PHOS/AliPHOSPreprocessor.cxx

   1 /**************************************************************************
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   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 // PHOS Preprocessor class. It runs by Shuttle at the end of the run,
  20 // calculates calibration coefficients and dead/bad channels
  21 // to be posted in OCDB
  22 //
  23 // Author: Boris Polichtchouk, 4 October 2006
  24 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  25
  26 #include "AliPHOSPreprocessor.h"
  27 #include "AliLog.h"
  28 #include "AliCDBMetaData.h"
  29 #include "AliCDBEntry.h"
  30 #include "AliPHOSEmcCalibData.h"
  31 #include "TFile.h"
  32 #include "TH1.h"
  33 #include "TF1.h"
  34 #include "TH2.h"
  35 #include "TMap.h"
  36 #include "TRandom.h"
  37 #include "TKey.h"
  38 #include "TList.h"
  39 #include "TObjString.h"
  40 #include "TObjArray.h"
  41 #include "TObject.h"
  42 #include "TString.h"
  43 #include "TMath.h"
  44 #include "TAxis.h"
  45 #include "AliPHOSEmcBadChannelsMap.h"
  46
  47 ClassImp(AliPHOSPreprocessor)
  48
  49   Double_t rgaus(Double_t *x, Double_t *par)
  50 {
  51   Double_t gaus = par[0] * TMath::Exp( -(x[0]-par[1])*(x[0]-par[1]) /
  52                                        (2*par[2]*par[2]) );
  53   return gaus;
  54 }
  55
  56 //_______________________________________________________________________________________
  57 AliPHOSPreprocessor::AliPHOSPreprocessor() :
  58 AliPreprocessor("PHS",0)
  59 {
  60   //default constructor
  61 }
  62
  63 //_______________________________________________________________________________________
  64 AliPHOSPreprocessor::AliPHOSPreprocessor(AliShuttleInterface* shuttle):
  65 AliPreprocessor("PHS",shuttle)
  66 {
  67   // Constructor
  68
  69   AddRunType("PHYSICS");
  70   AddRunType("LED");
  71 }
  72
  73 //_______________________________________________________________________________________
  74 UInt_t AliPHOSPreprocessor::Process(TMap* /*valueSet*/)
  75 {
  76   // process data retrieved by the Shuttle
  77
  78   TString runType = GetRunType();
  79   Log(Form("Run type: %s",runType.Data()));
  80
  81   if(runType=="LED") {
  82     Bool_t ledOK = ProcessLEDRun();
  83     Bool_t badmap_OK = FindBadChannelsEmc();
  84     if(!badmap_OK) Log(Form("WARNING! FindBadChannels() completed with BAD status!"));
  85     if(ledOK) return 0;
  86     else
  87       return 1;
  88   }
  89
  90   if(runType=="PHYSICS") {
  91
  92     Bool_t calibEmc_OK = CalibrateEmc();
  93
  94     if(calibEmc_OK) return 0;
  95     else
  96       return 1;
  97   }
  98
  99   Log(Form("Unknown run type %s. Do nothing and return OK.",runType.Data()));
 100   return 0;
 101
 102 }
 103
 104
 105 Bool_t AliPHOSPreprocessor::ProcessLEDRun()
 106 {
 107   //Process LED run, update High Gain/Low Gain ratios.
