MUON/AliMUONClusterFinderPeakFit.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterFinderPeakFit
  20 ///
  21 /// Clusterizer class based on simple peak finder
  22 ///
  23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
  24 /// From a precluster a pixel array is built, and its local maxima are used
  25 /// to get pads and make the fit with up to 3 hit candidates or compute pad
  26 /// centers of gravity for larger number of peaks.
  27 ///
  28 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  29 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31
  32 #include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
  33 #include "AliMUONCluster.h"
  34 #include "AliMUONConstants.h"
  35 #include "AliMUONPad.h"
  36 #include "AliMUONMathieson.h"
  37
  38 #include "AliMpDEManager.h"
  39 #include "AliMpPad.h"
  40 #include "AliMpStationType.h"
  41 #include "AliMpVSegmentation.h"
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliRunLoader.h"
  45 //#include "AliCodeTimer.h"
  46
  47 #include <Riostream.h>
  48 #include <TH2.h>
  49 #include <TVirtualFitter.h>
  50 #include <TMath.h>
  51 //#include <TCanvas.h>
  52
  53 /// \cond CLASSIMP
  54 ClassImp(AliMUONClusterFinderPeakFit)
  55 /// \endcond
  56
  57 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  58 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
  59 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
  60 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  61 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  62
  63 // Status flags for pads
  64 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
  65 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
  66 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
  67 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
  68 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge
  69 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad
  70
  71 namespace
  72 {
  73   //_____________________________________________________________________________
  74   Double_t Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par, Int_t nHits)
  75   {
  76     /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
  77
  78     //Int_t nHits = TMath::Nint(par[8]);
  79     if (nHits == 1) return 1.;
  80     if (nHits == 2) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
  81     if (icand == 0) return par[2];
  82     if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
  83     return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
  84   }
  85
  86   //___________________________________________________________________________
  87   void
  88   FitFunction(Int_t& /*notused*/, Double_t* /*notused*/,
  89               Double_t& f, Double_t* par,
  90               Int_t /*notused*/)
  91   {
  92     /// Chi2 Function to minimize: Mathieson charge distribution in 2 dimensions
  93
  94     TObjArray* userObjects = static_cast<TObjArray*>(TVirtualFitter::GetFitter()->GetObjectFit());
  95
  96     AliMUONCluster* cluster = static_cast<AliMUONCluster*>(userObjects->At(0));
  97     AliMUONMathieson* mathieson = static_cast<AliMUONMathieson*>(userObjects->At(1));
  98     AliMUONClusterFinderPeakFit* finder =
  99       static_cast<AliMUONClusterFinderPeakFit*>(userObjects->At(2));
 100
 101     f = 0.0;
 102     Int_t nHits = finder->GetNMax(), npads = cluster->Multiplicity();
 103     Double_t qTot = cluster->Charge(), coef = 0;
 104     //if (cluster->Multiplicity(0) == 0 || cluster->Multiplicity(1) == 0) qTot *= 2.;
 105
 106     for ( Int_t i = 0 ; i < npads; ++i )
 107     {
 108       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 109       // skip pads w/ saturation or other problem(s)
 110       //if ( pad->Status() ) continue;
 111       if ( pad->IsSaturated() ) continue;
 112       Double_t charge = 0.;
 113       for (Int_t j = 0; j < nHits; ++j) {
 114         // Sum over hits
 115         Int_t indx = 3 * j;
 116         TVector2 lowerLeft = TVector2(par[indx],par[indx+1]) - pad->Position() - pad->Dimensions();
 117         TVector2 upperRight(lowerLeft + pad->Dimensions()*2.0);
 118         Double_t estimatedCharge = mathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
 119                                                     upperRight.X(),upperRight.Y());
 120         coef = Param2Coef(j, coef, par, nHits);
 121         charge += estimatedCharge * coef;
 122       }
 123       charge *= qTot;
 124
 125       Double_t delta = charge - pad->Charge();
 126       delta *= delta;
 127       delta /= pad->Charge();
 128       f += delta;
 129     }
 130     f /= (qTot/npads);
 131     //cout << qTot << " " << par[0] << " " << par[1] << " " << f << endl;
 132   }
 133 }
 134
 135 //_____________________________________________________________________________
 136 AliMUONClusterFinderPeakFit::AliMUONClusterFinderPeakFit(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
 137   : AliMUONVClusterFinder(),
 138 fPreClusterFinder(clusterFinder),
 139 fPreCluster(0x0),
 140 fClusterList(),
 141 fMathieson(0x0),
 142 fEventNumber(0),
 143 fDetElemId(-1),
 144 fClusterNumber(0),
 145 fNMax(0),
 146 fHistAnode(0x0),
 147 fPixArray(new TObjArray(20)),
 148 fDebug(0),
 149 fPlot(plot),
 150 fNClusters(0),
 151 fNAddVirtualPads(0)
 152 {
 153   /// Constructor
 154
 155   fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0;
 156
 157   if (fPlot) fDebug = 1;
 158 }
 159
 160 //_____________________________________________________________________________
 161 AliMUONClusterFinderPeakFit::~AliMUONClusterFinderPeakFit()
 162 {
 163 /// Destructor
 164   delete fPixArray; fPixArray = 0;
 165   delete fPreClusterFinder;
 166   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
 167                fNClusters,fNAddVirtualPads));
 168   delete fMathieson;
 169 }
 170
 171 //_____________________________________________________________________________
 172 Bool_t
 173 AliMUONClusterFinderPeakFit::Prepare(Int_t detElemId, TClonesArray* pads[2],
 174                                      const AliMpArea& area, const AliMpVSegmentation* seg[2])
 175 {
 176   /// Prepare for clustering
 177 //  AliCodeTimerAuto("")
 178
