Coverity fix.
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSReconstructor.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //_________________________________________________________________________
19 //--
20 //-- Yves Schutz (SUBATECH) 
21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and 
22 // derived from STEER/AliReconstructor. 
23 // 
24 // --- ROOT system ---
25 #include "TGeoManager.h"
26 #include "TGeoMatrix.h"
27
28 // --- Standard library ---
29
30 // --- AliRoot header files ---
31 #include "AliLog.h"
32 #include "AliAltroMapping.h"
33 #include "AliESDEvent.h"
34 #include "AliESDCaloCluster.h"
35 #include "AliESDCaloCells.h"
36 #include "AliPHOSReconstructor.h"
37 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
38 #include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
39 #include "AliPHOSPIDv1.h"
40 #include "AliPHOSTracker.h"
41 #include "AliRawReader.h"
42 #include "AliPHOSCalibData.h"
43 #include "AliCDBEntry.h"
44 #include "AliCDBManager.h"
45 #include "AliPHOSTrigger.h"
46 #include "AliPHOSGeometry.h"
47 #include "AliPHOSDigit.h"
48 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
49 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
50 #include "AliPHOSRecParticle.h"
51 #include "AliPHOSRawFitterv0.h"
52 #include "AliPHOSRawFitterv1.h"
53 #include "AliPHOSRawFitterv2.h"
54 #include "AliPHOSRawFitterv3.h"
55 #include "AliPHOSRawFitterv4.h"
56 #include "AliPHOSRawDigiProducer.h"
57 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
58 #include "AliPHOSTriggerRawDigit.h"
59 #include "AliPHOSTriggerRawDigiProducer.h"
60 #include "AliPHOSTriggerParameters.h"
61
62 ClassImp(AliPHOSReconstructor)
63
64 Bool_t AliPHOSReconstructor::fgDebug = kFALSE ; 
65 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgDigitsArray = 0;   // Array of PHOS digits
66 TObjArray*        AliPHOSReconstructor::fgEMCRecPoints = 0;   // Array of EMC rec.points
67 AliPHOSCalibData * AliPHOSReconstructor::fgCalibData  = 0 ;
68 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgTriggerDigits = 0;   // Array of PHOS trigger digits
69
70 //____________________________________________________________________________
71 AliPHOSReconstructor::AliPHOSReconstructor() :
72   fGeom(NULL),fClusterizer(NULL),fTSM(NULL),fPID(NULL),fTmpDigLG(NULL)
73 {
74   // ctor
75   fGeom          = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
76   fClusterizer   = new AliPHOSClusterizerv1      (fGeom);
77   fTSM           = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1(fGeom);
78   fPID           = new AliPHOSPIDv1              (fGeom);
79   fTmpDigLG      = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
80   fgDigitsArray  = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
81   fgEMCRecPoints = new TObjArray(100) ;
82   if (!fgCalibData)
83     fgCalibData = new AliPHOSCalibData(-1); //use AliCDBManager's run number
84   
85   fgTriggerDigits  = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",100);
86   
87   AliInfo(Form("PHOS bad channel map contains %d bad channel(s).\n",
88                fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels()));
89  
90 }
91
92 //____________________________________________________________________________
93 AliPHOSReconstructor::~AliPHOSReconstructor()
94 {
95   // dtor
96   delete fGeom;
97   delete fClusterizer;
98   delete fTSM;
99   delete fPID;
100   delete fTmpDigLG;
101   delete fgDigitsArray;
102   delete fgEMCRecPoints;
103   delete fgTriggerDigits;
104
105
106 //____________________________________________________________________________
107 void AliPHOSReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
108 {
109   // 'single-event' local reco method called by AliReconstruction; 
110   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
111   // segment maker needs access to the AliESDEvent object to retrieve the tracks reconstructed by 
112   // the global tracking.
