PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx

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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 /* History of cvs commits:
  19  *
  20  * $Log$
  21  * Revision 1.101  2005/05/28 14:19:04  schutz
  22  * Compilation warnings fixed by T.P.
  23  *
  24  */
  25
  26 //_________________________________________________________________________
  27 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier
  28 // Particle identification based on the
  29 //     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
  30 //     - TOF
  31 //     - PCA: Principal Components Analysis..
  32 // The identified particle has an identification number corresponding
  33 // to a 9 bits number:
  34 //     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
  35 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification)
  36 //     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
  37 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification)
  38 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are
  39 //      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
  40 //      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the
  41 //      photon identification)
  42 //      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
  43 //      a previous analysis of the correlations between the particles. This
  44 //      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for
  45 //      energies between 0.5 and 100 GeV.
  46 //      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
  47 //      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose
  48 //      parameters where obtained through the study of the reconstructed
  49 //      energy distribution of monoenergetic photons.
  50 //
  51 //      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c)
  52 //      and calibration(1r-3c))are stored in a file called
  53 //      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is
  54 //      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a
  55 //      TMatrixD object.
  56 //
  57 // use case:
  58 //  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
  59 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  60 //          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles
  61             // TrackSegments and RecPoints are used
  62 //          // set file name for the branch RecParticles
  63 //  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
  64 //          // available options
  65 //          // "deb" - prints # of reconstructed particles
  66 //          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
  67 //          // "time" - prints benchmarking results
  68 //
  69 //  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
  70 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  71 //                //Split mode.
  72 //  root [3] p2->ExecuteTask()
  73 //
  74
  75
  76 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) &
  77 //            Gustavo Conesa April 2002
  78 //            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
  79 //            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
  80 //            files with the PCA, each one with different energy ranges
  81 //            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
  82 //            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
  83 //            studied the dependency of the ellipses parameters with the
  84 //            energy, and they are implemented in the code as a funtion
  85 //            of the energy.
  86 //
  87 //
  88 //
  89 // --- ROOT system ---
  90
  91
  92 // --- Standard library ---
  93 #include <TMatrixF.h>
  94 #include "TFormula.h"
  95 #include "TBenchmark.h"
  96 #include "TPrincipal.h"
  97 #include "TFile.h"
  98 #include "TSystem.h"
  99
 100 // --- AliRoot header files ---
 101               //#include "AliLog.h"
 102 #include "AliGenerator.h"
 103 #include "AliPHOS.h"
 104 #include "AliPHOSPIDv1.h"
 105 #include "AliPHOSGetter.h"
 106
 107 ClassImp( AliPHOSPIDv1)
 108
 109 //____________________________________________________________________________
 110 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
 111 {
 112   // default ctor
 113
 114   InitParameters() ;
 115   fDefaultInit = kTRUE ;
 116 }
 117
 118 //____________________________________________________________________________
 119 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
 120 {
 121   // ctor
 122   InitParameters() ;
 123   Init() ;
 124
 125 }
 126
 127 //____________________________________________________________________________
 128 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
 129 {
 130   //ctor with the indication on where to look for the track segments
 131
 132   InitParameters() ;
 133   Init() ;
 134   fDefaultInit = kFALSE ;
 135 }
 136
 137 //____________________________________________________________________________
 138 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
 139 {
 140   // dtor
 141   fPrincipalPhoton = 0;
 142   fPrincipalPi0 = 0;
 143
 144   delete [] fX ;       // Principal input
 145   delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
 146   delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
 147
 148   delete fParameters;
 149   delete fTFphoton;
 150   delete fTFpiong;
 151   delete fTFkaong;
 152   delete fTFkaonl;
 153   delete fTFhhadrong;
 154   delete fTFhhadronl;
 155   delete fDFmuon;
 156 }
 157 //____________________________________________________________________________
 158 const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const
 159 {
 160
 161   return GetName() ;
 162 }
 163
 164 //____________________________________________________________________________
 165 void AliPHOSPIDv1::Init()
 166 {
 167   // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
 168   // Add the PID task to the list of PHOS tasks
 169
 170   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
 171   if(!gime)
 172     gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ;
 173
 174   if ( !gime->PID() )
 175     gime->PostPID(this) ;
 176 }
 177
 178 //____________________________________________________________________________
 179 void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
 180 {
 181   // Initialize PID parameters
 182   fWrite                   = kTRUE ;
 183   fRecParticlesInRun = 0 ;
 184   fNEvent            = 0 ;
 185   fRecParticlesInRun = 0 ;
 186   fBayesian          = kTRUE ;
 187   SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
 188   SetEventRange(0,-1) ;
 189
 190   // initialisation of response function parameters
 191   // Tof
 192
 193 //   // Photons
 194 //   fTphoton[0] = 0.218    ;
 195 //   fTphoton[1] = 1.55E-8  ;
 196 //   fTphoton[2] = 5.05E-10 ;
 197 //   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ;
 198 //   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ;
 199
 200 //   // Pions
 201 //   //Gaus (0 to max probability)
 202 //   fTpiong[0] = 0.0971    ;
 203 //   fTpiong[1] = 1.58E-8  ;
 204 //   fTpiong[2] = 5.69E-10 ;
