Changed interface to allow combined tracking (Laurent)
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterFinderMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterFinderMLEM
20 /// 
21 /// Clusterizer class based on the Expectation-Maximization algorithm
22 ///
23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
24 /// From a precluster a pixel array is built, and from this pixel array
25 /// a list of clusters is output (using AliMUONClusterSplitterMLEM).
26 ///
27 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
28 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
29 //-----------------------------------------------------------------------------
30
31 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
32 #include "AliLog.h"
33 #include "AliMUONCluster.h"
34 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
35 #include "AliMUONVDigit.h"
36 #include "AliMUONPad.h"
37 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
38 #include "AliMpPad.h"
39 #include "AliMpVPadIterator.h"
40 #include "AliMpVSegmentation.h"
41 #include "AliRunLoader.h"
42 #include "AliMUONVDigitStore.h"
43 #include <Riostream.h>
44 #include <TH2.h>
45 #include <TMinuit.h>
46 #include <TCanvas.h>
47 #include <TMath.h>
48 #include <TROOT.h>
49 #include "AliCodeTimer.h"
50
51 /// \cond CLASSIMP
52 ClassImp(AliMUONClusterFinderMLEM)
53 /// \endcond
54  
55 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
56 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
57 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
58 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
59 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
60
61  TMinuit* AliMUONClusterFinderMLEM::fgMinuit = 0x0;
62 // Status flags for pads
63 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
64 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
65 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
66 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
67 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge 
68 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad  
69
70 //_____________________________________________________________________________
71 AliMUONClusterFinderMLEM::AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
72   : AliMUONVClusterFinder(),
73 fPreClusterFinder(clusterFinder),
74 fPreCluster(0x0),
75 fClusterList(),
76 fEventNumber(0),
77 fDetElemId(-1),
78 fClusterNumber(0),
79 fCathBeg(0),
80 fPixArray(new TObjArray(20)),
81 fDebug(0),
82 fPlot(plot),
83 fSplitter(0x0),
84 fNClusters(0),
85 fNAddVirtualPads(0)
86 {
87   /// Constructor
88  
89   fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0; 
90
91   fPadBeg[0] = fPadBeg[1] = fCathBeg;
92
93   if (!fgMinuit) fgMinuit = new TMinuit(8);
94
95   if (fPlot) fDebug = 1;
96 }
97
98 //_____________________________________________________________________________
99 AliMUONClusterFinderMLEM::~AliMUONClusterFinderMLEM()
100 {
101 /// Destructor
102   delete fgMinuit; fgMinuit = 0; delete fPixArray; fPixArray = 0;
103 //  delete fDraw;
104   delete fPreClusterFinder;
105   delete fSplitter;
106   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
107                fNClusters,fNAddVirtualPads));
108 }
109
110 //_____________________________________________________________________________
111 Bool_t 
112 AliMUONClusterFinderMLEM::Prepare(Int_t detElemId,
113                                   TClonesArray* pads[2],
114                                   const AliMpArea& area,
115                                   const AliMpVSegmentation* seg[2])
116 {
117   /// Prepare for clustering
118 //  AliCodeTimerAuto("")
119   
120   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
121   {
122     fSegmentation[i] = seg[i];
123   }
124   
125   // Find out the DetElemId
126   fDetElemId = detElemId;
127   
128   delete fSplitter;
129   fSplitter = new AliMUONClusterSplitterMLEM(fDetElemId,fPixArray);
130   fSplitter->SetDebug(fDebug);
131     
132   // find out current event number, and reset the cluster number
133   fEventNumber = AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber();
134   fClusterNumber = -1;
135   fClusterList.Delete();
136   
137   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
138   
139   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
140   {
141     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
142   }
143   else
144   {
145     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
146   }
147 }
148
149 //_____________________________________________________________________________
150 AliMUONCluster* 
151 AliMUONClusterFinderMLEM::NextCluster()
152 {
153   /// Return next cluster
154 //  AliCodeTimerAuto("")
155   
156   // if the list of clusters is not void, pick one from there
157   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
158   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
159   
160   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
161   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
162   //digits, so it can reuse them
163   
164   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
165   // pre-cluster and treat it
166
167   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
168   
169   if (!fPreCluster)
170   {
171     // we are done
172     return 0x0;
173   }
174     
175   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
176   fClusterNumber = -1; //AZ
177   
178   WorkOnPreCluster();
179
180   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
181   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
182   
183   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
184   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
185   {
186     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
187     if ( !pad->IsUsed() )
188     {
189       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
190     }
191   }
192   
193   return NextCluster();
194 }
195
196 //_____________________________________________________________________________
197 Bool_t
198 AliMUONClusterFinderMLEM::WorkOnPreCluster()
199 {
200   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
201   /// extract clusters from this array
202   
203   //  AliCodeTimerAuto("")      
204
205   if (fDebug) {
206     cout << " *** Event # " << AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber() 
207          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
208     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
209       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
210       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
211              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
212              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
213     }
214   }
215
216   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
217   if (!cluster) return kFALSE;
218
219   BuildPixArray(*cluster);
220   
221   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
222   {
223     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
224     delete cluster;
225     return kFALSE;
226   }
227   
228   // Use MLEM for cluster finder
229   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
230   Double_t maxVal[100];
231   
232   Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
233   
234   PadsInXandY(*cluster,nInX, nInY);
235   
236   if (nInX < 4 && nInY < 4) 
237   {
238     iSimple = 1; // simple cluster
239   }
240   else 
241   {
242     nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // for small clusters just to tag pixels
243     if (nMax > 1) {
244       if (cluster->Multiplicity() <= 50) nMax = 1; // for small clusters 
245       if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
246     }
247   }
248   
249   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) 
250   {
251     if (nMax > 1) 
252     {
253       FindCluster(*cluster,localMax, maxPos[i]);
254     }
255
256     MainLoop(*cluster,iSimple);
257
258     if (i < nMax-1) 
259     {
260       Int_t mult = cluster->Multiplicity();
261       for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
262       {
263         AliMUONPad* pad = cluster->Pad(j);
264         //if ( pad->Status() == 0 ) continue; // pad charge was not modified
265         if ( pad->Status() != fgkOver ) continue; // pad was not used
266         //pad->SetStatus(0);
267         pad->SetStatus(fgkZero);
268         pad->RevertCharge(); // use backup charge value
269       }
270     }
271   } // for (Int_t i=0; i<nMax;
272   //if (nMax > 1) ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"))->Delete();
273   delete ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"));
