Introduction of decalibration in the simulations with anchor runs and raw:// OCDB.
[u/mrichter/AliRoot.git] / PHOS / AliPHOSTrigger.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15 /* $Id$ */
16
17 //_________________________________________________________________________  
18 //  Class for trigger analysis.
19 //  Digits are grouped in TRU's (Trigger Units). A TRU consist of 16x28 
20 //  crystals ordered fNTRUPhi x fNTRUZ. The algorithm searches all possible 
21 //  2x2 and nxn (n multiple of 2) crystal combinations per each TRU, adding the 
22 //  digits amplitude and  finding the maximum. If found, look if it is isolated.
23 //  Maxima are transformed in ADC time samples. Each time bin is compared to the trigger 
24 //  threshold until it is larger and then, triggers are set. Thresholds need to be fixed. 
25 //  Usage:
26 //
27 //  //Inside the event loop
28 //  AliPHOSTrigger *tr = new AliPHOSTrigger();//Init Trigger
29 //  tr->SetL0Threshold(100);
30 //  tr->SetL1JetLowPtThreshold(1000);
31 //  tr->SetL1JetMediumPtThreshold(10000);
32 //  tr->SetL1JetHighPtThreshold(20000);
33 //  ....
34 //  tr->Trigger(); //Execute Trigger
35 //  tr->Print(""); //Print data members after calculation.
36 //  
37 //
38 //*-- Author: Gustavo Conesa & Yves Schutz (IFIC, CERN) 
39 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
40
41
42 // --- ROOT system ---
43 #include "TMath.h"
44
45 // --- ALIROOT system ---
46 #include "AliConfig.h"
47 #include "AliPHOS.h"
48 #include "AliPHOSTrigger.h" 
49 #include "AliPHOSGeometry.h"
50 #include "AliPHOSDigit.h" 
51 #include "AliPHOSLoader.h" 
52 #include "AliPHOSPulseGenerator.h" 
53 #include "AliTriggerInput.h"
54
55
56 ClassImp(AliPHOSTrigger)
57
58 //______________________________________________________________________
59 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger()
60   : AliTriggerDetector(),
61     f2x2MaxAmp(-1), f2x2CrystalPhi(-1),  f2x2CrystalEta(-1), f2x2SM(0),
62     fnxnMaxAmp(-1), fnxnCrystalPhi(-1),  fnxnCrystalEta(-1), fnxnSM(0),
63     fADCValuesHighnxn(0), fADCValuesLownxn(0),
64     fADCValuesHigh2x2(0), fADCValuesLow2x2(0), fDigitsList(0),
65     fAmptrus(0), fAmpmods(0), fTimeRtrus(0),
66     fL0Threshold(50), fL1JetLowPtThreshold(200),   fL1JetMediumPtThreshold(500),  
67     fL1JetHighPtThreshold(1000),
68     fNTRU(8), fNTRUZ(2), fNTRUPhi(4), 
69     fNCrystalsPhi(16),
70     fNCrystalsZ(28),
71     fPatchSize(1), fIsolPatchSize(1), 
72     f2x2AmpOutOfPatch(-1), fnxnAmpOutOfPatch(-1), 
73     f2x2AmpOutOfPatchThres(2),  fnxnAmpOutOfPatchThres(2), //2 GeV out of patch 
74     fIs2x2Isol(kFALSE), fIsnxnIsol(kFALSE),  
75     fSimulation(kTRUE), fIsolateInModule(kTRUE)
76 {
77   //ctor
78   fADCValuesHighnxn = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
79   fADCValuesLownxn  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
80   fADCValuesHigh2x2 = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
81   fADCValuesLow2x2  = 0x0; //new Int_t[fTimeBins];
82
83   SetName("PHOS");
84   CreateInputs();
85   
86   fAmptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
87   fAmpmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
88   fTimeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
89 }
90
91 //____________________________________________________________________________
92 AliPHOSTrigger::AliPHOSTrigger(const AliPHOSTrigger & trig) : 
