MUON/AliMUONClusterFinderPeakFit.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterFinderPeakFit
  20 ///
  21 /// Clusterizer class based on simple peak finder
  22 ///
  23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
  24 /// From a precluster a pixel array is built, and its local maxima are used
  25 /// to get pads and make the fit with up to 3 hit candidates or compute pad
  26 /// centers of gravity for larger number of peaks.
  27 ///
  28 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  29 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31
  32 #include "AliMUONClusterFinderPeakFit.h"
  33 #include "AliMUONCluster.h"
  34 #include "AliMUONConstants.h"
  35 #include "AliMUONPad.h"
  36 #include "AliMUONMathieson.h"
  37
  38 #include "AliMpDEManager.h"
  39 #include "AliMpPad.h"
  40 #include "AliMpVSegmentation.h"
  41 #include "AliMpEncodePair.h"
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliRunLoader.h"
  45 //#include "AliCodeTimer.h"
  46
  47 #include <Riostream.h>
  48 #include <TH2.h>
  49 #include <TVirtualFitter.h>
  50 #include <TMath.h>
  51 //#include <TCanvas.h>
  52
  53 using std::endl;
  54 using std::cout;
  55 /// \cond CLASSIMP
  56 ClassImp(AliMUONClusterFinderPeakFit)
  57 /// \endcond
  58
  59 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  60 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
  61 const Double_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
  62 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  63 const TVector2 AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkDistancePrecision);
  64
  65 // Status flags for pads
  66 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
  67 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
  68 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
  69 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
  70 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge
  71 const Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad
  72
  73 namespace
  74 {
  75   //_____________________________________________________________________________
  76   Double_t Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par, Int_t nHits)
  77   {
  78     /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
  79
  80     //Int_t nHits = TMath::Nint(par[8]);
  81     if (nHits == 1) return 1.;
  82     if (nHits == 2) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
  83     if (icand == 0) return par[2];
  84     if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
  85     return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
  86   }
  87
  88   //___________________________________________________________________________
  89   void
  90   FitFunction(Int_t& /*notused*/, Double_t* /*notused*/,
  91               Double_t& f, Double_t* par,
  92               Int_t /*notused*/)
  93   {
  94     /// Chi2 Function to minimize: Mathieson charge distribution in 2 dimensions
  95
  96     TObjArray* userObjects = static_cast<TObjArray*>(TVirtualFitter::GetFitter()->GetObjectFit());
  97
  98     AliMUONCluster* cluster = static_cast<AliMUONCluster*>(userObjects->At(0));
  99     AliMUONMathieson* mathieson = static_cast<AliMUONMathieson*>(userObjects->At(1));
 100     AliMUONClusterFinderPeakFit* finder =
 101       static_cast<AliMUONClusterFinderPeakFit*>(userObjects->At(2));
 102
 103     f = 0.0;
 104     Int_t nHits = finder->GetNMax(), npads = cluster->Multiplicity();
 105     Double_t qTot = cluster->Charge(), coef = 0;
 106     //if (cluster->Multiplicity(0) == 0 || cluster->Multiplicity(1) == 0) qTot *= 2.;
 107
 108     for ( Int_t i = 0 ; i < npads; ++i )
 109     {
 110       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 111       // skip pads w/ saturation or other problem(s)
 112       //if ( pad->Status() ) continue;
 113       if ( pad->IsSaturated() ) continue;
 114       Double_t charge = 0.;
 115       for (Int_t j = 0; j < nHits; ++j) {
 116         // Sum over hits
 117         Int_t indx = 3 * j;
 118         TVector2 lowerLeft = TVector2(par[indx],par[indx+1]) - pad->Position() - pad->Dimensions();
 119         TVector2 upperRight(lowerLeft + pad->Dimensions()*2.0);
 120         Double_t estimatedCharge = mathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
 121                                                     upperRight.X(),upperRight.Y());
 122         coef = Param2Coef(j, coef, par, nHits);
 123         charge += estimatedCharge * coef;
 124       }
 125       charge *= qTot;
 126
 127       Double_t delta = charge - pad->Charge();
 128       delta *= delta;
 129       delta /= pad->Charge();
 130       f += delta;
 131     }
 132     f /= (qTot/npads);
 133     //cout << qTot << " " << par[0] << " " << par[1] << " " << f << endl;
 134   }
 135 }
 136
 137 //_____________________________________________________________________________
 138 AliMUONClusterFinderPeakFit::AliMUONClusterFinderPeakFit(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
 139   : AliMUONVClusterFinder(),
 140 fPreClusterFinder(clusterFinder),
 141 fPreCluster(0x0),
 142 fClusterList(),
 143 fMathieson(0x0),
 144 fEventNumber(0),
 145 fDetElemId(-1),
 146 fClusterNumber(0),
 147 fNMax(0),
 148 fHistAnode(0x0),
 149 fPixArray(new TObjArray(20)),
 150 fDebug(0),
 151 fPlot(plot),
 152 fNClusters(0),
 153 fNAddVirtualPads(0)
 154 {
 155   /// Constructor
 156
 157   fkSegmentation[1] = fkSegmentation[0] = 0x0;
 158
 159   if (fPlot) fDebug = 1;
 160 }
 161
 162 //_____________________________________________________________________________
 163 AliMUONClusterFinderPeakFit::~AliMUONClusterFinderPeakFit()
 164 {
 165 /// Destructor
 166   delete fPixArray; fPixArray = 0;
 167   delete fPreClusterFinder;
 168   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
 169                fNClusters,fNAddVirtualPads));
 170   delete fMathieson;
 171 }
 172
 173 //_____________________________________________________________________________
 174 Bool_t
 175 AliMUONClusterFinderPeakFit::Prepare(Int_t detElemId, TObjArray* pads[2],
 176                                      const AliMpArea& area,
 177                                      const AliMpVSegmentation* seg[2])
 178 {
 179   /// Prepare for clustering
 180 //  AliCodeTimerAuto("",0)
 181
 182   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 183   {
 184     fkSegmentation[i] = seg[i];
 185   }
 186
 187   // Find out the DetElemId
 188   fDetElemId = detElemId;
 189
 190   // find out current event number, and reset the cluster number
 191   AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
