MUON/AliMUONAlignment.cxx

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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONAlignment
  20 /// Alignment class for the ALICE DiMuon spectrometer
  21 ///
  22 /// MUON specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each cluster and fill the corresponding local equations. Provide methods
  25 /// for fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author Bruce Becker, Javier Castillo
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include "AliMUONAlignment.h"
  31 #include "AliMUONTrack.h"
  32 #include "AliMUONTrackParam.h"
  33 #include "AliMUONVCluster.h"
  34 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
  35 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  36 #include "AliMUONGeometryDetElement.h"
  37 #include "AliMUONGeometryBuilder.h"
  38 #include "AliMillepede.h"
  39
  40 #include "AliMpExMap.h"
  41 #include "AliMpExMapIterator.h"
  42
  43 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  44 #include "AliLog.h"
  45
  46 #include "TMath.h"
  47 #include "TMatrixDSym.h"
  48
  49 /// \cond CLASSIMP
  50 ClassImp(AliMUONAlignment)
  51 /// \endcond
  52
  53   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElem = 4*2+4*2+18*2+26*2+26*2;
  54   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElemCh[10] = {4,4,4,4,18,18,26,26,26,26};
  55   Int_t AliMUONAlignment::fgSNDetElemCh[10] = {4,8,12,16,34,52,78,104,130,156};
  56   Int_t AliMUONAlignment::fgNParCh = 4;
  57   Int_t AliMUONAlignment::fgNTrkMod = 16;
  58   Int_t AliMUONAlignment::fgNCh = 10;
  59   Int_t AliMUONAlignment::fgNSt = 5;
  60
  61 AliMUONAlignment::AliMUONAlignment()
  62   : TObject(),
  63     fBFieldOn(kTRUE),
  64     fStartFac(256.),
  65     fResCutInitial(100.),
  66     fResCut(100.),
  67     fMillepede(0),
  68     fTrackParamAtCluster(0),
  69     fTrack(0),
  70     fCluster(0),
  71     fTrackParam(0),
  72     fNGlobal(fgNDetElem*fgNParCh),
  73     fNLocal(4),
  74     fNStdDev(3),
  75     fDetElemId(0),
  76     fDetElemNumber(0),
  77     fPhi(0.),
  78     fCosPhi(1.),
  79     fSinPhi(0.),
  80     fTransform(0)
  81 {
  82   /// Default constructor, setting define alignment parameters
  83   fSigma[0] = 1.0e-1;
  84   fSigma[1] = 1.0e-2;
  85
  86   AliInfo(Form("fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f",fSigma[0],fSigma[1]));
  87
  88   fDoF[0] = kTRUE;  fDoF[1] = kTRUE;  fDoF[2] = kTRUE;  fDoF[3] = kTRUE;
  89   fAllowVar[0] = 0.05;  fAllowVar[1] = 0.05;  fAllowVar[2] = 0.001;  fAllowVar[3] = 0.5;
  90
  91   AliInfo(Form("fAllowVar[0]: %f\t fAllowVar[1]: %f\t fPhi: %f\t fgNDetElem: %i\t fNGlobal: %i\t fNLocal: %i",fAllowVar[0],fAllowVar[1],fPhi,fgNDetElem,fNGlobal,fNLocal));
  92
  93   fMillepede = new AliMillepede();
  94
  95   Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
  96
  97   ResetLocalEquation();
  98   AliInfo("Parameters initialized to zero");
  99
 100 }
 101
 102 AliMUONAlignment::~AliMUONAlignment() {
 103   /// Destructor
 104 }
 105
 106 void AliMUONAlignment::Init(Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 107                             Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 108                             Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 109 {
 110   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 111   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 112
 113 //  Bool_t bStOnOff[5] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 114 //  Bool_t bChOnOff[10] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 115 //  Bool_t bSpecLROnOff[2] = {kTRUE,kTRUE};
 116
 117 //   AllowVariations(bChOnOff);
 118
 119   // Fix parameters or add constraints here
 120 //   for (Int_t iSt=0; iSt<5; iSt++)
 121 //     if (!bStOnOff[iSt]) FixStation(iSt+1);
 122 //   for (Int_t iCh=0; iCh<10; iCh++)
 123 //     if (!bChOnOff[iCh]) FixChamber(iCh+1);
 124
 125 //   FixHalfSpectrometer(bChOnOff,bSpecLROnOff);
 126
 127   ResetConstraints();
 128
 129   // Define global constrains to be applied
 130   // X, Y, P, XvsZ, YvsZ, PvsZ, XvsY, YvsY, PvsY
 131   Bool_t bVarXYT[9] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 132   Bool_t bDetTLBR[4] = {kFALSE,kTRUE,kFALSE,kTRUE};
 133   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR,bSpecLROnOff);
 134
 135   // Other possible way to add constrains
 136   bVarXYT[0] = kFALSE; bVarXYT[1] = kFALSE; bVarXYT[2] = kTRUE;
 137   bDetTLBR[0] = kFALSE; bDetTLBR[1] = kTRUE; bDetTLBR[2] = kFALSE; bDetTLBR[3] = kFALSE;
 138 //   AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR);
 139
 140   bVarXYT[0] = kTRUE; bVarXYT[1] = kTRUE; bVarXYT[2] = kFALSE;
 141   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT);
 142
 143   // Set iterations
 144   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 145 }
 146
 147 void AliMUONAlignment::FixStation(Int_t iSt){
 148   /// Fix all detection elements of station iSt
 149   Int_t iDetElemFirst = (iSt>1) ? fgSNDetElemCh[2*(iSt-1)-1] : 0;
 150   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[2*(iSt)-1];
 151   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 152     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 153     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 154     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 155     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 156   }
 157 }
 158
 159 void AliMUONAlignment::FixChamber(Int_t iCh){
 160   /// Fix all detection elements of chamber iCh
 161   Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 162   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 163   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 164     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 165     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 166     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 167     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 168   }
 169 }
 170
 171 void AliMUONAlignment::FixDetElem(Int_t iDetElemId, TString sVarXYT){
 172   /// Fix a given detection element
 173   Int_t iDetElemNumber = iDetElemId%100;
 174   for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
 175     iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 176   }
 177   if (sVarXYT.Contains("X")) { // X constraint
 178     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+0, 0.0);
 179   }
 180   if (sVarXYT.Contains("Y")) { // Y constraint
 181     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+1, 0.0);
 182   }
 183   if (sVarXYT.Contains("T")) { // T constraint
 184     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+2, 0.0);
 185   }
 186   if (sVarXYT.Contains("Z")) { // T constraint
 187     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+3, 0.0);
 188   }
 189 }
 190
 191 void AliMUONAlignment::FixHalfSpectrometer(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lSpecLROnOff){
 192   /// Fix left or right detector
 193   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 194     Int_t iCh=0;
 195     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 196       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 197     }
 198     if (lChOnOff[iCh-1]){
 199       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 200       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 201         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && !lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 202           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 203           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 204           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 205           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 206         }
 207         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && !lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 208           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 209           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 210           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 211           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 212         }
 213       }
 214       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 215         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && !lSpecLROnOff[0]){
 216           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 217           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 218           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 219           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 220         }
 221         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 222              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && !lSpecLROnOff[1]){
 223           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 224           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 225           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 226           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 227         }
