MUON/AliMUONAlignment.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONAlignment
  20 /// Alignment class for the ALICE DiMuon spectrometer
  21 ///
  22 /// MUON specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each cluster and fill the corresponding local equations. Provide methods
  25 /// for fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author Bruce Becker, Javier Castillo
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include "AliMUONAlignment.h"
  31 #include "AliMUONTrack.h"
  32 #include "AliMUONTrackParam.h"
  33 #include "AliMUONVCluster.h"
  34 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
  35 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  36 #include "AliMUONGeometryDetElement.h"
  37 #include "AliMUONGeometryBuilder.h"
  38 #include "AliMillepede.h"
  39
  40 #include "AliMpExMap.h"
  41 #include "AliMpExMapIterator.h"
  42
  43 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  44 #include "AliLog.h"
  45
  46 #include "TMath.h"
  47 #include "TMatrixDSym.h"
  48
  49 /// \cond CLASSIMP
  50 ClassImp(AliMUONAlignment)
  51 /// \endcond
  52
  53   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElem = 4*2+4*2+18*2+26*2+26*2;
  54   Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElemCh[10] = {4,4,4,4,18,18,26,26,26,26};
  55   Int_t AliMUONAlignment::fgSNDetElemCh[10] = {4,8,12,16,34,52,78,104,130,156};
  56   Int_t AliMUONAlignment::fgNParCh = 4;
  57   Int_t AliMUONAlignment::fgNTrkMod = 16;
  58   Int_t AliMUONAlignment::fgNCh = 10;
  59   Int_t AliMUONAlignment::fgNSt = 5;
  60
  61 AliMUONAlignment::AliMUONAlignment()
  62   : TObject(),
  63     fBFieldOn(kTRUE),
  64     fStartFac(256.),
  65     fResCutInitial(100.),
  66     fResCut(100.),
  67     fMillepede(0),
  68     fTrackParamAtCluster(0),
  69     fTrack(0),
  70     fCluster(0),
  71     fTrackParam(0),
  72     fNGlobal(fgNDetElem*fgNParCh),
  73     fNLocal(4),
  74     fNStdDev(3),
  75     fDetElemId(0),
  76     fDetElemNumber(0),
  77     fPhi(0.),
  78     fCosPhi(1.),
  79     fSinPhi(0.),
  80     fTransform(0)
  81 {
  82   /// Default constructor, setting define alignment parameters
  83   fSigma[0] = 1.0e-1;
  84   fSigma[1] = 1.0e-2;
  85
  86   fDoF[0] = kTRUE;  fDoF[1] = kTRUE;  fDoF[2] = kTRUE;  fDoF[3] = kTRUE;
  87   fAllowVar[0] = 0.05;  fAllowVar[1] = 0.05;  fAllowVar[2] = 0.001;  fAllowVar[3] = 0.5;
  88
  89   AliInfo(Form("fAllowVar[0]: %f\t fAllowVar[1]: %f\t fPhi: %f\t fgNDetElem: %i\t fNGlobal: %i\t fNLocal: %i",fAllowVar[0],fAllowVar[1],fPhi,fgNDetElem,fNGlobal,fNLocal));
  90
  91   fMillepede = new AliMillepede();
  92
  93   Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
  94
  95   ResetLocalEquation();
  96   AliInfo("Parameters initialized to zero");
  97
  98 }
  99
 100 AliMUONAlignment::~AliMUONAlignment() {
 101   /// Destructor
 102 }
 103
 104 void AliMUONAlignment::Init(Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 105                             Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 106                             Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 107 {
 108   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 109   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 110
 111 //  Bool_t bStOnOff[5] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 112 //  Bool_t bChOnOff[10] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 113 //  Bool_t bSpecLROnOff[2] = {kTRUE,kTRUE};
 114
 115 //   AllowVariations(bChOnOff);
 116
 117   // Fix parameters or add constraints here
 118 //   for (Int_t iSt=0; iSt<5; iSt++)
 119 //     if (!bStOnOff[iSt]) FixStation(iSt+1);
 120 //   for (Int_t iCh=0; iCh<10; iCh++)
 121 //     if (!bChOnOff[iCh]) FixChamber(iCh+1);
 122
 123 //   FixHalfSpectrometer(bChOnOff,bSpecLROnOff);
 124
 125   ResetConstraints();
 126
 127   // Define global constrains to be applied
 128   // X, Y, P, XvsZ, YvsZ, PvsZ, XvsY, YvsY, PvsY
 129   Bool_t bVarXYT[9] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 130   Bool_t bDetTLBR[4] = {kFALSE,kTRUE,kFALSE,kTRUE};
 131   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR,bSpecLROnOff);
 132
 133   // Other possible way to add constrains
 134   bVarXYT[0] = kFALSE; bVarXYT[1] = kFALSE; bVarXYT[2] = kTRUE;
 135   bDetTLBR[0] = kFALSE; bDetTLBR[1] = kTRUE; bDetTLBR[2] = kFALSE; bDetTLBR[3] = kFALSE;
 136 //   AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR);
 137
 138   bVarXYT[0] = kTRUE; bVarXYT[1] = kTRUE; bVarXYT[2] = kFALSE;
 139   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT);
 140
 141   // Set iterations
 142   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 143 }
 144
 145 void AliMUONAlignment::FixStation(Int_t iSt){
 146   /// Fix all detection elements of station iSt
 147   Int_t iDetElemFirst = (iSt>1) ? fgSNDetElemCh[2*(iSt-1)-1] : 0;
 148   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[2*(iSt)-1];
 149   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 150     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 151     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 152     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 153     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 154   }
 155 }
 156
 157 void AliMUONAlignment::FixChamber(Int_t iCh){
 158   /// Fix all detection elements of chamber iCh
 159   Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 160   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 161   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++){
 162     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 163     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 164     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 165     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 166   }
 167 }
 168
 169 void AliMUONAlignment::FixDetElem(Int_t iDetElemId, TString sVarXYT){
 170   /// Fix a given detection element
 171   Int_t iDetElemNumber = iDetElemId%100;
 172   for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
 173     iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 174   }
 175   if (sVarXYT.Contains("X")) { // X constraint
 176     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+0, 0.0);
 177   }
 178   if (sVarXYT.Contains("Y")) { // Y constraint
 179     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+1, 0.0);
 180   }
 181   if (sVarXYT.Contains("T")) { // T constraint
 182     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+2, 0.0);
 183   }
 184   if (sVarXYT.Contains("Z")) { // T constraint
 185     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+3, 0.0);
 186   }
 187 }
 188
 189 void AliMUONAlignment::FixHalfSpectrometer(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lSpecLROnOff){
 190   /// Fix left or right detector
 191   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 192     Int_t iCh=0;
 193     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 194       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 195     }
 196     if (lChOnOff[iCh-1]){
 197       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 198       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 199         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && !lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 200           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 201           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 202           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 203           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 204         }
 205         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && !lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 206           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 207           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 208           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 209           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 210         }
 211       }
 212       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 213         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && !lSpecLROnOff[0]){
 214           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 215           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 216           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 217           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 218         }
 219         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 220              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && !lSpecLROnOff[1]){
 221           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 222           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 223           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 224           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 225         }
 226       }
