
971 //________________________________________
972 void AliITSUTrackerGlo::ResetSeedsPool()
973 {
974   // mark all seeds in the pool as unused
975   AliDebug(-1,Form("CurrentSize: %d, BookedUpTo: %d, free: %d",fSeedsPool.GetSize(),fSeedsPool.GetEntriesFast(),fNFreeSeeds));
976   fNFreeSeeds = 0;
977   fSeedsPool.Clear(); // seeds don't allocate memory
978 }
979
980
981 //________________________________________
982 void AliITSUTrackerGlo::MarkSeedFree(AliITSUSeed *sd) 
983 {
984   // account that this seed is "deleted" 
985   int id = sd->GetPoolID();
986   if (id<0) {
987     AliError(Form("Freeing of seed %p NOT from the pool is requested",sd)); 
988     return;
989   }
990   //  AliInfo(Form("%d %p",id, seed));
991   fSeedsPool.RemoveAt(id);
992   if (fFreeSeedsID.GetSize()<=fNFreeSeeds) fFreeSeedsID.Set( 2*fNFreeSeeds + 100 );
993   fFreeSeedsID.GetArray()[fNFreeSeeds++] = id;
994 }
995
996 //_________________________________________________________________________
997 Int_t AliITSUTrackerGlo::CheckCluster(AliITSUSeed* track, Int_t lr, Int_t clID) 
998 {
999   // Check if the cluster (in tracking frame!) is matching to track. 
1000   // The track must be already propagated to sensor tracking frame.
1001   // Returns:  kStopSearchOnSensor if the search on given sensor should be stopped, 
1002   //           kClusterMatching    if the cluster is matching
1003   //           kClusterMatching    otherwise
1004   //
1005   const double kTolerX = 5e-4;
1006   //  AliCluster *cl = fITS->GetLayerActive(lr)->GetCluster(clID);
1007   AliCluster *cl = fCurrLayer->GetCluster(clID);
1008   //
1009   Bool_t goodCl = kFALSE;
1010   int currLabel = Abs(fCurrESDtrMClb);
1011   //
1012   if (cl->GetLabel(0)>=0) {
1013     for (int i=0;i<3;i++) if (cl->GetLabel(i)>=0 && cl->GetLabel(i)==currLabel) {goodCl = kTRUE; break;}
1014   }
1015   //
1016   if (TMath::Abs(cl->GetX())>kTolerX) { // if due to the misalingment X is large, propagate track only
1017     if (!track->PropagateParamOnlyTo(track->GetX()+cl->GetX(),GetBz())) {
1018       //
1019 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1020       if (AliDebugLevelClass()>2 && goodCl && !track->ContainsFake()) {
1021         AliDebug(2,Form("Lost good cl on L:%d failed propagation. |ESDtrack#%d (MClb:%d)",lr,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb)); 
1022         track->Print("etp");
1023         cl->Print();
1024       }
1025 #endif
1026       return kStopSearchOnSensor; // propagation failed, seedT is intact
1027     }
1028   }
1029   double dy = cl->GetY()-track->GetY();
1030   double dz = cl->GetZ()-track->GetZ();
1031   //
1032   double dy2 = dy*dy;
1033   double tol2 = (track->GetSigmaY2() + AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetSigmaY2(lr))*
1034     fCurrTrackCond->GetNSigmaRoadY(lr)*fCurrTrackCond->GetNSigmaRoadY(lr); // RS TOOPTIMIZE
1035   if (dy2>tol2) {                          // the clusters are sorted in Z(col) then in Y(row). 
1036     //
1037 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1038     if (AliDebugLevelClass()>2 && goodCl &&  !track->ContainsFake()) {    
1039       AliDebug(2,Form("Lost good cl: dy2=%e > tol2=%e |ESDtrack#%d (MClb:%d)",dy2,tol2,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb)); 
1040       track->Print("etp");
1041       cl->Print();
1042       PrintSeedClusters(track);
1043     }
1044 #endif
1045     // clusters are sorted in increasing Y and the loop goes from last (highers Y) to 1st.
1046     // if the track has too large y for this cluster (dy<0) it will be so for all other clusters of the sensor
1047     if (dy<0) return kStopSearchOnSensor;  // No chance that other cluster of this sensor will match (all Y's will be even larger)
1048     else      return kClusterNotMatching;   // Other clusters may match
1049   }
1050   double dz2 = dz*dz;
1051   tol2 = (track->GetSigmaZ2() + AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetSigmaZ2(lr))*
1052     fCurrTrackCond->GetNSigmaRoadZ(lr)*fCurrTrackCond->GetNSigmaRoadZ(lr); // RS TOOPTIMIZE
1053   if (dz2>tol2) {
1054 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1055     if (AliDebugLevelClass()>2 && goodCl &&  !track->ContainsFake()) {
1056       AliDebug(2,Form("Lost good cl on L:%d : dz2=%e > tol2=%e |ESDtrack#%d (MClb:%d)",lr,dz2,tol2,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb)); 
1057       track->Print("etp");
1058       cl->Print();
1059       PrintSeedClusters(track);
1060     }
1061 #endif
1062     return kClusterNotMatching; // Other clusters may match
1063   }
1064   //
1065   // check chi2
1066   Double_t p[2]={cl->GetY(), cl->GetZ()};
1067   Double_t cov[3]={cl->GetSigmaY2(), cl->GetSigmaYZ(), cl->GetSigmaZ2()};
1068   double chi2 = track->GetPredictedChi2(p,cov);
1069   //
1070   if (chi2>fCurrTrackCond->GetMaxTr2ClChi2(lr)) {
1071 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1072     if (AliDebugLevelClass()>2 && goodCl &&  !track->ContainsFake()) {
1073       AliDebug(2,Form("Lost good cl on L:%d : Chi2=%e > Chi2Max=%e |dy: %+.3e dz: %+.3e |ESDtrack#%d (MClb:%d)\n",
1074                       lr,chi2,fCurrTrackCond->GetMaxTr2ClChi2(lr),dy,dz,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb)); 
1075       track->Print("etp");
1076       cl->Print("");
1077       PrintSeedClusters(track);
1078     }
1079 #endif
1080     return kClusterNotMatching;
1081   }
1082   //
1083   track = NewSeedFromPool(track);  // input track will be reused, use its clone for updates
1084   if (!track->Update()) {
1085 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1086     if (AliDebugLevelClass()>2 && goodCl &&  !track->ContainsFake()) {
1087       AliDebug(2,Form("Lost good cluster on L:%d : failed to update",lr));
1088       track->Print("etp");
1089       cl->Print("");
1090       PrintSeedClusters(track);
1091     }
1092 #endif
1093     MarkSeedFree(track);
1094     return kClusterNotMatching;
1095   }
1096   track->SetChi2Cl(chi2);
1097   track->SetLrClusterID(lr,clID);
1098   //
1099   if (track->GetChi2GloNrm()>fCurrTrackCond->GetMaxChi2GloNrm(lr)) {
1100 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1101     if (AliDebugLevelClass()>2 && goodCl &&  !track->ContainsFake()) {
1102       AliDebug(2,Form("Lost good cl on L:%d : Chi2Glo=%e > Chi2Max=%e |dy: %+.3e dz: %+.3e |ESDtrack#%d (MClb:%d)\n",
