MUON/AliMUONAlignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONAlignment
  20 /// Alignment class for the ALICE DiMuon spectrometer
  21 ///
  22 /// MUON specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each cluster and fill the corresponding local equations. Provide methods
  25 /// for fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author Bruce Becker, Javier Castillo
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include "AliMUONAlignment.h"
  31 #include "AliMUONTrack.h"
  32 #include "AliMUONTrackParam.h"
  33 #include "AliMUONVCluster.h"
  34 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
  35 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  36 #include "AliMUONGeometryDetElement.h"
  37 #include "AliMUONGeometryBuilder.h"
  38 #include "AliMUONConstants.h"
  39 #include "AliMillepede.h"
  40
  41 #include "AliMpExMap.h"
  42 #include "AliMpExMapIterator.h"
  43
  44 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46
  47 #include "TMath.h"
  48 #include "TMatrixDSym.h"
  49 #include "TSystem.h"
  50
  51 /// \cond CLASSIMP
  52 ClassImp(AliMUONAlignment)
  53 /// \endcond
  54
  55   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElem = 4*2+4*2+18*2+26*2+26*2;
  56   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElemCh[10] = {4,4,4,4,18,18,26,26,26,26};
  57   Int_t AliMUONAlignment::fgSNDetElemCh[10] = {4,8,12,16,34,52,78,104,130,156};
  58   Int_t AliMUONAlignment::fgNParCh = 4;
  59   Int_t AliMUONAlignment::fgNTrkMod = 16;
  60   Int_t AliMUONAlignment::fgNCh = 10;
  61   Int_t AliMUONAlignment::fgNSt = 5;
  62
  63 AliMUONAlignment::AliMUONAlignment()
  64   : TObject(),
  65     fBFieldOn(kTRUE),
  66     fStartFac(256.),
  67     fResCutInitial(100.),
  68     fResCut(100.),
  69     fMillepede(0),
  70     fTrackParamAtCluster(0),
  71     fTrack(0),
  72     fCluster(0),
  73     fTrackParam(0),
  74     fNGlobal(fgNDetElem*fgNParCh),
  75     fNLocal(4),
  76     fNStdDev(3),
  77     fDetElemId(0),
  78     fDetElemNumber(0),
  79     fPhi(0.),
  80     fCosPhi(1.),
  81     fSinPhi(0.),
  82     fTransform(0)
  83 {
  84   /// Default constructor, setting define alignment parameters
  85   fSigma[0] = 1.0e-1;
  86   fSigma[1] = 1.0e-2;
  87
  88   fDoF[0] = kTRUE;  fDoF[1] = kTRUE;  fDoF[2] = kTRUE;  fDoF[3] = kTRUE;
  89   fAllowVar[0] = 0.05;  fAllowVar[1] = 0.05;  fAllowVar[2] = 0.001;  fAllowVar[3] = 0.5;
  90
  91   AliInfo(Form("fAllowVar[0]: %f\t fAllowVar[1]: %f\t fPhi: %f\t fgNDetElem: %i\t fNGlobal: %i\t fNLocal: %i",fAllowVar[0],fAllowVar[1],fPhi,fgNDetElem,fNGlobal,fNLocal));
  92
  93   fMillepede = new AliMillepede();
  94
  95   Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
  96
  97   ResetLocalEquation();
  98   AliInfo("Parameters initialized to zero");
  99
 100 }
 101
 102 AliMUONAlignment::~AliMUONAlignment() {
 103   /// Destructor
 104 }
 105
 106 void AliMUONAlignment::Init(Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 107                             Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 108                             Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 109 {
 110   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 111   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 112
 113 //  Bool_t bStOnOff[5] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 114 //  Bool_t bChOnOff[10] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 115 //  Bool_t bSpecLROnOff[2] = {kTRUE,kTRUE};
 116
 117 //   AllowVariations(bChOnOff);
 118
 119   // Fix parameters or add constraints here
 120 //   for (Int_t iSt=0; iSt<5; iSt++)
 121 //     if (!bStOnOff[iSt]) FixStation(iSt+1);
 122 //   for (Int_t iCh=0; iCh<10; iCh++)
 123 //     if (!bChOnOff[iCh]) FixChamber(iCh+1);
 124
 125 //   FixHalfSpectrometer(bChOnOff,bSpecLROnOff);
 126
 127   ResetConstraints();
 128
 129   // Define global constrains to be applied
 130   // X, Y, P, XvsZ, YvsZ, PvsZ, XvsY, YvsY, PvsY
 131   Bool_t bVarXYT[9] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 132   Bool_t bDetTLBR[4] = {kFALSE,kTRUE,kFALSE,kTRUE};
 133   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR,bSpecLROnOff);
 134
 135   // Other possible way to add constrains
 136   bVarXYT[0] = kFALSE; bVarXYT[1] = kFALSE; bVarXYT[2] = kTRUE;
 137   bDetTLBR[0] = kFALSE; bDetTLBR[1] = kTRUE; bDetTLBR[2] = kFALSE; bDetTLBR[3] = kFALSE;
 138 //   AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR);
 139
 140   bVarXYT[0] = kTRUE; bVarXYT[1] = kTRUE; bVarXYT[2] = kFALSE;
 141   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT);
 142
 143   // Set iterations
 144   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 145 }
 146
 147 void AliMUONAlignment::FixStation(Int_t iSt){
 148   /// Fix all detection elements of station iSt
 149   Int_t iDetElemFirst = (iSt>1) ? fgSNDetElemCh[2*(iSt-1)-1] : 0;
 150   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[2*(iSt)-1];
 151   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 152     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 153     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 154     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 155     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 156   }
 157 }
 158
 159 void AliMUONAlignment::FixChamber(Int_t iCh){
 160   /// Fix all detection elements of chamber iCh
 161   Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 162   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 163   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 164     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 165     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 166     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 167     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 168   }
 169 }
 170
 171 void AliMUONAlignment::FixDetElem(Int_t iDetElemId, TString sVarXYT){
 172   /// Fix a given detection element
 173   Int_t iDetElemNumber = iDetElemId%100;
 174   for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
 175     iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 176   }
 177   if (sVarXYT.Contains("X")) { // X constraint
 178     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+0, 0.0);
 179   }
 180   if (sVarXYT.Contains("Y")) { // Y constraint
 181     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+1, 0.0);
 182   }
 183   if (sVarXYT.Contains("T")) { // T constraint
 184     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+2, 0.0);
 185   }
 186   if (sVarXYT.Contains("Z")) { // T constraint
 187     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+3, 0.0);
 188   }
 189 }
 190
 191 void AliMUONAlignment::FixHalfSpectrometer(Bool_t *lChOnOff, Bool_t *lSpecLROnOff){
 192   /// Fix left or right detector
 193   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 194     Int_t iCh=0;
 195     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 196       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 197     }
 198     if (lChOnOff[iCh-1]){
 199       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 200       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 201         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && !lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 202           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 203           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 204           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 205           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 206         }
 207         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && !lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 208           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 209           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 210           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 211           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 212         }
 213       }
 214       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 215         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && !lSpecLROnOff[0]){
 216           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 217           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 218           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 219           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 220         }
 221         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 222              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && !lSpecLROnOff[1]){
 223           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 224           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 225           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 226           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 227         }
 228       }