 179   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 180   {
 181     fSegmentation[i] = seg[i];
 182   }
 183
 184   // Find out the DetElemId
 185   fDetElemId = detElemId;
 186
 187   // find out current event number, and reset the cluster number
 188   fEventNumber = AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber();
 189   fClusterNumber = -1;
 190   fClusterList.Delete();
 191
 192   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
 193
 194   AliMp::StationType stationType = AliMpDEManager::GetStationType(fDetElemId);
 195
 196   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
 197   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
 198   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
 199
 200   if ( stationType == AliMp::kStation1 )
 201   {
 202     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
 203     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
 204     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
 205   }
 206
 207   delete fMathieson;
 208   fMathieson = new AliMUONMathieson;
 209
 210   fMathieson->SetPitch(pitch);
 211   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
 212   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
 213
 214   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
 215   {
 216     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
 217   }
 218   else
 219   {
 220     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
 221   }
 222 }
 223
 224 //_____________________________________________________________________________
 225 AliMUONCluster*
 226 AliMUONClusterFinderPeakFit::NextCluster()
 227 {
 228   /// Return next cluster
 229 //  AliCodeTimerAuto("")
 230
 231   // if the list of clusters is not void, pick one from there
 232   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
 233   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
 234
 235   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
 236   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
 237   //digits, so it can reuse them
 238
 239   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
 240   // pre-cluster and treat it
 241
 242   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
 243
 244   if (!fPreCluster)
 245   {
 246     // we are done
 247     return 0x0;
 248   }
 249
 250   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
 251   fClusterNumber = -1;
 252
 253   WorkOnPreCluster();
 254
 255   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
 256   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
 257
 258   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
 259   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 260   {
 261     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
 262     if ( !pad->IsUsed() )
 263     {
 264       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
 265     }
 266   }
 267
 268   return NextCluster();
 269 }
 270
 271 //_____________________________________________________________________________
 272 Bool_t
 273 AliMUONClusterFinderPeakFit::WorkOnPreCluster()
 274 {
 275   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
 276   /// extract clusters from this array
 277
 278   //  AliCodeTimerAuto("")
 279
 280   if (fDebug) {
 281     cout << " *** Event # " << AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber()
 282          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
 283     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
 284       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
 285       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
 286              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
 287              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
 288     }
 289   }
 290
 291   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
 292   if (!cluster) return kFALSE;
 293
 294   BuildPixArray(*cluster);
 295
 296   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
 297   {
 298     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
 299     delete cluster;
 300     return kFALSE;
 301   }
 302
 303   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100] = {0};
 304   Double_t maxVal[100];
 305
 306   nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // find local maxima
 307
 308   if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
 309
 310   if (nMax <= 3) {
 311     FindClusterFit(*cluster, localMax, maxPos, nMax);
 312   } else {
 313     for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i)
 314       {
 315         FindClusterCOG(*cluster, localMax, maxPos[i]);
 316       }
 317   }
 318
 319   delete cluster;
 320   if (fPlot == 0) {
 321     delete fHistAnode;
 322     fHistAnode = 0x0;
 323   }
 324   return kTRUE;
 325 }
 326
 327 //_____________________________________________________________________________
 328 Bool_t
 329 AliMUONClusterFinderPeakFit::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
 330 {
 331   /// Check if the pad and the pixel overlaps
 332
 333   // make a fake pad from the pixel
 334   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
 335                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
 336                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
 337
 338   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
 339 }
 340
 341 //_____________________________________________________________________________
 342 AliMUONCluster*
 343 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
 344 {
 345   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 346   /// two-cathode preclusters)
 347
 348   //  AliCodeTimerAuto("")
 349
 350   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
 351   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
 352       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 10)
 353   {
 354     return 0x0;
 355   }
 356
 357   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
 358
 359   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
 360   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 361
 362   AliMUONCluster* rv(0x0);
 363
 364   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
 365   {
 366     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
