MUON/AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterSplitterMLEM
  20 ///
  21 /// Splitter class for the MLEM algorithm. Performs fitting procedure
  22 /// with up to 3 hit candidates and tries to split clusters if the number
  23 /// of candidates exceeds 3.
  24 ///
  25 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  26 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  27 //-----------------------------------------------------------------------------
  28
  29 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
  30 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h" // for status flag constants
  31
  32 #include "AliMUONCluster.h"
  33 #include "AliMUONPad.h"
  34 #include "AliMUONPad.h"
  35 #include "AliMUONConstants.h"
  36 #include "AliMpDEManager.h"
  37 #include "AliMUONMathieson.h"
  38
  39 #include "AliMpEncodePair.h"
  40
  41 #include "AliLog.h"
  42
  43 #include <TClonesArray.h>
  44 #include <TH2.h>
  45 #include <TMath.h>
  46 #include <TMatrixD.h>
  47 #include <TObjArray.h>
  48 #include <TRandom.h>
  49 #include <Riostream.h>
  50
  51 /// \cond CLASSIMP
  52 ClassImp(AliMUONClusterSplitterMLEM)
  53 /// \endcond
  54
  55 //const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling
  56 const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-2; // threshold on coupling
  57
  58 //_____________________________________________________________________________
  59 AliMUONClusterSplitterMLEM::AliMUONClusterSplitterMLEM(Int_t detElemId,
  60                                                        TObjArray* pixArray,
  61                                                        Double_t lowestPixelCharge,
  62                                                        Double_t lowestPadCharge,
  63                                                        Double_t lowestClusterCharge)
  64 : TObject(),
  65 fPixArray(pixArray),
  66 fMathieson(0x0),
  67 fDetElemId(detElemId),
  68 fNpar(0),
  69 fQtot(0),
  70 fnCoupled(0),
  71 fDebug(0),
  72 fLowestPixelCharge(lowestPixelCharge),
  73 fLowestPadCharge(lowestPadCharge),
  74 fLowestClusterCharge(lowestClusterCharge)
  75 {
  76   /// Constructor
  77
  78   AliMq::Station12Type stationType = AliMpDEManager::GetStation12Type(fDetElemId);
  79
  80   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
  81   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
  82   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
  83
  84   if ( stationType == AliMq::kStation1 )
  85   {
  86     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
  87     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
  88     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
  89   }
  90
  91   fMathieson = new AliMUONMathieson;
  92
  93   fMathieson->SetPitch(pitch);
  94   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
  95   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
  96
  97 }
  98
  99 //_____________________________________________________________________________
 100 AliMUONClusterSplitterMLEM::~AliMUONClusterSplitterMLEM()
 101 {
 102   /// Destructor
 103
 104   delete fMathieson;
 105 }
 106
 107 //_____________________________________________________________________________
 108 void
 109 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddBin(TH2 *mlem,
 110                                    Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode,
 111                                    Bool_t *used, TObjArray *pix)
 112 {
 113   /// Add a bin to the cluster
 114
 115   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
 116   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
 117   Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
 118   AliMUONPad *pixPtr = 0;
 119
 120   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
 121   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
 122     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
 123       if (i != ic && j != jc) continue;
 124       if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
 125       cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
 126       if (mode && cont1 > cont) continue;
 127       used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
 128       if (cont1 < fLowestPixelCharge) continue;
 129       if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
 130       else {
 131         pixPtr = new AliMUONPad (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j),
 132                                  mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
 133         fPixArray->Add(pixPtr);
 134       }
 135       AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
 136     }
 137   }
 138 }
 139
 140 //_____________________________________________________________________________
 141 void
 142 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust,
 143                                        TMatrixD& aijcluclu,
 144                                        Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
 145 {
 146   /// Add a cluster to the group of coupled clusters
 147
 148   for (Int_t i = 0; i < nclust; ++i) {
 149     if (used[i]) continue;
 150     if (aijcluclu(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
 151     used[i] = kTRUE;
 152     clustNumb[nCoupled++] = i;
 153     AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
 154   }
 155 }
 156
 157 //_____________________________________________________________________________
 158 TObject*
 159 AliMUONClusterSplitterMLEM::BinToPix(TH2 *mlem,
 160                                      Int_t jc, Int_t ic)
 161 {
 162   /// Translate histogram bin to pixel
 163
 164   Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
 165   Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
 166
 167   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
 168   AliMUONPad *pixPtr = NULL;
 169
 170   // Compare pixel and bin positions
 171   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
 172     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
 173     if (pixPtr->Charge() < fLowestPixelCharge) continue;
 174     if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4)
 175     {
 176       //return (TObject*) pixPtr;
 177       return pixPtr;
 178     }
 179   }
 180   AliError(Form(" Something wrong ??? %f %f ", xc, yc));
 181   return NULL;
 182 }
 183
 184 //_____________________________________________________________________________
 185 Float_t
 186 AliMUONClusterSplitterMLEM::ChargeIntegration(Double_t x, Double_t y,
 187                                               const AliMUONPad& pad)
