MUON/AliMUONAlignment.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONAlignment
  20 /// Alignment class for the ALICE DiMuon spectrometer
  21 ///
  22 /// MUON specific alignment class which interface to AliMillepede.
  23 /// For each track ProcessTrack calculates the local and global derivatives
  24 /// at each cluster and fill the corresponding local equations. Provide methods
  25 /// for fixing or constraining detection elements for best results.
  26 ///
  27 /// \author Bruce Becker, Javier Castillo
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 #include "AliMUONAlignment.h"
  31 #include "AliMUONTrack.h"
  32 #include "AliMUONTrackParam.h"
  33 #include "AliMUONVCluster.h"
  34 #include "AliMUONGeometryTransformer.h"
  35 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  36 #include "AliMUONGeometryDetElement.h"
  37 #include "AliMUONGeometryBuilder.h"
  38 #include "AliMillepede.h"
  39
  40 #include "AliMpExMap.h"
  41 #include "AliMpExMapIterator.h"
  42
  43 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  44 #include "AliLog.h"
  45
  46 #include "TMath.h"
  47 #include "TMatrixDSym.h"
  48 #include "TClonesArray.h"
  49
  50 /// \cond CLASSIMP
  51 ClassImp(AliMUONAlignment)
  52 /// \endcond
  53
  54 //_____________________________________________________________________
  55 // static variables
  56 Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElem = 4*2+4*2+18*2+26*2+26*2;
  57 Int_t AliMUONAlignment::fgNDetElemCh[10] = {4,4,4,4,18,18,26,26,26,26};
  58 Int_t AliMUONAlignment::fgSNDetElemCh[10] = {4,8,12,16,34,52,78,104,130,156};
  59 Int_t AliMUONAlignment::fgNParCh = 4;
  60 Int_t AliMUONAlignment::fgNTrkMod = 16;
  61 Int_t AliMUONAlignment::fgNCh = 10;
  62 Int_t AliMUONAlignment::fgNSt = 5;
  63
  64 //_____________________________________________________________________
  65 AliMUONAlignment::AliMUONAlignment()
  66   : TObject(),
  67     fBFieldOn(kTRUE),
  68     fStartFac(256.),
  69     fResCutInitial(100.),
  70     fResCut(100.),
  71     fMillepede(0),
  72     fTrack(0),
  73     fCluster(0),
  74     fTrackParam(0),
  75     fNGlobal(fgNDetElem*fgNParCh),
  76     fNLocal(4),
  77     fNStdDev(3),
  78     fDetElemId(0),
  79     fDetElemNumber(0),
  80     fPhi(0.),
  81     fCosPhi(1.),
  82     fSinPhi(0.),
  83     fTrackRecord(),
  84     fTransform(0)
  85 {
  86
  87   fSigma[0] = 1.5e-1;
  88   fSigma[1] = 1.0e-2;
  89
  90   AliInfo(Form("fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f",fSigma[0],fSigma[1]));
  91
  92   fDoF[0] = kTRUE;  fDoF[1] = kTRUE;  fDoF[2] = kTRUE;  fDoF[3] = kTRUE;
  93   fAllowVar[0] = 0.05;  fAllowVar[1] = 0.05;  fAllowVar[2] = 0.001;  fAllowVar[3] = 0.5;
  94
  95   AliInfo(Form("fAllowVar[0]: %f\t fAllowVar[1]: %f\t fPhi: %f\t fgNDetElem: %i\t fNGlobal: %i\t fNLocal: %i",fAllowVar[0],fAllowVar[1],fPhi,fgNDetElem,fNGlobal,fNLocal));
  96
  97   fMillepede = new AliMillepede();
  98
  99   Init(fNGlobal, fNLocal, fNStdDev);
 100
 101   ResetLocalEquation();
 102   AliInfo("Parameters initialized to zero");
 103
 104 }
 105
 106 //_____________________________________________________________________
 107 AliMUONAlignment::~AliMUONAlignment()
 108 {}
 109
 110 //_____________________________________________________________________
 111 void AliMUONAlignment::Init(
 112   Int_t nGlobal,  /* number of global paramers */
 113   Int_t nLocal,   /* number of local parameters */
 114   Int_t nStdDev   /* std dev cut */ )
 115 {
 116   /// Initialization of AliMillepede. Fix parameters, define constraints ...
 117   fMillepede->InitMille(nGlobal,nLocal,nStdDev,fResCut,fResCutInitial);
 118
 119   //  Bool_t bStOnOff[5] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 120   //  Bool_t bChOnOff[10] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 121   //  Bool_t bSpecLROnOff[2] = {kTRUE,kTRUE};
 122
 123   //  AllowVariations(bChOnOff);
 124
 125   // Fix parameters or add constraints here
 126   //   for (Int_t iSt=0; iSt<5; iSt++)
 127   //   { if (!bStOnOff[iSt]) FixStation(iSt+1); }
 128
 129   //   for (Int_t iCh=0; iCh<10; iCh++)
 130   //   { if (!bChOnOff[iCh]) FixChamber(iCh+1); }
 131
 132 //   FixHalfSpectrometer(bChOnOff,bSpecLROnOff);
 133
 134   ResetConstraints();
 135
 136   // Define global constrains to be applied
 137   // X, Y, P, XvsZ, YvsZ, PvsZ, XvsY, YvsY, PvsY
 138   Bool_t bVarXYT[9] = {kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE,kTRUE};
 139   Bool_t bDetTLBR[4] = {kFALSE,kTRUE,kFALSE,kTRUE};
 140   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR,bSpecLROnOff);
 141
 142   // Other possible way to add constrains
 143   bVarXYT[0] = kFALSE; bVarXYT[1] = kFALSE; bVarXYT[2] = kTRUE;
 144   bDetTLBR[0] = kFALSE; bDetTLBR[1] = kTRUE; bDetTLBR[2] = kFALSE; bDetTLBR[3] = kFALSE;
 145   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT,bDetTLBR);
 146
 147   bVarXYT[0] = kTRUE; bVarXYT[1] = kTRUE; bVarXYT[2] = kFALSE;
 148   //  AddConstraints(bStOnOff,bVarXYT);
 149
 150   // Set iterations
 151   if (fStartFac>1) fMillepede->SetIterations(fStartFac);
 152 }
 153
 154 //_____________________________________________________________________
 155 void AliMUONAlignment::FixStation(Int_t iSt)
 156 {
 157   /// Fix all detection elements of station iSt
 158   Int_t iDetElemFirst = (iSt>1) ? fgSNDetElemCh[2*(iSt-1)-1] : 0;
 159   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[2*(iSt)-1];
 160   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++)
 161   {
 162     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 163     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 164     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 165     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 166   }
 167
 168 }
 169
 170 //_____________________________________________________________________
 171 void AliMUONAlignment::FixChamber(Int_t iCh)
 172 {
 173   /// Fix all detection elements of chamber iCh
 174   Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 175   Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 176   for (Int_t i = iDetElemFirst; i < iDetElemLast; i++)
 177   {
 178     FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 179     FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 180     FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 181     FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 182   }
 183 }
 184
 185 //_____________________________________________________________________
 186 void AliMUONAlignment::FixDetElem(Int_t iDetElemId, TString sVarXYT)
 187 {
 188
 189   /// Fix a given detection element
 190   Int_t iDetElemNumber = iDetElemId%100;
 191   for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++)
 192   {
 193     iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
 194   }
 195
 196   if (sVarXYT.Contains("X"))
 197   {
 198     // X constraint
 199     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+0, 0.0);
 200   }
 201
 202   if (sVarXYT.Contains("Y"))
 203   {
 204     // Y constraint
 205     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+1, 0.0);
 206   }
 207
 208   if (sVarXYT.Contains("T"))
 209   {
 210     // T constraint
 211     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+2, 0.0);
 212   }
 213
 214   if (sVarXYT.Contains("Z"))
 215   {
 216     // T constraint
 217     FixParameter(iDetElemNumber*fgNParCh+3, 0.0);
 218   }
 219
 220 }
 221
 222 //_____________________________________________________________________
 223 void AliMUONAlignment::FixHalfSpectrometer(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lSpecLROnOff)
 224 {
 225
 226   /// Fix left or right detector
 227   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 228   {
 229
 230     Int_t iCh=0;
 231     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++)
 232     { if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break; }
 233
 234     if (lChOnOff[iCh-1])
 235     {
 236
 237       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 238       if (iCh>=1 && iCh<=4)
 239       {
 240
 241         if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && !lSpecLROnOff[0])
 242         {
 243           // From track crossings
 244           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 245           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 246           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 247           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 248         }
 249
 250         if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && !lSpecLROnOff[1])
 251         {
 252           // From track crossings
 253           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 254           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 255           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 256           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 257         }
 258
 259       }
 260
 261       if (iCh>=5 && iCh<=6)
 262       {
 263
 264         if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && !lSpecLROnOff[0])
 265         {
 266           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 267           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 268           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 269           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 270         }
 271
 272         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 273           (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && !lSpecLROnOff[1])
 274         {
 275
 276           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 277           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 278           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 279           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 280         }
