MUON/AliMUONAlignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONAlignment
  20 /// Alignment class for the ALICE DiMuon spectrometer
  21 ///
  22 /// MUON specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each cluster and fill the corresponding local equations. Provide methods
  25 /// for fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author Bruce Becker, Javier Castillo
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include "AliMUONAlignment.h"
  31 #include "AliMUONTrack.h"
  32 #include "AliMUONTrackParam.h"
  33 #include "AliMUONVCluster.h"
  34 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
  35 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  36 #include "AliMUONGeometryDetElement.h"
  37 #include "AliMUONGeometryBuilder.h"
  38 #include "AliMUONConstants.h"
  39 #include "AliMillepede.h"
  40
  41 #include "AliMpExMap.h"
  42 #include "AliMpExMapIterator.h"
  43
  44 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46
  47 #include "TMath.h"
  48 #include "TMatrixDSym.h"
  49 #include "TSystem.h"
  50
  51 /// \cond CLASSIMP
  52 ClassImp(AliMUONAlignment)
  53 /// \endcond
  54
  55   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElem = 4*2+4*2+18*2+26*2+26*2;
  56   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElemCh[10] = {4,4,4,4,18,18,26,26,26,26};
  57   Int_t AliMUONAlignment::fgSNDetElemCh[10] = {4,8,12,16,34,52,78,104,130,156};
  58   Int_t AliMUONAlignment::fgNParCh = 3;
  59   Int_t AliMUONAlignment::fgNTrkMod = 16;
  60   Int_t AliMUONAlignment::fgNCh = 10;
  61   Int_t AliMUONAlignment::fgNSt = 5;
  62
  63 AliMUONAlignment::AliMUONAlignment()
  64   : TObject(),
  65     fBFieldOn(kTRUE),
  66     fStartFac(16.),
  67     fResCutInitial(100.),
  68     fResCut(100.),
  69     fMillepede(0),
  70     fTrackParamAtCluster(0),
  71     fTrack(0),
  72     fCluster(0),
  73     fTrackParam(0),
  74     fNGlobal(fgNDetElem*fgNParCh),
  75     fNLocal(4),
  76     fNStdDev(3),
  77     fDetElemId(0),
  78     fDetElemNumber(0),
  79     fPhi(0.),
  80     fCosPhi(1.),
  81     fSinPhi(0.),
  82     fTransform(0)
  83 {
  84   /// Default constructor, setting define alignment parameters
  85   fSigma[0] = 1.0e-1;
  86   fSigma[1] = 1.0e-2;
  87
  88   fDoF[0] = kTRUE;  fDoF[1] = kTRUE;  fDoF[2] = kTRUE;
  89   fAllowVar[0] = 0.05;  fAllowVar[1] = 0.05;  fAllowVar[2] = 0.001;
  90
  91   AliInfo(Form("fAllowVar[0]: %f\t fAllowVar[1]: %f\t fPhi: %f\t fgNDetElem: %i\t fNGlobal: %i\t fNLocal: %i",fAllowVar[0],fAllowVar[1],fPhi,fgNDetElem,fNGlobal,fNLocal));
  92
  93   fMillepede = new AliMillepede();
  94
  95   Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
  96
  97   ResetLocalEquation();
  98   AliInfo("Parameters initialized to zero");
  99
 100 }
 101
 102 AliMUONAlignment::~AliMUONAlignment() {
 103   /// Destructor
 104 }
 105
 106 void AliMUONAlignment::Init(Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 107                             Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 108                             Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 109 {
 110   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 111   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 112
 113 //  Bool_t bStOnOff[5] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 114 //  Bool_t bChOnOff[10] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 115 //  Bool_t bSpecLROnOff[2] = {kTRUE,kTRUE};
 116
 117 //   AllowVariations(bChOnOff);
 118
 119   // Fix parameters or add constraints here
 120 //   for (Int_t iSt=0; iSt<5; iSt++)
 121 //     if (!bStOnOff[iSt]) FixStation(iSt+1);
 122 //   for (Int_t iCh=0; iCh<10; iCh++)
 123 //     if (!bChOnOff[iCh]) FixChamber(iCh+1);
 124
 125 //   FixHalfSpectrometer(bChOnOff,bSpecLROnOff);
 126
 127   ResetConstraints();
 128
 129   // Define global constrains to be applied
 130   // X, Y, P, XvsZ, YvsZ, PvsZ, XvsY, YvsY, PvsY
 131   Bool_t bVarXYT[9] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 132   Bool_t bDetTLBR[4] = {kFALSE,kTRUE,kFALSE,kTRUE};
 133   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR,bSpecLROnOff);
 134
 135   // Other possible way to add constrains
 136   bVarXYT[0] = kFALSE; bVarXYT[1] = kFALSE; bVarXYT[2] = kTRUE;
 137   bDetTLBR[0] = kFALSE; bDetTLBR[1] = kTRUE; bDetTLBR[2] = kFALSE; bDetTLBR[3] = kFALSE;
 138 //   AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR);
 139
 140   bVarXYT[0] = kTRUE; bVarXYT[1] = kTRUE; bVarXYT[2] = kFALSE;
 141   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT);
 142
 143   // Set iterations
 144   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 145 }
 146
 147 void AliMUONAlignment::FixStation(Int_t iSt){
 148   /// Fix all detection elements of station iSt
 149   Int_t iDetElemFirst = (iSt>1) ? fgSNDetElemCh[2*(iSt-1)-1] : 0;
 150   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[2*(iSt)-1];
 151   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 152     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 153     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 154     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 155   }
 156 }
 157
 158 void AliMUONAlignment::FixChamber(Int_t iCh){
 159   /// Fix all detection elements of chamber iCh
 160   Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 161   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 162   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 163     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 164     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 165     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 166   }
 167 }
 168
 169 void AliMUONAlignment::FixHalfSpectrometer(Bool_t *lChOnOff, Bool_t *lSpecLROnOff){
 170   /// Fix left or right detector
 171   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 172     Int_t iCh=0;
 173     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 174       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 175     }
 176     if (lChOnOff[iCh-1]){
 177       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 178       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 179         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && !lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 180           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 181           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 182           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 183         }
 184         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && !lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 185           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 186           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 187           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 188         }
 189       }
 190       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 191         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && !lSpecLROnOff[0]){
 192           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 193           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 194           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 195         }
 196         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 197              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && !lSpecLROnOff[1]){
 198           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 199           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 200           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 201         }
 202       }
 203       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 204         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && !lSpecLROnOff[0]){
 205           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 206           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 207           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 208         }
 209         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 210              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && !lSpecLROnOff[1]){
 211           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 212           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 213           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 214         }
 215       }
 216     }
 217   }
 218 }
 219
 220 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Bool_t *lChOnOff,Bool_t *lVarXYT){