 188 {
 189   /// Compute the Mathieson integral on pad area, assuming the center
 190   /// of the Mathieson is at (x,y)
 191
 192   TVector2 lowerLeft(TVector2(x,y)-pad.Position()-pad.Dimensions());
 193   TVector2 upperRight(lowerLeft + pad.Dimensions()*2.0);
 194
 195         return fMathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
 196                            upperRight.X(),upperRight.Y());
 197 }
 198
 199 //_____________________________________________________________________________
 200 void
 201 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fcn1(const AliMUONCluster& cluster,
 202                                     Int_t & /*fNpar*/, Double_t * /*gin*/,
 203                                     Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag)
 204 {
 205   /// Computes the functional to be minimized
 206
 207   Int_t indx, npads=0;
 208   Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0, qTot = 0;
 209   static Double_t qAver = 0;
 210
 211   Int_t mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar / 3;
 212   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j)
 213   {
 214     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
 215     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
 216     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ||
 217          pad->Charge() == 0 ) continue;
 218     if (iflag == 0) {
 219       if ( pad->IsReal() ) npads++; // exclude virtual pads
 220       qTot += pad->Charge();
 221     }
 222     charge = 0;
 223     for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i)
 224     {
 225       // sum over hits
 226       indx = 3 * i;
 227       coef = Param2Coef(i, coef, par);
 228       charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
 229     }
 230     charge *= fQtot;
 231     delta = charge - pad->Charge();
 232     delta *= delta;
 233     delta /= pad->Charge();
 234     chi2 += delta;
 235   } // for (Int_t j=0;
 236   if (iflag == 0) qAver = qTot / npads;
 237   f = chi2 / qAver;
 238 }
 239
 240 //_____________________________________________________________________________
 241 Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par) const
 242 {
 243   /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
 244
 245   if (fNpar == 2) return 1.;
 246   if (fNpar == 5) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
 247   if (icand == 0) return par[2];
 248   if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
 249   return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
 250 }
 251
 252 //_____________________________________________________________________________
 253 Int_t
 254 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fit(const AliMUONCluster& cluster,
 255                                 Int_t iSimple, Int_t nfit,
 256                                 const Int_t *clustFit, TObjArray **clusters,
 257                                 Double_t *parOk,
 258                                 TObjArray& clusterList, TH2 *mlem)
 259 {
 260   /// Steering function and fitting procedure for the fit of pad charge distribution
 261
 262   //  AliDebug(2,Form("iSimple=%d nfit=%d",iSimple,nfit));
 263
 264   Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 265   Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
 266   Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 267   Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
 268   Double_t xPad = 0, yPad = 99999;
 269
 270   // Number of pads to use and number of virtual pads
 271   Int_t npads = 0, nVirtual = 0, nfit0 = nfit;
 272   //cluster.Print("full");
 273   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
 274   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 275   {
 276     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 277     if ( !pad->IsReal() ) ++nVirtual;
 278     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
 279     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) continue;
 280     if ( pad->IsReal() )
 281     {
 282       ++npads;
 283       if (yPad > 9999)
 284       {
 285         xPad = pad->X();
 286         yPad = pad->Y();
 287       }
 288       else
 289       {
 290         if (pad->DY() < pad->DX() )
 291         {
 292           yPad = pad->Y();
 293         }
 294         else
 295         {
 296           xPad = pad->X();
 297         }
 298       }
 299     }
 300   }
 301
 302   fNpar = 0;
 303   fQtot = 0;
 304
 305   if (npads < 2) return 0;
 306
 307   // FIXME : AliWarning("Reconnect the following code for hit/track passing ?");
 308
 309   //  Int_t tracks[3] = {-1, -1, -1};
 310
 311   /*
 312    Int_t digit = 0;
 313    AliMUONDigit *mdig = 0;
 314    for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {
 315      for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
 316        if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
 317        if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
 318        if (fXyq[3][i] < 0) continue; // exclude virtual pads
 319        digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
 320        if (digit >= 0) mdig = fInput->Digit(cath,digit);
 321        else mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),-digit-1);
 322        //if (!mdig) mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),digit);
 323        if (!mdig) continue; // protection for cluster display
 324        if (mdig->Hit() >= 0) {
 325          if (tracks[0] < 0) {
 326            tracks[0] = mdig->Hit();
 327            tracks[1] = mdig->Track(0);
 328          } else if (mdig->Track(0) < tracks[1]) {
 329            tracks[0] = mdig->Hit();
 330            tracks[1] = mdig->Track(0);
 331          }
 332        }
 333        if (mdig->Track(1) >= 0 && mdig->Track(1) != tracks[1]) {
 334          if (tracks[2] < 0) tracks[2] = mdig->Track(1);
 335          else tracks[2] = TMath::Min (tracks[2], mdig->Track(1));
 336        }
 337      } // for (Int_t i=0;
 338   } // for (Int_t cath=0;
 339    */
 340
 341   // Get number of pads in X and Y
 342   //const Int_t kStatusToTest(1);
 343   const Int_t kStatusToTest(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
 344
 345   Long_t nofPads = cluster.NofPads(kStatusToTest);
 346   Int_t nInX = AliMp::PairFirst(nofPads);
 347   Int_t nInY = AliMp::PairSecond(nofPads);
 348
 349   if (fDebug) {
 350     Int_t npadOK = 0;
 351     for (Int_t j = 0; j < cluster.Multiplicity(); ++j) {
 352       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
 353       //if (pad->Status() == 1 && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
