coding conventions resolved
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
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8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //_________________________________________________________________________
19 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
20 // Particle identification based on the 
21 //     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
22 //     - TOF 
23 //     - PCA: Principal Components Analysis..
24 // The identified particle has an identification number corresponding 
25 // to a 9 bits number:
26 //     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
27 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
28 //     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
29 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
30 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
31 //      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
32 //      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
33 //      photon identification)
34 //      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
35 //      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
36 //      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
37 //      energies between 0.5 and 100 GeV.
38 //      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
39 //      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
40 //      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
41 //      energy distribution of monoenergetic photons. 
42 //
43 //      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
44 //      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
45 //      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
46 //      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
47 //      TMatrixD object.  
48 //
49 // use case:
50 //  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
51 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
52 //          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles 
53             // TrackSegments and RecPoints are used 
54 //          // set file name for the branch RecParticles
55 //  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
56 //          // available options
57 //          // "deb" - prints # of reconstructed particles
58 //          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
59 //          // "time" - prints benchmarking results
60 //                  
61 //  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
62 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
63 //                //Split mode.  
64 //  root [3] p2->ExecuteTask()
65 //
66
67
68 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
69 //            Gustavo Conesa April 2002
70 //            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
71 //            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
72 //            files with the PCA, each one with different energy ranges 
73 //            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
74 //            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
75 //            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
76 //            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
77 //            of the energy. 
78 //
79 //
80 //
81 // --- ROOT system ---
82
83
84 // --- Standard library ---
85 #include "TF1.h"
86 #include "TBenchmark.h"
87 #include "TPrincipal.h"
88 #include "TFile.h" 
89 #include "TSystem.h"
90
91 // --- AliRoot header files ---
92               //#include "AliLog.h"
93 #include "AliGenerator.h"
94 #include "AliPHOS.h"
95 #include "AliPHOSPIDv1.h"
96 #include "AliPHOSGetter.h"
97
98 ClassImp( AliPHOSPIDv1) 
99
100 //____________________________________________________________________________
101 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
102
103   // default ctor
104  
105   InitParameters() ; 
106   fDefaultInit = kTRUE ; 
107 }
108
109 //____________________________________________________________________________
110 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
111
112   // ctor
113   InitParameters() ; 
114   Init() ;
115
116 }
117
118 //____________________________________________________________________________
119 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
120
121   //ctor with the indication on where to look for the track segments
122  
123   InitParameters() ; 
124   Init() ;
125   fDefaultInit = kFALSE ; 
126 }
127
128 //____________________________________________________________________________
129 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
130
131   // dtor
132
133   delete [] fX ;       // Principal input 
134   delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
135   delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
136 }
137 //____________________________________________________________________________
138 const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const 
139 {  
140
141   return GetName() ;
142 }
143  
144 //____________________________________________________________________________
145 void AliPHOSPIDv1::Init()
146 {
147   // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
148   // Add the PID task to the list of PHOS tasks
149
150   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
151   if(!gime)
152     gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ; 
153
154   if ( !gime->PID() ) 
155     gime->PostPID(this) ;
156 }
157
158 //____________________________________________________________________________
159 void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
160 {
161   // Initialize PID parameters
162   fWrite                   = kTRUE ;
163   fRecParticlesInRun = 0 ; 
164   fNEvent            = 0 ;            
165   fRecParticlesInRun = 0 ;
166   fBayesian          = kTRUE ;
167   SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
168   SetEventRange(0,-1) ;
169
170   // initialisation of response function parameters
171   // Tof
172   // Photons
173   fTphoton[0] = 0.218    ;
174   //fTphoton[0] = 1.    ;
175   fTphoton[1] = 1.55E-8  ; 
176   fTphoton[2] = 5.05E-10 ;
177   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ; 
178   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ; 
179 //   // Electrons
180 //   fTelectron[0] = 0.2      ;
181 //   fTelectron[1] = 1.55E-8  ; 
182 //   fTelectron[2] = 5.35E-10 ;
183 //   fTFelectron = new TFormula("ToF response to electrons" , "gaus") ; 
184 //   fTFelectron->SetParameters( fTelectron[0], fTelectron[1], fTelectron[2]) ; 
185 //   // Muons
186 //   fTmuon[0] = 0.2     ;
187 //   fTmuon[1] = 1.55E-8 ; 
188 //   fTmuon[2] = 5.1E-10 ;
189 //   fTFmuon = new TFormula("ToF response to muons" , "gaus") ; 
190 //   fTFmuon->SetParameters( fTmuon[0], fTmuon[1], fTmuon[2]) ; 
191
192   // Pions