113
114   fClusterizer->InitParameters();
115   fClusterizer->SetInput(digitsTree);
116   fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
117   if ( Debug() ) 
118     fClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ; 
119   else 
120     fClusterizer->Digits2Clusters("") ;
121 }
122
123 //____________________________________________________________________________
124 void AliPHOSReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree, 
125                                    AliESDEvent* esd) const
126 {
127   // This method produces PHOS rec-particles,
128   // then it creates AliESDtracks out of them and
129   // write tracks to the ESD
130
131
132   // do current event; the loop over events is done by AliReconstruction::Run()
133   fTSM->SetESD(esd) ; 
134   fTSM->SetInput(clustersTree);
135   if ( Debug() ) 
136     fTSM->Clusters2TrackSegments("deb all") ;
137   else 
138     fTSM->Clusters2TrackSegments("") ;
139   
140   fPID->SetInput(clustersTree, fTSM->GetTrackSegments()) ; 
141   fPID->SetESD(esd) ; 
142   if ( Debug() ) 
143     fPID->TrackSegments2RecParticles("deb all") ;
144   else 
145     fPID->TrackSegments2RecParticles("") ;
146
147   TClonesArray *recParticles  = fPID->GetRecParticles();
148   Int_t nOfRecParticles = recParticles->GetEntriesFast();
149   
150   AliDebug(2,Form("%d rec. particles, option %s",nOfRecParticles,GetOption()));
151   
152   // Read digits array
153
154   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("PHOS");
155   if (!branch) { 
156     AliError("can't get the branch with the PHOS digits !");
157     return;
158   }
159   branch->SetAddress(&fgDigitsArray);
160   branch->GetEntry(0);
161
162   // Get the clusters array
163
164   TBranch *emcbranch = clustersTree->GetBranch("PHOSEmcRP");
165   if (!emcbranch) { 
166     AliError("can't get the branch with the PHOS EMC clusters !");
167     return;
168   }
169
170   emcbranch->SetAddress(&fgEMCRecPoints);
171   emcbranch->GetEntry(0);
172   
173   
174   // Trigger
175   
176   TBranch *tbranch = digitsTree->GetBranch("TPHOS");
177   if (tbranch) { 
178     
179     tbranch->SetAddress(&fgTriggerDigits);
180     tbranch->GetEntry(0);
181     
182     AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("PHOS");
183     
184     if (trgESD) {
185       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
186       
187       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++) {
188         AliPHOSTriggerRawDigit* tdig = (AliPHOSTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
189         
190         Int_t mod,modX,modZ;
191         tdig->GetModXZ(mod,modX,modZ);
192         
193         const Int_t relId[4] = {5-mod,0,modX+1,modZ+1};
194         Int_t absId;
195         
196         fGeom->RelToAbsNumbering(relId,absId);
197         trgESD->Add(mod,absId,tdig->GetAmp(),0.,(Int_t*)NULL,0,0,0);
198       }
199     }  
200   }
201   
202 //   //#########Calculate trigger and set trigger info###########
203
204 //   AliPHOSTrigger tr ;
205 //   //   tr.SetPatchSize(1);//create 4x4 patches
206 //   tr.SetSimulation(kFALSE);
207 //   tr.Trigger(fgDigitsArray);
208   
209 //   Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
210 //   Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
211 //   Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
212 //   Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
213
214 //   Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
215 //   Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
216 //   Int_t iCrystalPhi2x2 = tr.Get2x2CrystalPhi();
217 //   Int_t iCrystalPhinxn = tr.GetnxnCrystalPhi();
218 //   Int_t iCrystalEta2x2 = tr.Get2x2CrystalEta();
219 //   Int_t iCrystalEtanxn = tr.GetnxnCrystalEta();
220
221 //   AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",  
222 //                 maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iCrystalPhi2x2, iCrystalEta2x2));
223 //   AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",
224 //                 maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iCrystalPhinxn, iCrystalEtanxn));
225
226 //   // Attention! PHOS modules in order to calculate AbsId need to be 1-5 not 0-4 as returns trigger.