 108
 109   AliPHOSEmcCalibData calibData;
 110
 111   TList* list = GetFileSources(kDAQ, "LED");
 112   if(!list) {
 113     Log("Sources list for LED run not found, exit.");
 114     return kFALSE;
 115   }
 116
 117   if(!list->GetEntries()) {
 118     Log("Sources list for LED run is empty, exit.");
 119     return kFALSE;
 120   }
 121
 122   //Retrieve the last EMC calibration object
 123   const AliPHOSEmcCalibData* clb=0;
 124   AliCDBEntry* entryCalib = GetFromOCDB("Calib", "EmcGainPedestals");
 125
 126   if(!entryCalib)
 127     Log(Form("Cannot find any AliCDBEntry for [Calib, EmcGainPedestals]!"));
 128   else
 129     clb = (AliPHOSEmcCalibData*)entryCalib->GetObject();
 130
 131   TIter iter(list);
 132   TObjString *source;
 133
 134   while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
 135
 136     AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
 137
 138     TString fileName = GetFile(kDAQ, "LED", source->GetName());
 139     AliInfo(Form("Got filename: %s",fileName.Data()));
 140
 141     TFile f(fileName);
 142
 143     if(!f.IsOpen()) {
 144       Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
 145       return kFALSE;
 146     }
 147
 148     TH1I* fFiredCells = (TH1I*)f.Get("fFiredCells");
 149
 150     if(fFiredCells) {
 151       const Double_t nFiredCells = fFiredCells->GetMean();
 152       Log(Form("Number of fired cells per event is %.1f",nFiredCells));
 153     }
 154
 155     const Int_t nMod=5; // 1:5 modules
 156     const Int_t nCol=56; //1:56 columns in each module
 157     const Int_t nRow=64; //1:64 rows in each module
 158
 159     for(Int_t mod=0; mod<nMod; mod++) {
 160       for(Int_t col=0; col<nCol; col++) {
 161         for(Int_t row=0; row<nRow; row++) {
 162
 163           if(clb) {
 164             Float_t  hg2lg = clb->GetHighLowRatioEmc(5-mod,col+1,row+1);
 165             Double_t coeff = clb->GetADCchannelEmc(5-mod,col+1,row+1);
 166             calibData.SetADCchannelEmc(5-mod,col+1,row+1,coeff);
 167             calibData.SetHighLowRatioEmc(5-mod,col+1,row+1,hg2lg);
 168           }
 169
 170           //High Gain to Low Gain ratio
 171           Float_t ratio = HG2LG(mod,row,col,&f);
 172           if(ratio != 16.) {
 173             calibData.SetHighLowRatioEmc(5-mod,col+1,row+1,ratio);
 174             AliInfo(Form("mod %d iX %d iZ %d  ratio %.3f\n",mod,row,col,ratio));
 175           }
 176         }
 177       }
 178     }
 179
 180   } // end of loop over files
 181
 182   //Store the updated High Gain/Low Gain ratios
 183   AliCDBMetaData emcMetaData;
 184
 185   //Data valid from current run until updated (validityInfinite=kTRUE)
 186   //Bool_t result = Store("Calib","EmcGainPedestals",&calibData,&emcMetaData,0,kTRUE);
 187
 188   //Store reference data
 189   Bool_t refOK = StoreReferenceLED(list);
 190   if(refOK) Log(Form("LED reference data successfully stored."));
 191
 192   //return result;
 193   return kTRUE;
 194 }
 195
 196 Float_t AliPHOSPreprocessor::HG2LG(Int_t mod, Int_t X, Int_t Z, TFile* f)
 197 {
 198   //Calculates High gain to Low gain ratio
 199   //for crystal at the position (X,Z) in the PHOS module mod.