 205 //   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ;
 206 //   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ;
 207
 208 //   // Kaons
 209 //   //Gaus (0 to max probability)
 210 //   fTkaong[0] = 0.0542  ;
 211 //   fTkaong[1] = 1.64E-8 ;
 212 //   fTkaong[2] = 6.07E-10 ;
 213 //   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ;
 214 //   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ;
 215 //   //Landau (max probability to inf)
 216 //   fTkaonl[0] = 0.264   ;
 217 //   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ;
 218 //   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
 219 //   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ;
 220 //   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ;
 221
 222 //   //Heavy Hadrons
 223 //   //Gaus (0 to max probability)
 224 //   fThhadrong[0] = 0.0302   ;
 225 //   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ;
 226 //   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
 227 //   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ;
 228 //   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ;
 229 //   //Landau (max probability to inf)
 230 //   fThhadronl[0] = 0.139    ;
 231 //   fThhadronl[1] = 1.745E-8  ;
 232 //   fThhadronl[2] = 1.00E-9  ;
 233 //   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ;
 234 //   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ;
 235
 236   // Photons
 237   fTphoton[0] = 7.83E8   ;
 238   fTphoton[1] = 1.55E-8  ;
 239   fTphoton[2] = 5.09E-10 ;
 240   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ;
 241   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ;
 242
 243   // Pions
 244   //Gaus (0 to max probability)
 245   fTpiong[0] = 6.73E8    ;
 246   fTpiong[1] = 1.58E-8  ;
 247   fTpiong[2] = 5.87E-10 ;
 248   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ;
 249   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ;
 250
 251   // Kaons
 252   //Gaus (0 to max probability)
 253   fTkaong[0] = 3.93E8  ;
 254   fTkaong[1] = 1.64E-8 ;
 255   fTkaong[2] = 6.07E-10 ;
 256   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ;
 257   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ;
 258   //Landau (max probability to inf)
 259   fTkaonl[0] = 2.0E9    ;
 260   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ;
 261   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
 262   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ;
 263   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ;
 264
 265   //Heavy Hadrons
 266   //Gaus (0 to max probability)
 267   fThhadrong[0] = 2.02E8   ;
 268   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ;
 269   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
 270   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ;
 271   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ;
 272   //Landau (max probability to inf)
 273   fThhadronl[0] = 1.10E9    ;
 274   fThhadronl[1] = 1.74E-8   ;
 275   fThhadronl[2] = 1.00E-9   ;
 276   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ;
 277   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ;
 278
 279
 280
 281   // Shower shape: dispersion gaussian parameters
 282   // Photons
 283
 284 //   fDphoton[0] = 4.62e-2;  fDphoton[1] = 1.39e-2 ; fDphoton[2] = -3.80e-2;//constant
 285 //   fDphoton[3] = 1.53   ;  fDphoton[4] =-6.62e-2 ; fDphoton[5] = 0.339   ;//mean
 286 //   fDphoton[6] = 6.89e-2;  fDphoton[7] =-6.59e-2 ; fDphoton[8] = 0.194   ;//sigma
 287
 288 //   fDpi0[0] = 0.0586  ;  fDpi0[1] = 1.06E-3 ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
 289 //   fDpi0[3] = 2.67    ;  fDpi0[4] =-2.00E-2 ; fDpi0[5] = 9.37E-5 ;//mean
 290 //   fDpi0[6] = 0.153   ;  fDpi0[7] = 9.34E-4 ; fDpi0[8] =-1.49E-5 ;//sigma
 291
 292 //   fDhadron[0] = 1.61E-2 ;  fDhadron[1] = 3.03E-3 ; fDhadron[2] = 1.01E-2 ;//constant
 293 //   fDhadron[3] = 3.81    ;  fDhadron[4] = 0.232   ; fDhadron[5] =-1.25    ;//mean
 294 //   fDhadron[6] = 0.897   ;  fDhadron[7] = 0.0987  ; fDhadron[8] =-0.534   ;//sigma
 295
 296   fDphoton[0] = 1.5    ;  fDphoton[1] = 0.49    ; fDphoton[2] =-1.7E-2 ;//constant
 297   fDphoton[3] = 1.5    ;  fDphoton[4] = 4.0E-2  ; fDphoton[5] = 0.21   ;//mean
 298   fDphoton[6] = 4.8E-2 ;  fDphoton[7] =-0.12    ; fDphoton[8] = 0.27   ;//sigma
 299   fDphoton[9] = 16.; //for E>  fDphoton[9] parameters calculated at  fDphoton[9]
 300
 301   fDpi0[0] = 0.25      ;  fDpi0[1] = 3.3E-2     ; fDpi0[2] =-1.0e-5    ;//constant
 302   fDpi0[3] = 1.50      ;  fDpi0[4] = 398.       ; fDpi0[5] = 12.       ;//mean
 303   fDpi0[6] =-7.0E-2    ;  fDpi0[7] =-524.       ; fDpi0[8] = 22.       ;//sigma
 304   fDpi0[9] = 110.; //for E>  fDpi0[9] parameters calculated at  fDpi0[9]
 305
 306   fDhadron[0] = 6.5    ;  fDhadron[1] =-5.3     ; fDhadron[2] = 1.5    ;//constant
 307   fDhadron[3] = 3.8    ;  fDhadron[4] = 0.23    ; fDhadron[5] =-1.2    ;//mean
 308   fDhadron[6] = 0.88   ;  fDhadron[7] = 9.3E-2  ; fDhadron[8] =-0.51   ;//sigma
 309   fDhadron[9] = 2.; //for E>  fDhadron[9] parameters calculated at  fDhadron[9]
 310
 311   fDmuon[0] = 0.0631 ;
 312   fDmuon[1] = 1.4    ;
 313   fDmuon[2] = 0.0557 ;
 314   fDFmuon = new TFormula("Shower shape response to muons" , "landau") ;
 315   fDFmuon->SetParameters( fDmuon[0], fDmuon[1], fDmuon[2]) ;
 316
 317
 318   // x(CPV-EMC) distance gaussian parameters
 319
 320 //   fXelectron[0] = 8.06e-2 ;  fXelectron[1] = 1.00e-2; fXelectron[2] =-5.14e-2;//constant
 321 //   fXelectron[3] = 0.202   ;  fXelectron[4] = 8.15e-3; fXelectron[5] = 4.55   ;//mean
 322 //   fXelectron[6] = 0.334   ;  fXelectron[7] = 0.186  ; fXelectron[8] = 4.32e-2;//sigma
 323
 324 //   //charged hadrons gaus
 325 //   fXcharged[0] = 6.43e-3 ;  fXcharged[1] =-4.19e-5; fXcharged[2] = 1.42e-3;//constant
 326 //   fXcharged[3] = 2.75    ;  fXcharged[4] =-0.40   ; fXcharged[5] = 1.68   ;//mean
 327 //   fXcharged[6] = 3.135   ;  fXcharged[7] =-9.41e-2; fXcharged[8] = 1.31e-2;//sigma
 328
 329 //   // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
 330
 331 //   fZelectron[0] = 8.22e-2 ;  fZelectron[1] = 5.11e-3; fZelectron[2] =-3.05e-2;//constant
 332 //   fZelectron[3] = 3.09e-2 ;  fZelectron[4] = 5.87e-2; fZelectron[5] =-9.49e-2;//mean
 333 //   fZelectron[6] = 0.263   ;  fZelectron[7] =-9.02e-3; fZelectron[8] = 0.151 ;//sigma
 334
 335 //   //charged hadrons gaus
 336
 337 //   fZcharged[0] = 1.00e-2 ;  fZcharged[1] = 2.82E-4 ; fZcharged[2] = 2.87E-3 ;//constant
 338 //   fZcharged[3] =-4.68e-2 ;  fZcharged[4] =-9.21e-3 ; fZcharged[5] = 4.91e-2 ;//mean
 339 //   fZcharged[6] = 1.425   ;  fZcharged[7] =-5.90e-2 ; fZcharged[8] = 5.07e-2 ;//sigma
 340
 341
 342   fXelectron[0] =-1.6E-2 ;  fXelectron[1] = 0.77  ; fXelectron[2] =-0.15 ;//constant
 343   fXelectron[3] = 0.35   ;  fXelectron[4] = 0.25  ; fXelectron[5] = 4.12 ;//mean
 344   fXelectron[6] = 0.30   ;  fXelectron[7] = 0.11  ; fXelectron[8] = 0.16 ;//sigma
 345   fXelectron[9] = 3.; //for E>  fXelectron[9] parameters calculated at  fXelectron[9]
 346
 347   //charged hadrons gaus
 348   fXcharged[0] = 0.14    ;  fXcharged[1] =-3.0E-2 ; fXcharged[2] = 0     ;//constant
 349   fXcharged[3] = 1.4     ;  fXcharged[4] =-9.3E-2 ; fXcharged[5] = 1.4   ;//mean