 221   /// Set non linear parameter flag selected chambers and degrees of freedom
 222   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 223     Int_t iCh=0;
 224     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 225       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 226     }
 227     if (lChOnOff[iCh-1]){
 228       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 229         SetNonLinear(i*fgNParCh+0);
 230       }
 231       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 232         SetNonLinear(i*fgNParCh+1);
 233       }
 234       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 235         SetNonLinear(i*fgNParCh+2);
 236       }
 237     }
 238   }
 239 }
 240
 241 void AliMUONAlignment::AddConstraints(Bool_t *lChOnOff,Bool_t *lVarXYT){
 242   /// Add constraint equations for selected chambers and degrees of freedom
 243   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 244     Int_t iCh=0;
 245     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 246       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 247     }
 248     if (lChOnOff[iCh-1]){
 249       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 250         fConstraintX[i*fgNParCh+0]=1.0;
 251       }
 252       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 253         fConstraintY[i*fgNParCh+1]=1.0;
 254       }
 255       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 256         fConstraintP[i*fgNParCh+2]=1.0;
 257       }
 258     }
 259   }
 260   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 261     AddConstraint(fConstraintX,0.0);
 262   }
 263   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 264     AddConstraint(fConstraintY,0.0);
 265   }
 266   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 267     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 268   }
 269 }
 270
 271 void AliMUONAlignment::AddConstraints(Bool_t *lChOnOff,Bool_t *lVarXYT, Bool_t *lDetTLBR, Bool_t *lSpecLROnOff){
 272   /// Add constraint equations for selected chambers, degrees of freedom and detector half
 273   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 274   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 275   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 276   Double_t lDetElemGloX = 0.;
 277   Double_t lDetElemGloY = 0.;
 278   Double_t lDetElemGloZ = 0.;
 279   Double_t lMeanY = 0.;
 280   Double_t lSigmaY = 0.;
 281   Double_t lMeanZ = 0.;
 282   Double_t lSigmaZ = 0.;
 283   Int_t lNDetElem = 0;
 284   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 285     Int_t iCh=0;
 286     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 287       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 288     }
 289     if (lChOnOff[iCh-1]){
 290       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 291       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 292       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 293                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 294       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 295         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 296           lMeanY += lDetElemGloY;
 297           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 298           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 299           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 300           lNDetElem++;
 301         }
 302         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 303           lMeanY += lDetElemGloY;
 304           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 305           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 306           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 307           lNDetElem++;
 308         }
 309       }
 310       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 311         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && lSpecLROnOff[0]){
 312           lMeanY += lDetElemGloY;
 313           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 314           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 315           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 316           lNDetElem++;
 317         }
 318         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 319              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && lSpecLROnOff[1]){
 320           lMeanY += lDetElemGloY;
 321           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 322           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 323           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 324           lNDetElem++;
 325         }
 326       }
 327       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 328         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && lSpecLROnOff[0]){
 329           lMeanY += lDetElemGloY;
 330           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 331           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 332           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 333           lNDetElem++;
 334         }
 335         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 336              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && lSpecLROnOff[1]){
 337           lMeanY += lDetElemGloY;
 338           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 339           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 340           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 341           lNDetElem++;
 342         }
 343       }
 344     }
 345   }
 346   lMeanY /= lNDetElem;
 347   lSigmaY /= lNDetElem;
 348   lSigmaY = TMath::Sqrt(lSigmaY-lMeanY*lMeanY);
 349   lMeanZ /= lNDetElem;
 350   lSigmaZ /= lNDetElem;
 351   lSigmaZ = TMath::Sqrt(lSigmaZ-lMeanZ*lMeanZ);
 352   AliInfo(Form("Used %i DetElem, MeanZ= %f , SigmaZ= %f", lNDetElem,lMeanZ,lSigmaZ));
 353
 354   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 355     Int_t iCh=0;
 356     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 357       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 358     }
 359     if (lChOnOff[iCh-1]){
 360       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 361       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 362       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 363                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 364       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 365         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXT,0); // Top half
 366         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXL,0); // Left half
 367         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXB,0); // Bottom half
 368         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXR,0); // Right half
 369       }
 370       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 371         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYT,1); // Top half
 372         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYL,1); // Left half
 373         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYB,1); // Bottom half
 374         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYR,1); // Right half
 375       }
 376       if (lVarXYT[2]) { // P constraint
 377         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPT,2); // Top half
 378         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPL,2); // Left half
 379         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPB,2); // Bottom half
 380         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPR,2); // Right half
 381       }
 382       if (lVarXYT[3]) { // X-Z shearing
 383         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXZT,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 384         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXZL,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 385         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXZB,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 386         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXZR,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 387       }
 388       if (lVarXYT[4]) { // Y-Z shearing