1103                       lr,track->GetChi2GloNrm(),fCurrTrackCond->GetMaxChi2GloNrm(lr),dy,dz,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb)); 
1104       track->Print("etp");
1105       cl->Print("");
1106       PrintSeedClusters(track);
1107     }
1108 #endif
1109     MarkSeedFree(track);
1110     return kClusterNotMatching;
1111   }
1112   //  cl->IncreaseClusterUsage(); // do this only for winners
1113   //
1114   track->SetFake(!goodCl);
1115   //
1116 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1117   AliDebug(2,Form("AddCl(%d) Cl%d lr:%d: dY:%+8.4f dZ:%+8.4f (MC: %5d %5d %5d) |Chi2=%f(%c)| ",
1118                goodCl,clID,lr,dy,dz2,cl->GetLabel(0),cl->GetLabel(1),cl->GetLabel(2), chi2, track->IsFake() ? '-':'+'));
1119 #endif
1120   //
1121   AddSeedBranch(track);
1122   //
1123   return kClusterMatching;
1124 }
1125
1126 //_________________________________________________________________________
1127 Bool_t AliITSUTrackerGlo::NeedToKill(AliITSUSeed *seed, Int_t flag)
1128 {
1129   // check if the seed should not be discarded
1130   const UShort_t kMask = 0xffff;
1131   if (flag==kMissingCluster) {
1132     int lastChecked = seed->GetLayerID();
1133     UShort_t patt = seed->GetHitsPattern();
1134     if (lastChecked) patt |= (~(kMask<<lastChecked))&fCurrTrackCond->GetAllowedLayers(); // not all layers were checked, complete unchecked ones by potential hits
1135     Bool_t seedOK = fCurrTrackCond->CheckPattern(patt);
1136     return !seedOK;
1137   }
1138   return kTRUE;
1139 }
1140
1141 //______________________________________________________________________________
1142 Bool_t AliITSUTrackerGlo::PropagateSeed(AliITSUSeed *seed, Double_t xToGo, Double_t mass, Double_t maxStep, Bool_t matCorr) 
1143 {
1144   // propagate seed to given x applying material correction if requested
1145   const Double_t kEpsilon = 1e-5;
1146   Double_t xpos     = seed->GetX();
1147   Int_t dir         = (xpos<xToGo) ? 1:-1;
1148   Double_t xyz0[3],xyz1[3];
1149   //
1150   Bool_t updTime = dir>0 && seed->IsStartedTimeIntegral();
1151   if (matCorr || updTime) seed->GetXYZ(xyz1);   //starting global position
1152   while ( (xToGo-xpos)*dir > kEpsilon){
1153     Double_t step = dir*TMath::Min(TMath::Abs(xToGo-xpos), maxStep);
1154     Double_t x    = xpos+step;
1155     Double_t bz=GetBz();   // getting the local Bz
1156     if (!seed->PropagateToX(x,bz)) return kFALSE;
1157     double ds = 0;
1158     if (matCorr || updTime) {
1159       xyz0[0]=xyz1[0]; // global pos at the beginning of step
1160       xyz0[1]=xyz1[1];
1161       xyz0[2]=xyz1[2];
1162       seed->GetXYZ(xyz1);    //  // global pos at the end of step
1163       if (matCorr) {
1164         Double_t xrho,xx0;
1165         ds = GetMaterialBudget(xyz0,xyz1,xx0,xrho);     
1166         if (dir>0) xrho = -xrho; // outward should be negative
1167         if (!seed->ApplyMaterialCorrection(xx0,xrho,mass,kFALSE)) {AliInfo("Fail2"); seed->Print("etp"); return kFALSE;}
1168       }
1169        else { // matCorr is not requested but time integral is
1170         double d0 = xyz1[0]-xyz0[0];
1171         double d1 = xyz1[1]-xyz0[1];
1172         double d2 = xyz1[2]-xyz0[2];    
1173         ds = TMath::Sqrt(d0*d0+d1*d1+d2*d2);
1174       }     
1175     }
1176     if (updTime) seed->AddTimeStep(ds);
1177     xpos = seed->GetX();
1178   }
1179   return kTRUE;
1180 }
1181
1182 //______________________________________________________________________________
1183 Bool_t AliITSUTrackerGlo::PropagateSeed(AliExternalTrackParam *seed, Double_t xToGo, Double_t mass, Double_t maxStep, Bool_t matCorr) 
1184 {
1185   // propagate seed to given x applying material correction if requested
1186   const Double_t kEpsilon = 1e-5;
1187   Double_t xpos     = seed->GetX();
1188   Int_t dir         = (xpos<xToGo) ? 1:-1;
1189   Double_t xyz0[3],xyz1[3];
1190   //
1191 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1192   if (AliDebugLevelClass()>1) {
1193     AliDebug(2,Form("Before Propagate to X=%f with M=%.3f MaxStep=%.4f MatCorr=%d",xToGo,mass,maxStep,matCorr));
1194     seed->AliExternalTrackParam::Print();
1195   }
1196 #endif
1197   Bool_t updTime = dir>0 && seed->IsStartedTimeIntegral();
1198   if (matCorr || updTime) seed->GetXYZ(xyz1);   //starting global position
1199   while ( (xToGo-xpos)*dir > kEpsilon){
1200     Double_t step = dir*TMath::Min(TMath::Abs(xToGo-xpos), maxStep);
1201     Double_t x    = xpos+step;
1202     Double_t bz=GetBz();   // getting the local Bz
1203     if (!seed->PropagateTo(x,bz))  return kFALSE;
1204     double ds = 0;
1205     if (matCorr || updTime) {
1206       xyz0[0]=xyz1[0]; // global pos at the beginning of step
1207       xyz0[1]=xyz1[1];
1208       xyz0[2]=xyz1[2];
1209       seed->GetXYZ(xyz1);    //  // global pos at the end of step
1210       //
1211       if (matCorr) {
1212         Double_t xrho,xx0;
1213         ds = GetMaterialBudget(xyz0,xyz1,xx0,xrho);     
1214         if (dir>0) xrho = -xrho; // outward should be negative
1215         if (!seed->CorrectForMeanMaterial(xx0,xrho,mass)) return kFALSE;
1216       }
1217       else { // matCorr is not requested but time integral is
1218         double d0 = xyz1[0]-xyz0[0];
1219         double d1 = xyz1[1]-xyz0[1];
1220         double d2 = xyz1[2]-xyz0[2];    
1221         ds = TMath::Sqrt(d0*d0+d1*d1+d2*d2);
1222       }
1223     }
1224     if (updTime) seed->AddTimeStep(ds);
1225     //
1226     xpos = seed->GetX();
1227   }
1228 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1229   if (AliDebugLevelClass()>1) {
1230     AliDebug(2,Form("After Propagate to X=%f",xToGo));
1231     seed->AliExternalTrackParam::Print();
1232   }
1233 #endif
1234   return kTRUE;
1235 }
1236
1237 //______________________________________________________________________________
1238 Bool_t AliITSUTrackerGlo::FinalizeHypothesis(AliITSUTrackHyp* hyp)
1239 {
1240   // finalize single TPC track hypothesis
1241   if (!hyp || hyp->GetESDTrack()->IsOn(AliESDtrack::kITSin)) return kFALSE;
1242   AliITSUSeed* winner = 0;
1243   fCurrHyp = hyp;
1244   fCurrMass = hyp->GetMass();
1245   if (!(winner=hyp->DefineWinner(fCurrTrackCond->GetActiveLrInner()))) return kFALSE;
1246   CookMCLabel(hyp);
1247   //
1248 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_  // fill tuning histos
1249   TObjArray* dest = hyp->GetLabel()>=0 ? fCHistoArrCorr : fCHistoArrFake;
1250   if (dest) {
1251     AliITSUSeed* sd = winner;
1252     double htrPt = hyp->Pt();
