Using the recommended way of forward declarations for TVector and TMatrix (see v5...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSPIDv1.cxx
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2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
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8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
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16 /* $Id$ */
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18 /* History of cvs commits:
19  *
20  * $Log$
21  * Revision 1.101  2005/05/28 14:19:04  schutz
22  * Compilation warnings fixed by T.P.
23  *
24  */
25
26 //_________________________________________________________________________
27 // Implementation version v1 of the PHOS particle identifier 
28 // Particle identification based on the 
29 //     - RCPV: distance from CPV recpoint to EMCA recpoint.
30 //     - TOF 
31 //     - PCA: Principal Components Analysis..
32 // The identified particle has an identification number corresponding 
33 // to a 9 bits number:
34 //     -Bit 0 to 2: bit set if RCPV > CpvEmcDistance (each bit corresponds
35 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
36 //     -Bit 3 to 5: bit set if TOF  < TimeGate (each bit corresponds
37 //      to a different efficiency-purity point of the photon identification) 
38 //     -Bit 6 to 9: bit set if Principal Components are 
39 //      inside an ellipse defined by the parameters a, b, c, x0 and y0.
40 //      (each bit corresponds to a different efficiency-purity point of the 
41 //      photon identification)
42 //      The PCA (Principal components analysis) needs a file that contains
43 //      a previous analysis of the correlations between the particles. This 
44 //      file is $ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root. Analysis done for 
45 //      energies between 0.5 and 100 GeV.
46 //      A calibrated energy is calculated. The energy of the reconstructed
47 //      cluster is corrected with the formula A + B * E  + C * E^2, whose 
48 //      parameters where obtained through the study of the reconstructed 
49 //      energy distribution of monoenergetic photons. 
50 //
51 //      All the parameters (RCPV(2 rows-3 columns),TOF(1r-3c),PCA(5r-4c) 
52 //      and calibration(1r-3c))are stored in a file called 
53 //      $ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat. Each time that AliPHOSPIDv1 is 
54 //      initialized, this parameters are copied to a Matrix (9,4), a 
55 //      TMatrixD object.  
56 //
57 // use case:
58 //  root [0] AliPHOSPIDv1 * p = new AliPHOSPIDv1("galice1.root")
59 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
60 //          // reading headers from file galice1.root and create  RecParticles 
61             // TrackSegments and RecPoints are used 
62 //          // set file name for the branch RecParticles
63 //  root [1] p->ExecuteTask("deb all time")
64 //          // available options
65 //          // "deb" - prints # of reconstructed particles
66 //          // "deb all" -  prints # and list of RecParticles
67 //          // "time" - prints benchmarking results
68 //                  
69 //  root [2] AliPHOSPIDv1 * p2 = new AliPHOSPIDv1("galice1.root","v1",kTRUE)
70 //  Warning in <TDatabasePDG::TDatabasePDG>: object already instantiated
71 //                //Split mode.  
72 //  root [3] p2->ExecuteTask()
73 //
74
75
76 //*-- Author: Yves Schutz (SUBATECH)  & Gines Martinez (SUBATECH) & 
77 //            Gustavo Conesa April 2002
78 //            PCA redesigned by Gustavo Conesa October 2002:
79 //            The way of using the PCA has changed. Instead of 2
80 //            files with the PCA, each one with different energy ranges 
81 //            of application, we use the wide one (0.5-100 GeV), and instead
82 //            of fixing 3 ellipses for different ranges of energy, it has been
83 //            studied the dependency of the ellipses parameters with the 
84 //            energy, and they are implemented in the code as a funtion 
85 //            of the energy. 
86 //
87 //
88 //
89 // --- ROOT system ---
90
91
92 // --- Standard library ---
93 #include <TMatrixF.h>
94 #include "TFormula.h"
95 #include "TBenchmark.h"
96 #include "TPrincipal.h"
97 #include "TFile.h" 
98 #include "TSystem.h"
99
100 // --- AliRoot header files ---
101               //#include "AliLog.h"
102 #include "AliGenerator.h"
103 #include "AliPHOS.h"
104 #include "AliPHOSPIDv1.h"
105 #include "AliPHOSGetter.h"
106
107 ClassImp( AliPHOSPIDv1) 
108
109 //____________________________________________________________________________
110 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1():AliPHOSPID()
111
112   // default ctor
113  
114   InitParameters() ; 
115   fDefaultInit = kTRUE ; 
116 }
117
118 //____________________________________________________________________________
119 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const AliPHOSPIDv1 & pid ):AliPHOSPID(pid)
120
121   // ctor
122   InitParameters() ; 
123   Init() ;
124
125 }
126
127 //____________________________________________________________________________
128 AliPHOSPIDv1::AliPHOSPIDv1(const TString alirunFileName, const TString eventFolderName):AliPHOSPID(alirunFileName, eventFolderName)
129
130   //ctor with the indication on where to look for the track segments
131  
132   InitParameters() ; 
133   Init() ;
134   fDefaultInit = kFALSE ; 
135 }
136
137 //____________________________________________________________________________
138 AliPHOSPIDv1::~AliPHOSPIDv1()
139
140   // dtor
141   fPrincipalPhoton = 0;
142   fPrincipalPi0 = 0;
143
144   delete [] fX ;       // Principal input 
145   delete [] fPPhoton ; // Photon Principal components
146   delete [] fPPi0 ;    // Pi0 Principal components
147
148   delete fParameters;
149   delete fTFphoton;
150   delete fTFpiong;
151   delete fTFkaong;
152   delete fTFkaonl;
153   delete fTFhhadrong;
154   delete fTFhhadronl;
155   delete fDFmuon;
156 }
157 //____________________________________________________________________________
158 const TString AliPHOSPIDv1::BranchName() const 
159 {  
160
161   return GetName() ;
162 }
163  
164 //____________________________________________________________________________
165 void AliPHOSPIDv1::Init()
166 {
167   // Make all memory allocations that are not possible in default constructor
168   // Add the PID task to the list of PHOS tasks
169
170   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
171   if(!gime)
172     gime = AliPHOSGetter::Instance(GetTitle(), fEventFolderName.Data()) ; 
173
174   if ( !gime->PID() ) 
175     gime->PostPID(this) ;
176 }
177
178 //____________________________________________________________________________
179 void AliPHOSPIDv1::InitParameters()
180 {
181   // Initialize PID parameters
182   fWrite                   = kTRUE ;
183   fRecParticlesInRun = 0 ; 
184   fNEvent            = 0 ;            
185   fRecParticlesInRun = 0 ;
186   fBayesian          = kTRUE ;
187   SetParameters() ; // fill the parameters matrix from parameters file
188   SetEventRange(0,-1) ;
189
190   // initialisation of response function parameters
191   // Tof
192
193 //   // Photons
194 //   fTphoton[0] = 0.218    ;
195 //   fTphoton[1] = 1.55E-8  ; 
196 //   fTphoton[2] = 5.05E-10 ;
197 //   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ; 
198 //   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ; 
199
200 //   // Pions
201 //   //Gaus (0 to max probability)
202 //   fTpiong[0] = 0.0971    ; 
203 //   fTpiong[1] = 1.58E-8  ; 
204 //   fTpiong[2] = 5.69E-10 ;
205 //   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ; 
206 //   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ; 
207
208 //   // Kaons
209 //   //Gaus (0 to max probability)
210 //   fTkaong[0] = 0.0542  ; 
211 //   fTkaong[1] = 1.64E-8 ; 
212 //   fTkaong[2] = 6.07E-10 ;
213 //   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ; 
214 //   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ; 
215 //   //Landau (max probability to inf) 
216 //   fTkaonl[0] = 0.264   ;
217 //   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ; 
218 //   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
219 //   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ; 
220 //   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ; 
221
222 //   //Heavy Hadrons
223 //   //Gaus (0 to max probability)
