PHOS/PHOSbase/AliPHOSReconstructor.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //_________________________________________________________________________
  19 //--
  20 //-- Yves Schutz (SUBATECH)
  21 // Reconstruction class. Redesigned from the old AliReconstructionner class and
  22 // derived from STEER/AliReconstructor.
  23 //
  24 // --- ROOT system ---
  25 #include "TGeoManager.h"
  26 #include "TGeoMatrix.h"
  27
  28 // --- Standard library ---
  29
  30 // --- AliRoot header files ---
  31 #include "AliLog.h"
  32 #include "AliAltroMapping.h"
  33 #include "AliESDEvent.h"
  34 #include "AliESDCaloCluster.h"
  35 #include "AliESDCaloCells.h"
  36 #include "AliPHOSReconstructor.h"
  37 #include "AliPHOSClusterizerv1.h"
  38 #include "AliPHOSTrackSegmentMakerv1.h"
  39 #include "AliPHOSPIDv1.h"
  40 #include "AliPHOSTracker.h"
  41 #include "AliRawReader.h"
  42 #include "AliPHOSCalibData.h"
  43 #include "AliCDBEntry.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliPHOSTrigger.h"
  46 #include "AliPHOSGeometry.h"
  47 #include "AliPHOSDigit.h"
  48 #include "AliPHOSTrackSegment.h"
  49 #include "AliPHOSEmcRecPoint.h"
  50 #include "AliPHOSRecParticle.h"
  51 #include "AliPHOSRawFitterv0.h"
  52 #include "AliPHOSRawFitterv1.h"
  53 #include "AliPHOSRawFitterv2.h"
  54 #include "AliPHOSRawFitterv3.h"
  55 #include "AliPHOSRawFitterv4.h"
  56 #include "AliPHOSRawDigiProducer.h"
  57 #include "AliPHOSCpvRawDigiProducer.h"
  58 #include "AliPHOSPulseGenerator.h"
  59 #include "AliPHOSTriggerRawDigit.h"
  60 #include "AliPHOSTriggerRawDigiProducer.h"
  61 #include "AliPHOSTriggerParameters.h"
  62
  63 ClassImp(AliPHOSReconstructor)
  64
  65 Bool_t AliPHOSReconstructor::fgDebug = kFALSE ;
  66 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgDigitsArray = 0;   // Array of PHOS digits
  67 TObjArray*        AliPHOSReconstructor::fgEMCRecPoints = 0;   // Array of EMC rec.points
  68 AliPHOSCalibData * AliPHOSReconstructor::fgCalibData  = 0 ;
  69 TClonesArray*     AliPHOSReconstructor::fgTriggerDigits = 0;   // Array of PHOS trigger digits
  70
  71 //____________________________________________________________________________
  72 AliPHOSReconstructor::AliPHOSReconstructor() :
  73   fGeom(NULL),fClusterizer(NULL),fTSM(NULL),fPID(NULL),fTmpDigLG(NULL)
  74 {
  75   // ctor
  76   fGeom          = AliPHOSGeometry::GetInstance("IHEP","");
  77   fClusterizer   = new AliPHOSClusterizerv1      (fGeom);
  78   fTSM           = new AliPHOSTrackSegmentMakerv1(fGeom);
  79   fPID           = new AliPHOSPIDv1              (fGeom);
  80   fTmpDigLG      = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
  81   fgDigitsArray  = new TClonesArray("AliPHOSDigit",100);
  82   fgEMCRecPoints = new TObjArray(100) ;
  83   if (!fgCalibData)
  84     fgCalibData = new AliPHOSCalibData(-1); //use AliCDBManager's run number
  85
  86   fgTriggerDigits  = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",100);
  87
  88   AliInfo(Form("PHOS bad channel map contains %d bad channel(s).\n",
  89                fgCalibData->GetNumOfEmcBadChannels()));
  90
  91 }
  92
  93 //____________________________________________________________________________
  94 AliPHOSReconstructor::~AliPHOSReconstructor()
  95 {
  96   // dtor
  97   //  delete fGeom; // RS: fGeom is a static object owned by AliPHOSGeometry::fGeom, don't delete
  98   delete fClusterizer;
  99   delete fTSM;
 100   delete fPID;
 101   delete fTmpDigLG;
 102   delete fgDigitsArray;
 103   delete fgEMCRecPoints;
 104   delete fgTriggerDigits;
 105 }
 106
 107 //____________________________________________________________________________
 108 void AliPHOSReconstructor::Reconstruct(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree) const
 109 {
 110   // 'single-event' local reco method called by AliReconstruction;
 111   // Only the clusterization is performed,; the rest of the reconstruction is done in FillESD because the track
 112   // segment maker needs access to the AliESDEvent object to retrieve the tracks reconstructed by
 113   // the global tracking.