193   //Gaus (0 to max probability)
194   fTpiong[0] = 0.0971    ; 
195   //fTpiong[0] = 1.       ;
196   fTpiong[1] = 1.58E-8  ; 
197   fTpiong[2] = 5.69E-10 ;
198   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ; 
199   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ; 
200   // Landau (max probability to inf) 
201 //   fTpionl[0] = 0.05     ; 
202 //   //fTpionl[0] = 5.53     ; 
203 //   fTpionl[1] = 1.68E-8  ; 
204 //   fTpionl[2] = 5.38E-10 ;
205 //   fTFpionl = new TFormula("ToF response to pions" , "landau") ; 
206 //   fTFpionl->SetParameters( fTpionl[0], fTpionl[1], fTpionl[2]) ; 
207
208
209   // Kaons
210   //Gaus (0 to max probability)
211   fTkaong[0] = 0.0542  ; 
212   //fTkaong[0] = 1.      ;
213   fTkaong[1] = 1.64E-8 ; 
214   fTkaong[2] = 6.07-10 ;
215   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ; 
216   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ; 
217   //Landau (max probability to inf) 
218   fTkaonl[0] = 0.264   ;
219   //fTkaonl[0] = 5.53     ;
220   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ; 
221   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
222   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ; 
223   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ; 
224
225   //Heavy Hadrons
226   //Gaus (0 to max probability)
227   fThhadrong[0] = 0.0302   ;  
228   //fThhadrong[0] = 1.       ; 
229   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ; 
230   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
231   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ; 
232   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ; 
233   //Landau (max probability to inf) 
234   fThhadronl[0] = 0.139    ;  
235   //fThhadronl[0] = 5.53      ;   
236   fThhadronl[1] = 1.745E-8  ; 
237   fThhadronl[2] = 1.00E-9  ;
238   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ; 
239   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ; 
240
241 /// /gaussian parametrization for pions
242 //   fTpion[0] = 3.93E-2 ;  fTpion[1] = 0.130   ; fTpion[2] =-6.37E-2 ;//constant
243 //   fTpion[3] = 1.65E-8 ;  fTpion[4] =-1.40E-9 ; fTpion[5] = 5.96E-10;//mean
244 //   fTpion[6] = 8.09E-10;  fTpion[7] =-4.65E-10; fTpion[8] = 1.50E-10;//sigma
245
246 // //landau parametrization for kaons
247 //   fTkaon[0] = 0.107   ;  fTkaon[1] = 0.166   ; fTkaon[2] = 0.243   ;//constant
248 //   fTkaon[3] = 1.80E-8 ;  fTkaon[4] =-2.96E-9 ; fTkaon[5] = 9.60E-10;//mean
249 //   fTkaon[6] = 1.37E-9 ;  fTkaon[7] =-1.80E-9 ; fTkaon[8] = 6.74E-10;//sigma
250
251 // //landau parametrization for nucleons
252 //   fThhadron[0] = 6.33E-2 ;  fThhadron[1] = 2.52E-2 ; fThhadron[2] = 2.16E-2 ;//constant
253 //   fThhadron[3] = 1.94E-8 ;  fThhadron[4] =-7.06E-10; fThhadron[5] =-4.69E-10;//mean
254 //   fThhadron[6] = 2.55E-9 ;  fThhadron[7] =-1.90E-9 ; fThhadron[8] = 5.41E-10;//sigma
255
256
257   // Shower shape: dispersion gaussian parameters
258   // Photons
259
260 //   fDphoton[0] = 3.84e-2;  fDphoton[1] = 4.46e-3 ; fDphoton[2] = -2.36e-2;//constant
261 //   //fDphoton[0] = 1.0    ;  fDphoton[1] = 0.      ; fDphoton[2] = 0.     ;//constant
262 //   fDphoton[3] = 1.55   ;  fDphoton[4] =-0.0863  ; fDphoton[5] = 0.287   ;//mean
263 //   fDphoton[6] = 0.0451 ;  fDphoton[7] =-0.0803  ; fDphoton[8] = 0.314   ;//sigma
264
265    fDphoton[0] = 4.62e-2;  fDphoton[1] = 1.39e-2 ; fDphoton[2] = -3.80e-2;//constant
266    //fDphoton[0] = 1.0    ;  fDphoton[1] = 0.      ; fDphoton[2] = 0.     ;//constant
267    fDphoton[3] = 1.53   ;  fDphoton[4] =-6.62e-2 ; fDphoton[5] = 0.339   ;//mean
268    fDphoton[6] = 6.89e-2;  fDphoton[7] =-6.59e-2 ; fDphoton[8] = 0.194   ;//sigma
269
270    fDpi0[0] = 0.0586  ;  fDpi0[1] = 1.06E-3 ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
271    //fDpi0[0] = 1.0     ;  fDpi0[1] = 0.0     ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
272   fDpi0[3] = 2.67    ;  fDpi0[4] =-2.00E-2 ; fDpi0[5] = 9.37E-5 ;//mean
273   fDpi0[6] = 0.153   ;  fDpi0[7] = 9.34E-4 ; fDpi0[8] =-1.49E-5 ;//sigma
274   //landau
275 //   fDhadron[0] = 0.007  ;  fDhadron[1] = 0.      ; fDhadron[2] = 0.    ;//constant
276 //   //fDhadron[0] = 5.53   ;  fDhadron[1] = 0.      ; fDhadron[2] = 0.    ;//constant
277 //   fDhadron[3] = 3.38   ;  fDhadron[4] = 0.0833  ; fDhadron[5] =-0.845 ;//mean
278 //   fDhadron[6] = 0.627  ;  fDhadron[7] = 0.012   ; fDhadron[8] =-0.170 ;//sigma
279
280   fDhadron[0] = 1.61E-2 ;  fDhadron[1] = 3.03E-3 ; fDhadron[2] = 1.01E-2 ;//constant
281   fDhadron[3] = 3.81    ;  fDhadron[4] = 0.232   ; fDhadron[5] =-1.25    ;//mean
282   fDhadron[6] = 0.897   ;  fDhadron[7] = 0.0987  ; fDhadron[8] =-0.534   ;//sigma
283   // Muons
284   fDmuon[0] = 0.0631     ;
285   fDmuon[1] = 1.4 ; 
286   fDmuon[2] = 0.0557 ;
287   fDFmuon = new TFormula("Shower shape response to muons" , "landau") ; 
288   fDFmuon->SetParameters( fDmuon[0], fDmuon[1], fDmuon[2]) ; 
289
290
291   // x(CPV-EMC) distance gaussian parameters
292   
293   fXelectron[0] = 8.06e-2 ;  fXelectron[1] = 1.00e-2; fXelectron[2] =-5.14e-2;//constant
294   //fXelectron[0] = 1.0     ;  fXelectron[1] = 0.     ; fXelectron[2] = 0.    ;//constant
295   fXelectron[3] = 0.202   ;  fXelectron[4] = 8.15e-3; fXelectron[5] = 4.55   ;//mean
296   fXelectron[6] = 0.334   ;  fXelectron[7] = 0.186  ; fXelectron[8] = 4.32e-2;//sigma
297   
298   //charged hadrons gaus
299   fXcharged[0] = 6.43e-3 ;  fXcharged[1] =-4.19e-5; fXcharged[2] = 1.42e-3;//constant
300   fXcharged[3] = 2.75    ;  fXcharged[4] =-0.40   ; fXcharged[5] = 1.68   ;//mean
301   fXcharged[6] = 3.135   ;  fXcharged[7] =-9.41e-2; fXcharged[8] = 1.31e-2;//sigma
302   
303   // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
304   
305   fZelectron[0] = 8.22e-2 ;  fZelectron[1] = 5.11e-3; fZelectron[2] =-3.05e-2;//constant
306   //fZelectron[0] = 1.0     ;  fZelectron[1] = 0.     ; fZelectron[2] = 0.    ;//constant
307   fZelectron[3] = 3.09e-2 ;  fZelectron[4] = 5.87e-2; fZelectron[5] =-9.49e-2;//mean
308   fZelectron[6] = 0.263   ;  fZelectron[7] =-9.02e-3; fZelectron[8] = 0.151 ;//sigma
309   
310   //charged hadrons gaus
311   
312   fZcharged[0] = 1.00e-2 ;  fZcharged[1] = 2.82E-4 ; fZcharged[2] = 2.87E-3 ;//constant
313   fZcharged[3] =-4.68e-2 ;  fZcharged[4] =-9.21e-3 ; fZcharged[5] = 4.91e-2 ;//mean
314   fZcharged[6] = 1.425   ;  fZcharged[7] =-5.90e-2 ; fZcharged[8] = 5.07e-2 ;//sigma
315   
316   for (Int_t i =0; i<  AliESDtrack::kSPECIESN ; i++)
317     fInitPID[i] = 1.;
318   
319 }
320
321 //________________________________________________________________________
322 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t *option)
323 {
324   // Steering method to perform particle reconstruction and identification
325   // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
326   // This range is optionally set by SetEventRange().