224 //   fThhadrong[0] = 0.0302   ;  
225 //   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ; 
226 //   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
227 //   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ; 
228 //   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ; 
229 //   //Landau (max probability to inf) 
230 //   fThhadronl[0] = 0.139    ;  
231 //   fThhadronl[1] = 1.745E-8  ; 
232 //   fThhadronl[2] = 1.00E-9  ;
233 //   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ; 
234 //   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ; 
235
236   // Photons
237   fTphoton[0] = 7.83E8   ;
238   fTphoton[1] = 1.55E-8  ; 
239   fTphoton[2] = 5.09E-10 ;
240   fTFphoton = new TFormula("ToF response to photons" , "gaus") ; 
241   fTFphoton->SetParameters( fTphoton[0], fTphoton[1], fTphoton[2]) ; 
242
243   // Pions
244   //Gaus (0 to max probability)
245   fTpiong[0] = 6.73E8    ; 
246   fTpiong[1] = 1.58E-8  ; 
247   fTpiong[2] = 5.87E-10 ;
248   fTFpiong = new TFormula("ToF response to pions" , "gaus") ; 
249   fTFpiong->SetParameters( fTpiong[0], fTpiong[1], fTpiong[2]) ; 
250
251   // Kaons
252   //Gaus (0 to max probability)
253   fTkaong[0] = 3.93E8  ; 
254   fTkaong[1] = 1.64E-8 ; 
255   fTkaong[2] = 6.07E-10 ;
256   fTFkaong = new TFormula("ToF response to kaon" , "gaus") ; 
257   fTFkaong->SetParameters( fTkaong[0], fTkaong[1], fTkaong[2]) ; 
258   //Landau (max probability to inf) 
259   fTkaonl[0] = 2.0E9    ;
260   fTkaonl[1] = 1.68E-8  ; 
261   fTkaonl[2] = 4.10E-10 ;
262   fTFkaonl = new TFormula("ToF response to kaon" , "landau") ; 
263   fTFkaonl->SetParameters( fTkaonl[0], fTkaonl[1], fTkaonl[2]) ; 
264
265   //Heavy Hadrons
266   //Gaus (0 to max probability)
267   fThhadrong[0] = 2.02E8   ;  
268   fThhadrong[1] = 1.73E-8  ; 
269   fThhadrong[2] = 9.52E-10 ;
270   fTFhhadrong = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "gaus") ; 
271   fTFhhadrong->SetParameters( fThhadrong[0], fThhadrong[1], fThhadrong[2]) ; 
272   //Landau (max probability to inf) 
273   fThhadronl[0] = 1.10E9    ;  
274   fThhadronl[1] = 1.74E-8   ; 
275   fThhadronl[2] = 1.00E-9   ;
276   fTFhhadronl = new TFormula("ToF response to heavy hadrons" , "landau") ; 
277   fTFhhadronl->SetParameters( fThhadronl[0], fThhadronl[1], fThhadronl[2]) ; 
278
279
280
281   // Shower shape: dispersion gaussian parameters
282   // Photons
283   
284 //   fDphoton[0] = 4.62e-2;  fDphoton[1] = 1.39e-2 ; fDphoton[2] = -3.80e-2;//constant
285 //   fDphoton[3] = 1.53   ;  fDphoton[4] =-6.62e-2 ; fDphoton[5] = 0.339   ;//mean
286 //   fDphoton[6] = 6.89e-2;  fDphoton[7] =-6.59e-2 ; fDphoton[8] = 0.194   ;//sigma
287   
288 //   fDpi0[0] = 0.0586  ;  fDpi0[1] = 1.06E-3 ; fDpi0[2] = 0.      ;//constant
289 //   fDpi0[3] = 2.67    ;  fDpi0[4] =-2.00E-2 ; fDpi0[5] = 9.37E-5 ;//mean
290 //   fDpi0[6] = 0.153   ;  fDpi0[7] = 9.34E-4 ; fDpi0[8] =-1.49E-5 ;//sigma
291   
292 //   fDhadron[0] = 1.61E-2 ;  fDhadron[1] = 3.03E-3 ; fDhadron[2] = 1.01E-2 ;//constant
293 //   fDhadron[3] = 3.81    ;  fDhadron[4] = 0.232   ; fDhadron[5] =-1.25    ;//mean
294 //   fDhadron[6] = 0.897   ;  fDhadron[7] = 0.0987  ; fDhadron[8] =-0.534   ;//sigma
295   
296   fDphoton[0] = 1.5    ;  fDphoton[1] = 0.49    ; fDphoton[2] =-1.7E-2 ;//constant
297   fDphoton[3] = 1.5    ;  fDphoton[4] = 4.0E-2  ; fDphoton[5] = 0.21   ;//mean
298   fDphoton[6] = 4.8E-2 ;  fDphoton[7] =-0.12    ; fDphoton[8] = 0.27   ;//sigma
299   fDphoton[9] = 16.; //for E>  fDphoton[9] parameters calculated at  fDphoton[9]
300
301   fDpi0[0] = 0.25      ;  fDpi0[1] = 3.3E-2     ; fDpi0[2] =-1.0e-5    ;//constant
302   fDpi0[3] = 1.50      ;  fDpi0[4] = 398.       ; fDpi0[5] = 12.       ;//mean
303   fDpi0[6] =-7.0E-2    ;  fDpi0[7] =-524.       ; fDpi0[8] = 22.       ;//sigma
304   fDpi0[9] = 110.; //for E>  fDpi0[9] parameters calculated at  fDpi0[9]
305
306   fDhadron[0] = 6.5    ;  fDhadron[1] =-5.3     ; fDhadron[2] = 1.5    ;//constant
307   fDhadron[3] = 3.8    ;  fDhadron[4] = 0.23    ; fDhadron[5] =-1.2    ;//mean
308   fDhadron[6] = 0.88   ;  fDhadron[7] = 9.3E-2  ; fDhadron[8] =-0.51   ;//sigma
309   fDhadron[9] = 2.; //for E>  fDhadron[9] parameters calculated at  fDhadron[9]
310
311   fDmuon[0] = 0.0631 ;
312   fDmuon[1] = 1.4    ; 
313   fDmuon[2] = 0.0557 ;
314   fDFmuon = new TFormula("Shower shape response to muons" , "landau") ; 
315   fDFmuon->SetParameters( fDmuon[0], fDmuon[1], fDmuon[2]) ; 
316
317
318   // x(CPV-EMC) distance gaussian parameters
319   
320 //   fXelectron[0] = 8.06e-2 ;  fXelectron[1] = 1.00e-2; fXelectron[2] =-5.14e-2;//constant
321 //   fXelectron[3] = 0.202   ;  fXelectron[4] = 8.15e-3; fXelectron[5] = 4.55   ;//mean
322 //   fXelectron[6] = 0.334   ;  fXelectron[7] = 0.186  ; fXelectron[8] = 4.32e-2;//sigma
323   
324 //   //charged hadrons gaus
325 //   fXcharged[0] = 6.43e-3 ;  fXcharged[1] =-4.19e-5; fXcharged[2] = 1.42e-3;//constant
326 //   fXcharged[3] = 2.75    ;  fXcharged[4] =-0.40   ; fXcharged[5] = 1.68   ;//mean
327 //   fXcharged[6] = 3.135   ;  fXcharged[7] =-9.41e-2; fXcharged[8] = 1.31e-2;//sigma
328   
329 //   // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
330   
331 //   fZelectron[0] = 8.22e-2 ;  fZelectron[1] = 5.11e-3; fZelectron[2] =-3.05e-2;//constant
332 //   fZelectron[3] = 3.09e-2 ;  fZelectron[4] = 5.87e-2; fZelectron[5] =-9.49e-2;//mean
333 //   fZelectron[6] = 0.263   ;  fZelectron[7] =-9.02e-3; fZelectron[8] = 0.151 ;//sigma
334   
335 //   //charged hadrons gaus
336   
337 //   fZcharged[0] = 1.00e-2 ;  fZcharged[1] = 2.82E-4 ; fZcharged[2] = 2.87E-3 ;//constant
338 //   fZcharged[3] =-4.68e-2 ;  fZcharged[4] =-9.21e-3 ; fZcharged[5] = 4.91e-2 ;//mean
339 //   fZcharged[6] = 1.425   ;  fZcharged[7] =-5.90e-2 ; fZcharged[8] = 5.07e-2 ;//sigma
340
341
342   fXelectron[0] =-1.6E-2 ;  fXelectron[1] = 0.77  ; fXelectron[2] =-0.15 ;//constant
343   fXelectron[3] = 0.35   ;  fXelectron[4] = 0.25  ; fXelectron[5] = 4.12 ;//mean
344   fXelectron[6] = 0.30   ;  fXelectron[7] = 0.11  ; fXelectron[8] = 0.16 ;//sigma
345   fXelectron[9] = 3.; //for E>  fXelectron[9] parameters calculated at  fXelectron[9]
346
347   //charged hadrons gaus
348   fXcharged[0] = 0.14    ;  fXcharged[1] =-3.0E-2 ; fXcharged[2] = 0     ;//constant
349   fXcharged[3] = 1.4     ;  fXcharged[4] =-9.3E-2 ; fXcharged[5] = 1.4   ;//mean
350   fXcharged[6] = 5.7     ;  fXcharged[7] = 0.27   ; fXcharged[8] =-1.8   ;//sigma
351   fXcharged[9] = 1.2; //for E>  fXcharged[9] parameters calculated at  fXcharged[9]
352
353   // z(CPV-EMC) distance gaussian parameters
354   
355   fZelectron[0] = 0.49   ;  fZelectron[1] = 0.53   ; fZelectron[2] =-9.8E-2 ;//constant
356   fZelectron[3] = 2.8E-2 ;  fZelectron[4] = 5.0E-2 ; fZelectron[5] =-8.2E-2 ;//mean
357   fZelectron[6] = 0.25   ;  fZelectron[7] =-1.7E-2 ; fZelectron[8] = 0.17   ;//sigma
358   fZelectron[9] = 3.; //for E>  fZelectron[9] parameters calculated at  fZelectron[9]
359
360   //charged hadrons gaus
361   
362   fZcharged[0] = 0.46    ;  fZcharged[1] =-0.65    ; fZcharged[2] = 0.52    ;//constant
363   fZcharged[3] = 1.1E-2  ;  fZcharged[4] = 0.      ; fZcharged[5] = 0.      ;//mean
364   fZcharged[6] = 0.60    ;  fZcharged[7] =-8.2E-2  ; fZcharged[8] = 0.45    ;//sigma
365   fZcharged[9] = 1.2; //for E>  fXcharged[9] parameters calculated at  fXcharged[9]
366
367   //Threshold to differentiate between charged and neutral
368   fChargedNeutralThreshold = 1e-5;
369   fTOFEnThreshold          = 2;          //Maximum energy to use TOF
370   fDispEnThreshold         = 0.5;       //Minimum energy to use shower shape
371   fDispMultThreshold       = 3;       //Minimum multiplicity to use shower shape
372
373   //Weight to hadrons recontructed energy
374
375   fERecWeightPar[0] = 0.32 ; 
376   fERecWeightPar[1] = 3.8  ;
377   fERecWeightPar[2] = 5.4E-3 ; 
378   fERecWeightPar[3] = 5.6E-2 ;
379   fERecWeight = new TFormula("Weight for hadrons" , "[0]*exp(-x*[1])+[2]*exp(-x*[3])") ; 
380   fERecWeight ->SetParameters(fERecWeightPar[0],fERecWeightPar[1] ,fERecWeightPar[2] ,fERecWeightPar[3]) ; 
381
382
383   for (Int_t i =0; i<  AliPID::kSPECIESN ; i++)
384     fInitPID[i] = 1.;
385  
386 }
387
388 //________________________________________________________________________
389 void  AliPHOSPIDv1::Exec(Option_t *option)
390 {
391   // Steering method to perform particle reconstruction and identification
392   // for the event range from fFirstEvent to fLastEvent.
