Right type for debug variable, fDebug taken from the jet header
[u/mrichter/AliRoot.git] / JETAN / AliUA1JetFinderV2.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17  
18 //---------------------------------------------------------------------
19 // UA1 Cone Algorithm Jet finder for charged + neutral jet studies
20 // manages the search for jets using charged particle momentum and 
21 // neutral cell energy information
22 // Based on UA1 V1 (from R. Diaz)
23 // Author: magali.estienne@subatech.in2p3.fr
24 //---------------------------------------------------------------------
25
26 #include <TClonesArray.h>
27 #include <TH1F.h>
28 #include <TH2F.h>
29 #include <TLorentzVector.h>
30 #include <TMath.h>
31 #include <TRefArray.h>
32 #include "TFile.h"
33
34 #include "AliUA1JetFinderV2.h"
35 #include "AliUA1JetHeaderV1.h"
36 #include "AliJetUnitArray.h"
37 #include "AliJetReaderHeader.h"
38 #include "AliJetReader.h"
39 #include "AliJetHeader.h"
40
41 class TArrayF;
42 class TFile;
43 class AliJetReader;
44 class AliAODJet;
45
46 ClassImp(AliUA1JetFinderV2)
47
48
49 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
50 AliUA1JetFinderV2::AliUA1JetFinderV2() :
51   AliJetFinder(),
52   fLego(0),  
53   fOpt(0)
54 {
55   //
56   // Constructor
57   //
58 }
59
60 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
61 AliUA1JetFinderV2::~AliUA1JetFinderV2()
62 {
63   //
64   // Destructor
65   //
66 }
67
68 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
69 void AliUA1JetFinderV2::FindJetsC()
70
71   // 
72   //  Used to find jets using charged particle momentum information
73   //
74   //  1) Fill cell map array
75   //  2) calculate total energy and fluctuation level
76   //  3) Run algorithm
77   //     3.1) look centroides in cell map
78   //     3.2) calculate total energy in cones
79   //     3.3) flag as a possible jet
80   //     3.4) reorder cones by energy
81   //  4) subtract backg in accepted jets
82   //  5) fill AliJet list
83
84   //  Transform input to pt,eta,phi plus lego
85     
86   AliUA1JetHeaderV1* header  = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
87   TClonesArray*      lvArray = fReader->GetMomentumArray();
88   Int_t              nIn     = lvArray->GetEntries();
89   fDebug   = fHeader->GetDebug();
90   
91   if (nIn == 0) return;
92   
93   // local arrays for input
94   Float_t* ptT    = new Float_t[nIn];
95   Float_t* etaT   = new Float_t[nIn];
96   Float_t* phiT   = new Float_t[nIn];
97   Int_t*   cFlagT = new Int_t[nIn]; // Temporarily added
98   Int_t*   sFlagT = new Int_t[nIn]; // Temporarily added
99   Int_t*   injet  = new Int_t[nIn];
100   
101   //total energy in array
102   Float_t  etbgTotal = 0.0;
103   TH1F*    hPtTotal  = new TH1F("hPt","Pt distribution of all particles ",100,0.0,15.0);
104   
105   // load input vectors and calculate total energy in array
106   for (Int_t i = 0; i < nIn; i++){
107     TLorentzVector *lv = (TLorentzVector*) lvArray->At(i);
108     ptT[i]  = lv->Pt();
109     etaT[i] = lv->Eta();
110     phiT[i] = ((lv->Phi() < 0) ? (lv->Phi()) + 2 * TMath::Pi() : lv->Phi());
111     cFlagT[i] = fReader->GetCutFlag(i); 
112     sFlagT[i] = fReader->GetSignalFlag(i); 
113     
114     if (fReader->GetCutFlag(i) != 1) continue;
115     fLego->Fill(etaT[i], phiT[i], ptT[i]);
116     hPtTotal->Fill(ptT[i]);
117     etbgTotal+= ptT[i];
118   }
119   
120   
121   // calculate total energy and fluctuation in map
122   Double_t meanpt   = hPtTotal->GetMean();
123   Double_t ptRMS    = hPtTotal->GetRMS();
124   Double_t npart    = hPtTotal->GetEntries();
125   Double_t dEtTotal = (TMath::Sqrt(npart))*TMath::Sqrt(meanpt * meanpt + ptRMS*ptRMS);
126   
127   // arrays to hold jets
128   Float_t* etaJet    = new Float_t[30];  // eta jet
129   Float_t* phiJet    = new Float_t[30];  // phi jet
130   Float_t* etJet     = new Float_t[30];  // et jet
131   Float_t* etsigJet  = new Float_t[30];  // signal et in jet
132   Float_t* etallJet  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
133   Int_t*   ncellsJet = new Int_t[30];
134   Int_t*   multJet   = new Int_t[30];
135   //--- Added for jet reordering at the end of the jet finding procedure
136   Float_t* etaJetOk    = new Float_t[30];
137   Float_t* phiJetOk    = new Float_t[30];
138   Float_t* etJetOk     = new Float_t[30];
139   Float_t* etsigJetOk  = new Float_t[30];  // signal et in jet
140   Float_t* etallJetOk  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
141   Int_t*   ncellsJetOk = new Int_t[30];
142   Int_t*   multJetOk   = new Int_t[30];
143   //--------------------------
144   Int_t nJets; // to hold number of jets found by algorithm
145   Int_t nj;    // number of jets accepted
146   Float_t prec  = header->GetPrecBg();
147   Float_t bgprec = 1;
148   while(bgprec > prec){
149     //reset jet arrays in memory
150     memset(etaJet,0,sizeof(Float_t)*30);
151     memset(phiJet,0,sizeof(Float_t)*30);
152     memset(etJet,0,sizeof(Float_t)*30);
153     memset(etallJet,0,sizeof(Float_t)*30);
154     memset(etsigJet,0,sizeof(Float_t)*30);
155     memset(ncellsJet,0,sizeof(Int_t)*30);
156     memset(multJet,0,sizeof(Int_t)*30);
157     //--- Added for jet reordering at the end of the jet finding procedure
158     memset(etaJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
159     memset(phiJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
160     memset(etJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
161     memset(etallJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
162     memset(etsigJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
163     memset(ncellsJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
164     memset(multJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
165     //--------------------------
166     nJets = 0;
167     nj = 0;
168     
169     // reset particles-jet array in memory
170     memset(injet,-1,sizeof(Int_t)*nIn);
171     //run cone algorithm finder
172     RunAlgoritmC(etbgTotal,dEtTotal,nJets,etJet,etaJet,phiJet,etallJet,ncellsJet);
173     
174     //run background subtraction
175     if(nJets > header->GetNAcceptJets()) // limited number of accepted jets per event
176       nj = header->GetNAcceptJets();
177     else
178       nj = nJets;
179     //subtract background
180     Float_t etbgTotalN = 0.0; //new background
181     if(header->GetBackgMode() == 1) // standard
182       SubtractBackgC(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
183     if(header->GetBackgMode() == 2) //cone
184       SubtractBackgCone(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
185     if(header->GetBackgMode() == 3) //ratio
186       SubtractBackgRatio(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
187     if(header->GetBackgMode() == 4) //statistic
188       SubtractBackgStat(nIn,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
189     //calc precision
190     if(TMath::Abs(etbgTotalN) > 0.001)
191       bgprec = (etbgTotal - etbgTotalN)/etbgTotalN;
192     else
193       bgprec = 0;
194     etbgTotal = etbgTotalN; // update with new background estimation
195   } //end while
196   
197   // add jets to list
198   Int_t* idxjets = new Int_t[nj];
199   Int_t nselectj = 0;
200   printf("Found %d jets \n", nj);
201
202   // Reorder jets by et in cone
203   Int_t * idx  = new Int_t[nJets];
204   TMath::Sort(nJets, etJet, idx);
205   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++){
206     etaJetOk[p]    = etaJet[idx[p]];
207     phiJetOk[p]    = phiJet[idx[p]];
208     etJetOk[p]     = etJet[idx[p]];
209     etallJetOk[p]  = etJet[idx[p]];
210     etsigJetOk[p]  = etsigJet[idx[p]];
211     ncellsJetOk[p] = ncellsJet[idx[p]];
212     multJetOk[p]   = multJet[idx[p]];
213   }
214   
215   for(Int_t kj=0; kj<nj; kj++)
216     {
217       if ((etaJetOk[kj] > (header->GetJetEtaMax())) ||
218           (etaJetOk[kj] < (header->GetJetEtaMin())) ||
219           (etJetOk[kj] < header->GetMinJetEt())) continue; // acceptance eta range and etmin
220       Float_t px, py,pz,en; // convert to 4-vector
221       px = etJetOk[kj] * TMath::Cos(phiJetOk[kj]);
222       py = etJetOk[kj] * TMath::Sin(phiJetOk[kj]);
223       pz = etJetOk[kj] / TMath::Tan(2.0 * TMath::ATan(TMath::Exp(-etaJetOk[kj])));
224       en = TMath::Sqrt(px * px + py * py + pz * pz);
225       
226       AliAODJet jet(px, py, pz, en);
227       jet.Print("");
228       
229       AddJet(jet);
230       
231       idxjets[nselectj] = kj;
232       nselectj++;
233     }
234
235   //add signal percentage and total signal  in AliJets for analysis tool
236   Float_t* percentage  = new Float_t[nselectj];