93   AliTriggerDetector(trig),
94   f2x2MaxAmp(trig.f2x2MaxAmp),
95   f2x2CrystalPhi(trig.f2x2CrystalPhi),
96   f2x2CrystalEta(trig.f2x2CrystalEta),
97   f2x2SM(trig.f2x2SM),
98   fnxnMaxAmp(trig.fnxnMaxAmp),
99   fnxnCrystalPhi(trig.fnxnCrystalPhi),
100   fnxnCrystalEta(trig.fnxnCrystalEta),
101   fnxnSM(trig.fnxnSM),
102   fADCValuesHighnxn(trig.fADCValuesHighnxn),
103   fADCValuesLownxn(trig.fADCValuesLownxn),
104   fADCValuesHigh2x2(trig.fADCValuesHigh2x2),
105   fADCValuesLow2x2(trig.fADCValuesLow2x2),
106   fDigitsList(trig.fDigitsList),
107   fAmptrus(trig.fAmptrus), fAmpmods(trig.fAmpmods), fTimeRtrus(trig.fTimeRtrus),
108   fL0Threshold(trig.fL0Threshold),
109   fL1JetLowPtThreshold(trig.fL1JetLowPtThreshold),
110   fL1JetMediumPtThreshold(trig.fL1JetMediumPtThreshold), 
111   fL1JetHighPtThreshold(trig.fL1JetHighPtThreshold),
112   fNTRU(trig.fNTRU),
113   fNTRUZ(trig.fNTRUZ),
114   fNTRUPhi(trig.fNTRUPhi),
115   fNCrystalsPhi(trig.fNCrystalsPhi),
116   fNCrystalsZ(trig. fNCrystalsZ),
117   fPatchSize(trig.fPatchSize),
118   fIsolPatchSize(trig.fIsolPatchSize), 
119   f2x2AmpOutOfPatch(trig.f2x2AmpOutOfPatch), 
120   fnxnAmpOutOfPatch(trig.fnxnAmpOutOfPatch), 
121   f2x2AmpOutOfPatchThres(trig.f2x2AmpOutOfPatchThres),  
122   fnxnAmpOutOfPatchThres(trig.fnxnAmpOutOfPatchThres), 
123   fIs2x2Isol(trig.fIs2x2Isol),
124   fIsnxnIsol(trig.fIsnxnIsol),  
125   fSimulation(trig.fSimulation), 
126   fIsolateInModule(trig.fIsolateInModule)
127 {
128   // cpy ctor
129 }
130
131 //_________________________________________________________________________
132 AliPHOSTrigger::~AliPHOSTrigger() 
133 {
134   // dtor
135   
136   if(fADCValuesHighnxn)delete [] fADCValuesHighnxn;
137   if(fADCValuesLownxn)delete [] fADCValuesLownxn;
138   if(fADCValuesHigh2x2)delete []  fADCValuesHigh2x2;
139   if(fADCValuesLow2x2)delete [] fADCValuesLow2x2;
140   // fDigitsList is now ours...
141   if(fAmptrus)   { fAmptrus->Delete()  ; delete fAmptrus  ; }
142   if(fAmpmods)   { fAmpmods->Delete()  ; delete fAmpmods  ; }
143   if(fTimeRtrus) { fTimeRtrus->Delete(); delete fTimeRtrus; }
144 }
145
146 //_________________________________________________________________________
147 AliPHOSTrigger & AliPHOSTrigger::operator = (const AliPHOSTrigger &)
148 {
149   Fatal("operator =", "no implemented");
150   return *this;
151 }
152
153 void AliPHOSTrigger::CreateInputs()
154 {
155    // inputs 
156    
157    // Do not create inputs again!!
158    if( fInputs.GetEntriesFast() > 0 ) return;
159
160    TString name = GetName();
161    
162    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "0PH0",       name, 0 ) );
163    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetHPt_L1",name, 1 ) );
164    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetMPt_L1",name, 1 ) );
165    fInputs.AddLast( new AliTriggerInput( "PHOS_JetLPt_L1",name, 1 ) );
166  
167 }
168
169 //____________________________________________________________________________
170 void AliPHOSTrigger::FillTRU(const TClonesArray * digits, const AliPHOSGeometry * geom) const {
171
172   //Orders digits ampitudes list and times in fNTRU TRUs (28x16 crystals) 
173   //per module. Each TRU is a TMatrixD, and they are kept in TClonesArrays. 
174   //In a module, the number of TRU in phi is fNTRUPhi, and the number of 
175   //TRU in eta is fNTRUZ. Also fill a matrix with all amplitudes in module for isolation studies. 
