MUON/AliMUONEventReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////
  19 //
  20 // MUON event reconstructor in ALICE
  21 //
  22 // This class contains as data:
  23 // * the parameters for the event reconstruction
  24 // * a pointer to the array of hits to be reconstructed (the event)
  25 // * a pointer to the array of segments made with these hits inside each station
  26 // * a pointer to the array of reconstructed tracks
  27 //
  28 // It contains as methods, among others:
  29 // * MakeEventToBeReconstructed to build the array of hits to be reconstructed
  30 // * MakeSegments to build the segments
  31 // * MakeTracks to build the tracks
  32 //
  33 ////////////////////////////////////
  34
  35 #include <stdlib.h>
  36 #include <Riostream.h>
  37 #include <TDirectory.h>
  38 #include <TFile.h>
  39 #include <TMatrixD.h> //AZ
  40
  41 #include "AliMUONEventReconstructor.h"
  42 #include "AliMUON.h"
  43 #include "AliMUONConstants.h"
  44 #include "AliMUONHitForRec.h"
  45 #include "AliMUONTriggerTrack.h"
  46 #include "AliMUONTriggerCircuit.h"
  47 #include "AliMUONRawCluster.h"
  48 #include "AliMUONLocalTrigger.h"
  49 #include "AliMUONGlobalTrigger.h"
  50 #include "AliMUONRecoEvent.h"
  51 #include "AliMUONSegment.h"
  52 #include "AliMUONTrack.h"
  53 #include "AliMUONTrackHit.h"
  54 #include "AliMagF.h"
  55 #include "AliRun.h" // for gAlice
  56 #include "AliRunLoader.h"
  57 #include "AliLoader.h"
  58 #include "AliMUONTrackK.h" //AZ
  59 #include "AliMC.h"
  60 #include "AliLog.h"
  61 #include "AliTrackReference.h"
  62
  63 //************* Defaults parameters for reconstruction
  64 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultMinBendingMomentum = 3.0;
  65 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultMaxBendingMomentum = 2000.0;
  66 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultMaxChi2 = 100.0;
  67 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultMaxSigma2Distance = 16.0;
  68 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultBendingResolution = 0.01;
  69 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultNonBendingResolution = 0.144;
  70 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultChamberThicknessInX0 = 0.03;
  71 // Simple magnetic field:
  72 // Value taken from macro MUONtracking.C: 0.7 T, hence 7 kG
  73 // Length and Position from reco_muon.F, with opposite sign:
  74 // Length = ZMAGEND-ZCOIL
  75 // Position = (ZMAGEND+ZCOIL)/2
  76 // to be ajusted differently from real magnetic field ????
  77 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultSimpleBValue = 7.0;
  78 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultSimpleBLength = 428.0;
  79 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultSimpleBPosition = 1019.0;
  80 const Int_t    AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultRecTrackRefHits = 0;
  81 const Double_t AliMUONEventReconstructor::fgkDefaultEfficiency = 0.95;
  82
  83 ClassImp(AliMUONEventReconstructor) // Class implementation in ROOT context
  84
  85   //__________________________________________________________________________
  86 AliMUONEventReconstructor::AliMUONEventReconstructor(AliLoader* loader)
  87   : TObject()
  88 {
  89   // Constructor for class AliMUONEventReconstructor
  90   SetReconstructionParametersToDefaults();
  91   fTrackMethod = 1; //AZ - tracking method (1-default, 2-Kalman)
  92   // Memory allocation for the TClonesArray of hits for reconstruction
  93   // Is 10000 the right size ????
  94   fHitsForRecPtr = new TClonesArray("AliMUONHitForRec", 10000);
  95   fNHitsForRec = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
  96   // Memory allocation for the TClonesArray's of segments in stations
  97   // Is 2000 the right size ????
  98   for (Int_t st = 0; st < AliMUONConstants::NTrackingCh()/2; st++) {
  99     fSegmentsPtr[st] = new TClonesArray("AliMUONSegment", 2000);
 100     fNSegments[st] = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 101   }
 102   // Memory allocation for the TClonesArray of reconstructed tracks
 103   // Is 10 the right size ????
 104   fRecTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTrack", 10);
 105   fNRecTracks = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 106 // trigger tracks
 107   fRecTriggerTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTriggerTrack", 10);
 108   fNRecTriggerTracks = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 109   // Memory allocation for the TClonesArray of hits on reconstructed tracks
 110   // Is 100 the right size ????
 111   //AZ fRecTrackHitsPtr = new TClonesArray("AliMUONTrack", 100);
 112   fRecTrackHitsPtr = new TClonesArray("AliMUONTrackHit", 100);
 113   fNRecTrackHits = 0; // really needed or GetEntriesFast sufficient ????
 114
 115   // Sign of fSimpleBValue according to sign of Bx value at (50,50,-950).
 116   Float_t b[3], x[3];
 117   x[0] = 50.; x[1] = 50.; x[2] = -950.;
 118   gAlice->Field()->Field(x, b);
 119   fSimpleBValue = TMath::Sign(fSimpleBValue,(Double_t) b[0]);
 120   fSimpleBPosition = TMath::Sign(fSimpleBPosition,(Double_t) x[2]);
 121   // See how to get fSimple(BValue, BLength, BPosition)
 122   // automatically calculated from the actual magnetic field ????
 123
 124   AliDebug(1,"AliMUONEventReconstructor constructed with defaults");
 125   if ( AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) Dump();
 126   AliDebug(1,"Magnetic field from root file:");
 127   if ( AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) gAlice->Field()->Dump();
 128
 129
 130   // Initializions for track ref. background events
 131   fBkgTrackRefFile = 0;
 132   fBkgTrackRefTK = 0;
 133   fBkgTrackRefParticles = 0;
 134   fBkgTrackRefTTR = 0;
 135   fBkgTrackRefEventNumber = -1;
 136
 137   // Initialize to 0 pointers to RecoEvent, tree and tree file
 138   fRecoEvent = 0;
 139   fEventTree = 0;
 140   fTreeFile  = 0;
 141
 142   // initialize loader's
 143   fLoader = loader;
 144
 145   // initialize container
 146   fMUONData  = new AliMUONData(fLoader,"MUON","MUON");
 147
 148   return;
 149 }
 150   //__________________________________________________________________________
 151 AliMUONEventReconstructor::AliMUONEventReconstructor (const AliMUONEventReconstructor& rhs)
 152   : TObject(rhs)
 153 {
 154 // Protected copy constructor
 155
 156   AliFatal("Not implemented.");
 157 }
 158
 159 AliMUONEventReconstructor &
 160 AliMUONEventReconstructor::operator=(const AliMUONEventReconstructor& rhs)
 161 {
 162 // Protected assignement operator
 163
 164   if (this == &rhs) return *this;
 165
 166   AliFatal("Not implemented.");
 167
 168   return *this;
 169 }
 170
 171   //__________________________________________________________________________
 172 AliMUONEventReconstructor::~AliMUONEventReconstructor(void)
 173 {
 174   // Destructor for class AliMUONEventReconstructor
 175   if (fTreeFile) {
 176      fTreeFile->Close();
 177      delete fTreeFile;
 178   }
 179 //  if (fEventTree) delete fEventTree;
 180   if (fRecoEvent) delete fRecoEvent;
 181   delete fHitsForRecPtr; // Correct destruction of everything ???? or delete [] ????
 182   for (Int_t st = 0; st < AliMUONConstants::NTrackingCh()/2; st++)
 183     delete fSegmentsPtr[st]; // Correct destruction of everything ????
 184   return;
 185 }
 186
 187   //__________________________________________________________________________
 188 void AliMUONEventReconstructor::SetReconstructionParametersToDefaults(void)
 189 {
 190   // Set reconstruction parameters to default values
 191   // Would be much more convenient with a structure (or class) ????
 192   fMinBendingMomentum = fgkDefaultMinBendingMomentum;
 193   fMaxBendingMomentum = fgkDefaultMaxBendingMomentum;
 194   fMaxChi2 = fgkDefaultMaxChi2;
 195   fMaxSigma2Distance = fgkDefaultMaxSigma2Distance;
 196
 197   // ******** Parameters for making HitsForRec
 198   // minimum radius,
 199   // like in TRACKF_STAT:
 200   // 2 degrees for stations 1 and 2, or ch(0...) from 0 to 3;
 201   // 30 cm for stations 3 to 5, or ch(0...) from 4 to 9
 202   for (Int_t ch = 0; ch < AliMUONConstants::NTrackingCh(); ch++) {
 203     if (ch < 4) fRMin[ch] = TMath::Abs(AliMUONConstants::DefaultChamberZ(ch)) *
 204                   2.0 * TMath::Pi() / 180.0;
 205     else fRMin[ch] = 30.0;
 206     // maximum radius at 10 degrees and Z of chamber
 207     fRMax[ch] = TMath::Abs(AliMUONConstants::DefaultChamberZ(ch)) *
 208                   10.0 * TMath::Pi() / 180.0;
 209   }
 210
 211   // ******** Parameters for making segments
 212   // should be parametrized ????
 213   // according to interval between chambers in a station ????
 214   // Maximum distance in non bending plane
 215   // 5 * 0.22 just to remember the way it was made in TRACKF_STAT
 216   // SIGCUT*DYMAX(IZ)
 217   for (Int_t st = 0; st < AliMUONConstants::NTrackingCh()/2; st++)
 218     fSegmentMaxDistNonBending[st] = 5. * 0.22;
 219   // Maximum distance in bending plane:
 220   // values from TRACKF_STAT, corresponding to (J psi 20cm),
 221   // scaled to the real distance between chambers in a station
 222   fSegmentMaxDistBending[0] = TMath::Abs( 1.5 *
 223                                           (AliMUONConstants::DefaultChamberZ(1) - AliMUONConstants::DefaultChamberZ(0)) / 20.0);
 224   fSegmentMaxDistBending[1] = TMath::Abs( 1.5 *
 225                                           (AliMUONConstants::DefaultChamberZ(3) - AliMUONConstants::DefaultChamberZ(2)) / 20.0);
 226   fSegmentMaxDistBending[2] = TMath::Abs( 3.0 *
 227                                           (AliMUONConstants::DefaultChamberZ(5) - AliMUONConstants::DefaultChamberZ(4)) / 20.0);
 228   fSegmentMaxDistBending[3] = TMath::Abs( 6.0 *
 229                                           (AliMUONConstants::DefaultChamberZ(7) - AliMUONConstants::DefaultChamberZ(6)) / 20.0);
 230   fSegmentMaxDistBending[4] = TMath::Abs( 6.0 *
 231                                           (AliMUONConstants::DefaultChamberZ(9) - AliMUONConstants::DefaultChamberZ(8)) / 20.0);
 232
 233
 234   fBendingResolution = fgkDefaultBendingResolution;
 235   fNonBendingResolution = fgkDefaultNonBendingResolution;
 236   fChamberThicknessInX0 = fgkDefaultChamberThicknessInX0;
 237   fSimpleBValue = fgkDefaultSimpleBValue;
 238   fSimpleBLength = fgkDefaultSimpleBLength;
 239   fSimpleBPosition = fgkDefaultSimpleBPosition;
 240   fRecTrackRefHits = fgkDefaultRecTrackRefHits;
 241   fEfficiency = fgkDefaultEfficiency;
 242   return;
 243 }
 244
 245 //__________________________________________________________________________
 246 Double_t AliMUONEventReconstructor::GetImpactParamFromBendingMomentum(Double_t BendingMomentum) const
 247 {
 248   // Returns impact parameter at vertex in bending plane (cm),
 249   // from the signed bending momentum "BendingMomentum" in bending plane (GeV/c),
 250   // using simple values for dipole magnetic field.
