remoe duplicate QA initialisation and do ESD QA for same detectors as RecPoint QA
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterSplitterMLEM
20 /// 
21 /// Splitter class for the MLEM algorithm. Performs fitting procedure
22 /// with up to 3 hit candidates and tries to split clusters if the number
23 /// of candidates exceeds 3.
24 ///
25 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
26 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
27 //-----------------------------------------------------------------------------
28
29 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
30 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h" // for status flag constants
31
32 #include "AliMUONCluster.h"
33 #include "AliMUONPad.h"
34 #include "AliMUONPad.h"
35 #include "AliMpStationType.h"
36 #include "AliMUONConstants.h"
37 #include "AliMpDEManager.h"
38 #include "AliMUONMathieson.h"
39
40 #include "AliLog.h"
41
42 #include <TClonesArray.h>
43 #include <TH2.h>
44 #include <TMath.h>
45 #include <TMatrixD.h>
46 #include <TObjArray.h>
47 #include <TRandom.h>
48 #include <Riostream.h>
49
50 /// \cond CLASSIMP
51 ClassImp(AliMUONClusterSplitterMLEM)
52 /// \endcond
53
54 //const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling 
55 const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-2; // threshold on coupling 
56
57 //_____________________________________________________________________________
58 AliMUONClusterSplitterMLEM::AliMUONClusterSplitterMLEM(Int_t detElemId, 
59                                                        TObjArray* fPixArray) 
60 : TObject(),
61 fPixArray(fPixArray),
62 fMathieson(0x0),
63 fDetElemId(detElemId),
64 fNpar(0),
65 fQtot(0),
66 fnCoupled(0),
67 fDebug(0)
68 {
69   /// Constructor
70   
71   AliMp::StationType stationType = AliMpDEManager::GetStationType(fDetElemId);
72   
73   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
74   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
75   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
76   
77   if ( stationType == AliMp::kStation1 )
78   {
79     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
80     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
81     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
82   }
83   
84   fMathieson = new AliMUONMathieson;
85   
86   fMathieson->SetPitch(pitch);
87   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
88   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
89   
90 }
91
92 //_____________________________________________________________________________
93 AliMUONClusterSplitterMLEM::~AliMUONClusterSplitterMLEM()
94 {
95   /// Destructor
96   
97   delete fMathieson;
98 }
99
100 //_____________________________________________________________________________
101 void 
102 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddBin(TH2 *mlem, 
103                                    Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, 
104                                    Bool_t *used, TObjArray *pix)
105 {
106   /// Add a bin to the cluster
107   
108   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
109   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
110   Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
111   AliMUONPad *pixPtr = 0;
112   
113   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
114   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
115     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
116       if (i != ic && j != jc) continue;
117       if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
118       cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
119       if (mode && cont1 > cont) continue;
120       used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
121       if (cont1 < 0.5) continue;
122       if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i)); 
123       else {
124         pixPtr = new AliMUONPad (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
125                                  mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
126         fPixArray->Add(pixPtr);
127       }
128       AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
129     }
130   }
131 }
132
133 //_____________________________________________________________________________
134 void 
135 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, 
136                                        TMatrixD& aijcluclu, 
137                                        Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
138 {
139   /// Add a cluster to the group of coupled clusters
140   
141   for (Int_t i = 0; i < nclust; ++i) {
142     if (used[i]) continue;
143     if (aijcluclu(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
144     used[i] = kTRUE;
145     clustNumb[nCoupled++] = i;
146     AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
147   }
148 }
149
150 //_____________________________________________________________________________
151 TObject* 
152 AliMUONClusterSplitterMLEM::BinToPix(TH2 *mlem,
153                                      Int_t jc, Int_t ic)
154 {
155   /// Translate histogram bin to pixel 
156   
157   Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
158   Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
159   
160   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
161   AliMUONPad *pixPtr = NULL;
162   
163   // Compare pixel and bin positions
164   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
165     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
166     if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
167     if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4) 
168     {
169       //return (TObject*) pixPtr;
170       return pixPtr;
171     }
172   }
173   AliError(Form(" Something wrong ??? %f %f ", xc, yc));
174   return NULL;
175 }
176
177 //_____________________________________________________________________________
178 Float_t
179 AliMUONClusterSplitterMLEM::ChargeIntegration(Double_t x, Double_t y,
180                                               const AliMUONPad& pad)
181 {
182   /// Compute the Mathieson integral on pad area, assuming the center
183   /// of the Mathieson is at (x,y)
184   
185   TVector2 lowerLeft(TVector2(x,y)-pad.Position()-pad.Dimensions());
186   TVector2 upperRight(lowerLeft + pad.Dimensions()*2.0);