 227       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 228         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && !lSpecLROnOff[0]){
 229           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 230           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 231           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 232           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 233         }
 234         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 235              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && !lSpecLROnOff[1]){
 236           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 237           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 238           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 239           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 240         }
 241       }
 242     }
 243   }
 244 }
 245
 246 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT){
 247   /// Set non linear parameter flag selected chambers and degrees of freedom
 248   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 249     Int_t iCh=0;
 250     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 251       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 252     }
 253     if (lChOnOff[iCh-1]){
 254       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 255         SetNonLinear(i*fgNParCh+0);
 256       }
 257       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 258         SetNonLinear(i*fgNParCh+1);
 259       }
 260       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 261         SetNonLinear(i*fgNParCh+2);
 262       }
 263       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 264         SetNonLinear(i*fgNParCh+3);
 265       }
 266     }
 267   }
 268 }
 269
 270 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT){
 271   /// Add constraint equations for selected chambers and degrees of freedom
 272   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 273     Int_t iCh=0;
 274     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 275       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 276     }
 277     if (lChOnOff[iCh-1]){
 278       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 279         fConstraintX[i*fgNParCh+0]=1.0;
 280       }
 281       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 282         fConstraintY[i*fgNParCh+1]=1.0;
 283       }
 284       if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 285         fConstraintP[i*fgNParCh+2]=1.0;
 286       }
 287 //       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 288 //      fConstraintP[i*fgNParCh+3]=1.0;
 289 //       }
 290     }
 291   }
 292   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 293     AddConstraint(fConstraintX,0.0);
 294   }
 295   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 296     AddConstraint(fConstraintY,0.0);
 297   }
 298   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 299     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 300   }
 301 //   if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 302 //     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 303 //   }
 304 }
 305
 306 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT, const Bool_t *lDetTLBR, const Bool_t *lSpecLROnOff){
 307   /// Add constraint equations for selected chambers, degrees of freedom and detector half
 308   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 309   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 310   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 311   Double_t lDetElemGloX = 0.;
 312   Double_t lDetElemGloY = 0.;
 313   Double_t lDetElemGloZ = 0.;
 314   Double_t lMeanY = 0.;
 315   Double_t lSigmaY = 0.;
 316   Double_t lMeanZ = 0.;
 317   Double_t lSigmaZ = 0.;
 318   Int_t lNDetElem = 0;
 319   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 320     Int_t iCh=0;
 321     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 322       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 323     }
 324     if (lChOnOff[iCh-1]){
 325       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 326       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 327       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 328                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 329       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 330         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 331           lMeanY += lDetElemGloY;
 332           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 333           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 334           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 335           lNDetElem++;
 336         }
 337         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 338           lMeanY += lDetElemGloY;
 339           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 340           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 341           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 342           lNDetElem++;
 343         }
 344       }
 345       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 346         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && lSpecLROnOff[0]){
 347           lMeanY += lDetElemGloY;
 348           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 349           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 350           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 351           lNDetElem++;
 352         }
 353         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 354              (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && lSpecLROnOff[1]){
 355           lMeanY += lDetElemGloY;
 356           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 357           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 358           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 359           lNDetElem++;
 360         }
 361       }
 362       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 363         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && lSpecLROnOff[0]){
 364           lMeanY += lDetElemGloY;
 365           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 366           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 367           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 368           lNDetElem++;
 369         }
 370         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 371              (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && lSpecLROnOff[1]){
 372           lMeanY += lDetElemGloY;
 373           lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 374           lMeanZ += lDetElemGloZ;
 375           lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 376           lNDetElem++;
 377         }
 378       }
 379     }
 380   }
 381   lMeanY /= lNDetElem;
 382   lSigmaY /= lNDetElem;
 383   lSigmaY = TMath::Sqrt(lSigmaY-lMeanY*lMeanY);
 384   lMeanZ /= lNDetElem;
 385   lSigmaZ /= lNDetElem;
 386   lSigmaZ = TMath::Sqrt(lSigmaZ-lMeanZ*lMeanZ);
 387   AliInfo(Form("Used %i DetElem, MeanZ= %f , SigmaZ= %f", lNDetElem,lMeanZ,lSigmaZ));
 388
 389   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 390     Int_t iCh=0;
 391     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 392       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 393     }
 394     if (lChOnOff[iCh-1]){
 395       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 396       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 397       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 398                                lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 399       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 400         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXT,0); // Top half
 401         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXL,0); // Left half
 402         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXB,0); // Bottom half
 403         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXR,0); // Right half
 404       }
 405       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 406         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYT,1); // Top half
 407         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYL,1); // Left half
 408         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYB,1); // Bottom half
 409         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYR,1); // Right half
 410       }
 411       if (lVarXYT[2]) { // P constraint
 412         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPT,2); // Top half
 413         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPL,2); // Left half
 414         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPB,2); // Bottom half
