PHOS/AliPHOSPIDv1.cxx

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   3  *                                                                        *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier
  20 // Particle identification based on the
  21 //     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
  22 //     - TOF
  23 //     - PCA: Principal Components Analysis..
  24 // The identified particle has an identification number corresponding
  25 // to a 9 bits number:
  26 //     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
  27 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification)
  28 //     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
  29 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification)
  30 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are
  31 //      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
  32 //      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the
  33 //      photon identification)
  34 //      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
  35 //      a previous analysis of the correlations between the particles. This
  36 //      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for
  37 //      energies between 0.5 and 100 GeV.
  38 //      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
  39 //      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose
  40 //      parameters where obtained through the study of the reconstructed
  41 //      energy distribution of monoenergetic photons.
  42 //
  43 //      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c)
  44 //      and calibration(1r-3c))are stored in a file called
  45 //      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is
  46 //      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a
  47 //      TMatrixD object.
  48 //
  49 // use case:
  50 //  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
  51 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  52 //          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles
  53             // TrackSegments and RecPoints are used
  54 //          // set file name for the branch RecParticles
  55 //  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
  56 //          // available options
  57 //          // "deb" - prints # of reconstructed particles
  58 //          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
  59 //          // "time" - prints benchmarking results
  60 //
  61 //  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
  62 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
  63 //                //Split mode.
  64 //  root [3] p2->ExecuteTask()
  65 //
  66
  67
  68 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) &
  69 //            Gustavo Conesa April 2002
  70 //            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
  71 //            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
  72 //            files with the PCA, each one with different energy ranges
  73 //            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
  74 //            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
  75 //            studied the dependency of the ellipses parameters with the
  76 //            energy, and they are implemented in the code as a funtion
  77 //            of the energy.
  78 //
  79 //
  80 //
  81 // --- ROOT system ---
  82 #include "TROOT.h"
  83 #include "TTree.h"
  84 #include "TFile.h"
  85 #include "TF2.h"
  86 #include "TFormula.h"
  87 #include "TCanvas.h"
  88 #include "TFolder.h"
  89 #include "TSystem.h"
  90 #include "TBenchmark.h"
  91 #include "TMatrixD.h"
  92 #include "TPrincipal.h"
  93 #include "TSystem.h"
  94
  95 // --- Standard library ---
  96
  97
  98 // --- AliRoot header files ---
  99 #include "AliLog.h"
 100 #include "AliGenerator.h"
 101 #include "AliPHOS.h"
 102 #include "AliPHOSPIDv1.h"
 103 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
 104 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
 105 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
 106 #include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
 107 #include "AliPHOSRecParticle.h"
 108 #include "AliPHOSGeometry.h"
 109 #include "AliPHOSGetter.h"
 110
 111 ClassImp( AliPHOSPIDv1)
 112
 113 //____________________________________________________________________________
 114 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
 115 {
 116   // default ctor
 117
 118   InitParameters() ;
 119   fDefaultInit = kTRUE ;
 120 }
 121
 122 //____________________________________________________________________________
 123 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
 124 {
 125   // ctor
 126   InitParameters() ;
 127   Init() ;
 128
 129 }
 130
 131 //____________________________________________________________________________
 132 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
 133 {
 134   //ctor with the indication on where to look for the track segments
 135
 136   InitParameters() ;
 137   Init() ;
 138   fDefaultInit = kFALSE ;
 139 }
 140
 141 //____________________________________________________________________________
 142 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
 143 {
 144   // dtor
 145
 146   delete [] fX ;       // Principal input
 147   delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
 148   delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
 149 }
 150 //____________________________________________________________________________
 151 const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const
 152 {
 153
 154   return GetName() ;
 155 }
 156
 157 //____________________________________________________________________________
 158 void AliPHOSPIDv1::Init()
 159 {
 160   // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
 161   // Add the PID task to the list of PHOS tasks
 162
 163   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
 164   if(!gime)
 165     gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ;
 166
 167   if ( !gime->PID() )
 168     gime->PostPID(this) ;
 169 }
 170
 171 //____________________________________________________________________________
 172 void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
 173 {
 174   // Initialize PID parameters
 175   fWrite                   = kTRUE ;
 176   fRecParticlesInRun = 0 ;