1253     do {
1254       int clID,lrID;
1255       if ( (clID=sd->GetLrCluster(lrID))<0 ) continue;
1256       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHChi2Nrm     ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetChi2GloNrm());
1257       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHBestInBranch,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetOrdBranch());
1258       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHBestInCand  ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetOrdCand());
1259       //
1260       if (dest==fCHistoArrFake && !sd->IsFake()) continue; // for the fake seeds fill only fake clusters part
1261       //
1262       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHResY        ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetResidY());
1263       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHResZ        ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetResidZ());
1264       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHResYP       ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetPullY());
1265       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHResZP       ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetPullZ());
1266       ((TH2*)dest->At( GetHistoID(lrID,kHChi2Cl      ,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,sd->GetChi2Cl());
1267       //
1268     } while((sd=(AliITSUSeed*)sd->GetParent()));
1269     //
1270     ((TH2*)dest->At( GetHistoID(-1,kHChiMatch,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,winner->GetChi2ITSTPC());
1271     ((TH2*)dest->At( GetHistoID(-1,kHChiITSSA,fCurrPassID) ))->Fill(htrPt,winner->GetChi2ITSSA());
1272   }
1273   //
1274 #endif
1275   //
1276   CheckClusterSharingConflicts(hyp);
1277   return hyp->GetWinner();  // winner might change of disappear after resolving conflicts
1278   //
1279 }
1280
1281 //______________________________________________________________________________
1282 void AliITSUTrackerGlo::FinalizeHypotheses()
1283 {
1284   // select winner for each hypothesis, remove cl. sharing conflicts
1285   AliCodeTimerAuto("",0); 
1286   //
1287   int* esdTrackIndex = fESDIndex.GetArray();
1288   for (int ih=0;ih<fNTracksESD;ih++) FinalizeHypothesis(GetTrackHyp(esdTrackIndex[ih])); // finlize in decreasing pt order
1289   //
1290   for (int ih=fNTracksESD;ih--;) UpdateESDTrack(GetTrackHyp(esdTrackIndex[ih]),AliESDtrack::kITSin); 
1291   //
1292 }
1293
1294 //______________________________________________________________________________
1295 void AliITSUTrackerGlo::CheckClusterSharingConflicts(AliITSUTrackHyp* hyp)
1296 {
1297   // remove eventual cluster sharing conflicts
1298   AliITSUSeed* winner = 0;
1299   if (!(winner=hyp->GetWinner())) return;
1300   UShort_t idH = (UShort_t)hyp->GetUniqueID()+1;
1301   int lrID,clID;
1302   int inLr = fCurrTrackCond->GetActiveLrInner();
1303   AliITSUSeed* winSD=winner;
1304   do {
1305     if ( (clID=winSD->GetLrCluster(lrID))<0 ) continue;
1306     AliITSUClusterPix* cl = (AliITSUClusterPix*)fITS->GetLayerActive(lrID)->GetCluster(clID);
1307     Int_t refID = cl->GetRecoInfo();                // was it already referred by some track (with refID-1 if >0)
1308     if (!refID) {cl->SetRecoInfo(idH); continue;}   // if not, refer from track to cluster
1309     if (refID==idH) continue;                          // ignore reference to itself
1310     // the cluster is already used by other track, need to resolve the conflict
1311     AliITSUTrackHyp* hypC = GetTrackHyp(refID-1);   // competitor
1312     //    printf("Ref to %d (%p) from %d Cl %d %d\n",refID-1,hypC, idH-1,clID,lrID);
1313     AliITSUSeed* winnerC = hypC->GetWinner();
1314     if (!winnerC) {
1315       printf("Missing winner, ERROR\n");
1316       continue;
1317     }
1318     //
1319 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1320     if (AliDebugLevelClass()>1) { //------------------------ DEBUG -------------------
1321       AliInfo(Form("Shared cl#%4d on Lr:%d: Hyp%3d/Q:%6.3f vs Hyp%3d/Q:%6.3f",
1322                    clID,lrID,idH-1,winner->GetQualityVar(),refID-1,winnerC->GetQualityVar()));
1323       // dump winner of hyp
1324       printf("#%4d Pt:%.3f Chi:%6.3f/%6.3f/%6.3f Ncl:%d MCits%+5d MCtpc:%+5d |",
1325              idH-1,winner->Pt(),winner->GetChi2GloNrm(),winner->GetChi2ITSTPC(),winner->GetChi2ITSSA(),
1326              winner->GetNLayersHit(),hyp->GetITSLabel(),hyp->GetESDTrack()->GetTPCLabel());
1327       int prevL=-1;
1328       AliITSUSeed* sd = winner;
1329       do {
1330         int lrs;
1331         int clIDt = sd->GetLrCluster(lrs);
1332         if (clIDt<0) continue;
1333         while( lrs>++prevL ) printf("%4s        ","----");
1334         printf("%4d (%5.1f)",clIDt,sd->GetChi2Cl());
1335       } while ((sd=(AliITSUSeed*)sd->GetParent()));
1336       printf("|\n");
1337       // dump winner of hypC
1338       printf("#%4d Pt:%.3f Chi:%6.3f/%6.3f/%6.3f Ncl:%d MCits%+5d MCtpc:%+5d |",
1339              refID-1,winnerC->Pt(),winnerC->GetChi2GloNrm(),winnerC->GetChi2ITSTPC(),winnerC->GetChi2ITSSA(),
1340              winnerC->GetNLayersHit(),hypC->GetITSLabel(),hypC->GetESDTrack()->GetTPCLabel());
1341       prevL=-1;
1342       sd = winnerC;
1343       do {
1344         int lrs;
1345         int clIDt = sd->GetLrCluster(lrs);
1346         if (clIDt<0) continue;
1347         while( lrs>++prevL ) printf("%4s        ","----");
1348         printf("%4d (%5.1f)",clIDt,sd->GetChi2Cl());
1349       } while ((sd=(AliITSUSeed*)sd->GetParent()));
1350       printf("|\n");
1351     }  //-------------------------------------------------- DEBUG -------------------
1352 #endif
1353     //
1354     if (winner->GetQualityVar()<winnerC->GetQualityVar()) { // current tracks is better then competitor track
1355       FlagSeedClusters(winnerC,kFALSE,refID); // unflag cluster usage by loser
1356       cl->SetRecoInfo(idH);
1357       //
1358       //if ( hypC->GetLabel()>=0) AliInfo(Form("KILLING CORRECT: %d",refID-1));
1359       winnerC->Kill();
1360       if (hypC->DefineWinner(inLr)) {             // find new winner instead of suppressed candidate
1361         CookMCLabel(hypC);
1362         CheckClusterSharingConflicts(hypC);   // and check its sharing conflicts again
1363         if (winner->IsKilled()) break;        // the current winner might have been killed during check of new winner of hypC!