 350   fXcharged[6] = 5.7     ;  fXcharged[7] = 0.27   ; fXcharged[8] =-1.8   ;//sigma
 351   fXcharged[9] = 1.2; //for E>  fXcharged[9] parameters calculated at  fXcharged[9]
 352
 353   // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
 354
 355   fZelectron[0] = 0.49   ;  fZelectron[1] = 0.53   ; fZelectron[2] =-9.8E-2 ;//constant
 356   fZelectron[3] = 2.8E-2 ;  fZelectron[4] = 5.0E-2 ; fZelectron[5] =-8.2E-2 ;//mean
 357   fZelectron[6] = 0.25   ;  fZelectron[7] =-1.7E-2 ; fZelectron[8] = 0.17   ;//sigma
 358   fZelectron[9] = 3.; //for E>  fZelectron[9] parameters calculated at  fZelectron[9]
 359
 360   //charged hadrons gaus
 361
 362   fZcharged[0] = 0.46    ;  fZcharged[1] =-0.65    ; fZcharged[2] = 0.52    ;//constant
 363   fZcharged[3] = 1.1E-2  ;  fZcharged[4] = 0.      ; fZcharged[5] = 0.      ;//mean
 364   fZcharged[6] = 0.60    ;  fZcharged[7] =-8.2E-2  ; fZcharged[8] = 0.45    ;//sigma
 365   fZcharged[9] = 1.2; //for E>  fXcharged[9] parameters calculated at  fXcharged[9]
 366
 367   //Threshold to differentiate between charged and neutral
 368   fChargedNeutralThreshold = 1e-5;
 369   fTOFEnThreshold          = 2;          //Maximum energy to use TOF
 370   fDispEnThreshold         = 0.5;       //Minimum energy to use shower shape
 371   fDispMultThreshold       = 3;       //Minimum multiplicity to use shower shape
 372
 373   //Weight to hadrons recontructed energy
 374
 375   fERecWeightPar[0] = 0.32 ;
 376   fERecWeightPar[1] = 3.8  ;
 377   fERecWeightPar[2] = 5.4E-3 ;
 378   fERecWeightPar[3] = 5.6E-2 ;
 379   fERecWeight = new TFormula("Weight for hadrons" , "[0]*exp(-x*[1])+[2]*exp(-x*[3])") ;
 380   fERecWeight ->SetParameters(fERecWeightPar[0],fERecWeightPar[1] ,fERecWeightPar[2] ,fERecWeightPar[3]) ;
 381
 382
 383   for (Int_t i =0; i<  AliPID::kSPECIESN ; i++)
 384     fInitPID[i] = 1.;
 385
 386 }
 387
 388 //________________________________________________________________________
 389 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t *option)
 390 {
 391   // Steering method to perform particle reconstruction and identification
 392   // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
 393   // This range is optionally set by SetEventRange().
 394   // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
 395
 396   if(strstr(option,"tim"))
 397     gBenchmark->Start("PHOSPID");
 398
 399   if(strstr(option,"print")) {
 400     Print() ;
 401     return ;
 402   }
 403
 404
 405   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
 406
 407   if (fLastEvent == -1)
 408     fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
 409   else
 410     fLastEvent = TMath::Min(fLastEvent,gime->MaxEvent());
 411   Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
 412
 413   Int_t ievent ;
 414   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
 415     gime->Event(ievent,"TR") ;
 416     if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
 417        gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
 418
 419       MakeRecParticles() ;
 420
 421       if(fBayesian)
 422         MakePID() ;
 423
 424       WriteRecParticles();
 425       if(strstr(option,"deb"))
 426         PrintRecParticles(option) ;
 427       //increment the total number of rec particles per run
 428       fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
 429     }
 430   }
 431   if(strstr(option,"deb"))
 432       PrintRecParticles(option);
 433   if(strstr(option,"tim")){
 434     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
 435     AliInfo(Form("took %f seconds for PID %f seconds per event",
 436          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),
 437          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents)) ;
 438   }
 439   if(fWrite)
 440     Unload();
 441 }
 442
 443 //________________________________________________________________________
 444 Double_t  AliPHOSPIDv1::GausF(Double_t  x, Double_t  y, Double_t * par)
 445 {
 446   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance),
 447   //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian
 448   //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
 449   //Float_t xorg = x;
 450   if (x > par[9]) x = par[9];
 451
 452   //Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
 453   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
 454   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
 455   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
 456
 457 //   if(xorg > 30)
 458 //     cout<<"En_in = "<<xorg<<"; En_out = "<<x<<"; cnt = "<<cnt
 459 //      <<"; mean = "<<mean<<"; sigma = "<<sigma<<endl;
 460
 461   //  Double_t arg    = - (y-mean) * (y-mean) / (2*sigma*sigma) ;
 462   //  return cnt * TMath::Exp(arg) ;
 463   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
 464     return cnt*TMath::Gaus(y,mean,sigma);
 465   }
 466   else
 467     return 0.;
 468
 469 }
 470 //________________________________________________________________________
 471 Double_t  AliPHOSPIDv1::GausPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
 472 {
 473   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance),
 474   //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian
 475   //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
 476
 477   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
 478   Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
 479   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
 480
 481   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
 482     return cnt*TMath::Gaus(y,mean,sigma);
 483   }
 484   else
 485     return 0.;
 486
 487
 488
 489 }
 490
 491 //____________________________________________________________________________
 492 const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
 493 {
 494   //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
 495   particle.ToLower();
 496   TString name;
 497   if      (particle=="photon")
 498     name = fFileNamePrincipalPhoton ;
 499   else if (particle=="pi0"   )
 500     name = fFileNamePrincipalPi0    ;
 501   else
 502     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
 503                   particle.Data()));
 504   return name;
 505 }
 506
 507 //____________________________________________________________________________
 508 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const
 509 {
 510   // Get the i-th parameter "Calibration"
 511   Float_t param = 0.;
 512   if (i>2 || i<0) {
 513     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
 514   } else
 515     param = (*fParameters)(0,i);
 516   return param;
 517 }
 518
 519 //____________________________________________________________________________
 520 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(Float_t e) const
 521 {
 522 //      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
 523 //      The energy of the reconstructed cluster is corrected with
 524 //      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained
 525 //      through the study of the reconstructed energy distribution of
 526 //      monoenergetic photons.
