21d26f511bff93fcf8a882e15a8b422c40a9606e
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterFinderMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterFinderMLEM
20 /// 
21 /// Clusterizer class based on the Expectation-Maximization algorithm
22 ///
23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
24 /// From a precluster a pixel array is built, and from this pixel array
25 /// a list of clusters is output (using AliMUONClusterSplitterMLEM).
26 ///
27 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
28 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
29 //-----------------------------------------------------------------------------
30
31 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
32 #include "AliLog.h"
33 #include "AliMUONCluster.h"
34 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
35 #include "AliMUONVDigit.h"
36 #include "AliMUONPad.h"
37 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
38 #include "AliMpPad.h"
39 #include "AliMpVPadIterator.h"
40 #include "AliMpVSegmentation.h"
41 #include "AliRunLoader.h"
42 #include "AliMUONVDigitStore.h"
43 #include <Riostream.h>
44 #include <TH2.h>
45 #include <TMinuit.h>
46 #include <TCanvas.h>
47 #include <TMath.h>
48 #include "AliCodeTimer.h"
49
50 /// \cond CLASSIMP
51 ClassImp(AliMUONClusterFinderMLEM)
52 /// \endcond
53  
54 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
55 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
56 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
57
58 // Status flags for pads
59 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
60 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
61 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
62 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
63 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge 
64 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad  
65
66 //_____________________________________________________________________________
67 AliMUONClusterFinderMLEM::AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
68   : AliMUONVClusterFinder(),
69 fPreClusterFinder(clusterFinder),
70 fPreCluster(0x0),
71 fClusterList(),
72 fEventNumber(0),
73 fDetElemId(-1),
74 fClusterNumber(0),
75 fHistMlem(0x0),
76 fHistAnode(0x0),
77 fPixArray(new TObjArray(20)),
78 fDebug(0),
79 fPlot(plot),
80 fSplitter(0x0),
81 fNClusters(0),
82 fNAddVirtualPads(0),
83 fLowestPixelCharge(0),
84 fLowestPadCharge(0),
85 fLowestClusterCharge(0)
86 {
87   /// Constructor
88
89   fkSegmentation[1] = fkSegmentation[0] = 0x0; 
90
91   if (fPlot) fDebug = 1;
92 }
93
94 //_____________________________________________________________________________
95 AliMUONClusterFinderMLEM::~AliMUONClusterFinderMLEM()
96 {
97 /// Destructor
98   delete fPixArray; fPixArray = 0;
99 //  delete fDraw;
100   delete fPreClusterFinder;
101   delete fSplitter;
102   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
103                fNClusters,fNAddVirtualPads));
104 }
105
106 //_____________________________________________________________________________
107 Bool_t 
108 AliMUONClusterFinderMLEM::Prepare(Int_t detElemId,
109                                   TObjArray* pads[2],
110                                   const AliMpArea& area,
111                                   const AliMpVSegmentation* seg[2])
112 {
113   /// Prepare for clustering
114 //  AliCodeTimerAuto("",0)
115   
116   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
117   {
118     fkSegmentation[i] = seg[i];
119   }
120   
121   // Find out the DetElemId
122   fDetElemId = detElemId;
123   
124   delete fSplitter;
125   fSplitter = new AliMUONClusterSplitterMLEM(fDetElemId,
126                                              fPixArray,
127                                              fLowestPixelCharge,
128                                              fLowestPadCharge,
129                                              fLowestClusterCharge);
130   fSplitter->SetDebug(fDebug);
131     
132   // find out current event number, and reset the cluster number
133   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
134   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
135   fClusterNumber = -1;
136   fClusterList.Delete();
137   fPixArray->Delete();
138
139   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
140   
141   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
142   {
143     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
144   }
145   else
146   {
147     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
148   }
149 }
150
151 //_____________________________________________________________________________
152 AliMUONCluster* 
153 AliMUONClusterFinderMLEM::NextCluster()
154 {
155   /// Return next cluster
156 //  AliCodeTimerAuto("",0)
157   
158   // if the list of clusters is not void, pick one from there
159   TObject* o(0x0);
160   
161   // do we have clusters in our list ?
162   if ( fClusterNumber < fClusterList.GetLast() )
163   {
164     o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
165   }
166   
167   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
168   
169   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
170   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
171   //digits, so it can reuse them
172   
173   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
174   // pre-cluster and treat it
175
176   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
177
178   fPixArray->Delete();
179   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
180   fClusterNumber = -1; //AZ
181     
182   if (!fPreCluster)
183   {
184     // we are done
185     return 0x0;
186   }
187     
188   WorkOnPreCluster();
189
190   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
191   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
192   
193   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
194   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
195   {
196     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
197     if ( !pad->IsUsed() )
198     {
199       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
200     }
201   }
202   
203   return NextCluster();
204 }
205
206 //_____________________________________________________________________________
207 Bool_t
208 AliMUONClusterFinderMLEM::WorkOnPreCluster()
209 {
210   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
211   /// extract clusters from this array
212   
213   //  AliCodeTimerAuto("",0)    
214
215   if (fDebug) {
216     cout << " *** Event # " << fEventNumber 
217          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
218     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
219       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
220       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
221              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
222              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
223     }
224   }
225
226   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
227   if (!cluster) return kFALSE;
228
229   BuildPixArray(*cluster);
230   
231   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
232   {
233     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
234     delete cluster;
235     return kFALSE;
236   }
237   
238   // Use MLEM for cluster finder
239   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
240   Double_t maxVal[100];
241   
242   Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
243   
244   PadsInXandY(*cluster,nInX, nInY);
245   
246   if (nInX < 4 && nInY < 4) 
247   {
248     iSimple = 1; // simple cluster
249   }
250   else 
251   {
252     nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // for small clusters just to tag pixels
253     if (nMax > 1) {
254       if (cluster->Multiplicity() <= 50) nMax = 1; // for small clusters 
255       if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
256     }
257   }
258   
259   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) 
260   {
261     if (nMax > 1) 
262     {
263       FindCluster(*cluster,localMax, maxPos[i]);
264     }
265
266     MainLoop(*cluster,iSimple);
267
268     if (i < nMax-1) 
269     {
270       Int_t mult = cluster->Multiplicity();
271       for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
272       {
273         AliMUONPad* pad = cluster->Pad(j);
274         //if ( pad->Status() == 0 ) continue; // pad charge was not modified
275         if ( pad->Status() != fgkOver ) continue; // pad was not used
276         //pad->SetStatus(0);
277         pad->SetStatus(fgkZero);
278         pad->RevertCharge(); // use backup charge value
279       }
280     }
281   } // for (Int_t i=0; i<nMax;
