MUON/AliMUONClusterFinderAZ.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 // Clusterizer class developed by A. Zinchenko (Dubna), based on the
  19 // Expectation-Maximization algorithm
  20
  21 #include <stdlib.h>
  22 #include <Riostream.h>
  23 #include <TH2.h>
  24 #include <TMinuit.h>
  25 #include <TMatrixD.h>
  26
  27 #include "AliMUONClusterFinderAZ.h"
  28 #include "AliMUONClusterDrawAZ.h"
  29 #include "AliMUONVGeometryDESegmentation.h"
  30 #include "AliMUONGeometryModuleTransformer.h"
  31 #include "AliRun.h"
  32 #include "AliMUON.h"
  33 #include "AliMUONDigit.h"
  34 #include "AliMUONRawCluster.h"
  35 #include "AliMUONClusterInput.h"
  36 #include "AliMUONPixel.h"
  37 #include "AliMUONMathieson.h"
  38 #include "AliLog.h"
  39
  40 ClassImp(AliMUONClusterFinderAZ)
  41
  42  const Double_t AliMUONClusterFinderAZ::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling
  43  const Double_t AliMUONClusterFinderAZ::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  44  const Double_t AliMUONClusterFinderAZ::fgkSaturation = 3000; // average saturation level
  45  AliMUONClusterFinderAZ* AliMUONClusterFinderAZ::fgClusterFinder = 0x0;
  46  TMinuit* AliMUONClusterFinderAZ::fgMinuit = 0x0;
  47 //FILE *lun1 = fopen("nxny.dat","w");
  48
  49 //_____________________________________________________________________________
  50 AliMUONClusterFinderAZ::AliMUONClusterFinderAZ(Bool_t draw)
  51   : AliMUONClusterFinderVS()
  52 {
  53 // Constructor
  54   fnPads[0]=fnPads[1]=0;
  55
  56   for (Int_t i=0; i<7; i++)
  57     for (Int_t j=0; j<fgkDim; j++)
  58       fXyq[i][j]= 9999.;
  59
  60   for (Int_t i=0; i<4; i++)
  61     for (Int_t j=0; j<fgkDim; j++)
  62       fPadIJ[i][j]=-1;
  63
  64   for (Int_t i=0; i<2; i++)
  65     for (Int_t j=0; j<fgkDim; j++)
  66       fUsed[i][j] = 0;
  67
  68   fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0;
  69
  70   fZpad = 0;
  71   fQtot = 0;
  72   fPadBeg[0] = fPadBeg[1] = fCathBeg = fNpar = fnCoupled = 0;
  73
  74   if (!fgMinuit) fgMinuit = new TMinuit(8);
  75   if (!fgClusterFinder) fgClusterFinder = this;
  76   fPixArray = new TObjArray(20);
  77
  78   fDebug = 0; //0;
  79   fReco = 1;
  80   fDraw = 0x0;
  81   if (draw) {
  82     fDebug = 1;
  83     fReco = 0;
  84     fDraw = new AliMUONClusterDrawAZ(this);
  85   }
  86   cout << " *** Running AZ cluster finder *** " << endl;
  87 }
  88
  89 //_____________________________________________________________________________
  90 AliMUONClusterFinderAZ::AliMUONClusterFinderAZ(const AliMUONClusterFinderAZ& rhs)
  91   : AliMUONClusterFinderVS(rhs)
  92 {
  93 // Protected copy constructor
  94
  95   AliFatal("Not implemented.");
  96 }
  97
  98 //_____________________________________________________________________________
  99 AliMUONClusterFinderAZ::~AliMUONClusterFinderAZ()
 100 {
 101   // Destructor
 102   delete fgMinuit; fgMinuit = 0; delete fPixArray; fPixArray = 0;
 103   delete fDraw;
 104 }
 105
 106 //_____________________________________________________________________________
 107 void AliMUONClusterFinderAZ::FindRawClusters()
 108 {
 109 // To provide the same interface as in AliMUONClusterFinderVS
 110
 111   ResetRawClusters();
 112   EventLoop (gAlice->GetEvNumber(), fInput->Chamber());
 113 }
 114
 115 //_____________________________________________________________________________
 116 void AliMUONClusterFinderAZ::EventLoop(Int_t nev, Int_t ch)
 117 {
 118 // Loop over digits
 119
 120   if (fDraw && !fDraw->FindEvCh(nev, ch)) return;
 121
 122   fSegmentation[0] = (AliMUONVGeometryDESegmentation*) fInput->
 123     Segmentation2(0)->GetDESegmentation(fInput->DetElemId());
 124   fSegmentation[1] = (AliMUONVGeometryDESegmentation*) fInput->
 125     Segmentation2(1)->GetDESegmentation(fInput->DetElemId());
 126
 127   Int_t ndigits[2] = {9,9}, nShown[2] = {0};
 128   if (fReco != 2) { // skip initialization for the combined cluster / track
 129     fCathBeg = fPadBeg[0] = fPadBeg[1] = 0;
 130     for (Int_t i = 0; i < 2; i++) {
 131       for (Int_t j = 0; j < fgkDim; j++) { fUsed[i][j] = kFALSE; }
 132     }
 133   }
 134
 135 next:
 136   if (fReco == 2 && (nShown[0] || nShown[1])) return; // only one precluster for the combined finder
 137   if (ndigits[0] == nShown[0] && ndigits[1] == nShown[1]) return;
 138
 139   Float_t xpad, ypad, zpad, zpad0;
 140   Bool_t first = kTRUE;
 141   if (fDebug) cout << " *** Event # " << nev << " chamber: " << ch << endl;
 142   fnPads[0] = fnPads[1] = 0;
 143   for (Int_t i = 0; i < fgkDim; i++) fPadIJ[1][i] = 0;
 144
 145   for (Int_t iii = fCathBeg; iii < 2; iii++) {
 146     Int_t cath = TMath::Odd(iii);
 147     ndigits[cath] = fInput->NDigits(cath);
 148     if (!ndigits[0] && !ndigits[1]) return;
 149     if (ndigits[cath] == 0) continue;
 150     if (fDebug) cout << " ndigits: " << ndigits[cath] << " " << cath << endl;
 151
 152     AliMUONDigit  *mdig;
 153     Int_t digit;
 154
 155     Bool_t eEOC = kTRUE; // end-of-cluster
 156     for (digit = fPadBeg[cath]; digit < ndigits[cath]; digit++) {
 157       mdig = AliMUONClusterInput::Instance()->Digit(cath,digit);
 158       if (first) {
 159         // Find first unused pad
 160         if (fUsed[cath][digit]) continue;
 161         //if (!fSegmentation[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(),mdig->PadX(),mdig->PadY(),xpad,ypad,zpad0)) {
 162         if (!fSegmentation[cath]->HasPad(mdig->PadX(), mdig->PadY())) {
 163           // Handle "non-existing" pads
 164           fUsed[cath][digit] = kTRUE;
 165           continue;
 166         }
 167         fSegmentation[cath]->GetPadC(mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad0);
 168       } else {
 169         if (fUsed[cath][digit]) continue;
 170         //if (!fSegmentation[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(),mdig->PadX(),mdig->PadY(),xpad,ypad,zpad)) {
 171         if (!fSegmentation[cath]->HasPad(mdig->PadX(), mdig->PadY())) {
 172           // Handle "non-existing" pads
 173           fUsed[cath][digit] = kTRUE;
 174           continue;
 175         }
 176         fSegmentation[cath]->GetPadC(mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad);
 177         //if (TMath::Abs(zpad-zpad0) > 0.1) continue; // different slats
 178         // Find a pad overlapping with the cluster
 179         if (!Overlap(cath,mdig)) continue;
 180       }
 181       // Add pad - recursive call
 182       AddPad(cath,digit);
 183       //AZ !!!!!! Temporary fix of St1 overlap regions !!!!!!!!
 184       /*
 185       if (cath && ch < 2) {
 186         Int_t npads = fnPads[0] + fnPads[1] - 1;
 187         Int_t cath1 = fPadIJ[0][npads];
 188         Int_t idig = TMath::Nint (fXyq[5][npads]);
 189         mdig = AliMUONClusterInput::Instance()->Digit(cath1,idig);
 190         //fSegmentation[cath1]->GetPadC(fInput->DetElemId(),mdig->PadX(),mdig->PadY(),xpad,ypad,zpad);
 191         fSegmentation[cath1]->GetPadC(mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad);
 192         if (TMath::Abs(zpad-zpad0) > 0.1) zpad0 = zpad;
 193       }
 194       */
 195       eEOC = kFALSE;
 196       if (digit >= 0) break;
 197     }
 198     if (first && eEOC) {
 199       // No more unused pads
 200       if (cath == 0) continue; // on cathode #0 - check #1
 201       else return; // No more clusters
 202     }
 203     if (eEOC) break; // cluster found
 204     first = kFALSE;
 205     if (fDebug) cout << " nPads: " << fnPads[cath] << " " << nShown[cath]+fnPads[cath] << " " << cath << endl;
 206   } // for (Int_t iii = 0;
 207
 208   fZpad = zpad0;
 209   if (fDraw) fDraw->DrawCluster();
 210
 211   // Use MLEM for cluster finder
 212   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
 213   Double_t maxVal[100];
 214
 215   if (CheckPrecluster(nShown)) {
 216     BuildPixArray();
 217     //*
 218     if (fnPads[0]+fnPads[1] > 50) nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal);
 219     if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in decreasing order
 220     Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
 221     PadsInXandY(nInX, nInY);
 222     if (fDebug) cout << "Pads in X and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
 223     if (nMax == 1 && nInX < 4 && nInY < 4) iSimple = 1; //1; // simple cluster
 224     //*/
 225     /* For test
 226     Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
 227     PadsInXandY(nInX, nInY);
 228     if (fDebug) cout << "Pads in X and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
 229     if (nMax == 1 && nInX < 4 && nInY < 4) iSimple = 1; //1; // simple cluster
 230     if (!iSimple) nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal);
 231     nMax = 1;
 232     if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in decreasing order
 233     */
 234     for (Int_t i=0; i<nMax; i++) {
 235       if (nMax > 1) FindCluster(localMax, maxPos[i]);
 236       if (!MainLoop(iSimple)) cout << " MainLoop failed " << endl;
 237       if (i < nMax-1) {
 238         for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
 239           if (fPadIJ[1][j] == 0) continue; // pad charge was not modified
 240           fPadIJ[1][j] = 0;
 241           fXyq[2][j] = fXyq[6][j]; // use backup charge value
 242         }
 243       }
 244     } // for (Int_t i=0; i<nMax;
 245     if (nMax > 1) ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"))->Delete();
 246     TH2D *mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
 247     if (mlem) mlem->Delete();
 248   }
 249   if (!fDraw || fDraw->Next()) goto next;
 250 }
 251
 252 //_____________________________________________________________________________
 253 void AliMUONClusterFinderAZ::AddPad(Int_t cath, Int_t digit)
 254 {
 255   // Add pad to the cluster
 256   AliMUONDigit *mdig = fInput->Digit(cath,digit);
 257
 258   Int_t charge = mdig->Signal();
 259   // get the center of the pad
 260   Float_t xpad, ypad, zpad0;
 261   //if (!fSegmentation[cath]->GetPadC(fInput->DetElemId(),mdig->PadX(),mdig->PadY(),xpad,ypad,zpad0)) {   // Handle "non-existing" pads
 262   if (!fSegmentation[cath]->HasPad(mdig->PadX(), mdig->PadY())) {
 263     fUsed[cath][digit] = kTRUE;
 264     return;
 265   }
 266   fSegmentation[cath]->GetPadC(mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad0);
 267   Int_t isec = fSegmentation[cath]->Sector(mdig->PadX(), mdig->PadY());
 268   Int_t nPads = fnPads[0] + fnPads[1];
 269   fXyq[0][nPads] = xpad;
 270   fXyq[1][nPads] = ypad;
 271   fXyq[2][nPads] = charge;
 272   fXyq[3][nPads] = fSegmentation[cath]->Dpx(isec)/2;
 273   fXyq[4][nPads] = fSegmentation[cath]->Dpy(isec)/2;
 274   fXyq[5][nPads] = digit;
 275   fXyq[6][nPads] = 0;
 276   fPadIJ[0][nPads] = cath;
 277   fPadIJ[1][nPads] = 0;
 278   fPadIJ[2][nPads] = mdig->PadX();
 279   fPadIJ[3][nPads] = mdig->PadY();
 280   fUsed[cath][digit] = kTRUE;
 281   if (fDebug) printf(" bbb %d %d %f %f %f %f %f %4d %3d %3d \n", nPads, cath, xpad, ypad, zpad0, fXyq[3][nPads]*2, fXyq[4][nPads]*2, charge, mdig->PadX(), mdig->PadY());
 282   fnPads[cath]++;
 283
 284   // Check neighbours
 285   Int_t nn, ix, iy, xList[10], yList[10];
 286   AliMUONDigit  *mdig1;
 287
 288   Int_t ndigits = fInput->NDigits(cath);
 289   fSegmentation[cath]->Neighbours(mdig->PadX(), mdig->PadY(), &nn, xList, yList);
 290   for (Int_t in = 0; in < nn; in++) {
 291     ix = xList[in];
 292     iy = yList[in];
 293     for (Int_t digit1 = 0; digit1 < ndigits; digit1++) {
 294       if (digit1 == digit) continue;
 295       mdig1 = fInput->Digit(cath,digit1);
 296       if (!fUsed[cath][digit1] && mdig1->PadX() == ix && mdig1->PadY() == iy) {
 297         fUsed[cath][digit1] = kTRUE;
 298         // Add pad - recursive call
 299         AddPad(cath,digit1);
 300       }
 301     } //for (Int_t digit1 = 0;
 302   } // for (Int_t in = 0;
 303 }
 304
 305 //_____________________________________________________________________________
 306 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::Overlap(Int_t cath, AliMUONDigit *mdig)
 307 {
 308   // Check if the pad from one cathode overlaps with a pad
 309   // in the precluster on the other cathode
 310
 311   Float_t xpad, ypad, zpad;
 312   fSegmentation[cath]->GetPadC(mdig->PadX(), mdig->PadY(), xpad, ypad, zpad);
 313   Int_t isec = fSegmentation[cath]->Sector(mdig->PadX(), mdig->PadY());
 314
 315   Float_t xy1[4], xy12[4];
 316   xy1[0] = xpad - fSegmentation[cath]->Dpx(isec)/2;
 317   xy1[1] = xy1[0] + fSegmentation[cath]->Dpx(isec);
 318   xy1[2] = ypad - fSegmentation[cath]->Dpy(isec)/2;
 319   xy1[3] = xy1[2] + fSegmentation[cath]->Dpy(isec);
 320   //cout << " ok " << fnPads[0]+fnPads[1] << xy1[0] << xy1[1] << xy1[2] << xy1[3] << endl;
 321
 322   Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 323   for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
 324     if (fPadIJ[0][i] != cath1) continue;
 325     if (Overlap(xy1, i, xy12, 0)) return kTRUE;
 326   }
 327   return kFALSE;
 328 }
 329
 330 //_____________________________________________________________________________
 331 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::Overlap(Float_t *xy1, Int_t iPad, Float_t *xy12, Int_t iSkip)
 332 {
 333   // Check if the pads xy1 and iPad overlap and return overlap area
 334
 335   Float_t xy2[4];
 336   xy2[0] = fXyq[0][iPad] - fXyq[3][iPad];
 337   xy2[1] = fXyq[0][iPad] + fXyq[3][iPad];
 338   if (xy1[0] > xy2[1]-1.e-4 || xy1[1] < xy2[0]+1.e-4) return kFALSE;
 339   xy2[2] = fXyq[1][iPad] - fXyq[4][iPad];
 340   xy2[3] = fXyq[1][iPad] + fXyq[4][iPad];
 341   if (xy1[2] > xy2[3]-1.e-4 || xy1[3] < xy2[2]+1.e-4) return kFALSE;
 342   if (!iSkip) return kTRUE; // just check overlap (w/out computing the area)
 343   xy12[0] = TMath::Max (xy1[0],xy2[0]);
 344   xy12[1] = TMath::Min (xy1[1],xy2[1]);
 345   xy12[2] = TMath::Max (xy1[2],xy2[2]);
 346   xy12[3] = TMath::Min (xy1[3],xy2[3]);
 347   return kTRUE;
 348 }
 349
 350 //_____________________________________________________________________________
 351 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::CheckPrecluster(Int_t *nShown)
 352 {
 353   // Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 354   // two-cathode preclusters)
 355
 356   Int_t i1, i2, cath=0, digit=0;
 357   Float_t xy1[4], xy12[4];
 358
 359   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
 360   if (npad == 1) {
 361     // Disregard one-pad clusters (leftovers from splitting)
 362     nShown[0] += fnPads[0];
 363     nShown[1] += fnPads[1];
 364     return kFALSE;
 365   }
 366
 367   // If pads have the same size take average of pads on both cathodes
 368   //Int_t sameSize = (fnPads[0] && fnPads[1]) ? 1 : 0;
 369   Int_t sameSize = 0; //AZ - 17-01-06
 370
 371   if (sameSize) {
 372     Double_t xSize = -1, ySize = 0;
 373     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 374       if (fXyq[2][i] < 0) continue;
 375       if (xSize < 0) { xSize = fXyq[3][i]; ySize = fXyq[4][i]; }
 376       if (TMath::Abs(xSize-fXyq[3][i]) > 1.e-4 ||  TMath::Abs(ySize-fXyq[4][i]) > 1.e-4) { sameSize = 0; break; }
 377     }
 378   } // if (sameSize)
 379   if (sameSize && fnPads[0] == 1 && fnPads[1] == 1) sameSize = 0; //AZ
 380   // Handle shift by half a pad in Station 1
 381   if (sameSize) {
 382     Int_t cath0 = fPadIJ[0][0];
 383     for (Int_t i = 1; i < npad; i++) {
 384       if (fPadIJ[0][i] == cath0) continue;
 385       Double_t dx = TMath::Abs ((fXyq[0][i] - fXyq[0][0]) / fXyq[3][i] / 2);
 386       Int_t idx = (Int_t) TMath::Abs ((fXyq[0][i] - fXyq[0][0]) / fXyq[3][i] / 2);
 387       if (TMath::Abs (dx - idx) > 0.001) sameSize = 0;
 388       break;
 389     }
 390   } // if (sameSize)
 391
 392   if (sameSize && (fnPads[0] >= 2 || fnPads[1] >= 2)) {
 393     nShown[0] += fnPads[0];