 527
 528   Float_t p[]={0.,0.,0.};
 529   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
 530   Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
 531   return enerec ;
 532
 533 }
 534
 535 //____________________________________________________________________________
 536 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const
 537 {
 538   // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
 539   Float_t param = 0.;
 540   if(i>2 || i<0) {
 541     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
 542   } else {
 543     axis.ToLower();
 544     if      (axis == "x")
 545       param = (*fParameters)(1,i);
 546     else if (axis == "z")
 547       param = (*fParameters)(2,i);
 548     else {
 549       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
 550     }
 551   }
 552   return  param;
 553 }
 554
 555 //____________________________________________________________________________
 556 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
 557 {
 558   // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and
 559   // Purity-Efficiency point
 560
 561   axis.ToLower();
 562   Float_t p[]={0.,0.,0.};
 563   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
 564   Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
 565   return sig;
 566 }
 567
 568 //____________________________________________________________________________
 569 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const
 570 {
 571   // Calculates the parameter param of the ellipse
 572
 573   particle.ToLower();
 574   param.   ToLower();
 575   Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
 576   Float_t value = 0.0;
 577   for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
 578   if (particle == "photon") {
 579     if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
 580     else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
 581     else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
 582   }
 583
 584  if (particle == "photon")
 585     value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
 586   else if (particle == "pi0")
 587     value = p[0] + p[1]*e + p[2]*e*e;
 588
 589   return value;
 590 }
 591
 592 //_____________________________________________________________________________
 593 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
 594 {
 595   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
 596   // for photons at high p_T
 597   Float_t param = 0;
 598   if (i>3 || i<0) {
 599     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
 600   } else
 601     param = (*fParameters)(14,i) ;
 602   return param;
 603 }
 604
 605 //____________________________________________________________________________
 606 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
 607 {
 608   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
 609   // for pi0 at high p_T
 610   Float_t param = 0;
 611   if (i>2 || i<0) {
 612     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
 613   } else
 614     param = (*fParameters)(15,i) ;
 615   return param;
 616 }
 617
 618 //____________________________________________________________________________
 619 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
 620 {
 621   // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
 622   // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
 623   Float_t param = 0.;
 624   if(i>2 || i<0) {
 625     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
 626   } else
 627     param = (*fParameters)(3,i) ;
 628   return param;
 629 }
 630
 631 //_____________________________________________________________________________
 632 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
 633 {
 634   // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse
 635   // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
 636
 637   particle.ToLower();
 638   param.   ToLower();
 639   Int_t offset = -1;
 640   if      (particle == "photon")
 641     offset=0;
 642   else if (particle == "pi0")
 643     offset=5;
 644   else
 645     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
 646                   particle.Data()));
 647
 648   Int_t p= -1;
 649   Float_t par = 0;
 650
 651   if     (param.Contains("a")) p=4+offset;
 652   else if(param.Contains("b")) p=5+offset;
 653   else if(param.Contains("c")) p=6+offset;
 654   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset;
 655   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
 656
 657   if      (i>4 || i<0) {
 658     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ;
 659   } else if (p==-1) {
 660     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ;
 661   } else
 662     par = (*fParameters)(p,i) ;
 663
 664   return par;
 665 }
 666
 667
 668 //____________________________________________________________________________
 669 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
 670 {
 671   // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
 672
 673   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
 674   TVector3 vecEmc ;
 675   TVector3 vecCpv ;
 676   if(cpv){
 677     emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
 678     cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ;
 679
 680     if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){
 681       // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
 682       // we assume, that particle moves from center
 683       Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
 684       Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
 685       dEMC         = dEMC / dCPV ;
 686       vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ;
 687       if (axis == "X") return vecCpv.X();
 688       if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
 689       if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
 690       if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
 691     }
 692     return 100000000 ;
 693   }
 694   return 100000000 ;
 695 }
 696 //____________________________________________________________________________
 697 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Int_t effPur, Float_t e) const
 698 {
 699   //Calculates the pid bit for the CPV selection per each purity.
 700   if(effPur>2 || effPur<0)
 701     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur));
 702
 703   Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
 704   Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
 705
 706   Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
 707   Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
 708   //Info("GetCPVBit"," xdist %f, sigx %f, zdist %f, sigz %f",deltaX, sigX, deltaZ,sigZ) ;
 709
 710   //if(deltaX>sigX*(effPur+1))
 711   //if((deltaX>sigX*(effPur+1)) || (deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
 712   if((deltaX>sigX*(effPur+1)) && (deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
 713     return 1;//Neutral
 714   else
 715     return 0;//Charged
 716 }
 717
 718 //____________________________________________________________________________
 719 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p, Int_t effPur, Float_t e)const
 720 {
 721   //Is the particle inside de PCA ellipse?
 722
 723   particle.ToLower();
 724   Int_t    prinbit  = 0 ;
 725   Float_t a  = GetEllipseParameter(particle,"a" , e);
 726   Float_t b  = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
 727   Float_t c  = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
 728   Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e);
 729   Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
 730
 731   Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) +
 732               TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
 733             c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
 734   //3 different ellipses defined
 735   if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
 736   if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
 737   if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
 738
 739   if(r<0)
 740     AliError("Negative square?") ;
 741
 742   return prinbit;
 743
 744 }
 745 //____________________________________________________________________________
 746 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
 747 {
 748   // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
 749   // if the second moment M2x is below the boundary
 750
 751   Float_t e   = emc->GetEnergy();
 752   if (e < 30.0) return 0;
 753   Float_t m2x = emc->GetM2x();
 754   Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
 755     TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
 756                 TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
 757     GetParameterPhotonBoundary(3);
 758   AliDebug(1, Form("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",
 759                        e,m2x,m2xBoundary));
 760   if (m2x < m2xBoundary)
 761     return 1;// A hard photon
 762   else
 763     return 0;// Not a hard photon
 764 }
 765
 766 //____________________________________________________________________________
 767 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
 768 {
 769   // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
 770   // if the second moment M2x is above the boundary
 771
 772   Float_t e   = emc->GetEnergy();
 773   if (e < 30.0) return 0;
 774   Float_t m2x = emc->GetM2x();
 775   Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
 776                     e * GetParameterPi0Boundary(1);
 777   AliDebug(1,Form("E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary));
 778   if (m2x > m2xBoundary)
 779     return 1;// A hard pi0
 780   else
 781     return 0;// Not a hard pi0
 782 }
 783
 784 //____________________________________________________________________________
 785 TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * )const
 786 {
 787   // Calculates the momentum direction:
 788   //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
 789   //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints
 790   //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were
 791   //  in case 1.
