PWG/EMCAL/macros/runEMCalAnalysis.C

   1 // runEMCalAnalysis.C
   2 // =====================
   3 // This macro can be used to run EMCal analysis within the EMCal part of the Jet Framework.
   4 //
   5 // Examples:
   6 // -> Analyze ESDs from the pA pilot run on the AliEn grid with your task in AnaClass.cxx/.h
   7 //     dataType = "ESD", useGrid = kTRUE, pattern = "*ESDs/pass2/*ESDs.root", addCXXs = "AnaClass.cxx",
   8 //     addHs = "AnaClass.h", gridDir = "/alice/data/2012/LHC12g", gridMode = "full", runNumbers = "188359 188362"
   9 //
  10 // -> Analyze AODs (up to 96 files) locally given in files_aod.txt
  11 //     dataType = "AOD", useGrid = kFALSE, numLocalFiles = 96
  12 //
  13 // MERGING ON ALIEN
  14 // ++++++++++++++++
  15 // If you run on the grid, you can monitor the jobs with alimonitor.cern.ch. When enough of them are in DONE state,
  16 // you have to merge the output. This can be done automatically, if you just change the gridMode to "terminate" and
  17 // give the EXACT name of the task whose output should be merged in uniqueName.
  18 //
  19 //
  20 // Authors: R. Haake, S. Aiola, M. Verweij
  21
  22 #include <ctime>
  23 #include "TGrid.h"
  24
  25 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
  26                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
  27                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC);
  28
  29 //______________________________________________________________________________
  30 void runEMCalAnalysis(
  31          Bool_t         useGrid             = kTRUE,                      // local or grid
  32          const char*    gridMode            = "test",                      // set the grid run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
  33          const char*    dataType            = "AOD",                       // set the analysis type, AOD, ESD or sESD
  34          const char*    pattern             = "*ESDs/pass2/AOD145/*AOD.root",    // file pattern (here one can specify subdirs like passX etc.) (used on grid)
  35          const char*    gridDir             = "/alice/data/2011/LHC11h_2",   // dir on alien, where the files live (used on grid)
  36          const char*    runNumbers          = "167903 167915",             // considered run numbers (used on grid)
  37          UInt_t         numLocalFiles       = 1,                          // number of files analyzed locally
  38          const char*    runPeriod           = "LHC11h",                    // set the run period (used on grid)
  39          const char*    uniqueName          = "EMCal_LEGOTrainTest",     // sets base string for the name of the task on the grid
  40          UInt_t         pSel                = AliVEvent::kAny,             // used event selection for every task except for the analysis tasks
  41          Bool_t         useTender           = kTRUE,                       // trigger, if tender, track and cluster selection should be used (always)
  42          Bool_t         isMC                = kFALSE,                      // trigger, if MC handler should be used
  43          // Here you have to specify additional code files you want to use but that are not in aliroot
  44          const char*    addCXXs             = "",
  45          const char*    addHs               = "",
  46
  47          // These two settings depend on the dataset and your quotas on the AliEN services
  48          Int_t          maxFilesPerWorker   = 4,
  49          Int_t          workerTTL           = 7200
  50
  51          )
  52 {
  53
  54   // Some pre-settings and constants
  55   enum AlgoType {kKT, kANTIKT};
  56   enum JetType  {kFULLJETS, kCHARGEDJETS, kNEUTRALJETS};
  57   gSystem->SetFPEMask();
  58   gSystem->Setenv("ETRAIN_ROOT", ".");
