MUON/AliMUONClusterFinderPeakFit.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterFinderPeakFit
  20 ///
  21 /// Clusterizer class based on simple peak finder
  22 ///
  23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
  24 /// From a precluster a pixel array is built, and its local maxima are used
  25 /// to get pads and make the fit with up to 3 hit candidates or compute pad
  26 /// centers of gravity for larger number of peaks.
  27 ///
  28 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  29 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31
  32 #include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
  33 #include "AliMUONCluster.h"
  34 #include "AliMUONConstants.h"
  35 #include "AliMUONPad.h"
  36 #include "AliMUONMathieson.h"
  37
  38 #include "AliMpDEManager.h"
  39 #include "AliMpPad.h"
  40 #include "AliMpVSegmentation.h"
  41 #include "AliMpEncodePair.h"
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliRunLoader.h"
  45 //#include "AliCodeTimer.h"
  46
  47 #include <Riostream.h>
  48 #include <TH2.h>
  49 #include <TVirtualFitter.h>
  50 #include <TMath.h>
  51 //#include <TCanvas.h>
  52
  53 /// \cond CLASSIMP
  54 ClassImp(AliMUONClusterFinderPeakFit)
  55 /// \endcond
  56
  57 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  58 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
  59 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
  60 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  61 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  62
  63 // Status flags for pads
  64 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
  65 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
  66 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
  67 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
  68 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge
  69 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad
  70
  71 namespace
  72 {
  73   //_____________________________________________________________________________
  74   Double_t Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par, Int_t nHits)
  75   {
  76     /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
  77
  78     //Int_t nHits = TMath::Nint(par[8]);
  79     if (nHits == 1) return 1.;
  80     if (nHits == 2) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
  81     if (icand == 0) return par[2];
  82     if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
  83     return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
  84   }
  85
  86   //___________________________________________________________________________
  87   void
  88   FitFunction(Int_t& /*notused*/, Double_t* /*notused*/,
  89               Double_t& f, Double_t* par,
  90               Int_t /*notused*/)
  91   {
  92     /// Chi2 Function to minimize: Mathieson charge distribution in 2 dimensions
  93
  94     TObjArray* userObjects = static_cast<TObjArray*>(TVirtualFitter::GetFitter()->GetObjectFit());
  95
  96     AliMUONCluster* cluster = static_cast<AliMUONCluster*>(userObjects->At(0));
  97     AliMUONMathieson* mathieson = static_cast<AliMUONMathieson*>(userObjects->At(1));
  98     AliMUONClusterFinderPeakFit* finder =
  99       static_cast<AliMUONClusterFinderPeakFit*>(userObjects->At(2));
 100
 101     f = 0.0;
 102     Int_t nHits = finder->GetNMax(), npads = cluster->Multiplicity();
 103     Double_t qTot = cluster->Charge(), coef = 0;
 104     //if (cluster->Multiplicity(0) == 0 || cluster->Multiplicity(1) == 0) qTot *= 2.;
 105
 106     for ( Int_t i = 0 ; i < npads; ++i )
 107     {
 108       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 109       // skip pads w/ saturation or other problem(s)
 110       //if ( pad->Status() ) continue;
 111       if ( pad->IsSaturated() ) continue;
 112       Double_t charge = 0.;
 113       for (Int_t j = 0; j < nHits; ++j) {
 114         // Sum over hits
 115         Int_t indx = 3 * j;
 116         TVector2 lowerLeft = TVector2(par[indx],par[indx+1]) - pad->Position() - pad->Dimensions();
 117         TVector2 upperRight(lowerLeft + pad->Dimensions()*2.0);
 118         Double_t estimatedCharge = mathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
 119                                                     upperRight.X(),upperRight.Y());
 120         coef = Param2Coef(j, coef, par, nHits);
 121         charge += estimatedCharge * coef;
 122       }
 123       charge *= qTot;
 124
 125       Double_t delta = charge - pad->Charge();
 126       delta *= delta;
 127       delta /= pad->Charge();
 128       f += delta;
 129     }
 130     f /= (qTot/npads);
 131     //cout << qTot << " " << par[0] << " " << par[1] << " " << f << endl;
 132   }
 133 }
 134
 135 //_____________________________________________________________________________
 136 AliMUONClusterFinderPeakFit::AliMUONClusterFinderPeakFit(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
 137   : AliMUONVClusterFinder(),
 138 fPreClusterFinder(clusterFinder),
 139 fPreCluster(0x0),
 140 fClusterList(),
 141 fMathieson(0x0),
 142 fEventNumber(0),
 143 fDetElemId(-1),
 144 fClusterNumber(0),
 145 fNMax(0),
 146 fHistAnode(0x0),
 147 fPixArray(new TObjArray(20)),
 148 fDebug(0),
 149 fPlot(plot),
 150 fNClusters(0),
 151 fNAddVirtualPads(0)
 152 {
 153   /// Constructor
 154
 155   fkSegmentation[1] = fkSegmentation[0] = 0x0;
 156
 157   if (fPlot) fDebug = 1;
 158 }
 159
 160 //_____________________________________________________________________________
 161 AliMUONClusterFinderPeakFit::~AliMUONClusterFinderPeakFit()
 162 {
 163 /// Destructor
 164   delete fPixArray; fPixArray = 0;
 165   delete fPreClusterFinder;
 166   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
 167                fNClusters,fNAddVirtualPads));
 168   delete fMathieson;
 169 }
 170
 171 //_____________________________________________________________________________
 172 Bool_t
 173 AliMUONClusterFinderPeakFit::Prepare(Int_t detElemId, TClonesArray* pads[2],
 174                                      const AliMpArea& area,
 175                                      const AliMpVSegmentation* seg[2])
 176 {
 177   /// Prepare for clustering
 178 //  AliCodeTimerAuto("",0)
 179
 180   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 181   {