176
177   //Check data members
178   
179   if(fNTRUZ*fNTRUPhi != fNTRU)
180     Error("FillTRU"," Wrong number of TRUS per Z or Phi");
181
182   //Initilize and declare variables
183   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
184   Int_t relid[4] ; 
185   Float_t amp   = -1;
186   Float_t timeR = -1;
187   Int_t id      = -1;
188
189   //List of TRU matrices initialized to 0.
190   for(Int_t k = 0; k < fNTRU*nModules ; k++){
191     TMatrixD   amptrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
192     TMatrixD   timeRtrus(fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ) ;
193     for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi; i++){
194       for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ; j++){
195         amptrus(i,j)   = 0.0;
196         timeRtrus(i,j) = 0.0;
197       }
198     }
199     new((*fAmptrus)[k])   TMatrixD(amptrus) ;
200     new((*fTimeRtrus)[k]) TMatrixD(timeRtrus) ; 
201   }
202
203   //List of Modules matrices initialized to 0.
204   Int_t nmodphi = geom->GetNPhi();
205   Int_t nmodz = geom->GetNZ();
206   
207   for(Int_t k = 0; k < nModules ; k++){
208     TMatrixD  ampmods(nmodphi,nmodz) ;
209     for(Int_t i = 0; i < nmodphi; i++){
210       for(Int_t j = 0; j < nmodz; j++){
211         ampmods(i,j)   = 0.0;
212       }
213     }
214     new((*fAmpmods)[k])   TMatrixD(ampmods) ;
215   }
216   
217   AliPHOSDigit * dig ;
218  
219   //Digits loop to fill TRU matrices with amplitudes.
220   for(Int_t idig = 0 ; idig < digits->GetEntriesFast() ; idig++){
221     
222     dig    = static_cast<AliPHOSDigit *>(digits->At(idig)) ;
223     amp    = dig->GetEnergy() ;   // Energy of the digit 
224     id     = dig->GetId() ;    // Id label of the cell
225     timeR  = dig->GetTimeR() ; // Earliest time of the digit
226     geom->AbsToRelNumbering(id, relid) ;
227     //Transform digit number into 4 numbers
228     //relid[0] = module
229     //relid[1] = EMC (0) or CPV (-1)
230     //relid[2] = row <= 64 (fNPhi)
231     //relid[3] = column <= 56 (fNZ)
232     
233     if(relid[1] == 0){//Not CPV, Only EMC digits
234       //############# TRU ###################
235       //Check to which TRU in the supermodule belongs the crystal. 
236       //Supermodules are divided in a TRU matrix of dimension 
237       //(fNTRUPhi,fNTRUZ).
238       //Each TRU is a crystal matrix of dimension (fNCrystalsPhi,fNCrystalsZ)
239       
240       //First calculate the row and column in the supermodule 
241       //of the TRU to which the crystal belongs.
242       Int_t col   = (relid[3]-1)/fNCrystalsZ+1; 
243       Int_t row   = (relid[2]-1)/fNCrystalsPhi+1;
244  
245       //Calculate label number of the TRU  
246       Int_t itru  = (row-1) + (col-1)*fNTRUPhi + (relid[0]-1)*fNTRU ;
247
248       //Fill TRU matrix with crystal values
249       TMatrixD * amptrus   = static_cast<TMatrixD *>(fAmptrus  ->At(itru)) ;
250       TMatrixD * timeRtrus = static_cast<TMatrixD *>(fTimeRtrus->At(itru)) ;
251
252       //Calculate row and column of the crystal inside the TRU with number itru
253       Int_t irow = (relid[2]-1) - (row-1) *  fNCrystalsPhi;     
254       Int_t icol = (relid[3]-1) - (col-1) *  fNCrystalsZ;
255       
256       (*amptrus)(irow,icol)   = amp ;
257       (*timeRtrus)(irow,icol) = timeR ;
258
259       //####################MODULE MATRIX ##################
260       TMatrixD * ampmods   = static_cast<TMatrixD *>(fAmpmods->At(relid[0]-1)) ;
261       (*ampmods)(relid[2]-1,relid[3]-1)   = amp ;
262     }
263   }
264 }
265
266 //______________________________________________________________________
267 void AliPHOSTrigger::GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(Int_t itru, Int_t iphitru, Int_t ietatru,Int_t &iphiMod,Int_t &ietaMod) const 
268 {
269   // This method transforms the (eta,phi) index of a crystals in a 
270   // TRU matrix into Super Module (eta,phi) index.