  59   gSystem->Setenv("ETRAIN_PERIOD", runPeriod);
  60   // change this objects to strings
  61   TString usedData(dataType);
  62   TString additionalCXXs(addCXXs);
  63   TString additionalHs(addHs);
  64   cout << dataType << " analysis chosen" << endl;
  65   if (useGrid)
  66   {
  67     cout << "-- using AliEn grid.\n";
  68     if (usedData == "sESD")
  69     {
  70       cout << "Skimmed ESD analysis not available on the grid!" << endl;
  71       return;
  72     }
  73   }
  74   else
  75     cout << "-- using local analysis.\n";
  76
  77
  78   // Load necessary libraries
  79   LoadLibs();
  80
  81   // Create analysis manager
  82   AliAnalysisManager* mgr = new AliAnalysisManager(uniqueName);
  83
  84   // Check type of input and create handler for it
  85   TString localFiles("-1");
  86   if(usedData == "AOD")
  87   {
  88     localFiles = "files_aod.txt";
  89     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddAODHandler.C");
  90     AliAODInputHandler* aodH = AddAODHandler();
  91   }
  92   else if((usedData == "ESD") || (usedData == "sESD"))
  93   {
  94     if (usedData == "ESD")
  95       localFiles = "files_esd.txt";
  96     else
  97       localFiles = "files_sesd.txt";
  98
  99     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddESDHandler.C");
 100     AliESDInputHandler* esdH = AddESDHandler();
 101   }
 102   else
 103   {
 104     cout << "Data type not recognized! You have to specify ESD, AOD, or sESD!\n";
 105   }
 106
 107   if(!useGrid)
 108     cout << "Using " << localFiles.Data() << " as input file list.\n";
 109
 110   // Create MC handler, if MC is demanded
 111   if (isMC && (usedData != "AOD"))
 112   {
 113     AliMCEventHandler* mcH = new AliMCEventHandler();
 114     mcH->SetPreReadMode(AliMCEventHandler::kLmPreRead);
 115     mcH->SetReadTR(kTRUE);
 116     mgr->SetMCtruthEventHandler(mcH);
 117   }
 118
 119   // ################# Now: Add some basic tasks
 120
 121   // Physics selection task
 122   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPhysicsSelection.C");
 123   AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskEmcalPhysicsSelection(kTRUE, kTRUE, pSel, 5, 5, 10, kTRUE, -1, -1, -1, -1);
 124
 125   if (!physSelTask)
 126   {
 127     cout << "no physSelTask";
 128     return;
 129   }
 130
 131   // Centrality task
 132   if (usedData == "ESD") {
 133     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskCentrality.C");
 134     AliCentralitySelectionTask *centralityTask = AddTaskCentrality(kTRUE);
 135   }
 136
 137   // Compatibility task, only needed for skimmed ESD
 138   if (usedData == "sESD") {
 139     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalCompat.C");
 140     AliEmcalCompatTask *comptask = AddTaskEmcalCompat();
 141   }
 142
 143   // Setup task
 144   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSetup.C");
 145   AliEmcalSetupTask *setupTask = AddTaskEmcalSetup();
 146   setupTask->SetGeoPath("$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL");
 147
 148   // Tender Supplies
 149   if (useTender) {
 150     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPreparation.C");
 151     //adjust pass when running locally. On grid give empty string, will be picked up automatically from path to ESD/AOD file
 152     AliAnalysisTaskSE *clusm = AddTaskEmcalPreparation(runPeriod,"pass1");
 153   }
 154
 155   // Names of the different objects passed around; these are the default names; added here mostly for documentation purposes
 156   // rhoName is only set if the background subtraction is switched on (doBkg)
 157   TString tracksName = "AODFilterTracks";
 158   TString clustersName = "EmcCaloClusters";
 159
 160   // ################# Now: Call jet preparation macro (picotracks, hadronic corrected caloclusters, ...)