 354       if (pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
 355     }
 356     cout << " Number of pads to fit: " << npadOK << endl;
 357     cout << " nInX and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
 358   }
 359
 360   Int_t nfitMax = 3;
 361   nfitMax = TMath::Min (nfitMax, (npads + 1) / 3);
 362   if (nfitMax > 1) {
 363     if (((nInX < 3) && (nInY < 3)) || ((nInX == 3) && (nInY < 3)) || ((nInX < 3) && (nInY == 3))) nfitMax = 1; // not enough pads in each direction
 364   }
 365   if (nfit > nfitMax) nfit = nfitMax;
 366
 367   // Take cluster maxima as fitting seeds
 368   TObjArray *pix;
 369   AliMUONPad *pixPtr;
 370   Int_t npxclu;
 371   Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8], qq = 0;
 372
 373   for ( int i = 0; i < 8; ++i ) errOk[i]=0.0;
 374
 375   Double_t xyseed[3][2], qseed[3], xyCand[3][2] = {{0},{0}}, sigCand[3][2] = {{0},{0}};
 376
 377   for (Int_t ifit = 1; ifit <= nfit0; ++ifit)
 378   {
 379     cmax = 0;
 380     pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
 381     npxclu = pix->GetEntriesFast();
 382     //qq = 0;
 383     for (Int_t clu = 0; clu < npxclu; ++clu)
 384     {
 385       pixPtr = (AliMUONPad*) pix->UncheckedAt(clu);
 386       cont = pixPtr->Charge();
 387       fQtot += cont;
 388       if (cont > cmax)
 389       {
 390         cmax = cont;
 391         xseed = pixPtr->Coord(0);
 392         yseed = pixPtr->Coord(1);
 393       }
 394       qq += cont;
 395       xyCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
 396       xyCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
 397       sigCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
 398       sigCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
 399     }
 400     xyseed[ifit-1][0] = xseed;
 401     xyseed[ifit-1][1] = yseed;
 402     qseed[ifit-1] = cmax;
 403   } // for (Int_t ifit=1;
 404
 405   xyCand[0][0] /= qq; // <x>
 406   xyCand[0][1] /= qq; // <y>
 407   sigCand[0][0] = sigCand[0][0]/qq - xyCand[0][0]*xyCand[0][0]; // <x^2> - <x>^2
 408   sigCand[0][0] = sigCand[0][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][0]) : 0;
 409   sigCand[0][1] = sigCand[0][1]/qq - xyCand[0][1]*xyCand[0][1]; // <y^2> - <y>^2
 410   sigCand[0][1] = sigCand[0][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][1]) : 0;
 411   if (fDebug) cout << xyCand[0][0] << " " << xyCand[0][1] << " " << sigCand[0][0] << " " << sigCand[0][1] << endl;
 412
 413   Int_t nDof, maxSeed[3];//, nMax = 0;
 414
 415   if ( nfit0 < 0 || nfit0 > 3 ) {
 416      AliErrorStream() << "Wrong nfit0 value: " << nfit0 << endl;
 417      return nfit;
 418   }
 419   TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
 420
 421   Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02}, fmin, chi2o = 9999, chi2n;
 422   Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8]={0}, step0[8]={0};
 423   Double_t param0[2][8]={{0},{0}}, deriv[2][8]={{0},{0}};
 424   Double_t shift[8]={0}, stepMax, derMax, parmin[8]={0}, parmax[8]={0}, func2[2]={0}, shift0;
 425   Double_t delta[8]={0}, scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
 426   Int_t min, max, nCall = 0, nLoop, idMax = 0, iestMax = 0, nFail;
 427   Double_t rad, dist[3] = {0};
 428
 429   // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is
 430   // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
 431   Int_t iflag = 0; // for the first call of fcn1
 432   for (Int_t iseed = 0; iseed < nfit; ++iseed)
 433   {
 434
 435     Int_t memory[8] = {0};
 436     if (iseed)
 437     {
 438       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j)
 439       {
 440         param[j] = parOk[j];
 441       }
 442       param[fNpar] = 0.6;
 443       parmin[fNpar] = 0;
 444       parmax[fNpar++] = 1;
 445     }
 446
 447     if (nfit == 1)
 448     {
 449       param[fNpar] = xyCand[0][0]; // take COG
 450     }
 451     else
 452     {
 453       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
 454       //param[fNpar] = fNpar==0 ? -16.1651 : -15.2761;
 455     }
 456     parmin[fNpar] = xmin;
 457     parmax[fNpar++] = xmax;
 458     if (nfit == 1)
 459     {
 460       param[fNpar] = xyCand[0][1]; // take COG
 461     }
 462     else
 463     {
 464       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
 465       //param[fNpar] = fNpar==1 ? -15.1737 : -15.8487;
 466     }
 467     parmin[fNpar] = ymin;
 468     parmax[fNpar++] = ymax;
 469
 470     for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j)
 471     {
 472       step0[j] = shift[j] = step[j%3];
 473     }
 474
 475     if (iseed)
 476     {
 477       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j)
 478       {
 479         param0[1][j] = 0;
 480       }
 481     }
 482     if (fDebug) {
 483       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) cout << param[j] << " ";
 484       cout << endl;
 485     }
 486
 487     // Try new algorithm
 488     min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
 489
 490     while (1)
 491     {
 492       max = !min;
 493       Fcn1(cluster,fNpar, gin, func0, param, iflag); nCall++;
 494       iflag = 1;
 495       //cout << " Func: " << func0 << endl;
 496
 497       func2[max] = func0;
 498       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j)
 499       {
 500         param0[max][j] = param[j];
 501         delta[j] = step0[j];
 502         param[j] += delta[j] / 10;
 503         if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
 504         Fcn1(cluster,fNpar, gin, func1, param, iflag); nCall++;
 505         deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
 506         //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
 507         dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) /
 508           (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
 509       }
 510       param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
 511       if (nCall > 2000) break;
 512
 513       min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
 514       nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
 515
 516       stepMax = derMax = estim = 0;
 517       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j)
 518       {
 519         // Estimated distance to minimum
 520         shift0 = shift[j];
 521         if (nLoop == 1)
 522         {
 523           shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
 524         }
 525         else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3)
 526         {
 527           shift[j] = 0;
 528         }