 251   // The sign of "BendingMomentum" is the sign of the charge.
 252   return (-0.0003 * fSimpleBValue * fSimpleBLength * fSimpleBPosition /
 253           BendingMomentum);
 254 }
 255
 256 //__________________________________________________________________________
 257 Double_t AliMUONEventReconstructor::GetBendingMomentumFromImpactParam(Double_t ImpactParam) const
 258 {
 259   // Returns signed bending momentum in bending plane (GeV/c),
 260   // the sign being the sign of the charge for particles moving forward in Z,
 261   // from the impact parameter "ImpactParam" at vertex in bending plane (cm),
 262   // using simple values for dipole magnetic field.
 263   return (-0.0003 * fSimpleBValue * fSimpleBLength * fSimpleBPosition /
 264           ImpactParam);
 265 }
 266
 267 //__________________________________________________________________________
 268 void AliMUONEventReconstructor::SetBkgTrackRefFile(Text_t *BkgTrackRefFileName)
 269 {
 270   // Set background file ... for track ref. hits
 271   // Must be called after having loaded the firts signal event
 272   AliDebug(1,Form("Enter SetBkgTrackRefFile with BkgTrackRefFileName %s",BkgTrackRefFileName));
 273
 274   if (strlen(BkgTrackRefFileName)) {
 275     // BkgTrackRefFileName not empty: try to open the file
 276
 277     if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1) {
 278       cout << "Before File(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();
 279     }
 280     fBkgTrackRefFile = new TFile(BkgTrackRefFileName);
 281     if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1) {
 282       cout << "After File(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();
 283     }
 284     if (fBkgTrackRefFile-> IsOpen()) {
 285       if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) {
 286         cout << "Background for Track ref. hits in file: ``" << BkgTrackRefFileName
 287              << "'' successfully opened" << endl;}
 288     }
 289     else {
 290       cout << "Background for Track Ref. hits in file: " << BkgTrackRefFileName << endl;
 291       cout << "NOT FOUND: EXIT" << endl;
 292       exit(0); // right instruction for exit ????
 293     }
 294     // Arrays for "particles" and "hits"
 295     fBkgTrackRefParticles = new TClonesArray("TParticle", 200);
 296     // Event number to -1 for initialization
 297     fBkgTrackRefEventNumber = -1;
 298     // Back to the signal file:
 299     // first signal event must have been loaded previously,
 300     // otherwise, Segmentation violation at the next instruction
 301     // How is it possible to do smething better ????
 302     ((gAlice->TreeK())->GetCurrentFile())->cd();
 303     if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1) cout << "After cd(gAlice)" << endl; gDirectory->Dump();
 304   }
 305   return;
 306 }
 307
 308 //__________________________________________________________________________
 309 void AliMUONEventReconstructor::NextBkgTrackRefEvent(void)
 310 {
 311   // Get next event in background file for track ref. hits
 312   // Goes back to event number 0 when end of file is reached
 313   char treeName[20];
 314
 315   AliDebug(1,"Enter NextBkgTrackRefEvent");
 316   // Clean previous event
 317   if(fBkgTrackRefTK) delete fBkgTrackRefTK;
 318   fBkgTrackRefTK = NULL;
 319   if(fBkgTrackRefParticles) fBkgTrackRefParticles->Clear();
 320   if(fBkgTrackRefTTR) delete fBkgTrackRefTTR;
 321   fBkgTrackRefTTR = NULL;
 322   // Increment event number
 323   fBkgTrackRefEventNumber++;
 324   // Get access to Particles and Hits for event from background file
 325   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1) cout << "Before cd(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();
 326   fBkgTrackRefFile->cd();
 327   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1) cout << "After cd(Bkg)" << endl; gDirectory->Dump();
 328   // Particles: TreeK for event and branch "Particles"
 329   sprintf(treeName, "TreeK%d", fBkgTrackRefEventNumber);
 330   fBkgTrackRefTK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 331   if (!fBkgTrackRefTK) {
 332
 333     AliDebug(1,Form("Cannot find Kine Tree for background event: %d",fBkgTrackRefEventNumber));
 334     AliDebug(1,"Goes back to event 0");
 335
 336     fBkgTrackRefEventNumber = 0;
 337     sprintf(treeName, "TreeK%d", fBkgTrackRefEventNumber);
 338     fBkgTrackRefTK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 339     if (!fBkgTrackRefTK) {
 340                 AliError(Form("cannot find Kine Tree for background event: %d",fBkgTrackRefEventNumber));
 341         exit(0);
 342     }
 343   }
 344   if (fBkgTrackRefTK)
 345     fBkgTrackRefTK->SetBranchAddress("Particles", &fBkgTrackRefParticles);
 346   fBkgTrackRefTK->GetEvent(0); // why event 0 ???? necessary ????
 347   // Hits: TreeH for event and branch "MUON"
 348   sprintf(treeName, "TreeTR%d", fBkgTrackRefEventNumber);
 349   fBkgTrackRefTTR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 350   if (!fBkgTrackRefTTR) {
 351           AliError(Form("cannot find Hits Tree for background event: %d",fBkgTrackRefEventNumber));
 352       exit(0);
 353   }
 354   fBkgTrackRefTTR->GetEntries(); // necessary ????
 355   // Back to the signal file
 356   ((gAlice->TreeK())->GetCurrentFile())->cd();
 357   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1)
 358     cout << "After cd(gAlice)" << endl; gDirectory->Dump();
 359   return;
 360 }
 361
 362 //__________________________________________________________________________
 363 void AliMUONEventReconstructor::EventReconstruct(void)
 364 {
 365   // To reconstruct one event
 366   AliDebug(1,"Enter EventReconstruct");
 367   MakeEventToBeReconstructed();
 368   MakeSegments();
 369   MakeTracks();
 370   if (fMUONData->IsTriggerTrackBranchesInTree())
 371     ValidateTracksWithTrigger();
 372
 373   // Add tracks to MUON data container
 374   for(Int_t i=0; i<GetNRecTracks(); i++) {
 375     AliMUONTrack * track = (AliMUONTrack*) GetRecTracksPtr()->At(i);
 376     fMUONData->AddRecTrack(*track);
 377   }
 378
 379   return;
 380 }
 381
 382 //__________________________________________________________________________
 383 void AliMUONEventReconstructor::EventReconstructTrigger(void)
 384 {
 385   // To reconstruct one event
 386   AliDebug(1,"Enter EventReconstructTrigger");
 387   MakeTriggerTracks();
 388   return;
 389 }
 390
 391   //__________________________________________________________________________
 392 void AliMUONEventReconstructor::ResetHitsForRec(void)
 393 {
 394   // To reset the array and the number of HitsForRec,
 395   // and also the number of HitsForRec
 396   // and the index of the first HitForRec per chamber
 397   if (fHitsForRecPtr) fHitsForRecPtr->Clear();
 398   fNHitsForRec = 0;
 399   for (Int_t ch = 0; ch < AliMUONConstants::NTrackingCh(); ch++)
 400     fNHitsForRecPerChamber[ch] = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 401   return;
 402 }
 403
 404   //__________________________________________________________________________
 405 void AliMUONEventReconstructor::ResetSegments(void)
 406 {
 407   // To reset the TClonesArray of segments and the number of Segments
 408   // for all stations
 409   for (Int_t st = 0; st < AliMUONConstants::NTrackingCh()/2; st++) {
 410     if (fSegmentsPtr[st]) fSegmentsPtr[st]->Clear();
 411     fNSegments[st] = 0;
 412   }
 413   return;
 414 }
 415
 416   //__________________________________________________________________________
 417 void AliMUONEventReconstructor::ResetTracks(void)
 418 {
 419   // To reset the TClonesArray of reconstructed tracks
 420   if (fRecTracksPtr) fRecTracksPtr->Delete();
 421   // Delete in order that the Track destructors are called,
 422   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
 423   fNRecTracks = 0;
 424   return;
 425 }
 426
 427   //__________________________________________________________________________
 428 void AliMUONEventReconstructor::ResetTriggerTracks(void)
 429 {
 430   // To reset the TClonesArray of reconstructed trigger tracks
 431     if (fRecTriggerTracksPtr) fRecTriggerTracksPtr->Delete();
 432   // Delete in order that the Track destructors are called,
 433   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
 434     fNRecTriggerTracks = 0;
 435   return;
 436 }
 437
 438   //__________________________________________________________________________
 439 void AliMUONEventReconstructor::ResetTrackHits(void)
 440 {
 441   // To reset the TClonesArray of hits on reconstructed tracks
 442   if (fRecTrackHitsPtr) fRecTrackHitsPtr->Clear();
 443   fNRecTrackHits = 0;
 444   return;
 445 }
 446
 447   //__________________________________________________________________________
 448 void AliMUONEventReconstructor::MakeEventToBeReconstructed(void)
 449 {
 450   // To make the list of hits to be reconstructed,
 451   // either from the track ref. hits or from the raw clusters
 452   // according to the parameter set for the reconstructor
 453 //   TString evfoldname = AliConfig::GetDefaultEventFolderName();//to be interfaced properly
 454
 455 //   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader(evfoldname);
 456 //   if (rl == 0x0)
 457 //    {
 458 //      Error("MakeEventToBeReconstructed",
 459 //            "Can not find Run Loader in Event Folder named %s.",
 460 //            evfoldname.Data());
 461 //      return;
 462 //    }
 463 //   AliLoader* gime = rl->GetLoader("MUONLoader");
 464 //   if (gime == 0x0)
 465 //    {
 466 //      Error("MakeEventToBeReconstructed","Can not get MUON Loader from Run Loader.");
 467 //      return;
 468 //    }
 469   AliRunLoader *runLoader = fLoader->GetRunLoader();
 470
 471   AliDebug(1,"Enter MakeEventToBeReconstructed");
 472   ResetHitsForRec();
 473   if (fRecTrackRefHits == 1) {
 474     // Reconstruction from track ref. hits
 475     // Back to the signal file
 476     TTree* treeTR = runLoader->TreeTR();
 477     if (treeTR == 0x0)
 478       {
 479         Int_t retval = runLoader->LoadTrackRefs("READ");
 480         if ( retval)
 481           {
 482             AliError("Error occured while loading hits.");
 483             return;
 484           }
 485         treeTR = runLoader->TreeTR();
 486         if (treeTR == 0x0)
 487           {
 488             AliError("Can not get TreeTR");
 489             return;
 490           }
 491       }
 492
 493     AddHitsForRecFromTrackRef(treeTR,1);
 494
 495     // Background hits
 496     AddHitsForRecFromTrackRef(fBkgTrackRefTTR,0);
 497     // Sort HitsForRec in increasing order with respect to chamber number
 498     SortHitsForRecWithIncreasingChamber();
 499   }
 500   else {
 501     // Reconstruction from raw clusters
 502     // AliMUON *MUON  = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
 503     // Security on MUON ????
 504     // TreeR assumed to be be "prepared" in calling function
 505     // by "MUON->GetTreeR(nev)" ????