282   delete fHistMlem;
283   delete fHistAnode;
284   fHistMlem = fHistAnode = 0x0;
285   delete cluster;
286   return kTRUE;
287 }
288
289 //_____________________________________________________________________________
290 Bool_t 
291 AliMUONClusterFinderMLEM::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
292 {
293   /// Check if the pad and the pixel overlaps
294
295   // make a fake pad from the pixel
296   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
297                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
298                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
299   
300   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
301 }
302
303 //_____________________________________________________________________________
304 AliMUONCluster* 
305 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
306 {
307   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
308   /// two-cathode preclusters)
309     
310   AliCodeTimerAuto("",0)
311
312   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
313   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
314       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < fLowestClusterCharge )
315   { 
316     return 0x0;
317   }
318
319   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
320
321   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
322   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
323
324   AliMUONCluster* rv(0x0);
325   
326   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
327   { 
328     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
329   }
330   else
331   {
332     rv = cluster;
333   }
334   return rv;
335 }
336
337 //_____________________________________________________________________________
338 AliMUONCluster*
339 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
340 {
341   /// Check two-cathode cluster
342   
343   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
344   Int_t* flags = new Int_t[npad];
345   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
346   
347   // Check pad overlaps
348   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
349   {
350     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
351     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
352     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j) 
353     {
354       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
355       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
356       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
357       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
358     } 
359   } 
360   
361   // Check if all pads overlap
362   Int_t nFlags=0;
363   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
364   {
365     if (!flags[i]) ++nFlags;
366   }
367   
368   if (nFlags > 0) 
369   {
370     // not all pads overlap.
371     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
372     TObjArray toBeRemoved;
373     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
374     {
375       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
376       if (flags[i]) continue;
377       Int_t cath = pad->Cathode();
378       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
379       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
380       AliMpPad mpPad =
381       fkSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position().X(),
382                                            pad->Position().Y(),kFALSE);
383       if (!mpPad.IsValid()) continue;
384       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fLowestPadCharge) continue; 
385       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
386                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
387       toBeRemoved.AddLast(pad);
388       fPreCluster->Pad(i)->Release();
389     }
390     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
391     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
392     {
393       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
394     }
395   } 
396   
397   // Check correlations of cathode charges
398   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
399   {
400     // big difference
401     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
402     Int_t imin(-1);
403     Int_t imax(-1);
404     Double_t cmax(0);
405     Double_t cmin(1E9);
406     
407     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the 
408     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
409     //
410     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
411     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
412     {
413       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
414       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
415       {
416         // only consider pads in the opposite cathode, and
417         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
418         continue;
419       }
420       if ( pad->Charge() < cmin )
421       {
422         cmin = pad->Charge();
423         imin = i;
424         if (imax < 0) {
425           imax = imin;
426           cmax = cmin;
427         }
428       }
429       else if ( pad->Charge() > cmax )
430       {
431         cmax = pad->Charge();
432         imax = i;
433       }      
434     }
435     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
436                     imin,imax,cmin,cmax));
437     //
438     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
439     // to the pad size
440     Double_t* dist = new Double_t[mult];
441     Double_t dxMin(1E9);
442     Double_t dyMin(1E9);
443     Double_t dmin(0);
444     
445     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
446     
447     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
448     {
449       dist[i] = 0.0;
450       if ( i == imax) continue;
451       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
452       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
453       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
454       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
455       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
456       if ( i == imin )
457       {
458         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
459         dxMin = dx;
460         dyMin = dy;
461       }      
462     }
463     
464     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
465     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
466     TObjArray toBeRemoved;
467     
468     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
469     {
470       Int_t indx = flags[i];
471       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
472       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
473       if ( dist[indx] > dmin )
474       {
475         // farther than the minimum pad
476         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
477         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
478         dx *= dxMin;
479         dy *= dyMin;
480         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
481         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
482         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;        
483       }
484       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
485       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
486       {
487         // release pad
488         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3) 
489         {
490           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
491         }
492         else
493         {
494           cmax = pad->Charge();
495         }
496         xmax = dist[indx];
497         distPrev = dist[indx];
498         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
499                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
500                         pad->Charge()));
501   
502         toBeRemoved.AddLast(pad);
503         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
504       }
505     }
506     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
507     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
508     {
509       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
510     }    
511     delete[] dist;
512   }
513   
514   delete[] flags;
515   
516   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
517   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
518
519   return cluster;    
520 }
521
522 //_____________________________________________________________________________
523 void
524 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckOverlaps()
525 {
526   /// For debug only : check if some pixels overlap...