393   // This range is optionally set by SetEventRange().
394   // if fLastEvent=-1 (by default), then process events until the end.
395   
396   if(strstr(option,"tim"))
397     gBenchmark->Start("PHOSPID");
398   
399   if(strstr(option,"print")) {
400     Print() ; 
401     return ; 
402   }
403
404
405   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
406  
407   if (fLastEvent == -1) 
408     fLastEvent = gime->MaxEvent() - 1 ;
409   else 
410     fLastEvent = TMath::Min(fLastEvent,gime->MaxEvent());
411   Int_t nEvents   = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
412
413   Int_t ievent ; 
414   for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
415     gime->Event(ievent,"TR") ;
416     if(gime->TrackSegments() && //Skip events, where no track segments made
417        gime->TrackSegments()->GetEntriesFast()) {
418
419       MakeRecParticles() ;
420
421       if(fBayesian)
422         MakePID() ; 
423       
424       WriteRecParticles();
425       if(strstr(option,"deb"))
426         PrintRecParticles(option) ;
427       //increment the total number of rec particles per run 
428       fRecParticlesInRun += gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ; 
429     }
430   }
431   if(strstr(option,"deb"))
432       PrintRecParticles(option);
433   if(strstr(option,"tim")){
434     gBenchmark->Stop("PHOSPID");
435     AliInfo(Form("took %f seconds for PID %f seconds per event", 
436          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID"),  
437          gBenchmark->GetCpuTime("PHOSPID")/nEvents)) ;
438   }
439   if(fWrite)
440     Unload();
441 }
442
443 //________________________________________________________________________
444 Double_t  AliPHOSPIDv1::GausF(Double_t  x, Double_t  y, Double_t * par)
445 {
446   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
447   //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian 
448   //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
449   //Float_t xorg = x;
450   if (x > par[9]) x = par[9];
451   
452   //Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
453   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
454   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
455   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
456  
457 //   if(xorg > 30)
458 //     cout<<"En_in = "<<xorg<<"; En_out = "<<x<<"; cnt = "<<cnt
459 //      <<"; mean = "<<mean<<"; sigma = "<<sigma<<endl;
460       
461   //  Double_t arg    = - (y-mean) * (y-mean) / (2*sigma*sigma) ;
462   //  return cnt * TMath::Exp(arg) ;
463   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
464     return cnt*TMath::Gaus(y,mean,sigma);
465   }
466   else
467     return 0.;
468  
469 }
470 //________________________________________________________________________
471 Double_t  AliPHOSPIDv1::GausPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
472 {
473   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
474   //this method returns a density probability of this parameter, given by a gaussian 
475   //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
476
477   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
478   Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
479   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
480
481   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
482     return cnt*TMath::Gaus(y,mean,sigma);
483   }
484   else
485     return 0.;
486  
487
488
489 }
490
491 //____________________________________________________________________________
492 const TString AliPHOSPIDv1::GetFileNamePrincipal(TString particle) const
493 {
494   //Get file name that contains the PCA for a particle ("photon or pi0")
495   particle.ToLower();
496   TString name;
497   if      (particle=="photon") 
498     name = fFileNamePrincipalPhoton ;
499   else if (particle=="pi0"   ) 
500     name = fFileNamePrincipalPi0    ;
501   else    
502     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
503                   particle.Data()));
504   return name;
505 }
506
507 //____________________________________________________________________________
508 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCalibration(Int_t i) const 
509 {
510   // Get the i-th parameter "Calibration"
511   Float_t param = 0.;
512   if (i>2 || i<0) { 
513     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
514   } else
515     param = (*fParameters)(0,i);
516   return param;
517 }
518
519 //____________________________________________________________________________
520 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCalibratedEnergy(Float_t e) const
521 {
522 //      It calibrates Energy depending on the recpoint energy.
523 //      The energy of the reconstructed cluster is corrected with 
524 //      the formula A + B* E  + C* E^2, whose parameters where obtained 
525 //      through the study of the reconstructed energy distribution of 
526 //      monoenergetic photons.
527  
528   Float_t p[]={0.,0.,0.};
529   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCalibration(i);
530   Float_t enerec = p[0] +  p[1]*e + p[2]*e*e;
531   return enerec ;
532
533 }
534
535 //____________________________________________________________________________
536 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis) const 
537 {
538   // Get the i-th parameter "CPV-EMC distance" for the specified axis
539   Float_t param = 0.;
540   if(i>2 || i<0) {
541     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
542   } else {
543     axis.ToLower();
544     if      (axis == "x") 
545       param = (*fParameters)(1,i);
546     else if (axis == "z") 
547       param = (*fParameters)(2,i);
548     else { 
549       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
550     }
551   }
552   return  param;
553 }
554
555 //____________________________________________________________________________
556 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetCpv2EmcDistanceCut(TString axis, Float_t e) const
557 {
558   // Get CpvtoEmcDistance Cut depending on the cluster energy, axis and 
559   // Purity-Efficiency point 
560
561   axis.ToLower();
562   Float_t p[]={0.,0.,0.};
563   for (Int_t i=0; i<3; i++) p[i] = GetParameterCpv2Emc(i,axis);
564   Float_t sig = p[0] + TMath::Exp(p[1] - p[2]*e);
565   return sig;
566 }
567
568 //____________________________________________________________________________
569 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetEllipseParameter(TString particle, TString param, Float_t e) const 
570 {
571   // Calculates the parameter param of the ellipse
572
573   particle.ToLower();
574   param.   ToLower();
575   Float_t p[4]={0.,0.,0.,0.};
576   Float_t value = 0.0;
577   for (Int_t i=0; i<4; i++) p[i] = GetParameterToCalculateEllipse(particle,param,i);
578   if (particle == "photon") {
579     if      (param.Contains("a"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
580     else if (param.Contains("b"))  e = TMath::Min((Double_t)e,70.);
581     else if (param.Contains("x0")) e = TMath::Max((Double_t)e,1.1);
582   }
583
584  if (particle == "photon")
585     value = p[0]/TMath::Sqrt(e) + p[1]*e + p[2]*e*e + p[3];
586   else if (particle == "pi0")
587     value = p[0] + p[1]*e + p[2]*e*e;
588
589   return value;
590 }
591
592 //_____________________________________________________________________________
593 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPhotonBoundary (Int_t i) const
594
595   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
596   // for photons at high p_T
597   Float_t param = 0;
598   if (i>3 || i<0) {
599     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
600   } else
601     param = (*fParameters)(14,i) ;
602   return param;
603 }
604
605 //____________________________________________________________________________
606 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterPi0Boundary (Int_t i) const
607
608   // Get the parameter "i" to calculate the boundary on the moment M2x
609   // for pi0 at high p_T
610   Float_t param = 0;
611   if (i>2 || i<0) {
612     AliError(Form("Wrong parameter number: %d\n",i));
613   } else
614     param = (*fParameters)(15,i) ;
615   return param;
616 }
617
618 //____________________________________________________________________________
619 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterTimeGate(Int_t i) const
620 {
621   // Get TimeGate parameter depending on Purity-Efficiency i:
622   // i=0 - Low purity, i=1 - Medium purity, i=2 - High purity
623   Float_t param = 0.;
624   if(i>2 || i<0) {
625     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
626   } else
627     param = (*fParameters)(3,i) ; 
628   return param;
629 }
630
631 //_____________________________________________________________________________
632 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i) const
633
634   // Get the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
635   // parameter "param" for the particle "particle" ("photon" or "pi0")
636
637   particle.ToLower();
638   param.   ToLower();
639   Int_t offset = -1;
640   if      (particle == "photon") 
641     offset=0;
642   else if (particle == "pi0")    
643     offset=5;
644   else
645     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
646                   particle.Data()));
647
648   Int_t p= -1;
649   Float_t par = 0;
650
651   if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
652   else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
653   else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
654   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
655   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
656
657   if      (i>4 || i<0) {
658     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ; 
659   } else if (p==-1) {
660     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ; 
661   } else
662     par = (*fParameters)(p,i) ;
663   
664   return par;
665 }
666
667
668 //____________________________________________________________________________
669 Float_t  AliPHOSPIDv1::GetDistance(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Option_t *  axis)const
670 {
671   // Calculates the distance between the EMC RecPoint and the PPSD RecPoint
672   
673   const AliPHOSGeometry * geom = AliPHOSGetter::Instance()->PHOSGeometry() ; 
674   TVector3 vecEmc ;
675   TVector3 vecCpv ;
676   if(cpv){
677     emc->GetLocalPosition(vecEmc) ;
678     cpv->GetLocalPosition(vecCpv) ; 
679     
680     if(emc->GetPHOSMod() == cpv->GetPHOSMod()){      
681       // Correct to difference in CPV and EMC position due to different distance to center.
