Update from Alberica. Addition of VZERO equalized signals and ZNC.
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterFinderMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterFinderMLEM
20 /// 
21 /// Clusterizer class based on the Expectation-Maximization algorithm
22 ///
23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
24 /// From a precluster a pixel array is built, and from this pixel array
25 /// a list of clusters is output (using AliMUONClusterSplitterMLEM).
26 ///
27 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
28 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
29 //-----------------------------------------------------------------------------
30
31 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
32 #include "AliLog.h"
33 #include "AliMUONCluster.h"
34 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
35 #include "AliMUONVDigit.h"
36 #include "AliMUONPad.h"
37 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
38 #include "AliMpPad.h"
39 #include "AliMpVPadIterator.h"
40 #include "AliMpVSegmentation.h"
41 #include "AliRunLoader.h"
42 #include "AliMUONVDigitStore.h"
43 #include <Riostream.h>
44 #include <TH2.h>
45 #include <TMinuit.h>
46 #include <TCanvas.h>
47 #include <TMath.h>
48 #include "AliCodeTimer.h"
49
50 using std::endl;
51 using std::cout;
52 /// \cond CLASSIMP
53 ClassImp(AliMUONClusterFinderMLEM)
54 /// \endcond
55  
56 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
57 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
58 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
59
60 // Status flags for pads
61 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
62 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
63 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
64 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
65 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge 
66 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad  
67
68 //_____________________________________________________________________________
69 AliMUONClusterFinderMLEM::AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
70   : AliMUONVClusterFinder(),
71 fPreClusterFinder(clusterFinder),
72 fPreCluster(0x0),
73 fClusterList(),
74 fEventNumber(0),
75 fDetElemId(-1),
76 fClusterNumber(0),
77 fHistMlem(0x0),
78 fHistAnode(0x0),
79 fPixArray(new TObjArray(20)),
80 fDebug(0),
81 fPlot(plot),
82 fSplitter(0x0),
83 fNClusters(0),
84 fNAddVirtualPads(0),
85 fLowestPixelCharge(0),
86 fLowestPadCharge(0),
87 fLowestClusterCharge(0)
88 {
89   /// Constructor
90
91   fkSegmentation[1] = fkSegmentation[0] = 0x0; 
92
93   if (fPlot) fDebug = 1;
94 }
95
96 //_____________________________________________________________________________
97 AliMUONClusterFinderMLEM::~AliMUONClusterFinderMLEM()
98 {
99 /// Destructor
100   delete fPixArray; fPixArray = 0;
101 //  delete fDraw;
102   delete fPreClusterFinder;
103   delete fSplitter;
104   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
105                fNClusters,fNAddVirtualPads));
106 }
107
108 //_____________________________________________________________________________
109 Bool_t 
110 AliMUONClusterFinderMLEM::Prepare(Int_t detElemId,
111                                   TObjArray* pads[2],
112                                   const AliMpArea& area,
113                                   const AliMpVSegmentation* seg[2])
114 {
115   /// Prepare for clustering
116 //  AliCodeTimerAuto("",0)
117   
118   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
119   {
120     fkSegmentation[i] = seg[i];
121   }
122   
123   // Find out the DetElemId
124   fDetElemId = detElemId;
125   
126   delete fSplitter;
127   fSplitter = new AliMUONClusterSplitterMLEM(fDetElemId,
128                                              fPixArray,
129                                              fLowestPixelCharge,
130                                              fLowestPadCharge,
131                                              fLowestClusterCharge);
132   fSplitter->SetDebug(fDebug);
133     
134   // find out current event number, and reset the cluster number
135   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
136   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
137   fClusterNumber = -1;
138   fClusterList.Delete();
139   fPixArray->Delete();
140
141   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
142   
143   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
144   {
145     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
146   }
147   else
148   {
149     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
150   }
151 }
152
153 //_____________________________________________________________________________
154 AliMUONCluster* 
155 AliMUONClusterFinderMLEM::NextCluster()
156 {
157   /// Return next cluster
158 //  AliCodeTimerAuto("",0)
159   
160   // if the list of clusters is not void, pick one from there
161   TObject* o(0x0);
162   
163   // do we have clusters in our list ?
164   if ( fClusterNumber < fClusterList.GetLast() )
165   {
166     o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
167   }
168   
169   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
170   
171   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
172   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
173   //digits, so it can reuse them
174   
175   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
176   // pre-cluster and treat it
177
178   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
179
180   fPixArray->Delete();
181   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
182   fClusterNumber = -1; //AZ
183     
184   if (!fPreCluster)
185   {
186     // we are done
187     return 0x0;
188   }
189     
190   WorkOnPreCluster();
191
192   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
193   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
194   
195   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
196   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
197   {
198     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
199     if ( !pad->IsUsed() )
200     {
201       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
202     }
203   }
204   
205   return NextCluster();
206 }
207
208 //_____________________________________________________________________________
209 Bool_t
210 AliMUONClusterFinderMLEM::WorkOnPreCluster()
211 {
212   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
213   /// extract clusters from this array
214   
215   //  AliCodeTimerAuto("",0)    
216
217   if (fDebug) {
218     cout << " *** Event # " << fEventNumber 
219          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
220     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
221       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
222       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
223              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
224              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
225     }
226   }
227
228   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
229   if (!cluster) return kFALSE;
230
231   BuildPixArray(*cluster);
232   
233   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
234   {
235     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
236     delete cluster;
237     return kFALSE;
238   }
239   
240   // Use MLEM for cluster finder
241   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
242   Double_t maxVal[100];
243   
244   Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
245   
246   PadsInXandY(*cluster,nInX, nInY);
247   
248   if (nInX < 4 && nInY < 4) 
249   {
250     iSimple = 1; // simple cluster
251   }
252   else 
253   {
254     nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // for small clusters just to tag pixels
255     if (nMax > 1) {
256       if (cluster->Multiplicity() <= 50) nMax = 1; // for small clusters 
257       if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
258     }
259   }
260   
261   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) 
262   {
263     if (nMax > 1) 
264     {
265       FindCluster(*cluster,localMax, maxPos[i]);
266     }
267
268     MainLoop(*cluster,iSimple);
269
270     if (i < nMax-1) 
271     {
272       Int_t mult = cluster->Multiplicity();
273       for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
274       {
275         AliMUONPad* pad = cluster->Pad(j);
276         //if ( pad->Status() == 0 ) continue; // pad charge was not modified
277         if ( pad->Status() != fgkOver ) continue; // pad was not used
278         //pad->SetStatus(0);
279         pad->SetStatus(fgkZero);
280         pad->RevertCharge(); // use backup charge value
281       }
282     }