 389         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYZT,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 390         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYZL,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 391         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYZB,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 392         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYZR,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 393       }
 394       if (lVarXYT[5]) { // P-Z rotation
 395         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPZT,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 396         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPZL,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 397         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPZB,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 398         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPZR,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 399       }
 400       if (lVarXYT[6]) { // X-Y shearing
 401         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXYT,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 402         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXYL,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 403         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXYB,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 404         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXYR,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 405       }
 406       if (lVarXYT[7]) { // Y-Y scaling
 407         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYYT,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 408         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYYL,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 409         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYYB,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 410         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYYR,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 411       }
 412       if (lVarXYT[8]) { // P-Y rotation
 413         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPYT,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 414         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPYL,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 415         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPYB,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 416         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPYR,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 417       }
 418     }
 419   }
 420   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 421     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXT,0.0); // Top half
 422     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXL,0.0); // Left half
 423     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXB,0.0); // Bottom half
 424     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXR,0.0); // Right half
 425   }
 426   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 427     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYT,0.0); // Top half
 428     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYL,0.0); // Left half
 429     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYB,0.0); // Bottom half
 430     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYR,0.0); // Right half
 431   }
 432   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 433     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPT,0.0); // Top half
 434     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPL,0.0); // Left half
 435     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPB,0.0); // Bottom half
 436     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPR,0.0); // Right half
 437   }
 438   if (lVarXYT[3]) { // X-Z constraint
 439     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXZT,0.0); // Top half
 440     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXZL,0.0); // Left half
 441     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXZB,0.0); // Bottom half
 442     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXZR,0.0); // Right half
 443   }
 444   if (lVarXYT[4]) { // Y-Z constraint
 445     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYZT,0.0); // Top half
 446     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYZL,0.0); // Left half
 447     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYZB,0.0); // Bottom half
 448     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYZR,0.0); // Right half
 449   }
 450   if (lVarXYT[5]) { // P-Z constraint
 451     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPZT,0.0); // Top half
 452     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPZL,0.0); // Left half
 453     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPZB,0.0); // Bottom half
 454     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPZR,0.0); // Right half
 455   }
 456   if (lVarXYT[6]) { // X-Y constraint
 457     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXYT,0.0); // Top half
 458     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXYL,0.0); // Left half
 459     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXYB,0.0); // Bottom half
 460     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXYR,0.0); // Right half
 461   }
 462   if (lVarXYT[7]) { // Y-Y constraint
 463     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYYT,0.0); // Top half
 464     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYYL,0.0); // Left half
 465     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYYB,0.0); // Bottom half
 466     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYYR,0.0); // Right half
 467   }
 468   if (lVarXYT[8]) { // P-Y constraint
 469     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPYT,0.0); // Top half
 470     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPYL,0.0); // Left half
 471     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPYB,0.0); // Bottom half
 472     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPYR,0.0); // Right half
 473   }
 474 }
 475
 476 void AliMUONAlignment::ConstrainT(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintT, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/){
 477   /// Set constrain equation for top half of spectrometer
 478   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 479   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 480     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==1){ // From track crossings
 481       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 482     }
 483   }
 484   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 485     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=9){
 486       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 487     }
 488   }
 489   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 490     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=13){
 491       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 492     }
 493   }
 494 }
 495
 496 void AliMUONAlignment::ConstrainL(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintL, Int_t iVar, Double_t lWeight){
 497   /// Set constrain equation for left half of spectrometer
 498   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 499   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 500     if (lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2){ // From track crossings
 501       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 502     }
 503   }
 504   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 505     if (lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13){
 506       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 507     }
 508   }
 509   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 510     if (lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19){
 511       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 512     }
 513   }
 514 }
 515
 516 void AliMUONAlignment::ConstrainB(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintB, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/){
 517   /// Set constrain equation for bottom half of spectrometer
 518   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 519   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 520     if (lDetElemNumber==2 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 521       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 522     }
