MUON/AliMUONClusterFinderPeakFit.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterFinderPeakFit
  20 ///
  21 /// Clusterizer class based on simple peak finder
  22 ///
  23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
  24 /// From a precluster a pixel array is built, and its local maxima are used
  25 /// to get pads and make the fit with up to 3 hit candidates or compute pad
  26 /// centers of gravity for larger number of peaks.
  27 ///
  28 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  29 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31
  32 #include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
  33 #include "AliMUONCluster.h"
  34 #include "AliMUONConstants.h"
  35 #include "AliMUONPad.h"
  36 #include "AliMUONMathieson.h"
  37
  38 #include "AliMpDEManager.h"
  39 #include "AliMpPad.h"
  40 #include "AliMpVSegmentation.h"
  41 #include "AliMpEncodePair.h"
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliRunLoader.h"
  45 //#include "AliCodeTimer.h"
  46
  47 #include <Riostream.h>
  48 #include <TH2.h>
  49 #include <TVirtualFitter.h>
  50 #include <TMath.h>
  51 //#include <TCanvas.h>
  52
  53 /// \cond CLASSIMP
  54 ClassImp(AliMUONClusterFinderPeakFit)
  55 /// \endcond
  56
  57 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  58 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
  59 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
  60 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  61 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  62
  63 // Status flags for pads
  64 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
  65 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
  66 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
  67 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
  68 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge
  69 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad
  70
  71 namespace
  72 {
  73   //_____________________________________________________________________________
  74   Double_t Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par, Int_t nHits)
  75   {
  76     /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
  77
  78     //Int_t nHits = TMath::Nint(par[8]);
  79     if (nHits == 1) return 1.;
  80     if (nHits == 2) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
  81     if (icand == 0) return par[2];
  82     if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
  83     return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
  84   }
  85
  86   //___________________________________________________________________________
  87   void
  88   FitFunction(Int_t& /*notused*/, Double_t* /*notused*/,
  89               Double_t& f, Double_t* par,
  90               Int_t /*notused*/)
  91   {
  92     /// Chi2 Function to minimize: Mathieson charge distribution in 2 dimensions
  93
  94     TObjArray* userObjects = static_cast<TObjArray*>(TVirtualFitter::GetFitter()->GetObjectFit());
  95
  96     AliMUONCluster* cluster = static_cast<AliMUONCluster*>(userObjects->At(0));
  97     AliMUONMathieson* mathieson = static_cast<AliMUONMathieson*>(userObjects->At(1));
  98     AliMUONClusterFinderPeakFit* finder =
  99       static_cast<AliMUONClusterFinderPeakFit*>(userObjects->At(2));
 100
 101     f = 0.0;
 102     Int_t nHits = finder->GetNMax(), npads = cluster->Multiplicity();
 103     Double_t qTot = cluster->Charge(), coef = 0;
 104     //if (cluster->Multiplicity(0) == 0 || cluster->Multiplicity(1) == 0) qTot *= 2.;
 105
 106     for ( Int_t i = 0 ; i < npads; ++i )
 107     {
 108       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 109       // skip pads w/ saturation or other problem(s)
 110       //if ( pad->Status() ) continue;
 111       if ( pad->IsSaturated() ) continue;
 112       Double_t charge = 0.;
 113       for (Int_t j = 0; j < nHits; ++j) {
 114         // Sum over hits
 115         Int_t indx = 3 * j;
 116         TVector2 lowerLeft = TVector2(par[indx],par[indx+1]) - pad->Position() - pad->Dimensions();
 117         TVector2 upperRight(lowerLeft + pad->Dimensions()*2.0);
 118         Double_t estimatedCharge = mathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
 119                                                     upperRight.X(),upperRight.Y());
 120         coef = Param2Coef(j, coef, par, nHits);
 121         charge += estimatedCharge * coef;
 122       }
 123       charge *= qTot;
 124
 125       Double_t delta = charge - pad->Charge();
 126       delta *= delta;
 127       delta /= pad->Charge();
 128       f += delta;
 129     }
 130     f /= (qTot/npads);
 131     //cout << qTot << " " << par[0] << " " << par[1] << " " << f << endl;
 132   }
 133 }
 134
 135 //_____________________________________________________________________________
 136 AliMUONClusterFinderPeakFit::AliMUONClusterFinderPeakFit(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
 137   : AliMUONVClusterFinder(),
 138 fPreClusterFinder(clusterFinder),
 139 fPreCluster(0x0),
 140 fClusterList(),
 141 fMathieson(0x0),
 142 fEventNumber(0),
 143 fDetElemId(-1),
 144 fClusterNumber(0),
 145 fNMax(0),
 146 fHistAnode(0x0),
 147 fPixArray(new TObjArray(20)),
 148 fDebug(0),
 149 fPlot(plot),
 150 fNClusters(0),
 151 fNAddVirtualPads(0)
 152 {
 153   /// Constructor
 154
 155   fkSegmentation[1] = fkSegmentation[0] = 0x0;
 156
 157   if (fPlot) fDebug = 1;
 158 }
 159
 160 //_____________________________________________________________________________
 161 AliMUONClusterFinderPeakFit::~AliMUONClusterFinderPeakFit()
 162 {
 163 /// Destructor
 164   delete fPixArray; fPixArray = 0;
 165   delete fPreClusterFinder;
 166   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
 167                fNClusters,fNAddVirtualPads));
 168   delete fMathieson;
 169 }
 170
 171 //_____________________________________________________________________________
 172 Bool_t
 173 AliMUONClusterFinderPeakFit::Prepare(Int_t detElemId, TClonesArray* pads[2],
 174                                      const AliMpArea& area, const AliMpVSegmentation* seg[2])
 175 {
 176   /// Prepare for clustering
 177 //  AliCodeTimerAuto("",0)
 178
 179   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 180   {