 182     fkSegmentation[i] = seg[i];
 183   }
 184
 185   // Find out the DetElemId
 186   fDetElemId = detElemId;
 187
 188   // find out current event number, and reset the cluster number
 189   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
 190   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
 191   fClusterNumber = -1;
 192   fClusterList.Delete();
 193
 194   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
 195
 196   AliMq::Station12Type stationType = AliMpDEManager::GetStation12Type(fDetElemId);
 197
 198   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
 199   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
 200   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
 201
 202   if ( stationType == AliMq::kStation1 )
 203   {
 204     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
 205     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
 206     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
 207   }
 208
 209   delete fMathieson;
 210   fMathieson = new AliMUONMathieson;
 211
 212   fMathieson->SetPitch(pitch);
 213   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
 214   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
 215
 216   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
 217   {
 218     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
 219   }
 220   else
 221   {
 222     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
 223   }
 224 }
 225
 226 //_____________________________________________________________________________
 227 AliMUONCluster*
 228 AliMUONClusterFinderPeakFit::NextCluster()
 229 {
 230   /// Return next cluster
 231 //  AliCodeTimerAuto("",0)
 232
 233   // if the list of clusters is not void, pick one from there
 234   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
 235   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
 236
 237   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
 238   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
 239   //digits, so it can reuse them
 240
 241   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
 242   // pre-cluster and treat it
 243
 244   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
 245   fClusterNumber = -1;
 246
 247   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
 248
 249   if (!fPreCluster)
 250   {
 251     // we are done
 252     return 0x0;
 253   }
 254
 255   WorkOnPreCluster();
 256
 257   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
 258   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
 259
 260   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
 261   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 262   {
 263     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
 264     if ( !pad->IsUsed() )
 265     {
 266       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
 267     }
 268   }
 269
 270   return NextCluster();
 271 }
 272
 273 //_____________________________________________________________________________
 274 Bool_t
 275 AliMUONClusterFinderPeakFit::WorkOnPreCluster()
 276 {
 277   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
 278   /// extract clusters from this array
 279
 280   //  AliCodeTimerAuto("",0)
 281
 282   if (fDebug) {
 283     cout << " *** Event # " << fEventNumber
 284          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
 285     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
 286       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
 287       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
 288              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
 289              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
 290     }
 291   }
 292
 293   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
 294   if (!cluster) return kFALSE;
 295
 296   BuildPixArray(*cluster);
 297
 298   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
 299   {
 300     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
 301     delete cluster;
 302     return kFALSE;
 303   }
 304
 305   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100] = {0};
 306   Double_t maxVal[100];
 307
 308   nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // find local maxima
 309
 310   if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
 311
 312   if (nMax <= 3) {
 313     FindClusterFit(*cluster, localMax, maxPos, nMax);
 314   } else {
 315     for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i)
 316       {
 317         FindClusterCOG(*cluster, localMax, maxPos[i]);
 318       }
 319   }
 320
 321   delete cluster;
 322   if (fPlot == 0) {
 323     delete fHistAnode;
 324     fHistAnode = 0x0;
 325   }
 326   return kTRUE;
 327 }
 328
 329 //_____________________________________________________________________________
 330 Bool_t
 331 AliMUONClusterFinderPeakFit::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
 332 {
 333   /// Check if the pad and the pixel overlaps
 334
 335   // make a fake pad from the pixel
 336   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
 337                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
 338                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
 339
 340   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
 341 }
 342
 343 //_____________________________________________________________________________
 344 AliMUONCluster*
 345 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
 346 {
 347   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 348   /// two-cathode preclusters)
 349
 350   //  AliCodeTimerAuto("",0)
 351
 352   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
 353   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
 354       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 1.525) // JC: adc -> fc
 355   {
 356     return 0x0;
 357   }
 358
 359   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
 360
 361   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
 362   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 363
 364   AliMUONCluster* rv(0x0);
 365
 366   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
 367   {
 368     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
 369   }
 370   else
 371   {
 372     rv = cluster;
 373   }
 374   return rv;
