PMD module
[u/mrichter/AliRoot.git] / MUON / MUONcalib / AliMUONGain.cxx
1 /**************************************************************************
2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3 *                                                                        
4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    * 
5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6 *                                                                        *
7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14 **************************************************************************/
15
16 // $Id$
17
18 #include "AliMUONGain.h"
19 #include "AliMUONPedestal.h"
20 #include "AliMUONErrorCounter.h"
21 #include "AliMUON2DMap.h"
22 #include "AliMUONVCalibParam.h"
23 #include "AliMUONVStore.h"
24 #include "AliMpIntPair.h"
25
26 #include <TString.h>
27 #include <THashList.h>
28 #include <TTimeStamp.h>
29 #include <TTree.h>
30 #include <TFile.h>
31 #include <TF1.h>
32 #include <TGraphErrors.h>
33 #include <TMath.h>
34 #include <Riostream.h>
35
36 #include <sstream>
37 #include <cstdio>
38
39 #define  NFITPARAMS 4
40
41 //-----------------------------------------------------------------------------
42 /// \class AliMUONGain
43 ///
44 /// Implementation of calibration computing
45 ///
46 /// add
47 /// 
48 ///
49 /// \author Alberto Baldisseri, JL Charvet 
50 //-----------------------------------------------------------------------------
51
52
53
54
55 // functions
56
57 namespace {
58   
59   //______________________________________________________________________________
60   Double_t funcLin (const Double_t *x, const Double_t *par)
61   {
62     /// Linear function
63     return par[0] + par[1]*x[0];
64   }
65   
66   //______________________________________________________________________________
67   Double_t funcParabolic (const Double_t *x, const Double_t *par)
68   {
69     /// Parabolic function
70     return par[0]*x[0]*x[0];
71   }
72   
73   //______________________________________________________________________________
74   Double_t funcCalib (const Double_t *x, const Double_t *par)  
75   {
76     /// Calibration function
77     Double_t xLim= par[3];
78     
79     if(x[0] <= xLim) return par[0] + par[1]*x[0];
80     
81     Double_t yLim = par[0]+ par[1]*xLim;
82     return yLim + par[1]*(x[0] - xLim) + par[2]*(x[0] - xLim)*(x[0] - xLim);
83   }
84   
85 }
86
87 using std::endl;
88 using std::cout;
89 using std::istringstream;
90 using std::ostringstream;
91 /// \cond CLASSIMP
92 ClassImp(AliMUONGain)
93 /// \endcond
94
95 //______________________________________________________________________________
96 AliMUONGain::AliMUONGain()
97 : AliMUONPedestal(),
98 fInjCharge(0), 
99 fRootDataFileName(),
100 fnInit(1),
101 fnEntries(11),
102 fnbpf1(6),
103 fPrintLevel(0), 
104 fPlotLevel(0)
105 {
106 /// Default constructor
107
108 }
109   
110 //______________________________________________________________________________
111 AliMUONGain::~AliMUONGain()
112 {
113 /// Destructor
114 }
115
116 //______________________________________________________________________________
117 TString AliMUONGain::WriteDummyHeader(void) 
118 {
119 ///
120
121   ostringstream stream;
122   stream<<"//DUMMY FILE (to prevent Shuttle failure)"<< endl;
123   stream<<"//================================================" << endl;
124   stream<<"//       MUONTRKGAINda: Calibration run  " << endl;
125   stream<<"//================================================" << endl;
126   stream<<"//   * Run           : " << fRunNumber << endl; 
127   stream<<"//   * Date          : " << fDate->AsString("l") <<endl;
128   stream<<"//   * DAC           : " << fInjCharge << endl;