327   // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
328   
329   if(strstr(option,"tim"))
330     gBenchmark->Start("PHOSPID");
331   
332   if(strstr(option,"print")) {
333     Print() ; 
334     return ; 
335   }
336
337
338   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
339  
340   if (fLastEvent == -1) 
341     fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
342   else 
343     fLastEvent = TMath::Min(fLastEvent,gime->MaxEvent());
344   Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
345
346   Int_t ievent ; 
347   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
348     gime->Event(ievent,"TR") ;
349     if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
350        gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
351       MakeRecParticles() ;
352
353       if(fBayesian)
354         MakePID() ; 
355       
356       WriteRecParticles();
357       if(strstr(option,"deb"))
358         PrintRecParticles(option) ;
359       //increment the total number of rec particles per run 
360       fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ; 
361     }
362   }
363   if(strstr(option,"deb"))
364       PrintRecParticles(option);
365   if(strstr(option,"tim")){
366     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
367     AliInfo(Form("took %f seconds for PID %f seconds per event", 
368          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
369          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents)) ;
370   }
371   if(fWrite)
372     Unload();
373 }
374
375 //________________________________________________________________________
376 const Double_t  AliPHOSPIDv1::GausF(Double_t  x, Double_t  y, Double_t * par)
377 {
378   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
379   //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian 
380   //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
381   Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
382   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
383   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
384  
385   //  Double_t arg    = - (y-mean) * (y-mean) / (2*sigma*sigma) ;
386   //  return cnt * TMath::Exp(arg) ;
387   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
388     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0,100);
389     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
390     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
391     //cout<<"GausF : en "<<x<<" y "<<y<<" c "<< cnt << " mean "<<mean<<" sigma "<<sigma<<endl;
392     return arg;
393   }
394   else
395     return 0.;
396  
397 }
398 //________________________________________________________________________
399 const Double_t  AliPHOSPIDv1::GausPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
400 {
401   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
402   //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian 
403   //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
404
405   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
406   Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
407   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
408
409   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
410     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0,100);
411     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
412     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
413   //cout<<"GausPol : en "<<x<<" y "<<y<<" c "<< cnt << " mean "<<mean<<" sigma "<<sigma<<endl;
414
415     return arg;
416   }
417   else
418     return 0.;
419  
420
421
422 }
423
424 //____________________________________________________________________________
425 const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
426 {
427   //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
428   particle.ToLower();
429   TString name;
430   if      (particle=="photon") 
431     name = fFileNamePrincipalPhoton ;
432   else if (particle=="pi0"   ) 
433     name = fFileNamePrincipalPi0    ;
434   else    
435     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
436                   particle.Data()));
437   return name;
438 }
439
440 //____________________________________________________________________________
441 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const 
442 {
443   // Get the i-th parameter "Calibration"
444   Float_t param = 0.;
445   if (i>2 || i<0) { 
446     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
447   } else
448     param = (*fParameters)(0,i);
449   return param;
450 }
451
452 //____________________________________________________________________________
453 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(Float_t e) const
454 {
455 //      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
456 //      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
457 //      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained 
458 //      through the study of the reconstructed energy distribution of 
459 //      monoenergetic photons.