 229       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 230         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && !lSpecLROnOff[0]){
 231           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 232           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 233           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 234           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 235         }
 236         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 237              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && !lSpecLROnOff[1]){
 238           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 239           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 240           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 241           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 242         }
 243       }
 244     }
 245   }
 246 }
 247
 248 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Bool_t *lChOnOff,Bool_t *lVarXYT){
 249   /// Set non linear parameter flag selected chambers and degrees of freedom
 250   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 251     Int_t iCh=0;
 252     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 253       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 254     }
 255     if (lChOnOff[iCh-1]){
 256       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 257         SetNonLinear(i*fgNParCh+0);
 258       }
 259       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 260         SetNonLinear(i*fgNParCh+1);
 261       }
 262       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 263         SetNonLinear(i*fgNParCh+2);
 264       }
 265       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 266         SetNonLinear(i*fgNParCh+3);
 267       }
 268     }
 269   }
 270 }
 271
 272 void AliMUONAlignment::AddConstraints(Bool_t *lChOnOff,Bool_t *lVarXYT){
 273   /// Add constraint equations for selected chambers and degrees of freedom
 274   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 275     Int_t iCh=0;
 276     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 277       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 278     }
 279     if (lChOnOff[iCh-1]){
 280       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 281         fConstraintX[i*fgNParCh+0]=1.0;
 282       }
 283       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 284         fConstraintY[i*fgNParCh+1]=1.0;
 285       }
 286       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 287         fConstraintP[i*fgNParCh+2]=1.0;
 288       }
 289 //       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 290 //      fConstraintP[i*fgNParCh+3]=1.0;
 291 //       }
 292     }
 293   }
 294   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 295     AddConstraint(fConstraintX,0.0);
 296   }
 297   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 298     AddConstraint(fConstraintY,0.0);
 299   }
 300   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 301     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 302   }
 303 //   if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 304 //     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 305 //   }
 306 }
 307
 308 void AliMUONAlignment::AddConstraints(Bool_t *lChOnOff,Bool_t *lVarXYT, Bool_t *lDetTLBR, Bool_t *lSpecLROnOff){
 309   /// Add constraint equations for selected chambers, degrees of freedom and detector half
 310   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 311   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 312   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 313   Double_t lDetElemGloX = 0.;
 314   Double_t lDetElemGloY = 0.;
 315   Double_t lDetElemGloZ = 0.;
 316   Double_t lMeanY = 0.;
 317   Double_t lSigmaY = 0.;
 318   Double_t lMeanZ = 0.;
 319   Double_t lSigmaZ = 0.;
 320   Int_t lNDetElem = 0;
 321   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 322     Int_t iCh=0;
 323     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 324       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 325     }
 326     if (lChOnOff[iCh-1]){
 327       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 328       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 329       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 330                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 331       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 332         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 333           lMeanY += lDetElemGloY;
 334           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 335           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 336           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 337           lNDetElem++;
 338         }
 339         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 340           lMeanY += lDetElemGloY;
 341           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 342           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 343           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 344           lNDetElem++;
 345         }
 346       }
 347       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 348         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && lSpecLROnOff[0]){
 349           lMeanY += lDetElemGloY;
 350           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 351           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 352           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 353           lNDetElem++;
 354         }
 355         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 356              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && lSpecLROnOff[1]){
 357           lMeanY += lDetElemGloY;
 358           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 359           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 360           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 361           lNDetElem++;
 362         }
 363       }
 364       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 365         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && lSpecLROnOff[0]){
 366           lMeanY += lDetElemGloY;
 367           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 368           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 369           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 370           lNDetElem++;
 371         }
 372         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 373              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && lSpecLROnOff[1]){
 374           lMeanY += lDetElemGloY;
 375           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 376           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 377           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 378           lNDetElem++;
 379         }
 380       }
 381     }
 382   }
 383   lMeanY /= lNDetElem;
 384   lSigmaY /= lNDetElem;
 385   lSigmaY = TMath::Sqrt(lSigmaY-lMeanY*lMeanY);
 386   lMeanZ /= lNDetElem;
 387   lSigmaZ /= lNDetElem;
 388   lSigmaZ = TMath::Sqrt(lSigmaZ-lMeanZ*lMeanZ);
 389   AliInfo(Form("Used %i DetElem, MeanZ= %f , SigmaZ= %f", lNDetElem,lMeanZ,lSigmaZ));
 390
 391   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 392     Int_t iCh=0;
 393     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 394       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 395     }
 396     if (lChOnOff[iCh-1]){
 397       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 398       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 399       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 400                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 401       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 402         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXT,0); // Top half
 403         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXL,0); // Left half
 404         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXB,0); // Bottom half
 405         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXR,0); // Right half
 406       }
 407       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 408         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYT,1); // Top half
 409         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYL,1); // Left half
 410         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYB,1); // Bottom half
 411         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYR,1); // Right half
 412       }
 413       if (lVarXYT[2]) { // P constraint
 414         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPT,2); // Top half
 415         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPL,2); // Left half