129   stream<<"//-------------------------------------------------" << endl;
130
131   return TString(stream.str().c_str());
132 }
133
134 //______________________________________________________________________________
135 void AliMUONGain::MakePedStoreForGain(TString shuttleFile)
136 {
137 /// Store Pedmean and sigma to pedestal-like ascii file
138
139   ofstream fileout;
140   TString tempstring;
141   TString flatFile;
142   TString outputFile;
143   
144   // Store pedestal map in root file
145   TTree* tree = 0x0;
146
147   // write dummy ascii file -> Shuttle
148   if(fIndex<fnEntries)
149     {  
150       FILE *pfilew=0;
151       pfilew = fopen (shuttleFile,"w");
152
153       fprintf(pfilew,"//DUMMY FILE (to prevent Shuttle failure)\n");
154       fprintf(pfilew,"//================================================\n");
155       fprintf(pfilew,"//       MUONTRKGAINda: Calibration run  \n");
156       fprintf(pfilew,"//=================================================\n");
157       fprintf(pfilew,"//   * Run           : %d \n",fRunNumber); 
158       fprintf(pfilew,"//   * Date          : %s \n",fDate->AsString("l"));
159       fprintf(pfilew,"//   * DAC           : %d \n",fInjCharge);
160       fprintf(pfilew,"//-------------------------------------------------\n");
161       fclose(pfilew);
162     }
163
164
165
166   Finalize();
167   MakeControlHistos();
168   if(fPrintLevel>0)
169     {
170       // compute and store mean DAC values (like pedestals)
171       flatFile = Form("%s.ped",fPrefixDA.Data());
172       outputFile=flatFile;
173       cout << "\n" << fPrefixLDC.Data() << " : Flat file  generated  : " << flatFile.Data() << "\n";
174       if (!outputFile.IsNull())  
175       {
176         ofstream out(outputFile.Data());
177         MakeASCIIoutput(out);
178         out.close();
179       }      
180     }
181
182   TString mode("UPDATE");
183
184   if (fIndex==1) {
185     mode = "RECREATE";
186   }
187   TFile* histoFile = new TFile(fRootDataFileName.Data(), mode.Data(), "MUON Tracking Gains");
188
189   // second argument should be the injected charge, taken from config crocus file
190   // put also info about run number could be usefull
191   AliMpIntPair* pair   = new AliMpIntPair(fRunNumber,fInjCharge );
192
193   if (mode.CompareTo("UPDATE") == 0) {
194     tree = (TTree*)histoFile->Get("t");
195     tree->SetBranchAddress("run",&pair);
196     tree->SetBranchAddress("ped",&fPedestalStore);
197
198   } else {
199     tree = new TTree("t","Pedestal tree");
200     tree->Branch("run", "AliMpIntPair",&pair);
201     tree->Branch("ped", "AliMUON2DMap",&fPedestalStore);
202     tree->SetBranchAddress("run",&pair);
203     tree->SetBranchAddress("ped",&fPedestalStore);
204
205   }
206
207   tree->Fill();
208   tree->Write("t", TObject::kOverwrite); // overwrite the tree
209   histoFile->Close();
210
211   delete pair;
212 }
213
214 //______________________________________________________________________________
215 TString AliMUONGain::WriteGainHeader(Int_t nInit, Int_t nEntries, Int_t nbpf2, Int_t *numrun, Double_t *injCharge) 
216 {
217 /// Header of the calibration output file
218
219   ostringstream stream;
220
221
222   stream<<"//=======================================================" << endl;
223   stream<<"//      Calibration file calculated by " << fPrefixDA.Data() <<endl;
224   stream<<"//=======================================================" << endl;
225   stream<<"//   * Run           : " << fRunNumber << endl; 
226   stream<<"//   * Date          : " << fDate->AsString("l") <<endl;
227   stream<<"//   * Statictics    : " << fNEvents << endl;
228   if(fConfig)
229   stream<<"//   * # of MANUS    : " << fNManuConfig << " read in the Det. config. " << endl;