 415         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPR,2); // Right half
 416       }
 417       if (lVarXYT[3]) { // X-Z shearing
 418         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXZT,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 419         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXZL,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 420         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXZB,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 421         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXZR,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 422       }
 423       if (lVarXYT[4]) { // Y-Z shearing
 424         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYZT,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 425         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYZL,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 426         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYZB,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 427         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYZR,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 428       }
 429       if (lVarXYT[5]) { // P-Z rotation
 430         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPZT,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 431         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPZL,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 432         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPZB,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 433         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPZR,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 434       }
 435       if (lVarXYT[6]) { // X-Y shearing
 436         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXYT,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 437         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXYL,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 438         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXYB,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 439         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXYR,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 440       }
 441       if (lVarXYT[7]) { // Y-Y scaling
 442         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYYT,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 443         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYYL,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 444         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYYB,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 445         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYYR,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 446       }
 447       if (lVarXYT[8]) { // P-Y rotation
 448         if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPYT,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 449         if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPYL,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 450         if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPYB,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 451         if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPYR,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 452       }
 453     }
 454   }
 455   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 456     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXT,0.0); // Top half
 457     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXL,0.0); // Left half
 458     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXB,0.0); // Bottom half
 459     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXR,0.0); // Right half
 460   }
 461   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 462     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYT,0.0); // Top half
 463     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYL,0.0); // Left half
 464     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYB,0.0); // Bottom half
 465     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYR,0.0); // Right half
 466   }
 467   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 468     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPT,0.0); // Top half
 469     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPL,0.0); // Left half
 470     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPB,0.0); // Bottom half
 471     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPR,0.0); // Right half
 472   }
 473   if (lVarXYT[3]) { // X-Z constraint
 474     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXZT,0.0); // Top half
 475     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXZL,0.0); // Left half
 476     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXZB,0.0); // Bottom half
 477     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXZR,0.0); // Right half
 478   }
 479   if (lVarXYT[4]) { // Y-Z constraint
 480     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYZT,0.0); // Top half
 481     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYZL,0.0); // Left half
 482     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYZB,0.0); // Bottom half
 483     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYZR,0.0); // Right half
 484   }
 485   if (lVarXYT[5]) { // P-Z constraint
 486     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPZT,0.0); // Top half
 487     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPZL,0.0); // Left half
 488     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPZB,0.0); // Bottom half
 489     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPZR,0.0); // Right half
 490   }
 491   if (lVarXYT[6]) { // X-Y constraint
 492     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXYT,0.0); // Top half
 493     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXYL,0.0); // Left half
 494     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXYB,0.0); // Bottom half
 495     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXYR,0.0); // Right half
 496   }
 497   if (lVarXYT[7]) { // Y-Y constraint
 498     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYYT,0.0); // Top half
 499     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYYL,0.0); // Left half
 500     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYYB,0.0); // Bottom half
 501     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYYR,0.0); // Right half
 502   }
 503   if (lVarXYT[8]) { // P-Y constraint
 504     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPYT,0.0); // Top half
 505     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPYL,0.0); // Left half
 506     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPYB,0.0); // Bottom half
 507     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPYR,0.0); // Right half
 508   }
 509 }
 510
 511 void AliMUONAlignment::ConstrainT(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintT, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 512   /// Set constrain equation for top half of spectrometer
 513   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 514   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 515     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==1){ // From track crossings
 516       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 517     }
 518   }
 519   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 520     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=9){
 521       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 522     }
 523   }
 524   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 525     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=13){
 526       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 527     }
 528   }
 529 }
 530
 531 void AliMUONAlignment::ConstrainL(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintL, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 532   /// Set constrain equation for left half of spectrometer
 533   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 534   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 535     if (lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2){ // From track crossings
 536       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 537     }
 538   }
 539   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 540     if (lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13){
 541       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 542     }
 543   }
 544   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 545     if (lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19){
 546       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 547     }
 548   }
 549 }
 550
