remoe duplicate QA initialisation and do ESD QA for same detectors as RecPoint QA
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterFinderMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterFinderMLEM
20 /// 
21 /// Clusterizer class based on the Expectation-Maximization algorithm
22 ///
23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
24 /// From a precluster a pixel array is built, and from this pixel array
25 /// a list of clusters is output (using AliMUONClusterSplitterMLEM).
26 ///
27 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
28 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
29 //-----------------------------------------------------------------------------
30
31 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
32 #include "AliLog.h"
33 #include "AliMUONCluster.h"
34 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
35 #include "AliMUONVDigit.h"
36 #include "AliMUONPad.h"
37 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
38 #include "AliMpPad.h"
39 #include "AliMpVPadIterator.h"
40 #include "AliMpVSegmentation.h"
41 #include "AliRunLoader.h"
42 #include "AliMUONVDigitStore.h"
43 #include <Riostream.h>
44 #include <TH2.h>
45 #include <TMinuit.h>
46 #include <TCanvas.h>
47 #include <TMath.h>
48 #include "AliCodeTimer.h"
49
50 /// \cond CLASSIMP
51 ClassImp(AliMUONClusterFinderMLEM)
52 /// \endcond
53  
54 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
55 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
56 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
57 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
58 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
59
60 // Status flags for pads
61 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
62 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
63 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
64 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
65 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge 
66 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad  
67
68 //_____________________________________________________________________________
69 AliMUONClusterFinderMLEM::AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
70   : AliMUONVClusterFinder(),
71 fPreClusterFinder(clusterFinder),
72 fPreCluster(0x0),
73 fClusterList(),
74 fEventNumber(0),
75 fDetElemId(-1),
76 fClusterNumber(0),
77 fHistMlem(0x0),
78 fHistAnode(0x0),
79 fPixArray(new TObjArray(20)),
80 fDebug(0),
81 fPlot(plot),
82 fSplitter(0x0),
83 fNClusters(0),
84 fNAddVirtualPads(0)
85 {
86   /// Constructor
87  
88   fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0; 
89
90   if (fPlot) fDebug = 1;
91 }
92
93 //_____________________________________________________________________________
94 AliMUONClusterFinderMLEM::~AliMUONClusterFinderMLEM()
95 {
96 /// Destructor
97   delete fPixArray; fPixArray = 0;
98 //  delete fDraw;
99   delete fPreClusterFinder;
100   delete fSplitter;
101   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
102                fNClusters,fNAddVirtualPads));
103 }
104
105 //_____________________________________________________________________________
106 Bool_t 
107 AliMUONClusterFinderMLEM::Prepare(Int_t detElemId,
108                                   TClonesArray* pads[2],
109                                   const AliMpArea& area,
110                                   const AliMpVSegmentation* seg[2])
111 {
112   /// Prepare for clustering
113 //  AliCodeTimerAuto("")
114   
115   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
116   {
117     fSegmentation[i] = seg[i];
118   }
119   
120   // Find out the DetElemId
121   fDetElemId = detElemId;
122   
123   delete fSplitter;
124   fSplitter = new AliMUONClusterSplitterMLEM(fDetElemId,fPixArray);
125   fSplitter->SetDebug(fDebug);
126     
127   // find out current event number, and reset the cluster number
128   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader();
129   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
130   fClusterNumber = -1;
131   fClusterList.Delete();
132   
133   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
134   
135   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
136   {
137     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
138   }
139   else
140   {
141     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
142   }
143 }
144
145 //_____________________________________________________________________________
146 AliMUONCluster* 
147 AliMUONClusterFinderMLEM::NextCluster()
148 {
149   /// Return next cluster
150 //  AliCodeTimerAuto("")
151   
152   // if the list of clusters is not void, pick one from there
153   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
154   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
155   
156   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
157   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
158   //digits, so it can reuse them
159   
160   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
161   // pre-cluster and treat it
162
163   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
164
165   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
166   fClusterNumber = -1; //AZ
167     
168   if (!fPreCluster)
169   {
170     // we are done
171     return 0x0;
172   }
173     
174   WorkOnPreCluster();
175
176   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
177   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
178   
179   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
180   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
181   {
182     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
183     if ( !pad->IsUsed() )
184     {
185       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
186     }
187   }
188   
189   return NextCluster();
190 }
191
192 //_____________________________________________________________________________
193 Bool_t
194 AliMUONClusterFinderMLEM::WorkOnPreCluster()
195 {
196   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
197   /// extract clusters from this array
198   
199   //  AliCodeTimerAuto("")      
200
201   if (fDebug) {
202     cout << " *** Event # " << fEventNumber 
203          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
204     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
205       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
206       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
207              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
208              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
209     }
210   }
211
212   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
213   if (!cluster) return kFALSE;
214
215   BuildPixArray(*cluster);
216   
217   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
218   {
219     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
220     delete cluster;
221     return kFALSE;
222   }
223   
224   // Use MLEM for cluster finder
225   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
226   Double_t maxVal[100];
227   
228   Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
229   
230   PadsInXandY(*cluster,nInX, nInY);
231   
232   if (nInX < 4 && nInY < 4) 
233   {
234     iSimple = 1; // simple cluster
235   }
236   else 
237   {
238     nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // for small clusters just to tag pixels
239     if (nMax > 1) {
240       if (cluster->Multiplicity() <= 50) nMax = 1; // for small clusters 
241       if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
242     }
243   }
244   
245   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) 
246   {
247     if (nMax > 1) 
248     {
249       FindCluster(*cluster,localMax, maxPos[i]);
250     }
251
252     MainLoop(*cluster,iSimple);
253
254     if (i < nMax-1) 
255     {
256       Int_t mult = cluster->Multiplicity();
257       for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
258       {
259         AliMUONPad* pad = cluster->Pad(j);
260         //if ( pad->Status() == 0 ) continue; // pad charge was not modified
261         if ( pad->Status() != fgkOver ) continue; // pad was not used
262         //pad->SetStatus(0);
263         pad->SetStatus(fgkZero);
264         pad->RevertCharge(); // use backup charge value
265       }
266     }
267   } // for (Int_t i=0; i<nMax;
268   delete fHistMlem;
269   delete fHistAnode;
270   fHistMlem = fHistAnode = 0x0;
271   delete cluster;
272   return kTRUE;
273 }
274