 181     fkSegmentation[i] = seg[i];
 182   }
 183
 184   // Find out the DetElemId
 185   fDetElemId = detElemId;
 186
 187   // find out current event number, and reset the cluster number
 188   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
 189   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
 190   fClusterNumber = -1;
 191   fClusterList.Delete();
 192
 193   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
 194
 195   AliMq::Station12Type stationType = AliMpDEManager::GetStation12Type(fDetElemId);
 196
 197   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
 198   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
 199   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
 200
 201   if ( stationType == AliMq::kStation1 )
 202   {
 203     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
 204     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
 205     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
 206   }
 207
 208   delete fMathieson;
 209   fMathieson = new AliMUONMathieson;
 210
 211   fMathieson->SetPitch(pitch);
 212   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
 213   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
 214
 215   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
 216   {
 217     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
 218   }
 219   else
 220   {
 221     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
 222   }
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________
 226 AliMUONCluster*
 227 AliMUONClusterFinderPeakFit::NextCluster()
 228 {
 229   /// Return next cluster
 230 //  AliCodeTimerAuto("",0)
 231
 232   // if the list of clusters is not void, pick one from there
 233   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
 234   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
 235
 236   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
 237   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
 238   //digits, so it can reuse them
 239
 240   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
 241   // pre-cluster and treat it
 242
 243   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
 244   fClusterNumber = -1;
 245
 246   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
 247
 248   if (!fPreCluster)
 249   {
 250     // we are done
 251     return 0x0;
 252   }
 253
 254   WorkOnPreCluster();
 255
 256   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
 257   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
 258
 259   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
 260   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 261   {
 262     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
 263     if ( !pad->IsUsed() )
 264     {
 265       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
 266     }
 267   }
 268
 269   return NextCluster();
 270 }
 271
 272 //_____________________________________________________________________________
 273 Bool_t
 274 AliMUONClusterFinderPeakFit::WorkOnPreCluster()
 275 {
 276   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
 277   /// extract clusters from this array
 278
 279   //  AliCodeTimerAuto("",0)
 280
 281   if (fDebug) {
 282     cout << " *** Event # " << fEventNumber
 283          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
 284     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
 285       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
 286       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
 287              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
 288              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
 289     }
 290   }
 291
 292   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
 293   if (!cluster) return kFALSE;
 294
 295   BuildPixArray(*cluster);
 296
 297   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
 298   {
 299     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
 300     delete cluster;
 301     return kFALSE;
 302   }
 303
 304   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100] = {0};
 305   Double_t maxVal[100];
 306
 307   nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // find local maxima
 308
 309   if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
 310
 311   if (nMax <= 3) {
 312     FindClusterFit(*cluster, localMax, maxPos, nMax);
 313   } else {
 314     for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i)
 315       {
 316         FindClusterCOG(*cluster, localMax, maxPos[i]);
 317       }
 318   }
 319
 320   delete cluster;
 321   if (fPlot == 0) {
 322     delete fHistAnode;
 323     fHistAnode = 0x0;
 324   }
 325   return kTRUE;
 326 }
 327
 328 //_____________________________________________________________________________
 329 Bool_t
 330 AliMUONClusterFinderPeakFit::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
 331 {
 332   /// Check if the pad and the pixel overlaps
 333
 334   // make a fake pad from the pixel
 335   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
 336                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
 337                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
 338
 339   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
 340 }
 341
 342 //_____________________________________________________________________________
 343 AliMUONCluster*
 344 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
 345 {
 346   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 347   /// two-cathode preclusters)
 348
 349   //  AliCodeTimerAuto("",0)
 350
 351   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
 352   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
 353       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 10)
 354   {
 355     return 0x0;
 356   }
 357
 358   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
 359
 360   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
 361   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 362
 363   AliMUONCluster* rv(0x0);
 364
 365   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
 366   {
 367     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
 368   }
 369   else
 370   {
 371     rv = cluster;
