Update of ACORDE-QA-Raw data histograms (now they go from -0.5 to 59.5)
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / AliMUONClusterSplitterMLEM.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        *
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------------------------------
19 /// \class AliMUONClusterSplitterMLEM
20 /// 
21 /// Splitter class for the MLEM algorithm. Performs fitting procedure
22 /// with up to 3 hit candidates and tries to split clusters if the number
23 /// of candidates exceeds 3.
24 ///
25 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and 
26 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
27 //-----------------------------------------------------------------------------
28
29 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
30 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h" // for status flag constants
31
32 #include "AliMUONCluster.h"
33 #include "AliMUONPad.h"
34 #include "AliMUONPad.h"
35 #include "AliMUONConstants.h"
36 #include "AliMpDEManager.h"
37 #include "AliMUONMathieson.h"
38
39 #include "AliMpEncodePair.h"
40
41 #include "AliLog.h"
42
43 #include <TClonesArray.h>
44 #include <TH2.h>
45 #include <TMath.h>
46 #include <TMatrixD.h>
47 #include <TObjArray.h>
48 #include <TRandom.h>
49 #include <Riostream.h>
50
51 /// \cond CLASSIMP
52 ClassImp(AliMUONClusterSplitterMLEM)
53 /// \endcond
54
55 //const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-3; // threshold on coupling 
56 const Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::fgkCouplMin = 1.e-2; // threshold on coupling 
57
58 //_____________________________________________________________________________
59 AliMUONClusterSplitterMLEM::AliMUONClusterSplitterMLEM(Int_t detElemId, 
60                                                        TObjArray* pixArray) 
61 : TObject(),
62 fPixArray(pixArray),
63 fMathieson(0x0),
64 fDetElemId(detElemId),
65 fNpar(0),
66 fQtot(0),
67 fnCoupled(0),
68 fDebug(0)
69 {
70   /// Constructor
71   
72   AliMq::Station12Type stationType = AliMpDEManager::GetStation12Type(fDetElemId);
73   
74   Float_t kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3();
75   Float_t ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3();
76   Float_t pitch = AliMUONConstants::Pitch();
77   
78   if ( stationType == AliMq::kStation1 )
79   {
80     kx3 = AliMUONConstants::SqrtKx3St1();
81     ky3 = AliMUONConstants::SqrtKy3St1();
82     pitch = AliMUONConstants::PitchSt1();
83   }
84   
85   fMathieson = new AliMUONMathieson;
86   
87   fMathieson->SetPitch(pitch);
88   fMathieson->SetSqrtKx3AndDeriveKx2Kx4(kx3);
89   fMathieson->SetSqrtKy3AndDeriveKy2Ky4(ky3);
90   
91 }
92
93 //_____________________________________________________________________________
94 AliMUONClusterSplitterMLEM::~AliMUONClusterSplitterMLEM()
95 {
96   /// Destructor
97   
98   delete fMathieson;
99 }
100
101 //_____________________________________________________________________________
102 void 
103 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddBin(TH2 *mlem, 
104                                    Int_t ic, Int_t jc, Int_t mode, 
105                                    Bool_t *used, TObjArray *pix)
106 {
107   /// Add a bin to the cluster
108   
109   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
110   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
111   Double_t cont1, cont = mlem->GetCellContent(jc,ic);
112   AliMUONPad *pixPtr = 0;
113   
114   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
115   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
116     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
117       if (i != ic && j != jc) continue;
118       if (used[(i-1)*nx+j-1]) continue;
119       cont1 = mlem->GetCellContent(j,i);
120       if (mode && cont1 > cont) continue;
121       used[(i-1)*nx+j-1] = kTRUE;
122       if (cont1 < 0.5) continue;
123       if (pix) pix->Add(BinToPix(mlem,j,i)); 
124       else {
125         pixPtr = new AliMUONPad (mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j), 
126                                  mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
127         fPixArray->Add(pixPtr);
128       }
129       AddBin(mlem, i, j, mode, used, pix); // recursive call
130     }
131   }
132 }
133
134 //_____________________________________________________________________________
135 void 
136 AliMUONClusterSplitterMLEM::AddCluster(Int_t ic, Int_t nclust, 
137                                        TMatrixD& aijcluclu, 
138                                        Bool_t *used, Int_t *clustNumb, Int_t &nCoupled)
139 {
140   /// Add a cluster to the group of coupled clusters
141   
142   for (Int_t i = 0; i < nclust; ++i) {
143     if (used[i]) continue;
144     if (aijcluclu(i,ic) < fgkCouplMin) continue;
145     used[i] = kTRUE;
146     clustNumb[nCoupled++] = i;
147     AddCluster(i, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled);
148   }
149 }
150
151 //_____________________________________________________________________________
152 TObject* 
153 AliMUONClusterSplitterMLEM::BinToPix(TH2 *mlem,
154                                      Int_t jc, Int_t ic)
155 {
156   /// Translate histogram bin to pixel 
157   
158   Double_t yc = mlem->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
159   Double_t xc = mlem->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
160   
161   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
162   AliMUONPad *pixPtr = NULL;
163   
164   // Compare pixel and bin positions
165   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
166     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
167     if (pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
168     if (TMath::Abs(pixPtr->Coord(0)-xc)<1.e-4 && TMath::Abs(pixPtr->Coord(1)-yc)<1.e-4) 
169     {
170       //return (TObject*) pixPtr;
171       return pixPtr;
172     }
173   }
174   AliError(Form(" Something wrong ??? %f %f ", xc, yc));
175   return NULL;
176 }
177
178 //_____________________________________________________________________________
179 Float_t
180 AliMUONClusterSplitterMLEM::ChargeIntegration(Double_t x, Double_t y,
181                                               const AliMUONPad& pad)
182 {
183   /// Compute the Mathieson integral on pad area, assuming the center
184   /// of the Mathieson is at (x,y)
185   