283   } // for (Int_t i=0; i<nMax;
284   delete fHistMlem;
285   delete fHistAnode;
286   fHistMlem = fHistAnode = 0x0;
287   delete cluster;
288   return kTRUE;
289 }
290
291 //_____________________________________________________________________________
292 Bool_t 
293 AliMUONClusterFinderMLEM::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
294 {
295   /// Check if the pad and the pixel overlaps
296
297   // make a fake pad from the pixel
298   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
299                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
300                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
301   
302   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
303 }
304
305 //_____________________________________________________________________________
306 AliMUONCluster* 
307 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
308 {
309   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
310   /// two-cathode preclusters)
311     
312   AliCodeTimerAuto("",0)
313
314   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
315   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
316       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < fLowestClusterCharge )
317   { 
318     return 0x0;
319   }
320
321   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
322
323   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
324   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
325
326   AliMUONCluster* rv(0x0);
327   
328   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
329   { 
330     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
331   }
332   else
333   {
334     rv = cluster;
335   }
336   return rv;
337 }
338
339 //_____________________________________________________________________________
340 AliMUONCluster*
341 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
342 {
343   /// Check two-cathode cluster
344   
345   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
346   Int_t* flags = new Int_t[npad];
347   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
348   
349   // Check pad overlaps
350   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
351   {
352     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
353     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
354     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j) 
355     {
356       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
357       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
358       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
359       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
360     } 
361   } 
362   
363   // Check if all pads overlap
364   Int_t nFlags=0;
365   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
366   {
367     if (!flags[i]) ++nFlags;
368   }
369   
370   if (nFlags > 0) 
371   {
372     // not all pads overlap.
373     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
374     TObjArray toBeRemoved;
375     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
376     {
377       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
378       if (flags[i]) continue;
379       Int_t cath = pad->Cathode();
380       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
381       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
382       AliMpPad mpPad =
383       fkSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position().X(),
384                                            pad->Position().Y(),kFALSE);
385       if (!mpPad.IsValid()) continue;
386       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fLowestPadCharge) continue; 
387       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
388                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
389       toBeRemoved.AddLast(pad);
390       fPreCluster->Pad(i)->Release();
391     }
392     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
393     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
394     {
395       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
396     }
397   } 
398   
399   // Check correlations of cathode charges
400   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
401   {
402     // big difference
403     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
404     Int_t imin(-1);
405     Int_t imax(-1);
406     Double_t cmax(0);
407     Double_t cmin(1E9);
408     
409     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the 
410     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
411     //
412     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
413     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
414     {
415       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
416       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
417       {
418         // only consider pads in the opposite cathode, and
419         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
420         continue;
421       }
422       if ( pad->Charge() < cmin )
423       {
424         cmin = pad->Charge();
425         imin = i;
426         if (imax < 0) {
427           imax = imin;
428           cmax = cmin;
429         }
430       }
431       else if ( pad->Charge() > cmax )
432       {
433         cmax = pad->Charge();
434         imax = i;
435       }      
436     }
437     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
438                     imin,imax,cmin,cmax));
439     //
440     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
441     // to the pad size
442     Double_t* dist = new Double_t[mult];
443     Double_t dxMin(1E9);
444     Double_t dyMin(1E9);
445     Double_t dmin(0);
446     
447     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
448     
449     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
450     {
451       dist[i] = 0.0;
452       if ( i == imax) continue;
453       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
454       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
455       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
456       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
457       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
458       if ( i == imin )
459       {
460         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
461         dxMin = dx;
462         dyMin = dy;
463       }      
464     }
465     
466     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
467     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
468     TObjArray toBeRemoved;
469     
470     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
471     {
472       Int_t indx = flags[i];
473       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
474       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
475       if ( dist[indx] > dmin )
476       {
477         // farther than the minimum pad
478         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
479         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
480         dx *= dxMin;
481         dy *= dyMin;
482         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
483         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
484         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;        
485       }
486       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
487       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
488       {
489         // release pad
490         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3) 
491         {
492           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
493         }
494         else
495         {
496           cmax = pad->Charge();
497         }
498         xmax = dist[indx];
499         distPrev = dist[indx];
500         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
501                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
502                         pad->Charge()));
503   
504         toBeRemoved.AddLast(pad);
505         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
506       }
507     }
508     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
509     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
510     {
511       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
512     }    
513     delete[] dist;
514   }
515   
516   delete[] flags;
517   
518   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
519   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
520
521   return cluster;    
522 }
523
524 //_____________________________________________________________________________
525 void
526 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckOverlaps()
527 {
528   /// For debug only : check if some pixels overlap...