 792
 793   TVector3 dir(0,0,0) ;
 794   TMatrixF  dummy ;
 795
 796   emc->GetGlobalPosition(dir, dummy) ;
 797
 798   //account correction to the position of IP
 799   Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
 800   if(gAlice && gAlice->GetMCApp() && gAlice->Generator()){
 801     gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
 802   }
 803   else{
 804     xo=yo=zo=0.;
 805   }
 806   TVector3 origin(xo,yo,zo);
 807   dir = dir - origin ;
 808   dir.SetMag(1.) ;
 809
 810   return dir ;
 811 }
 812
 813 //________________________________________________________________________
 814 Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauF(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
 815 {
 816   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance),
 817   //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau
 818   //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
 819
 820   if (x > par[9]) x = par[9];
 821
 822   //Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
 823   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
 824   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
 825   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
 826
 827   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
 828     return cnt*TMath::Landau(y,mean,sigma);
 829   }
 830   else
 831     return 0.;
 832
 833 }
 834 //________________________________________________________________________
 835 Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
 836 {
 837
 838   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance),
 839   //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau
 840   //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
 841
 842   Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
 843   Double_t mean   = par[5] * (x*x) + par[4] * x + par[3] ;
 844   Double_t sigma  = par[8] * (x*x) + par[7] * x + par[6] ;
 845
 846    if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
 847     return cnt*TMath::Landau(y,mean,sigma);
 848   }
 849   else
 850     return 0.;
 851
 852
 853 }
 854 // //________________________________________________________________________
 855 // Double_t  AliPHOSPIDv1::ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl)
 856 // {
 857 //   Double_t cnt   = 0.0 ;
 858 //   Double_t mean  = 0.0 ;
 859 //   Double_t sigma = 0.0 ;
 860 //   Double_t arg   = 0.0 ;
 861 //   if (y < parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3]){
 862 //     cnt    = parg[1] / (x*x) + parg[2] / x + parg[0] ;
 863 //     mean   = parg[4] / (x*x) + parg[5] / x + parg[3] ;
 864 //     sigma  = parg[7] / (x*x) + parg[8] / x + parg[6] ;
 865 //     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0.,100.);
 866 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 867 //     arg  = f->Eval(y) ;
 868 //   }
 869 //   else{
 870 //     cnt    = parl[1] / (x*x) + parl[2] / x + parl[0] ;
 871 //     mean   = parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3] ;
 872 //     sigma  = parl[7] / (x*x) + parl[8] / x + parl[6] ;
 873 //     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
 874 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 875 //     arg  = f->Eval(y) ;
 876 //   }
 877 //   //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
 878 //   //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
 879
 880 //   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
 881 //   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
 882
 883 //   return arg;
 884
 885 // }
 886 //____________________________________________________________________________
 887 void  AliPHOSPIDv1::MakePID()
 888 {
 889   // construct the PID weight from a Bayesian Method
 890
 891   const Int_t kSPECIES = AliPID::kSPECIESN ;
 892
 893   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
 894
 895   Int_t nparticles = gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
 896
 897   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ;
 898   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ;
 899   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ;
 900   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
 901     AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;
 902   }
 903   TIter next(trackSegments) ;
 904   AliPHOSTrackSegment * ts ;
 905   Int_t index = 0 ;
 906
 907   Double_t * stof[kSPECIES] ;
 908   Double_t * sdp [kSPECIES]  ;
 909   Double_t * scpv[kSPECIES] ;
 910   Double_t * sw  [kSPECIES] ;
 911   //Info("MakePID","Begin MakePID");
 912
 913   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
 914     stof[i] = new Double_t[nparticles] ;
 915     sdp [i] = new Double_t[nparticles] ;
 916     scpv[i] = new Double_t[nparticles] ;
 917     sw  [i] = new Double_t[nparticles] ;
 918   }
 919
 920
 921   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
 922
 923     //cout<<">>>>>> Bayesian Index "<<index<<endl;
 924
 925     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
 926     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
 927       emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
 928
 929     AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
 930     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
 931       cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
 932
 933 //     Int_t track = 0 ;
 934 //     track = ts->GetTrackIndex() ; //TPC tracks ?
 935
 936     if (!emc) {
 937       AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
 938     }
 939
 940
 941     // ############Tof#############################
 942
 943     //    Info("MakePID", "TOF");
 944     Float_t  en   = emc->GetEnergy();
 945     Double_t time = emc->GetTime() ;
 946     //    cout<<">>>>>>>Energy "<<en<<"Time "<<time<<endl;
 947
 948     // now get the signals probability
 949     // s(pid) in the Bayesian formulation
 950
 951     stof[AliPID::kPhoton][index]   = 1.;
 952     stof[AliPID::kElectron][index] = 1.;
 953     stof[AliPID::kEleCon][index]   = 1.;
 954     //We assing the same prob to charged hadrons, sum is 1
 955     stof[AliPID::kPion][index]     = 1./3.;
 956     stof[AliPID::kKaon][index]     = 1./3.;
 957     stof[AliPID::kProton][index]   = 1./3.;
 958     //We assing the same prob to neutral hadrons, sum is 1
 959     stof[AliPID::kNeutron][index]  = 1./2.;
 960     stof[AliPID::kKaon0][index]    = 1./2.;
 961     stof[AliPID::kMuon][index]     = 1.;
 962
 963     if(en <  fTOFEnThreshold) {
 964
 965       Double_t pTofPion = fTFpiong ->Eval(time) ; //gaus distribution
 966       Double_t pTofKaon = 0;
 967
 968       if(time < fTkaonl[1])
 969         pTofKaon = fTFkaong  ->Eval(time) ; //gaus distribution
 970       else
 971         pTofKaon = fTFkaonl  ->Eval(time) ; //landau distribution
 972
 973       Double_t pTofNucleon = 0;
 974
 975       if(time < fThhadronl[1])
 976         pTofNucleon = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
 977       else
 978         pTofNucleon = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
 979       //We assing the same prob to neutral hadrons, sum is the average prob
 980       Double_t pTofNeHadron =  (pTofKaon + pTofNucleon)/2. ;
 981       //We assing the same prob to charged hadrons, sum is the average prob
 982       Double_t pTofChHadron =  (pTofPion + pTofKaon + pTofNucleon)/3. ;
 983
 984       stof[AliPID::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ;
 985       //gaus distribution
 986       stof[AliPID::kEleCon][index]   = stof[AliPID::kPhoton][index] ;
 987       //a conversion electron has the photon ToF
 988       stof[AliPID::kMuon][index]     = stof[AliPID::kPhoton][index] ;
 989
 990       stof[AliPID::kElectron][index] = pTofPion  ;
 991
 992       stof[AliPID::kPion][index]     =  pTofChHadron ;
 993       stof[AliPID::kKaon][index]     =  pTofChHadron ;
 994       stof[AliPID::kProton][index]   =  pTofChHadron ;
 995
 996       stof[AliPID::kKaon0][index]    =  pTofNeHadron ;
 997       stof[AliPID::kNeutron][index]  =  pTofNeHadron ;
 998     }
 999
1000     //    Info("MakePID", "Dispersion");
1001
1002     // ###########Shower shape: Dispersion####################
1003     Float_t dispersion = emc->GetDispersion();
1004     //dispersion is not well defined if the cluster is only in few crystals
1005
1006     sdp[AliPID::kPhoton][index]   = 1. ;
1007     sdp[AliPID::kElectron][index] = 1. ;
1008     sdp[AliPID::kPion][index]     = 1. ;
1009     sdp[AliPID::kKaon][index]     = 1. ;
1010     sdp[AliPID::kProton][index]   = 1. ;
1011     sdp[AliPID::kNeutron][index]  = 1. ;
1012     sdp[AliPID::kEleCon][index]   = 1. ;
1013     sdp[AliPID::kKaon0][index]    = 1. ;
1014     sdp[AliPID::kMuon][index]     = 1. ;
1015
1016     if(en > fDispEnThreshold && emc->GetMultiplicity() >  fDispMultThreshold){