186   TVector2 lowerLeft(TVector2(x,y)-pad.Position()-pad.Dimensions());
187   TVector2 upperRight(lowerLeft + pad.Dimensions()*2.0);
188   
189         return fMathieson->IntXY(lowerLeft.X(),lowerLeft.Y(),
190                            upperRight.X(),upperRight.Y());
191 }
192
193 //_____________________________________________________________________________
194 void 
195 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fcn1(const AliMUONCluster& cluster, 
196                                     Int_t & /*fNpar*/, Double_t * /*gin*/, 
197                                     Double_t &f, Double_t *par, Int_t iflag)
198 {
199   /// Computes the functional to be minimized
200   
201   Int_t indx, npads=0;
202   Double_t charge, delta, coef=0, chi2=0, qTot = 0;
203   static Double_t qAver = 0;
204   
205   Int_t mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar / 3;
206   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
207   {
208     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
209     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
210     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag()) continue;
211     if (iflag == 0) {
212       if ( pad->IsReal() ) npads++; // exclude virtual pads
213       qTot += pad->Charge(); 
214     }
215     charge = 0;
216     for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i)
217     { 
218       // sum over hits
219       indx = 3 * i;
220       coef = Param2Coef(i, coef, par);
221       charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
222     }
223     charge *= fQtot;
224     delta = charge - pad->Charge(); 
225     delta *= delta;
226     delta /= pad->Charge(); 
227     chi2 += delta;
228   } // for (Int_t j=0;
229   if (iflag == 0) qAver = qTot / npads;
230   f = chi2 / qAver;
231 }
232
233 //_____________________________________________________________________________
234 Double_t AliMUONClusterSplitterMLEM::Param2Coef(Int_t icand, Double_t coef, Double_t *par)
235 {
236   /// Extract hit contribution scale factor from fit parameters
237   
238   if (fNpar == 2) return 1.;
239   if (fNpar == 5) return icand==0 ? par[2] : TMath::Max(1.-par[2],0.);
240   if (icand == 0) return par[2];
241   if (icand == 1) return TMath::Max((1.-par[2])*par[5], 0.);
242   return TMath::Max(1.-par[2]-coef,0.);
243 }
244
245 //_____________________________________________________________________________
246 Int_t 
247 AliMUONClusterSplitterMLEM::Fit(const AliMUONCluster& cluster,
248                                 Int_t iSimple, Int_t nfit, 
249                                 Int_t *clustFit, TObjArray **clusters, 
250                                 Double_t *parOk,
251                                 TObjArray& clusterList, TH2 *mlem)
252 {
253   /// Steering function and fitting procedure for the fit of pad charge distribution
254   
255   //  AliDebug(2,Form("iSimple=%d nfit=%d",iSimple,nfit));
256   
257   Double_t xmin = mlem->GetXaxis()->GetXmin() - mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
258   Double_t xmax = mlem->GetXaxis()->GetXmax() + mlem->GetXaxis()->GetBinWidth(1);
259   Double_t ymin = mlem->GetYaxis()->GetXmin() - mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
260   Double_t ymax = mlem->GetYaxis()->GetXmax() + mlem->GetYaxis()->GetBinWidth(1);
261   Double_t xPad = 0, yPad = 99999;
262   
263   // Number of pads to use and number of virtual pads
264   Int_t npads = 0, nVirtual = 0, nfit0 = nfit;
265   //cluster.Print("full");
266   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
267   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i ) 
268   {
269     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
270     if ( !pad->IsReal() ) ++nVirtual;
271     //if ( pad->Status() !=1 || pad->IsSaturated() ) continue;
272     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) continue;
273     if ( pad->IsReal() )
274     {
275       ++npads;
276       if (yPad > 9999) 
277       { 
278         xPad = pad->X();
279         yPad = pad->Y();
280       } 
281       else 
282       {
283         if (pad->DY() < pad->DX() ) 
284         {
285           yPad = pad->Y();
286         }
287         else 
288         {
289           xPad = pad->X();
290         }
291       }
292     }
293   }
294   
295   fNpar = 0;
296   fQtot = 0;
297   
298   if (npads < 2) return 0; 
299   
300   // FIXME : AliWarning("Reconnect the following code for hit/track passing ?");
301   
302   //  Int_t tracks[3] = {-1, -1, -1};
303   
304   /*
305    Int_t digit = 0;
306    AliMUONDigit *mdig = 0;
307    for (Int_t cath=0; cath<2; cath++) {  
308      for (Int_t i=0; i<fnPads[0]+fnPads[1]; i++) {
309        if (fPadIJ[0][i] != cath) continue;
310        if (fPadIJ[1][i] != 1) continue;
311        if (fXyq[3][i] < 0) continue; // exclude virtual pads
312        digit = TMath::Nint (fXyq[5][i]);
313        if (digit >= 0) mdig = fInput->Digit(cath,digit);
314        else mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),-digit-1);
315        //if (!mdig) mdig = fInput->Digit(TMath::Even(cath),digit);
316        if (!mdig) continue; // protection for cluster display
317        if (mdig->Hit() >= 0) {
318          if (tracks[0] < 0) {
319            tracks[0] = mdig->Hit();
320            tracks[1] = mdig->Track(0);
321          } else if (mdig->Track(0) < tracks[1]) {
322            tracks[0] = mdig->Hit();
323            tracks[1] = mdig->Track(0);
324          }
325        }
326        if (mdig->Track(1) >= 0 && mdig->Track(1) != tracks[1]) {
327          if (tracks[2] < 0) tracks[2] = mdig->Track(1);
328          else tracks[2] = TMath::Min (tracks[2], mdig->Track(1));
329        }
330      } // for (Int_t i=0;
331   } // for (Int_t cath=0;
332    */
333   
334   // Get number of pads in X and Y 
335   //const Int_t kStatusToTest(1);
336   const Int_t kStatusToTest(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
337   
338   Long_t nofPads = cluster.NofPads(kStatusToTest);
339   Int_t nInX = AliMp::PairFirst(nofPads);
340   Int_t nInY = AliMp::PairSecond(nofPads);
341
342   if (fDebug) {
343     Int_t npadOK = 0;
344     for (Int_t j = 0; j < cluster.Multiplicity(); ++j) {
345       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
346       //if (pad->Status() == 1 && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