 367   }
 368   else
 369   {
 370     rv = cluster;
 371   }
 372   return rv;
 373 }
 374
 375 //_____________________________________________________________________________
 376 AliMUONCluster*
 377 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
 378 {
 379   /// Check two-cathode cluster
 380
 381   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
 382   Int_t* flags = new Int_t[npad];
 383   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
 384
 385   // Check pad overlaps
 386   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 387   {
 388     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
 389     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
 390     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j)
 391     {
 392       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
 393       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
 394       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
 395       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 396     }
 397   }
 398
 399   // Check if all pads overlap
 400   Int_t nFlags=0;
 401   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 402   {
 403     if (!flags[i]) ++nFlags;
 404   }
 405
 406   if (nFlags > 0)
 407   {
 408     // not all pads overlap.
 409     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
 410     TObjArray toBeRemoved;
 411     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 412     {
 413       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 414       if (flags[i]) continue;
 415       Int_t cath = pad->Cathode();
 416       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 417       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
 418       AliMpPad mpPad = fSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position(),kFALSE);
 419       if (!mpPad.IsValid()) continue;
 420       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 421       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 20) continue;
 422       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 423                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
 424       toBeRemoved.AddLast(pad);
 425       fPreCluster->Pad(i)->Release();
 426     }
 427     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 428     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 429     {
 430       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 431     }
 432   }
 433
 434   // Check correlations of cathode charges
 435   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
 436   {
 437     // big difference
 438     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
 439     Int_t imin(-1);
 440     Int_t imax(-1);
 441     Double_t cmax(0);
 442     Double_t cmin(1E9);
 443
 444     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the
 445     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
 446     //
 447     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 448     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 449     {
 450       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 451       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
 452       {
 453         // only consider pads in the opposite cathode, and
 454         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
 455         continue;
 456       }
 457       if ( pad->Charge() < cmin )
 458       {
 459         cmin = pad->Charge();
 460         imin = i;
 461         if (imax < 0) {
 462           imax = imin;
 463           cmax = cmin;
 464         }
 465       }
 466       else if ( pad->Charge() > cmax )
 467       {
 468         cmax = pad->Charge();
 469         imax = i;
 470       }
 471     }
 472     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
 473                     imin,imax,cmin,cmax));
 474     //
 475     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
 476     // to the pad size
 477     Double_t* dist = new Double_t[mult];
 478     Double_t dxMin(1E9);
 479     Double_t dyMin(1E9);
 480     Double_t dmin(0);
 481
 482     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
 483
 484     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 485     {
 486       dist[i] = 0.0;
 487       if ( i == imax) continue;
 488       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 489       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 490       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 491       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 492       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 493       if ( i == imin )
 494       {
 495         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
 496         dxMin = dx;
 497         dyMin = dy;
 498       }
 499     }
 500
 501     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
 502     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
 503     TObjArray toBeRemoved;
 504
 505     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 506     {
 507       Int_t indx = flags[i];
 508       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
 509       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 510       if ( dist[indx] > dmin )
 511       {
 512         // farther than the minimum pad
 513         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 514         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 515         dx *= dxMin;
 516         dy *= dyMin;
 517         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 518         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 519         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 520       }
 521       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
 522       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
 523       {
 524         // release pad
 525         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 526         {
 527           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
 528         }
 529         else
 530         {
 531           cmax = pad->Charge();
 532         }
 533         xmax = dist[indx];
 534         distPrev = dist[indx];
