o add Reset function to CalPad and CalROC o Add functionality to AliTPCdataQA - Reset...
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterSplitterMLEM
20 /// 
21 /// Splitter class for the MLEM algorithm. Performs fitting procedure
22 /// with up to 3 hit candidates and tries to split clusters if the number
23 /// of candidates exceeds 3.
24 ///
25 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
26 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
27 //-----------------------------------------------------------------------------
28
29 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
30 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h" // for status flag constants
31
32 #include "AliMUONCluster.h"
33 #include "AliMUONPad.h"
34 #include "AliMUONPad.h"
35 #include "AliMUONConstants.h"
36 #include "AliMpDEManager.h"
37 #include "AliMUONMathieson.h"
38
39 #include "AliMpEncodePair.h"
40
41 #include "AliLog.h"
42
43 #include <TClonesArray.h>
44 #include <TH2.h>
45 #include <TMath.h>
46 #include <TMatrixD.h>
47 #include <TObjArray.h>
48 #include <TRandom.h>
49 #include <Riostream.h>
50
51 using std::endl;
52 using std::cout;
53 /// \cond CLASSIMP
54 ClassImp(AliMUONClusterSplitterMLEM)
55 /// \endcond
56
57 //const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling 
58 const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-2; // threshold on coupling 
59
60 //_____________________________________________________________________________
61 AliMUONClusterSplitterMLEM::AliMUONClusterSplitterMLEM(Int_t detElemId, 
62                                                        TObjArray* pixArray,
63                                                        Double_t lowestPixelCharge,
64                                                        Double_t lowestPadCharge,
65                                                        Double_t lowestClusterCharge) 
66 : TObject(),
67 fPixArray(pixArray),
68 fMathieson(0x0),
69 fDetElemId(detElemId),
70 fNpar(0),
71 fQtot(0),
72 fnCoupled(0),
73 fDebug(0),
74 fLowestPixelCharge(lowestPixelCharge),
75 fLowestPadCharge(lowestPadCharge),
76 fLowestClusterCharge(lowestClusterCharge)
77 {
78   /// Constructor
79   
80   AliMq::Station12Type stationType = AliMpDEManager::GetStation12Type(fDetElemId);
81   
82   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
83   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
84   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
85   
86   if ( stationType == AliMq::kStation1 )
87   {
88     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
89     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
90     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
91   }
92   
93   fMathieson = new AliMUONMathieson;
94   
95   fMathieson->SetPitch(pitch);
96   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
97   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
98   
99 }
100
101 //_____________________________________________________________________________
102 AliMUONClusterSplitterMLEM::~AliMUONClusterSplitterMLEM()
103 {
104   /// Destructor
105   
106   delete fMathieson;
107 }
108
109 //_____________________________________________________________________________
110 void 
111 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddBin(TH2 *mlem, 
112                                    Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, 
113                                    Bool_t *used, TObjArray *pix)
114 {
115   /// Add a bin to the cluster
116   
117   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
118   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
119   Double_t cont1, cont = mlem->GetBinContent(mlem->GetBin(jc,ic));
120   AliMUONPad *pixPtr = 0;
121   
122   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
123   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
124     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
125       if (i != ic && j != jc) continue;
126       if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
127       cont1 = mlem->GetBinContent(mlem->GetBin(j,i));
128       if (mode && cont1 > cont) continue;
129       used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
130       if (cont1 < fLowestPixelCharge) continue;
131       if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i)); 
132       else {
133         pixPtr = new AliMUONPad (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
134                                  mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
135         fPixArray->Add(pixPtr);
136       }
137       AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
138     }
139   }
140 }
141
142 //_____________________________________________________________________________
143 void 
144 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, 
145                                        TMatrixD& aijcluclu, 
146                                        Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
147 {
148   /// Add a cluster to the group of coupled clusters
149   
150   for (Int_t i = 0; i < nclust; ++i) {
151     if (used[i]) continue;
152     if (aijcluclu(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
153     used[i] = kTRUE;
154     clustNumb[nCoupled++] = i;
155     AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
156   }
157 }
158
159 //_____________________________________________________________________________
160 TObject* 
161 AliMUONClusterSplitterMLEM::BinToPix(TH2 *mlem,
162                                      Int_t jc, Int_t ic)
163 {
164   /// Translate histogram bin to pixel 
165   
166   Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
167   Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
168   
169   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
170   AliMUONPad *pixPtr = NULL;
171   
172   // Compare pixel and bin positions
173   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
174     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
175     if (pixPtr->Charge() < fLowestPixelCharge) continue; 
176     if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4) 
177     {
178       //return (TObject*) pixPtr;
179       return pixPtr;
180     }
181   }
182   AliError(Form(" Something wrong ??? %f %f ", xc, yc));
183   return NULL;
184 }
185
186 //_____________________________________________________________________________
187 Float_t
188 AliMUONClusterSplitterMLEM::ChargeIntegration(Double_t x, Double_t y,