 114
 115   fClusterizer->InitParameters();
 116   fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 117   fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 118   if ( Debug() )
 119     fClusterizer->Digits2Clusters("deb all") ;
 120   else
 121     fClusterizer->Digits2Clusters("") ;
 122 }
 123
 124 //____________________________________________________________________________
 125 void AliPHOSReconstructor::FillESD(TTree* digitsTree, TTree* clustersTree,
 126                                    AliESDEvent* esd) const
 127 {
 128   // This method produces PHOS rec-particles,
 129   // then it creates AliESDtracks out of them and
 130   // write tracks to the ESD
 131
 132
 133   // do current event; the loop over events is done by AliReconstruction::Run()
 134   fTSM->SetESD(esd) ;
 135   fTSM->SetInput(clustersTree);
 136   if ( Debug() )
 137     fTSM->Clusters2TrackSegments("deb all") ;
 138   else
 139     fTSM->Clusters2TrackSegments("") ;
 140
 141   fPID->SetInput(clustersTree, fTSM->GetTrackSegments()) ;
 142   fPID->SetESD(esd) ;
 143   if ( Debug() )
 144     fPID->TrackSegments2RecParticles("deb all") ;
 145   else
 146     fPID->TrackSegments2RecParticles("") ;
 147
 148   TClonesArray *recParticles  = fPID->GetRecParticles();
 149   Int_t nOfRecParticles = recParticles->GetEntriesFast();
 150
 151   AliDebug(2,Form("%d rec. particles, option %s",nOfRecParticles,GetOption()));
 152
 153   // Read digits array
 154
 155   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("PHOS");
 156   if (!branch) {
 157     AliError("can't get the branch with the PHOS digits !");
 158     return;
 159   }
 160   branch->SetAddress(&fgDigitsArray);
 161   branch->GetEntry(0);
 162
 163   // Get the clusters array
 164
 165   TBranch *emcbranch = clustersTree->GetBranch("PHOSEmcRP");
 166   if (!emcbranch) {
 167     AliError("can't get the branch with the PHOS EMC clusters !");
 168     return;
 169   }
 170
 171   emcbranch->SetAddress(&fgEMCRecPoints);
 172   emcbranch->GetEntry(0);
 173
 174
 175   // Trigger
 176
 177   TBranch *tbranch = digitsTree->GetBranch("TPHOS");
 178   if (tbranch) {
 179
 180     tbranch->SetAddress(&fgTriggerDigits);
 181     tbranch->GetEntry(0);
 182
 183     AliESDCaloTrigger* trgESD = esd->GetCaloTrigger("PHOS");
 184
 185     if (trgESD) {
 186       trgESD->Allocate(fgTriggerDigits->GetEntriesFast());
 187
 188       for (Int_t i = 0; i < fgTriggerDigits->GetEntriesFast(); i++) {
 189         AliPHOSTriggerRawDigit* tdig = (AliPHOSTriggerRawDigit*)fgTriggerDigits->At(i);
 190
 191         Int_t mod,modX,modZ;
 192         tdig->GetModXZ(mod,modX,modZ);
 193
 194         const Int_t relId[4] = {5-mod,0,modX+1,modZ+1};
 195         Int_t absId;
 196
 197         fGeom->RelToAbsNumbering(relId,absId);
 198         trgESD->Add(mod,absId,tdig->GetAmp(),0.,(Int_t*)NULL,0,0,0);
 199       }
 200     }
 201   }
 202
 203 //   //#########Calculate trigger and set trigger info###########
 204
 205 //   AliPHOSTrigger tr ;
 206 //   //   tr.SetPatchSize(1);//create 4x4 patches
 207 //   tr.SetSimulation(kFALSE);
 208 //   tr.Trigger(fgDigitsArray);
 209
 210 //   Float_t maxAmp2x2  = tr.Get2x2MaxAmplitude();
 211 //   Float_t maxAmpnxn  = tr.GetnxnMaxAmplitude();