527   
528   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
529   Int_t dummy(0);
530   
531   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
532   {
533     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
534     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
535                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
536                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
537     
538     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
539     {
540       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
541       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
542                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
543                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);  
544       AliMpArea area;
545       
546       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
547       {
548         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
549         /*
550         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
551                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
552                         pixelJ->Print();
553                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
554                         cout << " Area surface = " << area.GetDimensionX()*area.GetDimensionY()*4 << endl;
555                         cout << "-------" << endl;
556                         );
557         */        
558       }
559     }    
560   }
561 }
562
563 //_____________________________________________________________________________
564 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
565 {
566   /// Build pixel array for MLEM method
567   
568   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
569   if (npad<=0) 
570   {
571     AliWarning("Got no pad at all ?!");
572   }
573   
574   fPixArray->Delete();
575   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
576   
577   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
578   
579 //  AliDebug(2,Form("nPix after BuildPixArray=%d",nPix));
580   
581   if ( nPix > npad ) 
582   {
583 //    AliDebug(2,Form("Will trim number of pixels to number of pads"));
584     
585     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
586     fPixArray->Sort();
587     for ( Int_t i = npad; i < nPix; ++i ) 
588     {
589       RemovePixel(i);
590     }
591     fPixArray->Compress();
592   } // if (nPix > npad)
593
594 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
595 //                   fPixArray->Print(););
596   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
597 }
598
599 //_____________________________________________________________________________
600 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
601 {
602   /// Build the pixel array
603
604 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
605
606   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
607   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2]={99999,99999};
608   Int_t found[2] = {0,0}, mult = cluster.Multiplicity();
609
610   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
611     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
612     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
613       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) { 
614         xy0[j] = pad->Coord(j);
615         found[j] = 1;
616       }
617     }
618     if (found[0] && found[1]) break;
619   }
620
621   Double_t min[2], max[2];
622   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
623   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
624   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
625
626
627   Double_t leftDownX, leftDownY;
628   cluster.Area(cath0).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
629   Double_t rightUpX, rightUpY;
630   cluster.Area(cath0).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
631   min[0] = leftDownX;
632   min[1] = leftDownY;
633   max[0] = rightUpX;
634   max[1] = rightUpY;;
635   if (cath1 != cath0) {
636     cluster.Area(cath1).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
637     cluster.Area(cath1).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
638     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDownX);
639     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDownY);
640     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUpX);
641     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUpY);
642   }
643
644   // Adjust limits
645   //width[0] /= 2; width[1] /= 2; // just for check
646   Int_t nbins[2]={0,0};
647   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
648     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
649     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
650     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist)) 
651                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
652     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
653     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
654     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
655     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
656   }
657
658   // Book histogram
659   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
660   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
661   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
662   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
663
664   // Fill histogram
665   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
666     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
667     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
668     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
669     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
670   }
671
672   // Store pixels
673   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
674     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
675     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
676       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
677       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) && 
678       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
679       if (cath0 != cath1) {
680         // Two-sided cluster
681         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
682         if (cont < 999.) continue;
683         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
684       }
685       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
686       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
687       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
688       fPixArray->Add(pixPtr);
689     }  
690   }
691   //*
692   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
693     // Split pixel into 2
694     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
695     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
696     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
697     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
698     fPixArray->Add(pixPtr);
699   }
700   //*/
701   //fPixArray->Print();
702   delete hist1;
703   delete hist2;
704 }
705
706 //_____________________________________________________________________________
707 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
708                                            TH2D *hist1, TH2D *hist2)
709 {
710   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
711
712   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
713   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
714   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
715
716   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
717
718   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
719     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
720     if (ixy > nbins) break;
721     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
722     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
723     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
724     else {
725       // Fill histogram
726       Double_t cont = pad->Charge();
727       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
728         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
729       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
730       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
731       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
732     }
733   }
734
735   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
736     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
737     if (ixy < 1) break;
738     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
739     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
740     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
741     else {
742       // Fill histogram
743       Double_t cont = pad->Charge();
744       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
745         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
746       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
747       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
748       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
749     }
750   }
751 }
752
753 //_____________________________________________________________________________
754 void
755 AliMUONClusterFinderMLEM::Plot(const char* /*basename*/)
756 {
757   /// Make a plot and save it as png
758   
759   return; //AZ
760 //  if (!fPlot) return;
761 //  
762 //  TCanvas* c = new TCanvas("MLEM","MLEM",800,600);
763 //  c->Draw();
764 //  Draw();
765 //  c->Modified();
766 //  c->Update();
767 //  c->Print(Form("%s.EVT%d.DE%d.CLU%d.png",basename,fEventNumber,
768 //                fDetElemId,fClusterNumber));
769 }
770
771 //_____________________________________________________________________________
772 void
773 AliMUONClusterFinderMLEM::ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster,
774                                               Double_t* coef,
775                                               Double_t* probi)
776 {
777   /// Compute coefficients needed for MLEM algorithm
778   
779   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
780   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
781   
782   //memset(probi,0,nPix*sizeof(Double_t));
783   for (Int_t j = 0; j < npadTot*nPix; ++j) coef[j] = 0.;
784   for (Int_t j = 0; j < nPix; ++j) probi[j] = 0.;
785
786   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
787   for ( Int_t j = 0; j < mult; ++j ) 
788   {
789     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
790     Int_t indx = j*nPix;
791   
792     for ( Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix ) 
793     {
794       Int_t indx1 = indx + ipix;
795       //if (pad->Status() < 0) 
796       if (pad->Status() != fgkZero) 
797       {   
798         coef[indx1] = 0; 
799         continue; 
800       }
801       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
802       // coef is the charge (given by Mathieson integral) on pad, assuming
803       // the Mathieson is center at pixel.