 281
 282       }
 283
 284       if (iCh>=7 && iCh<=10)
 285       {
 286
 287         if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && !lSpecLROnOff[0])
 288         {
 289           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 290           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 291           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 292           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 293         }
 294
 295         if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 296           (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && !lSpecLROnOff[1])
 297         {
 298           FixParameter(i*fgNParCh+0, 0.0);
 299           FixParameter(i*fgNParCh+1, 0.0);
 300           FixParameter(i*fgNParCh+2, 0.0);
 301           FixParameter(i*fgNParCh+3, 0.0);
 302         }
 303
 304       }
 305
 306     }
 307
 308   }
 309
 310 }
 311
 312 //______________________________________________________________________
 313 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT)
 314 {
 315
 316   /// Set non linear parameter flag selected chambers and degrees of freedom
 317   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 318   {
 319
 320     Int_t iCh=0;
 321     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++)
 322     { if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break; }
 323
 324     if (lChOnOff[iCh-1])
 325     {
 326
 327       if (lVarXYT[0])
 328       {
 329         // X constraint
 330         SetNonLinear(i*fgNParCh+0);
 331       }
 332
 333       if (lVarXYT[1])
 334       {
 335         // Y constraint
 336         SetNonLinear(i*fgNParCh+1);
 337       }
 338
 339       if (lVarXYT[2])
 340       {
 341         // T constraint
 342         SetNonLinear(i*fgNParCh+2);
 343       }
 344
 345       if (lVarXYT[3])
 346       {
 347         // Z constraint
 348         SetNonLinear(i*fgNParCh+3);
 349       }
 350
 351     }
 352
 353   }
 354
 355 }
 356
 357 //______________________________________________________________________
 358 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT)
 359 {
 360
 361   /// Add constraint equations for selected chambers and degrees of freedom
 362   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 363   {
 364
 365     Int_t iCh=0;
 366     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++)
 367     {
 368       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 369     }
 370
 371     if (lChOnOff[iCh-1])
 372     {
 373       if (lVarXYT[0])
 374       {
 375         // X constraint
 376         fConstraintX[i*fgNParCh+0]=1.0;
 377       }
 378
 379       if (lVarXYT[1])
 380       {
 381         // Y constraint
 382         fConstraintY[i*fgNParCh+1]=1.0;
 383       }
 384
 385       if (lVarXYT[2])
 386       {
 387         // T constraint
 388         fConstraintP[i*fgNParCh+2]=1.0;
 389       }
 390       //       if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 391       //        fConstraintP[i*fgNParCh+3]=1.0;
 392       //       }
 393
 394     }
 395   }
 396
 397   if (lVarXYT[0])
 398   {
 399     // X constraint
 400     AddConstraint(fConstraintX,0.0);
 401   }
 402
 403   if (lVarXYT[1])
 404   {
 405     // Y constraint
 406     AddConstraint(fConstraintY,0.0);
 407   }
 408
 409   if (lVarXYT[2])
 410   {
 411     // T constraint
 412     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 413   }
 414
 415 //   if (lVarXYT[3]) { // Z constraint
 416 //     AddConstraint(fConstraintP,0.0);
 417 //   }
 418 }
 419
 420 //______________________________________________________________________
 421 void AliMUONAlignment::AddConstraints(const Bool_t *lChOnOff, const Bool_t *lVarXYT, const Bool_t *lDetTLBR, const Bool_t *lSpecLROnOff)
 422 {
 423   /// Add constraint equations for selected chambers, degrees of freedom and detector half
 424   Double_t lDetElemLocX = 0.;
 425   Double_t lDetElemLocY = 0.;
 426   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
 427   Double_t lDetElemGloX = 0.;
 428   Double_t lDetElemGloY = 0.;
 429   Double_t lDetElemGloZ = 0.;
 430   Double_t lMeanY = 0.;
 431   Double_t lSigmaY = 0.;
 432   Double_t lMeanZ = 0.;
 433   Double_t lSigmaZ = 0.;
 434   Int_t lNDetElem = 0;
 435   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++)
 436   {
 437
 438     Int_t iCh=0;
 439     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 440       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 441     }
 442     if (lChOnOff[iCh-1]){
 443       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 444       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 445       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 446              lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 447       if (iCh>=1 && iCh<=4){
 448   if ((lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2) && lSpecLROnOff[0]){ // From track crossings
 449     lMeanY += lDetElemGloY;
 450     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 451     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 452     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 453     lNDetElem++;
 454   }
 455   if ((lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3) && lSpecLROnOff[1]){ // From track crossings
 456     lMeanY += lDetElemGloY;
 457     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 458     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 459     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 460     lNDetElem++;
 461   }
 462       }
 463       if (iCh>=5 && iCh<=6){
 464   if ((lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13) && lSpecLROnOff[0]){
 465     lMeanY += lDetElemGloY;
 466     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 467     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 468     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 469     lNDetElem++;
 470   }
 471   if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 472        (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)) && lSpecLROnOff[1]){
 473     lMeanY += lDetElemGloY;
 474     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 475     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 476     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 477     lNDetElem++;
 478   }
 479       }
 480       if (iCh>=7 && iCh<=10){
 481   if ((lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19) && lSpecLROnOff[0]){
 482     lMeanY += lDetElemGloY;
 483     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 484     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 485     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 486     lNDetElem++;
 487   }
 488   if (((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 489        (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)) && lSpecLROnOff[1]){
 490     lMeanY += lDetElemGloY;
 491     lSigmaY += lDetElemGloY*lDetElemGloY;
 492     lMeanZ += lDetElemGloZ;
 493     lSigmaZ += lDetElemGloZ*lDetElemGloZ;
 494     lNDetElem++;
 495   }
 496       }
 497     }
 498   }
 499   lMeanY /= lNDetElem;
 500   lSigmaY /= lNDetElem;
 501   lSigmaY = TMath::Sqrt(lSigmaY-lMeanY*lMeanY);
 502   lMeanZ /= lNDetElem;
 503   lSigmaZ /= lNDetElem;
 504   lSigmaZ = TMath::Sqrt(lSigmaZ-lMeanZ*lMeanZ);
 505   AliInfo(Form("Used %i DetElem, MeanZ= %f , SigmaZ= %f", lNDetElem,lMeanZ,lSigmaZ));
 506
 507   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 508     Int_t iCh=0;
 509     for (iCh=1; iCh<=fgNCh; iCh++){
 510       if (i<fgSNDetElemCh[iCh-1]) break;
 511     }
 512     if (lChOnOff[iCh-1]){
 513       Int_t lDetElemNumber = (iCh==1) ? i : i-fgSNDetElemCh[iCh-2];
 514       Int_t lDetElemId = iCh*100+lDetElemNumber;
 515       fTransform->Local2Global(lDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
 516              lDetElemGloX,lDetElemGloY,lDetElemGloZ);
 517       if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 518   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXT,0); // Top half
 519   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXL,0); // Left half
 520   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXB,0); // Bottom half
 521   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXR,0); // Right half
 522       }
 523       if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 524   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYT,1); // Top half
 525   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYL,1); // Left half
 526   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYB,1); // Bottom half
 527   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYR,1); // Right half
 528       }
 529       if (lVarXYT[2]) { // P constraint
 530   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPT,2); // Top half
 531   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPL,2); // Left half
 532   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPB,2); // Bottom half
 533   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPR,2); // Right half
 534       }
 535       if (lVarXYT[3]) { // X-Z shearing
 536   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXZT,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 537   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXZL,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 538   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXZB,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 539   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXZR,0,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 540       }