189                                               const AliMUONPad& pad)
190 {
191   /// Compute the Mathieson integral on pad area, assuming the center
192   /// of the Mathieson is at (x,y)
193   
194   TVector2 lowerLeft(TVector2(x,y)-pad.Position()-pad.Dimensions());
195   TVector2 upperRight(lowerLeft + pad.Dimensions()*2.0);
196   
197         return fMathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
198                            upperRight.X(),upperRight.Y());
199 }
200
201 //_____________________________________________________________________________
202 void 
203 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fcn1(const AliMUONCluster& cluster, 
204                                     Int_t & /*fNpar*/, Double_t * /*gin*/, 
205                                     Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag)
206 {
207   /// Computes the functional to be minimized
208   
209   Int_t indx, npads=0;
210   Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0, qTot = 0;
211   static Double_t qAver = 0;
212   
213   Int_t mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar / 3;
214   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
215   {
216     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
217     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
218     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ||
219          pad->Charge() == 0 ) continue;
220     if (iflag == 0) {
221       if ( pad->IsReal() ) npads++; // exclude virtual pads
222       qTot += pad->Charge(); 
223     }
224     charge = 0;
225     for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i)
226     { 
227       // sum over hits
228       indx = 3 * i;
229       coef = Param2Coef(i, coef, par);
230       charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
231     }
232     charge *= fQtot;
233     delta = charge - pad->Charge(); 
234     delta *= delta;
235     delta /= pad->Charge(); 
236     chi2 += delta;
237   } // for (Int_t j=0;
238   if (iflag == 0 && npads) qAver = qTot / npads;
239   if (!npads && iflag==0)
240   {
241     AliError(Form("Got npads=0. Please check"));
242   }
243   f = chi2 / qAver;
244 }
245
246 //_____________________________________________________________________________
247 Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par) const
248 {
249   /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
250   
251   if (fNpar == 2) return 1.;
252   if (fNpar == 5) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
253   if (icand == 0) return par[2];
254   if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
255   return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
256 }
257
258 //_____________________________________________________________________________
259 Int_t 
260 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fit(const AliMUONCluster& cluster,
261                                 Int_t iSimple, Int_t nfit, 
262                                 const Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, 
263                                 Double_t *parOk,
264                                 TObjArray& clusterList, TH2 *mlem)
265 {
266   /// Steering function and fitting procedure for the fit of pad charge distribution
267   
268   //  AliDebug(2,Form("iSimple=%d nfit=%d",iSimple,nfit));
269   
270   Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
271   Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
272   Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
273   Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
274   
275   // Number of pads to use and number of virtual pads
276   Int_t npads = 0, nVirtual = 0, nfit0 = nfit;
277   //cluster.Print("full");
278   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
279   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i ) 
280   {
281     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
282     if ( !pad->IsReal() ) ++nVirtual;
283     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
284     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) continue;
285     if ( pad->IsReal() )
286     {
287       ++npads;
288     }
289   }
290   
291   fNpar = 0;
292   fQtot = 0;
293   
294   if (npads < 2) return 0; 
295   
296   // FIXME : AliWarning("Reconnect the following code for hit/track passing ?");
297   
298   //  Int_t tracks[3] = {-1, -1, -1};
299   
300   /*
301    Int_t digit = 0;
302    AliMUONDigit *mdig = 0;
303    for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {  
304      for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
305        if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
306        if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
307        if (fXyq[3][i] < 0) continue; // exclude virtual pads
308        digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
309        if (digit >= 0) mdig = fInput->Digit(cath,digit);
310        else mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),-digit-1);
311        //if (!mdig) mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),digit);
312        if (!mdig) continue; // protection for cluster display
313        if (mdig->Hit() >= 0) {
314          if (tracks[0] < 0) {
315            tracks[0] = mdig->Hit();
316            tracks[1] = mdig->Track(0);
317          } else if (mdig->Track(0) < tracks[1]) {
318            tracks[0] = mdig->Hit();
319            tracks[1] = mdig->Track(0);
320          }
321        }
322        if (mdig->Track(1) >= 0 && mdig->Track(1) != tracks[1]) {
323          if (tracks[2] < 0) tracks[2] = mdig->Track(1);
324          else tracks[2] = TMath::Min (tracks[2], mdig->Track(1));
325        }
326      } // for (Int_t i=0;
327   } // for (Int_t cath=0;
328    */
329   
330   // Get number of pads in X and Y 
331   //const Int_t kStatusToTest(1);
332   const Int_t kStatusToTest(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
333   
334   Long_t nofPads = cluster.NofPads(kStatusToTest);
335   Int_t nInX = AliMp::PairFirst(nofPads);
336   Int_t nInY = AliMp::PairSecond(nofPads);
337
338   if (fDebug) {
339     Int_t npadOK = 0;
340     for (Int_t j = 0; j < cluster.Multiplicity(); ++j) {
341       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
342       //if (pad->Status() == 1 && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
343       if (pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
344     }
345     cout << " Number of pads to fit: " << npadOK << endl;