 375 }
 376
 377 //_____________________________________________________________________________
 378 AliMUONCluster*
 379 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
 380 {
 381   /// Check two-cathode cluster
 382
 383   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
 384   Int_t* flags = new Int_t[npad];
 385   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
 386
 387   // Check pad overlaps
 388   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 389   {
 390     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
 391     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
 392     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j)
 393     {
 394       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
 395       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
 396       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
 397       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 398     }
 399   }
 400
 401   // Check if all pads overlap
 402   Int_t nFlags=0;
 403   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 404   {
 405     if (!flags[i]) ++nFlags;
 406   }
 407
 408   if (nFlags > 0)
 409   {
 410     // not all pads overlap.
 411     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
 412     TObjArray toBeRemoved;
 413     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 414     {
 415       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 416       if (flags[i]) continue;
 417       Int_t cath = pad->Cathode();
 418       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 419       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
 420       AliMpPad mpPad
 421         = fkSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position().X(),pad->Position().Y(),kFALSE);
 422       if (!mpPad.IsValid()) continue;
 423       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 424       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 3.05) continue;  // JC: adc -> fc
 425       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 426                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
 427       toBeRemoved.AddLast(pad);
 428       fPreCluster->Pad(i)->Release();
 429     }
 430     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 431     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 432     {
 433       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 434     }
 435   }
 436
 437   // Check correlations of cathode charges
 438   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
 439   {
 440     // big difference
 441     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
 442     Int_t imin(-1);
 443     Int_t imax(-1);
 444     Double_t cmax(0);
 445     Double_t cmin(1E9);
 446
 447     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the
 448     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
 449     //
 450     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 451     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 452     {
 453       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 454       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
 455       {
 456         // only consider pads in the opposite cathode, and
 457         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
 458         continue;
 459       }
 460       if ( pad->Charge() < cmin )
 461       {
 462         cmin = pad->Charge();
 463         imin = i;
 464         if (imax < 0) {
 465           imax = imin;
 466           cmax = cmin;
 467         }
 468       }
 469       else if ( pad->Charge() > cmax )
 470       {
 471         cmax = pad->Charge();
 472         imax = i;
 473       }
 474     }
 475     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
 476                     imin,imax,cmin,cmax));
 477     //
 478     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
 479     // to the pad size
 480     Double_t* dist = new Double_t[mult];
 481     Double_t dxMin(1E9);
 482     Double_t dyMin(1E9);
 483     Double_t dmin(0);
 484
 485     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
 486
 487     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 488     {
 489       dist[i] = 0.0;
 490       if ( i == imax) continue;
 491       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 492       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 493       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 494       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 495       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 496       if ( i == imin )
 497       {
 498         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
 499         dxMin = dx;
 500         dyMin = dy;
 501       }
 502     }
 503
 504     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
 505     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
 506     TObjArray toBeRemoved;
 507
 508     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 509     {
 510       Int_t indx = flags[i];
 511       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
 512       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 513       if ( dist[indx] > dmin )
 514       {
 515         // farther than the minimum pad
 516         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 517         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 518         dx *= dxMin;
 519         dy *= dyMin;
 520         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 521         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 522         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 523       }
 524       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
 525       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
 526       {
 527         // release pad
 528         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 529         {
 530           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
 531         }
 532         else
 533         {
 534           cmax = pad->Charge();
 535         }
 536         xmax = dist[indx];
 537         distPrev = dist[indx];
 538         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 539                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