682       // we assume, that particle moves from center
683       Float_t dCPV = geom->GetIPtoOuterCoverDistance();
684       Float_t dEMC = geom->GetIPtoCrystalSurface() ;
685       dEMC         = dEMC / dCPV ;
686       vecCpv = dEMC * vecCpv  - vecEmc ; 
687       if (axis == "X") return vecCpv.X();
688       if (axis == "Y") return vecCpv.Y();
689       if (axis == "Z") return vecCpv.Z();
690       if (axis == "R") return vecCpv.Mag();
691     }
692     return 100000000 ;
693   }
694   return 100000000 ;
695 }
696 //____________________________________________________________________________
697 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetCPVBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc,AliPHOSCpvRecPoint * cpv, Int_t effPur, Float_t e) const
698 {
699   //Calculates the pid bit for the CPV selection per each purity.
700   if(effPur>2 || effPur<0)
701     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",effPur));
702   
703   Float_t sigX = GetCpv2EmcDistanceCut("X",e);
704   Float_t sigZ = GetCpv2EmcDistanceCut("Z",e);
705   
706   Float_t deltaX = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X"));
707   Float_t deltaZ = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "Z"));
708   //Info("GetCPVBit"," xdist %f, sigx %f, zdist %f, sigz %f",deltaX, sigX, deltaZ,sigZ) ;
709  
710   //if(deltaX>sigX*(effPur+1))
711   //if((deltaX>sigX*(effPur+1)) || (deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
712   if((deltaX>sigX*(effPur+1)) && (deltaZ>sigZ*(effPur+1)))
713     return 1;//Neutral
714   else
715     return 0;//Charged
716 }
717
718 //____________________________________________________________________________
719 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetPrincipalBit(TString particle, const Double_t* p, Int_t effPur, Float_t e)const
720 {
721   //Is the particle inside de PCA ellipse?
722   
723   particle.ToLower();
724   Int_t    prinbit  = 0 ;
725   Float_t a  = GetEllipseParameter(particle,"a" , e); 
726   Float_t b  = GetEllipseParameter(particle,"b" , e);
727   Float_t c  = GetEllipseParameter(particle,"c" , e);
728   Float_t x0 = GetEllipseParameter(particle,"x0", e); 
729   Float_t y0 = GetEllipseParameter(particle,"y0", e);
730   
731   Float_t r = TMath::Power((p[0] - x0)/a,2) + 
732               TMath::Power((p[1] - y0)/b,2) +
733             c*(p[0] -  x0)*(p[1] - y0)/(a*b) ;
734   //3 different ellipses defined
735   if((effPur==2) && (r<1./2.)) prinbit= 1;
736   if((effPur==1) && (r<2.   )) prinbit= 1;
737   if((effPur==0) && (r<9./2.)) prinbit= 1;
738
739   if(r<0)
740     AliError("Negative square?") ;
741
742   return prinbit;
743
744 }
745 //____________________________________________________________________________
746 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPhotonBit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
747 {
748   // Set bit for identified hard photons (E > 30 GeV)
749   // if the second moment M2x is below the boundary
750
751   Float_t e   = emc->GetEnergy();
752   if (e < 30.0) return 0;
753   Float_t m2x = emc->GetM2x();
754   Float_t m2xBoundary = GetParameterPhotonBoundary(0) *
755     TMath::Exp(-TMath::Power(e-GetParameterPhotonBoundary(1),2)/2.0/
756                 TMath::Power(GetParameterPhotonBoundary(2),2)) +
757     GetParameterPhotonBoundary(3);
758   AliDebug(1, Form("GetHardPhotonBit","E=%f, m2x=%f, boundary=%f",
759                        e,m2x,m2xBoundary));
760   if (m2x < m2xBoundary)
761     return 1;// A hard photon
762   else
763     return 0;// Not a hard photon
764 }
765
766 //____________________________________________________________________________
767 Int_t  AliPHOSPIDv1::GetHardPi0Bit(AliPHOSEmcRecPoint * emc) const
768 {
769   // Set bit for identified hard pi0  (E > 30 GeV)
770   // if the second moment M2x is above the boundary
771
772   Float_t e   = emc->GetEnergy();
773   if (e < 30.0) return 0;
774   Float_t m2x = emc->GetM2x();
775   Float_t m2xBoundary = GetParameterPi0Boundary(0) +
776                     e * GetParameterPi0Boundary(1);
777   AliDebug(1,Form("E=%f, m2x=%f, boundary=%f",e,m2x,m2xBoundary));
778   if (m2x > m2xBoundary)
779     return 1;// A hard pi0
780   else
781     return 0;// Not a hard pi0
782 }
783
784 //____________________________________________________________________________
785 TVector3 AliPHOSPIDv1::GetMomentumDirection(AliPHOSEmcRecPoint * emc, AliPHOSCpvRecPoint * )const 
786
787   // Calculates the momentum direction:
788   //   1. if only a EMC RecPoint, direction is given by IP and this RecPoint
789   //   2. if a EMC RecPoint and CPV RecPoint, direction is given by the line through the 2 recpoints 
790   //  However because of the poor position resolution of PPSD the direction is always taken as if we were 
791   //  in case 1.
792
793   TVector3 dir(0,0,0) ; 
794   TMatrixF  dummy ;
795   
796   emc->GetGlobalPosition(dir, dummy) ;
797
798   //account correction to the position of IP
799   Float_t xo,yo,zo ; //Coordinates of the origin
800   if(gAlice && gAlice->GetMCApp() && gAlice->Generator()){
801     gAlice->Generator()->GetOrigin(xo,yo,zo) ;
802   }
803   else{
804     xo=yo=zo=0.;
805   }
806   TVector3 origin(xo,yo,zo);
807   dir = dir - origin ;
808   dir.SetMag(1.) ;
809
810   return dir ;  
811 }
812
813 //________________________________________________________________________
814 Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauF(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
815 {
816   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
817   //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau 
818   //function whose parameters depend with the energy  with a function: a/(x*x)+b/x+b
819
820   if (x > par[9]) x = par[9];
821
822   //Double_t cnt    = par[1] / (x*x) + par[2] / x + par[0] ;
823   Double_t cnt    = par[0] + par[1] * x + par[2] * x * x ;
824   Double_t mean   = par[4] / (x*x) + par[5] / x + par[3] ;
825   Double_t sigma  = par[7] / (x*x) + par[8] / x + par[6] ;
826
827   if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
828     return cnt*TMath::Landau(y,mean,sigma);
829   }
830   else
831     return 0.;
832
833 }
834 //________________________________________________________________________
835 Double_t  AliPHOSPIDv1::LandauPol2(Double_t  x, Double_t y, Double_t * par)
836 {
837
838   //Given the energy x and the parameter y (tof, shower dispersion or cpv-emc distance), 
839   //this method returns a density probability of this parameter, given by a landau 
840   //function whose parameters depend with the energy like second order polinomial
841
842   Double_t cnt    = par[2] * (x*x) + par[1] * x + par[0] ;
843   Double_t mean   = par[5] * (x*x) + par[4] * x + par[3] ;
844   Double_t sigma  = par[8] * (x*x) + par[7] * x + par[6] ;
845
846    if(TMath::Abs(sigma) > 1.e-10){
847     return cnt*TMath::Landau(y,mean,sigma);
848   }
849   else
850     return 0.;
851
852
853 }
854 // //________________________________________________________________________
855 // Double_t  AliPHOSPIDv1::ChargedHadronDistProb(Double_t  x, Double_t y, Double_t * parg, Double_t * parl)
856 // {
857 //   Double_t cnt   = 0.0 ;
858 //   Double_t mean  = 0.0 ;
859 //   Double_t sigma = 0.0 ;
860 //   Double_t arg   = 0.0 ;
861 //   if (y < parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3]){
862 //     cnt    = parg[1] / (x*x) + parg[2] / x + parg[0] ;
863 //     mean   = parg[4] / (x*x) + parg[5] / x + parg[3] ;
864 //     sigma  = parg[7] / (x*x) + parg[8] / x + parg[6] ;
865 //     TF1 * f = new TF1("gaus","gaus",0.,100.);
866 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
867 //     arg  = f->Eval(y) ;
868 //   }
869 //   else{
870 //     cnt    = parl[1] / (x*x) + parl[2] / x + parl[0] ;
871 //     mean   = parl[4] / (x*x) + parl[5] / x + parl[3] ;
872 //     sigma  = parl[7] / (x*x) + parl[8] / x + parl[6] ;
873 //     TF1 * f = new TF1("landau","landau",0.,100.);
874 //     f->SetParameters(cnt,mean,sigma);
875 //     arg  = f->Eval(y) ;
876 //   }
877 //   //  Double_t mean   = par[3] + par[4] * x + par[5] * x * x ;
878 //   //   Double_t sigma  = par[6] + par[7] * x + par[8] * x * x ;
879   
880 //   //Double_t arg    = -(y-mean)*(y-mean)/(2*sigma*sigma) ;
881 //   //return cnt * TMath::Exp(arg) ;
882   
883 //   return arg;
884   
885 // }
886 //____________________________________________________________________________
887 void  AliPHOSPIDv1::MakePID()
888 {
889   // construct the PID weight from a Bayesian Method
890   
891   const Int_t kSPECIES = AliPID::kSPECIESN ;
892  
893   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
894
895   Int_t nparticles = gime->RecParticles()->GetEntriesFast() ;
896
897   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
898   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
899   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ;
900   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
901     AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
902   }
903   TIter next(trackSegments) ; 
904   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
905   Int_t index = 0 ; 
906
907   Double_t * stof[kSPECIES] ;
908   Double_t * sdp [kSPECIES]  ;
909   Double_t * scpv[kSPECIES] ;
910   Double_t * sw  [kSPECIES] ;
911   //Info("MakePID","Begin MakePID"); 
912   
913   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
914     stof[i] = new Double_t[nparticles] ;
915     sdp [i] = new Double_t[nparticles] ;
916     scpv[i] = new Double_t[nparticles] ;
917     sw  [i] = new Double_t[nparticles] ;
918   }
919   
920
921   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
922     
923     //cout<<">>>>>> Bayesian Index "<<index<<endl;
924
925     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
926     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
927       emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
928     
929     AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
930     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
931       cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
932     
933 //     Int_t track = 0 ; 
934 //     track = ts->GetTrackIndex() ; //TPC tracks ?