 416         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPB,2); // Bottom half
 417         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPR,2); // Right half
 418       }
 419       if (lVarXYT[3]) { // X-Z shearing
 420         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXZT,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 421         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXZL,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 422         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXZB,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 423         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXZR,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 424       }
 425       if (lVarXYT[4]) { // Y-Z shearing
 426         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYZT,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 427         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYZL,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 428         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYZB,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 429         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYZR,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 430       }
 431       if (lVarXYT[5]) { // P-Z rotation
 432         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPZT,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 433         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPZL,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 434         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPZB,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 435         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPZR,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 436       }
 437       if (lVarXYT[6]) { // X-Y shearing
 438         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXYT,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 439         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXYL,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 440         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXYB,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 441         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXYR,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 442       }
 443       if (lVarXYT[7]) { // Y-Y scaling
 444         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYYT,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 445         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYYL,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 446         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYYB,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 447         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYYR,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 448       }
 449       if (lVarXYT[8]) { // P-Y rotation
 450         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPYT,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 451         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPYL,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 452         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPYB,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 453         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPYR,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 454       }
 455     }
 456   }
 457   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 458     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXT,0.0); // Top half
 459     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXL,0.0); // Left half
 460     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXB,0.0); // Bottom half
 461     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXR,0.0); // Right half
 462   }
 463   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 464     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYT,0.0); // Top half
 465     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYL,0.0); // Left half
 466     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYB,0.0); // Bottom half
 467     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYR,0.0); // Right half
 468   }
 469   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 470     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPT,0.0); // Top half
 471     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPL,0.0); // Left half
 472     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPB,0.0); // Bottom half
 473     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPR,0.0); // Right half
 474   }
 475   if (lVarXYT[3]) { // X-Z constraint
 476     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXZT,0.0); // Top half
 477     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXZL,0.0); // Left half
 478     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXZB,0.0); // Bottom half
 479     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXZR,0.0); // Right half
 480   }
 481   if (lVarXYT[4]) { // Y-Z constraint
 482     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYZT,0.0); // Top half
 483     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYZL,0.0); // Left half
 484     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYZB,0.0); // Bottom half
 485     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYZR,0.0); // Right half
 486   }
 487   if (lVarXYT[5]) { // P-Z constraint
 488     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPZT,0.0); // Top half
 489     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPZL,0.0); // Left half
 490     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPZB,0.0); // Bottom half
 491     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPZR,0.0); // Right half
 492   }
 493   if (lVarXYT[6]) { // X-Y constraint
 494     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXYT,0.0); // Top half
 495     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXYL,0.0); // Left half
 496     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXYB,0.0); // Bottom half
 497     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXYR,0.0); // Right half
 498   }
 499   if (lVarXYT[7]) { // Y-Y constraint
 500     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYYT,0.0); // Top half
 501     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYYL,0.0); // Left half
 502     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYYB,0.0); // Bottom half
 503     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYYR,0.0); // Right half
 504   }
 505   if (lVarXYT[8]) { // P-Y constraint
 506     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPYT,0.0); // Top half
 507     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPYL,0.0); // Left half
 508     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPYB,0.0); // Bottom half
 509     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPYR,0.0); // Right half
 510   }
 511 }
 512
 513 void AliMUONAlignment::ConstrainT(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintT, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/){
 514   /// Set constrain equation for top half of spectrometer
 515   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 516   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 517     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==1){ // From track crossings
 518       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 519     }
 520   }
 521   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 522     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=9){
 523       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 524     }
 525   }
 526   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 527     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=13){
 528       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 529     }
 530   }
 531 }
 532
 533 void AliMUONAlignment::ConstrainL(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintL, Int_t iVar, Double_t lWeight){
 534   /// Set constrain equation for left half of spectrometer
 535   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 536   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 537     if (lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2){ // From track crossings
 538       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 539     }
 540   }
 541   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 542     if (lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13){
 543       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 544     }
 545   }
 546   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 547     if (lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19){
 548       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 549     }