346     cout << " nInX and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
347   }
348   
349   Int_t nfitMax = 3; 
350   nfitMax = TMath::Min (nfitMax, (npads + 1) / 3);
351   if (nfitMax > 1) {
352     if (((nInX < 3) && (nInY < 3)) || ((nInX == 3) && (nInY < 3)) || ((nInX < 3) && (nInY == 3))) nfitMax = 1; // not enough pads in each direction
353   }
354   if (nfit > nfitMax) nfit = nfitMax;
355   
356   // Take cluster maxima as fitting seeds
357   TObjArray *pix;
358   AliMUONPad *pixPtr;
359   Int_t npxclu;
360   Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8], qq = 0;
361   
362   for ( int i = 0; i < 8; ++i ) errOk[i]=0.0;
363   
364   Double_t xyseed[3][2], qseed[3], xyCand[3][2] = {{0},{0}}, sigCand[3][2] = {{0},{0}};
365   
366   for (Int_t ifit = 1; ifit <= nfit0; ++ifit) 
367   {
368     cmax = 0;
369     pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
370     npxclu = pix->GetEntriesFast();
371     //qq = 0;
372     for (Int_t clu = 0; clu < npxclu; ++clu) 
373     {
374       pixPtr = (AliMUONPad*) pix->UncheckedAt(clu);
375       cont = pixPtr->Charge();
376       fQtot += cont;
377       if (cont > cmax) 
378       { 
379         cmax = cont; 
380         xseed = pixPtr->Coord(0);
381         yseed = pixPtr->Coord(1);
382       }
383       qq += cont;
384       xyCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
385       xyCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
386       sigCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
387       sigCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
388     }
389     xyseed[ifit-1][0] = xseed;
390     xyseed[ifit-1][1] = yseed;
391     qseed[ifit-1] = cmax;
392   } // for (Int_t ifit=1;
393   
394   xyCand[0][0] /= qq; // <x>
395   xyCand[0][1] /= qq; // <y>
396   sigCand[0][0] = sigCand[0][0]/qq - xyCand[0][0]*xyCand[0][0]; // <x^2> - <x>^2
397   sigCand[0][0] = sigCand[0][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][0]) : 0;
398   sigCand[0][1] = sigCand[0][1]/qq - xyCand[0][1]*xyCand[0][1]; // <y^2> - <y>^2
399   sigCand[0][1] = sigCand[0][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][1]) : 0;
400   if (fDebug) cout << xyCand[0][0] << " " << xyCand[0][1] << " " << sigCand[0][0] << " " << sigCand[0][1] << endl;
401   
402   Int_t nDof, maxSeed[3];//, nMax = 0;
403
404   if ( nfit0 < 0 || nfit0 > 3 ) {
405      AliErrorStream() << "Wrong nfit0 value: " << nfit0 << endl;
406      return nfit;
407   }   
408   TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
409     
410   Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02}, fmin, chi2o = 9999, chi2n;
411   Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8]={0}, step0[8]={0};
412   Double_t param0[2][8]={{0},{0}}, deriv[2][8]={{0},{0}}; 
413   Double_t shift[8]={0}, stepMax, derMax, parmin[8]={0}, parmax[8]={0}, func2[2]={0}, shift0;
414   Double_t delta[8]={0}, scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
415   Int_t min, max, nCall = 0, nLoop, idMax = 0, nFail;
416   Double_t rad, dist[3] = {0};
417     
418   // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is 
419   // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
420   Int_t iflag = 0; // for the first call of fcn1
421   for (Int_t iseed = 0; iseed < nfit; ++iseed) 
422   {
423       
424     Int_t memory[8] = {0};
425     if (iseed) 
426     { 
427       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
428       {
429         param[j] = parOk[j]; 
430       }
431       param[fNpar] = 0.6;
432       parmin[fNpar] = 1E-9; 
433       parmax[fNpar++] = 1; 
434     }
435       
436     if (nfit == 1) 
437     {
438       param[fNpar] = xyCand[0][0]; // take COG
439     }
440     else 
441     {
442       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
443       //param[fNpar] = fNpar==0 ? -16.1651 : -15.2761; 
444     }
445     parmin[fNpar] = xmin; 
446     parmax[fNpar++] = xmax; 
447     if (nfit == 1) 
448     {
449       param[fNpar] = xyCand[0][1]; // take COG
450     }
451     else 
452     {
453       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
454       //param[fNpar] = fNpar==1 ? -15.1737 : -15.8487;
455     }
456     parmin[fNpar] = ymin; 
457     parmax[fNpar++] = ymax; 
458
459     for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
460     {
461       step0[j] = shift[j] = step[j%3];
462     }
463
464     if (iseed) 
465     { 
466       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
467       {
468         param0[1][j] = 0; 
469       }
470     }
471     if (fDebug) {
472       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) cout << param[j] << " "; 
473       cout << endl;
474     }
475       
476     // Try new algorithm
477     min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
478       
479     while (1) 
480     {
481       max = !min;
482       Fcn1(cluster,fNpar, gin, func0, param, iflag); nCall++;
483       iflag = 1;
484       //cout << " Func: " << func0 << endl;
485       
486       func2[max] = func0;
487       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
488       {
489         param0[max][j] = param[j];
490         delta[j] = step0[j];
491         param[j] += delta[j] / 10;
492         if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
493         Fcn1(cluster,fNpar, gin, func1, param, iflag); nCall++;
494         deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
495         //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
496         dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) / 
497           (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
498       }
499       param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
500       if (nCall > 2000) break;
501         
502       min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
503       nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
504         
505       stepMax = derMax = estim = 0;
506       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
507       { 
508         // Estimated distance to minimum
509         shift0 = shift[j];
510         if (nLoop == 1) 
511         {
512           shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
513         }
514         else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3) 
515         {
516           shift[j] = 0;
517         }
518         else if (((deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0) && (TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])))