 535         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 536                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
 537                         pad->Charge()));
 538
 539         toBeRemoved.AddLast(pad);
 540         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
 541       }
 542     }
 543     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 544     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 545     {
 546       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 547     }
 548     delete[] dist;
 549   } // if ( !cluster->IsSaturated() &&
 550
 551   delete[] flags;
 552
 553   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
 554   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 555
 556   return cluster;
 557 }
 558
 559 //_____________________________________________________________________________
 560 void
 561 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckOverlaps()
 562 {
 563   /// For debug only : check if some pixels overlap...
 564
 565   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 566   Int_t dummy(0);
 567
 568   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
 569   {
 570     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
 571     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
 572                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
 573                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
 574
 575     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
 576     {
 577       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
 578       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
 579                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
 580                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);
 581       AliMpArea area;
 582
 583       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
 584       {
 585         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
 586         /*
 587         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
 588                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
 589                         pixelJ->Print();
 590                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
 591                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
 592                         cout << "-------" << endl;
 593                         );
 594         */
 595       }
 596     }
 597   }
 598 }
 599
 600 //_____________________________________________________________________________
 601 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
 602 {
 603   /// Build pixel array
 604
 605   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 606   if (npad<=0)
 607   {
 608     AliWarning("Got no pad at all ?!");
 609   }
 610
 611   fPixArray->Delete();
 612   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
 613
 614 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
 615 //                   fPixArray->Print(););
 616   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
 617 }
 618
 619 //_____________________________________________________________________________
 620 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
 621 {
 622   /// Build the pixel array
 623
 624 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
 625
 626   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
 627   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
 628   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
 629
 630   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 631     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 632     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
 633       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) {
 634         xy0[j] = pad->Coord(j);
 635         found[j] = 1;
 636       }
 637     }
 638     if (found[0] && found[1]) break;
 639   }
 640
 641   Double_t min[2], max[2];
 642   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
 643   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
 644   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
 645
 646   TVector2 leftDown = cluster.Area(cath0).LeftDownCorner();
 647   TVector2 rightUp = cluster.Area(cath0).RightUpCorner();
 648   min[0] = leftDown.X();
 649   min[1] = leftDown.Y();
 650   max[0] = rightUp.X();
 651   max[1] = rightUp.Y();
 652   if (cath1 != cath0) {
 653     leftDown = cluster.Area(cath1).LeftDownCorner();
 654     rightUp = cluster.Area(cath1).RightUpCorner();
 655     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDown.X());
 656     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDown.Y());
 657     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUp.X());
 658     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUp.Y());
 659   }
 660
 661   // Adjust limits
 662   if (cath0 != cath1) {
 663     TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions (0, -1, kFALSE);
 664     TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions (1, -1, kFALSE);
 665     if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) {
 666       // The same size of pads on both cathodes - check position
 667       AliMUONPad* pad0 = cluster.Pad(0);
 668       for ( Int_t i = 1; i < mult; ++i) {
 669         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 670         if (pad->Cathode() == pad0->Cathode()) continue;
 671         Double_t dist = TMath::Abs (pad0->Coord(1) - pad->Coord(1));
 672         Double_t dd = dist - Int_t(dist/width[1]/2.) * width[1] * 2.;
 673         if (TMath::Abs(dd/width[1]/2.-0.5) < fgkDistancePrecision) {
 674           // Half pad shift between cathodes
 675           width[0] /= 2.;
 676           width[1] /= 2.;
 677         }
 678         break;
 679       }
 680     }
 681   }
 682
 683   Int_t nbins[2];
 684   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
 685     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
 686     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
 687     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist))
 688                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
 689     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