804       coef[indx1] = fSplitter->ChargeIntegration(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), *pad);  
805 //      AliDebug(2,Form("pad=(%d,%d,%e,%e,%e,%e) pix=(%e,%e,%e,%e) coef %e",
806 //                      pad->Ix(),pad->Iy(),
807 //                      pad->X(),pad->Y(),
808 //                      pad->DX(),pad->DY(),
809 //                      pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1), 
810 //                      pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),
811 //                      coef[indx1]));
812       
813       probi[ipix] += coef[indx1];
814     } 
815   } 
816 }
817
818 //_____________________________________________________________________________
819 Bool_t AliMUONClusterFinderMLEM::MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple)
820 {
821   /// Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
822   
823   //  AliCodeTimerAuto("",0)
824   
825   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
826
827   AliDebug(2,Form("nPix=%d iSimple=%d, precluster=",nPix,iSimple));
828   //StdoutToAliDebug(2,cluster.Print("full"););
829
830   if ( nPix < 0 )
831   {
832     AliDebug(1,"No pixels, why am I here then ?");
833   }
834   
835   AddVirtualPad(cluster); // add virtual pads if necessary
836   
837   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
838   Int_t npadOK = 0;
839   for (Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
840   {
841     //if (cluster.Pad(i)->Status() == 0) ++npadOK;
842     if (cluster.Pad(i)->Status() == fgkZero) ++npadOK;
843   }
844
845   Double_t* coef(0x0);
846   Double_t* probi(0x0);
847   Int_t lc(0); // loop counter
848   
849   //Plot("mlem.start");
850   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
851   Double_t xylim[4] = {pixPtr->X(), -pixPtr->X(), pixPtr->Y(), -pixPtr->Y()};
852
853   while (1) 
854   {
855     ++lc;
856     delete fHistMlem;
857     fHistMlem = 0x0;
858     
859     AliDebug(2,Form("lc %d nPix %d(%d) npadTot %d npadOK %d",lc,nPix,fPixArray->GetLast()+1,npadTot,npadOK));
860     AliDebug(2,Form("EVT%d PixArray=",fEventNumber));
861     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("full"));
862         
863     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
864     probi = new Double_t [nPix];
865
866     // Calculate coefficients and pixel visibilities
867     ComputeCoefficients(cluster,coef,probi);
868
869     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
870     {
871       if (probi[ipix] < 0.01) 
872       {
873         AliMUONPad* pixel = Pixel(ipix);
874         AliDebug(2,Form("Setting the following pixel to invisible as its probi<0.01:"));
875         //StdoutToAliDebug(2,cout << Form(" -- ipix %3d --- "); pixel->Print(););
876         pixel->SetCharge(0); // "invisible" pixel
877       }
878     }
879     
880     // MLEM algorithm
881     Mlem(cluster,coef, probi, 15);
882
883     // Find histogram limits for the 1'st pass only - for others computed below
884     if (lc == 1) {
885       for ( Int_t ipix = 1; ipix < nPix; ++ipix ) 
886         {
887           pixPtr = Pixel(ipix);
888           for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i ) 
889             {
890               Int_t indx = i * 2;
891               if (pixPtr->Coord(i) < xylim[indx]) xylim[indx] = pixPtr->Coord(i); 
892               else if (-pixPtr->Coord(i) < xylim[indx+1]) xylim[indx+1] = -pixPtr->Coord(i); 
893             }
894         }
895     } else pixPtr = Pixel(0);
896
897     for (Int_t i = 0; i < 4; i++) 
898     {
899       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
900     }
901     
902     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
903     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
904
905     //StdoutToAliDebug(2,cout << "pixel used for nx,ny computation : "; pixPtr->Print(););
906     AliDebug(2,Form("lc %d pixPtr size = %e,%e nx,ny=%d,%d xylim=%e,%e,%e,%e",
907                     lc,pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),nx,ny,
908                     xylim[0],-xylim[1],xylim[2],-xylim[3]
909                     ));
910     
911     AliDebug(2,Form("LowestPadCharge=%e",fLowestPadCharge));
912     
913     delete fHistMlem;
914     
915     fHistMlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
916
917     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
918     {
919       AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(ipix);
920       fHistMlem->Fill(pixPtr2->Coord(0),pixPtr2->Coord(1),pixPtr2->Charge());
921     }
922
923     // Check if the total charge of pixels is too low
924     Double_t qTot = 0;
925     for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
926     {
927       qTot += Pixel(i)->Charge();
928     }
929     
930     if ( qTot < 1.e-4 || ( npadOK < 3 && qTot < fLowestClusterCharge ) )
931     {
932       AliDebug(1,Form("Deleting the above cluster (charge %e too low, npadOK=%d)",qTot,npadOK));
933       delete [] coef; 
934       delete [] probi; 
935       fPixArray->Delete(); 
936       for ( Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
937       {
938         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
939         //if ( pad->Status() == 0) pad->SetStatus(-1);
940         if ( pad->Status() == fgkZero) pad->SetStatus(fgkOver);
941       }
942       return kFALSE; 
943     }
944
945     if (iSimple) 
946     {
947       // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
948       Simple(cluster);
949       delete [] coef; 
950       delete [] probi; 
951       fPixArray->Delete(); 
952       return kTRUE;
953     }
954
955     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
956     Double_t xyCOG[2];
957     FindCOG(xyCOG);
958
959     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && 
960         pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
961
962     // Sort pixels according to the charge
963     MaskPeaks(1); // mask local maxima
964     fPixArray->Sort();
965     MaskPeaks(0); // unmask local maxima
966     Double_t pixMin = 0.01*Pixel(0)->Charge();
967     pixMin = TMath::Min(pixMin,100*fLowestPixelCharge);
968
969     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at 
970     // the maximum one
971     Int_t indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
972     Int_t ix(1);
973     Double_t width = 0;
974     Double_t shift[2] = { 0.0, 0.0 };
975     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] = 999;
976     Int_t nPix1 = nPix; 
977     nPix = 0;
978     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix1; ++ipix) 
979     {
980       AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(ipix);
981       if ( nPix >= npadOK  // too many pixels already
982            ||
983            ((pixPtr2->Charge() < pixMin) && (pixPtr2->Status() != fgkMustKeep)) // too low charge
984            ) 
985       { 
986         RemovePixel(ipix);
987         continue;
988       }
989       for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) 
990       {
991         if (!i) 
992         {
993           pixPtr2->SetCharge(fLowestPadCharge);
994           pixPtr2->SetSize(indx, pixPtr2->Size(indx)/2);
995           width = -pixPtr2->Size(indx);
996           pixPtr2->Shift(indx, width);
997           // Shift pixel position
998           if (ix) 
999           {
1000             ix = 0;
1001             for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) 
1002             {
1003               shift[j] = pixPtr2->Coord(j) - xyCOG[j];
1004               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr2->Size(j)/2))*pixPtr2->Size(j)*2;
1005             }
1006           } // if (ix)
1007           pixPtr2->Shift(0, -shift[0]);
1008           pixPtr2->Shift(1, -shift[1]);
1009           ++nPix;
1010         } 
1011         else if (nPix < npadOK)
1012         {
1013           pixPtr2 = new AliMUONPad(*pixPtr2);
1014           pixPtr2->Shift(indx, -2*width);