519                  || (TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3) || (TMath::Abs(dder[j]) < 1.e-6)) 
520         {
521           shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
522           if (min == max) 
523           { 
524             if (memory[j] > 1) 
525             { 
526               shift[j] *= 2; 
527             } 
528             memory[j]++;
529           }
530         }
531         else 
532         {
533           shift[j] = dder[j] != 0 ? -deriv[min][j] / dder[j] : 0;
534           memory[j] = 0;
535         }
536           
537         Double_t es = TMath::Abs(shift[j]) / step0[j];
538         if (es > estim) 
539         { 
540           estim = es;
541         }
542           
543         // Too big step
544         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; // 
545         
546         // Failed to improve minimum
547         if (min != max) 
548         {
549           memory[j] = 0;
550           param[j] = param0[min][j];
551           if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j]) 
552           {
553             shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
554           }
555           else 
556           {
557             shift[j] /= -2;
558           }
559         } 
560           
561         // Too big step
562         if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min]) 
563         {
564           shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
565         }
566           
567         // Introduce step relaxation factor
568         if (memory[j] < 3) 
569         {
570           scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
571           if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax) 
572           {
573             shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
574           }
575         }
576         param[j] += shift[j]; 
577         // Check parameter limits
578         if (param[j] < parmin[j]) 
579         { 
580           shift[j] = parmin[j] - param[j]; 
581           param[j] = parmin[j]; 
582         } 
583         else if (param[j] > parmax[j]) 
584         {
585           shift[j] = parmax[j] - param[j];
586           param[j] = parmax[j];
587         }
588         //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
589         stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
590         if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax) 
591         {
592           idMax = j;
593           derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
594         }
595       } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
596         
597       if (((estim < 1) && (derMax < 2)) || nLoop > 150) break; // minimum was found
598         
599       nLoop++;
600         
601       // Check for small step
602       if (shift[idMax] == 0) 
603       { 
604         shift[idMax] = step0[idMax]/10; 
605         param[idMax] += shift[idMax]; 
606         continue; 
607       }
608         
609       if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10) 
610       {
611         if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10) 
612         {
613           if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
614           shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10; 
615           param[idMax] += shift[idMax];
616           stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
617           if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
618         }
619         if (nFail > 10) 
620         {
621           param[idMax] -= shift[idMax];
622           shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
623           param[idMax] += shift[idMax];
624         }
625       }      
626     } // while (1)
627       
628     fmin = func2[min];
629     
630     nDof = npads - fNpar + nVirtual;
631     if (!nDof) nDof++;
632     chi2n = fmin / nDof;
633     if (fDebug) cout << " Chi2 " << chi2n << " " << fNpar << endl;
634       
635     //if (fNpar > 2) cout << param0[min][fNpar-3] << " " << chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) << endl;
636     //if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o ) 
637     if (fNpar > 2 && (chi2n > chi2o || ((iseed == nfit-1) 
638                                         && (chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) > chi2o)))) 
639       { fNpar -= 3; break; }
640       
641     // Save parameters and errors
642       
643     if (nInX == 1) {
644       // One pad per direction 
645       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) param0[min][i] = xPad;
646       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) 
647         param0[min][i] = xyCand[0][0];
648     }
649     if (nInY == 1) {
650       // One pad per direction 
651       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) param0[min][i] = yPad;
652       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) 
653         param0[min][i] = xyCand[0][1];
654     }
655       
656     /*
657       if (iseed > 0) {
658       // Find distance to the nearest neighbour
659       dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][2])*
660       (param0[min][0]-param0[min][2])
661       +(param0[min][1]-param0[min][3])*
662       (param0[min][1]-param0[min][3]));
663       if (iseed > 1) {
664       dist[2] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][5])*
665       (param0[min][0]-param0[min][5])
666       +(param0[min][1]-param0[min][6])*
667       (param0[min][1]-param0[min][6]));
668       rad = TMath::Sqrt ((param0[min][2]-param0[min][5])*
669       (param0[min][2]-param0[min][5])
670       +(param0[min][3]-param0[min][6])*
671       (param0[min][3]-param0[min][6]));
672       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
673       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
674       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
675       }
676       cout << dist[0] << " " << dist[1] << " " << dist[2] << endl;
677       if (dist[TMath::LocMin(iseed+1,dist)] < 1.) { fNpar -= 3; break; }
678       }
679     */
680       
681     for (Int_t i = 0; i < fNpar; ++i) {
682       parOk[i] = param0[min][i];
683       //errOk[i] = fmin;
684       errOk[i] = chi2n;
685       // Bounded params
686       parOk[i] = TMath::Max (parOk[i], parmin[i]);
687       parOk[i] = TMath::Min (parOk[i], parmax[i]);
688     }
689       
690     chi2o = chi2n;
691     if (fmin < 0.1) break; // !!!???