275 //_____________________________________________________________________________
276 Bool_t 
277 AliMUONClusterFinderMLEM::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
278 {
279   /// Check if the pad and the pixel overlaps
280
281   // make a fake pad from the pixel
282   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
283                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
284                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
285   
286   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
287 }
288
289 //_____________________________________________________________________________
290 AliMUONCluster* 
291 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
292 {
293   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
294   /// two-cathode preclusters)
295     
296   AliCodeTimerAuto("")
297
298   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
299   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
300       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 10) 
301   { 
302     return 0x0;
303   }
304
305   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
306
307   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
308   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
309
310   AliMUONCluster* rv(0x0);
311   
312   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
313   { 
314     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
315   }
316   else
317   {
318     rv = cluster;
319   }
320   return rv;
321 }
322
323 //_____________________________________________________________________________
324 AliMUONCluster*
325 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
326 {
327   /// Check two-cathode cluster
328   
329   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
330   Int_t* flags = new Int_t[npad];
331   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
332   
333   // Check pad overlaps
334   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
335   {
336     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
337     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
338     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j) 
339     {
340       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
341       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
342       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
343       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
344     } 
345   } 
346   
347   // Check if all pads overlap
348   Int_t nFlags=0;
349   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
350   {
351     if (!flags[i]) ++nFlags;
352   }
353   
354   if (nFlags > 0) 
355   {
356     // not all pads overlap.
357     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
358     TObjArray toBeRemoved;
359     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
360     {
361       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
362       if (flags[i]) continue;
363       Int_t cath = pad->Cathode();
364       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
365       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
366       AliMpPad mpPad = fSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position(),kFALSE);
367       if (!mpPad.IsValid()) continue;
368       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
369       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 20) continue;
370       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
371                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
372       toBeRemoved.AddLast(pad);
373       fPreCluster->Pad(i)->Release();
374     }
375     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
376     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
377     {
378       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
379     }
380   } 
381   
382   // Check correlations of cathode charges
383   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
384   {
385     // big difference
386     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
387     Int_t imin(-1);
388     Int_t imax(-1);
389     Double_t cmax(0);
390     Double_t cmin(1E9);
391     
392     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the 
393     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
394     //
395     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
396     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
397     {
398       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
399       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
400       {
401         // only consider pads in the opposite cathode, and
402         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
403         continue;
404       }
405       if ( pad->Charge() < cmin )
406       {
407         cmin = pad->Charge();
408         imin = i;
409         if (imax < 0) {
410           imax = imin;
411           cmax = cmin;
412         }
413       }
414       else if ( pad->Charge() > cmax )
415       {
416         cmax = pad->Charge();
417         imax = i;
418       }      
419     }
420     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
421                     imin,imax,cmin,cmax));
422     //
423     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
424     // to the pad size
425     Double_t* dist = new Double_t[mult];
426     Double_t dxMin(1E9);
427     Double_t dyMin(1E9);
428     Double_t dmin(0);
429     
430     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
431     
432     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
433     {
434       dist[i] = 0.0;
435       if ( i == imax) continue;
436       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
437       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
438       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
439       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
440       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
441       if ( i == imin )
442       {
443         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
444         dxMin = dx;
445         dyMin = dy;
446       }      
447     }
448     
449     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
450     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
451     TObjArray toBeRemoved;
452     
453     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
454     {
455       Int_t indx = flags[i];
456       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
457       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
458       if ( dist[indx] > dmin )
459       {
460         // farther than the minimum pad
461         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
462         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
463         dx *= dxMin;
464         dy *= dyMin;
465         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
466         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
467         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;        
468       }
469       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
470       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
471       {
472         // release pad
473         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3) 
474         {
475           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
476         }
477         else
478         {
479           cmax = pad->Charge();
480         }
481         xmax = dist[indx];
482         distPrev = dist[indx];
483         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
484                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
485                         pad->Charge()));
486   
487         toBeRemoved.AddLast(pad);
488         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
489       }
490     }
491     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
492     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
493     {
494       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
495     }    
496     delete[] dist;
497   }
498   
499   delete[] flags;
500   
501   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
502   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
503
504   return cluster;    
505 }
506
507 //_____________________________________________________________________________
508 void
509 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckOverlaps()
510 {
511   /// For debug only : check if some pixels overlap...