 550   }
 551 }
 552
 553 void AliMUONAlignment::ConstrainB(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintB, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/){
 554   /// Set constrain equation for bottom half of spectrometer
 555   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 556   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 557     if (lDetElemNumber==2 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 558       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 559     }
 560   }
 561   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 562     if ((lDetElemNumber>=9&&lDetElemNumber<=17) ||
 563         (lDetElemNumber==0)){
 564       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 565     }
 566   }
 567   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 568     if ((lDetElemNumber>=13&&lDetElemNumber<=25) ||
 569         (lDetElemNumber==0)){
 570       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 571     }
 572   }
 573 }
 574
 575 void AliMUONAlignment::ConstrainR(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintR, Int_t iVar, Double_t lWeight){
 576   /// Set constrain equation for right half of spectrometer
 577   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 578   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 579     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 580       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 581     }
 582   }
 583   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 584     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 585         (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)){
 586       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 587     }
 588   }
 589   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 590     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 591         (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)){
 592       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 593     }
 594   }
 595 }
 596
 597 void AliMUONAlignment::ResetConstraints(){
 598   /// Reset all constraint equations
 599   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 600     fConstraintX[i*fgNParCh+0]=0.0;
 601     fConstraintX[i*fgNParCh+1]=0.0;
 602     fConstraintX[i*fgNParCh+2]=0.0;
 603     fConstraintY[i*fgNParCh+0]=0.0;
 604     fConstraintY[i*fgNParCh+1]=0.0;
 605     fConstraintY[i*fgNParCh+2]=0.0;
 606     fConstraintP[i*fgNParCh+0]=0.0;
 607     fConstraintP[i*fgNParCh+1]=0.0;
 608     fConstraintP[i*fgNParCh+2]=0.0;
 609     fConstraintXT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 610     fConstraintXT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 611     fConstraintXT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 612     fConstraintYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 613     fConstraintYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 614     fConstraintYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 615     fConstraintPT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 616     fConstraintPT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 617     fConstraintPT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 618     fConstraintXZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 619     fConstraintXZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 620     fConstraintXZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 621     fConstraintYZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 622     fConstraintYZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 623     fConstraintYZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 624     fConstraintPZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 625     fConstraintPZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 626     fConstraintPZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 627     fConstraintXYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 628     fConstraintXYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 629     fConstraintXYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 630     fConstraintYYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 631     fConstraintYYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 632     fConstraintYYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 633     fConstraintPYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 634     fConstraintPYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 635     fConstraintPYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 636     fConstraintXL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 637     fConstraintXL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 638     fConstraintXL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 639     fConstraintYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 640     fConstraintYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 641     fConstraintYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 642     fConstraintPL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 643     fConstraintPL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 644     fConstraintPL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 645     fConstraintXZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 646     fConstraintXZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 647     fConstraintXZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 648     fConstraintYZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 649     fConstraintYZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 650     fConstraintYZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 651     fConstraintPZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 652     fConstraintPZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 653     fConstraintPZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 654     fConstraintXYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 655     fConstraintXYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 656     fConstraintXYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 657     fConstraintYYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 658     fConstraintYYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 659     fConstraintYYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 660     fConstraintPYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 661     fConstraintPYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 662     fConstraintPYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 663     fConstraintXB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 664     fConstraintXB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 665     fConstraintXB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 666     fConstraintYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 667     fConstraintYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 668     fConstraintYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 669     fConstraintPB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 670     fConstraintPB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 671     fConstraintPB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 672     fConstraintXZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 673     fConstraintXZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 674     fConstraintXZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 675     fConstraintYZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 676     fConstraintYZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 677     fConstraintYZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 678     fConstraintPZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 679     fConstraintPZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 680     fConstraintPZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 681     fConstraintXYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 682     fConstraintXYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 683     fConstraintXYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 684     fConstraintYYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 685     fConstraintYYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 686     fConstraintYYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 687     fConstraintPYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 688     fConstraintPYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 689     fConstraintPYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 690     fConstraintXR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 691     fConstraintXR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 692     fConstraintXR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 693     fConstraintYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 