 200
 201   char hname[128];
 202   sprintf(hname,"%d_%d_%d",mod,X,Z);
 203
 204   TH1F* h1 = (TH1F*)f->Get(hname);
 205   if(!h1) return 16.;
 206
 207   if(h1->GetEntries()<2000.) return 16.;
 208
 209   if(h1->GetMaximum()<10.) h1->Rebin(4);
 210   if(h1->GetMaximum()<10.) return 16.;
 211
 212   Double_t max = h1->GetBinCenter(h1->GetMaximumBin()); // peak
 213   Double_t xmin = max - (h1->GetRMS()/3);
 214   Double_t xmax = max + (h1->GetRMS()/2);
 215   //       Double_t xmin = max - (h1->GetRMS());
 216   //       Double_t xmax = max + (h1->GetRMS());
 217
 218   TF1* gaus1 = new TF1("gaus1",rgaus,xmin,xmax,3);
 219   gaus1->SetParNames("Constant","Mean","Sigma");
 220   gaus1->SetParameter("Constant",h1->GetMaximum());
 221   gaus1->SetParameter("Mean",max);
 222   gaus1->SetParameter("Sigma",1.);
 223   gaus1->SetLineColor(kBlue);
 224
 225   Double_t mean_min = h1->GetXaxis()->GetXmin();
 226   Double_t mean_max = h1->GetXaxis()->GetXmax();
 227   gaus1->SetParLimits(1,mean_min,mean_max);
 228
 229   h1->Fit(gaus1,"RQ+");
 230   Double_t hg2lg = gaus1->GetParameter("Mean");
 231   if( (hg2lg-mean_min<0.001) || (mean_max-hg2lg<0.001)) hg2lg=max;
 232
 233   AliInfo(Form("%s: %.1f entries, mean=%.3f, peak=%.3f, rms= %.3f. HG/LG = %.3f\n",
 234           h1->GetTitle(),h1->GetEntries(),h1->GetMean(),max,h1->GetRMS(),hg2lg));
 235
 236   return hg2lg;
 237
 238 }
 239
 240 Bool_t AliPHOSPreprocessor::FindBadChannelsEmc()
 241 {
 242   //Loop over two systems: DAQ and HLT.
 243   //For each system the same algorithm implemented in DoFindBadChannelsEmc() invokes.
 244
 245   TList* list=0;
 246   TString path;
 247
 248   Int_t system[2] = { kDAQ, kHLT };
 249   const char* sysn[] = { "DAQ","HLT" };
 250   Bool_t result[2] = { kTRUE, kTRUE };
 251
 252   for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 253
 254     if(system[i] == kHLT) continue;
 255
 256     AliPHOSEmcBadChannelsMap badMap;
 257     list = GetFileSources(system[i], "BAD_CHANNELS");
 258
 259     if(!list) {
 260       Log(Form("%s sources list for BAD_CHANNELS not found!",sysn[i]));
 261       result[i] = kFALSE;
 262       continue;
 263     }
 264
 265     if(!list->GetEntries()) {
 266       Log(Form("Got empty sources list. It seems %s DA2 did not produce any files!",sysn[i]));
 267       result[i] = kFALSE;
 268       continue;
 269     }
 270
 271     result[i] *= DoFindBadChannelsEmc(system[i],list,badMap);
 272
 273     // Store the bad channels map.
 274
 275     AliCDBMetaData md;
 276     md.SetResponsible("Boris Polishchuk");
 277
 278     if(system[i] == kDAQ)
 279       path = "Calib";
 280     else
 281       path = "HLT";
 282
 283     // Data valid from current run until being updated (validityInfinite=kTRUE)
 284     result[i] *= Store(path.Data(), "EmcBadChannels", &badMap, &md, 0, kTRUE);
 285
 286   }
 287
 288   if(result[0] || result[1]) return kTRUE;
 289   else return kFALSE;
 290 }
 291
 292 Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoFindBadChannelsEmc(Int_t system, TList* list, AliPHOSEmcBadChannelsMap& badMap)
 293 {
 294   //Creates the bad channels map for PHOS EMC.
 295
 296   // The file fileName contains histograms which have been produced by DA2 detector algorithm.
 297   // It is a responsibility of the SHUTTLE framework to form the fileName.