 506     TTree *treeR = fLoader->TreeR();
 507     fMUONData->SetTreeAddress("RC");
 508     AddHitsForRecFromRawClusters(treeR);
 509     // No sorting: it is done automatically in the previous function
 510   }
 511
 512   AliDebug(1,"End of MakeEventToBeReconstructed");
 513     if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 0) {
 514       AliDebug(1, Form("NHitsForRec: %d",fNHitsForRec));
 515       for (Int_t ch = 0; ch < AliMUONConstants::NTrackingCh(); ch++) {
 516         AliDebug(1, Form("Chamber(0...): %d",ch));
 517         AliDebug(1, Form("NHitsForRec: %d", fNHitsForRecPerChamber[ch]));
 518         AliDebug(1, Form("Index(first HitForRec): %d", fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch]));
 519         for (Int_t hit = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
 520              hit < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] + fNHitsForRecPerChamber[ch];
 521              hit++) {
 522           AliDebug(1, Form("HitForRec index(0...): %d",hit));
 523           ((*fHitsForRecPtr)[hit])->Dump();
 524       }
 525     }
 526   }
 527   return;
 528 }
 529
 530   //__________________________________________________________________________
 531 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromTrackRef(TTree *TTR, Int_t signal)
 532 {
 533   // To add to the list of hits for reconstruction
 534   // the signal hits from a track reference tree TreeTR.
 535   TClonesArray *listOfTrackRefs = NULL;
 536   AliTrackReference *trackRef;
 537
 538   Int_t track = 0;
 539   AliDebug(2,Form("Enter AddHitsForRecFromTrackRef with TTR: %d",  TTR));
 540   if (TTR == NULL) return;
 541
 542   listOfTrackRefs = CleanTrackRefs(TTR);
 543
 544   Int_t ntracks = listOfTrackRefs->GetEntriesFast();
 545
 546   AliDebug(2,Form("ntracks: %d", ntracks));
 547
 548   for (Int_t index = 0; index < ntracks; index++) {
 549     trackRef = (AliTrackReference*) listOfTrackRefs->At(index);
 550     track =  trackRef->GetTrack();
 551
 552     NewHitForRecFromTrackRef(trackRef,track,signal);
 553   } // end of track ref.
 554
 555   listOfTrackRefs->Delete();
 556   delete listOfTrackRefs;
 557   return;
 558 }
 559
 560
 561   //__________________________________________________________________________
 562 AliMUONHitForRec* AliMUONEventReconstructor::NewHitForRecFromTrackRef(AliTrackReference* Hit, Int_t TrackNumber, Int_t Signal)
 563 {
 564   // To make a new hit for reconstruction from a track ref. hit pointed to by "Hit",
 565   // with  the track numbered "TrackNumber",
 566   // either from signal ("Signal" = 1) or background ("Signal" = 0) event.
 567   // Selects hits in tracking (not trigger) chambers.
 568   // Takes into account the efficiency (fEfficiency)
 569   // and the smearing from resolution (fBendingResolution and fNonBendingResolution).
 570   // Adds a condition on the radius between RMin and RMax
 571   // to better simulate the real chambers.
 572   // Returns the pointer to the new hit for reconstruction,
 573   // or NULL in case of inefficiency or non tracking chamber or bad radius.
 574   // No condition on at most 20 cm from a muon from a resonance
 575   // like in Fortran TRACKF_STAT.
 576   AliMUONHitForRec* hitForRec;
 577   Double_t bendCoor, nonBendCoor, radius;
 578   Int_t chamber = AliMUONConstants::ChamberNumber(Hit->Z()); // chamber(0...)
 579   if (chamber < 0) return NULL;
 580   // only in tracking chambers (fChamber starts at 1)
 581   if (chamber >= AliMUONConstants::NTrackingCh()) return NULL;
 582   // only if hit is efficient (keep track for checking ????)
 583   if (gRandom->Rndm() > fEfficiency) return NULL;
 584   // only if radius between RMin and RMax
 585   bendCoor = Hit->Y();
 586   nonBendCoor = Hit->X();
 587   radius = TMath::Sqrt((bendCoor * bendCoor) + (nonBendCoor * nonBendCoor));
 588   // This cut is not needed with a realistic chamber geometry !!!!
 589 //   if ((radius < fRMin[chamber]) || (radius > fRMax[chamber])) return NULL;
 590   // new AliMUONHitForRec from track ref. hit and increment number of AliMUONHitForRec's
 591   hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(Hit);
 592   fNHitsForRec++;
 593   // add smearing from resolution
 594   hitForRec->SetBendingCoor(bendCoor + gRandom->Gaus(0., fBendingResolution));
 595   hitForRec->SetNonBendingCoor(nonBendCoor
 596                                + gRandom->Gaus(0., fNonBendingResolution));
 597 //   // !!!! without smearing
 598 //   hitForRec->SetBendingCoor(bendCoor);
 599 //   hitForRec->SetNonBendingCoor(nonBendCoor);
 600   // more information into HitForRec
 601   //  resolution: angular effect to be added here ????
 602   hitForRec->SetBendingReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
 603   hitForRec->SetNonBendingReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
 604   //   track ref. info
 605   hitForRec->SetTTRTrack(TrackNumber);
 606   hitForRec->SetTrackRefSignal(Signal);
 607   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel()> 1) {
 608     AliDebug(2,Form("Track: %d", TrackNumber));
 609     Hit->Dump();
 610     cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 611     hitForRec->Dump();
 612   }
 613   return hitForRec;
 614 }
 615   //__________________________________________________________________________
 616 TClonesArray* AliMUONEventReconstructor::CleanTrackRefs(TTree *treeTR)
 617 {
 618   // Make hits from track ref..
 619   // Re-calculate hits parameters because two AliTrackReferences are recorded for
 620   // each chamber (one when particle is entering + one when particle is leaving
 621   // the sensitive volume)
 622
 623   AliTrackReference *trackReference;
 624   Float_t x1, y1, z1, pX1, pY1, pZ1;
 625   Float_t x2, y2, z2, pX2, pY2, pZ2;
 626   Int_t track1, track2;
 627   Int_t nRec = 0;
 628   Float_t maxGasGap = 1.; // cm
 629   Int_t iHit1 = 0;
 630   Int_t iHitMin = 0;
 631
 632   AliTrackReference *trackReferenceNew = new AliTrackReference();
 633
 634   TClonesArray* trackRefs = new TClonesArray("AliTrackReference", 10);
 635   TClonesArray* cleanTrackRefs = new TClonesArray("AliTrackReference", 10);
 636
 637   if (treeTR == NULL) return NULL;
 638   TBranch* branch = treeTR->GetBranch("MUON");
 639   if (branch == NULL) return NULL;
 640   branch->SetAddress(&trackRefs);
 641
 642   Int_t nTrack = (Int_t)treeTR->GetEntries();
 643   for (Int_t iTrack  = 0; iTrack < nTrack; iTrack++) {
 644     treeTR->GetEntry(iTrack);
 645     iHitMin = 0;
 646     iHit1 = 0;
 647     while (iHit1 < trackRefs->GetEntries()) {
 648       trackReference = (AliTrackReference*)trackRefs->At(iHit1);
 649       x1 = trackReference->X();
 650       y1 = trackReference->Y();
 651       z1 = trackReference->Z();
 652       pX1 = trackReference->Px();
 653       pY1 = trackReference->Py();
 654       pZ1 = trackReference->Pz();
 655       track1 = trackReference->GetTrack();
 656       nRec = 1;
 657       iHitMin = iHit1+1;
 658       for (Int_t iHit2 = iHit1+1; iHit2 < trackRefs->GetEntries(); iHit2++) {
 659         trackReference = (AliTrackReference*)trackRefs->At(iHit2);
 660         x2 = trackReference->X();
 661         y2 = trackReference->Y();
 662         z2 = trackReference->Z();
 663         pX2 = trackReference->Px();
 664         pY2 = trackReference->Py();
 665         pZ2 = trackReference->Pz();
 666         track2 = trackReference->GetTrack();
 667         if (track2 == track1 && TMath::Abs(z2-z1) < maxGasGap ) {
 668           nRec++;
 669           x1 += x2;
 670           y1 += y2;
 671           z1 += z2;
 672           pX1 += pX2;
 673           pY1 += pY2;
 674           pZ1 += pZ2;
 675           iHitMin = iHit2+1;
 676         }
 677
 678       } // for iHit2
 679       x1 /= (Float_t)nRec;
 680       y1 /= (Float_t)nRec;
 681       z1 /= (Float_t)nRec;
 682       pX1 /= (Float_t)nRec;
 683       pY1 /= (Float_t)nRec;
 684       pZ1 /= (Float_t)nRec;
 685       trackReferenceNew->SetPosition(x1,y1,z1);
 686       trackReferenceNew->SetMomentum(pX1,pY1,pZ1);
 687       trackReferenceNew->SetTrack(track1);
 688       {new ((*cleanTrackRefs)[cleanTrackRefs->GetEntriesFast()]) AliTrackReference(*trackReferenceNew);}
 689       iHit1 = iHitMin;
 690     } // while iHit1
 691   } // for track
 692
 693   trackRefs->Delete();
 694   delete trackRefs;
 695   delete trackReferenceNew;
 696   return cleanTrackRefs;
 697
 698 }
 699   //__________________________________________________________________________
 700 void AliMUONEventReconstructor::SortHitsForRecWithIncreasingChamber()
 701 {
 702   // Sort HitsForRec's in increasing order with respect to chamber number.
 703   // Uses the function "Compare".
 704   // Update the information for HitsForRec per chamber too.
 705   Int_t ch, nhits, prevch;
 706   fHitsForRecPtr->Sort();
 707   for (ch = 0; ch < AliMUONConstants::NTrackingCh(); ch++) {
 708     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 709     fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 710   }
 711   prevch = 0; // previous chamber
 712   nhits = 0; // number of hits in current chamber
 713   // Loop over HitsForRec
 714   for (Int_t hit = 0; hit < fNHitsForRec; hit++) {
 715     // chamber number (0...)
 716     ch = ((AliMUONHitForRec*)  ((*fHitsForRecPtr)[hit]))->GetChamberNumber();
 717     // increment number of hits in current chamber
 718     (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 719     // update index of first HitForRec in current chamber
 720     // if chamber number different from previous one
 721     if (ch != prevch) {
 722       fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = hit;
 723       prevch = ch;
 724     }
 725   }
 726   return;
 727 }
 728
 729   //__________________________________________________________________________
 730 void AliMUONEventReconstructor::AddHitsForRecFromRawClusters(TTree* TR)
 731 {
 732   // To add to the list of hits for reconstruction all the raw clusters
 733   // No condition added, like in Fortran TRACKF_STAT,
 734   // on the radius between RMin and RMax.