460  
461   Float_t p[]={0.,0.,0.};
462   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
463   Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
464   return enerec ;
465
466 }
467
468 //____________________________________________________________________________
469 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const 
470 {
471   // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
472   Float_t param = 0.;
473   if(i>2 || i<0) {
474     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
475   } else {
476     axis.ToLower();
477     if      (axis == "x") 
478       param = (*fParameters)(1,i);
479     else if (axis == "z") 
480       param = (*fParameters)(2,i);
481     else { 
482       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
483     }
484   }
485   return  param;
486 }
487
488 //____________________________________________________________________________
489 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
490 {
491   // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
492   // Purity-Efficiency point 
493
494   axis.ToLower();
495   Float_t p[]={0.,0.,0.};
496   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
497   Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
498   return sig;
499 }
500
501 //____________________________________________________________________________
502 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const 
503 {
504   // Calculates the parameter param of the ellipse
505
506   particle.ToLower();
507   param.   ToLower();
508   Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
509   Float_t value = 0.0;
510   for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
511   if (particle == "photon") {
512     if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
513     else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
514     else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
515   }
516
517  if (particle == "photon")
518     value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
519   else if (particle == "pi0")
520     value = p[0] + p[1]*e + p[2]*e*e;
521
522   return value;
523 }
524
525 //_____________________________________________________________________________
526 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
527
528   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
529   // for photons at high p_T
530   Float_t param = 0;
531   if (i>3 || i<0) {
532     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
533   } else
534     param = (*fParameters)(14,i) ;
535   return param;
536 }
537
538 //____________________________________________________________________________
539 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
540
541   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
542   // for pi0 at high p_T
543   Float_t param = 0;
544   if (i>2 || i<0) {
545     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
546   } else
547     param = (*fParameters)(15,i) ;
548   return param;
549 }
550
551 //____________________________________________________________________________
552 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
553 {
554   // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
555   // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
556   Float_t param = 0.;
557   if(i>2 || i<0) {
558     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
559   } else
560     param = (*fParameters)(3,i) ; 
561   return param;
562 }
563
564 //_____________________________________________________________________________
565 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
566
567   // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
568   // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
569
570   particle.ToLower();
571   param.   ToLower();
572   Int_t offset = -1;
573   if      (particle == "photon") 
574     offset=0;
575   else if (particle == "pi0")    
576     offset=5;
577   else
578     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
579                   particle.Data()));
580
581   Int_t p= -1;
582   Float_t par = 0;
583
584   if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
585   else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
586   else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
587   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
588   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
589
590   if      (i>4 || i<0) {
591     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ; 
592   } else if (p==-1) {
593     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ; 
594   } else
595     par = (*fParameters)(p,i) ;
596   
597   return par;
598 }
599
600
601 //____________________________________________________________________________
602 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
603 {
604   // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
605   
606   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
607   TVector3 vecEmc ;
608   TVector3 vecCpv ;
609   if(cpv){
610     emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
611     cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
612     
613     if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
614       // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
615       // we assume, that particle moves from center
616       Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
617       Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
618       dEMC         = dEMC / dCPV ;
619       vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
620       if (axis == "X") return vecCpv.X();
621       if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
622       if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
623       if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
624     }
625     return 100000000 ;
626   }
627   return 100000000 ;
628 }
629 //____________________________________________________________________________
630 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Int_t effPur, Float_t e) const
631 {
632   //Calculates the pid bit for the CPV selection per each purity.
633   if(effPur>2 || effPur<0)
634     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur));
635   
636   Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
637   Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
638   
639   Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
640   Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
641   //Info("GetCPVBit"," xdist %f, sigx %f, zdist %f, sigz %f",deltaX, sigX, deltaZ,sigZ ) ;
642   if((deltaX>sigX*(effPur+1))&&(deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
643     return 1;//Neutral
644   else
645     return 0;//Charged
646 }
647
648 //____________________________________________________________________________
649 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p, Int_t effPur, Float_t e)const
650 {
651   //Is the particle inside de PCA ellipse?
652   
653   particle.ToLower();
654   Int_t    prinbit  = 0 ;
655   Float_t a        = GetEllipseParameter(particle,"a" , e); 
656   Float_t b        = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
657   Float_t c        = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
658   Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e); 
659   Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
660   
661   Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) + 
662               TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
663             c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
664   //3 different ellipses defined
665   if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
666   if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
667   if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
668
669   if(r<0)
670     AliError("Negative square?") ;
671
672   return prinbit;
673
674 }
675 //____________________________________________________________________________
676 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
677 {
678   // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
679   // if the second moment M2x is below the boundary
680
681   Float_t e   = emc->GetEnergy();
682   if (e < 30.0) return 0;
683   Float_t m2x = emc->GetM2x();
684   Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
685     TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
686                 TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
687     GetParameterPhotonBoundary(3);
688   AliDebug(1, Form("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",
689                        e,m2x,m2xBoundary));
690   if (m2x < m2xBoundary)
691     return 1;// A hard photon
692   else
693     return 0;// Not a hard photon
694 }
695
696 //____________________________________________________________________________
697 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
698 {
699   // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
700   // if the second moment M2x is above the boundary
701
702   Float_t e   = emc->GetEnergy();
703   if (e < 30.0) return 0;
704   Float_t m2x = emc->GetM2x();
705   Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
706                     e * GetParameterPi0Boundary(1);
707   AliDebug(1,Form("E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary));
708   if (m2x > m2xBoundary)
709     return 1;// A hard pi0
710   else
711     return 0;// Not a hard pi0
712 }
713
714 //____________________________________________________________________________
715 TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * )const 
716
717   // Calculates the momentum direction:
718   //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
719   //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
720   //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
721   //  in case 1.