 298
 299   TIter iter(list);
 300   TObjString *source;
 301   char hnam[80];
 302   TH1F* h1=0;
 303
 304   const Float_t fQualityCut = 1.;
 305   Int_t nGoods[5] = {0,0,0,0,0};
 306
 307   while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
 308
 309     AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
 310
 311     TString fileName = GetFile(system, "BAD_CHANNELS", source->GetName());
 312     AliInfo(Form("Got filename: %s",fileName.Data()));
 313
 314     TFile f(fileName);
 315
 316     if(!f.IsOpen()) {
 317       Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
 318       return kFALSE;
 319     }
 320
 321     Log(Form("Begin check for bad channels."));
 322
 323     for(Int_t mod=0; mod<5; mod++) {
 324       for(Int_t iX=0; iX<64; iX++) {
 325         for(Int_t iZ=0; iZ<56; iZ++) {
 326
 327           sprintf(hnam,"%d_%d_%d_%d",mod,iX,iZ,1); // high gain
 328           h1 = (TH1F*)f.Get(hnam);
 329
 330           if(h1) {
 331             Double_t mean = h1->GetMean();
 332
 333             if(mean)
 334               Log(Form("iX=%d iZ=%d gain=%d   mean=%.3f\n",iX,iZ,1,mean));
 335
 336             if( mean>0 && mean<fQualityCut ) {
 337               nGoods[mod]++;
 338             }
 339             else
 340               badMap.SetBadChannel(mod+1,iZ+1,iX+1); //module, col,row
 341           }
 342
 343         }
 344       }
 345
 346       if(nGoods[mod])
 347         Log(Form("Module %d: %d good channels.",mod,nGoods[mod]));
 348     }
 349
 350
 351   } // end of loop over sources
 352
 353   return kTRUE;
 354 }
 355
 356 Bool_t AliPHOSPreprocessor::CalibrateEmc()
 357 {
 358   //Loop over two systems: DAQ and HLT.
 359   //For each system the same algorithm implemented in DoCalibrateEmc() invokes.
 360
 361   AliPHOSEmcCalibData*   lastCalib=0;
 362   const AliPHOSEmcBadChannelsMap* badMap=0;
 363   AliCDBEntry* entryBCM=0;
 364   AliCDBEntry* entryEmc=0;
 365   TList* list=0;
 366   TString path;
 367
 368   Int_t system[2] = { kDAQ, kHLT };
 369   const char* sysn[] = { "DAQ","HLT" };
 370   Bool_t result[2] = { kTRUE, kTRUE };
 371
 372   for (Int_t i=0; i<2; i++) {
 373
 374     if(system[i] == kHLT) continue;
 375
 376     AliPHOSEmcCalibData calibData;
 377     list = GetFileSources(system[i], "AMPLITUDES");
 378
 379     if(!list) {
 380       Log(Form("%s sources list not found!",sysn[i]));
 381       result[i] = kFALSE;
 382       continue;
 383     }
 384
 385     if(!list->GetEntries()) {
 386       Log(Form("Got empty sources list. It seems %s DA1 did not produce any files!",sysn[i]));
 387       result[i] = kFALSE;
 388       continue;
 389     }
 390
 391     // Retrieve the Bad Channels Map (BCM)
 392
 393     if(system[i] == kDAQ)
 394       path = "Calib";
 395     else
 396       path = "HLT";
 397
 398     entryBCM = GetFromOCDB(path.Data(), "EmcBadChannels");
 399
 400     if(!entryBCM)
 401       Log(Form("WARNING!! Cannot find any AliCDBEntry for [%s, EmcBadChannels]!",path.Data()));
 402     else
 403       badMap = (AliPHOSEmcBadChannelsMap*)entryBCM->GetObject();
 404
 405     if(!badMap)
 406       Log(Form("WARNING!! Nothing for %s in AliCDBEntry. All cells considered GOOD!",sysn[i]));
 407
 408     // Retrieve  the last EMC calibration object
 409
 410     entryEmc = GetFromOCDB(path.Data(), "EmcGainPedestals");
 411
 412     if(!entryEmc)
 413       Log(Form("Cannot find any EmcGainPedestals entry for this run and path %s",path.Data()));
 414     else
 415       lastCalib = (AliPHOSEmcCalibData*)entryEmc->GetObject();
 416
 417     if(lastCalib)
 418       result[i] *= DoCalibrateEmc(system[i],list,badMap,*lastCalib);
 419     else
 420       result[i] *= DoCalibrateEmc(system[i],list,badMap,calibData);
 421
 422     //Store EMC calibration data
 423     AliCDBMetaData emcMetaData;
 424
 425     // if(lastCalib)
 426     //   result[i] *= Store(path.Data(), "EmcGainPedestals", lastCalib, &emcMetaData, 0, kFALSE);
 427     // else
 428     //   result[i] *= Store(path.Data(), "EmcGainPedestals", &calibData, &emcMetaData, 0, kFALSE);
 429
 430     //Store reference data
 431     Bool_t refOK = StoreReferenceEmc(system[i],list);
 432     if(refOK) Log(Form("Reference data for %s amplitudes successfully stored.",sysn[i]));
 433
 434   }
 435
 436   if(result[0] || result[1]) return kTRUE;
 437   else return kFALSE;
 438 }
 439
 440 Bool_t AliPHOSPreprocessor::StoreReferenceEmc(Int_t system, TList* list)
 441 {
 442   //Put 2D calibration histograms (E vs Time) prepared by DAQ/HLT to the reference storage.