237   Int_t* ncells      = new Int_t[nselectj];
238   Int_t* mult        = new Int_t[nselectj];
239   for(Int_t i = 0; i< nselectj; i++)
240     {
241       percentage[i] = etsigJetOk[idxjets[i]]/etJetOk[idxjets[i]];
242       ncells[i] = ncellsJetOk[idxjets[i]];
243       mult[i] = multJetOk[idxjets[i]];
244     }
245
246   //add particle-injet relationship ///
247   for(Int_t bj = 0; bj < nIn; bj++)
248     {
249       if(injet[bj] == -1) continue; //background particle
250       Int_t bflag = 0;
251       for(Int_t ci = 0; ci< nselectj; ci++){
252         if(injet[bj] == idxjets[ci]){
253           injet[bj]= ci;
254           bflag++;
255           break;
256         }
257       }
258       if(bflag == 0) injet[bj] = -1; // set as background particle
259     }
260
261  
262   //delete
263   delete[] ptT;
264   delete[] etaT;
265   delete[] phiT;
266   delete[] cFlagT;
267   delete[] sFlagT;
268   delete[] injet;
269   delete[] hPtTotal;
270   delete[] etaJet;
271   delete[] phiJet;
272   delete[] etJet;
273   delete[] etsigJet;
274   delete[] etallJet;
275   delete[] ncellsJet;
276   delete[] multJet;
277   delete[] idxjets;
278   delete[] percentage;
279   delete[] ncells;
280   delete[] mult;
281   //--- Added for jet reordering
282   delete etaJetOk;
283   delete phiJetOk;
284   delete etJetOk;
285   delete etsigJetOk;
286   delete etallJetOk;
287   delete ncellsJetOk;
288   delete multJetOk;
289   //--------------------------
290
291 }
292
293 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
294 void AliUA1JetFinderV2::FindJets()
295 {
296   // 
297   //  Used to find jets using charged particle momentum information 
298   //  & neutral energy from calo cells
299   //
300   //  1) Fill cell map array
301   //  2) calculate total energy and fluctuation level
302   //  3) Run algorithm
303   //     3.1) look centroides in cell map
304   //     3.2) calculate total energy in cones
305   //     3.3) flag as a possible jet
306   //     3.4) reorder cones by energy
307   //  4) subtract backg in accepted jets
308   //  5) fill AliJet list
309
310   // transform input to pt,eta,phi plus lego
311     
312   AliUA1JetHeaderV1* header   = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
313   TClonesArray*      fUnit    = fReader->GetUnitArray();
314   Int_t              nCand    = fReader->GetNumCandidate();
315   Int_t              nCandCut = fReader->GetNumCandidateCut();
316   Int_t              nIn      = fUnit->GetEntries();
317   Float_t            ptMin   = fReader->GetReaderHeader()->GetPtCut();
318
319   if (nIn == 0) return;
320
321   Int_t nCandidateCut = 0;
322   Int_t nCandidate = 0;
323   
324   nCandidate = nCand;
325   nCandidateCut = nCandCut;
326
327   // local arrays for input No Cuts
328   // Both pt < ptMin and pt > ptMin
329   Float_t*   ptT       = new Float_t[nCandidate];
330   Float_t*   en2T      = new Float_t[nCandidate];
331   Float_t*   pt2T      = new Float_t[nCandidate];
332   Int_t*     detT      = new Int_t[nCandidate]; 
333   Float_t*   etaT      = new Float_t[nCandidate];
334   Float_t*   phiT      = new Float_t[nCandidate];
335   Int_t*     cFlagT    = new Int_t[nCandidate];
336   Int_t*     cFlag2T   = new Int_t[nCandidate];
337   Int_t*     sFlagT    = new Int_t[nCandidate];
338   Float_t*   cClusterT = new Float_t[nCandidate];
339   Int_t*     vectT     = new Int_t[nCandidate];
340   Int_t      loop1     = 0;
341   Int_t*     injet     = new Int_t[nCandidate];
342   Int_t*     sflag     = new Int_t[nCandidate];
343   TRefArray* trackRef  = new TRefArray();
344
345   //total energy in array
346   Float_t  etbgTotal = 0.0;
347   TH1F*    hPtTotal  = new TH1F("hPt","Pt distribution of all particles ",100,0.0,15.0);
348
349   // Input cell info
350   Float_t *etCell    = new Float_t[nIn];   //! Cell Energy - Extracted from UnitArray
351   Float_t *etaCell   = new Float_t[nIn];  //! Cell eta - Extracted from UnitArray
352   Float_t *phiCell   = new Float_t[nIn];  //! Cell phi - Extracted from UnitArray
353   Int_t   *flagCell  = new Int_t[nIn];   //! Cell phi - Extracted from UnitArray
354   Float_t *etCell2   = new Float_t[nIn];  //! Cell Energy - Extracted from UnitArray
355   Float_t *etaCell2  = new Float_t[nIn]; //! Cell eta - Extracted from UnitArray
356   Float_t *phiCell2  = new Float_t[nIn]; //! Cell phi - Extracted from UnitArray
357   Int_t   *flagCell2 = new Int_t[nIn];  //! Cell phi - Extracted from UnitArray
358
359   // Information extracted from fUnitArray
360   // Load input vectors and calculate total energy in array
361   for(Int_t i=0; i<nIn; i++) 
362     {
363       // Recover particle information from UnitArray
364       
365       AliJetUnitArray *uArray = (AliJetUnitArray*)fUnit->At(i);
366       TRefArray* ref = uArray->GetUnitTrackRef();
367       Int_t nRef = ref->GetEntries();
368
369       if(uArray->GetUnitEnergy()>0.){
370
371         for(Int_t jpart=0; jpart<nRef;jpart++)
372           trackRef->Add((AliVTrack*)ref->At(jpart));
373         ptT[loop1]   = uArray->GetUnitEnergy();
374         detT[loop1]  = uArray->GetUnitDetectorFlag();
375         etaT[loop1]  = uArray->GetUnitEta();
376         phiT[loop1]  = uArray->GetUnitPhi();
377         cFlagT[loop1]= uArray->GetUnitCutFlag();   // pt cut tpc
378         cFlag2T[loop1]= uArray->GetUnitCutFlag2(); // pt cut emcal
379         sFlagT[loop1]= uArray->GetUnitSignalFlag();
380         vectT[loop1] = nRef;
381         if(cFlagT[loop1] == 1 || cFlag2T[loop1] == 1) {
382           pt2T[loop1] = 0.;
383           en2T[loop1] = 0.;
384           if(detT[loop1]==1){
385             en2T[loop1] = ptT[loop1] - header->GetMinCellEt();
386             if(en2T[loop1] < 0) en2T[loop1]=0;
387             hPtTotal->Fill(en2T[loop1]);
388             etbgTotal += en2T[loop1];
389           }
390           if(detT[loop1]==0){ // TPC+ITS
391             Float_t pt = 0.;
392             for(Int_t j=0; j<nRef;j++){
393               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
394               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
395               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
396               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
397               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
398               if(pt>ptMin) {
399                 pt2T[loop1] += pt;
400                 en2T[loop1] += pt;
401                 hPtTotal->Fill(pt);
402                 etbgTotal+= pt;
403               }
404             }
405           }
406           if(detT[loop1]==2) { // EMCal
407             Float_t ptCTot = 0.;
408             Float_t pt = 0.;
409             Float_t enC = 0.;
410             for(Int_t j=0; j<nRef;j++){
411               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
412               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
413               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
414               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
415               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
416               if(pt>ptMin) {
417                 pt2T[loop1]+=pt;
418                 en2T[loop1]+=pt;
419                 hPtTotal->Fill(pt);
420                 etbgTotal+= pt;
421               } 
422               ptCTot += pt;
423             }
424             enC = ptT[loop1] - ptCTot - header->GetMinCellEt();
425             if(enC < 0.) enC=0.;
426             en2T[loop1] += enC;
427             hPtTotal->Fill(enC);
428             etbgTotal+= enC;
429           }
430         }       
431         loop1++;
432       }
433
434       if(uArray->GetUnitCutFlag()==1) {
435         if(uArray->GetUnitDetectorFlag()==1){ // EMCal case
436           etCell[i] = uArray->GetUnitEnergy() - header->GetMinCellEt();
437           if ((uArray->GetUnitEnergy() - header->GetMinCellEt()) < 0.0) etCell[i]=0.;
438           etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
439           phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
440           flagCell[i] = 0; // default
441           etCell2[i] = etCell[i];
442           etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
443           phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
444           flagCell2[i] = 0; // default
445         }
446         if(uArray->GetUnitDetectorFlag()==0){ // TPC case
447           Float_t pt = 0.; Float_t et1 = 0.; Float_t et2 = 0.;
448           for(Int_t j=0; j<nRef;j++)
449             {
450               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
451               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