274   //TH2D *mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
275   //if (mlem) mlem->Delete();
276   delete cluster;
277   return kTRUE;
278 }
279
280 //_____________________________________________________________________________
281 Bool_t 
282 AliMUONClusterFinderMLEM::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
283 {
284   /// Check if the pad and the pixel overlaps
285
286   // make a fake pad from the pixel
287   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
288                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
289                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
290   
291   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
292 }
293
294 //_____________________________________________________________________________
295 AliMUONCluster* 
296 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
297 {
298   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
299   /// two-cathode preclusters)
300     
301   AliCodeTimerAuto("")
302
303   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
304   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
305       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 10) 
306   { 
307     return 0x0;
308   }
309
310   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
311
312   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
313   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
314
315   AliMUONCluster* rv(0x0);
316   
317   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
318   { 
319     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
320   }
321   else
322   {
323     rv = cluster;
324   }
325   return rv;
326 }
327
328 //_____________________________________________________________________________
329 AliMUONCluster*
330 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
331 {
332   /// Check two-cathode cluster
333   
334   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
335   Int_t* flags = new Int_t[npad];
336   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
337   
338   // Check pad overlaps
339   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
340   {
341     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
342     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
343     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j) 
344     {
345       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
346       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
347       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
348       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
349     } 
350   } 
351   
352   // Check if all pads overlap
353   Int_t nFlags=0;
354   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
355   {
356     if (!flags[i]) ++nFlags;
357   }
358   
359   if (nFlags > 0) 
360   {
361     // not all pads overlap.
362     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
363     TObjArray toBeRemoved;
364     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
365     {
366       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
367       if (flags[i]) continue;
368       Int_t cath = pad->Cathode();
369       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
370       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
371       AliMpPad mpPad = fSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position(),kFALSE);
372       if (!mpPad.IsValid()) continue;
373       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
374       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 20) continue;
375       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
376                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
377       toBeRemoved.AddLast(pad);
378       fPreCluster->Pad(i)->Release();
379     }
380     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
381     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
382     {
383       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
384     }
385   } 
386   
387   // Check correlations of cathode charges
388   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
389   {
390     // big difference
391     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
392     Int_t imin(-1);
393     Int_t imax(-1);
394     Double_t cmax(0);
395     Double_t cmin(1E9);
396     
397     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the 
398     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
399     //
400     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
401     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
402     {
403       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
404       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
405       {
406         // only consider pads in the opposite cathode, and
407         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
408         continue;
409       }
410       if ( pad->Charge() < cmin )
411       {
412         cmin = pad->Charge();
413         imin = i;
414         if (imax < 0) {
415           imax = imin;
416           cmax = cmin;
417         }
418       }
419       else if ( pad->Charge() > cmax )
420       {
421         cmax = pad->Charge();
422         imax = i;
423       }      
424     }
425     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
426                     imin,imax,cmin,cmax));
427     //
428     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
429     // to the pad size
430     Double_t* dist = new Double_t[mult];
431     Double_t dxMin(1E9);
432     Double_t dyMin(1E9);
433     Double_t dmin(0);
434     
435     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
436     
437     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
438     {
439       dist[i] = 0.0;
440       if ( i == imax) continue;
441       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
442       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
443       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
444       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
445       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
446       if ( i == imin )
447       {
448         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
449         dxMin = dx;
450         dyMin = dy;
451       }      
452     }
453     
454     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
455     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
456     TObjArray toBeRemoved;
457     
458     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
459     {
460       Int_t indx = flags[i];
461       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
462       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
463       if ( dist[indx] > dmin )
464       {
465         // farther than the minimum pad
466         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
467         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
468         dx *= dxMin;
469         dy *= dyMin;
470         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
471         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
472         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;        
473       }
474       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
475       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
476       {
477         // release pad
478         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3) 
479         {
480           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
481         }
482         else
483         {
484           cmax = pad->Charge();
485         }
486         xmax = dist[indx];
487         distPrev = dist[indx];
488         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
489                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
490                         pad->Charge()));
491   
492         toBeRemoved.AddLast(pad);
493         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
494       }
495     }
496     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
497     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
498     {
499       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
500     }    
501     delete[] dist;
502   }
503   
504   delete[] flags;
505   
506   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
507   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
508
509   return cluster;    
510 }
511
512 //_____________________________________________________________________________
513 void
514 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckOverlaps()
515 {
516   /// For debug only : check if some pixels overlap...