230   stream<<"//   * # of MANUS    : " << fNManu << " read in raw data " << endl;
231   stream<<"//   * # of MANUS    : " << fNChannel/64 << " written in calibration file " << endl;
232   stream<<"//   * # of channels : " << fNChannel << endl;
233   stream<<"//-------------------------------------------------------" << endl;
234
235   if(nInit==0)
236     stream<<"//  "<< nEntries <<" DAC values  fit: "<< fnbpf1 << " pts (1st order) " << nbpf2 << " pts (2nd order)" << endl;
237   if(nInit==1)
238     stream<<"//  "<< nEntries <<" DAC values  fit: "<< fnbpf1 << " pts (1st order) " << nbpf2 << " pts (2nd order) DAC=0 excluded" << endl;
239   stream<<"//   *  nInit = " << nInit << "  *  f1nbp = " << fnbpf1 << "  *  f2nbp = " <<  nbpf2 << endl; 
240
241   stream<<"//   RUN     DAC   " << endl;
242   stream<<"//-----------------" << endl;
243   for (Int_t i = 0; i < nEntries; ++i) {
244         stream<<Form("//   %d    %5.0f \n",numrun[i],injCharge[i]);
245   }
246   stream<<"//=======================================" << endl;
247   stream<<"// BP MANU CH.   a1      a2     thres. q " << endl;
248   stream<<"//=======================================" << endl;
249
250   return TString(stream.str().c_str());
251 }
252
253 //______________________________________________________________________________
254 TString AliMUONGain::WriteGainData(Int_t BP, Int_t Manu, Int_t ch, Double_t p1, Double_t p2, Int_t threshold, Int_t q) 
255 {
256 /// Write calibration parameters per channel
257
258   ostringstream stream("");
259   stream << Form("%4i %5i %2i %7.4f %10.3e %4i %2x\n",BP,Manu,ch,p1,p2,threshold,q);
260   return TString(stream.str().c_str());
261
262 }
263
264 //_______________________________________________________________________________
265 void AliMUONGain::MakeGainStore(TString shuttleFile)
266 {
267   Int_t status=0;
268   /// Store gains in ASCII files
269   ofstream fileout;
270   ofstream filcouc;
271   TString tempstring;   
272   TString filename; 
273   char* detail;
274
275   Double_t goodA1Min =  0.5;
276   Double_t goodA1Max =  2.;
277 //   Double_t goodA2Min = -0.5E-03;
278 //   Double_t goodA2Max =  1.E-03;
279   Double_t goodA2Min = -0.5E-01; // changed 28/10/2009 (JLC) <=> enlarged condition on a2
280   Double_t goodA2Max =  1.E-01;
281   // Table for uncalibrated  buspatches and manus
282   THashList* uncalBuspatchManuTable = new THashList(1000,2);
283
284   Int_t numrun[11];
285
286   // open file MUONTRKda_gain_data.root
287   // read again the pedestal for the calibration runs (11 runs)
288   // need the injection charge from config file (to be done)
289   // For each channel make a TGraphErrors (mean, sigma) vs injected charge
290   // Fit with a polynomial fct
291   // store the result in a flat file.
292
293   if(fIndex==0)cout << " Root data file = " << fRootDataFileName.Data() << endl;  
294   TFile*  histoFile = new TFile(fRootDataFileName.Data());
295
296   AliMUON2DMap* map[11];
297   AliMUONVCalibParam* ped[11];
298   AliMpIntPair* run[11];
299
300   //read back from root file
301   TTree* tree = (TTree*)histoFile->Get("t");
302   Int_t nEntries = tree->GetEntries();
303
304   Int_t nbpf2 = nEntries - (fnInit + fnbpf1) + 1; // nb pts used for 2nd order fit
305
306   // read back info
307   for (Int_t i = 0; i < nEntries; ++i) {
308     map[i] = 0x0;
309     run[i] = 0x0;
310     tree->SetBranchAddress("ped",&map[i]);
311     tree->SetBranchAddress("run",&run[i]);
312     tree->GetEvent(i);
313     //        std::cout << map[i] << " " << run[i] << std::endl;
314   }
315   // RunNumber extracted from Root data fil
316   if(fIndex==0)fRunNumber=(UInt_t)run[nEntries-1]->GetFirst();
317   //     sscanf(getenv("DATE_RUN_NUMBER"),"%d",&gAliRunNumber);
