Compilation warnings fixed
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSClusterizerv1.cxx
1 /**************************************************************************
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3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
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14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 /* History of cvs commits:
19  *
20  * $Log: AliPHOSClusterizerv1.cxx,v $
21  * Revision 1.118  2007/12/11 21:23:26  kharlov
22  * Added possibility to swith off unfolding
23  *
24  * Revision 1.117  2007/10/18 08:42:05  kharlov
25  * Bad channels cleaned before clusterization
26  *
27  * Revision 1.116  2007/10/01 20:24:08  kharlov
28  * Memory leaks fixed
29  *
30  * Revision 1.115  2007/09/26 14:22:17  cvetan
31  * Important changes to the reconstructor classes. Complete elimination of the run-loaders, which are now steered only from AliReconstruction. Removal of the corresponding Reconstruct() and FillESD() methods.
32  *
33  * Revision 1.114  2007/09/06 16:06:44  kharlov
34  * Absence of sorting results in loose of all unfolded clusters
35  *
36  * Revision 1.113  2007/08/28 12:55:07  policheh
37  * Loaders removed from the reconstruction code (C.Cheshkov)
38  *
39  * Revision 1.112  2007/08/22 09:20:50  hristov
40  * Updated QA classes (Yves)
41  *
42  * Revision 1.111  2007/08/08 12:11:28  kharlov
43  * Protection against uninitialized fQADM
44  *
45  * Revision 1.110  2007/08/07 14:16:00  kharlov
46  * Quality assurance added (Yves Schutz)
47  *
48  * Revision 1.109  2007/07/24 17:20:35  policheh
49  * Usage of RecoParam objects instead of hardcoded parameters in reconstruction.
50  * (See $ALICE_ROOT/PHOS/macros/BeamTest2006/RawReconstruction.C).
51  *
52  * Revision 1.108  2007/06/18 07:00:51  kharlov
53  * Bug fix for attempt to use AliPHOSEmcRecPoint after its deletion
54  *
55  * Revision 1.107  2007/05/25 14:12:26  policheh
56  * Local to tracking CS transformation added for CPV rec. points
57  *
58  * Revision 1.106  2007/05/24 13:01:22  policheh
59  * Local to tracking CS transformation invoked for each EMC rec.point
60  *
61  * Revision 1.105  2007/05/02 13:41:22  kharlov
62  * Mode protection against absence of calib.data from AliPHOSCalibData to AliPHOSClusterizerv1::GetCalibrationParameters()
63  *
64  * Revision 1.104  2007/04/27 16:55:53  kharlov
65  * Calibration stops if PHOS CDB objects do not exist
66  *
67  * Revision 1.103  2007/04/11 11:55:45  policheh
68  * SetDistancesToBadChannels() added.
69  *
70  * Revision 1.102  2007/03/28 19:18:15  kharlov
71  * RecPoints recalculation in TSM removed
72  *
73  * Revision 1.101  2007/03/06 06:51:27  kharlov
74  * Calculation of cluster properties dep. on vertex posponed to TrackSegmentMaker
75  *
76  * Revision 1.100  2007/01/10 11:07:26  kharlov
77  * Raw digits writing to file (B.Polichtchouk)
78  *
79  * Revision 1.99  2006/11/07 16:49:51  kharlov
80  * Corrections for next event switch in case of raw data (B.Polichtchouk)
81  *
82  * Revision 1.98  2006/10/27 17:14:27  kharlov
83  * Introduce AliDebug and AliLog (B.Polichtchouk)
84  *
85  * Revision 1.97  2006/08/29 11:41:19  kharlov
86  * Missing implementation of ctors and = operator are added
87  *
88  * Revision 1.96  2006/08/25 16:56:30  kharlov
89  * Compliance with Effective C++
90  *
91  * Revision 1.95  2006/08/11 12:36:26  cvetan
92  * Update of the PHOS code needed in order to read and reconstruct the beam test raw data (i.e. without an existing galice.root)
93  *
94  * Revision 1.94  2006/08/07 12:27:49  hristov
95  * Removing obsolete code which affected the event numbering scheme
96  *
97  * Revision 1.93  2006/08/01 12:20:17  cvetan
98  * 1. Adding a possibility to read and reconstruct an old rcu formatted raw data. This is controlled by an option of AliReconstruction and AliPHOSReconstructor. 2. In case of raw data processing (without galice.root) create the default AliPHOSGeometry object. Most likely this should be moved to the CDB
99  *
100  * Revision 1.92  2006/04/29 20:26:46  hristov
101  * Separate EMC and CPV calibration (Yu.Kharlov)
102  *
103  * Revision 1.91  2006/04/22 10:30:17  hristov
104  * Add fEnergy to AliPHOSDigit and operate with EMC amplitude in energy units (Yu.Kharlov)
105  *
106  * Revision 1.90  2006/04/11 15:22:59  hristov
107  * run number in query set to -1: forces AliCDBManager to use its run number (A.Colla)
108  *
109  * Revision 1.89  2006/03/13 14:05:42  kharlov
110  * Calibration objects for EMC and CPV
111  *
112  * Revision 1.88  2006/01/11 08:54:52  hristov
113  * Additional protection in case no calibration entry was found
114  *
115  * Revision 1.87  2005/11/22 08:46:43  kharlov
116  * Updated to new CDB (Boris Polichtchouk)
117  *
118  * Revision 1.86  2005/11/14 21:52:43  hristov
119  * Coding conventions
120  *
121  * Revision 1.85  2005/09/27 16:08:08  hristov
122  * New version of CDB storage framework (A.Colla)
123  *
124  * Revision 1.84  2005/09/21 10:02:47  kharlov
125  * Reading calibration from CDB (Boris Polichtchouk)
126  *
127  * Revision 1.82  2005/09/02 15:43:13  kharlov
128  * Add comments in GetCalibrationParameters and Calibrate
129  *
130  * Revision 1.81  2005/09/02 14:32:07  kharlov
131  * Calibration of raw data
132  *
133  * Revision 1.80  2005/08/24 15:31:36  kharlov
134  * Setting raw digits flag
135  *
136  * Revision 1.79  2005/07/25 15:53:53  kharlov
137  * Read raw data
138  *
139  * Revision 1.78  2005/05/28 14:19:04  schutz
140  * Compilation warnings fixed by T.P.