 735   AliMUONHitForRec *hitForRec;
 736   AliMUONRawCluster *clus;
 737   Int_t iclus, nclus, nTRentries;
 738   TClonesArray *rawclusters;
 739   AliDebug(1,"Enter AddHitsForRecFromRawClusters");
 740
 741   nTRentries = Int_t(TR->GetEntries());
 742   if (nTRentries != 1) {
 743     AliError(Form("nTRentries = %d not equal to 1 ",nTRentries));
 744     exit(0);
 745   }
 746   fLoader->TreeR()->GetEvent(0); // only one entry
 747
 748   // Loop over tracking chambers
 749   for (Int_t ch = 0; ch < AliMUONConstants::NTrackingCh(); ch++) {
 750     // number of HitsForRec to 0 for the chamber
 751     fNHitsForRecPerChamber[ch] = 0;
 752     // index of first HitForRec for the chamber
 753     if (ch == 0) fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = 0;
 754     else fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] = fNHitsForRec;
 755     rawclusters =fMUONData->RawClusters(ch);
 756 //     pMUON->ResetRawClusters();
 757 //     TR->GetEvent((Int_t) (TR->GetEntries()) - 1); // to be checked ????
 758     nclus = (Int_t) (rawclusters->GetEntries());
 759     // Loop over (cathode correlated) raw clusters
 760     for (iclus = 0; iclus < nclus; iclus++) {
 761       clus = (AliMUONRawCluster*) rawclusters->UncheckedAt(iclus);
 762       // new AliMUONHitForRec from raw cluster
 763       // and increment number of AliMUONHitForRec's (total and in chamber)
 764       hitForRec = new ((*fHitsForRecPtr)[fNHitsForRec]) AliMUONHitForRec(clus);
 765       fNHitsForRec++;
 766       (fNHitsForRecPerChamber[ch])++;
 767       // more information into HitForRec
 768       //  resolution: info should be already in raw cluster and taken from it ????
 769       hitForRec->SetBendingReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
 770       hitForRec->SetNonBendingReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
 771       //  original raw cluster
 772       hitForRec->SetChamberNumber(ch);
 773       hitForRec->SetHitNumber(iclus);
 774       // Z coordinate of the raw cluster (cm)
 775       hitForRec->SetZ(clus->GetZ(0));
 776       if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 1) {
 777         cout << "chamber (0...): " << ch <<
 778           " raw cluster (0...): " << iclus << endl;
 779         clus->Dump();
 780         cout << "AliMUONHitForRec number (1...): " << fNHitsForRec << endl;
 781         hitForRec->Dump();}
 782     } // end of cluster loop
 783   } // end of chamber loop
 784   SortHitsForRecWithIncreasingChamber(); //AZ
 785   return;
 786 }
 787
 788   //__________________________________________________________________________
 789 void AliMUONEventReconstructor::MakeSegments(void)
 790 {
 791   // To make the list of segments in all stations,
 792   // from the list of hits to be reconstructed
 793   AliDebug(1,"Enter MakeSegments");
 794   ResetSegments();
 795   // Loop over stations
 796   Int_t nb = (fTrackMethod == 2) ? 3 : 0; //AZ
 797   //AZ for (Int_t st = 0; st < fgkMaxMuonTrackingStations; st++)
 798   for (Int_t st = nb; st < AliMUONConstants::NTrackingCh()/2; st++) //AZ
 799     MakeSegmentsPerStation(st);
 800   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 1) {
 801     cout << "end of MakeSegments" << endl;
 802     for (Int_t st = 0; st < AliMUONConstants::NTrackingCh()/2; st++) {
 803       cout << "station(0...): " << st
 804            << "  Segments: " << fNSegments[st]
 805            << endl;
 806       for (Int_t seg = 0;
 807            seg < fNSegments[st];
 808            seg++) {
 809         cout << "Segment index(0...): " << seg << endl;
 810         ((*fSegmentsPtr[st])[seg])->Dump();
 811       }
 812     }
 813   }
 814   return;
 815 }
 816
 817   //__________________________________________________________________________
 818 void AliMUONEventReconstructor::MakeSegmentsPerStation(Int_t Station)
 819 {
 820   // To make the list of segments in station number "Station" (0...)
 821   // from the list of hits to be reconstructed.
 822   // Updates "fNSegments"[Station].
 823   // Segments in stations 4 and 5 are sorted
 824   // according to increasing absolute value of "impact parameter"
 825   AliMUONHitForRec *hit1Ptr, *hit2Ptr;
 826   AliMUONSegment *segment;
 827   Bool_t last2st;
 828   Double_t bendingSlope, distBend, distNonBend, extBendCoor, extNonBendCoor,
 829       impactParam = 0., maxImpactParam = 0., minImpactParam = 0.; // =0 to avoid compilation warnings.
 830   AliDebug(1,Form("Enter MakeSegmentsPerStation (0...) %d",Station));
 831   // first and second chambers (0...) in the station
 832   Int_t ch1 = 2 * Station;
 833   Int_t ch2 = ch1 + 1;
 834   // variable true for stations downstream of the dipole:
 835   // Station(0..4) equal to 3 or 4
 836   if ((Station == 3) || (Station == 4)) {
 837     last2st = kTRUE;
 838     // maximum impact parameter (cm) according to fMinBendingMomentum...
 839     maxImpactParam =
 840       TMath::Abs(GetImpactParamFromBendingMomentum(fMinBendingMomentum));
 841     // minimum impact parameter (cm) according to fMaxBendingMomentum...
 842     minImpactParam =
 843       TMath::Abs(GetImpactParamFromBendingMomentum(fMaxBendingMomentum));
 844   }
 845   else last2st = kFALSE;
 846   // extrapolation factor from Z of first chamber to Z of second chamber
 847   // dZ to be changed to take into account fine structure of chambers ????
 848   Double_t extrapFact;
 849   // index for current segment
 850   Int_t segmentIndex = 0;
 851   // Loop over HitsForRec in the first chamber of the station
 852   for (Int_t hit1 = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch1];
 853        hit1 < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch1] + fNHitsForRecPerChamber[ch1];
 854        hit1++) {
 855     // pointer to the HitForRec
 856     hit1Ptr = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[hit1]);
 857     // extrapolation,
 858     // on the straight line joining the HitForRec to the vertex (0,0,0),
 859     // to the Z of the second chamber of the station
 860     // Loop over HitsForRec in the second chamber of the station
 861     for (Int_t hit2 = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch2];
 862          hit2 < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch2] + fNHitsForRecPerChamber[ch2];
 863          hit2++) {
 864       // pointer to the HitForRec
 865       hit2Ptr = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[hit2]);
 866       // absolute values of distances, in bending and non bending planes,
 867       // between the HitForRec in the second chamber
 868       // and the previous extrapolation
 869       extrapFact = hit2Ptr->GetZ()/ hit1Ptr->GetZ();
 870       extBendCoor = extrapFact * hit1Ptr->GetBendingCoor();
 871       extNonBendCoor = extrapFact * hit1Ptr->GetNonBendingCoor();
 872       distBend = TMath::Abs(hit2Ptr->GetBendingCoor() - extBendCoor);
 873       distNonBend = TMath::Abs(hit2Ptr->GetNonBendingCoor() - extNonBendCoor);
 874       if (last2st) {
 875         // bending slope
 876         bendingSlope = (hit1Ptr->GetBendingCoor() - hit2Ptr->GetBendingCoor()) /
 877           (hit1Ptr->GetZ() - hit2Ptr->GetZ());
 878         // absolute value of impact parameter
 879         impactParam =
 880           TMath::Abs(hit1Ptr->GetBendingCoor() - hit1Ptr->GetZ() * bendingSlope);
 881       }
 882       // check for distances not too large,
 883       // and impact parameter not too big if stations downstream of the dipole.
 884       // Conditions "distBend" and "impactParam" correlated for these stations ????
 885       if ((distBend < fSegmentMaxDistBending[Station]) &&
 886           (distNonBend < fSegmentMaxDistNonBending[Station]) &&
 887           (!last2st || (impactParam < maxImpactParam)) &&
 888           (!last2st || (impactParam > minImpactParam))) {
 889         // make new segment
 890         segment = new ((*fSegmentsPtr[Station])[segmentIndex])
 891           AliMUONSegment(hit1Ptr, hit2Ptr);
 892         // update "link" to this segment from the hit in the first chamber
 893         if (hit1Ptr->GetNSegments() == 0)
 894           hit1Ptr->SetIndexOfFirstSegment(segmentIndex);
 895         hit1Ptr->SetNSegments(hit1Ptr->GetNSegments() + 1);
 896         if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 1) {
 897           cout << "segmentIndex(0...): " << segmentIndex
 898                << "  distBend: " << distBend
 899                << "  distNonBend: " << distNonBend
 900                << endl;
 901           segment->Dump();
 902           cout << "HitForRec in first chamber" << endl;
 903           hit1Ptr->Dump();
 904           cout << "HitForRec in second chamber" << endl;
 905           hit2Ptr->Dump();
 906         };
 907         // increment index for current segment
 908         segmentIndex++;
 909       }
 910     } //for (Int_t hit2
 911   } // for (Int_t hit1...
 912   fNSegments[Station] = segmentIndex;
 913   // Sorting according to "impact parameter" if station(1..5) 4 or 5,
 914   // i.e. Station(0..4) 3 or 4, using the function "Compare".
 915   // After this sorting, it is impossible to use
 916   // the "fNSegments" and "fIndexOfFirstSegment"
 917   // of the HitForRec in the first chamber to explore all segments formed with it.
 918   // Is this sorting really needed ????