 372   }
 373   return rv;
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 AliMUONCluster*
 378 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
 379 {
 380   /// Check two-cathode cluster
 381
 382   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
 383   Int_t* flags = new Int_t[npad];
 384   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
 385
 386   // Check pad overlaps
 387   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 388   {
 389     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
 390     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
 391     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j)
 392     {
 393       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
 394       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
 395       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
 396       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 397     }
 398   }
 399
 400   // Check if all pads overlap
 401   Int_t nFlags=0;
 402   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 403   {
 404     if (!flags[i]) ++nFlags;
 405   }
 406
 407   if (nFlags > 0)
 408   {
 409     // not all pads overlap.
 410     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
 411     TObjArray toBeRemoved;
 412     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 413     {
 414       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 415       if (flags[i]) continue;
 416       Int_t cath = pad->Cathode();
 417       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 418       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
 419       AliMpPad mpPad
 420         = fkSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position().X(),pad->Position().Y(),kFALSE);
 421       if (!mpPad.IsValid()) continue;
 422       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 423       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 20) continue;
 424       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 425                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
 426       toBeRemoved.AddLast(pad);
 427       fPreCluster->Pad(i)->Release();
 428     }
 429     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 430     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 431     {
 432       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 433     }
 434   }
 435
 436   // Check correlations of cathode charges
 437   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
 438   {
 439     // big difference
 440     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
 441     Int_t imin(-1);
 442     Int_t imax(-1);
 443     Double_t cmax(0);
 444     Double_t cmin(1E9);
 445
 446     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the
 447     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
 448     //
 449     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 450     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 451     {
 452       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 453       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
 454       {
 455         // only consider pads in the opposite cathode, and
 456         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
 457         continue;
 458       }
 459       if ( pad->Charge() < cmin )
 460       {
 461         cmin = pad->Charge();
 462         imin = i;
 463         if (imax < 0) {
 464           imax = imin;
 465           cmax = cmin;
 466         }
 467       }
 468       else if ( pad->Charge() > cmax )
 469       {
 470         cmax = pad->Charge();
 471         imax = i;
 472       }
 473     }
 474     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
 475                     imin,imax,cmin,cmax));
 476     //
 477     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
 478     // to the pad size
 479     Double_t* dist = new Double_t[mult];
 480     Double_t dxMin(1E9);
 481     Double_t dyMin(1E9);
 482     Double_t dmin(0);
 483
 484     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
 485
 486     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 487     {
 488       dist[i] = 0.0;
 489       if ( i == imax) continue;
 490       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 491       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 492       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 493       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 494       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 495       if ( i == imin )
 496       {
 497         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
 498         dxMin = dx;
 499         dyMin = dy;
 500       }
 501     }
 502
 503     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
 504     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
 505     TObjArray toBeRemoved;
 506
 507     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 508     {
 509       Int_t indx = flags[i];
 510       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
 511       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 512       if ( dist[indx] > dmin )
 513       {
 514         // farther than the minimum pad
 515         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 516         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 517         dx *= dxMin;
 518         dy *= dyMin;
 519         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 520         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 521         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 522       }
 523       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
 524       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
 525       {
 526         // release pad
 527         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 528         {
 529           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
 530         }
 531         else
 532         {
 533           cmax = pad->Charge();
 534         }
 535         xmax = dist[indx];
 536         distPrev = dist[indx];
 537         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 538                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