452               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
453               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
454               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
455               if(pt>ptMin) {
456                 et1 += pt;
457                 et2 += pt;
458               }
459             }
460           etCell[i] = et1;
461           etCell2[i] = et2;
462           if(et1 < 0.) etCell[i] = etCell2[i] = 0.;
463           etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
464           phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
465           flagCell[i] = 0; // default
466           etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
467           phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
468           flagCell2[i] = 0; // default
469         }
470         if(uArray->GetUnitDetectorFlag()==2){ // TPC + EMCal case
471           Float_t ptCTot = 0.;
472           Float_t pt = 0.; Float_t et1 = 0.; Float_t et2 = 0.;
473           Float_t enC = 0.;
474           for(Int_t j=0; j<nRef;j++)
475             {
476               Float_t x=0.;  Float_t y=0.;  Float_t z=0.;
477               x = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Px();
478               y = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Py();
479               z = ((AliVTrack*)ref->At(j))->Pz();
480               pt = TMath::Sqrt(x*x+y*y);
481               if(pt>ptMin) {
482                 et1 += pt;
483                 et2 += pt;
484               }
485               ptCTot += pt;
486             }
487           enC = uArray->GetUnitEnergy() - ptCTot;
488           etCell[i] = et1 + enC - header->GetMinCellEt();
489           etCell2[i] = et2 + enC - header->GetMinCellEt();
490           if((enC + et1 - header->GetMinCellEt()) < 0.) etCell[i] = etCell2[i] = 0.;
491           etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
492           phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
493           flagCell[i] = 0; // default
494           etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
495           phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
496           flagCell2[i] = 0; // default
497         }
498       }
499       else {
500         etCell[i]  = 0.;
501         etaCell[i] = uArray->GetUnitEta();
502         phiCell[i] = uArray->GetUnitPhi();
503         flagCell[i] = 0;
504         etCell2[i]  = 0.;
505         etaCell2[i] = uArray->GetUnitEta();
506         phiCell2[i] = uArray->GetUnitPhi();
507         flagCell2[i] = 0;
508       }
509     } // end loop on nCandidate
510
511
512   // calculate total energy and fluctuation in map
513   Double_t meanpt = hPtTotal->GetMean();
514   Double_t ptRMS = hPtTotal->GetRMS();
515   Double_t npart = hPtTotal->GetEntries();
516   Double_t dEtTotal = (TMath::Sqrt(npart))*TMath::Sqrt(meanpt * meanpt + ptRMS*ptRMS);
517
518   // arrays to hold jets
519   Float_t* etaJet    = new Float_t[30];
520   Float_t* phiJet    = new Float_t[30];
521   Float_t* etJet     = new Float_t[30];
522   Float_t* etsigJet  = new Float_t[30]; //signal et in jet
523   Float_t* etallJet  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
524   Int_t*   ncellsJet = new Int_t[30];
525   Int_t*   multJet   = new Int_t[30];
526   //--- Added by me for jet reordering at the end of the jet finding procedure
527   Float_t* etaJetOk    = new Float_t[30];
528   Float_t* phiJetOk    = new Float_t[30];
529   Float_t* etJetOk     = new Float_t[30];
530   Float_t* etsigJetOk  = new Float_t[30]; //signal et in jet
531   Float_t* etallJetOk  = new Float_t[30];  // total et in jet (tmp variable)
532   Int_t*   ncellsJetOk = new Int_t[30];
533   Int_t*   multJetOk   = new Int_t[30];
534   //--------------------------
535   Int_t    nJets; // to hold number of jets found by algorithm
536   Int_t    nj;    // number of jets accepted
537   Float_t  prec  = header->GetPrecBg();
538   Float_t  bgprec = 1;
539
540   while(bgprec > prec){
541
542     //reset jet arrays in memory
543     memset(etaJet,0,sizeof(Float_t)*30);
544     memset(phiJet,0,sizeof(Float_t)*30);
545     memset(etJet,0,sizeof(Float_t)*30);
546     memset(etallJet,0,sizeof(Float_t)*30);
547     memset(etsigJet,0,sizeof(Float_t)*30);
548     memset(ncellsJet,0,sizeof(Int_t)*30);
549     memset(multJet,0,sizeof(Int_t)*30);
550     //--- Added by me for jet reordering at the end of the jet finding procedure
551     memset(etaJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
552     memset(phiJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
553     memset(etJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
554     memset(etallJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
555     memset(etsigJetOk,0,sizeof(Float_t)*30);
556     memset(ncellsJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
557     memset(multJetOk,0,sizeof(Int_t)*30);
558
559     nJets = 0;  
560     nj = 0;
561
562     // reset particles-jet array in memory
563     memset(injet,-1,sizeof(Int_t)*nCandidate);
564     //run cone algorithm finder
565     RunAlgoritm(nIn,etCell,etaCell,phiCell,flagCell,etCell2,etaCell2,phiCell2,
566                 flagCell2,etbgTotal,dEtTotal,nJets,etJet,etaJet,phiJet,
567                 etallJet,ncellsJet);
568
569     //run background subtraction
570     if(nJets > header->GetNAcceptJets()) // limited number of accepted jets per event
571       nj = header->GetNAcceptJets();
572     else
573       nj = nJets;
574
575     //subtract background
576     Float_t etbgTotalN = 0.0; //new background
577     if(header->GetBackgMode() == 1) // standard
578       SubtractBackg(nCandidate,nj,etbgTotalN,en2T,vectT,etaT,phiT,cFlagT,cFlag2T,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
579     // To be modified ------------------------
580     if(header->GetBackgMode() == 2) //cone
581       SubtractBackgCone(nCandidate,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
582     if(header->GetBackgMode() == 3) //ratio
583       SubtractBackgRatio(nCandidate,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
584     if(header->GetBackgMode() == 4) //statistic
585       SubtractBackgStat(nCandidate,nj,etbgTotalN,ptT,etaT,phiT,cFlagT,sFlagT,etJet,etaJet,phiJet,etsigJet,multJet,injet);
586     //----------------------------------------
587     //calc precision
588     if(etbgTotalN != 0.0)
589       bgprec = (etbgTotal - etbgTotalN)/etbgTotalN;
590     else
591       bgprec = 0;
592     etbgTotal = etbgTotalN; // update with new background estimation
593   } //end while
594   
595   // add jets to list
596   Int_t* idxjets = new Int_t[nj];
597   Int_t nselectj = 0;
598   printf("Found %d jets \n", nj);
599   
600   // Reorder jets by et in cone
601   // Sort jets by energy
602   Int_t * idx  = new Int_t[nJets];
603   TMath::Sort(nJets, etJet, idx);
604   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++)
605     {
606       etaJetOk[p]    = etaJet[idx[p]];
607       phiJetOk[p]    = phiJet[idx[p]];
608       etJetOk[p]     = etJet[idx[p]];
609       etallJetOk[p]  = etJet[idx[p]];
610       etsigJetOk[p]  = etsigJet[idx[p]];
611       ncellsJetOk[p] = ncellsJet[idx[p]];
612       multJetOk[p]   = multJet[idx[p]];
613     }
614
615   TRefArray *refs = 0;
616   Bool_t fromAod = !strcmp(fReader->ClassName(),"AliJetAODReader");
617   if (fromAod) refs = fReader->GetReferences();
618   Int_t nTracks = 0;
619   if (fromAod) nTracks = ((TRefArray*)refs)->GetEntries();
620   Int_t* trackinjet     = new Int_t[nTracks];
621   for(Int_t it=0; it<nTracks; it++) trackinjet[it]=-1;
622
623   for(Int_t kj=0; kj<nj; kj++)
624     {
625       if ((etaJetOk[kj] > (header->GetJetEtaMax())) ||
626           (etaJetOk[kj] < (header->GetJetEtaMin())) ||
627           (etJetOk[kj] < header->GetMinJetEt())) continue; // acceptance eta range and etmin
628       Float_t px, py,pz,en; // convert to 4-vector
629       px = etJetOk[kj] * TMath::Cos(phiJetOk[kj]);
630       py = etJetOk[kj] * TMath::Sin(phiJetOk[kj]);
631       pz = etJetOk[kj] / TMath::Tan(2.0 * TMath::ATan(TMath::Exp(-etaJetOk[kj])));
632       en = TMath::Sqrt(px * px + py * py + pz * pz);
633
634       AliAODJet jet(px, py, pz, en);
635       jet.Print("");
636       
637       if (fromAod){
638         for(Int_t jpart = 0; jpart < nTracks; jpart++) { // loop for all particles in array
639           Float_t deta = ((AliAODTrack*)refs->At(jpart))->Eta() - etaJetOk[kj];
640           Float_t dphi = ((AliAODTrack*)refs->At(jpart))->Phi() - phiJetOk[kj];
641           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