 192   fEventNumber = runLoader ? runLoader->GetEventNumber() : 0;
 193   fClusterNumber = -1;
 194   fClusterList.Delete();
 195
 196   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
 197
 198   AliMq::Station12Type stationType = AliMpDEManager::GetStation12Type(fDetElemId);
 199
 200   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
 201   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
 202   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
 203
 204   if ( stationType == AliMq::kStation1 )
 205   {
 206     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
 207     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
 208     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
 209   }
 210
 211   delete fMathieson;
 212   fMathieson = new AliMUONMathieson;
 213
 214   fMathieson->SetPitch(pitch);
 215   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
 216   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
 217
 218   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
 219   {
 220     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
 221   }
 222   else
 223   {
 224     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
 225   }
 226 }
 227
 228 //_____________________________________________________________________________
 229 AliMUONCluster*
 230 AliMUONClusterFinderPeakFit::NextCluster()
 231 {
 232   /// Return next cluster
 233 //  AliCodeTimerAuto("",0)
 234
 235   // if the list of clusters is not void, pick one from there
 236   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
 237   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
 238
 239   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
 240   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
 241   //digits, so it can reuse them
 242
 243   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
 244   // pre-cluster and treat it
 245
 246   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
 247   fClusterNumber = -1;
 248
 249   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
 250
 251   if (!fPreCluster)
 252   {
 253     // we are done
 254     return 0x0;
 255   }
 256
 257   WorkOnPreCluster();
 258
 259   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
 260   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
 261
 262   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
 263   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 264   {
 265     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
 266     if ( !pad->IsUsed() )
 267     {
 268       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
 269     }
 270   }
 271
 272   return NextCluster();
 273 }
 274
 275 //_____________________________________________________________________________
 276 Bool_t
 277 AliMUONClusterFinderPeakFit::WorkOnPreCluster()
 278 {
 279   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
 280   /// extract clusters from this array
 281
 282   //  AliCodeTimerAuto("",0)
 283
 284   if (fDebug) {
 285     cout << " *** Event # " << fEventNumber
 286          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
 287     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
 288       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
 289       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
 290              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
 291              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
 292     }
 293   }
 294
 295   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
 296   if (!cluster) return kFALSE;
 297
 298   BuildPixArray(*cluster);
 299
 300   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
 301   {
 302     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
 303     delete cluster;
 304     return kFALSE;
 305   }
 306
 307   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100] = {0};
 308   Double_t maxVal[100];
 309
 310   nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // find local maxima
 311
 312   if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
 313
 314   if (nMax <= 3) {
 315     FindClusterFit(*cluster, localMax, maxPos, nMax);
 316   } else {
 317     for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i)
 318       {
 319         FindClusterCOG(*cluster, localMax, maxPos[i]);
 320       }
 321   }
 322
 323   delete cluster;
 324   if (fPlot == 0) {
 325     delete fHistAnode;
 326     fHistAnode = 0x0;
 327   }
 328   return kTRUE;
 329 }
 330
 331 //_____________________________________________________________________________
 332 Bool_t
 333 AliMUONClusterFinderPeakFit::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
 334 {
 335   /// Check if the pad and the pixel overlaps
 336
 337   // make a fake pad from the pixel
 338   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
 339                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
 340                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
 341
 342   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
 343 }
 344
 345 //_____________________________________________________________________________
 346 AliMUONCluster*
 347 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
 348 {
 349   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 350   /// two-cathode preclusters)
 351
 352   //  AliCodeTimerAuto("",0)
 353
 354   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
 355   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
 356       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 1.525) // JC: adc -> fc
 357   {
 358     return 0x0;
 359   }
 360
 361   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
 362
 363   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
 364   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 365
 366   AliMUONCluster* rv(0x0);
 367
 368   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
 369   {
 370     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
 371   }
 372   else
 373   {
 374     rv = cluster;
 375   }
 376   return rv;
 377 }
 378
 379 //_____________________________________________________________________________
 380 AliMUONCluster*
 381 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
 382 {
 383   /// Check two-cathode cluster
 384
 385   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
 386   Int_t* flags = new Int_t[npad];
 387   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
 388
 389   // Check pad overlaps
 390   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 391   {
 392     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