692   } // for (Int_t iseed=0; 
693    
694   if (fDebug) {
695     for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) {
696       if (i == 4 || i == 7) {
697         if ((i == 7) || ((i == 4) && (fNpar < 7))) cout << parOk[i] << endl;
698         else cout << parOk[i] * (1-parOk[7]) << endl;
699         continue;
700       }
701       cout << parOk[i] << " " << errOk[i] << endl;
702     }
703   }
704   nfit = (fNpar + 1) / 3;
705   dist[0] = dist[1] = dist[2] = 0;
706   
707   if (nfit > 1) {
708     // Find distance to the nearest neighbour
709     dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[2])*
710                                      (parOk[0]-parOk[2])
711                                      +(parOk[1]-parOk[3])*
712                                      (parOk[1]-parOk[3]));
713     if (nfit > 2) {
714       dist[2] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[5])*
715                              (parOk[0]-parOk[5])
716                              +(parOk[1]-parOk[6])*
717                              (parOk[1]-parOk[6]));
718       rad = TMath::Sqrt ((parOk[2]-parOk[5])*
719                          (parOk[2]-parOk[5])
720                          +(parOk[3]-parOk[6])*
721                          (parOk[3]-parOk[6]));
722       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
723       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
724       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
725     }
726   }
727     
728   Int_t indx;
729   
730   Double_t coef = 0;
731   if (iSimple) fnCoupled = 0;
732   for (Int_t j = 0; j < nfit; ++j) {
733     indx = 3 * j;
734     coef = Param2Coef(j, coef, parOk);
735       
736     //void AliMUONClusterFinderMLEM::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y, 
737     //                                             Double_t qTot, Double_t fmin,
738     //                                             Int_t nfit, Int_t *tracks, 
739     //                                             Double_t /*sigx*/, 
740     //                                             Double_t /*sigy*/, 
741     //                                             Double_t /*dist*/)
742     
743     if ( coef*fQtot >= fLowestClusterCharge ) 
744     {
745       //AZ AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster();
746       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
747       
748       cluster1->SetCharge(coef*fQtot,coef*fQtot);
749       cluster1->SetPosition(TVector2(parOk[indx],parOk[indx+1]),TVector2(sigCand[0][0],sigCand[0][1]));
750       //cluster1->SetChi2(dist[TMath::LocMin(nfit,dist)]);
751       Int_t idx = TMath::LocMin(nfit,dist);
752       if ( idx < 0 || idx > 2 ) {
753         AliErrorStream() << "Wrong index value: " << idx << endl;
754         return nfit;
755       }  
756       cluster1->SetChi2(dist[idx]);
757       
758       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to 
759       // the original AddRawCluster code.
760       
761       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
762                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
763                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
764         
765       clusterList.Add(cluster1);
766     }
767     //      AddRawCluster (parOk[indx], // double x
768     //                     parOk[indx+1], // double y
769     //                     coef*qTot, // double charge
770     //                     errOk[indx], // double fmin
771     //                     nfit0+10*nfit+100*nMax+10000*fnCoupled, // int nfit
772     //                     tracks, // int* tracks
773     //                     sigCand[0][0], // double sigx
774     //                     sigCand[0][1], // double sigy
775     //                     dist[TMath::LocMin(nfit,dist)] // double dist
776     //                     );
777   }
778   return nfit;
779 }  
780
781
782 //_____________________________________________________________________________
783 void
784 AliMUONClusterSplitterMLEM::Split(const AliMUONCluster& cluster,
785                                   TH2 *mlem, Double_t *coef,
786                                   TObjArray& clusterList)
787 {
788   /// The main steering function to work with clusters of pixels in anode
789   /// plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
790   /// necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
791   
792   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
793   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
794   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
795   
796   Double_t cont;
797   Int_t nclust = 0, indx, indx1, nxy = ny * nx; 
798   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
799   
800   for (Int_t j = 0; j < nxy; ++j) used[j] = kFALSE; 
801   
802   TObjArray *clusters[200]={0};
803   TObjArray *pix;
804   
805   // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
806   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) 
807   {
808     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) 
809     {
810       indx = (i-1)*nx + j - 1;
811       if (used[indx]) continue;
812       cont = mlem->GetBinContent(mlem->GetBin(j,i));
813       if (cont < fLowestPixelCharge) continue;
814       pix = new TObjArray(20);
815       used[indx] = 1;
816       pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
817       AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
818       if (nclust >= 200) AliFatal(" Too many clusters !!!");
819       clusters[nclust++] = pix;
820     } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
821   } // for (Int_t i=1; i<=ny;
822   if (fDebug) cout << nclust << endl;
823   delete [] used;