141  *
142  */
143
144 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Dmitri Peressounko (SUBATECH & Kurchatov Institute)
145 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
146 //  Clusterization class. Performs clusterization (collects neighbouring active cells) and 
147 //  unfolds the clusters having several local maxima.  
148 //  Results are stored in TreeR#, branches PHOSEmcRP (EMC recPoints),
149 //  PHOSCpvRP (CPV RecPoints) and AliPHOSClusterizer (Clusterizer with all 
150 //  parameters including input digits branch title, thresholds etc.)
151 //  This TTask is normally called from Reconstructioner, but can as well be used in 
152 //  standalone mode.
153 // Use Case:
154 //  root [0] AliPHOSClusterizerv1 * cl = new AliPHOSClusterizerv1(<pointer_to_phos_geometry_onject>)  
155 //  root [1] cl->Digits2Clusters(digitsTree,clusterTree)
156 //               //finds RecPoints in the current event
157 //  root [2] cl->SetDigitsBranch("digits2") 
158 //               //sets another title for Digitis (input) branch
159 //  root [3] cl->SetRecPointsBranch("recp2")  
160 //               //sets another title four output branches
161 //  root [4] cl->SetEmcLocalMaxCut(0.03)  
162 //               //set clusterization parameters
163
164 // --- ROOT system ---
165
166 #include "TMath.h" 
167 #include "TMinuit.h"
168 #include "TTree.h" 
169 #include "TBenchmark.h"
170 #include "TClonesArray.h"
171
172 // --- Standard library ---
173
174 // --- AliRoot header files ---
175 #include "AliLog.h"
176 #include "AliConfig.h"
177 #include "AliPHOSGeometry.h" 
178 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
179 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
180 #include "AliPHOSCpvRecPoint.h"
181 #include "AliPHOSDigit.h"
182 #include "AliPHOSDigitizer.h"
183 #include "AliCDBManager.h"
184 #include "AliCDBStorage.h"
185 #include "AliCDBEntry.h"
186 #include "AliPHOSRecoParam.h"
187 #include "AliPHOSReconstructor.h"
188 #include "AliPHOSCalibData.h"
189
190 ClassImp(AliPHOSClusterizerv1)
191   
192 //____________________________________________________________________________
193 AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1() :
194   AliPHOSClusterizer(),
195   fDefaultInit(0),            fEmcCrystals(0),          fToUnfold(0),
196   fWrite(0),                  
197   fNumberOfEmcClusters(0),    fNumberOfCpvClusters(0),
198   fEmcClusteringThreshold(0), fCpvClusteringThreshold(0), 
199   fEmcLocMaxCut(0),           fW0(0),                   fCpvLocMaxCut(0),
200   fW0CPV(0),                  fEmcTimeGate(0),          fEcoreRadius(0)
201 {
202   // default ctor (to be used mainly by Streamer)
203   
204   fDefaultInit = kTRUE ; 
205 }
206
207 //____________________________________________________________________________
208 AliPHOSClusterizerv1::AliPHOSClusterizerv1(AliPHOSGeometry *geom) :
209   AliPHOSClusterizer(geom),
210   fDefaultInit(0),            fEmcCrystals(0),          fToUnfold(0),
211   fWrite(0),                
212   fNumberOfEmcClusters(0),    fNumberOfCpvClusters(0),
213   fEmcClusteringThreshold(0), fCpvClusteringThreshold(0), 
214   fEmcLocMaxCut(0),           fW0(0),                   fCpvLocMaxCut(0),
215   fW0CPV(0),                  fEmcTimeGate(0),          fEcoreRadius(0)
216 {
217   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
218   
219   Init() ;
220   fDefaultInit = kFALSE ; 
221 }
222
223 //____________________________________________________________________________
224   AliPHOSClusterizerv1::~AliPHOSClusterizerv1()
225 {
226   // dtor
227
228 }
229 //____________________________________________________________________________
230 void AliPHOSClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t *option)
231 {
232   // Steering method to perform clusterization for one event
233   // The input is the tree with digits.
234   // The output is the tree with clusters.
235
236   if(strstr(option,"tim"))
237     gBenchmark->Start("PHOSClusterizer"); 
238   
239   if(strstr(option,"print")) {
240     Print() ; 
241     return ;
242   }
243
244   MakeClusters() ;
245     
246   AliDebug(2,Form(" ---- Printing clusters (%d)\n",
247                   fEMCRecPoints->GetEntries()));
248   if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>1)
249     fEMCRecPoints->Print();
250
251   if(fToUnfold)             
252     MakeUnfolding();
253
254   WriteRecPoints();
255
256   if(strstr(option,"deb"))  
257     PrintRecPoints(option) ;
258
259   if(strstr(option,"tim")){
260     gBenchmark->Stop("PHOSClusterizer");
261     AliInfo(Form("took %f seconds for Clusterizing\n",
262                  gBenchmark->GetCpuTime("PHOSClusterizer"))); 
263   }
264   fEMCRecPoints->Delete();
265   fCPVRecPoints->Delete();
266 }
267
268 //____________________________________________________________________________
269 Bool_t AliPHOSClusterizerv1::FindFit(AliPHOSEmcRecPoint * emcRP, AliPHOSDigit ** maxAt, Float_t * maxAtEnergy,
270                                     Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
271
272   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima 
273   // The initial values for fitting procedure are set equal to the positions of local maxima.