 393     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
 394     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j)
 395     {
 396       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
 397       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
 398       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
 399       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 400     }
 401   }
 402
 403   // Check if all pads overlap
 404   Int_t nFlags=0;
 405   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 406   {
 407     if (!flags[i]) ++nFlags;
 408   }
 409
 410   if (nFlags > 0)
 411   {
 412     // not all pads overlap.
 413     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
 414     TObjArray toBeRemoved;
 415     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 416     {
 417       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 418       if (flags[i]) continue;
 419       Int_t cath = pad->Cathode();
 420       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 421       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
 422       AliMpPad mpPad
 423         = fkSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position().X(),pad->Position().Y(),kFALSE);
 424       if (!mpPad.IsValid()) continue;
 425       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 426       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 3.05) continue;  // JC: adc -> fc
 427       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 428                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
 429       toBeRemoved.AddLast(pad);
 430       fPreCluster->Pad(i)->Release();
 431     }
 432     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 433     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 434     {
 435       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 436     }
 437   }
 438
 439   // Check correlations of cathode charges
 440   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
 441   {
 442     // big difference
 443     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
 444     Int_t imin(-1);
 445     Int_t imax(-1);
 446     Double_t cmax(0);
 447     Double_t cmin(1E9);
 448
 449     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the
 450     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
 451     //
 452     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 453     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 454     {
 455       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 456       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
 457       {
 458         // only consider pads in the opposite cathode, and
 459         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
 460         continue;
 461       }
 462       if ( pad->Charge() < cmin )
 463       {
 464         cmin = pad->Charge();
 465         imin = i;
 466         if (imax < 0) {
 467           imax = imin;
 468           cmax = cmin;
 469         }
 470       }
 471       else if ( pad->Charge() > cmax )
 472       {
 473         cmax = pad->Charge();
 474         imax = i;
 475       }
 476     }
 477     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
 478                     imin,imax,cmin,cmax));
 479     //
 480     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
 481     // to the pad size
 482     Double_t* dist = new Double_t[mult];
 483     Double_t dxMin(1E9);
 484     Double_t dyMin(1E9);
 485     Double_t dmin(0);
 486
 487     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
 488
 489     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 490     {
 491       dist[i] = 0.0;
 492       if ( i == imax) continue;
 493       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 494       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 495       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 496       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 497       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 498       if ( i == imin )
 499       {
 500         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
 501         dxMin = dx;
 502         dyMin = dy;
 503       }
 504     }
 505
 506     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
 507     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
 508     TObjArray toBeRemoved;
 509
 510     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 511     {
 512       Int_t indx = flags[i];
 513       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
 514       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 515       if ( dist[indx] > dmin )
 516       {
 517         // farther than the minimum pad
 518         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 519         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 520         dx *= dxMin;
 521         dy *= dyMin;
 522         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 523         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 524         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 525       }
 526       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
 527       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
 528       {
 529         // release pad
 530         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 531         {
 532           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
 533         }
 534         else
 535         {
 536           cmax = pad->Charge();
 537         }
 538         xmax = dist[indx];
 539         distPrev = dist[indx];
 540         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 541                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
 542                         pad->Charge()));
 543
 544         toBeRemoved.AddLast(pad);
 545         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
 546       }
 547     }
 548     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 549     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 550     {
 551       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 552     }
 553     delete[] dist;
 554   } // if ( !cluster->IsSaturated() &&
 555
 556   delete[] flags;
 557
 558   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
 559   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 560
 561   return cluster;
 562 }
 563
 564 //_____________________________________________________________________________
 565 void
 566 AliMUONClusterFinderPeakFit::CheckOverlaps()
 567 {
 568   /// For debug only : check if some pixels overlap...