187   
188         return fMathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
189                            upperRight.X(),upperRight.Y());
190 }
191
192 //_____________________________________________________________________________
193 void 
194 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fcn1(const AliMUONCluster& cluster, 
195                                     Int_t & /*fNpar*/, Double_t * /*gin*/, 
196                                     Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag)
197 {
198   /// Computes the functional to be minimized
199   
200   Int_t indx, npads=0;
201   Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0, qTot = 0;
202   static Double_t qAver = 0;
203   
204   Int_t mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar / 3;
205   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
206   {
207     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
208     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
209     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag()) continue;
210     if (iflag == 0) {
211       if ( pad->IsReal() ) npads++; // exclude virtual pads
212       qTot += pad->Charge(); 
213     }
214     charge = 0;
215     for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i)
216     { 
217       // sum over hits
218       indx = 3 * i;
219       coef = Param2Coef(i, coef, par);
220       charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
221     }
222     charge *= fQtot;
223     delta = charge - pad->Charge(); 
224     delta *= delta;
225     delta /= pad->Charge(); 
226     chi2 += delta;
227   } // for (Int_t j=0;
228   if (iflag == 0) qAver = qTot / npads;
229   f = chi2 / qAver;
230 }
231
232 //_____________________________________________________________________________
233 Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par)
234 {
235   /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
236   
237   if (fNpar == 2) return 1.;
238   if (fNpar == 5) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
239   if (icand == 0) return par[2];
240   if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
241   return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
242 }
243
244 //_____________________________________________________________________________
245 Int_t 
246 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fit(const AliMUONCluster& cluster,
247                                 Int_t iSimple, Int_t nfit, 
248                                 Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, 
249                                 Double_t *parOk,
250                                 TObjArray& clusterList, TH2 *mlem)
251 {
252   /// Steering function and fitting procedure for the fit of pad charge distribution
253   
254   //  AliDebug(2,Form("iSimple=%d nfit=%d",iSimple,nfit));
255   
256   Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
257   Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
258   Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
259   Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
260   Double_t xPad = 0, yPad = 99999;
261   
262   // Number of pads to use and number of virtual pads
263   Int_t npads = 0, nVirtual = 0, nfit0 = nfit;
264   //cluster.Print("full");
265   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
266   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i ) 
267   {
268     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
269     if ( !pad->IsReal() ) ++nVirtual;
270     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
271     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) continue;
272     if ( pad->IsReal() )
273     {
274       ++npads;
275       if (yPad > 9999) 
276       { 
277         xPad = pad->X();
278         yPad = pad->Y();
279       } 
280       else 
281       {
282         if (pad->DY() < pad->DX() ) 
283         {
284           yPad = pad->Y();
285         }
286         else 
287         {
288           xPad = pad->X();
289         }
290       }
291     }
292   }
293   
294   fNpar = 0;
295   fQtot = 0;
296   
297   if (npads < 2) return 0; 
298   
299   // FIXME : AliWarning("Reconnect the following code for hit/track passing ?");
300   
301   //  Int_t tracks[3] = {-1, -1, -1};
302   
303   /*
304    Int_t digit = 0;
305    AliMUONDigit *mdig = 0;
306    for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {  
307      for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
308        if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
309        if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
310        if (fXyq[3][i] < 0) continue; // exclude virtual pads
311        digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
312        if (digit >= 0) mdig = fInput->Digit(cath,digit);
313        else mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),-digit-1);
314        //if (!mdig) mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),digit);
315        if (!mdig) continue; // protection for cluster display
316        if (mdig->Hit() >= 0) {
317          if (tracks[0] < 0) {
318            tracks[0] = mdig->Hit();
319            tracks[1] = mdig->Track(0);
320          } else if (mdig->Track(0) < tracks[1]) {
321            tracks[0] = mdig->Hit();
322            tracks[1] = mdig->Track(0);
323          }
324        }
325        if (mdig->Track(1) >= 0 && mdig->Track(1) != tracks[1]) {
326          if (tracks[2] < 0) tracks[2] = mdig->Track(1);
327          else tracks[2] = TMath::Min (tracks[2], mdig->Track(1));
328        }
329      } // for (Int_t i=0;
330   } // for (Int_t cath=0;
331    */
332   
333   // Get number of pads in X and Y 
334   //const Int_t kStatusToTest(1);
335   const Int_t kStatusToTest(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
336   
337   AliMpIntPair nofPads = cluster.NofPads(kStatusToTest);
338   Int_t nInX = nofPads.GetFirst();
339   Int_t nInY = nofPads.GetSecond();
340
341   if (fDebug) {
342     Int_t npadOK = 0;
343     for (Int_t j = 0; j < cluster.Multiplicity(); ++j) {
344       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
345       //if (pad->Status() == 1 && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
346       if (pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
347     }
348     cout << " Number of pads to fit: " << npadOK << endl;