271   
272   // Calculate in which row and column in which the TRU are 
273   // ordered in the SM
274   Int_t col = itru/ fNTRUPhi + 1;
275   Int_t row = itru - (col-1)*fNTRUPhi + 1;
276   
277   //Calculate the (eta,phi) index in SM
278   
279   iphiMod = fNCrystalsPhi*(row-1) + iphitru + 1 ;
280   ietaMod = fNCrystalsZ*(col-1)   + ietatru + 1 ;
281
282 }
283
284 //____________________________________________________________________________
285 Bool_t AliPHOSTrigger::IsPatchIsolated(Int_t iPatchType, const Int_t imod, const Int_t mtru, const Float_t maxamp, const Int_t maxphi, const Int_t maxeta) {
286
287   //Calculate if the maximum patch found is isolated, find amplitude around maximum (2x2 or nxn) patch, 
288   //inside isolation patch . iPatchType = 0 means calculation for 2x2 patch, 
289   //iPatchType = 1 means calculation for nxn patch.
290   //In the next table there is an example of the different options of patch size and isolation patch size:
291   //                                                                                 Patch Size (fPatchSize)
292   //                                                             0                          1                                  2
293   //          fIsolPatchSize                 2x2 (not overlap)   4x4 (overlapped)        6x6(overlapped) ...
294   //                   1                                       4x4                      8x8                              10x10
295   //                   2                                       6x6                     12x12                           14x14    
296   //                   3                                       8x8                     16x16                           18x18
297                           
298   Bool_t b = kFALSE;
299   Float_t amp = 0;
300  
301  //Get matrix of TRU or Module with maximum amplitude patch.
302   Int_t itru = mtru+imod*fNTRU ; //number of tru, min 0 max 8*5.
303   TMatrixD * ampmatrix   = 0x0;
304   Int_t colborder = 0;
305   Int_t rowborder = 0;
306
307   if(fIsolateInModule){
308     ampmatrix = static_cast<TMatrixD *>(fAmpmods->At(imod)) ;
309     rowborder = fNCrystalsPhi*fNTRUPhi;
310     colborder = fNCrystalsZ*fNTRUZ;
311     AliDebug(2,"Isolate trigger in Module");
312   }
313   else{
314     ampmatrix = static_cast<TMatrixD *>(fAmptrus->At(itru)) ;
315     rowborder = fNCrystalsPhi;
316     colborder = fNCrystalsZ;
317     AliDebug(2,"Isolate trigger in TRU");
318   }
319
320   //Define patch cells
321   Int_t isolcells = fIsolPatchSize*(1+iPatchType);
322   Int_t ipatchcells = 2*(1+fPatchSize*iPatchType);
323   Int_t minrow =  maxphi - isolcells;
324   Int_t mincol =  maxeta - isolcells;
325   Int_t maxrow =  maxphi + isolcells + ipatchcells;
326   Int_t maxcol = maxeta +  isolcells + ipatchcells;
327
328   AliDebug(2,Form("Number of added Isol Cells %d, Patch Size %d",isolcells, ipatchcells));
329   AliDebug(2,Form("Patch: minrow %d, maxrow %d, mincol %d, maxcol %d",minrow,maxrow,mincol,maxcol));
330   
331   if(minrow < 0 || mincol < 0 || maxrow > rowborder || maxcol > colborder){
332     AliDebug(1,Form("Out of Module/TRU range, cannot isolate patch"));
333     return kFALSE;
334   }
335
336   //Add amplitudes in all isolation patch
337   for(Int_t irow = minrow ; irow <  maxrow; irow ++)
338     for(Int_t icol = mincol ; icol < maxcol ; icol ++)
339       amp += (*ampmatrix)(irow,icol);
340
341   AliDebug(2,Form("Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
342
343   if(amp < maxamp){
344     AliError(Form("Bad sum: Type %d, Maximum amplitude %f, patch+isol square %f",iPatchType, maxamp, amp));
345     return kFALSE;
346   }
347   else
348     amp-=maxamp; //Calculate energy in isolation patch that do not comes from maximum patch.
349   
350   AliDebug(2, Form("Maximum amplitude %f, Out of patch %f",maxamp, amp));
351
352   //Fill isolation amplitude data member and say if patch is isolated.