 529         else if (((deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0) && (TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])))
 530                  || (TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3) || (TMath::Abs(dder[j]) < 1.e-6))
 531         {
 532           shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
 533           if (min == max)
 534           {
 535             if (memory[j] > 1)
 536             {
 537               shift[j] *= 2;
 538             }
 539             memory[j]++;
 540           }
 541         }
 542         else
 543         {
 544           shift[j] = dder[j] != 0 ? -deriv[min][j] / dder[j] : 0;
 545           memory[j] = 0;
 546         }
 547
 548         Double_t es = TMath::Abs(shift[j]) / step0[j];
 549         if (es > estim)
 550         {
 551           estim = es;
 552           iestMax = j;
 553         }
 554
 555         // Too big step
 556         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; //
 557
 558         // Failed to improve minimum
 559         if (min != max)
 560         {
 561           memory[j] = 0;
 562           param[j] = param0[min][j];
 563           if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j])
 564           {
 565             shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
 566           }
 567           else
 568           {
 569             shift[j] /= -2;
 570           }
 571         }
 572
 573         // Too big step
 574         if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min])
 575         {
 576           shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
 577         }
 578
 579         // Introduce step relaxation factor
 580         if (memory[j] < 3)
 581         {
 582           scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
 583           if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax)
 584           {
 585             shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
 586           }
 587         }
 588         param[j] += shift[j];
 589         // Check parameter limits
 590         if (param[j] < parmin[j])
 591         {
 592           shift[j] = parmin[j] - param[j];
 593           param[j] = parmin[j];
 594         }
 595         else if (param[j] > parmax[j])
 596         {
 597           shift[j] = parmax[j] - param[j];
 598           param[j] = parmax[j];
 599         }
 600         //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
 601         stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
 602         if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax)
 603         {
 604           idMax = j;
 605           derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
 606         }
 607       } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
 608
 609       if (((estim < 1) && (derMax < 2)) || nLoop > 150) break; // minimum was found
 610
 611       nLoop++;
 612
 613       // Check for small step
 614       if (shift[idMax] == 0)
 615       {
 616         shift[idMax] = step0[idMax]/10;
 617         param[idMax] += shift[idMax];
 618         continue;
 619       }
 620
 621       if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10)
 622       {
 623         if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10)
 624         {
 625           if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
 626           shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10;
 627           param[idMax] += shift[idMax];
 628           stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
 629           if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
 630         }
 631         if (nFail > 10)
 632         {
 633           param[idMax] -= shift[idMax];
 634           shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
 635           param[idMax] += shift[idMax];
 636         }
 637       }
 638     } // while (1)
 639
 640     fmin = func2[min];
 641
 642     nDof = npads - fNpar + nVirtual;
 643     if (!nDof) nDof++;
 644     chi2n = fmin / nDof;
 645     if (fDebug) cout << " Chi2 " << chi2n << " " << fNpar << endl;
 646
 647     //if (fNpar > 2) cout << param0[min][fNpar-3] << " " << chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) << endl;
 648     //if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o )
 649     if (fNpar > 2 && (chi2n > chi2o || ((iseed == nfit-1)
 650                                         && (chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) > chi2o))))
 651       { fNpar -= 3; break; }
 652
 653     // Save parameters and errors
 654
 655     if (nInX == 1) {
 656       // One pad per direction
 657       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) param0[min][i] = xPad;
 658       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5)
 659         param0[min][i] = xyCand[0][0];
 660     }
 661     if (nInY == 1) {
 662       // One pad per direction
 663       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) param0[min][i] = yPad;
 664       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6)
 665         param0[min][i] = xyCand[0][1];
 666     }
 667
 668     /*
 669       if (iseed > 0) {
 670       // Find distance to the nearest neighbour
 671       dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][2])*
 672       (param0[min][0]-param0[min][2])
 673       +(param0[min][1]-param0[min][3])*
 674       (param0[min][1]-param0[min][3]));
 675       if (iseed > 1) {
 676       dist[2] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][5])*
 677       (param0[min][0]-param0[min][5])
 678       +(param0[min][1]-param0[min][6])*
 679       (param0[min][1]-param0[min][6]));
 680       rad = TMath::Sqrt ((param0[min][2]-param0[min][5])*
 681       (param0[min][2]-param0[min][5])
 682       +(param0[min][3]-param0[min][6])*
 683       (param0[min][3]-param0[min][6]));
 684       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
 685       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
 686       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
 687       }
 688       cout << dist[0] << " " << dist[1] << " " << dist[2] << endl;
 689       if (dist[TMath::LocMin(iseed+1,dist)] < 1.) { fNpar -= 3; break; }
 690       }
 691     */
 692
 693     for (Int_t i = 0; i < fNpar; ++i) {
 694       parOk[i] = param0[min][i];
 695       //errOk[i] = fmin;
 696       errOk[i] = chi2n;
 697       // Bounded params
 698       parOk[i] = TMath::Max (parOk[i], parmin[i]);
 699       parOk[i] = TMath::Min (parOk[i], parmax[i]);
 700     }
 701
 702     chi2o = chi2n;
 703     if (fmin < 0.1) break; // !!!???
