PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;\r
   2 TString mySE="ALICE::CNAF::SE";\r
   3 \r
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()\r
   5 {\r
   6   //\r
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates\r
   8   // It has the structure of a Analysis Train:\r
   9   // - in this macro, change things related to running mode\r
  10   //   and input preparation \r
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro \r
  12   //\r
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it\r
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it\r
  15   //\r
  16 \r
  17   gSystem->Setenv("alien_CLOSE_SE",mySE.Data());\r
  18 \r
  19   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); \r
  20   //\r
  21   TString trainName = "D2H";\r
  22   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"\r
  23   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"\r
  24   Long64_t nentries=1000,firstentry=0;\r
  25   Bool_t useParFiles=kFALSE;\r
  26   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;\r
  27   TString pluginmode="full";\r
  28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;\r
  29   TString proofOutdir = "";\r
  30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/";\r
  31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF\r
  32   //\r
  33 \r
  34   if(analysisMode=="grid") {\r
  35     // Connect to AliEn\r
  36     TGrid::Connect("alien://");\r
  37   } else if(analysisMode=="proof") {\r
  38     // Connect to the PROOF cluster\r
  39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}\r
  40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");\r
  41     TProof::Open("alicecaf");\r
  42     //TProof::Reset("alicecaf");\r
  43     if(saveProofToAlien) {\r
  44       TGrid::Connect("alien://");\r
  45       if(gGrid) {\r
  46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();\r
  47         TString workdir = homedir + trainName;\r
  48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {\r
  49           gGrid->Cd(homedir);\r
  50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {\r
  51             gGrid->Cd(trainName);\r
  52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());\r
  53           }\r
  54         }          \r
  55         gGrid->Mkdir("proof_output");\r
  56         gGrid->Cd("proof_output");\r
  57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());\r
  58       } \r
  59     }\r
  60   }\r
  61 \r
  62 \r
  63   // AliRoot libraries\r
  64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {\r
  65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
  66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());\r
  67     LoadLibraries(useParFiles);\r
  68   } else if (analysisMode=="proof") {\r
  69     gSystem->Load("libTree.so");\r
  70     gSystem->Load("libGeom.so");\r
  71     gSystem->Load("libPhysics.so");\r
  72     gSystem->Load("libVMC.so");    \r
  73     // Enable the needed packages\r
  74     //gProof->ClearPackages();\r
  75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";\r
  76     TString parFile;\r
  77     if(!useParFiles) {\r
  78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");\r
  79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");\r
  80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
  81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
  84     } else {\r
  85       // --- Enable the STEERBase Package\r
  86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  88       gProof->EnablePackage("STEERBase");\r
  89       // --- Enable the ESD Package\r
  90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  92       gProof->EnablePackage("ESD");\r
  93       // --- Enable the AOD Package\r
  94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
  96       gProof->EnablePackage("AOD");\r
  97       // --- Enable the ANALYSIS Package\r
  98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
  99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");\r
 101       // --- Enable the ANALYSISalice Package\r
 102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");\r
 105       // --- Enable the CORRFW Package\r
 106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 108       gProof->EnablePackage("CORRFW");\r
 109       // --- Enable the PWG3base Package\r
 110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 112       gProof->EnablePackage("PWG3base");\r
 113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
 114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
 117       // --- Enable the JETAN Package\r
 118       parFile="JETAN.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 120       gProof->EnablePackage("JETAN");\r
 121       // --- Enable the PWG3muon Package\r
 122       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 123       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 124       gProof->EnablePackage("PWG3muon");\r
 125       // --- Enable the PWG4PartCorrBase Package\r
 126       parFile="PWG4PartCorrBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 127       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 128       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");\r
 129       // --- Enable the PWG4PartCorrDep Package\r
 130       parFile="PWG4PartCorrDep.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
 131       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
 132       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");\r
 133     }\r
 134     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages\r
 135   }\r
 136 \r
 137 \r
 138   // Create Alien plugin, if requested\r
 139   if(useAlienPlugin) {  \r
 140     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}\r
 141     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  \r
 142     if(!alienHandler) return;\r
 143   }\r
 144 \r
 145 \r
 146   //-------------------------------------------------------------------\r
 147   // Prepare input\r
 148   TChain *chainAOD = 0;\r
 149   TString dataset; // for proof\r
 150 \r
 151   if(!useAlienPlugin) {\r
 152     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 153     if(inputMode=="list") {\r
 154       // Local files\r
 155       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 156       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root\r
 157       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);\r
 158       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());\r
 159     } else if(inputMode=="xml") {\r
 160       // xml\r
 161       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
 162       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");\r
 163     } else if(inputMode=="dataset") {\r
 164       // CAF dataset\r
 165       //gProof->ShowDataSets();\r
 166       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";\r
 167     }\r
 168   }\r
 169 \r
 170   // Create the analysis manager\r
 171   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");\r
 172   mgr->SetDebugLevel(10);\r
 173   // Connect plug-in to the analysis manager\r
 174   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);\r
 175 \r
 176   // Input\r
 177   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();\r
 178   if(analysisMode=="proof") {\r
 179     inputHandler->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 180     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);\r
 181   }\r
 182   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);\r
 183   //-------------------------------------------------------------------\r
 184 \r
 185   \r
 186   //-------------------------------------------------------------------\r
 187   // Analysis tasks (wagons of the train)   \r
 188   //\r
 189   TString taskName;\r
 190   \r
 191   //taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 192   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 193   //AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();\r
 194   \r
 195   taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 196   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 197   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();\r
 198   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1); \r