 228       }
 229       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 230         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && !lSpecLROnOff[0]){
 231           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 232           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 233           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 234           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 235         }
 236         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 237              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && !lSpecLROnOff[1]){
 238           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 239           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 240           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 241           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 242         }
 243       }
 244     }
 245   }
 246 }
 247
 248 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT){
 249   /// Set non linear parameter flag selected chambers and degrees of freedom
 250   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 251     Int_t iCh=0;
 252     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 253       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 254     }
 255     if (lChOnOff[iCh-1]){
 256       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 257         SetNonLinear(i*fgNParCh+0);
 258       }
 259       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 260         SetNonLinear(i*fgNParCh+1);
 261       }
 262       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 263         SetNonLinear(i*fgNParCh+2);
 264       }
 265       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 266         SetNonLinear(i*fgNParCh+3);
 267       }
 268     }
 269   }
 270 }
 271
 272 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT){
 273   /// Add constraint equations for selected chambers and degrees of freedom
 274   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 275     Int_t iCh=0;
 276     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 277       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 278     }
 279     if (lChOnOff[iCh-1]){
 280       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 281         fConstraintX[i*fgNParCh+0]=1.0;
 282       }
 283       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 284         fConstraintY[i*fgNParCh+1]=1.0;
 285       }
 286       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 287         fConstraintP[i*fgNParCh+2]=1.0;
 288       }
 289 //       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 290 //      fConstraintP[i*fgNParCh+3]=1.0;
 291 //       }
 292     }
 293   }
 294   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 295     AddConstraint(fConstraintX,0.0);
 296   }
 297   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 298     AddConstraint(fConstraintY,0.0);
 299   }
 300   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 301     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 302   }
 303 //   if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 304 //     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 305 //   }
 306 }
 307
 308 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT, const Bool_t *lDetTLBR, const Bool_t *lSpecLROnOff){
 309   /// Add constraint equations for selected chambers, degrees of freedom and detector half
 310   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 311   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 312   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 313   Double_t lDetElemGloX = 0.;
 314   Double_t lDetElemGloY = 0.;
 315   Double_t lDetElemGloZ = 0.;
 316   Double_t lMeanY = 0.;
 317   Double_t lSigmaY = 0.;
 318   Double_t lMeanZ = 0.;
 319   Double_t lSigmaZ = 0.;
 320   Int_t lNDetElem = 0;
 321   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 322     Int_t iCh=0;
 323     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 324       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 325     }
 326     if (lChOnOff[iCh-1]){
 327       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 328       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 329       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 330                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 331       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 332         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 333           lMeanY += lDetElemGloY;
 334           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 335           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 336           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 337           lNDetElem++;
 338         }
 339         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 340           lMeanY += lDetElemGloY;
 341           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 342           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 343           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 344           lNDetElem++;
 345         }
 346       }
 347       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 348         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && lSpecLROnOff[0]){
 349           lMeanY += lDetElemGloY;
 350           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 351           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 352           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 353           lNDetElem++;
 354         }
 355         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 356              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && lSpecLROnOff[1]){
 357           lMeanY += lDetElemGloY;
 358           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 359           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 360           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 361           lNDetElem++;
 362         }
 363       }
 364       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 365         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && lSpecLROnOff[0]){
 366           lMeanY += lDetElemGloY;
 367           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 368           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 369           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 370           lNDetElem++;
 371         }
 372         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 373              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && lSpecLROnOff[1]){
 374           lMeanY += lDetElemGloY;
 375           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 376           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 377           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 378           lNDetElem++;
 379         }
 380       }
 381     }
 382   }
 383   lMeanY /= lNDetElem;
 384   lSigmaY /= lNDetElem;
 385   lSigmaY = TMath::Sqrt(lSigmaY-lMeanY*lMeanY);
 386   lMeanZ /= lNDetElem;
 387   lSigmaZ /= lNDetElem;
 388   lSigmaZ = TMath::Sqrt(lSigmaZ-lMeanZ*lMeanZ);
 389   AliInfo(Form("Used %i DetElem, MeanZ= %f , SigmaZ= %f", lNDetElem,lMeanZ,lSigmaZ));
 390
 391   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 392     Int_t iCh=0;
 393     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 394       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 395     }
 396     if (lChOnOff[iCh-1]){
 397       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 398       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 399       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 400                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 401       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 402         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXT,0); // Top half
 403         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXL,0); // Left half
 404         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXB,0); // Bottom half
 405         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXR,0); // Right half
 406       }
 407       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 408         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYT,1); // Top half
 409         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYL,1); // Left half
 410         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYB,1); // Bottom half
 411         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYR,1); // Right half
 412       }
 413       if (lVarXYT[2]) { // P constraint
 414         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPT,2); // Top half
 415         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPL,2); // Left half
 416         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPB,2); // Bottom half