274   // Cluster will be fitted as a superposition of nPar/3 electromagnetic showers
275
276   
277   if(!gMinuit) //it was deleted by someone else
278     gMinuit = new TMinuit(100) ;
279   gMinuit->mncler();                     // Reset Minuit's list of paramters
280   gMinuit->SetPrintLevel(-1) ;           // No Printout
281   gMinuit->SetFCN(AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;  
282                                          // To set the address of the minimization function 
283
284   TList * toMinuit = new TList();
285   toMinuit->AddAt(emcRP,0) ;
286   toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
287   toMinuit->AddAt(fGeom,2) ;
288   
289   gMinuit->SetObjectFit(toMinuit) ;         // To tranfer pointer to UnfoldingChiSquare
290
291   // filling initial values for fit parameters
292   AliPHOSDigit * digit ;
293
294   Int_t ierflg  = 0; 
295   Int_t index   = 0 ;
296   Int_t nDigits = (Int_t) nPar / 3 ;
297
298   Int_t iDigit ;
299
300   for(iDigit = 0; iDigit < nDigits; iDigit++){
301     digit = maxAt[iDigit]; 
302
303     Int_t relid[4] ;
304     Float_t x = 0.;
305     Float_t z = 0.;
306     fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
307     fGeom->RelPosInModule(relid, x, z) ;
308
309     Float_t energy = maxAtEnergy[iDigit] ;
310
311     gMinuit->mnparm(index, "x",  x, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
312     index++ ;   
313     if(ierflg != 0){ 
314       Warning("FindFit", "PHOS Unfolding unable to set initial value for fit procedure : x = %f\n", x ) ;
315       return kFALSE;
316     }
317     gMinuit->mnparm(index, "z",  z, 0.1, 0, 0, ierflg) ;
318     index++ ;   
319     if(ierflg != 0){
320        Warning("FindFit", "PHOS Unfolding unable to set initial value for fit procedure : z =%f\n", z ) ;
321       return kFALSE;
322     }
323     gMinuit->mnparm(index, "Energy",  energy , 0.05*energy, 0., 4.*energy, ierflg) ;
324     index++ ;   
325     if(ierflg != 0){
326       Warning("FindFit", "PHOS Unfolding unable to set initial value for fit procedure : energy = %f\n", energy ) ;      
327       return kFALSE;
328     }
329   }
330
331   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; The number of function call slightly
332                       //  depends on it. 
333   Double_t p1 = 1.0 ;
334   Double_t p2 = 0.0 ;
335
336   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls  
337   gMinuit->mnexcm("SET GRA", &p1, 1, ierflg) ;   // force TMinuit to use my gradient  
338   gMinuit->SetMaxIterations(5);
339   gMinuit->mnexcm("SET NOW", &p2 , 0, ierflg) ;  // No Warnings
340
341   gMinuit->mnexcm("MIGRAD", &p0, 0, ierflg) ;    // minimize 
342
343   if(ierflg == 4){  // Minimum not found   
344     Warning("FindFit", "PHOS Unfolding fit not converged, cluster abandoned\n" );      
345     return kFALSE ;
346   }            
347   for(index = 0; index < nPar; index++){
348     Double_t err ;
349     Double_t val ;
350     gMinuit->GetParameter(index, val, err) ;    // Returns value and error of parameter index
351     fitparameters[index] = val ;
352    }
353
354   delete toMinuit ;
355   return kTRUE;
356
357 }
358
359
360 //____________________________________________________________________________
361 void AliPHOSClusterizerv1::Init()
362 {
363   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
364   // Attach the Clusterizer task to the list of PHOS tasks
365  
366   fEmcCrystals = fGeom->GetNModules() *  fGeom->GetNCristalsInModule() ;
367
368   if(!gMinuit) 
369     gMinuit = new TMinuit(100);
370
371   if (!fgCalibData) 
372     fgCalibData = new AliPHOSCalibData(-1); //use AliCDBManager's run number
373   if (fgCalibData->GetCalibDataEmc() == 0)
374     AliFatal("Calibration parameters for PHOS EMC not found. Stop reconstruction.\n");
375   if (fgCalibData->GetCalibDataCpv() == 0)   
376     AliFatal("Calibration parameters for PHOS CPV not found. Stop reconstruction.\n");   
377
378 }
379
380 //____________________________________________________________________________
381 void AliPHOSClusterizerv1::InitParameters()
382 {
383
384   fNumberOfCpvClusters     = 0 ; 
385   fNumberOfEmcClusters     = 0 ; 
386
387   const AliPHOSRecoParam* recoParam = AliPHOSReconstructor::GetRecoParam();
388   if(!recoParam) AliFatal("Reconstruction parameters are not set!");
389
390   recoParam->Print();
391
392   fEmcClusteringThreshold  = recoParam->GetEMCClusteringThreshold();
393   fCpvClusteringThreshold  = recoParam->GetCPVClusteringThreshold();
394   
395   fEmcLocMaxCut            = recoParam->GetEMCLocalMaxCut();
396   fCpvLocMaxCut            = recoParam->GetCPVLocalMaxCut();
397
398   fW0                      = recoParam->GetEMCLogWeight();
399   fW0CPV                   = recoParam->GetCPVLogWeight();
400
401   fEmcTimeGate             = 1.e-6 ;  //10 sample steps
402   fEcoreRadius             = recoParam->GetEMCEcoreRadius();
403   
404   fToUnfold                = recoParam->EMCToUnfold() ;
405     
406   fWrite                   = kTRUE ;
407 }
408
409 //____________________________________________________________________________
410 Int_t AliPHOSClusterizerv1::AreNeighbours(AliPHOSDigit * d1, AliPHOSDigit * d2)const
411 {
412   // Gives the neighbourness of two digits = 0 are not neighbour but continue searching 
413   //                                       = 1 are neighbour
414   //                                       = 2 are not neighbour but do not continue searching
415   //                                       =-1 are not neighbour, continue searching, but do not look before d2 next time
416   // neighbours are defined as digits having at least a common vertex 