 551 void AliMUONAlignment::ConstrainB(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintB, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 552   /// Set constrain equation for bottom half of spectrometer
 553   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 554   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 555     if (lDetElemNumber==2 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 556       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 557     }
 558   }
 559   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 560     if ((lDetElemNumber>=9&&lDetElemNumber<=17) ||
 561         (lDetElemNumber==0)){
 562       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 563     }
 564   }
 565   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 566     if ((lDetElemNumber>=13&&lDetElemNumber<=25) ||
 567         (lDetElemNumber==0)){
 568       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 569     }
 570   }
 571 }
 572
 573 void AliMUONAlignment::ConstrainR(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintR, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 574   /// Set constrain equation for right half of spectrometer
 575   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 576   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 577     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 578       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 579     }
 580   }
 581   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 582     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 583         (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)){
 584       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 585     }
 586   }
 587   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 588     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 589         (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)){
 590       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 591     }
 592   }
 593 }
 594
 595 void AliMUONAlignment::ResetConstraints(){
 596   /// Reset all constraint equations
 597   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 598     fConstraintX[i*fgNParCh+0]=0.0;
 599     fConstraintX[i*fgNParCh+1]=0.0;
 600     fConstraintX[i*fgNParCh+2]=0.0;
 601     fConstraintY[i*fgNParCh+0]=0.0;
 602     fConstraintY[i*fgNParCh+1]=0.0;
 603     fConstraintY[i*fgNParCh+2]=0.0;
 604     fConstraintP[i*fgNParCh+0]=0.0;
 605     fConstraintP[i*fgNParCh+1]=0.0;
 606     fConstraintP[i*fgNParCh+2]=0.0;
 607     fConstraintXT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 608     fConstraintXT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 609     fConstraintXT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 610     fConstraintYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 611     fConstraintYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 612     fConstraintYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 613     fConstraintPT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 614     fConstraintPT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 615     fConstraintPT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 616     fConstraintXZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 617     fConstraintXZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 618     fConstraintXZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 619     fConstraintYZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 620     fConstraintYZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 621     fConstraintYZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 622     fConstraintPZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 623     fConstraintPZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 624     fConstraintPZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 625     fConstraintXYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 626     fConstraintXYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 627     fConstraintXYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 628     fConstraintYYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 629     fConstraintYYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 630     fConstraintYYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 631     fConstraintPYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 632     fConstraintPYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 633     fConstraintPYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 634     fConstraintXL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 635     fConstraintXL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 636     fConstraintXL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 637     fConstraintYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 638     fConstraintYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 639     fConstraintYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 640     fConstraintPL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 641     fConstraintPL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 642     fConstraintPL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 643     fConstraintXZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 644     fConstraintXZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 645     fConstraintXZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 646     fConstraintYZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 647     fConstraintYZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 648     fConstraintYZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 649     fConstraintPZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 650     fConstraintPZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 651     fConstraintPZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 652     fConstraintXYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 653     fConstraintXYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 654     fConstraintXYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 655     fConstraintYYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 656     fConstraintYYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 657     fConstraintYYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 658     fConstraintPYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 659     fConstraintPYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 660     fConstraintPYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 661     fConstraintXB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 662     fConstraintXB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 663     fConstraintXB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 664     fConstraintYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 665     fConstraintYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 666     fConstraintYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 667     fConstraintPB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 668     fConstraintPB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 669     fConstraintPB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 670     fConstraintXZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 671     fConstraintXZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 672     fConstraintXZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 673     fConstraintYZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 674     fConstraintYZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 675     fConstraintYZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 676     fConstraintPZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 677     fConstraintPZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 678     fConstraintPZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 679     fConstraintXYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 680     fConstraintXYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 681     fConstraintXYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 682     fConstraintYYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 683     fConstraintYYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 684     fConstraintYYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 685     fConstraintPYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 686     fConstraintPYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 687     fConstraintPYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 688     fConstraintXR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 689     fConstraintXR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 690     fConstraintXR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 691     fConstraintYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 692     fConstraintYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 