 540                         pad->Charge()));
 541
 542         toBeRemoved.AddLast(pad);
 543         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
 544       }
 545     }
 546     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 547     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 548     {
 549       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 550     }
 551     delete[] dist;
 552   } // if ( !cluster->IsSaturated() &&
 553
 554   delete[] flags;
 555
 556   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
 557   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 558
 559   return cluster;
 560 }
 561
 562 //_____________________________________________________________________________
 563 void
 564 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckOverlaps()
 565 {
 566   /// For debug only : check if some pixels overlap...
 567
 568   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 569   Int_t dummy(0);
 570
 571   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
 572   {
 573     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
 574     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
 575                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
 576                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
 577
 578     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
 579     {
 580       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
 581       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
 582                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
 583                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);
 584       AliMpArea area;
 585
 586       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
 587       {
 588         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
 589         /*
 590         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
 591                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
 592                         pixelJ->Print();
 593                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
 594                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
 595                         cout << "-------" << endl;
 596                         );
 597         */
 598       }
 599     }
 600   }
 601 }
 602
 603 //_____________________________________________________________________________
 604 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
 605 {
 606   /// Build pixel array
 607
 608   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 609   if (npad<=0)
 610   {
 611     AliWarning("Got no pad at all ?!");
 612   }
 613
 614   fPixArray->Delete();
 615   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
 616
 617 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
 618 //                   fPixArray->Print(););
 619   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
 620 }
 621
 622 //_____________________________________________________________________________
 623 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
 624 {
 625   /// Build the pixel array
 626
 627 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
 628
 629   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
 630   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
 631   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
 632
 633   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 634     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 635     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
 636       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) {
 637         xy0[j] = pad->Coord(j);
 638         found[j] = 1;
 639       }
 640     }
 641     if (found[0] && found[1]) break;
 642   }
 643
 644   Double_t min[2], max[2];
 645   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
 646   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
 647   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
 648
 649   Double_t leftDownX, leftDownY;
 650   cluster.Area(cath0).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
 651   Double_t rightUpX, rightUpY;
 652   cluster.Area(cath0).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
 653   min[0] = leftDownX;
 654   min[1] = leftDownY;
 655   max[0] = rightUpX;
 656   max[1] = rightUpY;
 657   if (cath1 != cath0) {
 658     cluster.Area(cath1).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
 659     cluster.Area(cath1).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
 660     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDownX);
 661     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDownY);
 662     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUpX);
 663     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUpY);
 664   }
 665
 666   // Adjust limits
 667   if (cath0 != cath1) {
 668     TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions (0, -1, kFALSE);
 669     TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions (1, -1, kFALSE);
 670     if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) {
 671       // The same size of pads on both cathodes - check position
 672       AliMUONPad* pad0 = cluster.Pad(0);
 673       for ( Int_t i = 1; i < mult; ++i) {
 674         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 675         if (pad->Cathode() == pad0->Cathode()) continue;
 676         Double_t dist = TMath::Abs (pad0->Coord(1) - pad->Coord(1));
 677         Double_t dd = dist - Int_t(dist/width[1]/2.) * width[1] * 2.;
 678         if (TMath::Abs(dd/width[1]/2.-0.5) < fgkDistancePrecision) {
 679           // Half pad shift between cathodes
 680           width[0] /= 2.;
 681           width[1] /= 2.;
 682         }
 683         break;
 684       }
 685     }
 686   }
 687
 688   Int_t nbins[2];
 689   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
 690     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
 691     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
 692     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist))
 693                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
 694     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
 695     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