349     cout << " nInX and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
350   }
351   
352   Int_t nfitMax = 3; 
353   nfitMax = TMath::Min (nfitMax, (npads + 1) / 3);
354   if (nfitMax > 1) {
355     if (nInX < 3 && nInY < 3 || nInX == 3 && nInY < 3 || nInX < 3 && nInY == 3) nfitMax = 1; // not enough pads in each direction
356   }
357   if (nfit > nfitMax) nfit = nfitMax;
358   
359   // Take cluster maxima as fitting seeds
360   TObjArray *pix;
361   AliMUONPad *pixPtr;
362   Int_t npxclu;
363   Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8], qq = 0;
364   Double_t xyseed[3][2], qseed[3], xyCand[3][2] = {{0},{0}}, sigCand[3][2] = {{0},{0}};
365   
366   for (Int_t ifit = 1; ifit <= nfit0; ++ifit) 
367   {
368     cmax = 0;
369     pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
370     npxclu = pix->GetEntriesFast();
371     //qq = 0;
372     for (Int_t clu = 0; clu < npxclu; ++clu) 
373     {
374       pixPtr = (AliMUONPad*) pix->UncheckedAt(clu);
375       cont = pixPtr->Charge();
376       fQtot += cont;
377       if (cont > cmax) 
378       { 
379         cmax = cont; 
380         xseed = pixPtr->Coord(0);
381         yseed = pixPtr->Coord(1);
382       }
383       qq += cont;
384       xyCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
385       xyCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
386       sigCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
387       sigCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
388     }
389     xyseed[ifit-1][0] = xseed;
390     xyseed[ifit-1][1] = yseed;
391     qseed[ifit-1] = cmax;
392   } // for (Int_t ifit=1;
393   
394   xyCand[0][0] /= qq; // <x>
395   xyCand[0][1] /= qq; // <y>
396   sigCand[0][0] = sigCand[0][0]/qq - xyCand[0][0]*xyCand[0][0]; // <x^2> - <x>^2
397   sigCand[0][0] = sigCand[0][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][0]) : 0;
398   sigCand[0][1] = sigCand[0][1]/qq - xyCand[0][1]*xyCand[0][1]; // <y^2> - <y>^2
399   sigCand[0][1] = sigCand[0][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][1]) : 0;
400   if (fDebug) cout << xyCand[0][0] << " " << xyCand[0][1] << " " << sigCand[0][0] << " " << sigCand[0][1] << endl;
401   
402   Int_t nDof, maxSeed[3];//, nMax = 0;
403     
404   TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
405     
406   Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02}, fmin, chi2o = 9999, chi2n;
407   Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8], step0[8];
408   Double_t param0[2][8]={{0},{0}}, deriv[2][8]={{0},{0}}; 
409   Double_t shift[8], stepMax, derMax, parmin[8], parmax[8], func2[2], shift0;
410   Double_t delta[8], scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
411   Int_t min, max, nCall = 0, nLoop, idMax = 0, iestMax = 0, nFail;
412   Double_t rad, dist[3] = {0};
413     
414   // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is 
415   // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
416   Int_t iflag = 0; // for the first call of fcn1
417   for (Int_t iseed = 0; iseed < nfit; ++iseed) 
418   {
419       
420     Int_t memory[8] = {0};
421     if (iseed) 
422     { 
423       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
424       {
425         param[j] = parOk[j]; 
426       }
427       param[fNpar] = 0.6;
428       parmin[fNpar] = 0; 
429       parmax[fNpar++] = 1; 
430     }
431       
432     if (nfit == 1) 
433     {
434       param[fNpar] = xyCand[0][0]; // take COG
435     }
436     else 
437     {
438       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
439       //param[fNpar] = fNpar==0 ? -16.1651 : -15.2761; 
440     }
441     parmin[fNpar] = xmin; 
442     parmax[fNpar++] = xmax; 
443     if (nfit == 1) 
444     {
445       param[fNpar] = xyCand[0][1]; // take COG
446     }
447     else 
448     {
449       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
450       //param[fNpar] = fNpar==1 ? -15.1737 : -15.8487;
451     }
452     parmin[fNpar] = ymin; 
453     parmax[fNpar++] = ymax; 
454
455     for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
456     {
457       step0[j] = shift[j] = step[j%3];
458     }
459
460     if (iseed) 
461     { 
462       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
463       {
464         param0[1][j] = 0; 
465       }
466     }
467     if (fDebug) {
468       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) cout << param[j] << " "; 
469       cout << endl;
470     }
471       
472     // Try new algorithm
473     min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
474       
475     while (1) 
476     {
477       max = !min;
478       Fcn1(cluster,fNpar, gin, func0, param, iflag); nCall++;
479       iflag = 1;
480       //cout << " Func: " << func0 << endl;
481       
482       func2[max] = func0;
483       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
484       {
485         param0[max][j] = param[j];
486         delta[j] = step0[j];
487         param[j] += delta[j] / 10;
488         if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
489         Fcn1(cluster,fNpar, gin, func1, param, iflag); nCall++;
490         deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
491         //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
492         dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) / 
493           (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
494       }
495       param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
496       if (nCall > 2000) break;
497         
498       min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
499       nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
500         
501       stepMax = derMax = estim = 0;
502       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
503       { 
504         // Estimated distance to minimum
505         shift0 = shift[j];
506         if (nLoop == 1) 
507         {
508           shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
509         }
510         else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3) 
511         {
512           shift[j] = 0;
513         }
514         else if (deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0 && TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])
515                  || TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3 || TMath::Abs(dder[j]) < 1.e-6) 