 212 //   Float_t ampOutOfPatch2x2  = tr.Get2x2AmpOutOfPatch() ;
 213 //   Float_t ampOutOfPatchnxn  = tr.GetnxnAmpOutOfPatch() ;
 214
 215 //   Int_t iSM2x2      = tr.Get2x2SuperModule();
 216 //   Int_t iSMnxn      = tr.GetnxnSuperModule();
 217 //   Int_t iCrystalPhi2x2 = tr.Get2x2CrystalPhi();
 218 //   Int_t iCrystalPhinxn = tr.GetnxnCrystalPhi();
 219 //   Int_t iCrystalEta2x2 = tr.Get2x2CrystalEta();
 220 //   Int_t iCrystalEtanxn = tr.GetnxnCrystalEta();
 221
 222 //   AliDebug(2, Form("Trigger 2x2 max amp %f, out amp %f, SM %d, iphi %d ieta %d",
 223 //                 maxAmp2x2, ampOutOfPatch2x2, iSM2x2,iCrystalPhi2x2, iCrystalEta2x2));
 224 //   AliDebug(2, Form("Trigger 4x4 max amp %f , out amp %f, SM %d, iphi %d, ieta %d",
 225 //                 maxAmpnxn, ampOutOfPatchnxn, iSMnxn,iCrystalPhinxn, iCrystalEtanxn));
 226
 227 //   // Attention! PHOS modules in order to calculate AbsId need to be 1-5 not 0-4 as returns trigger.
 228 //   Int_t iRelId2x2 []= {iSM2x2+1,0,iCrystalPhi2x2,iCrystalEta2x2};
 229 //   Int_t iAbsId2x2 =-1;
 230 //   Int_t iRelIdnxn []= {iSMnxn+1,0,iCrystalPhinxn,iCrystalEtanxn};
 231 //   Int_t iAbsIdnxn =-1;
 232 //   TVector3    pos2x2(-1,-1,-1);
 233 //   TVector3    posnxn(-1,-1,-1);
 234 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelId2x2, iAbsId2x2);
 235 //   fGeom->RelToAbsNumbering(iRelIdnxn, iAbsIdnxn);
 236 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsId2x2, pos2x2);
 237 //   fGeom->RelPosInAlice(iAbsIdnxn, posnxn);
 238
 239 //   TArrayF triggerPosition(6);
 240 //   triggerPosition[0] = pos2x2(0) ;
 241 //   triggerPosition[1] = pos2x2(1) ;
 242 //   triggerPosition[2] = pos2x2(2) ;
 243 //   triggerPosition[3] = posnxn(0) ;
 244 //   triggerPosition[4] = posnxn(1) ;
 245 //   triggerPosition[5] = posnxn(2) ;
 246
 247 //   TArrayF triggerAmplitudes(4);
 248 //   triggerAmplitudes[0] = maxAmp2x2 ;
 249 //   triggerAmplitudes[1] = ampOutOfPatch2x2 ;
 250 //   triggerAmplitudes[2] = maxAmpnxn ;
 251 //   triggerAmplitudes[3] = ampOutOfPatchnxn ;
 252
 253 //   //esd->SetPHOSTriggerCells(triggerPosition);
 254 //   esd->AddPHOSTriggerPosition(triggerPosition);
 255 //   esd->AddPHOSTriggerAmplitudes(triggerAmplitudes);
 256
 257
 258   //########################################
 259   //############# Fill CaloCells ###########
 260   //########################################
 261
 262   Int_t nDigits = fgDigitsArray->GetEntries();
 263   Int_t idignew = 0 ;
 264   AliDebug(1,Form("%d digits",nDigits));
 265
 266   const Int_t knEMC = fGeom->GetNModules()*fGeom->GetNPhi()*fGeom->GetNZ();
 267   AliESDCaloCells &phsCells = *(esd->GetPHOSCells());
 268   phsCells.CreateContainer(nDigits);
 269   phsCells.SetType(AliESDCaloCells::kPHOSCell);
 270
 271   // Add to CaloCells only EMC digits with non-zero energy
 272   for (Int_t idig = 0 ; idig < nDigits ; idig++) {
 273     const AliPHOSDigit * dig = (const AliPHOSDigit*)fgDigitsArray->At(idig);
 274     if(dig->GetId() <= knEMC &&
 275        Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()) > GetRecoParam()->GetEMCMinE() ){
 276       Int_t primary = dig->GetPrimary(1) ;
 277       phsCells.SetCell(idignew,dig->GetId(), Calibrate(dig->GetEnergy(),dig->GetId()),