517   
518   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
519   Int_t dummy(0);
520   
521   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
522   {
523     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
524     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
525                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
526                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
527     
528     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
529     {
530       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
531       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
532                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
533                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);  
534       AliMpArea area;
535       
536       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
537       {
538         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
539         /*
540         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
541                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
542                         pixelJ->Print();
543                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
544                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
545                         cout << "-------" << endl;
546                         );
547         */        
548       }
549     }    
550   }
551 }
552
553 //_____________________________________________________________________________
554 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
555 {
556   /// Build pixel array for MLEM method
557   
558   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
559   if (npad<=0) 
560   {
561     AliWarning("Got no pad at all ?!");
562   }
563   
564   fPixArray->Delete();
565   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
566   
567   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
568   
569 //  AliDebug(2,Form("nPix after BuildPixArray=%d",nPix));
570   
571   if ( nPix > npad ) 
572   {
573 //    AliDebug(2,Form("Will trim number of pixels to number of pads"));
574     
575     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
576     fPixArray->Sort();
577     for ( Int_t i = npad; i < nPix; ++i ) 
578     {
579       RemovePixel(i);
580     }
581     fPixArray->Compress();
582   } // if (nPix > npad)
583
584 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
585 //                   fPixArray->Print(););
586   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
587 }
588
589 //_____________________________________________________________________________
590 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
591 {
592   /// Build the pixel array
593
594 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
595
596   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
597   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
598   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
599
600   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
601     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
602     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
603       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) { 
604         xy0[j] = pad->Coord(j);
605         found[j] = 1;
606       }
607     }
608     if (found[0] && found[1]) break;
609   }
610
611   Double_t min[2], max[2];
612   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
613   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
614   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
615
616   TVector2 leftDown = cluster.Area(cath0).LeftDownCorner();
617   TVector2 rightUp = cluster.Area(cath0).RightUpCorner();
618   min[0] = leftDown.X();
619   min[1] = leftDown.Y();
620   max[0] = rightUp.X();
621   max[1] = rightUp.Y();
622   if (cath1 != cath0) {
623     leftDown = cluster.Area(cath1).LeftDownCorner();
624     rightUp = cluster.Area(cath1).RightUpCorner();
625     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDown.X());
626     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDown.Y());
627     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUp.X());
628     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUp.Y());
629   }
630
631   // Adjust limits
632   //width[0] /= 2; width[1] /= 2; // just for check
633   Int_t nbins[2];
634   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
635     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
636     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
637     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist)) 
638                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
639     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
640     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
641     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
642     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
643   }
644
645   // Book histogram
646   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
647   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
648   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
649   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
650
651   // Fill histogram
652   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
653     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
654     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
655     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
656     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad);
657   }
658
659   // Store pixels
660   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
661     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
662     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
663       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
664       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) && 
665       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
666       if (cath0 != cath1) {
667         // Two-sided cluster
668         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
669         if (cont < 999.) continue;
670         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
671       }
672       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
673       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
674       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
675       fPixArray->Add(pixPtr);
676     }  
677   }
678   //*
679   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
680     // Split pixel into 2
681     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
682     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
683     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
684     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
685     fPixArray->Add(pixPtr);
686   }
687   //*/
688   //fPixArray->Print();
689   delete hist1;
690   delete hist2;
691 }
692
693 //_____________________________________________________________________________
694 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad)
695 {
696   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
697
698   TH2D *hist1 = static_cast<TH2D*> (gROOT->FindObject("Grid"));
699   TH2D *hist2 = static_cast<TH2D*> (gROOT->FindObject("Entries"));
700   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
701   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
702   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
703
704   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
705
706   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
707     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
708     if (ixy > nbins) break;
709     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
710     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
711     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad); // span in the other direction
712     else {
713       // Fill histogram
714       Double_t cont = pad->Charge();
715       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
716         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
717       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
718       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
719       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
720     }
721   }
722
723   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
724     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
725     if (ixy < 1) break;
726     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
727     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
728     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad); // span in the other direction
729     else {
730       // Fill histogram
731       Double_t cont = pad->Charge();
732       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1) 
733         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
734       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
735       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
736       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
737     }
738   }
739 }
740
741 //_____________________________________________________________________________
742 void
743 AliMUONClusterFinderMLEM::Plot(const char* basename)
744 {
745   /// Make a plot and save it as png
746   
747   return; //AZ
748   if (!fPlot) return;
749   
750   TCanvas* c = new TCanvas("MLEM","MLEM",800,600);
751   c->Draw();
752   Draw();
753   c->Modified();
754   c->Update();
755   c->Print(Form("%s.EVT%d.DE%d.CLU%d.png",basename,fEventNumber,
756                 fDetElemId,fClusterNumber));
757 }
758
759 //_____________________________________________________________________________
760 void
761 AliMUONClusterFinderMLEM::ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster,
762                                               Double_t* coef,
763                                               Double_t* probi)
764 {
765   /// Compute coefficients needed for MLEM algorithm
766   
767   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
768   
769   //memset(probi,0,nPix*sizeof(Double_t));
770   for (Int_t j = 0; j < nPix; ++j) probi[j] = 0.;
771
772   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
773   for ( Int_t j = 0; j < mult; ++j ) 
774   {
775     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
776     Int_t indx = j*nPix;
777   
778     for ( Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix ) 
779     {
780       Int_t indx1 = indx + ipix;
781       //if (pad->Status() < 0) 
782       if (pad->Status() != fgkZero) 
783       {   
784         coef[indx1] = 0; 
785         continue; 
786       }
787       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
788       // coef is the charge (given by Mathieson integral) on pad, assuming
789       // the Mathieson is center at pixel.