 177   fNEvent            = 0 ;
 178   fRecParticlesInRun = 0 ;
 179   fBayesian          = kTRUE ;
 180   SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
 181   SetEventRange(0,-1) ;
 182
 183   // initialisation of response function parameters
 184   // Tof
 185   // Photons
 186   fTphoton[0] = 0.218    ;
 187   //fTphoton[0] = 1.    ;
 188   fTphoton[1] = 1.55E-8  ;
 189   fTphoton[2] = 5.05E-10 ;
 190   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ;
 191   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ;
 192 //   // Electrons
 193 //   fTelectron[0] = 0.2      ;
 194 //   fTelectron[1] = 1.55E-8  ;
 195 //   fTelectron[2] = 5.35E-10 ;
 196 //   fTFelectron = new TFormula("ToF response to electrons" , "gaus") ;
 197 //   fTFelectron->SetParameters( fTelectron[0], fTelectron[1], fTelectron[2]) ;
 198 //   // Muons
 199 //   fTmuon[0] = 0.2     ;
 200 //   fTmuon[1] = 1.55E-8 ;
 201 //   fTmuon[2] = 5.1E-10 ;
 202 //   fTFmuon = new TFormula("ToF response to muons" , "gaus") ;
 203 //   fTFmuon->SetParameters( fTmuon[0], fTmuon[1], fTmuon[2]) ;
 204
 205   // Pions
 206   //Gaus (0 to max probability)
 207   fTpiong[0] = 0.0971    ;
 208   //fTpiong[0] = 1.       ;
 209   fTpiong[1] = 1.58E-8  ;
 210   fTpiong[2] = 5.69E-10 ;
 211   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ;
 212   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ;
 213   // Landau (max probability to inf)
 214 //   fTpionl[0] = 0.05     ;
 215 //   //fTpionl[0] = 5.53     ;
 216 //   fTpionl[1] = 1.68E-8  ;
 217 //   fTpionl[2] = 5.38E-10 ;
 218 //   fTFpionl = new TFormula("ToF response to pions" , "landau") ;
 219 //   fTFpionl->SetParameters( fTpionl[0], fTpionl[1], fTpionl[2]) ;
 220
 221
 222   // Kaons
 223   //Gaus (0 to max probability)
 224   fTkaong[0] = 0.0542  ;
 225   //fTkaong[0] = 1.      ;
 226   fTkaong[1] = 1.64E-8 ;
 227   fTkaong[2] = 6.07-10 ;
 228   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ;
 229   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ;
 230   //Landau (max probability to inf)
 231   fTkaonl[0] = 0.264   ;
 232   //fTkaonl[0] = 5.53     ;
 233   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ;
 234   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
 235   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ;
 236   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ;
 237
 238   //Heavy Hadrons
 239   //Gaus (0 to max probability)
 240   fThhadrong[0] = 0.0302   ;
 241   //fThhadrong[0] = 1.       ;
 242   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ;
 243   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
 244   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ;
 245   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ;
 246   //Landau (max probability to inf)
 247   fThhadronl[0] = 0.139    ;
 248   //fThhadronl[0] = 5.53      ;
 249   fThhadronl[1] = 1.745E-8  ;
 250   fThhadronl[2] = 1.00E-9  ;
 251   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ;
 252   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ;
 253
 254 /// /gaussian parametrization for pions
 255 //   fTpion[0] = 3.93E-2 ;  fTpion[1] = 0.130   ; fTpion[2] =-6.37E-2 ;//constant
 256 //   fTpion[3] = 1.65E-8 ;  fTpion[4] =-1.40E-9 ; fTpion[5] = 5.96E-10;//mean
 257 //   fTpion[6] = 8.09E-10;  fTpion[7] =-4.65E-10; fTpion[8] = 1.50E-10;//sigma
 258
 259 // //landau parametrization for kaons
 260 //   fTkaon[0] = 0.107   ;  fTkaon[1] = 0.166   ; fTkaon[2] = 0.243   ;//constant
 261 //   fTkaon[3] = 1.80E-8 ;  fTkaon[4] =-2.96E-9 ; fTkaon[5] = 9.60E-10;//mean
 262 //   fTkaon[6] = 1.37E-9 ;  fTkaon[7] =-1.80E-9 ; fTkaon[8] = 6.74E-10;//sigma
 263
 264 // //landau parametrization for nucleons
 265 //   fThhadron[0] = 6.33E-2 ;  fThhadron[1] = 2.52E-2 ; fThhadron[2] = 2.16E-2 ;//constant
 266 //   fThhadron[3] = 1.94E-8 ;  fThhadron[4] =-7.06E-10; fThhadron[5] =-4.69E-10;//mean
 267 //   fThhadron[6] = 2.55E-9 ;  fThhadron[7] =-1.90E-9 ; fThhadron[8] = 5.41E-10;//sigma
 268
 269
 270   // Shower shape: dispersion gaussian parameters
 271   // Photons
 272
 273   fDphoton[0] = 0.1    ;  fDphoton[1] = 0.      ; fDphoton[2] = 0.     ;//constant
 274   //fDphoton[0] = 1.0    ;  fDphoton[1] = 0.      ; fDphoton[2] = 0.     ;//constant
 275   fDphoton[3] = 1.55   ;  fDphoton[4] =-0.0863  ; fDphoton[5] = 0.287  ;//mean
 276   fDphoton[6] = 0.0451 ;  fDphoton[7] =-0.0803  ; fDphoton[8] = 0.314  ;//sigma
 277
 278    fDpi0[0] = 0.0586  ;  fDpi0[1] = 1.06E-3 ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
 279    //fDpi0[0] = 1.0     ;  fDpi0[1] = 0.0     ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
 280   fDpi0[3] = 2.67    ;  fDpi0[4] =-2.00E-2 ; fDpi0[5] = 9.37E-5 ;//mean
 281   fDpi0[6] = 0.153   ;  fDpi0[7] = 9.34E-4 ; fDpi0[8] =-1.49E-5 ;//sigma
 282   //landau
 283 //   fDhadron[0] = 0.007  ;  fDhadron[1] = 0.      ; fDhadron[2] = 0.    ;//constant
 284 //   //fDhadron[0] = 5.53   ;  fDhadron[1] = 0.      ; fDhadron[2] = 0.    ;//constant
 285 //   fDhadron[3] = 3.38   ;  fDhadron[4] = 0.0833  ; fDhadron[5] =-0.845 ;//mean
 286 //   fDhadron[6] = 0.627  ;  fDhadron[7] = 0.012   ; fDhadron[8] =-0.170 ;//sigma
 287
 288   fDhadron[0] =-5.10E-3 ;  fDhadron[1] =-5.35E-3 ; fDhadron[2] = 3.77E-2 ;//constant
 289   fDhadron[3] = 4.03    ;  fDhadron[4] = 0.292   ; fDhadron[5] =-1.50    ;//mean
 290   fDhadron[6] = 0.958   ;  fDhadron[7] = 0.117   ; fDhadron[8] =-0.598   ;//sigma
 291   // Muons
 292   fDmuon[0] = 0.0631     ;
 293   fDmuon[1] = 1.4 ;
 294   fDmuon[2] = 0.0557 ;
 295   fDFmuon = new TFormula("Shower shape response to muons" , "landau") ;
 296   fDFmuon->SetParameters( fDmuon[0], fDmuon[1], fDmuon[2]) ;
 297
 298   // CPV-EMC distance gaussian parameters
 299
 300   fCPVelectron[0] = 0.0     ;  fCPVelectron[1] = 0.0160 ; fCPVelectron[2] = 0.    ;//constant
 301   //fCPVelectron[0] = 1.0     ;  fCPVelectron[1] = 0.     ; fCPVelectron[2] = 0.    ;//constant
 302   fCPVelectron[3] = 0.0682  ;  fCPVelectron[4] =-1.32   ; fCPVelectron[5] = 6.67  ;//mean
 303   fCPVelectron[6] = 0.276   ;  fCPVelectron[7] = 0.234  ; fCPVelectron[8] = 0.356 ;//sigma
 304
 305   //all charged landau
 306  //  fCPVcharged[0] = 0.0     ;  fCPVcharged[1] = 0.0464  ; fCPVcharged[2] = 0.      ;//constant
 307 //   //fCPVcharged[0] = 5.53    ;  fCPVcharged[1] = 0.      ; fCPVcharged[2] = 0.      ;//constant