642           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
643           
644           Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
645           if(dr <= header->GetRadius() && fReader->GetCutFlag(jpart) == 1) {
646               // particles inside this cone
647               if(trackinjet[jpart]==-1) {
648                   trackinjet[jpart] = kj;
649               } else if(fDebug>10) {
650                   printf("The track already belongs to jet %d \n",trackinjet[jpart]);
651               }
652           }
653           if(trackinjet[jpart]==kj)
654               jet.AddTrack(refs->At(jpart));  // check if the particle belongs to the jet and add the ref
655         }
656       }
657
658       AddJet(jet);
659       
660       idxjets[nselectj] = kj;
661       nselectj++;
662     }
663
664   //add signal percentage and total signal  in AliJets for analysis tool
665   Float_t* percentage  = new Float_t[nselectj];
666   Int_t* ncells      = new Int_t[nselectj];
667   Int_t* mult        = new Int_t[nselectj];
668   for(Int_t i = 0; i< nselectj; i++)
669     {
670       percentage[i] = etsigJetOk[idxjets[i]]/etJetOk[idxjets[i]];
671       ncells[i]     = ncellsJetOk[idxjets[i]];
672       mult[i]       = multJetOk[idxjets[i]];
673     }
674
675   //add particle-injet relationship ///
676   for(Int_t bj = 0; bj < nCandidate; bj++)
677     {
678       if(injet[bj] == -1) continue; //background particle
679       Int_t bflag = 0;
680       for(Int_t ci = 0; ci< nselectj; ci++){
681         if(injet[bj] == idxjets[ci]){
682           injet[bj]= ci;
683           bflag++;
684           break;
685         }
686       }
687     if(bflag == 0) injet[bj] = -1; // set as background particle
688   }
689
690
691   //delete
692   delete ptT;
693   delete en2T;
694   delete pt2T;
695   delete etaT;
696   delete phiT;
697   trackRef->Delete();
698   delete trackRef;
699   delete detT;
700   delete cFlagT;
701   delete cFlag2T;
702   delete sFlagT;
703   delete cClusterT;
704   delete vectT;
705   delete injet;
706   delete sflag;
707   delete hPtTotal;
708   delete etCell;
709   delete etaCell;
710   delete phiCell;
711   delete flagCell;
712   delete etCell2;
713   delete etaCell2;
714   delete phiCell2;
715   delete flagCell2;
716   delete etaJet;
717   delete phiJet;
718   delete etJet;
719   delete etsigJet;
720   delete etallJet;
721   delete ncellsJet;
722   delete multJet;
723   //--- Added for jet reordering
724   delete etaJetOk;
725   delete phiJetOk;
726   delete etJetOk;
727   delete etsigJetOk;
728   delete etallJetOk;
729   delete ncellsJetOk;
730   delete multJetOk;
731   //--------------------------
732   delete trackinjet;
733   delete idxjets;
734   delete percentage;
735   delete ncells;
736   delete mult;
737
738 }
739
740 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
741 void AliUA1JetFinderV2::RunAlgoritm(Int_t nIn, Float_t* etCell, Float_t* const etaCell, Float_t* phiCell, 
742                    Int_t* const flagCell, const Float_t* etCell2, const Float_t* etaCell2, const Float_t* phiCell2, 
743                    const Int_t* flagCell2, Float_t etbgTotal, Double_t dEtTotal, 
744                    Int_t& nJets, Float_t* const etJet, Float_t* const etaJet, Float_t* const phiJet,
745                    Float_t* const etallJet, Int_t* const ncellsJet)
746 {
747   //
748   // Main method for jet finding
749   // UA1 base cone finder
750   //
751
752   Int_t nCell  = nIn;
753
754   // Dump lego
755   // Check enough space! *to be done*
756   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
757   for(Int_t i=0; i<nCell; i++){
758     etCell[i]   = etCell2[i];
759     etaCell[i]  = etaCell2[i];
760     phiCell[i]  = phiCell2[i];
761     flagCell[i] = flagCell2[i];
762   }
763
764   // Parameters from header
765   Float_t minmove = header->GetMinMove();
766   Float_t maxmove = header->GetMaxMove();
767   Float_t rc      = header->GetRadius();
768   Float_t etseed  = header->GetEtSeed();
769
770   // Tmp array of jets form algoritm
771   Float_t etaAlgoJet[30];
772   Float_t phiAlgoJet[30];
773   Float_t etAlgoJet[30];
774   Int_t   ncellsAlgoJet[30];
775
776   // Run algorithm//
777
778   // Sort cells by et
779   Int_t * index  = new Int_t[nCell];
780   TMath::Sort(nCell, etCell, index);
781
782   // Variable used in centroide loop
783   Float_t eta   = 0.0;
784   Float_t phi   = 0.0;
785   Float_t eta0  = 0.0;
786   Float_t phi0  = 0.0;
787   Float_t etab  = 0.0;
788   Float_t phib  = 0.0;
789   Float_t etas  = 0.0;
790   Float_t phis  = 0.0;
791   Float_t ets   = 0.0;
792   Float_t deta  = 0.0;
793   Float_t dphi  = 0.0;
794   Float_t dr    = 0.0;
795   Float_t etsb  = 0.0;
796   Float_t etasb = 0.0;
797   Float_t phisb = 0.0;
798   Float_t dphib = 0.0;
799
800   for(Int_t icell = 0; icell < nCell; icell++)
801     {
802       Int_t jcell = index[icell];
803       if(etCell[jcell] <= etseed) continue; // if cell energy is low et seed
804       if(flagCell[jcell] != 0) continue; // if cell was used before
805
806       eta  = etaCell[jcell];
807       phi  = phiCell[jcell];
808       eta0 = eta;
809       phi0 = phi;
810       etab = eta;
811       phib = phi;
812       ets  = etCell[jcell];
813       etas = 0.0;
814       phis = 0.0;
815       etsb = ets;
816       etasb = 0.0;
817       phisb = 0.0;
818       for(Int_t kcell =0; kcell < nCell; kcell++)
819         {
820           Int_t lcell = index[kcell];
821           if(lcell == jcell) continue; // cell itself
822           if(flagCell[lcell] != 0) continue; // cell used before
823           if(etCell[lcell] > etCell[jcell]) continue;  // can this happen
824           //calculate dr
825           deta = etaCell[lcell] - eta;
826           dphi = TMath::Abs(phiCell[lcell] - phi);
827           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
828           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
829           if(dr <= rc){
830             // calculate offset from initiate cell
831             deta = etaCell[lcell] - eta0;
832             dphi = phiCell[lcell] - phi0;
833             if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= dphi + 2.0 * TMath::Pi();
834             if (dphi > TMath::Pi()) dphi = dphi - 2.0 * TMath::Pi();
835             etas = etas + etCell[lcell]*deta;
836             phis = phis + etCell[lcell]*dphi;
837             ets = ets + etCell[lcell];
838             //new weighted eta and phi including this cell
839             eta = eta0 + etas/ets;
840             phi = phi0 + phis/ets;
841             // if cone does not move much, just go to next step
842             dphib = TMath::Abs(phi - phib);
843             if (dphib > TMath::Pi()) dphib = 2. * TMath::Pi() - dphib;
844             dr = TMath::Sqrt((eta-etab)*(eta-etab) + dphib * dphib);
845             if(dr <= minmove) break;
846             // cone should not move more than max_mov
847             dr = TMath::Sqrt((etas/ets)*(etas/ets) + (phis/ets)*(phis/ets));
848             if(dr > maxmove){
849               eta = etab;
850               phi = phib;
851               ets = etsb;
852               etas = etasb;
853               phis = phisb;
854             } else { // store this loop information
855               etab  = eta;
856               phib  = phi;
857               etsb  = ets;
858               etasb = etas;
859               phisb = phis;
860             }
861           } // inside cone
862         }//end of cells loop looking centroide
863
864         //avoid cones overloap (to be implemented in the future)
865
866         //flag cells in Rc, estimate total energy in cone
867       Float_t etCone = 0.0;
868       Int_t   nCellIn = 0;
869       Int_t   nCellOut = 0;
870       rc = header->GetRadius();
871
872       for(Int_t ncell =0; ncell < nCell; ncell++)
873         {
874           if(flagCell[ncell] != 0) continue; // cell used before
875           //calculate dr
876           deta = etaCell[ncell] - eta;
877           //        if(deta <= rc){ // Added to improve velocity -> to be tested
878           dphi = phiCell[ncell] - phi;
879           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
880           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
881           //          if(dphi <= rc){ // Added to improve velocity -> to be tested
882           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
883           if(dr <= rc){  // cell in cone
884             flagCell[ncell] = -1;
885             etCone+=etCell[ncell];
886             nCellIn++;
887           }
888           else nCellOut++;