516         {
517           shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
518           if (min == max) 
519           { 
520             if (memory[j] > 1) 
521             { 
522               shift[j] *= 2; 
523             } 
524             memory[j]++;
525           }
526         }
527         else 
528         {
529           shift[j] = dder[j] != 0 ? -deriv[min][j] / dder[j] : 0;
530           memory[j] = 0;
531         }
532           
533         Double_t es = TMath::Abs(shift[j]) / step0[j];
534         if (es > estim) 
535         { 
536           estim = es;
537           iestMax = j;
538         }
539           
540         // Too big step
541         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; // 
542         
543         // Failed to improve minimum
544         if (min != max) 
545         {
546           memory[j] = 0;
547           param[j] = param0[min][j];
548           if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j]) 
549           {
550             shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
551           }
552           else 
553           {
554             shift[j] /= -2;
555           }
556         } 
557           
558         // Too big step
559         if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min]) 
560         {
561           shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
562         }
563           
564         // Introduce step relaxation factor
565         if (memory[j] < 3) 
566         {
567           scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
568           if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax) 
569           {
570             shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
571           }
572         }
573         param[j] += shift[j]; 
574         // Check parameter limits
575         if (param[j] < parmin[j]) 
576         { 
577           shift[j] = parmin[j] - param[j]; 
578           param[j] = parmin[j]; 
579         } 
580         else if (param[j] > parmax[j]) 
581         {
582           shift[j] = parmax[j] - param[j];
583           param[j] = parmax[j];
584         }
585         //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
586         stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
587         if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax) 
588         {
589           idMax = j;
590           derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
591         }
592       } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
593         
594       if (estim < 1 && derMax < 2 || nLoop > 150) break; // minimum was found
595         
596       nLoop++;
597         
598       // Check for small step
599       if (shift[idMax] == 0) 
600       { 
601         shift[idMax] = step0[idMax]/10; 
602         param[idMax] += shift[idMax]; 
603         continue; 
604       }
605         
606       if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10) 
607       {
608         if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10) 
609         {
610           if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
611           shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10; 
612           param[idMax] += shift[idMax];
613           stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
614           if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
615         }
616         if (nFail > 10) 
617         {
618           param[idMax] -= shift[idMax];
619           shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
620           param[idMax] += shift[idMax];
621         }
622       }      
623     } // while (1)
624       
625     fmin = func2[min];
626     
627     nDof = npads - fNpar + nVirtual;
628     if (!nDof) nDof++;
629     chi2n = fmin / nDof;
630     if (fDebug) cout << " Chi2 " << chi2n << " " << fNpar << endl;
631       
632     //if (fNpar > 2) cout << param0[min][fNpar-3] << " " << chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) << endl;
633     //if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o ) 
634     if (fNpar > 2 && (chi2n > chi2o || iseed == nfit-1 
635                       && chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) > chi2o)) 
636       { fNpar -= 3; break; }
637       
638     // Save parameters and errors
639       
640     if (nInX == 1) {
641       // One pad per direction 
642       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) param0[min][i] = xPad;
643       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) 
644         param0[min][i] = xyCand[0][0];
645     }
646     if (nInY == 1) {
647       // One pad per direction 
648       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) param0[min][i] = yPad;
649       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) 
650         param0[min][i] = xyCand[0][1];
651     }
652       
653     /*
654       if (iseed > 0) {
655       // Find distance to the nearest neighbour
656       dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][2])*
657       (param0[min][0]-param0[min][2])
658       +(param0[min][1]-param0[min][3])*
659       (param0[min][1]-param0[min][3]));
660       if (iseed > 1) {
661       dist[2] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][5])*
662       (param0[min][0]-param0[min][5])
663       +(param0[min][1]-param0[min][6])*
664       (param0[min][1]-param0[min][6]));
665       rad = TMath::Sqrt ((param0[min][2]-param0[min][5])*
666       (param0[min][2]-param0[min][5])
667       +(param0[min][3]-param0[min][6])*
668       (param0[min][3]-param0[min][6]));
669       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
670       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
671       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
672       }
673       cout << dist[0] << " " << dist[1] << " " << dist[2] << endl;
674       if (dist[TMath::LocMin(iseed+1,dist)] < 1.) { fNpar -= 3; break; }
675       }
676     */
677       
678     for (Int_t i = 0; i < fNpar; ++i) {
679       parOk[i] = param0[min][i];
680       //errOk[i] = fmin;
681       errOk[i] = chi2n;
682       // Bounded params
683       parOk[i] = TMath::Max (parOk[i], parmin[i]);
684       parOk[i] = TMath::Min (parOk[i], parmax[i]);
685     }
686       
687     chi2o = chi2n;
688     if (fmin < 0.1) break; // !!!???