 308 //   fCPVcharged[3] = 0.297   ;  fCPVcharged[4] =-0.652   ; fCPVcharged[5] = 1.91    ;//mean
 309 //   fCPVcharged[6] = 0.0786  ;  fCPVcharged[7] =-0.237   ; fCPVcharged[8] = 0.752   ;//sigma
 310
 311 // //charged hadrons landau
 312 //   fCPVchargedl[0] = 0.103   ;  fCPVchargedl[1] = 8.84E-3 ; fCPVchargedl[2] =-2.40E-2 ;//constant
 313 //   fCPVchargedl[3] = 2.86    ;  fCPVchargedl[4] =-0.214   ; fCPVchargedl[5] = 0.817   ;//mean
 314 //   fCPVchargedl[6] = 0.182   ;  fCPVchargedl[7] =-0.0693  ; fCPVchargedl[8] = 0.319   ;//sigma
 315 //   //charged hadrons gaus
 316 //   fCPVchargedg[0] = 0.0135  ;  fCPVchargedg[1] = 2.43E-5 ; fCPVchargedg[2] = 3.01E-3 ;//constant
 317 //   fCPVchargedg[3] = 2.37    ;  fCPVchargedg[4] =-0.181   ; fCPVchargedg[5] = 0.726   ;//mean
 318 //   fCPVchargedg[6] = 0.908   ;  fCPVchargedg[7] =-0.0558  ; fCPVchargedg[8] = 0.219   ;//sigma
 319
 320
 321   //charged hadrons landau
 322   fCPVcharged[0] = 6.06E-2 ;  fCPVcharged[1] = 3.80E-3 ; fCPVcharged[2] =-1.40E-2 ;//constant
 323   fCPVcharged[3] = 1.15    ;  fCPVcharged[4] =-0.563   ; fCPVcharged[5] = 2.63    ;//mean
 324   fCPVcharged[6] = 0.915   ;  fCPVcharged[7] =-0.0790  ; fCPVcharged[8] = 0.307   ;//sigma
 325
 326   for (Int_t i =0; i<  AliESDtrack::kSPECIESN ; i++)
 327     fInitPID[i] = 1.;
 328
 329 }
 330
 331 //________________________________________________________________________
 332 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t *option)
 333 {
 334   // Steering method to perform particle reconstruction and identification
 335   // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
 336   // This range is optionally set by SetEventRange().
 337   // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
 338
 339   if(strstr(option,"tim"))
 340     gBenchmark->Start("PHOSPID");
 341
 342   if(strstr(option,"print")) {
 343     Print() ;
 344     return ;
 345   }
 346
 347
 348   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
 349
 350   if (fLastEvent == -1)
 351     fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
 352   else
 353     fLastEvent = TMath::Min(fLastEvent,gime->MaxEvent());
 354   Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
 355
 356   Int_t ievent ;
 357   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
 358     gime->Event(ievent,"TR") ;
 359     if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
 360        gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
 361       MakeRecParticles() ;
 362
 363       if(fBayesian)
 364         MakePID() ;
 365
 366       WriteRecParticles();
 367       if(strstr(option,"deb"))
 368         PrintRecParticles(option) ;
 369       //increment the total number of rec particles per run
 370       fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
 371     }
 372   }
 373   if(strstr(option,"deb"))
 374       PrintRecParticles(option);
 375   if(strstr(option,"tim")){
 376     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
 377     AliInfo(Form("took %f seconds for PID %f seconds per event",
 378          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),
 379          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents)) ;
 380   }
 381   if(fWrite)
 382     Unload();
 383 }
 384
 385 //________________________________________________________________________
 386 Double_t  AliPHOSPIDv1::GausF(Double_t  x, Double_t  y, Double_t * par)
 387 {
 388   Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
 389   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
 390   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
 391   //cout<<"c "<< cnt << " mean "<<mean<<" sigma "<<sigma<<endl;
 392   //  Double_t arg    = - (y-mean) * (y-mean) / (2*sigma*sigma) ;
 393   //  return cnt * TMath::Exp(arg) ;
 394   if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
 395     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0,100);
 396     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 397     //cout<<"gaus value "<<f->Eval(y)<<endl ;
 398     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
 399     return arg;
 400   }
 401   else
 402     return 0.;
 403
 404 }
 405 //________________________________________________________________________
 406 Double_t  AliPHOSPIDv1::GausPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
 407 {
 408   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
 409   Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
 410   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
 411
 412   if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
 413     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0,100);
 414     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 415     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
 416     return arg;
 417   }
 418   else
 419     return 0.;
 420 }
 421
 422 //____________________________________________________________________________
 423 const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
 424 {
 425   //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
 426   particle.ToLower();
 427   TString name;
 428   if      (particle=="photon")
 429     name = fFileNamePrincipalPhoton ;
 430   else if (particle=="pi0"   )
 431     name = fFileNamePrincipalPi0    ;
 432   else
 433     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
 434                   particle.Data()));
 435   return name;
 436 }
 437
 438 //____________________________________________________________________________
 439 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const
 440 {
 441   // Get the i-th parameter "Calibration"
 442   Float_t param = 0.;
 443   if (i>2 || i<0) {
 444     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
 445   } else
 446     param = (*fParameters)(0,i);
 447   return param;
 448 }
 449
 450 //____________________________________________________________________________
 451 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(Float_t e) const
 452 {
 453 //      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
 454 //      The energy of the reconstructed cluster is corrected with
 455 //      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained
 456 //      through the study of the reconstructed energy distribution of
 457 //      monoenergetic photons.