 569
 570   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 571   Int_t dummy(0);
 572
 573   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
 574   {
 575     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
 576     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
 577                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
 578                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
 579
 580     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
 581     {
 582       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
 583       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
 584                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
 585                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);
 586       AliMpArea area;
 587
 588       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
 589       {
 590         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
 591         /*
 592         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
 593                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
 594                         pixelJ->Print();
 595                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
 596                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
 597                         cout << "-------" << endl;
 598                         );
 599         */
 600       }
 601     }
 602   }
 603 }
 604
 605 //_____________________________________________________________________________
 606 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
 607 {
 608   /// Build pixel array
 609
 610   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 611   if (npad<=0)
 612   {
 613     AliWarning("Got no pad at all ?!");
 614   }
 615
 616   fPixArray->Delete();
 617   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
 618
 619 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
 620 //                   fPixArray->Print(););
 621   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
 622 }
 623
 624 //_____________________________________________________________________________
 625 void AliMUONClusterFinderPeakFit::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
 626 {
 627   /// Build the pixel array
 628
 629 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
 630
 631   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
 632   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2] = { 0.0, 0.0 };
 633   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
 634
 635   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 636     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 637     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
 638       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) {
 639         xy0[j] = pad->Coord(j);
 640         found[j] = 1;
 641       }
 642     }
 643     if (found[0] && found[1]) break;
 644   }
 645
 646   Double_t min[2], max[2];
 647   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
 648   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
 649   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
 650
 651   Double_t leftDownX, leftDownY;
 652   cluster.Area(cath0).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
 653   Double_t rightUpX, rightUpY;
 654   cluster.Area(cath0).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
 655   min[0] = leftDownX;
 656   min[1] = leftDownY;
 657   max[0] = rightUpX;
 658   max[1] = rightUpY;
 659   if (cath1 != cath0) {
 660     cluster.Area(cath1).LeftDownCorner(leftDownX, leftDownY);
 661     cluster.Area(cath1).RightUpCorner(rightUpX, rightUpY);
 662     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDownX);
 663     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDownY);
 664     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUpX);
 665     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUpY);
 666   }
 667
 668   // Adjust limits
 669   if (cath0 != cath1) {
 670     TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions (0, -1, kFALSE);
 671     TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions (1, -1, kFALSE);
 672     if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) {
 673       // The same size of pads on both cathodes - check position
 674       AliMUONPad* pad0 = cluster.Pad(0);
 675       for ( Int_t i = 1; i < mult; ++i) {
 676         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 677         if (pad->Cathode() == pad0->Cathode()) continue;
 678         Double_t dist = TMath::Abs (pad0->Coord(1) - pad->Coord(1));
 679         Double_t dd = dist - Int_t(dist/width[1]/2.) * width[1] * 2.;
 680         if (TMath::Abs(dd/width[1]/2.-0.5) < fgkDistancePrecision) {
 681           // Half pad shift between cathodes
 682           width[0] /= 2.;
 683           width[1] /= 2.;
 684         }
 685         break;
 686       }
 687     }
 688   }
 689
 690   Int_t nbins[2];
 691   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
 692     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
 693     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
 694     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist))
 695                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
 696     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
 697     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
 698     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
 699     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
 700   }
 701
 702   // Book histogram
 703   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 704   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 705   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
 706   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
 707
 708   // Fill histogram
 709   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 710     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 711     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
 712     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
 713     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
 714   }