 541       if (lVarXYT[4]) { // Y-Z shearing
 542   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYZT,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 543   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYZL,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 544   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYZB,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 545   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYZR,1,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 546       }
 547       if (lVarXYT[5]) { // P-Z rotation
 548   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPZT,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Top half
 549   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPZL,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Left half
 550   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPZB,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Bottom half
 551   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPZR,2,(lDetElemGloZ-lMeanZ)/lSigmaZ); // Right half
 552       }
 553       if (lVarXYT[6]) { // X-Y shearing
 554   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintXYT,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 555   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintXYL,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 556   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintXYB,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 557   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintXYR,0,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 558       }
 559       if (lVarXYT[7]) { // Y-Y scaling
 560   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintYYT,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 561   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintYYL,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 562   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintYYB,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 563   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintYYR,1,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 564       }
 565       if (lVarXYT[8]) { // P-Y rotation
 566   if (lDetTLBR[0]) ConstrainT(i,iCh,fConstraintPYT,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Top half
 567   if (lDetTLBR[1]) ConstrainL(i,iCh,fConstraintPYL,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Left half
 568   if (lDetTLBR[2]) ConstrainB(i,iCh,fConstraintPYB,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Bottom half
 569   if (lDetTLBR[3]) ConstrainR(i,iCh,fConstraintPYR,2,(lDetElemGloY-lMeanY)/lSigmaY); // Right half
 570       }
 571     }
 572   }
 573   if (lVarXYT[0]) { // X constraint
 574     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXT,0.0); // Top half
 575     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXL,0.0); // Left half
 576     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXB,0.0); // Bottom half
 577     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXR,0.0); // Right half
 578   }
 579   if (lVarXYT[1]) { // Y constraint
 580     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYT,0.0); // Top half
 581     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYL,0.0); // Left half
 582     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYB,0.0); // Bottom half
 583     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYR,0.0); // Right half
 584   }
 585   if (lVarXYT[2]) { // T constraint
 586     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPT,0.0); // Top half
 587     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPL,0.0); // Left half
 588     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPB,0.0); // Bottom half
 589     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPR,0.0); // Right half
 590   }
 591   if (lVarXYT[3]) { // X-Z constraint
 592     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXZT,0.0); // Top half
 593     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXZL,0.0); // Left half
 594     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXZB,0.0); // Bottom half
 595     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXZR,0.0); // Right half
 596   }
 597   if (lVarXYT[4]) { // Y-Z constraint
 598     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYZT,0.0); // Top half
 599     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYZL,0.0); // Left half
 600     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYZB,0.0); // Bottom half
 601     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYZR,0.0); // Right half
 602   }
 603   if (lVarXYT[5]) { // P-Z constraint
 604     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPZT,0.0); // Top half
 605     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPZL,0.0); // Left half
 606     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPZB,0.0); // Bottom half
 607     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPZR,0.0); // Right half
 608   }
 609   if (lVarXYT[6]) { // X-Y constraint
 610     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintXYT,0.0); // Top half
 611     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintXYL,0.0); // Left half
 612     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintXYB,0.0); // Bottom half
 613     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintXYR,0.0); // Right half
 614   }
 615   if (lVarXYT[7]) { // Y-Y constraint
 616     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintYYT,0.0); // Top half
 617     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintYYL,0.0); // Left half
 618     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintYYB,0.0); // Bottom half
 619     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintYYR,0.0); // Right half
 620   }
 621   if (lVarXYT[8]) { // P-Y constraint
 622     if (lDetTLBR[0]) AddConstraint(fConstraintPYT,0.0); // Top half
 623     if (lDetTLBR[1]) AddConstraint(fConstraintPYL,0.0); // Left half
 624     if (lDetTLBR[2]) AddConstraint(fConstraintPYB,0.0); // Bottom half
 625     if (lDetTLBR[3]) AddConstraint(fConstraintPYR,0.0); // Right half
 626   }
 627 }
 628
 629 void AliMUONAlignment::ConstrainT(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintT, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 630   /// Set constrain equation for top half of spectrometer
 631   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 632   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 633     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==1){ // From track crossings
 634       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 635     }
 636   }
 637   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 638     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=9){
 639       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 640     }
 641   }
 642   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 643     if (lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=13){
 644       lConstraintT[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 645     }
 646   }
 647 }
 648
 649 //______________________________________________________________________
 650 void AliMUONAlignment::ConstrainL(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintL, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 651   /// Set constrain equation for left half of spectrometer
 652   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 653   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 654     if (lDetElemNumber==1 || lDetElemNumber==2){ // From track crossings
 655       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 656     }
 657   }
 658   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 659     if (lDetElemNumber>=5&&lDetElemNumber<=13){
 660       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 661     }
 662   }
 663   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 664     if (lDetElemNumber>=7&&lDetElemNumber<=19){
 665       lConstraintL[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 666     }
 667   }
 668 }
 669
 670 //______________________________________________________________________
 671 void AliMUONAlignment::ConstrainB(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintB, Int_t iVar, Double_t /*lWeight*/) const{
 672   /// Set constrain equation for bottom half of spectrometer
 673   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 674   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 675     if (lDetElemNumber==2 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 676       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 677     }
 678   }
 679   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 680     if ((lDetElemNumber>=9&&lDetElemNumber<=17) ||
 681   (lDetElemNumber==0)){
 682       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 683     }
 684   }
 685   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 686     if ((lDetElemNumber>=13&&lDetElemNumber<=25) ||
 687   (lDetElemNumber==0)){
 688       lConstraintB[lDetElem*fgNParCh+iVar]=1.0;
 689     }
 690   }
 691 }
 692
 693 //______________________________________________________________________
 694 void AliMUONAlignment::ConstrainR(Int_t lDetElem, Int_t lCh, Double_t *lConstraintR, Int_t iVar, Double_t lWeight) const{
 695   /// Set constrain equation for right half of spectrometer
 696   Int_t lDetElemNumber = (lCh==1) ? lDetElem : lDetElem-fgSNDetElemCh[lCh-2];
 697   if (lCh>=1 && lCh<=4){
 698     if (lDetElemNumber==0 || lDetElemNumber==3){ // From track crossings
 699       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 700     }
 701   }
 702   if (lCh>=5 && lCh<=6){