 696     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
 697     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
 698   }
 699
 700   // Book histogram
 701   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 702   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 703   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
 704   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
 705
 706   // Fill histogram
 707   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 708     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 709     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
 710     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
 711     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
 712   }
 713
 714   // Store pixels
 715   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
 716     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
 717     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
 718       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.01525) continue; // JC: adc -> fc
 719       if (cath0 != cath1) {
 720         // Two-sided cluster
 721         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
 722         if (cont < 999.) continue;
 723         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.07625) continue; // JC: adc -> fc
 724       }
 725       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) &&
 726       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
 727       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
 728       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
 729       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
 730       fPixArray->Add(pixPtr);
 731     }
 732   }
 733   /*
 734   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
 735     // Split pixel into 2
 736     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
 737     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
 738     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
 739     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
 740     fPixArray->Add(pixPtr);
 741   }
 742   */
 743   //fPixArray->Print();
 744   delete hist1;
 745   delete hist2;
 746 }
 747
 748 //_____________________________________________________________________________
 749 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
 750                                               TH2D *hist1, TH2D *hist2)
 751 {
 752   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
 753
 754   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
 755   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
 756   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
 757
 758   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
 759
 760   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
 761     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 762     if (ixy > nbins) break;
 763     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
 764     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
 765     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 766     else {
 767       // Fill histogram
 768       Double_t cont = pad->Charge();
 769       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.01525) // JC: adc -> fc
 770         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 771              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1, 1.525); // JC: adc -> fc
 772       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 773       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 774     }
 775   }
 776
 777   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
 778     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 779     if (ixy < 1) break;
 780     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
 781     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
 782     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 783     else {
 784       // Fill histogram
 785       Double_t cont = pad->Charge();
 786       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.01525) // JC: adc -> fc
 787         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 788              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1,1.525); // JC: adc -> fc
 789       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 790       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 791     }
 792   }
 793 }
 794
 795 //_____________________________________________________________________________
 796 Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
 797 {
 798 /// Find local maxima in pixel space
 799
 800   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
 801
 802   //TH2D *hist = NULL;
 803   //delete ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"));
 804   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 805   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
 806   //if (hist) hist->Delete();
 807   delete fHistAnode;
 808
 809   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
 810
 811   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
 812   AliMUONPad *pixPtr = 0;
 813   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 814     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 815     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i)
 816          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
 817   }
 818   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
 819
 820   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 821   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 822   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 823   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 824   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 825     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 826     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
 827   }
 828 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
 829
 830   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
 831   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
 832   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0;
 833
 834   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 835     indx = (i-1) * nx;