689   } // for (Int_t iseed=0; 
690    
691   if (fDebug) {
692     for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) {
693       if (i == 4 || i == 7) {
694         if (i == 7 || i == 4 && fNpar < 7) cout << parOk[i] << endl;
695         else cout << parOk[i] * (1-parOk[7]) << endl;
696         continue;
697       }
698       cout << parOk[i] << " " << errOk[i] << endl;
699     }
700   }
701   nfit = (fNpar + 1) / 3;
702   dist[0] = dist[1] = dist[2] = 0;
703   
704   if (nfit > 1) {
705     // Find distance to the nearest neighbour
706     dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[2])*
707                                      (parOk[0]-parOk[2])
708                                      +(parOk[1]-parOk[3])*
709                                      (parOk[1]-parOk[3]));
710     if (nfit > 2) {
711       dist[2] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[5])*
712                              (parOk[0]-parOk[5])
713                              +(parOk[1]-parOk[6])*
714                              (parOk[1]-parOk[6]));
715       rad = TMath::Sqrt ((parOk[2]-parOk[5])*
716                          (parOk[2]-parOk[5])
717                          +(parOk[3]-parOk[6])*
718                          (parOk[3]-parOk[6]));
719       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
720       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
721       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
722     }
723   }
724     
725   Int_t indx;
726   
727   Double_t coef = 0;
728   if (iSimple) fnCoupled = 0;
729   for (Int_t j = 0; j < nfit; ++j) {
730     indx = 3 * j;
731     coef = Param2Coef(j, coef, parOk);
732       
733     //void AliMUONClusterFinderMLEM::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y, 
734     //                                             Double_t qTot, Double_t fmin,
735     //                                             Int_t nfit, Int_t *tracks, 
736     //                                             Double_t /*sigx*/, 
737     //                                             Double_t /*sigy*/, 
738     //                                             Double_t /*dist*/)
739     
740     if ( coef*fQtot >= 14 )
741     {
742       //AZ AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster();
743       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
744       
745       cluster1->SetCharge(coef*fQtot,coef*fQtot);
746       cluster1->SetPosition(TVector2(parOk[indx],parOk[indx+1]),TVector2(sigCand[0][0],sigCand[0][1]));
747       cluster1->SetChi2(dist[TMath::LocMin(nfit,dist)]);
748       
749       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to 
750       // the original AddRawCluster code.
751       
752       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
753                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
754                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
755         
756       clusterList.Add(cluster1);
757     }
758     //      AddRawCluster (parOk[indx], // double x
759     //                     parOk[indx+1], // double y
760     //                     coef*qTot, // double charge
761     //                     errOk[indx], // double fmin
762     //                     nfit0+10*nfit+100*nMax+10000*fnCoupled, // int nfit
763     //                     tracks, // int* tracks
764     //                     sigCand[0][0], // double sigx
765     //                     sigCand[0][1], // double sigy
766     //                     dist[TMath::LocMin(nfit,dist)] // double dist
767     //                     );
768   }
769   return nfit;
770 }  
771
772
773 //_____________________________________________________________________________
774 void
775 AliMUONClusterSplitterMLEM::Split(const AliMUONCluster& cluster,
776                                   TH2 *mlem, Double_t *coef,
777                                   TObjArray& clusterList)
778 {
779   /// The main steering function to work with clusters of pixels in anode
780   /// plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
781   /// necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
782   
783   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
784   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
785   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
786   
787   Double_t cont;
788   Int_t nclust = 0, indx, indx1, nxy = ny * nx; 
789   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
790   
791   for (Int_t j = 0; j < nxy; ++j) used[j] = kFALSE; 
792   
793   TObjArray *clusters[200]={0};
794   TObjArray *pix;
795   
796   // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
797   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) 
798   {
799     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) 
800     {
801       indx = (i-1)*nx + j - 1;
802       if (used[indx]) continue;
803       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
804       if (cont < 0.5) continue;
805       pix = new TObjArray(20);
806       used[indx] = 1;
807       pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
808       AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
809       if (nclust >= 200) AliFatal(" Too many clusters !!!");
810       clusters[nclust++] = pix;
811     } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
812   } // for (Int_t i=1; i<=ny;
813   if (fDebug) cout << nclust << endl;
814   delete [] used;
815   
816   // Compute couplings between clusters and clusters to pads
817   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