227 //   Int_t iRelId2x2 []= {iSM2x2+1,0,iCrystalPhi2x2,iCrystalEta2x2};
228 //   Int_t iAbsId2x2 =-1;
229 //   Int_t iRelIdnxn []= {iSMnxn+1,0,iCrystalPhinxn,iCrystalEtanxn};
230 //   Int_t iAbsIdnxn =-1;
231 //   TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
232 //   TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
233 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelId2x2, iAbsId2x2);
234 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelIdnxn, iAbsIdnxn);
235 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsId2x2, pos2x2);
236 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsIdnxn, posnxn);
237
238 //   TArrayF triggerPosition(6);
239 //   triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;   
240 //   triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;   
241 //   triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;  
242 //   triggerPosition[3] = posnxn(0) ;   
243 //   triggerPosition[4] = posnxn(1) ;   
244 //   triggerPosition[5] = posnxn(2) ;  
245
246 //   TArrayF triggerAmplitudes(4);
247 //   triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;   
248 //   triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;    
249 //   triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;   
250 //   triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;   
251
252 //   //esd->SetPHOSTriggerCells(triggerPosition);
253 //   esd->AddPHOSTriggerPosition(triggerPosition);
254 //   esd->AddPHOSTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
255   
256
257   //########################################
258   //############# Fill CaloCells ###########
259   //########################################
260
261   Int_t nDigits = fgDigitsArray->GetEntries();
262   Int_t idignew = 0 ;
263   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
264
265   const Int_t knEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();
266   AliESDCaloCells &phsCells = *(esd->GetPHOSCells());
267   phsCells.CreateContainer(nDigits);
268   phsCells.SetType(AliESDCaloCells::kPHOSCell);
269
270   // Add to CaloCells only EMC digits with non-zero energy 
271   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
272     const AliPHOSDigit * dig = (const AliPHOSDigit*)fgDigitsArray->At(idig);
273     if(dig->GetId() <= knEMC && 
274        Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()) > GetRecoParam()->GetEMCMinE() ){
275       phsCells.SetCell(idignew,dig->GetId(), Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()),
276                                              CalibrateT(dig->GetTime(),dig->GetId()));   
277       idignew++;
278     }
279   }
280   phsCells.SetNumberOfCells(idignew);
281   phsCells.Sort();
282
283   //########################################
284   //############## Fill CaloClusters #######
285   //########################################
286
287   for (Int_t recpart = 0 ; recpart < nOfRecParticles ; recpart++) {
288     AliPHOSRecParticle  *rp    = static_cast<AliPHOSRecParticle*>(recParticles->At(recpart));
289     if (Debug()) 
290       rp->Print();
291     // Get track segment and EMC rec.point associated with this rec.particle
292     AliPHOSTrackSegment *ts    = static_cast<AliPHOSTrackSegment *>(fTSM->GetTrackSegments()
293                                                                     ->At(rp->GetPHOSTSIndex()));
294
295     AliPHOSEmcRecPoint  *emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>(fgEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()));
296     AliESDCaloCluster   *ec    = new AliESDCaloCluster() ; 
297     
298     Float_t xyz[3];
299     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++) 
300       xyz[ixyz] = rp->GetPos()[ixyz];
301     
302     AliDebug(2,Form("Global position xyz=(%f,%f,%f)",xyz[0],xyz[1],xyz[2]));
303    
304     // Create cell lists
305
306     Int_t     cellMult   = emcRP->GetDigitsMultiplicity();
307     Int_t    *digitsList = emcRP->GetDigitsList();
308     Float_t  *rpElist    = emcRP->GetEnergiesList() ;
309     UShort_t *absIdList  = new UShort_t[cellMult];
310     Double_t *fracList   = new Double_t[cellMult];
311
312     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
313       AliPHOSDigit *digit = static_cast<AliPHOSDigit *>(fgDigitsArray->At(digitsList[iCell]));
314       absIdList[iCell] = (UShort_t)(digit->GetId());
315       if (digit->GetEnergy() > 0)
316         fracList[iCell] = rpElist[iCell]/(Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()));
317       else
318         fracList[iCell] = 0;
319     }
320
321     //Primaries
322     Int_t  primMult  = 0;
323     Int_t *primList =  emcRP->GetPrimaries(primMult);
324
325     Float_t energy=0.;
326     if (GetRecoParam()->EMCEcore2ESD())
327       energy = emcRP->GetCoreEnergy();
328     else
329       energy = rp->Energy();
330     //Apply nonlinearity correction
331     if(GetRecoParam()->GetEMCEnergyCorrectionOn())
332       energy=CorrectNonlinearity(energy) ;
333
334     // fills the ESDCaloCluster
335     ec->SetType(AliVCluster::kPHOSNeutral);
336     ec->SetPosition(xyz);                       //rec.point position in MARS
337     ec->SetE(energy);                           //total or core particle energy
338     ec->SetDispersion(emcRP->GetDispersion());  //cluster dispersion
339     ec->SetPID(rp->GetPID()) ;            //array of particle identification
340     ec->SetM02(emcRP->GetM2x()) ;               //second moment M2x
341     ec->SetM20(emcRP->GetM2z()) ;               //second moment M2z
342     ec->SetNExMax(emcRP->GetNExMax());          //number of local maxima
343     ec->SetEmcCpvDistance(ts->GetCpvDistance("r")); //Only radius, what about separate x,z????