 278                                              CalibrateT(dig->GetTime(),dig->GetId(),dig->IsLG()),
 279                                              primary,0.,!dig->IsLG()) ;
 280
 281       idignew++;
 282     }
 283   }
 284   phsCells.SetNumberOfCells(idignew);
 285   phsCells.Sort();
 286
 287   //########################################
 288   //############## Fill CaloClusters #######
 289   //########################################
 290
 291   for (Int_t recpart = 0 ; recpart < nOfRecParticles ; recpart++) {
 292     AliPHOSRecParticle  *rp    = static_cast<AliPHOSRecParticle*>(recParticles->At(recpart));
 293     if (Debug())
 294       rp->Print();
 295     // Get track segment and EMC rec.point associated with this rec.particle
 296     AliPHOSTrackSegment *ts    = static_cast<AliPHOSTrackSegment *>(fTSM->GetTrackSegments()
 297                                                                     ->At(rp->GetPHOSTSIndex()));
 298
 299     AliPHOSEmcRecPoint  *emcRP = static_cast<AliPHOSEmcRecPoint *>(fgEMCRecPoints->At(ts->GetEmcIndex()));
 300     AliESDCaloCluster   *ec    = new AliESDCaloCluster() ;
 301
 302     Float_t xyz[3];
 303     for (Int_t ixyz=0; ixyz<3; ixyz++)
 304       xyz[ixyz] = rp->GetPos()[ixyz];
 305
 306     AliDebug(2,Form("Global position xyz=(%f,%f,%f)",xyz[0],xyz[1],xyz[2]));
 307
 308     // Create cell lists
 309
 310     Int_t     cellMult   = emcRP->GetDigitsMultiplicity();
 311     Int_t    *digitsList = emcRP->GetDigitsList();
 312     Float_t  *rpElist    = emcRP->GetEnergiesList() ;
 313     UShort_t *absIdList  = new UShort_t[cellMult];
 314     Double_t *fracList   = new Double_t[cellMult];
 315
 316     for (Int_t iCell=0; iCell<cellMult; iCell++) {
 317       AliPHOSDigit *digit = static_cast<AliPHOSDigit *>(fgDigitsArray->At(digitsList[iCell]));
 318       absIdList[iCell] = (UShort_t)(digit->GetId());
 319       if (digit->GetEnergy() > 0)
 320         fracList[iCell] = rpElist[iCell]/(Calibrate(digit->GetEnergy(),digit->GetId()));
 321       else
 322         fracList[iCell] = 0;
 323     }
 324
 325     //Primaries
 326     Int_t  primMult  = 0;
 327     Int_t *primList =  emcRP->GetPrimaries(primMult);
 328
 329     Float_t energy=0.;
 330     if (GetRecoParam()->EMCEcore2ESD())
 331       energy = emcRP->GetCoreEnergy();
 332     else
 333       energy = rp->Energy();
 334     //Apply nonlinearity correction
 335     if(GetRecoParam()->GetEMCEnergyCorrectionOn())
 336       energy=CorrectNonlinearity(energy) ;
 337
 338     // fills the ESDCaloCluster
 339     ec->SetType(AliVCluster::kPHOSNeutral);
 340     ec->SetPosition(xyz);                       //rec.point position in MARS
 341     ec->SetE(energy);                           //total or core particle energy
 342     ec->SetDispersion(emcRP->GetDispersion());  //cluster dispersion
 343     ec->SetPID(rp->GetPID()) ;            //array of particle identification
 344     ec->SetM02(emcRP->GetM2x()) ;               //second moment M2x
 345     ec->SetM20(emcRP->GetM2z()) ;               //second moment M2z
 346     ec->SetNExMax(emcRP->GetNExMax());          //number of local maxima
 347     ec->SetEmcCpvDistance(ts->GetCpvDistance("r")); //Only radius, what about separate x,z????