 458
 459   Float_t p[]={0.,0.,0.};
 460   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
 461   Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
 462   return enerec ;
 463
 464 }
 465
 466 //____________________________________________________________________________
 467 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const
 468 {
 469   // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
 470   Float_t param = 0.;
 471   if(i>2 || i<0) {
 472     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
 473   } else {
 474     axis.ToLower();
 475     if      (axis == "x")
 476       param = (*fParameters)(1,i);
 477     else if (axis == "z")
 478       param = (*fParameters)(2,i);
 479     else {
 480       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
 481     }
 482   }
 483   return  param;
 484 }
 485
 486 //____________________________________________________________________________
 487 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
 488 {
 489   // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and
 490   // Purity-Efficiency point
 491
 492   axis.ToLower();
 493   Float_t p[]={0.,0.,0.};
 494   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
 495   Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
 496   return sig;
 497 }
 498
 499 //____________________________________________________________________________
 500 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const
 501 {
 502   // Calculates the parameter param of the ellipse
 503
 504   particle.ToLower();
 505   param.   ToLower();
 506   Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
 507   Float_t value = 0.0;
 508   for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
 509   if (particle == "photon") {
 510     if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
 511     else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
 512     else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
 513   }
 514
 515  if (particle == "photon")
 516     value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
 517   else if (particle == "pi0")
 518     value = p[0] + p[1]*e + p[2]*e*e;
 519
 520   return value;
 521 }
 522
 523 //_____________________________________________________________________________
 524 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
 525 {
 526   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
 527   // for photons at high p_T
 528   Float_t param = 0;
 529   if (i>3 || i<0) {
 530     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
 531   } else
 532     param = (*fParameters)(14,i) ;
 533   return param;
 534 }
 535
 536 //____________________________________________________________________________
 537 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
 538 {
 539   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
 540   // for pi0 at high p_T
 541   Float_t param = 0;
 542   if (i>2 || i<0) {
 543     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
 544   } else
 545     param = (*fParameters)(15,i) ;
 546   return param;
 547 }
 548
 549 //____________________________________________________________________________
 550 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
 551 {
 552   // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
 553   // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
 554   Float_t param = 0.;
 555   if(i>2 || i<0) {
 556     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
 557   } else
 558     param = (*fParameters)(3,i) ;
 559   return param;
 560 }
 561
 562 //_____________________________________________________________________________
 563 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
 564 {
 565   // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse
 566   // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
 567
 568   particle.ToLower();
 569   param.   ToLower();
 570   Int_t offset = -1;
 571   if      (particle == "photon")
 572     offset=0;
 573   else if (particle == "pi0")
 574     offset=5;
 575   else
 576     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
 577                   particle.Data()));
 578
 579   Int_t p= -1;
 580   Float_t par = 0;
 581
 582   if     (param.Contains("a")) p=4+offset;
 583   else if(param.Contains("b")) p=5+offset;
 584   else if(param.Contains("c")) p=6+offset;
 585   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset;
 586   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
 587
 588   if      (i>4 || i<0) {
 589     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ;
 590   } else if (p==-1) {
 591     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ;
 592   } else
 593     par = (*fParameters)(p,i) ;
 594
 595   return par;
 596 }
 597
 598
 599 //____________________________________________________________________________
 600 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
 601 {
 602   // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
 603
 604   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ;
 605   TVector3 vecEmc ;
 606   TVector3 vecCpv ;
 607   if(cpv){
 608     emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
 609     cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ;
 610
 611     if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){
 612       // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
 613       // we assume, that particle moves from center
 614       Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
 615       Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
 616       dEMC         = dEMC / dCPV ;
 617       vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ;
 618       if (axis == "X") return vecCpv.X();
 619       if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
 620       if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
 621       if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
 622     }
 623     return 100000000 ;
 624   }
 625   return 100000000 ;
 626 }
 627 //____________________________________________________________________________
 628 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Int_t effPur, Float_t e) const
 629 {
 630   if(effPur>2 || effPur<0)
 631     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur));
 632
 633   Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
 634   Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
 635
 636   Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
 637   Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
 638   //Info("GetCPVBit"," xdist %f, sigx %f, zdist %f, sigz %f",deltaX, sigX, deltaZ,sigZ ) ;
 639   if((deltaX>sigX*(effPur+1))&&(deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
 640     return 1;//Neutral
 641   else
 642     return 0;//Charged
 643 }
 644
 645 //____________________________________________________________________________
 646 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p, Int_t effPur, Float_t e)const
 647 {
 648   //Is the particle inside de PCA ellipse?
 649
 650   particle.ToLower();
 651   Int_t    prinbit  = 0 ;
 652   Float_t a        = GetEllipseParameter(particle,"a" , e);
 653   Float_t b        = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
 654   Float_t c        = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
 655   Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e);
 656   Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
 657
 658   Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) +
 659               TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
 660             c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
 661   //3 different ellipses defined
 662   if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
 663   if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
 664   if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
 665
 666   if(r<0)
 667     AliError("Negative square?") ;
 668
 669   return prinbit;
 670
 671 }
 672 //____________________________________________________________________________
 673 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
 674 {
 675   // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
 676   // if the second moment M2x is below the boundary
 677
 678   Float_t e   = emc->GetEnergy();
 679   if (e < 30.0) return 0;
 680   Float_t m2x = emc->GetM2x();
 681   Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
 682     TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
 683                 TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
 684     GetParameterPhotonBoundary(3);
 685   AliDebug(1, Form("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",
 686                        e,m2x,m2xBoundary));
 687   if (m2x < m2xBoundary)
 688     return 1;// A hard photon
 689   else
 690     return 0;// Not a hard photon
 691 }
 692
 693 //____________________________________________________________________________
 694 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
 695 {
 696   // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
 697   // if the second moment M2x is above the boundary
 698
 699   Float_t e   = emc->GetEnergy();
 700   if (e < 30.0) return 0;
 701   Float_t m2x = emc->GetM2x();
 702   Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
 703                     e * GetParameterPi0Boundary(1);
 704   AliDebug(1,Form("E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary));
 705   if (m2x > m2xBoundary)
 706     return 1;// A hard pi0
 707   else
 708     return 0;// Not a hard pi0
 709 }
 710
 711 //____________________________________________________________________________
 712 TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * )const
 713 {
 714   // Calculates the momentum direction:
 715   //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
 716   //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints
 717   //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were
 718   //  in case 1.