344     ec->SetTrackDistance(ts->GetCpvDistance("x"),ts->GetCpvDistance("z")); 
345     ec->SetChi2(-1);                     //not yet implemented
346     ec->SetTOF(emcRP->GetTime());               //Time of flight - already calibrated in EMCRecPoint
347
348     //Cells contributing to clusters
349     ec->SetNCells(cellMult);
350     ec->SetCellsAbsId(absIdList);
351     ec->SetCellsAmplitudeFraction(fracList);
352
353     //Distance to the nearest bad crystal
354     ec->SetDistanceToBadChannel(emcRP->GetDistanceToBadCrystal()); 
355   
356     //Array of MC indeces
357     TArrayI arrayPrim(primMult,primList);
358     ec->AddLabels(arrayPrim);
359     
360     //Matched ESD track
361     TArrayI arrayTrackMatched(1);
362     arrayTrackMatched[0]= ts->GetTrackIndex();
363     ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
364     
365     Int_t index = esd->AddCaloCluster(ec);
366
367     //Set pointer to this cluster in ESD track
368     Int_t nt=esd->GetNumberOfTracks();
369     for (Int_t itr=0; itr<nt; itr++) {
370       AliESDtrack *esdTrack=esd->GetTrack(itr);
371       if(!esdTrack->IsPHOS())
372         continue ;
373       if(esdTrack->GetPHOScluster()==-recpart){ //we store negative cluster number
374         esdTrack->SetPHOScluster(index) ;
375 //no garatie that only one track matched this cluster
376 //      break ;
377       }
378     }
379  
380     delete ec;   
381     delete [] fracList;
382     delete [] absIdList;
383   }
384   fgDigitsArray ->Clear();
385   fgEMCRecPoints->Clear("C");
386   recParticles  ->Clear();
387
388   //Store PHOS misalignment matrixes
389   FillMisalMatrixes(esd) ;
390
391 }
392
393 //____________________________________________________________________________
394 AliTracker* AliPHOSReconstructor::CreateTracker() const
395 {
396   // creates the PHOS tracker
397   return new AliPHOSTracker();
398 }
399
400 //____________________________________________________________________________
401 void  AliPHOSReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
402 {
403   // Converts raw data to
404   // PHOS digits
405   // Works on a single-event basis
406   rawReader->Reset() ; 
407
408   AliPHOSRawFitterv0 * fitter ;
409
410   const TObjArray* maps = AliPHOSRecoParam::GetMappings();
411   if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
412
413   AliAltroMapping *mapping[20];
414   for(Int_t i = 0; i < 20; i++) {
415     mapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
416   }
417
418   if      (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v0")==0) 
419     fitter=new AliPHOSRawFitterv0();
420   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v1")==0) 
421     fitter=new AliPHOSRawFitterv1();
422   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v2")==0) 
423     fitter=new AliPHOSRawFitterv2();
424   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v3")==0) 
425     fitter=new AliPHOSRawFitterv3();
426   else
427     fitter=new AliPHOSRawFitterv4();
428
429   fitter->SubtractPedestals(GetRecoParam()->EMCSubtractPedestals());
430   fitter->SetAmpOffset     (GetRecoParam()->GetGlobalAltroOffset());
431   fitter->SetAmpThreshold  (GetRecoParam()->GetGlobalAltroThreshold());
432
433   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",1);
434   digits->SetName("DIGITS");
435   Int_t bufsize = 32000;
436   digitsTree->Branch("PHOS", &digits, bufsize);
437
438   AliPHOSRawDigiProducer rdp(rawReader,mapping);
439
440   rdp.SetEmcMinAmp(GetRecoParam()->GetEMCRawDigitThreshold()); // in ADC
441   rdp.SetCpvMinAmp(GetRecoParam()->GetCPVMinE());
442   rdp.SetSampleQualityCut(GetRecoParam()->GetEMCSampleQualityCut());
443   rdp.MakeDigits(digits,fTmpDigLG,fitter);
444
445   delete fitter ;
446
447   TClonesArray *tdigits = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",1);
448   tdigits->SetName("TDIGITS");
449   digitsTree->Branch("TPHOS", &tdigits, bufsize);  
450
451   rawReader->Reset();
452   AliPHOSTriggerRawDigiProducer tdp(rawReader);
453   
454   AliPHOSTriggerParameters* parameters = (AliPHOSTriggerParameters*)AliPHOSRecoParam::GetTriggerParameters();