 161   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskMatchingChain.C");
 162   AddTaskMatchingChain(runPeriod,pSel,
 163                        clustersName,1.,kTRUE,
 164                        0.1,kTRUE,kTRUE);
 165
 166   // ################# Now: Add analysis task
 167   // Here you can put in your AddTaskMacro for your task
 168   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSample.C");
 169   AliAnalysisTaskEmcalSample* anaTask = AddTaskEmcalSample(tracksName, clustersName, 4);
 170
 171   // Set the physics selection for all given tasks
 172   TObjArray *toptasks = mgr->GetTasks();
 173   for (Int_t i=0; i<toptasks->GetEntries(); ++i)
 174   {
 175     AliAnalysisTaskSE *task = dynamic_cast<AliAnalysisTaskSE*>(toptasks->At(i));
 176     if (!task)
 177       continue;
 178     if (task->InheritsFrom("AliPhysicsSelectionTask"))
 179       continue;
 180     ::Info("setPSel", "Set physics selection for %s (%s)", task->GetName(), task->ClassName());
 181     task->SelectCollisionCandidates(pSel);
 182   }
 183
 184   mgr->SetUseProgressBar(1, 25);
 185
 186   if (!mgr->InitAnalysis())
 187     return;
 188   mgr->PrintStatus();
 189
 190   if (useGrid)
 191   {  // GRID CALCULATION
 192
 193     AliAnalysisGrid *plugin = CreateAlienHandler(uniqueName, gridDir, gridMode, runNumbers, pattern, additionalCXXs, additionalHs, maxFilesPerWorker, workerTTL, isMC);
 194     mgr->SetGridHandler(plugin);
 195
 196     // start analysis
 197     cout << "Starting GRID Analysis...";
 198     mgr->SetDebugLevel(0);
 199     mgr->StartAnalysis("grid",10);
 200   }
 201   else
 202   {  // LOCAL CALCULATION
 203
 204     TChain* chain = 0;
 205     if (usedData == "AOD")
 206     {
 207       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateAODChain.C");
 208       chain = CreateAODChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 209     }
 210     else
 211     {  // ESD or skimmed ESD
 212       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateESDChain.C");
 213       chain = CreateESDChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 214     }
 215
 216     // start analysis
 217     cout << "Starting LOCAL Analysis...";
 218     mgr->SetDebugLevel(2);
 219     mgr->StartAnalysis("local", chain);
 220   }
 221 }
 222
 223 //______________________________________________________________________________
 224 void LoadLibs()
 225 {
 226   // Load common libraries (better too many than too few)
 227   gSystem->Load("libTree");
 228   gSystem->Load("libVMC");
 229   gSystem->Load("libGeom");
 230   gSystem->Load("libGui");
 231   gSystem->Load("libXMLParser");
 232   gSystem->Load("libMinuit");
 233   gSystem->Load("libMinuit2");
 234   gSystem->Load("libProof");
 235   gSystem->Load("libPhysics");
 236   gSystem->Load("libSTEERBase");
 237   gSystem->Load("libESD");
 238   gSystem->Load("libAOD");
 239   gSystem->Load("libOADB");
 240   gSystem->Load("libANALYSIS");
 241   gSystem->Load("libCDB");
 242   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 243   gSystem->Load("libSTEER");
 244   gSystem->Load("libEVGEN");
 245   gSystem->Load("libANALYSISalice");
 246   gSystem->Load("libCORRFW");
 247   gSystem->Load("libTOFbase");
 248   //gSystem->Load("libTOFrec");
 249   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 250   gSystem->Load("libRAWDatarec");
 251   gSystem->Load("libTPCbase");
 252   gSystem->Load("libTPCrec");
 253   gSystem->Load("libITSbase");
 254   gSystem->Load("libITSrec");
 255   gSystem->Load("libTRDbase");
 256   gSystem->Load("libTender");
 257   gSystem->Load("libSTAT");
 258   gSystem->Load("libTRDrec");
 259   gSystem->Load("libHMPIDbase");
 260   gSystem->Load("libPWGPP");
 261   gSystem->Load("libPWGHFbase");
 262   gSystem->Load("libPWGDQdielectron");
 263   gSystem->Load("libPWGHFhfe");
 264   gSystem->Load("libEMCALUtils");
 265   gSystem->Load("libPHOSUtils");