 719
 720   TVector3 dir(0,0,0) ;
 721
 722   TVector3 emcglobalpos ;
 723   TMatrix  dummy ;
 724
 725   emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
 726
 727
 728   dir = emcglobalpos ;
 729   dir.SetMag(1.) ;
 730
 731   //account correction to the position of IP
 732   Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
 733   if(gAlice && gAlice->GetMCApp() && gAlice->Generator())
 734     gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
 735   else{
 736     xo=yo=zo=0.;
 737   }
 738   TVector3 origin(xo,yo,zo);
 739   dir = dir - origin ;
 740
 741   return dir ;
 742 }
 743
 744 //________________________________________________________________________
 745 Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauF(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
 746 {
 747   Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
 748   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
 749   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
 750  //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
 751 //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
 752
 753   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
 754   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
 755   if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
 756     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
 757     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 758     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
 759     return arg;
 760   }
 761   else
 762     return 0.;
 763
 764 }
 765 //________________________________________________________________________
 766 Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
 767 {
 768   Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
 769   Double_t mean   = par[4] * (x*x) + par[5] * x + par[3] ;
 770   Double_t sigma  = par[7] * (x*x) + par[8] * x + par[6] ;
 771
 772   if(mean != 0. && sigma/mean > 1.e-4 ){
 773     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
 774     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 775     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
 776     return arg;
 777   }
 778   else
 779     return 0.;
 780 }
 781 // //________________________________________________________________________
 782 // Double_t  AliPHOSPIDv1::ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl)
 783 // {
 784 //   Double_t cnt   = 0.0 ;
 785 //   Double_t mean  = 0.0 ;
 786 //   Double_t sigma = 0.0 ;
 787 //   Double_t arg   = 0.0 ;
 788 //   if (y < parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3]){
 789 //     cnt    = parg[1] / (x*x) + parg[2] / x + parg[0] ;
 790 //     mean   = parg[4] / (x*x) + parg[5] / x + parg[3] ;
 791 //     sigma  = parg[7] / (x*x) + parg[8] / x + parg[6] ;
 792 //     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0.,100.);
 793 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 794 //     arg  = f->Eval(y) ;
 795 //   }
 796 //   else{
 797 //     cnt    = parl[1] / (x*x) + parl[2] / x + parl[0] ;
 798 //     mean   = parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3] ;
 799 //     sigma  = parl[7] / (x*x) + parl[8] / x + parl[6] ;
 800 //     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
 801 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
 802 //     arg  = f->Eval(y) ;
 803 //   }
 804 //   //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
 805 //   //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
 806
 807 //   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
 808 //   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
 809
 810 //   return arg;
 811
 812 // }
 813 //____________________________________________________________________________
 814 void  AliPHOSPIDv1::MakePID()
 815 {
 816   // construct the PID weight from a Bayesian Method
 817
 818   Int_t index ;
 819   const Int_t kSPECIES = AliESDtrack::kSPECIESN ;
 820   Int_t nparticles = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
 821
 822 //   const Int_t kMAXPARTICLES = 2000 ;
 823 //   if (nparticles >= kMAXPARTICLES)
 824 //     AliError("Change size of MAXPARTICLES") ;
 825 //   Double_t stof[kSPECIES][kMAXPARTICLES] ;
 826
 827
 828   Double_t * stof[kSPECIES] ;
 829   Double_t * sdp [kSPECIES]  ;
 830   Double_t * scpv[kSPECIES] ;
 831
 832   //Info("MakePID","Begin MakePID");
 833
 834   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
 835     stof[i] = new Double_t[nparticles] ;
 836     sdp [i] = new Double_t[nparticles] ;
 837     scpv[i] = new Double_t[nparticles] ;
 838   }
 839
 840   // make the normalized distribution of pid for this event
 841   // w(pid) in the Bayesian formulation
 842   for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
 843
 844     AliPHOSRecParticle * recpar  = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticle(index) ;
 845     AliPHOSEmcRecPoint * emc     = AliPHOSGetter::Instance()->EmcRecPoint(index) ;
 846     AliPHOSCpvRecPoint * cpv     = AliPHOSGetter::Instance()->CpvRecPoint(index) ;
 847
 848     Float_t en   = emc->GetEnergy();
 849
 850     // Tof
 851     Double_t time = recpar->ToF() ;
 852     //cout<<">>>>>>>Energy "<<en<<"Time "<<time<<endl;
 853     //Electrons initial population to be removed
 854     fInitPID[AliESDtrack::kEleCon]   = 0. ;
 855
 856     // now get the signals probability
 857     // s(pid) in the Bayesian formulation
 858     //     stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ;
 859     //     stof[AliESDtrack::kElectron][index] =  stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 860     //     if(time < fTpionl[1])
 861     //       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpiong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
 862     //     else
 863     //       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpionl      ->Eval(time) ; //landau distribution
 864     //     if(time < fTkaonl[1])
 865     //       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
 866     //     else
 867     //       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaonl      ->Eval(time) ; //landau distribution
 868     //     if(time < fThhadronl[1])
 869     //       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
 870     //     else
 871     //       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
 872
 873     //     stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = stof[AliESDtrack::kProton][index] ;
 874     //     stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 875     //     // a conversion electron has the photon ToF
 876     //     stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = stof[AliESDtrack::kKaon][index] ;
 877     //     stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 878     if(en < 2.) {
 879       //       cout<<"TOF: pi "<< GausPol2(en, time, fTpion)<<endl;
 880       //       cout<<"TOF: k  "<< LandauPol2(en, time, fTkaon)<<endl;
 881       //       cout<<"TOF: N  "<< LandauPol2(en, time, fThhadron)<<endl;
 882       stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ;
 883       stof[AliESDtrack::kElectron][index] =  stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 884 //       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = GausPol2(en, time, fTpion) ; //gaus distribution
 885 //       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = LandauPol2(en, time, fTkaon) ; //gaus distribution
 886 //       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = LandauPol2(en, time, fThhadron); //gaus distribution
 887       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpiong      ->Eval(time) ; //landau distribution
 888       if(time < fTkaonl[1])
 889         stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
 890       else
 891         stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaonl      ->Eval(time) ; //landau distribution
 892       if(time < fThhadronl[1])
 893         stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
 894       else
 895         stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
 896
 897       stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = stof[AliESDtrack::kProton][index] ;
 898       stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 899       // a conversion electron has the photon ToF
 900       stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = stof[AliESDtrack::kKaon][index] ;
 901       stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 902     }
 903     else {
 904       stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = 1.;
 905       stof[AliESDtrack::kElectron][index] = 1.;
 906       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = 1.;
 907       stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = 1.;
 908       stof[AliESDtrack::kProton][index]   = 1.;
 909       stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = 1.;
 910       stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = 1.;
 911       stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = 1.;
 912       stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = 1.;
 913     }
 914     //    Info("MakePID", "TOF passed");
