AliPHOSGetter is removed here
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSTrigger.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15 /* $Id$ */
16
17 //_________________________________________________________________________  
18 //  Class for trigger analysis.
19 //  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28 
20 //  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible 
21 //  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the 
22 //  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
23 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger 
24 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed. 
25 //  Usage:
26 //
27 //  //Inside the event loop
28 //  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
29 //  tr->SetL0Threshold(100);
30 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
31 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
32 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
33 //  ....
34 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
35 //  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
36 //  
37 //
38 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN) 
39 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
40
41
42 // --- ROOT system ---
43 #include "TMath.h"
44
45 // --- ALIROOT system ---
46 #include "AliConfig.h"
47 #include "AliPHOS.h"
48 #include "AliPHOSTrigger.h" 
49 #include "AliPHOSGeometry.h"
50 #include "AliPHOSDigit.h" 
51 #include "AliPHOSLoader.h" 
52 #include "AliPHOSPulseGenerator.h" 
53 #include "AliTriggerInput.h"
54
55
56 ClassImp(AliPHOSTrigger)
57
58 //______________________________________________________________________
59 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
60   : AliTriggerDetector(),
61     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
62     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
63     fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
64     fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
65     fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),  
66     fL1JetHighPtThreshold(1000),
67     fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4), 
68     fNCrystalsPhi(16),
69     fNCrystalsZ(28),
70     fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1), 
71     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1), 
72     f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch 
73     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),  
74     fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
75 {
76   //ctor
77   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
78   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
79   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
80   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
81
82   SetName("PHOS");
83   CreateInputs();
84   
85   //Print("") ; 
86 }
87
88 //____________________________________________________________________________
89 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) : 
90   AliTriggerDetector(trig),
91   f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
92   f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
93   f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
94   f2x2SM(trig.f2x2SM),
95   fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
96   fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
97   fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
98   fnxnSM(trig.fnxnSM),
99   fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
100   fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
101   fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
102   fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
103   fDigitsList(trig.fDigitsList),
104   fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
105   fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
106   fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold), 
107   fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
108   fNTRU(trig.fNTRU),
109   fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
110   fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
111   fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
112   fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
113   fPatchSize(trig.fPatchSize),
114   fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize), 
115   f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch), 
116   fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch), 
117   f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),  
118   fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres), 
119   fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
120   fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),  
121   fSimulation(trig.fSimulation), 
122   fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
123 {
124   // cpy ctor
125 }
126
127 //_________________________________________________________________________
128 AliPHOSTrigger::~AliPHOSTrigger() 
129 {
130   // dtor
131   
132   if(fADCValuesHighnxn)delete [] fADCValuesHighnxn;
133   if(fADCValuesLownxn)delete [] fADCValuesLownxn;
134   if(fADCValuesHigh2x2)delete []  fADCValuesHigh2x2;
135   if(fADCValuesLow2x2)delete [] fADCValuesLow2x2;
136   // fDigitsList is now ours...
137 }
138
139 //_________________________________________________________________________
140 AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
141 {
142   Fatal("operator =", "no implemented");
143   return *this;
144 }
145
146 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
147 {
148    // inputs 
149    
150    // Do not create inputs again!!
151    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
152
153    TString name = GetName();
154    
155    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_L0",       name, 0 ) );
156    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1",name, 1 ) );
157    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1",name, 1 ) );
158    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1",name, 1 ) );
159  
160 }
161
162 //____________________________________________________________________________
163 void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom, TClonesArray * ampmatrixtru, TClonesArray * ampmatrixmod, TClonesArray * timeRmatrixtru) const {
164
165   //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals) 
166   //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. 
167   //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of 
168   //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies. 
169
170   //Check data members
171   
172   if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
173     Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
174
175   //Initilize and declare variables
176   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
177   Int_t relid[4] ; 
178   Float_t amp   = -1;
179   Float_t timeR = -1;
180   Int_t id      = -1;
181
182   //List of TRU matrices initialized to 0.
183   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
184     TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
185     TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
186     for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
187       for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
188         amptrus(i,j)   = 0.0;
189         timeRtrus(i,j) = 0.0;
190       }
191     }
192     new((*ampmatrixtru)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
193     new((*timeRmatrixtru)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ; 
194   }
195
196   //List of Modules matrices initialized to 0.
197   Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
198   Int_t nmodz = geom->GetNZ();
199   
200   for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
201     TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
202     for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
203       for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
204         ampmods(i,j)   = 0.0;
205       }
206     }
207     new((*ampmatrixmod)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
208   }
209   
210   AliPHOSDigit * dig ;
211  
212   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
213   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
214     
215     dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
216     amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit 
217     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
218     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
219     geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
220     //Transform digit number into 4 numbers
221     //relid[0] = module
222     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
223     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
224     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
225     
226     if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
227       //############# TRU ###################
228       //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal. 