889           //    } // end deta <= rc
890           //        } // end dphi <= rc
891         }
892
893       // select jets with et > background
894       // estimate max fluctuation of background in cone
895       Double_t ncellin = (Double_t)nCellIn;
896       Double_t ntcell  = (Double_t)nCell;
897       Double_t etbmax = (etbgTotal + dEtTotal )*(ncellin/(ntcell));
898       // min cone et
899       Double_t etcmin = etCone ;  // could be used etCone - etmin !!
900       //decisions !! etbmax < etcmin
901
902       for(Int_t mcell =0; mcell < nCell; mcell++)
903         {
904           if(flagCell[mcell] == -1){
905             if(etbmax < etcmin)
906               flagCell[mcell] = 1; //flag cell as used
907             else
908               flagCell[mcell] = 0; // leave it free
909           }
910         }
911       //store tmp jet info !!!
912       if(etbmax < etcmin) 
913         {
914           etaAlgoJet[nJets]    = eta;
915           phiAlgoJet[nJets]    = phi;
916           etAlgoJet[nJets]     = etCone;
917           ncellsAlgoJet[nJets] = nCellIn;
918           nJets++;
919         }
920
921     } // end of cells loop
922
923   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++)
924     {
925       etaJet[p]    = etaAlgoJet[p];
926       phiJet[p]    = phiAlgoJet[p];
927       etJet[p]     = etAlgoJet[p];
928       etallJet[p]  = etAlgoJet[p];
929       ncellsJet[p] = ncellsAlgoJet[p];
930     }
931
932   //delete
933   delete index;
934
935 }
936
937 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
938 void AliUA1JetFinderV2::RunAlgoritmC(Float_t etbgTotal, Double_t dEtTotal, Int_t& nJets,
939                    Float_t* const etJet,Float_t* const etaJet, Float_t* const phiJet,
940                    Float_t* const etallJet, Int_t* const ncellsJet)
941 {
942   // Dump lego
943   // Check enough space! *to be done*
944   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
945   Float_t etCell[60000];   //! Cell Energy
946   Float_t etaCell[60000];  //! Cell eta
947   Float_t phiCell[60000];  //! Cell phi
948   Int_t   flagCell[60000]; //! Cell flag
949   
950   Int_t nCell = 0;
951   TAxis* xaxis = fLego->GetXaxis();
952   TAxis* yaxis = fLego->GetYaxis();
953   Float_t e = 0.0;
954   for (Int_t i = 1; i <= header->GetLegoNbinEta(); i++) 
955     {
956       for (Int_t j = 1; j <= header->GetLegoNbinPhi(); j++)
957         {
958           e = fLego->GetBinContent(i,j);
959           if (e < 0.0) continue; // don't include this cells
960           Float_t eta  = xaxis->GetBinCenter(i);
961           Float_t phi  = yaxis->GetBinCenter(j);
962           etCell[nCell]  = e;
963           etaCell[nCell] = eta;
964           phiCell[nCell] = phi;
965           flagCell[nCell] = 0; //default
966           nCell++;
967         }
968     }
969
970   // Parameters from header
971   Float_t minmove = header->GetMinMove();
972   Float_t maxmove = header->GetMaxMove();
973   Float_t rc      = header->GetRadius();
974   Float_t etseed  = header->GetEtSeed();
975
976   // Tmp array of jets form algoritm
977   Float_t etaAlgoJet[30];
978   Float_t phiAlgoJet[30];
979   Float_t etAlgoJet[30];
980   Int_t   ncellsAlgoJet[30];
981
982   // Run algorithm//
983
984   // Sort cells by et
985   Int_t * index  = new Int_t[nCell];
986   TMath::Sort(nCell, etCell, index);
987   // variable used in centroide loop
988   Float_t eta   = 0.0;
989   Float_t phi   = 0.0;
990   Float_t eta0  = 0.0;
991   Float_t phi0  = 0.0;
992   Float_t etab  = 0.0;
993   Float_t phib  = 0.0;
994   Float_t etas  = 0.0;
995   Float_t phis  = 0.0;
996   Float_t ets   = 0.0;
997   Float_t deta  = 0.0;
998   Float_t dphi  = 0.0;
999   Float_t dr    = 0.0;
1000   Float_t etsb  = 0.0;
1001   Float_t etasb = 0.0;
1002   Float_t phisb = 0.0;
1003   Float_t dphib = 0.0;
1004
1005   for(Int_t icell = 0; icell < nCell; icell++)
1006     {
1007       Int_t jcell = index[icell];
1008       if(etCell[jcell] <= etseed) continue; // if cell energy is low et seed
1009       if(flagCell[jcell] != 0) continue; // if cell was used before
1010       
1011       eta  = etaCell[jcell];
1012       phi  = phiCell[jcell];
1013       eta0 = eta;
1014       phi0 = phi;
1015       etab = eta;
1016       phib = phi;
1017       ets  = etCell[jcell];
1018       etas = 0.0;
1019       phis = 0.0;
1020       etsb = ets;
1021       etasb = 0.0;
1022       phisb = 0.0;
1023       for(Int_t kcell =0; kcell < nCell; kcell++)
1024         {
1025           Int_t lcell = index[kcell];
1026           if(lcell == jcell) continue; // cell itself
1027           if(flagCell[lcell] != 0) continue; // cell used before
1028           if(etCell[lcell] > etCell[jcell]) continue; // can this happen
1029           //calculate dr
1030           deta = etaCell[lcell] - eta;
1031           dphi = TMath::Abs(phiCell[lcell] - phi);
1032           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1033           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1034           if(dr <= rc)
1035             {
1036               // calculate offset from initiate cell
1037               deta = etaCell[lcell] - eta0;
1038               dphi = phiCell[lcell] - phi0;
1039               if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= dphi + 2.0 * TMath::Pi();
1040               if (dphi > TMath::Pi()) dphi = dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1041               etas = etas + etCell[lcell]*deta;
1042               phis = phis + etCell[lcell]*dphi;
1043               ets = ets + etCell[lcell];
1044               //new weighted eta and phi including this cell
1045               eta = eta0 + etas/ets;
1046               phi = phi0 + phis/ets;
1047               // if cone does not move much, just go to next step
1048               dphib = TMath::Abs(phi - phib);
1049               if (dphib > TMath::Pi()) dphib = 2. * TMath::Pi() - dphib;
1050               dr = TMath::Sqrt((eta-etab)*(eta-etab) + dphib * dphib);
1051               if(dr <= minmove) break;
1052               // cone should not move more than max_mov
1053               dr = TMath::Sqrt((etas/ets)*(etas/ets) + (phis/ets)*(phis/ets));
1054               if(dr > maxmove){
1055                 eta = etab;
1056                 phi = phib;
1057                 ets = etsb;
1058                 etas = etasb;
1059                 phis = phisb;
1060               } else { // store this loop information
1061                 etab=eta;
1062                 phib=phi;
1063                 etsb = ets;
1064                 etasb = etas;
1065                 phisb = phis;
1066                 }
1067             } // inside cone
1068         }//end of cells loop looking centroide
1069       
1070       // Avoid cones overloap (to be implemented in the future)
1071       
1072       // Flag cells in Rc, estimate total energy in cone
1073       Float_t etCone   = 0.0;
1074       Int_t   nCellIn  = 0;
1075       Int_t   nCellOut = 0;
1076       rc = header->GetRadius();
1077       for(Int_t ncell =0; ncell < nCell; ncell++)
1078         {
1079           if(flagCell[ncell] != 0) continue; // cell used before
1080           //calculate dr
1081           deta = etaCell[ncell] - eta;
1082           dphi = phiCell[ncell] - phi;
1083           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1084           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1085           dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1086           if(dr <= rc){  // cell in cone
1087             flagCell[ncell] = -1;
1088             etCone+=etCell[ncell];
1089             nCellIn++;
1090           }
1091           else nCellOut++;
1092         }
1093       
1094       // Select jets with et > background
1095       // estimate max fluctuation of background in cone
1096       Double_t ncellin = (Double_t)nCellIn;
1097       Double_t ntcell  = (Double_t)nCell;
1098       Double_t etbmax = (etbgTotal + dEtTotal )*(ncellin/ntcell);
1099       // min cone et
1100       Double_t etcmin = etCone ;  // could be used etCone - etmin !!
1101       //decisions !! etbmax < etcmin
1102       
1103       for(Int_t mcell =0; mcell < nCell; mcell++){
1104         if(flagCell[mcell] == -1){
1105           if(etbmax < etcmin)
1106             flagCell[mcell] = 1; //flag cell as used
1107           else
1108             flagCell[mcell] = 0; // leave it free
1109         }
1110       }
1111       //store tmp jet info !!!