353   if(iPatchType == 0){ //2x2 case
354     f2x2AmpOutOfPatch = amp;   
355     if(amp < f2x2AmpOutOfPatchThres)
356       b=kTRUE;
357   }
358   else  if(iPatchType == 1){ //nxn case
359     fnxnAmpOutOfPatch = amp;   
360     if(amp < fnxnAmpOutOfPatchThres)
361       b=kTRUE;
362   }
363
364   return b;
365
366 }
367
368
369 //____________________________________________________________________________
370 void AliPHOSTrigger::MakeSlidingCell(const Int_t imod, TMatrixD &ampmax2, TMatrixD &ampmaxn)
371 {
372   //Sums energy of all possible 2x2 (L0) and nxn (L1) crystals per each TRU. 
373   //Fast signal in the experiment is given by 2x2 crystals, 
374   //for this reason we loop inside the TRU crystals by 2. 
375  
376   //Declare and initialize varibles
377   Float_t amp2 = 0 ;
378   Float_t ampn = 0 ; 
379   for(Int_t i = 0; i < 4; i++){
380     for(Int_t j = 0; j < fNTRU; j++){
381       ampmax2(i,j) = -1;
382       ampmaxn(i,j) = -1;
383     }
384   }
385
386   //Create matrix that will contain 2x2 amplitude sums
387   //used to calculate the nxn sums
388   TMatrixD  tru2x2(fNCrystalsPhi/2,fNCrystalsZ/2) ;
389   for(Int_t i = 0; i < fNCrystalsPhi/2; i++)
390     for(Int_t j = 0; j < fNCrystalsZ/2; j++)
391       tru2x2(i,j) = -1.;
392     
393   //Loop over all TRUS in a module
394   for(Int_t itru = 0 + imod  * fNTRU ; itru < (imod+1)*fNTRU ; itru++){
395     TMatrixD * amptru   = static_cast<TMatrixD *>(fAmptrus  ->At(itru)) ;
396     TMatrixD * timeRtru = static_cast<TMatrixD *>(fTimeRtrus->At(itru)) ;
397     Int_t mtru = itru-imod*fNTRU ; //Number of TRU in Module
398     
399     //Sliding 2x2, add 2x2 amplitudes (NOT OVERLAP)
400     for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi; irow += 2){ 
401       for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ ; icol += 2){
402         amp2 = (*amptru)(irow,icol)+(*amptru)(irow+1,icol)+
403           (*amptru)(irow,icol+1)+(*amptru)(irow+1,icol+1);
404         //Fill new matrix with added 2x2 crystals for use in nxn sums
405         tru2x2(irow/2,icol/2) = amp2 ;
406         //Select 2x2 maximum sums to select L0 
407         if(amp2 > ampmax2(0,mtru)){
408           ampmax2(0,mtru) = amp2 ; 
409           ampmax2(1,mtru) = irow;
410           ampmax2(2,mtru) = icol;
411         }
412       }
413     }
414
415     //Find most recent time in the selected 2x2 cell
416     ampmax2(3,mtru) = 1 ;
417     Int_t row2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(1,mtru));
418     Int_t col2 =  static_cast <Int_t> (ampmax2(2,mtru));
419     for(Int_t i = 0; i<2; i++){
420       for(Int_t j = 0; j<2; j++){
421         if((*amptru)(row2+i,col2+j) > 0 &&  (*timeRtru)(row2+i,col2+j)> 0){       
422           if((*timeRtru)(row2+i,col2+j) <  ampmax2(3,mtru)  )
423             ampmax2(3,mtru) =  (*timeRtru)(row2+i,col2+j);
424         }
425       }
426     }
427
428     //Sliding nxn, add nxn amplitudes (OVERLAP)
429     if(fPatchSize > 0){
430       for(Int_t irow = 0 ; irow <  fNCrystalsPhi/2; irow++){ 
431         for(Int_t icol = 0 ; icol < fNCrystalsZ/2 ; icol++){
432           ampn = 0;
433           if( (irow+fPatchSize) < fNCrystalsPhi/2 && (icol+fPatchSize) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
434             for(Int_t i = 0 ; i <= fPatchSize ; i++)
435               for(Int_t j = 0 ; j <= fPatchSize ; j++)
436                 ampn += tru2x2(irow+i,icol+j);
437             //Select nxn maximum sums to select L1 
438             if(ampn > ampmaxn(0,mtru)){
439               ampmaxn(0,mtru) = ampn ; 
440               ampmaxn(1,mtru) = irow*2;
441               ampmaxn(2,mtru) = icol*2;
442             }
443           }
444         }
445       }
446       
447       //Find most recent time in selected nxn cell
448       ampmaxn(3,mtru) = 1 ;
449       Int_t rown =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(1,mtru));
450       Int_t coln =  static_cast <Int_t> (ampmaxn(2,mtru));
451       for(Int_t i = 0; i<4*fPatchSize; i++){
452         for(Int_t j = 0; j<4*fPatchSize; j++){
