MUON/AliMUONClusterFinderPeakFit.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterFinderPeakFit
  20 ///
  21 /// Clusterizer class based on simple peak finder
  22 ///
  23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
  24 /// From a precluster a pixel array is built, and its local maxima are used
  25 /// to get pads and make the fit with up to 3 hit candidates or compute pad
  26 /// centers of gravity for larger number of peaks.
  27 ///
  28 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  29 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31
  32 #include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
  33 #include "AliMUONCluster.h"
  34 #include "AliMUONConstants.h"
  35 #include "AliMUONPad.h"
  36 #include "AliMUONMathieson.h"
  37
  38 #include "AliMpDEManager.h"
  39 #include "AliMpPad.h"
  40 #include "AliMpStationType.h"
  41 #include "AliMpVSegmentation.h"
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliRunLoader.h"
  45 //#include "AliCodeTimer.h"
  46
  47 #include <Riostream.h>
  48 #include <TH2.h>
  49 #include <TVirtualFitter.h>
  50 #include <TMath.h>
  51 //#include <TCanvas.h>
  52
  53 /// \cond CLASSIMP
  54 ClassImp(AliMUONClusterFinderPeakFit)
  55 /// \endcond
  56
  57 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  58 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
  59 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
  60 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  61 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  62
  63 // Status flags for pads
  64 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
  65 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
  66 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
  67 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
  68 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge
  69 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad
  70
  71 namespace
  72 {
  73   //_____________________________________________________________________________
  74   Double_t Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par, Int_t nHits)
  75   {
  76     /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
  77
  78     //Int_t nHits = TMath::Nint(par[8]);
  79     if (nHits == 1) return 1.;
  80     if (nHits == 2) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
  81     if (icand == 0) return par[2];
  82     if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
  83     return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
  84   }
  85
  86   //___________________________________________________________________________
  87   void
  88   FitFunction(Int_t& /*notused*/, Double_t* /*notused*/,
  89               Double_t& f, Double_t* par,
  90               Int_t /*notused*/)
  91   {
  92     /// Chi2 Function to minimize: Mathieson charge distribution in 2 dimensions
  93
  94     TObjArray* userObjects = static_cast<TObjArray*>(TVirtualFitter::GetFitter()->GetObjectFit());
  95
  96     AliMUONCluster* cluster = static_cast<AliMUONCluster*>(userObjects->At(0));
  97     AliMUONMathieson* mathieson = static_cast<AliMUONMathieson*>(userObjects->At(1));
  98     AliMUONClusterFinderPeakFit* finder =
  99       static_cast<AliMUONClusterFinderPeakFit*>(userObjects->At(2));
 100
 101     f = 0.0;
 102     Int_t nHits = finder->GetNMax(), npads = cluster->Multiplicity();
 103     Double_t qTot = cluster->Charge(), coef = 0;
 104     //if (cluster->Multiplicity(0) == 0 || cluster->Multiplicity(1) == 0) qTot *= 2.;
 105
 106     for ( Int_t i = 0 ; i < npads; ++i )
 107     {
 108       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 109       // skip pads w/ saturation or other problem(s)
 110       //if ( pad->Status() ) continue;
 111       if ( pad->IsSaturated() ) continue;
 112       Double_t charge = 0.;
 113       for (Int_t j = 0; j < nHits; ++j) {
 114         // Sum over hits
 115         Int_t indx = 3 * j;
 116         TVector2 lowerLeft = TVector2(par[indx],par[indx+1]) - pad->Position() - pad->Dimensions();
 117         TVector2 upperRight(lowerLeft + pad->Dimensions()*2.0);
 118         Double_t estimatedCharge = mathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
 119                                                     upperRight.X(),upperRight.Y());
 120         coef = Param2Coef(j, coef, par, nHits);
 121         charge += estimatedCharge * coef;
 122       }
 123       charge *= qTot;
 124
 125       Double_t delta = charge - pad->Charge();
 126       delta *= delta;
 127       delta /= pad->Charge();
 128       f += delta;
 129     }
 130     f /= (qTot/npads);
 131     //cout << qTot << " " << par[0] << " " << par[1] << " " << f << endl;
 132   }
 133 }
 134
 135 //_____________________________________________________________________________
 136 AliMUONClusterFinderPeakFit::AliMUONClusterFinderPeakFit(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
 137   : AliMUONVClusterFinder(),
 138 fPreClusterFinder(clusterFinder),
 139 fPreCluster(0x0),
 140 fClusterList(),
 141 fMathieson(0x0),
 142 fEventNumber(0),
 143 fDetElemId(-1),
 144 fClusterNumber(0),
 145 fNMax(0),
 146 fHistAnode(0x0),
 147 fPixArray(new TObjArray(20)),
 148 fDebug(0),
 149 fPlot(plot),
 150 fNClusters(0),
 151 fNAddVirtualPads(0)
 152 {
 153   /// Constructor
 154
 155   fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0;
 156
 157   if (fPlot) fDebug = 1;
 158 }
 159
 160 //_____________________________________________________________________________
 161 AliMUONClusterFinderPeakFit::~AliMUONClusterFinderPeakFit()
 162 {
 163 /// Destructor
 164   delete fPixArray; fPixArray = 0;
 165   delete fPreClusterFinder;
 166   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
 167                fNClusters,fNAddVirtualPads));
 168   delete fMathieson;
 169 }
 170
 171 //_____________________________________________________________________________
 172 Bool_t
 173 AliMUONClusterFinderPeakFit::Prepare(Int_t detElemId, TClonesArray* pads[2],
 174                                      const AliMpArea& area, const AliMpVSegmentation* seg[2])
 175 {
 176   /// Prepare for clustering
 177 //  AliCodeTimerAuto("")
 178