 836     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 837       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < 0.07625) continue;  // JC: adc -> fc
 838       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
 839       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
 840       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
 841     }
 842   }
 843
 844   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 845     indx = (i-1) * nx;
 846     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 847       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
 848         localMax[nMax] = indx + j - 1;
 849         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
 850         if (nMax > 99) break;
 851       }
 852     }
 853     if (nMax > 99) {
 854       AliError(" Too many local maxima !!!");
 855       break;
 856     }
 857   }
 858   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
 859   delete [] isLocalMax;
 860   return nMax;
 861 }
 862
 863 //_____________________________________________________________________________
 864 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
 865 {
 866 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
 867
 868   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
 869   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 870   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
 871   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
 872
 873   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
 874   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
 875     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
 876     indx1 = (i1 - 1) * nx;
 877     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
 878       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
 879       if (i == i1 && j == j1) continue;
 880       indx2 = indx1 + j1 - 1;
 881       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
 882       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 883       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
 884       else { // the same charge
 885         isLocalMax[indx] = 1;
 886         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
 887           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
 888           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 889           else isLocalMax[indx2] = -1;
 890         }
 891       }
 892     }
 893   }
 894   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
 895 }
 896
 897 //_____________________________________________________________________________
 898 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterFit(AliMUONCluster& cluster, const Int_t *localMax,
 899                                                  const Int_t *maxPos, Int_t nMax)
 900 {
 901 /// Fit pad charge distribution with nMax hit hypothesis
 902
 903   //if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) cout << cluster.Multiplicity(0) << " " << cluster.Multiplicity(1) << " " << cluster.Charge() << " " << cluster.Charge(0) << " " << cluster.Charge(1) << " " << endl;
 904
 905   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 906   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
 907   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 908   Double_t xmin = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmin(); //- hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 909   Double_t xmax = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 910   Double_t ymin = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmin(); //- hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 911   Double_t ymax = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 912
 913   TVirtualFitter* fitter = TVirtualFitter::Fitter(0,nMax*3);
 914   fitter->Clear("");
 915   fitter->SetFCN(FitFunction);
 916
 917   Float_t stepX = 0.01; // cm
 918   Float_t stepY = 0.01; // cm
 919   Float_t stepQ = 0.01; //
 920
 921   Double_t args[10] = {-1.}; // disable printout
 922
 923   fitter->ExecuteCommand("SET PRINT",args,1);
 924   fitter->ExecuteCommand("SET NOW",args,0); // no warnings
 925
 926   Int_t indx = 0;
 927   fNMax = nMax;
 928   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) {
 929     Int_t ic = localMax[maxPos[i]] / nx + 1;
 930     Int_t jc = localMax[maxPos[i]] % nx + 1;
 931     Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
 932     Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
 933     indx = 3 * i;
 934     fitter->SetParameter(indx,"Hit X position",xc,stepX,xmin,xmax);
 935     fitter->SetParameter(indx+1,"Hit Y position",yc,stepY,ymin,ymax);
 936     fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.6,stepQ,0.,1.);
 937   }
 938   fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.,0.,0,0);
 939   //fitter->SetParameter(8,"Number of hits",nMax,0.,0,0);
 940
 941   TObjArray userObjects;
 942
 943   userObjects.Add(&cluster);
 944   userObjects.Add(fMathieson);
 945   userObjects.Add(this);
 946
 947   fitter->SetObjectFit(&userObjects);
 948
 949   args[0] = 500.;
 950   args[1] = 1.;
 951   /*Int_t stat =*/ fitter->ExecuteCommand("MIGRAD",args,2);
 952   //if (stat) { cout << " stat = " << stat << " " << fDetElemId << endl; /*exit(0);*/ }
 953   //Int_t nvpar, nparx;
 954   //Double_t amin, edm, errdef;
 955   //fitter->GetStats(amin, edm, errdef, nvpar, nparx);
 956   //cout << amin << endl;
 957
 958   Double_t qTot = cluster.Charge(), par[9] = {0.}, err[9] = {0.}, coef = 0.;
 959   //par[8] = nMax;
 960   for (Int_t j = 0; j < nMax; ++j) {
 961     indx = 3 * j;
 962     par[indx+2] = fitter->GetParameter(indx+2);
 963     coef = Param2Coef(j, coef, par, nMax);
 964     par[indx] = fitter->GetParameter(indx);
 965     par[indx+1] = fitter->GetParameter(indx+1);
 966     err[indx] = fitter->GetParError(indx);
 967     err[indx+1] = fitter->GetParError(indx+1);
 968
 969     if ( coef*qTot >= 2.135 ) // JC: adc -> fc
 970     {
 971       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
 972
 973       cluster1->SetCharge(coef*qTot,coef*qTot);
 974
 975       cluster1->SetPosition(TVector2(par[indx],par[indx+1]),TVector2(err[indx],err[indx+1]));
 976       cluster1->SetChi2(0.);
 977
 978       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
 979       // the original AddRawCluster code.