 704   } // for (Int_t iseed=0;
 705
 706   if (fDebug) {
 707     for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) {
 708       if (i == 4 || i == 7) {
 709         if ((i == 7) || ((i == 4) && (fNpar < 7))) cout << parOk[i] << endl;
 710         else cout << parOk[i] * (1-parOk[7]) << endl;
 711         continue;
 712       }
 713       cout << parOk[i] << " " << errOk[i] << endl;
 714     }
 715   }
 716   nfit = (fNpar + 1) / 3;
 717   dist[0] = dist[1] = dist[2] = 0;
 718
 719   if (nfit > 1) {
 720     // Find distance to the nearest neighbour
 721     dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[2])*
 722                                      (parOk[0]-parOk[2])
 723                                      +(parOk[1]-parOk[3])*
 724                                      (parOk[1]-parOk[3]));
 725     if (nfit > 2) {
 726       dist[2] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[5])*
 727                              (parOk[0]-parOk[5])
 728                              +(parOk[1]-parOk[6])*
 729                              (parOk[1]-parOk[6]));
 730       rad = TMath::Sqrt ((parOk[2]-parOk[5])*
 731                          (parOk[2]-parOk[5])
 732                          +(parOk[3]-parOk[6])*
 733                          (parOk[3]-parOk[6]));
 734       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
 735       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
 736       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
 737     }
 738   }
 739
 740   Int_t indx;
 741
 742   Double_t coef = 0;
 743   if (iSimple) fnCoupled = 0;
 744   for (Int_t j = 0; j < nfit; ++j) {
 745     indx = 3 * j;
 746     coef = Param2Coef(j, coef, parOk);
 747
 748     //void AliMUONClusterFinderMLEM::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y,
 749     //                                             Double_t qTot, Double_t fmin,
 750     //                                             Int_t nfit, Int_t *tracks,
 751     //                                             Double_t /*sigx*/,
 752     //                                             Double_t /*sigy*/,
 753     //                                             Double_t /*dist*/)
 754
 755     if ( coef*fQtot >= fLowestClusterCharge )
 756     {
 757       //AZ AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster();
 758       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
 759
 760       cluster1->SetCharge(coef*fQtot,coef*fQtot);
 761       cluster1->SetPosition(TVector2(parOk[indx],parOk[indx+1]),TVector2(sigCand[0][0],sigCand[0][1]));
 762       //cluster1->SetChi2(dist[TMath::LocMin(nfit,dist)]);
 763       Int_t idx = TMath::LocMin(nfit,dist);
 764       if ( idx < 0 || idx > 2 ) {
 765         AliErrorStream() << "Wrong index value: " << idx << endl;
 766         return nfit;
 767       }
 768       cluster1->SetChi2(dist[idx]);
 769
 770       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to
 771       // the original AddRawCluster code.
