Modifications in DoClust (Ajay)
[u/mrichter/AliRoot.git] / PMD / AliPMDClusteringV1.cxx
1 /***************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 //-----------------------------------------------------//
19 //                                                     //
20 //  Source File : PMDClusteringV1.cxx, Version 00      //
21 //                                                     //
22 //  Date   : September 26 2002                         //
23 //                                                     //
24 //  clustering code for alice pmd                      //
25 //                                                     //
26 //-----------------------------------------------------//
27
28 /* --------------------------------------------------------------------
29    Code developed by S. C. Phatak, Institute of Physics,
30    Bhubaneswar 751 005 ( phatak@iopb.res.in ) Given the energy deposited
31    ( or ADC value ) in each cell of supermodule ( pmd or cpv ), the code
32    builds up superclusters and breaks them into clusters. The input is
33    in array edepcell[kNMX] and cluster information is in a
34    TObjarray. Integer clno gives total number of clusters in the
35    supermodule.
36
37    fClusters is the only global ( public ) variables.
38    Others are local ( private ) to the code.
39    At the moment, the data is read for whole detector ( all supermodules
40    and pmd as well as cpv. This will have to be modify later )
41    LAST UPDATE  :  October 23, 2002
42 -----------------------------------------------------------------------*/
43
44 #include <Riostream.h>
45 #include <TMath.h>
46 #include <TNtuple.h>
47 #include <TObjArray.h>
48 #include "TRandom.h"
49 #include <stdio.h>
50
51 #include "AliPMDcludata.h"
52 #include "AliPMDcluster.h"
53 #include "AliPMDClustering.h"
54 #include "AliPMDClusteringV1.h"
55 #include "AliLog.h"
56
57 ClassImp(AliPMDClusteringV1)
58
59 const Double_t AliPMDClusteringV1::fgkSqroot3by2=0.8660254;  // sqrt(3.)/2.
60
61 AliPMDClusteringV1::AliPMDClusteringV1():
62   fPMDclucont(new TObjArray()),
63   fCutoff(0.0)
64 {
65   for(Int_t i = 0; i < kNDIMX; i++)
66     {
67       for(Int_t j = 0; j < kNDIMY; j++)
68         {
69           fCoord[0][i][j] = i+j/2.;
70           fCoord[1][i][j] = fgkSqroot3by2*j;
71         }
72     }
73 }
74 // ------------------------------------------------------------------------ //
75 AliPMDClusteringV1::AliPMDClusteringV1(const AliPMDClusteringV1& pmdclv1):
76   AliPMDClustering(pmdclv1),
77   fPMDclucont(0),
78   fCutoff(0)
79 {
80   // copy constructor
81   AliError("Copy constructor not allowed ");
82   
83 }
84 // ------------------------------------------------------------------------ //
85 AliPMDClusteringV1 &AliPMDClusteringV1::operator=(const AliPMDClusteringV1& /*pmdclv1*/)
86 {
87   // copy constructor
88   AliError("Assignment operator not allowed ");
89   return *this;
90 }
91 // ------------------------------------------------------------------------ //
92 AliPMDClusteringV1::~AliPMDClusteringV1()
93 {
94   delete fPMDclucont;
95 }
96 // ------------------------------------------------------------------------ //
97 void AliPMDClusteringV1::DoClust(Int_t idet, Int_t ismn, 
98                                  Double_t celladc[48][96], TObjArray *pmdcont)
99 {
100   // main function to call other necessary functions to do clustering
101   //
102
103   AliPMDcluster *pmdcl = 0;
104
105   Int_t    i,  j, nmx1, incr, id, jd;
106   Int_t    celldataX[15], celldataY[15];
107   Float_t  clusdata[6];
108   Double_t cutoff, ave;
109   Double_t edepcell[kNMX];
110   
111   
112   Double_t *cellenergy = new Double_t [11424];// Ajay
113   
114   const float ktwobysqrt3 = 1.1547; // 2./sqrt(3.)