455   
456   tdp.SetTriggerParameters(parameters);
457   tdp.ProcessEvent(tdigits);
458   
459   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() == 1) {
460     Int_t modMax=-111;
461     Int_t colMax=-111;
462     Int_t rowMax=-111;
463     Float_t eMax=-333;
464     //!!!for debug!!!
465     
466     Int_t relId[4];
467     for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
468       AliPHOSDigit* digit = (AliPHOSDigit*)digits->At(iDigit);
469       if(digit->GetEnergy()>eMax) {
470         fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
471         eMax=digit->GetEnergy();
472         modMax=relId[0];
473         rowMax=relId[2];
474         colMax=relId[3];
475       }
476     }
477     
478     AliDebug(1,Form("Digit with max. energy:  modMax %d colMax %d rowMax %d  eMax %f\n\n",
479                     modMax,colMax,rowMax,eMax));
480   }
481   
482   digitsTree->Fill();
483   
484   digits->Delete();
485   delete digits;
486   
487   tdigits->Delete();
488   delete tdigits;
489 }
490 //==================================================================================
491 Float_t AliPHOSReconstructor::Calibrate(Float_t amp, Int_t absId)const{
492   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
493
494   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
495
496   //Determine rel.position of the cell absolute ID
497   Int_t relId[4];
498   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
499   Int_t module=relId[0];
500   Int_t row   =relId[2];
501   Int_t column=relId[3];
502   if(relId[1]){ //CPV
503     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelCpv(module,column,row);
504     return amp*calibration ;
505   }
506   else{ //EMC
507     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);
508     return amp*calibration ;
509   }
510 }
511 //==================================================================================
512 Float_t AliPHOSReconstructor::CalibrateT(Float_t time, Int_t absId)const{
513   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
514
515   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
516
517   //Determine rel.position of the cell absolute ID
518   Int_t relId[4];
519   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
520   Int_t module=relId[0];
521   Int_t row   =relId[2];
522   Int_t column=relId[3];
523   if(relId[1]){ //CPV
524     return 0. ;
525   }
526   else{ //EMC
527     time += fgCalibData->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
528     return time ;
529   }
530 }
531 //==================================================================================
532 void AliPHOSReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
533   //Store PHOS matrixes in ESD Header
534
535   //Check, if matrixes was already stored
536   for(Int_t mod=0 ;mod<5; mod++){
537     if(esd->GetPHOSMatrix(mod)!=0)
538       return ;
539   }
540
541   //Create and store matrixes
542   if(!gGeoManager){
543     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
544     return ;
545   }
546   //Note, that owner of copied marixes will be header
547   char path[255] ;
548   TGeoHMatrix * m ;
549   for(Int_t mod=0; mod<5; mod++){
550     snprintf(path,255,"/ALIC_1/PHOS_%d",mod+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
551     if (gGeoManager->cd(path)){
552       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
553       esd->SetPHOSMatrix(new TGeoHMatrix(*m),mod) ;
554     }
555     else{
556       esd->SetPHOSMatrix(NULL,mod) ;
557     }
558   }
559
560 }
561 //==================================================================================
562 Float_t AliPHOSReconstructor::CorrectNonlinearity(Float_t en){
563
564   //For backward compatibility, if no RecoParameters found
565   if(!GetRecoParam()){
566     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
567   }
568
569   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"NoCorrection")==0){
570     return en ;
571   }
572   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Gustavo2005")==0){