693     fConstraintYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 694     fConstraintPR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 695     fConstraintPR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 696     fConstraintPR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 697     fConstraintXZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 698     fConstraintXZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 699     fConstraintXZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 700     fConstraintYZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 701     fConstraintYZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 702     fConstraintYZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 703     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 704     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 705     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 706     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 707     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 708     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 709     fConstraintXYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 710     fConstraintXYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 711     fConstraintXYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 712     fConstraintYYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 713     fConstraintYYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 714     fConstraintYYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 715     fConstraintPYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 716     fConstraintPYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 717     fConstraintPYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 718   }
 719 }
 720
 721 void AliMUONAlignment::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 722   /// Constrain equation defined by par to value
 723   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 724   AliInfo("Adding constraint");
 725 }
 726
 727 void AliMUONAlignment::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 728   /// Initialize global parameters with par array
 729   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 730   AliInfo("Init Global Parameters");
 731 }
 732
 733 void AliMUONAlignment::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 734   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 735   /// If value == 0, parameter is fixed
 736   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 737   if (TMath::Abs(value)<1e-4) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 738 }
 739
 740 void AliMUONAlignment::ResetLocalEquation()
 741 {
 742   /// Reset the derivative vectors
 743   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 744     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 745   }
 746   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 747     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 748   }
 749 }
 750
 751 void AliMUONAlignment::AllowVariations(const Bool_t *bChOnOff) {
 752   /// Set allowed variation for selected chambers based on fDoF and fAllowVar
 753   for (Int_t iCh=1; iCh<=10; iCh++) {
 754     if (bChOnOff[iCh-1]) {
 755       Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 756       Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 757       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
 758         AliDebug(1,Form("fDoF[%d]= %d",i,fDoF[i]));
 759         if (fDoF[i]) {
 760           for (Int_t j=iDetElemFirst; j<iDetElemLast; j++){
 761             FixParameter(j*fgNParCh+i, fAllowVar[i]);
 762           }
 763         }
 764       }
 765     }
 766   }
 767 }
 768
 769 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Int_t iPar  /* set non linear flag */ ) {
 770   /// Set nonlinear flag for parameter iPar
 771   fMillepede->SetNonLinear(iPar);
 772   AliInfo(Form("Parameter %i set to non linear", iPar));
 773 }
 774
 775 void AliMUONAlignment::LocalEquationX() {
 776   /// Define local equation for current track and cluster in x coor. measurement
 777   // set local derivatives
 778   SetLocalDerivative(0, fCosPhi);
 779   SetLocalDerivative(1, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 780   SetLocalDerivative(2, fSinPhi);
 781   SetLocalDerivative(3, fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 782
 783   // set global derivatives
 784   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0, -fCosPhi);
 785   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fSinPhi);
 786   if (fBFieldOn){
 787     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 788                         -fSinPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 789                         +fCosPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 790   }
 791   else {
 792     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 793                         -fSinPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 794                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 795                         +fCosPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 796                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 797   }
 798   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+3,
 799                       fCosPhi*fTrackSlope0[0]+fSinPhi*fTrackSlope0[1]);
 800
 801   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[0], fSigma[0]);
 802 }
 803
 804 void AliMUONAlignment::LocalEquationY() {
 805   /// Define local equation for current track and cluster in y coor. measurement
 806   // set local derivatives
 807   SetLocalDerivative(0,-fSinPhi);
 808   SetLocalDerivative(1,-fSinPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 809   SetLocalDerivative(2, fCosPhi);
 810   SetLocalDerivative(3, fCosPhi * (fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]));
 811
 812   // set global derivatives
 813   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+0,  fSinPhi);
 814   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+1, -fCosPhi);
 815   if (fBFieldOn){
 816   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 817                       -fCosPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 818                       -fSinPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
 819   }
 820   else {
 821     SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+2,
 822                         -fCosPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*
 823                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 824                         -fSinPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*
 825                                   (fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
 826   }
 827   SetGlobalDerivative(fDetElemNumber*fgNParCh+3,
 828                       -fSinPhi*fTrackSlope0[0]+fCosPhi*fTrackSlope0[1]);
 829
 830   fMillepede->SetLocalEquation(fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, fMeas[1], fSigma[1]);
 831 }
 832
 833 void AliMUONAlignment::FillRecPointData() {
 834   /// Get information of current cluster
 835   fClustPos[0] = fCluster->GetX();
 836   fClustPos[1] = fCluster->GetY();
 837   fClustPos[2] = fCluster->GetZ();
 838   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fClustPos[0],fClustPos[1],fClustPos[2],
 839                             fClustPosLoc[0],fClustPosLoc[1],fClustPosLoc[2]);
 840 }
 841
 842 void AliMUONAlignment::FillTrackParamData() {
 843   /// Get information of current track at current cluster
 844   fTrackPos[0] = fTrackParam->GetNonBendingCoor();
 845   fTrackPos[1] = fTrackParam->GetBendingCoor();
 846   fTrackPos[2] = fTrackParam->GetZ();
 847   fTrackSlope[0] = fTrackParam->GetNonBendingSlope();
 848   fTrackSlope[1] = fTrackParam->GetBendingSlope();
 849   fTransform->Global2Local(fDetElemId,fTrackPos[0],fTrackPos[1],fTrackPos[2],
 850                             fTrackPosLoc[0],fTrackPosLoc[1],fTrackPosLoc[2]);
 851 }
 852
 853 void AliMUONAlignment::FillDetElemData() {
 854   /// Get information of current detection element
 855   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 856   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 857   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 858   fDetElemId = fCluster->GetDetElemId();
 859   fDetElemNumber = fDetElemId%100;
 860   for (int iCh=0; iCh<fDetElemId/100-1; iCh++){
 861     fDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 862   }
 863   fTransform->Local2Global(fDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 864                            fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2]);
 865 }
 866
 867 void AliMUONAlignment::ProcessTrack(AliMUONTrack * track) {
 868   /// Process track; Loop over clusters and set local equations
 869   fTrack = track;
 870   // get tclones arrays.