 179   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 180   {
 181     fSegmentation[i] = seg[i];
 182   }
 183
 184   // Find out the DetElemId
 185   fDetElemId = detElemId;
 186
 187   // find out current event number, and reset the cluster number
 188   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
 189   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
 190   fClusterNumber = -1;
 191   fClusterList.Delete();
 192
 193   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
 194
 195   AliMp::StationType stationType = AliMpDEManager::GetStationType(fDetElemId);
 196
 197   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
 198   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
 199   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
 200
 201   if ( stationType == AliMp::kStation1 )
 202   {
 203     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
 204     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
 205     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
 206   }
 207
 208   delete fMathieson;
 209   fMathieson = new AliMUONMathieson;
 210
 211   fMathieson->SetPitch(pitch);
 212   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
 213   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
 214
 215   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
 216   {
 217     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
 218   }
 219   else
 220   {
 221     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
 222   }
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________
 226 AliMUONCluster*
 227 AliMUONClusterFinderPeakFit::NextCluster()
 228 {
 229   /// Return next cluster
 230 //  AliCodeTimerAuto("")
 231
 232   // if the list of clusters is not void, pick one from there
 233   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
 234   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
 235
 236   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
 237   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
 238   //digits, so it can reuse them
 239
 240   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
 241   // pre-cluster and treat it
 242
 243   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
 244
 245   if (!fPreCluster)
 246   {
 247     // we are done
 248     return 0x0;
 249   }
 250
 251   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
 252   fClusterNumber = -1;
 253
 254   WorkOnPreCluster();
 255
 256   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
 257   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
 258
 259   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
 260   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 261   {
 262     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
 263     if ( !pad->IsUsed() )
 264     {
 265       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
 266     }
 267   }
 268
 269   return NextCluster();
 270 }
 271
 272 //_____________________________________________________________________________
 273 Bool_t
 274 AliMUONClusterFinderPeakFit::WorkOnPreCluster()
 275 {
 276   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
 277   /// extract clusters from this array
 278
 279   //  AliCodeTimerAuto("")
 280
 281   if (fDebug) {
 282     cout << " *** Event # " << fEventNumber
 283          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
 284     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
 285       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
 286       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
 287              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
 288              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
 289     }
 290   }
 291
 292   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
 293   if (!cluster) return kFALSE;
 294
 295   BuildPixArray(*cluster);
 296
 297   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
 298   {
 299     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
 300     delete cluster;
 301     return kFALSE;
 302   }
 303
 304   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100] = {0};
 305   Double_t maxVal[100];
 306
 307   nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // find local maxima
 308
 309   if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
 310
 311   if (nMax <= 3) {
 312     FindClusterFit(*cluster, localMax, maxPos, nMax);
 313   } else {
 314     for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i)
 315       {
 316         FindClusterCOG(*cluster, localMax, maxPos[i]);
 317       }
 318   }
 319
 320   delete cluster;
 321   if (fPlot == 0) {
 322     delete fHistAnode;
 323     fHistAnode = 0x0;
 324   }
 325   return kTRUE;
 326 }
 327
 328 //_____________________________________________________________________________
 329 Bool_t
 330 AliMUONClusterFinderPeakFit::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
 331 {
 332   /// Check if the pad and the pixel overlaps
 333
 334   // make a fake pad from the pixel
 335   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
 336                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
 337                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
 338
 339   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
 340 }
 341
 342 //_____________________________________________________________________________
 343 AliMUONCluster*
 344 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
 345 {
 346   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 347   /// two-cathode preclusters)
 348
 349   //  AliCodeTimerAuto("")
 350
 351   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
 352   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
 353       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 10)
 354   {
 355     return 0x0;
 356   }
 357
 358   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
 359
 360   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
 361   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 362
 363   AliMUONCluster* rv(0x0);
 364
 365   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
 366   {
 367     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