318
319   Double_t pedMean[11];
320   Double_t pedSigma[11];
321   for ( Int_t i=0 ; i<11 ; i++) {pedMean[i]=0.;pedSigma[i]=1.;};
322   Double_t injCharge[11];
323   Double_t injChargeErr[11];
324   for ( Int_t i=0 ; i<11 ; i++) {injCharge[i]=0.;injChargeErr[i]=1.;};
325
326   //  print out in .log file
327   detail=Form("\n%s : ------  MUONTRKGAINda for Gain computing (Last Run = %d) ------\n",fPrefixLDC.Data(),fRunNumber); printf("%s",detail);
328   (*fFilcout)<<"\n\n//=================================================" << endl;
329   (*fFilcout)<<"//    MUONTRKGAINda: Gain Computing  Run = " << fRunNumber << endl;
330   (*fFilcout)<<"//    RootDataFile  = "<< fRootDataFileName.Data() << endl;
331   (*fFilcout)<<"//=================================================" << endl;
332   (*fFilcout)<<"//* Date          : " << fDate->AsString("l") << "\n" << endl;
333
334   (*fFilcout) << " Entries = " << nEntries << " DAC values \n" << endl; 
335   for (Int_t i = 0; i < nEntries; ++i) {
336     (*fFilcout) << " Run = " << run[i]->GetFirst() << "    DAC = " << run[i]->GetSecond() << endl;
337     numrun[i] = run[i]->GetFirst();
338     injCharge[i] = run[i]->GetSecond();
339     injChargeErr[i] = 0.01*injCharge[i];
340     if(injChargeErr[i] <= 1.) injChargeErr[i]=1.;
341   }
342   detail=Form("%s : .... Fitting .... \n",fPrefixLDC.Data()); printf("%s",detail);
343
344
345   // why 2 files ? (Ch. F.)  => second file contains detailed results
346     FILE *pfilen = 0;
347     if(fPrintLevel>1)
348       {
349         filename=Form("%s.param",fPrefixDA.Data());
350         detail=Form("%s : Second fit parameter file        = %s\n",fPrefixLDC.Data(),filename.Data()); printf("%s",detail);
351         //       cout << " Second fit parameter file        = " << filename.Data() << "\n";
352         pfilen = fopen (filename.Data(),"w");
353
354         fprintf(pfilen,"//===================================================================\n");
355         fprintf(pfilen,"//  BP MANU CH. par[0]     [1]     [2]     [3]      xlim          P(chi2) p1        P(chi2)2  p2\n");
356         fprintf(pfilen,"//===================================================================\n");
357         fprintf(pfilen,"//   * Run           : %d \n",fRunNumber); 
358         fprintf(pfilen,"//===================================================================\n");
359       }
360
361
362   // file outputs for gain
363
364   ofstream pfilew;
365   pfilew.open(shuttleFile.Data());
366   // Write Header Data of the .par file
367   pfilew << WriteGainHeader(fnInit,nEntries,nbpf2,numrun,injCharge);
368
369   // print mean and sigma values in file
370   FILE *pfilep = 0;
371   if(fPrintLevel>1)
372     {
373       filename=Form("%s.peak",fPrefixDA.Data());
374       detail=Form("%s : File containing Peak mean values = %s\n",fPrefixLDC.Data(),filename.Data()); printf("%s",detail);
375       //      cout << " File containing Peak mean values = " << filename << "\n";
376       pfilep = fopen (filename,"w");
377
378       fprintf(pfilep,"//==============================================================================================================================\n");
379       fprintf(pfilep,"//   * Run           : %d \n",fRunNumber); 
380       fprintf(pfilep,"//==============================================================================================================================\n");
381       fprintf(pfilep,"// BP  MANU  CH.    Ped.     <0>      <1>      <2>      <3>      <4>      <5>      <6>      <7>      <8>      <9>     <10> \n"); 
382       fprintf(pfilep,"//==============================================================================================================================\n");