935     
936     if (!emc) {
937       AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
938     }
939
940
941     // ############Tof#############################
942
943     //    Info("MakePID", "TOF");
944     Float_t  en   = emc->GetEnergy();    
945     Double_t time = emc->GetTime() ;
946     //    cout<<">>>>>>>Energy "<<en<<"Time "<<time<<endl;
947    
948     // now get the signals probability
949     // s(pid) in the Bayesian formulation
950     
951     stof[AliPID::kPhoton][index]   = 1.; 
952     stof[AliPID::kElectron][index] = 1.;
953     stof[AliPID::kEleCon][index]   = 1.;
954     //We assing the same prob to charged hadrons, sum is 1
955     stof[AliPID::kPion][index]     = 1./3.; 
956     stof[AliPID::kKaon][index]     = 1./3.; 
957     stof[AliPID::kProton][index]   = 1./3.;
958     //We assing the same prob to neutral hadrons, sum is 1
959     stof[AliPID::kNeutron][index]  = 1./2.;
960     stof[AliPID::kKaon0][index]    = 1./2.;
961     stof[AliPID::kMuon][index]     = 1.; 
962  
963     if(en <  fTOFEnThreshold) {
964
965       Double_t pTofPion = fTFpiong ->Eval(time) ; //gaus distribution
966       Double_t pTofKaon = 0;
967
968       if(time < fTkaonl[1])
969         pTofKaon = fTFkaong  ->Eval(time) ; //gaus distribution
970       else 
971         pTofKaon = fTFkaonl  ->Eval(time) ; //landau distribution
972
973       Double_t pTofNucleon = 0;
974
975       if(time < fThhadronl[1])
976         pTofNucleon = fTFhhadrong   ->Eval(time) ; //gaus distribution
977       else
978         pTofNucleon = fTFhhadronl   ->Eval(time) ; //landau distribution
979       //We assing the same prob to neutral hadrons, sum is the average prob
980       Double_t pTofNeHadron =  (pTofKaon + pTofNucleon)/2. ;
981       //We assing the same prob to charged hadrons, sum is the average prob
982       Double_t pTofChHadron =  (pTofPion + pTofKaon + pTofNucleon)/3. ;
983
984       stof[AliPID::kPhoton][index]   = fTFphoton     ->Eval(time) ; 
985       //gaus distribution
986       stof[AliPID::kEleCon][index]   = stof[AliPID::kPhoton][index] ; 
987       //a conversion electron has the photon ToF
988       stof[AliPID::kMuon][index]     = stof[AliPID::kPhoton][index] ;
989  
990       stof[AliPID::kElectron][index] = pTofPion  ;                             
991
992       stof[AliPID::kPion][index]     =  pTofChHadron ; 
993       stof[AliPID::kKaon][index]     =  pTofChHadron ;
994       stof[AliPID::kProton][index]   =  pTofChHadron ;
995
996       stof[AliPID::kKaon0][index]    =  pTofNeHadron ;     
997       stof[AliPID::kNeutron][index]  =  pTofNeHadron ;            
998     } 
999     
1000     //    Info("MakePID", "Dispersion");
1001     
1002     // ###########Shower shape: Dispersion####################
1003     Float_t dispersion = emc->GetDispersion();
1004     //dispersion is not well defined if the cluster is only in few crystals
1005     
1006     sdp[AliPID::kPhoton][index]   = 1. ;
1007     sdp[AliPID::kElectron][index] = 1. ;
1008     sdp[AliPID::kPion][index]     = 1. ; 
1009     sdp[AliPID::kKaon][index]     = 1. ; 
1010     sdp[AliPID::kProton][index]   = 1. ;
1011     sdp[AliPID::kNeutron][index]  = 1. ;
1012     sdp[AliPID::kEleCon][index]   = 1. ; 
1013     sdp[AliPID::kKaon0][index]    = 1. ; 
1014     sdp[AliPID::kMuon][index]     = 1. ; 
1015     
1016     if(en > fDispEnThreshold && emc->GetMultiplicity() >  fDispMultThreshold){
1017       sdp[AliPID::kPhoton][index]   = GausF(en , dispersion, fDphoton) ;
1018       sdp[AliPID::kElectron][index] = sdp[AliPID::kPhoton][index] ;
1019       sdp[AliPID::kPion][index]     = LandauF(en , dispersion, fDhadron ) ; 
1020       sdp[AliPID::kKaon][index]     = sdp[AliPID::kPion][index]  ; 
1021       sdp[AliPID::kProton][index]   = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
1022       sdp[AliPID::kNeutron][index]  = sdp[AliPID::kPion][index]  ;
1023       sdp[AliPID::kEleCon][index]   = sdp[AliPID::kPhoton][index]; 
1024       sdp[AliPID::kKaon0][index]    = sdp[AliPID::kPion][index]  ; 
1025       sdp[AliPID::kMuon][index]     = fDFmuon ->Eval(dispersion) ; 
1026       //landau distribution
1027     }
1028     
1029 //      Info("MakePID","multiplicity %d, dispersion %f", emc->GetMultiplicity(), dispersion);
1030 //      Info("MakePID","ss: photon %f, hadron %f ",  sdp[AliPID::kPhoton][index],  sdp[AliPID::kPion][index]);
1031 //       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<", dispersion "<< dispersion<<endl ;
1032 //       cout<<"<<<<<ss: photon   "<<sdp[AliPID::kPhoton][index]<<", hadron    "<<sdp[AliPID::kPion][index]<<endl;
1033
1034     //########## CPV-EMC  Distance#######################
1035     //     Info("MakePID", "Distance");
1036
1037     Float_t x             = TMath::Abs(GetDistance(emc, cpv,  "X")) ;
1038     Float_t z             = GetDistance(emc, cpv,  "Z") ;
1039    
1040     Double_t pcpv         = 0 ;
1041     Double_t pcpvneutral  = 0. ;
1042    
1043     Double_t elprobx      = GausF(en , x, fXelectron) ;
1044     Double_t elprobz      = GausF(en , z, fZelectron) ;
1045     Double_t chprobx      = GausF(en , x, fXcharged)  ;
1046     Double_t chprobz      = GausF(en , z, fZcharged)  ;
1047     Double_t pcpvelectron = elprobx * elprobz;
1048     Double_t pcpvcharged  = chprobx * chprobz;
1049   
1050 //     cout<<">>>>energy "<<en<<endl;
1051 //     cout<<">>>>electron : x "<<x<<" xprob "<<elprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<elprobz<<endl;
1052 //     cout<<">>>>hadron   : x "<<x<<" xprob "<<chprobx<<" z "<<z<<" zprob "<<chprobz<<endl;
1053 //     cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;  
1054
1055     // Is neutral or charged?