 417         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPR,2); // Right half
 418       }
 419       if (lVarXYT[3]) { // X-Z shearing
 420         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXZT,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 421         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXZL,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 422         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXZB,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 423         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXZR,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 424       }
 425       if (lVarXYT[4]) { // Y-Z shearing
 426         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYZT,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 427         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYZL,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 428         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYZB,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 429         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYZR,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 430       }
 431       if (lVarXYT[5]) { // P-Z rotation
 432         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPZT,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 433         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPZL,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 434         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPZB,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 435         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPZR,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 436       }
 437       if (lVarXYT[6]) { // X-Y shearing
 438         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXYT,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 439         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXYL,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 440         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXYB,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 441         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXYR,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 442       }
 443       if (lVarXYT[7]) { // Y-Y scaling
 444         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYYT,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 445         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYYL,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 446         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYYB,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 447         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYYR,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 448       }
 449       if (lVarXYT[8]) { // P-Y rotation
 450         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPYT,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 451         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPYL,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 452         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPYB,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 453         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPYR,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 454       }
 455     }
 456   }
 457   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 458     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXT,0.0); // Top half
 459     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXL,0.0); // Left half
 460     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXB,0.0); // Bottom half
 461     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXR,0.0); // Right half
 462   }
 463   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 464     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYT,0.0); // Top half
 465     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYL,0.0); // Left half
 466     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYB,0.0); // Bottom half
 467     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYR,0.0); // Right half
 468   }
 469   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 470     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPT,0.0); // Top half
 471     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPL,0.0); // Left half
 472     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPB,0.0); // Bottom half
 473     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPR,0.0); // Right half
 474   }
 475   if (lVarXYT[3]) { // X-Z constraint
 476     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXZT,0.0); // Top half
 477     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXZL,0.0); // Left half
 478     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXZB,0.0); // Bottom half
 479     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXZR,0.0); // Right half
 480   }
 481   if (lVarXYT[4]) { // Y-Z constraint
 482     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYZT,0.0); // Top half
 483     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYZL,0.0); // Left half
 484     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYZB,0.0); // Bottom half
 485     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYZR,0.0); // Right half
 486   }
 487   if (lVarXYT[5]) { // P-Z constraint
 488     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPZT,0.0); // Top half
 489     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPZL,0.0); // Left half
 490     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPZB,0.0); // Bottom half
 491     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPZR,0.0); // Right half
 492   }
 493   if (lVarXYT[6]) { // X-Y constraint
 494     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXYT,0.0); // Top half
 495     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXYL,0.0); // Left half
 496     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXYB,0.0); // Bottom half
 497     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXYR,0.0); // Right half
 498   }
 499   if (lVarXYT[7]) { // Y-Y constraint
 500     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYYT,0.0); // Top half
 501     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYYL,0.0); // Left half
 502     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYYB,0.0); // Bottom half
 503     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYYR,0.0); // Right half
 504   }
 505   if (lVarXYT[8]) { // P-Y constraint
 506     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPYT,0.0); // Top half
 507     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPYL,0.0); // Left half
 508     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPYB,0.0); // Bottom half
 509     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPYR,0.0); // Right half
 510   }
 511 }
 512
 513 void AliMUONAlignment::ConstrainT(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintT, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 514   /// Set constrain equation for top half of spectrometer
 515   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 516   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 517     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==1){ // From track crossings
 518       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 519     }
 520   }
 521   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 522     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=9){
 523       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 524     }
 525   }
 526   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 527     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=13){
 528       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 529     }
 530   }
 531 }
 532
 533 void AliMUONAlignment::ConstrainL(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintL, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 534   /// Set constrain equation for left half of spectrometer
 535   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 536   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 537     if (lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2){ // From track crossings
 538       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 539     }
 540   }
 541   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 542     if (lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13){
 543       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 544     }
 545   }
 546   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 547     if (lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19){
 548       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 549     }
 550   }
 551 }
 552
