a389722d199e18623823d0db2d2062c2789711b2
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSTrigger.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15 /* $Id$ */
16
17 //_________________________________________________________________________  
18 //  Class for trigger analysis.
19 //  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28 
20 //  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible 
21 //  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the 
22 //  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
23 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger 
24 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed. 
25 //  Usage:
26 //
27 //  //Inside the event loop
28 //  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
29 //  tr->SetL0Threshold(100);
30 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
31 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
32 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
33 //  ....
34 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
35 //  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
36 //  
37 //
38 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN) 
39 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
40
41
42 // --- ROOT system ---
43
44 // --- ALIROOT system ---
45 #include "AliPHOS.h"
46 #include "AliPHOSTrigger.h" 
47 #include "AliPHOSGeometry.h"
48 #include "AliPHOSGetter.h" 
49 #include "AliPHOSPulseGenerator.h" 
50 #include "AliTriggerInput.h"
51
52
53 ClassImp(AliPHOSTrigger)
54
55 //______________________________________________________________________
56 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
57   : AliTriggerDetector(),
58     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
59     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
60     fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
61     fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
62     fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),  
63     fL1JetHighPtThreshold(1000),
64     fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4), 
65     fNCrystalsPhi(16),
66     fNCrystalsZ(28),
67     fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1), 
68     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1), 
69     f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch 
70     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),  
71     fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
72 {
73   //ctor
74   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
75   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
76   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
77   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
78
79   SetName("PHOS");
80   CreateInputs();
81   
82   //Print("") ; 
83 }
84
85 //____________________________________________________________________________
86 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) : 
87   AliTriggerDetector(trig),
88   f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
89   f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
90   f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
91   f2x2SM(trig.f2x2SM),
92   fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
93   fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
94   fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
95   fnxnSM(trig.fnxnSM),
96   fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
97   fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
98   fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
99   fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
100   fDigitsList(trig.fDigitsList),
101   fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
102   fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
103   fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold), 
104   fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
105   fNTRU(trig.fNTRU),
106   fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
107   fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
108   fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
109   fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
110   fPatchSize(trig.fPatchSize),
111   fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize), 
112   f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch), 
113   fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch), 
114   f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),  
115   fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres), 
116   fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
117   fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),  
118   fSimulation(trig.fSimulation), 
119   fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
120 {
121   // cpy ctor
122 }
123
124 AliPHOSTrigger::~AliPHOSTrigger() 
125 {
126   // dtor
127   
128   if(fADCValuesHighnxn)delete [] fADCValuesHighnxn;
129   if(fADCValuesLownxn)delete [] fADCValuesLownxn;
130   if(fADCValuesHigh2x2)delete []  fADCValuesHigh2x2;
131   if(fADCValuesLow2x2)delete [] fADCValuesLow2x2;
132   // fDigitsList is now ours...
133 }
134
135 //_________________________________________________________________________
136 AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
137 {
138   Fatal("operator =", "no implemented");
139   return *this;
140 }
141
142 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
143 {
144    // inputs 
145    
146    // Do not create inputs again!!
147    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
148
149    TString name = GetName();
150    
151    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_L0",       name, 0 ) );
152    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1",name, 1 ) );
153    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1",name, 1 ) );
154    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1",name, 1 ) );
155  
156 }
157
158 //____________________________________________________________________________
159 void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom, TClonesArray * ampmatrixtru, TClonesArray * ampmatrixmod, TClonesArray * timeRmatrixtru) const {
160
161   //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals) 
162   //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. 
163   //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of 
164   //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies. 
165
166   //Check data members
167   
168   if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
169     Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
170
171   //Initilize and declare variables
172   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
173   Int_t relid[4] ; 
174   Float_t amp   = -1;
175   Float_t timeR = -1;
176   Int_t id      = -1;
177
178   //List of TRU matrices initialized to 0.
179   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
180     TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
181     TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
182     for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
183       for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
184         amptrus(i,j)   = 0.0;
185         timeRtrus(i,j) = 0.0;
186       }
187     }
188     new((*ampmatrixtru)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
189     new((*timeRmatrixtru)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ; 
190   }
191
192   //List of Modules matrices initialized to 0.
193   Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
194   Int_t nmodz = geom->GetNZ();
195   
196   for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
197     TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
198     for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
199       for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
200         ampmods(i,j)   = 0.0;
201       }
202     }
203     new((*ampmatrixmod)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
204   }
205   
206   AliPHOSDigit * dig ;
207  
208   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
209   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
210     
211     dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
212     amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit 
213     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
214     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
215     geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
216     //Transform digit number into 4 numbers
217     //relid[0] = module
218     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
219     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
220     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
221     
222     if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
223       //############# TRU ###################
224       //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal. 