 772
 773       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
 774                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
 775                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
 776
 777       clusterList.Add(cluster1);
 778     }
 779     //      AddRawCluster (parOk[indx], // double x
 780     //                     parOk[indx+1], // double y
 781     //                     coef*qTot, // double charge
 782     //                     errOk[indx], // double fmin
 783     //                     nfit0+10*nfit+100*nMax+10000*fnCoupled, // int nfit
 784     //                     tracks, // int* tracks
 785     //                     sigCand[0][0], // double sigx
 786     //                     sigCand[0][1], // double sigy
 787     //                     dist[TMath::LocMin(nfit,dist)] // double dist
 788     //                     );
 789   }
 790   return nfit;
 791 }
 792
 793
 794 //_____________________________________________________________________________
 795 void
 796 AliMUONClusterSplitterMLEM::Split(const AliMUONCluster& cluster,
 797                                   TH2 *mlem, Double_t *coef,
 798                                   TObjArray& clusterList)
 799 {
 800   /// The main steering function to work with clusters of pixels in anode
 801   /// plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
 802   /// necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
 803
 804   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
 805   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
 806   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
 807
 808   Double_t cont;
 809   Int_t nclust = 0, indx, indx1, nxy = ny * nx;
 810   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
 811
 812   for (Int_t j = 0; j < nxy; ++j) used[j] = kFALSE;
 813
 814   TObjArray *clusters[200]={0};
 815   TObjArray *pix;
 816
 817   // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
 818   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i)
 819   {
 820     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j)
 821     {
 822       indx = (i-1)*nx + j - 1;
 823       if (used[indx]) continue;
 824       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
 825       if (cont < fLowestPixelCharge) continue;
 826       pix = new TObjArray(20);
 827       used[indx] = 1;
 828       pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
 829       AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
 830       if (nclust >= 200) AliFatal(" Too many clusters !!!");
 831       clusters[nclust++] = pix;
 832     } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
 833   } // for (Int_t i=1; i<=ny;
 834   if (fDebug) cout << nclust << endl;
 835   delete [] used;
 836
 837   // Compute couplings between clusters and clusters to pads
 838   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 839
 840   // Exclude pads with overflows
 841   /*
 842   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
 843   {
 844     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
 845     if ( pad->IsSaturated() )
 846     {
 847       pad->SetStatus(-5);
 848     }
 849     else
 850     {
 851       pad->SetStatus(0);
 852     }
 853   }
 854   */
 855
 856   // Compute couplings of clusters to pads (including overflows)
 857   TMatrixD aijclupad(nclust,npad);
 858   aijclupad = 0;
 859   Int_t npxclu;
 860   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
 861   {
 862     pix = clusters[iclust];
 863     npxclu = pix->GetEntriesFast();
 864     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i)
 865     {
 866       indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
 867       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
 868       {
 869         //AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
 870         //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5) continue;
 871         if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
 872         aijclupad(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
 873       }
 874     }
 875   }
 876
 877   // Compute couplings between clusters (exclude overflows)
 878   TMatrixD aijcluclu(nclust,nclust);
 879   aijcluclu = 0;
 880   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
 881   {
 882     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
 883     {
 884       // Exclude overflows
 885       //if ( cluster.Pad(j)->Status() < 0) continue;
 886       if ( cluster.Pad(j)->IsSaturated()) continue;
 887       if (aijclupad(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
 888       for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++)
 889       {
 890         if (aijclupad(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
 891         aijcluclu(iclust,iclust1) +=
 892           TMath::Sqrt (aijclupad(iclust,j)*aijclupad(iclust1,j));
 893       }
 894     }
 895   }
 896   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
 897   {
 898     for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nclust; ++iclust1)
 899     {
 900       aijcluclu(iclust1,iclust) = aijcluclu(iclust,iclust1);
 901     }
 902   }
 903
 904   if (fDebug && nclust > 1) aijcluclu.Print();
 905
 906   // Find groups of coupled clusters
 907   used = new Bool_t[nclust];
 908   for (Int_t j = 0; j < nclust; ++j) used[j] = kFALSE;
 909
 910   Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
 911   Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
 912   //Double_t parOk[8];
 913   Double_t parOk[8] = {0}; //AZ
 914
 915   for (Int_t igroup = 0; igroup < nclust; ++igroup)
 916   {
 917     if (used[igroup]) continue;
 918     used[igroup] = kTRUE;
 919     clustNumb[0] = igroup;
 920     nCoupled = 1;
 921     // Find group of coupled clusters
 922     AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
 923
 924     if (fDebug) {
 925       cout << " nCoupled: " << nCoupled << endl;
 926       for (Int_t i=0; i<nCoupled; ++i) cout << clustNumb[i] << " "; cout << endl;
 927     }
 928
 929     fnCoupled = nCoupled;
 930
 931     while (nCoupled > 0)
 932     {
 933       if (nCoupled < 4)
 934       {
 935         nForFit = nCoupled;
 936         for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) clustFit[i] = clustNumb[i];
 937       }
 938       else
 939       {
 940         // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
 941         // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with
 942         // all the others in the group
 943         for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) minGroup[j] = -1;
 944         Double_t coupl = MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
 945
 946         // Flag clusters for fit
 947         nForFit = 0;
 948         while (minGroup[nForFit] >= 0 && nForFit < 3)
 949         {
 950           if (fDebug) cout << clustNumb[minGroup[nForFit]] << " ";
 951           clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
 952           clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
 953           nForFit++;
 954         }
 955         if (fDebug) cout << " nForFit " << nForFit << " " << coupl << endl;
 956       } // else
 957
 958       // Select pads for fit.
 959       if (SelectPad(cluster,nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1)
 960       {
 961         // Deselect pads
 962         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
 963         {
 964           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
 965           //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(0);
 966           //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
 967           if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ||
 968                pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag())
 969             pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag());
 970         }
 971         // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with
 972         // the one with the strongest coupling
 973         Merge(cluster,nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
 974       }
 975       else
 976       {
 977         // Do the fit
 978         nfit = Fit(cluster,0, nForFit, clustFit, clusters, parOk, clusterList, mlem);
 979         if (nfit == 0) {
 980           //cout << " (nfit == 0) " << fNpar << " " << cluster.Multiplicity() << endl;
 981           fNpar = 0; // should be 0 by itself but just in case ...