512   
513   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
514   Int_t dummy(0);
515   
516   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
517   {
518     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
519     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
520                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
521                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
522     
523     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
524     {
525       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
526       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
527                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
528                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);  
529       AliMpArea area;
530       
531       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
532       {
533         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
534         /*
535         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
536                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
537                         pixelJ->Print();
538                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
539                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
540                         cout << "-------" << endl;
541                         );
542         */        
543       }
544     }    
545   }
546 }
547
548 //_____________________________________________________________________________
549 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
550 {
551   /// Build pixel array for MLEM method
552   
553   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
554   if (npad<=0) 
555   {
556     AliWarning("Got no pad at all ?!");
557   }
558   
559   fPixArray->Delete();
560   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
561   
562   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
563   
564 //  AliDebug(2,Form("nPix after BuildPixArray=%d",nPix));
565   
566   if ( nPix > npad ) 
567   {
568 //    AliDebug(2,Form("Will trim number of pixels to number of pads"));
569     
570     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
571     fPixArray->Sort();
572     for ( Int_t i = npad; i < nPix; ++i ) 
573     {
574       RemovePixel(i);
575     }
576     fPixArray->Compress();
577   } // if (nPix > npad)
578
579 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
580 //                   fPixArray->Print(););
581   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
582 }
583
584 //_____________________________________________________________________________
585 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
586 {
587   /// Build the pixel array
588
589 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
590
591   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
592   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
593   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
594
595   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
596     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
597     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
598       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) { 
599         xy0[j] = pad->Coord(j);
600         found[j] = 1;
601       }
602     }
603     if (found[0] && found[1]) break;
604   }
605
606   Double_t min[2], max[2];
607   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
608   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
609   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
610
611   TVector2 leftDown = cluster.Area(cath0).LeftDownCorner();
612   TVector2 rightUp = cluster.Area(cath0).RightUpCorner();
613   min[0] = leftDown.X();
614   min[1] = leftDown.Y();
615   max[0] = rightUp.X();
616   max[1] = rightUp.Y();
617   if (cath1 != cath0) {
618     leftDown = cluster.Area(cath1).LeftDownCorner();
619     rightUp = cluster.Area(cath1).RightUpCorner();
620     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDown.X());
621     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDown.Y());
622     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUp.X());
623     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUp.Y());
624   }
625
626   // Adjust limits
627   //width[0] /= 2; width[1] /= 2; // just for check
628   Int_t nbins[2];
629   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
630     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
631     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
632     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist)) 
633                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
634     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
635     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
636     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
637     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
638   }
639
640   // Book histogram
641   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
642   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
643   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
644   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
645
646   // Fill histogram
647   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
648     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
649     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
650     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
651     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
652   }
653
654   // Store pixels
655   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
656     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
657     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
658       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
659       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) && 
660       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
661       if (cath0 != cath1) {
662         // Two-sided cluster
663         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
664         if (cont < 999.) continue;
665         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
666       }
667       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
668       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
669       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
670       fPixArray->Add(pixPtr);
671     }  
672   }
673   //*
674   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
675     // Split pixel into 2
676     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
677     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
678     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
679     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
680     fPixArray->Add(pixPtr);
681   }
682   //*/
683   //fPixArray->Print();
684   delete hist1;
685   delete hist2;
686 }
687
688 //_____________________________________________________________________________
689 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
690                                            TH2D *hist1, TH2D *hist2)
691 {
692   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
693
694   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
695   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
696   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
697
698   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
699
700   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
701     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
702     if (ixy > nbins) break;
703     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
704     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
705     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
706     else {
707       // Fill histogram
708       Double_t cont = pad->Charge();
709       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
710         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
711       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
712       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
713       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
714     }
715   }
716
717   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
718     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
719     if (ixy < 1) break;
720     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
721     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
722     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
723     else {
724       // Fill histogram
725       Double_t cont = pad->Charge();
726       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
727         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
728       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
729       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
730       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
731     }
732   }
733 }
734
735 //_____________________________________________________________________________
736 void
737 AliMUONClusterFinderMLEM::Plot(const char* basename)
738 {
739   /// Make a plot and save it as png
740   
741   return; //AZ
742   if (!fPlot) return;
743   
744   TCanvas* c = new TCanvas("MLEM","MLEM",800,600);
745   c->Draw();
746   Draw();
747   c->Modified();
748   c->Update();
749   c->Print(Form("%s.EVT%d.DE%d.CLU%d.png",basename,fEventNumber,
750                 fDetElemId,fClusterNumber));
751 }
752
753 //_____________________________________________________________________________
754 void
755 AliMUONClusterFinderMLEM::ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster,
756                                               Double_t* coef,
757                                               Double_t* probi)
758 {
759   /// Compute coefficients needed for MLEM algorithm
760   
761   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
762   
763   //memset(probi,0,nPix*sizeof(Double_t));
764   for (Int_t j = 0; j < nPix; ++j) probi[j] = 0.;
765
766   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
767   for ( Int_t j = 0; j < mult; ++j ) 
768   {
769     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
770     Int_t indx = j*nPix;
771   
772     for ( Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix ) 
773     {
774       Int_t indx1 = indx + ipix;
775       //if (pad->Status() < 0) 
776       if (pad->Status() != fgkZero) 
777       {   
778         coef[indx1] = 0; 
779         continue; 
780       }
781       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
782       // coef is the charge (given by Mathieson integral) on pad, assuming
783       // the Mathieson is center at pixel.