 980
 981       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
 982                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
 983                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
 984
 985       fClusterList.Add(cluster1);
 986     }
 987   }
 988 }
 989
 990 //_____________________________________________________________________________
 991 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterCOG(AliMUONCluster& cluster,
 992                                                  const Int_t *localMax, Int_t iMax)
 993 {
 994 /// Find COG of pad charge distribution around local maximum \a iMax
 995
 996   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 997   /* Just for check
 998   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
 999   c->cd();
1000   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1001   c->Update();
1002   Int_t tmp;
1003   cin >> tmp;
1004   */
1005   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1006   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1007   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1008   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1009
1010   // Get min pad dimensions for the precluster
1011   Int_t nSides = 2;
1012   if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) nSides = 1;
1013   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, -1, kFALSE);
1014   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, -1, kFALSE);
1015   //Double_t width[2][2] = {{dim0.X(), dim0.Y()},{dim1.X(),dim1.Y()}};
1016   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // coordinate index vs cathode
1017   if (nSides == 1 || dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1018     nonb[0] = 0;
1019     nonb[1] = 1;
1020   }
1021   Bool_t samex = kFALSE, samey = kFALSE;
1022   if (TMath::Abs(dim0.X()-dim1.X()) < fgkDistancePrecision) samex = kTRUE; // the same X pad size on both planes
1023   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) samey = kTRUE; // the same Y pad size on both planes
1024
1025   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1026   //fPixArray->Delete();
1027
1028   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1029   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1030   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1031   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1032   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1033   AliMUONPad pixel(xc, yc, wx, wy, cont);
1034   if (fDebug) pixel.Print("full");
1035
1036   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1037
1038   // Pick up pads which overlap with the maximum pixel and find pads with the max signal
1039   Double_t qMax[2] = {0};
1040   AliMUONPad *matrix[2][3] = {{0x0,0x0,0x0},{0x0,0x0,0x0}};
1041   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1042   {
1043     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1044     if ( Overlap(*pad,pixel) )
1045     {
1046       if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1047       if (pad->Charge() > qMax[pad->Cathode()]) {
1048         qMax[pad->Cathode()] = pad->Charge();
1049         matrix[pad->Cathode()][1] = pad;
1050         if (nSides == 1) matrix[!pad->Cathode()][1] = pad;
1051       }
1052     }
1053   }
1054   //if (nSides == 2 && (matrix[0][1] == 0x0 || matrix[1][1] == 0x0)) return; // ???