529   
530   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
531   Int_t dummy(0);
532   
533   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
534   {
535     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
536     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
537                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
538                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
539     
540     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
541     {
542       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
543       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
544                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
545                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);  
546       AliMpArea area;
547       
548       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
549       {
550         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
551         /*
552         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
553                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
554                         pixelJ->Print();
555                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
556                         cout << " Area surface = " << area.GetDimensionX()*area.GetDimensionY()*4 << endl;
557                         cout << "-------" << endl;
558                         );
559         */        
560       }
561     }    
562   }
563 }
564
565 //_____________________________________________________________________________
566 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
567 {
568   /// Build pixel array for MLEM method
569   
570   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
571   if (npad<=0) 
572   {
573     AliWarning("Got no pad at all ?!");
574   }
575   
576   fPixArray->Delete();
577   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
578   
579   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
580   
581 //  AliDebug(2,Form("nPix after BuildPixArray=%d",nPix));
582   
583   if ( nPix > npad ) 
584   {
585 //    AliDebug(2,Form("Will trim number of pixels to number of pads"));
586     
587     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
588     fPixArray->Sort();
589     for ( Int_t i = npad; i < nPix; ++i ) 
590     {
591       RemovePixel(i);
592     }
593     fPixArray->Compress();
594   } // if (nPix > npad)
595
596 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
597 //                   fPixArray->Print(););
598   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
599 }
600
601 //_____________________________________________________________________________
602 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
603 {
604   /// Build the pixel array
605
606 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
607
608   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
609   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2]={99999,99999};
610   Int_t found[2] = {0,0}, mult = cluster.Multiplicity();
611
612   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
613     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
614     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
615       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) { 
616         xy0[j] = pad->Coord(j);
617         found[j] = 1;
618       }
619     }
620     if (found[0] && found[1]) break;
621   }
622
623   Double_t min[2], max[2];
624   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
625   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
626   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
627
628
629   Double_t leftDownX, leftDownY;
630   cluster.Area(cath0).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
631   Double_t rightUpX, rightUpY;
632   cluster.Area(cath0).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
633   min[0] = leftDownX;
634   min[1] = leftDownY;
635   max[0] = rightUpX;
636   max[1] = rightUpY;;
637   if (cath1 != cath0) {
638     cluster.Area(cath1).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
639     cluster.Area(cath1).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
640     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDownX);
641     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDownY);
642     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUpX);
643     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUpY);
644   }
645
646   // Adjust limits
647   //width[0] /= 2; width[1] /= 2; // just for check
648   Int_t nbins[2]={0,0};
649   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
650     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
651     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
652     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist)) 
653                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
654     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
655     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
656     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
657     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
658   }
659
660   // Book histogram
661   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
662   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
663   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
664   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
665
666   // Fill histogram
667   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
668     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
669     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
670     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
671     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
672   }
673
674   // Store pixels
675   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
676     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
677     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
678       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
679       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) && 
680       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
681       if (cath0 != cath1) {
682         // Two-sided cluster
683         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
684         if (cont < 999.) continue;
685         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
686       }
687       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
688       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
689       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
690       fPixArray->Add(pixPtr);
691     }  
692   }
693   //*
694   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
695     // Split pixel into 2
696     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
697     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
698     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
699     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
700     fPixArray->Add(pixPtr);
701   }
702   //*/
703   //fPixArray->Print();
704   delete hist1;
705   delete hist2;
706 }
707
708 //_____________________________________________________________________________
709 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
710                                            TH2D *hist1, TH2D *hist2)
711 {
712   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
713
714   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
715   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
716   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
717
718   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
719
720   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
721     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
722     if (ixy > nbins) break;
723     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
724     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
725     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
726     else {
727       // Fill histogram
728       Double_t cont = pad->Charge();
729       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
730         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
731       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
732       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
733       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
734     }
735   }
736
737   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
738     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
739     if (ixy < 1) break;
740     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
741     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
742     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
743     else {
744       // Fill histogram
745       Double_t cont = pad->Charge();
746       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
747         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
748       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
749       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
750       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
751     }
752   }
753 }
754
755 //_____________________________________________________________________________
756 void
757 AliMUONClusterFinderMLEM::Plot(const char* /*basename*/)
758 {
759   /// Make a plot and save it as png
760   
761   return; //AZ
762 //  if (!fPlot) return;
763 //  
764 //  TCanvas* c = new TCanvas("MLEM","MLEM",800,600);
765 //  c->Draw();
766 //  Draw();
767 //  c->Modified();
768 //  c->Update();
769 //  c->Print(Form("%s.EVT%d.DE%d.CLU%d.png",basename,fEventNumber,
770 //                fDetElemId,fClusterNumber));
771 }
772
773 //_____________________________________________________________________________
774 void
775 AliMUONClusterFinderMLEM::ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster,
776                                               Double_t* coef,
777                                               Double_t* probi)
778 {
779   /// Compute coefficients needed for MLEM algorithm
780   
781   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
782   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
783   
784   //memset(probi,0,nPix*sizeof(Double_t));
785   for (Int_t j = 0; j < npadTot*nPix; ++j) coef[j] = 0.;
786   for (Int_t j = 0; j < nPix; ++j) probi[j] = 0.;
787
788   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
789   for ( Int_t j = 0; j < mult; ++j ) 
790   {
791     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
792     Int_t indx = j*nPix;
793   
794     for ( Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix ) 
795     {
796       Int_t indx1 = indx + ipix;
797       //if (pad->Status() < 0) 
798       if (pad->Status() != fgkZero) 
799       {   
800         coef[indx1] = 0; 
801         continue; 
802       }
803       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
804       // coef is the charge (given by Mathieson integral) on pad, assuming
805       // the Mathieson is center at pixel.