 368   }
 369   else
 370   {
 371     rv = cluster;
 372   }
 373   return rv;
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 AliMUONCluster*
 378 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
 379 {
 380   /// Check two-cathode cluster
 381
 382   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
 383   Int_t* flags = new Int_t[npad];
 384   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
 385
 386   // Check pad overlaps
 387   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 388   {
 389     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
 390     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
 391     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j)
 392     {
 393       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
 394       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
 395       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
 396       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 397     }
 398   }
 399
 400   // Check if all pads overlap
 401   Int_t nFlags=0;
 402   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 403   {
 404     if (!flags[i]) ++nFlags;
 405   }
 406
 407   if (nFlags > 0)
 408   {
 409     // not all pads overlap.
 410     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
 411     TObjArray toBeRemoved;
 412     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 413     {
 414       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 415       if (flags[i]) continue;
 416       Int_t cath = pad->Cathode();
 417       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 418       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
 419       AliMpPad mpPad = fSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position(),kFALSE);
 420       if (!mpPad.IsValid()) continue;
 421       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 422       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 20) continue;
 423       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 424                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
 425       toBeRemoved.AddLast(pad);
 426       fPreCluster->Pad(i)->Release();
 427     }
 428     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 429     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 430     {
 431       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 432     }
 433   }
 434
 435   // Check correlations of cathode charges
 436   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
 437   {
 438     // big difference
 439     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
 440     Int_t imin(-1);
 441     Int_t imax(-1);
 442     Double_t cmax(0);
 443     Double_t cmin(1E9);
 444
 445     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the
 446     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
 447     //
 448     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 449     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 450     {
 451       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 452       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
 453       {
 454         // only consider pads in the opposite cathode, and
 455         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
 456         continue;
 457       }
 458       if ( pad->Charge() < cmin )
 459       {
 460         cmin = pad->Charge();
 461         imin = i;
 462         if (imax < 0) {
 463           imax = imin;
 464           cmax = cmin;
 465         }
 466       }
 467       else if ( pad->Charge() > cmax )
 468       {
 469         cmax = pad->Charge();
 470         imax = i;
 471       }
 472     }
 473     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
 474                     imin,imax,cmin,cmax));
 475     //
 476     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
 477     // to the pad size
 478     Double_t* dist = new Double_t[mult];
 479     Double_t dxMin(1E9);
 480     Double_t dyMin(1E9);
 481     Double_t dmin(0);
 482
 483     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
 484
 485     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 486     {
 487       dist[i] = 0.0;
 488       if ( i == imax) continue;
 489       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 490       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 491       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 492       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 493       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 494       if ( i == imin )
 495       {
 496         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
 497         dxMin = dx;
 498         dyMin = dy;
 499       }
 500     }
 501
 502     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
 503     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
 504     TObjArray toBeRemoved;
 505
 506     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 507     {
 508       Int_t indx = flags[i];
 509       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
 510       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 511       if ( dist[indx] > dmin )
 512       {
 513         // farther than the minimum pad
 514         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 515         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 516         dx *= dxMin;
 517         dy *= dyMin;
 518         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 519         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 520         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 521       }
 522       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
 523       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
 524       {
 525         // release pad
 526         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 527         {
 528           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
 529         }
 530         else
 531         {
 532           cmax = pad->Charge();
 533         }
 534         xmax = dist[indx];
 535         distPrev = dist[indx];