 394     nShown[1] += fnPads[1];
 395     fnPads[0] = fnPads[1] = 0;
 396     Int_t div;
 397     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 398       if (fXyq[2][i] < 0) continue; // used pad
 399       fXyq[2][fnPads[0]] = fXyq[2][i];
 400       div = 1;
 401       cath = fPadIJ[0][i];
 402       for (Int_t j=i+1; j<npad; j++) {
 403         if (fPadIJ[0][j] == fPadIJ[0][i]) continue; // same cathode
 404         if (TMath::Abs(fXyq[0][j]-fXyq[0][i]) > 1.e-4) continue;
 405         if (TMath::Abs(fXyq[1][j]-fXyq[1][i]) > 1.e-4) continue;
 406         fXyq[2][fnPads[0]] += fXyq[2][j];
 407         div = 2;
 408         fXyq[2][j] = -2;
 409         if (cath) fXyq[5][fnPads[0]] = fXyq[5][j]; // save digit number for cath 0
 410         break;
 411       }
 412       // Flag that the digit from the other cathode
 413       if (cath && div == 1) fXyq[5][fnPads[0]] = -fXyq[5][i] - 1;
 414       // If low pad charge take the other equal to 0
 415       //if (div == 1 && fXyq[2][fnPads[0]] < fgkZeroSuppression + 1.5*3) div = 2;
 416       fXyq[2][fnPads[0]] /= div;
 417       fXyq[0][fnPads[0]] = fXyq[0][i];
 418       fXyq[1][fnPads[0]] = fXyq[1][i];
 419       fPadIJ[2][fnPads[0]] = fPadIJ[2][i];
 420       fPadIJ[3][fnPads[0]] = fPadIJ[3][i];
 421       fPadIJ[0][fnPads[0]++] = 0;
 422     }
 423   } // if (sameSize)
 424
 425   // Check if one-cathode precluster
 426   i1 = fnPads[0]!=0 ? 0 : 1;
 427   i2 = fnPads[1]!=0 ? 1 : 0;
 428
 429   if (i1 != i2) { // two-cathode
 430
 431     Int_t *flags = new Int_t[npad];
 432     for (Int_t i=0; i<npad; i++) { flags[i] = 0; }
 433
 434     // Check pad overlaps
 435     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 436       if (fPadIJ[0][i] != i1) continue;
 437       xy1[0] = fXyq[0][i] - fXyq[3][i];
 438       xy1[1] = fXyq[0][i] + fXyq[3][i];
 439       xy1[2] = fXyq[1][i] - fXyq[4][i];
 440       xy1[3] = fXyq[1][i] + fXyq[4][i];
 441       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
 442         if (fPadIJ[0][j] != i2) continue;
 443         if (!Overlap(xy1, j, xy12, 0)) continue;
 444         flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 445       } // for (Int_t j=0;
 446     } // for (Int_t i=0;
 447
 448     // Check if all pads overlap
 449     Int_t nFlags=0;
 450     for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 451       if (flags[i]) continue;
 452       nFlags ++;
 453       if (fDebug) cout << i << " " << fPadIJ[0][i] << " " << fXyq[0][i] << " " << fXyq[1][i] << endl;
 454     }
 455     if (fDebug && nFlags) cout << " nFlags = " << nFlags << endl;
 456     //if (nFlags > 2 || (Float_t)nFlags / npad > 0.2) { // why 2 ??? - empirical choice
 457     if (nFlags > 0) {
 458       for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 459         if (flags[i]) continue;
 460         digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
 461         cath = fPadIJ[0][i];
 462         // Check for edge effect (missing pads on the other cathode)
 463         Int_t cath1 = TMath::Even(cath), ix, iy;
 464         ix = iy = 0;
 465         //if (!fSegmentation[cath1]->GetPadI(fInput->DetElemId(),fXyq[0][i],fXyq[1][i],fZpad,ix,iy)) continue;
 466         if (!fSegmentation[cath1]->HasPad(fXyq[0][i], fXyq[1][i], fZpad)) continue;
 467         if (nFlags == 1 && fXyq[2][i] < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 468         fUsed[cath][digit] = kFALSE; // release pad
 469         fXyq[2][i] = -2;
 470         fnPads[cath]--;
 471       }
 472       if (fDraw) fDraw->UpdateCluster(npad);
 473     } // if (nFlags > 2)
 474
 475     // Check correlations of cathode charges
 476     if (fnPads[0] && fnPads[1]) { // two-cathode
 477       Double_t sum[2]={0};
 478       Int_t over[2] = {1, 1};
 479       for (Int_t i=0; i<npad; i++) {
 480         cath = fPadIJ[0][i];
 481         if (fXyq[2][i] > 0) sum[cath] += fXyq[2][i];
 482         if (fXyq[2][i] > fgkSaturation-1) over[cath] = 0;
 483       }
 484       if (fDebug) cout << " Total charge: " << sum[0] << " " << sum[1] << endl;
 485       if ((over[0] || over[1]) && TMath::Abs(sum[0]-sum[1])/(sum[0]+sum[1])*2 > 1) { // 3 times difference
 486         if (fDebug) cout << " Release " << endl;
 487         // Big difference
 488         cath = sum[0] > sum[1] ? 0 : 1;
 489         Int_t imax = 0, imin = 0;
 490         Double_t cmax = -1, cmin = 9999, dxMin = 0, dyMin = 0;
 491         Double_t *dist = new Double_t[npad];
 492         for (Int_t i = 0; i < npad; i++) {
 493           if (fPadIJ[0][i] != cath || fXyq[2][i] < 0) continue;
 494           if (fXyq[2][i] < cmin) {
 495             cmin = fXyq[2][i];
 496             imin = i;
 497           }
 498           if (fXyq[2][i] < cmax) continue;
 499           cmax = fXyq[2][i];
 500           imax = i;
 501         }
 502         // Arrange pads according to their distance to the max,
 503         // normalized to the pad size
 504         for (Int_t i = 0; i < npad; i++) {
 505           dist[i] = 0;
 506           if (fPadIJ[0][i] != cath || fXyq[2][i] < 0) continue;
 507           if (i == imax) continue;
 508           Double_t dx = (fXyq[0][i] - fXyq[0][imax]) / fXyq[3][imax] / 2;
 509           Double_t dy = (fXyq[1][i] - fXyq[1][imax]) / fXyq[4][imax] / 2;
 510           dist[i] = TMath::Sqrt (dx * dx + dy * dy);
 511           if (i == imin) {
 512             cmin = dist[i] + 0.001; // distance to the pad with minimum charge
 513             dxMin = dx;
 514             dyMin = dy;
 515           }
 516         }
 517         TMath::Sort(npad, dist, flags, kFALSE); // in increasing order
 518         Int_t indx;
 519         Double_t xmax = -1;
 520         for (Int_t i = 0; i < npad; i++) {
 521           indx = flags[i];
 522           if (fPadIJ[0][indx] != cath || fXyq[2][indx] < 0) continue;
 523           if (dist[indx] > cmin) {
 524             // Farther than the minimum pad
 525             Double_t dx = (fXyq[0][indx] - fXyq[0][imax]) / fXyq[3][imax] / 2;
 526             Double_t dy = (fXyq[1][indx] - fXyq[1][imax]) / fXyq[4][imax] / 2;
 527             dx *= dxMin;
 528             dy *= dyMin;
 529             if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 530             if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 531             if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 532           }
 533           if (fXyq[2][indx] <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3) {
 534             // Release pads
 535             if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 536                 cmax = TMath::Max((Double_t)(fXyq[2][indx]),cmax);
 537             else cmax = fXyq[2][indx];
 538             xmax = dist[indx];
 539             digit = TMath::Nint (fXyq[5][indx]);
 540             fUsed[cath][digit] = kFALSE;
 541             fXyq[2][indx] = -2;
 542             fnPads[cath]--;
 543           }
 544         } // for (Int_t i = 0; i < npad;
 545
 546         // Check pad overlaps once more
 547         for (Int_t j = 0; j < npad; j++) flags[j] = 0;
 548         for (Int_t k = 0; k < npad; k++) {
 549           if (fXyq[2][k] < 0 || fPadIJ[0][k] != i1) continue;
 550           xy1[0] = fXyq[0][k] - fXyq[3][k];
 551           xy1[1] = fXyq[0][k] + fXyq[3][k];
 552           xy1[2] = fXyq[1][k] - fXyq[4][k];
 553           xy1[3] = fXyq[1][k] + fXyq[4][k];
 554           for (Int_t j = 0; j < npad; j++) {
 555             if (fXyq[2][j] < 0) continue;
 556             if (fPadIJ[0][j] != i2) continue;
 557             if (!Overlap(xy1, j, xy12, 0)) continue;
 558             flags[k] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 559           } // for (Int_t j = 0;
 560         } // for (Int_t k = 0;
 561         nFlags = 0;
 562         for (Int_t j = 0; j < npad; j++) {
 563           if (fXyq[2][j] < 0 || flags[j]) continue;
 564           nFlags ++;
 565         }
 566         if (nFlags == fnPads[0] + fnPads[1]) {
 567           // No overlap
 568           for (Int_t j = 0; j < npad; j++) {
 569             if (fXyq[2][j] < 0 || fPadIJ[0][j] != cath) continue;
 570             fXyq[2][j] = -2;
 571             fnPads[cath]--;
 572           }
 573         }
 574         delete [] dist; dist = 0;
 575         if (fDraw) fDraw->UpdateCluster(npad);
 576       } // TMath::Abs(sum[0]-sum[1])...
 577     } // if (fnPads[0] && fnPads[1])
 578     delete [] flags; flags = 0;
 579   } // if (i1 != i2)
 580
 581   if (!sameSize) { nShown[0] += fnPads[0]; nShown[1] += fnPads[1]; }
 582
 583   // Move released pads to the right
 584   Int_t beg = 0, end = npad-1, padij;
 585   Double_t xyq;
 586   while (beg < end) {
 587     if (fXyq[2][beg] > 0) { beg++; continue; }
 588     for (Int_t j=end; j>beg; j--) {
 589       if (fXyq[2][j] < 0) continue;
 590       end = j - 1;
 591       for (Int_t j1=0; j1<4; j1++) {
 592         padij = fPadIJ[j1][beg];
 593         fPadIJ[j1][beg] = fPadIJ[j1][j];
 594         fPadIJ[j1][j] = padij;
 595       }
 596       for (Int_t j1=0; j1<6; j1++) {
 597         xyq = fXyq[j1][beg];
 598         fXyq[j1][beg] = fXyq[j1][j];
 599         fXyq[j1][j] = xyq;
 600       }
 601       break;
 602     } // for (Int_t j=end;
 603     beg++;
 604   } // while
 605   npad = fnPads[0] + fnPads[1];
 606   if (npad > 500) { cout << " ***** Too large cluster. Give up. " << npad << endl; return kFALSE; }
 607   // Back up charge value
 608   for (Int_t j = 0; j < npad; j++) fXyq[6][j] = fXyq[2][j];
 609
 610   return kTRUE;
 611 }
 612
 613 //_____________________________________________________________________________
 614 void AliMUONClusterFinderAZ::BuildPixArray()
 615 {
 616   // Build pixel array for MLEM method
 617
 618   Int_t nPix=0, i1, i2;
 619   Float_t xy1[4], xy12[4];
 620   AliMUONPixel *pixPtr=0;
 621
 622   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
 623
 624   // One cathode is empty
 625   i1 = fnPads[0]!=0 ? 0 : 1;
 626   i2 = fnPads[1]!=0 ? 1 : 0;
 627
 628   // Build array of pixels on anode plane
 629   if (i1 == i2) { // one-cathode precluster
 630     for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
 631       pixPtr = new AliMUONPixel();
 632       for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 633         pixPtr->SetCoord(i, fXyq[i][j]); // pixel coordinates
 634         pixPtr->SetSize(i, fXyq[i+3][j]); // pixel size
 635       }
 636       pixPtr->SetCharge(fXyq[2][j]); // charge
 637       fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
 638       nPix++;
 639     }
 640   } else { // two-cathode precluster
 641     i1 = fPadIJ[0][0];
 642     i2 = TMath::Even (i1);
 643     for (Int_t i = 0; i < npad; i++) {
 644       if (fPadIJ[0][i] != i1) continue;
 645       xy1[0] = fXyq[0][i] - fXyq[3][i];
 646       xy1[1] = fXyq[0][i] + fXyq[3][i];
 647       xy1[2] = fXyq[1][i] - fXyq[4][i];
 648       xy1[3] = fXyq[1][i] + fXyq[4][i];
 649       for (Int_t j = 1; j < npad; j++) {
 650         if (fPadIJ[0][j] != i2) continue;
 651         if (!Overlap(xy1, j, xy12, 1)) continue;
 652         pixPtr = new AliMUONPixel();
 653         for (Int_t k=0; k<2; k++) {
 654           pixPtr->SetCoord(k, (xy12[2*k]+xy12[2*k+1])/2); // pixel coordinates
 655           pixPtr->SetSize(k, xy12[2*k+1]-pixPtr->Coord(k)); // size
 656         }
 657         pixPtr->SetCharge(TMath::Min (fXyq[2][i],fXyq[2][j])); //charge
 658         fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
 659         //cout << nPix << " " << pixPtr->Coord(0) << " " << pixPtr->Size(0) << " " << pixPtr->Coord(1) << " " << pixPtr->Size(1) << " " << pixPtr->Charge() << endl;
 660         nPix++;
 661       } // for (Int_t j=0;
 662     } // for (Int_t i=0;
 663   } // else
 664
 665   Float_t xPadMin = 999, yPadMin = 999;
 666   for (Int_t i = 0; i < npad; i++) {
 667     xPadMin = TMath::Min (xPadMin, fXyq[3][i]);
 668     yPadMin = TMath::Min (yPadMin, fXyq[4][i]);
 669   }
 670   if (fDebug) cout << xPadMin << " " << yPadMin << endl;
 671
 672   Float_t wxmin = 999, wymin = 999;
 673   for (Int_t i = 0; i < nPix; i++) {
 674     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 675     wxmin = TMath::Min ((Double_t)wxmin, pixPtr->Size(0));
 676     wymin = TMath::Min ((Double_t)wymin, pixPtr->Size(1));
 677   }
 678   if (fDebug) cout << wxmin << " " << wymin << endl;
 679   wxmin = TMath::Abs (wxmin - xPadMin/2) > 0.001 ? xPadMin : xPadMin / 2;
 680   wymin = TMath::Abs (wymin - yPadMin/2) > 0.001 ? yPadMin : yPadMin / 2;
 681   //wxmin = xPadMin; wymin = yPadMin;
 682
 683   // Check if small pixel X-size
 684   AdjustPixel(wxmin, 0);
 685   // Check if small pixel Y-size
 686   AdjustPixel(wymin, 1);
 687   // Check if large pixel size
 688   AdjustPixel(wxmin, wymin);
 689
 690   // Remove discarded pixels
 691   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
 692     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 693     //pixPtr->Print();
 694     if (pixPtr->Charge() < 1) { fPixArray->RemoveAt(i); delete pixPtr; }// discarded pixel
 695   }
 696   fPixArray->Compress();
 697   nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
 698
 699   if (nPix > npad) {
 700     if (fDebug) cout << nPix << endl;
 701     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
 702     fPixArray->Sort();
 703     for (Int_t i=npad; i<nPix; i++) {
 704       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 705       //pixPtr->Print();
 706       fPixArray->RemoveAt(i);
 707       delete pixPtr;
 708     }
 709     nPix = npad;
 710   } // if (nPix > npad)
 711
 712   // Set pixel charges to the same value (for MLEM)
 713   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
 714     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 715     //pixPtr->SetCharge(10);
 716     if (fDebug) cout << i+1 << " " << pixPtr->Coord(0) << " " << pixPtr->Coord(1) << " " << pixPtr->Size(0) << " " << pixPtr->Size(1) << endl;
 717   }
 718 }
 719
 720 //_____________________________________________________________________________
 721 void AliMUONClusterFinderAZ::AdjustPixel(Float_t width, Int_t ixy)
 722 {
 723   // Check if some pixels have small size (adjust if necessary)
 724
 725   AliMUONPixel *pixPtr, *pixPtr1 = 0;
 726   Int_t ixy1 = TMath::Even(ixy);
 727   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
 728
 729   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
 730     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 731     if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
 732     if (pixPtr->Size(ixy)-width < -1.e-4) {
 733       // try to merge
 734       if (fDebug) cout << i << " Small X or Y: " << ixy << " " << pixPtr->Size(ixy) << " " << width << " " << pixPtr->Coord(0) << " " << pixPtr->Coord(1) << endl;
 735       for (Int_t j=i+1; j<nPix; j++) {
 736         pixPtr1 = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(j);
 737         if (pixPtr1->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
 738         if (TMath::Abs(pixPtr1->Size(ixy)-width) < 1.e-4) continue; // right size
 739         if (TMath::Abs(pixPtr1->Coord(ixy1)-pixPtr->Coord(ixy1)) > 1.e-4) continue; // different rows/columns
 740         if (TMath::Abs(pixPtr1->Coord(ixy)-pixPtr->Coord(ixy)) < 2*width) {
 741           // merge
 742           Double_t tmp = pixPtr->Coord(ixy) + pixPtr1->Size(ixy) *
 743             TMath::Sign (1., pixPtr1->Coord(ixy) - pixPtr->Coord(ixy));
 744           pixPtr->SetCoord(ixy, tmp);
 745           pixPtr->SetSize(ixy, width);
 746           pixPtr->SetCharge(TMath::Min (pixPtr->Charge(),pixPtr1->Charge()));
 747           pixPtr1->SetCharge(0);
 748           pixPtr1 = 0;
 749           break;
 750         }
 751       } // for (Int_t j=i+1;
 752       //if (!pixPtr1) { cout << " I am here!" << endl; pixPtr->SetSize(ixy, width); } // ???