 715
 716   // Store pixels
 717   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
 718     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
 719     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
 720       if (hist2->GetBinContent(hist2->GetBin(i,j)) < 0.01525) continue; // JC: adc -> fc
 721       if (cath0 != cath1) {
 722         // Two-sided cluster
 723         Double_t cont = hist2->GetBinContent(hist2->GetBin(i,j));
 724         if (cont < 999.) continue;
 725         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.07625) continue; // JC: adc -> fc
 726       }
 727       //if (hist2->GetBinContent(hist2->GetBin(i,j)) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) &&
 728       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
 729       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
 730       Double_t charge = hist1->GetBinContent(hist1->GetBin(i,j));
 731       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
 732       fPixArray->Add(pixPtr);
 733     }
 734   }
 735   /*
 736   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
 737     // Split pixel into 2
 738     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
 739     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
 740     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
 741     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
 742     fPixArray->Add(pixPtr);
 743   }
 744   */
 745   //fPixArray->Print();
 746   delete hist1;
 747   delete hist2;
 748 }
 749
 750 //_____________________________________________________________________________
 751 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
 752                                               TH2D *hist1, TH2D *hist2)
 753 {
 754   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
 755
 756   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
 757   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
 758   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
 759
 760   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
 761
 762   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
 763     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 764     if (ixy > nbins) break;
 765     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
 766     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
 767     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 768     else {
 769       // Fill histogram
 770       Double_t cont = pad->Charge();
 771       if (hist2->GetBinContent(hist2->GetBin(ix0, ixy)) > 0.01525) // JC: adc -> fc
 772         cont = TMath::Min (hist1->GetBinContent(hist1->GetBin(ix0, ixy)), cont)
 773           + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetBinContent(hist1->GetBin(ix0, ixy)),cont)*0.1, 1.525); // JC: adc -> fc
 774       hist1->SetBinContent(hist1->GetBin(ix0, ixy), cont);
 775       hist2->SetBinContent(hist2->GetBin(ix0, ixy), hist2->GetBinContent( hist2->GetBin(ix0, ixy))+amask);
 776     }
 777   }
 778
 779   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
 780     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 781     if (ixy < 1) break;
 782     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
 783     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
 784     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 785     else {
 786       // Fill histogram
 787       Double_t cont = pad->Charge();
 788       if (hist2->GetBinContent(hist2->GetBin(ix0, ixy)) > 0.01525) // JC: adc -> fc
 789         cont = TMath::Min (hist1->GetBinContent(hist1->GetBin(ix0, ixy)), cont)
 790           + TMath::Min (TMath::Max(hist1->GetBinContent(hist1->GetBin(ix0, ixy)),cont)*0.1,1.525); // JC: adc -> fc
 791       hist1->SetBinContent(hist1->GetBin(ix0, ixy), cont);
 792       hist2->SetBinContent(hist2->GetBin(ix0, ixy), hist2->GetBinContent( hist2->GetBin(ix0, ixy))+amask);
 793     }
 794   }
 795 }
 796
 797 //_____________________________________________________________________________
 798 Int_t AliMUONClusterFinderPeakFit::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
 799 {
 800 /// Find local maxima in pixel space
 801
 802   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
 803
 804   //TH2D *hist = NULL;
 805   //delete ((TH2D*) gROOT->FindObject("anode"));
 806   //if (pixArray == fPixArray) hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 807   //else { hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode1"); cout << hist << endl; }
 808   //if (hist) hist->Delete();
 809   delete fHistAnode;
 810
 811   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
 812
 813   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
 814
 815   if ( nPix <= 0 ) return 0;
 816
 817   AliMUONPad *pixPtr = 0;
 818   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 819     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 820     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i)
 821          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
 822   }
 823   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
 824
 825   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 826   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 827   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 828   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 829   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
 830     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
 831     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
 832   }
 833 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
 834
 835   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
 836   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
 837   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0;
 838
 839   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 840     indx = (i-1) * nx;
 841     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 842       if (fHistAnode->GetBinContent(fHistAnode->GetBin(j,i)) < 0.07625) continue;  // JC: adc -> fc
 843       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
 844       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