229       //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
230       //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
231       //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
232       
233       //First calculate the row and column in the supermodule 
234       //of the TRU to which the crystal belongs.
235       Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1; 
236       Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
237  
238       //Calculate label number of the TRU  
239       Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
240
241       //Fill TRU matrix with crystal values
242       TMatrixD * amptrus   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixtru->At(itru)) ;
243       TMatrixD * timeRtrus = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRmatrixtru->At(itru)) ;
244
245       //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
246       Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;     
247       Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
248       
249       (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
250       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
251
252       //####################MODULE MATRIX ##################
253       TMatrixD * ampmods   = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixmod->At(relid[0]-1)) ;
254       (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
255     }
256   }
257 }
258
259 //______________________________________________________________________
260 void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(const Int_t itru,const Int_t iphitru,const Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const 
261 {
262   // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a 
263   // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
264   
265   // Calculate in which row and column in which the TRU are 
266   // ordered in the SM
267   Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
268   Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
269   
270   //Calculate the (eta,phi) index in SM
271   
272   iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
273   ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
274
275 }
276
277 //____________________________________________________________________________
278 Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const TClonesArray * ampmatrixes, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
279
280   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch, 
281   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch, 
282   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
283   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
284   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
285   //                                                             0                          1                                  2
286   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
287   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
288   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14    
289   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
290                           
291   Bool_t b = kFALSE;
292   Float_t amp = 0;
293  
294  //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
295   Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
296   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
297   Int_t colborder = 0;
298   Int_t rowborder = 0;
299
300   if(fIsolateInModule){
301     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(imod)) ;
302     rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
303     colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
304     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
305   }
306   else{
307     ampmatrix = dynamic_cast<TMatrixD *>(ampmatrixes->At(itru)) ;
308     rowborder = fNCrystalsPhi;
309     colborder = fNCrystalsZ;
310     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
311   }
312
313   //Define patch cells
314   Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
315   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
316   Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
317   Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
318   Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
319   Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
320
321   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
322   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
323   
324   if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
325     AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
326     return kFALSE;
327   }
328
329   //Add amplitudes in all isolation patch
330   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
331     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
332       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
333
334   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
335
336   if(TMath::Nint(amp*1E5) < TMath::Nint(maxamp*1E5)){
337     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
338     return kFALSE;
339   }
340   else
341     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
342   
343   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
344
345   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
346   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
347     f2x2AmpOutOfPatch = amp;   
348     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
349       b=kTRUE;
350   }
351   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
352     fnxnAmpOutOfPatch = amp;   
353     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
354       b=kTRUE;
355   }
356
357   return b;
358
359 }
360
361
362 //____________________________________________________________________________
363 void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const TClonesArray * amptrus, const TClonesArray * timeRtrus, const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn){
364   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU. 
365   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals, 
366   //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2. 
367  
368   //Declare and initialize varibles
369   Float_t amp2 = 0 ;
370   Float_t ampn = 0 ; 
371   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
372     for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
373       ampmax2(i,j) = -1;
374       ampmaxn(i,j) = -1;
375     }
376   }
377
378   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
379   //used to calculate the nxn sums
380   TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
381   for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
382     for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
383       tru2x2(i,j) = -1.;
384     
385   //Loop over all TRUS in a module
386   for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
387     TMatrixD * amptru   = dynamic_cast<TMatrixD *>(amptrus->At(itru)) ;
388     TMatrixD * timeRtru = dynamic_cast<TMatrixD *>(timeRtrus->At(itru)) ;
389     Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
390     
391     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
392     for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){ 
393       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
394         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
395           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
396         //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
397         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
398         //Select 2x2 maximum sums to select L0 
399         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
400           ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
401           ampmax2(1,mtru) = irow;
402           ampmax2(2,mtru) = icol;
403         }
404       }
405     }
406
407     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
408     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
409     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
410     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
411     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
412       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
413         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){       
414           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
415             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
416         }
417       }
418     }
419
420     //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
421     if(fPatchSize > 0){
422       for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){ 
423         for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
424           ampn = 0;
425           if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
426             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
427               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
428                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
429             //Select nxn maximum sums to select L1 
430             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
431               ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
432               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
433               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
434             }
435           }
436         }
437       }
438       
439       //Find most recent time in selected nxn cell
440       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
441       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
442       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
443       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
444         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
445           if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
446             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
447               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
448                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
449             }
450           }
451         }
452       }
453     }
454     else {  
455         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
456         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
457         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