347       if (pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() && !pad->IsSaturated()) npadOK++;
348     }
349     cout << " Number of pads to fit: " << npadOK << endl;
350     cout << " nInX and Y: " << nInX << " " << nInY << endl;
351   }
352   
353   Int_t nfitMax = 3; 
354   nfitMax = TMath::Min (nfitMax, (npads + 1) / 3);
355   if (nfitMax > 1) {
356     if (((nInX < 3) && (nInY < 3)) || ((nInX == 3) && (nInY < 3)) || ((nInX < 3) && (nInY == 3))) nfitMax = 1; // not enough pads in each direction
357   }
358   if (nfit > nfitMax) nfit = nfitMax;
359   
360   // Take cluster maxima as fitting seeds
361   TObjArray *pix;
362   AliMUONPad *pixPtr;
363   Int_t npxclu;
364   Double_t cont, cmax = 0, xseed = 0, yseed = 0, errOk[8], qq = 0;
365   Double_t xyseed[3][2], qseed[3], xyCand[3][2] = {{0},{0}}, sigCand[3][2] = {{0},{0}};
366   
367   for (Int_t ifit = 1; ifit <= nfit0; ++ifit) 
368   {
369     cmax = 0;
370     pix = clusters[clustFit[ifit-1]];
371     npxclu = pix->GetEntriesFast();
372     //qq = 0;
373     for (Int_t clu = 0; clu < npxclu; ++clu) 
374     {
375       pixPtr = (AliMUONPad*) pix->UncheckedAt(clu);
376       cont = pixPtr->Charge();
377       fQtot += cont;
378       if (cont > cmax) 
379       { 
380         cmax = cont; 
381         xseed = pixPtr->Coord(0);
382         yseed = pixPtr->Coord(1);
383       }
384       qq += cont;
385       xyCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * cont;
386       xyCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * cont;
387       sigCand[0][0] += pixPtr->Coord(0) * pixPtr->Coord(0) * cont;
388       sigCand[0][1] += pixPtr->Coord(1) * pixPtr->Coord(1) * cont;
389     }
390     xyseed[ifit-1][0] = xseed;
391     xyseed[ifit-1][1] = yseed;
392     qseed[ifit-1] = cmax;
393   } // for (Int_t ifit=1;
394   
395   xyCand[0][0] /= qq; // <x>
396   xyCand[0][1] /= qq; // <y>
397   sigCand[0][0] = sigCand[0][0]/qq - xyCand[0][0]*xyCand[0][0]; // <x^2> - <x>^2
398   sigCand[0][0] = sigCand[0][0] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][0]) : 0;
399   sigCand[0][1] = sigCand[0][1]/qq - xyCand[0][1]*xyCand[0][1]; // <y^2> - <y>^2
400   sigCand[0][1] = sigCand[0][1] > 0 ? TMath::Sqrt (sigCand[0][1]) : 0;
401   if (fDebug) cout << xyCand[0][0] << " " << xyCand[0][1] << " " << sigCand[0][0] << " " << sigCand[0][1] << endl;
402   
403   Int_t nDof, maxSeed[3];//, nMax = 0;
404     
405   TMath::Sort(nfit0, qseed, maxSeed, kTRUE); // in decreasing order
406     
407   Double_t step[3]={0.01,0.002,0.02}, fmin, chi2o = 9999, chi2n;
408   Double_t *gin = 0, func0, func1, param[8], step0[8];
409   Double_t param0[2][8]={{0},{0}}, deriv[2][8]={{0},{0}}; 
410   Double_t shift[8], stepMax, derMax, parmin[8], parmax[8], func2[2], shift0;
411   Double_t delta[8], scMax, dder[8], estim, shiftSave = 0;
412   Int_t min, max, nCall = 0, nLoop, idMax = 0, iestMax = 0, nFail;
413   Double_t rad, dist[3] = {0};
414     
415   // Try to fit with one-track hypothesis, then 2-track. If chi2/dof is 
416   // lower, try 3-track (if number of pads is sufficient).
417   Int_t iflag = 0; // for the first call of fcn1
418   for (Int_t iseed = 0; iseed < nfit; ++iseed) 
419   {
420       
421     Int_t memory[8] = {0};
422     if (iseed) 
423     { 
424       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
425       {
426         param[j] = parOk[j]; 
427       }
428       param[fNpar] = 0.6;
429       parmin[fNpar] = 0; 
430       parmax[fNpar++] = 1; 
431     }
432       
433     if (nfit == 1) 
434     {
435       param[fNpar] = xyCand[0][0]; // take COG
436     }
437     else 
438     {
439       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][0];
440       //param[fNpar] = fNpar==0 ? -16.1651 : -15.2761; 
441     }
442     parmin[fNpar] = xmin; 
443     parmax[fNpar++] = xmax; 
444     if (nfit == 1) 
445     {
446       param[fNpar] = xyCand[0][1]; // take COG
447     }
448     else 
449     {
450       param[fNpar] = xyseed[maxSeed[iseed]][1];
451       //param[fNpar] = fNpar==1 ? -15.1737 : -15.8487;
452     }
453     parmin[fNpar] = ymin; 
454     parmax[fNpar++] = ymax; 
455
456     for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
457     {
458       step0[j] = shift[j] = step[j%3];
459     }
460
461     if (iseed) 
462     { 
463       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
464       {
465         param0[1][j] = 0; 
466       }
467     }
468     if (fDebug) {
469       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) cout << param[j] << " "; 
470       cout << endl;
471     }
472       
473     // Try new algorithm
474     min = nLoop = 1; stepMax = func2[1] = derMax = 999999; nFail = 0;
475       
476     while (1) 
477     {
478       max = !min;
479       Fcn1(cluster,fNpar, gin, func0, param, iflag); nCall++;
480       iflag = 1;
481       //cout << " Func: " << func0 << endl;
482       
483       func2[max] = func0;
484       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
485       {
486         param0[max][j] = param[j];
487         delta[j] = step0[j];
488         param[j] += delta[j] / 10;
489         if (j > 0) param[j-1] -= delta[j-1] / 10;
490         Fcn1(cluster,fNpar, gin, func1, param, iflag); nCall++;
491         deriv[max][j] = (func1 - func0) / delta[j] * 10; // first derivative
492         //cout << j << " " << deriv[max][j] << endl;
493         dder[j] = param0[0][j] != param0[1][j] ? (deriv[0][j] - deriv[1][j]) / 
494           (param0[0][j] - param0[1][j]) : 0; // second derivative
495       }
496       param[fNpar-1] -= delta[fNpar-1] / 10;
497       if (nCall > 2000) break;
498         
499       min = func2[0] < func2[1] ? 0 : 1;
500       nFail = min == max ? 0 : nFail + 1;
501         
502       stepMax = derMax = estim = 0;
503       for (Int_t j = 0; j < fNpar; ++j) 
504       { 
505         // Estimated distance to minimum
506         shift0 = shift[j];
507         if (nLoop == 1) 
508         {
509           shift[j] = TMath::Sign (step0[j], -deriv[max][j]); // first step
510         }
511         else if (TMath::Abs(deriv[0][j]) < 1.e-3 && TMath::Abs(deriv[1][j]) < 1.e-3) 
512         {
513           shift[j] = 0;
514         }
515         else if (((deriv[min][j]*deriv[!min][j] > 0) && (TMath::Abs(deriv[min][j]) > TMath::Abs(deriv[!min][j])))
516                  || (TMath::Abs(deriv[0][j]-deriv[1][j]) < 1.e-3) || (TMath::Abs(dder[j]) < 1.e-6)) 