115
116   // ndimXr and ndimYr are different because of different module size
117
118   Int_t ndimXr = 0;
119   Int_t ndimYr = 0;
120
121   if (ismn < 12)
122     {
123       ndimXr = 96;
124       ndimYr = 48;
125     }
126   else if (ismn >= 12 && ismn <= 23)
127     {
128       ndimXr = 48;
129       ndimYr = 96;
130     }
131
132   for (Int_t i =0; i < 11424; i++)
133   {
134       cellenergy[i] = 0.;
135   }
136
137
138   Int_t kk = 0;
139   for (Int_t i = 0; i < kNDIMX; i++)
140     {
141       for (Int_t j = 0; j < kNDIMY; j++)
142         {
143           fCellTrNo[i][j] = -1;
144           edepcell[kk] = 0.;
145           kk++;
146         }
147     }
148
149   for (id = 0; id < ndimXr; id++)
150     {
151       for (jd = 0; jd < ndimYr; jd++)
152         {
153           j = jd;
154           i = id+(ndimYr/2-1)-(jd/2);
155
156           Int_t ij = i + j*kNDIMX;
157           // BKN Int_t ij = i + j*ndimXr;
158           
159           if (ismn < 12)
160             {
161               //edepcell[ij]    = celladc[jd][id];
162               cellenergy[ij]    = celladc[jd][id];//Ajay
163               fCellTrNo[i][j] = jd*10000+id;  // for association 
164             }
165           else if (ismn >= 12 && ismn <= 23)
166             {
167               //edepcell[ij]    = celladc[id][jd];
168               cellenergy[ij]    = celladc[id][jd];//Ajay
169               fCellTrNo[i][j] = id*10000+jd;  // for association 
170             }
171         }
172     }
173   
174   //Ajay
175   for (Int_t i = 0; i < kNMX; i++)
176   {
177     edepcell[i] = cellenergy[i];
178   }
179
180   delete [] cellenergy;
181
182   Int_t iord1[kNMX];
183   TMath::Sort(kNMX,edepcell,iord1);// order the data
184   cutoff = fCutoff;                // cutoff to discard cells
185   ave  = 0.;
186   nmx1 = -1;
187   for(i = 0;i < kNMX; i++)
188     {
189       if(edepcell[i] > 0.) 
190         {
191           ave += edepcell[i];
192         }
193       if(edepcell[i] > cutoff )
194         {
195           nmx1++;
196         }
197     }
198   
199   AliDebug(1,Form("Number of cells having energy >= %f are %d",cutoff,nmx1));
200
201   if (nmx1 == 0) nmx1 = 1;
202   ave = ave/nmx1;
203   AliDebug(1,Form("Number of cells in a SuperM = %d and Average = %f",
204                   kNMX,ave));
205   
206   incr = CrClust(ave, cutoff, nmx1,iord1, edepcell );
207   RefClust(incr,edepcell);
208   Int_t nentries1 = fPMDclucont->GetEntries();
209   AliDebug(1,Form("Detector Plane = %d  Serial Module No = %d Number of clusters = %d",idet, ismn, nentries1));
210   AliDebug(1,Form("Total number of clusters/module = %d",nentries1));
211   
212   for (Int_t ient1 = 0; ient1 < nentries1; ient1++)
213     {
214       AliPMDcludata *pmdcludata = 
215         (AliPMDcludata*)fPMDclucont->UncheckedAt(ient1);
216       Float_t cluXC    = pmdcludata->GetClusX();
217       Float_t cluYC    = pmdcludata->GetClusY();
218       Float_t cluADC   = pmdcludata->GetClusADC();
219       Float_t cluCELLS = pmdcludata->GetClusCells();
220       Float_t cluSIGX  = pmdcludata->GetClusSigmaX();
221       Float_t cluSIGY  = pmdcludata->GetClusSigmaY();
222       
223       Float_t cluY0    = ktwobysqrt3*cluYC;
224       Float_t cluX0    = cluXC - cluY0/2.;
225       
226       // 
227       // Cluster X centroid is back transformed
228       //
229       if (ismn < 12)
230         {
231           clusdata[0] = cluX0 - (24-1) + cluY0/2.;
232         }
233       else if ( ismn >= 12 && ismn <= 23)
234         {
235           clusdata[0] = cluX0 - (48-1) + cluY0/2.;
236         }         
237       
238       clusdata[1]     = cluY0;
239       clusdata[2]     = cluADC;
240       clusdata[3]     = cluCELLS;
241       clusdata[4]     = cluSIGX;
242       clusdata[5]     = cluSIGY;
243       
244       //
245       // Cells associated with a cluster
246       //
247
248       for (Int_t ihit = 0; ihit < 15; ihit++)
249         {
250           if (ismn < 12)
251             {