1056     if(pcpvelectron >= pcpvcharged)  
1057       pcpv = pcpvelectron ;
1058     else
1059       pcpv = pcpvcharged ;
1060     
1061     if(pcpv < fChargedNeutralThreshold)
1062       {
1063         pcpvneutral  = 1. ;
1064         pcpvcharged  = 0. ;
1065         pcpvelectron = 0. ;
1066       }
1067     //    else
1068     //      cout<<">>>>>>>>>>>CHARGED>>>>>>>>>>>"<<endl;
1069     
1070     scpv[AliPID::kPion][index]     =  pcpvcharged  ; 
1071     scpv[AliPID::kKaon][index]     =  pcpvcharged  ; 
1072     scpv[AliPID::kProton][index]   =  pcpvcharged  ;
1073
1074     scpv[AliPID::kMuon][index]     =  pcpvelectron ; 
1075     scpv[AliPID::kElectron][index] =  pcpvelectron ;
1076     scpv[AliPID::kEleCon][index]   =  pcpvelectron ; 
1077
1078     scpv[AliPID::kPhoton][index]   =  pcpvneutral  ;
1079     scpv[AliPID::kNeutron][index]  =  pcpvneutral  ; 
1080     scpv[AliPID::kKaon0][index]    =  pcpvneutral  ; 
1081
1082     
1083     //   Info("MakePID", "CPV passed");
1084
1085     //############## Pi0 #############################
1086     stof[AliPID::kPi0][index]      = 0. ;  
1087     scpv[AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
1088     sdp [AliPID::kPi0][index]      = 0. ;
1089
1090     if(en > 30.){
1091       // pi0 are detected via decay photon
1092       stof[AliPID::kPi0][index]  =   stof[AliPID::kPhoton][index];
1093       scpv[AliPID::kPi0][index]  = pcpvneutral  ;
1094       if(emc->GetMultiplicity() >  fDispMultThreshold)
1095         sdp [AliPID::kPi0][index]  = GausF(en , dispersion, fDpi0) ;
1096         //sdp [AliPID::kPi0][index]  = GausPol2(en , dispersion, fDpi0) ;
1097 //       cout<<"E = "<<en<<" GeV; disp = "<<dispersion<<"; mult = "
1098 //        <<emc->GetMultiplicity()<<endl;
1099 //       cout<<"PDF: photon = "<<sdp [AliPID::kPhoton][index]<<"; pi0 = "
1100 //        <<sdp [AliPID::kPi0][index]<<endl;
1101     }
1102     
1103   
1104
1105     
1106     //############## muon #############################
1107
1108     if(en > 0.5){
1109       //Muons deposit few energy
1110       scpv[AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
1111       stof[AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
1112       sdp [AliPID::kMuon][index]     =  0 ;
1113     }
1114
1115     //Weight to apply to hadrons due to energy reconstruction
1116
1117     Float_t weight = fERecWeight ->Eval(en) ;
1118  
1119     sw[AliPID::kPhoton][index]   = 1. ;
1120     sw[AliPID::kElectron][index] = 1. ;
1121     sw[AliPID::kPion][index]     = weight ; 
1122     sw[AliPID::kKaon][index]     = weight ; 
1123     sw[AliPID::kProton][index]   = weight ;
1124     sw[AliPID::kNeutron][index]  = weight ;
1125     sw[AliPID::kEleCon][index]   = 1. ; 
1126     sw[AliPID::kKaon0][index]    = weight ; 
1127     sw[AliPID::kMuon][index]     = weight ; 
1128     sw[AliPID::kPi0][index]      = 1. ;
1129
1130 //     if(en > 0.5){
1131 //       cout<<"######################################################"<<endl;
1132 //       //cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", distance "<<distance<<", dispersion "<<dispersion<<endl ;
1133 //       cout<<"MakePID: energy "<<en<<", tof "<<time<<", dispersion "<<dispersion<<", x "<<x<<", z "<<z<<endl ;
1134 //       cout<<">>>>>multiplicity "<<emc->GetMultiplicity()<<endl;
1135 //       cout<<">>>>electron : xprob "<<elprobx<<" zprob "<<elprobz<<endl;
1136 //       cout<<">>>>hadron   : xprob "<<chprobx<<" zprob "<<chprobz<<endl;
1137 //       cout<<">>>>electron : px*pz "<<pcpvelectron <<" hadron: px*pz "<<pcpvcharged<<endl;  
1138       
1139 //        cout<<"Photon   , pid "<< fInitPID[AliPID::kPhoton]<<" tof "<<stof[AliPID::kPhoton][index]
1140 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPhoton][index]<<", ss "<<sdp[AliPID::kPhoton][index]<<endl;
1141 //       cout<<"EleCon   , pid "<< fInitPID[AliPID::kEleCon]<<", tof "<<stof[AliPID::kEleCon][index]
1142 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kEleCon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kEleCon][index]<<endl;
1143 //       cout<<"Electron , pid "<< fInitPID[AliPID::kElectron]<<", tof "<<stof[AliPID::kElectron][index]
1144 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kElectron][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kElectron][index]<<endl;
1145 //       cout<<"Muon     , pid "<< fInitPID[AliPID::kMuon]<<", tof "<<stof[AliPID::kMuon][index]
1146 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kMuon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kMuon][index]<<endl;
1147 //        cout<<"Pi0      , pid "<< fInitPID[AliPID::kPi0]<<", tof "<<stof[AliPID::kPi0][index]
1148 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPi0][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kPi0][index]<<endl;
1149 //       cout<<"Pion     , pid "<< fInitPID[AliPID::kPion]<<", tof "<<stof[AliPID::kPion][index]
1150 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kPion][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kPion][index]<<endl;
1151 //       cout<<"Kaon0    , pid "<< fInitPID[AliPID::kKaon0]<<", tof "<<stof[AliPID::kKaon0][index]
1152 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kKaon0][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kKaon0][index]<<endl;
1153 //       cout<<"Kaon     , pid "<< fInitPID[AliPID::kKaon]<<", tof "<<stof[AliPID::kKaon][index]
1154 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kKaon][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kKaon][index]<<endl;
1155 //       cout<<"Neutron  , pid "<< fInitPID[AliPID::kNeutron]<<", tof "<<stof[AliPID::kNeutron][index]
1156 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kNeutron][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kNeutron][index]<<endl;
1157 //       cout<<"Proton   , pid "<< fInitPID[AliPID::kProton]<<", tof "<<stof[AliPID::kProton][index]
1158 //        <<", cpv "<<scpv[AliPID::kProton][index]<<" ss "<<sdp[AliPID::kProton][index]<<endl;
1159 //       cout<<"######################################################"<<endl;
1160 //     }
1161       index++;
1162   }
1163   
1164   //for (index = 0 ; index < kSPECIES ; index++) 
1165   // pid[index] /= nparticles ; 
1166   
1167
1168   //  Info("MakePID", "Total Probability calculation");
1169   
1170   for(index = 0 ; index < nparticles ; index ++) {
1171     
1172     AliPHOSRecParticle * recpar = gime->RecParticle(index) ;  
1173     
1174     //Conversion electron?