383       fprintf(pfilep,"//                 DAC= %9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f  fC\n",injCharge[0],injCharge[1],injCharge[2],injCharge[3],injCharge[4],injCharge[5],injCharge[6],injCharge[7],injCharge[8],injCharge[9],injCharge[10]);
384       fprintf(pfilep,"//                      %9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f\n",injChargeErr[0],injChargeErr[1],injChargeErr[2],injChargeErr[3],injChargeErr[4],injChargeErr[5],injChargeErr[6],injChargeErr[7],injChargeErr[8],injChargeErr[9],injChargeErr[10]);
385       fprintf(pfilep,"//==============================================================================================================================\n");
386     }
387
388   Double_t chi2    = 0.;
389   Double_t chi2P2  = 0.;
390   Double_t prChi2  = 0; 
391   Double_t prChi2P2 =0;
392   Double_t a0=0.,a1=1.,a2=0.;
393   Int_t busPatchId ;
394   Int_t manuId     ;
395   Int_t channelId ;
396   Int_t threshold = 0;
397   Int_t q = 0;
398   Int_t p1 =0;
399   Int_t p2 =0;
400   Double_t gain=10.; // max value (= bad value)
401   Double_t capa=0.2; // internal capacitor (pF)
402
403   //  plot out 
404
405   TTree* tg = 0x0;
406   if(fPlotLevel>0)
407     {
408       fHistoFileName=Form("%s.root",fPrefixDA.Data());
409       new TFile(fHistoFileName.Data(),"RECREATE","MUON Tracking gains");
410       tg = new TTree("tg","TTree avec class Manu_DiMu");
411
412       tg->Branch("bp",&busPatchId, "busPatchId/I");
413       tg->Branch("manu",&manuId, "manuId/I");
414       tg->Branch("channel",&channelId, "channelId/I");
415
416       tg->Branch("a0",&a0, "a0/D");
417       tg->Branch("a1",&a1, "a1/D");
418       tg->Branch("a2",&a2, "a2/D");
419       tg->Branch("Pchi2",&prChi2, "prChi2/D");
420       tg->Branch("Pchi2_2",&prChi2P2, "prChi2P2/D");
421       tg->Branch("Threshold",&threshold, "threshold/I");
422       tg->Branch("q",&q, "q/I");
423       tg->Branch("p1",&p1, "p1/I");
424       tg->Branch("p2",&p2, "p2/I");
425       tg->Branch("gain",&gain, "gain/D");
426     }
427
428   char graphName[256];
429
430   // iterates over the first pedestal run
431   TIter next(map[0]->CreateIterator());
432   AliMUONVCalibParam* p;
433
434   Int_t    nmanu         = 0;
435   Int_t    nGoodChannel   = 0;
436   Int_t    nBadChannel   = 0;
437   Int_t    noFitChannel   = 0;
438   Int_t    nplot=0;
439   Double_t sumProbChi2   = 0.;
440   Double_t sumA1         = 0.;
441   Double_t sumProbChi2P2 = 0.;
442   Double_t sumA2         = 0.;
443
444   Double_t x[11], xErr[11], y[11], yErr[11];
445   Double_t xp[11], xpErr[11], yp[11], ypErr[11];
446
447   Int_t uncalcountertotal=0 ;
448   Int_t unparabolicfit=0;
449
450   while ( ( p = dynamic_cast<AliMUONVCalibParam*>(next() ) ) )
451     {
452       ped[0]  = p;
453       unparabolicfit=0;
454
455       busPatchId = p->ID0();
456       manuId     = p->ID1();
457
458       // read back pedestal from the other runs for the given (bupatch, manu)
459       for (Int_t i = 1; i < nEntries; ++i) {
460         ped[i] = static_cast<AliMUONVCalibParam*>(map[i]->FindObject(busPatchId, manuId));
461       }
462
463       // compute for each channel the gain parameters
464       for ( channelId = 0; channelId < ped[0]->Size() ; ++channelId ) 
465         {
466
467           Int_t n = 0;
468           for (Int_t i = 0; i < nEntries; ++i) {
469
470             if (!ped[i]) continue; //shouldn't happen.
471             pedMean[i]      = ped[i]->ValueAsDouble(channelId, 0);
472             pedSigma[i]     = ped[i]->ValueAsDouble(channelId, 1);
473
474             if (pedMean[i] < 0) continue; // not connected
475
476             if (pedSigma[i] <= 0) pedSigma[i] = 1.; // should not happen.