453           if( (rown+i) < fNCrystalsPhi && (coln+j) < fNCrystalsZ/2){//Avoid exit the TRU
454             if((*amptru)(rown+i,coln+j) > 0 &&  (*timeRtru)(rown+i,coln+j)> 0){
455               if((*timeRtru)(rown+i,coln+j) <  ampmaxn(3,mtru)  )
456                 ampmaxn(3,mtru) =  (*timeRtru)(rown+i,coln+j);
457             }
458           }
459         }
460       }
461     }
462     else {  
463         ampmaxn(0,mtru) =  ampmax2(0,mtru); 
464         ampmaxn(1,mtru) =  ampmax2(1,mtru);
465         ampmaxn(2,mtru) =  ampmax2(2,mtru);
466         ampmaxn(3,mtru) =  ampmax2(3,mtru);
467       }
468   }
469 }
470
471
472 //____________________________________________________________________________
473 void AliPHOSTrigger::Print(const Option_t * opt) const 
474 {
475
476   //Prints main parameters
477  
478   if(! opt)
479     return;
480   AliTriggerInput* in = 0x0 ;
481
482   printf( "             Maximum Amplitude after Sliding Crystal, \n") ; 
483   printf( "               -2x2 crystals sum (not overlapped): %10.2f, in Super Module %d\n",
484           f2x2MaxAmp,f2x2SM) ; 
485   printf( "               -2x2 from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", f2x2CrystalPhi, f2x2CrystalPhi+2, f2x2CrystalEta, f2x2CrystalEta+2) ; 
486   printf( "               -2x2 Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of 2x2 patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
487           2*fIsolPatchSize+2, 2*fIsolPatchSize+2,  f2x2AmpOutOfPatch,  f2x2AmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIs2x2Isol)) ; 
488   if(fPatchSize > 0){
489     printf( "             Patch Size, n x n: %d x %d cells\n",2*(fPatchSize+1), 2*(fPatchSize+1));
490     printf( "               -nxn crystals sum (overlapped)    : %10.2f, in Super Module %d\n",
491             fnxnMaxAmp,fnxnSM) ; 
492     printf( "               -nxn from row %d to row %d and from column %d to column %d\n", fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalPhi+4*fPatchSize, fnxnCrystalEta, fnxnCrystalEta+4*fPatchSize) ; 
493     printf( "               -nxn Isolation Patch %d x %d, Amplitude out of nxn patch is %f, threshold %f, Isolated? %d \n", 
494             4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1),4*fIsolPatchSize+2*(fPatchSize+1) ,  fnxnAmpOutOfPatch,  fnxnAmpOutOfPatchThres,static_cast<Int_t> (fIsnxnIsol) ) ; 
495   }
496
497   printf( "             Isolate in Module? %d\n",  
498           fIsolateInModule) ;  
499
500   printf( "             Threshold for LO %10.1f\n", 
501           fL0Threshold) ;  
502   
503   printf( "             Threshold for LO %10.2f\n", fL0Threshold) ;  
504   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "0PH0" );
505   if(in->GetValue())
506     printf( "             *** PHOS LO is set ***\n") ; 
507   
508   printf( "             Jet Low Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetLowPtThreshold) ;
509   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetLPt_L1" );
510   if(in->GetValue())
511     printf( "             *** PHOS Jet Low Pt for L1 is set ***\n") ;
512   
513   printf( "             Jet Medium Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetMediumPtThreshold) ;
514   in = (AliTriggerInput*)fInputs.FindObject( "PHOS_JetMPt_L1" );
515   if(in->GetValue())
516     printf( "             *** PHOS Jet Medium Pt for L1 is set ***\n") ;
517   
518   printf( "             Jet High Pt Threshold for L1 %10.2f\n", fL1JetHighPtThreshold) ;  
519   in = (AliTriggerInput*) fInputs.FindObject( "PHOS_JetHPt_L1" );
520   if(in->GetValue())
521     printf( "              *** PHOS Jet High Pt for L1 is set ***\n") ;
522   
523 }
524
525 //____________________________________________________________________________
526 void AliPHOSTrigger::SetTriggers(const Int_t iMod, const TMatrixD & ampmax2, const TMatrixD & ampmaxn)  
527 {
528   //Checks the 2x2 and nxn maximum amplitude per each TRU and compares 
529   //with the different L0 and L1 triggers thresholds. It finds if maximum amplitudes are isolated.