458         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
459       }
460   }
461 }
462
463
464 //____________________________________________________________________________
465 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const 
466 {
467
468   //Prints main parameters
469  
470   if(! opt)
471     return;
472   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
473
474   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ; 
475   printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
476           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ; 
477   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ; 
478   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
479           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ; 
480   if(fPatchSize > 0){
481     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
482     printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
483             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ; 
484     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ; 
485     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
486             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ; 
487   }
488
489   printf( "             Isolate in Module? %d\n",  
490           fIsolateInModule) ;  
491
492   printf( "             Threshold for LO %10.1f\n", 
493           fL0Threshold) ;  
494   
495   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;  
496   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_L0" );
497   if(in->GetValue())
498     printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ; 
499   
500   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
501   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
502   if(in->GetValue())
503     printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
504   
505   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
506   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
507   if(in->GetValue())
508     printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
509   
510   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;  
511   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
512   if(in->GetValue())
513     printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
514   
515 }
516
517 //____________________________________________________________________________
518 void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const TClonesArray * ampmatrix, const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)  
519 {
520   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares 
521   //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
522
523   //Initialize variables
524   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
525   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
526   Int_t   mtru2  = -1 ;
527   Int_t   mtrun  = -1 ;
528
529
530   //Find maximum summed amplitude of all the TRU 
531   //in a Module
532   for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
533     if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
534       max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
535       max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
536       max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
537       max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
538       mtru2   = i ; // TRU number in module
539     }
540     if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
541       maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
542       maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
543       maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
544       maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
545       mtrun   = i ; // TRU number in module
546     }
547   }
548   
549   //Set max amplitude if larger than in other Modules
550   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
551   Float_t maxtimeRn = -1 ;
552   // Create a shaper pulse object
553   AliPHOSPulseGenerator pulse ;
554   Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
555  
556   //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
557   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
558     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
559     f2x2SM      = iMod ;
560     maxtimeR2   = max2[3] ;
561     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
562                                               static_cast<Int_t>(max2[1]),
563                                               static_cast<Int_t>(max2[2]),
564                                               f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
565     
566     //Isolated patch?
567     if(fIsolateInModule)
568       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
569     else
570       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, ampmatrix, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
571
572     //Transform digit amplitude in Raw Samples
573     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
574       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
575     }
576     if(!fADCValuesHigh2x2) fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
577
578     
579     pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
580     pulse.SetTZero(maxtimeR2);
581     pulse.MakeSamples();
582     pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
583     
584     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
585     //Set L0
586     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
587       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
588         SetInput("PHOS_L0") ;
589         break;
590       }
591     }
592   }
593
594   //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
595   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
596     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
597     fnxnSM      = iMod ;
598     maxtimeRn   = maxn[3] ;
599     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
600                                               static_cast<Int_t>(maxn[1]),
601                                               static_cast<Int_t>(maxn[2]),
602                                               fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ; 
603     
604     //Isolated patch?
605     if(fIsolateInModule)
606       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
607     else
608       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, ampmatrix, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
609
610     //Transform digit amplitude in Raw Samples
611     if (fADCValuesHighnxn == 0) {
612       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
613       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
614     }
615
616     pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
617     pulse.SetTZero(maxtimeRn);
618     pulse.MakeSamples();
619     pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
620     
621     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
622     //SetL1 Low
623     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
624       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
625         SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
626         break; 
627       }
628     }
629     //SetL1 Medium
630     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
631       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
632         SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
633         break; 
634       }
635     }
636     //SetL1 High
637     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
638       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
639         SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
640         break;
641       }
642     }
643   }
644 }
645
646 //____________________________________________________________________________
647 void AliPHOSTrigger::Trigger(TClonesArray *digits) 
648 {
649   //Main Method to select triggers.
650
651   fDigitsList = digits;
652   DoIt() ; 
653 }
654
655 //____________________________________________________________________________
656 void AliPHOSTrigger::DoIt()
657 {
658   // does the trigger job
659
660   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::GetRunLoader() ;
661   AliPHOSLoader * phosLoader = dynamic_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
662   
663   // Get PHOS Geometry object
664   AliPHOSGeometry *geom;
665   if (!(geom = AliPHOSGeometry::GetInstance())) 
666         geom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
667    
668   //Define parameters
669   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
670   fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
671   fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
672
673   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
674   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
675   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
676
677   //Take the digits list if simulation
678   if(fSimulation)
679     fDigitsList = phosLoader->Digits() ;
680   
681   if(!fDigitsList)
682     AliFatal("Digits not found !") ;
683   
684   //Fill TRU Matrix  
685   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
686   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
687   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
688   FillTRU(fDigitsList,geom,amptrus, ampmods,timeRtrus) ;
689
690   //Do Crystal Sliding and select Trigger
691   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and 
692   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
693   TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
694   TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
695
696   for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
697
698     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums. 
699     MakeSlidingCell(amptrus, timeRtrus, imod, ampmax2, ampmaxn);
700     //Set the trigger
701     if(fIsolateInModule)
702       SetTriggers(ampmods,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
703     else
704       SetTriggers(amptrus,imod,ampmax2,ampmaxn) ;
705   }
706
707   amptrus->Delete();
708   delete amptrus; amptrus=0;
709   ampmods->Delete();
710   delete ampmods; ampmods=0;
711   timeRtrus->Delete();
712   delete timeRtrus; timeRtrus=0;
713   //Print();
714
715 }