1015           pixPtr2->SetStatus(fgkZero);
1016           fPixArray->Add(pixPtr2);
1017           ++nPix;
1018         } 
1019         else continue; // skip adjustment of histo limits
1020         for (Int_t j = 0; j < 4; ++j) 
1021         {
1022           xylim[j] = TMath::Min (xylim[j], (j%2 ? -1 : 1)*pixPtr2->Coord(j/2));
1023         }
1024       } // for (Int_t i=0; i<2;
1025     } // for (Int_t ipix=0;
1026     
1027     fPixArray->Compress();
1028
1029     AliDebug(2,Form("After shift:"));
1030     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1031     //Plot(Form("mlem.lc%d",lc+1));
1032     
1033     AliDebug(2,Form(" xyCOG=%9.6f %9.6f xylim=%9.6f,%9.6f,%9.6f,%9.6f",
1034                     xyCOG[0],xyCOG[1],
1035                     xylim[0],xylim[1],
1036                     xylim[2],xylim[3]));
1037
1038     if (nPix < npadOK)
1039     {
1040       AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(0);
1041       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area:
1042       // start from Y-direction
1043       Int_t j = 0;
1044       for (Int_t i = 3; i > -1; --i) 
1045       {
1046         if (nPix < npadOK && 
1047             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr2->Size(i/2)) 
1048         {
1049           //AliMUONPad* p = static_cast<AliMUONPad*>(pixPtr->Clone());
1050           AliMUONPad* p = new AliMUONPad(*pixPtr2);
1051           p->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr2->Size(i/2));
1052           xylim[i] = p->Coord(i/2) * (i%2 ? -1 : 1); // update histo limits
1053           j = TMath::Even (i/2);
1054           p->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1055           AliDebug(2,Form("Adding pixel on the edge (i=%d) ",i));
1056           //StdoutToAliDebug(2,cout << " ---- "; 
1057           //               p->Print("corners"););
1058           fPixArray->Add(p);
1059           ++nPix;
1060         }
1061       }
1062     } 
1063     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1064     delete [] coef; 
1065     delete [] probi; 
1066   } // while (1)
1067
1068   AliDebug(2,Form("At the end of while loop nPix=%d : ",fPixArray->GetLast()+1));
1069   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1070
1071   // remove pixels with low signal or low visibility
1072   // Cuts are empirical !!!
1073   Double_t thresh = TMath::Max (fHistMlem->GetMaximum()/100.,2.0*fLowestPixelCharge);
1074   thresh = TMath::Min (thresh,100.0*fLowestPixelCharge);
1075   Double_t charge = 0;
1076
1077   // Mark pixels which should be removed
1078   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1079   {
1080     AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(i);
1081     charge = pixPtr2->Charge();
1082     if (charge < thresh) 
1083     {
1084       pixPtr2->SetCharge(-charge);
1085     }
1086   }
1087
1088   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1089   Int_t near = 0;
1090   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1091   {
1092     AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(i);
1093     charge = pixPtr2->Charge();
1094     if (charge > 0) continue;
1095     near = FindNearest(pixPtr2);
1096     pixPtr2->SetCharge(0);
1097     probi[i] = 0; // make it "invisible"
1098     AliMUONPad* pnear = Pixel(near);
1099     pnear->SetCharge(pnear->Charge() + (-charge));
1100   }
1101   Mlem(cluster,coef,probi,2);
1102   
1103   AliDebug(2,Form("Before splitting nPix=%d EVT %d DE %d",fPixArray->GetLast()+1,fEventNumber,fDetElemId));
1104   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1105   //Plot("mlem.beforesplit");
1106   
1107   // Update histogram
1108   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1109   {
1110     AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(i);
1111     Int_t ix = fHistMlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr2->Coord(0));
1112     Int_t iy = fHistMlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr2->Coord(1));
1113     fHistMlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr2->Charge());
1114   }
1115
1116   // Try to split into clusters
1117   Bool_t ok = kTRUE;
1118   if (fHistMlem->GetSum() < 2.0*fLowestPixelCharge) 
1119   {
1120     ok = kFALSE;
1121   }
1122   else 
1123   {
1124     fSplitter->Split(cluster,fHistMlem,coef,fClusterList);
1125   }
1126   
1127   delete [] coef; 
1128   delete [] probi; 
1129   fPixArray->Delete(); 
1130   
1131   return ok;
1132 }
1133
1134 //_____________________________________________________________________________
1135 void AliMUONClusterFinderMLEM::MaskPeaks(Int_t mask)
1136 {
1137   /// Mask/unmask pixels corresponding to local maxima (add/subtract 10000 to their charge
1138   /// - to avoid loosing low charge pixels after sorting)
1139
1140   for (Int_t i = 0; i < fPixArray->GetEntriesFast(); ++i) {
1141     AliMUONPad* pix = Pixel(i);
1142     if (pix->Status() == fgkMustKeep) {
1143       if (mask == 1) pix->SetCharge(pix->Charge()+10000.);
1144       else pix->SetCharge(pix->Charge()-10000.);
1145     }
1146   }
1147 }
1148
1149 //_____________________________________________________________________________
1150 void AliMUONClusterFinderMLEM::Mlem(AliMUONCluster& cluster, 
1151                                     const Double_t* coef, Double_t* probi, 
1152                                     Int_t nIter)
1153 {
1154   /// Use MLEM to find pixel charges
1155   
1156   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1157
1158   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1159
1160   Double_t* probi1 = new Double_t[nPix];
1161   Double_t probMax = TMath::MaxElement(nPix,probi);
1162   
1163   for (Int_t iter = 0; iter < nIter; ++iter) 
1164   {
1165     // Do iterations
1166     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
1167     {
1168       Pixel(ipix)->SetChargeBackup(0);
1169       // Correct each pixel
1170       probi1[ipix] = 0;
1171       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1172       Double_t sum = 0;
1173       probi1[ipix] = probMax;
1174       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1175       {
1176         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1177         //if (pad->Status() < 0) continue; 
1178         if (pad->Status() != fgkZero) continue; 
1179         Double_t sum1 = 0;
1180         Int_t indx1 = j*nPix;
1181         Int_t indx = indx1 + ipix;
1182         // Calculate expectation
1183         for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1184         {
1185           sum1 += Pixel(i)->Charge()*coef[indx1+i];
1186           //cout << i << " " << Pixel(i)->Charge() << " " << coef[indx1+i] << endl;
1187         } 
1188         if ( pad->IsSaturated() && sum1 > pad->Charge() ) 
1189         { 
1190           // correct for pad charge overflows
1191           probi1[ipix] -= coef[indx]; 
1192           continue; 
1193           //sum1 = pad->Charge();
1194         } 
1195
1196         if (sum1 > 1.e-6) sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
1197       } // for (Int_t j=0;
1198       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
1199       if (probi1[ipix] > 1.e-6) 
1200       {
1201         //AZ pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1202         pixPtr->SetChargeBackup(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1203       }
1204       //cout << " xxx " << ipix << " " << pixPtr->Charge() << " " << pixPtr->ChargeBackup() << " " << sum << " " << probi1[ipix] << endl;
1205     } // for (Int_t ipix=0;
1206     Double_t qTot = 0;
1207     for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1208       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1209       pixPtr->RevertCharge();
1210       qTot += pixPtr->Charge();
1211     }
1212     if (qTot < 1.e-6) {
1213       // Can happen in clusters with large number of overflows - speeding up 
1214       delete [] probi1;
1215       return;
1216     }
1217   } // for (Int_t iter=0;
1218   delete [] probi1;