530
531   //Initialize variables
532   Float_t max2[] = {-1,-1,-1,-1} ;
533   Float_t maxn[] = {-1,-1,-1,-1} ;
534   Int_t   mtru2  = -1 ;
535   Int_t   mtrun  = -1 ;
536
537
538   //Find maximum summed amplitude of all the TRU 
539   //in a Module
540   for(Int_t i = 0 ; i < fNTRU ; i++){
541     if(max2[0] < ampmax2(0,i) ){
542       max2[0] =  ampmax2(0,i) ; // 2x2 summed max amplitude
543       max2[1] =  ampmax2(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
544       max2[2] =  ampmax2(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
545       max2[3] =  ampmax2(3,i) ; // corresponding most recent time
546       mtru2   = i ; // TRU number in module
547     }
548     if(maxn[0] < ampmaxn(0,i) ){
549       maxn[0] =  ampmaxn(0,i) ; // nxn summed max amplitude
550       maxn[1] =  ampmaxn(1,i) ; // corresponding phi position in TRU
551       maxn[2] =  ampmaxn(2,i) ; // corresponding eta position in TRU
552       maxn[3] =  ampmaxn(3,i) ; // corresponding most recent time
553       mtrun   = i ; // TRU number in module
554     }
555   }
556   
557   //Set max amplitude if larger than in other Modules
558   Float_t maxtimeR2 = -1 ;
559   Float_t maxtimeRn = -1 ;
560   // Create a shaper pulse object
561   AliPHOSPulseGenerator pulse ;
562   Int_t nTimeBins = pulse.GetRawFormatTimeBins() ;
563  
564   //Set max 2x2 amplitude and select L0 trigger
565   if(max2[0] > f2x2MaxAmp ){
566     f2x2MaxAmp  = max2[0] ;
567     f2x2SM      = iMod ;
568     maxtimeR2   = max2[3] ;
569     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtru2,
570                                               static_cast<Int_t>(max2[1]),
571                                               static_cast<Int_t>(max2[2]),
572                                               f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
573     
574     //Isolated patch?
575     if(fIsolateInModule)
576       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp, f2x2CrystalPhi,f2x2CrystalEta) ;
577     else
578       fIs2x2Isol =  IsPatchIsolated(0, iMod, mtru2,  f2x2MaxAmp,  static_cast<Int_t>(max2[1]), static_cast<Int_t>(max2[2])) ;
579
580     //Transform digit amplitude in Raw Samples
581     if (fADCValuesLow2x2 == 0) {
582       fADCValuesLow2x2  = new Int_t[nTimeBins];
583     }
584     if(!fADCValuesHigh2x2) fADCValuesHigh2x2 = new Int_t[nTimeBins];
585
586     
587     pulse.SetAmplitude(f2x2MaxAmp);
588     pulse.SetTZero(maxtimeR2);
589     pulse.MakeSamples();
590     pulse.GetSamples(fADCValuesHigh2x2, fADCValuesLow2x2) ; 
591     
592     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
593     //Set L0
594     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
595       if(fADCValuesHigh2x2[i] >= fL0Threshold || fADCValuesLow2x2[i] >= fL0Threshold) {
596         SetInput("0PH0") ;
597         break;
598       }
599     }
600   }
601
602   //Set max nxn amplitude and select L1 triggers
603   if(maxn[0] > fnxnMaxAmp  && fPatchSize > 0){
604     fnxnMaxAmp  = maxn[0] ;
605     fnxnSM      = iMod ;
606     maxtimeRn   = maxn[3] ;
607     GetCrystalPhiEtaIndexInModuleFromTRUIndex(mtrun,
608                                               static_cast<Int_t>(maxn[1]),
609                                               static_cast<Int_t>(maxn[2]),
610                                               fnxnCrystalPhi,fnxnCrystalEta) ; 
611     
612     //Isolated patch?