784       coef[indx1] = fSplitter->ChargeIntegration(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), *pad);  
785 //      AliDebug(2,Form("pad=(%d,%d,%e,%e,%e,%e) pix=(%e,%e,%e,%e) coef %e",
786 //                      pad->Ix(),pad->Iy(),
787 //                      pad->X(),pad->Y(),
788 //                      pad->DX(),pad->DY(),
789 //                      pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1), 
790 //                      pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),
791 //                      coef[indx1]));
792       
793       probi[ipix] += coef[indx1];
794     } 
795   } 
796 }
797
798 //_____________________________________________________________________________
799 Bool_t AliMUONClusterFinderMLEM::MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple)
800 {
801   /// Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
802   
803   //  AliCodeTimerAuto("")
804   
805   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
806
807   AliDebug(2,Form("nPix=%d iSimple=%d, precluster=",nPix,iSimple));
808   //StdoutToAliDebug(2,cluster.Print("full"););
809
810   if ( nPix < 0 )
811   {
812     AliDebug(1,"No pixels, why am I here then ?");
813   }
814   
815   AddVirtualPad(cluster); // add virtual pads if necessary
816   
817   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
818   Int_t npadOK = 0;
819   for (Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
820   {
821     //if (cluster.Pad(i)->Status() == 0) ++npadOK;
822     if (cluster.Pad(i)->Status() == fgkZero) ++npadOK;
823   }
824
825   Double_t* coef(0x0);
826   Double_t* probi(0x0);
827   Int_t lc(0); // loop counter
828   
829   //Plot("mlem.start");
830   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
831   Double_t xylim[4] = {pixPtr->X(), -pixPtr->X(), pixPtr->Y(), -pixPtr->Y()};
832
833   while (1) 
834   {
835     ++lc;
836     delete fHistMlem;
837     
838     AliDebug(2,Form("lc %d nPix %d(%d) npadTot %d npadOK %d",lc,nPix,fPixArray->GetLast()+1,npadTot,npadOK));
839     AliDebug(2,Form("EVT%d PixArray=",fEventNumber));
840     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"));
841         
842     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
843     probi = new Double_t [nPix];
844
845     // Calculate coefficients and pixel visibilities
846     ComputeCoefficients(cluster,coef,probi);
847
848     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
849     {
850       if (probi[ipix] < 0.01) 
851       {
852         AliMUONPad* pixel = Pixel(ipix);
853         AliDebug(2,Form("Setting the following pixel to invisible as its probi<0.01:"));
854         //StdoutToAliDebug(2,cout << Form(" -- ipix %3d --- "); pixel->Print(););
855         pixel->SetCharge(0); // "invisible" pixel
856       }
857     }
858     
859     // MLEM algorithm
860     Mlem(cluster,coef, probi, 15);
861
862     // Find histogram limits for the 1'st pass only - for others computed below
863     if (lc == 1) {
864       for ( Int_t ipix = 1; ipix < nPix; ++ipix ) 
865         {
866           pixPtr = Pixel(ipix);
867           for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i ) 
868             {
869               Int_t indx = i * 2;
870               if (pixPtr->Coord(i) < xylim[indx]) xylim[indx] = pixPtr->Coord(i); 
871               else if (-pixPtr->Coord(i) < xylim[indx+1]) xylim[indx+1] = -pixPtr->Coord(i); 
872             }
873         }
874     } else pixPtr = Pixel(0);
875
876     for (Int_t i = 0; i < 4; i++) 
877     {
878       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
879     }
880     
881     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
882     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
883
884     //StdoutToAliDebug(2,cout << "pixel used for nx,ny computation : "; pixPtr->Print(););
885     AliDebug(2,Form("lc %d pixPtr size = %e,%e nx,ny=%d,%d xylim=%e,%e,%e,%e",
886                     lc,pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),nx,ny,
887                     xylim[0],-xylim[1],xylim[2],-xylim[3]
888                     ));
889     
890     fHistMlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
891
892     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
893     {
894       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
895       fHistMlem->Fill(pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Charge());
896     }
897
898     // Check if the total charge of pixels is too low
899     Double_t qTot = 0;
900     for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
901     {
902       qTot += Pixel(i)->Charge();
903     }
904     
905     if ( qTot < 1.e-4 || ( npadOK < 3 && qTot < 7 ) ) 
906     {
907       AliDebug(1,Form("Deleting the above cluster (charge %e too low, npadOK=%d)",qTot,npadOK));
908       delete [] coef; 
909       delete [] probi; 
910       fPixArray->Delete(); 
911       for ( Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
912       {
913         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
914         //if ( pad->Status() == 0) pad->SetStatus(-1);
915         if ( pad->Status() == fgkZero) pad->SetStatus(fgkOver);
916       }
917       return kFALSE; 
918     }
919
920     if (iSimple) 
921     {
922       // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
923       Simple(cluster);
924       delete [] coef; 
925       delete [] probi; 
926       fPixArray->Delete(); 
927       return kTRUE;
928     }
929
930     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
931     Double_t xyCOG[2];
932     FindCOG(xyCOG);
933
934     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && 
935         pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
936
937     // Sort pixels according to the charge
938     MaskPeaks(1); // mask local maxima
939     fPixArray->Sort();
940     MaskPeaks(0); // unmask local maxima
941     Double_t pixMin = 0.01*Pixel(0)->Charge();
942     pixMin = TMath::Min(pixMin,50.);
943
944     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at 
945     // the maximum one
946     Int_t indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
947     Int_t ix(1);
948     Double_t width = 0;
949     Double_t shift[2] = { 0.0, 0.0 };
950     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] = 999;
951     Int_t nPix1 = nPix; 
952     nPix = 0;
953     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix1; ++ipix) 
954     {
955       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
956       if ( nPix >= npadOK  // too many pixels already
957            ||
958            pixPtr->Charge() < pixMin && pixPtr->Status() != fgkMustKeep // too low charge
959            ) 
960       { 
961         RemovePixel(ipix);
962         continue;
963       }
964       for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) 
965       {
966         if (!i) 
967         {
968           pixPtr->SetCharge(10);
969           pixPtr->SetSize(indx, pixPtr->Size(indx)/2);
970           width = -pixPtr->Size(indx);
971           pixPtr->Shift(indx, width);
972           // Shift pixel position
973           if (ix) 
974           {
975             ix = 0;
976             for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) 
977             {
978               shift[j] = pixPtr->Coord(j) - xyCOG[j];
979               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr->Size(j)/2))*pixPtr->Size(j)*2;
980             }
981           } // if (ix)
982           pixPtr->Shift(0, -shift[0]);
983           pixPtr->Shift(1, -shift[1]);
984           ++nPix;
985         } 
986         else if (nPix < npadOK)
987         {
988           pixPtr = new AliMUONPad(*pixPtr);
989           pixPtr->Shift(indx, -2*width);
990           pixPtr->SetStatus(fgkZero);