 703     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=4) ||
 704   (lDetElemNumber>=14&&lDetElemNumber<=17)){
 705       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 706     }
 707   }
 708   if (lCh>=7 && lCh<=10){
 709     if ((lDetElemNumber>=0&&lDetElemNumber<=6) ||
 710   (lDetElemNumber>=20&&lDetElemNumber<=25)){
 711       lConstraintR[lDetElem*fgNParCh+iVar]=lWeight;
 712     }
 713   }
 714 }
 715
 716 //______________________________________________________________________
 717 void AliMUONAlignment::ResetConstraints(){
 718   /// Reset all constraint equations
 719   for (Int_t i = 0; i < fgNDetElem; i++){
 720     fConstraintX[i*fgNParCh+0]=0.0;
 721     fConstraintX[i*fgNParCh+1]=0.0;
 722     fConstraintX[i*fgNParCh+2]=0.0;
 723     fConstraintY[i*fgNParCh+0]=0.0;
 724     fConstraintY[i*fgNParCh+1]=0.0;
 725     fConstraintY[i*fgNParCh+2]=0.0;
 726     fConstraintP[i*fgNParCh+0]=0.0;
 727     fConstraintP[i*fgNParCh+1]=0.0;
 728     fConstraintP[i*fgNParCh+2]=0.0;
 729     fConstraintXT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 730     fConstraintXT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 731     fConstraintXT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 732     fConstraintYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 733     fConstraintYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 734     fConstraintYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 735     fConstraintPT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 736     fConstraintPT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 737     fConstraintPT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 738     fConstraintXZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 739     fConstraintXZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 740     fConstraintXZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 741     fConstraintYZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 742     fConstraintYZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 743     fConstraintYZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 744     fConstraintPZT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 745     fConstraintPZT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 746     fConstraintPZT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 747     fConstraintXYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 748     fConstraintXYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 749     fConstraintXYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 750     fConstraintYYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 751     fConstraintYYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 752     fConstraintYYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 753     fConstraintPYT[i*fgNParCh+0]=0.0;
 754     fConstraintPYT[i*fgNParCh+1]=0.0;
 755     fConstraintPYT[i*fgNParCh+2]=0.0;
 756     fConstraintXL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 757     fConstraintXL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 758     fConstraintXL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 759     fConstraintYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 760     fConstraintYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 761     fConstraintYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 762     fConstraintPL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 763     fConstraintPL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 764     fConstraintPL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 765     fConstraintXZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 766     fConstraintXZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 767     fConstraintXZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 768     fConstraintYZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 769     fConstraintYZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 770     fConstraintYZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 771     fConstraintPZL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 772     fConstraintPZL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 773     fConstraintPZL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 774     fConstraintXYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 775     fConstraintXYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 776     fConstraintXYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 777     fConstraintYYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 778     fConstraintYYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 779     fConstraintYYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 780     fConstraintPYL[i*fgNParCh+0]=0.0;
 781     fConstraintPYL[i*fgNParCh+1]=0.0;
 782     fConstraintPYL[i*fgNParCh+2]=0.0;
 783     fConstraintXB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 784     fConstraintXB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 785     fConstraintXB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 786     fConstraintYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 787     fConstraintYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 788     fConstraintYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 789     fConstraintPB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 790     fConstraintPB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 791     fConstraintPB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 792     fConstraintXZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 793     fConstraintXZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 794     fConstraintXZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 795     fConstraintYZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 796     fConstraintYZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 797     fConstraintYZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 798     fConstraintPZB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 799     fConstraintPZB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 800     fConstraintPZB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 801     fConstraintXYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 802     fConstraintXYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 803     fConstraintXYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 804     fConstraintYYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 805     fConstraintYYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 806     fConstraintYYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 807     fConstraintPYB[i*fgNParCh+0]=0.0;
 808     fConstraintPYB[i*fgNParCh+1]=0.0;
 809     fConstraintPYB[i*fgNParCh+2]=0.0;
 810     fConstraintXR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 811     fConstraintXR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 812     fConstraintXR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 813     fConstraintYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 814     fConstraintYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 815     fConstraintYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 816     fConstraintPR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 817     fConstraintPR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 818     fConstraintPR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 819     fConstraintXZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 820     fConstraintXZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 821     fConstraintXZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 822     fConstraintYZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 823     fConstraintYZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 824     fConstraintYZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 825     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 826     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 827     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 828     fConstraintPZR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 829     fConstraintPZR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 830     fConstraintPZR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 831     fConstraintXYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 832     fConstraintXYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 833     fConstraintXYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 834     fConstraintYYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 835     fConstraintYYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 836     fConstraintYYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 837     fConstraintPYR[i*fgNParCh+0]=0.0;
 838     fConstraintPYR[i*fgNParCh+1]=0.0;
 839     fConstraintPYR[i*fgNParCh+2]=0.0;
 840   }
 841 }
 842
 843 //______________________________________________________________________
 844 void AliMUONAlignment::AddConstraint(Double_t *par, Double_t value) {
 845   /// Constrain equation defined by par to value
 846   fMillepede->SetGlobalConstraint(par, value);
 847   AliInfo("Adding constraint");
 848 }
 849
 850 //______________________________________________________________________
 851 void AliMUONAlignment::InitGlobalParameters(Double_t *par) {
 852   /// Initialize global parameters with par array
 853   fMillepede->SetGlobalParameters(par);
 854   AliInfo("Init Global Parameters");
 855 }
 856
 857 //______________________________________________________________________
 858 void AliMUONAlignment::FixParameter(Int_t iPar, Double_t value) {
 859   /// Parameter iPar is encourage to vary in [-value;value].