 536         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 537                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
 538                         pad->Charge()));
 539
 540         toBeRemoved.AddLast(pad);
 541         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
 542       }
 543     }
 544     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 545     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 546     {
 547       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 548     }
 549     delete[] dist;
 550   } // if ( !cluster->IsSaturated() &&
 551
 552   delete[] flags;
 553
 554   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
 555   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 556
 557   return cluster;
 558 }
 559
 560 //_____________________________________________________________________________
 561 void
 562 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckOverlaps()
 563 {
 564   /// For debug only : check if some pixels overlap...
 565
 566   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 567   Int_t dummy(0);
 568
 569   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
 570   {
 571     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
 572     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
 573                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
 574                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
 575
 576     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
 577     {
 578       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
 579       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
 580                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
 581                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);
 582       AliMpArea area;
 583
 584       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
 585       {
 586         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
 587         /*
 588         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
 589                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
 590                         pixelJ->Print();
 591                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
 592                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
 593                         cout << "-------" << endl;
 594                         );
 595         */
 596       }
 597     }
 598   }
 599 }
 600
 601 //_____________________________________________________________________________
 602 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
 603 {
 604   /// Build pixel array
 605
 606   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 607   if (npad<=0)
 608   {
 609     AliWarning("Got no pad at all ?!");
 610   }
 611
 612   fPixArray->Delete();
 613   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
 614
 615 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
 616 //                   fPixArray->Print(););
 617   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
 618 }
 619
 620 //_____________________________________________________________________________
 621 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
 622 {
 623   /// Build the pixel array
 624
 625 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
 626
 627   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
 628   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
 629   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
 630
 631   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 632     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 633     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
 634       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) {
 635         xy0[j] = pad->Coord(j);
 636         found[j] = 1;
 637       }
 638     }
 639     if (found[0] && found[1]) break;
 640   }
 641
 642   Double_t min[2], max[2];
 643   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
 644   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
 645   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
 646
 647   TVector2 leftDown = cluster.Area(cath0).LeftDownCorner();
 648   TVector2 rightUp = cluster.Area(cath0).RightUpCorner();
 649   min[0] = leftDown.X();
 650   min[1] = leftDown.Y();
 651   max[0] = rightUp.X();
 652   max[1] = rightUp.Y();
 653   if (cath1 != cath0) {
 654     leftDown = cluster.Area(cath1).LeftDownCorner();
 655     rightUp = cluster.Area(cath1).RightUpCorner();
 656     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDown.X());
 657     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDown.Y());
 658     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUp.X());
 659     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUp.Y());
 660   }
 661
 662   // Adjust limits
 663   if (cath0 != cath1) {
 664     TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions (0, -1, kFALSE);
 665     TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions (1, -1, kFALSE);
 666     if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) {
 667       // The same size of pads on both cathodes - check position
 668       AliMUONPad* pad0 = cluster.Pad(0);
 669       for ( Int_t i = 1; i < mult; ++i) {
 670         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 671         if (pad->Cathode() == pad0->Cathode()) continue;
 672         Double_t dist = TMath::Abs (pad0->Coord(1) - pad->Coord(1));
 673         Double_t dd = dist - Int_t(dist/width[1]/2.) * width[1] * 2.;
 674         if (TMath::Abs(dd/width[1]/2.-0.5) < fgkDistancePrecision) {
 675           // Half pad shift between cathodes
 676           width[0] /= 2.;
 677           width[1] /= 2.;
 678         }
 679         break;
 680       }
 681     }
 682   }
 683
 684   Int_t nbins[2];
 685   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
 686     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
 687     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
 688     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist))
 689                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
 690     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
 691     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