477             n++;
478           }
479
480           // print_peak_mean_values
481           if(fPrintLevel>1)
482             {
483
484               fprintf(pfilep,"%4i%5i%5i%10.3f",busPatchId,manuId,channelId,0.);
485               fprintf(pfilep,"%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f%9.1f \n",pedMean[0],pedMean[1],pedMean[2],pedMean[3],pedMean[4],pedMean[5],pedMean[6],pedMean[7],pedMean[8],pedMean[9],pedMean[10]);
486               fprintf(pfilep,"                   sig= %9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f%9.3f \n",pedSigma[0],pedSigma[1],pedSigma[2],pedSigma[3],pedSigma[4],pedSigma[5],pedSigma[6],pedSigma[7],pedSigma[8],pedSigma[9],pedSigma[10]);
487             }
488
489           // makegain
490           // Fit Method:  Linear fit over gAlinbpf1 points + parabolic fit  over nbpf2  points) 
491           // nInit=1 : 1st pt DAC=0 excluded
492
493           // 1. - linear fit over gAlinbpf1 points
494
495           Double_t par[4] = {0.,0.5,0.,static_cast<Double_t>(ADCMax())};
496           Int_t nbs   = nEntries - fnInit;
497           if(nbs < fnbpf1)fnbpf1=nbs;
498
499           Int_t fitproceed=1;
500           Int_t nbpf2Dynamic=nbpf2;
501           Int_t adcLimit=4090; // when RMS < 0.5 (in other cases mean values forced to 4095, see DA_PED)
502           for (Int_t j = 0; j < nbs; ++j)
503             {
504               Int_t k = j + fnInit;
505               x[j]    = pedMean[k];
506               if(x[j]<=0.){fitproceed=0; break;}
507               //              if(x[j]>= ADCMax())
508               if(x[j]>= adcLimit)
509                 {
510                   if(j < nbs-1){fitproceed=0; break;}
511                   else { nbpf2Dynamic=nbpf2-1; break;}
512                 }
513               xErr[j] = pedSigma[k];
514               y[j]    = injCharge[k];
515               yErr[j] = injChargeErr[k];
516
517             }
518
519           TGraphErrors *graphErr;
520           if(!fitproceed) { p1=0; p2=0; noFitChannel++;}
521
522           if(fitproceed)
523             {
524                       
525               TF1 *f1 = new TF1("f1",funcLin,0.,ADCMax(),2);
526               graphErr = new TGraphErrors(fnbpf1, x, y, xErr, yErr);
527
528               f1->SetParameters(0,0);
529
530               graphErr->Fit("f1","RQ");
531
532               chi2 = f1->GetChisquare();
533               f1->GetParameters(par);
534
535               delete graphErr;
536               graphErr=0;
537               delete f1;
538
539               prChi2 = TMath::Prob(chi2, fnbpf1 - 2);
540
541               Double_t xLim = pedMean[fnInit + fnbpf1 - 1];
542               Double_t yLim = par[0]+par[1] * xLim;
543
544               a0 = par[0];
545               a1 = par[1];
546
547               // 2. - Translation : new origin (xLim, yLim) + parabolic fit over nbf2 points
548               //checking:         if(busPatchId ==1841 && manuId==4)nbpf2Dynamic=2;
549               if(nbpf2Dynamic > 2)
550                 {
551                   for (Int_t j = 0; j < nbpf2Dynamic; j++)
552                     {
553                       Int_t k  = j + (fnInit + fnbpf1) - 1;
554                       xp[j]    = pedMean[k] - xLim;
555                       xpErr[j] = pedSigma[k];
556
557                       yp[j]    = injCharge[k] - yLim - par[1]*xp[j];
558                       ypErr[j] = injChargeErr[k];
559                     }
560
561                   TF1 *f2 = new TF1("f2",funcParabolic,0.,ADCMax(),1);
562                   graphErr = new TGraphErrors(nbpf2Dynamic, xp, yp, xpErr, ypErr);
563
564                   graphErr->Fit(f2,"RQ");
565                   chi2P2 = f2->GetChisquare();
566                   f2->GetParameters(par);
567
568                   delete graphErr;
569                   graphErr=0;
570                   delete f2;
571
572                   prChi2P2 = TMath::Prob(chi2P2, nbpf2Dynamic-1);
573                   a2 = par[0];
574                 }
575               else 
576                 { 
577                   unparabolicfit++;
578                   (*fFilcout) << " Warning : BP = " << busPatchId << " Manu = " << manuId <<  " Channel = " << channelId <<": parabolic fit not possible (nbpf2=" <<  nbpf2Dynamic  << ") => a2=0 and linear fit OK" << std::endl;
579                   if(unparabolicfit==1) std::cout << " Warning : BP = " << busPatchId << " Manu = " << manuId <<  ": no parabolic fit for some channels (nbpf2=" <<  nbpf2Dynamic  << "), linear fit is OK (see .log for details)" << std::endl;
580                   a2=0. ; prChi2P2=0. ;
581                 }
582
583               par[0] = a0;
584               par[1] = a1;
585               par[2] = a2;
586               par[3] = xLim;
587
588               if(prChi2>0.999999)prChi2=0.999999 ; if(prChi2P2>0.999999)prChi2P2=0.9999999; // avoiding Pr(Chi2)=1 value
589               p1 = TMath::Nint(floor(prChi2*15))+1;    // round down value : floor(2.8)=2.