 860   /// If value == 0, parameter is fixed
 861   fMillepede->SetParSigma(iPar, value);
 862   if (TMath::Abs(value)<1e-4) AliInfo(Form("Parameter %i Fixed", iPar));
 863 }
 864
 865 //______________________________________________________________________
 866 void AliMUONAlignment::ResetLocalEquation()
 867 {
 868   /// Reset the derivative vectors
 869   for(int i=0; i<fNLocal; i++) {
 870     fLocalDerivatives[i] = 0.0;
 871   }
 872   for(int i=0; i<fNGlobal; i++) {
 873     fGlobalDerivatives[i] = 0.0;
 874   }
 875 }
 876
 877 //______________________________________________________________________
 878 void AliMUONAlignment::AllowVariations(const Bool_t *bChOnOff)
 879 {
 880
 881   /// Set allowed variation for selected chambers based on fDoF and fAllowVar
 882   for (Int_t iCh=1; iCh<=10; iCh++)
 883   {
 884     if (bChOnOff[iCh-1])
 885     {
 886
 887       Int_t iDetElemFirst = (iCh>1) ? fgSNDetElemCh[iCh-2] : 0;
 888       Int_t iDetElemLast = fgSNDetElemCh[iCh-1];
 889       for (int i=0; i<fgNParCh; i++)
 890       {
 891         AliDebug(1,Form("fDoF[%d]= %d",i,fDoF[i]));
 892         if (fDoF[i])
 893         {
 894           for (Int_t j=iDetElemFirst; j<iDetElemLast; j++){
 895             FixParameter(j*fgNParCh+i, fAllowVar[i]);
 896           }
 897         }
 898
 899       }
 900
 901     }
 902
 903   }
 904
 905 }
 906
 907 //______________________________________________________________________
 908 void AliMUONAlignment::SetNonLinear(Int_t iPar  /* set non linear flag */ )
 909 {
 910   /// Set nonlinear flag for parameter iPar
 911   fMillepede->SetNonLinear(iPar);
 912   AliInfo(Form("Parameter %i set to non linear", iPar));
 913 }
 914
 915 //______________________________________________________________________
 916 void AliMUONAlignment::SetSigmaXY(Double_t sigmaX, Double_t sigmaY)
 917 {
 918
 919   /// Set expected measurement resolution
 920   fSigma[0] = sigmaX;   fSigma[1] = sigmaY;
 921   AliInfo(Form("Using fSigma[0]=%f and fSigma[1]=%f",fSigma[0],fSigma[1]));
 922 }
 923
 924
 925 //______________________________________________________________________
 926 void AliMUONAlignment::LocalEquationX( Bool_t doAlignment )
 927 {
 928
 929
 930   // local cluster record
 931   AliMUONAlignmentClusterRecord clusterRecord;
 932
 933   // store detector and measurement
 934   clusterRecord.SetDetElemId( fDetElemId );
 935   clusterRecord.SetDetElemNumber( fDetElemNumber );
 936   clusterRecord.SetMeas( fMeas[0] );
 937   clusterRecord.SetSigma( fSigma[0] );
 938
 939   // store local derivatives
 940   clusterRecord.SetLocalDerivative( 0, fCosPhi );
 941   clusterRecord.SetLocalDerivative( 1, fCosPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]) );
 942   clusterRecord.SetLocalDerivative( 2, fSinPhi );
 943   clusterRecord.SetLocalDerivative( 3, fSinPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2]) );
 944
 945   // store global derivatives
 946   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 0, -fCosPhi );
 947   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 1, -fSinPhi );
 948
 949   if (fBFieldOn)
 950   {
 951
 952     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
 953       2,
 954       -fSinPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
 955       +fCosPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]) );
 956
 957   } else {
 958
 959     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
 960       2,
 961       -fSinPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
 962       +fCosPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]) );
 963
 964   }
 965
 966   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 3, fCosPhi*fTrackSlope0[0]+fSinPhi*fTrackSlope0[1] );
 967
 968   // append to trackRecord
 969   fTrackRecord.AddClusterRecord( clusterRecord );
 970
 971   // store local equation
 972   if( doAlignment ) LocalEquation( clusterRecord );
 973
 974 }
 975
 976 //______________________________________________________________________
 977 void AliMUONAlignment::LocalEquationY(Bool_t doAlignment )
 978 {
 979
 980   // local cluster record
 981   AliMUONAlignmentClusterRecord clusterRecord;
 982
 983   // store detector and measurement
 984   clusterRecord.SetDetElemId( fDetElemId );
 985   clusterRecord.SetDetElemNumber( fDetElemNumber );
 986   clusterRecord.SetMeas( fMeas[1] );
 987   clusterRecord.SetSigma( fSigma[1] );
 988
 989   // store local derivatives
 990   clusterRecord.SetLocalDerivative( 0, -fSinPhi );
 991   clusterRecord.SetLocalDerivative( 1, -fSinPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2] ) );
 992   clusterRecord.SetLocalDerivative( 2, fCosPhi );
 993   clusterRecord.SetLocalDerivative( 3, fCosPhi*(fTrackPos[2] - fTrackPos0[2] ) );
 994
 995   // set global derivatives
 996   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 0,  fSinPhi);
 997   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 1, -fCosPhi);
 998
 999   if (fBFieldOn)
1000   {
1001
1002     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