694     fConstraintYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 695     fConstraintYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 696     fConstraintPR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 697     fConstraintPR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 698     fConstraintPR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 699     fConstraintXZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 700     fConstraintXZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 701     fConstraintXZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 702     fConstraintYZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 703     fConstraintYZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 704     fConstraintYZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 705     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 706     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 707     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 708     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 709     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 710     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 711     fConstraintXYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 712     fConstraintXYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 713     fConstraintXYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 714     fConstraintYYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 715     fConstraintYYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 716     fConstraintYYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 717     fConstraintPYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 718     fConstraintPYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 719     fConstraintPYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 720   }
 721 }
 722
 723 void AliMUONAlignment::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 724   /// Constrain equation defined by par to value
 725   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 726   AliInfo("Adding constraint");
 727 }
 728
 729 void AliMUONAlignment::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 730   /// Initialize global parameters with par array
 731   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 732   AliInfo("Init Global Parameters");
 733 }
 734
 735 void AliMUONAlignment::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 736   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 737   /// If value == 0, parameter is fixed
 738   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 739   if (value==0) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 740 }
 741
 742 void AliMUONAlignment::ResetLocalEquation()
 743 {
 744   /// Reset the derivative vectors
 745   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 746     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 747   }
 748   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 749     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 750   }
 751 }
 752
 753 void AliMUONAlignment::AllowVariations(Bool_t *bChOnOff) {
 754   /// Set allowed variation for selected chambers based on fDoF and fAllowVar
 755   for (Int_t iCh=1; iCh<=10; iCh++) {
 756     if (bChOnOff[iCh-1]) {
 757       Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 758       Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 759       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
 760         AliDebug(1,Form("fDoF[%d]= %d",i,fDoF[i]));
 761         if (fDoF[i]) {
 762           for (Int_t j=iDetElemFirst; j<iDetElemLast; j++){
 763             FixParameter(j*fgNParCh+i, fAllowVar[i]);
 764           }
 765         }
 766       }
 767     }
 768   }
 769 }
 770
 771 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Int_t iPar  /* set non linear flag */ ) {
 772   /// Set nonlinear flag for parameter iPar
 773   fMillepede->SetNonLinear(iPar);
 774   AliInfo(Form("Parameter %i set to non linear", iPar));
 775 }
 776
 777 void AliMUONAlignment::LocalEquationX() {
 778   /// Define local equation for current track and cluster in x coor. measurement
 779   // set local derivatives
 780   SetLocalDerivative(0, fCosPhi);
 781   SetLocalDerivative(1, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 782   SetLocalDerivative(2, fSinPhi);
 783   SetLocalDerivative(3, fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 784
 785   // set global derivatives
 786   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0, -fCosPhi);
 787   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fSinPhi);
 788   if (fBFieldOn){
 789     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 790                         -fSinPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 791                         +fCosPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 792   }
 793   else {
 794     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 795                         -fSinPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 796                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 797                         +fCosPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 798                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 799   }
 800   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+3,
 801                       fCosPhi*fTrackSlope0[0]+fSinPhi*fTrackSlope0[1]);
 802
 803   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[0], fSigma[0]);
 804 }
 805
 806 void AliMUONAlignment::LocalEquationY() {
 807   /// Define local equation for current track and cluster in y coor. measurement
 808   // set local derivatives
 809   SetLocalDerivative(0,-fSinPhi);
 810   SetLocalDerivative(1,-fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 811   SetLocalDerivative(2, fCosPhi);
 812   SetLocalDerivative(3, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 813
 814   // set global derivatives
 815   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0,  fSinPhi);
 816   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fCosPhi);
 817   if (fBFieldOn){
 818   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 819                       -fCosPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 820                       -fSinPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 821   }
 822   else {
 823     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 824                         -fCosPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 825                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 826                         -fSinPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 827                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 828   }
 829   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+3,
 830                       -fSinPhi*fTrackSlope0[0]+fCosPhi*fTrackSlope0[1]);
 831
 832   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[1], fSigma[1]);
 833 }
 834
 835 void AliMUONAlignment::FillRecPointData() {
 836   /// Get information of current cluster
 837   fClustPos[0] = fCluster->GetX();
 838   fClustPos[1] = fCluster->GetY();
 839   fClustPos[2] = fCluster->GetZ();
 840   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fClustPos[0],fClustPos[1],fClustPos[2],
 841                             fClustPosLoc[0],fClustPosLoc[1],fClustPosLoc[2]);
 842 }
 843
 844 void AliMUONAlignment::FillTrackParamData() {
 845   /// Get information of current track at current cluster
 846   fTrackPos[0] = fTrackParam->GetNonBendingCoor();
 847   fTrackPos[1] = fTrackParam->GetBendingCoor();
 848   fTrackPos[2] = fTrackParam->GetZ();
 849   fTrackSlope[0] = fTrackParam->GetNonBendingSlope();
 850   fTrackSlope[1] = fTrackParam->GetBendingSlope();
 851   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fTrackPos[0],fTrackPos[1],fTrackPos[2],
 852                             fTrackPosLoc[0],fTrackPosLoc[1],fTrackPosLoc[2]);
 853 }
 854
 855 void AliMUONAlignment::FillDetElemData() {
 856   /// Get information of current detection element
 857   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 858   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 859   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 860   fDetElemId = fCluster->GetDetElemId();
 861   fDetElemNumber = fDetElemId%100;
 862   for (int iCh=0; iCh<fDetElemId/100-1; iCh++){
 863     fDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 864   }
 865   fTransform->Local2Global(fDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 866                            fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2]);
 867 }
 868
 869 void AliMUONAlignment::ProcessTrack(AliMUONTrack * track) {
 870   /// Process track; Loop over clusters and set local equations
 871   fTrack = track;
 872   // get tclones arrays.