 553 void AliMUONAlignment::ConstrainB(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintB, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 554   /// Set constrain equation for bottom half of spectrometer
 555   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 556   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 557     if (lDetElemNumber==2 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 558       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 559     }
 560   }
 561   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 562     if ((lDetElemNumber>=9&&lDetElemNumber<=17) ||
 563         (lDetElemNumber==0)){
 564       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 565     }
 566   }
 567   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 568     if ((lDetElemNumber>=13&&lDetElemNumber<=25) ||
 569         (lDetElemNumber==0)){
 570       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 571     }
 572   }
 573 }
 574
 575 void AliMUONAlignment::ConstrainR(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintR, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 576   /// Set constrain equation for right half of spectrometer
 577   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 578   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 579     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 580       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 581     }
 582   }
 583   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 584     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 585         (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)){
 586       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 587     }
 588   }
 589   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 590     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 591         (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)){
 592       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 593     }
 594   }
 595 }
 596
 597 void AliMUONAlignment::ResetConstraints(){
 598   /// Reset all constraint equations
 599   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 600     fConstraintX[i*fgNParCh+0]=0.0;
 601     fConstraintX[i*fgNParCh+1]=0.0;
 602     fConstraintX[i*fgNParCh+2]=0.0;
 603     fConstraintY[i*fgNParCh+0]=0.0;
 604     fConstraintY[i*fgNParCh+1]=0.0;
 605     fConstraintY[i*fgNParCh+2]=0.0;
 606     fConstraintP[i*fgNParCh+0]=0.0;
 607     fConstraintP[i*fgNParCh+1]=0.0;
 608     fConstraintP[i*fgNParCh+2]=0.0;
 609     fConstraintXT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 610     fConstraintXT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 611     fConstraintXT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 612     fConstraintYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 613     fConstraintYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 614     fConstraintYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 615     fConstraintPT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 616     fConstraintPT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 617     fConstraintPT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 618     fConstraintXZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 619     fConstraintXZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 620     fConstraintXZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 621     fConstraintYZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 622     fConstraintYZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 623     fConstraintYZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 624     fConstraintPZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 625     fConstraintPZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 626     fConstraintPZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 627     fConstraintXYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 628     fConstraintXYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 629     fConstraintXYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 630     fConstraintYYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 631     fConstraintYYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 632     fConstraintYYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 633     fConstraintPYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 634     fConstraintPYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 635     fConstraintPYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 636     fConstraintXL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 637     fConstraintXL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 638     fConstraintXL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 639     fConstraintYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 640     fConstraintYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 641     fConstraintYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 642     fConstraintPL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 643     fConstraintPL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 644     fConstraintPL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 645     fConstraintXZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 646     fConstraintXZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 647     fConstraintXZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 648     fConstraintYZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 649     fConstraintYZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 650     fConstraintYZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 651     fConstraintPZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 652     fConstraintPZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 653     fConstraintPZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 654     fConstraintXYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 655     fConstraintXYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 656     fConstraintXYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 657     fConstraintYYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 658     fConstraintYYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 659     fConstraintYYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 660     fConstraintPYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 661     fConstraintPYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 662     fConstraintPYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 663     fConstraintXB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 664     fConstraintXB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 665     fConstraintXB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 666     fConstraintYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 667     fConstraintYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 668     fConstraintYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 669     fConstraintPB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 670     fConstraintPB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 671     fConstraintPB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 672     fConstraintXZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 673     fConstraintXZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 674     fConstraintXZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 675     fConstraintYZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 676     fConstraintYZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 677     fConstraintYZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 678     fConstraintPZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 679     fConstraintPZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 680     fConstraintPZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 681     fConstraintXYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 682     fConstraintXYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 683     fConstraintXYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 684     fConstraintYYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 685     fConstraintYYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 686     fConstraintYYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 687     fConstraintPYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 688     fConstraintPYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 689     fConstraintPYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 690     fConstraintXR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 691     fConstraintXR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 692     fConstraintXR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 693     fConstraintYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 694     fConstraintYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 695     fConstraintYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 696     