824   
825   // Compute couplings between clusters and clusters to pads
826   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
827   
828   // Exclude pads with overflows
829   /*
830   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
831   {
832     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
833     if ( pad->IsSaturated() )
834     {
835       pad->SetStatus(-5); 
836     }
837     else 
838     {
839       pad->SetStatus(0);
840     }
841   }
842   */
843   
844   // Compute couplings of clusters to pads (including overflows)
845   TMatrixD aijclupad(nclust,npad);
846   aijclupad = 0;
847   Int_t npxclu;
848   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
849   {
850     pix = clusters[iclust];
851     npxclu = pix->GetEntriesFast();
852     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i) 
853     {
854       indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
855       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
856       {
857         //AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
858         //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5) continue;
859         if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
860         aijclupad(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
861       }
862     }
863   }
864   
865   // Compute couplings between clusters (exclude overflows)
866   TMatrixD aijcluclu(nclust,nclust);
867   aijcluclu = 0;
868   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
869   {
870     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
871     {
872       // Exclude overflows
873       //if ( cluster.Pad(j)->Status() < 0) continue;
874       if ( cluster.Pad(j)->IsSaturated()) continue;
875       if (aijclupad(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
876       for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) 
877       {
878         if (aijclupad(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
879         aijcluclu(iclust,iclust1) += 
880           TMath::Sqrt (aijclupad(iclust,j)*aijclupad(iclust1,j));
881       }
882     }
883   }
884   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
885   {
886     for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nclust; ++iclust1) 
887     {
888       aijcluclu(iclust1,iclust) = aijcluclu(iclust,iclust1);
889     }
890   }
891   
892   if (fDebug && nclust > 1) aijcluclu.Print();
893
894   // Find groups of coupled clusters
895   used = new Bool_t[nclust];
896   for (Int_t j = 0; j < nclust; ++j) used[j] = kFALSE;
897
898   Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
899   Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
900   //Double_t parOk[8];
901   Double_t parOk[8] = {0}; //AZ
902   
903   for (Int_t igroup = 0; igroup < nclust; ++igroup) 
904   {
905     if (used[igroup]) continue;
906     used[igroup] = kTRUE;
907     clustNumb[0] = igroup;
908     nCoupled = 1;
909     // Find group of coupled clusters
910     AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
911     
912     if (fDebug) {                                                                      
913       cout << " nCoupled: " << nCoupled << endl;
914       for (Int_t i=0; i<nCoupled; ++i) cout << clustNumb[i] << " "; cout << endl;
915     }
916     
917     fnCoupled = nCoupled;
918     
919     while (nCoupled > 0) 
920     {
921       if (nCoupled < 4) 
922       {
923         nForFit = nCoupled;
924         for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) clustFit[i] = clustNumb[i];
925       } 
926       else 
927       {
928         // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
929         // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with 
930         // all the others in the group 
931         for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) minGroup[j] = -1;
932         Double_t coupl = MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
933         
934         // Flag clusters for fit
935         nForFit = 0;
936         while (nForFit < 3 && minGroup[nForFit] >= 0)
937         {
938           if (fDebug) cout << clustNumb[minGroup[nForFit]] << " ";
939           clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
940           clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
941           nForFit++;
942         }
943         if (fDebug) cout << " nForFit " << nForFit << " " << coupl << endl;
944       } // else
945       
946       // Select pads for fit. 
947       if (SelectPad(cluster,nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1) 
948       {
949         // Deselect pads
950         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
951         {
952           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
953           //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(0);
954           //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
955           if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ||
956                pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()) 
957             pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag());
958         }
959         // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with 
960         // the one with the strongest coupling
961         Merge(cluster,nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
962       } 
963       else 
964       {
965         // Do the fit
966         nfit = Fit(cluster,0, nForFit, clustFit, clusters, parOk, clusterList, mlem);
967         if (nfit == 0) { 
968           //cout << " (nfit == 0) " << fNpar << " " << cluster.Multiplicity() << endl; 
969           fNpar = 0; // should be 0 by itself but just in case ...