517         {
518           shift[j] = -TMath::Sign (shift[j], (func2[0]-func2[1]) * (param0[0][j]-param0[1][j]));
519           if (min == max) 
520           { 
521             if (memory[j] > 1) 
522             { 
523               shift[j] *= 2; 
524             } 
525             memory[j]++;
526           }
527         }
528         else 
529         {
530           shift[j] = dder[j] != 0 ? -deriv[min][j] / dder[j] : 0;
531           memory[j] = 0;
532         }
533           
534         Double_t es = TMath::Abs(shift[j]) / step0[j];
535         if (es > estim) 
536         { 
537           estim = es;
538           iestMax = j;
539         }
540           
541         // Too big step
542         if (TMath::Abs(shift[j])/step0[j] > 10) shift[j] = TMath::Sign(10.,shift[j]) * step0[j]; // 
543         
544         // Failed to improve minimum
545         if (min != max) 
546         {
547           memory[j] = 0;
548           param[j] = param0[min][j];
549           if (TMath::Abs(shift[j]+shift0) > 0.1*step0[j]) 
550           {
551             shift[j] = (shift[j] + shift0) / 2;
552           }
553           else 
554           {
555             shift[j] /= -2;
556           }
557         } 
558           
559         // Too big step
560         if (TMath::Abs(shift[j]*deriv[min][j]) > func2[min]) 
561         {
562           shift[j] = TMath::Sign (func2[min]/deriv[min][j], shift[j]);
563         }
564           
565         // Introduce step relaxation factor
566         if (memory[j] < 3) 
567         {
568           scMax = 1 + 4 / TMath::Max(nLoop/2.,1.);
569           if (TMath::Abs(shift0) > 0 && TMath::Abs(shift[j]/shift0) > scMax) 
570           {
571             shift[j] = TMath::Sign (shift0*scMax, shift[j]);
572           }
573         }
574         param[j] += shift[j]; 
575         // Check parameter limits
576         if (param[j] < parmin[j]) 
577         { 
578           shift[j] = parmin[j] - param[j]; 
579           param[j] = parmin[j]; 
580         } 
581         else if (param[j] > parmax[j]) 
582         {
583           shift[j] = parmax[j] - param[j];
584           param[j] = parmax[j];
585         }
586         //cout << " xxx " << j << " " << shift[j] << " " << param[j] << endl;
587         stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[j]/step0[j]));
588         if (TMath::Abs(deriv[min][j]) > derMax) 
589         {
590           idMax = j;
591           derMax = TMath::Abs (deriv[min][j]);
592         }
593       } // for (Int_t j=0; j<fNpar;
594         
595       if (((estim < 1) && (derMax < 2)) || nLoop > 150) break; // minimum was found
596         
597       nLoop++;
598         
599       // Check for small step
600       if (shift[idMax] == 0) 
601       { 
602         shift[idMax] = step0[idMax]/10; 
603         param[idMax] += shift[idMax]; 
604         continue; 
605       }
606         
607       if (!memory[idMax] && derMax > 0.5 && nLoop > 10) 
608       {
609         if (dder[idMax] != 0 && TMath::Abs(deriv[min][idMax]/dder[idMax]/shift[idMax]) > 10) 
610         {
611           if (min == max) dder[idMax] = -dder[idMax];
612           shift[idMax] = -deriv[min][idMax] / dder[idMax] / 10; 
613           param[idMax] += shift[idMax];
614           stepMax = TMath::Max (stepMax, TMath::Abs(shift[idMax])/step0[idMax]);
615           if (min == max) shiftSave = shift[idMax];
616         }
617         if (nFail > 10) 
618         {
619           param[idMax] -= shift[idMax];
620           shift[idMax] = 4 * shiftSave * (gRandom->Rndm(0) - 0.5);
621           param[idMax] += shift[idMax];
622         }
623       }      
624     } // while (1)
625       
626     fmin = func2[min];
627     
628     nDof = npads - fNpar + nVirtual;
629     if (!nDof) nDof++;
630     chi2n = fmin / nDof;
631     if (fDebug) cout << " Chi2 " << chi2n << " " << fNpar << endl;
632       
633     //if (fNpar > 2) cout << param0[min][fNpar-3] << " " << chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) << endl;
634     //if (chi2n*1.2+1.e-6 > chi2o ) 
635     if (fNpar > 2 && (chi2n > chi2o || ((iseed == nfit-1) 
636                                         && (chi2n * (1+TMath::Min(1-param0[min][fNpar-3],0.25)) > chi2o)))) 
637       { fNpar -= 3; break; }
638       
639     // Save parameters and errors
640       
641     if (nInX == 1) {
642       // One pad per direction 
643       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) param0[min][i] = xPad;
644       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 0 || i == 2 || i == 5) 
645         param0[min][i] = xyCand[0][0];
646     }
647     if (nInY == 1) {
648       // One pad per direction 
649       //for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) param0[min][i] = yPad;
650       for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) if (i == 1 || i == 3 || i == 6) 
651         param0[min][i] = xyCand[0][1];
652     }
653       
654     /*
655       if (iseed > 0) {
656       // Find distance to the nearest neighbour
657       dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][2])*
658       (param0[min][0]-param0[min][2])
659       +(param0[min][1]-param0[min][3])*
660       (param0[min][1]-param0[min][3]));
661       if (iseed > 1) {
662       dist[2] = TMath::Sqrt ((param0[min][0]-param0[min][5])*
663       (param0[min][0]-param0[min][5])
664       +(param0[min][1]-param0[min][6])*
665       (param0[min][1]-param0[min][6]));
666       rad = TMath::Sqrt ((param0[min][2]-param0[min][5])*
667       (param0[min][2]-param0[min][5])
668       +(param0[min][3]-param0[min][6])*
669       (param0[min][3]-param0[min][6]));
670       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
671       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
672       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
673       }
674       cout << dist[0] << " " << dist[1] << " " << dist[2] << endl;
675       if (dist[TMath::LocMin(iseed+1,dist)] < 1.) { fNpar -= 3; break; }
676       }
677     */
678       
679     for (Int_t i = 0; i < fNpar; ++i) {
680       parOk[i] = param0[min][i];
681       //errOk[i] = fmin;
682       errOk[i] = chi2n;
683       // Bounded params
684       parOk[i] = TMath::Max (parOk[i], parmin[i]);
685       parOk[i] = TMath::Min (parOk[i], parmax[i]);
686     }
687       
688     chi2o = chi2n;
689     if (fmin < 0.1) break; // !!!???