1364       }
1365     }    
1366     else { // competitor hypC is better than the hyp
1367       FlagSeedClusters(winner,kFALSE,idH); // unflag cluster usage by loser
1368       winner->Kill();
1369       //if ( hyp->GetLabel()>=0) AliInfo(Form("KILLING CORRECT: %d",idH-1));
1370       if (hyp->DefineWinner(inLr)) {
1371         CookMCLabel(hyp);
1372         CheckClusterSharingConflicts(hyp);
1373       }
1374       break;
1375     }
1376     //   
1377   } while ((winSD=(AliITSUSeed*)winSD->GetParent()));
1378   //
1379   return;
1380 }
1381
1382 //______________________________________________________________________________
1383 void AliITSUTrackerGlo::UpdateESDTrack(AliITSUTrackHyp* hyp,Int_t flag)
1384 {
1385   // update ESD track with current best hypothesis
1386   if (!hyp) return;
1387   AliESDtrack* esdTr = hyp->GetESDTrack();
1388   if (!esdTr || esdTr->IsOn(flag)) return;
1389   AliITSUSeed* win = hyp->GetWinner();
1390   if (!win || win->IsKilled()) return;
1391   double chiSav;
1392   //
1393   switch (flag) {
1394   case AliESDtrack::kITSin: 
1395     esdTr->UpdateTrackParams(hyp,flag); // update kinematics
1396     fCountITSin++;
1397     // set fakes cluster info
1398     {
1399       UShort_t clfake = 0;
1400       Int_t    clSplit = 0;
1401       AliITSUSeed* sd = win;
1402       int ip=0;
1403       do {
1404         int lr, clID = sd->GetLrCluster(lr);
1405         if (sd->IsFake()) clfake |= 0x1<<lr;
1406         if (clID>=0) {
1407           esdTr->SetITSModuleIndex(ip++, sd->GetLrClusterID());
1408           AliITSUClusterPix *cl = (AliITSUClusterPix*)fITS->GetLayerActive(lr)->GetCluster(clID);
1409 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
1410           if (cl->IsSplit()) clSplit |= 0x1<<lr;
1411 #endif
1412         }
1413       } while ((sd=(AliITSUSeed*)sd->GetParent()));
1414       //
1415       // RS: Temporary set special flag for tracks from the afterburner
1416       if (fCurrPassID>0) clfake |= 0x1<<7;
1417       //
1418       esdTr->SetITSSharedMap(clfake);
1419       esdTr->SetITSModuleIndex(10,clSplit);
1420     }
1421     // TEMPORARY: store iteration id
1422     esdTr->SetITSModuleIndex(11,fCurrPassID);
1423     break;
1424     //
1425   case AliESDtrack::kITSout: 
1426     // here the stored chi2 will correspond to backward ITS-SA fit
1427     esdTr->UpdateTrackParams(hyp,flag); // update kinematics
1428     fCountITSout++;
1429     // TODO: avoid setting friend
1430     break;
1431     //
1432   case AliESDtrack::kITSrefit: 
1433
1434     // at the moment fill as a chi2 the TPC-ITS matching chi2
1435     chiSav = hyp->GetChi2();
1436     hyp->SetChi2(win->GetChi2ITSTPC());
1437     esdTr->UpdateTrackParams(hyp,flag); // update kinematics
1438     hyp->SetChi2(chiSav);
1439     fCountITSrefit++;
1440     // TODO: avoid setting cluster info
1441     break;
1442   default:
1443     AliFatal(Form("Unknown flag %d",flag));
1444   }
1445   //
1446   esdTr->SetITSLabel(hyp->GetITSLabel());
1447   // transfer module indices
1448   // TODO
1449 }
1450
1451 //______________________________________________________________________________
1452 Double_t AliITSUTrackerGlo::RefitTrack(AliITSUTrackHyp* trc, Double_t rDest, Int_t &nclFit, Int_t stopCond)
1453 {
1454   // refit track till radius rDest. The cluster,mass info is taken from fCurrHyp (and its winner seed)
1455   // if stopCond<0 : propagate till last cluster then stop
1456   // if stopCond==0: propagate till last cluster then try to go till limiting rDest, don't mind if fail
1457   // if stopCond>0 : rDest must be reached
1458   //
1459   double rCurr = Sqrt(trc->GetX()*trc->GetX() + trc->GetY()*trc->GetY());
1460   int dir,lrStart,lrStop;
1461   //
1462   dir = rCurr<rDest ? 1 : -1;
1463   lrStart = fITS->FindFirstLayerID(rCurr,dir);
1464   lrStop  = fITS->FindLastLayerID(rDest,dir); // lr id before which we have to stop
1465   //
1466 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1467   if (AliDebugLevelClass()>2) {
1468     printf("Refit %d: Lr:%d (%f) -> Lr:%d (%f)\n",dir,lrStart,rCurr, lrStop,rDest);
1469     printf("Before refit: "); trc->Print();
1470   }
1471 #endif
1472   if (lrStop<0 || lrStart<0) AliFatal(Form("Failed to find start(%d) or last(%d) layers. Track from %.3f to %.3f",lrStart,lrStop,rCurr,rDest));
1473   //
1474   Int_t clInfo[2*AliITSUAux::kMaxLayers];
1475   Int_t nCl = fCurrHyp->FetchClusterInfo(clInfo);
1476   fCurrMass = fCurrHyp->GetMass();
1477   AliITSUTrackHyp tmpTr(*(AliKalmanTrack*)trc);
1478   double chi2 = 0;
1479   int iclLr[2],nclLr;
1480   nclFit = 0;
1481   //
1482   int lrStop1 = lrStop+dir;
1483   for (int ilr=lrStart;ilr!=lrStop1;ilr+=dir) {
1484     AliITSURecoLayer* lr = fITS->GetLayer(ilr);
1485     if ( dir*(rCurr-lr->GetR(dir))>0) continue; // this layer is already passed
1486     int ilrA2,ilrA = lr->GetActiveID();
1487     // passive layer or active w/o hits will be traversed on the way to next cluster
1488     if (!lr->IsActive() || clInfo[ilrA2=(ilrA<<1)]<0) continue; 
1489     //
1490     // select the order in which possible 2 clusters (in case of the overlap) will be traversed and fitted
1491     nclLr=0;
1492     if (dir>0) { // clusters are stored in increasing radius order
1493       iclLr[nclLr++]=clInfo[ilrA2++];
1494       if (clInfo[ilrA2]>=0) iclLr[nclLr++]=clInfo[ilrA2];
1495     }
1496     else {
1497       if ( clInfo[ilrA2+1]>=0 ) iclLr[nclLr++]=clInfo[ilrA2+1];
1498       iclLr[nclLr++]=clInfo[ilrA2];
1499     }
1500     //
1501     Bool_t transportedToLayer = kFALSE;
1502     for (int icl=0;icl<nclLr;icl++) {