1003        2,
1004       -fCosPhi*(fTrackPos[0]-fDetElemPos[0])
1005       -fSinPhi*(fTrackPos[1]-fDetElemPos[1]));
1006
1007   } else {
1008
1009     clusterRecord.SetGlobalDerivative(
1010        2,
1011       -fCosPhi*(fTrackPos0[0]+fTrackSlope0[0]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[0])
1012       -fSinPhi*(fTrackPos0[1]+fTrackSlope0[1]*(fTrackPos[2]-fTrackPos0[2])-fDetElemPos[1]));
1013   }
1014
1015   clusterRecord.SetGlobalDerivative( 3, -fSinPhi*fTrackSlope0[0]+fCosPhi*fTrackSlope0[1]);
1016
1017   // append to trackRecord
1018   fTrackRecord.AddClusterRecord( clusterRecord );
1019
1020   // store local equation
1021   if( doAlignment ) LocalEquation( clusterRecord );
1022
1023 }
1024
1025 //_____________________________________________________
1026 void AliMUONAlignment::LocalEquation( const AliMUONAlignmentClusterRecord& clusterRecord )
1027 {
1028
1029   // copy to local variables
1030   for( Int_t index = 0; index < 4; ++index )
1031   {
1032     SetLocalDerivative( index, clusterRecord.GetLocalDerivative( index ) );
1033     SetGlobalDerivative( clusterRecord.GetDetElemNumber()*fgNParCh + index, clusterRecord.GetGlobalDerivative( index ) );
1034   }
1035
1036   // pass equation parameters to millepede
1037   fMillepede->SetLocalEquation( fGlobalDerivatives, fLocalDerivatives, clusterRecord.GetMeas(), clusterRecord.GetSigma() );
1038
1039 }
1040
1041 //______________________________________________________________________
1042 void AliMUONAlignment::FillRecPointData()
1043 {
1044
1045   /// Get information of current cluster
1046   fClustPos[0] = fCluster->GetX();
1047   fClustPos[1] = fCluster->GetY();
1048   fClustPos[2] = fCluster->GetZ();
1049   fTransform->Global2Local(
1050     fDetElemId,fClustPos[0],fClustPos[1],fClustPos[2],
1051     fClustPosLoc[0],fClustPosLoc[1],fClustPosLoc[2]);
1052
1053 }
1054
1055 //______________________________________________________________________
1056 void AliMUONAlignment::FillTrackParamData()
1057 {
1058
1059   /// Get information of current track at current cluster
1060   fTrackPos[0] = fTrackParam->GetNonBendingCoor();
1061   fTrackPos[1] = fTrackParam->GetBendingCoor();
1062   fTrackPos[2] = fTrackParam->GetZ();
1063   fTrackSlope[0] = fTrackParam->GetNonBendingSlope();
1064   fTrackSlope[1] = fTrackParam->GetBendingSlope();
1065   fTransform->Global2Local(
1066     fDetElemId,fTrackPos[0],fTrackPos[1],fTrackPos[2],
1067     fTrackPosLoc[0],fTrackPosLoc[1],fTrackPosLoc[2]);
1068
1069 }
1070
1071 //_____________________________________________________
1072 void AliMUONAlignment::FillDetElemData()
1073 {
1074
1075   /// Get information of current detection element
1076   Double_t lDetElemLocX = 0.;
1077   Double_t lDetElemLocY = 0.;
1078   Double_t lDetElemLocZ = 0.;
1079   fDetElemId = fCluster->GetDetElemId();
1080   fDetElemNumber = fDetElemId%100;
1081   for (int iCh=0; iCh<fDetElemId/100-1; iCh++)
1082   { fDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh]; }
1083
1084   fTransform->Local2Global(
1085     fDetElemId,lDetElemLocX,lDetElemLocY,lDetElemLocZ,
1086     fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2]);
1087
1088 }
1089
1090 //_____________________________________________________
1091 AliMUONAlignmentTrackRecord* AliMUONAlignment::ProcessTrack( AliMUONTrack* track, Bool_t doAlignment )
1092 {
1093
1094   // store current track in running member.
1095   fTrack = track;
1096
1097   // clear track record
1098   fTrackRecord.Clear();
1099
1100   // get number of tracks
1101   Int_t nTrackParam = fTrack->GetTrackParamAtCluster()->GetEntries();
1102   AliDebug(1,Form("Number of track param entries : %i ", nTrackParam));
1103
1104   Bool_t first( kTRUE );
1105   for(Int_t iCluster=0; iCluster<nTrackParam; iCluster++)
1106   {
1107
1108     // and get new pointers
1109     fTrackParam = (AliMUONTrackParam *) fTrack->GetTrackParamAtCluster()->At(iCluster);
1110     if ( ! fTrackParam ) continue;
1111     fCluster = fTrackParam->GetClusterPtr();
1112     if ( ! fCluster ) continue;
1113     // if (fDetElemId<500) continue;
1114
1115     // fill local variables for this position --> one measurement
1116     FillDetElemData();
1117     FillRecPointData();
1118     FillTrackParamData();
1119
1120     if( first )
1121     {
1122
1123       // for first valid cluster, save track position as "starting" values
1124       first = kFALSE;
1125
1126       fTrackPos0[0] = fTrackPos[0];
1127       fTrackPos0[1] = fTrackPos[1];
1128       fTrackPos0[2] = fTrackPos[2];
1129       fTrackSlope0[0] = fTrackSlope[0];
1130       fTrackSlope0[1] = fTrackSlope[1];
1131
1132     }
1133
1134     // calculate measurements
1135     fCosPhi = TMath::Cos(fPhi);
1136     fSinPhi = TMath::Sin(fPhi);
1137     if( fBFieldOn )
1138     {
1139
1140       fMeas[0] = fTrackPos[0] - fClustPos[0];
1141       fMeas[1] = fTrackPos[1] - fClustPos[1];
1142
1143     } else {
1144
1145       fMeas[0] = - fClustPos[0];
1146       fMeas[1] = - fClustPos[1];
1147
1148     }
1149
1150     // soùe debugging