 982         }
 983       }
 984
 985       // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
 986       // return pads for further use
 987       UpdatePads(cluster,nfit, parOk);
 988
 989       // Mark used pads
 990       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
 991       {
 992         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
 993         //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(-2);
 994         //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
 995         if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() )
 996           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag());
 997       }
 998
 999       // Sort the clusters (move to the right the used ones)
1000       Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
1001       while (beg < end)
1002       {
1003         if (clustNumb[beg] >= 0) { ++beg; continue; }
1004         for (Int_t j = end; j > beg; --j)
1005         {
1006           if (clustNumb[j] < 0) continue;
1007           end = j - 1;
1008           indx = clustNumb[beg];
1009           clustNumb[beg] = clustNumb[j];
1010           clustNumb[j] = indx;
1011           break;
1012         }
1013         ++beg;
1014       }
1015
1016       nCoupled -= nForFit;
1017       if (nCoupled > 3)
1018       {
1019         // Remove couplings of used clusters
1020         for (Int_t iclust = nCoupled; iclust < nCoupled+nForFit; ++iclust)
1021         {
1022           indx = clustNumb[iclust] + 999;
1023           for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1)
1024           {
1025             indx1 = clustNumb[iclust1];
1026             aijcluclu(indx,indx1) = aijcluclu(indx1,indx) = 0;
1027           }
1028         }
1029
1030         // Update the remaining clusters couplings (subtract couplings from
1031         // the used pads) - overflows excluded
1032         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1033         {
1034           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1035           //if ( pad->Status() != -2) continue;
1036           if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag()) continue;
1037           for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; ++iclust)
1038           {
1039             indx = clustNumb[iclust];
1040             if (aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1041             for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nCoupled; ++iclust1)
1042             {
1043               indx1 = clustNumb[iclust1];
1044               if (aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1045               // Check this
1046               aijcluclu(indx,indx1) -=
1047                 TMath::Sqrt (aijclupad(indx,j)*aijclupad(indx1,j));
1048               aijcluclu(indx1,indx) = aijcluclu(indx,indx1);
1049             }
1050           }
1051           //pad->SetStatus(-8);
1052           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag());
1053         } // for (Int_t j=0; j<npad;
1054       } // if (nCoupled > 3)
1055     } // while (nCoupled > 0)
1056   } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
1057
1058   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
1059   {
1060     pix = clusters[iclust];
1061     pix->Clear();
1062     delete pix;
1063   }
1064   delete [] clustNumb;
1065   delete [] used;
1066
1067 }
1068
1069 //_____________________________________________________________________________
1070 void
1071 AliMUONClusterSplitterMLEM::Merge(const AliMUONCluster& cluster,
1072                                      Int_t nForFit, Int_t nCoupled,
1073                                      const Int_t *clustNumb, const Int_t *clustFit,
1074                                      TObjArray **clusters,
1075                                      TMatrixD& aijcluclu, TMatrixD& aijclupad)
1076 {
1077   /// Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
1078
1079   Int_t indx, indx1, npxclu, npxclu1, imax=0;
1080   TObjArray *pix, *pix1;
1081   Double_t couplMax;
1082
1083   for (Int_t icl = 0; icl < nForFit; ++icl)
1084   {
1085     indx = clustFit[icl];
1086     pix = clusters[indx];
1087     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1088     couplMax = -1;
1089     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1)
1090     {
1091       indx1 = clustNumb[icl1];
1092       if (indx1 < 0) continue;
1093       if ( aijcluclu(indx,indx1) > couplMax)
1094       {
1095         couplMax = aijcluclu(indx,indx1);
1096         imax = indx1;
1097       }
1098     } // for (Int_t icl1=0;
1099       // Add to it
1100     pix1 = clusters[imax];
1101     npxclu1 = pix1->GetEntriesFast();
1102     // Add pixels
1103     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i)
1104     {
1105       pix1->Add(pix->UncheckedAt(i));
1106       pix->RemoveAt(i);
1107     }
1108
1109     //Add cluster-to-cluster couplings
1110     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1)
1111     {
1112       indx1 = clustNumb[icl1];
1113       if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
1114       aijcluclu(indx1,imax) += aijcluclu(indx,indx1);
1115       aijcluclu(imax,indx1) = aijcluclu(indx1,imax);
1116     }
1117     aijcluclu(indx,imax) = aijcluclu(imax,indx) = 0;
1118
1119     //Add cluster-to-pad couplings
1120     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1121     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j)
1122     {
1123       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1124       //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5 ) continue;// exclude used pads
1125       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()) continue;// exclude used pads
1126         aijclupad(imax,j) += aijclupad(indx,j);
1127         aijclupad(indx,j) = 0;
1128     }
1129   } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
1130 }
1131
1132
1133 //_____________________________________________________________________________
1134 Double_t
1135 AliMUONClusterSplitterMLEM::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, const Int_t *clustNumb,
1136                                           const TMatrixD& aijcluclu, Int_t *minGroup)
1137 {
1138   /// Find group of clusters with minimum coupling to all the others
1139
1140   Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2);
1141   Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
1142   Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
1143
1144   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1145
1146     if (i123 == 1) {
1147       coupl1 = new Double_t [nCoupled];
1148       for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) coupl1[i] = 0;
1149     }
1150     else if (i123 == 2) {
1151       nTot = nCoupled*nCoupled;
1152       coupl2 = new Double_t [nTot];