1017       sdp[AliPID::kPhoton][index]   = GausF(en , dispersion, fDphoton) ;
1018       sdp[AliPID::kElectron][index] = sdp[AliPID::kPhoton][index] ;
1019       sdp[AliPID::kPion][index]     = LandauF(en , dispersion, fDhadron ) ;
1020       sdp[AliPID::kKaon][index]     = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
1021       sdp[AliPID::kProton][index]   = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
1022       sdp[AliPID::kNeutron][index]  = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
1023       sdp[AliPID::kEleCon][index]   = sdp[AliPID::kPhoton][index];
1024       sdp[AliPID::kKaon0][index]    = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
1025       sdp[AliPID::kMuon][index]     = fDFmuon ->Eval(dispersion) ;
1026       //landau distribution
1027     }
1028
1029 //      Info("MakePID","multiplicity %d, dispersion %f", emc->GetMultiplicity(), dispersion);
1030 //      Info("MakePID","ss: photon %f, hadron %f ",  sdp[AliPID::kPhoton][index],  sdp[AliPID::kPion][index]);
1031 //       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<", dispersion "<< dispersion<<endl ;
1032 //       cout<<"<<<<<ss: photon   "<<sdp[AliPID::kPhoton][index]<<", hadron    "<<sdp[AliPID::kPion][index]<<endl;
1033
1034     //########## CPV-EMC  Distance#######################
1035     //     Info("MakePID", "Distance");
1036
1037     Float_t x             = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X")) ;
1038     Float_t z             = GetDistance(emc, cpv,  "Z") ;
1039
1040     Double_t pcpv         = 0 ;
1041     Double_t pcpvneutral  = 0. ;
1042
1043     Double_t elprobx      = GausF(en , x, fXelectron) ;
1044     Double_t elprobz      = GausF(en , z, fZelectron) ;
1045     Double_t chprobx      = GausF(en , x, fXcharged)  ;
1046     Double_t chprobz      = GausF(en , z, fZcharged)  ;
1047     Double_t pcpvelectron = elprobx * elprobz;
1048     Double_t pcpvcharged  = chprobx * chprobz;
1049
1050 //     cout<<">>>>energy "<<en<<endl;
1051 //     cout<<">>>>electron : x "<<x<<" xprob "<<elprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<elprobz<<endl;
1052 //     cout<<">>>>hadron   : x "<<x<<" xprob "<<chprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<chprobz<<endl;
1053 //     cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;
1054
1055     // Is neutral or charged?
1056     if(pcpvelectron >= pcpvcharged)
1057       pcpv = pcpvelectron ;
1058     else
1059       pcpv = pcpvcharged ;
1060
1061     if(pcpv < fChargedNeutralThreshold)
1062       {
1063         pcpvneutral  = 1. ;
1064         pcpvcharged  = 0. ;
1065         pcpvelectron = 0. ;
1066       }
1067     //    else
1068     //      cout<<">>>>>>>>>>>CHARGED>>>>>>>>>>>"<<endl;
1069
1070     scpv[AliPID::kPion][index]     =  pcpvcharged  ;
1071     scpv[AliPID::kKaon][index]     =  pcpvcharged  ;
1072     scpv[AliPID::kProton][index]   =  pcpvcharged  ;
1073
1074     scpv[AliPID::kMuon][index]     =  pcpvelectron ;
1075     scpv[AliPID::kElectron][index] =  pcpvelectron ;
1076     scpv[AliPID::kEleCon][index]   =  pcpvelectron ;
1077
1078     scpv[AliPID::kPhoton][index]   =  pcpvneutral  ;
1079     scpv[AliPID::kNeutron][index]  =  pcpvneutral  ;
1080     scpv[AliPID::kKaon0][index]    =  pcpvneutral  ;
1081
1082
1083     //   Info("MakePID", "CPV passed");
1084
1085     //############## Pi0 #############################
1086     stof[AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
1087     scpv[AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
1088     sdp [AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
1089
1090     if(en > 30.){
1091       // pi0 are detected via decay photon
1092       stof[AliPID::kPi0][index]  =   stof[AliPID::kPhoton][index];
1093       scpv[AliPID::kPi0][index]  = pcpvneutral  ;
1094       if(emc->GetMultiplicity() >  fDispMultThreshold)
1095         sdp [AliPID::kPi0][index]  = GausF(en , dispersion, fDpi0) ;
1096         //sdp [AliPID::kPi0][index]  = GausPol2(en , dispersion, fDpi0) ;
1097 //       cout<<"E = "<<en<<" GeV; disp = "<<dispersion<<"; mult = "
1098 //        <<emc->GetMultiplicity()<<endl;
1099 //       cout<<"PDF: photon = "<<sdp [AliPID::kPhoton][index]<<"; pi0 = "
1100 //        <<sdp [AliPID::kPi0][index]<<endl;
1101     }
1102
1103
1104
1105
1106     //############## muon #############################
1107
1108     if(en > 0.5){
1109       //Muons deposit few energy
1110       scpv[AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
1111       stof[AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
1112       sdp [AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
1113     }
1114
1115     //Weight to apply to hadrons due to energy reconstruction
1116
1117     Float_t weight = fERecWeight ->Eval(en) ;
1118
1119     sw[AliPID::kPhoton][index]   = 1. ;
1120     sw[AliPID::kElectron][index] = 1. ;
1121     sw[AliPID::kPion][index]     = weight ;
1122     sw[AliPID::kKaon][index]     = weight ;
1123     sw[AliPID::kProton][index]   = weight ;
1124     sw[AliPID::kNeutron][index]  = weight ;
1125     sw[AliPID::kEleCon][index]   = 1. ;
1126     sw[AliPID::kKaon0][index]    = weight ;
1127     sw[AliPID::kMuon][index]     = weight ;
1128     sw[AliPID::kPi0][index]      = 1. ;
1129
1130 //     if(en > 0.5){
1131 //       cout<<"######################################################"<<endl;
1132 //       //cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", distance "<<distance<<", dispersion "<<dispersion<<endl ;
1133 //       cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", dispersion "<<dispersion<<", x "<<x<<", z "<<z<<endl ;
1134 //       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<endl;
1135 //       cout<<">>>>electron : xprob "<<elprobx<<" zprob "<<elprobz<<endl;
1136 //       cout<<">>>>hadron   : xprob "<<chprobx<<" zprob "<<chprobz<<endl;
1137 //       cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;
1138
1139 //        cout<<"Photon   , pid "<< fInitPID[AliPID::kPhoton]<<" tof "<<stof[AliPID::kPhoton][index]
1140 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPhoton][index]<<", ss "<<sdp[AliPID::kPhoton][index]<<endl;
1141 //       cout<<"EleCon   , pid "<< fInitPID[AliPID::kEleCon]<<", tof "<<stof[AliPID::kEleCon][index]
1142 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kEleCon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kEleCon][index]<<endl;
1143 //       cout<<"Electron , pid "<< fInitPID[AliPID::kElectron]<<", tof "<<stof[AliPID::kElectron][index]
1144 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kElectron][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kElectron][index]<<endl;
1145 //       cout<<"Muon     , pid "<< fInitPID[AliPID::kMuon]<<", tof "<<stof[AliPID::kMuon][index]
1146 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kMuon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kMuon][index]<<endl;
1147 //        cout<<"Pi0      , pid "<< fInitPID[AliPID::kPi0]<<", tof "<<stof[AliPID::kPi0][index]
1148 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPi0][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kPi0][index]<<endl;
1149 //       cout<<"Pion     , pid "<< fInitPID[AliPID::kPion]<<", tof "<<stof[AliPID::kPion][index]
1150 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPion][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kPion][index]<<endl;
1151 //       cout<<"Kaon0    , pid "<< fInitPID[AliPID::kKaon0]<<", tof "<<stof[AliPID::kKaon0][index]
1152 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kKaon0][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kKaon0][index]<<endl;
1153 //       cout<<"Kaon     , pid "<< fInitPID[AliPID::kKaon]<<", tof "<<stof[AliPID::kKaon][index]
1154 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kKaon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kKaon][index]<<endl;
1155 //       cout<<"Neutron  , pid "<< fInitPID[AliPID::kNeutron]<<", tof "<<stof[AliPID::kNeutron][index]
1156 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kNeutron][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kNeutron][index]<<endl;
1157 //       cout<<"Proton   , pid "<< fInitPID[AliPID::kProton]<<", tof "<<stof[AliPID::kProton][index]
1158 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kProton][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kProton][index]<<endl;
1159 //       cout<<"######################################################"<<endl;
1160 //     }
1161       index++;
1162   }
1163
1164   //for (index = 0 ; index < kSPECIES ; index++)
1165   // pid[index] /= nparticles ;
1166
1167
1168   //  Info("MakePID", "Total Probability calculation");
1169
1170   for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
1171
1172     AliPHOSRecParticle * recpar = gime->RecParticle(index) ;
1173
1174     //Conversion electron?