 348     ec->SetTrackDistance(ts->GetCpvDistance("x"),ts->GetCpvDistance("z"));
 349     ec->SetChi2(-1);                     //not yet implemented
 350     ec->SetTOF(emcRP->GetTime());               //Time of flight - already calibrated in EMCRecPoint
 351
 352     //Cells contributing to clusters
 353     ec->SetNCells(cellMult);
 354     ec->SetCellsAbsId(absIdList);
 355     ec->SetCellsAmplitudeFraction(fracList);
 356
 357     //Distance to the nearest bad crystal
 358     ec->SetDistanceToBadChannel(emcRP->GetDistanceToBadCrystal());
 359
 360     //Array of MC indeces
 361     TArrayI arrayPrim(primMult,primList);
 362     ec->AddLabels(arrayPrim);
 363
 364     //Matched ESD track
 365     TArrayI arrayTrackMatched(1);
 366     arrayTrackMatched[0]= ts->GetTrackIndex();
 367     ec->AddTracksMatched(arrayTrackMatched);
 368
 369     Int_t index = esd->AddCaloCluster(ec);
 370
 371     //Set pointer to this cluster in ESD track
 372     Int_t nt=esd->GetNumberOfTracks();
 373     for (Int_t itr=0; itr<nt; itr++) {
 374       AliESDtrack *esdTrack=esd->GetTrack(itr);
 375       if(!esdTrack->IsPHOS())
 376         continue ;
 377       if(esdTrack->GetPHOScluster()==-recpart){ //we store negative cluster number
 378         esdTrack->SetPHOScluster(index) ;
 379 //no garatie that only one track matched this cluster
 380 //      break ;
 381       }
 382     }
 383
 384     delete ec;
 385     delete [] fracList;
 386     delete [] absIdList;
 387   }
 388   fgDigitsArray ->Clear("C");
 389   fgEMCRecPoints->Clear("C");
 390   recParticles  ->Clear();
 391
 392   //Store PHOS misalignment matrixes
 393   FillMisalMatrixes(esd) ;
 394
 395 }
 396
 397 //____________________________________________________________________________
 398 AliTracker* AliPHOSReconstructor::CreateTracker() const
 399 {
 400   // creates the PHOS tracker
 401   return new AliPHOSTracker();
 402 }
 403
 404 //____________________________________________________________________________
 405 void  AliPHOSReconstructor::ConvertDigits(AliRawReader* rawReader, TTree* digitsTree) const
 406 {
 407   // Converts raw data to
 408   // PHOS digits
 409   // Works on a single-event basis
 410   rawReader->Reset() ;
 411
 412   // Create a new array of PHOS and CPV digits and fill it in PHOS and CPV raw data decoders
 413   TClonesArray *digits = new TClonesArray("AliPHOSDigit",1);
 414   digits->SetName("DIGITS");
 415   Int_t bufsize = 32000;
 416   digitsTree->Branch("PHOS", &digits, bufsize);
 417
 418   ConvertDigitsEMC(rawReader,digits);
 419   ConvertDigitsCPV(rawReader,digits);
 420
 421   AliDebug(2,Form("Number of created digits = %d",digits->GetEntriesFast()));
 422
 423   // Create a new array of PHOS trigger digits and fill it from raw data
 424   TClonesArray *tdigits = new TClonesArray("AliPHOSTriggerRawDigit",1);
 425   tdigits->SetName("TDIGITS");
 426   digitsTree->Branch("TPHOS", &tdigits, bufsize);
 427
 428   rawReader->Reset();
 429   AliPHOSTriggerRawDigiProducer tdp(rawReader);
 430
 431   AliPHOSTriggerParameters* parameters = (AliPHOSTriggerParameters*)AliPHOSRecoParam::GetTriggerParameters();
 432
 433   tdp.SetTriggerParameters(parameters);
 434   tdp.ProcessEvent(tdigits);
 435
 436   if (AliLog::GetGlobalDebugLevel() == 1) {
 437     Int_t modMax=-111;
 438     Int_t colMax=-111;
 439     Int_t rowMax=-111;
 440     Float_t eMax=-333;
 441     //!!!for debug!!!
 442