 266   gSystem->Load("libPWGCaloTrackCorrBase");
 267   gSystem->Load("libEMCALraw");
 268   gSystem->Load("libEMCALbase");
 269   gSystem->Load("libEMCALrec");
 270   gSystem->Load("libTRDbase");
 271   gSystem->Load("libVZERObase");
 272   gSystem->Load("libVZEROrec");
 273   gSystem->Load("libTender");
 274   gSystem->Load("libTenderSupplies");
 275   gSystem->Load("libPWGTools");
 276   gSystem->Load("libPWGEMCAL");
 277   gSystem->Load("libESDfilter");
 278   gSystem->Load("libPWGGAEMCALTasks");
 279   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsBase");
 280   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsDPhi");
 281
 282   // include paths
 283   gSystem->AddIncludePath("-Wno-deprecated");
 284   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/EMCAL");
 285   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/PWGDQ/dielectron -I$ALICE_ROOT/PWGHF/hfe");
 286 }
 287
 288 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
 289                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
 290                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC)
 291 {
 292   TDatime currentTime;
 293   TString tmpName(uniqueName);
 294
 295   // Only add current date and time when not in terminate mode! In this case the exact name has to be supplied by the user
 296   if(strcmp(gridMode, "terminate"))
 297   {
 298     tmpName += "_";
 299     tmpName += currentTime.GetDate();
 300     tmpName += "_";
 301     tmpName += currentTime.GetTime();
 302   }
 303
 304   TString tmpAdditionalLibs("");
 305   tmpAdditionalLibs = Form("libTree libVMC libGeom libGui libXMLParser libMinuit libMinuit2 libProof libPhysics libSTEERBase libESD libAOD libOADB libANALYSIS libCDB libRAWDatabase libSTEER libANALYSISalice libCORRFW libTOFbase libRAWDatabase libRAWDatarec libTPCbase libTPCrec libITSbase libITSrec libTRDbase libTender libSTAT libTRDrec libHMPIDbase libPWGPP libPWGHFbase libPWGDQdielectron libPWGHFhfe libEMCALUtils libPHOSUtils libPWGCaloTrackCorrBase libEMCALraw libEMCALbase libEMCALrec libTRDbase libVZERObase libVZEROrec libTender libTenderSupplies libESDfilter libPWGTools libPWGEMCAL libPWGGAEMCALTasks libPWGCFCorrelationsBase libPWGCFCorrelationsDPhi  %s %s",additionalCode.Data(),additionalHeaders.Data());
 306
 307
 308   TString macroName("");
 309   TString execName("");
 310   TString jdlName("");
 311   macroName = Form("%s.C", tmpName.Data());
 312   execName = Form("%s.sh", tmpName.Data());
 313   jdlName = Form("%s.jdl", tmpName.Data());
 314
 315   AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 316   plugin->SetOverwriteMode();
 317   plugin->SetRunMode(gridMode);
 318
 319   // Here you can set the (Ali)ROOT version you want to use
 320   plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 321   plugin->SetROOTVersion("v5-34-08-6");
 322   plugin->SetAliROOTVersion("vAN-20140525");
 323
 324   plugin->SetGridDataDir(gridDir); // e.g. "/alice/sim/LHC10a6"
 325   plugin->SetDataPattern(pattern); //dir structure in run directory
 326   if (!isMC)
 327    plugin->SetRunPrefix("000");
 328
 329   plugin->AddRunList(runNumbers);
 330
 331   plugin->SetGridWorkingDir(Form("work/%s",tmpName.Data()));
 332   plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 333
 334   plugin->SetAnalysisSource(additionalCode.Data());
 335   plugin->SetAdditionalLibs(tmpAdditionalLibs.Data());
 336
 337   plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 338   //plugin->SetMergeExcludes("");
 339   plugin->SetAnalysisMacro(macroName.Data());
 340   plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(maxFilesPerWorker);
 341   plugin->SetExecutable(execName.Data());
 342   plugin->SetTTL(workerTTL);
 343   plugin->SetInputFormat("xml-single");
 344   plugin->SetJDLName(jdlName.Data());
 345   plugin->SetPrice(1);
 346   plugin->SetSplitMode("se");
 347   plugin->SetNtestFiles(1);
 348
 349   return plugin;
 350 }