 845       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
 846     }
 847   }
 848
 849   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
 850     indx = (i-1) * nx;
 851     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
 852       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
 853         localMax[nMax] = indx + j - 1;
 854         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetBinContent(fHistAnode->GetBin(j,i));
 855         if (nMax > 99) break;
 856       }
 857     }
 858     if (nMax > 99) {
 859       AliError(" Too many local maxima !!!");
 860       break;
 861     }
 862   }
 863   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
 864   delete [] isLocalMax;
 865   return nMax;
 866 }
 867
 868 //_____________________________________________________________________________
 869 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
 870 {
 871 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
 872
 873   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
 874   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 875   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetBinContent(hist->GetBin(j,i)));
 876   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
 877
 878   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
 879   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
 880     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
 881     indx1 = (i1 - 1) * nx;
 882     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
 883       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
 884       if (i == i1 && j == j1) continue;
 885       indx2 = indx1 + j1 - 1;
 886       cont1 = TMath::Nint (hist->GetBinContent(hist->GetBin(j1,i1)));
 887       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 888       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
 889       else { // the same charge
 890         isLocalMax[indx] = 1;
 891         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
 892           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
 893           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
 894           else isLocalMax[indx2] = -1;
 895         }
 896       }
 897     }
 898   }
 899   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
 900 }
 901
 902 //_____________________________________________________________________________
 903 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterFit(AliMUONCluster& cluster, const Int_t *localMax,
 904                                                  const Int_t *maxPos, Int_t nMax)
 905 {
 906 /// Fit pad charge distribution with nMax hit hypothesis
 907
 908   //if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) cout << cluster.Multiplicity(0) << " " << cluster.Multiplicity(1) << " " << cluster.Charge() << " " << cluster.Charge(0) << " " << cluster.Charge(1) << " " << endl;
 909
 910   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
 911   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
 912   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
 913   Double_t xmin = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmin(); //- hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 914   Double_t xmax = fHistAnode->GetXaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 915   Double_t ymin = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmin(); //- hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 916   Double_t ymax = fHistAnode->GetYaxis()->GetXmax(); //+ hist->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 917
 918   TVirtualFitter* fitter = TVirtualFitter::Fitter(0,nMax*3);
 919   fitter->Clear("");
 920   fitter->SetFCN(FitFunction);
 921
 922   Float_t stepX = 0.01; // cm
 923   Float_t stepY = 0.01; // cm
 924   Float_t stepQ = 0.01; //
 925
 926   Double_t args[10] = {-1.}; // disable printout
 927
 928   fitter->ExecuteCommand("SET PRINT",args,1);
 929   fitter->ExecuteCommand("SET NOW",args,0); // no warnings
 930
 931   Int_t indx = 0;
 932   fNMax = nMax;
 933   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i) {
 934     Int_t ic = localMax[maxPos[i]] / nx + 1;
 935     Int_t jc = localMax[maxPos[i]] % nx + 1;
 936     Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
 937     Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
 938     indx = 3 * i;
 939     fitter->SetParameter(indx,"Hit X position",xc,stepX,xmin,xmax);
 940     fitter->SetParameter(indx+1,"Hit Y position",yc,stepY,ymin,ymax);
 941     fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.6,stepQ,0.,1.);
 942   }
 943   fitter->SetParameter(indx+2,"Hit contribution",0.,0.,0,0);
 944   //fitter->SetParameter(8,"Number of hits",nMax,0.,0,0);
 945
 946   TObjArray userObjects;
 947
 948   userObjects.Add(&cluster);
 949   userObjects.Add(fMathieson);
 950   userObjects.Add(this);
 951
 952   fitter->SetObjectFit(&userObjects);
 953
 954   args[0] = 500.;
 955   args[1] = 1.;
 956   /*Int_t stat =*/ fitter->ExecuteCommand("MIGRAD",args,2);
 957   //if (stat) { cout << " stat = " << stat << " " << fDetElemId << endl; /*exit(0);*/ }
 958   //Int_t nvpar, nparx;
 959   //Double_t amin, edm, errdef;
 960   //fitter->GetStats(amin, edm, errdef, nvpar, nparx);
 961   //cout << amin << endl;
 962
 963   Double_t qTot = cluster.Charge(), par[9] = {0.}, err[9] = {0.}, coef = 0.;
 964   //par[8] = nMax;
 965   for (Int_t j = 0; j < nMax; ++j) {
 966     indx = 3 * j;
 967     par[indx+2] = fitter->GetParameter(indx+2);
 968     coef = Param2Coef(j, coef, par, nMax);
 969     par[indx] = fitter->GetParameter(indx);
 970     par[indx+1] = fitter->GetParameter(indx+1);
 971     err[indx] = fitter->GetParError(indx);
 972     err[indx+1] = fitter->GetParError(indx+1);
 973
 974     if ( coef*qTot >= 2.135 ) // JC: adc -> fc
 975     {
 976       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
 977
 978       cluster1->SetCharge(coef*qTot,coef*qTot);
 979
 980       cluster1->SetPosition(TVector2(par[indx],par[indx+1]),TVector2(err[indx],err[indx+1]));
 981       cluster1->SetChi2(0.);
 982
 983       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
 984       // the original AddRawCluster code.