 753       //else if (pixPtr1->Charge() > 0.5 || i == nPix-1) {
 754       if (pixPtr1 || i == nPix-1) {
 755         // edge pixel - just increase its size
 756         if (fDebug) cout << " Edge ..." << endl;
 757         for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
 758           //if (fPadIJ[0][j] != ixy1) continue;
 759           //???-check if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(ixy1)-fXyq[ixy1][j]) > 1.e-4) continue;
 760           if (pixPtr->Coord(ixy) < fXyq[ixy][j])
 761             //pixPtr->Shift(ixy, -pixPtr->Size(ixy));
 762             pixPtr->Shift(ixy, pixPtr->Size(ixy)-width);
 763           //else pixPtr->Shift(ixy, pixPtr->Size(ixy));
 764           else pixPtr->Shift(ixy, -pixPtr->Size(ixy)+width);
 765           pixPtr->SetSize(ixy, width);
 766           break;
 767         }
 768       }
 769     } // if (pixPtr->Size(ixy)-width < -1.e-4)
 770   } // for (Int_t i=0; i<nPix;
 771   return;
 772 }
 773
 774 //_____________________________________________________________________________
 775 void AliMUONClusterFinderAZ::AdjustPixel(Float_t wxmin, Float_t wymin)
 776 {
 777   // Check if some pixels have large size (adjust if necessary)
 778
 779   Int_t n1[2], n2[2], iOK = 1, nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
 780   AliMUONPixel *pixPtr, pix;
 781   Double_t xy0[2] = {9999, 9999}, wxy[2], dist[2];
 782
 783   // Check if large pixel size
 784   for (Int_t i = 0; i < nPix; i++) {
 785     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 786     if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
 787     if (pixPtr->Size(0) - wxmin < 1.e-4) {
 788       if (xy0[0] > 9998) xy0[0] = pixPtr->Coord(0); // position of a "normal" pixel
 789       if (pixPtr->Size(1) - wymin < 1.e-4) {
 790         if (xy0[1] > 9998) xy0[1] = pixPtr->Coord(1); // position of a "normal" pixel
 791         continue;
 792       } else iOK = 0; // large pixel
 793     } else {
 794       iOK = 0; // large pixel
 795       if (xy0[1] > 9998 && pixPtr->Size(1) - wymin < 1.e-4) xy0[1] = pixPtr->Coord(1); // "normal" pixel
 796     }
 797     if (xy0[0] < 9998 && xy0[1] < 9998) break;
 798   }
 799   if (iOK) return;
 800
 801   wxy[0] = wxmin;
 802   wxy[1] = wymin;
 803   //cout << xy0[0] << " " << xy0[1] << endl;
 804   for (Int_t i = 0; i < nPix; i++) {
 805     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 806     if (pixPtr->Charge() < 1) continue; // discarded pixel
 807     n1[0] = n1[1] = 999;
 808     n2[0] = n2[1] = 1;
 809     for (Int_t j = 0; j < 2; j++) {
 810       if (pixPtr->Size(j) - wxy[j] < 1.e-4) continue;
 811       dist[j] = (pixPtr->Coord(j) - xy0[j]) / wxy[j] / 2; // normalized distance to "normal" pixel
 812       n2[j] = TMath::Nint (pixPtr->Size(j) / wxy[j]);
 813       n1[j] = n2[j] == 1 ? TMath::Nint(dist[j]) : (Int_t)dist[j];
 814     }
 815     if (n1[0] > 998 && n1[1] > 998) continue;
 816     if (fDebug) cout << " Different " << pixPtr->Size(0) << " " << wxy[0] << " "
 817                      << pixPtr->Size(1) << " " << wxy[1] <<endl;
 818
 819     //if (n2[0] > 2 || n2[1] > 2) { cout << n2[0] << " " << n2[1] << endl; AliFatal("Too large pixel.");}
 820     if (n2[0] > 2 || n2[1] > 2) {
 821       cout << n2[0] << " " << n2[1] << endl;
 822       if (n2[0] > 2 && n1[0] < 999) n1[0]--;
 823       if (n2[1] > 2 && n1[1] < 999) n1[1]--;
 824     }
 825     //cout << n1[0] << " " << n2[0] << " " << n1[1] << " " << n2[1] << endl;
 826     pix = *pixPtr;
 827     pix.SetSize(0, wxy[0]); pix.SetSize(1, wxy[1]);
 828     //pixPtr->Print();
 829     for (Int_t ii = 0; ii < n2[0]; ii++) {
 830       if (n1[0] < 999) pix.SetCoord(0, xy0[0] + (n1[0] + TMath::Sign(1.,dist[0]) * ii) * 2 * wxy[0]);
 831       for (Int_t jj = 0; jj < n2[1]; jj++) {
 832         if (n1[1] < 999) pix.SetCoord(1, xy0[1] + (n1[1] + TMath::Sign(1.,dist[1]) * jj) * 2 * wxy[1]);
 833         fPixArray->Add(new AliMUONPixel(pix));
 834         //pix.Print();
 835       }
 836     }
 837     pixPtr->SetCharge(0);
 838   } // for (Int_t i = 0; i < nPix;
 839 }
 840
 841 //_____________________________________________________________________________
 842 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::MainLoop(Int_t iSimple)
 843 {
 844   // Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
 845
 846   TH2D *mlem;
 847
 848   Int_t ix, iy;
 849   //Int_t nn, xList[10], yList[10];
 850   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
 851   AliMUONPixel *pixPtr = 0;
 852   Double_t *coef = 0, *probi = 0;
 853   AddVirtualPad(); // add virtual pads if necessary
 854   Int_t npadTot = fnPads[0] + fnPads[1], npadOK = 0;
 855   for (Int_t i = 0; i < npadTot; i++) if (fPadIJ[1][i] == 0) npadOK++;
 856   if (fDraw) fDraw->ResetMuon();
 857
 858   while (1) {
 859
 860     mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
 861     if (mlem) mlem->Delete();
 862     // Calculate coefficients
 863     if (fDebug) cout << " nPix, npadTot, npadOK " << nPix << " " << npadTot << " " << npadOK << endl;
 864
 865     // Calculate coefficients and pixel visibilities
 866     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
 867     probi = new Double_t [nPix];
 868     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) probi[ipix] = 0;
 869     Int_t indx = 0, indx1 = 0, cath = 0;
 870
 871     for (Int_t j=0; j<npadTot; j++) {
 872       indx = j*nPix;
 873       if (fPadIJ[1][j] == 0) {
 874         cath = fPadIJ[0][j];
 875         ix = fPadIJ[2][j];
 876         iy = fPadIJ[3][j];
 877         fSegmentation[cath]->SetPad(ix, iy);
 878         /*
 879           fSegmentation[cath]->Neighbours(fInput->DetElemId(),ix,iy,&nn,xList,yList);
 880           if (nn != 4) {
 881           cout << nn << ": ";
 882           for (Int_t i=0; i<nn; i++) {cout << xList[i] << " " << yList[i] << ", ";}
 883           cout << endl;
 884           }
 885         */
 886       }
 887
 888       for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
 889         indx1 = indx + ipix;
 890         if (fPadIJ[1][j] < 0) { coef[indx1] = 0; continue; }
 891         pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
 892         fSegmentation[cath]->SetHit(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), fZpad);
 893         coef[indx1] = fInput->Mathieson()->IntXY(fInput->DetElemId(),fInput->Segmentation2(cath));
 894         probi[ipix] += coef[indx1];
 895       } // for (Int_t ipix=0;
 896     } // for (Int_t j=0;
 897     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) if (probi[ipix] < 0.01) pixPtr->SetCharge(0); // "invisible" pixel
 898
 899     // MLEM algorithm
 900     Mlem(coef, probi, 15);
 901
 902     Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
 903     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
 904       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
 905       //cout << ipix+1; pixPtr->Print();
 906       for (Int_t i=0; i<4; i++)
 907         xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
 908     }
 909     for (Int_t i=0; i<4; i++) {
 910       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); if (fDebug) cout << (i%2 ? -1 : 1)*xylim[i] << " "; }
 911     if (fDebug) cout << endl;
 912
 913     // Adjust histogram to approximately the same limits as for the pads
 914     // (for good presentation)
 915     if (fDraw) fDraw->AdjustHist(xylim, pixPtr);
 916
 917     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 918     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 919
 920     mlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 921     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
 922       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
 923       mlem->Fill(pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Charge());
 924     }
 925     if (fDraw) fDraw->DrawHist("c2", mlem);
 926
 927     // Check if the total charge of pixels is too low
 928     Double_t qTot = 0;
 929     for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
 930       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 931       qTot += pixPtr->Charge();
 932     }
 933     if (qTot < 1.e-4 || npadOK < 3 && qTot < 7) {
 934       delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
 935       fPixArray->Delete();
 936       for (Int_t i=0; i<npadTot; i++) if (fPadIJ[1][i] == 0) fPadIJ[1][i] = -1;
 937       return kFALSE;
 938     }
 939
 940     // Plot data - expectation
 941     /*
 942     Double_t x, y, cont;
 943     for (Int_t j=0; j<npadTot; j++) {
 944       Double_t sum1 = 0;
 945       for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
 946         // Caculate expectation
 947         pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 948         sum1 += pixPtr->Charge()*coef[j*nPix+i];
 949       }
 950       sum1 = TMath::Min (sum1,fgkSaturation);
 951       x = fXyq[0][j];
 952       y = fXyq[1][j];
 953       cath = fPadIJ[0][j];
 954       Int_t ihist = cath*2;
 955       ix = fHist[ihist]->GetXaxis()->FindBin(x);
 956       iy = fHist[ihist]->GetYaxis()->FindBin(y);
 957       cont = fHist[ihist]->GetCellContent(ix,iy);
 958       if (cont == 0 && fHist[ihist+1]) {
 959         ihist += 1;
 960         ix = fHist[ihist]->GetXaxis()->FindBin(x);
 961         iy = fHist[ihist]->GetYaxis()->FindBin(y);
 962       }
 963       fHist[ihist]->SetBinContent(ix,iy,fXyq[2][j]-sum1);
 964     }
 965     ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c1"))->cd(1);
 966     //gPad->SetTheta(55);
 967     //gPad->SetPhi(30);
 968     //mlem->Draw("lego1");
 969     gPad->Modified();
 970     ((TCanvas*)gROOT->FindObject("c1"))->cd(2);
 971     gPad->Modified();
 972     */
 973
 974     if (iSimple) {
 975       // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
 976       Simple();
 977       delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
 978       fPixArray->Delete();
 979       return kTRUE;
 980     }
 981
 982     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
 983     Double_t xyCOG[2];
 984     FindCOG(mlem, xyCOG);
 985
 986     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
 987     //if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.007 && pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
 988     //if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) >= 0.07 || pixPtr->Size(0) < pixPtr->Size(1)) {
 989     // Sort pixels according to the charge
 990     fPixArray->Sort();
 991     /*
 992     for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
 993       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 994       cout << i+1; pixPtr->Print();
 995     }
 996     */
 997     Double_t pixMin = 0.01*((AliMUONPixel*)fPixArray->UncheckedAt(0))->Charge();
 998     pixMin = TMath::Min (pixMin,50.);
 999
1000     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at
1001     // the maximum one
1002     indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
1003     Double_t width = 0, shift[2]={0};
1004     ix = 1;
1005     for (Int_t i=0; i<4; i++) xylim[i] = 999;
1006     Int_t nPix1 = nPix; nPix = 0;
1007     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix1; ipix++) {
1008       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1009       if (nPix >= npadOK) { // too many pixels already
1010         fPixArray->RemoveAt(ipix);
1011         delete pixPtr;
1012         continue;
1013       }
1014       if (pixPtr->Charge() < pixMin) { // low charge
1015         fPixArray->RemoveAt(ipix);
1016         delete pixPtr;
1017         continue;
1018       }
1019       for (Int_t i=0; i<2; i++) {
1020         if (!i) {
1021           pixPtr->SetCharge(10);
1022           pixPtr->SetSize(indx, pixPtr->Size(indx)/2);
1023           width = -pixPtr->Size(indx);
1024           pixPtr->Shift(indx, width);
1025           // Shift pixel position
1026           if (ix) {
1027             ix = 0;
1028             for (Int_t j=0; j<2; j++) {
1029               shift[j] = pixPtr->Coord(j) - xyCOG[j];
1030               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr->Size(j)/2))*pixPtr->Size(j)*2;
1031             }
1032             //cout << ipix << " " << i << " " << shift[0] << " " << shift[1] << endl;
1033           } // if (ix)
1034           pixPtr->Shift(0, -shift[0]);
1035           pixPtr->Shift(1, -shift[1]);
1036         } else {
1037           pixPtr = new AliMUONPixel(*pixPtr);
1038           pixPtr->Shift(indx, -2*width);
1039           fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
1040         } // else
1041         //pixPtr->Print();
1042         for (Int_t i=0; i<4; i++)
1043           xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1044       } // for (Int_t i=0; i<2;
1045       nPix += 2;
1046     } // for (Int_t ipix=0;
1047
1048     fPixArray->Compress();
1049     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1050
1051     // Remove excessive pixels
1052     if (nPix > npadOK) {
1053       for (Int_t ipix=npadOK; ipix<nPix; ipix++) {
1054         pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1055         fPixArray->RemoveAt(ipix);
1056         delete pixPtr;
1057       }
1058     } else {
1059       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(0);
1060       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area
1061       // start from Y-direction
1062       Int_t j = 0;
1063       for (Int_t i=3; i>-1; i--) {
1064         if (nPix < npadOK &&
1065             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr->Size(i/2)) {
1066           pixPtr = new AliMUONPixel(*pixPtr);
1067           pixPtr->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr->Size(i/2));
1068           j = TMath::Even (i/2);
1069           pixPtr->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1070           fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
1071           nPix++;
1072         }
1073       }
1074     } // else
1075
1076     fPixArray->Compress();
1077     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1078     delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
1079   } // while (1)
1080
1081   // remove pixels with low signal or low visibility
1082   // Cuts are empirical !!!