1175
1176     if(recpar->IsEleCon()){
1177       fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 1. ;
1178       fInitPID[AliPID::kPhoton]   = 0. ;
1179       fInitPID[AliPID::kElectron] = 0. ;
1180     }
1181     else{
1182       fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 0. ;
1183       fInitPID[AliPID::kPhoton]   = 1. ;
1184       fInitPID[AliPID::kElectron] = 1. ;
1185     }
1186     //  fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 0. ;
1187
1188
1189     // calculates the Bayesian weight
1190
1191     Int_t jndex ;
1192     Double_t wn = 0.0 ;
1193     for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++)
1194       wn += stof[jndex][index] * sdp[jndex][index]  * scpv[jndex][index] *
1195         sw[jndex][index] * fInitPID[jndex] ;
1196
1197     //    cout<<"*************wn "<<wn<<endl;
1198     if (TMath::Abs(wn)>0)
1199       for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) {
1200         //cout<<"jndex "<<jndex<<" wn "<<wn<<" SetPID * wn"
1201         //<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * pid[jndex]  << endl;
1202         //cout<<" tof "<<stof[jndex][index] << " disp " <<sdp[jndex][index] << " pid "<< fInitPID[jndex] << endl;
1203         //      if(jndex ==  AliPID::kPi0 || jndex ==  AliPID::kPhoton){
1204         //        cout<<"Particle "<<jndex<<"  final prob * wn   "
1205         //            <<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] *
1206         //          fInitPID[jndex] <<"  wn  "<< wn<<endl;
1207         //        cout<<"pid "<< fInitPID[jndex]<<", tof "<<stof[jndex][index]
1208         //            <<", cpv "<<scpv[jndex][index]<<" ss "<<sdp[jndex][index]<<endl;
1209         //      }
1210         recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] *
1211                        sw[jndex][index] * scpv[jndex][index] *
1212                        fInitPID[jndex] / wn) ;
1213       }
1214   }
1215   //  Info("MakePID", "Delete");
1216
1217   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
1218     delete [] stof[i];
1219     delete [] sdp [i];
1220     delete [] scpv[i];
1221     delete [] sw  [i];
1222   }
1223   //  Info("MakePID","End MakePID");
1224 }
1225
1226 //____________________________________________________________________________
1227 void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
1228 {
1229   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
1230
1231   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1232   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ;
1233   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ;
1234   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ;
1235   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
1236     AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;
1237   }
1238   TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ;
1239   recParticles->Clear();
1240
1241   TIter next(trackSegments) ;
1242   AliPHOSTrackSegment * ts ;
1243   Int_t index = 0 ;
1244   AliPHOSRecParticle * rp ;
1245   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
1246     //  cout<<">>>>>>>>>>>>>>>PCA Index "<<index<<endl;
1247     new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
1248     rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ;
1249     rp->SetTrackSegment(index) ;
1250     rp->SetIndexInList(index) ;
1251
1252     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
1253     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
1254       emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
1255
1256     AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
1257     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
1258       cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
1259
1260     Int_t track = 0 ;
1261     track = ts->GetTrackIndex() ;
1262
1263     // Now set type (reconstructed) of the particle
1264
1265     // Choose the cluster energy range
1266
1267     if (!emc) {
1268       AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
1269     }
1270
1271     Float_t e = emc->GetEnergy() ;
1272
1273     Float_t  lambda[2] ;
1274     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
1275
1276     if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
1277       // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
1278       // introduce in the function X2P that gives the components (P).