 539                         pad->Charge()));
 540
 541         toBeRemoved.AddLast(pad);
 542         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
 543       }
 544     }
 545     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 546     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 547     {
 548       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 549     }
 550     delete[] dist;
 551   } // if ( !cluster->IsSaturated() &&
 552
 553   delete[] flags;
 554
 555   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
 556   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 557
 558   return cluster;
 559 }
 560
 561 //_____________________________________________________________________________
 562 void
 563 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckOverlaps()
 564 {
 565   /// For debug only : check if some pixels overlap...
 566
 567   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 568   Int_t dummy(0);
 569
 570   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
 571   {
 572     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
 573     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
 574                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
 575                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
 576
 577     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
 578     {
 579       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
 580       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
 581                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
 582                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);
 583       AliMpArea area;
 584
 585       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
 586       {
 587         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
 588         /*
 589         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
 590                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
 591                         pixelJ->Print();
 592                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
 593                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
 594                         cout << "-------" << endl;
 595                         );
 596         */
 597       }
 598     }
 599   }
 600 }
 601
 602 //_____________________________________________________________________________
 603 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
 604 {
 605   /// Build pixel array
 606
 607   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 608   if (npad<=0)
 609   {
 610     AliWarning("Got no pad at all ?!");
 611   }
 612
 613   fPixArray->Delete();
 614   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
 615
 616 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
 617 //                   fPixArray->Print(););
 618   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
 619 }
 620
 621 //_____________________________________________________________________________
 622 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
 623 {
 624   /// Build the pixel array
 625
 626 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
 627
 628   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
 629   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
 630   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
 631
 632   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 633     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 634     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
 635       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) {
 636         xy0[j] = pad->Coord(j);
 637         found[j] = 1;
 638       }
 639     }
 640     if (found[0] && found[1]) break;
 641   }
 642
 643   Double_t min[2], max[2];
 644   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
 645   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
 646   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
 647
 648   Double_t leftDownX, leftDownY;
 649   cluster.Area(cath0).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
 650   Double_t rightUpX, rightUpY;
 651   cluster.Area(cath0).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
 652   min[0] = leftDownX;
 653   min[1] = leftDownY;
 654   max[0] = rightUpX;
 655   max[1] = rightUpY;
 656   if (cath1 != cath0) {
 657     cluster.Area(cath1).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
 658     cluster.Area(cath1).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
 659     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDownX);
 660     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDownY);
 661     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUpX);
 662     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUpY);
 663   }
 664
 665   // Adjust limits
 666   if (cath0 != cath1) {
 667     TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions (0, -1, kFALSE);
 668     TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions (1, -1, kFALSE);
 669     if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) {
 670       // The same size of pads on both cathodes - check position
 671       AliMUONPad* pad0 = cluster.Pad(0);
 672       for ( Int_t i = 1; i < mult; ++i) {
 673         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 674         if (pad->Cathode() == pad0->Cathode()) continue;
 675         Double_t dist = TMath::Abs (pad0->Coord(1) - pad->Coord(1));
 676         Double_t dd = dist - Int_t(dist/width[1]/2.) * width[1] * 2.;
 677         if (TMath::Abs(dd/width[1]/2.-0.5) < fgkDistancePrecision) {
 678           // Half pad shift between cathodes
 679           width[0] /= 2.;
 680           width[1] /= 2.;
 681         }
 682         break;
 683       }
 684     }
 685   }
 686
 687   Int_t nbins[2];
 688   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
 689     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
 690     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
 691     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist))
 692                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
 693     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