818   
819   // Exclude pads with overflows
820   /*
821   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
822   {
823     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
824     if ( pad->IsSaturated() )
825     {
826       pad->SetStatus(-5); 
827     }
828     else 
829     {
830       pad->SetStatus(0);
831     }
832   }
833   */
834   
835   // Compute couplings of clusters to pads (including overflows)
836   TMatrixD aijclupad(nclust,npad);
837   aijclupad = 0;
838   Int_t npxclu;
839   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
840   {
841     pix = clusters[iclust];
842     npxclu = pix->GetEntriesFast();
843     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i) 
844     {
845       indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
846       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
847       {
848         //AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
849         //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5) continue;
850         if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
851         aijclupad(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
852       }
853     }
854   }
855   
856   // Compute couplings between clusters (exclude overflows)
857   TMatrixD aijcluclu(nclust,nclust);
858   aijcluclu = 0;
859   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
860   {
861     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
862     {
863       // Exclude overflows
864       //if ( cluster.Pad(j)->Status() < 0) continue;
865       if ( cluster.Pad(j)->IsSaturated()) continue;
866       if (aijclupad(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
867       for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) 
868       {
869         if (aijclupad(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
870         aijcluclu(iclust,iclust1) += 
871           TMath::Sqrt (aijclupad(iclust,j)*aijclupad(iclust1,j));
872       }
873     }
874   }
875   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
876   {
877     for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nclust; ++iclust1) 
878     {
879       aijcluclu(iclust1,iclust) = aijcluclu(iclust,iclust1);
880     }
881   }
882   
883   if (fDebug && nclust > 1) aijcluclu.Print();
884
885   // Find groups of coupled clusters
886   used = new Bool_t[nclust];
887   for (Int_t j = 0; j < nclust; ++j) used[j] = kFALSE;
888
889   Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
890   Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
891   //Double_t parOk[8];
892   Double_t parOk[8] = {0}; //AZ
893   
894   for (Int_t igroup = 0; igroup < nclust; ++igroup) 
895   {
896     if (used[igroup]) continue;
897     used[igroup] = kTRUE;
898     clustNumb[0] = igroup;
899     nCoupled = 1;
900     // Find group of coupled clusters
901     AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
902     
903     if (fDebug) {                                                                      
904       cout << " nCoupled: " << nCoupled << endl;
905       for (Int_t i=0; i<nCoupled; ++i) cout << clustNumb[i] << " "; cout << endl;
906     }
907     
908     fnCoupled = nCoupled;
909     
910     while (nCoupled > 0) 
911     {
912       if (nCoupled < 4) 
913       {
914         nForFit = nCoupled;
915         for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) clustFit[i] = clustNumb[i];
916       } 
917       else 
918       {
919         // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
920         // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with 
921         // all the others in the group 
922         for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) minGroup[j] = -1;
923         Double_t coupl = MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
924         
925         // Flag clusters for fit
926         nForFit = 0;
927         while (minGroup[nForFit] >= 0 && nForFit < 3)
928         {
929           if (fDebug) cout << clustNumb[minGroup[nForFit]] << " ";
930           clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
931           clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
932           nForFit++;
933         }
934         if (fDebug) cout << " nForFit " << nForFit << " " << coupl << endl;
935       } // else
936       
937       // Select pads for fit. 
938       if (SelectPad(cluster,nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1) 
939       {
940         // Deselect pads
941         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
942         {
943           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
944           //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(0);
945           //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
946           if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ||
947                pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()) 
948             pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag());
949         }
950         // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with 
951         // the one with the strongest coupling
952         Merge(cluster,nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
953       } 
954       else 
955       {
956         // Do the fit
957         nfit = Fit(cluster,0, nForFit, clustFit, clusters, parOk, clusterList, mlem);
958         if (nfit == 0) { 
959           //cout << " (nfit == 0) " << fNpar << " " << cluster.Multiplicity() << endl; 
960           fNpar = 0; // should be 0 by itself but just in case ...