806       coef[indx1] = fSplitter->ChargeIntegration(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), *pad);  
807 //      AliDebug(2,Form("pad=(%d,%d,%e,%e,%e,%e) pix=(%e,%e,%e,%e) coef %e",
808 //                      pad->Ix(),pad->Iy(),
809 //                      pad->X(),pad->Y(),
810 //                      pad->DX(),pad->DY(),
811 //                      pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1), 
812 //                      pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),
813 //                      coef[indx1]));
814       
815       probi[ipix] += coef[indx1];
816     } 
817   } 
818 }
819
820 //_____________________________________________________________________________
821 Bool_t AliMUONClusterFinderMLEM::MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple)
822 {
823   /// Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
824   
825   //  AliCodeTimerAuto("",0)
826   
827   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
828
829   AliDebug(2,Form("nPix=%d iSimple=%d, precluster=",nPix,iSimple));
830   //StdoutToAliDebug(2,cluster.Print("full"););
831
832   if ( nPix < 0 )
833   {
834     AliDebug(1,"No pixels, why am I here then ?");
835   }
836   
837   AddVirtualPad(cluster); // add virtual pads if necessary
838   
839   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
840   Int_t npadOK = 0;
841   for (Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
842   {
843     //if (cluster.Pad(i)->Status() == 0) ++npadOK;
844     if (cluster.Pad(i)->Status() == fgkZero) ++npadOK;
845   }
846
847   Double_t* coef(0x0);
848   Double_t* probi(0x0);
849   Int_t lc(0); // loop counter
850   
851   //Plot("mlem.start");
852   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
853   Double_t xylim[4] = {pixPtr->X(), -pixPtr->X(), pixPtr->Y(), -pixPtr->Y()};
854
855   while (1) 
856   {
857     ++lc;
858     delete fHistMlem;
859     fHistMlem = 0x0;
860     
861     AliDebug(2,Form("lc %d nPix %d(%d) npadTot %d npadOK %d",lc,nPix,fPixArray->GetLast()+1,npadTot,npadOK));
862     AliDebug(2,Form("EVT%d PixArray=",fEventNumber));
863     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("full"));
864         
865     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
866     probi = new Double_t [nPix];
867
868     // Calculate coefficients and pixel visibilities
869     ComputeCoefficients(cluster,coef,probi);
870
871     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
872     {
873       if (probi[ipix] < 0.01) 
874       {
875         AliMUONPad* pixel = Pixel(ipix);
876         AliDebug(2,Form("Setting the following pixel to invisible as its probi<0.01:"));
877         //StdoutToAliDebug(2,cout << Form(" -- ipix %3d --- "); pixel->Print(););
878         pixel->SetCharge(0); // "invisible" pixel
879       }
880     }
881     
882     // MLEM algorithm
883     Mlem(cluster,coef, probi, 15);
884
885     // Find histogram limits for the 1'st pass only - for others computed below
886     if (lc == 1) {
887       for ( Int_t ipix = 1; ipix < nPix; ++ipix ) 
888         {
889           pixPtr = Pixel(ipix);
890           for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i ) 
891             {
892               Int_t indx = i * 2;
893               if (pixPtr->Coord(i) < xylim[indx]) xylim[indx] = pixPtr->Coord(i); 
894               else if (-pixPtr->Coord(i) < xylim[indx+1]) xylim[indx+1] = -pixPtr->Coord(i); 
895             }
896         }
897     } else pixPtr = Pixel(0);
898
899     for (Int_t i = 0; i < 4; i++) 
900     {
901       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
902     }
903     
904     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
905     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
906
907     //StdoutToAliDebug(2,cout << "pixel used for nx,ny computation : "; pixPtr->Print(););
908     AliDebug(2,Form("lc %d pixPtr size = %e,%e nx,ny=%d,%d xylim=%e,%e,%e,%e",
909                     lc,pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),nx,ny,
910                     xylim[0],-xylim[1],xylim[2],-xylim[3]
911                     ));
912     
913     AliDebug(2,Form("LowestPadCharge=%e",fLowestPadCharge));
914     
915     delete fHistMlem;
916     
917     fHistMlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
918
919     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
920     {
921       AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(ipix);
922       fHistMlem->Fill(pixPtr2->Coord(0),pixPtr2->Coord(1),pixPtr2->Charge());
923     }
924
925     // Check if the total charge of pixels is too low
926     Double_t qTot = 0;
927     for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
928     {
929       qTot += Pixel(i)->Charge();
930     }
931     
932     if ( qTot < 1.e-4 || ( npadOK < 3 && qTot < fLowestClusterCharge ) )
933     {
934       AliDebug(1,Form("Deleting the above cluster (charge %e too low, npadOK=%d)",qTot,npadOK));
935       delete [] coef; 
936       delete [] probi; 
937       fPixArray->Delete(); 
938       for ( Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
939       {
940         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
941         //if ( pad->Status() == 0) pad->SetStatus(-1);
942         if ( pad->Status() == fgkZero) pad->SetStatus(fgkOver);
943       }
944       return kFALSE; 
945     }
946
947     if (iSimple) 
948     {
949       // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
950       Simple(cluster);
951       delete [] coef; 
952       delete [] probi; 
953       fPixArray->Delete(); 
954       return kTRUE;
955     }
956
957     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
958     Double_t xyCOG[2];
959     FindCOG(xyCOG);
960
961     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && 
962         pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
963
964     // Sort pixels according to the charge
965     MaskPeaks(1); // mask local maxima
966     fPixArray->Sort();
967     MaskPeaks(0); // unmask local maxima
968     Double_t pixMin = 0.01*Pixel(0)->Charge();
969     pixMin = TMath::Min(pixMin,100*fLowestPixelCharge);
970
971     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at 
972     // the maximum one
973     Int_t indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
974     Int_t ix(1);
975     Double_t width = 0;
976     Double_t shift[2] = { 0.0, 0.0 };
977     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] = 999;
978     Int_t nPix1 = nPix; 
979     nPix = 0;
980     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix1; ++ipix) 
981     {
982       AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(ipix);
983       if ( nPix >= npadOK  // too many pixels already
984            ||
985            ((pixPtr2->Charge() < pixMin) && (pixPtr2->Status() != fgkMustKeep)) // too low charge
986            ) 
987       { 
988         RemovePixel(ipix);
989         continue;
990       }
991       for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) 
992       {
993         if (!i) 
994         {
995           pixPtr2->SetCharge(fLowestPadCharge);
996           pixPtr2->SetSize(indx, pixPtr2->Size(indx)/2);
997           width = -pixPtr2->Size(indx);
998           pixPtr2->Shift(indx, width);
999           // Shift pixel position
1000           if (ix) 
1001           {
1002             ix = 0;
1003             for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) 
1004             {
1005               shift[j] = pixPtr2->Coord(j) - xyCOG[j];
1006               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr2->Size(j)/2))*pixPtr2->Size(j)*2;
1007             }
1008           } // if (ix)
1009           pixPtr2->Shift(0, -shift[0]);
1010           pixPtr2->Shift(1, -shift[1]);
1011           ++nPix;
1012         } 
1013         else if (nPix < npadOK)
1014         {
1015           pixPtr2 = new AliMUONPad(*pixPtr2);
1016           pixPtr2->Shift(indx, -2*width);