1151     AliDebug(1,Form("cluster: %i", iCluster));
1152     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t DetElemID: %i\t ", fClustPos[0], fClustPos[1], fClustPos[2], fDetElemId));
1153     AliDebug(1,Form("fDetElemPos[0]: %f\t fDetElemPos[1]: %f\t fDetElemPos[2]: %f\t DetElemID: %i\t ", fDetElemPos[0],fDetElemPos[1],fDetElemPos[2], fDetElemId));
1154
1155     AliDebug(1,Form("Track Parameter: %i", iCluster));
1156     AliDebug(1,Form("x: %f\t y: %f\t z: %f\t slopex: %f\t slopey: %f", fTrackPos[0], fTrackPos[1], fTrackPos[2], fTrackSlope[0], fTrackSlope[1]));
1157     AliDebug(1,Form("x0: %f\t y0: %f\t z0: %f\t slopex0: %f\t slopey0: %f", fTrackPos0[0], fTrackPos0[1], fTrackPos0[2], fTrackSlope0[0], fTrackSlope0[1]));
1158
1159     AliDebug(1,Form("fMeas[0]: %f\t fMeas[1]: %f\t fSigma[0]: %f\t fSigma[1]: %f", fMeas[0], fMeas[1], fSigma[0], fSigma[1]));
1160
1161     // Set local equations
1162     LocalEquationX( doAlignment );
1163     LocalEquationY( doAlignment );
1164
1165   }
1166
1167   return &fTrackRecord;
1168
1169 }
1170
1171 //______________________________________________________________________________
1172 void AliMUONAlignment::ProcessTrack( AliMUONAlignmentTrackRecord* track, Bool_t doAlignment )
1173 {
1174
1175   if( !( track && doAlignment ) ) return;
1176
1177   // loop over clusters
1178   for( Int_t index = 0; index < track->GetNRecords(); ++index )
1179   { if( AliMUONAlignmentClusterRecord* record = track->GetRecord( index ) ) LocalEquation( *record ); }
1180
1181   return;
1182
1183 }
1184
1185 //_____________________________________________________
1186 void AliMUONAlignment::LocalFit(Int_t iTrack, Double_t *lTrackParam, Int_t lSingleFit)
1187 {
1188
1189   /// Call local fit for this tracks
1190   Int_t iRes = fMillepede->LocalFit(iTrack,lTrackParam,lSingleFit);
1191   if (iRes && !lSingleFit)
1192   { fMillepede->SetNLocalEquations(fMillepede->GetNLocalEquations()+1); }
1193
1194 }
1195
1196 //_____________________________________________________
1197 void AliMUONAlignment::GlobalFit(Double_t *parameters,Double_t *errors,Double_t *pulls)
1198 {
1199
1200   /// Call global fit; Global parameters are stored in parameters
1201   fMillepede->GlobalFit(parameters,errors,pulls);
1202
1203   AliInfo("Done fitting global parameters!");
1204   for (int iGlob=0; iGlob<fgNDetElem; iGlob++)
1205   { printf("%d\t %f\t %f\t %f\t %f \n",iGlob,parameters[iGlob*fgNParCh+0],parameters[iGlob*fgNParCh+1],parameters[iGlob*fgNParCh+3],parameters[iGlob*fgNParCh+2]); }
1206
1207
1208 }
1209
1210 //_____________________________________________________
1211 Double_t AliMUONAlignment::GetParError(Int_t iPar)
1212 {
1213   /// Get error of parameter iPar
1214   Double_t lErr = fMillepede->GetParError(iPar);
1215   return lErr;
1216 }
1217
1218 //_____________________________________________________
1219 void AliMUONAlignment::PrintGlobalParameters()
1220 {
1221   /// Print global parameters
1222   fMillepede->PrintGlobalParameters();
1223 }
1224
1225 //_________________________________________________________________________
1226 TGeoCombiTrans AliMUONAlignment::ReAlign(const TGeoCombiTrans & transform, const double *lMisAlignment) const
1227 {
1228   /// Realign given transformation by given misalignment and return the misaligned transformation
1229
1230   Double_t cartMisAlig[3] = {0,0,0};
1231   Double_t angMisAlig[3] = {0,0,0};
1232 //   const Double_t *trans = transform.GetTranslation();
1233 //   TGeoRotation *rot;
1234 //   // check if the rotation we obtain is not NULL
1235 //   if (transform.GetRotation()) {
1236 //     rot = transform.GetRotation();
1237 //   }
1238 //   else {
1239 //     rot = new TGeoRotation("rot");
1240 //   }                  // default constructor.
1241
1242   cartMisAlig[0] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0])*lMisAlignment[0];
1243   cartMisAlig[1] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[1];
1244   cartMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[8])*lMisAlignment[3];
1245   angMisAlig[2] = -TMath::Sign(1.0,transform.GetRotationMatrix()[0]*transform.GetRotationMatrix()[4])*lMisAlignment[2]*180./TMath::Pi();
1246
1247   TGeoTranslation deltaTrans(cartMisAlig[0], cartMisAlig[1], cartMisAlig[2]);
1248   TGeoRotation deltaRot;
1249   deltaRot.RotateX(angMisAlig[0]);
1250   deltaRot.RotateY(angMisAlig[1]);
1251   deltaRot.RotateZ(angMisAlig[2]);
1252
1253   TGeoCombiTrans deltaTransf(deltaTrans,deltaRot);
1254   TGeoHMatrix newTransfMat = transform * deltaTransf;
1255
1256   return TGeoCombiTrans(newTransfMat);
1257 }
1258
1259 //______________________________________________________________________
1260 AliMUONGeometryTransformer *
1261 AliMUONAlignment::ReAlign(const AliMUONGeometryTransformer * transformer,
1262           const double *misAlignments, Bool_t verbose)
1263
1264 {
1265   /// Returns a new AliMUONGeometryTransformer with the found misalignments
1266   /// applied.
1267
1268   // Takes the internal geometry module transformers, copies them
1269   // and gets the Detection Elements from them.