 873   fTrackParamAtCluster = fTrack->GetTrackParamAtCluster();
 874
 875   // get size of arrays
 876   Int_t nTrackParam = fTrackParamAtCluster->GetEntries();
 877   AliDebug(1,Form("Number of track param entries : %i ", nTrackParam));
 878
 879   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 880     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 881     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 882     if (!fCluster || !fTrackParam) continue;
 883     // fill local variables for this position --> one measurement
 884     FillDetElemData();
 885     FillRecPointData();
 886     FillTrackParamData();
 887 //     if (fDetElemId<500) continue;
 888     fTrackPos0[0]      = fTrackPos[0];
 889     fTrackPos0[1]      = fTrackPos[1];
 890     fTrackPos0[2]      = fTrackPos[2];
 891     fTrackSlope0[0] = fTrackSlope[0];
 892     fTrackSlope0[1] = fTrackSlope[1];
 893     break;
 894   }
 895
 896   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 897     // and get new pointers
 898     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 899     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 900     if (!fCluster || !fTrackParam) continue;
 901     // fill local variables for this position --> one measurement
 902     FillDetElemData();
 903     FillRecPointData();
 904     FillTrackParamData();
 905 //     if (fDetElemId<500) continue;
 906     AliDebug(1,Form("cluster: %i", iCluster));
 907     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t DetElemID: %i\t ", fClustPos[0], fClustPos[1], fClustPos[2], fDetElemId));
 908     AliDebug(1,Form("fDetElemPos[0]: %f\t fDetElemPos[1]: %f\t fDetElemPos[2]: %f\t DetElemID: %i\t ", fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2], fDetElemId));
 909
 910     AliDebug(1,Form("Track Parameter: %i", iCluster));
 911     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t slopex: %f\t slopey: %f", fTrackPos[0], fTrackPos[1], fTrackPos[2], fTrackSlope[0], fTrackSlope[1]));
 912     AliDebug(1,Form("x0: %f\t y0: %f\t z0: %f\t slopex0: %f\t slopey0: %f", fTrackPos0[0], fTrackPos0[1], fTrackPos0[2], fTrackSlope0[0], fTrackSlope0[1]));
 913
 914     fCosPhi = TMath::Cos(fPhi);
 915     fSinPhi = TMath::Sin(fPhi);
 916     if (fBFieldOn){
 917       fMeas[0] = fTrackPos[0] - fClustPos[0];
 918       fMeas[1] = fTrackPos[1] - fClustPos[1];
 919     }
 920     else {
 921       fMeas[0] = - fClustPos[0];
 922       fMeas[1] = - fClustPos[1];
 923     }
 924     AliDebug(1,Form("fMeas[0]: %f\t fMeas[1]: %f\t fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f", fMeas[0], fMeas[1], fSigma[0], fSigma[1]));
 925     // Set local equations
 926     LocalEquationX();
 927     LocalEquationY();
 928   }
 929 }
 930
 931 void AliMUONAlignment::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit) {
 932   /// Call local fit for this tracks
 933   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
 934   if (iRes && !lSingleFit) {
 935     fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1);
 936   }
 937 }
 938
 939 void AliMUONAlignment::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls) {
 940   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
 941   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
 942
 943   AliInfo("Done fitting global parameters!");
 944   for (int iGlob=0; iGlob<fgNDetElem; iGlob++){
 945     printf("%d\t %f\t %f\t %f \n",iGlob,parameters[iGlob*fgNParCh+0],parameters[iGlob*fgNParCh+1],parameters[iGlob*fgNParCh+2]);
 946   }
 947 }
 948
 949 Double_t AliMUONAlignment::GetParError(Int_t iPar) {
 950   /// Get error of parameter iPar
 951   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
 952   return lErr;
 953 }
 954
 955 void AliMUONAlignment::PrintGlobalParameters() {
 956   /// Print global parameters
 957   fMillepede->PrintGlobalParameters();
 958 }
 959
 960 //_________________________________________________________________________
 961 TGeoCombiTrans AliMUONAlignment::ReAlign(const TGeoCombiTrans & transform, double *lMisAlignment) const
 962 {
 963   /// Realign given transformation by given misalignment and return the misaligned transformation
 964
 965   Double_t cartMisAlig[3] = {0,0,0};
 966   Double_t angMisAlig[3] = {0,0,0};
 967 //   const Double_t *trans = transform.GetTranslation();
 968 //   TGeoRotation *rot;
 969 //   // check if the rotation we obtain is not NULL
 970 //   if (transform.GetRotation()) {
 971 //     rot = transform.GetRotation();
 972 //   }
 973 //   else {
 974 //     rot = new TGeoRotation("rot");
 975 //   }                  // default constructor.