1503       AliITSUClusterPix* clus =  (AliITSUClusterPix*)lr->GetCluster(iclLr[icl]);
1504       AliITSURecoSens* sens = lr->GetSensorFromID(clus->GetVolumeId());
1505       if (!tmpTr.Rotate(sens->GetPhiTF())) {
1506 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1507         AliESDtrack* trESD = fCurrHyp->GetESDTrack();
1508         AliDebug(2,Form("Failed on rotate to %f | ESDtrack#%d (MClb:%d)",sens->GetPhiTF(),trESD->GetID(),trESD->GetTPCLabel()));
1509 #endif
1510         return -1;
1511       }
1512       //
1513       double xClus = sens->GetXTF()+clus->GetX();
1514       if (!transportedToLayer) {
1515         if (ilr!=lrStart && !TransportToLayerX(&tmpTr,lrStart,ilr,xClus)) {
1516 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1517           AliESDtrack* trESD = fCurrHyp->GetESDTrack();
1518           AliDebug(2,Form("Failed to transport %d -> %d | ESDtrack#%d (MClb:%d)\n",lrStart,ilr,trESD->GetID(),trESD->GetTPCLabel()));
1519 #endif
1520           return -1; // go to the entrance to the layer
1521         }
1522         lrStart = ilr;
1523         transportedToLayer = kTRUE;
1524       }
1525       //
1526 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1527       if (AliDebugLevelClass()>1) {
1528         AliDebug(2,Form("Propagate to cl:%d on lr %d Need to go %.4f -> %.4f",icl,ilrA,tmpTr.GetX(),xClus));
1529       }
1530 #endif
1531       //
1532       if (!PropagateSeed(&tmpTr,xClus,fCurrMass)) {
1533 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1534         AliESDtrack* trESD = fCurrHyp->GetESDTrack();
1535         AliDebug(2,Form("Failed on propagate to %f (dir=%d) | ESDtrack#%d (MClb:%d)",xClus,dir,trESD->GetID(),trESD->GetTPCLabel()));
1536 #endif
1537         return -1;
1538       }
1539       //
1540       Double_t p[2]={clus->GetY(), clus->GetZ()};
1541       Double_t cov[3]={clus->GetSigmaY2(), clus->GetSigmaYZ(), clus->GetSigmaZ2()};
1542       double chi2cl = tmpTr.GetPredictedChi2(p,cov);
1543       chi2 += chi2cl;
1544       //
1545 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
1546       TObjArray* dest = trc->GetLabel()>=0 ? fCHistoArrCorr : fCHistoArrFake;
1547       if (dest && fTrackPhaseID>kClus2Tracks) {
1548         //
1549         double htrPt = tmpTr.Pt();
1550         double dy = p[0]-tmpTr.GetY();
1551         double dz = p[1]-tmpTr.GetZ();
1552         ((TH2*)dest->At( GetHistoID(ilrA,kHResY,0,fTrackPhaseID) ))->Fill(htrPt,dy);
1553         ((TH2*)dest->At( GetHistoID(ilrA,kHResZ,0,fTrackPhaseID) ))->Fill(htrPt,dz);
1554         double errY = tmpTr.GetSigmaY2();
1555         double errZ = tmpTr.GetSigmaZ2();
1556         if (errY>0) ((TH2*)dest->At( GetHistoID(ilrA,kHResYP,0,fTrackPhaseID) ))->Fill(htrPt,dy/Sqrt(errY));
1557         if (errZ>0) ((TH2*)dest->At( GetHistoID(ilrA,kHResZP,0,fTrackPhaseID) ))->Fill(htrPt,dz/Sqrt(errZ));
1558         ((TH2*)dest->At( GetHistoID(ilrA,kHChi2Cl,0,fTrackPhaseID) ))->Fill(htrPt,chi2cl);
1559       }
1560 #endif  
1561       //      
1562       if ( !tmpTr.Update(p,cov) ) {
1563 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1564         AliESDtrack* trESD = fCurrHyp->GetESDTrack();
1565         AliDebug(2,Form("Failed on Update | ESDtrack#%d (MClb:%d)",trESD->GetID(),trESD->GetTPCLabel()));
1566 #endif
1567         return -1;
1568       }
1569 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1570       if (AliDebugLevelClass()>1) {
1571         printf("AfterRefit: "); tmpTr.Print();
1572       }
1573 #endif
1574       if (++nclFit==nCl && stopCond<0) {
1575         *trc = (AliKalmanTrack&)tmpTr;
1576         return chi2; // it was requested to not propagate after last update
1577       }
1578     }
1579     //
1580   }
1581   // All clusters were succesfully fitted. Even if the track does not reach rDest, this is enough to validate it.
1582   // Still, try to go as close as possible to rDest.
1583   //
1584   if (lrStart!=lrStop) {
1585     if (!TransportToLayer(&tmpTr,lrStart,lrStop)) {
1586 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1587       AliDebug(1,Form("Failed on TransportToLayer %d->%d | ESDtrack#%d (MClb:%d), X=%f",lrStart,lrStop,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb,tmpTr.GetX()));
1588 #endif
1589       return (stopCond>0) ? -chi2 : chi2; // rDest was obligatory
1590     }    
1591     if (!GoToExitFromLayer(&tmpTr,fITS->GetLayer(lrStop),dir)) {
1592 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1593       AliDebug(1,Form("Failed on GoToExitFromLayer %d | ESDtrack#%d (MClb:%d), X=%f",lrStop,fCurrESDtrack->GetID(),fCurrESDtrMClb,tmpTr.GetX()));
1594 #endif
1595       return (stopCond>0) ? -chi2 : chi2; // rDest was obligatory
1596     }
1597   }
1598   // go to the destination radius. Note that here we don't select direction to avoid precision problems
1599   if (!tmpTr.GetXatLabR(rDest,rDest,GetBz(),0) || !PropagateSeed(&tmpTr,rDest,fCurrMass, 100, kFALSE)) {
1600     return (stopCond>0) ? -chi2 : chi2; // rDest was obligatory
1601   }
1602   *trc = (AliKalmanTrack&)tmpTr;
1603 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1604   if (AliDebugLevelClass()>2) {
1605     printf("After refit (now at lr %d): ",lrStop); trc->Print();
1606   }
1607 #endif
1608   return chi2;
1609 }
1610
1611 //__________________________________________________________________
1612 void AliITSUTrackerGlo::CookMCLabel(AliITSUTrackHyp* hyp) 
1613 {
1614   // build MC label
1615   //
1616   const int kMaxLbPerCl = 3;
1617   int lbID[kMaxLayers*6],lbStat[kMaxLayers*6];
1618   Int_t lr,nLab=0,nCl=0;
1619   AliITSUSeed *seed = hyp->GetWinner();