417   // The order of d1 and d2 is important: first (d1) should be a digit already in a cluster 
418   //                                      which is compared to a digit (d2)  not yet in a cluster  
419
420   Int_t relid1[4] ; 
421   fGeom->AbsToRelNumbering(d1->GetId(), relid1) ; 
422
423   Int_t relid2[4] ; 
424   fGeom->AbsToRelNumbering(d2->GetId(), relid2) ; 
425  
426   if ( (relid1[0] == relid2[0]) && (relid1[1]==relid2[1]) ) { // inside the same PHOS module 
427     Int_t rowdiff = TMath::Abs( relid1[2] - relid2[2] ) ;  
428     Int_t coldiff = TMath::Abs( relid1[3] - relid2[3] ) ;  
429     
430     if (( coldiff <= 1 )  && ( rowdiff <= 1 )){   //At least common vertex
431       //    if (( relid1[2]==relid2[2] && coldiff <= 1 )  || ( relid1[3]==relid2[3] &&  rowdiff <= 1 )){ //common side
432       if((relid1[1] != 0) || (TMath::Abs(d1->GetTime() - d2->GetTime() ) < fEmcTimeGate))
433       return 1 ; 
434     }
435     else {
436       if((relid2[2] > relid1[2]) && (relid2[3] > relid1[3]+1)) 
437         return 2; //  Difference in row numbers is too large to look further 
438     }
439     return 0 ;
440
441   } 
442   else {
443     if(relid1[0] > relid2[0] && relid1[1]==relid2[1] ) //we switched to the next module
444       return -1 ;
445     if(relid1[1] < relid2[1]) //we switched from EMC(0) to CPV(-1)
446       return -1 ;
447     
448     return 2 ;
449
450   }
451
452   return 0 ; 
453 }
454 //____________________________________________________________________________
455 Bool_t AliPHOSClusterizerv1::IsInEmc(AliPHOSDigit * digit) const
456 {
457   // Tells if (true) or not (false) the digit is in a PHOS-EMC module
458  
459   Bool_t rv = kFALSE ; 
460
461   Int_t nEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();  
462
463   if(digit->GetId() <= nEMC )   rv = kTRUE; 
464
465   return rv ; 
466 }
467
468 //____________________________________________________________________________
469 Bool_t AliPHOSClusterizerv1::IsInCpv(AliPHOSDigit * digit) const
470 {
471   // Tells if (true) or not (false) the digit is in a PHOS-CPV module
472  
473   Bool_t rv = kFALSE ; 
474   
475   Int_t nEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();
476
477   if(digit->GetId() > nEMC )   rv = kTRUE;
478
479   return rv ; 
480 }
481
482 //____________________________________________________________________________
483 void AliPHOSClusterizerv1::WriteRecPoints()
484 {
485
486   // Creates new branches with given title
487   // fills and writes into TreeR.
488
489   Int_t index ;
490   //Evaluate position, dispersion and other RecPoint properties..
491   Int_t nEmc = fEMCRecPoints->GetEntriesFast();
492   Float_t emcMinE= AliPHOSReconstructor::GetRecoParam()->GetEMCMinE(); //Minimal digit energy
493   TVector3 fakeVtx(0.,0.,0.) ;
494   for(index = 0; index < nEmc; index++){
495     AliPHOSEmcRecPoint * rp =
496       dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(index) );
497     rp->Purify(emcMinE) ;
498     if(rp->GetMultiplicity()==0){
499       fEMCRecPoints->RemoveAt(index) ;
500       delete rp ;
501       continue;
502     }
503
504     // No vertex is available now, calculate corrections in PID
505     rp->EvalAll(fDigitsArr) ;
506     rp->EvalCoreEnergy(fW0,fEcoreRadius,fDigitsArr) ;
507     rp->EvalAll(fW0,fakeVtx,fDigitsArr) ;
508     rp->EvalLocal2TrackingCSTransform();
509   }
510   fEMCRecPoints->Compress() ;
511   fEMCRecPoints->Sort() ; 
512   //  fEMCRecPoints->Expand(fEMCRecPoints->GetEntriesFast()) ;
513   for(index = 0; index < fEMCRecPoints->GetEntries(); index++){
514     dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(index) )->SetIndexInList(index) ;
515   }
516   
517   //For each rec.point set the distance to the nearest bad crystal (BVP)
518   SetDistancesToBadChannels();
519
520   //Now the same for CPV
521   for(index = 0; index < fCPVRecPoints->GetEntries(); index++){
522     AliPHOSCpvRecPoint * rp = dynamic_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(index) );
523     rp->EvalAll(fDigitsArr) ;
524     rp->EvalAll(fW0CPV,fakeVtx,fDigitsArr) ;
525     rp->EvalLocal2TrackingCSTransform();
526   }
527   fCPVRecPoints->Sort() ;
528   
529   for(index = 0; index < fCPVRecPoints->GetEntries(); index++)
530     dynamic_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(index) )->SetIndexInList(index) ;
531   
532   fCPVRecPoints->Expand(fCPVRecPoints->GetEntriesFast()) ;
533   
534   if(fWrite){ //We write TreeR
535     fTreeR->Fill();
536   }
537 }
538
539 //____________________________________________________________________________
540 void AliPHOSClusterizerv1::MakeClusters()
541 {
542   // Steering method to construct the clusters stored in a list of Reconstructed Points
543   // A cluster is defined as a list of neighbour digits
544
545   fNumberOfCpvClusters     = 0 ;
546   fNumberOfEmcClusters     = 0 ;
547
548   //Mark all digits as unused yet
549   const Int_t maxNDigits = 3584; // There is no clusters larger than PHOS module ;)
550   Int_t nDigits=fDigitsArr->GetEntriesFast() ;
551
552   for(Int_t i=0; i<nDigits; i++){
553     fDigitsUsed[i]=0 ;
554   }
555   Int_t iFirst = 0 ; //first index of digit which potentially can be a part of cluster
556                      //e.g. first digit in this module, first CPV digit etc.
557   AliPHOSDigit * digit ; 
558   TArrayI clusterdigitslist(maxNDigits) ;   
559   AliPHOSRecPoint * clu = 0 ; 
560   for(Int_t i=0; i<nDigits; i++){
561     if(fDigitsUsed[i])
562       continue ;
563
564     digit=static_cast<AliPHOSDigit*>(fDigitsArr->At(i)) ;
565
566     clu=0 ;
567
568     Int_t index ;
569
570     //is this digit so energetic that start cluster?