 919   if ((Station == 3) || (Station == 4)) (fSegmentsPtr[Station])->Sort();
 920   AliDebug(1,Form("Station: %d  NSegments:  %d ", Station, fNSegments[Station]));
 921   return;
 922 }
 923
 924   //__________________________________________________________________________
 925 void AliMUONEventReconstructor::MakeTracks(void)
 926 {
 927   // To make the tracks,
 928   // from the list of segments and points in all stations
 929   AliDebug(1,"Enter MakeTracks");
 930   // The order may be important for the following Reset's
 931   ResetTracks();
 932   ResetTrackHits();
 933   if (fTrackMethod == 2) { //AZ - Kalman filter
 934     MakeTrackCandidatesK();
 935     if (fRecTracksPtr->GetEntriesFast() == 0) return;
 936     // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
 937     FollowTracksK();
 938     // Remove double tracks
 939     RemoveDoubleTracksK();
 940     // Propagate tracks to the vertex thru absorber
 941     GoToVertex();
 942     // Fill AliMUONTrack data members
 943     FillMUONTrack();
 944   } else {
 945     // Look for candidates from at least 3 aligned points in stations(1..) 4 and 5
 946     MakeTrackCandidates();
 947     // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
 948     FollowTracks();
 949     // Remove double tracks
 950     RemoveDoubleTracks();
 951     UpdateTrackParamAtHit();
 952     UpdateHitForRecAtHit();
 953   }
 954   return;
 955 }
 956
 957   //__________________________________________________________________________
 958 void AliMUONEventReconstructor::ValidateTracksWithTrigger(void)
 959 {
 960   // Try to match track from tracking system with trigger track
 961   AliMUONTrack *track;
 962   TClonesArray *recTriggerTracks;
 963
 964   fMUONData->ResetRecTriggerTracks();
 965   fMUONData->SetTreeAddress("RL");
 966   fMUONData->GetRecTriggerTracks();
 967   recTriggerTracks = fMUONData->RecTriggerTracks();
 968
 969   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
 970   while (track) {
 971     track->MatchTriggerTrack(recTriggerTracks);
 972     track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track);
 973   }
 974
 975 }
 976
 977   //__________________________________________________________________________
 978 Bool_t AliMUONEventReconstructor::MakeTriggerTracks(void)
 979 {
 980     // To make the trigger tracks from Local Trigger
 981   AliDebug(1, "Enter MakeTriggerTracks");
 982     //    ResetTriggerTracks();
 983
 984     Int_t nTRentries;
 985     Long_t gloTrigPat;
 986     TClonesArray *localTrigger;
 987     TClonesArray *globalTrigger;
 988     AliMUONLocalTrigger *locTrg;
 989     AliMUONGlobalTrigger *gloTrg;
 990     AliMUONTriggerCircuit *circuit;
 991     AliMUONTriggerTrack *recTriggerTrack = 0;
 992
 993     TTree* treeR = fLoader->TreeR();
 994
 995     // Loading MUON subsystem
 996     AliMUON * pMUON = (AliMUON *) gAlice->GetDetector("MUON");
 997
 998     nTRentries = Int_t(treeR->GetEntries());
 999
1000     treeR->GetEvent(0); // only one entry
1001
1002     if (!(fMUONData->IsTriggerBranchesInTree())) {
1003       AliWarning(Form("Trigger information is not avalaible, nTRentries = %d not equal to 1",nTRentries));
1004       return kFALSE;
1005     }
1006
1007     fMUONData->SetTreeAddress("TC");
1008     fMUONData->GetTrigger();
1009
1010     // global trigger for trigger pattern
1011     gloTrigPat = 0;
1012     globalTrigger = fMUONData->GlobalTrigger();
1013     gloTrg = (AliMUONGlobalTrigger*)globalTrigger->UncheckedAt(0);
1014     if (gloTrg) {
1015       if (gloTrg->SinglePlusLpt())  gloTrigPat|= 0x1;
1016       if (gloTrg->SinglePlusHpt())  gloTrigPat|= 0x2;
1017       if (gloTrg->SinglePlusApt())  gloTrigPat|= 0x4;
1018
1019       if (gloTrg->SingleMinusLpt()) gloTrigPat|= 0x8;
1020       if (gloTrg->SingleMinusHpt()) gloTrigPat|= 0x10;
1021       if (gloTrg->SingleMinusApt()) gloTrigPat|= 0x20;
1022
1023       if (gloTrg->SingleUndefLpt()) gloTrigPat|= 0x40;
1024       if (gloTrg->SingleUndefHpt()) gloTrigPat|= 0x80;
1025       if (gloTrg->SingleUndefApt()) gloTrigPat|= 0x100;
1026
1027       if (gloTrg->PairUnlikeLpt())  gloTrigPat|= 0x200;
1028       if (gloTrg->PairUnlikeHpt())  gloTrigPat|= 0x400;
1029       if (gloTrg->PairUnlikeApt())  gloTrigPat|= 0x800;
1030
1031       if (gloTrg->PairLikeLpt())    gloTrigPat|= 0x1000;
1032       if (gloTrg->PairLikeHpt())    gloTrigPat|= 0x2000;
1033       if (gloTrg->PairLikeApt())    gloTrigPat|= 0x4000;
1034     }
1035
1036     // local trigger for tracking
1037     localTrigger = fMUONData->LocalTrigger();
1038     Int_t nlocals = (Int_t) (localTrigger->GetEntries());
1039
1040     Float_t z11 = AliMUONConstants::DefaultChamberZ(10);
1041     Float_t z21 = AliMUONConstants::DefaultChamberZ(12);
1042
1043     for (Int_t i=0; i<nlocals; i++) { // loop on Local Trigger
1044       locTrg = (AliMUONLocalTrigger*)localTrigger->UncheckedAt(i);
1045       circuit = &(pMUON->TriggerCircuit(locTrg->LoCircuit()));
1046       Float_t y11 = circuit->GetY11Pos(locTrg->LoStripX());
1047       Int_t stripX21 = locTrg->LoStripX()+locTrg->LoDev()+1;
1048       Float_t y21 = circuit->GetY21Pos(stripX21);
1049       Float_t x11 = circuit->GetX11Pos(locTrg->LoStripY());
1050       Float_t thetax = TMath::ATan2( x11 , z11 );
1051       Float_t thetay = TMath::ATan2( (y21-y11) , (z21-z11) );
1052
1053       recTriggerTrack = new AliMUONTriggerTrack(x11,y11,thetax,thetay,gloTrigPat);
1054       // since static statement does not work, set gloTrigPat for each track
1055
1056       fMUONData->AddRecTriggerTrack(*recTriggerTrack);
1057     } // end of loop on Local Trigger
1058     return kTRUE;
1059 }
1060
1061   //__________________________________________________________________________
1062 Int_t AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesWithTwoSegments(AliMUONSegment *BegSegment)
1063 {
1064   // To make track candidates with two segments in stations(1..) 4 and 5,
1065   // the first segment being pointed to by "BegSegment".
1066   // Returns the number of such track candidates.
1067   Int_t endStation, iEndSegment, nbCan2Seg;
1068   AliMUONSegment *endSegment;
1069   AliMUONSegment *extrapSegment = NULL;
1070   AliMUONTrack *recTrack;
1071   Double_t mcsFactor;
1072   AliDebug(1,"Enter MakeTrackCandidatesWithTwoSegments");
1073   // Station for the end segment
1074   endStation = 7 - (BegSegment->GetHitForRec1())->GetChamberNumber() / 2;
1075   // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1076   mcsFactor = 0.0136 /
1077     GetBendingMomentumFromImpactParam(BegSegment->GetBendingImpact());
1078   mcsFactor     = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1079   // linear extrapolation to end station
1080   // number of candidates with 2 segments to 0
1081   nbCan2Seg = 0;
1082   // Loop over segments in the end station
1083   for (iEndSegment = 0; iEndSegment < fNSegments[endStation]; iEndSegment++) {
1084     // pointer to segment
1085     endSegment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[endStation])[iEndSegment]);
1086     // test compatibility between current segment and "extrapSegment"
1087     // 4 because 4 quantities in chi2
1088     extrapSegment =
1089       BegSegment->CreateSegmentFromLinearExtrapToStation(endSegment->GetZ(), mcsFactor);
1090     if ((endSegment->
1091          NormalizedChi2WithSegment(extrapSegment,
1092                                    fMaxSigma2Distance)) <= 4.0) {
1093       // both segments compatible:
1094       // make track candidate from "begSegment" and "endSegment"
1095       AliDebug(2,Form("TrackCandidate with Segment %d in Station(0..) %d", iEndSegment, endStation));
1096       // flag for both segments in one track:
1097       // to be done in track constructor ????
1098       BegSegment->SetInTrack(kTRUE);
1099       endSegment->SetInTrack(kTRUE);
1100       recTrack = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks])
1101         AliMUONTrack(BegSegment, endSegment, this);
1102       fNRecTracks++;
1103       if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 1) recTrack->RecursiveDump();
1104       // increment number of track candidates with 2 segments
1105       nbCan2Seg++;
1106     }
1107     delete extrapSegment; // should not delete HitForRec's it points to !!!!
1108   } // for (iEndSegment = 0;...
1109   return nbCan2Seg;
1110 }
1111
1112   //__________________________________________________________________________
1113 Int_t AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint(AliMUONSegment *BegSegment)
1114 {
1115   // To make track candidates with one segment and one point
1116   // in stations(1..) 4 and 5,
1117   // the segment being pointed to by "BegSegment".
1118   Int_t ch, ch1, ch2, endStation, iHit, iHitMax, iHitMin, nbCan1Seg1Hit;
1119   AliMUONHitForRec *extrapHitForRec= NULL;
1120   AliMUONHitForRec *hit;
1121   AliMUONTrack *recTrack;
1122   Double_t mcsFactor;
1123   AliDebug(1,"Enter MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint");
1124   // station for the end point
1125   endStation = 7 - (BegSegment->GetHitForRec1())->GetChamberNumber() / 2;
1126   // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1127   mcsFactor = 0.0136 /
1128     GetBendingMomentumFromImpactParam(BegSegment->GetBendingImpact());
1129   mcsFactor     = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1130   // first and second chambers(0..) in the end station
1131   ch1 = 2 * endStation;
1132   ch2 = ch1 + 1;
1133   // number of candidates to 0
1134   nbCan1Seg1Hit = 0;
1135   // Loop over chambers of the end station
1136   for (ch = ch2; ch >= ch1; ch--) {
1137     // limits for the hit index in the loop
1138     iHitMin = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
1139     iHitMax = iHitMin + fNHitsForRecPerChamber[ch];
1140     // Loop over HitForRec's in the chamber
1141     for (iHit = iHitMin; iHit < iHitMax; iHit++) {
1142       // pointer to HitForRec
1143       hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[iHit]);
1144       // test compatibility between current HitForRec and "extrapHitForRec"
1145       // 2 because 2 quantities in chi2
1146       // linear extrapolation to chamber
1147       extrapHitForRec =
1148         BegSegment->CreateHitForRecFromLinearExtrapToChamber( hit->GetZ(), mcsFactor);
1149       if ((hit->
1150            NormalizedChi2WithHitForRec(extrapHitForRec,
1151                                        fMaxSigma2Distance)) <= 2.0) {
1152         // both HitForRec's compatible:
1153         // make track candidate from begSegment and current HitForRec
1154         AliDebug(2, Form("TrackCandidate with HitForRec  %d in Chamber(0..) %d", iHit, ch));
1155         // flag for beginning segments in one track:
1156         // to be done in track constructor ????
1157         BegSegment->SetInTrack(kTRUE);
1158         recTrack = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks])
1159           AliMUONTrack(BegSegment, hit, this);
1160         // the right place to eliminate "double counting" ???? how ????
1161         fNRecTracks++;
1162         if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 1) recTrack->RecursiveDump();
1163         // increment number of track candidates
1164         nbCan1Seg1Hit++;
1165       }
1166       delete extrapHitForRec;
1167     } // for (iHit = iHitMin;...
1168   } // for (ch = ch2;...
1169   return nbCan1Seg1Hit;
1170 }
1171
1172   //__________________________________________________________________________
1173 void AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidates(void)
1174 {
1175   // To make track candidates
1176   // with at least 3 aligned points in stations(1..) 4 and 5
1177   // (two Segment's or one Segment and one HitForRec)
1178   Int_t begStation, iBegSegment, nbCan1Seg1Hit, nbCan2Seg;
1179   AliMUONSegment *begSegment;
1180   AliDebug(1,"Enter MakeTrackCandidates");
1181   // Loop over stations(1..) 5 and 4 for the beginning segment
1182   for (begStation = 4; begStation > 2; begStation--) {
1183     // Loop over segments in the beginning station
1184     for (iBegSegment = 0; iBegSegment < fNSegments[begStation]; iBegSegment++) {
1185       // pointer to segment
1186       begSegment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[begStation])[iBegSegment]);
1187       AliDebug(2,Form("Look for TrackCandidate's with Segment %d  in Station(0..) %d", iBegSegment, begStation));
1188       // Look for track candidates with two segments,
1189       // "begSegment" and all compatible segments in other station.
1190       // Only for beginning station(1..) 5
1191       // because candidates with 2 segments have to looked for only once.
1192       if (begStation == 4)
1193         nbCan2Seg = MakeTrackCandidatesWithTwoSegments(begSegment);
1194       // Look for track candidates with one segment and one point,
1195       // "begSegment" and all compatible HitForRec's in other station.
1196       // Only if "begSegment" does not belong already to a track candidate.
1197       // Is that a too strong condition ????