 692     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
 693     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
 694   }
 695
 696   // Book histogram
 697   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 698   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 699   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
 700   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
 701
 702   // Fill histogram
 703   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 704     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 705     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
 706     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
 707     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
 708   }
 709
 710   // Store pixels
 711   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
 712     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
 713     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
 714       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
 715       if (cath0 != cath1) {
 716         // Two-sided cluster
 717         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
 718         if (cont < 999.) continue;
 719         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
 720       }
 721       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) &&
 722       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
 723       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
 724       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
 725       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
 726       fPixArray->Add(pixPtr);
 727     }
 728   }
 729   /*
 730   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
 731     // Split pixel into 2
 732     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
 733     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
 734     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
 735     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
 736     fPixArray->Add(pixPtr);
 737   }
 738   */
 739   //fPixArray->Print();
 740   delete hist1;
 741   delete hist2;
 742 }
 743
 744 //_____________________________________________________________________________
 745 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
 746                                               TH2D *hist1, TH2D *hist2)
 747 {
 748   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
 749
 750   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
 751   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
 752   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
 753
 754   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
 755
 756   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
 757     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 758     if (ixy > nbins) break;
 759     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
 760     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
 761     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 762     else {
 763       // Fill histogram
 764       Double_t cont = pad->Charge();
 765       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 766         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 767              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1, 10.);
 768       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 769       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 770     }
 771   }
 772
 773   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
 774     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 775     if (ixy < 1) break;
 776     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
 777     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
 778     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 779     else {
 780       // Fill histogram
 781       Double_t cont = pad->Charge();
 782       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 783         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 784              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1,10.);
 785       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 786       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 787     }
 788   }
 789 }
 790
 791 //_____________________________________________________________________________
 792 Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
 793 {
 794 /// Find local maxima in pixel space
 795
 796   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
 797
 798   //TH2D *hist = NULL;
 799   //delete ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"));
 800   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 801   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
 802   //if (hist) hist->Delete();
 803   delete fHistAnode;
 804
 805   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
 806
 807   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
 808   AliMUONPad *pixPtr = 0;
 809   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 810     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 811     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i)
 812          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
 813   }
 814   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
 815
 816   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 817   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 818   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 819   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 820   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 821     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 822     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
 823   }
 824 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
 825
 826   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
 827   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
 828   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0;
 829
 830   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 831     indx = (i-1) * nx;
 832     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 833       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