991           fPixArray->Add(pixPtr);
992           ++nPix;
993         } 
994         else continue; // skip adjustment of histo limits
995         for (Int_t j = 0; j < 4; ++j) 
996         {
997           xylim[j] = TMath::Min (xylim[j], (j%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(j/2));
998         }
999       } // for (Int_t i=0; i<2;
1000     } // for (Int_t ipix=0;
1001     
1002     fPixArray->Compress();
1003
1004     AliDebug(2,Form("After shift:"));
1005     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1006     //Plot(Form("mlem.lc%d",lc+1));
1007     
1008     AliDebug(2,Form(" xyCOG=%9.6f %9.6f xylim=%9.6f,%9.6f,%9.6f,%9.6f",
1009                     xyCOG[0],xyCOG[1],
1010                     xylim[0],xylim[1],
1011                     xylim[2],xylim[3]));
1012
1013     if (nPix < npadOK)
1014     {
1015       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
1016       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area:
1017       // start from Y-direction
1018       Int_t j = 0;
1019       for (Int_t i = 3; i > -1; --i) 
1020       {
1021         if (nPix < npadOK && 
1022             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr->Size(i/2)) 
1023         {
1024           //AliMUONPad* p = static_cast<AliMUONPad*>(pixPtr->Clone());
1025           AliMUONPad* p = new AliMUONPad(*pixPtr);
1026           p->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr->Size(i/2));
1027           xylim[i] = p->Coord(i/2) * (i%2 ? -1 : 1); // update histo limits
1028           j = TMath::Even (i/2);
1029           p->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1030           AliDebug(2,Form("Adding pixel on the edge (i=%d) ",i));
1031           //StdoutToAliDebug(2,cout << " ---- "; 
1032           //               p->Print("corners"););
1033           fPixArray->Add(p);
1034           ++nPix;
1035         }
1036       }
1037     } 
1038     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1039     delete [] coef; 
1040     delete [] probi; 
1041   } // while (1)
1042
1043   AliDebug(2,Form("At the end of while loop nPix=%d : ",fPixArray->GetLast()+1));
1044   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1045
1046   // remove pixels with low signal or low visibility
1047   // Cuts are empirical !!!
1048   Double_t thresh = TMath::Max (fHistMlem->GetMaximum()/100.,1.);
1049   thresh = TMath::Min (thresh,50.);
1050   Double_t charge = 0;
1051
1052   // Mark pixels which should be removed
1053   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1054   {
1055     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1056     charge = pixPtr->Charge();
1057     if (charge < thresh) 
1058     {
1059       pixPtr->SetCharge(-charge);
1060     }
1061   }
1062
1063   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1064   Int_t near = 0;
1065   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1066   {
1067     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1068     charge = pixPtr->Charge();
1069     if (charge > 0) continue;
1070     near = FindNearest(pixPtr);
1071     pixPtr->SetCharge(0);
1072     probi[i] = 0; // make it "invisible"
1073     AliMUONPad* pnear = Pixel(near);
1074     pnear->SetCharge(pnear->Charge() + (-charge));
1075   }
1076   Mlem(cluster,coef,probi,2);
1077   
1078   AliDebug(2,Form("Before splitting nPix=%d EVT %d DE %d",fPixArray->GetLast()+1,fEventNumber,fDetElemId));
1079   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1080   //Plot("mlem.beforesplit");
1081   
1082   // Update histogram
1083   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1084   {
1085     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1086     Int_t ix = fHistMlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(0));
1087     Int_t iy = fHistMlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(1));
1088     fHistMlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr->Charge());
1089   }
1090
1091   // Try to split into clusters
1092   Bool_t ok = kTRUE;
1093   if (fHistMlem->GetSum() < 1) 
1094   {
1095     ok = kFALSE;
1096   }
1097   else 
1098   {
1099     fSplitter->Split(cluster,fHistMlem,coef,fClusterList);
1100   }
1101   
1102   delete [] coef; 
1103   delete [] probi; 
1104   fPixArray->Delete(); 
1105   
1106   return ok;
1107 }
1108
1109 //_____________________________________________________________________________
1110 void AliMUONClusterFinderMLEM::MaskPeaks(Int_t mask)
1111 {
1112   /// Mask/unmask pixels corresponding to local maxima (add/subtract 10000 to their charge
1113   /// - to avoid loosing low charge pixels after sorting)
1114
1115   for (Int_t i = 0; i < fPixArray->GetEntriesFast(); ++i) {
1116     AliMUONPad* pix = Pixel(i);
1117     if (pix->Status() == fgkMustKeep) {
1118       if (mask == 1) pix->SetCharge(pix->Charge()+10000.);
1119       else pix->SetCharge(pix->Charge()-10000.);
1120     }
1121   }
1122 }
1123
1124 //_____________________________________________________________________________
1125 void AliMUONClusterFinderMLEM::Mlem(AliMUONCluster& cluster, 
1126                                     Double_t* coef, Double_t* probi, 
1127                                     Int_t nIter)
1128 {
1129   /// Use MLEM to find pixel charges
1130   
1131   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1132
1133   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1134
1135   Double_t* probi1 = new Double_t[nPix];
1136   Double_t probMax = TMath::MaxElement(nPix,probi);
1137   
1138   for (Int_t iter = 0; iter < nIter; ++iter) 
1139   {
1140     // Do iterations
1141     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
1142     {
1143       Pixel(ipix)->SetChargeBackup(0);
1144       // Correct each pixel
1145       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1146       Double_t sum = 0;
1147       probi1[ipix] = probMax;
1148       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1149       {
1150         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1151         //if (pad->Status() < 0) continue; 
1152         if (pad->Status() != fgkZero) continue; 
1153         Double_t sum1 = 0;
1154         Int_t indx1 = j*nPix;
1155         Int_t indx = indx1 + ipix;
1156         // Calculate expectation
1157         for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1158         {
1159           sum1 += Pixel(i)->Charge()*coef[indx1+i];
1160           //cout << i << " " << Pixel(i)->Charge() << " " << coef[indx1+i] << endl;
1161         } 
1162         if ( pad->IsSaturated() && sum1 > pad->Charge() ) 
1163         { 
1164           // correct for pad charge overflows
1165           probi1[ipix] -= coef[indx]; 
1166           continue; 
1167           //sum1 = pad->Charge();
1168         } 
1169
1170         if (sum1 > 1.e-6) sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
1171       } // for (Int_t j=0;
1172       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
1173       if (probi1[ipix] > 1.e-6) 
1174       {
1175         //AZ pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1176         pixPtr->SetChargeBackup(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1177       }
1178       //cout << " xxx " << ipix << " " << pixPtr->Charge() << " " << pixPtr->ChargeBackup() << " " << sum << " " << probi1[ipix] << endl;
1179     } // for (Int_t ipix=0;
1180     Double_t qTot = 0;
1181     for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1182       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1183       pixPtr->RevertCharge();
1184       qTot += pixPtr->Charge();
1185     }
1186     if (qTot < 1.e-6) {
1187       // Can happen in clusters with large number of overflows - speeding up 
1188       delete [] probi1;
1189       return;
1190     }
1191   } // for (Int_t iter=0;