 915
 916     // Shower shape: Dispersion
 917     Float_t dispersion = emc->GetDispersion();
 918     //dispersion is not well defined if the cluster is only in few crystals
 919
 920     //     Info("MakePID","multiplicity %d, dispersion %f", emc->GetMultiplicity(),
 921     //   dispersion);
 922     //     Info("MakePID","ss: photon %f, hadron %f ", GausF   (en , dispersion, fDphoton),
 923     //       LandauF(en , dispersion, fDhadron ) );
 924     if(emc->GetMultiplicity() > 4){
 925       sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]   = GausF   (en , dispersion, fDphoton) ;
 926       sdp[AliESDtrack::kElectron][index] = sdp[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
 927       sdp[AliESDtrack::kPion][index]     = LandauF(en , dispersion, fDhadron ) ;
 928       sdp[AliESDtrack::kKaon][index]     = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
 929       sdp[AliESDtrack::kProton][index]   = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
 930       sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]  = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
 931       sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]   = sdp[AliESDtrack::kPhoton][index];
 932       sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]    = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
 933       sdp[AliESDtrack::kMuon][index]     = fDFmuon ->Eval(dispersion) ; //landau distribution
 934     }
 935     else{
 936       sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]   = 1. ;
 937       sdp[AliESDtrack::kElectron][index] = 1. ;
 938       sdp[AliESDtrack::kPion][index]     = 1. ;
 939       sdp[AliESDtrack::kKaon][index]     = 1. ;
 940       sdp[AliESDtrack::kProton][index]   = 1. ;
 941       sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]  = 1. ;
 942       sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]   = 1. ;
 943       sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]    = 1. ;
 944       sdp[AliESDtrack::kMuon][index]     = 1. ;
 945     }
 946
 947
 948     // CPV-EMC  Distance
 949     Float_t distance = GetDistance(emc, cpv,  "R") ;
 950     //    Info("MakePID", "Distance %f", distance);
 951     Float_t pcpv = 0 ;
 952     Float_t pcpvneutral  = 0. ;
 953     Float_t pcpvelectron = GausF  (en , distance, fCPVelectron) ;
 954     Float_t pcpvcharged  = LandauF(en , distance, fCPVcharged) ;
 955     //Float_t pcpvcharged  = ChargedHadronDistProb(en , distance, fCPVchargedg, fCPVchargedl) ;
 956     //    Info("MakePID", "CPV: electron %f, hadron %f", pcpvelectron, pcpvcharged);
 957     if(pcpvelectron >= pcpvcharged)
 958       pcpv = pcpvelectron ;
 959     else
 960       pcpv = pcpvcharged ;
 961
 962     if(pcpv < 1e-4)
 963       {
 964         pcpvneutral  = 1. ;
 965         pcpvcharged  = 0. ;
 966         pcpvelectron = 0. ;
 967       }
 968
 969     scpv[AliESDtrack::kPion][index]     =  pcpvcharged  ;
 970     scpv[AliESDtrack::kKaon][index]     =  pcpvcharged  ;
 971     scpv[AliESDtrack::kProton][index]   =  pcpvcharged  ;
 972     scpv[AliESDtrack::kPhoton][index]   =  pcpvneutral  ;
 973     scpv[AliESDtrack::kElectron][index] =  pcpvelectron ;
 974     scpv[AliESDtrack::kNeutron][index]  =  pcpvneutral  ;
 975     scpv[AliESDtrack::kEleCon][index]   =  pcpvelectron ;
 976     scpv[AliESDtrack::kKaon0][index]    =  pcpvneutral  ;
 977     scpv[AliESDtrack::kMuon][index]     =  pcpvelectron ;
 978
 979     //   Info("MakePID", "CPV passed");
 980
 981     if(en > 30.){
 982       // pi0 are detected via decay photon
 983       stof[AliESDtrack::kPi0][index]  = fTFphoton  ->Eval(time) ;
 984       scpv[AliESDtrack::kPi0][index]  = pcpvneutral  ;
 985       if(emc->GetMultiplicity() > 4)
 986         sdp [AliESDtrack::kPi0][index]  = GausPol2(en , dispersion, fDpi0) ;
 987       else
 988         sdp [AliESDtrack::kPi0][index]  = 1. ;
 989     }
 990     else{
 991       stof[AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
 992       scpv[AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
 993       sdp [AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
 994       fInitPID[AliESDtrack::kPi0]         = 0. ;
 995     }
 996
 997     if(en > 0.5){
 998       //Muons deposit few energy
 999       scpv[AliESDtrack::kMuon][index]     =  0;
1000       stof[AliESDtrack::kMuon][index]     =  0;
1001       sdp [AliESDtrack::kMuon][index]     =  0;
1002     }
1003 //     cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", distance "<<distance<<", dispersion "<<dispersion<<endl ;
1004 //     cout<<"Photon   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPhoton]<<" tof "<<stof[AliESDtrack::kPhoton][index]
1005 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPhoton][index]<<", ss "<<sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]<<endl;
1006 //     cout<<"EleCon   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kEleCon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kEleCon][index]
1007 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kEleCon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]<<endl;
1008 //     cout<<"Electron , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kElectron]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kElectron][index]
1009 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kElectron][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kElectron][index]<<endl;
1010 //     cout<<"Muon     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kMuon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kMuon][index]
1011 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kMuon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kMuon][index]<<endl;
1012 //     cout<<"Pi0      , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPi0]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kPi0][index]
1013 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPi0][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kPi0][index]<<endl;
1014 //     cout<<"Pion     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPion]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kPion][index]
1015 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPion][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kPion][index]<<endl;
1016 //     cout<<"Kaon0    , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kKaon0]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kKaon0][index]
1017 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kKaon0][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]<<endl;
1018 //     cout<<"Kaon     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kKaon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kKaon][index]
1019 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kKaon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kKaon][index]<<endl;
1020 //     cout<<"Neutron  , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kNeutron]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kNeutron][index]
1021 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kNeutron][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]<<endl;
1022 //     cout<<"Proton   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kProton]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kProton][index]
1023 //              <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kProton][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kProton][index]<<endl;
1024   }
1025
1026   //for (index = 0 ; index < kSPECIES ; index++)
1027   // pid[index] /= nparticles ;
1028
1029   //  Info("MakePID", "Total Probability calculation");
1030
1031   for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
1032     // calculates the Bayesian weight
1033     Int_t jndex ;
1034     Double_t wn = 0.0 ;
1035     for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++)
1036       //wn += stof[jndex][index] * pid[jndex] ;
1037       wn += stof[jndex][index] * sdp[jndex][index]  * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] ;
1038     //cout<<"*************wn "<<wn<<endl;
1039     AliPHOSRecParticle * recpar = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticle(index) ;
1040     if (TMath::Abs(wn)>0)
1041       for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) {
1042         //cout<<"jndex "<<jndex<<" wn "<<wn<<" SetPID * wn"
1043         //<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * pid[jndex]  << endl;
1044         //cout<<" tof "<<stof[jndex][index] << " disp " <<sdp[jndex][index] << " pid "<< fInitPID[jndex] << endl;
1045 //      cout<<"Particle "<<jndex<<"  final prob * wn   "
1046 //          <<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] <<"  wn  "<< wn<<endl;
1047         recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] *
1048                        scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn) ;
1049 //      cout<<"final prob "<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn<<endl;
1050         //recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn) ;
1051         //cout<<"After SetPID"<<endl;
1052         //recpar->Print();
1053       }
1054   }