722
723   TVector3 dir(0,0,0) ; 
724   
725   TVector3 emcglobalpos ;
726   TMatrix  dummy ;
727   
728   emc->GetGlobalPosition(emcglobalpos, dummy) ;
729   
730
731   dir = emcglobalpos ;  
732   dir.SetMag(1.) ;
733
734   //account correction to the position of IP
735   Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
736   if(gAlice && gAlice->GetMCApp() && gAlice->Generator())
737     gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
738   else{
739     xo=yo=zo=0.;
740   }
741   TVector3 origin(xo,yo,zo);
742   dir = dir - origin ;
743
744   return dir ;  
745 }
746
747 //________________________________________________________________________
748 const Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauF(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
749 {
750   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
751   //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau 
752   //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
753
754   Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
755   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
756   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
757
758   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
759     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
760     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
761     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
762     //    cout<<"LandauF : en "<<x<<" y  "<<y<<" c "<< cnt << " mean "<<mean<<" sigma "<<sigma<<endl;
763
764     return arg;
765   }
766   else
767     return 0.;
768
769 }
770 //________________________________________________________________________
771 const Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
772 {
773
774   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
775   //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau 
776   //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
777
778   Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
779   Double_t mean   = par[5] * (x*x) + par[4] * x + par[3] ;
780   Double_t sigma  = par[8] * (x*x) + par[7] * x + par[6] ;
781
782    if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
783     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
784     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
785     Double_t arg  = f->Eval(y) ;
786     //cout<<"LandauPol : en "<<x<<" y  "<<y<<" c "<< cnt << " mean "<<mean<<" sigma "<<sigma<<endl;
787     return arg;
788   }
789   else
790     return 0.;
791
792
793 }
794 // //________________________________________________________________________
795 // Double_t  AliPHOSPIDv1::ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl)
796 // {
797 //   Double_t cnt   = 0.0 ;
798 //   Double_t mean  = 0.0 ;
799 //   Double_t sigma = 0.0 ;
800 //   Double_t arg   = 0.0 ;
801 //   if (y < parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3]){
802 //     cnt    = parg[1] / (x*x) + parg[2] / x + parg[0] ;
803 //     mean   = parg[4] / (x*x) + parg[5] / x + parg[3] ;
804 //     sigma  = parg[7] / (x*x) + parg[8] / x + parg[6] ;
805 //     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0.,100.);
806 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
807 //     arg  = f->Eval(y) ;
808 //   }
809 //   else{
810 //     cnt    = parl[1] / (x*x) + parl[2] / x + parl[0] ;
811 //     mean   = parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3] ;
812 //     sigma  = parl[7] / (x*x) + parl[8] / x + parl[6] ;
813 //     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
814 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
815 //     arg  = f->Eval(y) ;
816 //   }
817 //   //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
818 //   //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
819   
820 //   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
821 //   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
822   
823 //   return arg;
824   
825 // }
826 //____________________________________________________________________________
827 void  AliPHOSPIDv1::MakePID()
828 {
829   // construct the PID weight from a Bayesian Method
830   
831   Int_t index ;
832   const Int_t kSPECIES = AliESDtrack::kSPECIESN ;
833   Int_t nparticles = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
834   
835   //   const Int_t kMAXPARTICLES = 2000 ; 
836   //   if (nparticles >= kMAXPARTICLES) 
837   //     Error("MakePID", "Change size of MAXPARTICLES") ; 
838   //   Double_t stof[kSPECIES][kMAXPARTICLES] ;
839   
840 //   const Int_t kMAXPARTICLES = 2000 ; 
841 //   if (nparticles >= kMAXPARTICLES) 
842 //     AliError("Change size of MAXPARTICLES") ; 
843 //   Double_t stof[kSPECIES][kMAXPARTICLES] ;
844
845   Double_t * stof[kSPECIES] ;
846   Double_t * sdp [kSPECIES]  ;
847   Double_t * scpv[kSPECIES] ;
848   
849   //Info("MakePID","Begin MakePID"); 
850   
851   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
852     stof[i] = new Double_t[nparticles] ;
853     sdp [i] = new Double_t[nparticles] ;
854     scpv[i] = new Double_t[nparticles] ;
855   }
856   
857   // make the normalized distribution of pid for this event 
858   // w(pid) in the Bayesian formulation
859   for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
860     
861     AliPHOSRecParticle * recpar  = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticle(index) ;  
862     AliPHOSEmcRecPoint * emc     = AliPHOSGetter::Instance()->EmcRecPoint(index) ;
863     AliPHOSCpvRecPoint * cpv     = AliPHOSGetter::Instance()->CpvRecPoint(index) ;
864     
865     Float_t en   = emc->GetEnergy(); 
866
867     // Tof
868
869     //   Info("MakePID", "TOF");
870     Double_t time = recpar->ToF() ;
871     //cout<<">>>>>>>Energy "<<en<<"Time "<<time<<endl;
872     //Electrons initial population to be removed
873     fInitPID[AliESDtrack::kEleCon]   = 0. ;
874     
875     // now get the signals probability
876     // s(pid) in the Bayesian formulation
877     
878     stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = 1.; 
879     stof[AliESDtrack::kElectron][index] = 1.;
880     stof[AliESDtrack::kPion][index]     = 1.; 
881     stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = 1.; 
882     stof[AliESDtrack::kProton][index]   = 1.;
883     stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = 1.;
884     stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = 1.;
885     stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = 1.;
886     stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = 1.; 
887     
888     if(en < 2.) {
889       stof[AliESDtrack::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ; //gaus distribution
890       stof[AliESDtrack::kPion][index]     = fTFpiong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
891       stof[AliESDtrack::kElectron][index] = stof[AliESDtrack::kPion][index]  ;                               
892         
893       if(time < fTkaonl[1])
894         stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaong      ->Eval(time) ; //gaus distribution
895       else 
896         stof[AliESDtrack::kKaon][index]     = fTFkaonl      ->Eval(time) ; //landau distribution
897       if(time < fThhadronl[1])
898         stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
899       else
900         stof[AliESDtrack::kProton][index]   = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
901       
902       stof[AliESDtrack::kNeutron][index]  = stof[AliESDtrack::kProton][index] ;
903       stof[AliESDtrack::kEleCon][index]   = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
904       // a conversion electron has the photon ToF
905       stof[AliESDtrack::kKaon0][index]    = stof[AliESDtrack::kKaon][index] ;
906       stof[AliESDtrack::kMuon][index]     = stof[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
907     } 
908     
909     //    Info("MakePID", "Dispersion");
910     
911     // Shower shape: Dispersion
912     Float_t dispersion = emc->GetDispersion();
913     //dispersion is not well defined if the cluster is only in few crystals
914     
915     sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]   = 1. ;
916     sdp[AliESDtrack::kElectron][index] = 1. ;
917     sdp[AliESDtrack::kPion][index]     = 1. ; 
918     sdp[AliESDtrack::kKaon][index]     = 1. ; 
919     sdp[AliESDtrack::kProton][index]   = 1. ;
920     sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]  = 1. ;
921     sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]   = 1. ; 
922     sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]    = 1. ; 
923     sdp[AliESDtrack::kMuon][index]     = 1. ; 