252               celldataX[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)%10000;
253               celldataY[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)/10000;
254             }
255           else if (ismn >= 12 && ismn <= 23)
256             {
257               celldataX[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)/10000;
258               celldataY[ihit] = pmdcludata->GetCellXY(ihit)%10000;
259             }
260         }
261       pmdcl = new AliPMDcluster(idet, ismn, clusdata, celldataX, celldataY);
262       pmdcont->Add(pmdcl);
263     }
264   
265   fPMDclucont->Clear();
266   
267 }
268 // ------------------------------------------------------------------------ //
269 Int_t AliPMDClusteringV1::CrClust(Double_t ave, Double_t cutoff, Int_t nmx1,
270                                   Int_t iord1[], Double_t edepcell[])
271 {
272   // Does crude clustering 
273   // Finds out only the big patch by just searching the
274   // connected cells
275   //
276   Int_t i,j,k,id1,id2,icl, numcell, clust[2][5000];
277   Int_t jd1,jd2, icell, cellcount;
278   static Int_t neibx[6]={1,0,-1,-1,0,1}, neiby[6]={0,1,1,0,-1,-1};
279
280   AliDebug(1,Form("kNMX = %d nmx1 = %d kNDIMX = %d kNDIMY = %d ave = %f cutoff = %f",kNMX,nmx1,kNDIMX,kNDIMY,ave,cutoff));
281   
282   for (j = 0; j < kNDIMX; j++)
283     {
284       for(k = 0; k < kNDIMY; k++)
285         {
286           fInfocl[0][j][k] = 0;
287           fInfocl[1][j][k] = 0;
288         }
289     }
290   for(i=0; i < kNMX; i++)
291     {
292       fInfcl[0][i] = -1;
293       
294       j  = iord1[i];
295       id2 = j/kNDIMX;
296       id1 = j-id2*kNDIMX;
297
298       if(edepcell[j] <= cutoff)
299         {
300           fInfocl[0][id1][id2] = -1;
301         }
302     }
303
304   // ---------------------------------------------------------------
305   // crude clustering begins. Start with cell having largest adc
306   // count and loop over the cells in descending order of adc count
307   // ---------------------------------------------------------------
308
309   icl       = -1;
310   cellcount = -1;
311
312   for(icell = 0; icell <= nmx1; icell++)
313     {
314       j  = iord1[icell];
315       id2 = j/kNDIMX;
316       id1 = j-id2*kNDIMX;
317
318       if(fInfocl[0][id1][id2] == 0 )
319         {
320           icl++;
321           numcell = 0;
322           cellcount++; 
323           fInfocl[0][id1][id2] = 1;
324           fInfocl[1][id1][id2] = icl;
325           fInfcl[0][cellcount] = icl;
326           fInfcl[1][cellcount] = id1;
327           fInfcl[2][cellcount] = id2;
328
329           clust[0][numcell] = id1;
330           clust[1][numcell] = id2;
331           
332           for(i = 1; i < 5000; i++)
333             {
334               clust[0][i]=0;
335             }
336           // ---------------------------------------------------------------
337           // check for adc count in neib. cells. If ne 0 put it in this clust
338           // ---------------------------------------------------------------
339           for(i = 0; i < 6; i++)
340             {
341               jd1 = id1 + neibx[i];
342               jd2 = id2 + neiby[i];
343               if( (jd1 >= 0 && jd1 < kNDIMX) && (jd2 >= 0 && jd2 < kNDIMY) &&
344                   fInfocl[0][jd1][jd2] == 0)
345                 {
346                   numcell++;
347                   fInfocl[0][jd1][jd2] = 2;
348                   fInfocl[1][jd1][jd2] = icl;
349                   clust[0][numcell]    = jd1;
350                   clust[1][numcell]    = jd2;
351                   cellcount++;
352                   fInfcl[0][cellcount] = icl;
353                   fInfcl[1][cellcount] = jd1;
354                   fInfcl[2][cellcount] = jd2;
355                 }
356             }
357           // ---------------------------------------------------------------
358           // check adc count for neighbour's neighbours recursively and
359           // if nonzero, add these to the cluster.