1620   while(seed) {
1621     int clID = seed->GetLrCluster(lr);
1622     if (clID>=0) {
1623       AliCluster *cl = fITS->GetLayerActive(lr)->GetCluster(clID);
1624       nCl++;
1625       for (int imc=0;imc<kMaxLbPerCl;imc++) { // labels within single cluster
1626         int trLb = cl->GetLabel(imc);
1627         if (trLb<0) break;
1628         // search this mc track in already accounted ones
1629         int iLab;
1630         for (iLab=0;iLab<nLab;iLab++) if (lbID[iLab]==trLb) break;
1631         if (iLab<nLab) lbStat[iLab]++;
1632         else {
1633           lbID[nLab] = trLb;
1634           lbStat[nLab++] = 1;
1635         }
1636       } // loop over given cluster's labels
1637     }
1638     seed = (AliITSUSeed*)seed->GetParent();
1639   } // loop over clusters
1640   // 
1641   AliESDtrack* esdTr = hyp->GetESDTrack();
1642   int tpcLab = esdTr ? Abs(esdTr->GetTPCLabel()) : -kDummyLabel;
1643   if (nCl && nLab) {
1644     int maxLab=0,nTPCok=0;
1645     for (int ilb=nLab;ilb--;) {
1646       int st = lbStat[ilb];
1647       if (lbStat[maxLab]<st) maxLab=ilb;
1648       if (tpcLab==lbID[ilb]) nTPCok += st;
1649     }
1650     hyp->SetFakeRatio(1.-float(nTPCok)/nCl);
1651     hyp->SetLabel( nTPCok==nCl ? tpcLab : -tpcLab);
1652     hyp->SetITSLabel( lbStat[maxLab]==nCl ? lbID[maxLab] : -lbID[maxLab]); // winner label
1653     return;
1654   }
1655   //
1656   hyp->SetFakeRatio(-1.);
1657   hyp->SetLabel( -tpcLab );
1658   hyp->SetITSLabel( kDummyLabel );
1659 }
1660
1661 //__________________________________________________________________
1662 Bool_t AliITSUTrackerGlo::AddSeedBranch(AliITSUSeed* seed)
1663 {
1664   // add new prolongation branch for the seed to temporary array. The seeds are sorted according to Compare f-n
1665   if (fNCandidatesAdded+fNBranchesAdded>=fLayerMaxCandidates ) {
1666     AliInfo(Form("Number of candidates at layer %d for current seed reached %d, increasing buffer",fCurrActLrID,fLayerMaxCandidates));
1667     fLayerMaxCandidates = 2*(fLayerMaxCandidates+1);
1668     AliITSUSeed** tmpArr = fLayerCandidates;
1669     fLayerCandidates = new AliITSUSeed*[fLayerMaxCandidates];
1670     memcpy(fLayerCandidates,tmpArr,(fNCandidatesAdded+fNBranchesAdded)*sizeof(AliITSUSeed*));
1671     delete tmpArr; // delete only array, not objects
1672   }
1673   AliITSUSeed** branches = &fLayerCandidates[fNCandidatesAdded]; // note: fNCandidatesAdded is incremented after adding all branches of current seed
1674   int slot=fNBranchesAdded++;
1675   for (int slotF=slot;slotF--;) { // slotF is always slot-1
1676     AliITSUSeed* si = branches[slotF];
1677     if (si->Compare(seed)<0) break; // found the last seed with better quality
1678     // otherwise, shift the worse seed to the next slot
1679     branches[slot] = si;
1680     slot = slotF; // slot should be slotF+1
1681   }
1682   // if needed, move worse seeds
1683   branches[slot] = seed;
1684   return kTRUE;
1685   //
1686 }
1687
1688 //__________________________________________________________________
1689 void AliITSUTrackerGlo::ValidateAllowedBranches(Int_t acceptMax)
1690 {
1691   // keep allowed number of branches for current seed and disable extras
1692   AliCodeTimerAuto("",0); 
1693   int nb = Min(fNBranchesAdded,acceptMax);
1694   //  if (nb<fNBranchesAdded) printf("ValidateAllowedBranches: %d of %d (%d) on lr %d\n",nb,fNBranchesAdded,fNCandidatesAdded,ilr);
1695   // disable unused branches
1696   AliITSUSeed** branches = &fLayerCandidates[fNCandidatesAdded];
1697   //
1698 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
1699   for (int ib=0;ib<fNBranchesAdded;ib++) branches[ib]->SetOrdBranch(ib);
1700 #endif
1701   //
1702   for (int ib=nb;ib<fNBranchesAdded;ib++) MarkSeedFree(branches[ib]);
1703   fNCandidatesAdded += nb; // update total candidates counter
1704   fNBranchesAdded = 0; // reset branches counter
1705   //
1706 }
1707
1708 //__________________________________________________________________
1709 void AliITSUTrackerGlo::ValidateAllowedCandidates(Int_t ilr, Int_t acceptMax)
1710 {
1711   // transfer allowed number of branches to hypothesis container
1712   //
1713   AliCodeTimerAuto("",0); 
1714   // sort candidates in increasing order of chi2
1715   static int lastSize = 0;
1716   static int *index = 0;
1717   static float *chi2 = 0;
1718   if (fLayerMaxCandidates>lastSize) {
1719     lastSize = fLayerMaxCandidates;
1720     delete[] index;
1721     delete[] chi2;
1722     index = new int[lastSize];
1723     chi2  = new float[lastSize];
1724   }
1725   for (int i=fNCandidatesAdded;i--;) chi2[i] = fLayerCandidates[i]->GetChi2GloNrm();
1726   Sort(fNCandidatesAdded,chi2,index,kFALSE);
1727   //
1728   int nacc=0,nb=0;
1729   if (ilr>fCurrTrackCond->GetActiveLrInner()) { // just take 1st acceptMax candidates
1730     nb = Min(fNCandidatesAdded,acceptMax);
1731     for (int ib=0;ib<nb;ib++) AddProlongationHypothesis(fLayerCandidates[index[ib]],ilr);
1732   }
1733   else { // for innermost layer test ITS SA backward chi2 and matching to TPC
1734     AliITSUSeed* wn0 = fCurrHyp->GetWinner(); // in principle, should be NULL
1735     for (nb=0;nb<fNCandidatesAdded;nb++) {
1736       AliITSUSeed* sd = fLayerCandidates[index[nb]];    
1737       fCurrHyp->SetWinner(sd);
1738       if (!CheckBackwardMatching(sd)) MarkSeedFree(sd); // discard bad backward tracks
1739       else {
1740         AddProlongationHypothesis(sd,ilr);
1741         if (++nacc==acceptMax) {nb++; break;} // the rest will be discarded
1742       }
1743     }
1744     fCurrHyp->SetWinner(wn0); // restore original winner (NULL?)