1198       if (!(begSegment->GetInTrack()))
1199         nbCan1Seg1Hit = MakeTrackCandidatesWithOneSegmentAndOnePoint(begSegment);
1200     } // for (iBegSegment = 0;...
1201   } // for (begStation = 4;...
1202   return;
1203 }
1204
1205   //__________________________________________________________________________
1206 void AliMUONEventReconstructor::FollowTracks(void)
1207 {
1208   // Follow tracks in stations(1..) 3, 2 and 1
1209   // too long: should be made more modular !!!!
1210   AliMUONHitForRec *bestHit, *extrapHit, *hit;
1211   AliMUONSegment *bestSegment, *extrapSegment, *segment;
1212   AliMUONTrack *track, *nextTrack;
1213   AliMUONTrackParam *trackParam1, trackParam[2], trackParamVertex;
1214   // -1 to avoid compilation warnings
1215   Int_t ch = -1, chInStation, chBestHit = -1, iHit, iSegment, station, trackIndex;
1216   Double_t bestChi2, chi2, dZ1, dZ2, dZ3, maxSigma2Distance, mcsFactor;
1217   Double_t bendingMomentum, chi2Norm = 0.;
1218   AliMUON *pMUON = (AliMUON*) gAlice->GetModule("MUON"); // necessary ????
1219   // local maxSigma2Distance, for easy increase in testing
1220   maxSigma2Distance = fMaxSigma2Distance;
1221   AliDebug(2,"Enter FollowTracks");
1222   // Loop over track candidates
1223   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1224   trackIndex = -1;
1225   while (track) {
1226     // Follow function for each track candidate ????
1227     trackIndex++;
1228     nextTrack = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track); // prepare next track
1229     AliDebug(2,Form("FollowTracks: track candidate(0..): %d", trackIndex));
1230     // Fit track candidate
1231     track->SetFitMCS(0); // without multiple Coulomb scattering
1232     track->SetFitNParam(3); // with 3 parameters (X = Y = 0)
1233     track->SetFitStart(0); // from parameters at vertex
1234     track->Fit();
1235     if (AliLog::GetGlobalDebugLevel()> 2) {
1236       cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1237            << " after fit in stations(0..) 3 and 4" << endl;
1238       track->RecursiveDump();
1239     }
1240     // Loop over stations(1..) 3, 2 and 1
1241     // something SPECIAL for stations 2 and 1 for majority 3 coincidence ????
1242     // otherwise: majority coincidence 2 !!!!
1243     for (station = 2; station >= 0; station--) {
1244       // Track parameters at first track hit (smallest Z)
1245       trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1246                      (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1247       // extrapolation to station
1248       trackParam1->ExtrapToStation(station, trackParam);
1249       extrapSegment = new AliMUONSegment(); //  empty segment
1250       // multiple scattering factor corresponding to one chamber
1251       // and momentum in bending plane (not total)
1252       mcsFactor = 0.0136 * trackParam1->GetInverseBendingMomentum();
1253       mcsFactor = fChamberThicknessInX0 * mcsFactor * mcsFactor;
1254       // Z difference from previous station
1255       dZ1 = (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z() -
1256         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 2)))->Z();
1257       // Z difference between the two previous stations
1258       dZ2 = (&(pMUON->Chamber(2 * station + 2)))->Z() -
1259         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 4)))->Z();
1260       // Z difference between the two chambers in the previous station
1261       dZ3 = (&(pMUON->Chamber(2 * station)))->Z() -
1262         (&(pMUON->Chamber(2 * station + 1)))->Z();
1263       extrapSegment->SetBendingCoorReso2(fBendingResolution * fBendingResolution);
1264       extrapSegment->
1265         SetNonBendingCoorReso2(fNonBendingResolution * fNonBendingResolution);
1266       extrapSegment->UpdateFromStationTrackParam
1267         (trackParam, mcsFactor, dZ1, dZ2, dZ3, station,
1268          trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1269       bestChi2 = 5.0;
1270       bestSegment = NULL;
1271       if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 2) {
1272         cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1273              << " Look for segment in station(0..): " << station << endl;
1274       }
1275       // Loop over segments in station
1276       for (iSegment = 0; iSegment < fNSegments[station]; iSegment++) {
1277         // Look for best compatible Segment in station
1278         // should consider all possibilities ????
1279         // multiple scattering ????
1280         // separation in 2 functions: Segment and HitForRec ????
1281         segment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[station])[iSegment]);
1282         // correction of corrected segment (fBendingCoor and fNonBendingCoor)
1283         // according to real Z value of "segment" and slopes of "extrapSegment"
1284         (&(trackParam[0]))->ExtrapToZ(segment->GetZ());
1285         (&(trackParam[1]))->ExtrapToZ(segment->GetZ());
1286         extrapSegment->SetBendingCoor((&(trackParam[0]))->GetBendingCoor());
1287         extrapSegment->SetNonBendingCoor((&(trackParam[0]))->GetNonBendingCoor());
1288         extrapSegment->SetBendingSlope((&(trackParam[0]))->GetBendingSlope());
1289         extrapSegment->SetNonBendingSlope((&(trackParam[0]))->GetNonBendingSlope());
1290         chi2 = segment->
1291           NormalizedChi2WithSegment(extrapSegment, maxSigma2Distance);
1292         if (chi2 < bestChi2) {
1293           // update best Chi2 and Segment if better found
1294           bestSegment = segment;
1295           bestChi2 = chi2;
1296         }
1297       }
1298       if (bestSegment) {
1299         // best segment found: add it to track candidate
1300         (&(trackParam[0]))->ExtrapToZ(bestSegment->GetZ());
1301         (&(trackParam[1]))->ExtrapToZ(bestSegment->GetZ());
1302         track->AddSegment(bestSegment);
1303         // set track parameters at these two TrakHit's
1304         track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 2, &(trackParam[0]));
1305         track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 1, &(trackParam[1]));
1306         AliDebug(3, Form("FollowTracks: track candidate(0..): %d  Added segment in station(0..): %d", trackIndex, station));
1307         if (AliLog::GetGlobalDebugLevel()>2) track->RecursiveDump();
1308       }
1309       else {
1310         // No best segment found:
1311         // Look for best compatible HitForRec in station:
1312         // should consider all possibilities ????
1313         // multiple scattering ???? do about like for extrapSegment !!!!
1314         extrapHit = new AliMUONHitForRec(); //  empty hit
1315         bestChi2 = 3.0;
1316         bestHit = NULL;
1317         AliDebug(3, Form("FollowTracks: track candidate(0..): %d Segment not found, look for hit in station(0..): %d ",
1318                          trackIndex, station));
1319
1320         // Loop over chambers of the station
1321         for (chInStation = 0; chInStation < 2; chInStation++) {
1322           ch = 2 * station + chInStation;
1323           for (iHit = fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch];
1324                iHit < fIndexOfFirstHitForRecPerChamber[ch] +
1325                  fNHitsForRecPerChamber[ch];
1326                iHit++) {
1327             hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[iHit]);
1328             // coordinates of extrapolated hit
1329             (&(trackParam[chInStation]))->ExtrapToZ(hit->GetZ());
1330             extrapHit->
1331               SetBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetBendingCoor());
1332             extrapHit->
1333               SetNonBendingCoor((&(trackParam[chInStation]))->GetNonBendingCoor());
1334             // resolutions from "extrapSegment"
1335             extrapHit->SetBendingReso2(extrapSegment->GetBendingCoorReso2());
1336             extrapHit->SetNonBendingReso2(extrapSegment->GetNonBendingCoorReso2());
1337             // Loop over hits in the chamber
1338             // condition for hit not already in segment ????
1339             chi2 = hit->NormalizedChi2WithHitForRec(extrapHit, maxSigma2Distance);
1340             if (chi2 < bestChi2) {
1341               // update best Chi2 and HitForRec if better found
1342               bestHit = hit;
1343               bestChi2 = chi2;
1344               chBestHit = chInStation;
1345             }
1346           }
1347         }
1348         if (bestHit) {
1349           // best hit found: add it to track candidate
1350           (&(trackParam[chBestHit]))->ExtrapToZ(bestHit->GetZ());
1351           track->AddHitForRec(bestHit);
1352           // set track parameters at this TrackHit
1353           track->SetTrackParamAtHit(track->GetNTrackHits() - 1,
1354                                     &(trackParam[chBestHit]));
1355           if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 2) {
1356             cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1357                  << " Added hit in station(0..): " << station << endl;
1358             track->RecursiveDump();
1359           }
1360         }
1361         else {
1362           // Remove current track candidate
1363           // and corresponding TrackHit's, ...
1364           track->Remove();
1365           delete extrapSegment;
1366           delete extrapHit;
1367           break; // stop the search for this candidate:
1368           // exit from the loop over station
1369         }
1370         delete extrapHit;
1371       }
1372       delete extrapSegment;
1373       // Sort track hits according to increasing Z
1374       track->GetTrackHitsPtr()->Sort();
1375       // Update track parameters at first track hit (smallest Z)
1376       trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1377                      (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1378       bendingMomentum = 0.;
1379       if (TMath::Abs(trackParam1->GetInverseBendingMomentum()) > 0.)
1380         bendingMomentum = TMath::Abs(1/(trackParam1->GetInverseBendingMomentum()));
1381       // Track removed if bendingMomentum not in window [min, max]
1382       if ((bendingMomentum < fMinBendingMomentum) || (bendingMomentum > fMaxBendingMomentum)) {
1383         track->Remove();
1384         break; // stop the search for this candidate:
1385         // exit from the loop over station
1386       }
1387       // Track fit
1388       // with multiple Coulomb scattering if all stations
1389       if (station == 0) track->SetFitMCS(1);
1390       // without multiple Coulomb scattering if not all stations
1391       else track->SetFitMCS(0);
1392       track->SetFitNParam(5);  // with 5 parameters (momentum and position)
1393       track->SetFitStart(1);  // from parameters at first hit
1394       track->Fit();
1395       Double_t numberOfDegFree = (2.0 * track->GetNTrackHits() - 5);
1396       if (numberOfDegFree > 0) {
1397         chi2Norm =  track->GetFitFMin() / numberOfDegFree;
1398       } else {
1399         chi2Norm = 1.e10;
1400       }
1401       // Track removed if normalized chi2 too high
1402       if (chi2Norm > fMaxChi2) {
1403         track->Remove();
1404         break; // stop the search for this candidate:
1405         // exit from the loop over station
1406       }
1407       if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 2) {
1408         cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1409              << " after fit from station(0..): " << station << " to 4" << endl;
1410         track->RecursiveDump();
1411       }
1412       // Track extrapolation to the vertex through the absorber (Branson)
1413       // after going through the first station
1414       if (station == 0) {
1415         trackParamVertex = *trackParam1;
1416         (&trackParamVertex)->ExtrapToVertex(0.,0.,0.);
1417         track->SetTrackParamAtVertex(&trackParamVertex);
1418         if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 0) {
1419           cout << "FollowTracks: track candidate(0..): " << trackIndex
1420                << " after extrapolation to vertex" << endl;
1421           track->RecursiveDump();
1422         }
1423       }
1424     } // for (station = 2;...
1425     // go really to next track
1426     track = nextTrack;
1427   } // while (track)
1428   // Compression of track array (necessary after Remove ????)