 834       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
 835       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
 836       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
 837     }
 838   }
 839
 840   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 841     indx = (i-1) * nx;
 842     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 843       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
 844         localMax[nMax] = indx + j - 1;
 845         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
 846         if (nMax > 99) break;
 847       }
 848     }
 849     if (nMax > 99) {
 850       AliError(" Too many local maxima !!!");
 851       break;
 852     }
 853   }
 854   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
 855   delete [] isLocalMax;
 856   return nMax;
 857 }
 858
 859 //_____________________________________________________________________________
 860 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
 861 {
 862 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
 863
 864   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
 865   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 866   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
 867   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
 868
 869   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
 870   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
 871     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
 872     indx1 = (i1 - 1) * nx;
 873     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
 874       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
 875       if (i == i1 && j == j1) continue;
 876       indx2 = indx1 + j1 - 1;
 877       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
 878       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 879       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
 880       else { // the same charge
 881         isLocalMax[indx] = 1;
 882         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
 883           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
 884           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 885           else isLocalMax[indx2] = -1;
 886         }
 887       }
 888     }
 889   }
 890   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
 891 }
 892
 893 //_____________________________________________________________________________
 894 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterFit(AliMUONCluster& cluster, Int_t *localMax,
 895                                                  Int_t *maxPos, Int_t nMax)
 896 {
 897 /// Fit pad charge distribution with nMax hit hypothesis
 898
 899   //if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) cout << cluster.Multiplicity(0) << " " << cluster.Multiplicity(1) << " " << cluster.Charge() << " " << cluster.Charge(0) << " " << cluster.Charge(1) << " " << endl;
 900
 901   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 902   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
 903   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 904   Double_t xmin = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmin(); //- hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 905   Double_t xmax = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 906   Double_t ymin = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmin(); //- hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 907   Double_t ymax = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 908
 909   TVirtualFitter* fitter = TVirtualFitter::Fitter(0,nMax*3);
 910   fitter->Clear("");
 911   fitter->SetFCN(FitFunction);
 912
 913   Float_t stepX = 0.01; // cm
 914   Float_t stepY = 0.01; // cm
 915   Float_t stepQ = 0.01; //
 916
 917   Double_t args[10] = {-1.}; // disable printout
 918
 919   fitter->ExecuteCommand("SET PRINT",args,1);
 920   fitter->ExecuteCommand("SET NOW",args,0); // no warnings
 921
 922   Int_t indx = 0;
 923   fNMax = nMax;
 924   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) {
 925     Int_t ic = localMax[maxPos[i]] / nx + 1;
 926     Int_t jc = localMax[maxPos[i]] % nx + 1;
 927     Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
 928     Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
 929     indx = 3 * i;
 930     fitter->SetParameter(indx,"Hit X position",xc,stepX,xmin,xmax);
 931     fitter->SetParameter(indx+1,"Hit Y position",yc,stepY,ymin,ymax);
 932     fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.6,stepQ,0.,1.);
 933   }
 934   fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.,0.,0,0);
 935   //fitter->SetParameter(8,"Number of hits",nMax,0.,0,0);
 936
 937   TObjArray userObjects;
 938
 939   userObjects.Add(&cluster);
 940   userObjects.Add(fMathieson);
 941   userObjects.Add(this);
 942
 943   fitter->SetObjectFit(&userObjects);
 944
 945   args[0] = 500.;
 946   args[1] = 1.;
 947   /*Int_t stat =*/ fitter->ExecuteCommand("MIGRAD",args,2);
 948   //if (stat) { cout << " stat = " << stat << " " << fDetElemId << endl; /*exit(0);*/ }
 949   //Int_t nvpar, nparx;
 950   //Double_t amin, edm, errdef;
 951   //fitter->GetStats(amin, edm, errdef, nvpar, nparx);
 952   //cout << amin << endl;
 953
 954   Double_t qTot = cluster.Charge(), par[9] = {0.}, err[9] = {0.}, coef = 0.;
 955   //par[8] = nMax;
 956   for (Int_t j = 0; j < nMax; ++j) {
 957     indx = 3 * j;
 958     par[indx+2] = fitter->GetParameter(indx+2);
 959     coef = Param2Coef(j, coef, par, nMax);
 960     par[indx] = fitter->GetParameter(indx);
 961     par[indx+1] = fitter->GetParameter(indx+1);
 962     err[indx] = fitter->GetParError(indx);
 963     err[indx+1] = fitter->GetParError(indx+1);
 964
 965     if ( coef*qTot >= 14 )
 966     {
 967       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
 968
 969       cluster1->SetCharge(coef*qTot,coef*qTot);
 970
 971       cluster1->SetPosition(TVector2(par[indx],par[indx+1]),TVector2(err[indx],err[indx+1]));
 972       cluster1->SetChi2(0.);
 973
 974       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
 975       // the original AddRawCluster code.