690   } // for (Int_t iseed=0; 
691    
692   if (fDebug) {
693     for (Int_t i=0; i<fNpar; ++i) {
694       if (i == 4 || i == 7) {
695         if ((i == 7) || ((i == 4) && (fNpar < 7))) cout << parOk[i] << endl;
696         else cout << parOk[i] * (1-parOk[7]) << endl;
697         continue;
698       }
699       cout << parOk[i] << " " << errOk[i] << endl;
700     }
701   }
702   nfit = (fNpar + 1) / 3;
703   dist[0] = dist[1] = dist[2] = 0;
704   
705   if (nfit > 1) {
706     // Find distance to the nearest neighbour
707     dist[0] = dist[1] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[2])*
708                                      (parOk[0]-parOk[2])
709                                      +(parOk[1]-parOk[3])*
710                                      (parOk[1]-parOk[3]));
711     if (nfit > 2) {
712       dist[2] = TMath::Sqrt ((parOk[0]-parOk[5])*
713                              (parOk[0]-parOk[5])
714                              +(parOk[1]-parOk[6])*
715                              (parOk[1]-parOk[6]));
716       rad = TMath::Sqrt ((parOk[2]-parOk[5])*
717                          (parOk[2]-parOk[5])
718                          +(parOk[3]-parOk[6])*
719                          (parOk[3]-parOk[6]));
720       if (dist[2] < dist[0]) dist[0] = dist[2];
721       if (rad < dist[1]) dist[1] = rad;
722       if (rad < dist[2]) dist[2] = rad;
723     }
724   }
725     
726   Int_t indx;
727   
728   Double_t coef = 0;
729   if (iSimple) fnCoupled = 0;
730   for (Int_t j = 0; j < nfit; ++j) {
731     indx = 3 * j;
732     coef = Param2Coef(j, coef, parOk);
733       
734     //void AliMUONClusterFinderMLEM::AddRawCluster(Double_t x, Double_t y, 
735     //                                             Double_t qTot, Double_t fmin,
736     //                                             Int_t nfit, Int_t *tracks, 
737     //                                             Double_t /*sigx*/, 
738     //                                             Double_t /*sigy*/, 
739     //                                             Double_t /*dist*/)
740     
741     if ( coef*fQtot >= 14 )
742     {
743       //AZ AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster();
744       AliMUONCluster* cluster1 = new AliMUONCluster(cluster);
745       
746       cluster1->SetCharge(coef*fQtot,coef*fQtot);
747       cluster1->SetPosition(TVector2(parOk[indx],parOk[indx+1]),TVector2(sigCand[0][0],sigCand[0][1]));
748       cluster1->SetChi2(dist[TMath::LocMin(nfit,dist)]);
749       
750       // FIXME: we miss some information in this cluster, as compared to 
751       // the original AddRawCluster code.
752       
753       AliDebug(2,Form("Adding RawCluster detElemId %4d mult %2d charge %5d (xl,yl)=(%9.6g,%9.6g)",
754                       fDetElemId,cluster1->Multiplicity(),(Int_t)cluster1->Charge(),
755                       cluster1->Position().X(),cluster1->Position().Y()));
756         
757       clusterList.Add(cluster1);
758     }
759     //      AddRawCluster (parOk[indx], // double x
760     //                     parOk[indx+1], // double y
761     //                     coef*qTot, // double charge
762     //                     errOk[indx], // double fmin
763     //                     nfit0+10*nfit+100*nMax+10000*fnCoupled, // int nfit
764     //                     tracks, // int* tracks
765     //                     sigCand[0][0], // double sigx
766     //                     sigCand[0][1], // double sigy
767     //                     dist[TMath::LocMin(nfit,dist)] // double dist
768     //                     );
769   }
770   return nfit;
771 }  
772
773
774 //_____________________________________________________________________________
775 void
776 AliMUONClusterSplitterMLEM::Split(const AliMUONCluster& cluster,
777                                   TH2 *mlem, Double_t *coef,
778                                   TObjArray& clusterList)
779 {
780   /// The main steering function to work with clusters of pixels in anode
781   /// plane (find clusters, decouple them from each other, merge them (if
782   /// necessary), pick up coupled pads, call the fitting function)
783   
784   Int_t nx = mlem->GetNbinsX();
785   Int_t ny = mlem->GetNbinsY();
786   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
787   
788   Double_t cont;
789   Int_t nclust = 0, indx, indx1, nxy = ny * nx; 
790   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
791   
792   for (Int_t j = 0; j < nxy; ++j) used[j] = kFALSE; 
793   
794   TObjArray *clusters[200]={0};
795   TObjArray *pix;
796   
797   // Find clusters of histogram bins (easier to work in 2-D space)
798   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) 
799   {
800     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) 
801     {
802       indx = (i-1)*nx + j - 1;
803       if (used[indx]) continue;
804       cont = mlem->GetCellContent(j,i);
805       if (cont < 0.5) continue;
806       pix = new TObjArray(20);
807       used[indx] = 1;
808       pix->Add(BinToPix(mlem,j,i));
809       AddBin(mlem, i, j, 0, used, pix); // recursive call
810       if (nclust >= 200) AliFatal(" Too many clusters !!!");
811       clusters[nclust++] = pix;
812     } // for (Int_t j=1; j<=nx; j++) {
813   } // for (Int_t i=1; i<=ny;
814   if (fDebug) cout << nclust << endl;
815   delete [] used;
816   
817   // Compute couplings between clusters and clusters to pads
818   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
819   