1270   // Takes misalignment parameters and applies these
1271   // to the local transform of the Detection Element
1272   // Obtains the global transform by multiplying the module transformer
1273   // transformation with the local transformation
1274   // Applies the global transform to a new detection element
1275   // Adds the new detection element to a new module transformer
1276   // Adds the new module transformer to a new geometry transformer
1277   // Returns the new geometry transformer
1278
1279   Double_t lModuleMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1280   Double_t lDetElemMisAlignment[4] = {0.,0.,0.,0.};
1281   Int_t iDetElemId = 0;
1282   Int_t iDetElemNumber = 0;
1283
1284   AliMUONGeometryTransformer *newGeometryTransformer =
1285     new AliMUONGeometryTransformer();
1286   for (Int_t iMt = 0; iMt < transformer->GetNofModuleTransformers(); iMt++) {
1287     // module transformers
1288     const AliMUONGeometryModuleTransformer *kModuleTransformer =
1289       transformer->GetModuleTransformer(iMt, true);
1290
1291     AliMUONGeometryModuleTransformer *newModuleTransformer =
1292       new AliMUONGeometryModuleTransformer(iMt);
1293     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1294
1295     TGeoCombiTrans moduleTransform =
1296       TGeoCombiTrans(*kModuleTransformer->GetTransformation());
1297     // New module transformation
1298     TGeoCombiTrans newModuleTransform = ReAlign(moduleTransform,lModuleMisAlignment);
1299     newModuleTransformer->SetTransformation(newModuleTransform);
1300
1301     // Get delta transformation:
1302     // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1303     TGeoHMatrix deltaModuleTransform =
1304       AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1305                kModuleTransformer->GetTransformation()->Inverse());
1306     // Create module mis alignment matrix
1307     newGeometryTransformer
1308       ->AddMisAlignModule(kModuleTransformer->GetModuleId(), deltaModuleTransform);
1309
1310     AliMpExMap *detElements = kModuleTransformer->GetDetElementStore();
1311
1312     if (verbose)
1313       AliInfo(Form("%i DEs in old GeometryStore  %i",detElements->GetSize(), iMt));
1314
1315     TIter next(detElements->CreateIterator());
1316     AliMUONGeometryDetElement* detElement;
1317     Int_t iDe(-1);
1318     while ( ( detElement = static_cast<AliMUONGeometryDetElement*>(next()) ) )
1319     {
1320       ++iDe;
1321       // make a new detection element
1322       AliMUONGeometryDetElement *newDetElement =
1323   new AliMUONGeometryDetElement(detElement->GetId(),
1324               detElement->GetVolumePath());
1325       TString lDetElemName(detElement->GetDEName());
1326       lDetElemName.ReplaceAll("DE","");
1327       iDetElemId = lDetElemName.Atoi();
1328       iDetElemNumber = iDetElemId%100;
1329       for (int iCh=0; iCh<iDetElemId/100-1; iCh++){
1330   iDetElemNumber += fgNDetElemCh[iCh];
1331       }
1332       for (int i=0; i<fgNParCh; i++) {
1333   lDetElemMisAlignment[i] = 0.0;
1334   if (iMt<fgNTrkMod) {
1335     AliInfo(Form("iMt %i, iCh %i, iDe %i, iDeId %i, iDeNb %i, iPar %i",iMt, iDetElemId/100, iDe, iDetElemId, iDetElemNumber, iDetElemNumber*fgNParCh+i));
1336     lDetElemMisAlignment[i] =  misAlignments[iDetElemNumber*fgNParCh+i];
1337   }
1338       }
1339       // local transformation of this detection element.
1340       TGeoCombiTrans localTransform
1341   = TGeoCombiTrans(*detElement->GetLocalTransformation());
1342       TGeoCombiTrans newLocalTransform = ReAlign(localTransform,lDetElemMisAlignment);
1343       newDetElement->SetLocalTransformation(newLocalTransform);
1344
1345       // global transformation
1346       TGeoHMatrix newGlobalTransform =
1347   AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newModuleTransform,
1348            newLocalTransform);
1349       newDetElement->SetGlobalTransformation(newGlobalTransform);
1350
1351       // add this det element to module
1352       newModuleTransformer->GetDetElementStore()->Add(newDetElement->GetId(),
1353                   newDetElement);
1354
1355       // In the Alice Alignment Framework misalignment objects store
1356       // global delta transformation
1357       // Get detection "intermediate" global transformation
1358       TGeoHMatrix newOldGlobalTransform = newModuleTransform * localTransform;
1359       // Get detection element global delta transformation:
1360       // Tdelta = Tnew * Told.inverse
1361       TGeoHMatrix  deltaGlobalTransform
1362   = AliMUONGeometryBuilder::Multiply(newGlobalTransform,
1363              newOldGlobalTransform.Inverse());
1364
1365       // Create mis alignment matrix
1366       newGeometryTransformer
1367   ->AddMisAlignDetElement(detElement->GetId(), deltaGlobalTransform);
1368     }
1369
1370     if (verbose)
1371       AliInfo(Form("Added module transformer %i to the transformer", iMt));
1372     newGeometryTransformer->AddModuleTransformer(newModuleTransformer);
1373   }
1374   return newGeometryTransformer;
1375 }
1376
1377 //______________________________________________________________________
1378 void AliMUONAlignment::SetAlignmentResolution(const TClonesArray* misAlignArray, Int_t rChId, Double_t rChResX, Double_t rChResY, Double_t rDeResX, Double_t rDeResY)
1379 {
1380
1381   /// Set alignment resolution to misalign objects to be stored in CDB
1382   Int_t chIdMin = (rChId<0)? 0 : rChId;
1383   Int_t chIdMax = (rChId<0)? 9 : rChId;
1384   Double_t chResX = rChResX;
1385   Double_t chResY = rChResY;
1386   Double_t deResX = rDeResX;
1387   Double_t deResY = rDeResY;
1388
1389   TMatrixDSym mChCorrMatrix(6);
1390   mChCorrMatrix[0][0]=chResX*chResX;
1391   mChCorrMatrix[1][1]=chResY*chResY;
1392   //  mChCorrMatrix.Print();
1393
1394   TMatrixDSym mDECorrMatrix(6);
1395   mDECorrMatrix[0][0]=deResX*deResX;
1396   mDECorrMatrix[1][1]=deResY*deResY;
1397   //  mDECorrMatrix.Print();
1398
1399   AliAlignObjMatrix *alignMat = 0x0;
1400
1401   for(Int_t chId=chIdMin; chId<=chIdMax; chId++) {
1402     TString chName1;
1403     TString chName2;
1404     if (chId<4){
1405       chName1 = Form("GM%d",chId);
1406       chName2 = Form("GM%d",chId);
1407     } else {
1408       chName1 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2);
1409       chName2 = Form("GM%d",4+(chId-4)*2+1);
1410     }
1411
1412     for (int i=0; i<misAlignArray->GetEntries(); i++) {
1413       alignMat = (AliAlignObjMatrix*)misAlignArray->At(i);
1414       TString volName(alignMat->GetSymName());
1415       if((volName.Contains(chName1)&&
1416     ((volName.Last('/')==volName.Index(chName1)+chName1.Length())||
1417      (volName.Length()==volName.Index(chName1)+chName1.Length())))||
1418    (volName.Contains(chName2)&&
1419     ((volName.Last('/')==volName.Index(chName2)+chName2.Length())||
1420      (volName.Length()==volName.Index(chName2)+chName2.Length())))){
1421   volName.Remove(0,volName.Last('/')+1);
1422   if (volName.Contains("GM")) {
1423     //  alignMat->Print("NULL");
1424     alignMat->SetCorrMatrix(mChCorrMatrix);
1425   } else if (volName.Contains("DE")) {
1426     //  alignMat->Print("NULL");
1427     alignMat->SetCorrMatrix(mDECorrMatrix);
1428   }
1429       }
1430     }
1431   }
1432 }