 871   fTrackParamAtCluster = fTrack->GetTrackParamAtCluster();
 872
 873   // get size of arrays
 874   Int_t nTrackParam = fTrackParamAtCluster->GetEntries();
 875   AliDebug(1,Form("Number of track param entries : %i ", nTrackParam));
 876
 877   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 878     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 879     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 880     if (!fCluster || !fTrackParam) continue;
 881     // fill local variables for this position --> one measurement
 882     FillDetElemData();
 883     FillRecPointData();
 884     FillTrackParamData();
 885 //     if (fDetElemId<500) continue;
 886     fTrackPos0[0]      = fTrackPos[0];
 887     fTrackPos0[1]      = fTrackPos[1];
 888     fTrackPos0[2]      = fTrackPos[2];
 889     fTrackSlope0[0] = fTrackSlope[0];
 890     fTrackSlope0[1] = fTrackSlope[1];
 891     break;
 892   }
 893
 894   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++) {
 895     // and get new pointers
 896     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
 897     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
 898     if (!fCluster || !fTrackParam) continue;
 899     // fill local variables for this position --> one measurement
 900     FillDetElemData();
 901     FillRecPointData();
 902     FillTrackParamData();
 903 //     if (fDetElemId<500) continue;
 904     AliDebug(1,Form("cluster: %i", iCluster));
 905     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t DetElemID: %i\t ", fClustPos[0], fClustPos[1], fClustPos[2], fDetElemId));
 906     AliDebug(1,Form("fDetElemPos[0]: %f\t fDetElemPos[1]: %f\t fDetElemPos[2]: %f\t DetElemID: %i\t ", fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2], fDetElemId));
 907
 908     AliDebug(1,Form("Track Parameter: %i", iCluster));
 909     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t slopex: %f\t slopey: %f", fTrackPos[0], fTrackPos[1], fTrackPos[2], fTrackSlope[0], fTrackSlope[1]));
 910     AliDebug(1,Form("x0: %f\t y0: %f\t z0: %f\t slopex0: %f\t slopey0: %f", fTrackPos0[0], fTrackPos0[1], fTrackPos0[2], fTrackSlope0[0], fTrackSlope0[1]));
 911
 912     fCosPhi = TMath::Cos(fPhi);
 913     fSinPhi = TMath::Sin(fPhi);
 914     if (fBFieldOn){
 915       fMeas[0] = fTrackPos[0] - fClustPos[0];
 916       fMeas[1] = fTrackPos[1] - fClustPos[1];
 917     }
 918     else {
 919       fMeas[0] = - fClustPos[0];
 920       fMeas[1] = - fClustPos[1];
 921     }
 922     AliDebug(1,Form("fMeas[0]: %f\t fMeas[1]: %f\t fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f", fMeas[0], fMeas[1], fSigma[0], fSigma[1]));
 923     // Set local equations
 924     LocalEquationX();
 925     LocalEquationY();
 926   }
 927 }
 928
 929 void AliMUONAlignment::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit) {
 930   /// Call local fit for this tracks
 931   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
 932   if (iRes && !lSingleFit) {
 933     fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1);
 934   }
 935 }
 936
 937 void AliMUONAlignment::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls) {
 938   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
 939   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
 940
 941   AliInfo("Done fitting global parameters!");
 942   for (int iGlob=0; iGlob<fgNDetElem; iGlob++){
 943     printf("%d\t %f\t %f\t %f \n",iGlob,parameters[iGlob*fgNParCh+0],parameters[iGlob*fgNParCh+1],parameters[iGlob*fgNParCh+2]);
 944   }
 945 }
 946
 947 Double_t AliMUONAlignment::GetParError(Int_t iPar) {
 948   /// Get error of parameter iPar
 949   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
 950   return lErr;
 951 }
 952
 953 void AliMUONAlignment::PrintGlobalParameters() {
 954   /// Print global parameters
 955   fMillepede->PrintGlobalParameters();
 956 }
 957
 958 //_________________________________________________________________________
 959 TGeoCombiTrans AliMUONAlignment::ReAlign(const TGeoCombiTrans & transform, const double *lMisAlignment) const
 960 {
 961   /// Realign given transformation by given misalignment and return the misaligned transformation
 962
 963   Double_t cartMisAlig[3] = {0,0,0};
 964   Double_t angMisAlig[3] = {0,0,0};
 965 //   const Double_t *trans = transform.GetTranslation();
 966 //   TGeoRotation *rot;
 967 //   // check if the rotation we obtain is not NULL
 968 //   if (transform.GetRotation()) {
 969 //     rot = transform.GetRotation();
 970 //   }
 971 //   else {
 972 //     rot = new TGeoRotation("rot");
 973 //   }                  // default constructor.