 523   }
 524   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 525     if ((lDetElemNumber>=9&&lDetElemNumber<=17) ||
 526         (lDetElemNumber==0)){
 527       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 528     }
 529   }
 530   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 531     if ((lDetElemNumber>=13&&lDetElemNumber<=25) ||
 532         (lDetElemNumber==0)){
 533       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 534     }
 535   }
 536 }
 537
 538 void AliMUONAlignment::ConstrainR(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintR, Int_t iVar, Double_t lWeight){
 539   /// Set constrain equation for right half of spectrometer
 540   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 541   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 542     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 543       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 544     }
 545   }
 546   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 547     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 548         (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)){
 549       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 550     }
 551   }
 552   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 553     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 554         (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)){
 555       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 556     }
 557   }
 558 }
 559
 560 void AliMUONAlignment::ResetConstraints(){
 561   /// Reset all constraint equations
 562   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 563     fConstraintX[i*fgNParCh+0]=0.0;
 564     fConstraintX[i*fgNParCh+1]=0.0;
 565     fConstraintX[i*fgNParCh+2]=0.0;
 566     fConstraintY[i*fgNParCh+0]=0.0;
 567     fConstraintY[i*fgNParCh+1]=0.0;
 568     fConstraintY[i*fgNParCh+2]=0.0;
 569     fConstraintP[i*fgNParCh+0]=0.0;
 570     fConstraintP[i*fgNParCh+1]=0.0;
 571     fConstraintP[i*fgNParCh+2]=0.0;
 572     fConstraintXT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 573     fConstraintXT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 574     fConstraintXT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 575     fConstraintYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 576     fConstraintYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 577     fConstraintYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 578     fConstraintPT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 579     fConstraintPT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 580     fConstraintPT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 581     fConstraintXZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 582     fConstraintXZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 583     fConstraintXZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 584     fConstraintYZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 585     fConstraintYZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 586     fConstraintYZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 587     fConstraintPZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 588     fConstraintPZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 589     fConstraintPZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 590     fConstraintXYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 591     fConstraintXYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 592     fConstraintXYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 593     fConstraintYYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 594     fConstraintYYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 595     fConstraintYYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 596     fConstraintPYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 597     fConstraintPYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 598     fConstraintPYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 599     fConstraintXL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 600     fConstraintXL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 601     fConstraintXL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 602     fConstraintYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 603     fConstraintYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 604     fConstraintYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 605     fConstraintPL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 606     fConstraintPL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 607     fConstraintPL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 608     fConstraintXZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 609     fConstraintXZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 610     fConstraintXZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 611     fConstraintYZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 612     fConstraintYZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 613     fConstraintYZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 614     fConstraintPZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 615     fConstraintPZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 616     fConstraintPZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 617     fConstraintXYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 618     fConstraintXYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 619     fConstraintXYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 620     fConstraintYYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 621     fConstraintYYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 622     fConstraintYYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 623     fConstraintPYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 624     fConstraintPYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 625     fConstraintPYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 626     fConstraintXB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 627     fConstraintXB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 628     fConstraintXB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 629     fConstraintYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 630     fConstraintYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 631     fConstraintYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 632     fConstraintPB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 633     fConstraintPB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 634     fConstraintPB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 635     fConstraintXZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 636     fConstraintXZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 637     fConstraintXZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 638     fConstraintYZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 639     fConstraintYZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 640     fConstraintYZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 641     fConstraintPZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 642     fConstraintPZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 643     fConstraintPZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 644     fConstraintXYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 645     fConstraintXYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 646     fConstraintXYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 647     fConstraintYYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 648     fConstraintYYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 649     fConstraintYYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 650     fConstraintPYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 651     fConstraintPYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 652     fConstraintPYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 653     fConstraintXR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 654     fConstraintXR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 655     fConstraintXR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 656     fConstraintYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 657     fConstraintYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 658     fConstraintYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 659     fConstraintPR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 660     fConstraintPR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 661     fConstraintPR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 662     fConstraintXZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 663     fConstraintXZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 664     fConstraintXZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 665     fConstraintYZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 666     fConstraintYZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 667     fConstraintYZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 668     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 669     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 670     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 671     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 672     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 673     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 674     fConstraintXYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 675     fConstraintXYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 676     fConstraintXYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 677     fConstraintYYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 678     fConstraintYYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 679     fConstraintYYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 680     fConstraintPYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 681     fConstraintPYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 682     fConstraintPYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 683   }
 684 }
 685
 686 void AliMUONAlignment::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 687   /// Constrain equation defined by par to value
 688   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 689   AliInfo("Adding constraint");
 690 }
 691
 692 void AliMUONAlignment::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 693   /// Initialize global parameters with par array
 694   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 695   AliInfo("Init Global Parameters");
 696 }
 697
 698 void AliMUONAlignment::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 699   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 700   /// If value == 0, parameter is fixed
 701   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 702   if (value==0) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 703 }
 704
 705 void AliMUONAlignment::ResetLocalEquation()
 706 {
 707   /// Reset the derivative vectors
 708   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 709     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 710   }
 711   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 712     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 713   }
 714 }
 715
 716 void AliMUONAlignment::AllowVariations(Bool_t *bChOnOff) {
 717   /// Set allowed variation for selected chambers based on fDoF and fAllowVar
 718   for (Int_t iCh=1; iCh<=10; iCh++) {
 719     if (bChOnOff[iCh-1]) {
 720       Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 721       Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 722       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
 723         AliDebug(1,Form("fDoF[%d]= %d",i,fDoF[i]));
 724         if (fDoF[i]) {
 725           for (Int_t j=iDetElemFirst; j<iDetElemLast; j++){
 726             FixParameter(j*fgNParCh+i, fAllowVar[i]);
 727           }
 728         }
 729       }
 730     }
 731   }
 732 }
 733
 734 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Int_t iPar  /* set non linear flag */ ) {
 735   /// Set nonlinear flag for parameter iPar
 736   fMillepede->SetNonLinear(iPar);
 737   AliInfo(Form("Parameter %i set to non linear", iPar));
 738 }
 739
 740 void AliMUONAlignment::LocalEquationX() {
 741   /// Define local equation for current track and cluster in x coor. measurement
 742   // set local derivatives
 743   SetLocalDerivative(0, fCosPhi);
 744   SetLocalDerivative(1, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 745   SetLocalDerivative(2, fSinPhi);
 746   SetLocalDerivative(3, fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 747
 748   // set global derivatives
 749   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0, -fCosPhi);
 750   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fSinPhi);
 751   if (fBFieldOn){
 752     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 753                         -fSinPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 754                         +fCosPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 755   }
 756   else {
 757     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 758                         -fSinPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 759                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 760                         +fCosPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 761                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 762   }
 763
 764   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[0], fSigma[0]);
 765 }
 766
 767 void AliMUONAlignment::LocalEquationY() {
 768   /// Define local equation for current track and cluster in y coor. measurement
 769   // set local derivatives
 770   SetLocalDerivative(0,-fSinPhi);
 771   SetLocalDerivative(1,-fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 772   SetLocalDerivative(2, fCosPhi);
 773   SetLocalDerivative(3, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 774
 775   // set global derivatives
 776   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0,  fSinPhi);
 777   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fCosPhi);
 778   if (fBFieldOn){
 779   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 780                       -fCosPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 781                       -fSinPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 782   }
 783   else {
 784     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 785                         -fCosPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 786                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 787                         -fSinPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 788                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 789   }
 790
 791   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[1], fSigma[1]);
 792 }
 793
 794 void AliMUONAlignment::FillRecPointData() {
 795   /// Get information of current cluster
 796   fClustPos[0] = fCluster->GetX();
 797   fClustPos[1] = fCluster->GetY();
 798   fClustPos[2] = fCluster->GetZ();
 799   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fClustPos[0],fClustPos[1],fClustPos[2],
 800                             fClustPosLoc[0],fClustPosLoc[1],fClustPosLoc[2]);
 801 }
 802
 803 void AliMUONAlignment::FillTrackParamData() {
 804   /// Get information of current track at current cluster
 805   fTrackPos[0] = fTrackParam->GetNonBendingCoor();
 806   fTrackPos[1] = fTrackParam->GetBendingCoor();
 807   fTrackPos[2] = fTrackParam->GetZ();
 808   fTrackSlope[0] = fTrackParam->GetNonBendingSlope();
 809   fTrackSlope[1] = fTrackParam->GetBendingSlope();
 810   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fTrackPos[0],fTrackPos[1],fTrackPos[2],
 811                             fTrackPosLoc[0],fTrackPosLoc[1],fTrackPosLoc[2]);
 812 }
 813
 814 void AliMUONAlignment::FillDetElemData() {
 815   /// Get information of current detection element
 816   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 817   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 818   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 819   fDetElemId = fCluster->GetDetElemId();
 820   fDetElemNumber = fDetElemId%100;
 821   for (int iCh=0; iCh<fDetElemId/100-1; iCh++){
 822     fDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 823   }
 824   fTransform->Local2Global(fDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 825                            fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2]);
 826 }
 827
 828 void AliMUONAlignment::ProcessTrack(AliMUONTrack * track) {
 829   /// Process track; Loop over clusters and set local equations
 830   fTrack = track;
 831   // get tclones arrays.