961         }
962       }
963       
964       // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
965       // return pads for further use
966       UpdatePads(cluster,nfit, parOk);
967       
968       // Mark used pads
969       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
970       {
971         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
972         //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(-2);
973         //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
974         if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) 
975           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag());
976       }
977       
978       // Sort the clusters (move to the right the used ones)
979       Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
980       while (beg < end) 
981       {
982         if (clustNumb[beg] >= 0) { ++beg; continue; }
983         for (Int_t j = end; j > beg; --j) 
984         {
985           if (clustNumb[j] < 0) continue;
986           end = j - 1;
987           indx = clustNumb[beg];
988           clustNumb[beg] = clustNumb[j];
989           clustNumb[j] = indx;
990           break;
991         }
992         ++beg;
993       }
994       
995       nCoupled -= nForFit;
996       if (nCoupled > 3) 
997       {
998         // Remove couplings of used clusters
999         for (Int_t iclust = nCoupled; iclust < nCoupled+nForFit; ++iclust) 
1000         {
1001           indx = clustNumb[iclust] + 999;
1002           for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1003           {
1004             indx1 = clustNumb[iclust1];
1005             aijcluclu(indx,indx1) = aijcluclu(indx1,indx) = 0;
1006           }
1007         }
1008         
1009         // Update the remaining clusters couplings (subtract couplings from 
1010         // the used pads) - overflows excluded
1011         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1012         {
1013           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1014           //if ( pad->Status() != -2) continue;
1015           if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag()) continue;
1016           for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; ++iclust) 
1017           {
1018             indx = clustNumb[iclust];
1019             if (aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1020             for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1021             {
1022               indx1 = clustNumb[iclust1];
1023               if (aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1024               // Check this
1025               aijcluclu(indx,indx1) -= 
1026                 TMath::Sqrt (aijclupad(indx,j)*aijclupad(indx1,j));
1027               aijcluclu(indx1,indx) = aijcluclu(indx,indx1);
1028             }
1029           }
1030           //pad->SetStatus(-8);
1031           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag());
1032         } // for (Int_t j=0; j<npad;
1033       } // if (nCoupled > 3)
1034     } // while (nCoupled > 0)
1035   } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
1036   
1037   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
1038   {
1039     pix = clusters[iclust]; 
1040     pix->Clear();
1041     delete pix; 
1042   }
1043   delete [] clustNumb; 
1044   delete [] used; 
1045
1046 }
1047
1048 //_____________________________________________________________________________
1049 void 
1050 AliMUONClusterSplitterMLEM::Merge(const AliMUONCluster& cluster,
1051                                      Int_t nForFit, Int_t nCoupled, 
1052                                      Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
1053                                      TObjArray **clusters, 
1054                                      TMatrixD& aijcluclu, TMatrixD& aijclupad)
1055 {
1056   /// Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
1057   
1058   Int_t indx, indx1, npxclu, npxclu1, imax=0;
1059   TObjArray *pix, *pix1;
1060   Double_t couplMax;
1061   
1062   for (Int_t icl = 0; icl < nForFit; ++icl) 
1063   {
1064     indx = clustFit[icl];
1065     pix = clusters[indx];
1066     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1067     couplMax = -1;
1068     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1) 
1069     {
1070       indx1 = clustNumb[icl1];
1071       if (indx1 < 0) continue;
1072       if ( aijcluclu(indx,indx1) > couplMax) 
1073       {
1074         couplMax = aijcluclu(indx,indx1);
1075         imax = indx1;
1076       }
1077     } // for (Int_t icl1=0;
1078       // Add to it
1079     pix1 = clusters[imax];
1080     npxclu1 = pix1->GetEntriesFast();
1081     // Add pixels 
1082     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i) 
1083     { 
1084       pix1->Add(pix->UncheckedAt(i)); 
1085       pix->RemoveAt(i); 
1086     }
1087     
1088     //Add cluster-to-cluster couplings
1089     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1) 
1090     {
1091       indx1 = clustNumb[icl1];
1092       if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
1093       aijcluclu(indx1,imax) += aijcluclu(indx,indx1);
1094       aijcluclu(imax,indx1) = aijcluclu(indx1,imax);
1095     }
1096     aijcluclu(indx,imax) = aijcluclu(imax,indx) = 0;
1097     
1098     //Add cluster-to-pad couplings
1099     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1100     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
1101     {
1102       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1103       //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5 ) continue;// exclude used pads
1104       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()) continue;// exclude used pads
1105         aijclupad(imax,j) += aijclupad(indx,j);
1106         aijclupad(indx,j) = 0;
1107     }
1108   } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
1109 }
1110
1111
1112 //_____________________________________________________________________________
1113 Double_t 
1114 AliMUONClusterSplitterMLEM::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, 
1115                                           TMatrixD& aijcluclu, Int_t *minGroup)
1116 {
1117   /// Find group of clusters with minimum coupling to all the others
1118   
1119   Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2); 
1120   Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
1121   Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
1122   
1123   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1124     
1125     if (i123 == 1) {
1126       coupl1 = new Double_t [nCoupled];
1127       for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) coupl1[i] = 0;
1128     }
1129     else if (i123 == 2) {
1130       nTot = nCoupled*nCoupled;
1131       coupl2 = new Double_t [nTot];