1192   delete [] probi1;
1193 }
1194
1195 //_____________________________________________________________________________
1196 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCOG(Double_t *xyc)
1197 {
1198   /// Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1199
1200   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1201   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1202   fHistMlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1203   Int_t nx = fHistMlem->GetNbinsX();
1204   Int_t ny = fHistMlem->GetNbinsY();
1205   Double_t thresh = fHistMlem->GetMaximum()/10;
1206   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1207   
1208   Int_t ie = TMath::Min(ny,iymax+1), je = TMath::Min(nx,ixmax+1);
1209   for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1210     y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1211     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1212       cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1213       if (cont < thresh) continue;
1214       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1215       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1216       x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1217       xq += x*cont;
1218       yq += y*cont;
1219       qq += cont;
1220       nsum++;
1221     }
1222   }
1223   
1224   Double_t cmax = 0;
1225   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1226   x = y = 0;
1227   if (nsumy == 1) {
1228     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1229     for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1230       if (i == iymax) continue;
1231       for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1232         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1233         if (cont > cmax) {
1234           cmax = cont;
1235           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1236           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1237           i2 = i;
1238           j2 = j;
1239         }
1240       }
1241     }
1242     xq += x*cmax;
1243     yq += y*cmax;
1244     qq += cmax;
1245     if (i2 != i1) nsumy++;
1246     if (j2 != j1) nsumx++;
1247     nsum++;
1248   } // if (nsumy == 1)
1249   
1250   if (nsumx == 1) {
1251     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1252     cmax = x = y = 0;
1253     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1254       if (j == ixmax) continue;
1255       for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1256         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1257         if (cont > cmax) {
1258           cmax = cont;
1259           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1260           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1261           i2 = i;
1262           j2 = j;
1263         }
1264       }
1265     }
1266     xq += x*cmax;
1267     yq += y*cmax;
1268     qq += cmax;
1269     if (i2 != i1) nsumy++;
1270     if (j2 != j1) nsumx++;
1271     nsum++;
1272   } // if (nsumx == 1)
1273   
1274   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1275   AliDebug(2,Form("x,y COG = %e,%e",xyc[0],xyc[1]));
1276 }
1277
1278 //_____________________________________________________________________________
1279 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindNearest(AliMUONPad *pixPtr0)
1280 {
1281 /// Find the pixel nearest to the given one
1282 /// (algorithm may be not very efficient)
1283
1284   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1285   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1286   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1287   AliMUONPad *pixPtr;
1288
1289   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1290     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1291     if (pixPtr == pixPtr0 || pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1292     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1293     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1294     r = dx *dx + dy * dy;
1295     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1296   }
1297   return imin;
1298 }
1299
1300 //_____________________________________________________________________________
1301 void
1302 AliMUONClusterFinderMLEM::Paint(Option_t*)
1303 {
1304   /// Paint cluster and pixels
1305   
1306   AliMpArea area(fPreCluster->Area());
1307   
1308   gPad->Range(area.LeftBorder(),area.DownBorder(),area.RightBorder(),area.UpBorder());
1309
1310   gVirtualX->SetFillStyle(1001);
1311   gVirtualX->SetFillColor(3);    
1312   gVirtualX->SetLineColor(3);
1313   
1314   Double_t s(1.0);
1315   
1316   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1317   {
1318     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1319
1320     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0)*s,
1321                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1)*s,
1322                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0)*s,
1323                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1)*s);
1324
1325 //    for ( Int_t sign = -1; sign < 2; sign +=2 )
1326 //    {
1327 //      gPad->PaintLine(pixel->Coord(0) - pixel->Size(0),
1328 //                      pixel->Coord(1) + sign*pixel->Size(1),
1329 //                      pixel->Coord(0) + pixel->Size(0),
1330 //                      pixel->Coord(1) - sign*pixel->Size(1)
1331 //                    );
1332 //    }
1333   }      
1334
1335
1336   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1337   
1338   fPreCluster->Paint();
1339
1340   gVirtualX->SetLineColor(1);
1341   gVirtualX->SetLineWidth(2);
1342   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1343   gVirtualX->SetTextColor(1);
1344   gVirtualX->SetTextAlign(22);
1345   
1346   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1347   {
1348     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1349     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0),
1350                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1),
1351                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0),
1352                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1));    
1353     gVirtualX->SetTextSize(pixel->Size(0)*60);
1354
1355     gPad->PaintText(pixel->Coord(0),pixel->Coord(1),Form("%d",(Int_t)(pixel->Charge())));
1356   }  
1357 }
1358
1359 //_____________________________________________________________________________
1360 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
1361 {
1362 /// Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
1363 /// try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
1364 /// or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved  
1365
1366   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
1367
1368   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
1369
1370   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
1371   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1372   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1373     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1374     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) 
1375          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1376   }
1377   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
1378
1379   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
1380   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
1381   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1382   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1383   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1384     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1385     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
1386   }