 832   fTrackParamAtCluster = fTrack->GetTrackParamAtCluster();
 833
 834   // get size of arrays
 835   Int_t nTrackParam = fTrackParamAtCluster->GetEntries();
 836   AliDebug(1,Form("Number of track param entries : %i ", nTrackParam));
 837
 838   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 839     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 840     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 841     if (!fCluster || !fTrackParam) continue;
 842     // fill local variables for this position --> one measurement
 843     FillDetElemData();
 844     FillRecPointData();
 845     FillTrackParamData();
 846 //     if (fDetElemId<500) continue;
 847     fTrackPos0[0]      = fTrackPos[0];
 848     fTrackPos0[1]      = fTrackPos[1];
 849     fTrackPos0[2]      = fTrackPos[2];
 850     fTrackSlope0[0] = fTrackSlope[0];
 851     fTrackSlope0[1] = fTrackSlope[1];
 852     break;
 853   }
 854
 855   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 856     // and get new pointers
 857     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 858     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 859     if (!fCluster || !fTrackParam) continue;
 860     // fill local variables for this position --> one measurement
 861     FillDetElemData();
 862     FillRecPointData();
 863     FillTrackParamData();
 864 //     if (fDetElemId<500) continue;
 865     AliDebug(1,Form("cluster: %i", iCluster));
 866     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t DetElemID: %i\t ", fClustPos[0], fClustPos[1], fClustPos[2], fDetElemId));
 867     AliDebug(1,Form("fDetElemPos[0]: %f\t fDetElemPos[1]: %f\t fDetElemPos[2]: %f\t DetElemID: %i\t ", fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2], fDetElemId));
 868
 869     AliDebug(1,Form("Track Parameter: %i", iCluster));
 870     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t slopex: %f\t slopey: %f", fTrackPos[0], fTrackPos[1], fTrackPos[2], fTrackSlope[0], fTrackSlope[1]));
 871     AliDebug(1,Form("x0: %f\t y0: %f\t z0: %f\t slopex0: %f\t slopey0: %f", fTrackPos0[0], fTrackPos0[1], fTrackPos0[2], fTrackSlope0[0], fTrackSlope0[1]));
 872
 873     fCosPhi = TMath::Cos(fPhi);
 874     fSinPhi = TMath::Sin(fPhi);
 875     if (fBFieldOn){
 876       fMeas[0] = fTrackPos[0] - fClustPos[0];
 877       fMeas[1] = fTrackPos[1] - fClustPos[1];
 878     }
 879     else {
 880       fMeas[0] = - fClustPos[0];
 881       fMeas[1] = - fClustPos[1];
 882     }
 883     AliDebug(1,Form("fMeas[0]: %f\t fMeas[1]: %f\t fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f", fMeas[0], fMeas[1], fSigma[0], fSigma[1]));
 884     // Set local equations
 885     LocalEquationX();
 886     LocalEquationY();
 887   }
 888 }
 889
 890 void AliMUONAlignment::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit) {
 891   /// Call local fit for this tracks
 892   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
 893   if (iRes && !lSingleFit) {
 894     fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1);
 895   }
 896 }
 897
 898 void AliMUONAlignment::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls) {
 899   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
 900   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
 901
 902   AliInfo("Done fitting global parameters!");
 903   for (int iGlob=0; iGlob<fgNDetElem; iGlob++){
 904     printf("%d\t %f\t %f\t %f \n",iGlob,parameters[iGlob*fgNParCh+0],parameters[iGlob*fgNParCh+1],parameters[iGlob*fgNParCh+2]);
 905   }
 906 }
 907
 908 Double_t AliMUONAlignment::GetParError(Int_t iPar) {
 909   /// Get error of parameter iPar
 910   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
 911   return lErr;
 912 }
 913
 914 void AliMUONAlignment::PrintGlobalParameters() {
 915   /// Print global parameters
 916   fMillepede->PrintGlobalParameters();
 917 }
 918
 919 //_________________________________________________________________________
 920 TGeoCombiTrans AliMUONAlignment::ReAlign(const TGeoCombiTrans & transform, double *lMisAlignment) const
 921 {
 922   /// Realign given transformation by given misalignment and return the misaligned transformation
 923
 924   Double_t cartMisAlig[3] = {0,0,0};
 925   Double_t angMisAlig[3] = {0,0,0};
 926 //   const Double_t *trans = transform.GetTranslation();
 927 //   TGeoRotation *rot;
 928 //   // check if the rotation we obtain is not NULL
 929 //   if (transform.GetRotation()) {
 930 //     rot = transform.GetRotation();
 931 //   }
 932 //   else {
 933 //     rot = new TGeoRotation("rot");
 934 //   }                  // default constructor.