790       coef[indx1] = fSplitter->ChargeIntegration(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), *pad);  
791 //      AliDebug(2,Form("pad=(%d,%d,%e,%e,%e,%e) pix=(%e,%e,%e,%e) coef %e",
792 //                      pad->Ix(),pad->Iy(),
793 //                      pad->X(),pad->Y(),
794 //                      pad->DX(),pad->DY(),
795 //                      pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1), 
796 //                      pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),
797 //                      coef[indx1]));
798       
799       probi[ipix] += coef[indx1];
800     } 
801   } 
802 }
803
804 //_____________________________________________________________________________
805 Bool_t AliMUONClusterFinderMLEM::MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple)
806 {
807   /// Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
808   
809   //  AliCodeTimerAuto("")
810   
811   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
812
813   AliDebug(2,Form("nPix=%d iSimple=%d, precluster=",nPix,iSimple));
814   //StdoutToAliDebug(2,cluster.Print("full"););
815
816   if ( nPix < 0 )
817   {
818     AliDebug(1,"No pixels, why am I here then ?");
819   }
820   
821   AddVirtualPad(cluster); // add virtual pads if necessary
822   
823   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
824   Int_t npadOK = 0;
825   for (Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
826   {
827     //if (cluster.Pad(i)->Status() == 0) ++npadOK;
828     if (cluster.Pad(i)->Status() == fgkZero) ++npadOK;
829   }
830
831   TH2D* mlem(0x0);
832   Double_t* coef(0x0);
833   Double_t* probi(0x0);
834   Int_t lc(0); // loop counter
835   
836   //Plot("mlem.start");
837   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
838   Double_t xylim[4] = {pixPtr->X(), -pixPtr->X(), pixPtr->Y(), -pixPtr->Y()};
839
840   while (1) 
841   {
842     ++lc;
843     mlem = (TH2D*) gROOT->FindObject("mlem");
844     delete mlem;
845     
846     AliDebug(2,Form("lc %d nPix %d(%d) npadTot %d npadOK %d",lc,nPix,fPixArray->GetLast()+1,npadTot,npadOK));
847     AliDebug(2,Form("EVT%d PixArray=",fEventNumber));
848     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"));
849         
850     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
851     probi = new Double_t [nPix];
852
853     // Calculate coefficients and pixel visibilities
854     ComputeCoefficients(cluster,coef,probi);
855
856     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
857     {
858       if (probi[ipix] < 0.01) 
859       {
860         AliMUONPad* pixel = Pixel(ipix);
861         AliDebug(2,Form("Setting the following pixel to invisible as its probi<0.01:"));
862         //StdoutToAliDebug(2,cout << Form(" -- ipix %3d --- "); pixel->Print(););
863         pixel->SetCharge(0); // "invisible" pixel
864       }
865     }
866     
867     // MLEM algorithm
868     Mlem(cluster,coef, probi, 15);
869
870     // Find histogram limits for the 1'st pass only - for others computed below
871     if (lc == 1) {
872       for ( Int_t ipix = 1; ipix < nPix; ++ipix ) 
873         {
874           pixPtr = Pixel(ipix);
875           for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i ) 
876             {
877               Int_t indx = i * 2;
878               if (pixPtr->Coord(i) < xylim[indx]) xylim[indx] = pixPtr->Coord(i); 
879               else if (-pixPtr->Coord(i) < xylim[indx+1]) xylim[indx+1] = -pixPtr->Coord(i); 
880             }
881         }
882     } else pixPtr = Pixel(0);
883
884     for (Int_t i = 0; i < 4; i++) 
885     {
886       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
887     }
888     
889     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
890     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
891
892     //StdoutToAliDebug(2,cout << "pixel used for nx,ny computation : "; pixPtr->Print(););
893     AliDebug(2,Form("lc %d pixPtr size = %e,%e nx,ny=%d,%d xylim=%e,%e,%e,%e",
894                     lc,pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),nx,ny,
895                     xylim[0],-xylim[1],xylim[2],-xylim[3]
896                     ));
897     
898     mlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
899
900     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
901     {
902       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
903       mlem->Fill(pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Charge());
904     }
905
906     // Check if the total charge of pixels is too low
907     Double_t qTot = 0;
908     for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
909     {
910       qTot += Pixel(i)->Charge();
911     }
912     
913     if ( qTot < 1.e-4 || ( npadOK < 3 && qTot < 7 ) ) 
914     {
915       AliDebug(1,Form("Deleting the above cluster (charge %e too low, npadOK=%d)",qTot,npadOK));
916       delete [] coef; 
917       delete [] probi; 
918       fPixArray->Delete(); 
919       for ( Int_t i = 0; i < npadTot; ++i) 
920       {
921         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
922         //if ( pad->Status() == 0) pad->SetStatus(-1);
923         if ( pad->Status() == fgkZero) pad->SetStatus(fgkOver);
924       }
925       return kFALSE; 
926     }
927
928     if (iSimple) 
929     {
930       // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
931       Simple(cluster);
932       delete [] coef; 
933       delete [] probi; 
934       fPixArray->Delete(); 
935       return kTRUE;
936     }
937
938     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
939     Double_t xyCOG[2];
940     FindCOG(mlem, xyCOG);
941
942     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 && 
943         pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
944
945     // Sort pixels according to the charge
946     MaskPeaks(1); // mask local maxima
947     fPixArray->Sort();
948     MaskPeaks(0); // unmask local maxima
949     Double_t pixMin = 0.01*Pixel(0)->Charge();
950     pixMin = TMath::Min(pixMin,50.);
951
952     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at 
953     // the maximum one
954     Int_t indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
955     Int_t ix(1);
956     Double_t width = 0;
957     Double_t shift[2] = { 0.0, 0.0 };
958     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] = 999;
959     Int_t nPix1 = nPix; 
960     nPix = 0;
961     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix1; ++ipix) 
962     {
963       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
964       if ( nPix >= npadOK  // too many pixels already
965            ||
966            pixPtr->Charge() < pixMin && pixPtr->Status() != fgkMustKeep // too low charge
967            ) 
968       { 
969         RemovePixel(ipix);
970         continue;
971       }
972       for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) 
973       {
974         if (!i) 
975         {
976           pixPtr->SetCharge(10);
977           pixPtr->SetSize(indx, pixPtr->Size(indx)/2);
978           width = -pixPtr->Size(indx);
979           pixPtr->Shift(indx, width);
980           // Shift pixel position
981           if (ix) 
982           {
983             ix = 0;
984             for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) 
985             {
986               shift[j] = pixPtr->Coord(j) - xyCOG[j];
987               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr->Size(j)/2))*pixPtr->Size(j)*2;
988             }
989           } // if (ix)
990           pixPtr->Shift(0, -shift[0]);
991           pixPtr->Shift(1, -shift[1]);
992           ++nPix;
993         } 
994         else if (nPix < npadOK)
995         {
996           pixPtr = new AliMUONPad(*pixPtr);
997           pixPtr->Shift(indx, -2*width);
998           pixPtr->SetStatus(fgkZero);
999           fPixArray->Add(pixPtr);
1000           ++nPix;