 985
 986       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
 987                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
 988                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
 989
 990       fClusterList.Add(cluster1);
 991     }
 992   }
 993 }
 994
 995 //_____________________________________________________________________________
 996 void AliMUONClusterFinderPeakFit::FindClusterCOG(AliMUONCluster& cluster,
 997                                                  const Int_t *localMax, Int_t iMax)
 998 {
 999 /// Find COG of pad charge distribution around local maximum \a iMax
1000
1001   //TH2D *hist = (TH2D*) gROOT->FindObject("anode");
1002   /* Just for check
1003   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
1004   c->cd();
1005   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1006   c->Update();
1007   Int_t tmp;
1008   cin >> tmp;
1009   */
1010   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1011   //Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1012   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1013   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1014
1015   // Get min pad dimensions for the precluster
1016   Int_t nSides = 2;
1017   if (cluster.Multiplicity(0) == 0 || cluster.Multiplicity(1) == 0) nSides = 1;
1018   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, -1, kFALSE);
1019   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, -1, kFALSE);
1020   //Double_t width[2][2] = {{dim0.X(), dim0.Y()},{dim1.X(),dim1.Y()}};
1021   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // coordinate index vs cathode
1022   if (nSides == 1 || dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1023     nonb[0] = 0;
1024     nonb[1] = 1;
1025   }
1026
1027   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1028   //fPixArray->Delete();
1029
1030   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1031   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1032   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1033   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1034   Double_t cont = fHistAnode->GetBinContent(fHistAnode->GetBin(jc,ic));
1035   AliMUONPad pixel(xc, yc, wx, wy, cont);
1036   if (fDebug) pixel.Print("full");
1037
1038   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1039
1040   // Pick up pads which overlap with the maximum pixel and find pads with the max signal
1041   Double_t qMax[2] = {0};
1042   AliMUONPad *matrix[2][3] = {{0x0,0x0,0x0},{0x0,0x0,0x0}};
1043   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1044   {
1045     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1046     if ( Overlap(*pad,pixel) )
1047     {
1048       if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1049       if (pad->Charge() > qMax[pad->Cathode()]) {
1050         qMax[pad->Cathode()] = pad->Charge();
1051         matrix[pad->Cathode()][1] = pad;
1052         if (nSides == 1) matrix[!pad->Cathode()][1] = pad;
1053       }
1054     }
1055   }
1056   //if (nSides == 2 && (matrix[0][1] == 0x0 || matrix[1][1] == 0x0)) return; // ???