1745   }
1746   // disable unused candidates
1747   for (int ib=nb;ib<fNCandidatesAdded;ib++) MarkSeedFree(fLayerCandidates[index[ib]]);    
1748   fNCandidatesAdded = 0; // reset candidates counter
1749   //
1750 }
1751
1752 //__________________________________________________________________
1753 Bool_t AliITSUTrackerGlo::CheckBackwardMatching(AliITSUSeed* seed)
1754 {
1755   // check seed backward propagation chi2 and matching to TPC 
1756   double bz0 = GetBz();
1757   double rDest = fITS->GetRITSTPCRef(); // reference radius for comparison
1758   AliITSUTrackHyp trback;
1759   trback.AliExternalTrackParam::operator=(*seed);
1760   trback.ResetCovariance(10000);
1761   int nclFit = 0;
1762   double chi2sa = RefitTrack(&trback,rDest,nclFit,1);
1763   if (chi2sa<0) return kFALSE;
1764   int ndf = nclFit*2-5;
1765   if (ndf>0) chi2sa /= ndf;
1766   if (chi2sa>fCurrTrackCond->GetMaxITSSAChi2(nclFit)) return kFALSE;
1767   //
1768   // relate to TPC track at outer layer
1769   AliExternalTrackParam* tpcSeed = fCurrHyp->GetTPCSeed();
1770   if (!trback.Rotate(tpcSeed->GetAlpha()) || !trback.PropagateParamOnlyTo(tpcSeed->GetX(),bz0)) {
1771 #ifdef _ITSU_DEBUG_
1772     if (AliDebugLevelClass()>+1 && !seed->ContainsFake()) {
1773       AliInfo(Form("Failed to propagate seed to TPC track @ X:%.3f Alpha:%.3f",tpcSeed->GetX(),tpcSeed->GetAlpha()));
1774       seed->Print("etp");
1775       trback.Print();
1776     }
1777 #endif
1778     return kFALSE; 
1779   }
1780   double chi2Match = trback.GetPredictedChi2(tpcSeed)/5;
1781   if (chi2Match>fCurrTrackCond->GetMaxITSTPCMatchChi2()) return kFALSE;
1782   //
1783   seed->SetChi2ITSSA(chi2sa);
1784   seed->SetChi2ITSTPC(chi2Match);
1785   return kTRUE;
1786 }
1787
1788 //__________________________________________________________________
1789 void AliITSUTrackerGlo::SaveReducedHypothesesTree(AliITSUTrackHyp* dest)
1790 {
1791   // remove those hypothesis seeds which dont lead to candidates at final layer
1792   //
1793   // 1st, flag the seeds to save
1794   int lr0 = fCurrTrackCond->GetActiveLrInner();
1795   for (int isd=0;isd<fCurrHyp->GetNSeeds(lr0);isd++) {
1796     AliITSUSeed* seed = fCurrHyp->RemoveSeed(lr0,isd);
1797     if (!seed) continue;
1798     seed->FlagTree(AliITSUSeed::kSave);
1799     dest->AddSeed(seed,lr0);
1800   }
1801   for (int ilr=0;ilr<fNLrActive;ilr++) {
1802     int nsd = fCurrHyp->GetNSeeds(ilr);
1803     for (int isd=0;isd<nsd;isd++) {
1804       AliITSUSeed* seed = fCurrHyp->RemoveSeed(ilr,isd);
1805       if (!seed) continue; // already discarded or saved
1806       if (seed->IsSaved()) dest->AddSeed(seed,ilr);
1807       else MarkSeedFree(seed);
1808     }
1809   }
1810   //
1811   //  AliInfo(Form("SeedsPool: %d, BookedUpTo: %d, free: %d",fSeedsPool.GetSize(),fSeedsPool.GetEntriesFast(),fNFreeSeeds));
1812 }
1813
1814 //__________________________________________________________________
1815 void AliITSUTrackerGlo::CleanHypothesis(AliITSUTrackHyp* hyp)
1816 {
1817   // clean hypothesis
1818   hyp->SetWinner(0);
1819   for (int ilr=0;ilr<fNLrActive;ilr++) {
1820     int nsd = hyp->GetNSeeds(ilr);
1821     for (int isd=0;isd<nsd;isd++) {
1822       AliITSUSeed* seed = hyp->RemoveSeed(ilr,isd);
1823       if (!seed) continue; // already discarded or saved
1824       MarkSeedFree(seed);
1825     }
1826   }
1827 }
1828
1829 //__________________________________________________________________
1830 void AliITSUTrackerGlo::FlagSplitClusters()
1831 {
1832   // set special bit on split clusters using MC info
1833   for (int ilr=fNLrActive;ilr--;) {
1834     int nsplit=0;
1835     AliITSURecoLayer* lr = fITS->GetLayerActive(ilr);
1836     for (int isn=lr->GetNSensors();isn--;) {
1837       AliITSURecoSens* sens = lr->GetSensor(isn);
1838       int nCl = sens->GetNClusters();
1839       if (!nCl) continue;
1840       int cl0 = sens->GetFirstClusterId();
1841       for (int icl=nCl;icl--;) {
1842         AliITSUClusterPix *cl = (AliITSUClusterPix*)lr->GetCluster(cl0+icl);
1843         for (int icl1=icl;icl1--;) {
1844           AliITSUClusterPix *cl1 = (AliITSUClusterPix*)lr->GetCluster(cl0+icl1);
1845           if (cl->HasCommonTrack(cl1)) {
1846             if (!cl->IsSplit())  nsplit++;
1847             if (!cl1->IsSplit()) nsplit++;
1848             cl->SetSplit();
1849             cl1->SetSplit();
1850           }
1851         }
1852       }
1853     }
1854     AliInfo(Form("%4d out of %4d clusters are split",nsplit,lr->GetNClusters()));
1855   }
1856   //
1857 }
1858
1859 //__________________________________________________________________
1860 Bool_t AliITSUTrackerGlo::ContainsSplitCluster(const AliITSUSeed* seed, Int_t maxSize)
1861 {
1862   // check if the seed contains split cluster with size < maxSize
1863   int lrID,clID;
1864   if ( (clID=seed->GetLrCluster(lrID))>=0 ) {
1865     AliITSUClusterPix* cl = (AliITSUClusterPix*)fITS->GetLayerActive(lrID)->GetCluster(clID);
1866     if (cl->IsSplit() && cl->GetNPix()<maxSize ) return kTRUE;
1867   }
1868   return seed->GetParent() ? ContainsSplitCluster((AliITSUSeed*)seed->GetParent(),maxSize) : kFALSE;
1869   //
1870 }
1871
1872 //__________________________________________________________________
1873 void AliITSUTrackerGlo::PrintSeedClusters(const AliITSUSeed* seed, Option_t* option)
1874 {
1875   // print seeds clusters
1876   int lrID,clID;
1877   if ( (clID=seed->GetLrCluster(lrID))>=0 ) {
1878     AliITSUClusterPix* cl = (AliITSUClusterPix*)fITS->GetLayerActive(lrID)->GetCluster(clID);
1879     cl->Print(option);
1880   }
1881   if (seed->GetParent()) PrintSeedClusters((AliITSUSeed*)seed->GetParent(), option);
1882   //
1883 }
1884
1885 //__________________________________________________________________
1886 void AliITSUTrackerGlo::FlagSeedClusters(const AliITSUSeed* seed, Bool_t flg, UShort_t ref)
1887 {
1888   // mark used clusters
1889   int lrID,clID;
1890   while (seed) {
1891     if ( (clID=seed->GetLrCluster(lrID))>=0 ) {
1892       AliITSUClusterPix* cl = (AliITSUClusterPix*)fITS->GetLayerActive(lrID)->GetCluster(clID);
1893       if (ref) { // do we need to set or delete cluster->track ref?