571     if (( IsInEmc(digit) &&  Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()) > fEmcClusteringThreshold ) || 
572         ( IsInCpv(digit) &&  Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()) > fCpvClusteringThreshold ) ) {
573       Int_t iDigitInCluster = 0 ; 
574       if  ( IsInEmc(digit) ) {   
575         // start a new EMC RecPoint
576         if(fNumberOfEmcClusters >= fEMCRecPoints->GetSize()) 
577           fEMCRecPoints->Expand(2*fNumberOfEmcClusters+1) ;
578           
579         fEMCRecPoints->AddAt(new  AliPHOSEmcRecPoint(""), fNumberOfEmcClusters) ;
580         clu = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(fNumberOfEmcClusters) ) ; 
581         fNumberOfEmcClusters++ ; 
582         clu->AddDigit(*digit, Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()),CalibrateT(digit->GetTime(),digit->GetId())) ;
583         clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList() ;
584         iDigitInCluster++ ;
585         fDigitsUsed[i]=kTRUE ; 
586       } else { 
587         // start a new CPV cluster
588         if(fNumberOfCpvClusters >= fCPVRecPoints->GetSize()) 
589           fCPVRecPoints->Expand(2*fNumberOfCpvClusters+1);
590
591         fCPVRecPoints->AddAt(new AliPHOSCpvRecPoint(""), fNumberOfCpvClusters) ;
592         clu =  static_cast<AliPHOSCpvRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(fNumberOfCpvClusters) ) ;  
593         fNumberOfCpvClusters++ ; 
594         clu->AddDigit(*digit,  Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()),0.) ; // no timing information in CPV
595         clusterdigitslist[iDigitInCluster] = digit->GetIndexInList()  ;        
596         iDigitInCluster++ ; 
597         fDigitsUsed[i]=kTRUE ;
598       } // else        
599
600       //Now scan remaining digits in list to find neigbours of our seed
601  
602       AliPHOSDigit * digitN ; 
603       index = 0 ;
604       while (index < iDigitInCluster){ // scan over digits already in cluster 
605         digit =  static_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At(clusterdigitslist[index]) )  ;      
606         index++ ; 
607         for(Int_t j=iFirst; j<nDigits; j++){
608           if (iDigitInCluster >= maxNDigits) {
609             AliError(Form("The number of digits in cluster is more than %d, skip the rest of event",
610                           maxNDigits));
611             return;
612           }
613           if(fDigitsUsed[j]) 
614             continue ;        //look through remaining digits
615           digitN = static_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At(j) ) ;
616           Int_t ineb = AreNeighbours(digit, digitN);       // call (digit,digitN) in THAT oder !!!!!
617           switch (ineb ) {
618           case -1:   //too early (e.g. previous module), do not look before j at subsequent passes
619             iFirst=j ;
620             break ;
621           case 0 :   // not a neighbour
622             break ;
623           case 1 :   // are neighbours 
624             clu->AddDigit(*digitN, Calibrate(digitN->GetEnergy(),digitN->GetId()),CalibrateT(digitN->GetTime(),digitN->GetId())) ;
625             clusterdigitslist[iDigitInCluster] = j ; 
626             iDigitInCluster++ ; 
627             fDigitsUsed[j]=kTRUE ;
628             break ;
629           case 2 :   // too far from each other
630             goto endOfLoop;   
631           } // switch
632           
633         }
634         
635         endOfLoop: ; //scanned all possible neighbours for this digit
636         
637       } // loop over cluster     
638     } // energy theshold  
639   }
640
641 }
642
643 //____________________________________________________________________________
644 void AliPHOSClusterizerv1::MakeUnfolding()
645 {
646   // Unfolds clusters using the shape of an ElectroMagnetic shower
647   // Performs unfolding of all EMC/CPV clusters
648
649   // Unfold first EMC clusters 
650   if(fNumberOfEmcClusters > 0){
651
652     Int_t nModulesToUnfold = fGeom->GetNModules() ; 
653
654     Int_t numberofNotUnfolded = fNumberOfEmcClusters ; 
655     Int_t index ;   
656     for(index = 0 ; index < numberofNotUnfolded ; index++){
657       
658       AliPHOSEmcRecPoint * emcRecPoint = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(index) ) ;
659       if(emcRecPoint->GetPHOSMod()> nModulesToUnfold)
660         break ;
661       
662       Int_t nMultipl = emcRecPoint->GetMultiplicity() ; 
663       AliPHOSDigit ** maxAt = new AliPHOSDigit*[nMultipl] ;
664       Float_t * maxAtEnergy = new Float_t[nMultipl] ;
665       Int_t nMax = emcRecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fEmcLocMaxCut,fDigitsArr) ;
666       
667       if( nMax > 1 ) {     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0       
668         UnfoldCluster(emcRecPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
669
670         fEMCRecPoints->Remove(emcRecPoint); 
671         fEMCRecPoints->Compress() ;
672         index-- ;
673         fNumberOfEmcClusters -- ;
674         numberofNotUnfolded-- ;
675       }
676       else{
677         emcRecPoint->SetNExMax(1) ; //Only one local maximum
678       }
679       
680       delete[] maxAt ; 
681       delete[] maxAtEnergy ; 
682     }
683   } 
684   // Unfolding of EMC clusters finished
685
686
687   // Unfold now CPV clusters
688   if(fNumberOfCpvClusters > 0){
689     
690     Int_t nModulesToUnfold = fGeom->GetNModules() ;
691
692     Int_t numberofCpvNotUnfolded = fNumberOfCpvClusters ;     
693     Int_t index ;   
694     for(index = 0 ; index < numberofCpvNotUnfolded ; index++){
695       
696       AliPHOSRecPoint * recPoint = dynamic_cast<AliPHOSRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(index) ) ;
697
698       if(recPoint->GetPHOSMod()> nModulesToUnfold)
699         break ;
700       
701       AliPHOSEmcRecPoint * emcRecPoint = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint*>(recPoint) ; 
702       
703       Int_t nMultipl = emcRecPoint->GetMultiplicity() ; 
704       AliPHOSDigit ** maxAt = new AliPHOSDigit*[nMultipl] ;
705       Float_t * maxAtEnergy = new Float_t[nMultipl] ;
706       Int_t nMax = emcRecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fCpvLocMaxCut,fDigitsArr) ;
707       
708       if( nMax > 1 ) {     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0       
709         UnfoldCluster(emcRecPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
710         fCPVRecPoints->Remove(emcRecPoint); 
711         fCPVRecPoints->Compress() ;
712         index-- ;
713         numberofCpvNotUnfolded-- ;
714         fNumberOfCpvClusters-- ;
715       }
716       
717       delete[] maxAt ; 
718       delete[] maxAtEnergy ; 
719     } 
720   }
721   //Unfolding of Cpv clusters finished
722   
723 }
724
725 //____________________________________________________________________________
726 Double_t  AliPHOSClusterizerv1::ShowerShape(Double_t x, Double_t z)
727
728   // Shape of the shower (see PHOS TDR)
729   // If you change this function, change also the gradient evaluation in ChiSquare()
730
731   //for the moment we neglect dependence on the incident angle.  