1001         } 
1002         else continue; // skip adjustment of histo limits
1003         for (Int_t j = 0; j < 4; ++j) 
1004         {
1005           xylim[j] = TMath::Min (xylim[j], (j%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(j/2));
1006         }
1007       } // for (Int_t i=0; i<2;
1008     } // for (Int_t ipix=0;
1009     
1010     fPixArray->Compress();
1011
1012     AliDebug(2,Form("After shift:"));
1013     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1014     //Plot(Form("mlem.lc%d",lc+1));
1015     
1016     AliDebug(2,Form(" xyCOG=%9.6f %9.6f xylim=%9.6f,%9.6f,%9.6f,%9.6f",
1017                     xyCOG[0],xyCOG[1],
1018                     xylim[0],xylim[1],
1019                     xylim[2],xylim[3]));
1020
1021     if (nPix < npadOK)
1022     {
1023       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
1024       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area:
1025       // start from Y-direction
1026       Int_t j = 0;
1027       for (Int_t i = 3; i > -1; --i) 
1028       {
1029         if (nPix < npadOK && 
1030             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr->Size(i/2)) 
1031         {
1032           //AliMUONPad* p = static_cast<AliMUONPad*>(pixPtr->Clone());
1033           AliMUONPad* p = new AliMUONPad(*pixPtr);
1034           p->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr->Size(i/2));
1035           xylim[i] = p->Coord(i/2) * (i%2 ? -1 : 1); // update histo limits
1036           j = TMath::Even (i/2);
1037           p->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1038           AliDebug(2,Form("Adding pixel on the edge (i=%d) ",i));
1039           //StdoutToAliDebug(2,cout << " ---- "; 
1040           //               p->Print("corners"););
1041           fPixArray->Add(p);
1042           ++nPix;
1043         }
1044       }
1045     } 
1046     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1047     delete [] coef; 
1048     delete [] probi; 
1049   } // while (1)
1050
1051   AliDebug(2,Form("At the end of while loop nPix=%d : ",fPixArray->GetLast()+1));
1052   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1053
1054   // remove pixels with low signal or low visibility
1055   // Cuts are empirical !!!
1056   Double_t thresh = TMath::Max (mlem->GetMaximum()/100.,1.);
1057   thresh = TMath::Min (thresh,50.);
1058   Double_t charge = 0;
1059
1060   // Mark pixels which should be removed
1061   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1062   {
1063     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1064     charge = pixPtr->Charge();
1065     if (charge < thresh) 
1066     {
1067       pixPtr->SetCharge(-charge);
1068     }
1069   }
1070
1071   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1072   Int_t near = 0;
1073   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1074   {
1075     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1076     charge = pixPtr->Charge();
1077     if (charge > 0) continue;
1078     near = FindNearest(pixPtr);
1079     pixPtr->SetCharge(0);
1080     probi[i] = 0; // make it "invisible"
1081     AliMUONPad* pnear = Pixel(near);
1082     pnear->SetCharge(pnear->Charge() + (-charge));
1083   }
1084   Mlem(cluster,coef,probi,2);
1085   
1086   AliDebug(2,Form("Before splitting nPix=%d EVT %d DE %d",fPixArray->GetLast()+1,fEventNumber,fDetElemId));
1087   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1088   //Plot("mlem.beforesplit");
1089   
1090   // Update histogram
1091   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1092   {
1093     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1094     Int_t ix = mlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(0));
1095     Int_t iy = mlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(1));
1096     mlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr->Charge());
1097   }
1098
1099   // Try to split into clusters
1100   Bool_t ok = kTRUE;
1101   if (mlem->GetSum() < 1) 
1102   {
1103     ok = kFALSE;
1104   }
1105   else 
1106   {
1107     fSplitter->Split(cluster,mlem,coef,fClusterList);
1108   }
1109   
1110   delete [] coef; 
1111   delete [] probi; 
1112   fPixArray->Delete(); 
1113   
1114   return ok;
1115 }
1116
1117 //_____________________________________________________________________________
1118 void AliMUONClusterFinderMLEM::MaskPeaks(Int_t mask)
1119 {
1120   /// Mask/unmask pixels corresponding to local maxima (add/subtract 10000 to their charge
1121   /// - to avoid loosing low charge pixels after sorting)
1122
1123   for (Int_t i = 0; i < fPixArray->GetEntriesFast(); ++i) {
1124     AliMUONPad* pix = Pixel(i);
1125     if (pix->Status() == fgkMustKeep) {
1126       if (mask == 1) pix->SetCharge(pix->Charge()+10000.);
1127       else pix->SetCharge(pix->Charge()-10000.);
1128     }
1129   }
1130 }
1131
1132 //_____________________________________________________________________________
1133 void AliMUONClusterFinderMLEM::Mlem(AliMUONCluster& cluster, 
1134                                     Double_t* coef, Double_t* probi, 
1135                                     Int_t nIter)
1136 {
1137   /// Use MLEM to find pixel charges
1138   
1139   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1140
1141   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1142
1143   Double_t* probi1 = new Double_t[nPix];
1144   Double_t probMax = TMath::MaxElement(nPix,probi);
1145   
1146   for (Int_t iter = 0; iter < nIter; ++iter) 
1147   {
1148     // Do iterations
1149     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) 
1150     {
1151       Pixel(ipix)->SetChargeBackup(0);
1152       // Correct each pixel
1153       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1154       Double_t sum = 0;
1155       probi1[ipix] = probMax;
1156       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1157       {
1158         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1159         //if (pad->Status() < 0) continue; 
1160         if (pad->Status() != fgkZero) continue; 
1161         Double_t sum1 = 0;
1162         Int_t indx1 = j*nPix;
1163         Int_t indx = indx1 + ipix;
1164         // Calculate expectation
1165         for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1166         {
1167           sum1 += Pixel(i)->Charge()*coef[indx1+i];
1168           //cout << i << " " << Pixel(i)->Charge() << " " << coef[indx1+i] << endl;
1169         } 
1170         if ( pad->IsSaturated() && sum1 > pad->Charge() ) 
1171         { 
1172           // correct for pad charge overflows
1173           probi1[ipix] -= coef[indx]; 
1174           continue; 
1175           //sum1 = pad->Charge();
1176         } 
1177
1178         if (sum1 > 1.e-6) sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
1179         //if (coef[indx] > 1.e-6) sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
1180       } // for (Int_t j=0;
1181       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
1182       if (probi1[ipix] > 1.e-6) 
1183       {
1184         //AZ pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1185         pixPtr->SetChargeBackup(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1186       }
1187       //cout << " xxx " << ipix << " " << pixPtr->Charge() << " " << pixPtr->ChargeBackup() << " " << sum << " " << probi1[ipix] << endl;
1188     } // for (Int_t ipix=0;
1189     Double_t qTot = 0;
1190     for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1191       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1192       pixPtr->RevertCharge();
1193       qTot += pixPtr->Charge();
1194     }
1195     if (qTot < 1.e-6) {
1196       // Can happen in clusters with large number of overflows - speeding up 
1197       delete [] probi1;
1198       return;
1199     }
1200   } // for (Int_t iter=0;
1201   delete [] probi1;
1202 }
1203