 690     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
 691     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
 692     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
 693   }
 694
 695   // Book histogram
 696   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 697   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 698   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
 699   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
 700
 701   // Fill histogram
 702   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 703     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 704     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
 705     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
 706     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
 707   }
 708
 709   // Store pixels
 710   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
 711     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
 712     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
 713       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
 714       if (cath0 != cath1) {
 715         // Two-sided cluster
 716         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
 717         if (cont < 999.) continue;
 718         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
 719       }
 720       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) &&
 721       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
 722       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
 723       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
 724       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
 725       fPixArray->Add(pixPtr);
 726     }
 727   }
 728   /*
 729   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
 730     // Split pixel into 2
 731     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
 732     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
 733     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
 734     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
 735     fPixArray->Add(pixPtr);
 736   }
 737   */
 738   //fPixArray->Print();
 739   delete hist1;
 740   delete hist2;
 741 }
 742
 743 //_____________________________________________________________________________
 744 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
 745                                               TH2D *hist1, TH2D *hist2)
 746 {
 747   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
 748
 749   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
 750   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
 751   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
 752
 753   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
 754
 755   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
 756     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 757     if (ixy > nbins) break;
 758     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
 759     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
 760     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 761     else {
 762       // Fill histogram
 763       Double_t cont = pad->Charge();
 764       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 765         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 766              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1, 10.);
 767       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 768       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 769     }
 770   }
 771
 772   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
 773     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 774     if (ixy < 1) break;
 775     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
 776     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
 777     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 778     else {
 779       // Fill histogram
 780       Double_t cont = pad->Charge();
 781       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 782         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont)
 783              + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetCellContent(ix0, ixy),cont)*0.1,10.);
 784       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 785       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 786     }
 787   }
 788 }
 789
 790 //_____________________________________________________________________________
 791 Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
 792 {
 793 /// Find local maxima in pixel space
 794
 795   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
 796
 797   //TH2D *hist = NULL;
 798   //delete ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"));
 799   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 800   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
 801   //if (hist) hist->Delete();
 802   delete fHistAnode;
 803
 804   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
 805
 806   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
 807   AliMUONPad *pixPtr = 0;
 808   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 809     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 810     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i)
 811          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
 812   }
 813   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
 814
 815   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 816   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 817   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 818   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 819   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 820     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 821     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
 822   }
 823 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
 824
 825   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
 826   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
 827   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0;
 828
 829   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 830     indx = (i-1) * nx;