fConstraintPR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 697     fConstraintPR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 698     fConstraintPR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 699     fConstraintXZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 700     fConstraintXZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 701     fConstraintXZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 702     fConstraintYZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 703     fConstraintYZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 704     fConstraintYZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 705     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 706     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 707     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 708     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 709     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 710     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 711     fConstraintXYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 712     fConstraintXYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 713     fConstraintXYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 714     fConstraintYYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 715     fConstraintYYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 716     fConstraintYYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 717     fConstraintPYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 718     fConstraintPYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 719     fConstraintPYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 720   }
 721 }
 722
 723 void AliMUONAlignment::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 724   /// Constrain equation defined by par to value
 725   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 726   AliInfo("Adding constraint");
 727 }
 728
 729 void AliMUONAlignment::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 730   /// Initialize global parameters with par array
 731   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 732   AliInfo("Init Global Parameters");
 733 }
 734
 735 void AliMUONAlignment::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 736   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 737   /// If value == 0, parameter is fixed
 738   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 739   if (TMath::Abs(value)<1e-4) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 740 }
 741
 742 void AliMUONAlignment::ResetLocalEquation()
 743 {
 744   /// Reset the derivative vectors
 745   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 746     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 747   }
 748   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 749     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 750   }
 751 }
 752
 753 void AliMUONAlignment::AllowVariations(const Bool_t *bChOnOff) {
 754   /// Set allowed variation for selected chambers based on fDoF and fAllowVar
 755   for (Int_t iCh=1; iCh<=10; iCh++) {
 756     if (bChOnOff[iCh-1]) {
 757       Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 758       Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 759       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
 760         AliDebug(1,Form("fDoF[%d]= %d",i,fDoF[i]));
 761         if (fDoF[i]) {
 762           for (Int_t j=iDetElemFirst; j<iDetElemLast; j++){
 763             FixParameter(j*fgNParCh+i, fAllowVar[i]);
 764           }
 765         }
 766       }
 767     }
 768   }
 769 }
 770
 771 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Int_t iPar  /* set non linear flag */ ) {
 772   /// Set nonlinear flag for parameter iPar
 773   fMillepede->SetNonLinear(iPar);
 774   AliInfo(Form("Parameter %i set to non linear", iPar));
 775 }
 776
 777
 778 void AliMUONAlignment::SetSigmaXY(Double_t sigmaX, Double_t sigmaY) {
 779   /// Set expected measurement resolution
 780   fSigma[0] = sigmaX;   fSigma[1] = sigmaY;
 781   AliInfo(Form("Using fSigma[0]=%f and fSigma[1]=%f",fSigma[0],fSigma[1]));
 782 }
 783
 784
 785 void AliMUONAlignment::LocalEquationX() {
 786   /// Define local equation for current track and cluster in x coor. measurement
 787   // set local derivatives
 788   SetLocalDerivative(0, fCosPhi);
 789   SetLocalDerivative(1, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 790   SetLocalDerivative(2, fSinPhi);
 791   SetLocalDerivative(3, fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 792
 793   // set global derivatives
 794   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0, -fCosPhi);
 795   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fSinPhi);
 796   if (fBFieldOn){
 797     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 798                         -fSinPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 799                         +fCosPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 800   }
 801   else {
 802     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 803                         -fSinPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 804                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 805                         +fCosPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 806                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 807   }
 808   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+3,
 809                       fCosPhi*fTrackSlope0[0]+fSinPhi*fTrackSlope0[1]);
 810
 811   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[0], fSigma[0]);
 812 }
 813
 814 void AliMUONAlignment::LocalEquationY() {
 815   /// Define local equation for current track and cluster in y coor. measurement
 816   // set local derivatives
 817   SetLocalDerivative(0,-fSinPhi);
 818   SetLocalDerivative(1,-fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 819   SetLocalDerivative(2, fCosPhi);
 820   SetLocalDerivative(3, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 821
 822   // set global derivatives
 823   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0,  fSinPhi);
 824   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fCosPhi);
 825   if (fBFieldOn){
 826   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 827                       -fCosPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 828                       -fSinPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 829   }
 830   else {
 831     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 832                         -fCosPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 833                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 834                         -fSinPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 835                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 836   }
 837   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+3,
 838                       -fSinPhi*fTrackSlope0[0]+fCosPhi*fTrackSlope0[1]);
 839
 840   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[1], fSigma[1]);
 841 }
 842
 843 void AliMUONAlignment::FillRecPointData() {
 844   /// Get information of current cluster
 845   fClustPos[0] = fCluster->GetX();
 846   fClustPos[1] = fCluster->GetY();
 847   fClustPos[2] = fCluster->GetZ();
 848   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fClustPos[0],fClustPos[1],fClustPos[2],
 849                             fClustPosLoc[0],fClustPosLoc[1],fClustPosLoc[2]);
 850 }
 851
 852 void AliMUONAlignment::FillTrackParamData() {
 853   /// Get information of current track at current cluster
 854   fTrackPos[0] = fTrackParam->GetNonBendingCoor();
 855   fTrackPos[1] = fTrackParam->GetBendingCoor();
 856   fTrackPos[2] = fTrackParam->GetZ();
 857   fTrackSlope[0] = fTrackParam->GetNonBendingSlope();
 858   fTrackSlope[1] = fTrackParam->GetBendingSlope();
 859   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fTrackPos[0],fTrackPos[1],fTrackPos[2],
 860                             fTrackPosLoc[0],fTrackPosLoc[1],fTrackPosLoc[2]);
 861 }
 862
 863 void AliMUONAlignment::FillDetElemData() {
 864   /// Get information of current detection element
 865   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 866   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 867   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 868   fDetElemId = fCluster->GetDetElemId();
 869   fDetElemNumber = fDetElemId%100;
 870   for (int iCh=0; iCh<fDetElemId/100-1; iCh++){
 871     fDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 872   }
 873   fTransform->Local2Global(fDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 874                            fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2]);
 875 }
 876
 877 void AliMUONAlignment::ProcessTrack(AliMUONTrack * track) {
 878   /// Process track; Loop over clusters and set local equations
 879   fTrack = track;
 880   // get tclones arrays.