1055   //  Info("MakePID", "Delete");
1056
1057   //   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
1058   //     delete [] stof[i];
1059   //     cout<<i<<endl;
1060   //     delete [] sdp[i];
1061   //     cout<<i<<endl;
1062   //     delete [] scpv[i];
1063   //     cout<<i<<endl;
1064   //   }
1065
1066   //  Info("MakePID","End MakePID");
1067 }
1068
1069 //____________________________________________________________________________
1070 void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
1071 {
1072   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
1073
1074   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1075   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ;
1076   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ;
1077   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ;
1078   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
1079     AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;
1080   }
1081   TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ;
1082   recParticles->Clear();
1083
1084   TIter next(trackSegments) ;
1085   AliPHOSTrackSegment * ts ;
1086   Int_t index = 0 ;
1087   AliPHOSRecParticle * rp ;
1088   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
1089
1090     new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
1091     rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ;
1092     rp->SetTrackSegment(index) ;
1093     rp->SetIndexInList(index) ;
1094
1095     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
1096     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
1097       emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
1098
1099     AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
1100     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
1101       cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
1102
1103     Int_t track = 0 ;
1104     track = ts->GetTrackIndex() ;
1105
1106     // Now set type (reconstructed) of the particle
1107
1108     // Choose the cluster energy range
1109
1110     if (!emc) {
1111       AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
1112     }
1113
1114     Float_t e = emc->GetEnergy() ;
1115
1116     Float_t  lambda[2] ;
1117     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
1118
1119     if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
1120       // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
1121       // introduce in the function X2P that gives the components (P).
1122
1123       Float_t  Spher = 0. ;
1124       Float_t  Emaxdtotal = 0. ;
1125
1126       if((lambda[0]+lambda[1])!=0)
1127         Spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]);
1128
1129       Emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy();
1130
1131       fX[0] = lambda[0] ;
1132       fX[1] = lambda[1] ;
1133       fX[2] = emc->GetDispersion() ;
1134       fX[3] = Spher ;
1135       fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;
1136       fX[5] = Emaxdtotal ;
1137       fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;
1138
1139       fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
1140       fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
1141
1142     }
1143     else{
1144       fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with
1145       fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
1146       fPPi0[0]   =-100.0;
1147       fPPi0[1]   =-100.0;
1148     }
1149
1150     Float_t time = emc->GetTime() ;
1151     rp->SetTof(time) ;
1152
1153     // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency
1154     // are taken into account to set the particle identification)
1155     for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
1156
1157       // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance,
1158       // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
1159       // is set to 1
1160       if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 ){
1161         rp->SetPIDBit(effPur) ;
1162         //cout<<"CPV bit "<<effPur<<endl;
1163       }
1164       // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th
1165       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1
1166       if(time< (*fParameters)(3,effPur))
1167         rp->SetPIDBit(effPur+3) ;
1168
1169       //Photon PCA
1170       //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th
1171       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1
1172       if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1)
1173         rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
1174
1175       //Pi0 PCA
1176       //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th
1177       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1
1178       if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1)
1179         rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
1180     }
1181     if(GetHardPhotonBit(emc))
1182       rp->SetPIDBit(12) ;
1183     if(GetHardPi0Bit   (emc))
1184       rp->SetPIDBit(13) ;
1185
1186     if(track >= 0)
1187       rp->SetPIDBit(14) ;
1188
1189     //Set momentum, energy and other parameters
1190     Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
1191     TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ;
1192     dir.SetMag(encal) ;
1193     rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
1194     rp->SetCalcMass(0);
1195     rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
1196     rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
1197     rp->SetFirstMother(-1);
1198     rp->SetLastMother(-1);
1199     rp->SetFirstDaughter(-1);
1200     rp->SetLastDaughter(-1);
1201     rp->SetPolarisation(0,0,0);
1202     //Set the position in global coordinate system from the RecPoint
1203     AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ;
1204     AliPHOSTrackSegment * ts  = gime->TrackSegment(rp->GetPHOSTSIndex()) ;
1205     AliPHOSEmcRecPoint  * erp = gime->EmcRecPoint(ts->GetEmcIndex()) ;
1206     TVector3 pos ;
1207     geom->GetGlobal(erp, pos) ;
1208     rp->SetPos(pos);
1209     index++ ;
1210   }
1211 }
1212
1213 //____________________________________________________________________________
1214 void  AliPHOSPIDv1::Print() const
1215 {
1216   // Print the parameters used for the particle type identification
1217
1218     AliInfo("=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
1219     printf("Making PID\n") ;
1220     printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ;
1221     printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
1222     printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
1223     printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1224     printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
1225     printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
1226     printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
1227     Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1228     fParameters->Print() ;
1229 }
1230
1231
1232
1233 //____________________________________________________________________________
1234 void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
1235 {
1236   // Print table of reconstructed particles
1237
1238   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1239
1240   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ;
1241
1242   TString message ;
1243   message  = "\nevent " ;
1244   message += gAlice->GetEvNumber() ;
1245   message += "       found " ;
1246   message += recParticles->GetEntriesFast();
1247   message += " RecParticles\n" ;
1248
1249   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
1250     message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ;
1251
1252     Int_t index ;
1253     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
1254       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;
1255       message += "\n" ;
1256       message += rp->Name().Data() ;
1257       message += " " ;
1258       message += rp->GetIndexInList() ;
1259       message += " " ;
1260       message += rp->GetType()  ;
1261     }
1262   }
1263   AliInfo(message.Data() ) ;
1264 }
1265
1266 //____________________________________________________________________________
1267 void  AliPHOSPIDv1::SetParameters()
1268 {
1269   // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary
1270   // the Principal file, which is opened here
1271   fX       = new double[7]; // Data for the PCA
1272   fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
1273   fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
1274
1275   // Read photon principals from the photon file
1276
1277   fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ;
1278   TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
1279   fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ;
1280   f.Close() ;
1281
1282   // Read pi0 principals from the pi0 file
1283
1284   fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
1285   TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
1286   fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ;
1287   fPi0.Close() ;
1288
1289   // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix.