590               p2 = TMath::Nint(floor(prChi2P2*15))+1;
591               q  = p1*16 + p2;  // fit quality 
592
593               Double_t x0 = -par[0]/par[1]; // value of x corresponding to à 0 fC 
594               threshold = TMath::Nint(ceil(par[3]-x0)); // linear if x < threshold
595
596               if(fPrintLevel>1)
597                 {
598                   fprintf(pfilen,"%4i %4i %2i",busPatchId,manuId,channelId);
599                   fprintf(pfilen," %6.2f %6.4f %10.3e %4.2f %4i          %8.6f %8.6f   %x          %8.6f  %8.6f   %x\n",
600                           par[0], par[1], par[2], par[3], threshold, prChi2, floor(prChi2*15), p1,  prChi2P2, floor(prChi2P2*15),p2);
601                 }
602
603
604               // tests
605               if(par[1]< goodA1Min ||  par[1]> goodA1Max) p1=0;
606               if(par[2]< goodA2Min ||  par[2]> goodA2Max) p2=0;
607
608             } // fitproceed
609
610           if(fitproceed && p1>0 && p2>0) 
611             {
612               nGoodChannel++;
613               sumProbChi2   += prChi2;
614               sumA1         += par[1];
615               sumProbChi2P2   += prChi2P2;
616               sumA2         += par[2];
617             }
618           else // bad calibration
619             {
620               nBadChannel++;
621               q=0;  
622               par[1]=0.5; a1=0.5; p1=0;
623               par[2]=0.;  a2=0.;  p2=0;
624               threshold=ADCMax();       
625
626               // bad calibration counter
627               char bpmanuname[256];
628               AliMUONErrorCounter* uncalcounter;
629
630               snprintf(bpmanuname,256,"bp%dmanu%d",busPatchId,manuId);
631               if (!(uncalcounter = (AliMUONErrorCounter*)uncalBuspatchManuTable->FindObject(bpmanuname)))
632                 {
633                   // New buspatch_manu name
634                   uncalcounter= new AliMUONErrorCounter (busPatchId,manuId);
635                   uncalcounter->SetName(bpmanuname);
636                   uncalBuspatchManuTable->Add(uncalcounter);
637                 }
638               else
639                 {
640                   // Existing buspatch_manu name
641                   uncalcounter->Increment();
642                 }
643               //                            uncalcounter->Print_uncal()
644               uncalcountertotal ++;
645             }
646           gain=1./(par[1]*capa); // mv/fC
647
648           if(fPlotLevel>0)
649             {if(fPlotLevel>1)
650                 {
651                   //                  if(q==0  and  nplot < 100)
652                   //      if(p1>1 && p2==0  and  nplot < 100)
653                   //                        if(p1>10 && p2>10  and  nplot < 100)
654                   //    if(p1>=1 and p1<=2  and  nplot < 100)
655 //                if((p1==1 || p2==1) and  nplot < 100)
656                             if(nbpf2Dynamic<nbpf2  and  nplot < 100)
657                     {
658                       nplot++;
659                       //              cout << " nplot = " << nplot << endl;
660                       TF1 *f2Calib = new TF1("f2Calib",funcCalib,0.,ADCMax(),NFITPARAMS);
661
662                       graphErr = new TGraphErrors(nEntries,pedMean,injCharge,pedSigma,injChargeErr);
663
664                       snprintf(graphName,256,"BusPatch_%d_Manu_%d_Ch_%d",busPatchId, manuId,channelId);
665
666                       graphErr->SetTitle(graphName);
667                       graphErr->SetMarkerColor(3);
668                       graphErr->SetMarkerStyle(12);
669                       graphErr->Write(graphName);
670
671                       snprintf(graphName,256,"f2_BusPatch_%d_Manu_%d_Ch_%d",busPatchId, manuId,channelId);
672                       f2Calib->SetTitle(graphName);
673                       f2Calib->SetLineColor(4);
674                       f2Calib->SetParameters(par);