1175     
1176     if(recpar->IsEleCon()){
1177       fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 1. ;
1178       fInitPID[AliPID::kPhoton]   = 0. ;
1179       fInitPID[AliPID::kElectron] = 0. ;
1180     }
1181     else{
1182       fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 0. ;
1183       fInitPID[AliPID::kPhoton]   = 1. ;
1184       fInitPID[AliPID::kElectron] = 1. ;
1185     }
1186     //  fInitPID[AliPID::kEleCon]   = 0. ;
1187     
1188     
1189     // calculates the Bayesian weight
1190     
1191     Int_t jndex ;
1192     Double_t wn = 0.0 ; 
1193     for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) 
1194       wn += stof[jndex][index] * sdp[jndex][index]  * scpv[jndex][index] * 
1195         sw[jndex][index] * fInitPID[jndex] ;
1196     
1197     //    cout<<"*************wn "<<wn<<endl;
1198     if (TMath::Abs(wn)>0)
1199       for (jndex = 0 ; jndex < kSPECIES ; jndex++) {
1200         //cout<<"jndex "<<jndex<<" wn "<<wn<<" SetPID * wn"
1201         //<<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * pid[jndex]  << endl;
1202         //cout<<" tof "<<stof[jndex][index] << " disp " <<sdp[jndex][index] << " pid "<< fInitPID[jndex] << endl;
1203         //      if(jndex ==  AliPID::kPi0 || jndex ==  AliPID::kPhoton){
1204         //        cout<<"Particle "<<jndex<<"  final prob * wn   "
1205         //            <<stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * scpv[jndex][index] * 
1206         //          fInitPID[jndex] <<"  wn  "<< wn<<endl;
1207         //        cout<<"pid "<< fInitPID[jndex]<<", tof "<<stof[jndex][index]
1208         //            <<", cpv "<<scpv[jndex][index]<<" ss "<<sdp[jndex][index]<<endl;
1209         //      }
1210         recpar->SetPID(jndex, stof[jndex][index] * sdp[jndex][index] * 
1211                        sw[jndex][index] * scpv[jndex][index] * 
1212                        fInitPID[jndex] / wn) ; 
1213       }
1214   }
1215   //  Info("MakePID", "Delete");
1216   
1217   for (Int_t i =0; i< kSPECIES; i++){
1218     delete [] stof[i];
1219     delete [] sdp [i];
1220     delete [] scpv[i];
1221     delete [] sw  [i];
1222   }
1223   //  Info("MakePID","End MakePID"); 
1224 }
1225
1226 //____________________________________________________________________________
1227 void  AliPHOSPIDv1::MakeRecParticles()
1228 {
1229   // Makes a RecParticle out of a TrackSegment
1230   
1231   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
1232   TObjArray * emcRecPoints = gime->EmcRecPoints() ; 
1233   TObjArray * cpvRecPoints = gime->CpvRecPoints() ; 
1234   TClonesArray * trackSegments = gime->TrackSegments() ; 
1235   if ( !emcRecPoints || !cpvRecPoints || !trackSegments ) {
1236     AliFatal("RecPoints or TrackSegments not found !") ;  
1237   }
1238   TClonesArray * recParticles  = gime->RecParticles() ; 
1239   recParticles->Clear();
1240
1241   TIter next(trackSegments) ; 
1242   AliPHOSTrackSegment * ts ; 
1243   Int_t index = 0 ; 
1244   AliPHOSRecParticle * rp ; 
1245   while ( (ts = (AliPHOSTrackSegment *)next()) ) {
1246     //  cout<<">>>>>>>>>>>>>>>PCA Index "<<index<<endl;
1247     new( (*recParticles)[index] ) AliPHOSRecParticle() ;
1248     rp = (AliPHOSRecParticle *)recParticles->At(index) ; 
1249     rp->SetTrackSegment(index) ;
1250     rp->SetIndexInList(index) ;
1251         
1252     AliPHOSEmcRecPoint * emc = 0 ;
1253     if(ts->GetEmcIndex()>=0)
1254       emc = (AliPHOSEmcRecPoint *) emcRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()) ;
1255     
1256     AliPHOSCpvRecPoint * cpv = 0 ;
1257     if(ts->GetCpvIndex()>=0)
1258       cpv = (AliPHOSCpvRecPoint *) cpvRecPoints->At(ts->GetCpvIndex()) ;
1259     
1260     Int_t track = 0 ; 
1261     track = ts->GetTrackIndex() ; 
1262       
1263     // Now set type (reconstructed) of the particle
1264
1265     // Choose the cluster energy range
1266     
1267     if (!emc) {
1268       AliFatal(Form("-> emc(%d) = %d", ts->GetEmcIndex(), emc )) ;
1269     }
1270
1271     Float_t e = emc->GetEnergy() ;   
1272     
1273     Float_t  lambda[2] ;
1274     emc->GetElipsAxis(lambda) ;
1275     
1276     if((lambda[0]>0.01) && (lambda[1]>0.01)){
1277       // Looking PCA. Define and calculate the data (X),
1278       // introduce in the function X2P that gives the components (P).  
1279
1280       Float_t  spher = 0. ;
1281       Float_t  emaxdtotal = 0. ; 
1282       
1283       if((lambda[0]+lambda[1])!=0) 
1284         spher=fabs(lambda[0]-lambda[1])/(lambda[0]+lambda[1]); 
1285       
1286       emaxdtotal=emc->GetMaximalEnergy()/emc->GetEnergy(); 
1287       
1288       fX[0] = lambda[0] ;  
1289       fX[1] = lambda[1] ; 
1290       fX[2] = emc->GetDispersion() ; 
1291       fX[3] = spher ; 
1292       fX[4] = emc->GetMultiplicity() ;  
1293       fX[5] = emaxdtotal ;  
1294       fX[6] = emc->GetCoreEnergy() ;  
1295       
1296       fPrincipalPhoton->X2P(fX,fPPhoton);
1297       fPrincipalPi0   ->X2P(fX,fPPi0);
1298
1299     }
1300     else{
1301       fPPhoton[0]=-100.0;  //We do not accept clusters with 
1302       fPPhoton[1]=-100.0;  //one cell as a photon-like
1303       fPPi0[0]   =-100.0;
1304       fPPi0[1]   =-100.0;
1305     }
1306     
1307     Float_t time = emc->GetTime() ;
1308     rp->SetTof(time) ; 
1309     
1310     // Loop of Efficiency-Purity (the 3 points of purity or efficiency 
1311     // are taken into account to set the particle identification)
1312     for(Int_t effPur = 0; effPur < 3 ; effPur++){
1313       
1314       // Looking at the CPV detector. If RCPV greater than CpvEmcDistance, 
1315       // 1st,2nd or 3rd bit (depending on the efficiency-purity point )
1316       // is set to 1
1317       if(GetCPVBit(emc, cpv, effPur,e) == 1 ){  
1318         rp->SetPIDBit(effPur) ;
1319         //cout<<"CPV bit "<<effPur<<endl;
1320       }
1321       // Looking the TOF. If TOF smaller than gate,  4th, 5th or 6th 
1322       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1             
1323       if(time< (*fParameters)(3,effPur)) 
1324         rp->SetPIDBit(effPur+3) ;                   
1325   
1326       //Photon PCA
1327       //If we are inside the ellipse, 7th, 8th or 9th 
1328       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
1329       if(GetPrincipalBit("photon",fPPhoton,effPur,e) == 1) 
1330         rp->SetPIDBit(effPur+6) ;
1331
1332       //Pi0 PCA
1333       //If we are inside the ellipse, 10th, 11th or 12th 
1334       // bit (depending on the efficiency-purity point )is set to 1 
1335       if(GetPrincipalBit("pi0"   ,fPPi0   ,effPur,e) == 1) 
1336         rp->SetPIDBit(effPur+9) ;
1337     }
1338     if(GetHardPhotonBit(emc))
1339       rp->SetPIDBit(12) ;
1340     if(GetHardPi0Bit   (emc))
1341       rp->SetPIDBit(13) ;
1342     
1343     if(track >= 0) 
1344       rp->SetPIDBit(14) ; 
1345
1346     //Set momentum, energy and other parameters 
1347     Float_t  encal = GetCalibratedEnergy(e);
1348     TVector3 dir   = GetMomentumDirection(emc,cpv) ; 
1349     dir.SetMag(encal) ;
1350     rp->SetMomentum(dir.X(),dir.Y(),dir.Z(),encal) ;
1351     rp->SetCalcMass(0);
1352     rp->Name(); //If photon sets the particle pdg name to gamma
1353     rp->SetProductionVertex(0,0,0,0);
1354     rp->SetFirstMother(-1);
1355     rp->SetLastMother(-1);
1356     rp->SetFirstDaughter(-1);
1357     rp->SetLastDaughter(-1);
1358     rp->SetPolarisation(0,0,0);
1359     //Set the position in global coordinate system from the RecPoint
1360     AliPHOSGeometry * geom = gime->PHOSGeometry() ; 
1361     AliPHOSTrackSegment * ts  = gime->TrackSegment(rp->GetPHOSTSIndex()) ; 
1362     AliPHOSEmcRecPoint  * erp = gime->EmcRecPoint(ts->GetEmcIndex()) ; 
1363     TVector3 pos ; 
1364     geom->GetGlobal(erp, pos) ; 
1365     rp->SetPos(pos);
1366     index++ ; 
1367   }
1368 }
1369   
1370 //____________________________________________________________________________
1371 void  AliPHOSPIDv1::Print(const Option_t *) const
1372 {
1373   // Print the parameters used for the particle type identification
1374
1375     AliInfo("=============== AliPHOSPIDv1 ================") ;
1376     printf("Making PID\n") ;
1377     printf("    Pricipal analysis file from 0.5 to 100 %s\n", fFileNamePrincipalPhoton.Data() )   ; 
1378     printf("    Name of parameters file     %s\n", fFileNameParameters.Data() )  ;
1379     printf("    Matrix of Parameters: 14x4\n") ;
1380     printf("        Energy Calibration  1x3 [3 parametres to calibrate energy: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1381     printf("        RCPV 2x3 rows x and z, columns function cut parameters\n") ;
1382     printf("        TOF  1x3 [High Eff-Low Pur,Medium Eff-Pur, Low Eff-High Pur]\n") ;
1383     printf("        PCA  5x4 [5 ellipse parametres and 4 parametres to calculate them: A/Sqrt(E) + B* E + C * E^2 + D]\n") ;
1384     Printf("    Pi0 PCA  5x3 [5 ellipse parametres and 3 parametres to calculate them: A + B* E + C * E^2]\n") ;
1385     fParameters->Print() ;
1386 }
1387
1388
1389
1390 //____________________________________________________________________________
1391 void AliPHOSPIDv1::PrintRecParticles(Option_t * option)
1392 {
1393   // Print table of reconstructed particles
1394
1395   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
1396
1397   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
1398
1399   TString message ; 
1400   message  = "\nevent " ;
1401   message += gAlice->GetEvNumber() ; 
1402   message += "       found " ; 
1403   message += recParticles->GetEntriesFast(); 
1404   message += " RecParticles\n" ; 
1405
1406   if(strstr(option,"all")) {  // printing found TS
1407     message += "\n  PARTICLE         Index    \n" ; 
1408     
1409     Int_t index ;
1410     for (index = 0 ; index < recParticles->GetEntries() ; index++) {
1411       AliPHOSRecParticle * rp = (AliPHOSRecParticle * ) recParticles->At(index) ;       
1412       message += "\n" ;
1413       message += rp->Name().Data() ;  
1414       message += " " ;
1415       message += rp->GetIndexInList() ;  
1416       message += " " ;
1417       message += rp->GetType()  ;
1418     }
1419   }
1420   AliInfo(message.Data() ) ; 
1421 }
1422
1423 //____________________________________________________________________________
1424 void  AliPHOSPIDv1::SetParameters() 
1425 {
1426   // PCA : To do the Principal Components Analysis it is necessary 
1427   // the Principal file, which is opened here
1428   fX       = new double[7]; // Data for the PCA 
1429   fPPhoton = new double[7]; // Eigenvalues of the PCA
1430   fPPi0    = new double[7]; // Eigenvalues of the Pi0 PCA
1431
1432   // Read photon principals from the photon file
1433   
1434   fFileNamePrincipalPhoton = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA8pa15_0.5-100.root" ; 
1435   TFile f( fFileNamePrincipalPhoton.Data(), "read" ) ;
1436   fPrincipalPhoton = dynamic_cast<TPrincipal*> (f.Get("principal")) ; 
1437   f.Close() ; 
1438
1439   // Read pi0 principals from the pi0 file
1440
1441   fFileNamePrincipalPi0    = "$ALICE_ROOT/PHOS/PCA_pi0_40-120.root" ;
1442   TFile fPi0( fFileNamePrincipalPi0.Data(), "read" ) ;
1443   fPrincipalPi0    = dynamic_cast<TPrincipal*> (fPi0.Get("principal")) ; 
1444   fPi0.Close() ;
1445
1446   // Open parameters file and initialization of the Parameters matrix. 