1112       
1113       if(etbmax < etcmin) {
1114         etaAlgoJet[nJets]    = eta;
1115         phiAlgoJet[nJets]    = phi;
1116         etAlgoJet[nJets]     = etCone;
1117         ncellsAlgoJet[nJets] = nCellIn;
1118         nJets++;
1119       }
1120       
1121     } // end of cells loop
1122
1123   //reorder jets by et in cone
1124   //sort jets by energy
1125   Int_t * idx  = new Int_t[nJets];
1126   TMath::Sort(nJets, etAlgoJet, idx);
1127   for(Int_t p = 0; p < nJets; p++)
1128     {
1129       etaJet[p] = etaAlgoJet[idx[p]];
1130       phiJet[p] = phiAlgoJet[idx[p]];
1131       etJet[p] = etAlgoJet[idx[p]];
1132       etallJet[p] = etAlgoJet[idx[p]];
1133       ncellsJet[p] = ncellsAlgoJet[idx[p]];
1134     }
1135   
1136   //delete
1137   delete index;
1138   delete idx;
1139
1140 }
1141
1142 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1143 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackg(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ, Float_t& etbgTotalN, const Float_t* ptT, const Int_t* vectT, 
1144                                       const Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Int_t* cFlagT, const Int_t* cFlag2T, 
1145                                       const Int_t* sFlagT, Float_t* const etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet, 
1146                                       Float_t* const etsigJet, Int_t* const multJet, Int_t* const injet)
1147 {
1148   //
1149   // Background subtraction using cone method but without correction in dE/deta distribution
1150   // Cases to take into account the EMCal geometry are included
1151   //
1152   
1153   //calculate energy inside and outside cones
1154   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1155   fOpt = fReader->GetReaderHeader()->GetDetector();
1156   Float_t rc= header->GetRadius();
1157   Float_t etIn[30];
1158   Float_t etOut = 0;
1159   
1160   for(Int_t j=0;j<30;j++){etIn[j]=0.;}
1161   
1162   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1163
1164     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){
1165
1166       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1167       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1168       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1169       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1170       
1171       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1172       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1173         multJet[ijet]+=vectT[jpart];
1174         injet[jpart] = ijet;
1175         
1176         if(cFlagT[jpart] == 1 || cFlag2T[jpart] == 1){ // pt cut
1177           etIn[ijet] += ptT[jpart];
1178           if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet]+= ptT[jpart];
1179         }
1180         break;
1181       }
1182     }// end jets loop
1183
1184     if(injet[jpart] == -1 && (cFlagT[jpart] == 1 || cFlag2T[jpart] == 1)){
1185       etOut += ptT[jpart]; // particle outside cones and pt cut
1186     }
1187   } //end particle loop
1188
1189   //estimate jets and background areas
1190   // TPC case
1191   if(fOpt == 0 || fOpt == 1){
1192     Float_t areaJet[30];
1193     Float_t areaOut = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1194
1195     for(Int_t k=0; k<nJ; k++){
1196       Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1197       Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1198       Float_t accmax = 0.0; Float_t accmin = 0.0;
1199       if(detamax > header->GetLegoEtaMax()){ // sector outside etamax
1200         Float_t h = header->GetLegoEtaMax() - etaJet[k];
1201         accmax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1202       }
1203       if(detamin < header->GetLegoEtaMin()){ // sector outside etamin
1204         Float_t h = header->GetLegoEtaMax() + etaJet[k];
1205         accmin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1206       }
1207       areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accmax - accmin;
1208       areaOut = areaOut - areaJet[k];
1209     }
1210     //subtract background using area method
1211     for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1212       Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1213       etJet[ljet] = etIn[ljet]-etOut*areaRatio; // subtraction
1214     }
1215
1216     // estimate new total background
1217     Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1218     etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1219   }
1220   else { // If EMCal included
1221     Float_t areaJet[30];
1222     Float_t areaOut = 2*(header->GetLegoEtaMax())*(header->GetLegoPhiMax() - header->GetLegoPhiMin());
1223     for(Int_t k=0; k<nJ; k++){
1224       Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1225       Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1226       Float_t dphimax = phiJet[k] + rc;
1227       Float_t dphimin = phiJet[k] - rc;
1228       Float_t eMax = header->GetLegoEtaMax();
1229       Float_t eMin = header->GetLegoEtaMin();
1230       Float_t pMax = header->GetLegoPhiMax();
1231       Float_t pMin = header->GetLegoPhiMin();
1232       Float_t accetamax = 0.0; Float_t accetamin = 0.0;
1233       Float_t accphimax = 0.0; Float_t accphimin = 0.0;
1234       if((detamax > eMax && dphimax >= (pMin+2*rc) && dphimax <= pMax )||
1235          (detamax > eMax && dphimin <= (pMax-2*rc) && dphimin >= pMin )){
1236         Float_t h = eMax - etaJet[k];
1237         accetamax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1238       }
1239       if((detamin < eMin && dphimax >= (pMin+2*rc) && dphimax <= pMax )||
1240          (detamin < eMin && dphimin <= (pMax-2*rc) && dphimin >= pMin )){
1241         Float_t h = eMax + etaJet[k];
1242         accetamin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1243       }
1244       if((dphimax > pMax && detamax >= (eMin+2*rc) && detamax <= eMax )||
1245          (dphimax > pMax && detamin <= (eMax-2*rc) && detamin >= eMin )){
1246         Float_t h = pMax - phiJet[k];
1247         accphimax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1248       }
1249       if((dphimin < eMin && detamax >= (eMin+2*rc) && detamax <= eMax )||
1250          (dphimin < eMin && detamin <= (eMax-2*rc) && detamin >= eMin )){
1251         Float_t h = phiJet[k] - pMin;
1252         accphimin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1253       }
1254       
1255       if(detamax > eMax && dphimax > pMax ){
1256         Float_t he = eMax - etaJet[k];
1257         Float_t hp = pMax - phiJet[k];
1258         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1259         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1260         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1261         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1262         if(rlim <= rc){
1263           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1264           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1265         }
1266         if(rlim > rc){
1267           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1268           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1269             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1270             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1271         }
1272       }
1273
1274       if(detamax > eMax && dphimin < pMin ){
1275         Float_t he = eMax - etaJet[k];
1276         Float_t hp = phiJet[k] - pMin;
1277         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1278         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1279         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1280         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1281         if(rlim <= rc){
1282           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1283           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1284         }
1285         if(rlim > rc){
1286           accetamax = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1287           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1288             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1289             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1290         }
1291       }
1292
1293       if(detamin < eMin && dphimax > pMax ){
1294         Float_t he = eMax + etaJet[k];
1295         Float_t hp = pMax - phiJet[k];
1296         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1297         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1298         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1299         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1300         if(rlim <= rc){
1301           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1302           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1303         }
1304         if(rlim > rc){
1305           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1306           accphimax = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1307             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1308             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1309         }
1310       }
1311
1312       if(detamin < eMin && dphimin < pMin ){
1313         Float_t he = eMax + etaJet[k];
1314         Float_t hp = phiJet[k] - pMin;
1315         Float_t rlim = TMath::Sqrt(pow(he,2)+pow(hp,2));
1316         Float_t alphae = TMath::ACos(he/rc);
1317         Float_t alphap = TMath::ACos(hp/rc);
1318         Float_t alphad = (alphae+alphap)/2-TMath::Pi()/4;
1319         if(rlim <= rc){