 976
 977   cartMisAlig[0] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0])*lMisAlignment[0];
 978   cartMisAlig[1] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[1];
 979   cartMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[8])*lMisAlignment[3];
 980   angMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0]*transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[2]*180./TMath::Pi();
 981
 982   TGeoTranslation deltaTrans(cartMisAlig[0], cartMisAlig[1], cartMisAlig[2]);
 983   TGeoRotation deltaRot;
 984   deltaRot.RotateX(angMisAlig[0]);
 985   deltaRot.RotateY(angMisAlig[1]);
 986   deltaRot.RotateZ(angMisAlig[2]);
 987
 988   TGeoCombiTrans deltaTransf(deltaTrans,deltaRot);
 989   TGeoHMatrix newTransfMat = transform * deltaTransf;
 990
 991   return TGeoCombiTrans(newTransfMat);
 992 }
 993
 994 //______________________________________________________________________
 995 AliMUONGeometryTransformer *
 996 AliMUONAlignment::ReAlign(const AliMUONGeometryTransformer * transformer,
 997                             double *misAlignments, Bool_t verbose)
 998
 999 {
1000   /// Returns a new AliMUONGeometryTransformer with the found misalignments
1001   /// applied.
1002
1003   // Takes the internal geometry module transformers, copies them
1004   // and gets the Detection Elements from them.
1005   // Takes misalignment parameters and applies these
1006   // to the local transform of the Detection Element
1007   // Obtains the global transform by multiplying the module transformer
1008   // transformation with the local transformation
1009   // Applies the global transform to a new detection element
1010   // Adds the new detection element to a new module transformer
1011   // Adds the new module transformer to a new geometry transformer
1012   // Returns the new geometry transformer
1013
1014   Double_t lModuleMisAlignment[3] = {0.,0.,0.};
1015   Double_t lDetElemMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1016   Int_t iDetElemId = 0;
1017   Int_t iDetElemNumber = 0;
1018
1019   AliMUONGeometryTransformer *newGeometryTransformer =
1020     new AliMUONGeometryTransformer();
1021   for (Int_t iMt = 0; iMt < transformer->GetNofModuleTransformers(); iMt++) {
1022     // module transformers
1023     const AliMUONGeometryModuleTransformer *kModuleTransformer =
1024       transformer->GetModuleTransformer(iMt, true);
1025
1026     AliMUONGeometryModuleTransformer *newModuleTransformer =
1027       new AliMUONGeometryModuleTransformer(iMt);
1028     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1029
1030     TGeoCombiTrans moduleTransform =
1031       TGeoCombiTrans(*kModuleTransformer->GetTransformation());
1032     // New module transformation
1033     TGeoCombiTrans newModuleTransform = ReAlign(moduleTransform,lModuleMisAlignment);
1034     newModuleTransformer->SetTransformation(newModuleTransform);
1035
1036     // Get delta transformation:
1037     // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1038     TGeoHMatrix deltaModuleTransform =
1039       AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1040                                        kModuleTransformer->GetTransformation()->Inverse());
1041     // Create module mis alignment matrix
1042     newGeometryTransformer
1043       ->AddMisAlignModule(kModuleTransformer->GetModuleId(), deltaModuleTransform);
1044
1045     AliMpExMap *detElements = kModuleTransformer->GetDetElementStore();
1046
1047     if (verbose)
1048       AliInfo(Form("%i DEs in old GeometryStore  %i",detElements->GetSize(), iMt));
1049
1050     TIter next(detElements->CreateIterator());
1051     AliMUONGeometryDetElement* detElement;
1052     Int_t iDe(-1);
1053     while ( ( detElement = static_cast<AliMUONGeometryDetElement*>(next()) ) )
1054     {
1055       ++iDe;
1056       // make a new detection element
1057       AliMUONGeometryDetElement *newDetElement =
1058         new AliMUONGeometryDetElement(detElement->GetId(),
1059                                       detElement->GetVolumePath());
1060       TString lDetElemName(detElement->GetDEName());
1061       lDetElemName.ReplaceAll("DE","");
1062       iDetElemId = lDetElemName.Atoi();
1063       iDetElemNumber = iDetElemId%100;
1064       for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
1065         iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
1066       }
1067       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
1068         lDetElemMisAlignment[i] = 0.0;
1069         if (iMt<fgNTrkMod) {
1070           AliInfo(Form("iMt %i, iCh %i, iDe %i, iDeId %i, iDeNb %i, iPar %i",iMt, iDetElemId/100, iDe, iDetElemId, iDetElemNumber, iDetElemNumber*fgNParCh+i));
1071           lDetElemMisAlignment[i] =  misAlignments[iDetElemNumber*fgNParCh+i];
1072         }
1073       }
1074       // local transformation of this detection element.