 443     Int_t relId[4];
 444     for(Int_t iDigit=0; iDigit<digits->GetEntries(); iDigit++) {
 445       AliPHOSDigit* digit = (AliPHOSDigit*)digits->At(iDigit);
 446       if(digit->GetEnergy()>eMax) {
 447         fGeom->AbsToRelNumbering(digit->GetId(),relId);
 448         eMax=digit->GetEnergy();
 449         modMax=relId[0];
 450         rowMax=relId[2];
 451         colMax=relId[3];
 452       }
 453     }
 454
 455     AliDebug(1,Form("Digit with max. energy:  modMax %d colMax %d rowMax %d  eMax %f\n\n",
 456                     modMax,colMax,rowMax,eMax));
 457   }
 458
 459   digitsTree->Fill();
 460
 461   digits->Delete();
 462   delete digits;
 463
 464   tdigits->Delete();
 465   delete tdigits;
 466 }
 467 //==================================================================================
 468 void  AliPHOSReconstructor::ConvertDigitsEMC(AliRawReader* rawReader, TClonesArray* digits) const
 469 {
 470   // Converts CPV raw data to PHOS EMC digits
 471   // Works on a single-event basis
 472   AliPHOSRawFitterv0 * fitter ;
 473
 474   const TObjArray* maps = AliPHOSRecoParam::GetMappings();
 475   if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
 476
 477   AliAltroMapping *mapping[20];
 478   for(Int_t i = 0; i < 20; i++) {
 479     mapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
 480   }
 481
 482   if      (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v0")==0)
 483     fitter=new AliPHOSRawFitterv0();
 484   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v1")==0)
 485     fitter=new AliPHOSRawFitterv1();
 486   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v2")==0)
 487     fitter=new AliPHOSRawFitterv2();
 488   else if (strcmp(GetRecoParam()->EMCFitterVersion(),"v3")==0)
 489     fitter=new AliPHOSRawFitterv3();
 490   else
 491     fitter=new AliPHOSRawFitterv4();
 492
 493   fitter->SubtractPedestals(GetRecoParam()->EMCSubtractPedestals());
 494   fitter->SetAmpOffset     (GetRecoParam()->GetGlobalAltroOffset());
 495   fitter->SetAmpThreshold  (GetRecoParam()->GetGlobalAltroThreshold());
 496
 497   AliPHOSRawDigiProducer rdp(rawReader,mapping);
 498
 499   rdp.SetEmcMinAmp(GetRecoParam()->GetEMCRawDigitThreshold()); // in ADC
 500   rdp.SetCpvMinAmp(GetRecoParam()->GetCPVMinE());
 501   rdp.SetSampleQualityCut(GetRecoParam()->GetEMCSampleQualityCut());
 502   rdp.MakeDigits(digits,fTmpDigLG,fitter);
 503
 504   delete fitter ;
 505 }
 506 //==================================================================================
 507 void  AliPHOSReconstructor::ConvertDigitsCPV(AliRawReader* rawReader, TClonesArray* digits) const
 508 {
 509   // Converts CPV raw data to PHOS CPV digits
 510   // Works on a single-event basis
 511   AliPHOSCpvRawDigiProducer rdp(rawReader);
 512   rdp.SetCpvMinAmp(GetRecoParam()->GetCPVMinE());
 513   rdp.SetTurbo(kTRUE);
 514   rdp.MakeDigits(digits);
 515
 516 }
 517 //==================================================================================
 518 Float_t AliPHOSReconstructor::Calibrate(Float_t amp, Int_t absId)const{
 519   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
 520
 521   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 522
 523   //Determine rel.position of the cell absolute ID
 524   Int_t relId[4];
 525   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
 526   Int_t module=relId[0];
 527   Int_t row   =relId[2];
 528   Int_t column=relId[3];