1429   fRecTracksPtr->Compress();
1430   return;
1431 }
1432
1433   //__________________________________________________________________________
1434 void AliMUONEventReconstructor::RemoveDoubleTracks(void)
1435 {
1436   // To remove double tracks.
1437   // Tracks are considered identical
1438   // if they have at least half of their hits in common.
1439   // Among two identical tracks, one keeps the track with the larger number of hits
1440   // or, if these numbers are equal, the track with the minimum Chi2.
1441   AliMUONTrack *track1, *track2, *trackToRemove;
1442   Bool_t identicalTracks;
1443   Int_t hitsInCommon, nHits1, nHits2;
1444   identicalTracks = kTRUE;
1445   while (identicalTracks) {
1446     identicalTracks = kFALSE;
1447     // Loop over first track of the pair
1448     track1 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1449     while (track1 && (!identicalTracks)) {
1450       nHits1 = track1->GetNTrackHits();
1451       // Loop over second track of the pair
1452       track2 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track1);
1453       while (track2 && (!identicalTracks)) {
1454         nHits2 = track2->GetNTrackHits();
1455         // number of hits in common between two tracks
1456         hitsInCommon = track1->HitsInCommon(track2);
1457         // check for identical tracks
1458         if ((4 * hitsInCommon) >= (nHits1 + nHits2)) {
1459           identicalTracks = kTRUE;
1460           // decide which track to remove
1461           if (nHits1 > nHits2) trackToRemove = track2;
1462           else if (nHits1 < nHits2) trackToRemove = track1;
1463           else if ((track1->GetFitFMin()) < (track2->GetFitFMin()))
1464             trackToRemove = track2;
1465           else trackToRemove = track1;
1466           // remove it
1467           trackToRemove->Remove();
1468         }
1469         track2 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track2);
1470       } // track2
1471       track1 = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track1);
1472     } // track1
1473   }
1474   return;
1475 }
1476
1477   //__________________________________________________________________________
1478 void AliMUONEventReconstructor::UpdateTrackParamAtHit()
1479 {
1480   // Set track parameters after track fitting. Fill fTrackParamAtHit of AliMUONTrack's
1481   AliMUONTrack *track;
1482   AliMUONTrackHit *trackHit;
1483   AliMUONTrackParam *trackParam;
1484   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1485   while (track) {
1486     trackHit = (AliMUONTrackHit*) (track->GetTrackHitsPtr())->First();
1487     while (trackHit) {
1488       trackParam = trackHit->GetTrackParam();
1489       track->AddTrackParamAtHit(trackParam);
1490       trackHit = (AliMUONTrackHit*) (track->GetTrackHitsPtr())->After(trackHit);
1491     } // trackHit
1492     track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track);
1493   } // track
1494   return;
1495 }
1496
1497   //__________________________________________________________________________
1498 void AliMUONEventReconstructor::UpdateHitForRecAtHit()
1499 {
1500   // Set cluster parameterss after track fitting. Fill fHitForRecAtHit of AliMUONTrack's
1501   AliMUONTrack *track;
1502   AliMUONTrackHit *trackHit;
1503   AliMUONHitForRec *hitForRec;
1504   track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->First();
1505   while (track) {
1506     trackHit = (AliMUONTrackHit*) (track->GetTrackHitsPtr())->First();
1507     while (trackHit) {
1508       hitForRec = trackHit->GetHitForRecPtr();
1509       track->AddHitForRecAtHit(hitForRec);
1510       trackHit = (AliMUONTrackHit*) (track->GetTrackHitsPtr())->After(trackHit);
1511     } // trackHit
1512     track = (AliMUONTrack*) fRecTracksPtr->After(track);
1513   } // track
1514   return;
1515 }
1516
1517   //__________________________________________________________________________
1518 void AliMUONEventReconstructor::FillMUONTrack()
1519 {
1520   // Set track parameters at hits for Kalman track. Fill fTrackParamAtHit of AliMUONTrack's
1521   AliMUONTrackK *track;
1522   track = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->First();
1523   while (track) {
1524     track->FillMUONTrack();
1525     track = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track);
1526   }
1527   return;
1528 }
1529
1530   //__________________________________________________________________________
1531 void AliMUONEventReconstructor::EventDump(void)
1532 {
1533   // Dump reconstructed event (track parameters at vertex and at first hit),
1534   // and the particle parameters
1535
1536   AliMUONTrack *track;
1537   AliMUONTrackParam *trackParam, *trackParam1;
1538   Double_t bendingSlope, nonBendingSlope, pYZ;
1539   Double_t pX, pY, pZ, x, y, z, c;
1540   Int_t np, trackIndex, nTrackHits;
1541
1542   AliDebug(1,"****** enter EventDump ******");
1543   AliDebug(1, Form("Number of Reconstructed tracks : %d", fNRecTracks));
1544
1545   fRecTracksPtr->Compress(); // for simple loop without "Next" since no hole
1546   // Loop over reconstructed tracks
1547   for (trackIndex = 0; trackIndex < fNRecTracks; trackIndex++) {
1548     if (fTrackMethod != 1) continue; //AZ - skip the rest for now
1549     AliDebug(1, Form("track number: %d", trackIndex));
1550     // function for each track for modularity ????
1551     track = (AliMUONTrack*) ((*fRecTracksPtr)[trackIndex]);
1552     nTrackHits = track->GetNTrackHits();
1553     AliDebug(1, Form("Number of track hits: %d ", nTrackHits));
1554     // track parameters at Vertex
1555     trackParam = track->GetTrackParamAtVertex();
1556     x = trackParam->GetNonBendingCoor();
1557     y = trackParam->GetBendingCoor();
1558     z = trackParam->GetZ();
1559     bendingSlope = trackParam->GetBendingSlope();
1560     nonBendingSlope = trackParam->GetNonBendingSlope();
1561     pYZ = 1/TMath::Abs(trackParam->GetInverseBendingMomentum());
1562     pZ = pYZ/TMath::Sqrt(1+bendingSlope*bendingSlope);
1563     pX = pZ * nonBendingSlope;
1564     pY = pZ * bendingSlope;
1565     c = TMath::Sign(1.0, trackParam->GetInverseBendingMomentum());
1566     AliDebug(1, Form("Track parameters at Vertex z= %f: X= %f Y= %f pX= %f pY= %f pZ= %f c= %f\n",
1567                      z, x, y, pX, pY, pZ, c));
1568
1569     // track parameters at first hit
1570     trackParam1 = ((AliMUONTrackHit*)
1571                    (track->GetTrackHitsPtr()->First()))->GetTrackParam();
1572     x = trackParam1->GetNonBendingCoor();
1573     y = trackParam1->GetBendingCoor();
1574     z = trackParam1->GetZ();
1575     bendingSlope = trackParam1->GetBendingSlope();
1576     nonBendingSlope = trackParam1->GetNonBendingSlope();
1577     pYZ = 1/TMath::Abs(trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1578     pZ = pYZ/TMath::Sqrt(1.0 + bendingSlope * bendingSlope);
1579     pX = pZ * nonBendingSlope;
1580     pY = pZ * bendingSlope;
1581     c = TMath::Sign(1.0, trackParam1->GetInverseBendingMomentum());
1582     AliDebug(1, Form("track parameters at z= %f: X= %f Y= %f pX= %f pY= %f pZ= %f c= %f\n",
1583                      z, x, y, pX, pY, pZ, c));
1584   }
1585   // informations about generated particles
1586   np = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
1587   printf(" **** number of generated particles: %d  \n", np);
1588
1589 //    for (Int_t iPart = 0; iPart < np; iPart++) {
1590 //      p = gAlice->Particle(iPart);
1591 //      printf(" particle %d: type= %d px= %f py= %f pz= %f pdg= %d\n",
1592 //         iPart, p->GetPdgCode(), p->Px(), p->Py(), p->Pz(), p->GetPdgCode());
1593 //    }
1594   return;
1595 }
1596
1597
1598 //__________________________________________________________________________
1599 void AliMUONEventReconstructor::EventDumpTrigger(void)
1600 {
1601   // Dump reconstructed trigger event
1602   // and the particle parameters
1603
1604   AliMUONTriggerTrack *triggertrack ;
1605   Int_t nTriggerTracks = fMUONData->RecTriggerTracks()->GetEntriesFast();
1606
1607   AliDebug(1, "****** enter EventDumpTrigger ******");
1608   AliDebug(1, Form("Number of Reconstructed tracks : %d ",  nTriggerTracks));
1609
1610   // Loop over reconstructed tracks
1611   for (Int_t trackIndex = 0; trackIndex < nTriggerTracks; trackIndex++) {
1612     triggertrack = (AliMUONTriggerTrack*)fMUONData->RecTriggerTracks()->At(trackIndex);
1613       printf(" trigger track number %i x11=%f y11=%f thetax=%f thetay=%f \n",
1614              trackIndex,
1615              triggertrack->GetX11(),triggertrack->GetY11(),
1616              triggertrack->GetThetax(),triggertrack->GetThetay());
1617   }
1618 }
1619
1620 //__________________________________________________________________________
1621 void AliMUONEventReconstructor::FillEvent()
1622 {
1623 // Create a new AliMUONRecoEvent, fill its track list, then add it as a
1624 // leaf in the Event branch of TreeRecoEvent tree
1625    cout << "Enter FillEvent() ...\n";
1626
1627    if (!fRecoEvent) {
1628       fRecoEvent = new AliMUONRecoEvent();
1629    } else {
1630       fRecoEvent->Clear();
1631    }
1632    //save current directory
1633    TDirectory *current =  gDirectory;
1634    if (!fTreeFile)  fTreeFile  = new TFile("tree_reco.root", "RECREATE");
1635    if (!fEventTree) fEventTree = new TTree("TreeRecoEvent", "MUON reconstructed events");
1636    //AZif (fRecoEvent->MakeDumpTracks(fRecTracksPtr)) {
1637    if (fRecoEvent->MakeDumpTracks(fMuons, fRecTracksPtr, this)) { //AZ
1638      if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() > 1) fRecoEvent->EventInfo();
1639       TBranch *branch = fEventTree->GetBranch("Event");
1640       if (!branch) branch = fEventTree->Branch("Event", "AliMUONRecoEvent", &fRecoEvent, 64000);
1641       branch->SetAutoDelete();
1642       fTreeFile->cd();
1643       fEventTree->Fill();
1644       fTreeFile->Write();
1645    }
1646    // restore directory
1647    current->cd();
1648 }
1649
1650 //__________________________________________________________________________
1651 void AliMUONEventReconstructor::MakeTrackCandidatesK(void)
1652 {
1653   // To make initial tracks for Kalman filter from the list of segments
1654   Int_t istat, iseg;
1655   AliMUONSegment *segment;
1656   AliMUONTrackK *trackK;
1657
1658   AliDebug(1,"Enter MakeTrackCandidatesK");
1659   // Reset the TClonesArray of reconstructed tracks
1660   if (fRecTracksPtr) fRecTracksPtr->Delete();
1661   // Delete in order that the Track destructors are called,
1662   // hence the space for the TClonesArray of pointers to TrackHit's is freed
1663   fNRecTracks = 0;
1664
1665   AliMUONTrackK a(this, fHitsForRecPtr); // bad idea ???
1666   // Loop over stations(1...) 5 and 4
1667   for (istat=4; istat>=3; istat--) {
1668     // Loop over segments in the station
1669     for (iseg=0; iseg<fNSegments[istat]; iseg++) {
1670       // Transform segments to tracks and evaluate covariance matrix
1671       segment = (AliMUONSegment*) ((*fSegmentsPtr[istat])[iseg]);
1672       trackK = new ((*fRecTracksPtr)[fNRecTracks]) AliMUONTrackK(segment);
1673       fNRecTracks++;
1674     } // for (iseg=0;...)