 831     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 832       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
 833       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
 834       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
 835       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
 836     }
 837   }
 838
 839   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 840     indx = (i-1) * nx;
 841     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 842       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
 843         localMax[nMax] = indx + j - 1;
 844         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
 845         if (nMax > 99) break;
 846       }
 847     }
 848     if (nMax > 99) {
 849       AliError(" Too many local maxima !!!");
 850       break;
 851     }
 852   }
 853   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
 854   delete [] isLocalMax;
 855   return nMax;
 856 }
 857
 858 //_____________________________________________________________________________
 859 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
 860 {
 861 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
 862
 863   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
 864   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 865   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
 866   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
 867
 868   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
 869   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
 870     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
 871     indx1 = (i1 - 1) * nx;
 872     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
 873       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
 874       if (i == i1 && j == j1) continue;
 875       indx2 = indx1 + j1 - 1;
 876       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
 877       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 878       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
 879       else { // the same charge
 880         isLocalMax[indx] = 1;
 881         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
 882           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
 883           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 884           else isLocalMax[indx2] = -1;
 885         }
 886       }
 887     }
 888   }
 889   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
 890 }
 891
 892 //_____________________________________________________________________________
 893 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterFit(AliMUONCluster& cluster, Int_t *localMax,
 894                                                  Int_t *maxPos, Int_t nMax)
 895 {
 896 /// Fit pad charge distribution with nMax hit hypothesis
 897
 898   //if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) cout << cluster.Multiplicity(0) << " " << cluster.Multiplicity(1) << " " << cluster.Charge() << " " << cluster.Charge(0) << " " << cluster.Charge(1) << " " << endl;
 899
 900   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 901   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
 902   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 903   Double_t xmin = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmin(); //- hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 904   Double_t xmax = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 905   Double_t ymin = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmin(); //- hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 906   Double_t ymax = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 907
 908   TVirtualFitter* fitter = TVirtualFitter::Fitter(0,nMax*3);
 909   fitter->Clear("");
 910   fitter->SetFCN(FitFunction);
 911
 912   Float_t stepX = 0.01; // cm
 913   Float_t stepY = 0.01; // cm
 914   Float_t stepQ = 0.01; //
 915
 916   Double_t args[10] = {-1.}; // disable printout
 917
 918   fitter->ExecuteCommand("SET PRINT",args,1);
 919   fitter->ExecuteCommand("SET NOW",args,0); // no warnings
 920
 921   Int_t indx = 0;
 922   fNMax = nMax;
 923   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) {
 924     Int_t ic = localMax[maxPos[i]] / nx + 1;
 925     Int_t jc = localMax[maxPos[i]] % nx + 1;
 926     Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
 927     Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
 928     indx = 3 * i;
 929     fitter->SetParameter(indx,"Hit X position",xc,stepX,xmin,xmax);
 930     fitter->SetParameter(indx+1,"Hit Y position",yc,stepY,ymin,ymax);
 931     fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.6,stepQ,0.,1.);
 932   }
 933   fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.,0.,0,0);
 934   //fitter->SetParameter(8,"Number of hits",nMax,0.,0,0);
 935
 936   TObjArray userObjects;
 937
 938   userObjects.Add(&cluster);
 939   userObjects.Add(fMathieson);
 940   userObjects.Add(this);
 941
 942   fitter->SetObjectFit(&userObjects);
 943
 944   args[0] = 500.;
 945   args[1] = 1.;
 946   /*Int_t stat =*/ fitter->ExecuteCommand("MIGRAD",args,2);
 947   //if (stat) { cout << " stat = " << stat << " " << fDetElemId << endl; /*exit(0);*/ }
 948   //Int_t nvpar, nparx;
 949   //Double_t amin, edm, errdef;
 950   //fitter->GetStats(amin, edm, errdef, nvpar, nparx);
 951   //cout << amin << endl;
 952
 953   Double_t qTot = cluster.Charge(), par[9] = {0.}, err[9] = {0.}, coef = 0.;
 954   //par[8] = nMax;
 955   for (Int_t j = 0; j < nMax; ++j) {
 956     indx = 3 * j;
 957     par[indx+2] = fitter->GetParameter(indx+2);
 958     coef = Param2Coef(j, coef, par, nMax);
 959     par[indx] = fitter->GetParameter(indx);
 960     par[indx+1] = fitter->GetParameter(indx+1);
 961     err[indx] = fitter->GetParError(indx);
 962     err[indx+1] = fitter->GetParError(indx+1);
 963
 964     if ( coef*qTot >= 14 )
 965     {
 966       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
 967
 968       cluster1->SetCharge(coef*qTot,coef*qTot);
 969
 970       cluster1->SetPosition(TVector2(par[indx],par[indx+1]),TVector2(err[indx],err[indx+1]));
 971       cluster1->SetChi2(0.);
 972
 973       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
 974       // the original AddRawCluster code.