 529   if(relId[1]){ //CPV
 530     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelCpv(module,column,row);
 531     return amp*calibration ;
 532   }
 533   else{ //EMC
 534     Float_t calibration = fgCalibData->GetADCchannelEmc(module,column,row);
 535     return amp*calibration ;
 536   }
 537 }
 538 //==================================================================================
 539 Float_t AliPHOSReconstructor::CalibrateT(Float_t time, Int_t absId,Bool_t isLG)const{
 540   // Calibrate EMC digit, i.e. multiply its Amp by a factor read from CDB
 541
 542   const AliPHOSGeometry *geom = AliPHOSGeometry::GetInstance() ;
 543
 544   //Determine rel.position of the cell absolute ID
 545   Int_t relId[4];
 546   geom->AbsToRelNumbering(absId,relId);
 547   Int_t module=relId[0];
 548   Int_t row   =relId[2];
 549   Int_t column=relId[3];
 550   if(relId[1]){ //CPV
 551     return 0. ;
 552   }
 553   else{ //EMC
 554     if(isLG)
 555       time += fgCalibData->GetLGTimeShiftEmc(module,column,row);
 556     else
 557       time += fgCalibData->GetTimeShiftEmc(module,column,row);
 558     return time ;
 559   }
 560 }
 561 //==================================================================================
 562 void AliPHOSReconstructor::FillMisalMatrixes(AliESDEvent* esd)const{
 563   //Store PHOS matrixes in ESD Header
 564
 565   //Check, if matrixes was already stored
 566   for(Int_t mod=0 ;mod<5; mod++){
 567     if(esd->GetPHOSMatrix(mod)!=0)
 568       return ;
 569   }
 570
 571   //Create and store matrixes
 572   if(!gGeoManager){
 573     AliError("Can not store misal. matrixes: no gGeoManager! \n") ;
 574     return ;
 575   }
 576   //Note, that owner of copied marixes will be header
 577   char path[255] ;
 578   TGeoHMatrix * m ;
 579   for(Int_t mod=0; mod<5; mod++){
 580     snprintf(path,255,"/ALIC_1/PHOS_%d",mod+1) ; //In Geometry modules numbered 1,2,.,5
 581     if (gGeoManager->cd(path)){
 582       m = gGeoManager->GetCurrentMatrix() ;
 583       esd->SetPHOSMatrix(new TGeoHMatrix(*m),mod) ;
 584     }
 585     else{
 586       esd->SetPHOSMatrix(NULL,mod) ;
 587     }
 588   }
 589
 590 }
 591 //==================================================================================
 592 Float_t AliPHOSReconstructor::CorrectNonlinearity(Float_t en){
 593
 594   //For backward compatibility, if no RecoParameters found
 595   if(!GetRecoParam()){
 596     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
 597   }
 598
 599   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"NoCorrection")==0){
 600     return en ;
 601   }
 602   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Gustavo2005")==0){
 603     const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
 604     return par[0]+par[1]*en + par[2]*en*en ;
 605   }
 606   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"Henrik2010")==0){
 607      const Float_t *par=GetRecoParam()->GetNonlinearityParams() ;
 608      return en*(par[0]+par[1]*TMath::Exp(-en*par[2]))*(1.+par[3]*TMath::Exp(-en*par[4]))*(1.+par[6]/(en*en+par[5])) ;
 609   }
 610   //For backward compatibility
 611   if(strcmp(GetRecoParam()->GetNonlinearityCorrectionVersion(),"")==0){
 612     return 0.0241+1.0504*en+0.000249*en*en ;
 613   }
 614   return en ;
 615 }
 616
 617 void AliPHOSReconstructor::readTRUParameters(AliPHOSTriggerParameters* parameters) const
 618 {
 619   //Read trigger parameters.