1057
1058   // Find neighbours of maxima to have 3 pads per direction (if possible)
1059   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1060   {
1061     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1062     Int_t cath = pad->Cathode();
1063     if (pad == matrix[cath][1]) continue;
1064     Int_t nLoops = 3 - nSides;
1065
1066     for (Int_t k = 0; k < nLoops; ++k) {
1067       Int_t cath1 = cath;
1068       if (k) cath1 = !cath;
1069
1070       // Check the coordinate corresponding to the cathode (bending or non-bending case)
1071       Double_t dist = pad->Coord(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Coord(nonb[cath1]);
1072       Double_t dir = TMath::Sign (1., dist);
1073       dist = TMath::Abs(dist) - pad->Size(nonb[cath1]) - matrix[cath][1]->Size(nonb[cath1]);
1074
1075       if (TMath::Abs(dist) < fgkDistancePrecision) {
1076         // Check the other coordinate
1077         dist = pad->Coord(!nonb[cath1]) - matrix[cath1][1]->Coord(!nonb[cath1]);
1078         if (TMath::Abs(dist) >
1079             TMath::Max(pad->Size(!nonb[cath1]), matrix[cath1][1]->Size(!nonb[cath1])) - fgkDistancePrecision) break;
1080         Int_t idir = TMath::Nint (dir);
1081         if (matrix[cath1][1+idir] == 0x0) matrix[cath1][1+idir] = pad;
1082         else if (pad->Charge() > matrix[cath1][1+idir]->Charge()) matrix[cath1][1+idir] = pad; // diff. segmentation
1083         //cout << pad->Coord(nonb[cath1]) << " " << pad->Coord(!nonb[cath1]) << " " << pad->Size(nonb[cath1]) << " " << pad->Size(!nonb[cath1]) << " " << pad->Charge() << endl ;
1084         break;
1085       }
1086     }
1087   }
1088
1089   Double_t coord[2] = {0.}, qAver = 0.;
1090   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
1091     Double_t q = 0.;
1092     Double_t coordQ = 0.;
1093     Int_t cath = matrix[i][1]->Cathode();
1094     if (i && nSides == 1) cath = !cath;
1095     for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) {
1096       if (matrix[i][j] == 0x0) continue;
1097       Double_t dq = matrix[i][j]->Charge();
1098       q += dq;
1099       coordQ += dq * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]);
1100       //coordQ += (matrix[i][j]->Charge() * matrix[i][j]->Coord(nonb[cath]));
1101     }
1102     coord[cath] = coordQ / q;
1103     qAver = TMath::Max (qAver, q);
1104   }
1105
1106   //qAver = TMath::Sqrt(qAver);
1107   if ( qAver >= 2.135 ) // JC: adc -> fc
1108   {
1109
1110     AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
1111
1112     cluster1->SetCharge(qAver,qAver);
1113     if (nonb[0] == 1)
1114       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[1],coord[0]),TVector2(0.,0.));
1115     else
1116       cluster1->SetPosition(TVector2(coord[0],coord[1]),TVector2(0.,0.));
1117
1118     cluster1->SetChi2(0.);
1119
1120     // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
1121     // the original AddRawCluster code.
1122
1123     AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
1124                     fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
1125                     cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
1126
1127     fClusterList.Add(cluster1);
1128   }
1129 }
1130
1131 //_____________________________________________________________________________
1132 AliMUONClusterFinderPeakFit&
1133 AliMUONClusterFinderPeakFit::operator=(const AliMUONClusterFinderPeakFit& rhs)
1134 {
1135 /// Protected assignement operator
1136
1137   if (this == &rhs) return *this;
1138
1139   AliFatal("Not implemented.");
1140
1141   return *this;
1142 }
1143
1144 //_____________________________________________________________________________
1145 void AliMUONClusterFinderPeakFit::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1146                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1147 {
1148   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1149   /// overflows)
1150
1151   //Int_t statusToTest = 1;
1152   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1153
1154   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1155   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1156
1157   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1158
1159   Long_t cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1160
1161   nInX = AliMp::PairFirst(cn);
1162   nInY = AliMp::PairSecond(cn);
1163 }
1164
1165 //_____________________________________________________________________________
1166 void AliMUONClusterFinderPeakFit::RemovePixel(Int_t i)
1167 {
1168   /// Remove pixel at index i
1169   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1170   fPixArray->RemoveAt(i);
1171   delete pixPtr;
1172 }
1173
1174 //_____________________________________________________________________________
1175 AliMUONPad*
1176 AliMUONClusterFinderPeakFit::Pixel(Int_t i) const
1177 {
1178   /// Returns pixel at index i
1179   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1180 }
1181
1182 //_____________________________________________________________________________
1183 void
1184 AliMUONClusterFinderPeakFit::Print(Option_t* what) const
1185 {
1186   /// printout
1187   TString swhat(what);
1188   swhat.ToLower();
1189   if ( swhat.Contains("precluster") )
1190   {
1191     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1192   }
1193 }
1194
1195