1290   // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced
1291   // in a matrix of 16x4
1292   //
1293   // All the parameters defined in this file are, in order of row:
1294   // line   0   : calibration
1295   // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
1296   // line   3   : TOF cut
1297   // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
1298   // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
1299   // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
1300
1301   fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
1302   fParameters = new TMatrix(16,4) ;
1303   const Int_t maxLeng=255;
1304   char string[maxLeng];
1305
1306   // Open a text file with PID parameters
1307   FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
1308   if (!fd)
1309     AliFatal(Form("File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
1310           fFileNameParameters.Data()));
1311
1312   Int_t i=0;
1313   // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
1314   while (fgets(string,maxLeng,fd) != NULL) {
1315     if (string[0] == '\n' ) continue;
1316     if (string[0] == '!'  ) continue;
1317     sscanf(string, "%f %f %f %f",
1318            &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1),
1319            &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
1320     i++;
1321     AliDebug(1, Form("SetParameters", "line %d: %s",i,string));
1322   }
1323   fclose(fd);
1324 }
1325
1326 //____________________________________________________________________________
1327 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param)
1328 {
1329   // Set parameter "Calibration" i to a value param
1330   if(i>2 || i<0) {
1331     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1332   } else
1333     (*fParameters)(0,i) = param ;
1334 }
1335
1336 //____________________________________________________________________________
1337 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut)
1338 {
1339   // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on
1340   // Purity-Efficiency point i
1341
1342   if(i>2 || i<0) {
1343     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1344   } else {
1345     axis.ToLower();
1346     if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
1347     else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
1348     else {
1349       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
1350     }
1351   }
1352 }
1353
1354 //____________________________________________________________________________
1355 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param)
1356 {
1357   // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
1358   if(i>4 || i<0) {
1359     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1360   } else
1361     (*fParameters)(14,i) = param ;
1362 }
1363
1364 //____________________________________________________________________________
1365 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param)
1366 {
1367   // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
1368   if(i>1 || i<0) {
1369     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1370   } else
1371     (*fParameters)(15,i) = param ;
1372 }
1373
1374 //_____________________________________________________________________________
1375 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate)
1376 {
1377   // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i
1378   if (i>2 || i<0) {
1379     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
1380   } else
1381     (*fParameters)(3,i)= gate ;
1382 }
1383
1384 //_____________________________________________________________________________
1385 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par)
1386 {
1387   // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse
1388   // parameter "param" for a particle "particle"
1389
1390   particle.ToLower();
1391   param.   ToLower();
1392   Int_t p= -1;
1393   Int_t offset=0;
1394
1395   if      (particle == "photon") offset=0;
1396   else if (particle == "pi0")    offset=5;
1397   else
1398     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
1399                   particle.Data()));
1400
1401   if     (param.Contains("a")) p=4+offset;
1402   else if(param.Contains("b")) p=5+offset;
1403   else if(param.Contains("c")) p=6+offset;
1404   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset;
1405   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
1406   if((i>4)||(i<0)) {
1407     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ;
1408   } else if(p==-1) {
1409     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ;
1410   } else
1411     (*fParameters)(p,i) = par ;
1412 }
1413
1414 //____________________________________________________________________________
1415 void AliPHOSPIDv1::Unload()
1416 {
1417   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1418   gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
1419   gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
1420   gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
1421 }
1422
1423 //____________________________________________________________________________
1424 void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
1425 {
1426
1427   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ;
1428
1429   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ;
1430   recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
1431   if(fWrite){
1432     TTree * treeP =  gime->TreeP();
1433
1434     //First rp
1435     Int_t bufferSize = 32000 ;
1436     TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
1437     rpBranch->SetTitle(BranchName());
1438
1439     rpBranch->Fill() ;
1440
1441     gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
1442     gime->WritePID("OVERWRITE");
1443   }
1444 }
1445
1446
1447 //_______________________________________________________________________
1448 void AliPHOSPIDv1::SetInitPID(const Double_t *p) {
1449   // Sets values for the initial population of each particle type
1450   for (Int_t i=0; i<AliESDtrack::kSPECIESN; i++) fInitPID[i] = p[i];
1451 }
1452 //_______________________________________________________________________
1453 void AliPHOSPIDv1::GetInitPID(Double_t *p) const {
1454   // Gets values for the initial population of each particle type
1455   for (Int_t i=0; i<AliESDtrack::kSPECIESN; i++) p[i] = fInitPID[i];
1456 }