 974
 975   cartMisAlig[0] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0])*lMisAlignment[0];
 976   cartMisAlig[1] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[1];
 977   cartMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[8])*lMisAlignment[3];
 978   angMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0]*transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[2]*180./TMath::Pi();
 979
 980   TGeoTranslation deltaTrans(cartMisAlig[0], cartMisAlig[1], cartMisAlig[2]);
 981   TGeoRotation deltaRot;
 982   deltaRot.RotateX(angMisAlig[0]);
 983   deltaRot.RotateY(angMisAlig[1]);
 984   deltaRot.RotateZ(angMisAlig[2]);
 985
 986   TGeoCombiTrans deltaTransf(deltaTrans,deltaRot);
 987   TGeoHMatrix newTransfMat = transform * deltaTransf;
 988
 989   return TGeoCombiTrans(newTransfMat);
 990 }
 991
 992 //______________________________________________________________________
 993 AliMUONGeometryTransformer *
 994 AliMUONAlignment::ReAlign(const AliMUONGeometryTransformer * transformer,
 995                             const double *misAlignments, Bool_t verbose)
 996
 997 {
 998   /// Returns a new AliMUONGeometryTransformer with the found misalignments
 999   /// applied.
1000
1001   // Takes the internal geometry module transformers, copies them
1002   // and gets the Detection Elements from them.
1003   // Takes misalignment parameters and applies these
1004   // to the local transform of the Detection Element
1005   // Obtains the global transform by multiplying the module transformer
1006   // transformation with the local transformation
1007   // Applies the global transform to a new detection element
1008   // Adds the new detection element to a new module transformer
1009   // Adds the new module transformer to a new geometry transformer
1010   // Returns the new geometry transformer
1011
1012   Double_t lModuleMisAlignment[3] = {0.,0.,0.};
1013   Double_t lDetElemMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1014   Int_t iDetElemId = 0;
1015   Int_t iDetElemNumber = 0;
1016
1017   AliMUONGeometryTransformer *newGeometryTransformer =
1018     new AliMUONGeometryTransformer();
1019   for (Int_t iMt = 0; iMt < transformer->GetNofModuleTransformers(); iMt++) {
1020     // module transformers
1021     const AliMUONGeometryModuleTransformer *kModuleTransformer =
1022       transformer->GetModuleTransformer(iMt, true);
1023
1024     AliMUONGeometryModuleTransformer *newModuleTransformer =
1025       new AliMUONGeometryModuleTransformer(iMt);
1026     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1027
1028     TGeoCombiTrans moduleTransform =
1029       TGeoCombiTrans(*kModuleTransformer->GetTransformation());
1030     // New module transformation
1031     TGeoCombiTrans newModuleTransform = ReAlign(moduleTransform,lModuleMisAlignment);
1032     newModuleTransformer->SetTransformation(newModuleTransform);
1033
1034     // Get delta transformation:
1035     // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1036     TGeoHMatrix deltaModuleTransform =
1037       AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1038                                        kModuleTransformer->GetTransformation()->Inverse());
1039     // Create module mis alignment matrix
1040     newGeometryTransformer
1041       ->AddMisAlignModule(kModuleTransformer->GetModuleId(), deltaModuleTransform);
1042
1043     AliMpExMap *detElements = kModuleTransformer->GetDetElementStore();
1044
1045     if (verbose)
1046       AliInfo(Form("%i DEs in old GeometryStore  %i",detElements->GetSize(), iMt));
1047
1048     TIter next(detElements->CreateIterator());
1049     AliMUONGeometryDetElement* detElement;
1050     Int_t iDe(-1);
1051     while ( ( detElement = static_cast<AliMUONGeometryDetElement*>(next()) ) )
1052     {
1053       ++iDe;
1054       // make a new detection element
1055       AliMUONGeometryDetElement *newDetElement =
1056         new AliMUONGeometryDetElement(detElement->GetId(),
1057                                       detElement->GetVolumePath());
1058       TString lDetElemName(detElement->GetDEName());
1059       lDetElemName.ReplaceAll("DE","");
1060       iDetElemId = lDetElemName.Atoi();
1061       iDetElemNumber = iDetElemId%100;
1062       for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
1063         iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
1064       }
1065       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
1066         lDetElemMisAlignment[i] = 0.0;
1067         if (iMt<fgNTrkMod) {
1068           AliInfo(Form("iMt %i, iCh %i, iDe %i, iDeId %i, iDeNb %i, iPar %i",iMt, iDetElemId/100, iDe, iDetElemId, iDetElemNumber, iDetElemNumber*fgNParCh+i));
1069           lDetElemMisAlignment[i] =  misAlignments[iDetElemNumber*fgNParCh+i];
1070         }
1071       }
1072       // local transformation of this detection element.