1387 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
1388
1389   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
1390   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
1391   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0; 
1392
1393   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1394     indx = (i-1) * nx;
1395     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1396       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
1397       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
1398       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
1399       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
1400     }
1401   }
1402
1403   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1404     indx = (i-1) * nx;
1405     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1406       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) { 
1407         localMax[nMax] = indx + j - 1; 
1408         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
1409         ((AliMUONPad*)fSplitter->BinToPix(fHistAnode, j, i))->SetStatus(fgkMustKeep);
1410         if (nMax > 99) break;
1411       }
1412     }
1413     if (nMax > 99) {
1414       AliError(" Too many local maxima !!!");
1415       break;
1416     }
1417   }
1418   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
1419   delete [] isLocalMax; 
1420   return nMax;
1421 }
1422
1423 //_____________________________________________________________________________
1424 void AliMUONClusterFinderMLEM::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
1425 {
1426 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
1427
1428   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1429   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1430   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
1431   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
1432
1433   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
1434   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
1435     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
1436     indx1 = (i1 - 1) * nx;
1437     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
1438       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
1439       if (i == i1 && j == j1) continue;
1440       indx2 = indx1 + j1 - 1;
1441       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
1442       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1443       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
1444       else { // the same charge
1445         isLocalMax[indx] = 1; 
1446         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
1447           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
1448           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1449           else isLocalMax[indx2] = -1;
1450         }
1451       } 
1452     }
1453   }
1454   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
1455 }
1456
1457 //_____________________________________________________________________________
1458 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCluster(AliMUONCluster& cluster, 
1459                                            Int_t *localMax, Int_t iMax)
1460 {
1461 /// Find pixel cluster around local maximum \a iMax and pick up pads
1462 /// overlapping with it
1463
1464   /* Just for check
1465   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
1466   c->cd();
1467   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1468   c->Update();
1469   Int_t tmp;
1470   cin >> tmp;
1471   */
1472   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1473   Int_t ny = fHistAnode->GetNbinsY();
1474   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1475   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1476   Int_t nxy = ny * nx;
1477   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
1478   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) used[i] = kFALSE; 
1479
1480   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1481   fPixArray->Delete();
1482
1483   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2; 
1484   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;  
1485   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1486   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1487   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1488   fPixArray->Add(new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont));
1489   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
1490   AddBinSimple(fHistAnode, ic, jc);
1491   //fSplitter->AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
1492
1493   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1494   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1495   
1496   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1497   {
1498     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1499     pixPtr->SetSize(0,wx);
1500     pixPtr->SetSize(1,wy);
1501   }
1502
1503   // Pick up pads which overlap with found pixels
1504   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
1505   {
1506     //cluster.Pad(i)->SetStatus(-1);
1507     cluster.Pad(i)->SetStatus(fgkOver); // just the dirty trick
1508   }
1509   
1510   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1511   {
1512     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1513     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1514     {
1515       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1516       //if (pad->Status() == 0) continue;
1517       if (pad->Status() == fgkZero) continue;
1518       if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1519       {
1520         //pad->SetStatus(0);
1521         pad->SetStatus(fgkZero);
1522         if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1523       }
1524     }
1525   }
1526
1527   delete [] used;
1528 }
1529
1530 //_____________________________________________________________________________
1531 void 
1532 AliMUONClusterFinderMLEM::AddBinSimple(TH2D *hist, Int_t ic, Int_t jc)
1533 {
1534   /// Add adjacent bins (+-1 in X and Y) to the cluster
1535   
1536   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1537   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1538   Double_t cont1, cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
1539   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1540   
1541   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
1542   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
1543     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
1544       cont1 = hist->GetCellContent(j,i);
1545       if (cont1 > cont) continue;
1546       if (cont1 < 0.5) continue;
1547       pixPtr = new AliMUONPad (hist->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
1548                                hist->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1549       fPixArray->Add(pixPtr);
1550     }
1551   }
1552 }
1553
1554 //_____________________________________________________________________________
1555 AliMUONClusterFinderMLEM&  
1556 AliMUONClusterFinderMLEM::operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs)
1557 {
1558 /// Protected assignement operator
1559
1560   if (this == &rhs) return *this;
1561
1562   AliFatal("Not implemented.");
1563     
1564   return *this;  
1565 }    
1566
1567 //_____________________________________________________________________________
1568 void AliMUONClusterFinderMLEM::AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster)
1569 {
1570   /// Add virtual pad (with small charge) to improve fit for clusters
1571   /// with number of pads == 2 per direction
1572   
1573   // Find out non-bending and bending planes
1574   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // non-bending and bending cathodes
1575