924     
925     if(en > 0.5 && emc->GetMultiplicity() > 3){ 
926       sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]   = GausF   (en , dispersion, fDphoton) ;
927       sdp[AliESDtrack::kElectron][index] = sdp[AliESDtrack::kPhoton][index] ;
928       sdp[AliESDtrack::kPion][index]     = LandauF(en , dispersion, fDhadron ) ; 
929       sdp[AliESDtrack::kKaon][index]     = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ; 
930       sdp[AliESDtrack::kProton][index]   = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
931       sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]  = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ;
932       sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]   = sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]; 
933       sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]    = sdp[AliESDtrack::kPion][index]  ; 
934       sdp[AliESDtrack::kMuon][index]     = fDFmuon ->Eval(dispersion) ; //landau distribution
935     }
936     
937 //     Info("MakePID","multiplicity %d, dispersion %f", emc->GetMultiplicity(), dispersion);
938 //     Info("MakePID","ss: photon %f, hadron %f ",  sdp[AliESDtrack::kPhoton][index],  sdp[AliESDtrack::kPion][index]);
939     
940 //       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<", dispersion "<< dispersion<<endl ;
941 //       cout<<"<<<<<ss: photon   "<<sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]<<", hadron    "<<sdp[AliESDtrack::kPion][index]<<endl;
942
943     // CPV-EMC  Distance
944     //       Info("MakePID", "Distance");
945     //    Float_t distance = GetDistance(emc, cpv,  "R") ;
946     Float_t x        = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X")) ;
947     Float_t z        = GetDistance(emc, cpv,  "Z") ;
948     //    Info("MakePID", "Distance %f", distance);
949     Double_t pcpv = 0 ;
950     Double_t pcpvneutral  = 0. ;
951     Double_t elprobx = GausF(en , x, fXelectron) ;
952     Double_t elprobz = GausF(en , z, fZelectron) ;
953     Double_t chprobx = GausF(en , x, fXcharged)  ;
954     Double_t chprobz = GausF(en , z, fZcharged)  ;
955     Double_t pcpvelectron = elprobx * elprobz;
956     Double_t pcpvcharged  = chprobx * chprobz;
957
958 //     cout<<">>>>electron : x "<<x<<" xprob "<<elprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<elprobz<<endl;
959 //     cout<<">>>>hadron   : x "<<x<<" xprob "<<chprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<chprobz<<endl;
960 //     cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;  
961
962     if(pcpvelectron >= pcpvcharged)  
963       pcpv = pcpvelectron ;
964     else
965       pcpv = pcpvcharged ;
966     
967     if(pcpv < 1e-7)
968       {
969         pcpvneutral  = 1. ;
970         pcpvcharged  = 0. ;
971         pcpvelectron = 0. ;
972       }
973     //    else
974     //      cout<<">>>>>>>>>>>CHARGED>>>>>>>>>>>"<<endl;
975     
976     scpv[AliESDtrack::kPion][index]     =  pcpvcharged  ; 
977     scpv[AliESDtrack::kKaon][index]     =  pcpvcharged  ; 
978     scpv[AliESDtrack::kProton][index]   =  pcpvcharged  ;
979     scpv[AliESDtrack::kPhoton][index]   =  pcpvneutral  ;
980     scpv[AliESDtrack::kElectron][index] =  pcpvelectron ;
981     scpv[AliESDtrack::kNeutron][index]  =  pcpvneutral  ; 
982     scpv[AliESDtrack::kEleCon][index]   =  pcpvelectron ; 
983     scpv[AliESDtrack::kKaon0][index]    =  pcpvneutral  ; 
984     scpv[AliESDtrack::kMuon][index]     =  pcpvelectron ; 
985     
986     //   Info("MakePID", "CPV passed");
987
988     //Pi0
989     stof[AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;  
990     scpv[AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
991     sdp [AliESDtrack::kPi0][index]      = 0. ;
992     fInitPID[AliESDtrack::kPi0]         = 0. ;
993
994     if(en > 30.){
995       // pi0 are detected via decay photon
996       stof[AliESDtrack::kPi0][index]  = fTFphoton  ->Eval(time) ;
997       scpv[AliESDtrack::kPi0][index]  = pcpvneutral  ;
998       sdp [AliESDtrack::kPi0][index]  = 1. ;
999       if(emc->GetMultiplicity() > 3)
1000         sdp [AliESDtrack::kPi0][index]  = GausPol2(en , dispersion, fDpi0) ;
1001     }
1002     
1003     if(en > 0.5){
1004       //Muons deposit few energy
1005       scpv[AliESDtrack::kMuon][index]     =  0 ;
1006       stof[AliESDtrack::kMuon][index]     =  0 ;
1007       sdp [AliESDtrack::kMuon][index]     =  0 ;
1008     }
1009
1010     if(en > 0.5){
1011       cout<<"######################################################"<<endl;
1012       //cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", distance "<<distance<<", dispersion "<<dispersion<<endl ;
1013       cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", dispersion "<<dispersion<<", x "<<x<<", z "<<z<<endl ;
1014       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<endl;
1015       cout<<">>>>electron : xprob "<<elprobx<<" zprob "<<elprobz<<endl;
1016       cout<<">>>>hadron   : xprob "<<chprobx<<" zprob "<<chprobz<<endl;
1017       cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;  
1018       
1019
1020       cout<<"Photon   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPhoton]<<" tof "<<stof[AliESDtrack::kPhoton][index]
1021           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPhoton][index]<<", ss "<<sdp[AliESDtrack::kPhoton][index]<<endl;
1022       cout<<"EleCon   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kEleCon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kEleCon][index]
1023           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kEleCon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kEleCon][index]<<endl;
1024       cout<<"Electron , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kElectron]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kElectron][index]
1025           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kElectron][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kElectron][index]<<endl;
1026       cout<<"Muon     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kMuon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kMuon][index]
1027           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kMuon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kMuon][index]<<endl;
1028       cout<<"Pi0      , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPi0]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kPi0][index]
1029           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPi0][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kPi0][index]<<endl;
1030       cout<<"Pion     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kPion]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kPion][index]
1031           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kPion][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kPion][index]<<endl;
1032       cout<<"Kaon0    , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kKaon0]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kKaon0][index]
1033           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kKaon0][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kKaon0][index]<<endl;
1034       cout<<"Kaon     , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kKaon]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kKaon][index]
1035           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kKaon][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kKaon][index]<<endl;
1036       cout<<"Neutron  , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kNeutron]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kNeutron][index]
1037           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kNeutron][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kNeutron][index]<<endl;
1038       cout<<"Proton   , pid "<< fInitPID[AliESDtrack::kProton]<<", tof "<<stof[AliESDtrack::kProton][index]
1039           <<", cpv "<<scpv[AliESDtrack::kProton][index]<<" ss "<<sdp[AliESDtrack::kProton][index]<<endl;
1040       cout<<"######################################################"<<endl;
1041     }
1042   }
1043   
1044   //for (index = 0 ; index < kSPECIES ; index++) 
1045   // pid[index] /= nparticles ; 
1046   
1047   //  Info("MakePID", "Total Probability calculation");
1048   
1049   for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
1050     // calculates the Bayesian weight
1051     Int_t jndex ;
1052     Double_t wn = 0.0 ; 
1053     for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) 
1054       //wn += stof[jndex][index] * pid[jndex] ;