1219 }
1220
1221 //_____________________________________________________________________________
1222 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCOG(Double_t *xyc)
1223 {
1224   /// Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1225
1226   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1227   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1228   fHistMlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1229   Int_t nx = fHistMlem->GetNbinsX();
1230   Int_t ny = fHistMlem->GetNbinsY();
1231   Double_t thresh = fHistMlem->GetMaximum()/10;
1232   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1233   
1234   Int_t ie = TMath::Min(ny,iymax+1), je = TMath::Min(nx,ixmax+1);
1235   for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1236     y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1237     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1238       cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1239       if (cont < thresh) continue;
1240       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1241       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1242       x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1243       xq += x*cont;
1244       yq += y*cont;
1245       qq += cont;
1246       nsum++;
1247     }
1248   }
1249   
1250   Double_t cmax = 0;
1251   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1252   x = y = 0;
1253   if (nsumy == 1) {
1254     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1255     for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1256       if (i == iymax) continue;
1257       for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1258         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1259         if (cont > cmax) {
1260           cmax = cont;
1261           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1262           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1263           i2 = i;
1264           j2 = j;
1265         }
1266       }
1267     }
1268     xq += x*cmax;
1269     yq += y*cmax;
1270     qq += cmax;
1271     if (i2 != i1) nsumy++;
1272     if (j2 != j1) nsumx++;
1273     nsum++;
1274   } // if (nsumy == 1)
1275   
1276   if (nsumx == 1) {
1277     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1278     cmax = x = y = 0;
1279     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1280       if (j == ixmax) continue;
1281       for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1282         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1283         if (cont > cmax) {
1284           cmax = cont;
1285           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1286           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1287           i2 = i;
1288           j2 = j;
1289         }
1290       }
1291     }
1292     xq += x*cmax;
1293     yq += y*cmax;
1294     qq += cmax;
1295     if (i2 != i1) nsumy++;
1296     if (j2 != j1) nsumx++;
1297     nsum++;
1298   } // if (nsumx == 1)
1299   
1300   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1301   AliDebug(2,Form("x,y COG = %e,%e",xyc[0],xyc[1]));
1302 }
1303
1304 //_____________________________________________________________________________
1305 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindNearest(const AliMUONPad *pixPtr0)
1306 {
1307 /// Find the pixel nearest to the given one
1308 /// (algorithm may be not very efficient)
1309
1310   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1311   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1312   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1313   AliMUONPad *pixPtr;
1314
1315   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1316     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1317     if (pixPtr == pixPtr0 || pixPtr->Charge() < fLowestPixelCharge) continue;
1318     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1319     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1320     r = dx *dx + dy * dy;
1321     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1322   }
1323   return imin;
1324 }
1325
1326 //_____________________________________________________________________________
1327 void
1328 AliMUONClusterFinderMLEM::Paint(Option_t*)
1329 {
1330   /// Paint cluster and pixels
1331   
1332   AliMpArea area(fPreCluster->Area());
1333   
1334   gPad->Range(area.LeftBorder(),area.DownBorder(),area.RightBorder(),area.UpBorder());
1335
1336   gVirtualX->SetFillStyle(1001);
1337   gVirtualX->SetFillColor(3);    
1338   gVirtualX->SetLineColor(3);
1339   
1340   Double_t s(1.0);
1341   
1342   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1343   {
1344     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1345
1346     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0)*s,
1347                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1)*s,
1348                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0)*s,
1349                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1)*s);
1350
1351 //    for ( Int_t sign = -1; sign < 2; sign +=2 )
1352 //    {
1353 //      gPad->PaintLine(pixel->Coord(0) - pixel->Size(0),
1354 //                      pixel->Coord(1) + sign*pixel->Size(1),
1355 //                      pixel->Coord(0) + pixel->Size(0),
1356 //                      pixel->Coord(1) - sign*pixel->Size(1)
1357 //                    );
1358 //    }
1359   }      
1360
1361
1362   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1363   
1364   fPreCluster->Paint();
1365
1366   gVirtualX->SetLineColor(1);
1367   gVirtualX->SetLineWidth(2);
1368   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1369   gVirtualX->SetTextColor(1);
1370   gVirtualX->SetTextAlign(22);
1371   
1372   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1373   {
1374     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1375     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0),
1376                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1),
1377                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0),
1378                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1));    
1379     gVirtualX->SetTextSize(pixel->Size(0)*60);
1380
1381     gPad->PaintText(pixel->Coord(0),pixel->Coord(1),Form("%d",(Int_t)(pixel->Charge())));
1382   }  
1383 }
1384
1385 //_____________________________________________________________________________
1386 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
1387 {
1388 /// Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
1389 /// try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
1390 /// or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved  
1391
1392   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
1393
1394   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
1395
1396   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
1397   
1398   if ( nPix <= 0 ) return 0;
1399   
1400   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1401   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1402     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1403     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) 
1404          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1405   }
1406   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
1407
1408   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
1409   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
1410   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1411   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1412   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1413     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1414     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
1415   }
1416 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
1417
1418   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
1419   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