732
733   Double_t r2    = x*x + z*z ;
734   Double_t r4    = r2*r2 ;
735   Double_t r295  = TMath::Power(r2, 2.95/2.) ;
736   Double_t shape = TMath::Exp( -r4 * (1. / (2.32 + 0.26 * r4) + 0.0316 / (1 + 0.0652 * r295) ) ) ;
737   return shape ;
738 }
739
740 //____________________________________________________________________________
741 void  AliPHOSClusterizerv1::UnfoldCluster(AliPHOSEmcRecPoint * iniEmc, 
742                                           Int_t nMax, 
743                                           AliPHOSDigit ** maxAt, 
744                                           Float_t * maxAtEnergy)
745
746   // Performs the unfolding of a cluster with nMax overlapping showers 
747
748   Int_t nPar = 3 * nMax ;
749   Float_t * fitparameters = new Float_t[nPar] ;
750
751   Bool_t rv = FindFit(iniEmc, maxAt, maxAtEnergy, nPar, fitparameters) ;
752
753   if( !rv ) {
754     // Fit failed, return and remove cluster
755     iniEmc->SetNExMax(-1) ;
756     delete[] fitparameters ; 
757     return ;
758   }
759
760   // create ufolded rec points and fill them with new energy lists
761   // First calculate energy deposited in each sell in accordance with fit (without fluctuations): efit[]
762   // and later correct this number in acordance with actual energy deposition
763
764   Int_t nDigits = iniEmc->GetMultiplicity() ;  
765   Float_t * efit = new Float_t[nDigits] ;
766   Float_t xDigit=0.,zDigit=0. ;
767   Float_t xpar=0.,zpar=0.,epar=0.  ;
768   Int_t relid[4] ;
769   AliPHOSDigit * digit = 0 ;
770   Int_t * emcDigits = iniEmc->GetDigitsList() ;
771
772   TVector3 vIncid ;
773
774   Int_t iparam ;
775   Int_t iDigit ;
776   for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
777     digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At(emcDigits[iDigit] ) ) ;   
778     fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
779     fGeom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
780     efit[iDigit] = 0;
781
782     iparam = 0 ;    
783     while(iparam < nPar ){
784       xpar = fitparameters[iparam] ;
785       zpar = fitparameters[iparam+1] ;
786       epar = fitparameters[iparam+2] ;
787       iparam += 3 ;
788 //      fGeom->GetIncidentVector(fVtx,relid[0],xpar,zpar,vIncid) ;
789 //      efit[iDigit] += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vIncid) ;
790       efit[iDigit] += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
791     }
792   }
793   
794   // Now create new RecPoints and fill energy lists with efit corrected to fluctuations
795   // so that energy deposited in each cell is distributed betwin new clusters proportionally
796   // to its contribution to efit
797
798   Float_t * emcEnergies = iniEmc->GetEnergiesList() ;
799   Float_t ratio ;
800
801   iparam = 0 ;
802   while(iparam < nPar ){
803     xpar = fitparameters[iparam] ;
804     zpar = fitparameters[iparam+1] ;
805     epar = fitparameters[iparam+2] ;
806     iparam += 3 ;    
807 //    fGeom->GetIncidentVector(fVtx,iniEmc->GetPHOSMod(),xpar,zpar,vIncid) ;
808
809     AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = 0 ;  
810
811     if(iniEmc->IsEmc()){ //create new entries in fEMCRecPoints...
812       
813       if(fNumberOfEmcClusters >= fEMCRecPoints->GetSize())
814         fEMCRecPoints->Expand(2*fNumberOfEmcClusters) ;
815       
816       (*fEMCRecPoints)[fNumberOfEmcClusters] = new AliPHOSEmcRecPoint("") ;
817       emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fEMCRecPoints->At(fNumberOfEmcClusters) ) ;
818       fNumberOfEmcClusters++ ;
819       emcRP->SetNExMax((Int_t)nPar/3) ;
820     }
821     else{//create new entries in fCPVRecPoints
822       if(fNumberOfCpvClusters >= fCPVRecPoints->GetSize())
823         fCPVRecPoints->Expand(2*fNumberOfCpvClusters) ;
824       
825       (*fCPVRecPoints)[fNumberOfCpvClusters] = new AliPHOSCpvRecPoint("") ;
826       emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( fCPVRecPoints->At(fNumberOfCpvClusters) ) ;
827       fNumberOfCpvClusters++ ;
828     }
829     
830     Float_t eDigit ;
831     for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
832       digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( fDigitsArr->At( emcDigits[iDigit] ) ) ; 
833       fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
834       fGeom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
835 //      ratio = epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vIncid) / efit[iDigit] ; 
836       ratio = epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) / efit[iDigit] ; 
837       eDigit = emcEnergies[iDigit] * ratio ;
838       emcRP->AddDigit( *digit, eDigit,CalibrateT(digit->GetTime(),digit->GetId()) ) ;
839     }        
840   }
841  
842   delete[] fitparameters ; 
843   delete[] efit ; 
844   
845 }
846
847 //_____________________________________________________________________________
848 void AliPHOSClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad, Double_t & fret, Double_t * x, Int_t iflag)
849 {
850   // Calculates the Chi square for the cluster unfolding minimization
851   // Number of parameters, Gradient, Chi squared, parameters, what to do
852
853   TList * toMinuit = dynamic_cast<TList*>( gMinuit->GetObjectFit() ) ;
854
855   AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint*>( toMinuit->At(0) )  ;
856   TClonesArray * digits = dynamic_cast<TClonesArray*>( toMinuit->At(1) )  ;
857   // A bit buggy way to get an access to the geometry
858   // To be revised!