820   // Exclude pads with overflows
821   /*
822   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
823   {
824     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
825     if ( pad->IsSaturated() )
826     {
827       pad->SetStatus(-5); 
828     }
829     else 
830     {
831       pad->SetStatus(0);
832     }
833   }
834   */
835   
836   // Compute couplings of clusters to pads (including overflows)
837   TMatrixD aijclupad(nclust,npad);
838   aijclupad = 0;
839   Int_t npxclu;
840   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
841   {
842     pix = clusters[iclust];
843     npxclu = pix->GetEntriesFast();
844     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i) 
845     {
846       indx = fPixArray->IndexOf(pix->UncheckedAt(i));
847       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
848       {
849         //AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
850         //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5) continue;
851         if (coef[j*nPix+indx] < fgkCouplMin) continue;
852         aijclupad(iclust,j) += coef[j*nPix+indx];
853       }
854     }
855   }
856   
857   // Compute couplings between clusters (exclude overflows)
858   TMatrixD aijcluclu(nclust,nclust);
859   aijcluclu = 0;
860   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
861   {
862     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
863     {
864       // Exclude overflows
865       //if ( cluster.Pad(j)->Status() < 0) continue;
866       if ( cluster.Pad(j)->IsSaturated()) continue;
867       if (aijclupad(iclust,j) < fgkCouplMin) continue;
868       for (Int_t iclust1=iclust+1; iclust1<nclust; iclust1++) 
869       {
870         if (aijclupad(iclust1,j) < fgkCouplMin) continue;
871         aijcluclu(iclust,iclust1) += 
872           TMath::Sqrt (aijclupad(iclust,j)*aijclupad(iclust1,j));
873       }
874     }
875   }
876   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust) 
877   {
878     for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nclust; ++iclust1) 
879     {
880       aijcluclu(iclust1,iclust) = aijcluclu(iclust,iclust1);
881     }
882   }
883   
884   if (fDebug && nclust > 1) aijcluclu.Print();
885
886   // Find groups of coupled clusters
887   used = new Bool_t[nclust];
888   for (Int_t j = 0; j < nclust; ++j) used[j] = kFALSE;
889
890   Int_t *clustNumb = new Int_t[nclust];
891   Int_t nCoupled, nForFit, minGroup[3], clustFit[3], nfit = 0;
892   //Double_t parOk[8];
893   Double_t parOk[8] = {0}; //AZ
894   
895   for (Int_t igroup = 0; igroup < nclust; ++igroup) 
896   {
897     if (used[igroup]) continue;
898     used[igroup] = kTRUE;
899     clustNumb[0] = igroup;
900     nCoupled = 1;
901     // Find group of coupled clusters
902     AddCluster(igroup, nclust, aijcluclu, used, clustNumb, nCoupled); // recursive
903     
904     if (fDebug) {                                                                      
905       cout << " nCoupled: " << nCoupled << endl;
906       for (Int_t i=0; i<nCoupled; ++i) cout << clustNumb[i] << " "; cout << endl;
907     }
908     
909     fnCoupled = nCoupled;
910     
911     while (nCoupled > 0) 
912     {
913       if (nCoupled < 4) 
914       {
915         nForFit = nCoupled;
916         for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) clustFit[i] = clustNumb[i];
917       } 
918       else 
919       {
920         // Too many coupled clusters to fit - try to decouple them
921         // Find the lowest coupling of 1, 2, min(3,nLinks/2) pixels with 
922         // all the others in the group 
923         for (Int_t j = 0; j < 3; ++j) minGroup[j] = -1;
924         Double_t coupl = MinGroupCoupl(nCoupled, clustNumb, aijcluclu, minGroup);
925         
926         // Flag clusters for fit
927         nForFit = 0;
928         while (minGroup[nForFit] >= 0 && nForFit < 3)
929         {
930           if (fDebug) cout << clustNumb[minGroup[nForFit]] << " ";
931           clustFit[nForFit] = clustNumb[minGroup[nForFit]];
932           clustNumb[minGroup[nForFit]] -= 999;
933           nForFit++;
934         }
935         if (fDebug) cout << " nForFit " << nForFit << " " << coupl << endl;
936       } // else
937       
938       // Select pads for fit. 
939       if (SelectPad(cluster,nCoupled, nForFit, clustNumb, clustFit, aijclupad) < 3 && nCoupled > 1) 
940       {
941         // Deselect pads
942         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
943         {
944           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
945           //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(0);
946           //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
947           if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ||
948                pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()) 
949             pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag());
950         }
951         // Merge the failed cluster candidates (with too few pads to fit) with 
952         // the one with the strongest coupling
953         Merge(cluster,nForFit, nCoupled, clustNumb, clustFit, clusters, aijcluclu, aijclupad);
954       } 
955       else 
956       {
957         // Do the fit
958         nfit = Fit(cluster,0, nForFit, clustFit, clusters, parOk, clusterList, mlem);
959         if (nfit == 0) { 
960           //cout << " (nfit == 0) " << fNpar << " " << cluster.Multiplicity() << endl; 
961           fNpar = 0; // should be 0 by itself but just in case ...