573     const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
574     return par[0]+par[1]*en + par[2]*en*en ;
575   }
576   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Henrik2010")==0){
577      const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
578      return en*(par[0]+par[1]*TMath::Exp(-en*par[2]))*(1.+par[3]*TMath::Exp(-en*par[4]))*(1.+par[6]/(en*en+par[5])) ;
579   }
580   //For backward compatibility
581   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"")==0){
582     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
583   }
584   return en ;
585 }
586
587 void AliPHOSReconstructor::readTRUParameters(AliPHOSTriggerParameters* parameters) const
588 {
589   //Read trigger parameters.
590
591   TString path(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"));
592   path += "/PHOS/macros/Trigger/OCDB/";
593   
594   for (Int_t mod = 2; mod < 5; ++mod) { // module
595     for (Int_t tru = 0; tru < 4; tru++) { // tru row
596       for (Int_t branch = 0; branch < 2; branch++) { // branch
597         
598         // Open the Appropriate pedestal file
599         TString fileName = path;
600         fileName += "pedestal_m";
601         fileName = fileName += mod;
602         fileName+="_r";
603         fileName+=tru;
604         fileName+="_b";
605         fileName+=branch;
606         fileName+=".dat";
607         std::ifstream instream;
608         instream.open(fileName.Data());
609         
610         // Read pedestals from file
611         if( ! instream.is_open() )
612           Printf("E-TRUPedestals: could not open %s", fileName.Data());
613         else
614           {
615             Int_t ped[112];
616             
617             char ch_s[36];
618             char *ch_s_p = ch_s;
619             //Int_t nlines = 0;
620             
621             Int_t t_ped_0 =0;
622             Int_t t_ped_1 =0;
623             Int_t t_ped_2 =0;
624             
625             for(Int_t n=0; n<112; n++)
626               {
627                 instream.getline(ch_s_p,36);
628                 if (ch_s_p[23]<='9' && ch_s_p[23]>='0')
629                   {
630                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'0';
631                   }
632                 else if (ch_s_p[23]>='A' && ch_s_p[23]<='Z')
633                   {
634                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'A'+10;
635                     
636                   }
637                   
638                 if (ch_s_p[22]<='9' && ch_s_p[22]>='0')
639                   {
640                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'0';
641                   }
642                 else if (ch_s_p[22]<='Z' && ch_s_p[22]>='A')
643                   {
644                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'A'+10;
645                   }
646                 
647                 if (ch_s_p[21]<='9' && ch_s_p[21]>='0')
648                   {
649                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'0';
650                   }
651                 else if (ch_s_p[21]<='Z' && ch_s_p[21]>='A')
652                   {
653                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'A'+10;
654                   }
655                 
656                 ped[n]=t_ped_2*256+t_ped_1*16+t_ped_0;
657                 
658                 
659               }
660             for (Int_t xrow = 0; xrow < 8; xrow++){
661               for (Int_t zcol = 0; zcol < 14; zcol++){
662                 Int_t pedestal = ped[zcol*8+xrow];
663                 
664                 if( pedestal < 612 && pedestal > 412 ) // resonable
665                   parameters->SetTRUPedestal(pedestal, mod, tru, branch, xrow, zcol);
666                 else // unresonable
667                   continue;
668               }
669             }
670           } // Ends read of pedestals from branch from file.
671         instream.close();
672       }// end branch
673     }// end tru
674     
675   }// end for mod
676 }
677
678
679
680