1083   Double_t thresh = TMath::Max (mlem->GetMaximum()/100.,1.);
1084   thresh = TMath::Min (thresh,50.);
1085   Double_t cmax = -1, charge = 0;
1086   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) cmax = TMath::Max (cmax,probi[i]);
1087   //cout << thresh << " " << cmax << " " << cmax*0.9 << endl;
1088   // Mark pixels which should be removed
1089   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1090     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1091     charge = pixPtr->Charge();
1092     if (charge < thresh) pixPtr->SetCharge(-charge);
1093     //else if (cmax > 1.91) {
1094     //  if (probi[i] < 1.9) pixPtr->SetCharge(-charge);
1095     //}
1096     //AZ else if (probi[i] < cmax*0.9) pixPtr->SetCharge(-charge);
1097     //18-01-06 else if (probi[i] < cmax*0.8) pixPtr->SetCharge(-charge);
1098     //cout << i << " " << pixPtr->Coord(0) << " " << pixPtr->Coord(1) << " " << charge << " " << probi[i] << endl;
1099   }
1100   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1101   Int_t near = 0;
1102   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1103     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1104     charge = pixPtr->Charge();
1105     if (charge > 0) continue;
1106     near = FindNearest(pixPtr);
1107     pixPtr->SetCharge(0);
1108     probi[i] = 0; // make it "invisible"
1109     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(near);
1110     pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge() + (-charge));
1111   }
1112   Mlem(coef,probi,2);
1113   // Update histogram
1114   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1115     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1116     ix = mlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(0));
1117     iy = mlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(1));
1118     mlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr->Charge());
1119   }
1120   if (fDraw) fDraw->DrawHist("c2", mlem);
1121
1122   // Try to split into clusters
1123   Bool_t ok = kTRUE;
1124   if (mlem->GetSum() < 1) ok = kFALSE;
1125   else Split(mlem, coef);
1126   delete [] coef; delete [] probi; coef = 0; probi = 0;
1127   fPixArray->Delete();
1128   return ok;
1129 }
1130
1131 //_____________________________________________________________________________
1132 void AliMUONClusterFinderAZ::Mlem(Double_t *coef, Double_t *probi, Int_t nIter)
1133 {
1134   // Use MLEM to find pixel charges
1135
1136   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1137   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
1138   Double_t *probi1 = new Double_t [nPix];
1139   Double_t probMax = 0;
1140   Int_t indx, indx1;
1141   AliMUONPixel *pixPtr;
1142
1143   for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) if (probi[ipix] > probMax) probMax = probi[ipix];
1144   for (Int_t iter=0; iter<nIter; iter++) {
1145     // Do iterations
1146     for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
1147       // Correct each pixel
1148       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1149       Double_t sum = 0;
1150       //probi1[ipix] = probi[ipix];
1151       probi1[ipix] = probMax;
1152       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1153         if (fPadIJ[1][j] < 0) continue;
1154         Double_t sum1 = 0;
1155         indx1 = j*nPix;
1156         indx = indx1 + ipix;
1157         for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1158           // Caculate expectation
1159           pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1160           sum1 += pixPtr->Charge()*coef[indx1+i];
1161         } // for (Int_t i=0;
1162         if (fXyq[2][j] > fgkSaturation-1 && sum1 > fXyq[2][j]) { probi1[ipix] -= coef[indx]; continue; } // correct for pad charge overflows
1163         //cout << sum1 << " " << fXyq[2][j] << " " << coef[j*nPix+ipix] << endl;
1164         if (coef[indx] > 1.e-6) sum += fXyq[2][j]*coef[indx]/sum1;
1165       } // for (Int_t j=0;
1166       pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(ipix);
1167       if (probi1[ipix] > 1.e-6) pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1168     } // for (Int_t ipix=0;
1169   } // for (Int_t iter=0;
1170   delete [] probi1;
1171   return;
1172 }
1173
1174 //_____________________________________________________________________________
1175 void AliMUONClusterFinderAZ::FindCOG(TH2D *mlem, Double_t *xyc)
1176 {
1177   // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1178
1179   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1180   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1181   mlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1182   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1183   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1184   Double_t thresh = mlem->GetMaximum()/10;
1185   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1186
1187   for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
1188     y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1189     for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
1190       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1191       if (cont < thresh) continue;
1192       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1193       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1194       x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1195       xq += x*cont;
1196       yq += y*cont;
1197       qq += cont;
1198       nsum++;
1199     }
1200   }
1201
1202   Double_t cmax = 0;
1203   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1204   x = y = 0;
1205   if (nsumy == 1) {
1206     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1207     for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
1208       if (i == iymax) continue;
1209       for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
1210         cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1211         if (cont > cmax) {
1212           cmax = cont;
1213           x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1214           y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1215           i2 = i;
1216           j2 = j;
1217         }
1218       }
1219     }
1220     xq += x*cmax;
1221     yq += y*cmax;
1222     qq += cmax;
1223     if (i2 != i1) nsumy++;
1224     if (j2 != j1) nsumx++;
1225     nsum++;
1226   } // if (nsumy == 1)
1227
1228   if (nsumx == 1) {
1229     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1230     cmax = x = y = 0;
1231     for (Int_t j=TMath::Max(1,ixmax-1); j<=TMath::Min(nx,ixmax+1); j++) {
1232       if (j == ixmax) continue;
1233       for (Int_t i=TMath::Max(1,iymax-1); i<=TMath::Min(ny,iymax+1); i++) {
1234         cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1235         if (cont > cmax) {
1236           cmax = cont;
1237           x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1238           y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1239           i2 = i;
1240           j2 = j;
1241         }
1242       }
1243     }
1244     xq += x*cmax;
1245     yq += y*cmax;
1246     qq += cmax;
1247     if (i2 != i1) nsumy++;
1248     if (j2 != j1) nsumx++;
1249     nsum++;
1250   } // if (nsumx == 1)
1251
1252   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1253   if (fDebug) cout << xyc[0] << " " << xyc[1] << " " << qq << " " << nsum << " " << nsumx << " " << nsumy << endl;
1254   return;
1255 }
1256
1257 //_____________________________________________________________________________
1258 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::FindNearest(AliMUONPixel *pixPtr0)
1259 {
1260   // Find the pixel nearest to the given one
1261   // (algorithm may be not very efficient)
1262
1263   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1264   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1265   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1266   AliMUONPixel *pixPtr;
1267
1268   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1269     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1270     if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1271     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1272     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1273     r = dx *dx + dy * dy;
1274     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1275   }
1276   return imin;
1277 }
1278
1279 //_____________________________________________________________________________
1280 void AliMUONClusterFinderAZ::Split(TH2D *mlem, Double_t *coef)
1281 {
1282   // The main steering function to work with clusters of pixels in anode
1283   // plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
1284   // necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
1285
1286   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1287   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1288   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1289
1290   Bool_t *used = new Bool_t[ny*nx];
1291   Double_t cont;
1292   Int_t nclust = 0, indx, indx1;
1293
1294   for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) used[i] = kFALSE;
1295
1296   TObjArray *clusters[200]={0};
1297   TObjArray *pix;
1298
1299   // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
1300   for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
1301     for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
1302       indx = (i-1)*nx + j - 1;
1303       if (used[indx]) continue;
1304       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1305       if (cont < 0.5) continue;
1306       pix = new TObjArray(20);
1307       used[indx] = 1;
1308       pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
1309       AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
1310       if (nclust >= 200) AliFatal(" Too many clusters !!!");
1311       clusters[nclust++] = pix;
1312     } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
1313   } // for (Int_t i=1; i<=ny;
1314   if (fDebug) cout << nclust << endl;
1315   delete [] used; used = 0;
1316
1317   // Compute couplings between clusters and clusters to pads
1318   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
1319
1320   // Write out some information for algorithm development
1321   Int_t cath=0, npadx[2]={0}, npady[2]={0};
1322   Double_t xlow[2]={9999,9999}, xhig[2]={-9999,-9999};
1323   Double_t ylow[2]={9999,9999}, yhig[2]={-9999,-9999};
1324   for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1325     if (fXyq[3][j] < 0) continue; // exclude virtual pads
1326     cath = fPadIJ[0][j];
1327     if (fXyq[0][j] < xlow[cath]-0.001) {
1328       if (fXyq[0][j]+fXyq[3][j] <= xlow[cath] && npadx[cath]) npadx[cath]++;
1329       xlow[cath] = fXyq[0][j];
1330     }
1331     if (fXyq[0][j] > xhig[cath]+0.001) {
1332       if (fXyq[0][j]-fXyq[3][j] >= xhig[cath]) npadx[cath]++;
1333       xhig[cath] = fXyq[0][j];
1334     }
1335     if (fXyq[1][j] < ylow[cath]-0.001) {
1336       if (fXyq[1][j]+fXyq[4][j] <= ylow[cath] && npady[cath]) npady[cath]++;
1337       ylow[cath] = fXyq[1][j];
1338     }
1339     if (fXyq[1][j] > yhig[cath]+0.001) {
1340       if (fXyq[1][j]-fXyq[4][j] >= yhig[cath]) npady[cath]++;
1341       yhig[cath] = fXyq[1][j];
1342     }
1343   }
1344   //if (lun1) fprintf(lun1," %4d %2d %3d %3d %3d %3d \n",gAlice->GetHeader()->GetEvent(),AliMUONClusterInput::Instance()->Chamber(), npadx[0], npadx[1], npady[0], npady[1]);
1345
1346   // Exclude pads with overflows
1347   for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1348     if (fXyq[2][j] > fgkSaturation-1) fPadIJ[1][j] = -5;
1349     else fPadIJ[1][j] = 0;
1350   }
1351
1352   // Compute couplings of clusters to pads
1353   TMatrixD *aijclupad = new TMatrixD(nclust,npad);
1354   *aijclupad = 0;
1355   Int_t npxclu;
1356   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1357     pix = clusters[iclust];
1358     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1359     for (Int_t i=0; i<npxclu; i++) {
1360       indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
1361       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1362         if (fPadIJ[1][j] < 0 && fPadIJ[1][j] != -5) continue;
1363         if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
1364         (*aijclupad)(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
1365       }
1366     }
1367   }
1368   // Compute couplings between clusters
1369   TMatrixD *aijcluclu = new TMatrixD(nclust,nclust);
1370   *aijcluclu = 0;
1371   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1372     for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1373       // Exclude overflows
1374       if (fPadIJ[1][j] < 0) continue;
1375       if ((*aijclupad)(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
1376       for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) {
1377         if ((*aijclupad)(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
1378         (*aijcluclu)(iclust,iclust1) +=
1379           TMath::Sqrt ((*aijclupad)(iclust,j)*(*aijclupad)(iclust1,j));
1380       }
1381     }
1382   }
1383   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1384     for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) {
1385       (*aijcluclu)(iclust1,iclust) = (*aijcluclu)(iclust,iclust1);
1386     }
1387   }
1388
1389   if (fDebug && nclust > 1) aijcluclu->Print();
1390
1391   // Find groups of coupled clusters
1392   used = new Bool_t[nclust];
1393   for (Int_t i=0; i<nclust; i++) used[i] = kFALSE;
1394   Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
1395   Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
1396   Double_t parOk[8];
1397
1398   for (Int_t igroup=0; igroup<nclust; igroup++) {
1399     if (used[igroup]) continue;
1400     used[igroup] = kTRUE;
1401     clustNumb[0] = igroup;
1402     nCoupled = 1;
1403     // Find group of coupled clusters
1404     AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
1405     if (fDebug) {
1406       cout << " nCoupled: " << nCoupled << endl;
1407       for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) cout << clustNumb[i] << " "; cout << endl;
1408     }
1409     fnCoupled = nCoupled;
1410
1411     while (nCoupled > 0) {
1412
1413       if (nCoupled < 4) {
1414         nForFit = nCoupled;
1415         for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) clustFit[i] = clustNumb[i];
1416       } else {
1417         // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
1418         // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with
1419         // all the others in the group
1420         for (Int_t j=0; j<3; j++) minGroup[j] = -1;
1421         Double_t coupl = MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
1422
1423         // Flag clusters for fit
1424         nForFit = 0;
1425         while (minGroup[nForFit] >= 0 && nForFit < 3) {
1426           if (fDebug) cout << clustNumb[minGroup[nForFit]] << " ";
1427           clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
1428           clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
1429           nForFit++;
1430         }
1431         if (fDebug) cout << nForFit << " " << coupl << endl;
1432       } // else
1433
1434       // Select pads for fit.