360           // ---------------------------------------------------------------
361           for(i = 1; i < 5000;i++)
362             {
363               if(clust[0][i] != 0)
364                 {
365                   id1 = clust[0][i];
366                   id2 = clust[1][i];
367                   for(j = 0; j < 6 ; j++)
368                     {
369                       jd1 = id1 + neibx[j];
370                       jd2 = id2 + neiby[j];
371                       if( (jd1 >= 0 && jd1 < kNDIMX) && 
372                           (jd2 >= 0 && jd2 < kNDIMY) &&
373                           fInfocl[0][jd1][jd2] == 0 )
374                         {
375                           fInfocl[0][jd1][jd2] = 2;
376                           fInfocl[1][jd1][jd2] = icl;
377                           numcell++;
378                           clust[0][numcell]    = jd1;
379                           clust[1][numcell]    = jd2;
380                           cellcount++;
381                           fInfcl[0][cellcount] = icl;
382                           fInfcl[1][cellcount] = jd1;
383                           fInfcl[2][cellcount] = jd2;
384                         }
385                     }
386                 }
387             }
388         }
389     }
390   return cellcount;
391 }
392 // ------------------------------------------------------------------------ //
393 void AliPMDClusteringV1::RefClust(Int_t incr, Double_t edepcell[])
394 {
395   // Does the refining of clusters
396   // Takes the big patch and does gaussian fitting and
397   // finds out the more refined clusters
398   //
399   
400
401
402   AliPMDcludata *pmdcludata = 0;
403
404   Int_t *cellCount = 0x0;
405   Int_t **cellXY = 0x0;
406   const Int_t kdim = 4500;
407
408   Int_t    i, j, k, i1, i2, id, icl,  itest,ihld, ig, nsupcl,clno;
409   Int_t    t[kdim];
410   Int_t    ncl[kdim], iord[kdim], lev1[kdim], lev2[kdim];
411   Int_t    clxy[15];
412   Float_t  clusdata[6];
413   Double_t x1, y1, z1, x2, y2, z2, dist,rr,sum;
414   Double_t x[kdim], y[kdim], z[kdim];
415   Double_t xc[kdim], yc[kdim], zc[kdim], cells[kdim], rc[kdim];
416
417   // Initialisation  
418   for(i = 0; i<kdim; i++)
419     { 
420       t[i]         = -1;
421       ncl[i]       = -1;
422       if (i < 6) clusdata[i] = 0.;
423       if (i < 15) clxy[i] = 0;
424     }
425
426   // clno counts the final clusters
427   // nsupcl =  # of superclusters; ncl[i]= # of cells in supercluster i
428   // x, y and z store (x,y) coordinates of and energy deposited in a cell
429   // xc, yc store (x,y) coordinates of the cluster center
430   // zc stores the energy deposited in a cluster
431   // rc is cluster radius
432   
433   clno  = -1;
434   nsupcl = -1;
435
436   for(i = 0; i <= incr; i++)
437     {
438       if(fInfcl[0][i] != nsupcl)
439         {
440           nsupcl++;
441         }
442       if (nsupcl > kdim) 
443         {
444           AliWarning("RefClust: Too many superclusters!");
445           nsupcl = kdim;
446           break;
447         }
448       ncl[nsupcl]++;
449     }
450   
451   AliDebug(1,Form("Number of cells = %d Number of Superclusters = %d",
452                   incr+1,nsupcl+1));
453   id  = -1;
454   icl = -1;
455   
456   for(i = 0; i <= nsupcl; i++) 
457     {
458       if(ncl[i] == 0)
459         {
460           id++;
461           icl++;
462           if (clno >= 5000) 
463             {
464               AliWarning("RefClust: Too many clusters! more than 5000");
465               return;
466             }
467           clno++;
468           i1 = fInfcl[1][id];
469           i2 = fInfcl[2][id];
470           
471           Int_t i12 = i1 + i2*kNDIMX;
472           
473           clusdata[0] = fCoord[0][i1][i2];
474           clusdata[1] = fCoord[1][i1][i2];
475           clusdata[2] = edepcell[i12];