970         }
971       }
972       
973       // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
974       // return pads for further use
975       UpdatePads(cluster,nfit, parOk);
976       
977       // Mark used pads
978       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
979       {
980         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
981         //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(-2);
982         //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
983         if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) 
984           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag());
985       }
986       
987       // Sort the clusters (move to the right the used ones)
988       Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
989       while (beg < end) 
990       {
991         if (clustNumb[beg] >= 0) { ++beg; continue; }
992         for (Int_t j = end; j > beg; --j) 
993         {
994           if (clustNumb[j] < 0) continue;
995           end = j - 1;
996           indx = clustNumb[beg];
997           clustNumb[beg] = clustNumb[j];
998           clustNumb[j] = indx;
999           break;
1000         }
1001         ++beg;
1002       }
1003       
1004       nCoupled -= nForFit;
1005       if (nCoupled > 3) 
1006       {
1007         // Remove couplings of used clusters
1008         for (Int_t iclust = nCoupled; iclust < nCoupled+nForFit; ++iclust) 
1009         {
1010           indx = clustNumb[iclust] + 999;
1011           for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1012           {
1013             indx1 = clustNumb[iclust1];
1014             aijcluclu(indx,indx1) = aijcluclu(indx1,indx) = 0;
1015           }
1016         }
1017         
1018         // Update the remaining clusters couplings (subtract couplings from 
1019         // the used pads) - overflows excluded
1020         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1021         {
1022           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1023           //if ( pad->Status() != -2) continue;
1024           if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag()) continue;
1025           for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; ++iclust) 
1026           {
1027             indx = clustNumb[iclust];
1028             if (aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1029             for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1030             {
1031               indx1 = clustNumb[iclust1];
1032               if (aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1033               // Check this
1034               aijcluclu(indx,indx1) -= 
1035                 TMath::Sqrt (aijclupad(indx,j)*aijclupad(indx1,j));
1036               aijcluclu(indx1,indx) = aijcluclu(indx,indx1);
1037             }
1038           }
1039           //pad->SetStatus(-8);
1040           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag());
1041         } // for (Int_t j=0; j<npad;
1042       } // if (nCoupled > 3)
1043     } // while (nCoupled > 0)
1044   } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
1045   
1046   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
1047   {
1048     pix = clusters[iclust]; 
1049     pix->Clear();
1050     delete pix; 
1051   }
1052   delete [] clustNumb; 
1053   delete [] used; 
1054
1055 }
1056
1057 //_____________________________________________________________________________
1058 void 
1059 AliMUONClusterSplitterMLEM::Merge(const AliMUONCluster& cluster,
1060                                      Int_t nForFit, Int_t nCoupled, 
1061                                      const Int_t *clustNumb, const Int_t *clustFit, 
1062                                      TObjArray **clusters, 
1063                                      TMatrixD& aijcluclu, TMatrixD& aijclupad)
1064 {
1065   /// Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
1066   
1067   Int_t indx, indx1, npxclu, imax=0;
1068   TObjArray *pix, *pix1;
1069   Double_t couplMax;
1070   
1071   for (Int_t icl = 0; icl < nForFit; ++icl) 
1072   {
1073     indx = clustFit[icl];
1074     pix = clusters[indx];
1075     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1076     couplMax = -1;
1077     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1) 
1078     {
1079       indx1 = clustNumb[icl1];
1080       if (indx1 < 0) continue;
1081       if ( aijcluclu(indx,indx1) > couplMax) 
1082       {
1083         couplMax = aijcluclu(indx,indx1);
1084         imax = indx1;
1085       }
1086     } // for (Int_t icl1=0;
1087       // Add to it
1088     pix1 = clusters[imax];
1089     // Add pixels
1090     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i) 
1091     { 
1092       pix1->Add(pix->UncheckedAt(i)); 
1093       pix->RemoveAt(i); 
1094     }
1095     
1096     //Add cluster-to-cluster couplings
1097     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1) 
1098     {
1099       indx1 = clustNumb[icl1];
1100       if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
1101       aijcluclu(indx1,imax) += aijcluclu(indx,indx1);
1102       aijcluclu(imax,indx1) = aijcluclu(indx1,imax);
1103     }
1104     aijcluclu(indx,imax) = aijcluclu(imax,indx) = 0;
1105     
1106     //Add cluster-to-pad couplings
1107     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1108     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
1109     {
1110       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1111       //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5 ) continue;// exclude used pads
1112       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()) continue;// exclude used pads
1113         aijclupad(imax,j) += aijclupad(indx,j);
1114         aijclupad(indx,j) = 0;
1115     }
1116   } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
1117 }
1118
1119
1120 //_____________________________________________________________________________
1121 Double_t 
1122 AliMUONClusterSplitterMLEM::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, const Int_t *clustNumb, 
1123                                           const TMatrixD& aijcluclu, Int_t *minGroup)
1124 {
1125   /// Find group of clusters with minimum coupling to all the others
1126   
1127   Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2); 
1128   Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
1129   Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
1130   
1131   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1132     
1133     if (i123 == 1) {
1134       coupl1 = new Double_t [nCoupled];
1135       for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) coupl1[i] = 0;
1136     }
1137     else if (i123 == 2) {
1138       nTot = nCoupled*nCoupled;
1139       coupl2 = new Double_t [nTot];
1140       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl2[i] = 9999;