1435       if (SelectPad(nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1) {
1436         // Deselect pads
1437         for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1438           if (TMath::Abs(fPadIJ[1][j]) == 1) fPadIJ[1][j] = 0;
1439           if (TMath::Abs(fPadIJ[1][j]) == -9) fPadIJ[1][j] = -5;
1440         }
1441         // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with
1442         // the one with the strongest coupling
1443         Merge(nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
1444       } else {
1445         // Do the fit
1446         nfit = Fit(0, nForFit, clustFit, clusters, parOk);
1447       }
1448
1449       // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
1450       // return pads for further use
1451       UpdatePads(nfit, parOk);
1452
1453       // Mark used pads
1454       for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1455         if (fPadIJ[1][j] == 1) fPadIJ[1][j] = -1;
1456         if (fPadIJ[1][j] == -9) fPadIJ[1][j] = -5;
1457       }
1458
1459       // Sort the clusters (move to the right the used ones)
1460       Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
1461       while (beg < end) {
1462         if (clustNumb[beg] >= 0) { beg++; continue; }
1463         for (Int_t j=end; j>beg; j--) {
1464           if (clustNumb[j] < 0) continue;
1465           end = j - 1;
1466           indx = clustNumb[beg];
1467           clustNumb[beg] = clustNumb[j];
1468           clustNumb[j] = indx;
1469           break;
1470         }
1471         beg++;
1472       }
1473
1474       nCoupled -= nForFit;
1475       if (nCoupled > 3) {
1476         // Remove couplings of used clusters
1477         for (Int_t iclust=nCoupled; iclust<nCoupled+nForFit; iclust++) {
1478           indx = clustNumb[iclust] + 999;
1479           for (Int_t iclust1=0; iclust1<nCoupled; iclust1++) {
1480             indx1 = clustNumb[iclust1];
1481             (*aijcluclu)(indx,indx1) = (*aijcluclu)(indx1,indx) = 0;
1482           }
1483         }
1484
1485         // Update the remaining clusters couplings (exclude couplings from
1486         // the used pads)
1487         for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1488           if (fPadIJ[1][j] != -1) continue;
1489           for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; iclust++) {
1490             indx = clustNumb[iclust];
1491             if ((*aijclupad)(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1492             for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nCoupled; iclust1++) {
1493               indx1 = clustNumb[iclust1];
1494               if ((*aijclupad)(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1495               // Check this
1496               (*aijcluclu)(indx,indx1) -=
1497                 TMath::Sqrt ((*aijclupad)(indx,j)*(*aijclupad)(indx1,j));
1498               (*aijcluclu)(indx1,indx) = (*aijcluclu)(indx,indx1);
1499             }
1500           }
1501           fPadIJ[1][j] = -8;
1502         } // for (Int_t j=0; j<npad;
1503       } // if (nCoupled > 3)
1504     } // while (nCoupled > 0)
1505   } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
1506
1507   aijcluclu->Delete(); aijclupad->Delete();
1508   for (Int_t iclust=0; iclust<nclust; iclust++) {
1509     pix = clusters[iclust];
1510     pix->Clear();
1511     delete pix; pix = 0;
1512   }
1513   delete [] clustNumb; clustNumb = 0; delete [] used; used = 0;
1514 }
1515
1516 //_____________________________________________________________________________
1517 void AliMUONClusterFinderAZ::AddBin(TH2D *mlem, Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, Bool_t *used, TObjArray *pix)
1518 {
1519   // Add a bin to the cluster
1520
1521   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1522   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1523   Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
1524   AliMUONPixel *pixPtr = 0;
1525
1526   for (Int_t i=TMath::Max(ic-1,1); i<=TMath::Min(ic+1,ny); i++) {
1527     for (Int_t j=TMath::Max(jc-1,1); j<=TMath::Min(jc+1,nx); j++) {
1528       if (i != ic && j != jc) continue;
1529       if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
1530       cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
1531       if (mode && cont1 > cont) continue;
1532       used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
1533       if (cont1 < 0.5) continue;
1534       if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
1535       else {
1536         pixPtr = new AliMUONPixel (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j),
1537                                    mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1538         fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
1539       }
1540       AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
1541     }
1542   }
1543 }
1544
1545 //_____________________________________________________________________________
1546 TObject* AliMUONClusterFinderAZ::BinToPix(TH2D *mlem, Int_t jc, Int_t ic)
1547 {
1548   // Translate histogram bin to pixel
1549
1550   Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1551   Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1552
1553   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1554   AliMUONPixel *pixPtr = NULL;
1555
1556   // Compare pixel and bin positions
1557   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
1558     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1559     if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1560     if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4) return (TObject*) pixPtr;
1561   }
1562   AliWarning(Form(" Something wrong ??? %f %f %f %f", xc, yc));
1563   return NULL;
1564 }
1565
1566 //_____________________________________________________________________________
1567 void AliMUONClusterFinderAZ::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, TMatrixD *aijcluclu, Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
1568 {
1569   // Add a cluster to the group of coupled clusters
1570
1571   for (Int_t i=0; i<nclust; i++) {
1572     if (used[i]) continue;
1573     if ((*aijcluclu)(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
1574     used[i] = kTRUE;
1575     clustNumb[nCoupled++] = i;
1576     AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
1577   }
1578 }
1579
1580 //_____________________________________________________________________________
1581 Double_t AliMUONClusterFinderAZ::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, TMatrixD *aijcluclu, Int_t *minGroup)
1582 {
1583   // Find group of clusters with minimum coupling to all the others
1584
1585   Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2);
1586   Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
1587   Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
1588
1589   for (Int_t i123=1; i123<=i123max; i123++) {
1590
1591     if (i123 == 1) {
1592       coupl1 = new Double_t [nCoupled];
1593       for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) coupl1[i] = 0;
1594     }
1595     else if (i123 == 2) {
1596       nTot = nCoupled*nCoupled;
1597       coupl2 = new Double_t [nTot];
1598       for (Int_t i=0; i<nTot; i++) coupl2[i] = 9999;
1599     } else {
1600       nTot = nTot*nCoupled;
1601       coupl3 = new Double_t [nTot];
1602       for (Int_t i=0; i<nTot; i++) coupl3[i] = 9999;
1603     } // else
1604
1605     for (Int_t i=0; i<nCoupled; i++) {
1606       indx1 = clustNumb[i];
1607       for (Int_t j=i+1; j<nCoupled; j++) {
1608         indx2 = clustNumb[j];
1609         if (i123 == 1) {
1610           coupl1[i] += (*aijcluclu)(indx1,indx2);
1611           coupl1[j] += (*aijcluclu)(indx1,indx2);
1612         }
1613         else if (i123 == 2) {
1614           indx = i*nCoupled + j;
1615           coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
1616           coupl2[indx] -= 2 * ((*aijcluclu)(indx1,indx2));
1617         } else {
1618           for (Int_t k=j+1; k<nCoupled; k++) {
1619             indx3 = clustNumb[k];
1620             indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
1621             coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
1622             coupl3[indx] -= 2 * ((*aijcluclu)(indx1,indx3)+(*aijcluclu)(indx2,indx3));
1623           }
1624         } // else
1625       } // for (Int_t j=i+1;
1626     } // for (Int_t i=0;
1627   } // for (Int_t i123=1;
1628
1629   // Find minimum coupling
1630   Double_t couplMin = 9999;
1631   Int_t locMin = 0;
1632
1633   for (Int_t i123=1; i123<=i123max; i123++) {
1634     if (i123 == 1) {
1635       locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
1636       couplMin = coupl1[locMin];
1637       minGroup[0] = locMin;
1638       delete [] coupl1; coupl1 = 0;
1639     }
1640     else if (i123 == 2) {
1641       locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
1642       if (coupl2[locMin] < couplMin) {
1643         couplMin = coupl2[locMin];
1644         minGroup[0] = locMin/nCoupled;
1645         minGroup[1] = locMin%nCoupled;
1646       }
1647       delete [] coupl2; coupl2 = 0;
1648     } else {
1649       locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
1650       if (coupl3[locMin] < couplMin) {
1651         couplMin = coupl3[locMin];
1652         minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
1653         minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
1654         minGroup[2] = locMin%nCoupled;
1655       }
1656       delete [] coupl3; coupl3 = 0;
1657     } // else
1658   } // for (Int_t i123=1;
1659   return couplMin;
1660 }
1661
1662 //_____________________________________________________________________________
1663 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::SelectPad(Int_t nCoupled, Int_t nForFit, Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, TMatrixD *aijclupad)
1664 {
1665   // Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving
1666   // the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
1667
1668   Int_t npad = fnPads[0] + fnPads[1];
1669   Double_t *padpix = 0;
1670
1671   if (nCoupled > 3) {
1672     padpix = new Double_t[npad];
1673     for (Int_t i=0; i<npad; i++) padpix[i] = 0;
1674   }
1675
1676   Int_t nOK = 0, indx, indx1;
1677   for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit; iclust++) {
1678     indx = clustFit[iclust];
1679     for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1680       if ((*aijclupad)(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1681       if (fPadIJ[1][j] == -5) fPadIJ[1][j] = -9; // flag overflow
1682       if (fPadIJ[1][j] < 0) continue; // exclude overflows and used pads
1683       if (!fPadIJ[1][j]) { fPadIJ[1][j] = 1; nOK++; } // pad to be used in fit
1684       if (nCoupled > 3) {
1685         // Check other clusters
1686         for (Int_t iclust1=0; iclust1<nCoupled; iclust1++) {
1687           indx1 = clustNumb[iclust1];
1688           if (indx1 < 0) continue;
1689           if ((*aijclupad)(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1690           padpix[j] += (*aijclupad)(indx1,j);
1691         }
1692       } // if (nCoupled > 3)
1693     } // for (Int_t j=0; j<npad;
1694   } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
1695   if (nCoupled < 4) return nOK;
1696
1697   Double_t aaa = 0;
1698   for (Int_t j=0; j<npad; j++) {
1699     if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
1700     if (fDebug) cout << j << " " << padpix[j] << " " << fXyq[0][j] << " " << fXyq[1][j] << endl;
1701     aaa += padpix[j];
1702     fPadIJ[1][j] = -1; // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1703     nOK--;
1704   }
1705   delete [] padpix; padpix = 0;
1706   return nOK;
1707 }
1708
1709 //_____________________________________________________________________________
1710 void AliMUONClusterFinderAZ::Merge(Int_t nForFit, Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, TMatrixD *aijcluclu, TMatrixD *aijclupad)
1711 {
1712   // Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
1713
1714   Int_t indx, indx1, npxclu, npxclu1, imax=0;
1715   TObjArray *pix, *pix1;
1716   Double_t couplMax;
1717
1718   for (Int_t icl=0; icl<nForFit; icl++) {
1719     indx = clustFit[icl];
1720     pix = clusters[indx];
1721     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1722     couplMax = -1;
1723     for (Int_t icl1=0; icl1<nCoupled; icl1++) {
1724       indx1 = clustNumb[icl1];
1725       if (indx1 < 0) continue;
1726       if ((*aijcluclu)(indx,indx1) > couplMax) {
1727         couplMax = (*aijcluclu)(indx,indx1);
1728         imax = indx1;
1729       }
1730     } // for (Int_t icl1=0;
1731     /*if (couplMax < fgkCouplMin) {
1732       cout << " Oops " << couplMax << endl;
1733       aijcluclu->Print();
1734       cout << icl << " " << indx << " " << npxclu << " " << nLinks << endl;
1735       ::exit(0);
1736       }*/
1737     // Add to it
1738     pix1 = clusters[imax];
1739     npxclu1 = pix1->GetEntriesFast();
1740     // Add pixels
1741     for (Int_t i=0; i<npxclu; i++) { pix1->Add(pix->UncheckedAt(i)); pix->RemoveAt(i); }
1742     if (fDebug) cout << " New number of pixels: " << npxclu1 << " " << pix1->GetEntriesFast() << endl;
1743     //Add cluster-to-cluster couplings
1744     //aijcluclu->Print();
1745     for (Int_t icl1=0; icl1<nCoupled; icl1++) {
1746       indx1 = clustNumb[icl1];
1747       if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
1748       (*aijcluclu)(indx1,imax) += (*aijcluclu)(indx,indx1);
1749       (*aijcluclu)(imax,indx1) = (*aijcluclu)(indx1,imax);
1750     }
1751     (*aijcluclu)(indx,imax) = (*aijcluclu)(imax,indx) = 0;
1752     //aijcluclu->Print();
1753     //Add cluster-to-pad couplings
1754     for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
1755       if (fPadIJ[1][j] < 0 && fPadIJ[1][j] != -5) continue; // exclude used pads
1756       (*aijclupad)(imax,j) += (*aijclupad)(indx,j);
1757       (*aijclupad)(indx,j) = 0;
1758     }
1759   } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
1760 }
1761
1762 //_____________________________________________________________________________
1763 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::Fit(Int_t iSimple, Int_t nfit, Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, Double_t *parOk)
1764 {
1765   // Find selected clusters to selected pad charges
1766
1767   TH2D *mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
1768   Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
1769   Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
1770   Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
1771   Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
1772   Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02}, xPad = 0, yPad = 99999;
1773
1774   // Number of pads to use and number of virtual pads
1775   Int_t npads = 0, nVirtual = 0, nfit0 = nfit;
1776   for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
1777     if (fXyq[3][i] < 0) nVirtual++;
1778     if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
1779     if (fXyq[3][i] > 0) {
1780       npads++;
1781       if (yPad > 9999) {
1782         xPad = fXyq[0][i];
1783         yPad = fXyq[1][i];
1784       } else {
1785         if (fXyq[4][i] < fXyq[3][i]) yPad = fXyq[1][i];
1786         else xPad = fXyq[0][i];
1787       }
1788     }
1789   }
1790   if (fDebug) {
1791     for (Int_t i=0; i<nfit; i++) {cout << i+1 << " " << clustFit[i] << " ";}
1792     cout << nfit << endl;
1793     cout << " Number of pads to fit: " << npads << endl;
1794   }
1795   fNpar = 0;
1796   fQtot = 0;
1797   if (npads < 2) return 0;
1798
1799   Int_t digit = 0;
1800   AliMUONDigit *mdig = 0;
1801   Int_t tracks[3] = {-1, -1, -1};
1802   for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {
1803     for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
1804       if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
1805       if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
1806       if (fXyq[3][i] < 0) continue; // exclude virtual pads
1807       digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
1808       if (digit >= 0) mdig = fInput->Digit(cath,digit);
1809       else mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),-digit-1);
1810       //if (!mdig) mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),digit);
1811       if (!mdig) continue; // protection for cluster display
1812       if (mdig->Hit() >= 0) {
1813         if (tracks[0] < 0) {
1814           tracks[0] = mdig->Hit();
1815           tracks[1] = mdig->Track(0);
1816         } else if (mdig->Track(0) < tracks[1]) {
1817           tracks[0] = mdig->Hit();
1818           tracks[1] = mdig->Track(0);
1819         }
1820       }
1821       if (mdig->Track(1) >= 0 && mdig->Track(1) != tracks[1]) {
1822         if (tracks[2] < 0) tracks[2] = mdig->Track(1);
1823         else tracks[2] = TMath::Min (tracks[2], mdig->Track(1));
1824       }
1825       //if (!mdig) break;
1826       //cout << mdig->Hit() << " " << mdig->Track(0) << " " << mdig->Track(1) <<endl;
1827     } // for (Int_t i=0;
1828   } // for (Int_t cath=0;
1829   //cout << tracks[0] << " " << tracks[1] << " " << tracks[2] <<endl;
1830
1831   // Get number of pads in X and Y
1832   Int_t nInX = 0, nInY;
1833   PadsInXandY(nInX, nInY);
1834   //cout << " nInX and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
1835
1836   Int_t nfitMax = 3;
1837   nfitMax = TMath::Min (nfitMax, (npads + 1) / 3);
1838   if (nfitMax > 1) {
1839     if (nInX < 3 && nInY < 3 || nInX == 3 && nInY < 3 || nInX < 3 && nInY == 3) nfitMax = 1; // not enough pads in each direction
1840   }
1841   if (nfit > nfitMax) nfit = nfitMax;
1842
1843   // Take cluster maxima as fitting seeds
1844   TObjArray *pix;
1845   AliMUONPixel *pixPtr;
1846   Int_t npxclu;
1847   Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8], qq = 0;