1320           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1321           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp);
1322         }
1323         if(rlim > rc){
1324           accetamin = rc*rc*alphae - he*TMath::Sqrt(rc*rc - he*he);
1325           accphimin = rc*rc*alphap - hp*TMath::Sqrt(rc*rc - hp*hp)-
1326             ((TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(he,2))-hp)*(TMath::Sqrt(pow(rc,2)-pow(hp,2))-he))/2+
1327             rc*rc*alphad - rc*rc*TMath::Sin(alphad)*TMath::Cos(alphad);
1328         }
1329       }
1330       areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accetamax - accetamin - accphimax - accphimin;
1331       areaOut = areaOut - areaJet[k];
1332     } // end loop on jets
1333    
1334     //subtract background using area method
1335     for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1336       Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1337       etJet[ljet] = etIn[ljet]-etOut*areaRatio; // subtraction
1338     }
1339
1340     // estimate new total background
1341     Float_t areaT = 2*(header->GetLegoEtaMax()*header->GetLegoPhiMax());
1342     etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1343   }
1344   
1345 }
1346
1347 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1348 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgC(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ, Float_t&etbgTotalN,
1349                       const Float_t* ptT, const Float_t* etaT, const Float_t* phiT,
1350                       Float_t* const etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet,
1351                       Float_t* const etsigJet,Int_t* const multJet, Int_t* const injet)
1352 {
1353   //background subtraction using cone method but without correction in dE/deta distribution
1354   
1355   //calculate energy inside and outside cones
1356   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1357   Float_t rc= header->GetRadius();
1358   Float_t etIn[30];
1359   Float_t etOut = 0;
1360   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1361     // if((fReader->GetCutFlag(jpart)) != 1) continue; // pt cut
1362     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){
1363       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1364       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1365       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1366       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1367       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1368       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1369         multJet[ijet]++;
1370         injet[jpart] = ijet;
1371         if((fReader->GetCutFlag(jpart)) == 1){ // pt cut
1372           etIn[ijet] += ptT[jpart];
1373           if(fReader->GetSignalFlag(jpart) == 1) etsigJet[ijet]+= ptT[jpart];
1374         }
1375         break;
1376       }
1377     }// end jets loop
1378     if(injet[jpart] == -1 && fReader->GetCutFlag(jpart) == 1)
1379       etOut += ptT[jpart]; // particle outside cones and pt cut
1380   } //end particle loop
1381   
1382   //estimate jets and background areas
1383   Float_t areaJet[30];
1384   Float_t areaOut = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1385   for(Int_t k=0; k<nJ; k++){
1386     Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1387     Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1388     Float_t accmax = 0.0; Float_t accmin = 0.0;
1389     if(detamax > header->GetLegoEtaMax()){ // sector outside etamax
1390       Float_t h = header->GetLegoEtaMax() - etaJet[k];
1391       accmax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1392     }
1393     if(detamin < header->GetLegoEtaMin()){ // sector outside etamin
1394       Float_t h = header->GetLegoEtaMax() + etaJet[k];
1395       accmin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1396     }
1397     areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accmax - accmin;
1398     areaOut = areaOut - areaJet[k];
1399   }
1400   //subtract background using area method
1401   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1402     Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1403     etJet[ljet] = etIn[ljet]-etOut*areaRatio; // subtraction
1404   }
1405   
1406   // estimate new total background
1407   Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1408   etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1409   
1410 }
1411
1412
1413 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1414 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgStat(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ,Float_t&etbgTotalN,
1415                                           const Float_t* ptT, const Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Int_t* cFlagT, 
1416                                           const Int_t* sFlagT, Float_t* const etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet,
1417                                           Float_t* const etsigJet, Int_t* const multJet, Int_t* const injet)
1418 {
1419
1420   //background subtraction using statistical method
1421   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1422   Float_t etbgStat = header->GetBackgStat(); // pre-calculated background
1423   
1424   //calculate energy inside
1425   Float_t rc= header->GetRadius();
1426   Float_t etIn[30];
1427   
1428   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++)
1429     { // loop for all particles in array
1430       
1431       for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++)
1432         {
1433           Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1434           Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1435           if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1436           if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1437           Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1438           if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1439             multJet[ijet]++;
1440             injet[jpart] = ijet;
1441             if(cFlagT[jpart] == 1){ // pt cut
1442               etIn[ijet]+= ptT[jpart];
1443               if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet] += ptT[jpart];
1444             }
1445             break;
1446           }
1447         }// end jets loop
1448     } //end particle loop
1449   
1450   //calc jets areas
1451   Float_t areaJet[30];
1452   Float_t areaOut = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1453   for(Int_t k=0; k<nJ; k++)
1454     {
1455       Float_t detamax = etaJet[k] + rc;
1456       Float_t detamin = etaJet[k] - rc;
1457       Float_t accmax = 0.0; Float_t accmin = 0.0;
1458       if(detamax > header->GetLegoEtaMax()){ // sector outside etamax
1459         Float_t h = header->GetLegoEtaMax() - etaJet[k];
1460         accmax = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1461       }
1462       if(detamin < header->GetLegoEtaMin()){ // sector outside etamin
1463       Float_t h = header->GetLegoEtaMax() + etaJet[k];
1464       accmin = rc*rc*TMath::ACos(h/rc) - h*TMath::Sqrt(rc*rc - h*h);
1465       }
1466       areaJet[k] = rc*rc*TMath::Pi() - accmax - accmin;
1467     }
1468
1469   //subtract background using area method
1470   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){
1471     Float_t areaRatio = areaJet[ljet]/areaOut;
1472     etJet[ljet] = etIn[ljet]-etbgStat*areaRatio; // subtraction
1473   }
1474   
1475   etbgTotalN = etbgStat;
1476 }
1477
1478 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1479 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgCone(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ,Float_t& etbgTotalN,
1480                       Float_t* ptT, Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Int_t* cFlagT, const Int_t* sFlagT,
1481                       Float_t* const etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet,
1482                       Float_t* const etsigJet, Int_t* const multJet, Int_t* const injet)
1483 {
1484   // Cone background subtraction method taking into acount dEt/deta distribution
1485   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1486   //general
1487   Float_t rc= header->GetRadius();
1488   Float_t etamax = header->GetLegoEtaMax();
1489   Float_t etamin = header->GetLegoEtaMin();
1490   Int_t ndiv = 100;
1491   
1492   // jet energy and area arrays
1493   TH1F* hEtJet[30];
1494   TH1F* hAreaJet[30];
1495   for(Int_t mjet=0; mjet<nJ; mjet++){
1496     char hEtname[256]; char hAreaname[256];
1497     sprintf(hEtname, "hEtJet%d", mjet); sprintf(hAreaname, "hAreaJet%d", mjet);
1498     hEtJet[mjet] = new TH1F(hEtname,"et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1499     hAreaJet[mjet] = new TH1F(hAreaname,"area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1500   }
1501   // background energy and area
1502   TH1F* hEtBackg = new TH1F("hEtBackg"," backg et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1503   TH1F* hAreaBackg = new TH1F("hAreaBackg","backg area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);
1504
1505   //fill energies
1506   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1507     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1508       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1509       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1510       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1511       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1512       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1513       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1514         injet[jpart] = ijet;
1515         multJet[ijet]++;