1073       TGeoCombiTrans localTransform
1074         = TGeoCombiTrans(*detElement->GetLocalTransformation());
1075       TGeoCombiTrans newLocalTransform = ReAlign(localTransform,lDetElemMisAlignment);
1076       newDetElement->SetLocalTransformation(newLocalTransform);
1077
1078       // global transformation
1079       TGeoHMatrix newGlobalTransform =
1080         AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1081                                          newLocalTransform);
1082       newDetElement->SetGlobalTransformation(newGlobalTransform);
1083
1084       // add this det element to module
1085       newModuleTransformer->GetDetElementStore()->Add(newDetElement->GetId(),
1086                                                       newDetElement);
1087
1088       // In the Alice Alignment Framework misalignment objects store
1089       // global delta transformation
1090       // Get detection "intermediate" global transformation
1091       TGeoHMatrix newOldGlobalTransform = newModuleTransform * localTransform;
1092       // Get detection element global delta transformation:
1093       // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1094       TGeoHMatrix  deltaGlobalTransform
1095         = AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newGlobalTransform,
1096                                            newOldGlobalTransform.Inverse());
1097
1098       // Create mis alignment matrix
1099       newGeometryTransformer
1100         ->AddMisAlignDetElement(detElement->GetId(), deltaGlobalTransform);
1101     }
1102
1103     if (verbose)
1104       AliInfo(Form("Added module transformer %i to the transformer", iMt));
1105     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1106   }
1107   return newGeometryTransformer;
1108 }
1109
1110 //______________________________________________________________________
1111 void AliMUONAlignment::SetAlignmentResolution(const TClonesArray* misAlignArray, Int_t rChId, Double_t rChResX, Double_t rChResY, Double_t rDeResX, Double_t rDeResY){
1112   /// Set alignment resolution to misalign objects to be stored in CDB
1113   Int_t chIdMin = (rChId<0)? 0 : rChId;
1114   Int_t chIdMax = (rChId<0)? 9 : rChId;
1115   Double_t chResX = rChResX;
1116   Double_t chResY = rChResY;
1117   Double_t deResX = rDeResX;
1118   Double_t deResY = rDeResY;
1119
1120   TMatrixDSym mChCorrMatrix(6);
1121   mChCorrMatrix[0][0]=chResX*chResX;
1122   mChCorrMatrix[1][1]=chResY*chResY;
1123   //  mChCorrMatrix.Print();
1124
1125   TMatrixDSym mDECorrMatrix(6);
1126   mDECorrMatrix[0][0]=deResX*deResX;
1127   mDECorrMatrix[1][1]=deResY*deResY;
1128   //  mDECorrMatrix.Print();
1129
1130   AliAlignObjMatrix *alignMat = 0x0;
1131
1132   for(Int_t chId=chIdMin; chId<=chIdMax; chId++) {
1133     TString chName1;
1134     TString chName2;
1135     if (chId<4){
1136       chName1 = Form("GM%d",chId);
1137       chName2 = Form("GM%d",chId);
1138     } else {
1139       chName1 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2);
1140       chName2 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2+1);
1141     }
1142
1143     for (int i=0; i<misAlignArray->GetEntries(); i++) {
1144       alignMat = (AliAlignObjMatrix*)misAlignArray->At(i);
1145       TString volName(alignMat->GetSymName());
1146       if((volName.Contains(chName1)&&
1147           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName1)+chName1.Length())||
1148            (volName.Length()==volName.Index(chName1)+chName1.Length())))||
1149          (volName.Contains(chName2)&&
1150           ((volName.Last('/')==volName.Index(chName2)+chName2.Length())||
1151            (volName.Length()==volName.Index(chName2)+chName2.Length())))){
1152         volName.Remove(0,volName.Last('/')+1);
1153         if (volName.Contains("GM")) {
1154           //    alignMat->Print("NULL");
1155           alignMat->SetCorrMatrix(mChCorrMatrix);
1156         } else if (volName.Contains("DE")) {
1157           //    alignMat->Print("NULL");
1158           alignMat->SetCorrMatrix(mDECorrMatrix);
1159         }
1160       }
1161     }
1162   }
1163 }