1848   Double_t xyseed[3][2], qseed[3], xyCand[3][2] = {{0},{0}}, sigCand[3][2] = {{0},{0}};
1849
1850   for (Int_t ifit=1; ifit<=nfit0; ifit++) {
1851     cmax = 0;
1852     pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
1853     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1854     //qq = 0;
1855     for (Int_t clu=0; clu<npxclu; clu++) {
1856       pixPtr = (AliMUONPixel*) pix->UncheckedAt(clu);
1857       cont = pixPtr->Charge();
1858       fQtot += cont;
1859       if (cont > cmax) {
1860         cmax = cont;
1861         xseed = pixPtr->Coord(0);
1862         yseed = pixPtr->Coord(1);
1863       }
1864       qq += cont;
1865       /*
1866       xyCand[ifit-1][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
1867       xyCand[ifit-1][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
1868       sigCand[ifit-1][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
1869       sigCand[ifit-1][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
1870       */
1871       xyCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
1872       xyCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
1873       sigCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
1874       sigCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
1875     }
1876     xyseed[ifit-1][0] = xseed;
1877     xyseed[ifit-1][1] = yseed;
1878     qseed[ifit-1] = cmax;
1879     /*
1880     xyCand[ifit-1][0] /= qq; // <x>
1881     xyCand[ifit-1][1] /= qq; // <y>
1882     sigCand[ifit-1][0] = sigCand[ifit-1][0]/qq - xyCand[ifit-1][0]*xyCand[ifit-1][0]; // <x^2> - <x>^2
1883     sigCand[ifit-1][0] = sigCand[ifit-1][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[ifit-1][0]) : 0;
1884     sigCand[ifit-1][1] = sigCand[ifit-1][1]/qq - xyCand[ifit-1][1]*xyCand[ifit-1][1]; // <y^2> - <y>^2
1885     sigCand[ifit-1][1] = sigCand[ifit-1][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[ifit-1][1]) : 0;
1886     cout << xyCand[ifit-1][0] << " " << xyCand[ifit-1][1] << " " << sigCand[ifit-1][0] << " " << sigCand[ifit-1][1] << endl;
1887     */
1888   } // for (Int_t ifit=1;
1889
1890   xyCand[0][0] /= qq; // <x>
1891   xyCand[0][1] /= qq; // <y>
1892   sigCand[0][0] = sigCand[0][0]/qq - xyCand[0][0]*xyCand[0][0]; // <x^2> - <x>^2
1893   sigCand[0][0] = sigCand[0][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][0]) : 0;
1894   sigCand[0][1] = sigCand[0][1]/qq - xyCand[0][1]*xyCand[0][1]; // <y^2> - <y>^2
1895   sigCand[0][1] = sigCand[0][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][1]) : 0;
1896   if (fDebug) cout << xyCand[0][0] << " " << xyCand[0][1] << " " << sigCand[0][0] << " " << sigCand[0][1] << endl;
1897
1898   Int_t nDof, maxSeed[3], nMax = 0;
1899   Double_t fmin, chi2o = 9999, chi2n;
1900
1901   TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
1902   /*
1903   Int_t itmp[100], localMax[100];
1904   Double_t maxVal[100];
1905   if (!iSimple && nfit < nfitMax) {
1906     // Try to split pixel cluster according to local maxima
1907     Int_t nfit1 = nfit;
1908     for (Int_t iclus = 0; iclus < nfit1; iclus++) {
1909       nMax = FindLocalMaxima (clusters[clustFit[maxSeed[iclus]]], localMax, maxVal);
1910       TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1");
1911       if (nMax == 1) { hist->Delete(); continue; }
1912       // Add extra fitting seeds from local maxima
1913       Int_t ixseed = hist->GetXaxis()->FindBin(xyseed[maxSeed[iclus]][0]);
1914       Int_t iyseed = hist->GetYaxis()->FindBin(xyseed[maxSeed[iclus]][1]);
1915       Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1916       TMath::Sort(nMax, maxVal, itmp, kTRUE); // in decreasing order
1917       for (Int_t j = 0; j < nMax; j++) {
1918         Int_t iyc = localMax[itmp[j]] / nx + 1;
1919         Int_t ixc = localMax[itmp[j]] % nx + 1;
1920         if (ixc == ixseed && iyc == iyseed) continue; // local max already taken for seeding
1921         xyseed[nfit][0] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(ixc);
1922         xyseed[nfit][1] = hist->GetYaxis()->GetBinCenter(iyc);
1923         qseed[nfit] = maxVal[itmp[j]];
1924         maxSeed[nfit] = nfit++;
1925         if (nfit >= nfitMax) break;
1926       }
1927       hist->Delete();
1928       if (nfit >= nfitMax) break;
1929     } // for (Int_t iclus = 0;
1930     //nfit0 = nfit;
1931     //TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
1932   } //if (!iSimple && nfit < nfitMax)
1933   */
1934
1935   Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8], param0[2][8], deriv[2][8], step0[8];
1936   Double_t shift[8], stepMax, derMax, parmin[8], parmax[8], func2[2], shift0;
1937   Double_t delta[8], scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
1938   Int_t min, max, nCall = 0, memory[8] = {0}, nLoop, idMax = 0, iestMax = 0, nFail;
1939   Double_t rad, dist[3] = {0};
1940
1941   // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is
1942   // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
1943   for (Int_t iseed=0; iseed<nfit; iseed++) {
1944
1945     if (iseed) { for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) param[j] = parOk[j]; } // for bounded params
1946     for (Int_t j=0; j<3; j++) step0[fNpar+j] = shift[fNpar+j] = step[j];
1947     if (nfit == 1) param[fNpar] = xyCand[0][0]; // take COG
1948     else param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
1949     parmin[fNpar] = xmin;
1950     parmax[fNpar++] = xmax;
1951     if (nfit == 1) param[fNpar] = xyCand[0][1]; // take COG
1952     else param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
1953     parmin[fNpar] = ymin;
1954     parmax[fNpar++] = ymax;
1955     if (fNpar > 2) {
1956       param[fNpar] = fNpar == 4 ? 0.5 : 0.3;
1957       parmin[fNpar] = 0;
1958       parmax[fNpar++] = 1;
1959     }
1960     if (iseed) { for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) param0[1][j] = 0; }
1961
1962     // Try new algorithm
1963     min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
1964
1965     while (1) {
1966       max = !min;
1967       Fcn1(fNpar, gin, func0, param, 1); nCall++;
1968       //cout << " Func: " << func0 << endl;
1969
1970       func2[max] = func0;
1971       for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) {
1972         param0[max][j] = param[j];
1973         delta[j] = step0[j];
1974         param[j] += delta[j] / 10;
1975         if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
1976         Fcn1(fNpar, gin, func1, param, 1); nCall++;
1977         deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
1978         //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
1979         dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) /
1980                                                  (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
1981       }
1982       param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
1983       if (nCall > 2000) break;
1984
1985       min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
1986       nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
1987
1988       stepMax = derMax = estim = 0;
1989       for (Int_t j=0; j<fNpar; j++) {
1990         // Estimated distance to minimum
1991         shift0 = shift[j];
1992         if (nLoop == 1) shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
1993         else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3) shift[j] = 0;
1994         else if (deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0 && TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])
1995                  //|| TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3) {
1996           || TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3 || TMath::Abs(dder[j]) < 1.e-6) {
1997           shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
1998           if (min == max) {
1999             if (memory[j] > 1) { shift[j] *= 2; } //cout << " Memory " << memory[j] << " " << shift[j] << endl; }
2000             memory[j]++;
2001           }
2002         } else {
2003           shift[j] = dder[j] != 0 ? -deriv[min][j] / dder[j] : 0;
2004           memory[j] = 0;
2005         }
2006         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > estim) {
2007           estim = TMath::Abs(shift[j])/step0[j];
2008           iestMax = j;
2009         }
2010
2011         // Too big step
2012         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; //
2013
2014         // Failed to improve minimum
2015         if (min != max) {
2016           memory[j] = 0;
2017           param[j] = param0[min][j];
2018           if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j]) shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
2019           else shift[j] /= -2;
2020         }
2021
2022         // Too big step
2023         if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min])
2024           shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
2025
2026         // Introduce step relaxation factor
2027         if (memory[j] < 3) {
2028           scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
2029           if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax)
2030             shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
2031         }
2032         param[j] += shift[j];
2033         //AZ Check parameter limits 27-12-2004
2034         if (param[j] < parmin[j]) {
2035           shift[j] = parmin[j] - param[j];
2036           param[j] = parmin[j];
2037         } else if (param[j] > parmax[j]) {
2038           shift[j] = parmax[j] - param[j];
2039           param[j] = parmax[j];
2040         }
2041         //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
2042         stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
2043         if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax) {
2044           idMax = j;
2045           derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
2046         }
2047       } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
2048       //cout << max << " " << func2[min] << " " << derMax << " " << stepMax << " " << estim << " " << iestMax << " " << nCall << endl;
2049       if (estim < 1 && derMax < 2 || nLoop > 150) break; // minimum was found
2050
2051       nLoop++;
2052       // Check for small step
2053       if (shift[idMax] == 0) { shift[idMax] = step0[idMax]/10; param[idMax] += shift[idMax]; continue; }
2054       if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10) {
2055         //cout << " ok " << deriv[min][idMax] << " " << deriv[!min][idMax] << " " << dder[idMax]*shift[idMax] << " " << shift[idMax] << endl;
2056         if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10) {
2057           if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
2058           shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10;
2059           param[idMax] += shift[idMax];
2060           stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
2061           //cout << shift[idMax] << " " << param[idMax] << endl;
2062           if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
2063         }
2064         if (nFail > 10) {
2065           param[idMax] -= shift[idMax];
2066           shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
2067           param[idMax] += shift[idMax];
2068           //cout << shift[idMax] << endl;
2069         }
2070       }
2071     } // while (1)
2072     fmin = func2[min];
2073
2074     nDof = npads - fNpar + nVirtual;
2075     if (!nDof) nDof++;
2076     chi2n = fmin / nDof;
2077     if (fDebug) cout << " Chi2 " << chi2n << " " << fNpar << endl;
2078
2079     if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o ) { fNpar -= 3; break; }
2080
2081     // Save parameters and errors
2082
2083     if (nInX == 1) {
2084       // One pad per direction
2085       for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) param0[min][i] = xPad;
2086     }
2087     if (nInY == 1) {
2088       // One pad per direction
2089       for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) param0[min][i] = yPad;
2090     }
2091
2092     /*
2093     if (iseed > 0) {
2094       // Find distance to the nearest neighbour
2095       dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][2])*
2096                                        (param0[min][0]-param0[min][2])
2097                                       +(param0[min][1]-param0[min][3])*
2098                                        (param0[min][1]-param0[min][3]));
2099       if (iseed > 1) {
2100         dist[2] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][5])*
2101                                (param0[min][0]-param0[min][5])
2102                               +(param0[min][1]-param0[min][6])*
2103                                (param0[min][1]-param0[min][6]));
2104         rad = TMath::Sqrt ((param0[min][2]-param0[min][5])*
2105                            (param0[min][2]-param0[min][5])
2106                           +(param0[min][3]-param0[min][6])*
2107                            (param0[min][3]-param0[min][6]));
2108         if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
2109         if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
2110         if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
2111       }
2112       cout << dist[0] << " " << dist[1] << " " << dist[2] << endl;
2113       if (dist[TMath::LocMin(iseed+1,dist)] < 1.) { fNpar -= 3; break; }
2114     }
2115     */
2116
2117     for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) {
2118       parOk[i] = param0[min][i];
2119       //errOk[i] = fmin;
2120       errOk[i] = chi2n;
2121       // Bounded params
2122       parOk[i] = TMath::Max (parOk[i], parmin[i]);
2123       parOk[i] = TMath::Min (parOk[i], parmax[i]);
2124     }
2125
2126     chi2o = chi2n;
2127     if (fmin < 0.1) break; // !!!???
2128   } // for (Int_t iseed=0;
2129
2130   if (fDebug) {
2131     for (Int_t i=0; i<fNpar; i++) {
2132       if (i == 4 || i == 7) {
2133         if (i == 7 || i == 4 && fNpar < 7) cout << parOk[i] << endl;
2134         else cout << parOk[i] * (1-parOk[7]) << endl;
2135         continue;
2136       }
2137       cout << parOk[i] << " " << errOk[i] << endl;
2138     }
2139   }
2140   nfit = (fNpar + 1) / 3;
2141   dist[0] = dist[1] = dist[2] = 0;
2142
2143   if (nfit > 1) {
2144     // Find distance to the nearest neighbour
2145     dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[2])*
2146                                      (parOk[0]-parOk[2])
2147                                     +(parOk[1]-parOk[3])*
2148                                      (parOk[1]-parOk[3]));
2149     if (nfit > 2) {
2150       dist[2] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[5])*
2151                              (parOk[0]-parOk[5])
2152                             +(parOk[1]-parOk[6])*
2153                              (parOk[1]-parOk[6]));
2154       rad = TMath::Sqrt ((parOk[2]-parOk[5])*
2155                          (parOk[2]-parOk[5])
2156                         +(parOk[3]-parOk[6])*
2157                          (parOk[3]-parOk[6]));
2158       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
2159       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
2160       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
2161     }
2162   }
2163
2164   Int_t indx;
2165   fnPads[1] -= nVirtual;
2166   if (!fDraw) {
2167     Double_t coef = 0;
2168     if (iSimple) fnCoupled = 0;
2169     //for (Int_t j=0; j<nfit; j++) {
2170     for (Int_t j=nfit-1; j>=0; j--) {
2171       indx = j<2 ? j*2 : j*2+1;
2172       if (nfit == 1) coef = 1;
2173       else coef = j==nfit-1 ? parOk[indx+2] : 1-coef;
2174       coef = TMath::Max (coef, 0.);
2175       if (nfit == 3 && j < 2) coef = j==1 ? coef*parOk[indx+2] : coef - parOk[7];
2176       coef = TMath::Max (coef, 0.);
2177       AddRawCluster (parOk[indx], parOk[indx+1], coef*fQtot, errOk[indx], nfit0+10*nfit+100*nMax+10000*fnCoupled, tracks,
2178                      //sigCand[maxSeed[j]][0], sigCand[maxSeed[j]][1]);
2179                      //sigCand[0][0], sigCand[0][1], dist[j]);
2180                      sigCand[0][0], sigCand[0][1], dist[TMath::LocMin(nfit,dist)]);
2181     }
2182   } else fDraw->FillMuon(nfit, parOk, errOk);
2183   return nfit;
2184 }
2185
2186 //_____________________________________________________________________________
2187 void AliMUONClusterFinderAZ::Fcn1(Int_t & /*npar*/, Double_t * /*gin*/, Double_t &f, Double_t *par, Int_t /*iflag*/)
2188 {
2189   // Fit for one track
2190   //AZ for Muinuit AliMUONClusterFinderAZ& c = *(AliMUONClusterFinderAZ::fgClusterFinder);
2191   AliMUONClusterFinderAZ& c = *this; //AZ
2192
2193   Int_t cath, ix, iy, indx, npads=0;
2194   Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0, qTot = 0;
2195   for (Int_t j=0; j<c.fnPads[0]+c.fnPads[1]; j++) {
2196     if (c.fPadIJ[1][j] != 1) continue;
2197     cath = c.fPadIJ[0][j];
2198     if (c.fXyq[3][j] > 0) npads++; // exclude virtual pads
2199     qTot += c.fXyq[2][j];
2200     ix = c.fPadIJ[2][j];
2201     iy = c.fPadIJ[3][j];
2202     c.fSegmentation[cath]->SetPad(ix, iy);
2203     charge = 0;
2204     for (Int_t i=c.fNpar/3; i>=0; i--) { // sum over tracks
2205       indx = i<2 ? 2*i : 2*i+1;
2206       c.fSegmentation[cath]->SetHit(par[indx], par[indx+1], c.fZpad);
2207       if (c.fNpar == 2) coef = 1;
2208       else coef = i==c.fNpar/3 ? par[indx+2] : 1-coef;
2209       coef = TMath::Max (coef, 0.);
2210       if (c.fNpar == 8 && i < 2) coef = i==1 ? coef*par[indx+2] : coef - par[7];
2211       coef = TMath::Max (coef, 0.);
2212       charge += c.fInput->Mathieson()->IntXY(fInput->DetElemId(), c.fInput->Segmentation2(cath))*coef;
2213     }
2214     charge *= c.fQtot;
2215     delta = charge - c.fXyq[2][j];
2216     delta *= delta;
2217     delta /= c.fXyq[2][j];
2218     //if (cath) delta /= 5; // just for test
2219     chi2 += delta;