1141     } else {
1142       nTot = nTot*nCoupled;
1143       coupl3 = new Double_t [nTot];
1144       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl3[i] = 9999;
1145     } // else
1146     
1147     for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) {
1148       indx1 = clustNumb[i];
1149       for (Int_t j = i+1; j < nCoupled; ++j) {
1150         indx2 = clustNumb[j];
1151         if (i123 == 1) {
1152           coupl1[i] += aijcluclu(indx1,indx2);
1153           coupl1[j] += aijcluclu(indx1,indx2);
1154         } 
1155         else if (i123 == 2) {
1156           indx = i*nCoupled + j;
1157           coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
1158           coupl2[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx2));
1159         } else {
1160           for (Int_t k = j+1; k < nCoupled; ++k) {
1161             indx3 = clustNumb[k];
1162             indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
1163             coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
1164             coupl3[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx3)+aijcluclu(indx2,indx3));
1165           }
1166         } // else
1167       } // for (Int_t j=i+1;
1168     } // for (Int_t i=0;
1169   } // for (Int_t i123=1;
1170   
1171   // Find minimum coupling
1172   Double_t couplMin = 9999;
1173   Int_t locMin = 0;
1174   
1175   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1176     if (i123 == 1) {
1177       locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
1178       couplMin = coupl1[locMin];
1179       minGroup[0] = locMin;
1180       delete [] coupl1;
1181     } 
1182     else if (i123 == 2) {
1183       locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
1184       if (coupl2[locMin] < couplMin) {
1185         couplMin = coupl2[locMin];
1186         minGroup[0] = locMin/nCoupled;
1187         minGroup[1] = locMin%nCoupled;
1188       }
1189       delete [] coupl2;
1190     } else {
1191       locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
1192       if (coupl3[locMin] < couplMin) {
1193         couplMin = coupl3[locMin];
1194         minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
1195         minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
1196         minGroup[2] = locMin%nCoupled;
1197       }
1198       delete [] coupl3; 
1199     } // else
1200   } // for (Int_t i123=1;
1201   return couplMin;
1202 }
1203
1204 //_____________________________________________________________________________
1205 Int_t 
1206 AliMUONClusterSplitterMLEM::SelectPad(const AliMUONCluster& cluster,
1207                                           Int_t nCoupled, Int_t nForFit, 
1208                                           const Int_t *clustNumb, const Int_t *clustFit, 
1209                                           const TMatrixD& aijclupad)
1210 {
1211   /// Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving 
1212   /// the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
1213   
1214   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1215   Double_t *padpix = 0;
1216   
1217   if (nCoupled > 3) 
1218   {
1219     padpix = new Double_t[npad];
1220     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) padpix[i] = 0.;
1221   }
1222   
1223   Int_t nOK = 0, indx, indx1;
1224   for (Int_t iclust = 0; iclust < nForFit; ++iclust)
1225   {
1226     indx = clustFit[iclust];
1227     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1228     {
1229       if ( aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1230       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1231       /*
1232       if ( pad->Status() == -5 ) pad->SetStatus(-9); // flag overflow
1233       if ( pad->Status() < 0 ) continue; // exclude overflows and used pads
1234       if ( !pad->Status() ) 
1235       {
1236         pad->SetStatus(1);
1237         ++nOK; // pad to be used in fit
1238       }      
1239       */
1240       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag() 
1241            || pad->IsSaturated() ) continue; // used pads and overflows
1242       pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
1243       ++nOK; // pad to be used in fit
1244
1245       if (nCoupled > 3) 
1246       {
1247         // Check other clusters
1248         for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1249         {
1250           indx1 = clustNumb[iclust1];
1251           if (indx1 < 0) continue;
1252           if ( aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin ) continue;
1253           padpix[j] += aijclupad(indx1,j);
1254         }
1255       } // if (nCoupled > 3)
1256     } // for (Int_t j=0; j<npad;
1257   } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
1258   if (nCoupled < 4) return nOK;
1259   
1260   Double_t aaa = 0;
1261   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1262   {
1263     if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
1264     aaa += padpix[j];
1265     //cluster.Pad(j)->SetStatus(-1); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1266     cluster.Pad(j)->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1267     nOK--;
1268   }
1269   delete [] padpix; 
1270   return nOK;
1271 }
1272
1273 //_____________________________________________________________________________
1274 void 
1275 AliMUONClusterSplitterMLEM::UpdatePads(const AliMUONCluster& cluster,
1276                                           Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
1277 {
1278   /// Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
1279   
1280   Int_t indx, mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar/3;
1281   Double_t charge, coef=0;
1282   
1283   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
1284   {
1285     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1286     //if ( pad->Status() != -1 ) continue;
1287     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag() ) continue;
1288     if (fNpar != 0) 
1289     {
1290       charge = 0;
1291       for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i) 
1292       { 
1293         // sum over hits
1294         indx = 3 * i;
1295         coef = Param2Coef(i, coef, par);
1296         charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
1297       }
1298       charge *= fQtot;
1299       pad->SetCharge(pad->Charge()-charge);
1300     } // if (fNpar != 0)
1301     
1302     //if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(0); 
1303     if (pad->Charge() > fLowestPadCharge) pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag());
1304     // return pad for further using // FIXME: remove usage of zerosuppression here
1305     else pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag()); // do not use anymore
1306     
1307   } // for (Int_t j=0;
1308 }  
1309
1310