 976
 977       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
 978                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
 979                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
 980
 981       fClusterList.Add(cluster1);
 982     }
 983   }
 984 }
 985
 986 //_____________________________________________________________________________
 987 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterCOG(AliMUONCluster& cluster,
 988                                                  Int_t *localMax, Int_t iMax)
 989 {
 990 /// Find COG of pad charge distribution around local maximum \a iMax
 991
 992   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 993   /* Just for check
 994   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
 995   c->cd();
 996   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
 997   c->Update();
 998   Int_t tmp;
 999   cin >> tmp;
1000   */
1001   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1002   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1003   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1004   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1005
1006   // Get min pad dimensions for the precluster
1007   Int_t nSides = 2;
1008   if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) nSides = 1;
1009   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, -1, kFALSE);
1010   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, -1, kFALSE);
1011   //Double_t width[2][2] = {{dim0.X(), dim0.Y()},{dim1.X(),dim1.Y()}};
1012   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // coordinate index vs cathode
1013   if (nSides == 1 || dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1014     nonb[0] = 0;
1015     nonb[1] = 1;
1016   }
1017   Bool_t samex = kFALSE, samey = kFALSE;
1018   if (TMath::Abs(dim0.X()-dim1.X()) < fgkDistancePrecision) samex = kTRUE; // the same X pad size on both planes
1019   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) samey = kTRUE; // the same Y pad size on both planes
1020
1021   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1022   //fPixArray->Delete();
1023
1024   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1025   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1026   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1027   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1028   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1029   AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont);
1030   if (fDebug) pixPtr->Print("full");
1031
1032   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1033
1034   // Pick up pads which overlap with the maximum pixel and find pads with the max signal
1035   Double_t qMax[2] = {0};
1036   AliMUONPad *matrix[2][3] = {{0x0,0x0,0x0},{0x0,0x0,0x0}};
1037   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1038   {
1039     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1040     if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1041     {
1042       if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1043       if (pad->Charge() > qMax[pad->Cathode()]) {
1044         qMax[pad->Cathode()] = pad->Charge();
1045         matrix[pad->Cathode()][1] = pad;
1046         if (nSides == 1) matrix[!pad->Cathode()][1] = pad;
1047       }
1048     }
1049   }
1050   //if (nSides == 2 && (matrix[0][1] == 0x0 || matrix[1][1] == 0x0)) return; // ???