 975
 976       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
 977                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
 978                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
 979
 980       fClusterList.Add(cluster1);
 981     }
 982   }
 983 }
 984
 985 //_____________________________________________________________________________
 986 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterCOG(AliMUONCluster& cluster,
 987                                                  Int_t *localMax, Int_t iMax)
 988 {
 989 /// Find COG of pad charge distribution around local maximum \a iMax
 990
 991   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 992   /* Just for check
 993   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
 994   c->cd();
 995   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
 996   c->Update();
 997   Int_t tmp;
 998   cin >> tmp;
 999   */
1000   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1001   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1002   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1003   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1004
1005   // Get min pad dimensions for the precluster
1006   Int_t nSides = 2;
1007   if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) nSides = 1;
1008   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, -1, kFALSE);
1009   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, -1, kFALSE);
1010   //Double_t width[2][2] = {{dim0.X(), dim0.Y()},{dim1.X(),dim1.Y()}};
1011   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // coordinate index vs cathode
1012   if (nSides == 1 || dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1013     nonb[0] = 0;
1014     nonb[1] = 1;
1015   }
1016   Bool_t samex = kFALSE, samey = kFALSE;
1017   if (TMath::Abs(dim0.X()-dim1.X()) < fgkDistancePrecision) samex = kTRUE; // the same X pad size on both planes
1018   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) samey = kTRUE; // the same Y pad size on both planes
1019
1020   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1021   //fPixArray->Delete();
1022
1023   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1024   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1025   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1026   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1027   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1028   AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont);
1029   if (fDebug) pixPtr->Print("full");
1030
1031   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1032
1033   // Pick up pads which overlap with the maximum pixel and find pads with the max signal
1034   Double_t qMax[2] = {0};
1035   AliMUONPad *matrix[2][3] = {{0x0,0x0,0x0},{0x0,0x0,0x0}};
1036   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1037   {
1038     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1039     if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1040     {
1041       if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1042       if (pad->Charge() > qMax[pad->Cathode()]) {
1043         qMax[pad->Cathode()] = pad->Charge();
1044         matrix[pad->Cathode()][1] = pad;
1045         if (nSides == 1) matrix[!pad->Cathode()][1] = pad;
1046       }
1047     }
1048   }
1049   //if (nSides == 2 && (matrix[0][1] == 0x0 || matrix[1][1] == 0x0)) return; // ???