1055
1056   // Find neighbours of maxima to have 3 pads per direction (if possible)
1057   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1058   {
1059     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1060     Int_t cath = pad->Cathode();
1061     if (pad == matrix[cath][1]) continue;
1062     Int_t nLoops = 3 - nSides;
1063
1064     for (Int_t k = 0; k < nLoops; ++k) {
1065       Int_t cath1 = cath;
1066       if (k) cath1 = !cath;
1067
1068       // Check the coordinate corresponding to the cathode (bending or non-bending case)
1069       Double_t dist = pad->Coord(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Coord(nonb[cath1]);
1070       Double_t dir = TMath::Sign (1., dist);
1071       dist = TMath::Abs(dist) - pad->Size(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Size(nonb[cath1]);
1072
1073       if (TMath::Abs(dist) < fgkDistancePrecision) {
1074         // Check the other coordinate
1075         dist = pad->Coord(!nonb[cath1]) - matrix[cath1][1]->Coord(!nonb[cath1]);
1076         if (TMath::Abs(dist) >
1077             TMath::Max(pad->Size(!nonb[cath1]), matrix[cath1][1]->Size(!nonb[cath1])) - fgkDistancePrecision) break;
1078         Int_t idir = TMath::Nint (dir);
1079         if (matrix[cath1][1+idir] == 0x0) matrix[cath1][1+idir] = pad;
1080         else if (pad->Charge() > matrix[cath1][1+idir]->Charge()) matrix[cath1][1+idir] = pad; // diff. segmentation
1081         //cout << pad->Coord(nonb[cath1]) << " " << pad->Coord(!nonb[cath1]) << " " << pad->Size(nonb[cath1]) << " " << pad->Size(!nonb[cath1]) << " " << pad->Charge() << endl ;
1082         break;
1083       }
1084     }
1085   }
1086
1087   Double_t coord[2] = {0.}, qAver = 0.;
1088   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
1089     Double_t q = 0.;
1090     Double_t coordQ = 0.;
1091     Int_t cath = matrix[i][1]->Cathode();
1092     if (i && nSides == 1) cath = !cath;
1093     for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) {
1094       if (matrix[i][j] == 0x0) continue;
1095       Double_t dq = matrix[i][j]->Charge();
1096       q += dq;
1097       coordQ += dq * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]);
1098       //coordQ += (matrix[i][j]->Charge() * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]));
1099     }
1100     coord[cath] = coordQ / q;
1101     qAver = TMath::Max (qAver, q);
1102   }
1103
1104   //qAver = TMath::Sqrt(qAver);
1105   if ( qAver >= 2.135 ) // JC: adc -> fc
1106   {
1107
1108     AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
1109
1110     cluster1->SetCharge(qAver,qAver);
1111     if (nonb[0] == 1)
1112       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[1],coord[0]),TVector2(0.,0.));
1113     else
1114       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[0],coord[1]),TVector2(0.,0.));
1115
1116     cluster1->SetChi2(0.);
1117
1118     // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
1119     // the original AddRawCluster code.
1120
1121     AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
1122                     fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
1123                     cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
1124
1125     fClusterList.Add(cluster1);
1126   }
1127 }
1128
1129 //_____________________________________________________________________________
1130 AliMUONClusterFinderPeakFit&
1131 AliMUONClusterFinderPeakFit::operator=(const AliMUONClusterFinderPeakFit& rhs)
1132 {
1133 /// Protected assignement operator
1134
1135   if (this == &rhs) return *this;
1136
1137   AliFatal("Not implemented.");
1138
1139   return *this;
1140 }
1141
1142 //_____________________________________________________________________________
1143 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1144                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1145 {
1146   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1147   /// overflows)
1148
1149   //Int_t statusToTest = 1;
1150   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1151
1152   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1153   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1154
1155   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1156
1157   Long_t cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1158
1159   nInX = AliMp::PairFirst(cn);
1160   nInY = AliMp::PairSecond(cn);
1161 }
1162
1163 //_____________________________________________________________________________
1164 void AliMUONClusterFinderPeakFit::RemovePixel(Int_t i)
1165 {
1166   /// Remove pixel at index i
1167   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1168   fPixArray->RemoveAt(i);
1169   delete pixPtr;
1170 }
1171
1172 //_____________________________________________________________________________
1173 AliMUONPad*
1174 AliMUONClusterFinderPeakFit::Pixel(Int_t i) const
1175 {
1176   /// Returns pixel at index i
1177   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1178 }
1179
1180 //_____________________________________________________________________________
1181 void
1182 AliMUONClusterFinderPeakFit::Print(Option_t* what) const
1183 {
1184   /// printout
1185   TString swhat(what);
1186   swhat.ToLower();
1187   if ( swhat.Contains("precluster") )
1188   {
1189     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1190   }
1191 }
1192
1193