1075       TGeoCombiTrans localTransform
1076         = TGeoCombiTrans(*detElement->GetLocalTransformation());
1077       TGeoCombiTrans newLocalTransform = ReAlign(localTransform,lDetElemMisAlignment);
1078       newDetElement->SetLocalTransformation(newLocalTransform);
1079
1080       // global transformation
1081       TGeoHMatrix newGlobalTransform =
1082         AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1083                                          newLocalTransform);
1084       newDetElement->SetGlobalTransformation(newGlobalTransform);
1085
1086       // add this det element to module
1087       newModuleTransformer->GetDetElementStore()->Add(newDetElement->GetId(),
1088                                                       newDetElement);
1089
1090       // In the Alice Alignment Framework misalignment objects store
1091       // global delta transformation
1092       // Get detection "intermediate" global transformation
1093       TGeoHMatrix newOldGlobalTransform = newModuleTransform * localTransform;
1094       // Get detection element global delta transformation:
1095       // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1096       TGeoHMatrix  deltaGlobalTransform
1097         = AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newGlobalTransform,
1098                                            newOldGlobalTransform.Inverse());
1099
1100       // Create mis alignment matrix
1101       newGeometryTransformer
1102         ->AddMisAlignDetElement(detElement->GetId(), deltaGlobalTransform);
1103     }
1104
1105     if (verbose)
1106       AliInfo(Form("Added module transformer %i to the transformer", iMt));
1107     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1108   }
1109   return newGeometryTransformer;
1110 }
1111
1112 //______________________________________________________________________
1113 void AliMUONAlignment::SetAlignmentResolution(const TClonesArray* misAlignArray, Int_t rChId, Double_t rChResX, Double_t rChResY, Double_t rDeResX, Double_t rDeResY){
1114   /// Set alignment resolution to misalign objects to be stored in CDB
1115   Int_t chIdMin = (rChId<0)? 0 : rChId;
1116   Int_t chIdMax = (rChId<0)? 9 : rChId;
1117   Double_t chResX = rChResX;
1118   Double_t chResY = rChResY;
1119   Double_t deResX = rDeResX;
1120   Double_t deResY = rDeResY;
1121
1122   TMatrixDSym mChCorrMatrix(6);
1123   mChCorrMatrix[0][0]=chResX*chResX;
1124   mChCorrMatrix[1][1]=chResY*chResY;
1125   //  mChCorrMatrix.Print();
1126
1127   TMatrixDSym mDECorrMatrix(6);
1128   mDECorrMatrix[0][0]=deResX*deResX;
1129   mDECorrMatrix[1][1]=deResY*deResY;
1130   //  mDECorrMatrix.Print();
1131
1132   AliAlignObjMatrix *alignMat = 0x0;
1133
1134   for(Int_t chId=chIdMin; chId<=chIdMax; chId++) {
1135     TString chName1;
1136     TString chName2;
1137     if (chId<4){
1138       chName1 = Form("GM%d",chId);
1139       chName2 = Form("GM%d",chId);
1140     } else {
1141       chName1 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2);
1142       chName2 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2+1);
1143     }
1144
1145     for (int i=0; i<misAlignArray->GetEntries(); i++) {
1146       alignMat = (AliAlignObjMatrix*)misAlignArray->At(i);
1147       TString volName(alignMat->GetSymName());
1148       if((volName.Contains(chName1)&&
1149           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName1)+chName1.Length())||
1150            (volName.Length()==volName.Index(chName1)+chName1.Length())))||
1151          (volName.Contains(chName2)&&
1152           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName2)+chName2.Length())||
1153            (volName.Length()==volName.Index(chName2)+chName2.Length())))){
1154         volName.Remove(0,volName.Last('/')+1);
1155         if (volName.Contains("GM")) {
1156           //    alignMat->Print("NULL");
1157           alignMat->SetCorrMatrix(mChCorrMatrix);
1158         } else if (volName.Contains("DE")) {
1159           //    alignMat->Print("NULL");
1160           alignMat->SetCorrMatrix(mDECorrMatrix);
1161         }
1162       }
1163     }
1164   }
1165 }