2220   } // for (Int_t j=0;
2221   f = chi2;
2222   Double_t qAver = qTot/npads; //(c.fnPads[0]+c.fnPads[1]);
2223   f = chi2/qAver;
2224 }
2225
2226 //_____________________________________________________________________________
2227 void AliMUONClusterFinderAZ::UpdatePads(Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
2228 {
2229   // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
2230
2231   Int_t cath, ix, iy, indx;
2232   Double_t charge, coef=0;
2233   for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2234     if (fPadIJ[1][j] != -1) continue;
2235     if (fNpar != 0) {
2236       cath = fPadIJ[0][j];
2237       ix = fPadIJ[2][j];
2238       iy = fPadIJ[3][j];
2239       fSegmentation[cath]->SetPad(ix, iy);
2240       charge = 0;
2241       for (Int_t i=fNpar/3; i>=0; i--) { // sum over tracks
2242         indx = i<2 ? 2*i : 2*i+1;
2243         fSegmentation[cath]->SetHit(par[indx], par[indx+1], fZpad);
2244         if (fNpar == 2) coef = 1;
2245         else coef = i==fNpar/3 ? par[indx+2] : 1-coef;
2246         coef = TMath::Max (coef, 0.);
2247         if (fNpar == 8 && i < 2) coef = i==1 ? coef*par[indx+2] : coef - par[7];
2248         coef = TMath::Max (coef, 0.);
2249         charge += fInput->Mathieson()->IntXY(fInput->DetElemId(),fInput->Segmentation2(cath))*coef;
2250       }
2251       charge *= fQtot;
2252       fXyq[2][j] -= charge;
2253     } // if (fNpar != 0)
2254     if (fXyq[2][j] > fgkZeroSuppression) fPadIJ[1][j] = 0; // return pad for further using
2255   } // for (Int_t j=0;
2256 }
2257
2258 //_____________________________________________________________________________
2259 Bool_t AliMUONClusterFinderAZ::TestTrack(Int_t /*t*/) const {
2260 // Test if track was user selected
2261   return kTRUE;
2262   /*
2263     if (fTrack[0]==-1 || fTrack[1]==-1) {
2264         return kTRUE;
2265     } else if (t==fTrack[0] || t==fTrack[1]) {
2266         return kTRUE;
2267     } else {
2268         return kFALSE;
2269     }
2270   */
2271 }
2272
2273 //_____________________________________________________________________________
2274 void AliMUONClusterFinderAZ::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y, Double_t qTot, Double_t fmin, Int_t nfit, Int_t *tracks, Double_t /*sigx*/, Double_t /*sigy*/, Double_t /*dist*/)
2275 {
2276   //
2277   // Add a raw cluster copy to the list
2278   //
2279   if (qTot <= 0.501) return;
2280   AliMUONRawCluster cnew;
2281
2282   Int_t cath, npads[2] = {0}, nover[2] = {0};
2283   for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2284     cath = fPadIJ[0][j];
2285     // There was an overflow
2286     if (fPadIJ[1][j] == -9) nover[cath]++;
2287     if (fPadIJ[1][j] != 1 && fPadIJ[1][j] != -9) continue;
2288     cnew.SetMultiplicity(cath,cnew.GetMultiplicity(cath)+1);
2289     if (fXyq[2][j] > cnew.GetPeakSignal(cath)) cnew.SetPeakSignal(cath,TMath::Nint (fXyq[2][j]));
2290     //cnew.SetCharge(cath,cnew.GetCharge(cath) + TMath::Nint (fXyq[2][j]));
2291     cnew.SetContrib(npads[cath],cath,fXyq[2][j]);
2292     cnew.SetIndex(npads[cath],cath,TMath::Nint (fXyq[5][j]));
2293     cnew.SetDetElemId(fInput->DetElemId());
2294     npads[cath]++;
2295   }
2296
2297   cnew.SetClusterType(nover[0] + nover[1] * 100);
2298   for (Int_t j=0; j<3; j++) cnew.SetTrack(j,tracks[j]);
2299
2300   Double_t xg, yg, zg;
2301   for (cath=0; cath<2; cath++) {
2302     // Perform local-to-global transformation
2303     fInput->Segmentation2(cath)->GetTransformer()->Local2Global(fInput->DetElemId(), x, y, fZpad, xg, yg, zg);
2304     cnew.SetX(cath, xg);
2305     cnew.SetY(cath, yg);
2306     cnew.SetZ(cath, zg);
2307     cnew.SetCharge(cath, TMath::Nint(qTot));
2308     //cnew.SetPeakSignal(cath,20);
2309     //cnew.SetMultiplicity(cath, 5);
2310     cnew.SetNcluster(cath, nfit);
2311     cnew.SetChi2(cath, fmin); //0.;1
2312   }
2313   // Evaluate measurement errors
2314   //AZ Errors(&cnew);
2315
2316   cnew.SetGhost(nfit); //cnew.SetX(1,sigx); cnew.SetY(1,sigy); cnew.SetZ(1,dist);
2317   //cnew.fClusterType=cnew.PhysicsContribution();
2318   new((*fRawClusters)[fNRawClusters++]) AliMUONRawCluster(cnew);
2319   if (fDebug) cout << fNRawClusters << " " << fInput->Chamber() << endl;
2320   //fNPeaks++;
2321 }
2322
2323 //_____________________________________________________________________________
2324 Int_t AliMUONClusterFinderAZ::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
2325 {
2326   // Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
2327   // try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
2328   // or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved
2329
2330   TH2D *hist = NULL;
2331   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
2332   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
2333   //if (hist) hist->Delete();
2334
2335   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
2336   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
2337   AliMUONPixel *pixPtr = 0;
2338   for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
2339     pixPtr = (AliMUONPixel*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
2340     for (Int_t i=0; i<4; i++)
2341          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
2342   }
2343   for (Int_t i=0; i<4; i++) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
2344
2345   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
2346   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
2347   if (pixArray == fPixArray) hist = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
2348   else hist = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
2349   for (Int_t ipix=0; ipix<nPix; ipix++) {
2350     pixPtr = (AliMUONPixel*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
2351     hist->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
2352   }
2353   if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
2354
2355   Int_t nMax = 0, indx;
2356   Int_t *isLocalMax = new Int_t[ny*nx];
2357   for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) isLocalMax[i] = 0;
2358
2359   for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
2360     indx = (i-1) * nx;
2361     for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
2362       if (hist->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
2363       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
2364       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
2365       FlagLocalMax(hist, i, j, isLocalMax);
2366     }
2367   }
2368
2369   for (Int_t i=1; i<=ny; i++) {
2370     indx = (i-1) * nx;
2371     for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
2372       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
2373         localMax[nMax] = indx + j - 1;
2374         maxVal[nMax++] = hist->GetCellContent(j,i);
2375         if (nMax > 99) AliFatal(" Too many local maxima !!!");
2376       }
2377     }
2378   }
2379   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
2380   delete [] isLocalMax; isLocalMax = 0;
2381   return nMax;
2382 }
2383
2384 //_____________________________________________________________________________
2385 void AliMUONClusterFinderAZ::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
2386 {
2387   // Flag pixels (whether or not local maxima)
2388
2389   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
2390   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
2391   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
2392   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
2393
2394   for (Int_t i1=i-1; i1<i+2; i1++) {
2395     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
2396     indx1 = (i1 - 1) * nx;
2397     for (Int_t j1=j-1; j1<j+2; j1++) {
2398       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
2399       if (i == i1 && j == j1) continue;
2400       indx2 = indx1 + j1 - 1;
2401       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
2402       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
2403       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
2404       else { // the same charge
2405         isLocalMax[indx] = 1;
2406         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
2407           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
2408           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
2409           else isLocalMax[indx2] = -1;
2410         }
2411       }
2412     }
2413   }
2414   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
2415 }
2416
2417 //_____________________________________________________________________________
2418 void AliMUONClusterFinderAZ::FindCluster(Int_t *localMax, Int_t iMax)
2419 {
2420   // Find pixel cluster around local maximum #iMax and pick up pads
2421   // overlapping with it
2422
2423   TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
2424   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
2425   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
2426   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
2427   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
2428   Bool_t *used = new Bool_t[ny*nx];
2429   for (Int_t i=0; i<ny*nx; i++) used[i] = kFALSE;
2430
2431   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
2432   fPixArray->Delete();
2433
2434   Double_t wx = hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
2435   Double_t wy = hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
2436   Double_t yc = hist->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
2437   Double_t xc = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
2438   Double_t cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
2439   AliMUONPixel *pixPtr = new AliMUONPixel (xc, yc, wx, wy, cont);
2440   fPixArray->Add((TObject*)pixPtr);
2441   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
2442   AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
2443
2444   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), npad = fnPads[0] + fnPads[1];
2445   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
2446     ((AliMUONPixel*)fPixArray->UncheckedAt(i))->SetSize(0,wx);
2447     ((AliMUONPixel*)fPixArray->UncheckedAt(i))->SetSize(1,wy);
2448   }
2449   if (fDebug) cout << iMax << " " << nPix << endl;
2450
2451   Float_t xy[4], xy12[4];
2452   // Pick up pads which overlap with found pixels
2453   for (Int_t i=0; i<npad; i++) fPadIJ[1][i] = -1;
2454   for (Int_t i=0; i<nPix; i++) {
2455     pixPtr = (AliMUONPixel*) fPixArray->UncheckedAt(i);
2456     for (Int_t j=0; j<4; j++)
2457       xy[j] = pixPtr->Coord(j/2) + (j%2 ? 1 : -1)*pixPtr->Size(j/2);
2458     for (Int_t j=0; j<npad; j++)
2459       if (Overlap(xy, j, xy12, 0)) fPadIJ[1][j] = 0; // flag for use
2460   }
2461
2462   delete [] used; used = 0;
2463 }
2464
2465 //_____________________________________________________________________________
2466 AliMUONClusterFinderAZ&
2467 AliMUONClusterFinderAZ::operator=(const AliMUONClusterFinderAZ& rhs)
2468 {
2469 // Protected assignement operator
2470
2471   if (this == &rhs) return *this;
2472
2473   AliFatal("Not implemented.");
2474
2475   return *this;
2476 }
2477
2478 //_____________________________________________________________________________
2479 void AliMUONClusterFinderAZ::AddVirtualPad()
2480 {
2481   // Add virtual pad (with small charge) to improve fit for some
2482   // clusters (when pad with max charge is at the extreme of the cluster)
2483
2484   // Get number of pads in X and Y-directions
2485   Int_t nInX = -1, nInY;
2486   PadsInXandY(nInX, nInY);
2487   //return;
2488
2489   // Add virtual pad only if number of pads per direction == 2
2490   if (nInX != 2 && nInY != 2) return;
2491
2492   // Find pads with max charge
2493   Int_t maxpad[2][2] = {{-1, -1}, {-1, -1}}, cath;
2494   Double_t sigmax[2] = {0}, aamax[2] = {0};
2495   for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2496     if (fPadIJ[1][j] != 0) continue;
2497     cath = fPadIJ[0][j];
2498     if (fXyq[2][j] > sigmax[cath]) {
2499       maxpad[cath][1] = maxpad[cath][0];
2500       aamax[cath] = sigmax[cath];
2501       sigmax[cath] = fXyq[2][j];
2502       maxpad[cath][0] = j;
2503     }
2504   }
2505   if (maxpad[0][0] >= 0 && maxpad[0][1] < 0 || maxpad[1][0] >= 0 && maxpad[1][1] < 0) {
2506     for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2507       if (fPadIJ[1][j] != 0) continue;
2508       cath = fPadIJ[0][j];
2509       if (j == maxpad[cath][0] || j == maxpad[cath][1]) continue;
2510       if (fXyq[2][j] > aamax[cath]) {
2511         aamax[cath] = fXyq[2][j];
2512         maxpad[cath][1] = j;
2513       }
2514     }
2515   }
2516   // Check for mirrors (side X on cathode 0)
2517   Bool_t mirror = kFALSE;
2518   if (maxpad[0][0] >= 0 && maxpad[1][0] >= 0) {
2519     mirror = fXyq[3][maxpad[0][0]] < fXyq[4][maxpad[0][0]];
2520     if (!mirror && TMath::Abs(fXyq[3][maxpad[0][0]]-fXyq[3][maxpad[1][0]]) < 0.001) {
2521       // Special case when pads on both cathodes have the same size
2522       Int_t yud[2] = {0};
2523       for (Int_t j = 0; j < fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2524         cath = fPadIJ[0][j];
2525         if (j == maxpad[cath][0]) continue;
2526         if (fPadIJ[2][j] != fPadIJ[2][maxpad[cath][0]]) continue;
2527         if (fPadIJ[3][j] + 1 == fPadIJ[3][maxpad[cath][0]] ||
2528             fPadIJ[3][j] - 1 == fPadIJ[3][maxpad[cath][0]]) yud[cath]++;
2529       }
2530       if (!yud[0]) mirror = kTRUE; // take the other cathode
2531     } // if (!mirror &&...
2532   } // if (maxpad[0][0] >= 0 && maxpad[1][0] >= 0)
2533
2534   // Find neughbours of pads with max charges
2535   Int_t nn, xList[10], yList[10], ix0, iy0, ix, iy, neighb;
2536   for (cath=0; cath<2; cath++) {
2537     if (!cath && maxpad[0][0] < 0) continue; // one-sided cluster - cathode 1
2538     if (cath && maxpad[1][0] < 0) break; // one-sided cluster - cathode 0
2539     if (maxpad[1][0] >= 0) {
2540       if (!mirror) {
2541         if (!cath && nInY != 2) continue;
2542         if (cath && nInX != 2 && (maxpad[0][0] >= 0 || nInY != 2)) continue;
2543       } else {
2544         if (!cath && nInX != 2) continue;
2545         if (cath && nInY != 2 && (maxpad[0][0] >= 0 || nInX != 2)) continue;
2546       }
2547     }
2548
2549     Int_t iAddX = 0, iAddY = 0, ix1 = 0, iy1 = 0, iPad = 0;
2550     if (maxpad[0][0] < 0) iPad = 1;
2551
2552     for (iPad=0; iPad<2; iPad++) {
2553       if (iPad && !iAddX && !iAddY) break;
2554       if (iPad && fXyq[2][maxpad[cath][1]] / sigmax[cath] < 0.5) break;
2555
2556       Int_t neighbx = 0, neighby = 0;
2557       ix0 = fPadIJ[2][maxpad[cath][iPad]];
2558       iy0 = fPadIJ[3][maxpad[cath][iPad]];
2559       fSegmentation[cath]->Neighbours(ix0, iy0, &nn, xList, yList);
2560       Float_t zpad;
2561       for (Int_t j=0; j<nn; j++) {
2562         if (TMath::Abs(xList[j]-ix0) == 1 || xList[j]*ix0 == -1) neighbx++;
2563         if (TMath::Abs(yList[j]-iy0) == 1 || yList[j]*iy0 == -1) neighby++;
2564       }
2565       if (!mirror) {
2566         if (cath) neighb = neighbx;
2567         else neighb = neighby;
2568         if (maxpad[0][0] < 0) neighb += neighby;
2569         else if (maxpad[1][0] < 0) neighb += neighbx;
2570       } else {
2571         if (!cath) neighb = neighbx;
2572         else neighb = neighby;
2573         if (maxpad[0][0] < 0) neighb += neighbx;
2574         else if (maxpad[1][0] < 0) neighb += neighby;
2575       }
2576
2577       for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1]; j++) {
2578         if (fPadIJ[0][j] != cath) continue;
2579         ix = fPadIJ[2][j];
2580         iy = fPadIJ[3][j];
2581         if (iy == iy0 && ix == ix0) continue;
2582         for (Int_t k=0; k<nn; k++) {
2583           if (xList[k] != ix || yList[k] != iy) continue;
2584           if (!mirror) {
2585             if ((!cath || maxpad[0][0] < 0) &&
2586                 (TMath::Abs(iy-iy0) == 1 || iy*iy0 == -1)) {
2587               if (!iPad && TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1) ix1 = xList[k]; //19-12-05
2588               xList[k] = yList[k] = 0;
2589               neighb--;
2590               break;
2591             }
2592             if ((cath || maxpad[1][0] < 0) &&
2593                 (TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1)) {
2594               if (!iPad) ix1 = xList[k]; //19-12-05
2595               xList[k] = yList[k] = 0;
2596               neighb--;
2597             }
2598           } else {
2599             if ((!cath || maxpad[0][0] < 0) &&
2600                 (TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1)) {
2601               if (!iPad) ix1 = xList[k]; //19-12-05
2602               xList[k] = yList[k] = 0;
2603               neighb--;
2604               break;
2605             }
2606             if ((cath || maxpad[1][0] < 0) &&
2607                 (TMath::Abs(iy-iy0) == 1 || iy*iy0 == -1)) {
2608               xList[k] = yList[k] = 0;
2609               neighb--;
2610             }
2611           }
2612           break;
2613         } // for (Int_t k=0; k<nn;
2614         if (!neighb) break;
2615       } // for (Int_t j=0; j<fnPads[0]+fnPads[1];
2616       if (!neighb) continue;
2617
2618       // Add virtual pad
2619       Int_t npads, isec;
2620       isec = 0;
2621       for (Int_t j=0; j<nn; j++) {
2622         if (xList[j] == 0 && yList[j] == 0) continue;
2623         npads = fnPads[0] + fnPads[1];
2624         fPadIJ[0][npads] = cath;
2625         fPadIJ[1][npads] = 0;
2626         ix = xList[j];
2627         iy = yList[j];
2628         if (TMath::Abs(ix-ix0) == 1 || ix*ix0 == -1) {
2629           if (iy != iy0) continue; // new segmentation - check
2630           if (nInX != 2) continue; // new
2631           if (!mirror) {
2632             if (!cath && maxpad[1][0] >= 0) continue;
2633           } else {
2634             if (cath && maxpad[0][0] >= 0) continue;
2635           }