 935
 936   cartMisAlig[0] = -lMisAlignment[0];
 937   cartMisAlig[1] = -lMisAlignment[1];
 938   angMisAlig[2] = -lMisAlignment[2]*180./TMath::Pi();
 939
 940   TGeoTranslation deltaTrans(cartMisAlig[0], cartMisAlig[1], cartMisAlig[2]);
 941   TGeoRotation deltaRot;
 942   deltaRot.RotateX(angMisAlig[0]);
 943   deltaRot.RotateY(angMisAlig[1]);
 944   deltaRot.RotateZ(angMisAlig[2]);
 945
 946   TGeoCombiTrans deltaTransf(deltaTrans,deltaRot);
 947   TGeoHMatrix newTransfMat = transform * deltaTransf;
 948
 949   return TGeoCombiTrans(newTransfMat);
 950 }
 951
 952 //______________________________________________________________________
 953 AliMUONGeometryTransformer *
 954 AliMUONAlignment::ReAlign(const AliMUONGeometryTransformer * transformer,
 955                             double *misAlignments, Bool_t verbose)
 956
 957 {
 958   /////////////////////////////////////////////////////////////////////
 959   //   Takes the internal geometry module transformers, copies them
 960   // and gets the Detection Elements from them.
 961   // Takes misalignment parameters and applies these
 962   // to the local transform of the Detection Element
 963   // Obtains the global transform by multiplying the module transformer
 964   // transformation with the local transformation
 965   // Applies the global transform to a new detection element
 966   // Adds the new detection element to a new module transformer
 967   // Adds the new module transformer to a new geometry transformer
 968   // Returns the new geometry transformer
 969
 970   Double_t lModuleMisAlignment[3] = {0.,0.,0.};
 971   Double_t lDetElemMisAlignment[3] = {0.,0.,0.};
 972   Int_t iDetElemId = 0;
 973   Int_t iDetElemNumber = 0;
 974
 975   AliMUONGeometryTransformer *newGeometryTransformer =
 976     new AliMUONGeometryTransformer();
 977   for (Int_t iMt = 0; iMt < transformer->GetNofModuleTransformers(); iMt++) {
 978     // module transformers
 979     const AliMUONGeometryModuleTransformer *kModuleTransformer =
 980       transformer->GetModuleTransformer(iMt, true);
 981
 982     AliMUONGeometryModuleTransformer *newModuleTransformer =
 983       new AliMUONGeometryModuleTransformer(iMt);
 984     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
 985
 986     TGeoCombiTrans moduleTransform =
 987       TGeoCombiTrans(*kModuleTransformer->GetTransformation());
 988     // New module transformation
 989     TGeoCombiTrans newModuleTransform = ReAlign(moduleTransform,lModuleMisAlignment);
 990     newModuleTransformer->SetTransformation(newModuleTransform);
 991
 992     // Get delta transformation:
 993     // Tdelta = Tnew * Told.inverse
 994     TGeoHMatrix deltaModuleTransform =
 995       AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
 996                                        kModuleTransformer->GetTransformation()->Inverse());
 997     // Create module mis alignment matrix
 998     newGeometryTransformer
 999       ->AddMisAlignModule(kModuleTransformer->GetModuleId(), deltaModuleTransform);
1000
1001     AliMpExMap *detElements = kModuleTransformer->GetDetElementStore();
1002
1003     if (verbose)
1004       AliInfo(Form("%i DEs in old GeometryStore  %i",detElements->GetSize(), iMt));
1005
1006     TIter next(detElements->CreateIterator());
1007     AliMUONGeometryDetElement* detElement;
1008     Int_t iDe(-1);
1009     while ( ( detElement = static_cast<AliMUONGeometryDetElement*>(next()) ) )
1010     {
1011       ++iDe;
1012       /// make a new detection element
1013       AliMUONGeometryDetElement *newDetElement =
1014         new AliMUONGeometryDetElement(detElement->GetId(),
1015                                       detElement->GetVolumePath());
1016       TString lDetElemName(detElement->GetDEName());
1017       lDetElemName.ReplaceAll("DE","");
1018       iDetElemId = lDetElemName.Atoi();
1019       iDetElemNumber = iDetElemId%100;
1020       for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
1021         iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
1022       }
1023       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
1024         lDetElemMisAlignment[i] = 0.0;
1025         if (iMt<fgNTrkMod) {
1026           AliInfo(Form("iMt %i, iCh %i, iDe %i, iDeId %i, iDeNb %i, iPar %i",iMt, iDetElemId/100, iDe, iDetElemId, iDetElemNumber, iDetElemNumber*fgNParCh+i));
1027           lDetElemMisAlignment[i] =  misAlignments[iDetElemNumber*fgNParCh+i];
1028         }
1029       }
1030       // local transformation of this detection element.