476           clusdata[3] = 1.;
477           clusdata[4] = 0.5;
478           clusdata[5] = 0.0;
479
480           clxy[0] = fCellTrNo[i1][i2];            //association
481           for(Int_t icltr = 1; icltr < 15; icltr++)
482             {
483               clxy[icltr] = -1;
484             }
485           pmdcludata  = new AliPMDcludata(clusdata,clxy);
486           fPMDclucont->Add(pmdcludata);
487         }
488       else if(ncl[i] == 1) 
489         {
490           id++;
491           icl++;
492           if (clno >= 5000) 
493             {
494               AliWarning("RefClust: Too many clusters! more than 5000");
495               return;
496             }
497           clno++;
498           i1   = fInfcl[1][id];
499           i2   = fInfcl[2][id];
500           Int_t i12 = i1 + i2*kNDIMX;
501
502           x1   = fCoord[0][i1][i2];
503           y1   = fCoord[1][i1][i2];
504           z1   = edepcell[i12];
505           clxy[0] = fCellTrNo[i1][i2];    //asso
506           id++;
507           i1   = fInfcl[1][id];
508           i2   = fInfcl[2][id];
509
510           Int_t i22 = i1 + i2*kNDIMX;
511           x2   = fCoord[0][i1][i2];
512           y2   = fCoord[1][i1][i2];
513           z2   = edepcell[i22];
514           clxy[1] = fCellTrNo[i1][i2];            //asso
515           for(Int_t icltr = 2; icltr < 15; icltr++)
516             {
517               clxy[icltr] = -1;
518             }
519           
520           clusdata[0] = (x1*z1+x2*z2)/(z1+z2);
521           clusdata[1] = (y1*z1+y2*z2)/(z1+z2);
522           clusdata[2] = z1+z2;
523           clusdata[3] = 2.;
524           clusdata[4] = 0.5;
525           clusdata[5] = 0.0;
526           pmdcludata  = new AliPMDcludata(clusdata,clxy);
527           fPMDclucont->Add(pmdcludata);
528         }
529       else
530         {
531           id++;
532           iord[0] = 0;
533           // super-cluster of more than two cells - broken up into smaller
534           // clusters gaussian centers computed. (peaks separated by > 1 cell)
535           // Begin from cell having largest energy deposited This is first
536           // cluster center
537           i1      = fInfcl[1][id];
538           i2      = fInfcl[2][id];
539           Int_t i12 = i1 + i2*kNDIMX;
540           
541           x[0]    = fCoord[0][i1][i2];
542           y[0]    = fCoord[1][i1][i2];
543           z[0]    = edepcell[i12];
544
545           t[0] = fCellTrNo[i1][i2];       //asso
546           
547           iord[0] = 0;
548           for(j = 1; j <= ncl[i]; j++)
549             {
550               id++;
551               i1      = fInfcl[1][id];
552               i2      = fInfcl[2][id];
553               Int_t i12 = i1 + i2*kNDIMX;
554
555               iord[j] = j;
556               x[j]    = fCoord[0][i1][i2];
557               y[j]    = fCoord[1][i1][i2];
558               z[j]    = edepcell[i12];
559
560               t[j]    = fCellTrNo[i1][i2];            //asso
561             }
562           
563           // arranging cells within supercluster in decreasing order
564           
565           for(j = 1;j <= ncl[i]; j++)
566             {
567               itest = 0;
568               ihld  = iord[j];
569               for(i1 = 0; i1 < j; i1++)
570                 {
571                   if(itest == 0 && z[iord[i1]] < z[ihld])
572                     {
573                       itest = 1;
574                       for(i2 = j-1; i2 >= i1; i2--)
575                         {
576                           iord[i2+1] = iord[i2];
577                         }
578                       iord[i1] = ihld;
579                     }
580                 }
581             }
582           // compute the number of Gaussians and their centers ( first
583           // guess )
584           // centers must be separated by cells having smaller ener. dep.