2636           if (iPad && !iAddX) continue;
2637           fSegmentation[cath]->GetPadC(ix, iy, fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], zpad);
2638           if (fXyq[0][npads] > 1.e+5) continue; // temporary fix
2639           if (ix == ix1) continue; //19-12-05
2640           if (ix1 == ix0) continue;
2641           if (maxpad[1][0] < 0 || mirror && maxpad[0][0] >= 0) {
2642             if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[0]/100, 5.);
2643             else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[0]/100, 5.);
2644           }
2645           else {
2646             if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[1]/100, 5.);
2647             else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[1]/100, 5.);
2648           }
2649           fXyq[2][npads] = TMath::Max (fXyq[2][npads], (float)1);
2650           fXyq[3][npads] = -2; // flag
2651           fPadIJ[2][npads] = ix;
2652           fPadIJ[3][npads] = iy;
2653           fnPads[1]++;
2654           iAddX = npads;
2655           if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in X ***** %f %f %f %3d %3d \n", fXyq[2][npads],
2656                              fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], ix, iy);
2657           ix1 = ix0;
2658           continue;
2659         }
2660         if (nInY != 2) continue;
2661         if (!mirror && cath && maxpad[0][0] >= 0) continue;
2662         if (mirror && !cath && maxpad[1][0] >= 0) continue;
2663         if (TMath::Abs(iy-iy0) == 1 || TMath::Abs(iy*iy0) == 1) {
2664           if (ix != ix0) continue; // new segmentation - check
2665           if (iPad && !iAddY) continue;
2666           fSegmentation[cath]->GetPadC(ix, iy, fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], zpad);
2667           if (iy1 == iy0) continue;
2668           //if (iPad && iy1 == iy0) continue;
2669           if (maxpad[0][0] < 0 || mirror && maxpad[1][0] >= 0) {
2670             if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[1]/15, fgkZeroSuppression);
2671             else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[1]/15, fgkZeroSuppression);
2672           }
2673           else {
2674             if (!iPad) fXyq[2][npads] = TMath::Min (sigmax[0]/15, fgkZeroSuppression);
2675             else fXyq[2][npads] = TMath::Min (aamax[0]/15, fgkZeroSuppression);
2676           }
2677           fXyq[2][npads] = TMath::Max (fXyq[2][npads], (float)1);
2678           fXyq[3][npads] = -2; // flag
2679           fPadIJ[2][npads] = ix;
2680           fPadIJ[3][npads] = iy;
2681           fnPads[1]++;
2682           iAddY = npads;
2683           if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in Y ***** %f %f %f %3d %3d \n", fXyq[2][npads],
2684                              fXyq[0][npads], fXyq[1][npads], ix, iy);
2685           iy1 = iy0;
2686         }
2687       } // for (Int_t j=0; j<nn;
2688     } // for (Int_t iPad=0;
2689   } // for (cath=0; cath<2;
2690   return;
2691 }
2692
2693 //_____________________________________________________________________________
2694 void AliMUONClusterFinderAZ::PadsInXandY(Int_t &nInX, Int_t &nInY)
2695 {
2696   // Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
2697   // overflows)
2698
2699   static Int_t nXsaved = 0, nYsaved = 0;
2700   nXsaved = nYsaved = 0;
2701   //if (nInX >= 0) {nInX = nXsaved; nInY = nYsaved; return; }
2702   Float_t *xPad0 = NULL, *yPad0 = NULL, *xPad1 = NULL, *yPad1 = NULL;
2703   Float_t wMinX[2] = {99, 99}, wMinY[2] = {99, 99};
2704   Int_t *nPad0 = NULL, *nPad1 = NULL;
2705   Int_t nPads = fnPads[0] + fnPads[1];
2706   if (fnPads[0]) {
2707     xPad0 = new Float_t[nPads];
2708     yPad0 = new Float_t[nPads];
2709     nPad0 = new Int_t[nPads];
2710   }
2711   if (fnPads[1]) {
2712     xPad1 = new Float_t[nPads];
2713     yPad1 = new Float_t[nPads];
2714     nPad1 = new Int_t[nPads];
2715   }
2716   Int_t n0 = 0, n1 = 0, cath, npadx[2] = {1, 1}, npady[2] = {1, 1};
2717   for (Int_t j = 0; j < nPads; j++) {
2718     if (nInX < 0 && fPadIJ[1][j] != 0) continue; // before fit
2719     else if (nInX == 0 && fPadIJ[1][j] != 1) continue; // fit - exclude overflows
2720     else if (nInX > 0 && fPadIJ[1][j] != 1 && fPadIJ[1][j] != -9) continue; // exclude non-marked
2721     if (nInX <= 0 && fXyq[2][j] > fgkSaturation-1) continue; // skip overflows
2722     cath = fPadIJ[0][j];
2723     if (fXyq[3][j] > 0) { // exclude virtual pads
2724       wMinX[cath] = TMath::Min (wMinX[cath], fXyq[3][j]);
2725       wMinY[cath] = TMath::Min (wMinY[cath], fXyq[4][j]);
2726       //20-12-05 }
2727       if (cath) { xPad1[n1] = fXyq[0][j]; yPad1[n1++] = fXyq[1][j]; }
2728       else { xPad0[n0] = fXyq[0][j]; yPad0[n0++] = fXyq[1][j]; }
2729     }
2730   }
2731
2732   // Sort
2733   if (n0) {
2734     TMath::Sort (n0, xPad0, nPad0); // in X
2735     for (Int_t i = 1; i < n0; i++)
2736       if (xPad0[nPad0[i]] - xPad0[nPad0[i-1]] < -0.01) npadx[0]++;
2737     TMath::Sort (n0, yPad0, nPad0); // in Y
2738     for (Int_t i = 1; i < n0; i++)
2739       if (yPad0[nPad0[i]] - yPad0[nPad0[i-1]] < -0.01) npady[0]++;
2740   }
2741
2742   if (n1) {
2743     TMath::Sort (n1, xPad1, nPad1); // in X
2744     for (Int_t i = 1; i < n1; i++)
2745       if (xPad1[nPad1[i]] - xPad1[nPad1[i-1]] < -0.01) npadx[1]++;
2746     TMath::Sort (n1, yPad1, nPad1); // in Y
2747     for (Int_t i = 1; i < n1; i++)
2748       if (yPad1[nPad1[i]] - yPad1[nPad1[i-1]] < -0.01) npady[1]++;
2749   }
2750   if (fnPads[0]) { delete [] xPad0; delete [] yPad0; delete [] nPad0; }
2751   if (fnPads[1]) { delete [] xPad1; delete [] yPad1; delete [] nPad1; }
2752   if (TMath::Abs (wMinY[0] - wMinY[1]) < 1.e-3) nInY = TMath::Max (npady[0], npady[1]);
2753   else nInY = wMinY[0] < wMinY[1] ? npady[0] : npady[1];
2754   if (TMath::Abs (wMinX[0] - wMinX[1]) < 1.e-3) nInX = TMath::Max (npadx[0], npadx[1]);
2755   else nInX = wMinX[0] < wMinX[1] ? npadx[0] : npadx[1];
2756 }
2757
2758 //_____________________________________________________________________________
2759 void AliMUONClusterFinderAZ::Simple()
2760 {
2761   // Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
2762
2763   Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
2764   Double_t parOk[3] = {0.};
2765   TObjArray *clusters[1];
2766   clusters[0] = fPixArray;
2767   for (Int_t i = 0; i < fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
2768     if (fXyq[2][i] > fgkSaturation-1) fPadIJ[1][i] = -9;
2769     else fPadIJ[1][i] = 1;
2770   }
2771   nfit = Fit(1, nForFit, clustFit, clusters, parOk);
2772 }
2773
2774 //_____________________________________________________________________________
2775 void AliMUONClusterFinderAZ::Errors(AliMUONRawCluster *clus)
2776 {
2777   // Correct reconstructed coordinates for some clusters and evaluate errors
2778
2779   Double_t qTot = clus->GetCharge(0), fmin = clus->GetChi2(0);
2780   Double_t xreco = clus->GetX(0), yreco = clus->GetY(0), zreco = clus->GetZ(0);
2781   Double_t sigmax[2] = {0};
2782
2783   Int_t nInX = 1, nInY, maxdig[2] ={-1, -1}, digit, cath1, isec;
2784   PadsInXandY(nInX, nInY);
2785
2786   // Find pad with maximum signal
2787   for (Int_t cath = 0; cath < 2; cath++) {
2788     for (Int_t j = 0; j < clus->GetMultiplicity(cath); j++) {
2789       cath1 = cath;
2790       digit = clus->GetIndex(j, cath);
2791       if (digit < 0) { cath1 = TMath::Even(cath); digit = -digit - 1; } // from the other cathode
2792
2793       if (clus->GetContrib(j,cath) > sigmax[cath1]) {
2794         sigmax[cath1] = clus->GetContrib(j,cath);
2795         maxdig[cath1] = digit;
2796       }
2797     }
2798   }
2799
2800   // Size of pad with maximum signal and reco coordinate distance from the pad center
2801   AliMUONDigit *mdig = 0;
2802   Double_t wx[2], wy[2], dxc[2], dyc[2];
2803   Float_t xpad, ypad, zpad;
2804   Int_t ix, iy;
2805   for (Int_t cath = 0; cath < 2; cath++) {
2806     if (maxdig[cath] < 0) continue;
2807     mdig = fInput->Digit(cath,maxdig[cath]);
2808     isec = fSegmentation[cath]->Sector(mdig->PadX(), mdig->PadY());
2809     wx[cath] = fSegmentation[cath]->Dpx(isec);
2810     wy[cath] = fSegmentation[cath]->Dpy(isec);
2811     fSegmentation[cath]->GetPadI(xreco, yreco, zreco, ix, iy);
2812     isec = fSegmentation[cath]->Sector(ix, iy);
2813     if (isec > 0) {
2814       fSegmentation[cath]->GetPadC(ix, iy, xpad, ypad, zpad);
2815       dxc[cath] = xreco - xpad;
2816       dyc[cath] = yreco - ypad;
2817     }
2818   }
2819
2820   // Check if pad with max charge at the edge (number of neughbours)
2821   Int_t nn, xList[10], yList[10], neighbx[2][2] = {{0,0}, {0,0}}, neighby[2][2]= {{0,0}, {0,0}};
2822   for (Int_t cath = 0; cath < 2; cath++) {
2823     if (maxdig[cath] < 0) continue;
2824     mdig = fInput->Digit(cath,maxdig[cath]);
2825     fSegmentation[cath]->Neighbours(mdig->PadX(), mdig->PadY(), &nn, xList, yList);
2826     isec = fSegmentation[cath]->Sector(mdig->PadX(), mdig->PadY());
2827     /*??
2828     Float_t sprX = fResponse->SigmaIntegration() * fResponse->ChargeSpreadX();
2829     Float_t sprY = fResponse->SigmaIntegration() * fResponse->ChargeSpreadY();
2830     //fSegmentation[cath]->FirstPad(fInput->DetElemId(),muons[ihit][1], muons[ihit][2], muons[ihit][3], sprX, sprY);
2831     //fSegmentation[cath]->FirstPad(fInput->DetElemId(),xreco, yreco, zreco, sprX, sprY);
2832     fSegmentation[cath]->FirstPad(xreco, yreco, zreco, sprX, sprY);
2833     Int_t border = 0;
2834     //if (fSegmentation[cath]->Sector(fInput->DetElemId(),fSegmentation[cath]->Ix(),fSegmentation[cath]->Iy()) <= 0) {
2835     if (fSegmentation[cath]->Sector(fSegmentation[cath]->Ix(), fSegmentation[cath]->Iy()) <= 0) {
2836       //fSegmentation[cath]->NextPad(fInput->DetElemId());
2837       fSegmentation[cath]->NextPad();
2838       border = 1;
2839     }
2840     */
2841     for (Int_t j=0; j<nn; j++) {
2842       //if (border && yList[j] < fSegmentation[cath]->Iy()) continue;
2843       fSegmentation[cath]->GetPadC(xList[j], yList[j], xpad, ypad, zpad);
2844       //cout << ch << " " << xList[j] << " " << yList[j] << " " << border << " " << x << " " << y << " " << xpad << " " << ypad << endl;
2845       if (TMath::Abs(xpad) < 1 && TMath::Abs(ypad) < 1) continue;
2846       if (xList[j] == mdig->PadX()-1 || mdig->PadX() == 1 &&
2847           xList[j] == -1) neighbx[cath][0] = 1;
2848       else if (xList[j] == mdig->PadX()+1 || mdig->PadX() == -1 &&
2849                xList[j] == 1) neighbx[cath][1] = 1;
2850       if (yList[j] == mdig->PadY()-1 || mdig->PadY() == 1 &&
2851           yList[j] == -1) neighby[cath][0] = 1;
2852       else if (yList[j] == mdig->PadY()+1 || mdig->PadY() == -1 &&
2853                yList[j] == 1) neighby[cath][1] = 1;
2854     } // for (Int_t j=0; j<nn;
2855     if (neighbx[cath][0] && neighbx[cath][1]) neighbx[cath][0] = 0;
2856     else if (neighbx[cath][1]) neighbx[cath][0] = -1;
2857     else neighbx[cath][0] = 1;
2858     if (neighby[cath][0] && neighby[cath][1]) neighby[cath][0] = 0;
2859     else if (neighby[cath][1]) neighby[cath][0] = -1;
2860     else neighby[cath][0] = 1;
2861   }
2862
2863   Int_t iOver = clus->GetClusterType();
2864   // One-sided cluster
2865   if (!clus->GetMultiplicity(0)) {
2866     neighby[0][0] = neighby[1][0];
2867     wy[0] = wy[1];
2868     if (iOver < 99) iOver += 100 * iOver;
2869     dyc[0] = dyc[1];
2870   } else if (!clus->GetMultiplicity(1)) {
2871     neighbx[1][0] = neighbx[0][0];
2872     wx[1] = wx[0];
2873     if (iOver < 99) iOver += 100 * iOver;
2874     dxc[1] = dxc[0];
2875   }
2876
2877   // Apply corrections and evaluate errors
2878   Double_t errY, errX;
2879   Errors(nInY, nInX, neighby[0][0],neighbx[1][0], fmin, wy[0]*10, wx[1]*10, iOver,
2880          dyc[0], dxc[1], qTot, yreco, xreco, errY, errX);
2881   errY = TMath::Max (errY, 0.01);
2882   //errY = 0.01;
2883   //errX = TMath::Max (errX, 0.144);
2884   clus->SetX(0, xreco); clus->SetY(0, yreco);
2885   clus->SetErrX(errX); clus->SetErrY(errY);
2886 }
2887
2888 //_____________________________________________________________________________
2889 void AliMUONClusterFinderAZ::Errors(Int_t ny, Int_t nx, Int_t iby, Int_t ibx, Double_t fmin,
2890                                     Double_t wy, Double_t wx, Int_t iover,
2891                                     Double_t dyc, Double_t /*dxc*/, Double_t qtot,
2892                                     Double_t &yrec, Double_t &xrec, Double_t &erry, Double_t &errx)
2893 {
2894   // Correct reconstructed coordinates for some clusters and evaluate errors
2895
2896     erry = 0.01;
2897     errx = 0.144;
2898     Int_t iovery = iover % 100;
2899     Double_t corr = 0;
2900
2901 /* ---> Ny = 1 */
2902     if (ny == 1) {
2903       if (iby != 0) {
2904         // edge effect
2905         yrec += iby * (0.1823+0.2008)/2;
2906         erry = 0.04587;
2907       } else {
2908         // Find "effective pad width"
2909         Double_t width = 0.218 / (1.31e-4 * TMath::Exp (2.688 * TMath::Log(qtot)) + 1) * 2;
2910         width = TMath::Min (width, 0.4);
2911         erry = width / TMath::Sqrt(12.);
2912         erry = TMath::Max (erry, 0.01293);
2913       }
2914       goto x; //return;
2915     }
2916
2917 /* ---> "Bad" fit */
2918     if (fmin > 0.4) {
2919       erry = 0.1556;
2920       if (ny == 5) erry = 0.06481;
2921       goto x; //return;
2922     }
2923
2924 /* ---> By != 0 */
2925     if (iby != 0) {
2926       if (ny > 2) {
2927         erry = 0.00417; //0.01010
2928       } else {
2929         // ny = 2
2930         if (dyc * iby > -0.05) {
2931           Double_t dyc2 = dyc * dyc;
2932           if (iby < 0) {
2933             corr = 0.019 - 0.602 * dyc + 8.739 * dyc2 - 44.209 * dyc2 * dyc;
2934             corr = TMath::Min (corr, TMath::Abs(-0.25-dyc));
2935             yrec -= corr;
2936             //dyc -= corr;
2937             erry = 0.00814;
2938           } else {
2939             corr = 0.006 + 0.300 * dyc + 6.147 * dyc2 + 42.039 * dyc2 * dyc;
2940             corr = TMath::Min (corr, 0.25-dyc);
2941             yrec += corr;
2942             //dyc += corr;
2943             erry = 0.01582;
2944           }
2945         } else {
2946           erry = (0.00303 + 0.00296) / 2;
2947         }
2948       }
2949       goto x; //return;
2950     }
2951
2952 /* ---> Overflows */
2953     if (iovery != 0) {
2954       if (qtot < 3000) {
2955         erry = 0.0671;
2956       } else {
2957         if (iovery > 1) {
2958           erry = 0.09214;
2959         } else if (TMath::Abs(wy - 5) < 0.1) {
2960           erry = 0.061; //0.06622
2961         } else {
2962           erry = 0.00812; // 0.01073
2963         }
2964       }
2965       goto x; //return;
2966     }
2967
2968 /* ---> "Good" but very high signal */
2969     if (qtot > 4000) {
2970       if (TMath::Abs(wy - 4) < 0.1) {
2971         erry = 0.00117;
2972       } else if (fmin < 0.03 && qtot < 6000) {
2973         erry = 0.01003;
2974       } else {
2975         erry = 0.1931;
2976       }
2977       goto x; //return;
2978     }
2979
2980 /* ---> "Good" clusters */
2981     if (ny > 3) {
2982       if (TMath::Abs(wy - 5) < 0.1) {
2983         erry = 0.0011; //0.00304
2984       } else if (qtot < 400.) {
2985         erry = 0.0165;
2986       } else {
2987         erry = 0.00135; // 0.00358
2988       }
2989     } else if (ny == 3) {
2990       if (TMath::Abs(wy - 4) < 0.1) {
2991         erry = 35.407 / (1 + TMath::Exp(5.511*TMath::Log(qtot/265.51))) + 11.564;
2992         //erry = 83.512 / (1 + TMath::Exp(3.344*TMath::Log(qtot/211.58))) + 12.260;
2993       } else {
2994         erry = 147.03 / (1 + TMath::Exp(1.713*TMath::Log(qtot/73.151))) + 9.575;
2995         //erry = 91.743 / (1 + TMath::Exp(2.332*TMath::Log(qtot/151.67))) + 11.453;
2996       }
2997       erry *= 1.e-4;
2998     } else {
2999       // ny = 2
3000       if (TMath::Abs(wy - 4) < 0.1) {
3001         erry = 60.800 / (1 + TMath::Exp(3.305*TMath::Log(qtot/104.53))) + 11.702;
3002         //erry = 73.128 / (1 + TMath::Exp(5.676*TMath::Log(qtot/120.93))) + 17.839;
3003       } else {
3004         erry = 117.98 / (1 + TMath::Exp(2.005*TMath::Log(qtot/37.649))) + 21.431;
3005         //erry = 99.066 / (1 + TMath::Exp(4.900*TMath::Log(qtot/107.57))) + 25.315;
3006       }
3007       erry *= 1.e-4;
3008     }
3009     //return;
3010
3011  x:
3012 /* ---> X-coordinate */
3013 /* ---> Y-side */
3014     if (wx > 11) {
3015       errx = 0.0036;
3016       xrec -= 0.1385;
3017       return;
3018     }
3019 /* ---> Nx = 1 */
3020     if (nx == 1) {
3021       if (TMath::Abs(wx - 6) < 0.1) {
3022         if (qtot < 40) errx = 0.1693;
3023         else errx = 0.06241;
3024       } else if (TMath::Abs(wx - 7.5) < 0.1) {
3025         if (qtot < 40) errx = 0.2173;
3026         else errx = 0.07703;
3027       } else if (TMath::Abs(wx - 10) < 0.1) {
3028         if (ibx == 0) {
3029           if (qtot < 40) errx = 0.2316;
3030           else errx = 0.1426;
3031         } else {
3032           xrec += (0.2115 + 0.1942) / 2 * ibx;
3033           errx = 0.1921;
3034         }
3035       }
3036       return;
3037     }
3038 /* ---> "Bad" fit */
3039     if (fmin > 0.5) {
3040       errx = 0.1591;
3041       return;
3042     }
3043 /* ---> Bx != 0 */
3044     if (ibx != 0) {
3045       if (ibx > 0) { errx = 0.06761; xrec -= 0.03832; }
3046       else { errx = 0.06653; xrec += 0.02581; }
3047       return;
3048     }
3049 /* ---> Overflows */
3050     if (iover != 0) {
3051       if (TMath::Abs(wx - 6) < 0.1) errx = 0.06979;
3052       else if (TMath::Abs(wx - 7.5) < 0.1) errx = 0.1089;
3053       else if (TMath::Abs(wx - 10) < 0.1) errx = 0.09847;
3054       return;
3055     }
3056 /* ---> Good */
3057     if (TMath::Abs(wx - 6) < 0.1) errx = 0.06022;
3058     else if (TMath::Abs(wx - 7.5) < 0.1) errx = 0.07247;
3059     else if (TMath::Abs(wx - 10) < 0.1) errx = 0.07359;
3060 }
3061