1420   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0; 
1421
1422   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1423     indx = (i-1) * nx;
1424     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1425       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < fLowestPixelCharge) continue;
1426       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
1427       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
1428       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
1429     }
1430   }
1431
1432   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1433     indx = (i-1) * nx;
1434     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1435       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) { 
1436         localMax[nMax] = indx + j - 1; 
1437         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
1438         ((AliMUONPad*)fSplitter->BinToPix(fHistAnode, j, i))->SetStatus(fgkMustKeep);
1439         if (nMax > 99) break;
1440       }
1441     }
1442     if (nMax > 99) {
1443       AliError(" Too many local maxima !!!");
1444       break;
1445     }
1446   }
1447   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
1448   delete [] isLocalMax; 
1449   return nMax;
1450 }
1451
1452 //_____________________________________________________________________________
1453 void AliMUONClusterFinderMLEM::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
1454 {
1455 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
1456
1457   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1458   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1459   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
1460   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
1461
1462   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
1463   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
1464     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
1465     indx1 = (i1 - 1) * nx;
1466     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
1467       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
1468       if (i == i1 && j == j1) continue;
1469       indx2 = indx1 + j1 - 1;
1470       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
1471       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1472       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
1473       else { // the same charge
1474         isLocalMax[indx] = 1; 
1475         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
1476           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
1477           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1478           else isLocalMax[indx2] = -1;
1479         }
1480       } 
1481     }
1482   }
1483   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
1484 }
1485
1486 //_____________________________________________________________________________
1487 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCluster(AliMUONCluster& cluster, 
1488                                            const Int_t *localMax, Int_t iMax)
1489 {
1490 /// Find pixel cluster around local maximum \a iMax and pick up pads
1491 /// overlapping with it
1492
1493   /* Just for check
1494   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
1495   c->cd();
1496   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1497   c->Update();
1498   Int_t tmp;
1499   cin >> tmp;
1500   */
1501   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1502   Int_t ny = fHistAnode->GetNbinsY();
1503   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1504   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1505   Int_t nxy = ny * nx;
1506   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
1507   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) used[i] = kFALSE; 
1508
1509   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1510   fPixArray->Delete();
1511
1512   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2; 
1513   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;  
1514   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1515   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1516   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1517   fPixArray->Add(new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont));
1518   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
1519   AddBinSimple(fHistAnode, ic, jc);
1520   //fSplitter->AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
1521
1522   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1523   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1524   
1525   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1526   {
1527     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1528     pixPtr->SetSize(0,wx);
1529     pixPtr->SetSize(1,wy);
1530   }
1531
1532   // Pick up pads which overlap with found pixels
1533   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
1534   {
1535     //cluster.Pad(i)->SetStatus(-1);
1536     cluster.Pad(i)->SetStatus(fgkOver); // just the dirty trick
1537   }
1538   
1539   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1540   {
1541     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1542     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1543     {
1544       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1545       //if (pad->Status() == 0) continue;
1546       if (pad->Status() == fgkZero) continue;
1547       if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1548       {
1549         //pad->SetStatus(0);
1550         pad->SetStatus(fgkZero);
1551         if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1552       }
1553     }
1554   }
1555
1556   delete [] used;
1557 }
1558
1559 //_____________________________________________________________________________
1560 void 
1561 AliMUONClusterFinderMLEM::AddBinSimple(TH2D *hist, Int_t ic, Int_t jc)
1562 {
1563   /// Add adjacent bins (+-1 in X and Y) to the cluster
1564   
1565   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1566   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1567   Double_t cont1, cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
1568   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1569   
1570   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
1571   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
1572     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
1573       cont1 = hist->GetCellContent(j,i);
1574       if (cont1 > cont) continue;
1575       if (cont1 < fLowestPixelCharge) continue;
1576       pixPtr = new AliMUONPad (hist->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
1577                                hist->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1578       fPixArray->Add(pixPtr);
1579     }
1580   }
1581 }
1582
1583 //_____________________________________________________________________________
1584 AliMUONClusterFinderMLEM&  
1585 AliMUONClusterFinderMLEM::operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs)
1586 {
1587 /// Protected assignement operator
1588
1589   if (this == &rhs) return *this;
1590
1591   AliFatal("Not implemented.");
1592     
1593   return *this;  
1594 }    
1595
1596 //_____________________________________________________________________________
1597 void AliMUONClusterFinderMLEM::AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster)
1598 {
1599   /// Add virtual pad (with small charge) to improve fit for clusters
1600   /// with number of pads == 2 per direction
1601   
1602   // Find out non-bending and bending planes
1603   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // non-bending and bending cathodes
1604
1605   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, 0, kTRUE);
1606   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, 0, kTRUE);
1607   if (dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1608     nonb[0] = 0;
1609     nonb[1] = 1;
1610   } 
1611
1612   Bool_t same = kFALSE;