1051
1052   // Find neighbours of maxima to have 3 pads per direction (if possible)
1053   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1054   {
1055     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1056     Int_t cath = pad->Cathode();
1057     if (pad == matrix[cath][1]) continue;
1058     Int_t nLoops = 3 - nSides;
1059
1060     for (Int_t k = 0; k < nLoops; ++k) {
1061       Int_t cath1 = cath;
1062       if (k) cath1 = !cath;
1063
1064       // Check the coordinate corresponding to the cathode (bending or non-bending case)
1065       Double_t dist = pad->Coord(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Coord(nonb[cath1]);
1066       Double_t dir = TMath::Sign (1., dist);
1067       dist = TMath::Abs(dist) - pad->Size(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Size(nonb[cath1]);
1068
1069       if (TMath::Abs(dist) < fgkDistancePrecision) {
1070         // Check the other coordinate
1071         dist = pad->Coord(!nonb[cath1]) - matrix[cath1][1]->Coord(!nonb[cath1]);
1072         if (TMath::Abs(dist) >
1073             TMath::Max(pad->Size(!nonb[cath1]), matrix[cath1][1]->Size(!nonb[cath1])) - fgkDistancePrecision) break;
1074         Int_t idir = TMath::Nint (dir);
1075         if (matrix[cath1][1+idir] == 0x0) matrix[cath1][1+idir] = pad;
1076         else if (pad->Charge() > matrix[cath1][1+idir]->Charge()) matrix[cath1][1+idir] = pad; // diff. segmentation
1077         //cout << pad->Coord(nonb[cath1]) << " " << pad->Coord(!nonb[cath1]) << " " << pad->Size(nonb[cath1]) << " " << pad->Size(!nonb[cath1]) << " " << pad->Charge() << endl ;
1078         break;
1079       }
1080     }
1081   }
1082
1083   Double_t coord[2] = {0.}, qAver = 0.;
1084   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
1085     Double_t q = 0.;
1086     Double_t coordQ = 0.;
1087     Int_t cath = matrix[i][1]->Cathode();
1088     if (i && nSides == 1) cath = !cath;
1089     for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) {
1090       if (matrix[i][j] == 0x0) continue;
1091       Double_t dq = matrix[i][j]->Charge();
1092       q += dq;
1093       coordQ += dq * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]);
1094       //coordQ += (matrix[i][j]->Charge() * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]));
1095     }
1096     coord[cath] = coordQ / q;
1097     qAver = TMath::Max (qAver, q);
1098   }
1099
1100   //qAver = TMath::Sqrt(qAver);
1101   if ( qAver >= 14 )
1102   {
1103
1104     AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
1105
1106     cluster1->SetCharge(qAver,qAver);
1107     if (nonb[0] == 1)
1108       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[1],coord[0]),TVector2(0.,0.));
1109     else
1110       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[0],coord[1]),TVector2(0.,0.));
1111
1112     cluster1->SetChi2(0.);
1113
1114     // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
1115     // the original AddRawCluster code.
1116
1117     AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
1118                     fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
1119                     cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
1120
1121     fClusterList.Add(cluster1);
1122   }
1123 }
1124
1125 //_____________________________________________________________________________
1126 AliMUONClusterFinderPeakFit&
1127 AliMUONClusterFinderPeakFit::operator=(const AliMUONClusterFinderPeakFit& rhs)
1128 {
1129 /// Protected assignement operator
1130
1131   if (this == &rhs) return *this;
1132
1133   AliFatal("Not implemented.");
1134
1135   return *this;
1136 }
1137
1138 //_____________________________________________________________________________
1139 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1140                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1141 {
1142   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1143   /// overflows)
1144
1145   //Int_t statusToTest = 1;
1146   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1147
1148   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1149   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1150
1151   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1152
1153   AliMpIntPair cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1154
1155   nInX = cn.GetFirst();
1156   nInY = cn.GetSecond();
1157 }
1158
1159 //_____________________________________________________________________________
1160 void AliMUONClusterFinderPeakFit::RemovePixel(Int_t i)
1161 {
1162   /// Remove pixel at index i
1163   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1164   fPixArray->RemoveAt(i);
1165   delete pixPtr;
1166 }
1167
1168 //_____________________________________________________________________________
1169 AliMUONPad*
1170 AliMUONClusterFinderPeakFit::Pixel(Int_t i) const
1171 {
1172   /// Returns pixel at index i
1173   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1174 }
1175
1176 //_____________________________________________________________________________
1177 void
1178 AliMUONClusterFinderPeakFit::Print(Option_t* what) const
1179 {
1180   /// printout
1181   TString swhat(what);
1182   swhat.ToLower();
1183   if ( swhat.Contains("precluster") )
1184   {
1185     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1186   }
1187 }
1188
1189