585           // neighbouring centers should be either strong or well-separated
586           ig = 0;
587           xc[ig] = x[iord[0]];
588           yc[ig] = y[iord[0]];
589           zc[ig] = z[iord[0]];
590           for(j = 1; j <= ncl[i]; j++)
591             {
592               itest = -1;
593               x1    = x[iord[j]];
594               y1    = y[iord[j]];
595               for(k = 0; k <= ig; k++)
596                 {
597                   x2 = xc[k]; 
598                   y2 = yc[k];
599                   rr = Distance(x1,y1,x2,y2);
600                   if(rr >= 1.1 && rr < 1.8 && z[iord[j]] > zc[k]/4.)itest++;
601                   if(rr >= 1.8 && rr < 2.1 && z[iord[j]] > zc[k]/10.)itest++;
602                   if( rr >= 2.1)itest++;
603                 }
604               if(itest == ig)
605                 {
606                   ig++;
607                   xc[ig] = x1;
608                   yc[ig] = y1;
609                   zc[ig] = z[iord[j]];
610                 }
611             }
612           GaussFit(ncl[i], ig, x[0], y[0] ,z[0], xc[0], yc[0], zc[0], rc[0]);
613           icl += ig+1;
614           // compute the number of cells belonging to each cluster.
615           // cell is shared between several clusters ( if they are equidistant
616           // from it ) in the ratio of cluster energy deposition
617
618           Int_t jj = 15;
619           cellCount = new Int_t [ig+1];
620           cellXY = new Int_t *[jj];
621           for(Int_t ij = 0; ij < 15; ij++) cellXY[ij] = new Int_t [ig+1];
622
623           for(j = 0; j <= ig; j++)
624             {
625               cellCount[j] = 0;
626               cells[j]     = 0.;
627             }
628           
629           if(ig > 0)
630             {
631               for(j = 0; j <= ncl[i]; j++)
632                 {
633                   lev1[j] = 0;
634                   lev2[j] = 0;
635                   for(k = 0; k <= ig; k++)
636                     {
637                       dist = Distance(x[j], y[j], xc[k], yc[k]);
638                       if(dist < TMath::Sqrt(3.) )
639                         {
640                           //asso
641                           if (cellCount[k] < 15)
642                             {
643                               cellXY[cellCount[k]][k] = t[j];
644                             }
645                           cellCount[k]++;
646                           //
647                           lev1[0]++;
648                           i1       = lev1[0];
649                           lev1[i1] = k;
650                         }
651                       else
652                         {
653                           if(dist < 2.1)
654                             {
655                               lev2[0]++;
656                               i1       = lev2[0];
657                               lev2[i1] = k;
658                             }
659                         }
660                     }
661                   if(lev1[0] != 0)
662                     {
663                       if(lev1[0] == 1)
664                         {
665                           cells[lev1[1]]++;
666                         } 
667                       else 
668                         {
669                           sum=0.;
670                           for(k = 1; k <= lev1[0]; k++)
671                             {
672                               sum  += zc[lev1[k]];
673                             }
674                           for(k = 1; k <= lev1[0]; k++)
675                             {
676                               cells[lev1[k]] += zc[lev1[k]]/sum;
677                             }
678                         }
679                     }
680                   else
681                     {
682                       if(lev2[0] == 0)
683                         {
684                           cells[lev2[1]]++;