1017           pixPtr2->SetStatus(fgkZero);
1018           fPixArray->Add(pixPtr2);
1019           ++nPix;
1020         } 
1021         else continue; // skip adjustment of histo limits
1022         for (Int_t j = 0; j < 4; ++j) 
1023         {
1024           xylim[j] = TMath::Min (xylim[j], (j%2 ? -1 : 1)*pixPtr2->Coord(j/2));
1025         }
1026       } // for (Int_t i=0; i<2;
1027     } // for (Int_t ipix=0;
1028     
1029     fPixArray->Compress();
1030
1031     AliDebug(2,Form("After shift:"));
1032     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1033     //Plot(Form("mlem.lc%d",lc+1));
1034     
1035     AliDebug(2,Form(" xyCOG=%9.6f %9.6f xylim=%9.6f,%9.6f,%9.6f,%9.6f",
1036                     xyCOG[0],xyCOG[1],
1037                     xylim[0],xylim[1],
1038                     xylim[2],xylim[3]));
1039
1040     if (nPix < npadOK)
1041     {
1042       AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(0);
1043       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area:
1044       // start from Y-direction
1045       Int_t j = 0;
1046       for (Int_t i = 3; i > -1; --i) 
1047       {
1048         if (nPix < npadOK && 
1049             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr2->Size(i/2)) 
1050         {
1051           //AliMUONPad* p = static_cast<AliMUONPad*>(pixPtr->Clone());
1052           AliMUONPad* p = new AliMUONPad(*pixPtr2);
1053           p->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr2->Size(i/2));
1054           xylim[i] = p->Coord(i/2) * (i%2 ? -1 : 1); // update histo limits
1055           j = TMath::Even (i/2);
1056           p->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1057           AliDebug(2,Form("Adding pixel on the edge (i=%d) ",i));
1058           //StdoutToAliDebug(2,cout << " ---- "; 
1059           //               p->Print("corners"););
1060           fPixArray->Add(p);
1061           ++nPix;
1062         }
1063       }
1064     } 
1065     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1066     delete [] coef; 
1067     delete [] probi; 
1068   } // while (1)
1069
1070   AliDebug(2,Form("At the end of while loop nPix=%d : ",fPixArray->GetLast()+1));
1071   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1072
1073   // remove pixels with low signal or low visibility
1074   // Cuts are empirical !!!
1075   Double_t thresh = TMath::Max (fHistMlem->GetMaximum()/100.,2.0*fLowestPixelCharge);
1076   thresh = TMath::Min (thresh,100.0*fLowestPixelCharge);
1077   Double_t charge = 0;
1078
1079   // Mark pixels which should be removed
1080   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1081   {
1082     AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(i);
1083     charge = pixPtr2->Charge();
1084     if (charge < thresh) 
1085     {
1086       pixPtr2->SetCharge(-charge);
1087     }
1088   }
1089
1090   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1091   Int_t near = 0;
1092   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1093   {
1094     AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(i);
1095     charge = pixPtr2->Charge();
1096     if (charge > 0) continue;
1097     near = FindNearest(pixPtr2);
1098     pixPtr2->SetCharge(0);
1099     probi[i] = 0; // make it "invisible"
1100     AliMUONPad* pnear = Pixel(near);
1101     pnear->SetCharge(pnear->Charge() + (-charge));
1102   }
1103   Mlem(cluster,coef,probi,2);
1104   
1105   AliDebug(2,Form("Before splitting nPix=%d EVT %d DE %d",fPixArray->GetLast()+1,fEventNumber,fDetElemId));
1106   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1107   //Plot("mlem.beforesplit");
1108   
1109   // Update histogram
1110   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1111   {
1112     AliMUONPad* pixPtr2 = Pixel(i);
1113     Int_t ix = fHistMlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr2->Coord(0));
1114     Int_t iy = fHistMlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr2->Coord(1));
1115     fHistMlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr2->Charge());
1116   }
1117
1118   // Try to split into clusters
1119   Bool_t ok = kTRUE;
1120   if (fHistMlem->GetSum() < 2.0*fLowestPixelCharge) 
1121   {
1122     ok = kFALSE;
1123   }
1124   else 
1125   {
1126     fSplitter->Split(cluster,fHistMlem,coef,fClusterList);
1127   }
1128   
1129   delete [] coef; 
1130   delete [] probi; 
1131   fPixArray->Delete(); 
1132   
1133   return ok;
1134 }
1135
1136 //_____________________________________________________________________________
1137 void AliMUONClusterFinderMLEM::MaskPeaks(Int_t mask)
1138 {
1139   /// Mask/unmask pixels corresponding to local maxima (add/subtract 10000 to their charge
1140   /// - to avoid loosing low charge pixels after sorting)
1141
1142   for (Int_t i = 0; i < fPixArray->GetEntriesFast(); ++i) {
1143     AliMUONPad* pix = Pixel(i);
1144     if (pix->Status() == fgkMustKeep) {
1145       if (mask == 1) pix->SetCharge(pix->Charge()+10000.);
1146       else pix->SetCharge(pix->Charge()-10000.);
1147     }
1148   }
1149 }
1150
1151 //_____________________________________________________________________________
1152 void AliMUONClusterFinderMLEM::Mlem(AliMUONCluster& cluster, 
1153                                     const Double_t* coef, Double_t* probi, 
1154                                     Int_t nIter)
1155 {
1156   /// Use MLEM to find pixel charges
1157   
1158   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1159
1160   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1161
1162   Double_t* probi1 = new Double_t[nPix];
1163   Double_t probMax = TMath::MaxElement(nPix,probi);
1164   
1165   for (Int_t iter = 0; iter < nIter; ++iter) 
1166   {
1167     // Do iterations
1168     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
1169     {
1170       Pixel(ipix)->SetChargeBackup(0);
1171       // Correct each pixel
1172       probi1[ipix] = 0;
1173       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1174       Double_t sum = 0;
1175       probi1[ipix] = probMax;
1176       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1177       {
1178         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1179         //if (pad->Status() < 0) continue; 
1180         if (pad->Status() != fgkZero) continue; 
1181         Double_t sum1 = 0;
1182         Int_t indx1 = j*nPix;
1183         Int_t indx = indx1 + ipix;
1184         // Calculate expectation
1185         for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1186         {
1187           sum1 += Pixel(i)->Charge()*coef[indx1+i];
1188           //cout << i << " " << Pixel(i)->Charge() << " " << coef[indx1+i] << endl;
1189         } 
1190         if ( pad->IsSaturated() && sum1 > pad->Charge() ) 
1191         { 
1192           // correct for pad charge overflows
1193           probi1[ipix] -= coef[indx]; 
1194           continue; 
1195           //sum1 = pad->Charge();
1196         } 
1197
1198         if (sum1 > 1.e-6) sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
1199       } // for (Int_t j=0;
1200       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
1201       if (probi1[ipix] > 1.e-6) 
1202       {
1203         //AZ pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1204         pixPtr->SetChargeBackup(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1205       }
1206       //cout << " xxx " << ipix << " " << pixPtr->Charge() << " " << pixPtr->ChargeBackup() << " " << sum << " " << probi1[ipix] << endl;
1207     } // for (Int_t ipix=0;
1208     Double_t qTot = 0;
1209     for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1210       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1211       pixPtr->RevertCharge();
1212       qTot += pixPtr->Charge();
1213     }
1214     if (qTot < 1.e-6) {
1215       // Can happen in clusters with large number of overflows - speeding up 
1216       delete [] probi1;
1217       return;
1218     }
1219   } // for (Int_t iter=0;
1220   delete [] probi1;
1221 }
1222