1050
1051   // Find neighbours of maxima to have 3 pads per direction (if possible)
1052   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1053   {
1054     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1055     Int_t cath = pad->Cathode();
1056     if (pad == matrix[cath][1]) continue;
1057     Int_t nLoops = 3 - nSides;
1058
1059     for (Int_t k = 0; k < nLoops; ++k) {
1060       Int_t cath1 = cath;
1061       if (k) cath1 = !cath;
1062
1063       // Check the coordinate corresponding to the cathode (bending or non-bending case)
1064       Double_t dist = pad->Coord(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Coord(nonb[cath1]);
1065       Double_t dir = TMath::Sign (1., dist);
1066       dist = TMath::Abs(dist) - pad->Size(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Size(nonb[cath1]);
1067
1068       if (TMath::Abs(dist) < fgkDistancePrecision) {
1069         // Check the other coordinate
1070         dist = pad->Coord(!nonb[cath1]) - matrix[cath1][1]->Coord(!nonb[cath1]);
1071         if (TMath::Abs(dist) >
1072             TMath::Max(pad->Size(!nonb[cath1]), matrix[cath1][1]->Size(!nonb[cath1])) - fgkDistancePrecision) break;
1073         Int_t idir = TMath::Nint (dir);
1074         if (matrix[cath1][1+idir] == 0x0) matrix[cath1][1+idir] = pad;
1075         else if (pad->Charge() > matrix[cath1][1+idir]->Charge()) matrix[cath1][1+idir] = pad; // diff. segmentation
1076         //cout << pad->Coord(nonb[cath1]) << " " << pad->Coord(!nonb[cath1]) << " " << pad->Size(nonb[cath1]) << " " << pad->Size(!nonb[cath1]) << " " << pad->Charge() << endl ;
1077         break;
1078       }
1079     }
1080   }
1081
1082   Double_t coord[2] = {0.}, qAver = 0.;
1083   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
1084     Double_t q = 0.;
1085     Double_t coordQ = 0.;
1086     Int_t cath = matrix[i][1]->Cathode();
1087     if (i && nSides == 1) cath = !cath;
1088     for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) {
1089       if (matrix[i][j] == 0x0) continue;
1090       Double_t dq = matrix[i][j]->Charge();
1091       q += dq;
1092       coordQ += dq * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]);
1093       //coordQ += (matrix[i][j]->Charge() * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]));
1094     }
1095     coord[cath] = coordQ / q;
1096     qAver = TMath::Max (qAver, q);
1097   }
1098
1099   //qAver = TMath::Sqrt(qAver);
1100   if ( qAver >= 14 )
1101   {
1102
1103     AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
1104
1105     cluster1->SetCharge(qAver,qAver);
1106     if (nonb[0] == 1)
1107       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[1],coord[0]),TVector2(0.,0.));
1108     else
1109       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[0],coord[1]),TVector2(0.,0.));
1110
1111     cluster1->SetChi2(0.);
1112
1113     // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
1114     // the original AddRawCluster code.
1115
1116     AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
1117                     fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
1118                     cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
1119
1120     fClusterList.Add(cluster1);
1121   }
1122 }
1123
1124 //_____________________________________________________________________________
1125 AliMUONClusterFinderPeakFit&
1126 AliMUONClusterFinderPeakFit::operator=(const AliMUONClusterFinderPeakFit& rhs)
1127 {
1128 /// Protected assignement operator
1129
1130   if (this == &rhs) return *this;
1131
1132   AliFatal("Not implemented.");
1133
1134   return *this;
1135 }
1136
1137 //_____________________________________________________________________________
1138 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1139                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1140 {
1141   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1142   /// overflows)
1143
1144   //Int_t statusToTest = 1;
1145   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1146
1147   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1148   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1149
1150   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1151
1152   AliMpIntPair cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1153
1154   nInX = cn.GetFirst();
1155   nInY = cn.GetSecond();
1156 }
1157
1158 //_____________________________________________________________________________
1159 void AliMUONClusterFinderPeakFit::RemovePixel(Int_t i)
1160 {
1161   /// Remove pixel at index i
1162   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1163   fPixArray->RemoveAt(i);
1164   delete pixPtr;
1165 }
1166
1167 //_____________________________________________________________________________
1168 AliMUONPad*
1169 AliMUONClusterFinderPeakFit::Pixel(Int_t i) const
1170 {
1171   /// Returns pixel at index i
1172   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1173 }
1174
1175 //_____________________________________________________________________________
1176 void
1177 AliMUONClusterFinderPeakFit::Print(Option_t* what) const
1178 {
1179   /// printout
1180   TString swhat(what);
1181   swhat.ToLower();
1182   if ( swhat.Contains("precluster") )
1183   {
1184     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1185   }
1186 }
1187
1188