 881   fTrackParamAtCluster = fTrack->GetTrackParamAtCluster();
 882
 883   // get size of arrays
 884   Int_t nTrackParam = fTrackParamAtCluster->GetEntries();
 885   AliDebug(1,Form("Number of track param entries : %i ", nTrackParam));
 886
 887   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 888     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 889     if (!fTrackParam) continue;
 890     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 891     if (!fCluster) continue;
 892     // fill local variables for this position --> one measurement
 893     FillDetElemData();
 894     FillRecPointData();
 895     FillTrackParamData();
 896 //     if (fDetElemId<500) continue;
 897     fTrackPos0[0]      = fTrackPos[0];
 898     fTrackPos0[1]      = fTrackPos[1];
 899     fTrackPos0[2]      = fTrackPos[2];
 900     fTrackSlope0[0] = fTrackSlope[0];
 901     fTrackSlope0[1] = fTrackSlope[1];
 902     break;
 903   }
 904
 905   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 906     // and get new pointers
 907     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 908     if (!fTrackParam) continue;
 909     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 910     if (!fCluster) continue;
 911     // fill local variables for this position --> one measurement
 912     FillDetElemData();
 913     FillRecPointData();
 914     FillTrackParamData();
 915 //     if (fDetElemId<500) continue;
 916     AliDebug(1,Form("cluster: %i", iCluster));
 917     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t DetElemID: %i\t ", fClustPos[0], fClustPos[1], fClustPos[2], fDetElemId));
 918     AliDebug(1,Form("fDetElemPos[0]: %f\t fDetElemPos[1]: %f\t fDetElemPos[2]: %f\t DetElemID: %i\t ", fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2], fDetElemId));
 919
 920     AliDebug(1,Form("Track Parameter: %i", iCluster));
 921     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t slopex: %f\t slopey: %f", fTrackPos[0], fTrackPos[1], fTrackPos[2], fTrackSlope[0], fTrackSlope[1]));
 922     AliDebug(1,Form("x0: %f\t y0: %f\t z0: %f\t slopex0: %f\t slopey0: %f", fTrackPos0[0], fTrackPos0[1], fTrackPos0[2], fTrackSlope0[0], fTrackSlope0[1]));
 923
 924     fCosPhi = TMath::Cos(fPhi);
 925     fSinPhi = TMath::Sin(fPhi);
 926     if (fBFieldOn){
 927       fMeas[0] = fTrackPos[0] - fClustPos[0];
 928       fMeas[1] = fTrackPos[1] - fClustPos[1];
 929     }
 930     else {
 931       fMeas[0] = - fClustPos[0];
 932       fMeas[1] = - fClustPos[1];
 933     }
 934     AliDebug(1,Form("fMeas[0]: %f\t fMeas[1]: %f\t fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f", fMeas[0], fMeas[1], fSigma[0], fSigma[1]));
 935     // Set local equations
 936     LocalEquationX();
 937     LocalEquationY();
 938   }
 939 }
 940
 941 void AliMUONAlignment::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit) {
 942   /// Call local fit for this tracks
 943   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
 944   if (iRes && !lSingleFit) {
 945     fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1);
 946   }
 947 }
 948
 949 void AliMUONAlignment::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls) {
 950   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
 951   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
 952
 953   AliInfo("Done fitting global parameters!");
 954   for (int iGlob=0; iGlob<fgNDetElem; iGlob++){
 955     printf("%d\t %f\t %f\t %f \n",iGlob,parameters[iGlob*fgNParCh+0],parameters[iGlob*fgNParCh+1],parameters[iGlob*fgNParCh+2]);
 956   }
 957 }
 958
 959 Double_t AliMUONAlignment::GetParError(Int_t iPar) {
 960   /// Get error of parameter iPar
 961   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
 962   return lErr;
 963 }
 964
 965 void AliMUONAlignment::PrintGlobalParameters() {
 966   /// Print global parameters
 967   fMillepede->PrintGlobalParameters();
 968 }
 969
 970 //_________________________________________________________________________
 971 TGeoCombiTrans AliMUONAlignment::ReAlign(const TGeoCombiTrans & transform, const double *lMisAlignment) const
 972 {
 973   /// Realign given transformation by given misalignment and return the misaligned transformation
 974
 975   Double_t cartMisAlig[3] = {0,0,0};
 976   Double_t angMisAlig[3] = {0,0,0};
 977 //   const Double_t *trans = transform.GetTranslation();
 978 //   TGeoRotation *rot;
 979 //   // check if the rotation we obtain is not NULL
 980 //   if (transform.GetRotation()) {
 981 //     rot = transform.GetRotation();
 982 //   }
 983 //   else {
 984 //     rot = new TGeoRotation("rot");
 985 //   }                  // default constructor.