 620
 621   TString path(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"));
 622   path += "/PHOS/macros/Trigger/OCDB/";
 623
 624   for (Int_t mod = 2; mod < 5; ++mod) { // module
 625     for (Int_t tru = 0; tru < 4; tru++) { // tru row
 626       for (Int_t branch = 0; branch < 2; branch++) { // branch
 627
 628         // Open the Appropriate pedestal file
 629         TString fileName = path;
 630         fileName += "pedestal_m";
 631         fileName = fileName += mod;
 632         fileName+="_r";
 633         fileName+=tru;
 634         fileName+="_b";
 635         fileName+=branch;
 636         fileName+=".dat";
 637         std::ifstream instream;
 638         instream.open(fileName.Data());
 639
 640         // Read pedestals from file
 641         if( ! instream.is_open() )
 642           Printf("E-TRUPedestals: could not open %s", fileName.Data());
 643         else
 644           {
 645             Int_t ped[112];
 646
 647             char ch_s[36];
 648             char *ch_s_p = ch_s;
 649             //Int_t nlines = 0;
 650
 651             Int_t t_ped_0 =0;
 652             Int_t t_ped_1 =0;
 653             Int_t t_ped_2 =0;
 654
 655             for(Int_t n=0; n<112; n++)
 656               {
 657                 instream.getline(ch_s_p,36);
 658                 if (ch_s_p[23]<='9' && ch_s_p[23]>='0')
 659                   {
 660                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'0';
 661                   }
 662                 else if (ch_s_p[23]>='A' && ch_s_p[23]<='Z')
 663                   {
 664                     t_ped_0 = ch_s_p[23]-'A'+10;
 665
 666                   }
 667
 668                 if (ch_s_p[22]<='9' && ch_s_p[22]>='0')
 669                   {
 670                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'0';
 671                   }
 672                 else if (ch_s_p[22]<='Z' && ch_s_p[22]>='A')
 673                   {
 674                     t_ped_1 = ch_s_p[22]-'A'+10;
 675                   }
 676
 677                 if (ch_s_p[21]<='9' && ch_s_p[21]>='0')
 678                   {
 679                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'0';
 680                   }
 681                 else if (ch_s_p[21]<='Z' && ch_s_p[21]>='A')
 682                   {
 683                     t_ped_2 = ch_s_p[21]-'A'+10;
 684                   }
 685
 686                 ped[n]=t_ped_2*256+t_ped_1*16+t_ped_0;
 687
 688
 689               }
 690             for (Int_t xrow = 0; xrow < 8; xrow++){
 691               for (Int_t zcol = 0; zcol < 14; zcol++){
 692                 Int_t pedestal = ped[zcol*8+xrow];
 693
 694                 if( pedestal < 612 && pedestal > 412 ) // resonable
 695                   parameters->SetTRUPedestal(pedestal, mod, tru, branch, xrow, zcol);
 696                 else // unresonable
 697                   continue;
 698               }
 699             }
 700           } // Ends read of pedestals from branch from file.
 701         instream.close();
 702       }// end branch
 703     }// end tru
 704
 705   }// end for mod
 706 }
 707
 708
 709
 710