859   AliPHOSGeometry *geom = dynamic_cast<AliPHOSGeometry *>(toMinuit->At(2));
860
861 //  TVector3 * vtx = dynamic_cast<TVector3*>(toMinuit->At(3)) ;  //Vertex position
862   
863   //  AliPHOSEmcRecPoint * emcRP = dynamic_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>( gMinuit->GetObjectFit() ) ; // EmcRecPoint to fit
864
865   Int_t * emcDigits     = emcRP->GetDigitsList() ;
866
867   Int_t nOdigits = emcRP->GetDigitsMultiplicity() ; 
868
869   Float_t * emcEnergies = emcRP->GetEnergiesList() ;
870   
871 //  TVector3 vInc ;
872   fret = 0. ;     
873   Int_t iparam ;
874
875   if(iflag == 2)
876     for(iparam = 0 ; iparam < nPar ; iparam++)    
877       Grad[iparam] = 0 ; // Will evaluate gradient
878   
879   Double_t efit ;    
880
881   AliPHOSDigit * digit ;
882   Int_t iDigit ;
883
884   for( iDigit = 0 ; iDigit < nOdigits ; iDigit++) {
885
886     digit = dynamic_cast<AliPHOSDigit*>( digits->At( emcDigits[iDigit] ) ); 
887
888     Int_t relid[4] ;
889     Float_t xDigit ;
890     Float_t zDigit ;
891
892     geom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(), relid) ;
893
894     geom->RelPosInModule(relid, xDigit, zDigit) ;
895
896      if(iflag == 2){  // calculate gradient
897        Int_t iParam = 0 ;
898        efit = 0 ;
899        while(iParam < nPar ){
900          Double_t dx = (xDigit - x[iParam]) ;
901          iParam++ ; 
902          Double_t dz = (zDigit - x[iParam]) ; 
903          iParam++ ;          
904 //         fGeom->GetIncidentVector(*vtx,emcRP->GetPHOSMod(),x[iParam-2],x[iParam-1],vInc) ;
905 //         efit += x[iParam] * ShowerShape(dx,dz,vInc) ;
906          efit += x[iParam] * ShowerShape(dx,dz) ;
907          iParam++ ;
908        }
909        Double_t sum = 2. * (efit - emcEnergies[iDigit]) / emcEnergies[iDigit] ; // Here we assume, that sigma = sqrt(E) 
910        iParam = 0 ;
911        while(iParam < nPar ){
912          Double_t xpar = x[iParam] ;
913          Double_t zpar = x[iParam+1] ;
914          Double_t epar = x[iParam+2] ;
915 //         fGeom->GetIncidentVector(*vtx,emcRP->GetPHOSMod(),xpar,zpar,vInc) ;
916          Double_t dr = TMath::Sqrt( (xDigit - xpar) * (xDigit - xpar) + (zDigit - zpar) * (zDigit - zpar) );
917 //         Double_t shape = sum * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vInc) ;
918          Double_t shape = sum * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
919 //DP: No incident angle dependence in gradient yet!!!!!!
920          Double_t r4 = dr*dr*dr*dr ;
921          Double_t r295 = TMath::Power(dr,2.95) ;
922          Double_t deriv =-4. * dr*dr * ( 2.32 / ( (2.32 + 0.26 * r4) * (2.32 + 0.26 * r4) ) +
923                                          0.0316 * (1. + 0.0171 * r295) / ( ( 1. + 0.0652 * r295) * (1. + 0.0652 * r295) ) ) ;
924          
925          Grad[iParam] += epar * shape * deriv * (xpar - xDigit) ;  // Derivative over x    
926          iParam++ ; 
927          Grad[iParam] += epar * shape * deriv * (zpar - zDigit) ;  // Derivative over z         
928          iParam++ ; 
929          Grad[iParam] += shape ;                                  // Derivative over energy             
930          iParam++ ; 
931        }
932      }
933      efit = 0;
934      iparam = 0 ;
935
936      while(iparam < nPar ){
937        Double_t xpar = x[iparam] ;
938        Double_t zpar = x[iparam+1] ;
939        Double_t epar = x[iparam+2] ;
940        iparam += 3 ;
941 //       fGeom->GetIncidentVector(*vtx,emcRP->GetPHOSMod(),xpar,zpar,vInc) ;
942 //       efit += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar,vInc) ;
943        efit += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
944      }
945
946      fret += (efit-emcEnergies[iDigit])*(efit-emcEnergies[iDigit])/emcEnergies[iDigit] ; 
947      // Here we assume, that sigma = sqrt(E)
948   }
949
950 }
951
952 //____________________________________________________________________________
953 void AliPHOSClusterizerv1::Print(const Option_t *)const
954 {
955   // Print clusterizer parameters
956
957   TString message ; 
958   TString taskName(GetName()) ; 
959   taskName.ReplaceAll(Version(), "") ;
960   
961   if( strcmp(GetName(), "") !=0 ) {  
962     // Print parameters
963     message  = "\n--------------- %s %s -----------\n" ; 
964     message += "Clusterizing digits from the file: %s\n" ;
965     message += "                           Branch: %s\n" ; 
966     message += "                       EMC Clustering threshold = %f\n" ; 
967     message += "                       EMC Local Maximum cut    = %f\n" ; 
968     message += "                       EMC Logarothmic weight   = %f\n" ;
969     message += "                       CPV Clustering threshold = %f\n" ;
970     message += "                       CPV Local Maximum cut    = %f\n" ;
971     message += "                       CPV Logarothmic weight   = %f\n" ;
972     if(fToUnfold)
973       message += " Unfolding on\n" ;
974     else
975       message += " Unfolding off\n" ;
976     
977     message += "------------------------------------------------------------------" ;
978   }
979   else 
980     message = " AliPHOSClusterizerv1 not initialized " ;
981   
982   AliInfo(Form("%s, %s %s %s %s %f %f %f %f %f %f", message.Data(),  
983        taskName.Data(), 
984        GetTitle(),
985        taskName.Data(), 
986        GetName(), 
987        fEmcClusteringThreshold, 
988        fEmcLocMaxCut, 
989        fW0, 
990        fCpvClusteringThreshold, 
991        fCpvLocMaxCut, 
992        fW0CPV )) ; 
993 }
994 //____________________________________________________________________________
995 void AliPHOSClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
996 {
997   // Prints list of RecPoints produced at the current pass of AliPHOSClusterizer
998