613     if(fIsolateInModule)
614       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp, fnxnCrystalPhi, fnxnCrystalEta) ;
615     else
616       fIsnxnIsol =  IsPatchIsolated(1, iMod, mtrun,  fnxnMaxAmp,  static_cast<Int_t>(maxn[1]), static_cast<Int_t>(maxn[2])) ;
617
618     //Transform digit amplitude in Raw Samples
619     if (fADCValuesHighnxn == 0) {
620       fADCValuesHighnxn = new Int_t[nTimeBins];
621       fADCValuesLownxn  = new Int_t[nTimeBins];
622     }
623
624     pulse.SetAmplitude(fnxnMaxAmp);
625     pulse.SetTZero(maxtimeRn);
626     pulse.MakeSamples();
627     pulse.GetSamples(fADCValuesHighnxn, fADCValuesLownxn) ;
628     
629     //Set Trigger Inputs, compare ADC time bins until threshold is attained
630     //SetL1 Low
631     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
632       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetLowPtThreshold){
633         SetInput("PHOS_JetLPt_L1") ;
634         break; 
635       }
636     }
637     //SetL1 Medium
638     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
639       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold  || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetMediumPtThreshold){
640         SetInput("PHOS_JetMPt_L1") ;
641         break; 
642       }
643     }
644     //SetL1 High
645     for(Int_t i = 0 ; i < nTimeBins ; i++){
646       if(fADCValuesHighnxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold || fADCValuesLownxn[i] >= fL1JetHighPtThreshold){
647         SetInput("PHOS_JetHPt_L1") ;
648         break;
649       }
650     }
651   }
652 }
653
654 //____________________________________________________________________________
655 void AliPHOSTrigger::Trigger(TClonesArray *digits) 
656 {
657   //Main Method to select triggers.
658
659   fDigitsList = digits;
660   DoIt() ; 
661 }
662
663 //____________________________________________________________________________
664 void AliPHOSTrigger::DoIt()
665 {
666   // does the trigger job
667
668   AliRunLoader* rl = AliRunLoader::Instance() ;
669   AliPHOSLoader * phosLoader = static_cast<AliPHOSLoader*>(rl->GetLoader("PHOSLoader"));
670   
671   // Get PHOS Geometry object
672   AliPHOSGeometry *geom;
673   if (!(geom = AliPHOSGeometry::GetInstance())) 
674         geom = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
675    
676   //Define parameters
677   Int_t nModules     = geom->GetNModules();
678   fNCrystalsPhi = geom->GetNPhi()/fNTRUPhi ;// 64/4=16
679   fNCrystalsZ   = geom->GetNZ()/fNTRUZ ;// 56/2=28
680
681   //Intialize data members each time the trigger is called in event loop
682   f2x2MaxAmp = -1; f2x2CrystalPhi = -1;  f2x2CrystalEta = -1;
683   fnxnMaxAmp = -1; fnxnCrystalPhi = -1;  fnxnCrystalEta = -1;
684
685   //Take the digits list if simulation
686   if(fSimulation)
687     fDigitsList = phosLoader->Digits() ;
688   
689   if(!fDigitsList)
690     AliFatal("Digits not found !") ;
691   
692   //Fill TRU Matrix  
693 //   TClonesArray * amptrus   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
694 //   TClonesArray * ampmods   = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
695 //   TClonesArray * timeRtrus = new TClonesArray("TMatrixD",1000);
696   FillTRU(fDigitsList,geom) ;
697
698   //Do Crystal Sliding and select Trigger
699   //Initialize varible that will contain maximum amplitudes and 
700   //its corresponding cell position in eta and phi, and time.
701   TMatrixD   ampmax2(4,fNTRU) ;
702   TMatrixD   ampmaxn(4,fNTRU) ;
703
704   for(Int_t imod = 0 ; imod < nModules ; imod++) {
705
706     //Do 2x2 and nxn sums, select maximums. 
707     MakeSlidingCell(imod, ampmax2, ampmaxn);
708     //Set the trigger
709     SetTriggers(imod,ampmax2,ampmaxn) ;
710   }
711
712   fAmptrus->Delete();
713 //   delete amptrus; amptrus=0;
714   fAmpmods->Delete();
715 //   delete ampmods; ampmods=0;
716   fTimeRtrus->Delete();
717 //   delete timeRtrus; timeRtrus=0;
718   //Print();
719
720 }