 986
 987   cartMisAlig[0] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0])*lMisAlignment[0];
 988   cartMisAlig[1] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[1];
 989   cartMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[8])*lMisAlignment[3];
 990   angMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0]*transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[2]*180./TMath::Pi();
 991
 992   TGeoTranslation deltaTrans(cartMisAlig[0], cartMisAlig[1], cartMisAlig[2]);
 993   TGeoRotation deltaRot;
 994   deltaRot.RotateX(angMisAlig[0]);
 995   deltaRot.RotateY(angMisAlig[1]);
 996   deltaRot.RotateZ(angMisAlig[2]);
 997
 998   TGeoCombiTrans deltaTransf(deltaTrans,deltaRot);
 999   TGeoHMatrix newTransfMat = transform * deltaTransf;
1000
1001   return TGeoCombiTrans(newTransfMat);
1002 }
1003
1004 //______________________________________________________________________
1005 AliMUONGeometryTransformer *
1006 AliMUONAlignment::ReAlign(const AliMUONGeometryTransformer * transformer,
1007                             const double *misAlignments, Bool_t verbose)
1008
1009 {
1010   /// Returns a new AliMUONGeometryTransformer with the found misalignments
1011   /// applied.
1012
1013   // Takes the internal geometry module transformers, copies them
1014   // and gets the Detection Elements from them.
1015   // Takes misalignment parameters and applies these
1016   // to the local transform of the Detection Element
1017   // Obtains the global transform by multiplying the module transformer
1018   // transformation with the local transformation
1019   // Applies the global transform to a new detection element
1020   // Adds the new detection element to a new module transformer
1021   // Adds the new module transformer to a new geometry transformer
1022   // Returns the new geometry transformer
1023
1024   Double_t lModuleMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1025   Double_t lDetElemMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1026   Int_t iDetElemId = 0;
1027   Int_t iDetElemNumber = 0;
1028
1029   AliMUONGeometryTransformer *newGeometryTransformer =
1030     new AliMUONGeometryTransformer();
1031   for (Int_t iMt = 0; iMt < transformer->GetNofModuleTransformers(); iMt++) {
1032     // module transformers
1033     const AliMUONGeometryModuleTransformer *kModuleTransformer =
1034       transformer->GetModuleTransformer(iMt, true);
1035
1036     AliMUONGeometryModuleTransformer *newModuleTransformer =
1037       new AliMUONGeometryModuleTransformer(iMt);
1038     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1039
1040     TGeoCombiTrans moduleTransform =
1041       TGeoCombiTrans(*kModuleTransformer->GetTransformation());
1042     // New module transformation
1043     TGeoCombiTrans newModuleTransform = ReAlign(moduleTransform,lModuleMisAlignment);
1044     newModuleTransformer->SetTransformation(newModuleTransform);
1045
1046     // Get delta transformation:
1047     // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1048     TGeoHMatrix deltaModuleTransform =
1049       AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1050                                        kModuleTransformer->GetTransformation()->Inverse());
1051     // Create module mis alignment matrix
1052     newGeometryTransformer
1053       ->AddMisAlignModule(kModuleTransformer->GetModuleId(), deltaModuleTransform);
1054
1055     AliMpExMap *detElements = kModuleTransformer->GetDetElementStore();
1056
1057     if (verbose)
1058       AliInfo(Form("%i DEs in old GeometryStore  %i",detElements->GetSize(), iMt));
1059
1060     TIter next(detElements->CreateIterator());
1061     AliMUONGeometryDetElement* detElement;
1062     Int_t iDe(-1);
1063     while ( ( detElement = static_cast<AliMUONGeometryDetElement*>(next()) ) )
1064     {
1065       ++iDe;
1066       // make a new detection element
1067       AliMUONGeometryDetElement *newDetElement =
1068         new AliMUONGeometryDetElement(detElement->GetId(),
1069                                       detElement->GetVolumePath());
1070       TString lDetElemName(detElement->GetDEName());
1071       lDetElemName.ReplaceAll("DE","");
1072       iDetElemId = lDetElemName.Atoi();
1073       iDetElemNumber = iDetElemId%100;
1074       for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
1075         iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
1076       }
1077       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
1078         lDetElemMisAlignment[i] = 0.0;
1079         if (iMt<fgNTrkMod) {
1080           AliInfo(Form("iMt %i, iCh %i, iDe %i, iDeId %i, iDeNb %i, iPar %i",iMt, iDetElemId/100, iDe, iDetElemId, iDetElemNumber, iDetElemNumber*fgNParCh+i));
1081           lDetElemMisAlignment[i] =  misAlignments[iDetElemNumber*fgNParCh+i];
1082         }
1083       }
1084       // local transformation of this detection element.