225       //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
226       //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
227       //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
228       
229       //First calculate the row and column in the supermodule 
230       //of the TRU to which the crystal belongs.
231       Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1; 
232       Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
233  
234       //Calculate label number of the TRU  
235       Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
236
237       //Fill TRU matrix with crystal values
238       TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixtru->At(itru)) ;
239       TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrixtru->At(itru)) ;
240
241       //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
242       Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;     
243       Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
244       
245       (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
246       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
247
248       //####################MODULE MATRIX ##################
249       TMatrixD * ampmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixmod->At(relid[0]-1)) ;
250       (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
251     }
252   }
253 }
254
255 //______________________________________________________________________
256 void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(const Int_t itru,const Int_t iphitru,const Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const 
257 {
258   // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a 
259   // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
260   
261   // Calculate in which row and column in which the TRU are 
262   // ordered in the SM
263   Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
264   Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
265   
266   //Calculate the (eta,phi) index in SM
267   
268   iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
269   ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
270
271 }
272
273 //____________________________________________________________________________
274 Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
275
276   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch, 
277   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch, 
278   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
279   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
280   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
281   //                                                             0                          1                                  2
282   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
283   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
284   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14    
285   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
286                           
287   Bool_t b = kFALSE;
288   Float_t amp = 0;
289  
290  //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
291   Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
292   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
293   Int_t colborder = 0;
294   Int_t rowborder = 0;
295
296   if(fIsolateInModule){
297     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(imod)) ;
298     rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
299     colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
300     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
301   }
302   else{
303     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
304     rowborder = fNCrystalsPhi;
305     colborder = fNCrystalsZ;
306     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
307   }
308
309   //Define patch cells
310   Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
311   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
312   Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
313   Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
314   Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
315   Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
316
317   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
318   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
319   
320   if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
321     AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
322     return kFALSE;
323   }
324
325   //Add amplitudes in all isolation patch
326   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
327     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
328       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
329
330   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
331
332   if(TMath::Nint(amp*1E5) < TMath::Nint(maxamp*1E5)){
333     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
334     return kFALSE;
335   }
336   else
337     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
338   
339   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
340
341   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
342   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
343     f2x2AmpOutOfPatch = amp;   
344     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
345       b=kTRUE;
346   }
347   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
348     fnxnAmpOutOfPatch = amp;   
349     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
350       b=kTRUE;
351   }
352
353   return b;
354
355 }
356
357
358 //____________________________________________________________________________
359 void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
360   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU. 
361   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals, 
362   //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2. 
363  
364   //Declare and initialize varibles
365   Float_t amp2 = 0 ;
366   Float_t ampn = 0 ; 
367   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
368     for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
369       ampmax2(i,j) = -1;
370       ampmaxn(i,j) = -1;
371     }
372   }
373
374   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
375   //used to calculate the nxn sums
376   TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
377   for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
378     for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
379       tru2x2(i,j) = -1.;
380     
381   //Loop over all TRUS in a module
382   for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
383     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
384     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
385     Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
386     
387     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
388     for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){ 
389       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
390         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
391           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
392         //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
393         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
394         //Select 2x2 maximum sums to select L0 
395         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
396           ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
397           ampmax2(1,mtru) = irow;
398           ampmax2(2,mtru) = icol;
399         }
400       }
401     }
402
403     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
404     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
405     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
406     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
407     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
408       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
409         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){       
410           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
411             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
412         }
413       }
414     }
415
416     //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
417     if(fPatchSize > 0){
418       for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){ 
419         for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
420           ampn = 0;
421           if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
422             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
423               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
424                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
425             //Select nxn maximum sums to select L1 
426             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
427               ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
428               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
429               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
430             }
431           }
432         }
433       }
434       
435       //Find most recent time in selected nxn cell
436       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
437       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
438       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
439       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
440         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
441           if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
442             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
443               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
444                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
445             }
446           }
447         }
448       }
449     }
450     else {  
451         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
452         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
453         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
454         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
455       }
456   }
457 }
458
459
460 //____________________________________________________________________________
461 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const 
462 {
463
464   //Prints main parameters
465  
466   if(! opt)
467     return;
468   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
469
470   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ; 
471   printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
472           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ; 
473   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ; 
474   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
475           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ; 
476   if(fPatchSize > 0){
477     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
478     printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
479             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ; 
480     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ; 
481     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
482             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ; 
483   }
484
485   printf( "             Isolate in Module? %d\n",  
486           fIsolateInModule) ;  
487
488   printf( "             Threshold for LO %10.1f\n", 
489           fL0Threshold) ;  
490   
491   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;  
492   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_L0" );
493   if(in->GetValue())
494     printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ; 
495   
496   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
497   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
498   if(in->GetValue())
499     printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
500   
501   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
502   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
503   if(in->GetValue())
504     printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
505   
506   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;  
507   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
508   if(in->GetValue())
509     printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
510   
511 }
512
513 //____________________________________________________________________________
514 void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix, const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)  
515 {
516   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares 
517   //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
518
519   //Initialize variables
520   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
521   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
522   Int_t   mtru2  = -1 ;
523   Int_t   mtrun  = -1 ;
524
525
526   //Find maximum summed amplitude of all the TRU 
527   //in a Module
528   for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
529     if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
530       max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
531       max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
532       max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
533       max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
534       mtru2   = i ; // TRU number in module
535     }
536     if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
537       maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
538       maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
539       maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
540       maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
541       mtrun   = i ; // TRU number in module
542     }
543   }
544   
545   //Set max amplitude if larger than in other Modules
546   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
547   Float_t maxtimeRn = -1 ;
548   // Create a shaper pulse object
549   AliPHOSPulseGenerator pulse ;
550   Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
551  
552   //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
553   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
554     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
555     f2x2SM      = iMod ;
556     maxtimeR2   = max2[3] ;
557     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
558                                               static_cast<Int_t>(max2[1]),
559                                               static_cast<Int_t>(max2[2]),
560                                               f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
561     
562     //Isolated patch?