 199   \r
 200   taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 201   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 202   AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();\r
 203   \r
 204   //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 205   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 206   //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();\r
 207   \r
 208   taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 209   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 210   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();\r
 211 \r
 212   taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 213   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 214   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();\r
 215 \r
 216   //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 217   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 218   //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();\r
 219 \r
 220   taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 221   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 222   AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();\r
 223 \r
 224   taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
 225   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
 226   Int_t switchMC[5]={1,1,1,1,1};\r
 227   AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskCharmFraction("d0D0.root",switchMC);\r
 228   \r
 229   // attach a private task (not committed)\r
 230   // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin\r
 231   // configuration, see below)\r
 232   /*\r
 233   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
 234     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 235   } else {\r
 236     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
 237   }\r
 238   gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");\r
 239   MyTask *myTask = AddMyTask();\r
 240   */\r
 241   /*\r
 242   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
 243     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");\r
 244   } else {\r
 245     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");\r
 246   }\r
 247   gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");\r
 248   AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();\r
 249   */\r
 250   //-------------------------------------------------------------------\r
 251 \r
 252   //\r
 253   // Run the analysis\r
 254   //    \r
 255   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());\r
 256 \r
 257   if(!mgr->InitAnalysis()) return;\r
 258   mgr->PrintStatus();\r
 259   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";\r
 260   if(analysisMode!="proof") {\r
 261     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);\r
 262   } else {\r
 263     // proof\r
 264     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);\r
 265   }\r
 266 \r
 267   return;\r
 268 }\r
 269 //_____________________________________________________________________________\r
 270 //\r
 271 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)\r
 272 {\r
 273   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.\r
 274   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then\r
 275   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.\r
 276    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;\r
 277    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();\r
 278    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")\r
 279    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());\r
 280    plugin->SetUser("dainesea");\r
 281    plugin->SetNtestFiles(1);\r
 282    // Set versions of used packages\r
 283    plugin->SetAPIVersion("V2.4");\r
 284    plugin->SetROOTVersion("v5-24-00");\r
 285    plugin->SetAliROOTVersion("v4-18-07-AN");\r
 286    // Declare input data to be processed.\r
 287    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.\r
 288    // Define production directory LFN\r
 289    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/");\r
 290    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/m/mgheata/analysisESD/output_train_default_28May2009_09h33/");\r
 291    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a5/AOD1/");\r
 292    // Set data search pattern\r
 293    plugin->SetDataPattern("AliAOD.root");\r
 294    plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");\r
 295    // ...then add run numbers to be considered\r
 296    //plugin->AddRunNumber(529007);\r
 297    //  or\r
 298    //plugin->SetRunRange(529000,529007);\r
 299    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)\r
 300    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())\r
 301    // XML collections added via this method can be combined with the first method if\r
 302    // the content is compatible (using or not tags)\r
 303    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");\r
 304    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");\r
 305    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.\r
 306    plugin->SetGridWorkingDir("lhc09a5_231009");\r
 307    // Declare alien output directory. Relative to working directory.\r
 308    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output\r
 309    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime\r
 310    // using ACLiC on the worker nodes.\r
 311    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");\r
 312    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be\r
 313    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.\r
 314    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so libPWG4PartCorrBase.so libPWG4PartCorrDep.so MakeAODInputChain.C"/* AliDStarJets.cxx AliDStarJets.h"*/);\r
 315    // use par files\r
 316    if(useParFiles) {\r
 317      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");\r
 318      plugin->EnablePackage("ESD.par");\r
 319      plugin->EnablePackage("AOD.par");\r
 320      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");\r
 321      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");\r
 322      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");\r
 323      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");\r
 324      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");\r
 325      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");\r
 326      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrBase.par");\r
 327      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrDep.par");\r
 328    }\r
 329    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");\r
 330    // Declare the output file names separated by blancs.\r
 331    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)\r
 332    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);\r
 333    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");\r
 334    // Optionally define the files to be archived.\r
 335    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");\r
 336    plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");\r
 337    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)\r
 338    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");\r
 339    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)\r
 340    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(5);\r
 341    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.\r
 342    //plugin->SetMaxInitFailed(5);\r
 343    // Optionally resubmit threshold.\r
 344    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);\r
 345    // Optionally set time to live (default 30000 sec)\r
 346    //plugin->SetTTL(20000);\r
 347    // Optionally set input format (default xml-single)\r
 348    plugin->SetInputFormat("xml-single");\r
 349    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)\r
 350    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");\r
 351    // Optionally modify job price (default 1)\r
 352    //plugin->SetPrice(1);      \r
 353    // Optionally modify split mode (default 'se')    \r
 354    plugin->SetSplitMode("se");\r
 355    // Optionally set the preferred SE    \r
 356    plugin->SetPreferedSE(mySE.Data());\r
 357    \r
 358    return plugin;\r
 359 }\r