1055       wn += stof[jndex][index] * sdp[jndex][index]  * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] ;
1056     //cout<<"*************wn "<<wn<<endl;
1057     AliPHOSRecParticle * recpar = AliPHOSGetter::Instance()->RecParticle(index) ;  
1058     if (TMath::Abs(wn)>0)
1059       for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) {
1060         //cout<<"jndex "<<jndex<<" wn "<<wn<<" SetPID * wn"
1061         //<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * pid[jndex]  << endl;
1062         //cout<<" tof "<<stof[jndex][index] << " disp " <<sdp[jndex][index] << " pid "<< fInitPID[jndex] << endl;
1063 //      cout<<"Particle "<<jndex<<"  final prob * wn   "
1064 //          <<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] <<"  wn  "<< wn<<endl;
1065         recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * 
1066                        scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn) ; 
1067 //      cout<<"final prob "<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn<<endl;
1068         //recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * fInitPID[jndex] / wn) ; 
1069         //cout<<"After SetPID"<<endl;
1070         //recpar->Print();
1071       }
1072   }
1073   //  Info("MakePID", "Delete");
1074   
1075   //   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
1076   //     delete [] stof[i];
1077   //     cout<<i<<endl;
1078   //     delete [] sdp[i];
1079   //     cout<<i<<endl;
1080   //     delete [] scpv[i];
1081   //     cout<<i<<endl;
1082   //   }
1083   
1084   //  Info("MakePID","End MakePID"); 
1085 }
1086
1087 //____________________________________________________________________________
1088 void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
1089 {
1090   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
1091   
1092   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
1093   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
1094   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
1095   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
1096   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
1097     AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
1098   }
1099   TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
1100   recParticles->Clear();
1101
1102   TIter next(trackSegments) ; 
1103   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
1104   Int_t index = 0 ; 
1105   AliPHOSRecParticle * rp ; 
1106   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
1107     
1108     new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
1109     rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
1110     rp->SetTrackSegment(index) ;
1111     rp->SetIndexInList(index) ;
1112         
1113     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
1114     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
1115       emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
1116     
1117     AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
1118     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
1119       cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
1120     
1121     Int_t track = 0 ; 
1122     track = ts->GetTrackIndex() ; 
1123       
1124     // Now set type (reconstructed) of the particle
1125
1126     // Choose the cluster energy range
1127     
1128     if (!emc) {
1129       AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
1130     }
1131
1132     Float_t e = emc->GetEnergy() ;   
1133     
1134     Float_t  lambda[2] ;
1135     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
1136     
1137     if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
1138       // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
1139       // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
1140
1141       Float_t  spher = 0. ;
1142       Float_t  emaxdtotal = 0. ; 
1143       
1144       if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
1145         spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
1146       
1147       emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
1148       
1149       fX[0] = lambda[0] ;  
1150       fX[1] = lambda[1] ; 
1151       fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
1152       fX[3] = spher ; 
1153       fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
1154       fX[5] = emaxdtotal ;  
1155       fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
1156       
1157       fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
1158       fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
1159
1160     }
1161     else{
1162       fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
1163       fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
1164       fPPi0[0]   =-100.0;
1165       fPPi0[1]   =-100.0;
1166     }
1167     
1168     Float_t time = emc->GetTime() ;
1169     rp->SetTof(time) ; 
1170     
1171     // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
1172     // are taken into account to set the particle identification)
1173     for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
1174       
1175       // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
1176       // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
1177       // is set to 1
1178       if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 ){  
1179         rp->SetPIDBit(effPur) ;
1180         //cout<<"CPV bit "<<effPur<<endl;
1181       }
1182       // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
1183       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
1184       if(time< (*fParameters)(3,effPur)) 
1185         rp->SetPIDBit(effPur+3) ;                   
1186   
1187       //Photon PCA
1188       //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
1189       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
1190       if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1) 
1191         rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
1192
1193       //Pi0 PCA
1194       //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
1195       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
1196       if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1) 
1197         rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
1198     }
1199     if(GetHardPhotonBit(emc))
1200       rp->SetPIDBit(12) ;
1201     if(GetHardPi0Bit   (emc))
1202       rp->SetPIDBit(13) ;
1203     
1204     if(track >= 0) 
1205       rp->SetPIDBit(14) ; 
1206
1207     //Set momentum, energy and other parameters 
1208     Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
1209     TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
1210     dir.SetMag(encal) ;
1211     rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
1212     rp->SetCalcMass(0);
1213     rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
1214     rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
1215     rp->SetFirstMother(-1);
1216     rp->SetLastMother(-1);
1217     rp->SetFirstDaughter(-1);
1218     rp->SetLastDaughter(-1);
1219     rp->SetPolarisation(0,0,0);
1220     //Set the position in global coordinate system from the RecPoint
1221     AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ; 
1222     AliPHOSTrackSegment * ts  = gime->TrackSegment(rp->GetPHOSTSIndex()) ; 
1223     AliPHOSEmcRecPoint  * erp = gime->EmcRecPoint(ts->GetEmcIndex()) ; 
1224     TVector3 pos ; 
1225     geom->GetGlobal(erp, pos) ; 
1226     rp->SetPos(pos);
1227     index++ ; 
1228   }
1229 }
1230   
1231 //____________________________________________________________________________
1232 void  AliPHOSPIDv1::Print() const
1233 {
1234   // Print the parameters used for the particle type identification
1235
1236     AliInfo("=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
1237     printf("Making PID\n") ;
1238     printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ; 
1239     printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
1240     printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
1241     printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1242     printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
1243     printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
1244     printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
1245     Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1246     fParameters->Print() ;
1247 }
1248
1249
1250
1251 //____________________________________________________________________________
1252 void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