 694     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
 695     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
 696     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
 697   }
 698
 699   // Book histogram
 700   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 701   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 702   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
 703   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
 704
 705   // Fill histogram
 706   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 707     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 708     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
 709     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
 710     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
 711   }
 712
 713   // Store pixels
 714   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
 715     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
 716     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
 717       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
 718       if (cath0 != cath1) {
 719         // Two-sided cluster
 720         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
 721         if (cont < 999.) continue;
 722         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
 723       }
 724       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) &&
 725       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
 726       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
 727       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
 728       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
 729       fPixArray->Add(pixPtr);
 730     }
 731   }
 732   /*
 733   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
 734     // Split pixel into 2
 735     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
 736     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
 737     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
 738     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
 739     fPixArray->Add(pixPtr);
 740   }
 741   */
 742   //fPixArray->Print();
 743   delete hist1;
 744   delete hist2;
 745 }
 746
 747 //_____________________________________________________________________________
 748 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
 749                                               TH2D *hist1, TH2D *hist2)
 750 {
 751   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
 752
 753   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
 754   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
 755   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
 756
 757   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
 758
 759   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
 760     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 761     if (ixy > nbins) break;
 762     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
 763     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
 764     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 765     else {
 766       // Fill histogram
 767       Double_t cont = pad->Charge();
 768       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 769         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 770              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1, 10.);
 771       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 772       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 773     }
 774   }
 775
 776   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
 777     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 778     if (ixy < 1) break;
 779     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
 780     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
 781     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 782     else {
 783       // Fill histogram
 784       Double_t cont = pad->Charge();
 785       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 786         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 787              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1,10.);
 788       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 789       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 790     }
 791   }
 792 }
 793
 794 //_____________________________________________________________________________
 795 Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
 796 {
 797 /// Find local maxima in pixel space
 798
 799   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
 800
 801   //TH2D *hist = NULL;
 802   //delete ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"));
 803   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 804   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
 805   //if (hist) hist->Delete();
 806   delete fHistAnode;
 807
 808   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
 809
 810   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
 811   AliMUONPad *pixPtr = 0;
 812   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 813     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 814     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i)
 815          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
 816   }
 817   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
 818
 819   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 820   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 821   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 822   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 823   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 824     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 825     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
 826   }
 827 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
 828
 829   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
 830   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
 831   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0;
 832
 833   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 834     indx = (i-1) * nx;