1675   } // for (istat=4;...)
1676   return;
1677 }
1678
1679 //__________________________________________________________________________
1680 void AliMUONEventReconstructor::FollowTracksK(void)
1681 {
1682   // Follow tracks using Kalman filter
1683   Bool_t ok;
1684   Int_t icand, ichamBeg = 0, ichamEnd, chamBits;
1685   Double_t zDipole1, zDipole2;
1686   AliMUONTrackK *trackK;
1687   AliMUONHitForRec *hit;
1688   AliMUONRawCluster *clus;
1689   TClonesArray *rawclusters;
1690   clus = 0; rawclusters = 0;
1691
1692   //AZ(z->-z) zDipole1 = GetSimpleBPosition() - GetSimpleBLength()/2;
1693   //AZ(z->-z) zDipole2 = zDipole1 + GetSimpleBLength();
1694   zDipole1 = GetSimpleBPosition() + GetSimpleBLength()/2;
1695   zDipole2 = zDipole1 - GetSimpleBLength();
1696
1697   // Print hits
1698   trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[0]);
1699   if (trackK->DebugLevel() > 0) {
1700     for (Int_t i1=0; i1<fNHitsForRec; i1++) {
1701       hit = (AliMUONHitForRec*) ((*fHitsForRecPtr)[i1]);
1702       //if (hit->GetTTRTrack() > 1 || hit->GetTrackRefSignal() == 0) continue;
1703       printf(" Hit # %d %10.4f %10.4f %10.4f",
1704              hit->GetChamberNumber(), hit->GetBendingCoor(),
1705              hit->GetNonBendingCoor(), hit->GetZ());
1706       if (fRecTrackRefHits) {
1707         // from track ref hits
1708         printf(" %3d %3d \n", hit->GetTrackRefSignal(), hit->GetTTRTrack());
1709       } else {
1710         // from raw clusters
1711         rawclusters = fMUONData->RawClusters(hit->GetChamberNumber());
1712         clus = (AliMUONRawCluster*) rawclusters->UncheckedAt(hit->
1713                                                  GetHitNumber());
1714         printf("%3d", clus->GetTrack(1)-1);
1715         if (clus->GetTrack(2) != 0) printf("%3d \n", clus->GetTrack(2)-1);
1716         else printf("\n");
1717       } // if (fRecTrackRefHits)
1718     }
1719   } // if (trackK->DebugLevel() > 0)
1720
1721   icand = -1;
1722   Int_t nSeeds;
1723   nSeeds = fNRecTracks; // starting number of seeds
1724   // Loop over track candidates
1725   while (icand < fNRecTracks-1) {
1726     icand ++;
1727     if (trackK->DebugLevel()>0) cout << " *** Kalman track candidate No. " << icand << endl;
1728     trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[icand]);
1729     if (trackK->GetRecover() < 0) continue; // failed track
1730
1731     // Discard candidate which will produce the double track
1732     /*
1733     if (icand > 0) {
1734       ok = CheckCandidateK(icand,nSeeds);
1735       if (!ok) {
1736         trackK->SetRecover(-1); // mark candidate to be removed
1737         continue;
1738       }
1739     }
1740     */
1741
1742     ok = kTRUE;
1743     if (trackK->GetRecover() == 0) hit = (AliMUONHitForRec*)
1744                                    trackK->GetHitOnTrack()->Last(); // last hit
1745     //else hit = (AliMUONHitForRec*) (*trackK->GetHitOnTrack())[1]; // 2'nd hit
1746     else hit = trackK->GetHitLastOk(); // hit where track stopped
1747     if (hit) ichamBeg = hit->GetChamberNumber();
1748     ichamEnd = 0;
1749     // Check propagation direction
1750     if (hit == NULL) ichamBeg = ichamEnd;
1751     //AZ(z->-z) else if (trackK->GetTrackDir() > 0) {
1752     else if (trackK->GetTrackDir() < 0) {
1753       ichamEnd = 9; // forward propagation
1754       ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kFALSE,zDipole1,zDipole2);
1755       if (ok) {
1756         ichamBeg = ichamEnd;
1757         ichamEnd = 6; // backward propagation
1758         // Change weight matrix and zero fChi2 for backpropagation
1759         trackK->StartBack();
1760         //AZ trackK->SetTrackDir(-1);
1761         trackK->SetTrackDir(1);
1762         ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kTRUE,zDipole1,zDipole2);
1763         ichamBeg = ichamEnd;
1764         ichamEnd = 0;
1765       }
1766     } else {
1767       if (trackK->GetBPFlag()) {
1768         // backpropagation
1769         ichamEnd = 6; // backward propagation
1770         // Change weight matrix and zero fChi2 for backpropagation
1771         trackK->StartBack();
1772         ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kTRUE,zDipole1,zDipole2);
1773         ichamBeg = ichamEnd;
1774         ichamEnd = 0;
1775       }
1776     }
1777
1778     if (ok) {
1779       //AZ trackK->SetTrackDir(-1);
1780       trackK->SetTrackDir(1);
1781       trackK->SetBPFlag(kFALSE);
1782       ok = trackK->KalmanFilter(ichamBeg,ichamEnd,kFALSE,zDipole1,zDipole2);
1783     }
1784     if (!ok) { trackK->SetRecover(-1); continue; } // mark candidate to be removed
1785
1786     // Apply smoother
1787     if (trackK->GetRecover() >= 0) {
1788       ok = trackK->Smooth();
1789       if (!ok) trackK->SetRecover(-1); // mark candidate to be removed
1790     }
1791
1792     // Majority 3 of 4 in first 2 stations
1793     if (!ok) continue;
1794     chamBits = 0;
1795     Double_t chi2_max = 0;
1796     for (Int_t i=0; i<trackK->GetNTrackHits(); i++) {
1797       hit = (AliMUONHitForRec*) (*trackK->GetHitOnTrack())[i];
1798       chamBits |= BIT(hit->GetChamberNumber());
1799       if (trackK->GetChi2PerPoint(i) > chi2_max) chi2_max = trackK->GetChi2PerPoint(i);
1800     }
1801     if (!((chamBits&3)==3 || (chamBits>>2&3)==3) && chi2_max > 25) {
1802       //trackK->Recover();
1803       trackK->SetRecover(-1); //mark candidate to be removed
1804       continue;
1805     }
1806     if (ok) trackK->SetTrackQuality(0); // compute "track quality"
1807   } // while
1808
1809   for (Int_t i=0; i<fNRecTracks; i++) {
1810     trackK = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[i]);
1811     if (trackK->GetRecover() < 0) fRecTracksPtr->RemoveAt(i);
1812   }
1813
1814   // Compress TClonesArray
1815   fRecTracksPtr->Compress();
1816   fNRecTracks = fRecTracksPtr->GetEntriesFast();
1817   return;
1818 }
1819
1820 //__________________________________________________________________________
1821 Bool_t AliMUONEventReconstructor::CheckCandidateK(Int_t icand, Int_t nSeeds) const
1822 {
1823   // Discards track candidate if it will produce the double track (having
1824   // the same seed segment hits as hits of a good track found before)
1825   AliMUONTrackK *track1, *track2;
1826   AliMUONHitForRec *hit1, *hit2, *hit;
1827
1828   track1 = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[icand]);
1829   hit1 = (AliMUONHitForRec*) (*track1->GetHitOnTrack())[0]; // 1'st hit
1830   hit2 = (AliMUONHitForRec*) (*track1->GetHitOnTrack())[1]; // 2'nd hit
1831
1832   for (Int_t i=0; i<icand; i++) {
1833     track2 = (AliMUONTrackK*) ((*fRecTracksPtr)[i]);
1834     //if (track2->GetRecover() < 0) continue;
1835     if (track2->GetRecover() < 0 && icand >= nSeeds) continue;
1836
1837     if (track1->GetStartSegment() == track2->GetStartSegment()) {
1838       return kFALSE;
1839     } else {
1840       Int_t nSame = 0;
1841       for (Int_t j=0; j<track2->GetNTrackHits(); j++) {
1842         hit = (AliMUONHitForRec*) (*track2->GetHitOnTrack())[j];
1843         if (hit == hit1 || hit == hit2) {
1844           nSame++;
1845           if (nSame == 2) return kFALSE;
1846         }
1847       } // for (Int_t j=0;
1848     }
1849   } // for (Int_t i=0;
1850   return kTRUE;
1851 }
1852
1853 //__________________________________________________________________________
1854 void AliMUONEventReconstructor::RemoveDoubleTracksK(void)
1855 {
1856   // Removes double tracks (sharing more than half of their hits). Keeps
1857   // the track with higher quality
1858   AliMUONTrackK *track1, *track2, *trackToKill;
1859
1860   // Sort tracks according to their quality
1861   fRecTracksPtr->Sort();
1862
1863   // Loop over first track of the pair
1864   track1 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->First();
1865   Int_t debug = track1->DebugLevel();
1866   while (track1) {
1867     // Loop over second track of the pair
1868     track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track1);
1869     while (track2) {
1870       // Check whether or not to keep track2
1871       if (!track2->KeepTrack(track1)) {
1872         if (debug >= 0) cout << " Killed track: " << 1/(*track2->GetTrackParameters())(4,0) <<
1873           " " << track2->GetTrackQuality() << endl;
1874         trackToKill = track2;
1875         track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track2);
1876         trackToKill->Kill();
1877         fRecTracksPtr->Compress();
1878       } else track2 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track2);
1879     } // track2
1880     track1 = (AliMUONTrackK*) fRecTracksPtr->After(track1);
1881   } // track1
1882
1883   fNRecTracks = fRecTracksPtr->GetEntriesFast();
1884   if (debug >= 0) cout << " Number of Kalman tracks: " << fNRecTracks << endl;
1885 }
1886
1887 //__________________________________________________________________________
1888 void AliMUONEventReconstructor::GoToVertex(void)
1889 {
1890   // Propagates track to the vertex thru absorber
1891   // (using Branson correction for now)
1892
1893   Double_t zVertex;
1894   zVertex = 0;
1895   for (Int_t i=0; i<fNRecTracks; i++) {
1896     //((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->Branson();
1897     ((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->SetTrackQuality(1); // compute Chi2
1898     //((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->GoToZ(zVertex); // w/out absorber
1899     ((AliMUONTrackK*)(*fRecTracksPtr)[i])->GoToVertex(1); // with absorber
1900   }
1901 }
1902
1903 //__________________________________________________________________________
1904 void AliMUONEventReconstructor::SetTrackMethod(Int_t iTrackMethod)
1905 {
1906   // Set track method and recreate track container if necessary
1907
1908   fTrackMethod = iTrackMethod == 2 ? 2 : 1;
1909   if (fTrackMethod == 2) {
1910     if (fRecTracksPtr) delete fRecTracksPtr;
1911     fRecTracksPtr = new TClonesArray("AliMUONTrackK", 10);
1912     cout << " *** Tracking with the Kalman filter *** " << endl;
1913   } else cout << " *** Traditional tracking *** " << endl;
1914
1915 }