1576   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, 0, kTRUE);
1577   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, 0, kTRUE);
1578   if (dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1579     nonb[0] = 0;
1580     nonb[1] = 1;
1581   } 
1582
1583   Bool_t same = kFALSE;
1584   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) same = kTRUE; // the same pad size on both planes 
1585
1586   AliMpIntPair cn;
1587   Bool_t check[2] = {kFALSE, kFALSE};
1588   Int_t nxy[2];
1589   nxy[0] = nxy[1] = 0;
1590   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1591     cn = cluster.NofPads(nonb[inb], 0, kTRUE);
1592     if (inb == 0 && cn.GetFirst() == 2) check[inb] = kTRUE; // check non-bending plane
1593     else if (inb == 1 && cn.GetSecond() == 2) check[inb] = kTRUE; // check bending plane
1594     if (same) {
1595       nxy[0] = TMath::Max (nxy[0], cn.GetFirst());
1596       nxy[1] = TMath::Max (nxy[1], cn.GetSecond());
1597       if (inb == 0 && nxy[0] < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1598       else if (inb == 1 && cn.GetSecond() < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1599     }
1600   }
1601   if (same) {
1602     if (nxy[0] > 2) check[0] = kFALSE;
1603     if (nxy[1] > 2) check[1] = kFALSE;
1604   }
1605   if (!check[0] && !check[1]) return;
1606
1607   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1608     if (!check[inb]) continue;
1609
1610     // Find pads with maximum and next to maximum charges 
1611     Int_t maxPads[2] = {-1, -1};
1612     Double_t amax[2] = {0};
1613     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1614     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1615       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1616       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1617       for (Int_t j2 = 0; j2 < 2; ++j2) {
1618         if (pad->Charge() > amax[j2]) {
1619           if (j2 == 0) { amax[1] = amax[0]; maxPads[1] = maxPads[0]; }
1620           amax[j2] = pad->Charge();
1621           maxPads[j2] = j;
1622           break;
1623         }
1624       }
1625     }
1626
1627     // Find min and max dimensions of the cluster
1628     Double_t limits[2] = {9999, -9999};
1629     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1630       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1631       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1632       if (pad->Coord(inb) < limits[0]) limits[0] = pad->Coord(inb);
1633       if (pad->Coord(inb) > limits[1]) limits[1] = pad->Coord(inb);
1634     }
1635
1636     // Loop over max and next to max pads
1637     Bool_t add = kFALSE;
1638     Int_t idirAdd = 0;
1639     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
1640       if (j == 1) {
1641         if (maxPads[j] < 0) continue;
1642         if (!add) break; 
1643         if (amax[1] / amax[0] < 0.5) break;
1644       }
1645       // Check if pad at the cluster limit
1646       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(maxPads[j]);
1647       Int_t idir = 0;
1648       if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[0]) < fgkDistancePrecision) idir = -1;
1649       else if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[1]) < fgkDistancePrecision) idir = 1;
1650       else {
1651         //cout << " *** Pad not at the cluster limit: " << j << endl;
1652         break;
1653       }
1654       if (j == 1 && idir == idirAdd) break; // this pad has been already added
1655
1656       // Add pad (if it exists)
1657       TVector2 pos;
1658       if (inb == 0) pos.Set (pad->X() + idir * (pad->DX()+fgkDistancePrecision), pad->Y());
1659       else pos.Set (pad->X(), pad->Y() + idir * (pad->DY()+fgkDistancePrecision));
1660       //AliMpPad mppad = fSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kTRUE);
1661       AliMpPad mppad = fSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kFALSE);
1662       if (!mppad.IsValid()) continue; // non-existing pad
1663       cn = mppad.GetIndices();
1664       AliMUONPad muonPad(fDetElemId, nonb[inb], cn.GetFirst(), cn.GetSecond(), 
1665                          mppad.Position().X(), mppad.Position().Y(), 
1666                          mppad.Dimensions().X(), mppad.Dimensions().Y(), 0);
1667       if (inb == 0) muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/100, 5.));
1668       //else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fgkZeroSuppression));
1669       else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, 6.));
1670       if (muonPad.Charge() < 1.) muonPad.SetCharge(1.);
1671       muonPad.SetReal(kFALSE);
1672       if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in %d direction ***** %f %f %f %3d %3d %f %f \n",
1673                          inb, muonPad.Charge(), muonPad.X(), muonPad.Y(), muonPad.Ix(), 
1674                          muonPad.Iy(), muonPad.DX(), muonPad.DY());
1675       cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
1676       add = kTRUE;
1677       idirAdd = idir;
1678     }
1679   }
1680 }
1681
1682 //_____________________________________________________________________________
1683 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1684                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1685 {
1686   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1687   /// overflows)
1688
1689   //Int_t statusToTest = 1;
1690   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1691   
1692   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1693   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1694        
1695   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1696
1697   AliMpIntPair cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1698   
1699   nInX = cn.GetFirst();
1700   nInY = cn.GetSecond();
1701 }
1702
1703 //_____________________________________________________________________________
1704 void AliMUONClusterFinderMLEM::RemovePixel(Int_t i)
1705 {
1706   /// Remove pixel at index i
1707   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1708   fPixArray->RemoveAt(i); 
1709   delete pixPtr;
1710 }
1711
1712 //_____________________________________________________________________________
1713 void AliMUONClusterFinderMLEM::Simple(AliMUONCluster& cluster)
1714 {
1715 /// Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
1716
1717   Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
1718   Double_t parOk[3] = {0.}; 
1719   TObjArray *clusters[1]; 
1720   clusters[0] = fPixArray;
1721
1722   AliDebug(1,Form("nPix=%d",fPixArray->GetLast()+1));
1723
1724   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1725   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i) 
1726   {
1727     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
1728     /*
1729     if ( pad->IsSaturated()) 
1730     {
1731       pad->SetStatus(-9);
1732     }
1733     else 
1734     {
1735       pad->SetStatus(1);
1736     }
1737     */
1738     if (!pad->IsSaturated()) pad->SetStatus(fgkUseForFit);
1739   }
1740   nfit = fSplitter->Fit(cluster,1, nForFit, clustFit, clusters, parOk, fClusterList, fHistMlem);
1741 }
1742
1743 //_____________________________________________________________________________
1744 AliMUONPad* 
1745 AliMUONClusterFinderMLEM::Pixel(Int_t i) const
1746 {
1747   /// Returns pixel at index i
1748   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1749 }
1750
1751 //_____________________________________________________________________________
1752 void 
1753 AliMUONClusterFinderMLEM::Print(Option_t* what) const
1754 {
1755   /// printout
1756   TString swhat(what);
1757   swhat.ToLower();
1758   if ( swhat.Contains("precluster") )
1759   {
1760     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1761   }
1762 }
1763
1764