962         }
963       }
964       
965       // Subtract the fitted charges from pads with strong coupling and/or
966       // return pads for further use
967       UpdatePads(cluster,nfit, parOk);
968       
969       // Mark used pads
970       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
971       {
972         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
973         //if ( pad->Status()==1 ) pad->SetStatus(-2);
974         //if ( pad->Status()==-9) pad->SetStatus(-5);
975         if ( pad->Status() == AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag() ) 
976           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag());
977       }
978       
979       // Sort the clusters (move to the right the used ones)
980       Int_t beg = 0, end = nCoupled - 1;
981       while (beg < end) 
982       {
983         if (clustNumb[beg] >= 0) { ++beg; continue; }
984         for (Int_t j = end; j > beg; --j) 
985         {
986           if (clustNumb[j] < 0) continue;
987           end = j - 1;
988           indx = clustNumb[beg];
989           clustNumb[beg] = clustNumb[j];
990           clustNumb[j] = indx;
991           break;
992         }
993         ++beg;
994       }
995       
996       nCoupled -= nForFit;
997       if (nCoupled > 3) 
998       {
999         // Remove couplings of used clusters
1000         for (Int_t iclust = nCoupled; iclust < nCoupled+nForFit; ++iclust) 
1001         {
1002           indx = clustNumb[iclust] + 999;
1003           for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1004           {
1005             indx1 = clustNumb[iclust1];
1006             aijcluclu(indx,indx1) = aijcluclu(indx1,indx) = 0;
1007           }
1008         }
1009         
1010         // Update the remaining clusters couplings (subtract couplings from 
1011         // the used pads) - overflows excluded
1012         for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1013         {
1014           AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1015           //if ( pad->Status() != -2) continue;
1016           if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetModifiedFlag()) continue;
1017           for (Int_t iclust=0; iclust<nCoupled; ++iclust) 
1018           {
1019             indx = clustNumb[iclust];
1020             if (aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1021             for (Int_t iclust1 = iclust+1; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1022             {
1023               indx1 = clustNumb[iclust1];
1024               if (aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin) continue;
1025               // Check this
1026               aijcluclu(indx,indx1) -= 
1027                 TMath::Sqrt (aijclupad(indx,j)*aijclupad(indx1,j));
1028               aijcluclu(indx1,indx) = aijcluclu(indx,indx1);
1029             }
1030           }
1031           //pad->SetStatus(-8);
1032           pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag());
1033         } // for (Int_t j=0; j<npad;
1034       } // if (nCoupled > 3)
1035     } // while (nCoupled > 0)
1036   } // for (Int_t igroup=0; igroup<nclust;
1037   
1038   for (Int_t iclust = 0; iclust < nclust; ++iclust)
1039   {
1040     pix = clusters[iclust]; 
1041     pix->Clear();
1042     delete pix; 
1043   }
1044   delete [] clustNumb; 
1045   delete [] used; 
1046
1047 }
1048
1049 //_____________________________________________________________________________
1050 void 
1051 AliMUONClusterSplitterMLEM::Merge(const AliMUONCluster& cluster,
1052                                      Int_t nForFit, Int_t nCoupled, 
1053                                      Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
1054                                      TObjArray **clusters, 
1055                                      TMatrixD& aijcluclu, TMatrixD& aijclupad)
1056 {
1057   /// Merge the group of clusters with the one having the strongest coupling with them
1058   
1059   Int_t indx, indx1, npxclu, npxclu1, imax=0;
1060   TObjArray *pix, *pix1;
1061   Double_t couplMax;
1062   
1063   for (Int_t icl = 0; icl < nForFit; ++icl) 
1064   {
1065     indx = clustFit[icl];
1066     pix = clusters[indx];
1067     npxclu = pix->GetEntriesFast();
1068     couplMax = -1;
1069     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1) 
1070     {
1071       indx1 = clustNumb[icl1];
1072       if (indx1 < 0) continue;
1073       if ( aijcluclu(indx,indx1) > couplMax) 
1074       {
1075         couplMax = aijcluclu(indx,indx1);
1076         imax = indx1;
1077       }
1078     } // for (Int_t icl1=0;
1079       // Add to it
1080     pix1 = clusters[imax];
1081     npxclu1 = pix1->GetEntriesFast();
1082     // Add pixels 
1083     for (Int_t i = 0; i < npxclu; ++i) 
1084     { 
1085       pix1->Add(pix->UncheckedAt(i)); 
1086       pix->RemoveAt(i); 
1087     }
1088     
1089     //Add cluster-to-cluster couplings
1090     for (Int_t icl1 = 0; icl1 < nCoupled; ++icl1) 
1091     {
1092       indx1 = clustNumb[icl1];
1093       if (indx1 < 0 || indx1 == imax) continue;
1094       aijcluclu(indx1,imax) += aijcluclu(indx,indx1);
1095       aijcluclu(imax,indx1) = aijcluclu(indx1,imax);
1096     }
1097     aijcluclu(indx,imax) = aijcluclu(imax,indx) = 0;
1098     
1099     //Add cluster-to-pad couplings
1100     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1101     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
1102     {
1103       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1104       //if ( pad->Status() < 0 && pad->Status() != -5 ) continue;// exclude used pads
1105       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()) continue;// exclude used pads
1106         aijclupad(imax,j) += aijclupad(indx,j);
1107         aijclupad(indx,j) = 0;
1108     }
1109   } // for (Int_t icl=0; icl<nForFit;
1110 }
1111
1112
1113 //_____________________________________________________________________________
1114 Double_t 
1115 AliMUONClusterSplitterMLEM::MinGroupCoupl(Int_t nCoupled, Int_t *clustNumb, 
1116                                           TMatrixD& aijcluclu, Int_t *minGroup)
1117 {
1118   /// Find group of clusters with minimum coupling to all the others
1119   
1120   Int_t i123max = TMath::Min(3,nCoupled/2); 
1121   Int_t indx, indx1, indx2, indx3, nTot = 0;
1122   Double_t *coupl1 = 0, *coupl2 = 0, *coupl3 = 0;
1123   
1124   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1125     
1126     if (i123 == 1) {
1127       coupl1 = new Double_t [nCoupled];
1128       for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) coupl1[i] = 0;
1129     }
1130     else if (i123 == 2) {
1131       nTot = nCoupled*nCoupled;
1132       coupl2 = new Double_t [nTot];