1204 //_____________________________________________________________________________
1205 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCOG(TH2D *mlem, Double_t *xyc)
1206 {
1207   /// Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1208
1209   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1210   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1211   mlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1212   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1213   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1214   Double_t thresh = mlem->GetMaximum()/10;
1215   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1216   
1217   Int_t ie = TMath::Min(ny,iymax+1), je = TMath::Min(nx,ixmax+1);
1218   for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1219     y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1220     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1221       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1222       if (cont < thresh) continue;
1223       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1224       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1225       x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1226       xq += x*cont;
1227       yq += y*cont;
1228       qq += cont;
1229       nsum++;
1230     }
1231   }
1232   
1233   Double_t cmax = 0;
1234   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1235   x = y = 0;
1236   if (nsumy == 1) {
1237     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1238     for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1239       if (i == iymax) continue;
1240       for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1241         cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1242         if (cont > cmax) {
1243           cmax = cont;
1244           x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1245           y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1246           i2 = i;
1247           j2 = j;
1248         }
1249       }
1250     }
1251     xq += x*cmax;
1252     yq += y*cmax;
1253     qq += cmax;
1254     if (i2 != i1) nsumy++;
1255     if (j2 != j1) nsumx++;
1256     nsum++;
1257   } // if (nsumy == 1)
1258   
1259   if (nsumx == 1) {
1260     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1261     cmax = x = y = 0;
1262     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1263       if (j == ixmax) continue;
1264       for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1265         cont = mlem->GetCellContent(j,i);
1266         if (cont > cmax) {
1267           cmax = cont;
1268           x = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1269           y = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1270           i2 = i;
1271           j2 = j;
1272         }
1273       }
1274     }
1275     xq += x*cmax;
1276     yq += y*cmax;
1277     qq += cmax;
1278     if (i2 != i1) nsumy++;
1279     if (j2 != j1) nsumx++;
1280     nsum++;
1281   } // if (nsumx == 1)
1282   
1283   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1284   AliDebug(2,Form("x,y COG = %e,%e",xyc[0],xyc[1]));
1285 }
1286
1287 //_____________________________________________________________________________
1288 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindNearest(AliMUONPad *pixPtr0)
1289 {
1290 /// Find the pixel nearest to the given one
1291 /// (algorithm may be not very efficient)
1292
1293   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1294   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1295   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1296   AliMUONPad *pixPtr;
1297
1298   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1299     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1300     if (pixPtr == pixPtr0 || pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1301     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1302     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1303     r = dx *dx + dy * dy;
1304     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1305   }
1306   return imin;
1307 }
1308
1309 //_____________________________________________________________________________
1310 void
1311 AliMUONClusterFinderMLEM::Paint(Option_t*)
1312 {
1313   /// Paint cluster and pixels
1314   
1315   AliMpArea area(fPreCluster->Area());
1316   
1317   gPad->Range(area.LeftBorder(),area.DownBorder(),area.RightBorder(),area.UpBorder());
1318
1319   gVirtualX->SetFillStyle(1001);
1320   gVirtualX->SetFillColor(3);    
1321   gVirtualX->SetLineColor(3);
1322   
1323   Double_t s(1.0);
1324   
1325   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1326   {
1327     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1328
1329     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0)*s,
1330                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1)*s,
1331                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0)*s,
1332                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1)*s);
1333
1334 //    for ( Int_t sign = -1; sign < 2; sign +=2 )
1335 //    {
1336 //      gPad->PaintLine(pixel->Coord(0) - pixel->Size(0),
1337 //                      pixel->Coord(1) + sign*pixel->Size(1),
1338 //                      pixel->Coord(0) + pixel->Size(0),
1339 //                      pixel->Coord(1) - sign*pixel->Size(1)
1340 //                    );
1341 //    }
1342   }      
1343
1344
1345   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1346   
1347   fPreCluster->Paint();
1348
1349   gVirtualX->SetLineColor(1);
1350   gVirtualX->SetLineWidth(2);
1351   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1352   gVirtualX->SetTextColor(1);
1353   gVirtualX->SetTextAlign(22);
1354   
1355   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1356   {
1357     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1358     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0),
1359                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1),
1360                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0),
1361                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1));    
1362     gVirtualX->SetTextSize(pixel->Size(0)*60);
1363
1364     gPad->PaintText(pixel->Coord(0),pixel->Coord(1),Form("%d",(Int_t)(pixel->Charge())));
1365   }  
1366 }
1367
1368 //_____________________________________________________________________________
1369 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
1370 {
1371 /// Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
1372 /// try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
1373 /// or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved  
1374
1375   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
1376
1377   TH2D *hist = NULL;
1378   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
1379   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
1380   //if (hist) hist->Delete();
1381  
1382   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
1383
1384   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
1385   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1386   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1387     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1388     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) 
1389          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1390   }
1391   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2); 
1392
1393   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
1394   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
1395   if (pixArray == fPixArray) hist = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1396   else hist = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1397   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1398     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1399     hist->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