 443   //system is DAQ or HLT, TList is the list of FES sources.
 444
 445   if(system!=kDAQ) return kFALSE;
 446
 447   TObjString *source = dynamic_cast<TObjString *> (list->First());
 448   if(!source) return kFALSE;
 449
 450   TString fileName = GetFile(system, "AMPLITUDES", source->GetName());
 451
 452   Bool_t resultRef = StoreReferenceFile(fileName.Data(),"CalibRefPHOS.root");
 453   return resultRef;
 454
 455 }
 456
 457 Bool_t AliPHOSPreprocessor::StoreReferenceLED(TList* list)
 458 {
 459   //Put HG/LG histograms to the reference storage.
 460
 461   TObjString *source = dynamic_cast<TObjString *> (list->First());
 462   if(!source) return kFALSE;
 463
 464   TString fileName = GetFile(kDAQ, "LED", source->GetName());
 465
 466   Bool_t resultRef = StoreReferenceFile(fileName.Data(),"LEDRefPHOS.root");
 467   return resultRef;
 468
 469 }
 470
 471
 472 Bool_t AliPHOSPreprocessor::DoCalibrateEmc(Int_t system, TList* list, const AliPHOSEmcBadChannelsMap* badMap, AliPHOSEmcCalibData& calibData)
 473 {
 474   // Return kTRUE if OK.
 475   // I.  Calculates the set of calibration coefficients to equalyze the mean energies deposited at high gain.
 476   // II. Extracts High_Gain/Low_Gain ratio for each channel.
 477
 478   // The file fileName contains histograms which have been produced by DA1 detector algorithm.
 479   // It is a responsibility of the SHUTTLE framework to form the fileName.
 480
 481   gRandom->SetSeed(0); //the seed is set to the current  machine clock!
 482   Int_t minEntries=1000; // recalculate calibration coeff. if Nentries > minEntries.
 483
 484   TIter iter(list);
 485   TObjString *source;
 486
 487   while ((source = dynamic_cast<TObjString *> (iter.Next()))) {
 488     AliInfo(Form("found source %s", source->String().Data()));
 489
 490     TString fileName = GetFile(system, "AMPLITUDES", source->GetName());
 491     AliInfo(Form("Got filename: %s",fileName.Data()));
 492
 493     TFile f(fileName);
 494
 495     if(!f.IsOpen()) {
 496       Log(Form("File %s is not opened, something goes wrong!",fileName.Data()));
 497       return kFALSE;
 498     }
 499
 500     const Int_t nMod=5; // 1:5 modules
 501     const Int_t nCol=56; //1:56 columns in each module
 502     const Int_t nRow=64; //1:64 rows in each module
 503
 504     Double_t coeff;
 505     char hnam[80];
 506     TH2F* h2=0;
 507     TH1D* h1=0;
 508
 509     //Get the reference histogram
 510     //(author: Gustavo Conesa Balbastre)
 511
 512     TList * keylist = f.GetListOfKeys();
 513     Int_t nkeys   = f.GetNkeys();
 514     Bool_t ok = kFALSE;
 515     TKey  *key;
 516     Int_t ikey = 0;
 517     Int_t counter = 0;
 518     TH1D* hRef = 0;
 519
 520     //Check if the file contains any histogram
 521
 522     if(nkeys< 2){
 523       Log(Form("Not enough histograms (%d) for calibration.",nkeys));
 524       return 1; // it's not fatal! May be short run..