1153       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl2[i] = 9999;
1154     } else {
1155       nTot = nTot*nCoupled;
1156       coupl3 = new Double_t [nTot];
1157       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl3[i] = 9999;
1158     } // else
1159
1160     for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) {
1161       indx1 = clustNumb[i];
1162       for (Int_t j = i+1; j < nCoupled; ++j) {
1163         indx2 = clustNumb[j];
1164         if (i123 == 1) {
1165           coupl1[i] += aijcluclu(indx1,indx2);
1166           coupl1[j] += aijcluclu(indx1,indx2);
1167         }
1168         else if (i123 == 2) {
1169           indx = i*nCoupled + j;
1170           coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
1171           coupl2[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx2));
1172         } else {
1173           for (Int_t k = j+1; k < nCoupled; ++k) {
1174             indx3 = clustNumb[k];
1175             indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
1176             coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
1177             coupl3[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx3)+aijcluclu(indx2,indx3));
1178           }
1179         } // else
1180       } // for (Int_t j=i+1;
1181     } // for (Int_t i=0;
1182   } // for (Int_t i123=1;
1183
1184   // Find minimum coupling
1185   Double_t couplMin = 9999;
1186   Int_t locMin = 0;
1187
1188   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1189     if (i123 == 1) {
1190       locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
1191       couplMin = coupl1[locMin];
1192       minGroup[0] = locMin;
1193       delete [] coupl1;
1194     }
1195     else if (i123 == 2) {
1196       locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
1197       if (coupl2[locMin] < couplMin) {
1198         couplMin = coupl2[locMin];
1199         minGroup[0] = locMin/nCoupled;
1200         minGroup[1] = locMin%nCoupled;
1201       }
1202       delete [] coupl2;
1203     } else {
1204       locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
1205       if (coupl3[locMin] < couplMin) {
1206         couplMin = coupl3[locMin];
1207         minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
1208         minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
1209         minGroup[2] = locMin%nCoupled;
1210       }
1211       delete [] coupl3;
1212     } // else
1213   } // for (Int_t i123=1;
1214   return couplMin;
1215 }
1216
1217 //_____________________________________________________________________________
1218 Int_t
1219 AliMUONClusterSplitterMLEM::SelectPad(const AliMUONCluster& cluster,
1220                                           Int_t nCoupled, Int_t nForFit,
1221                                           const Int_t *clustNumb, const Int_t *clustFit,
1222                                           const TMatrixD& aijclupad)
1223 {
1224   /// Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving
1225   /// the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
1226
1227   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1228   Double_t *padpix = 0;
1229
1230   if (nCoupled > 3)
1231   {
1232     padpix = new Double_t[npad];
1233     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) padpix[i] = 0.;
1234   }
1235
1236   Int_t nOK = 0, indx, indx1;
1237   for (Int_t iclust = 0; iclust < nForFit; ++iclust)
1238   {
1239     indx = clustFit[iclust];
1240     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1241     {
1242       if ( aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1243       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1244       /*
1245       if ( pad->Status() == -5 ) pad->SetStatus(-9); // flag overflow
1246       if ( pad->Status() < 0 ) continue; // exclude overflows and used pads
1247       if ( !pad->Status() )
1248       {
1249         pad->SetStatus(1);
1250         ++nOK; // pad to be used in fit
1251       }
1252       */
1253       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()
1254            || pad->IsSaturated() ) continue; // used pads and overflows
1255       pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
1256       ++nOK; // pad to be used in fit
1257
1258       if (nCoupled > 3)
1259       {
1260         // Check other clusters
1261         for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1)
1262         {
1263           indx1 = clustNumb[iclust1];
1264           if (indx1 < 0) continue;
1265           if ( aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin ) continue;
1266           padpix[j] += aijclupad(indx1,j);
1267         }
1268       } // if (nCoupled > 3)
1269     } // for (Int_t j=0; j<npad;
1270   } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
1271   if (nCoupled < 4) return nOK;
1272
1273   Double_t aaa = 0;
1274   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1275   {
1276     if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
1277     aaa += padpix[j];
1278     //cluster.Pad(j)->SetStatus(-1); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1279     cluster.Pad(j)->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1280     nOK--;
1281   }
1282   delete [] padpix;
1283   return nOK;
1284 }
1285
1286 //_____________________________________________________________________________
1287 void
1288 AliMUONClusterSplitterMLEM::UpdatePads(const AliMUONCluster& cluster,
1289                                           Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
1290 {
1291   /// Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
1292
1293   Int_t indx, mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar/3;
1294   Double_t charge, coef=0;
1295
1296   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j)
1297   {
1298     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1299     //if ( pad->Status() != -1 ) continue;
1300     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag() ) continue;
1301     if (fNpar != 0)
1302     {
1303       charge = 0;
1304       for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i)
1305       {
1306         // sum over hits
1307         indx = 3 * i;
1308         coef = Param2Coef(i, coef, par);
1309         charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
1310       }
1311       charge *= fQtot;
1312       pad->SetCharge(pad->Charge()-charge);
1313     } // if (fNpar != 0)
1314
1315     //if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(0);
1316     if (pad->Charge() > fLowestPadCharge) pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag());
1317     // return pad for further using // FIXME: remove usage of zerosuppression here
1318     else pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag()); // do not use anymore
1319
1320   } // for (Int_t j=0;
1321 }
1322
1323