1894         if (flg) {
1895           if (!cl->GetRecoInfo()) cl->SetRecoInfo(ref);  // set ref only if cluster already does not refer to other track, inc.counter
1896         }
1897         else {
1898           if (cl->GetRecoInfo()==ref) cl->SetRecoInfo(0); // unset reference only if it refers to ref, decrease counter     
1899         }
1900       }
1901     }
1902     seed = (AliITSUSeed*)seed->GetParent();
1903   }
1904   //
1905 }
1906
1907 //__________________________________________________________________
1908 void AliITSUTrackerGlo::CheckClusterUsage()
1909 {
1910   // check cluster usage info
1911   printf("ClusterUsage at pass %d\n",fCurrPassID);
1912   for (int ilr=0;ilr<fNLrActive;ilr++) {
1913     AliITSURecoLayer* lr = fITS->GetLayerActive(ilr);
1914     int ncl = lr->GetNClusters();
1915     int nclUsed = 0;
1916     int nclUs0CntShr1 = 0;
1917     int nclUs1Cnt0 = 0;
1918     int nclUs1Shr1 = 0;
1919     int nclUseL = 0;
1920     for (int icl=0;icl<ncl;icl++) {
1921       AliITSUClusterPix *cl = (AliITSUClusterPix*)lr->GetCluster(icl);
1922       int usc = cl->GetClUsage();
1923       if (usc<1) {
1924         if (cl->IsClusterUsed() || cl->IsClusterShared()) {
1925           nclUs0CntShr1++;
1926           printf("Lr%d Cl%4d: UseCnt=0 but UseFlg=%d UseShr=%d\n",ilr,icl,cl->IsClusterUsed(),cl->IsClusterShared());
1927         }
1928         continue;
1929       }
1930       nclUsed++;
1931       if (!cl->IsClusterUsed()) {
1932         nclUs1Cnt0++;
1933         printf("Lr%d Cl%4d: UseCnt=%d but UseFlg=%d UseShr=%d\n",ilr,icl,usc, cl->IsClusterUsed(),cl->IsClusterShared());
1934       }
1935       if (cl->IsClusterShared()) {
1936         nclUs1Shr1++;
1937         printf("Lr%d Cl%4d: UseCnt=%d but UseFlg=%d UseShr=%d\n",ilr,icl,usc, cl->IsClusterUsed(),cl->IsClusterShared());
1938       }
1939       if (usc>1) {
1940         nclUseL++;
1941         printf("Lr%d Cl%4d: UseCnt=%d!! but UseFlg=%d UseShr=%d\n",ilr,icl,usc, cl->IsClusterUsed(),cl->IsClusterShared());
1942       }
1943     }
1944     printf("ClUsage Lr%d: Ncl=%5d Nusd=%5d (%5.2f) Use0CS1:%4d Use1C0:%4d Use1S1:%4d UseL:%d\n",
1945            ilr,ncl,nclUsed,ncl? float(nclUsed)/ncl : 0, nclUs0CntShr1,nclUs1Cnt0,nclUs1Shr1,nclUseL);
1946   }
1947 }
1948
1949
1950 #ifdef  _ITSU_TUNING_MODE_
1951 //__________________________________________________________________
1952 TObjArray* AliITSUTrackerGlo::BookControlHistos(const char* pref)
1953 {
1954   // book special control histos
1955   TString prefS = pref;
1956   prefS.ToLower();
1957   TObjArray* dest = new TObjArray;
1958   dest->SetOwner(kTRUE);
1959   //
1960   const int kNResDef=7;
1961   const double kResDef[kNResDef]={0.05,0.05,0.3, 0.05,1,0.5,1.5};
1962   const double ptMax=10;
1963   const double plMax=10;
1964   const double chiMax=100;
1965   const int nptbins=50;
1966   const int nresbins=400;
1967   const int nplbins=50;
1968   const int nchbins=200;
1969   const int maxBr  = 15;
1970   const int maxCand = 200;
1971   TString ttl;
1972   for (int phase=0;phase<kNTrackingPhases;phase++) {
1973     for (int pass=0;pass<AliITSUReconstructor::GetRecoParam()->GetNTrackingConditions();pass++) {
1974       //
1975       for (int ilr=0;ilr<fNLrActive;ilr++) {
1976         //
1977         // ----------------- These are histos to be filled in Cluster2Tracks of each pass. 
1978         // PropagateBack and RefitInward will be stored among the histos of 1st pass
1979         if (pass>0 && phase!=kClus2Tracks) continue;
1980         //
1981         double mxdf = ilr>=kNResDef ? kResDef[kNResDef-1] : kResDef[ilr];
1982         ttl = Form("Pass%d_S%d_residY%d_%s",pass,phase,ilr,pref);
1983         TH2F* hdy = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax,nresbins,-mxdf,mxdf);
1984         dest->AddAtAndExpand(hdy,GetHistoID(ilr,kHResY,pass,phase));
1985         hdy->SetDirectory(0);
1986         //
1987         ttl = Form("Pass%d_S%d_residYPull%d_%s",pass,phase,ilr,pref);   
1988         TH2F* hdyp = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax,nplbins,-plMax,plMax);
1989         dest->AddAtAndExpand(hdyp,GetHistoID(ilr,kHResYP,pass,phase));
1990         hdyp->SetDirectory(0);
1991         //
1992         ttl = Form("Pass%d_S%d_residZ%d_%s",pass,phase,ilr,pref);       
1993         TH2F* hdz = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax,nresbins,-mxdf,mxdf);
1994         dest->AddAtAndExpand(hdz,GetHistoID(ilr,kHResZ,pass,phase));
1995         hdz->SetDirectory(0);
1996         //
1997         ttl = Form("Pass%d_S%d_residZPull%d_%s",pass,phase,ilr,pref);           
1998         TH2F* hdzp = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax,nplbins,-plMax,plMax);
1999         hdzp->SetDirectory(0);
2000         dest->AddAtAndExpand(hdzp,GetHistoID(ilr,kHResZP,pass,phase));
2001         //
2002         ttl = Form("Pass%d_S%d_chi2Cl%d_%s",pass,phase,ilr,pref);               
2003         TH2F* hchi = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax, nchbins,0.,chiMax);
2004         hchi->SetDirectory(0);
2005         dest->AddAtAndExpand(hchi,GetHistoID(ilr,kHChi2Cl,pass,phase));
2006         //
2007         // ------------------- These histos are filled for Clusters2Tracks only
2008         if (phase!=kClus2Tracks) continue;
2009         //
2010         ttl = Form("Pass%d_S%d_chi2Nrm%d_%s",pass,phase,ilr,pref);              
2011         TH2F* hchiN = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax, nchbins,0.,chiMax);
2012         hchiN->SetDirectory(0);
2013         dest->AddAtAndExpand(hchiN,GetHistoID(ilr,kHChi2Nrm,pass,phase));
2014         //
2015         ttl = Form("Pass%d_S%d_bestInBranch%d_%s",pass,phase,ilr,pref);         
2016         TH2* hnbr = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax, maxBr,-0.5,maxBr-0.5);
2017         hnbr->SetDirectory(0);
2018         dest->AddAtAndExpand(hnbr,GetHistoID(ilr,kHBestInBranch,pass,phase));
2019         //
2020         ttl = Form("Pass%d_S%d_bestInCands%d_%s",pass,phase,ilr,pref);          
2021         TH2* hncn = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax, maxCand,-0.5,maxCand-0.5);
2022         hncn->SetDirectory(0);
2023         dest->AddAtAndExpand(hncn,GetHistoID(ilr,kHBestInCand,pass,phase));
2024         //
2025       } // loop over layers
2026       //
2027       // these are special histos, filled not per layer but in the end of track fit in Clusters2Tracks in EVERY pass
2028       //  
2029       if (phase==kClus2Tracks) {
2030         TH2* hchiMatch = 0; 
2031         ttl = Form("Pass%d_Chi2Match_%s",pass,pref);
2032         hchiMatch = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax, nchbins,0.,chiMax);
2033         hchiMatch->SetDirectory(0);
2034         dest->AddAtAndExpand(hchiMatch,GetHistoID(-1,kHChiMatch,pass,phase));
2035         // 
2036         TH2* hchiSA = 0; 
2037         ttl = Form("Pass%d_Chi2ITSSA_%s",pass,pref);
2038         hchiSA = new TH2F(ttl.Data(),ttl.Data(),nptbins,0,ptMax, nchbins/2,0.,chiMax/2);
2039         hchiSA->SetDirectory(0);
2040         dest->AddAtAndExpand(hchiSA,GetHistoID(-1,kHChiITSSA,pass,phase));
2041         //      
2042       }
2043     } // loop over tracking passes
2044   }// loop over tracking phases
2045   //
2046   return dest;
2047 }
2048
2049 //__________________________________________________________________
2050 Int_t AliITSUTrackerGlo::GetHistoID(Int_t lr, Int_t hid, Int_t pass, Int_t phase)
2051 {
2052   // get id for the requested histo
2053   if (lr<0) lr=-1;
2054   lr++;
2055   return pass*kHistosPass + phase*kHistosPhase + lr*kMaxHID + hid;
2056   //
2057 }
2058
2059 #endif