1253 {
1254   // Print table of reconstructed particles
1255
1256   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
1257
1258   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
1259
1260   TString message ; 
1261   message  = "\nevent " ;
1262   message += gAlice->GetEvNumber() ; 
1263   message += "       found " ; 
1264   message += recParticles->GetEntriesFast(); 
1265   message += " RecParticles\n" ; 
1266
1267   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
1268     message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
1269     
1270     Int_t index ;
1271     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
1272       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
1273       message += "\n" ;
1274       message += rp->Name().Data() ;  
1275       message += " " ;
1276       message += rp->GetIndexInList() ;  
1277       message += " " ;
1278       message += rp->GetType()  ;
1279     }
1280   }
1281   AliInfo(message.Data() ) ; 
1282 }
1283
1284 //____________________________________________________________________________
1285 void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
1286 {
1287   // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
1288   // the Principal file, which is opened here
1289   fX       = new double[7]; // Data for the PCA 
1290   fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
1291   fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
1292
1293   // Read photon principals from the photon file
1294   
1295   fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
1296   TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
1297   fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
1298   f.Close() ; 
1299
1300   // Read pi0 principals from the pi0 file
1301
1302   fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
1303   TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
1304   fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
1305   fPi0.Close() ;
1306
1307   // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
1308   // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
1309   // in a matrix of 16x4  
1310   // 
1311   // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
1312   // line   0   : calibration 
1313   // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
1314   // line   3   : TOF cut
1315   // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
1316   // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
1317   // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
1318
1319   fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
1320   fParameters = new TMatrix(16,4) ;
1321   const Int_t kMaxLeng=255;
1322   char string[kMaxLeng];
1323
1324   // Open a text file with PID parameters
1325   FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
1326   if (!fd)
1327     AliFatal(Form("File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
1328           fFileNameParameters.Data()));
1329
1330   Int_t i=0;
1331   // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
1332   while (fgets(string,kMaxLeng,fd) != NULL) {
1333     if (string[0] == '\n' ) continue;
1334     if (string[0] == '!'  ) continue;
1335     sscanf(string, "%f %f %f %f",
1336            &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
1337            &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
1338     i++;
1339     AliDebug(1, Form("SetParameters", "line %d: %s",i,string));
1340   }
1341   fclose(fd);
1342 }
1343
1344 //____________________________________________________________________________
1345 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param) 
1346 {
1347   // Set parameter "Calibration" i to a value param
1348   if(i>2 || i<0) {
1349     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1350   } else
1351     (*fParameters)(0,i) = param ;
1352 }
1353
1354 //____________________________________________________________________________
1355 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut) 
1356 {
1357   // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on 
1358   // Purity-Efficiency point i
1359
1360   if(i>2 || i<0) {
1361     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1362   } else {
1363     axis.ToLower();
1364     if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
1365     else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
1366     else { 
1367       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
1368     }
1369   }
1370 }
1371
1372 //____________________________________________________________________________
1373 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param) 
1374 {
1375   // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
1376   if(i>4 || i<0) {
1377     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1378   } else
1379     (*fParameters)(14,i) = param ;
1380 }
1381
1382 //____________________________________________________________________________
1383 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param) 
1384 {
1385   // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
1386   if(i>1 || i<0) {
1387     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1388   } else
1389     (*fParameters)(15,i) = param ;
1390 }
1391
1392 //_____________________________________________________________________________
1393 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate) 
1394 {
1395   // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i 
1396   if (i>2 || i<0) {
1397     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
1398   } else
1399     (*fParameters)(3,i)= gate ; 
1400
1401
1402 //_____________________________________________________________________________
1403 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par) 
1404 {  
1405   // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
1406   // parameter "param" for a particle "particle"
1407   
1408   particle.ToLower();
1409   param.   ToLower();
1410   Int_t p= -1;
1411   Int_t offset=0;
1412
1413   if      (particle == "photon") offset=0;
1414   else if (particle == "pi0")    offset=5;
1415   else
1416     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
1417                   particle.Data()));
1418
1419   if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
1420   else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
1421   else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
1422   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
1423   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
1424   if((i>4)||(i<0)) {
1425     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ; 
1426   } else if(p==-1) {
1427     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ; 
1428   } else
1429     (*fParameters)(p,i) = par ;
1430
1431
1432 //____________________________________________________________________________
1433 void AliPHOSPIDv1::Unload() 
1434 {
1435   //Unloads RecPoints, Tracks and RecParticles
1436   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;  
1437   gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
1438   gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
1439   gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
1440 }
1441
1442 //____________________________________________________________________________
1443 void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
1444 {
1445   //It writes reconstructed particles and pid to file
1446
1447   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
1448
1449   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
1450   recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
1451   if(fWrite){
1452     TTree * treeP =  gime->TreeP();
1453     
1454     //First rp
1455     Int_t bufferSize = 32000 ;
1456     TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
1457     rpBranch->SetTitle(BranchName());
1458     
1459     rpBranch->Fill() ;
1460     
1461     gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
1462     gime->WritePID("OVERWRITE");
1463   }
1464 }
1465
1466
1467 //_______________________________________________________________________
1468 void AliPHOSPIDv1::SetInitPID(const Double_t *p) {
1469   // Sets values for the initial population of each particle type 
1470   for (Int_t i=0; i<AliESDtrack::kSPECIESN; i++) fInitPID[i] = p[i];
1471 }
1472 //_______________________________________________________________________
1473 void AliPHOSPIDv1::GetInitPID(Double_t *p) const {
1474   // Gets values for the initial population of each particle type 
1475   for (Int_t i=0; i<AliESDtrack::kSPECIESN; i++) p[i] = fInitPID[i];
1476 }