1447   // In the File Parameters.dat are all the parameters. These are introduced 
1448   // in a matrix of 16x4  
1449   // 
1450   // All the parameters defined in this file are, in order of row: 
1451   // line   0   : calibration 
1452   // lines  1,2 : CPV rectangular cat for X and Z
1453   // line   3   : TOF cut
1454   // lines  4-8 : parameters to calculate photon PCA ellipse
1455   // lines  9-13: parameters to calculate pi0 PCA ellipse
1456   // lines 14-15: parameters to calculate border for high-pt photons and pi0
1457
1458   fFileNameParameters = gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PHOS/Parameters.dat");
1459   fParameters = new TMatrixF(16,4) ;
1460   const Int_t kMaxLeng=255;
1461   char string[kMaxLeng];
1462
1463   // Open a text file with PID parameters
1464   FILE *fd = fopen(fFileNameParameters.Data(),"r");
1465   if (!fd)
1466     AliFatal(Form("File %s with a PID parameters cannot be opened\n",
1467           fFileNameParameters.Data()));
1468
1469   Int_t i=0;
1470   // Read parameter file line-by-line and skip empty line and comments
1471   while (fgets(string,kMaxLeng,fd) != NULL) {
1472     if (string[0] == '\n' ) continue;
1473     if (string[0] == '!'  ) continue;
1474     sscanf(string, "%f %f %f %f",
1475            &(*fParameters)(i,0), &(*fParameters)(i,1), 
1476            &(*fParameters)(i,2), &(*fParameters)(i,3));
1477     i++;
1478     AliDebug(1, Form("SetParameters", "line %d: %s",i,string));
1479   }
1480   fclose(fd);
1481 }
1482
1483 //____________________________________________________________________________
1484 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCalibration(Int_t i,Float_t param) 
1485 {
1486   // Set parameter "Calibration" i to a value param
1487   if(i>2 || i<0) {
1488     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1489   } else
1490     (*fParameters)(0,i) = param ;
1491 }
1492
1493 //____________________________________________________________________________
1494 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterCpv2Emc(Int_t i, TString axis, Float_t cut) 
1495 {
1496   // Set the parameters to calculate Cpv-to-Emc Distance Cut depending on 
1497   // Purity-Efficiency point i
1498
1499   if(i>2 || i<0) {
1500     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1501   } else {
1502     axis.ToLower();
1503     if      (axis == "x") (*fParameters)(1,i) = cut;
1504     else if (axis == "z") (*fParameters)(2,i) = cut;
1505     else { 
1506       AliError(Form("Invalid axis name: %s",axis.Data()));
1507     }
1508   }
1509 }
1510
1511 //____________________________________________________________________________
1512 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPhotonBoundary(Int_t i,Float_t param) 
1513 {
1514   // Set parameter "Hard photon boundary" i to a value param
1515   if(i>4 || i<0) {
1516     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1517   } else
1518     (*fParameters)(14,i) = param ;
1519 }
1520
1521 //____________________________________________________________________________
1522 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterPi0Boundary(Int_t i,Float_t param) 
1523 {
1524   // Set parameter "Hard pi0 boundary" i to a value param
1525   if(i>1 || i<0) {
1526     AliError(Form("Invalid parameter number: %d",i));
1527   } else
1528     (*fParameters)(15,i) = param ;
1529 }
1530
1531 //_____________________________________________________________________________
1532 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterTimeGate(Int_t i, Float_t gate) 
1533 {
1534   // Set the parameter TimeGate depending on Purity-Efficiency point i 
1535   if (i>2 || i<0) {
1536     AliError(Form("Invalid Efficiency-Purity choice %d",i));
1537   } else
1538     (*fParameters)(3,i)= gate ; 
1539
1540
1541 //_____________________________________________________________________________
1542 void  AliPHOSPIDv1::SetParameterToCalculateEllipse(TString particle, TString param, Int_t i, Float_t par) 
1543 {  
1544   // Set the parameter "i" that is needed to calculate the ellipse 
1545   // parameter "param" for a particle "particle"
1546   
1547   particle.ToLower();
1548   param.   ToLower();
1549   Int_t p= -1;
1550   Int_t offset=0;
1551
1552   if      (particle == "photon") offset=0;
1553   else if (particle == "pi0")    offset=5;
1554   else
1555     AliError(Form("Wrong particle name: %s (choose from pi0/photon)\n",
1556                   particle.Data()));
1557
1558   if     (param.Contains("a")) p=4+offset; 
1559   else if(param.Contains("b")) p=5+offset; 
1560   else if(param.Contains("c")) p=6+offset; 
1561   else if(param.Contains("x0"))p=7+offset; 
1562   else if(param.Contains("y0"))p=8+offset;
1563   if((i>4)||(i<0)) {
1564     AliError(Form("No parameter with index %d", i)) ; 
1565   } else if(p==-1) {
1566     AliError(Form("No parameter with name %s", param.Data() )) ; 
1567   } else
1568     (*fParameters)(p,i) = par ;
1569
1570
1571 //____________________________________________________________________________
1572 void AliPHOSPIDv1::Unload() 
1573 {
1574   //Unloads RecPoints, Tracks and RecParticles
1575   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance() ;  
1576   gime->PhosLoader()->UnloadRecPoints() ;
1577   gime->PhosLoader()->UnloadTracks() ;
1578   gime->PhosLoader()->UnloadRecParticles() ;
1579 }
1580
1581 //____________________________________________________________________________
1582 void  AliPHOSPIDv1::WriteRecParticles()
1583 {
1584   //It writes reconstructed particles and pid to file
1585
1586   AliPHOSGetter *gime = AliPHOSGetter::Instance() ; 
1587
1588   TClonesArray * recParticles = gime->RecParticles() ; 
1589   recParticles->Expand(recParticles->GetEntriesFast() ) ;
1590   if(fWrite){
1591     TTree * treeP =  gime->TreeP();
1592     
1593     //First rp
1594     Int_t bufferSize = 32000 ;
1595     TBranch * rpBranch = treeP->Branch("PHOSRP",&recParticles,bufferSize);
1596     rpBranch->SetTitle(BranchName());
1597     
1598     rpBranch->Fill() ;
1599     
1600     gime->WriteRecParticles("OVERWRITE");
1601     gime->WritePID("OVERWRITE");
1602   }
1603 }
1604
1605
1606 //_______________________________________________________________________
1607 void AliPHOSPIDv1::SetInitPID(const Double_t *p) {
1608   // Sets values for the initial population of each particle type 
1609   for (Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIESN; i++) fInitPID[i] = p[i];
1610 }
1611 //_______________________________________________________________________
1612 void AliPHOSPIDv1::GetInitPID(Double_t *p) const {
1613   // Gets values for the initial population of each particle type 
1614   for (Int_t i=0; i<AliPID::kSPECIESN; i++) p[i] = fInitPID[i];
1615 }