1613   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) same = kTRUE; // the same pad size on both planes 
1614
1615   Long_t cn;
1616   Bool_t check[2] = {kFALSE, kFALSE};
1617   Int_t nxy[2];
1618   nxy[0] = nxy[1] = 0;
1619   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1620     cn = cluster.NofPads(nonb[inb], 0, kTRUE);
1621     if (inb == 0 && AliMp::PairFirst(cn) == 2) check[inb] = kTRUE; // check non-bending plane
1622     else if (inb == 1 && AliMp::PairSecond(cn) == 2) check[inb] = kTRUE; // check bending plane
1623     if (same) {
1624       nxy[0] = TMath::Max (nxy[0], AliMp::PairFirst(cn));
1625       nxy[1] = TMath::Max (nxy[1], AliMp::PairSecond(cn));
1626       if (inb == 0 && nxy[0] < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1627       else if (inb == 1 && AliMp::PairSecond(cn) < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1628     }
1629   }
1630   if (same) {
1631     if (nxy[0] > 2) check[0] = kFALSE;
1632     if (nxy[1] > 2) check[1] = kFALSE;
1633   }
1634   if (!check[0] && !check[1]) return;
1635
1636   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1637     if (!check[inb]) continue;
1638
1639     // Find pads with maximum and next to maximum charges 
1640     Int_t maxPads[2] = {-1, -1};
1641     Double_t amax[2] = {0};
1642     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1643     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1644       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1645       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1646       for (Int_t j2 = 0; j2 < 2; ++j2) {
1647         if (pad->Charge() > amax[j2]) {
1648           if (j2 == 0) { amax[1] = amax[0]; maxPads[1] = maxPads[0]; }
1649           amax[j2] = pad->Charge();
1650           maxPads[j2] = j;
1651           break;
1652         }
1653       }
1654     }
1655
1656     // Find min and max dimensions of the cluster
1657     Double_t limits[2] = {9999, -9999};
1658     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1659       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1660       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1661       if (pad->Coord(inb) < limits[0]) limits[0] = pad->Coord(inb);
1662       if (pad->Coord(inb) > limits[1]) limits[1] = pad->Coord(inb);
1663     }
1664
1665     // Loop over max and next to max pads
1666     Bool_t add = kFALSE;
1667     Int_t idirAdd = 0;
1668     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
1669       if (j == 1) {
1670         if (maxPads[j] < 0) continue;
1671         if (!add) break; 
1672         if (amax[1] / amax[0] < 0.5) break;
1673       }
1674       // Check if pad at the cluster limit
1675       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(maxPads[j]);
1676       Int_t idir = 0;
1677       if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[0]) < fgkDistancePrecision) idir = -1;
1678       else if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[1]) < fgkDistancePrecision) idir = 1;
1679       else {
1680         //cout << " *** Pad not at the cluster limit: " << j << endl;
1681         break;
1682       }
1683       if (j == 1 && idir == idirAdd) break; // this pad has been already added
1684
1685       // Add pad (if it exists)
1686       TVector2 pos;
1687       if (inb == 0) pos.Set (pad->X() + idir * (pad->DX()+fgkDistancePrecision), pad->Y());
1688       else pos.Set (pad->X(), pad->Y() + idir * (pad->DY()+fgkDistancePrecision));
1689       //AliMpPad mppad = fkSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kTRUE);
1690       AliMpPad mppad = fkSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos.X(), pos.Y(),kFALSE);
1691       if (!mppad.IsValid()) continue; // non-existing pad
1692       AliMUONPad muonPad(fDetElemId, nonb[inb], mppad.GetIx(), mppad.GetIy(), 
1693                          mppad.GetPositionX(), mppad.GetPositionY(), 
1694                          mppad.GetDimensionX(), mppad.GetDimensionY(), 0);
1695       if (inb == 0) muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/100, fLowestPadCharge));
1696       //else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fgkZeroSuppression));
1697       else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fLowestPadCharge));
1698       if (muonPad.Charge() < 2.0*fLowestPixelCharge) muonPad.SetCharge(2.0*fLowestPixelCharge);
1699       muonPad.SetReal(kFALSE);
1700       if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in %d direction ***** %f %f %f %3d %3d %f %f \n",
1701                          inb, muonPad.Charge(), muonPad.X(), muonPad.Y(), muonPad.Ix(), 
1702                          muonPad.Iy(), muonPad.DX(), muonPad.DY());
1703       cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
1704       add = kTRUE;
1705       idirAdd = idir;
1706     }
1707   }
1708 }
1709
1710 //_____________________________________________________________________________
1711 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1712                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1713 {
1714   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1715   /// overflows)
1716
1717   //Int_t statusToTest = 1;
1718   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1719   
1720   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1721   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1722        
1723   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1724
1725   Long_t cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1726   
1727   nInX = AliMp::PairFirst(cn);
1728   nInY = AliMp::PairSecond(cn);
1729 }
1730
1731 //_____________________________________________________________________________
1732 void AliMUONClusterFinderMLEM::RemovePixel(Int_t i)
1733 {
1734   /// Remove pixel at index i
1735   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1736   fPixArray->RemoveAt(i); 
1737   delete pixPtr;
1738 }
1739
1740 //_____________________________________________________________________________
1741 void AliMUONClusterFinderMLEM::Simple(AliMUONCluster& cluster)
1742 {
1743 /// Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
1744
1745   Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
1746   Double_t parOk[3] = {0.}; 
1747   TObjArray *clusters[1]; 
1748   clusters[0] = fPixArray;
1749
1750   AliDebug(1,Form("nPix=%d",fPixArray->GetLast()+1));
1751
1752   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1753   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i) 
1754   {
1755     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
1756     /*
1757     if ( pad->IsSaturated()) 
1758     {
1759       pad->SetStatus(-9);
1760     }
1761     else 
1762     {
1763       pad->SetStatus(1);
1764     }
1765     */
1766     if (!pad->IsSaturated()) pad->SetStatus(fgkUseForFit);
1767   }
1768   nfit = fSplitter->Fit(cluster,1, nForFit, clustFit, clusters, parOk, fClusterList, fHistMlem);
1769 }
1770
1771 //_____________________________________________________________________________
1772 AliMUONPad* 
1773 AliMUONClusterFinderMLEM::Pixel(Int_t i) const
1774 {
1775   /// Returns pixel at index i
1776   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1777 }
1778
1779 //_____________________________________________________________________________
1780 void 
1781 AliMUONClusterFinderMLEM::Print(Option_t* what) const
1782 {
1783   /// printout
1784   TString swhat(what);
1785   swhat.ToLower();
1786   if ( swhat.Contains("precluster") )
1787   {
1788     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1789   }
1790 }
1791
1792 //_____________________________________________________________________________
1793 void 
1794 AliMUONClusterFinderMLEM::SetChargeHints(Double_t lowestPadCharge, Double_t lowestClusterCharge)
1795 {
1796   /// Set some thresholds we use later on in the algorithm
1797   fLowestPadCharge=lowestPadCharge;
1798   fLowestClusterCharge=lowestClusterCharge;
1799   fLowestPixelCharge=fLowestPadCharge/12.0; 
1800 }
1801
1802