1223 //_____________________________________________________________________________
1224 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCOG(Double_t *xyc)
1225 {
1226   /// Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1227
1228   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1229   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1230   fHistMlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1231   Int_t nx = fHistMlem->GetNbinsX();
1232   Int_t ny = fHistMlem->GetNbinsY();
1233   Double_t thresh = fHistMlem->GetMaximum()/10;
1234   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1235   
1236   Int_t ie = TMath::Min(ny,iymax+1), je = TMath::Min(nx,ixmax+1);
1237   for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1238     y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1239     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1240       cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1241       if (cont < thresh) continue;
1242       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1243       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1244       x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1245       xq += x*cont;
1246       yq += y*cont;
1247       qq += cont;
1248       nsum++;
1249     }
1250   }
1251   
1252   Double_t cmax = 0;
1253   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1254   x = y = 0;
1255   if (nsumy == 1) {
1256     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1257     for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1258       if (i == iymax) continue;
1259       for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1260         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1261         if (cont > cmax) {
1262           cmax = cont;
1263           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1264           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1265           i2 = i;
1266           j2 = j;
1267         }
1268       }
1269     }
1270     xq += x*cmax;
1271     yq += y*cmax;
1272     qq += cmax;
1273     if (i2 != i1) nsumy++;
1274     if (j2 != j1) nsumx++;
1275     nsum++;
1276   } // if (nsumy == 1)
1277   
1278   if (nsumx == 1) {
1279     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1280     cmax = x = y = 0;
1281     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1282       if (j == ixmax) continue;
1283       for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1284         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1285         if (cont > cmax) {
1286           cmax = cont;
1287           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1288           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1289           i2 = i;
1290           j2 = j;
1291         }
1292       }
1293     }
1294     xq += x*cmax;
1295     yq += y*cmax;
1296     qq += cmax;
1297     if (i2 != i1) nsumy++;
1298     if (j2 != j1) nsumx++;
1299     nsum++;
1300   } // if (nsumx == 1)
1301   
1302   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1303   AliDebug(2,Form("x,y COG = %e,%e",xyc[0],xyc[1]));
1304 }
1305
1306 //_____________________________________________________________________________
1307 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindNearest(const AliMUONPad *pixPtr0)
1308 {
1309 /// Find the pixel nearest to the given one
1310 /// (algorithm may be not very efficient)
1311
1312   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1313   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1314   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1315   AliMUONPad *pixPtr;
1316
1317   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1318     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1319     if (pixPtr == pixPtr0 || pixPtr->Charge() < fLowestPixelCharge) continue;
1320     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1321     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1322     r = dx *dx + dy * dy;
1323     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1324   }
1325   return imin;
1326 }
1327
1328 //_____________________________________________________________________________
1329 void
1330 AliMUONClusterFinderMLEM::Paint(Option_t*)
1331 {
1332   /// Paint cluster and pixels
1333   
1334   AliMpArea area(fPreCluster->Area());
1335   
1336   gPad->Range(area.LeftBorder(),area.DownBorder(),area.RightBorder(),area.UpBorder());
1337
1338   gVirtualX->SetFillStyle(1001);
1339   gVirtualX->SetFillColor(3);    
1340   gVirtualX->SetLineColor(3);
1341   
1342   Double_t s(1.0);
1343   
1344   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1345   {
1346     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1347
1348     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0)*s,
1349                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1)*s,
1350                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0)*s,
1351                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1)*s);
1352
1353 //    for ( Int_t sign = -1; sign < 2; sign +=2 )
1354 //    {
1355 //      gPad->PaintLine(pixel->Coord(0) - pixel->Size(0),
1356 //                      pixel->Coord(1) + sign*pixel->Size(1),
1357 //                      pixel->Coord(0) + pixel->Size(0),
1358 //                      pixel->Coord(1) - sign*pixel->Size(1)
1359 //                    );
1360 //    }
1361   }      
1362
1363
1364   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1365   
1366   fPreCluster->Paint();
1367
1368   gVirtualX->SetLineColor(1);
1369   gVirtualX->SetLineWidth(2);
1370   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1371   gVirtualX->SetTextColor(1);
1372   gVirtualX->SetTextAlign(22);
1373   
1374   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1375   {
1376     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1377     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0),
1378                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1),
1379                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0),
1380                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1));    
1381     gVirtualX->SetTextSize(pixel->Size(0)*60);
1382
1383     gPad->PaintText(pixel->Coord(0),pixel->Coord(1),Form("%d",(Int_t)(pixel->Charge())));
1384   }  
1385 }
1386
1387 //_____________________________________________________________________________
1388 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
1389 {
1390 /// Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
1391 /// try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
1392 /// or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved  
1393
1394   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
1395
1396   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
1397
1398   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
1399   
1400   if ( nPix <= 0 ) return 0;
1401   
1402   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1403   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1404     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1405     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) 
1406          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1407   }
1408   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
1409
1410   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
1411   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
1412   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1413   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1414   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1415     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1416     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
1417   }
1418 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
1419
1420   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
1421   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