1133       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl2[i] = 9999;
1134     } else {
1135       nTot = nTot*nCoupled;
1136       coupl3 = new Double_t [nTot];
1137       for (Int_t i = 0; i < nTot; ++i) coupl3[i] = 9999;
1138     } // else
1139     
1140     for (Int_t i = 0; i < nCoupled; ++i) {
1141       indx1 = clustNumb[i];
1142       for (Int_t j = i+1; j < nCoupled; ++j) {
1143         indx2 = clustNumb[j];
1144         if (i123 == 1) {
1145           coupl1[i] += aijcluclu(indx1,indx2);
1146           coupl1[j] += aijcluclu(indx1,indx2);
1147         } 
1148         else if (i123 == 2) {
1149           indx = i*nCoupled + j;
1150           coupl2[indx] = coupl1[i] + coupl1[j];
1151           coupl2[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx2));
1152         } else {
1153           for (Int_t k = j+1; k < nCoupled; ++k) {
1154             indx3 = clustNumb[k];
1155             indx = i*nCoupled*nCoupled + j*nCoupled + k;
1156             coupl3[indx] = coupl2[i*nCoupled+j] + coupl1[k];
1157             coupl3[indx] -= 2 * (aijcluclu(indx1,indx3)+aijcluclu(indx2,indx3));
1158           }
1159         } // else
1160       } // for (Int_t j=i+1;
1161     } // for (Int_t i=0;
1162   } // for (Int_t i123=1;
1163   
1164   // Find minimum coupling
1165   Double_t couplMin = 9999;
1166   Int_t locMin = 0;
1167   
1168   for (Int_t i123 = 1; i123 <= i123max; ++i123) {
1169     if (i123 == 1) {
1170       locMin = TMath::LocMin(nCoupled, coupl1);
1171       couplMin = coupl1[locMin];
1172       minGroup[0] = locMin;
1173       delete [] coupl1;
1174     } 
1175     else if (i123 == 2) {
1176       locMin = TMath::LocMin(nCoupled*nCoupled, coupl2);
1177       if (coupl2[locMin] < couplMin) {
1178         couplMin = coupl2[locMin];
1179         minGroup[0] = locMin/nCoupled;
1180         minGroup[1] = locMin%nCoupled;
1181       }
1182       delete [] coupl2;
1183     } else {
1184       locMin = TMath::LocMin(nTot, coupl3);
1185       if (coupl3[locMin] < couplMin) {
1186         couplMin = coupl3[locMin];
1187         minGroup[0] = locMin/nCoupled/nCoupled;
1188         minGroup[1] = locMin%(nCoupled*nCoupled)/nCoupled;
1189         minGroup[2] = locMin%nCoupled;
1190       }
1191       delete [] coupl3; 
1192     } // else
1193   } // for (Int_t i123=1;
1194   return couplMin;
1195 }
1196
1197 //_____________________________________________________________________________
1198 Int_t 
1199 AliMUONClusterSplitterMLEM::SelectPad(const AliMUONCluster& cluster,
1200                                           Int_t nCoupled, Int_t nForFit, 
1201                                           Int_t *clustNumb, Int_t *clustFit, 
1202                                           TMatrixD& aijclupad)
1203 {
1204   /// Select pads for fit. If too many coupled clusters, find pads giving 
1205   /// the strongest coupling with the rest of clusters and exclude them from the fit.
1206   
1207   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1208   Double_t *padpix = 0;
1209   
1210   if (nCoupled > 3) 
1211   {
1212     padpix = new Double_t[npad];
1213     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i) padpix[i] = 0.;
1214   }
1215   
1216   Int_t nOK = 0, indx, indx1;
1217   for (Int_t iclust = 0; iclust < nForFit; ++iclust)
1218   {
1219     indx = clustFit[iclust];
1220     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1221     {
1222       if ( aijclupad(indx,j) < fgkCouplMin) continue;
1223       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1224       /*
1225       if ( pad->Status() == -5 ) pad->SetStatus(-9); // flag overflow
1226       if ( pad->Status() < 0 ) continue; // exclude overflows and used pads
1227       if ( !pad->Status() ) 
1228       {
1229         pad->SetStatus(1);
1230         ++nOK; // pad to be used in fit
1231       }      
1232       */
1233       if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag() 
1234            || pad->IsSaturated() ) continue; // used pads and overflows
1235       pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetUseForFitFlag());
1236       ++nOK; // pad to be used in fit
1237
1238       if (nCoupled > 3) 
1239       {
1240         // Check other clusters
1241         for (Int_t iclust1 = 0; iclust1 < nCoupled; ++iclust1) 
1242         {
1243           indx1 = clustNumb[iclust1];
1244           if (indx1 < 0) continue;
1245           if ( aijclupad(indx1,j) < fgkCouplMin ) continue;
1246           padpix[j] += aijclupad(indx1,j);
1247         }
1248       } // if (nCoupled > 3)
1249     } // for (Int_t j=0; j<npad;
1250   } // for (Int_t iclust=0; iclust<nForFit
1251   if (nCoupled < 4) return nOK;
1252   
1253   Double_t aaa = 0;
1254   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) 
1255   {
1256     if (padpix[j] < fgkCouplMin) continue;
1257     aaa += padpix[j];
1258     //cluster.Pad(j)->SetStatus(-1); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1259     cluster.Pad(j)->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag()); // exclude pads with strong coupling to the other clusters
1260     nOK--;
1261   }
1262   delete [] padpix; 
1263   return nOK;
1264 }
1265
1266 //_____________________________________________________________________________
1267 void 
1268 AliMUONClusterSplitterMLEM::UpdatePads(const AliMUONCluster& cluster,
1269                                           Int_t /*nfit*/, Double_t *par)
1270 {
1271   /// Subtract the fitted charges from pads with strong coupling
1272   
1273   Int_t indx, mult = cluster.Multiplicity(), iend = fNpar/3;
1274   Double_t charge, coef=0;
1275   
1276   for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) 
1277   {
1278     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1279     //if ( pad->Status() != -1 ) continue;
1280     if ( pad->Status() != AliMUONClusterFinderMLEM::GetCoupledFlag() ) continue;
1281     if (fNpar != 0) 
1282     {
1283       charge = 0;
1284       for (Int_t i = 0; i <= iend; ++i) 
1285       { 
1286         // sum over hits
1287         indx = 3 * i;
1288         coef = Param2Coef(i, coef, par);
1289         charge += ChargeIntegration(par[indx],par[indx+1],*pad) * coef;
1290       }
1291       charge *= fQtot;
1292       pad->SetCharge(pad->Charge()-charge);
1293     } // if (fNpar != 0)
1294     
1295     //if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(0); 
1296     if (pad->Charge() > 6 /*fgkZeroSuppression*/) pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetZeroFlag()); 
1297     // return pad for further using // FIXME: remove usage of zerosuppression here
1298     else pad->SetStatus(AliMUONClusterFinderMLEM::GetOverFlag()); // do not use anymore
1299     
1300   } // for (Int_t j=0;
1301 }  
1302
1303