 525     }
 526
 527     while(!ok){
 528       ikey = gRandom->Integer(nkeys);
 529       key = (TKey*)keylist->At(ikey);
 530       TObject* obj = f.Get(key->GetName());
 531       TString cname(obj->ClassName());
 532       if(cname == "TH2F") {
 533         h2 = (TH2F*)obj;
 534         TString htitl = h2->GetTitle();
 535         if(htitl.Contains("and gain 1")) {
 536           hRef = h2->ProjectionX();
 537           hRef->GetXaxis()->SetRangeUser(10.,1000.); // to cut off saturation peak and noise
 538           // Check if the reference histogram has too little statistics
 539           if(hRef->GetMean() && hRef->GetEntries()>minEntries) ok=kTRUE;
 540
 541           const TString delim = "_";
 542           TString str = hRef->GetName();
 543           TObjArray* tks = str.Tokenize(delim);
 544           const Int_t md = ((TObjString*)tks->At(0))->GetString().Atoi();
 545           const Int_t X   = ((TObjString*)tks->At(1))->GetString().Atoi();
 546           const Int_t Z   = ((TObjString*)tks->At(2))->GetString().Atoi();
 547
 548           if(badMap) {
 549             if(badMap->IsBadChannel(5-md,Z+1,X+1)) {
 550               AliInfo(Form("Cell mod=%d col=%d row=%d is bad. Histogram %s rejected.",
 551                            5-md,Z+1,X+1,hRef->GetName()));
 552               ok=kFALSE;
 553             }
 554           }
 555
 556         }
 557       }
 558
 559       counter++;
 560
 561       if(!ok && counter > nkeys){
 562         Log("No histogram with enough statistics for reference. Exit.");
 563         return 1; // Not fatal, just wait..
 564       }
 565     }
 566
 567     Log(Form("reference histogram %s, %.1f entries, mean=%.3f, rms=%.3f.",
 568              hRef->GetName(),hRef->GetEntries(),
 569              hRef->GetMean(),hRef->GetRMS()));
 570
 571     Double_t refMean=hRef->GetMean();
 572
 573     // Calculates relative calibration coefficients for all non-zero channels
 574
 575     for(Int_t mod=0; mod<nMod; mod++) {
 576       for(Int_t col=0; col<nCol; col++) {
 577         for(Int_t row=0; row<nRow; row++) {
 578
 579           sprintf(hnam,"%d_%d_%d_1",mod,row,col); // high gain!
 580           h2 = (TH2F*)f.Get(hnam);
 581
 582           //TODO: dead channels exclusion!
 583           if(h2) {
 584             h1 = h2->ProjectionX();
 585             h1->GetXaxis()->SetRangeUser(10.,1000.); //to cut off saturation peak and noise
 586             coeff = h1->GetMean()/refMean;
 587             if(coeff>0 && h1->GetEntries()>minEntries) {
 588               calibData.SetADCchannelEmc(5-mod,col+1,row+1,0.005/coeff);
 589               AliInfo(Form("mod %d col %d row %d  coeff %f\n",mod,col,row,coeff));
 590             }
 591           }
 592         }
 593       }
 594     }
 595
 596     f.Close();
 597   }
 598
 599   return 1;
 600 }
 601
 602
 603