563     if(fIsolateInModule)
564       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
565     else
566       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
567
568     //Transform digit amplitude in Raw Samples
569     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
570       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
571     }
572     if(!fADCValuesHigh2x2) fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
573
574     
575     pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
576     pulse.SetTZero(maxtimeR2);
577     pulse.MakeSamples();
578     pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
579     
580     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
581     //Set L0
582     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
583       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
584         SetInput("PHOS_L0") ;
585         break;
586       }
587     }
588   }
589
590   //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
591   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
592     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
593     fnxnSM      = iMod ;
594     maxtimeRn   = maxn[3] ;
595     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
596                                               static_cast<Int_t>(maxn[1]),
597                                               static_cast<Int_t>(maxn[2]),
598                                               fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ; 
599     
600     //Isolated patch?
601     if(fIsolateInModule)
602       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
603     else
604       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
605
606     //Transform digit amplitude in Raw Samples
607     if (fADCValuesHighnxn == 0) {
608       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
609       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
610     }
611
612     pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
613     pulse.SetTZero(maxtimeRn);
614     pulse.MakeSamples();
615     pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
616     
617     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
618     //SetL1 Low
619     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
620       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
621         SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
622         break; 
623       }
624     }
625     //SetL1 Medium
626     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
627       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
628         SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
629         break; 
630       }
631     }
632     //SetL1 High
633     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
634       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
635         SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
636         break;
637       }
638     }
639   }
640 }
641
642 //____________________________________________________________________________
643 void AliPHOSTrigger::Trigger() 
644 {
645
646   //Main Method to select triggers.
647
648   AliRunLoader * rl = AliRunLoader::GetRunLoader(); 
649   TString fileName = rl->GetFileName() ; 
650   DoIt(fileName.Data()) ; 
651 }
652
653 //____________________________________________________________________________
654 void AliPHOSTrigger::Trigger(const char * fileName) 
655 {
656
657   //Main Method to select triggers.
658
659   
660   DoIt(fileName) ; 
661 }
662
663 //____________________________________________________________________________
664 void AliPHOSTrigger::DoIt(const char * fileName) 
665 {
666   // does the trigger job
667
668   AliPHOSGetter * gime = AliPHOSGetter::Instance( fileName ) ;
669   
670   // Get PHOS Geometry object
671   AliPHOSGeometry *geom;
672   if (!(geom = AliPHOSGeometry::GetInstance())) 
673         geom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
674    
675   //Define parameters
676   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
677   fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
678   fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
679
680   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
681   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
682   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
683
684   //Take the digits list if simulation
685   if(fSimulation)
686     fDigitsList = gime->Digits() ;
687   
688   if(!fDigitsList)
689     AliFatal("Digits not found !") ;
690   
691   //Fill TRU Matrix  
692   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
693   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
694   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
695   FillTRU(fDigitsList,geom,amptrus, ampmods,timeRtrus) ;
696
697   //Do Crystal Sliding and select Trigger
698   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and 
699   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
700   TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
701   TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
702
703   for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
704
705     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums. 
706     MakeSlidingCell(amptrus, timeRtrus, imod, ampmax2, ampmaxn);
707     //Set the trigger
708     if(fIsolateInModule)
709       SetTriggers(ampmods,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
710     if(!fIsolateInModule)
711       SetTriggers(amptrus,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
712   }
713
714   amptrus->Delete();
715   delete amptrus; amptrus=0;
716   ampmods->Delete();
717   delete ampmods; ampmods=0;
718   timeRtrus->Delete();
719   delete timeRtrus; timeRtrus=0;
720   //Print();
721
722 }