1422   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0; 
1423
1424   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1425     indx = (i-1) * nx;
1426     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1427       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < fLowestPixelCharge) continue;
1428       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
1429       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
1430       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
1431     }
1432   }
1433
1434   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1435     indx = (i-1) * nx;
1436     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1437       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) { 
1438         localMax[nMax] = indx + j - 1; 
1439         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
1440         ((AliMUONPad*)fSplitter->BinToPix(fHistAnode, j, i))->SetStatus(fgkMustKeep);
1441         if (nMax > 99) break;
1442       }
1443     }
1444     if (nMax > 99) {
1445       AliError(" Too many local maxima !!!");
1446       break;
1447     }
1448   }
1449   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
1450   delete [] isLocalMax; 
1451   return nMax;
1452 }
1453
1454 //_____________________________________________________________________________
1455 void AliMUONClusterFinderMLEM::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
1456 {
1457 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
1458
1459   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1460   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1461   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
1462   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
1463
1464   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
1465   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
1466     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
1467     indx1 = (i1 - 1) * nx;
1468     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
1469       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
1470       if (i == i1 && j == j1) continue;
1471       indx2 = indx1 + j1 - 1;
1472       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
1473       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1474       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
1475       else { // the same charge
1476         isLocalMax[indx] = 1; 
1477         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
1478           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
1479           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1480           else isLocalMax[indx2] = -1;
1481         }
1482       } 
1483     }
1484   }
1485   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
1486 }
1487
1488 //_____________________________________________________________________________
1489 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCluster(AliMUONCluster& cluster, 
1490                                            const Int_t *localMax, Int_t iMax)
1491 {
1492 /// Find pixel cluster around local maximum \a iMax and pick up pads
1493 /// overlapping with it
1494
1495   /* Just for check
1496   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
1497   c->cd();
1498   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1499   c->Update();
1500   Int_t tmp;
1501   cin >> tmp;
1502   */
1503   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1504   Int_t ny = fHistAnode->GetNbinsY();
1505   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1506   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1507   Int_t nxy = ny * nx;
1508   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
1509   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) used[i] = kFALSE; 
1510
1511   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1512   fPixArray->Delete();
1513
1514   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2; 
1515   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;  
1516   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1517   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1518   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1519   fPixArray->Add(new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont));
1520   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
1521   AddBinSimple(fHistAnode, ic, jc);
1522   //fSplitter->AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
1523
1524   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1525   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1526   
1527   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1528   {
1529     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1530     pixPtr->SetSize(0,wx);
1531     pixPtr->SetSize(1,wy);
1532   }
1533
1534   // Pick up pads which overlap with found pixels
1535   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
1536   {
1537     //cluster.Pad(i)->SetStatus(-1);
1538     cluster.Pad(i)->SetStatus(fgkOver); // just the dirty trick
1539   }
1540   
1541   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1542   {
1543     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1544     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1545     {
1546       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1547       //if (pad->Status() == 0) continue;
1548       if (pad->Status() == fgkZero) continue;
1549       if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1550       {
1551         //pad->SetStatus(0);
1552         pad->SetStatus(fgkZero);
1553         if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1554       }
1555     }
1556   }
1557
1558   delete [] used;
1559 }
1560
1561 //_____________________________________________________________________________
1562 void 
1563 AliMUONClusterFinderMLEM::AddBinSimple(TH2D *hist, Int_t ic, Int_t jc)
1564 {
1565   /// Add adjacent bins (+-1 in X and Y) to the cluster
1566   
1567   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1568   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1569   Double_t cont1, cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
1570   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1571   
1572   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
1573   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
1574     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
1575       cont1 = hist->GetCellContent(j,i);
1576       if (cont1 > cont) continue;
1577       if (cont1 < fLowestPixelCharge) continue;
1578       pixPtr = new AliMUONPad (hist->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
1579                                hist->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1580       fPixArray->Add(pixPtr);
1581     }
1582   }
1583 }
1584
1585 //_____________________________________________________________________________
1586 AliMUONClusterFinderMLEM&  
1587 AliMUONClusterFinderMLEM::operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs)
1588 {
1589 /// Protected assignement operator
1590
1591   if (this == &rhs) return *this;
1592
1593   AliFatal("Not implemented.");
1594     
1595   return *this;  
1596 }    
1597
1598 //_____________________________________________________________________________
1599 void AliMUONClusterFinderMLEM::AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster)
1600 {
1601   /// Add virtual pad (with small charge) to improve fit for clusters
1602   /// with number of pads == 2 per direction
1603   
1604   // Find out non-bending and bending planes
1605   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // non-bending and bending cathodes
1606
1607   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, 0, kTRUE);
1608   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, 0, kTRUE);
1609   if (dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1610     nonb[0] = 0;
1611     nonb[1] = 1;
1612   } 
1613
1614   Bool_t same = kFALSE;