1132       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl2[i] = 9999;
1133     } else {
1134       nTot = nTot*nCoupled;
1135       coupl3 = new Double_t [nTot];
1136       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl3[i] = 9999;
1137     } // else
1138     
1139     for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) {
1140       indx1 = clustNumb[i];
1141       for (Int_t j = i+1; j < nCoupled; ++j) {
1142         indx2 = clustNumb[j];
1143         if (i123 == 1) {
1144           coupl1[i] += aijcluclu(indx1,indx2);
1145           coupl1[j] += aijcluclu(indx1,indx2);
1146         } 
1147         else if (i123 == 2) {
1148           indx = i*nCoupled + j;
1149           coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
1150           coupl2[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx2));
1151         } else {
1152           for (Int_t k = j+1; k < nCoupled; ++k) {
1153             indx3 = clustNumb[k];
1154             indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
1155             coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
1156             coupl3[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx3)+aijcluclu(indx2,indx3));
1157           }
1158         } // else
1159       } // for (Int_t j=i+1;
1160     } // for (Int_t i=0;
1161   } // for (Int_t i123=1;
1162   
1163   // Find minimum coupling
1164   Double_t couplMin = 9999;
1165   Int_t locMin = 0;
1166   
1167   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1168     if (i123 == 1) {
1169       locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
1170       couplMin = coupl1[locMin];
1171       minGroup[0] = locMin;
1172       delete [] coupl1;
1173     } 
1174     else if (i123 == 2) {
1175       locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
1176       if (coupl2[locMin] < couplMin) {
1177         couplMin = coupl2[locMin];
1178         minGroup[0] = locMin/nCoupled;
1179         minGroup[1] = locMin%nCoupled;
1180       }
1181       delete [] coupl2;
1182     } else {
1183       locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
1184       if (coupl3[locMin] < couplMin) {
1185         couplMin = coupl3[locMin];
1186         minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
1187         minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
1188         minGroup[2] = locMin%nCoupled;
1189       }
1190       delete [] coupl3; 
1191     } // else
1192   } // for (Int_t i123=1;
1193   return couplMin;
1194 }
1195
1196 //_____________________________________________________________________________
1197 Int_t 
1198 AliMUONClusterSplitterMLEM::SelectPad(const AliMUONCluster& cluster,
1199                                           Int_t nCoupled, Int_t nForFit, 
1200                                           Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
1201                                           TMatrixD& aijclupad)
1202 {
1203   /// Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving 
1204   /// the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
1205   
1206   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1207   Double_t *padpix = 0;
1208   
1209   if (nCoupled > 3) 
1210   {
1211     padpix = new Double_t[npad];
1212     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) padpix[i] = 0.;
1213   }
1214   
1215   Int_t nOK = 0, indx, indx1;
1216   for (Int_t iclust = 0; iclust < nForFit; ++iclust)
1217   {
1218     indx = clustFit[iclust];
1219     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1220     {
1221       if ( aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1222       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1223       /*
1224       if ( pad->Status() == -5 ) pad->SetStatus(-9); // flag overflow
1225       if ( pad->Status() < 0 ) continue; // exclude overflows and used pads
1226       if ( !pad->Status() ) 
1227       {
1228         pad->SetStatus(1);
1229         ++nOK; // pad to be used in fit
1230       }      
1231       */
1232       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag() 
1233            || pad->IsSaturated() ) continue; // used pads and overflows
1234       pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
1235       ++nOK; // pad to be used in fit
1236
1237       if (nCoupled > 3) 
1238       {
1239         // Check other clusters
1240         for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1241         {
1242           indx1 = clustNumb[iclust1];
1243           if (indx1 < 0) continue;
1244           if ( aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin ) continue;
1245           padpix[j] += aijclupad(indx1,j);
1246         }
1247       } // if (nCoupled > 3)
1248     } // for (Int_t j=0; j<npad;
1249   } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
1250   if (nCoupled < 4) return nOK;
1251   
1252   Double_t aaa = 0;
1253   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1254   {
1255     if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
1256     aaa += padpix[j];
1257     //cluster.Pad(j)->SetStatus(-1); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1258     cluster.Pad(j)->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1259     nOK--;
1260   }
1261   delete [] padpix; 
1262   return nOK;
1263 }
1264
1265 //_____________________________________________________________________________
1266 void 
1267 AliMUONClusterSplitterMLEM::UpdatePads(const AliMUONCluster& cluster,
1268                                           Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
1269 {
1270   /// Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
1271   
1272   Int_t indx, mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar/3;
1273   Double_t charge, coef=0;
1274   
1275   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
1276   {
1277     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1278     //if ( pad->Status() != -1 ) continue;
1279     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag() ) continue;
1280     if (fNpar != 0) 
1281     {
1282       charge = 0;
1283       for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i) 
1284       { 
1285         // sum over hits
1286         indx = 3 * i;
1287         coef = Param2Coef(i, coef, par);
1288         charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
1289       }
1290       charge *= fQtot;
1291       pad->SetCharge(pad->Charge()-charge);
1292     } // if (fNpar != 0)
1293     
1294     //if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(0); 
1295     if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()); 
1296     // return pad for further using // FIXME: remove usage of zerosuppression here
1297     else pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag()); // do not use anymore
1298     
1299   } // for (Int_t j=0;
1300 }  
1301
1302