 835     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 836       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
 837       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
 838       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
 839       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
 840     }
 841   }
 842
 843   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 844     indx = (i-1) * nx;
 845     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 846       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
 847         localMax[nMax] = indx + j - 1;
 848         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
 849         if (nMax > 99) break;
 850       }
 851     }
 852     if (nMax > 99) {
 853       AliError(" Too many local maxima !!!");
 854       break;
 855     }
 856   }
 857   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
 858   delete [] isLocalMax;
 859   return nMax;
 860 }
 861
 862 //_____________________________________________________________________________
 863 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
 864 {
 865 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
 866
 867   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
 868   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 869   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
 870   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
 871
 872   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
 873   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
 874     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
 875     indx1 = (i1 - 1) * nx;
 876     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
 877       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
 878       if (i == i1 && j == j1) continue;
 879       indx2 = indx1 + j1 - 1;
 880       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
 881       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 882       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
 883       else { // the same charge
 884         isLocalMax[indx] = 1;
 885         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
 886           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
 887           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 888           else isLocalMax[indx2] = -1;
 889         }
 890       }
 891     }
 892   }
 893   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
 894 }
 895
 896 //_____________________________________________________________________________
 897 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterFit(AliMUONCluster& cluster, const Int_t *localMax,
 898                                                  const Int_t *maxPos, Int_t nMax)
 899 {
 900 /// Fit pad charge distribution with nMax hit hypothesis
 901
 902   //if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) cout << cluster.Multiplicity(0) << " " << cluster.Multiplicity(1) << " " << cluster.Charge() << " " << cluster.Charge(0) << " " << cluster.Charge(1) << " " << endl;
 903
 904   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 905   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
 906   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 907   Double_t xmin = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmin(); //- hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 908   Double_t xmax = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 909   Double_t ymin = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmin(); //- hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 910   Double_t ymax = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 911
 912   TVirtualFitter* fitter = TVirtualFitter::Fitter(0,nMax*3);
 913   fitter->Clear("");
 914   fitter->SetFCN(FitFunction);
 915
 916   Float_t stepX = 0.01; // cm
 917   Float_t stepY = 0.01; // cm
 918   Float_t stepQ = 0.01; //
 919
 920   Double_t args[10] = {-1.}; // disable printout
 921
 922   fitter->ExecuteCommand("SET PRINT",args,1);
 923   fitter->ExecuteCommand("SET NOW",args,0); // no warnings
 924
 925   Int_t indx = 0;
 926   fNMax = nMax;
 927   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) {
 928     Int_t ic = localMax[maxPos[i]] / nx + 1;
 929     Int_t jc = localMax[maxPos[i]] % nx + 1;
 930     Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
 931     Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
 932     indx = 3 * i;
 933     fitter->SetParameter(indx,"Hit X position",xc,stepX,xmin,xmax);
 934     fitter->SetParameter(indx+1,"Hit Y position",yc,stepY,ymin,ymax);
 935     fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.6,stepQ,0.,1.);
 936   }
 937   fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.,0.,0,0);
 938   //fitter->SetParameter(8,"Number of hits",nMax,0.,0,0);
 939
 940   TObjArray userObjects;
 941
 942   userObjects.Add(&cluster);
 943   userObjects.Add(fMathieson);
 944   userObjects.Add(this);
 945
 946   fitter->SetObjectFit(&userObjects);
 947
 948   args[0] = 500.;
 949   args[1] = 1.;
 950   /*Int_t stat =*/ fitter->ExecuteCommand("MIGRAD",args,2);
 951   //if (stat) { cout << " stat = " << stat << " " << fDetElemId << endl; /*exit(0);*/ }
 952   //Int_t nvpar, nparx;
 953   //Double_t amin, edm, errdef;
 954   //fitter->GetStats(amin, edm, errdef, nvpar, nparx);
 955   //cout << amin << endl;
 956
 957   Double_t qTot = cluster.Charge(), par[9] = {0.}, err[9] = {0.}, coef = 0.;
 958   //par[8] = nMax;
 959   for (Int_t j = 0; j < nMax; ++j) {
 960     indx = 3 * j;
 961     par[indx+2] = fitter->GetParameter(indx+2);
 962     coef = Param2Coef(j, coef, par, nMax);
 963     par[indx] = fitter->GetParameter(indx);
 964     par[indx+1] = fitter->GetParameter(indx+1);
 965     err[indx] = fitter->GetParError(indx);
 966     err[indx+1] = fitter->GetParError(indx+1);
 967
 968     if ( coef*qTot >= 14 )
 969     {
 970       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
 971
 972       cluster1->SetCharge(coef*qTot,coef*qTot);
 973
 974       cluster1->SetPosition(TVector2(par[indx],par[indx+1]),TVector2(err[indx],err[indx+1]));
 975       cluster1->SetChi2(0.);
 976
 977       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
 978       // the original AddRawCluster code.