999   AliInfo(Form("\nFound %d EMC RecPoints and %d CPV RecPoints", 
1000                fEMCRecPoints->GetEntriesFast(),
1001                fCPVRecPoints->GetEntriesFast() ))  ;
1002  
1003   if(strstr(option,"all")) {
1004     printf("\n EMC clusters \n") ;
1005     printf("Index    Ene(MeV) Multi Module     X    Y   Z    Lambdas_1  Lambda_2  # of prim  Primaries list\n") ;      
1006     Int_t index ;
1007     for (index = 0 ; index < fEMCRecPoints->GetEntries() ; index++) {
1008       AliPHOSEmcRecPoint * rp = (AliPHOSEmcRecPoint * )fEMCRecPoints->At(index) ; 
1009       TVector3  locpos;  
1010       rp->GetLocalPosition(locpos);
1011       Float_t lambda[2]; 
1012       rp->GetElipsAxis(lambda);
1013       Int_t * primaries; 
1014       Int_t nprimaries;
1015       primaries = rp->GetPrimaries(nprimaries);
1016       printf("\n%6d  %8.2f  %3d     %2d     %4.1f   %4.1f   %4.1f   %4f  %4f    %2d     : ", 
1017               rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(), rp->GetPHOSMod(), 
1018               locpos.X(), locpos.Y(), locpos.Z(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
1019       
1020       for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
1021         printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
1022       }
1023       printf("\n") ;
1024     }
1025
1026     //Now plot CPV recPoints
1027     printf("\n CPV clusters \n") ;
1028     printf("Index    Ene(MeV) Module     X     Y    Z  \n") ;      
1029     for (index = 0 ; index < fCPVRecPoints->GetEntries() ; index++) {
1030       AliPHOSCpvRecPoint * rp = (AliPHOSCpvRecPoint * )fCPVRecPoints->At(index) ; 
1031       
1032       TVector3  locpos;  
1033       rp->GetLocalPosition(locpos);
1034       
1035       printf("\n%6d  %8.2f  %2d     %4.1f    %4.1f %4.1f \n", 
1036              rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetPHOSMod(), 
1037              locpos.X(), locpos.Y(), locpos.Z()) ; 
1038     }
1039   }
1040 }
1041
1042
1043 //____________________________________________________________________________
1044 void AliPHOSClusterizerv1::SetDistancesToBadChannels()
1045 {
1046   //For each EMC rec. point set the distance to the nearest bad crystal.
1047   //Author: Boris Polichtchouk 
1048
1049   if(!fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels()) return;
1050
1051   Int_t badIds[8000];
1052   memset(badIds,0,8000*sizeof(Int_t));
1053   fgCalibData->EmcBadChannelIds(badIds);
1054
1055   AliPHOSEmcRecPoint* rp;
1056
1057   TMatrixF gmat;
1058   TVector3 gposRecPoint; // global (in ALICE frame) position of rec. point
1059   TVector3 gposBadChannel; // global position of bad crystal
1060   TVector3 dR;
1061
1062   Float_t dist,minDist;
1063   Int_t relid[4]={0,0,0,0} ;
1064   TVector3 lpos ;
1065   for(Int_t iRP=0; iRP<fEMCRecPoints->GetEntries(); iRP++){
1066     rp = (AliPHOSEmcRecPoint*)fEMCRecPoints->At(iRP);
1067     //evaluate distance to border
1068     relid[0]=rp->GetPHOSMod() ;
1069     relid[2]=1 ;
1070     relid[3]=1 ;
1071     Float_t xcorner,zcorner;
1072     fGeom->RelPosInModule(relid,xcorner,zcorner) ; //coordinate of the corner cell
1073     rp->GetLocalPosition(lpos) ;
1074     minDist = 2.2+TMath::Min(-xcorner-TMath::Abs(lpos.X()),-zcorner-TMath::Abs(lpos.Z())); //2.2 - crystal size
1075     for(Int_t iBad=0; iBad<fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels(); iBad++) {
1076       fGeom->AbsToRelNumbering(badIds[iBad],relid)  ;
1077       if(relid[0]!=rp->GetPHOSMod()) //We can not evaluate global position directly since 
1078         continue ;                   //bad channels can be in the module which does not exist in simulations.
1079       rp->GetGlobalPosition(gposRecPoint,gmat);
1080       fGeom->RelPosInAlice(badIds[iBad],gposBadChannel);
1081       AliDebug(2,Form("BC position:[%.3f,%.3f,%.3f], RP position:[%.3f,%.3f,%.3f]. E=%.3f\n",
1082                       gposBadChannel.X(),gposBadChannel.Y(),gposBadChannel.Z(),
1083                       gposRecPoint.X(),gposRecPoint.Y(),gposRecPoint.Z(),rp->GetEnergy()));
1084       dR = gposBadChannel-gposRecPoint;
1085       dist = dR.Mag();
1086       if(dist<minDist) minDist = dist;
1087     }
1088
1089     rp->SetDistanceToBadCrystal(minDist); 
1090   }
1091
1092 }
1093 //==================================================================================
1094 Float_t AliPHOSClusterizerv1::Calibrate(Float_t amp, Int_t absId) const{
1095   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
1096
1097   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
1098
1099   //Determine rel.position of the cell absolute ID
1100   Int_t relId[4];
1101   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
1102   Int_t module=relId[0];
1103   Int_t row   =relId[2];
1104   Int_t column=relId[3];
1105   if(relId[1]){ //CPV
1106     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelCpv(module,column,row);
1107     return amp*calibration ;
1108   }   
1109   else{ //EMC
1110     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);
1111     return amp*calibration ;
1112   }
1113 }
1114 //==================================================================================
1115 Float_t AliPHOSClusterizerv1::CalibrateT(Float_t time, Int_t absId)const{
1116   // Calibrate time in EMC digit
1117
1118   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
1119
1120   //Determine rel.position of the cell absolute ID
1121   Int_t relId[4];
1122   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
1123   Int_t module=relId[0];
1124   Int_t row   =relId[2];
1125   Int_t column=relId[3];
1126   if(relId[1]){ //CPV
1127     return 0. ;
1128   }
1129   else{ //EMC
1130     time += fgCalibData->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
1131     return time ;
1132   }
1133 }
1134