1085       TGeoCombiTrans localTransform
1086         = TGeoCombiTrans(*detElement->GetLocalTransformation());
1087       TGeoCombiTrans newLocalTransform = ReAlign(localTransform,lDetElemMisAlignment);
1088       newDetElement->SetLocalTransformation(newLocalTransform);
1089
1090       // global transformation
1091       TGeoHMatrix newGlobalTransform =
1092         AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1093                                          newLocalTransform);
1094       newDetElement->SetGlobalTransformation(newGlobalTransform);
1095
1096       // add this det element to module
1097       newModuleTransformer->GetDetElementStore()->Add(newDetElement->GetId(),
1098                                                       newDetElement);
1099
1100       // In the Alice Alignment Framework misalignment objects store
1101       // global delta transformation
1102       // Get detection "intermediate" global transformation
1103       TGeoHMatrix newOldGlobalTransform = newModuleTransform * localTransform;
1104       // Get detection element global delta transformation:
1105       // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1106       TGeoHMatrix  deltaGlobalTransform
1107         = AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newGlobalTransform,
1108                                            newOldGlobalTransform.Inverse());
1109
1110       // Create mis alignment matrix
1111       newGeometryTransformer
1112         ->AddMisAlignDetElement(detElement->GetId(), deltaGlobalTransform);
1113     }
1114
1115     if (verbose)
1116       AliInfo(Form("Added module transformer %i to the transformer", iMt));
1117     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1118   }
1119   return newGeometryTransformer;
1120 }
1121
1122 //______________________________________________________________________
1123 void AliMUONAlignment::SetAlignmentResolution(const TClonesArray* misAlignArray, Int_t rChId, Double_t rChResX, Double_t rChResY, Double_t rDeResX, Double_t rDeResY){
1124   /// Set alignment resolution to misalign objects to be stored in CDB
1125   Int_t chIdMin = (rChId<0)? 0 : rChId;
1126   Int_t chIdMax = (rChId<0)? 9 : rChId;
1127   Double_t chResX = rChResX;
1128   Double_t chResY = rChResY;
1129   Double_t deResX = rDeResX;
1130   Double_t deResY = rDeResY;
1131
1132   TMatrixDSym mChCorrMatrix(6);
1133   mChCorrMatrix[0][0]=chResX*chResX;
1134   mChCorrMatrix[1][1]=chResY*chResY;
1135   //  mChCorrMatrix.Print();
1136
1137   TMatrixDSym mDECorrMatrix(6);
1138   mDECorrMatrix[0][0]=deResX*deResX;
1139   mDECorrMatrix[1][1]=deResY*deResY;
1140   //  mDECorrMatrix.Print();
1141
1142   AliAlignObjMatrix *alignMat = 0x0;
1143
1144   for(Int_t chId=chIdMin; chId<=chIdMax; chId++) {
1145     TString chName1;
1146     TString chName2;
1147     if (chId<4){
1148       chName1 = Form("GM%d",chId);
1149       chName2 = Form("GM%d",chId);
1150     } else {
1151       chName1 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2);
1152       chName2 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2+1);
1153     }
1154
1155     for (int i=0; i<misAlignArray->GetEntries(); i++) {
1156       alignMat = (AliAlignObjMatrix*)misAlignArray->At(i);
1157       TString volName(alignMat->GetSymName());
1158       if((volName.Contains(chName1)&&
1159           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName1)+chName1.Length())||
1160            (volName.Length()==volName.Index(chName1)+chName1.Length())))||
1161          (volName.Contains(chName2)&&
1162           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName2)+chName2.Length())||
1163            (volName.Length()==volName.Index(chName2)+chName2.Length())))){
1164         volName.Remove(0,volName.Last('/')+1);
1165         if (volName.Contains("GM")) {
1166           //    alignMat->Print("NULL");
1167           alignMat->SetCorrMatrix(mChCorrMatrix);
1168         } else if (volName.Contains("DE")) {
1169           //    alignMat->Print("NULL");
1170           alignMat->SetCorrMatrix(mDECorrMatrix);
1171         }
1172       }
1173     }
1174   }
1175 }