 979
 980       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
 981                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
 982                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
 983
 984       fClusterList.Add(cluster1);
 985     }
 986   }
 987 }
 988
 989 //_____________________________________________________________________________
 990 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterCOG(AliMUONCluster& cluster,
 991                                                  const Int_t *localMax, Int_t iMax)
 992 {
 993 /// Find COG of pad charge distribution around local maximum \a iMax
 994
 995   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 996   /* Just for check
 997   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
 998   c->cd();
 999   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1000   c->Update();
1001   Int_t tmp;
1002   cin >> tmp;
1003   */
1004   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1005   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1006   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1007   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1008
1009   // Get min pad dimensions for the precluster
1010   Int_t nSides = 2;
1011   if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) nSides = 1;
1012   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, -1, kFALSE);
1013   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, -1, kFALSE);
1014   //Double_t width[2][2] = {{dim0.X(), dim0.Y()},{dim1.X(),dim1.Y()}};
1015   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // coordinate index vs cathode
1016   if (nSides == 1 || dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1017     nonb[0] = 0;
1018     nonb[1] = 1;
1019   }
1020   Bool_t samex = kFALSE, samey = kFALSE;
1021   if (TMath::Abs(dim0.X()-dim1.X()) < fgkDistancePrecision) samex = kTRUE; // the same X pad size on both planes
1022   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) samey = kTRUE; // the same Y pad size on both planes
1023
1024   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1025   //fPixArray->Delete();
1026
1027   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1028   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1029   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1030   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1031   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1032   AliMUONPad pixel(xc, yc, wx, wy, cont);
1033   if (fDebug) pixel.Print("full");
1034
1035   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1036
1037   // Pick up pads which overlap with the maximum pixel and find pads with the max signal
1038   Double_t qMax[2] = {0};
1039   AliMUONPad *matrix[2][3] = {{0x0,0x0,0x0},{0x0,0x0,0x0}};
1040   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1041   {
1042     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1043     if ( Overlap(*pad,pixel) )
1044     {
1045       if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1046       if (pad->Charge() > qMax[pad->Cathode()]) {
1047         qMax[pad->Cathode()] = pad->Charge();
1048         matrix[pad->Cathode()][1] = pad;
1049         if (nSides == 1) matrix[!pad->Cathode()][1] = pad;
1050       }
1051     }
1052   }
1053   //if (nSides == 2 && (matrix[0][1] == 0x0 || matrix[1][1] == 0x0)) return; // ???