1400   }
1401 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
1402
1403   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
1404   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
1405   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0; 
1406
1407   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1408     indx = (i-1) * nx;
1409     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1410       if (hist->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
1411       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
1412       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
1413       FlagLocalMax(hist, i, j, isLocalMax);
1414     }
1415   }
1416
1417   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1418     indx = (i-1) * nx;
1419     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1420       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) { 
1421         localMax[nMax] = indx + j - 1; 
1422         maxVal[nMax++] = hist->GetCellContent(j,i);
1423         ((AliMUONPad*)fSplitter->BinToPix(hist, j, i))->SetStatus(fgkMustKeep);
1424         if (nMax > 99) AliFatal(" Too many local maxima !!!");
1425       }
1426     }
1427   }
1428   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
1429   delete [] isLocalMax; 
1430   return nMax;
1431 }
1432
1433 //_____________________________________________________________________________
1434 void AliMUONClusterFinderMLEM::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
1435 {
1436 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
1437
1438   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1439   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1440   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
1441   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
1442
1443   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
1444   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
1445     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
1446     indx1 = (i1 - 1) * nx;
1447     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
1448       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
1449       if (i == i1 && j == j1) continue;
1450       indx2 = indx1 + j1 - 1;
1451       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
1452       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1453       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
1454       else { // the same charge
1455         isLocalMax[indx] = 1; 
1456         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
1457           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
1458           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1459           else isLocalMax[indx2] = -1;
1460         }
1461       } 
1462     }
1463   }
1464   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
1465 }
1466
1467 //_____________________________________________________________________________
1468 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCluster(AliMUONCluster& cluster, 
1469                                            Int_t *localMax, Int_t iMax)
1470 {
1471 /// Find pixel cluster around local maximum \a iMax and pick up pads
1472 /// overlapping with it
1473
1474   TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
1475   /* Just for check
1476   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
1477   c->cd();
1478   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1479   c->Update();
1480   Int_t tmp;
1481   cin >> tmp;
1482   */
1483   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1484   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1485   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1486   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1487   Int_t nxy = ny * nx;
1488   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
1489   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) used[i] = kFALSE; 
1490
1491   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1492   fPixArray->Delete();
1493
1494   Double_t wx = hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2; 
1495   Double_t wy = hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;  
1496   Double_t yc = hist->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1497   Double_t xc = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1498   Double_t cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
1499   fPixArray->Add(new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont));
1500   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
1501   AddBinSimple(hist, ic, jc);
1502   //fSplitter->AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
1503
1504   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1505   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1506   
1507   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1508   {
1509     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1510     pixPtr->SetSize(0,wx);
1511     pixPtr->SetSize(1,wy);
1512   }
1513
1514   // Pick up pads which overlap with found pixels
1515   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) 
1516   {
1517     //cluster.Pad(i)->SetStatus(-1);
1518     cluster.Pad(i)->SetStatus(fgkOver); // just the dirty trick
1519   }
1520   
1521   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) 
1522   {
1523     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1524     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1525     {
1526       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1527       //if (pad->Status() == 0) continue;
1528       if (pad->Status() == fgkZero) continue;
1529       if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1530       {
1531         //pad->SetStatus(0);
1532         pad->SetStatus(fgkZero);
1533         if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1534       }
1535     }
1536   }
1537
1538   delete [] used;
1539 }
1540
1541 //_____________________________________________________________________________
1542 void 
1543 AliMUONClusterFinderMLEM::AddBinSimple(TH2D *mlem, Int_t ic, Int_t jc)
1544 {
1545   /// Add adjacent bins (+-1 in X and Y) to the cluster
1546   
1547   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
1548   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
1549   Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
1550   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1551   
1552   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
1553   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
1554     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
1555       cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
1556       if (cont1 > cont) continue;
1557       if (cont1 < 0.5) continue;
1558       pixPtr = new AliMUONPad (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
1559                                mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1560       fPixArray->Add(pixPtr);
1561     }
1562   }
1563 }
1564
1565 //_____________________________________________________________________________
1566 AliMUONClusterFinderMLEM&  
1567 AliMUONClusterFinderMLEM::operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs)
1568 {
1569 /// Protected assignement operator
1570
1571   if (this == &rhs) return *this;
1572
1573   AliFatal("Not implemented.");
1574     
1575   return *this;  
1576 }    
1577
1578 //_____________________________________________________________________________
1579 void AliMUONClusterFinderMLEM::AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster)
1580 {
1581   /// Add virtual pad (with small charge) to improve fit for clusters
1582   /// with number of pads == 2 per direction
1583   
1584   // Find out non-bending and bending planes