1516         if(cFlagT[jpart] == 1){// pt cut
1517           hEtJet[ijet]->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); //particle inside cone
1518           if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet] += ptT[jpart];
1519         }
1520         break;
1521       }
1522     }// end jets loop
1523
1524     if(injet[jpart] == -1  && cFlagT[jpart] == 1)
1525       hEtBackg->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); // particle outside cones
1526   } //end particle loop
1527
1528   //calc areas
1529   Float_t eta0 = etamin;
1530   Float_t etaw = (etamax - etamin)/((Float_t)ndiv);
1531   Float_t eta1 = eta0 + etaw;
1532   for(Int_t etabin = 0; etabin< ndiv; etabin++){ // loop for all eta bins
1533     Float_t etac = eta0 + etaw/2.0;
1534     Float_t areabg = etaw*2.0*TMath::Pi();
1535     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1536       Float_t deta0 = TMath::Abs(eta0 - etaJet[ijet]);
1537       Float_t deta1 = TMath::Abs(eta1 - etaJet[ijet]);
1538       Float_t acc0 = 0.0; Float_t acc1 = 0.0;
1539       Float_t areaj = 0.0;
1540       if(deta0 > rc && deta1 < rc){
1541         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1542         areaj = acc1;
1543       }
1544       if(deta0 < rc && deta1 > rc){
1545         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1546         areaj = acc0;
1547       }
1548       if(deta0 < rc && deta1 < rc){
1549         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1550         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1551         if(eta1<etaJet[ijet]) areaj = acc1-acc0;  // case 1
1552         if((eta0 < etaJet[ijet]) && (etaJet[ijet]<eta1)) areaj = rc*rc*TMath::Pi() - acc1 -acc0; // case 2
1553         if(etaJet[ijet] < eta0) areaj = acc0 -acc1; // case 3
1554       }
1555       hAreaJet[ijet]->Fill(etac,areaj);
1556       areabg = areabg - areaj;
1557     } // end jets loop
1558     hAreaBackg->Fill(etac,areabg);
1559     eta0 = eta1;
1560     eta1 = eta1 + etaw;
1561   } // end loop for all eta bins
1562
1563   //subtract background
1564   for(Int_t kjet=0; kjet<nJ; kjet++){
1565     etJet[kjet] = 0.0; // first  clear etJet for this jet
1566     for(Int_t bin = 0; bin< ndiv; bin++){
1567       if(hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin)){
1568         Float_t areab = hAreaBackg->GetBinContent(bin);
1569         Float_t etb = hEtBackg->GetBinContent(bin);
1570         Float_t areaR = (hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin))/areab;
1571         etJet[kjet] = etJet[kjet] + ((hEtJet[kjet]->GetBinContent(bin)) - etb*areaR); //subtraction
1572       }
1573     }
1574   }
1575
1576   // calc background total
1577   Double_t etOut = hEtBackg->Integral();
1578   Double_t areaOut = hAreaBackg->Integral();
1579   Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1580   etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1581   
1582   //delete
1583   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){  // loop for all jets
1584     delete hEtJet[ljet];
1585     delete hAreaJet[ljet];
1586   }
1587
1588   delete hEtBackg;
1589   delete hAreaBackg;
1590 }
1591
1592 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1593 void AliUA1JetFinderV2::SubtractBackgRatio(const Int_t& nIn, const Int_t&nJ,Float_t& etbgTotalN,
1594                       Float_t* ptT, Float_t* etaT, const Float_t* phiT, const Int_t* cFlagT, const Int_t* sFlagT,
1595                       Float_t* const etJet, const Float_t* etaJet, const Float_t* phiJet,
1596                       Float_t* const etsigJet, Int_t* const multJet, Int_t* const injet)
1597 {
1598   // Ratio background subtraction method taking into acount dEt/deta distribution
1599   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1600   //factor F calc before
1601   Float_t bgRatioCut = header->GetBackgCutRatio();
1602   
1603   //general
1604   Float_t rc= header->GetRadius();
1605   Float_t etamax = header->GetLegoEtaMax();
1606   Float_t etamin = header->GetLegoEtaMin();
1607   Int_t ndiv = 100;
1608   
1609   // jet energy and area arrays
1610   TH1F* hEtJet[30];
1611   TH1F* hAreaJet[30];
1612   for(Int_t mjet=0; mjet<nJ; mjet++){
1613     char hEtname[256]; char hAreaname[256];
1614     sprintf(hEtname, "hEtJet%d", mjet); sprintf(hAreaname, "hAreaJet%d", mjet);
1615     hEtJet[mjet] = new TH1F(hEtname,"et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);        // change range
1616     hAreaJet[mjet] = new TH1F(hAreaname,"area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);  // change range
1617   }
1618   // background energy and area
1619   TH1F* hEtBackg = new TH1F("hEtBackg"," backg et dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);         // change range
1620   TH1F* hAreaBackg = new TH1F("hAreaBackg","backg area dist in eta ",ndiv,etamin,etamax);  // change range
1621
1622   //fill energies
1623   for(Int_t jpart = 0; jpart < nIn; jpart++){ // loop for all particles in array
1624     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1625       Float_t deta = etaT[jpart] - etaJet[ijet];
1626       Float_t dphi = phiT[jpart] - phiJet[ijet];
1627       if (dphi < -TMath::Pi()) dphi= -dphi - 2.0 * TMath::Pi();
1628       if (dphi > TMath::Pi()) dphi = 2.0 * TMath::Pi() - dphi;
1629       Float_t dr = TMath::Sqrt(deta * deta + dphi * dphi);
1630       if(dr <= rc){ // particles inside this cone
1631         multJet[ijet]++;
1632         injet[jpart] = ijet;
1633         if(cFlagT[jpart] == 1){ //pt cut
1634           hEtJet[ijet]->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); //particle inside cone and pt cut
1635           if(sFlagT[jpart] == 1) etsigJet[ijet] += ptT[jpart];
1636         }
1637         break;
1638       }
1639     }// end jets loop
1640     if(injet[jpart] == -1) hEtBackg->Fill(etaT[jpart],ptT[jpart]); // particle outside cones
1641   } //end particle loop
1642
1643   //calc areas
1644   Float_t eta0 = etamin;
1645   Float_t etaw = (etamax - etamin)/((Float_t)ndiv);
1646   Float_t eta1 = eta0 + etaw;
1647   for(Int_t etabin = 0; etabin< ndiv; etabin++){ // loop for all eta bins
1648     Float_t etac = eta0 + etaw/2.0;
1649     Float_t areabg = etaw*2.0*TMath::Pi();
1650     for(Int_t ijet=0; ijet<nJ; ijet++){  // loop for all jets
1651       Float_t deta0 = TMath::Abs(eta0 - etaJet[ijet]);
1652       Float_t deta1 = TMath::Abs(eta1 - etaJet[ijet]);
1653       Float_t acc0 = 0.0; Float_t acc1 = 0.0;
1654       Float_t areaj = 0.0;
1655       if(deta0 > rc && deta1 < rc){
1656         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1657         areaj = acc1;
1658       }
1659       if(deta0 < rc && deta1 > rc){
1660         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1661         areaj = acc0;
1662       }
1663       if(deta0 < rc && deta1 < rc){
1664         acc0 = rc*rc*TMath::ACos(deta0/rc) - deta0*TMath::Sqrt(rc*rc - deta0*deta0);
1665         acc1 = rc*rc*TMath::ACos(deta1/rc) - deta1*TMath::Sqrt(rc*rc - deta1*deta1);
1666         if(eta1<etaJet[ijet]) areaj = acc1-acc0;  // case 1
1667         if((eta0 < etaJet[ijet]) && (etaJet[ijet]<eta1)) areaj = rc*rc*TMath::Pi() - acc1 -acc0; // case 2
1668         if(etaJet[ijet] < eta0) areaj = acc0 -acc1; // case 3
1669       }
1670       hAreaJet[ijet]->Fill(etac,areaj);
1671       areabg = areabg - areaj;
1672     } // end jets loop
1673     hAreaBackg->Fill(etac,areabg);
1674     eta0 = eta1;
1675     eta1 = eta1 + etaw;
1676   } // end loop for all eta bins
1677
1678   //subtract background
1679   for(Int_t kjet=0; kjet<nJ; kjet++){
1680     etJet[kjet] = 0.0; // first  clear etJet for this jet
1681     for(Int_t bin = 0; bin< ndiv; bin++){
1682       if(hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin)){
1683         Float_t areab = hAreaBackg->GetBinContent(bin);
1684         Float_t etb = hEtBackg->GetBinContent(bin);
1685         Float_t areaR = (hAreaJet[kjet]->GetBinContent(bin))/areab;
1686         etJet[kjet] = etJet[kjet] + ((hEtJet[kjet]->GetBinContent(bin)) - etb*areaR*bgRatioCut); //subtraction
1687       }
1688     }
1689   }
1690
1691   // calc background total
1692   Double_t etOut = hEtBackg->Integral();
1693   Double_t areaOut = hAreaBackg->Integral();
1694   Float_t areaT = 4*(header->GetLegoEtaMax())*TMath::Pi();
1695   etbgTotalN = etOut*areaT/areaOut;
1696   
1697   //delete
1698   for(Int_t ljet=0; ljet<nJ; ljet++){  // loop for all jets
1699     delete hEtJet[ljet];
1700     delete hAreaJet[ljet];
1701   }
1702   
1703   delete hEtBackg;
1704   delete hAreaBackg;
1705 }
1706
1707 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1708 void AliUA1JetFinderV2::Reset()
1709 {
1710   fLego->Reset();
1711   AliJetFinder::Reset();
1712 }
1713
1714 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1715 void AliUA1JetFinderV2::WriteJHeaderToFile() const
1716 {
1717   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1718   header->Write();
1719 }
1720
1721 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1722 void AliUA1JetFinderV2::InitTask(TChain* tree)
1723 {
1724
1725   // initializes some variables
1726   AliUA1JetHeaderV1* header = (AliUA1JetHeaderV1*) fHeader;
1727   // book lego
1728   fLego = new TH2F("legoH","eta-phi",
1729                    header->GetLegoNbinEta(), header->GetLegoEtaMin(),
1730                    header->GetLegoEtaMax(),  header->GetLegoNbinPhi(),
1731                    header->GetLegoPhiMin(),  header->GetLegoPhiMax());
1732   
1733   fDebug = fHeader->GetDebug();
1734   fOpt = fReader->GetReaderHeader()->GetDetector();
1735   
1736   // Tasks initialization
1737   if(fOpt>0)
1738     fReader->CreateTasks(tree);
1739
1740 }