675                       f2Calib->Write(graphName);
676
677                       delete graphErr;
678                       graphErr=0;
679                       delete f2Calib;
680                     }
681                 }
682               tg->Fill();
683             }
684           pfilew << WriteGainData(busPatchId,manuId,channelId,par[1],par[2],threshold,q);
685         }
686       nmanu++;
687       Int_t step=500;
688       if(nmanu % step == 0)printf("%s : Nb manu = %d\n",fPrefixLDC.Data(),nmanu);
689     }
690
691   //      print in logfile
692   if (uncalBuspatchManuTable->GetSize())
693     {
694       uncalBuspatchManuTable->Sort();  // use compare
695       TIterator* iter = uncalBuspatchManuTable->MakeIterator();
696       AliMUONErrorCounter* uncalcounter;
697       (*fFilcout) << "\n List of problematic BusPatch and Manu " << endl;
698       (*fFilcout) << " ========================================" << endl;
699       (*fFilcout) << "        BP       Manu        Nb Channel  " << endl ;
700       (*fFilcout) << " ========================================" << endl;
701       while((uncalcounter = (AliMUONErrorCounter*) iter->Next()))
702         {
703           (*fFilcout) << "\t" << uncalcounter->BusPatch() << "\t " << uncalcounter->ManuId() << "\t\t"   << uncalcounter->Events() << endl;
704         }
705       (*fFilcout) << " ========================================" << endl;
706
707       (*fFilcout) << " Number of bad calibrated Manu    = " << uncalBuspatchManuTable->GetSize() << endl ;
708       (*fFilcout) << " Number of bad calibrated channel = " << uncalcountertotal << endl;
709         
710     }
711   if(nmanu && nGoodChannel) 
712     {
713       Double_t ratio_limit=0.25;
714       Double_t ratio=float (nBadChannel)/float (nmanu*64);
715
716       detail=Form("\n%s : Nb of channels in raw data = %d (%d Manu)",fPrefixLDC.Data(),nmanu*64,nmanu); 
717       (*fFilcout) << detail ; printf("%s",detail);
718       detail=Form("\n%s : Nb of calibrated channel   = %d  (%4.2f <a1< %4.2f and %4.2f <a2< %4.2f)",fPrefixLDC.Data(),nGoodChannel,goodA1Min,goodA1Max, goodA2Min,goodA2Max);
719       (*fFilcout) << detail ; printf("%s",detail);
720       detail=Form("\n%s : Nb of uncalibrated channel = %d  [%6.4f] (%d unfitted channels) ",fPrefixLDC.Data(),nBadChannel,ratio,noFitChannel);
721       (*fFilcout) << detail ; printf("%s",detail);
722
723       if(ratio > ratio_limit) { status=-1;
724         detail=Form("\n%s : !!!!! WARNING : Nb of uncalibrated channels very large : %6.4f > %6.4f (status= %d) ",fPrefixLDC.Data(),ratio,ratio_limit,status);
725         (*fFilcout) << detail ; printf("%s",detail); 
726       }
727
728       Double_t meanA1         = sumA1/(nGoodChannel);
729       Double_t meanProbChi2   = sumProbChi2/(nGoodChannel);
730       Double_t meanA2         = sumA2/(nGoodChannel);
731       Double_t meanProbChi2P2 = sumProbChi2P2/(nGoodChannel);
732       Double_t capaManu = 0.2; // pF
733       (*fFilcout) << "\n linear fit   : <a1> = " << meanA1 << "     Prob(chi2)>  = " <<  meanProbChi2 <<  "    <gain>  = " <<  1./(meanA1*capaManu) 
734                   << " mV/fC (capa= " << capaManu << " pF)" << endl;
735       (*fFilcout)   <<" parabolic fit: <a2> = " << meanA2  << "    Prob(chi2)>  = " <<  meanProbChi2P2 << "\n" <<  endl;
736  
737       detail=Form("\n%s : <gain>  = %7.5f  mV/fC (capa= %3.1f pF)  Prob(chi2) = %5.3f\n" ,fPrefixLDC.Data(),1./(meanA1*capaManu),capaManu,meanProbChi2);
738       printf("%s",detail);
739     }
740   else 
741     { status=-1;
742       detail=Form("\n%s : !!!!! ERROR :  Nb of Manu = %d or Nb calibrated channel = %d !!!!! (status= %d)\n",fPrefixLDC.Data(),nmanu,nGoodChannel,status);
743       (*fFilcout) << detail ; printf("%s",detail);
744     }
745   pfilew.close();
746
747   if(fPlotLevel>0){tg->Write();histoFile->Close();}
748   if(fPrintLevel>1){fclose(pfilep); fclose(pfilen);}
749   SetStatusDA(status);
750 }