1585   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // non-bending and bending cathodes
1586
1587   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, 0, kTRUE);
1588   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, 0, kTRUE);
1589   if (dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1590     nonb[0] = 0;
1591     nonb[1] = 1;
1592   } 
1593
1594   Bool_t same = kFALSE;
1595   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) same = kTRUE; // the same pad size on both planes 
1596
1597   AliMpIntPair cn;
1598   Bool_t check[2] = {kFALSE, kFALSE};
1599   Int_t nxy[2];
1600   nxy[0] = nxy[1] = 0;
1601   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1602     cn = cluster.NofPads(nonb[inb], 0, kTRUE);
1603     if (inb == 0 && cn.GetFirst() == 2) check[inb] = kTRUE; // check non-bending plane
1604     else if (inb == 1 && cn.GetSecond() == 2) check[inb] = kTRUE; // check bending plane
1605     if (same) {
1606       nxy[0] = TMath::Max (nxy[0], cn.GetFirst());
1607       nxy[1] = TMath::Max (nxy[1], cn.GetSecond());
1608       if (inb == 0 && nxy[0] < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1609       else if (inb == 1 && cn.GetSecond() < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1610     }
1611   }
1612   if (same) {
1613     if (nxy[0] > 2) check[0] = kFALSE;
1614     if (nxy[1] > 2) check[1] = kFALSE;
1615   }
1616   if (!check[0] && !check[1]) return;
1617
1618   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1619     if (!check[inb]) continue;
1620
1621     // Find pads with maximum and next to maximum charges 
1622     Int_t maxPads[2] = {-1, -1};
1623     Double_t amax[2] = {0};
1624     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1625     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1626       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1627       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1628       for (Int_t j2 = 0; j2 < 2; ++j2) {
1629         if (pad->Charge() > amax[j2]) {
1630           if (j2 == 0) { amax[1] = amax[0]; maxPads[1] = maxPads[0]; }
1631           amax[j2] = pad->Charge();
1632           maxPads[j2] = j;
1633           break;
1634         }
1635       }
1636     }
1637
1638     // Find min and max dimensions of the cluster
1639     Double_t limits[2] = {9999, -9999};
1640     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1641       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1642       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1643       if (pad->Coord(inb) < limits[0]) limits[0] = pad->Coord(inb);
1644       if (pad->Coord(inb) > limits[1]) limits[1] = pad->Coord(inb);
1645     }
1646
1647     // Loop over max and next to max pads
1648     Bool_t add = kFALSE;
1649     Int_t idirAdd = 0;
1650     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
1651       if (j == 1) {
1652         if (maxPads[j] < 0) continue;
1653         if (!add) break; 
1654         if (amax[1] / amax[0] < 0.5) break;
1655       }
1656       // Check if pad at the cluster limit
1657       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(maxPads[j]);
1658       Int_t idir = 0;
1659       if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[0]) < fgkDistancePrecision) idir = -1;
1660       else if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[1]) < fgkDistancePrecision) idir = 1;
1661       else {
1662         //cout << " *** Pad not at the cluster limit: " << j << endl;
1663         break;
1664       }
1665       if (j == 1 && idir == idirAdd) break; // this pad has been already added
1666
1667       // Add pad (if it exists)
1668       TVector2 pos;
1669       if (inb == 0) pos.Set (pad->X() + idir * (pad->DX()+fgkDistancePrecision), pad->Y());
1670       else pos.Set (pad->X(), pad->Y() + idir * (pad->DY()+fgkDistancePrecision));
1671       //AliMpPad mppad = fSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kTRUE);
1672       AliMpPad mppad = fSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kFALSE);
1673       if (!mppad.IsValid()) continue; // non-existing pad
1674       cn = mppad.GetIndices();
1675       AliMUONPad muonPad(fDetElemId, nonb[inb], cn.GetFirst(), cn.GetSecond(), 
1676                          mppad.Position().X(), mppad.Position().Y(), 
1677                          mppad.Dimensions().X(), mppad.Dimensions().Y(), 0);
1678       if (inb == 0) muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/100, 5.));
1679       //else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fgkZeroSuppression));
1680       else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, 6.));
1681       if (muonPad.Charge() < 1.) muonPad.SetCharge(1.);
1682       muonPad.SetReal(kFALSE);
1683       if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in %d direction ***** %f %f %f %3d %3d %f %f \n",
1684                          inb, muonPad.Charge(), muonPad.X(), muonPad.Y(), muonPad.Ix(), 
1685                          muonPad.Iy(), muonPad.DX(), muonPad.DY());
1686       cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
1687       add = kTRUE;
1688       idirAdd = idir;
1689     }
1690   }
1691 }
1692
1693 //_____________________________________________________________________________
1694 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1695                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1696 {
1697   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1698   /// overflows)
1699
1700   //Int_t statusToTest = 1;
1701   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1702   
1703   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1704   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1705        
1706   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1707
1708   AliMpIntPair cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1709   
1710   nInX = cn.GetFirst();
1711   nInY = cn.GetSecond();
1712 }
1713
1714 //_____________________________________________________________________________
1715 void AliMUONClusterFinderMLEM::RemovePixel(Int_t i)
1716 {
1717   /// Remove pixel at index i
1718   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1719   fPixArray->RemoveAt(i); 
1720   delete pixPtr;
1721 }
1722
1723 //_____________________________________________________________________________
1724 void AliMUONClusterFinderMLEM::Simple(AliMUONCluster& cluster)
1725 {
1726 /// Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
1727
1728   Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
1729   Double_t parOk[3] = {0.}; 
1730   TObjArray *clusters[1]; 
1731   clusters[0] = fPixArray;
1732
1733   AliDebug(1,Form("nPix=%d",fPixArray->GetLast()+1));
1734
1735   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1736   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i) 
1737   {
1738     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
1739     /*
1740     if ( pad->IsSaturated()) 
1741     {
1742       pad->SetStatus(-9);
1743     }
1744     else 
1745     {
1746       pad->SetStatus(1);
1747     }
1748     */
1749     if (!pad->IsSaturated()) pad->SetStatus(fgkUseForFit);
1750   }
1751   nfit = fSplitter->Fit(cluster,1, nForFit, clustFit, clusters, parOk, fClusterList);
1752 }
1753
1754 //_____________________________________________________________________________
1755 AliMUONPad* 
1756 AliMUONClusterFinderMLEM::Pixel(Int_t i) const
1757 {
1758   /// Returns pixel at index i
1759   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1760 }
1761
1762 //_____________________________________________________________________________
1763 void 
1764 AliMUONClusterFinderMLEM::Print(Option_t* what) const
1765 {
1766   /// printout
1767   TString swhat(what);
1768   swhat.ToLower();
1769   if ( swhat.Contains("precluster") )
1770   {
1771     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1772   }
1773 }
1774
1775