1031       TGeoCombiTrans localTransform
1032         = TGeoCombiTrans(*detElement->GetLocalTransformation());
1033       TGeoCombiTrans newLocalTransform = ReAlign(localTransform,lDetElemMisAlignment);
1034       newDetElement->SetLocalTransformation(newLocalTransform);
1035
1036       // global transformation
1037       TGeoHMatrix newGlobalTransform =
1038         AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1039                                          newLocalTransform);
1040       newDetElement->SetGlobalTransformation(newGlobalTransform);
1041
1042       // add this det element to module
1043       newModuleTransformer->GetDetElementStore()->Add(newDetElement->GetId(),
1044                                                       newDetElement);
1045
1046       // In the Alice Alignment Framework misalignment objects store
1047       // global delta transformation
1048       // Get detection "intermediate" global transformation
1049       TGeoHMatrix newOldGlobalTransform = newModuleTransform * localTransform;
1050       // Get detection element global delta transformation:
1051       // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1052       TGeoHMatrix  deltaGlobalTransform
1053         = AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newGlobalTransform,
1054                                            newOldGlobalTransform.Inverse());
1055
1056       // Create mis alignment matrix
1057       newGeometryTransformer
1058         ->AddMisAlignDetElement(detElement->GetId(), deltaGlobalTransform);
1059     }
1060
1061     if (verbose)
1062       AliInfo(Form("Added module transformer %i to the transformer", iMt));
1063     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1064   }
1065   return newGeometryTransformer;
1066 }
1067
1068 //______________________________________________________________________
1069 void AliMUONAlignment::SetAlignmentResolution(const TClonesArray* misAlignArray, Int_t rChId, Double_t rChResX, Double_t rChResY, Double_t rDeResX, Double_t rDeResY){
1070   //// Set alignment resolution to misalign objects to be stored in CDB
1071   Int_t chIdMin = (rChId<0)? 0 : rChId;
1072   Int_t chIdMax = (rChId<0)? 9 : rChId;
1073   Double_t chResX = rChResX;
1074   Double_t chResY = rChResY;
1075   Double_t deResX = rDeResX;
1076   Double_t deResY = rDeResY;
1077
1078   TMatrixDSym mChCorrMatrix(6);
1079   mChCorrMatrix[0][0]=chResX*chResX;
1080   mChCorrMatrix[1][1]=chResY*chResY;
1081   //  mChCorrMatrix.Print();
1082
1083   TMatrixDSym mDECorrMatrix(6);
1084   mDECorrMatrix[0][0]=deResX*deResX;
1085   mDECorrMatrix[1][1]=deResY*deResY;
1086   //  mDECorrMatrix.Print();
1087
1088   AliAlignObjMatrix *alignMat = 0x0;
1089
1090   for(Int_t chId=chIdMin; chId<=chIdMax; chId++) {
1091     TString chName1;
1092     TString chName2;
1093     if (chId<4){
1094       chName1 = Form("GM%d",chId);
1095       chName2 = Form("GM%d",chId);
1096     } else {
1097       chName1 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2);
1098       chName2 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2+1);
1099     }
1100
1101     for (int i=0; i<misAlignArray->GetEntries(); i++) {
1102       alignMat = (AliAlignObjMatrix*)misAlignArray->At(i);
1103       TString volName(alignMat->GetSymName());
1104       if((volName.Contains(chName1)&&
1105           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName1)+chName1.Length())||
1106            (volName.Length()==volName.Index(chName1)+chName1.Length())))||
1107          (volName.Contains(chName2)&&
1108           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName2)+chName2.Length())||
1109            (volName.Length()==volName.Index(chName2)+chName2.Length())))){
1110         volName.Remove(0,volName.Last('/')+1);
1111         if (volName.Contains("GM")) {
1112           //    alignMat->Print("NULL");
1113           alignMat->SetCorrMatrix(mChCorrMatrix);
1114         } else if (volName.Contains("DE")) {
1115           //    alignMat->Print("NULL");
1116           alignMat->SetCorrMatrix(mDECorrMatrix);
1117         }
1118       }
1119     }
1120   }
1121 }