1279
1280       Float_t  spher = 0. ;
1281       Float_t  emaxdtotal = 0. ;
1282
1283       if((lambda[0]+lambda[1])!=0)
1284         spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]);
1285
1286       emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy();
1287
1288       fX[0] = lambda[0] ;
1289       fX[1] = lambda[1] ;
1290       fX[2] = emc->GetDispersion() ;
1291       fX[3] = spher ;
1292       fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;
1293       fX[5] = emaxdtotal ;
1294       fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;
1295
1296       fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
1297       fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
1298
1299     }
1300     else{
1301       fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with
1302       fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
1303       fPPi0[0]   =-100.0;
1304       fPPi0[1]   =-100.0;
1305     }
1306
1307     Float_t time = emc->GetTime() ;
1308     rp->SetTof(time) ;
1309
1310     // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency
1311     // are taken into account to set the particle identification)
1312     for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
1313
1314       // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance,
1315       // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
1316       // is set to 1
1317       if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 ){
1318         rp->SetPIDBit(effPur) ;
1319         //cout<<"CPV bit "<<effPur<<endl;
1320       }
1321       // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th
1322       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1
1323       if(time< (*fParameters)(3,effPur))
1324         rp->SetPIDBit(effPur+3) ;
1325
1326       //Photon PCA
1327       //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th
1328       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1
1329       if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1)
1330         rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
1331
1332       //Pi0 PCA
1333       //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th
1334       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1
1335       if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1)
1336         rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
1337     }
1338     if(GetHardPhotonBit(emc))
1339       rp->SetPIDBit(12) ;
1340     if(GetHardPi0Bit   (emc))
1341       rp->SetPIDBit(13) ;
1342
1343     if(track >= 0)
1344       rp->SetPIDBit(14) ;
1345
1346     //Set momentum, energy and other parameters
1347     Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
1348     TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ;
1349     dir.SetMag(encal) ;
1350     rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
1351     rp->SetCalcMass(0);
1352     rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
1353     rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
1354     rp->SetFirstMother(-1);
1355     rp->SetLastMother(-1);
1356     rp->SetFirstDaughter(-1);
1357     rp->SetLastDaughter(-1);
1358     rp->SetPolarisation(0,0,0);
1359     //Set the position in global coordinate system from the RecPoint
1360     AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ;
1361     AliPHOSTrackSegment * ts  = gime->TrackSegment(rp->GetPHOSTSIndex()) ;
1362     AliPHOSEmcRecPoint  * erp = gime->EmcRecPoint(ts->GetEmcIndex()) ;
1363     TVector3 pos ;
1364     geom->GetGlobal(erp, pos) ;
1365     rp->SetPos(pos);
1366     index++ ;
1367   }
1368 }
1369
1370 //____________________________________________________________________________
1371 void  AliPHOSPIDv1::Print(const Option_t *) const
1372 {
1373   // Print the parameters used for the particle type identification
1374
1375     AliInfo("=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
1376     printf("Making PID\n") ;
1377     printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ;
1378     printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
1379     printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
1380     printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1381     printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
1382     printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
1383     printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
1384     Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1385     fParameters->Print() ;
1386 }
1387
1388
1389
1390 //____________________________________________________________________________
1391 void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
1392 {
1393   // Print table of reconstructed particles
1394
1395   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1396
1397   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ;
1398
1399   TString message ;
1400   message  = "\nevent " ;
1401   message += gAlice->GetEvNumber() ;
1402   message += "       found " ;
1403   message += recParticles->GetEntriesFast();
1404   message += " RecParticles\n" ;
1405
1406   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
1407     message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ;
1408
1409     Int_t index ;
1410     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
1411       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;
1412       message += "\n" ;
1413       message += rp->Name().Data() ;
1414       message += " " ;
1415       message += rp->GetIndexInList() ;
1416       message += " " ;
1417       message += rp->GetType()  ;
1418     }
1419   }
1420   AliInfo(message.Data() ) ;
1421 }
1422
1423 //____________________________________________________________________________
1424 void  AliPHOSPIDv1::SetParameters()
1425 {
1426   // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary
1427   // the Principal file, which is opened here
1428   fX       = new double[7]; // Data for the PCA
1429   fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
1430   fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
1431
1432   // Read photon principals from the photon file
1433
1434   fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ;
1435   TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
1436   fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ;
1437   f.Close() ;
1438
1439   // Read pi0 principals from the pi0 file
1440
1441   fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
1442   TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
1443   fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ;
1444   fPi0.Close() ;
1445
1446   // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix.
1447   // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced
1448   // in a matrix of 16x4
1449   //
1450   // All the parameters defined in this file are, in order of row:
1451   // line   0   : calibration
1452   // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
1453   // line   3   : TOF cut
1454   // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
1455   // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
1456   // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
1457
1458   fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
1459   fParameters = new TMatrixF(16,4) ;
1460   const Int_t kMaxLeng=255;
1461   char string[kMaxLeng];
1462
1463   // Open a text file with PID parameters
1464   FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
1465   if (!fd)
1466     AliFatal(Form("File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
1467           fFileNameParameters.Data()));
1468
1469   Int_t i=0;
1470   // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
1471   while (fgets(string,kMaxLeng,fd) != NULL) {
1472     if (string[0] == '\n' ) continue;
1473     if (string[0] == '!'  ) continue;
1474     sscanf(string, "%f %f %f %f",
1475            &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1),
1476            &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
1477     i++;
1478     AliDebug(1, Form("SetParameters", "line %d: %s",i,string));
1479   }
1480   fclose(fd);
1481 }
1482
1483 //____________________________________________________________________________
1484 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param)
1485 {
1486   // Set parameter "Calibration" i to a value param
1487   if(i>2 || i<0) {
1488     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1489   } else
1490     (*fParameters)(0,i) = param ;
1491 }
1492
1493 //____________________________________________________________________________
1494 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut)
1495 {
1496   // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on
1497   // Purity-Efficiency point i
1498
1499   if(i>2 || i<0) {
1500     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1501   } else {
1502     axis.ToLower();
1503     if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
1504     else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
1505     else {
1506       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
1507     }
1508   }
1509 }
1510
1511 //____________________________________________________________________________
1512 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param)
1513 {
1514   // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
1515   if(i>4 || i<0) {
1516     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1517   } else
1518     (*fParameters)(14,i) = param ;
1519 }
1520
1521 //____________________________________________________________________________
1522 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param)
1523 {
1524   // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
1525   if(i>1 || i<0) {
1526     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1527   } else
1528     (*fParameters)(15,i) = param ;
1529 }
1530
1531 //_____________________________________________________________________________
1532 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate)
1533 {
1534   // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i
1535   if (i>2 || i<0) {
1536     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
1537   } else
1538     (*fParameters)(3,i)= gate ;
1539 }
1540
1541 //_____________________________________________________________________________
1542 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par)
1543 {
1544   // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse
1545   // parameter "param" for a particle "particle"
1546
1547   particle.ToLower();
1548   param.   ToLower();
1549   Int_t p= -1;
1550   Int_t offset=0;
1551
1552   if      (particle == "photon") offset=0;
1553   else if (particle == "pi0")    offset=5;
1554   else
1555     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
1556                   particle.Data()));
1557
1558   if     (param.Contains("a")) p=4+offset;
1559   else if(param.Contains("b")) p=5+offset;
1560   else if(param.Contains("c")) p=6+offset;
1561   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset;
1562   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
1563   if((i>4)||(i<0)) {
1564     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ;
1565   } else if(p==-1) {
1566     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ;
1567   } else
1568     (*fParameters)(p,i) = par ;
1569 }
1570
1571 //____________________________________________________________________________
1572 void AliPHOSPIDv1::Unload()
1573 {
1574   //Unloads RecPoints, Tracks and RecParticles
1575   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1576   gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
1577   gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
1578   gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
1579 }
1580
1581 //____________________________________________________________________________
1582 void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
1583 {
1584   //It writes reconstructed particles and pid to file
1585
1586   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1587
1588   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ;
1589   recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
1590   if(fWrite){
1591     TTree * treeP =  gime->TreeP();
1592
1593     //First rp
1594     Int_t bufferSize = 32000 ;
1595     TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
1596     rpBranch->SetTitle(BranchName());
1597
1598     rpBranch->Fill() ;
1599
1600     gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
1601     gime->WritePID("OVERWRITE");
1602   }
1603 }
1604
1605
1606 //_______________________________________________________________________
1607 void AliPHOSPIDv1::SetInitPID(const Double_t *p) {
1608   // Sets values for the initial population of each particle type
1609   for (Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIESN; i++) fInitPID[i] = p[i];
1610 }
1611 //_______________________________________________________________________
1612 void AliPHOSPIDv1::GetInitPID(Double_t *p) const {
1613   // Gets values for the initial population of each particle type
1614   for (Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIESN; i++) p[i] = fInitPID[i];
1615 }