1615   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) same = kTRUE; // the same pad size on both planes 
1616
1617   Long_t cn;
1618   Bool_t check[2] = {kFALSE, kFALSE};
1619   Int_t nxy[2];
1620   nxy[0] = nxy[1] = 0;
1621   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1622     cn = cluster.NofPads(nonb[inb], 0, kTRUE);
1623     if (inb == 0 && AliMp::PairFirst(cn) == 2) check[inb] = kTRUE; // check non-bending plane
1624     else if (inb == 1 && AliMp::PairSecond(cn) == 2) check[inb] = kTRUE; // check bending plane
1625     if (same) {
1626       nxy[0] = TMath::Max (nxy[0], AliMp::PairFirst(cn));
1627       nxy[1] = TMath::Max (nxy[1], AliMp::PairSecond(cn));
1628       if (inb == 0 && nxy[0] < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1629       else if (inb == 1 && AliMp::PairSecond(cn) < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1630     }
1631   }
1632   if (same) {
1633     if (nxy[0] > 2) check[0] = kFALSE;
1634     if (nxy[1] > 2) check[1] = kFALSE;
1635   }
1636   if (!check[0] && !check[1]) return;
1637
1638   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1639     if (!check[inb]) continue;
1640
1641     // Find pads with maximum and next to maximum charges 
1642     Int_t maxPads[2] = {-1, -1};
1643     Double_t amax[2] = {0};
1644     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1645     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1646       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1647       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1648       for (Int_t j2 = 0; j2 < 2; ++j2) {
1649         if (pad->Charge() > amax[j2]) {
1650           if (j2 == 0) { amax[1] = amax[0]; maxPads[1] = maxPads[0]; }
1651           amax[j2] = pad->Charge();
1652           maxPads[j2] = j;
1653           break;
1654         }
1655       }
1656     }
1657
1658     // Find min and max dimensions of the cluster
1659     Double_t limits[2] = {9999, -9999};
1660     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1661       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1662       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1663       if (pad->Coord(inb) < limits[0]) limits[0] = pad->Coord(inb);
1664       if (pad->Coord(inb) > limits[1]) limits[1] = pad->Coord(inb);
1665     }
1666
1667     // Loop over max and next to max pads
1668     Bool_t add = kFALSE;
1669     Int_t idirAdd = 0;
1670     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
1671       if (j == 1) {
1672         if (maxPads[j] < 0) continue;
1673         if (!add) break; 
1674         if (amax[1] / amax[0] < 0.5) break;
1675       }
1676       // Check if pad at the cluster limit
1677       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(maxPads[j]);
1678       Int_t idir = 0;
1679       if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[0]) < fgkDistancePrecision) idir = -1;
1680       else if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[1]) < fgkDistancePrecision) idir = 1;
1681       else {
1682         //cout << " *** Pad not at the cluster limit: " << j << endl;
1683         break;
1684       }
1685       if (j == 1 && idir == idirAdd) break; // this pad has been already added
1686
1687       // Add pad (if it exists)
1688       TVector2 pos;
1689       if (inb == 0) pos.Set (pad->X() + idir * (pad->DX()+fgkDistancePrecision), pad->Y());
1690       else pos.Set (pad->X(), pad->Y() + idir * (pad->DY()+fgkDistancePrecision));
1691       //AliMpPad mppad = fkSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kTRUE);
1692       AliMpPad mppad = fkSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos.X(), pos.Y(),kFALSE);
1693       if (!mppad.IsValid()) continue; // non-existing pad
1694       AliMUONPad muonPad(fDetElemId, nonb[inb], mppad.GetIx(), mppad.GetIy(), 
1695                          mppad.GetPositionX(), mppad.GetPositionY(), 
1696                          mppad.GetDimensionX(), mppad.GetDimensionY(), 0);
1697       if (inb == 0) muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/100, fLowestPadCharge));
1698       //else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fgkZeroSuppression));
1699       else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fLowestPadCharge));
1700       if (muonPad.Charge() < 2.0*fLowestPixelCharge) muonPad.SetCharge(2.0*fLowestPixelCharge);
1701       muonPad.SetReal(kFALSE);
1702       if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in %d direction ***** %f %f %f %3d %3d %f %f \n",
1703                          inb, muonPad.Charge(), muonPad.X(), muonPad.Y(), muonPad.Ix(), 
1704                          muonPad.Iy(), muonPad.DX(), muonPad.DY());
1705       cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
1706       add = kTRUE;
1707       idirAdd = idir;
1708     }
1709   }
1710 }
1711
1712 //_____________________________________________________________________________
1713 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1714                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1715 {
1716   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1717   /// overflows)
1718
1719   //Int_t statusToTest = 1;
1720   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1721   
1722   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1723   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1724        
1725   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1726
1727   Long_t cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1728   
1729   nInX = AliMp::PairFirst(cn);
1730   nInY = AliMp::PairSecond(cn);
1731 }
1732
1733 //_____________________________________________________________________________
1734 void AliMUONClusterFinderMLEM::RemovePixel(Int_t i)
1735 {
1736   /// Remove pixel at index i
1737   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1738   fPixArray->RemoveAt(i); 
1739   delete pixPtr;
1740 }
1741
1742 //_____________________________________________________________________________
1743 void AliMUONClusterFinderMLEM::Simple(AliMUONCluster& cluster)
1744 {
1745 /// Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
1746
1747   Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
1748   Double_t parOk[3] = {0.}; 
1749   TObjArray *clusters[1]; 
1750   clusters[0] = fPixArray;
1751
1752   AliDebug(1,Form("nPix=%d",fPixArray->GetLast()+1));
1753
1754   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1755   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i) 
1756   {
1757     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
1758     /*
1759     if ( pad->IsSaturated()) 
1760     {
1761       pad->SetStatus(-9);
1762     }
1763     else 
1764     {
1765       pad->SetStatus(1);
1766     }
1767     */
1768     if (!pad->IsSaturated()) pad->SetStatus(fgkUseForFit);
1769   }
1770   nfit = fSplitter->Fit(cluster,1, nForFit, clustFit, clusters, parOk, fClusterList, fHistMlem);
1771 }
1772
1773 //_____________________________________________________________________________
1774 AliMUONPad* 
1775 AliMUONClusterFinderMLEM::Pixel(Int_t i) const
1776 {
1777   /// Returns pixel at index i
1778   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1779 }
1780
1781 //_____________________________________________________________________________
1782 void 
1783 AliMUONClusterFinderMLEM::Print(Option_t* what) const
1784 {
1785   /// printout
1786   TString swhat(what);
1787   swhat.ToLower();
1788   if ( swhat.Contains("precluster") )
1789   {
1790     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1791   }
1792 }
1793
1794 //_____________________________________________________________________________
1795 void 
1796 AliMUONClusterFinderMLEM::SetChargeHints(Double_t lowestPadCharge, Double_t lowestClusterCharge)
1797 {
1798   /// Set some thresholds we use later on in the algorithm
1799   fLowestPadCharge=lowestPadCharge;
1800   fLowestClusterCharge=lowestClusterCharge;
1801   fLowestPixelCharge=fLowestPadCharge/12.0; 
1802 }
1803
1804