685                         }
686                       else
687                         {
688                           sum=0.;
689                           for( k = 1; k <= lev2[0]; k++)
690                             {
691                               sum += zc[lev2[k]];
692                             }
693                           for(k = 1; k <= lev2[0]; k++)
694                             {
695                               cells[lev2[k]] +=  zc[lev2[k]]/sum;
696                             }
697                         }
698                     }
699                 }
700             }
701           
702           // zero rest of the cell array
703           //asso
704           for( k = 0; k <= ig; k++)
705             {
706               for(Int_t icltr = cellCount[k]; icltr < 15; icltr++)
707                 {
708                   cellXY[icltr][k] = -1;
709                 }
710             }
711           //
712           
713           for(j = 0; j <= ig; j++)
714             {
715               clno++;
716               if (clno >= 5000) 
717                 {
718                   AliWarning("RefClust: Too many clusters! more than 5000");
719                   return;
720                 }
721               clusdata[0] = xc[j];
722               clusdata[1] = yc[j];
723               clusdata[2] = zc[j];
724               clusdata[4] = rc[j];
725               clusdata[5] = 0.0;
726               if(ig == 0)
727                 {
728                   clusdata[3] = ncl[i];
729                 }
730               else
731                 {
732                   clusdata[3] = cells[j];
733                 }
734
735
736               for (Int_t ii=0; ii < 15; ii++)
737                 {
738                   clxy[ii] = cellXY[ii][j];
739                 }  
740               pmdcludata = new AliPMDcludata(clusdata,clxy);
741               fPMDclucont->Add(pmdcludata);
742             }
743           delete [] cellCount;
744           for(Int_t jj = 0; jj < 15; jj++)delete [] cellXY[jj];
745           delete [] cellXY;
746         }
747     }
748 }
749 // ------------------------------------------------------------------------ //
750 void AliPMDClusteringV1::GaussFit(Int_t ncell, Int_t nclust, Double_t &x, 
751                                   Double_t &y ,Double_t &z, Double_t &xc, 
752                                   Double_t &yc, Double_t &zc, Double_t &rc)
753 {
754   // Does gaussian fitting
755   //
756
757   const Int_t kdim = 4500;
758   Int_t i, j, i1, i2, novar, idd, jj;
759   Int_t neib[kdim][50];
760
761   Double_t sum, dx, dy, str, str1, aint, sum1, rr, dum;
762   Double_t x1, x2, y1, y2;
763   Double_t xx[kdim], yy[kdim], zz[kdim], xxc[kdim], yyc[kdim];
764   Double_t a[kdim], b[kdim], c[kdim], d[kdim], ha[kdim], hb[kdim];
765   Double_t hc[kdim], hd[kdim], zzc[kdim], rrc[kdim];
766   
767   TRandom rnd;
768   
769   str   = 0.;
770   str1  = 0.;
771   rr    = 0.3;
772   novar = 0;
773   j     = 0;  
774
775   for(i = 0; i <= ncell; i++)
776     {
777       xx[i] = *(&x+i);
778       yy[i] = *(&y+i);
779       zz[i] = *(&z+i);
780       str  += zz[i];
781     }
782   for(i=0; i<=nclust; i++)
783     {
784       xxc[i] = *(&xc+i);
785       yyc[i] = *(&yc+i);
786       zzc[i] = *(&zc+i);
787       str1  += zzc[i];
788       rrc[i] = 0.5;
789     }
790   for(i = 0; i <= nclust; i++)
791     {
792       zzc[i] = str/str1*zzc[i];
793       ha[i]  = xxc[i];
794       hb[i]  = yyc[i];
795       hc[i]  = zzc[i];
796       hd[i]  = rrc[i];
797       x1     = xxc[i];
798       y1     = yyc[i];
799     }
800  
801   for(i = 0; i <= ncell; i++)
802     {
803       idd = 0;
804       x1  = xx[i];
805       y1  = yy[i];
806       for(j = 0; j <= nclust; j++)
807         {
808           x2 = xxc[j];
809           y2 = yyc[j];
810           if(Distance(x1,y1,x2,y2) <= 3.)