1054
1055   // Find neighbours of maxima to have 3 pads per direction (if possible)
1056   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1057   {
1058     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1059     Int_t cath = pad->Cathode();
1060     if (pad == matrix[cath][1]) continue;
1061     Int_t nLoops = 3 - nSides;
1062
1063     for (Int_t k = 0; k < nLoops; ++k) {
1064       Int_t cath1 = cath;
1065       if (k) cath1 = !cath;
1066
1067       // Check the coordinate corresponding to the cathode (bending or non-bending case)
1068       Double_t dist = pad->Coord(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Coord(nonb[cath1]);
1069       Double_t dir = TMath::Sign (1., dist);
1070       dist = TMath::Abs(dist) - pad->Size(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Size(nonb[cath1]);
1071
1072       if (TMath::Abs(dist) < fgkDistancePrecision) {
1073         // Check the other coordinate
1074         dist = pad->Coord(!nonb[cath1]) - matrix[cath1][1]->Coord(!nonb[cath1]);
1075         if (TMath::Abs(dist) >
1076             TMath::Max(pad->Size(!nonb[cath1]), matrix[cath1][1]->Size(!nonb[cath1])) - fgkDistancePrecision) break;
1077         Int_t idir = TMath::Nint (dir);
1078         if (matrix[cath1][1+idir] == 0x0) matrix[cath1][1+idir] = pad;
1079         else if (pad->Charge() > matrix[cath1][1+idir]->Charge()) matrix[cath1][1+idir] = pad; // diff. segmentation
1080         //cout << pad->Coord(nonb[cath1]) << " " << pad->Coord(!nonb[cath1]) << " " << pad->Size(nonb[cath1]) << " " << pad->Size(!nonb[cath1]) << " " << pad->Charge() << endl ;
1081         break;
1082       }
1083     }
1084   }
1085
1086   Double_t coord[2] = {0.}, qAver = 0.;
1087   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
1088     Double_t q = 0.;
1089     Double_t coordQ = 0.;
1090     Int_t cath = matrix[i][1]->Cathode();
1091     if (i && nSides == 1) cath = !cath;
1092     for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) {
1093       if (matrix[i][j] == 0x0) continue;
1094       Double_t dq = matrix[i][j]->Charge();
1095       q += dq;
1096       coordQ += dq * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]);
1097       //coordQ += (matrix[i][j]->Charge() * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]));
1098     }
1099     coord[cath] = coordQ / q;
1100     qAver = TMath::Max (qAver, q);
1101   }
1102
1103   //qAver = TMath::Sqrt(qAver);
1104   if ( qAver >= 14 )
1105   {
1106
1107     AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
1108
1109     cluster1->SetCharge(qAver,qAver);
1110     if (nonb[0] == 1)
1111       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[1],coord[0]),TVector2(0.,0.));
1112     else
1113       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[0],coord[1]),TVector2(0.,0.));
1114
1115     cluster1->SetChi2(0.);
1116
1117     // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
1118     // the original AddRawCluster code.
1119
1120     AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
1121                     fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
1122                     cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
1123
1124     fClusterList.Add(cluster1);
1125   }
1126 }
1127
1128 //_____________________________________________________________________________
1129 AliMUONClusterFinderPeakFit&
1130 AliMUONClusterFinderPeakFit::operator=(const AliMUONClusterFinderPeakFit& rhs)
1131 {
1132 /// Protected assignement operator
1133
1134   if (this == &rhs) return *this;
1135
1136   AliFatal("Not implemented.");
1137
1138   return *this;
1139 }
1140
1141 //_____________________________________________________________________________
1142 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1143                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1144 {
1145   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1146   /// overflows)
1147
1148   //Int_t statusToTest = 1;
1149   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1150
1151   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1152   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1153
1154   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1155
1156   Long_t cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1157
1158   nInX = AliMp::PairFirst(cn);
1159   nInY = AliMp::PairSecond(cn);
1160 }
1161
1162 //_____________________________________________________________________________
1163 void AliMUONClusterFinderPeakFit::RemovePixel(Int_t i)
1164 {
1165   /// Remove pixel at index i
1166   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1167   fPixArray->RemoveAt(i);
1168   delete pixPtr;
1169 }
1170
1171 //_____________________________________________________________________________
1172 AliMUONPad*
1173 AliMUONClusterFinderPeakFit::Pixel(Int_t i) const
1174 {
1175   /// Returns pixel at index i
1176   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1177 }
1178
1179 //_____________________________________________________________________________
1180 void
1181 AliMUONClusterFinderPeakFit::Print(Option_t* what) const
1182 {
1183   /// printout
1184   TString swhat(what);
1185   swhat.ToLower();
1186   if ( swhat.Contains("precluster") )
1187   {
1188     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1189   }
1190 }
1191
1192