811             { 
812               idd++;
813               neib[i][idd] = j; 
814             }
815         }
816       neib[i][0] = idd;
817     }
818   sum = 0.;
819   for(i1 = 0; i1 <= ncell; i1++)
820     {
821       aint = 0.;
822       idd = neib[i1][0];
823       for(i2 = 1; i2 <= idd; i2++)
824         {
825           jj    = neib[i1][i2];
826           dx    = xx[i1] - xxc[jj];
827           dy    = yy[i1] - yyc[jj];
828           dum   = rrc[j]*rrc[jj] + rr*rr;
829           aint += exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*zzc[idd]*rr*rr/dum;
830         }
831       sum += (aint - zz[i1])*(aint - zz[i1])/str;
832     } 
833   str1 = 0.;
834  
835   for(i = 0; i <= nclust; i++)
836     {
837       a[i]  = xxc[i] + 0.6*(rnd.Uniform() - 0.5);
838       b[i]  = yyc[i] + 0.6*(rnd.Uniform() - 0.5);
839       c[i]  = zzc[i]*(1.+ ( rnd.Uniform() - 0.5)*0.2);
840       str1 += zzc[i];
841       d[i]  = rrc[i]*(1.+ ( rnd.Uniform() - 0.5)*0.1);
842       
843       if(d[i] < 0.25)
844         {
845           d[i]=0.25;
846         }
847     }
848   for(i = 0; i <= nclust; i++)
849     {
850       c[i] = c[i]*str/str1; 
851     }
852   sum1=0.;
853   
854   for(i1 = 0; i1 <= ncell; i1++)
855     {
856       aint = 0.;
857       idd = neib[i1][0];
858       for(i2 = 1; i2 <= idd; i2++)
859         {
860           jj    = neib[i1][i2];
861           dx    = xx[i1] - a[jj];
862           dy    = yy[i1] - b[jj];
863           dum   = d[jj]*d[jj]+rr*rr;
864           aint += exp(-(dx*dx+dy*dy)/dum)*c[i2]*rr*rr/dum;
865         }
866       sum1 += (aint - zz[i1])*(aint - zz[i1])/str;
867     }
868
869     if(sum1 < sum)
870       {
871         for(i2 = 0; i2 <= nclust; i2++)
872         {
873           xxc[i2] = a[i2];
874           yyc[i2] = b[i2];
875           zzc[i2] = c[i2];
876           rrc[i2] = d[i2];
877           sum     = sum1;
878         }
879       }
880     for(j = 0; j <= nclust; j++)
881       {
882         *(&xc+j) = xxc[j];
883         *(&yc+j) = yyc[j];
884         *(&zc+j) = zzc[j];
885         *(&rc+j) = rrc[j];
886       }
887 }
888 // ------------------------------------------------------------------------ //
889 Double_t AliPMDClusteringV1::Distance(Double_t x1, Double_t y1, 
890                                       Double_t x2, Double_t y2)
891 {
892   return TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2) + (y1-y2)*(y1-y2));
893 }
894 // ------------------------------------------------------------------------ //
895 void AliPMDClusteringV1::SetEdepCut(Float_t decut)
896 {
897   fCutoff = decut;
898 }
899 // ------------------------------------------------------------------------ //